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revised namelists

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1!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
2!! PISCES  (key_pisces) reference namelist (see below for key_pisces_reduced)
3!!              1  - air-sea exchange                         (nampisext)
4!!              2  - biological parameters                    (nampisbio)
5!!              3  - parameters for nutrient limitations      (nampislim)   
6!!              4  - parameters for phytoplankton             (nampisprod,nampismort)
7!!              5  - parameters for zooplankton               (nampismes,nampiszoo)
8!!              6  - parameters for remineralization          (nampisrem)
9!!              7  - parameters for calcite chemistry         (nampiscal)
10!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed)
11!!              9  - parameters for Kriest parameterization   (nampiskrp, nampiskrs)
12!!              10 - additional 2D/3D  diagnostics            (nampisdia)
13!!              11 - Damping                                  (nampisdmp)
14!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
15!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
16&nampisext     !   air-sea exchange
17!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
18   ln_co2int  =  .false. ! read atm pco2 from a file (T) or constant (F)
19   atcco2     =  280.    ! Constant value atmospheric pCO2 - ln_co2int = F
20   clname     =  'atcco2.txt'  ! Name of atm pCO2 file - ln_co2int = T
21   nn_offset  =  0       ! Offset model-data start year - ln_co2int = T
22!                        ! If your model year is iyy, nn_offset=(years(1)-iyy)
23!                        ! then the first atmospheric CO2 record read is at years(1)
24/
25!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
26&nampisatm     !  Atmospheric prrssure
27!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
28!              !  file name   ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask !
29!              !              !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      !
30   sn_patm     = 'presatm'    ,     -1            , 'patm'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , ''
31   cn_dir      = './'     !  root directory for the location of the dynamical files
32!
33   ln_presatm  = .false.   ! constant atmopsheric pressure (F) or from a file (T)
34/
35!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
36&nampisbio     !   biological parameters
37!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
38   nrdttrc    =  1        ! time step frequency for biology
39   wsbio      =  2.       ! POC sinking speed
40   xkmort     =  2.E-7    ! half saturation constant for mortality
41   ferat3     =  10.E-6   ! Fe/C in zooplankton
42   wsbio2     =  30.      ! Big particles sinking speed
43   niter1max  =  1        ! Maximum number of iterations for POC
44   niter2max  =  1        ! Maximum number of iterations for GOC
45/
46!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
47&nampislim     !   parameters for nutrient limitations
48!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
49   concnno3   =  1.e-6    ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton
50   concdno3   =  3.E-6    ! Nitrate half saturation for diatoms
51   concnnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto
52   concdnh4   =  3.E-7    ! NH4 half saturation for diatoms
53   concnfer   =  1.E-9    ! Iron half saturation for phyto
54   concdfer   =  3.E-9    ! Iron half saturation for diatoms
55   concbfe    =  1.E-11   ! Iron half-saturation for DOC remin.
56   concbnh4   =  2.E-8    ! NH4 half saturation for DOC remin.
57   concbno3   =  2.E-7    ! Nitrate half saturation for DOC remin.
58   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms
59   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto
60   xsizern    =  3.0      ! Size ratio for nanophytoplankton
61   xsizerd    =  3.0      ! Size ratio for diatoms
62   xksi1      =  2.E-6    ! half saturation constant for Si uptake
63   xksi2      =  20E-6    ! half saturation constant for Si/C
64   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization
65   qnfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of phyto
66   qdfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms
67   caco3r     =  0.3      ! mean rain ratio
68/
69!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
70&nampisopt     !   parameters for optics
71!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
72!              !  file name       ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask !
73!              !                  !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      !
