New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
slurm-7755655.out on Topic #21 – Attachment – NEMO

Topic #21: slurm-7755655.out

File slurm-7755655.out, 20.7 KB (added by larsbuntemeyer, 7 years ago)

scheduler error output

Line 
14: [1502114098.886140]         sys.c:741  MXM  WARN  Conflicting CPU frequencies detected, using: 2500.00
21: [1502114098.886370]         sys.c:741  MXM  WARN  Conflicting CPU frequencies detected, using: 2500.00
32: [1502114098.886143]         sys.c:741  MXM  WARN  Conflicting CPU frequencies detected, using: 2500.00
43: [1502114098.886370]         sys.c:741  MXM  WARN  Conflicting CPU frequencies detected, using: 2500.00
56: [1502114098.886140]         sys.c:741  MXM  WARN  Conflicting CPU frequencies detected, using: 2500.00
67: [1502114098.886370]         sys.c:741  MXM  WARN  Conflicting CPU frequencies detected, using: 2500.00
70: [1502114098.886142]         sys.c:741  MXM  WARN  Conflicting CPU frequencies detected, using: 2500.00
85: [1502114098.886371]         sys.c:741  MXM  WARN  Conflicting CPU frequencies detected, using: 2500.00
91: > Error [CAxis::checkAttributes(void)] : In file '/work/ch0636/sw/xios-1.0/src/node/axis.cpp', line 88 -> The bounds array of the axis [ id = 'deptht' , context = 'nemo' ] must be of dimension axis 2 x size
101: Axis size is 31
111: Bounds size is 31 x 2
121:
132: > Error [CAxis::checkAttributes(void)] : In file '/work/ch0636/sw/xios-1.0/src/node/axis.cpp', line 88 -> The bounds array of the axis [ id = 'deptht' , context = 'nemo' ] must be of dimension axis 2 x size
142: Axis size is 31
152: Bounds size is 31 x 2
162:
173: > Error [CAxis::checkAttributes(void)] : In file '/work/ch0636/sw/xios-1.0/src/node/axis.cpp', line 88 -> The bounds array of the axis [ id = 'deptht' , context = 'nemo' ] must be of dimension axis 2 x size
183: Axis size is 31
193: Bounds size is 31 x 2
203:
210: > Error [CAxis::checkAttributes(void)] : In file '/work/ch0636/sw/xios-1.0/src/node/axis.cpp', line 88 -> The bounds array of the axis [ id = 'deptht' , context = 'nemo' ] must be of dimension axis 2 x size
220: Axis size is 31
230: Bounds size is 31 x 2
240:
255: > Error [CAxis::checkAttributes(void)] : In file '/work/ch0636/sw/xios-1.0/src/node/axis.cpp', line 88 -> The bounds array of the axis [ id = 'deptht' , context = 'nemo' ] must be of dimension axis 2 x size
265: Axis size is 31
275: Bounds size is 31 x 2
285:
294: > Error [CAxis::checkAttributes(void)] : In file '/work/ch0636/sw/xios-1.0/src/node/axis.cpp', line 88 -> The bounds array of the axis [ id = 'deptht' , context = 'nemo' ] must be of dimension axis 2 x size
304: Axis size is 31
314: Bounds size is 31 x 2
324:
336: > Error [CAxis::checkAttributes(void)] : In file '/work/ch0636/sw/xios-1.0/src/node/axis.cpp', line 88 -> The bounds array of the axis [ id = 'deptht' , context = 'nemo' ] must be of dimension axis 2 x size
346: Axis size is 31
356: Bounds size is 31 x 2
366:
377: > Error [CAxis::checkAttributes(void)] : In file '/work/ch0636/sw/xios-1.0/src/node/axis.cpp', line 88 -> The bounds array of the axis [ id = 'deptht' , context = 'nemo' ] must be of dimension axis 2 x size
387: Axis size is 31
397: Bounds size is 31 x 2
407:
410: forrtl: error (76): Abort trap signal
420: Image              PC                Routine            Line        Source             
430: opa                0000000001401A21  Unknown               Unknown  Unknown
440: opa                0000000001400177  Unknown               Unknown  Unknown
450: opa                00000000013AD164  Unknown               Unknown  Unknown
460: opa                00000000013ACF76  Unknown               Unknown  Unknown
470: opa                000000000134424F  Unknown               Unknown  Unknown
480: srun: error: m10428: tasks 0-7: Aborted
49srun: Terminating job step 7755655.0
50opa                000000000134ACE1  Unknown               Unknown  Unknown
510: libpthread.so.0    00007FA28A2587E0  Unknown               Unknown  Unknown
520: libc.so.6          00007FA289EE7495  Unknown               Unknown  Unknown
530: libc.so.6          00007FA289EE8C75  Unknown               Unknown  Unknown
540: opa                0000000000F3F00A  Unknown               Unknown  Unknown
550: opa                0000000000EED0D2  Unknown               Unknown  Unknown
560: opa                0000000000F7F908  Unknown               Unk
570: nown  Unknown
