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p4zmeso.F90 in NEMO/branches/2019/dev_r11613_ENHANCE-04_namelists_as_internalfiles/src/TOP/PISCES/P4Z – NEMO

source: NEMO/branches/2019/dev_r11613_ENHANCE-04_namelists_as_internalfiles/src/TOP/PISCES/P4Z/p4zmeso.F90 @ 11671

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Branch 2019/dev_r11613_ENHANCE-04_namelists_as_internalfiles. Final, non-substantive changes to complete this branch. These changes remove all REWIND statements on the old namelist fortran units (now character variables for internal files). These changes have been left until last since they are easily repeated via a script and it may be preferable to use the previous revision for merge purposes and reapply these last changes separately. This branch has been fully SETTE tested.
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 18.3 KB
Line 
1MODULE p4zmeso
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE p4zmeso  ***
4   !! TOP :   PISCES Compute the sources/sinks for mesozooplankton
5   !!======================================================================
6   !! History :   1.0  !  2002     (O. Aumont) Original code
7   !!             2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec)  F90
8   !!             3.4  !  2011-06  (O. Aumont, C. Ethe) Quota model for iron
9   !!----------------------------------------------------------------------
10   !!   p4z_meso       : Compute the sources/sinks for mesozooplankton
11   !!   p4z_meso_init  : Initialization of the parameters for mesozooplankton
12   !!----------------------------------------------------------------------
13   USE oce_trc         ! shared variables between ocean and passive tracers
14   USE trc             ! passive tracers common variables
15   USE sms_pisces      ! PISCES Source Minus Sink variables
16   USE p4zprod         ! production
17   USE prtctl_trc      ! print control for debugging
18   USE iom             ! I/O manager
19
20   IMPLICIT NONE
21   PRIVATE
22
23   PUBLIC   p4z_meso              ! called in p4zbio.F90
24   PUBLIC   p4z_meso_init         ! called in trcsms_pisces.F90
25
26   REAL(wp), PUBLIC ::  part2        !: part of calcite not dissolved in mesozoo guts
27   REAL(wp), PUBLIC ::  xpref2d      !: mesozoo preference for diatoms
28   REAL(wp), PUBLIC ::  xpref2n      !: mesozoo preference for nanophyto
29   REAL(wp), PUBLIC ::  xpref2z      !: mesozoo preference for microzooplankton
30   REAL(wp), PUBLIC ::  xpref2c      !: mesozoo preference for POC
31   REAL(wp), PUBLIC ::  xthresh2zoo  !: zoo feeding threshold for mesozooplankton
32   REAL(wp), PUBLIC ::  xthresh2dia  !: diatoms feeding threshold for mesozooplankton
33   REAL(wp), PUBLIC ::  xthresh2phy  !: nanophyto feeding threshold for mesozooplankton
34   REAL(wp), PUBLIC ::  xthresh2poc  !: poc feeding threshold for mesozooplankton
35   REAL(wp), PUBLIC ::  xthresh2     !: feeding threshold for mesozooplankton
36   REAL(wp), PUBLIC ::  resrat2      !: exsudation rate of mesozooplankton
37   REAL(wp), PUBLIC ::  mzrat2       !: microzooplankton mortality rate
38   REAL(wp), PUBLIC ::  grazrat2     !: maximal mesozoo grazing rate
39   REAL(wp), PUBLIC ::  xkgraz2      !: non assimilated fraction of P by mesozoo
40   REAL(wp), PUBLIC ::  unass2       !: Efficicency of mesozoo growth
41   REAL(wp), PUBLIC ::  sigma2       !: Fraction of mesozoo excretion as DOM
42   REAL(wp), PUBLIC ::  epsher2      !: growth efficiency
43   REAL(wp), PUBLIC ::  epsher2min   !: minimum growth efficiency at high food for grazing 2
44   REAL(wp), PUBLIC ::  grazflux     !: mesozoo flux feeding rate
45
46   !!----------------------------------------------------------------------
47   !! NEMO/TOP 4.0 , NEMO Consortium (2018)
48   !! $Id$
49   !! Software governed by the CeCILL license (see ./LICENSE)
50   !!----------------------------------------------------------------------
51CONTAINS
52
53   SUBROUTINE p4z_meso( kt, knt )
54      !!---------------------------------------------------------------------
55      !!                     ***  ROUTINE p4z_meso  ***
56      !!