74   sn_par      = 'par.orca'       ,     24            , 'fr_par'  ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , ''
75   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files
76   ln_varpar   =  .true.   ! boolean for PAR variable
77   parlux      =  0.43      ! Fraction of shortwave as PAR
78/ 
79!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
80&nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth
81!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
82   pislope    =  2.       ! P-I slope
83   pislope2   =  2.       ! P-I slope  for diatoms
84   xadap      =  0.       ! Adaptation factor to low light
85   excret     =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton
86   excret2    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms
87   ln_newprod =  .true.   ! Enable new parame. of production (T/F)
88   bresp      =  0.033    ! Basal respiration rate
89   chlcnm     =  0.033    ! Maximum Chl/C in nanophytoplankton
90   chlcdm     =  0.05     ! Maximum Chl/C in diatoms
91   chlcmin    =  0.004    ! Minimum Chl/c in phytoplankton
92   fecnm      =  40E-6    ! Maximum Fe/C in nanophytoplankton
93   fecdm      =  40E-6    ! Maximum Fe/C in diatoms
94   grosip     =  0.159    ! mean Si/C ratio
95/
96!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
97&nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks
98!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
99   wchl       =  0.01    ! quadratic mortality of phytoplankton
100   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms
101   wchldm     =  0.03     ! maximum quadratic mortality of diatoms
102   mprat      =  0.01     ! phytoplankton mortality rate
103   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate
104/
105!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
106&nampismes     !   parameters for mesozooplankton
107!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
108   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts
109   grazrat2   =  0.75     ! maximal mesozoo grazing rate
110   resrat2    =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton
111   mzrat2     =  0.03     ! mesozooplankton mortality rate
112   xprefc     =  1.       ! mesozoo preference for diatoms
113   xprefp     =  0.3      ! mesozoo preference for nanophyto.
114   xprefz     =  1.       ! mesozoo preference for microzoo.
115   xprefpoc   =  0.3      ! mesozoo preference for poc
116   xthresh2zoo = 1E-8     ! zoo feeding threshold for mesozooplankton
117   xthresh2dia = 1E-8     ! diatoms feeding threshold for mesozooplankton
118   xthresh2phy = 1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton
119   xthresh2poc = 1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton
120   xthresh2   =  3E-7     ! Food threshold for grazing
121   xkgraz2    =  20.E-6   ! half saturation constant for meso grazing
122   epsher2    =  0.35     ! Efficicency of Mesozoo growth
123   sigma2     =  0.6      ! Fraction of mesozoo excretion as DOM
124   unass2     =  0.3      ! non assimilated fraction of P by mesozoo
125   grazflux   =  2.e3     ! flux-feeding rate
126/
127!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
128&nampiszoo     !   parameters for microzooplankton
129!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
130   part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo gutsa
131   grazrat    =  3.0      ! maximal zoo grazing rate
132   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton
133   mzrat      =  0.004    ! zooplankton mortality rate
134   xpref2c    =  0.1      ! Microzoo preference for POM
135   xpref2p    =  1.       ! Microzoo preference for Nanophyto
136   xpref2d    =  0.5      ! Microzoo preference for Diatoms
137   xthreshdia =  1.E-8    ! Diatoms feeding threshold for microzooplankton
138   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton
139   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton
140   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding
141   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing
142   epsher     =  0.3      ! Efficiency of microzoo growth
143   sigma1     =  0.6      ! Fraction of microzoo excretion as DOM
144   unass      =  0.3      ! non assimilated fraction of phyto by zoo
145/
146!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
147&nampisfer     !   parameters for iron chemistry
148!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
149   ln_fechem =  .false.   ! complex iron chemistry ( T/F )
150   ln_ligvar =  .false.   ! variable ligand concentration
151   xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron
152   xlamdust  =  150.0     ! Scavenging rate of dust
153   ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration
154/ 
155!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
156&nampisrem     !   parameters for remineralization
157!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
158   xremik    =  0.3       ! remineralization rate of DOC
159   xremip    =  0.025     ! remineralisation rate of POC
160   nitrif    =  0.05      ! NH4 nitrification rate
161   xsirem    =  0.003     ! remineralization rate of Si
162   xsiremlab =  0.03      ! fast remineralization rate of Si
163   xsilab    =  0.5       ! Fraction of labile biogenic silica
164   oxymin    =  1.E-6     ! Half-saturation constant for anoxia
165/
166!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
167&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry
168!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
169   kdca       =  6.       ! calcite dissolution rate constant (1/time)
170   nca        =  1.       ! order of dissolution reaction (dimensionless)
171/
172!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
173&nampissbc     !   parameters for inputs deposition
174!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
175!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable      ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask !
176!              !                   !  (if <0  months)  !   name        !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      !
177   sn_dust     = 'dust.orca'       ,     -1            , 'dust'        ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
178   sn_solub    = 'solubility.orca' ,    -12            , 'solubility1' ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
179   sn_riverdic = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdic'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
180   sn_riverdoc = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdoc'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
181   sn_riverdin = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdin'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
182   sn_riverdon = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdon'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
183   sn_riverdip = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdip'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
184   sn_riverdop = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdop'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
185   sn_riverdsi = 'river.orca'      ,    120            , 'riverdsi'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
186   sn_ndepo    = 'ndeposition.orca',    -12            , 'ndep'        ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
187   sn_ironsed  = 'bathy.orca'      ,    -12            , 'bathy'       ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
188   sn_hydrofe  = 'hydrofe.orca'    ,    -12            , 'epsdb'       ,  .false.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , ''
189!
190   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files
191   ln_dust     =  .true.   ! boolean for dust input from the atmosphere
192   ln_solub    =  .true.   ! boolean for variable solubility of atm. Iron
193   ln_river    =  .true.   ! boolean for river input of nutrients
194   ln_ndepo    =  .true.   ! boolean for atmospheric deposition of N
195   ln_ironsed  =  .true.   ! boolean for Fe input from sediments
196   ln_ironice  =  .true.   ! boolean for Fe input from sea ice
197   ln_hydrofe  =  .false.  ! boolean for from hydrothermal vents
198   sedfeinput  =  2.e-9    ! Coastal release of Iron
199   dustsolub   =  0.02     ! Solubility of the dusta
200   mfrac       =  0.035    ! Fe mineral fraction of dust
201   wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed
202   icefeinput  =  15.e-9   ! Iron concentration in sea ice
203   nitrfix     =  1.e-7    ! Nitrogen fixation rate
204   diazolight  =  50.      ! Diazotrophs sensitivity to light (W/m2)
205   concfediaz  =  1.e-10   ! Diazotrophs half-saturation Cste for Iron
206   hratio      =  1.e+7    ! Fe to 3He ratio assumed for vent iron supply
207/
208!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
209&nampiskrp     !   Kriest parameterization : parameters     "key_kriest"
210!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
211   xkr_eta      = 1.17    ! Sinking  exponent
212   xkr_zeta     = 2.28    ! N content exponent
213   xkr_ncontent = 5.7E-6  ! N content factor
214   xkr_mass_min = 0.0002  ! Minimum mass for Aggregates
215   xkr_mass_max = 1.      ! Maximum mass for Aggregates
216/
217!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
218&nampiskrs     !   Kriest parameterization : size classes  "key_kriest"
219!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
220   xkr_sfact    = 942.    ! Sinking factor
221   xkr_stick    = 0.5     ! Stickiness
222   xkr_nnano    = 2.337   ! Nbr of cell in nano size class
223   xkr_ndiat    = 3.718   ! Nbr of cell in diatoms size class
224   xkr_nmeso    = 7.147   ! Nbr of cell in mesozoo size class
225   xkr_naggr    = 9.877   ! Nbr of cell in aggregates  size class
226/
227!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
228&nampisdia     !   additional 2D/3D tracers diagnostics
229!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
230!              !    name   !           title of the field          !     units      !
231!              !           !                                       !                ! 