580: opa                0000000000F48DBB  Unknown               Unknown  Unknown
590: opa                0000000000F48219  Unknown               Unknown  Unknown
600: opa                0000000000F5C14A  Unknown               Unknown  Unknown
610: opa                0000000000F061E3  Unknown               Unknown  Unknown
620: opa                0000000000FF09AB  Unknown               Unknown  Unknown
630: opa                0000000000AE3FEE  Unknown               Unknown  Unknown
640: opa                00000000005582B0  Unknown               Unknown  Unknown
650: opa                000000000050CB0A  Unknown               Unknown  Unknown
660: opa                000000000050CA53  Unknown               Unknown  Unknown
670: opa                000000000050CA1E  Unknown               Unknown  Unknown
680: libc.so.6          00007FA289ED3D1D  Unknown               Unknown  Unknown
690: opa                000000000050C929  Unknown               Unknown  Unknown
703: forrtl: error (76): Abort trap signal
713: Image              PC                Routine            Line        Source             
723: opa                0000000001401A21  Unknown               Unknown  Unknown
733: opa                0000000001400177  Unknown               Unknown  Unknown
743: opa                00000000013AD164  Unknown               Unknown  Unknown
753: opa                00000000013ACF76  Unknown               Unknown  Unknown
763: opa                000000000134424F  Unknown               Unknown  Unknown
773: opa                000000000134ACE1  Unknown               Unknown  Unknown
783: libpthread.so.0    00007F94C9BB17E0  Unknown               Unknown  Unknown
793: libc.so.6          00007F94C9840495  Unknown               Unknown  Unknown
803: libc.so.6          00007F94C9841C75  Unknown               Unknown  Unknown
813: opa                0000000000F3F00A  Unknown               Unknown  Unknown
823: opa                0000000000EED0D2  Unknown               Unknown  Unknown
833: opa                0000000000F7F908  Unknown               Unk
843: nown  Unknown
853: opa                0000000000F48DBB  Unknown               Unknown  Unknown
863: opa                0000000000F48219  Unknown               Unknown  Unknown
873: opa                0000000000F5C14A  Unknown               Unknown  Unknown
883: opa                0000000000F061E3  Unknown               Unknown  Unknown
893: opa                0000000000FF09AB  Unknown               Unknown  Unknown
903: opa                0000000000AE3FEE  Unknown               Unknown  Unknown
913: opa                00000000005582B0  Unknown               Unknown  Unknown
923: opa                000000000050CB0A  Unknown               Unknown  Unknown
933: opa                000000000050CA53  Unknown               Unknown  Unknown
943: opa                000000000050CA1E  Unknown               Unknown  Unknown
953: libc.so.6          00007F94C982CD1D  Unknown               Unknown  Unknown
963: opa                000000000050C929  Unknown               Unknown  Unknown
971: forrtl: error (76): Abort trap signal
981: Image              PC                Routine            Line        Source             
991: opa                0000000001401A21  Unknown               Unknown  Unknown
1001: opa                0000000001400177  Unknown               Unknown  Unknown
1011: opa                00000000013AD164  Unknown               Unknown  Unknown
1021: opa                00000000013ACF76  Unknown               Unknown  Unknown
1031: opa                000000000134424F  Unknown               Unknown  Unknown
1041: opa                000000000134ACE1  Unknown               Unknown  Unknown
1051: libpthread.so.0    00007FF747E827E0  Unknown               Unknown  Unknown
1061: libc.so.6          00007FF747B11495  Unknown               Unknown  Unknown
1071: libc.so.6          00007FF747B12C75  Unknown               Unknown  Unknown
1081: opa                0000000000F3F00A  Unknown               Unknown  Unknown
1091: opa                0000000000EED0D2  Unknown               Unknown  Unknown
1101: opa                0000000000F7F908  Unknown               Unk
1111: nown  Unknown
1121: opa                0000000000F48DBB  Unknown               Unknown  Unknown
1131: opa                0000000000F48219  Unknown               Unknown  Unknown
1141: opa                0000000000F5C14A  Unknown               Unknown  Unknown
1151: opa                0000000000F061E3  Unknown               Unknown  Unknown