57      !! ** Purpose :   Compute the sources/sinks for mesozooplankton
58      !!
59      !! ** Method  : - ???
60      !!---------------------------------------------------------------------
61      INTEGER, INTENT(in) ::   kt, knt   ! ocean time step and ???
62      !
63      INTEGER  :: ji, jj, jk
64      REAL(wp) :: zcompadi, zcompaph, zcompapoc, zcompaz, zcompam
65      REAL(wp) :: zgraze2 , zdenom, zdenom2
66      REAL(wp) :: zfact   , zfood, zfoodlim, zproport, zbeta
67      REAL(wp) :: zmortzgoc, zfrac, zfracfe, zratio, zratio2, zfracal, zgrazcal
68      REAL(wp) :: zepsherf, zepshert, zepsherv, zgrarsig, zgraztotc, zgraztotn, zgraztotf
69      REAL(wp) :: zgrarem2, zgrafer2, zgrapoc2, zprcaca, zmortz, zgrasrat, zgrasratn
70      REAL(wp) :: zrespz, ztortz, zgrazd, zgrazz, zgrazpof
71      REAL(wp) :: zgrazn, zgrazpoc, zgraznf, zgrazf
72      REAL(wp) :: zgrazfffp, zgrazfffg, zgrazffep, zgrazffeg
73      CHARACTER (len=25) :: charout
74      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) :: zgrazing, zfezoo2
75      REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:) ::   zw3d, zz2ligprod
76      !!---------------------------------------------------------------------
77      !
78      IF( ln_timing )   CALL timing_start('p4z_meso')
79      !
80      zgrazing(:,:,:) = 0._wp
81      zfezoo2 (:,:,:) = 0._wp
82      !
83      IF (ln_ligand) THEN
84         ALLOCATE( zz2ligprod(jpi,jpj,jpk) )
85         zz2ligprod(:,:,:) = 0._wp
86      ENDIF
87      !
88      DO jk = 1, jpkm1
89         DO jj = 1, jpj
90            DO ji = 1, jpi
91               zcompam   = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jpmes) - 1.e-9 ), 0.e0 )
92               zfact     = xstep * tgfunc2(ji,jj,jk) * zcompam
93
94               !  Respiration rates of both zooplankton
95               !  -------------------------------------
96               zrespz    = resrat2 * zfact * ( trb(ji,jj,jk,jpmes) / ( xkmort + trb(ji,jj,jk,jpmes) )  &
97               &           + 3. * nitrfac(ji,jj,jk) )
98
99               !  Zooplankton mortality. A square function has been selected with
100               !  no real reason except that it seems to be more stable and may mimic predation
101               !  ---------------------------------------------------------------
102               ztortz    = mzrat2 * 1.e6 * zfact * trb(ji,jj,jk,jpmes)  * (1. - nitrfac(ji,jj,jk) )
103               !