232   pisdia2d(1)  = 'Cflx     ' , 'DIC flux                          ',  'molC/m2/s    '
233   pisdia2d(2)  = 'Oflx     ' , 'Oxygen flux                       ',  'molC/m2/s    '
234   pisdia2d(3)  = 'Kg       ' , 'Gas transfer                      ',  'mol/m2/s/uatm'
235   pisdia2d(4)  = 'Delc     ' , 'Delta CO2                         ',  'uatm         '
236   pisdia2d(5)  = 'PMO      ' , 'POC export                        ',  'molC/m2/s    '
237   pisdia2d(6)  = 'PMO2     ' , 'GOC export                        ',  'molC/m2/s    '
238   pisdia2d(7)  = 'ExpFe1   ' , 'Nano iron export                  ',  'molFe/m2/s   '
239   pisdia2d(8)  = 'ExpFe2   ' , 'Diatoms iron export               ',  'molFe/m2/s   '
240   pisdia2d(9)  = 'ExpSi    ' , 'Silicate export                   ',  'molSi/m2/s   '
241   pisdia2d(10) = 'ExpCaCO3 ' , 'Calcite export                    ',  'molC/m2/s    '
242   pisdia2d(11) = 'heup     ' , 'euphotic layer depth              ',  'm            '
243   pisdia2d(12) = 'Fedep    ' , 'Iron dep                          ',  'molFe/m2/s   '
244   pisdia2d(13) = 'Nfix     ' , 'Nitrogen Fixation                 ',  'molN/m2/s    '
245   pisdia3d(1)  = 'PH       ' , 'PH                                ',  '-            '
246   pisdia3d(2)  = 'CO3      ' , 'Bicarbonates                      ',  'mol/l        '
247   pisdia3d(3)  = 'CO3sat   ' , 'CO3 saturation                    ',  'mol/l        '
248   pisdia3d(4)  = 'PAR      ' , 'light penetration                 ',  'W/m2         '
249   pisdia3d(5)  = 'PPPHY    ' , 'Primary production of nanophyto   ',  'molC/m3/s    '
250   pisdia3d(6)  = 'PPPHY2   ' , 'Primary production of diatoms     ',  'molC/m3/s    '
251   pisdia3d(7)  = 'PPNEWN   ' , 'New Primary production of nano    ',  'molC/m3/s    '
252   pisdia3d(8)  = 'PPNEWD   ' , 'New Primary production of diat    ',  'molC/m3/s    '
253   pisdia3d(9)  = 'PBSi     ' , 'Primary production of Si diatoms  ',  'molSi/m3/s   '
254   pisdia3d(10) = 'PFeN     ' , 'Primary production of nano iron   ',  'molFe/m3/s   '
255   pisdia3d(11) = 'PFeD     ' , 'Primary production of diatoms iron',  'molFe/m3/s   '
256/
257!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
258&nampisdmp     !  Damping
259!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
260   ln_pisdmp    =  .true.     !  Relaxation fo some tracers to a mean value
261   nn_pisdmp    =  5475       !  Frequency of Relaxation
262/
263!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
264&nampismass     !  Mass conservation
265!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
266   ln_check_mass =  .false.    !  Check mass conservation
267/
268!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
269!! PISCES reduced (key_pisces_reduced, ex LOBSTER) : namelists
270!!              1  - biological parameters for phytoplankton    (namlobphy)
271!!              2  - biological parameters for nutrients        (namlobnut)
272!!              3  - biological parameters for zooplankton      (namlobzoo)   
273!!              4  - biological parameters for detritus         (namlobdet)
274!!              5  - biological parameters for DOM              (namlobdom)
275!!              6  - parameters from aphotic layers to sediment (namlobsed)
276!!              7  - general coefficients                       (namlobrat)
277!!              8  - optical parameters                         (namlobopt)
278
279!!              10 - biological diagnostics trends              (namlobdbi)
280!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
281!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
282&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton
283!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
284   tmumax  =  1.21e-5   ! maximal phytoplankton growth rate            [s-1]
285   rgamma  =  0.05      ! phytoplankton exudation fraction             [%]
286   fphylab =  0.75      ! NH4 fraction of phytoplankton exsudation     
287   tmminp  =  5.8e-7    ! minimal phytoplancton mortality rate         [0.05/86400 s-1=20 days]
288   aki     =  33.       ! light photosynthesis half saturation constant[W/m2]