1161: opa                0000000000FF09AB  Unknown               Unknown  Unknown
1171: opa                0000000000AE3FEE  Unknown               Unknown  Unknown
1181: opa                00000000005582B0  Unknown               Unknown  Unknown
1191: opa                000000000050CB0A  Unknown               Unknown  Unknown
1201: opa                000000000050CA53  Unknown               Unknown  Unknown
1211: opa                000000000050CA1E  Unknown               Unknown  Unknown
1221: libc.so.6          00007FF747AFDD1D  Unknown               Unknown  Unknown
1231: opa                000000000050C929  Unknown               Unknown  Unknown
1247: forrtl: error (76): Abort trap signal
1257: Image              PC                Routine            Line        Source             
1267: opa                0000000001401A21  Unknown               Unknown  Unknown
1277: opa                0000000001400177  Unknown               Unknown  Unknown
1287: opa                00000000013AD164  Unknown               Unknown  Unknown
1297: opa                00000000013ACF76  Unknown               Unknown  Unknown
1307: opa                000000000134424F  Unknown               Unknown  Unknown
1317: opa                000000000134ACE1  Unknown               Unknown  Unknown
1327: libpthread.so.0    00007F94637017E0  Unknown               Unknown  Unknown
1337: libc.so.6          00007F9463390495  Unknown               Unknown  Unknown
1347: libc.so.6          00007F9463391C75  Unknown               Unknown  Unknown
1357: opa                0000000000F3F00A  Unknown               Unknown  Unknown
1367: opa                0000000000EED0D2  Unknown               Unknown  Unknown
1377: opa                0000000000F7F908  Unknown               Unk
1387: nown  Unknown
1397: opa                0000000000F48DBB  Unknown               Unknown  Unknown
1407: opa                0000000000F48219  Unknown               Unknown  Unknown
1417: opa                0000000000F5C14A  Unknown               Unknown  Unknown
1427: opa                0000000000F061E3  Unknown               Unknown  Unknown
1437: opa                0000000000FF09AB  Unknown               Unknown  Unknown
1447: opa                0000000000AE3FEE  Unknown               Unknown  Unknown
1457: opa                00000000005582B0  Unknown               Unknown  Unknown
1467: opa                000000000050CB0A  Unknown               Unknown  Unknown
1477: opa                000000000050CA53  Unknown               Unknown  Unknown
1487: opa                000000000050CA1E  Unknown               Unknown  Unknown
1497: libc.so.6          00007F946337CD1D  Unknown               Unknown  Unknown
1507: opa                000000000050C929  Unknown               Unknown  Unknown
1514: forrtl: error (76): Abort trap signal
1524: Image              PC                Routine            Line        Source             
1534: opa                0000000001401A21  Unknown               Unknown  Unknown
1544: opa                0000000001400177  Unknown               Unknown  Unknown
1554: opa                00000000013AD164  Unknown               Unknown  Unknown
1564: opa                00000000013ACF76  Unknown               Unknown  Unknown
1574: opa                000000000134424F  Unknown               Unknown  Unknown
1584: opa                000000000134ACE1  Unknown               Unknown  Unknown
1594: libpthread.so.0    00007FD2E9B187E0  Unknown               Unknown  Unknown
1604: libc.so.6          00007FD2E97A7495  Unknown               Unknown  Unknown
1614: libc.so.6          00007FD2E97A8C75  Unknown               Unknown  Unknown
1624: opa                0000000000F3F00A  Unknown               Unknown  Unknown
1634: opa                0000000000EED0D2  Unknown               Unknown  Unknown
1644: opa                0000000000F7F908  Unknown               Unk
1654: nown  Unknown
1664: opa                0000000000F48DBB  Unknown               Unknown  Unknown
1674: opa                0000000000F48219  Unknown               Unknown  Unknown
1684: opa                0000000000F5C14A  Unknown               Unknown  Unknown
1694: opa                0000000000F061E3  Unknown               Unknown  Unknown
1704: opa                0000000000FF09AB  Unknown               Unknown  Unknown
1714: opa                0000000000AE3FEE  Unknown               Unknown  Unknown