104               zcompadi  = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jpdia) - xthresh2dia ), 0.e0 )
105               zcompaz   = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jpzoo) - xthresh2zoo ), 0.e0 )
106               zcompapoc = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jppoc) - xthresh2poc ), 0.e0 )
107               ! Size effect of nanophytoplankton on grazing : the smaller it is, the less prone
108               ! it is to predation by mesozooplankton
109               ! -------------------------------------------------------------------------------
110               zcompaph  = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jpphy) - xthresh2phy ), 0.e0 ) &
111                  &      * MIN(1., MAX( 0., ( quotan(ji,jj,jk) - 0.2) / 0.3 ) )
112
113               !   Mesozooplankton grazing
114               !   ------------------------
115               zfood     = xpref2d * zcompadi + xpref2z * zcompaz + xpref2n * zcompaph + xpref2c * zcompapoc 
116               zfoodlim  = MAX( 0., zfood - MIN( 0.5 * zfood, xthresh2 ) )
117               zdenom    = zfoodlim / ( xkgraz2 + zfoodlim )
118               zdenom2   = zdenom / ( zfood + rtrn )
119               zgraze2   = grazrat2 * xstep * tgfunc2(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpmes) * (1. - nitrfac(ji,jj,jk)) 
120
121               zgrazd    = zgraze2  * xpref2d  * zcompadi  * zdenom2 
122               zgrazz    = zgraze2  * xpref2z  * zcompaz   * zdenom2 
123               zgrazn    = zgraze2  * xpref2n  * zcompaph  * zdenom2 
124               zgrazpoc  = zgraze2  * xpref2c  * zcompapoc * zdenom2 
125
126               zgraznf   = zgrazn   * trb(ji,jj,jk,jpnfe) / ( trb(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn)
127               zgrazf    = zgrazd   * trb(ji,jj,jk,jpdfe) / ( trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn)
128               zgrazpof  = zgrazpoc * trb(ji,jj,jk,jpsfe) / ( trb(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn)
129
130               !  Mesozooplankton flux feeding on GOC
131               !  ----------------------------------
132               zgrazffeg = grazflux  * xstep * wsbio4(ji,jj,jk)      &
133               &           * tgfunc2(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpgoc) * trb(ji,jj,jk,jpmes) &
134               &           * (1. - nitrfac(ji,jj,jk))
135               zgrazfffg = zgrazffeg * trb(ji,jj,jk,jpbfe) / (trb(ji,jj,jk,jpgoc) + rtrn)
136               zgrazffep = grazflux  * xstep *  wsbio3(ji,jj,jk)     &
137               &           * tgfunc2(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jppoc) * trb(ji,jj,jk,jpmes) &
138               &           * (1. - nitrfac(ji,jj,jk))
139               zgrazfffp = zgrazffep * trb(ji,jj,jk,jpsfe) / (trb(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn)
140               !
141               zgraztotc = zgrazd + zgrazz + zgrazn + zgrazpoc + zgrazffep + zgrazffeg
142               ! Compute the proportion of filter feeders
143               zproport  = (zgrazffep + zgrazffeg)/(rtrn + zgraztotc)
144               ! Compute fractionation of aggregates. It is assumed that
145               ! diatoms based aggregates are more prone to fractionation
146               ! since they are more porous (marine snow instead of fecal pellets)
147               zratio    = trb(ji,jj,jk,jpgsi) / ( trb(ji,jj,jk,jpgoc) + rtrn )
148               zratio2   = zratio * zratio