289/
290!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
291&namlobnut     !   biological parameters for nutrients
292!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
293   akno3   =  0.7       ! nitrate limitation half-saturation value     [mmol/m3]
294   aknh4   =  0.001     ! ammonium limitation half-saturation value    [mmol/m3]
295   taunn   =  5.80e-7   ! nitrification rate                           [s-1] 
296   psinut  =  3.        ! inhibition of nitrate uptake by ammonium
297/
298!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
299&namlobzoo     !   biological parameters for zooplankton
300!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
301   rppz    = 0.8        ! zooplankton nominal preference for phytoplancton food  [%]
302   taus    = 9.26E-6    ! specific zooplankton maximal grazing rate              [s-1]
303!                       ! 0.75/86400 s-1=8.680555E-6    1/86400 = 1.15e-5
304   aks     = 1.         ! half-saturation constant for total zooplankton grazing [mmolN.m-3]
305   rpnaz   = 0.3        ! non-assimilated phytoplankton by zooplancton           [%]
306   rdnaz   = 0.3        ! non-assimilated detritus by zooplankton                [%]
307   tauzn   = 8.1e-7     ! zooplancton specific excretion rate                    [0.1/86400 s-1=10 days]
308   fzoolab = 0.5        ! NH4 fraction of zooplankton excretion
309   fdbod   = 0.5        ! zooplankton mortality fraction that goes to detritus
310   tmminz  = 2.31e-6    ! minimal zooplankton mortality rate                     [(mmolN/m3)-1 d-1]
311/
312!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
313&namlobdet     !   biological parameters for detritus
314!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
315   taudn   = 5.80e-7    ! detritus breakdown rate                        [0.1/86400 s-1=10 days]
316   fdetlab = 0.         ! NH4 fraction of detritus dissolution           
317/
318!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
319&namlobdom     !   biological parameters for DOM
320!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
321   taudomn = 6.43e-8    ! DOM breakdown rate                             [s-1]
322!                       ! slow remineralization rate of semi-labile dom to nh4 (1 month)
323/
324!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
325&namlobsed     !   parameters from aphotic layers to sediment
326!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
327   sedlam     = 3.86e-7    ! time coefficient of POC remineralization in sediments [s-1]
328   sedlostpoc = 0.         ! mass of POC lost in sediments
329   vsed       = 3.47e-5    ! detritus sedimentation speed                   [m/s]
330   xhr        = -0.858     ! coeff for martin''s remineralisation profile
331/
332!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
333&namlobrat     !   general coefficients
334!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
335   rcchl   = 60.       ! Carbone/Chlorophyl ratio                     [mgC.mgChla-1]
336   redf    = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for phyto
337   reddom  = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for DOM
338/
339!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
340&namlobopt     !   optical parameters
341!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
342   xkg0   = 0.0232     ! green absorption coefficient of water
343   xkr0   = 0.225      ! red absorption coefficent of water
344   xkgp   = 0.074      ! green absorption coefficient of chl
345   xkrp   = 0.037      ! red absorption coefficient of chl
346   xlg    = 0.674      ! green chl exposant for absorption
347   xlr    = 0.629      ! red chl exposant for absorption
348   rpig   = 0.7        ! chla/chla+pheo ratio
349/
350!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
351&nampisdbi     !   biological diagnostics trends     
352!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
353!                !  2D bio diagnostics   units : mmole/m2/s   ("key_trdmld_trc")
354!                !  name    !       title of the field      !     units      !