1724: opa                00000000005582B0  Unknown               Unknown  Unknown
1734: opa                000000000050CB0A  Unknown               Unknown  Unknown
1744: opa                000000000050CA53  Unknown               Unknown  Unknown
1754: opa                000000000050CA1E  Unknown               Unknown  Unknown
1764: libc.so.6          00007FD2E9793D1D  Unknown               Unknown  Unknown
1774: opa                000000000050C929  Unknown               Unknown  Unknown
1782: forrtl: error (76): Abort trap signal
1792: Image              PC                Routine            Line        Source             
1802: opa                0000000001401A21  Unknown               Unknown  Unknown
1812: opa                0000000001400177  Unknown               Unknown  Unknown
1822: opa                00000000013AD164  Unknown               Unknown  Unknown
1832: opa                00000000013ACF76  Unknown               Unknown  Unknown
1842: opa                000000000134424F  Unknown               Unknown  Unknown
1852: opa                000000000134ACE1  Unknown               Unknown  Unknown
1862: libpthread.so.0    00007F478F55B7E0  Unknown               Unknown  Unknown
1872: libc.so.6          00007F478F1EA495  Unknown               Unknown  Unknown
1882: libc.so.6          00007F478F1EBC75  Unknown               Unknown  Unknown
1892: opa                0000000000F3F00A  Unknown               Unknown  Unknown
1902: opa                0000000000EED0D2  Unknown               Unknown  Unknown
1912: opa                0000000000F7F908  Unknown               Unk
1922: nown  Unknown
1932: opa                0000000000F48DBB  Unknown               Unknown  Unknown
1942: opa                0000000000F48219  Unknown               Unknown  Unknown
1952: opa                0000000000F5C14A  Unknown               Unknown  Unknown
1962: opa                0000000000F061E3  Unknown               Unknown  Unknown
1972: opa                0000000000FF09AB  Unknown               Unknown  Unknown
1982: opa                0000000000AE3FEE  Unknown               Unknown  Unknown
1992: opa                00000000005582B0  Unknown               Unknown  Unknown
2002: opa                000000000050CB0A  Unknown               Unknown  Unknown
2012: opa                000000000050CA53  Unknown               Unknown  Unknown
2022: opa                000000000050CA1E  Unknown               Unknown  Unknown
2032: libc.so.6          00007F478F1D6D1D  Unknown               Unknown  Unknown
2042: opa                000000000050C929  Unknown               Unknown  Unknown
2055: forrtl: error (76): Abort trap signal
2065: Image              PC                Routine            Line        Source             
2075: opa                0000000001401A21  Unknown               Unknown  Unknown
2085: opa                0000000001400177  Unknown               Unknown  Unknown
2095: opa                00000000013AD164  Unknown               Unknown  Unknown
2105: opa                00000000013ACF76  Unknown               Unknown  Unknown
2115: opa                000000000134424F  Unknown               Unknown  Unknown
2125: opa                000000000134ACE1  Unknown               Unknown  Unknown
2135: libpthread.so.0    00007F9CE00197E0  Unknown               Unknown  Unknown
2145: libc.so.6          00007F9CDFCA8495  Unknown               Unknown  Unknown
2155: libc.so.6          00007F9CDFCA9C75  Unknown               Unknown  Unknown
2165: opa                0000000000F3F00A  Unknown               Unknown  Unknown
2175: opa                0000000000EED0D2  Unknown               Unknown  Unknown
2185: opa                0000000000F7F908  Unknown               Unk
2195: nown  Unknown
2205: opa                0000000000F48DBB  Unknown               Unknown  Unknown
2215: opa                0000000000F48219  Unknown               Unknown  Unknown
2225: opa                0000000000F5C14A  Unknown               Unknown  Unknown
2235: opa                0000000000F061E3  Unknown               Unknown  Unknown
2245: opa                0000000000FF09AB  Unknown               Unknown  Unknown
2255: opa                0000000000AE3FEE  Unknown               Unknown  Unknown
2265: opa                00000000005582B0  Unknown               Unknown  Unknown
2275: opa                000000000050CB0A  Unknown               Unknown  Unknown
2285: opa                000000000050CA53  Unknown               Unknown  Unknown