149               zfrac     = zproport * grazflux  * xstep * wsbio4(ji,jj,jk)      &
150               &          * trb(ji,jj,jk,jpgoc) * trb(ji,jj,jk,jpmes)          &
151               &          * ( 0.2 + 3.8 * zratio2 / ( 1.**2 + zratio2 ) )
152               zfracfe   = zfrac * trb(ji,jj,jk,jpbfe) / (trb(ji,jj,jk,jpgoc) + rtrn)
153
154               zgrazffep = zproport * zgrazffep
155               zgrazffeg = zproport * zgrazffeg
156               zgrazfffp = zproport * zgrazfffp
157               zgrazfffg = zproport * zgrazfffg
158               zgraztotc = zgrazd + zgrazz + zgrazn + zgrazpoc + zgrazffep + zgrazffeg
159               zgraztotn = zgrazd * quotad(ji,jj,jk) + zgrazz + zgrazn * quotan(ji,jj,jk)   &
160               &   + zgrazpoc + zgrazffep + zgrazffeg
161               zgraztotf = zgrazf + zgraznf + zgrazz * ferat3 + zgrazpof + zgrazfffp + zgrazfffg
162
163               ! Total grazing ( grazing by microzoo is already computed in p4zmicro )
164               zgrazing(ji,jj,jk) = zgraztotc
165
166               !    Mesozooplankton efficiency
167               !    --------------------------
168               zgrasrat  =  ( zgraztotf + rtrn )/ ( zgraztotc + rtrn )
169               zgrasratn =  ( zgraztotn + rtrn )/ ( zgraztotc + rtrn )
170               zepshert  = MIN( 1., zgrasratn, zgrasrat / ferat3)
171               zbeta     = MAX(0., (epsher2 - epsher2min) )
172               zepsherf  = epsher2min + zbeta / ( 1.0 + 0.04E6 * 12. * zfood * zbeta ) 
173               zepsherv  = zepsherf * zepshert 
174
175               zgrarem2  = zgraztotc * ( 1. - zepsherv - unass2 ) &
176               &         + ( 1. - epsher2 - unass2 ) / ( 1. - epsher2 ) * ztortz
177               zgrafer2  = zgraztotc * MAX( 0. , ( 1. - unass2 ) * zgrasrat - ferat3 * zepsherv )    &
178               &         + ferat3 * ( ( 1. - epsher2 - unass2 ) /( 1. - epsher2 ) * ztortz )
179               zgrapoc2  = zgraztotc * unass2
180
181               !   Update the arrays TRA which contain the biological sources and sinks
182               zgrarsig  = zgrarem2 * sigma2
183               tra(ji,jj,jk,jppo4) = tra(ji,jj,jk,jppo4) + zgrarsig
184               tra(ji,jj,jk,jpnh4) = tra(ji,jj,jk,jpnh4) + zgrarsig
185               tra(ji,jj,jk,jpdoc) = tra(ji,jj,jk,jpdoc) + zgrarem2 - zgrarsig
186               !
187               IF( ln_ligand ) THEN
188                  tra(ji,jj,jk,jplgw) = tra(ji,jj,jk,jplgw) + (zgrarem2 - zgrarsig) * ldocz
189                  zz2ligprod(ji,jj,jk) = (zgrarem2 - zgrarsig) * ldocz
190               ENDIF
191               !
192               tra(ji,jj,jk,jpoxy) = tra(ji,jj,jk,jpoxy) - o2ut * zgrarsig
193               tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) + zgrafer2
194               zfezoo2(ji,jj,jk)   = zgrafer2
195               tra(ji,jj,jk,jpdic) = tra(ji,jj,jk,jpdic) + zgrarsig
196               tra(ji,jj,jk,jptal) = tra(ji,jj,jk,jptal) + rno3 * zgrarsig             
197
198               zmortz = ztortz + zrespz
199               zmortzgoc = unass2 / ( 1. - epsher2 ) * ztortz + zrespz
200               tra(ji,jj,jk,jpmes) = tra(ji,jj,jk,jpmes) - zmortz + zepsherv * zgraztotc 
201               tra(ji,jj,jk,jpdia) = tra(ji,jj,jk,jpdia) - zgrazd
202               tra(ji,jj,jk,jpzoo) = tra(ji,jj,jk,jpzoo) - zgrazz
203               tra(ji,jj,jk,jpphy) = tra(ji,jj,jk,jpphy) - zgrazn
204               tra(ji,jj,jk,jpnch) = tra(ji,jj,jk,jpnch) - zgrazn * trb(ji,jj,jk,jpnch) / ( trb(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn )
205               tra(ji,jj,jk,jpdch) = tra(ji,jj,jk,jpdch) - zgrazd * trb(ji,jj,jk,jpdch) / ( trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn )
206               tra(ji,jj,jk,jpdsi) = tra(ji,jj,jk,jpdsi) - zgrazd * trb(ji,jj,jk,jpdsi) / ( trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn )
207               tra(ji,jj,jk,jpgsi) = tra(ji,jj,jk,jpgsi) + zgrazd * trb(ji,jj,jk,jpdsi) / ( trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn )
208               tra(ji,jj,jk,jpnfe) = tra(ji,jj,jk,jpnfe) - zgraznf
209               tra(ji,jj,jk,jpdfe) = tra(ji,jj,jk,jpdfe) - zgrazf
210
211               tra(ji,jj,jk,jppoc) = tra(ji,jj,jk,jppoc) - zgrazpoc - zgrazffep + zfrac
212               prodpoc(ji,jj,jk) = prodpoc(ji,jj,jk) + zfrac
213               conspoc(ji,jj,jk) = conspoc(ji,jj,jk) - zgrazpoc - zgrazffep
214               tra(ji,jj,jk,jpgoc) = tra(ji,jj,jk,jpgoc) + zmortzgoc - zgrazffeg + zgrapoc2 - zfrac
215               prodgoc(ji,jj,jk) = prodgoc(ji,jj,jk) + zmortzgoc + zgrapoc2
216               consgoc(ji,jj,jk) = consgoc(ji,jj,jk) - zgrazffeg - zfrac
217               tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) - zgrazpof - zgrazfffp + zfracfe
218               tra(ji,jj,jk,jpbfe) = tra(ji,jj,jk,jpbfe) + ferat3 * zmortzgoc - zgrazfffg     &
219                 &                + zgraztotf * unass2 - zfracfe
220               zfracal = trb(ji,jj,jk,jpcal) / (trb(ji,jj,jk,jppoc) + trb(ji,jj,jk,jpgoc) + rtrn )
221               zgrazcal = (zgrazffeg + zgrazpoc) * (1. - part2) * zfracal
222               ! calcite production
223               zprcaca = xfracal(ji,jj,jk) * zgrazn
224               prodcal(ji,jj,jk) = prodcal(ji,jj,jk) + zprcaca  ! prodcal=prodcal(nanophy)+prodcal(microzoo)+prodcal(mesozoo)
225               !
226               zprcaca = part2 * zprcaca
227               tra(ji,jj,jk,jpdic) = tra(ji,jj,jk,jpdic) + zgrazcal - zprcaca
228               tra(ji,jj,jk,jptal) = tra(ji,jj,jk,jptal) - 2. * ( zgrazcal + zprcaca )
229               tra(ji,jj,jk,jpcal) = tra(ji,jj,jk,jpcal) - zgrazcal + zprcaca
230            END DO
231         END DO
232      END DO
233      !
234      IF( lk_iomput .AND. knt == nrdttrc ) THEN
235         ALLOCATE( zw3d(jpi,jpj,jpk) )
236         IF( iom_use( "GRAZ2" ) ) THEN
237            zw3d(:,:,:) = zgrazing(:,:,:) * 1.e+3 * rfact2r * tmask(:,:,:)  !   Total grazing of phyto by zooplankton
238            CALL iom_put( "GRAZ2", zw3d )
239         ENDIF
240         IF( iom_use( "PCAL" ) ) THEN
241            zw3d(:,:,:) = prodcal(:,:,:) * 1.e+3 * rfact2r * tmask(:,:,:)   !  Calcite production
242            CALL iom_put( "PCAL", zw3d ) 
243         ENDIF
244         IF( iom_use( "FEZOO2" ) ) THEN
245            zw3d(:,:,:) = zfezoo2(:,:,:) * 1e9 * 1.e+3 * rfact2r * tmask(:,:,:)   !
246            CALL iom_put( "FEZOO2", zw3d )
247         ENDIF
248         IF( iom_use( "LPRODZ2" ) .AND. ln_ligand )  THEN
249            zw3d(:,:,:) = zz2ligprod(:,:,:) * 1e9 * 1.e+3 * rfact2r * tmask(:,:,:)
250            CALL iom_put( "LPRODZ2"  , zw3d )
251         ENDIF
252         DEALLOCATE( zw3d )
253      ENDIF
254      !
255      IF (ln_ligand)  DEALLOCATE( zz2ligprod )
256      !
257      IF(ln_ctl)   THEN  ! print mean trends (used for debugging)
258        WRITE(charout, FMT="('meso')")
259        CALL prt_ctl_trc_info(charout)
260        CALL prt_ctl_trc(tab4d=tra, mask=tmask, clinfo=ctrcnm)
261      ENDIF
262      !
263      IF( ln_timing )   CALL timing_stop('p4z_meso')
264      !