355   pisdiabio(1)  = 'NO3PHY' , 'Flux from NO3 to PHY          ',  'mmole/m3/s'
356   pisdiabio(2)  = 'NH4PHY' , 'Flux from NH4 to PHY          ',  'mmole/m3/s'
357   pisdiabio(3)  = 'PHYNH4' , 'Flux from PHY to NH4          ',  'mmole/m3/s'
358   pisdiabio(4)  = 'PHYDOM' , 'Flux from PHY to DOM          ',  'mmole/m3/s'
359   pisdiabio(5)  = 'PHYZOO' , 'Flux from PHY to ZOO          ',  'mmole/m3/s'
360   pisdiabio(6)  = 'PHYDET' , 'Flux from PHY to DET          ',  'mmole/m3/s'
361   pisdiabio(7)  = 'DETZOO' , 'Flux from DET to ZOO          ',  'mmole/m3/s'
362   pisdiabio(8)  = 'DETSED' , 'Flux from DET to SED          ',  'mmole/m3/s'
363   pisdiabio(9)  = 'ZOODET' , 'Flux from ZOO to DET          ',  'mmole/m3/s'
364   pisdiabio(10)  = 'ZOOBOD' , 'Zooplankton closure          ',  'mmole/m3/s'
365   pisdiabio(11)  = 'ZOONH4' , 'Flux from ZOO to NH4         ',  'mmole/m3/s'
366   pisdiabio(12)  = 'ZOODOM' , 'Flux from ZOO to DOM         ',  'mmole/m3/s'
367   pisdiabio(13)  = 'NH4NO3' , 'Flux from NH4 to NO3         ',  'mmole/m3/s'
368   pisdiabio(14)  = 'DOMNH4' , 'Flux from DOM to NH4         ',  'mmole/m3/s'
369   pisdiabio(15)  = 'DETNH4' , 'Flux from DET to NH4         ',  'mmole/m3/s'
370   pisdiabio(16)  = 'DETDOM' , 'Flux from DET to DOM         ',  'mmole/m3/s'
371   pisdiabio(17)  = 'SEDNO3' , 'NO3 remineralization from SED',  'mmole/m3/s'
372/
373!'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
374&nampisice      !  Prescribed sea ice tracers
375!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
376! constant ocean tracer concentrations are defined in trcice_pisces.F90 (Global, Arctic, Antarctic and Baltic)
377! trc_ice_ratio     * betw 0 and 1: prescribed ice/ocean tracer concentration ratio
378!                   * -1 => the ice-ocean tracer concentration ratio follows the
379!                           ice-ocean salinity ratio
380!                   * -2 => tracer concentration in sea ice is prescribed and
381!                           trc_ice_prescr is used
382! trc_ice_prescr    * prescribed tracer concentration. used only if
383!                     trc_ice_ratio = -2. equals -99 if not used.
384! cn_trc_o          * 'GL' use global ocean values making the Baltic distinction only
385!                     'AA' use specific Arctic/Antarctic/Baltic values
386!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
387!    sn_tri_ ! trc_ice_ratio ! trc_ice_prescr !     cn_trc_o
388   sn_tri_dic =           -1.,           -99.,          'AA'
389   sn_tri_doc =            0.,           -99.,          'AA'
390   sn_tri_tal =           -1.,           -99.,          'AA'
391   sn_tri_oxy =           -1.,           -99.,          'AA'
392   sn_tri_cal =            0.,           -99.,          'AA'
393   sn_tri_po4 =           -1.,           -99.,          'AA'
394   sn_tri_poc =            0.,           -99.,          'AA'
395   sn_tri_goc =            0.,           -99.,          'AA'
396   sn_tri_bfe =            0.,           -99.,          'AA'
397   sn_tri_num =            0.,           -99.,          'AA'
398   sn_tri_sil =           -1.,           -99.,          'AA'
399   sn_tri_dsi =            0.,           -99.,          'AA'
400   sn_tri_gsi =            0.,           -99.,          'AA'
401   sn_tri_phy =            0.,           -99.,          'AA'
402   sn_tri_dia =            0.,           -99.,          'AA'
403   sn_tri_zoo =            0.,           -99.,          'AA'
404   sn_tri_mes =            0.,           -99.,          'AA'
405   sn_tri_fer =           -2.,          15E-9,          'AA'
406   sn_tri_sfe =            0.,           -99.,          'AA'
407   sn_tri_dfe =            0.,           -99.,          'AA'
408   sn_tri_nfe =            0.,           -99.,          'AA'
409   sn_tri_nch =            0.,           -99.,          'AA'
410   sn_tri_dch =            0.,           -99.,          'AA'
411   sn_tri_no3 =           -1.,           -99.,          'AA'
412   sn_tri_nh4 =            1.,           -99.,          'AA'
413/
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.