2295: opa                000000000050CA1E  Unknown               Unknown  Unknown
2305: libc.so.6          00007F9CDFC94D1D  Unknown               Unknown  Unknown
2315: opa                000000000050C929  Unknown               Unknown  Unknown
2326: forrtl: error (76): Abort trap signal
2336: Image              PC                Routine            Line        Source             
2346: opa                0000000001401A21  Unknown               Unknown  Unknown
2356: opa                0000000001400177  Unknown               Unknown  Unknown
2366: opa                00000000013AD164  Unknown               Unknown  Unknown
2376: opa                00000000013ACF76  Unknown               Unknown  Unknown
2386: opa                000000000134424F  Unknown               Unknown  Unknown
2396: opa                000000000134ACE1  Unknown               Unknown  Unknown
2406: libpthread.so.0    00007F53797A77E0  Unknown               Unknown  Unknown
2416: libc.so.6          00007F5379436495  Unknown               Unknown  Unknown
2426: libc.so.6          00007F5379437C75  Unknown               Unknown  Unknown
2436: opa                0000000000F3F00A  Unknown               Unknown  Unknown
2446: opa                0000000000EED0D2  Unknown               Unknown  Unknown
2456: opa                0000000000F7F908  Unknown               Unk
2466: nown  Unknown
2476: opa                0000000000F48DBB  Unknown               Unknown  Unknown
2486: opa                0000000000F48219  Unknown               Unknown  Unknown
2496: opa                0000000000F5C14A  Unknown               Unknown  Unknown
2506: opa                0000000000F061E3  Unknown               Unknown  Unknown
2516: opa                0000000000FF09AB  Unknown               Unknown  Unknown
2526: opa                0000000000AE3FEE  Unknown               Unknown  Unknown
2536: opa                00000000005582B0  Unknown               Unknown  Unknown
2546: opa                000000000050CB0A  Unknown               Unknown  Unknown
2556: opa                000000000050CA53  Unknown               Unknown  Unknown
2566: opa                000000000050CA1E  Unknown               Unknown  Unknown
2576: libc.so.6          00007F5379422D1D  Unknown               Unknown  Unknown
2586: opa                000000000050C929  Unknown               Unknown  Unknown
259
260********************************************************************************
261*                                                                              *
262*  This is the automated job summary provided by DKRZ.                         *
263*  If you encounter problems, need assistance or have any suggestion, please   *
264*  write an email to                                                           *
265*                                                                              *
266*  --  beratung@dkrz.de --                                                     *
267*                                                                              *
268*                       We hope you enjoyed the DKRZ supercomputer MISTRAL ... *
269*
270* JobID            : 7755655
271* JobName          : nemo_test                                         
272* Account          : ch0636
273* User             : g300046 (23189), csc (32015)                     
274* Partition        : compute
275* QOS              : normal
276* Nodelist         : m10428 (1)                                               
277* AvgCommBlocking  : 0.0000 (in [0,4] less is better)
278* Submit date      : 2017-08-07T15:54:54
279* Start time       : 2017-08-07T15:54:55
280* End time         : 2017-08-07T15:55:04
281* Elapsed time     : 00:00:09 (Timelimit=00:30:00)                     
282* Command          : /mnt/lustre01/pf/zmaw/g300046/work/NEMOGCM/CONFIG/MY_GYRE/
283*                    EXP00/job.sh
284* WorkDir          : /mnt/lustre01/pf/zmaw/g300046/work/NEMOGCM/CONFIG/MY_GYRE/
285*                    EXP00
286*
287* StepID | JobName      NodeHours ConsEnergy [J]    MaxRSS [Byte] ReqCPUFreq [Hz]
288* ------------------------------------------------------------------------------
289* batch  | batch           0.0025
290* 0      | opa             0.0017            630            0 (0)          Highm1
291* ------------------------------------------------------------------------------
292
293* IB congestion per node [min/avg/max] : no data captured (% of bandwidth lost)
294