265   END SUBROUTINE p4z_meso
266
267
268   SUBROUTINE p4z_meso_init
269      !!----------------------------------------------------------------------
270      !!                  ***  ROUTINE p4z_meso_init  ***
271      !!
272      !! ** Purpose :   Initialization of mesozooplankton parameters
273      !!
274      !! ** Method  :   Read the nampismes namelist and check the parameters
275      !!      called at the first timestep (nittrc000)
276      !!
277      !! ** input   :   Namelist nampismes
278      !!----------------------------------------------------------------------
279      INTEGER ::   ios   ! Local integer
280      !
281      NAMELIST/namp4zmes/ part2, grazrat2, resrat2, mzrat2, xpref2n, xpref2d, xpref2z,   &
282         &                xpref2c, xthresh2dia, xthresh2phy, xthresh2zoo, xthresh2poc, &
283         &                xthresh2, xkgraz2, epsher2, epsher2min, sigma2, unass2, grazflux
284      !!----------------------------------------------------------------------
285      !
286      IF(lwp) THEN
287         WRITE(numout,*) 
288         WRITE(numout,*) 'p4z_meso_init : Initialization of mesozooplankton parameters'
289         WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~~~'
290      ENDIF
291      !
292      READ  ( numnatp_ref, namp4zmes, IOSTAT = ios, ERR = 901)
293901   IF( ios /= 0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namp4zmes in reference namelist' )
294      READ  ( numnatp_cfg, namp4zmes, IOSTAT = ios, ERR = 902 )
295902   IF( ios >  0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namp4zmes in configuration namelist' )
296      IF(lwm) WRITE( numonp, namp4zmes )
297      !
298      IF(lwp) THEN                         ! control print
299         WRITE(numout,*) '   Namelist : namp4zmes'
300         WRITE(numout,*) '      part of calcite not dissolved in mesozoo guts  part2        =', part2
301         WRITE(numout,*) '      mesozoo preference for phyto                   xpref2n      =', xpref2n
302         WRITE(numout,*) '      mesozoo preference for diatoms                 xpref2d      =', xpref2d
303         WRITE(numout,*) '      mesozoo preference for zoo                     xpref2z      =', xpref2z
304         WRITE(numout,*) '      mesozoo preference for poc                     xpref2c      =', xpref2c
305         WRITE(numout,*) '      microzoo feeding threshold  for mesozoo        xthresh2zoo  =', xthresh2zoo
306         WRITE(numout,*) '      diatoms feeding threshold  for mesozoo         xthresh2dia  =', xthresh2dia
307         WRITE(numout,*) '      nanophyto feeding threshold for mesozoo        xthresh2phy  =', xthresh2phy
308         WRITE(numout,*) '      poc feeding threshold for mesozoo              xthresh2poc  =', xthresh2poc
309         WRITE(numout,*) '      feeding threshold for mesozooplankton          xthresh2     =', xthresh2
310         WRITE(numout,*) '      exsudation rate of mesozooplankton             resrat2      =', resrat2
311         WRITE(numout,*) '      mesozooplankton mortality rate                 mzrat2       =', mzrat2
312         WRITE(numout,*) '      maximal mesozoo grazing rate                   grazrat2     =', grazrat2
313         WRITE(numout,*) '      mesozoo flux feeding rate                      grazflux     =', grazflux
314         WRITE(numout,*) '      non assimilated fraction of P by mesozoo       unass2       =', unass2
315         WRITE(numout,*) '      Efficiency of Mesozoo growth                   epsher2      =', epsher2
316         WRITE(numout,*) '      Minimum Efficiency of Mesozoo growth           epsher2min  =', epsher2min
317         WRITE(numout,*) '      Fraction of mesozoo excretion as DOM           sigma2       =', sigma2
318         WRITE(numout,*) '      half sturation constant for grazing 2          xkgraz2      =', xkgraz2
319      ENDIF
320      !
321   END SUBROUTINE p4z_meso_init
322
323   !!======================================================================
324END MODULE p4zmeso
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.