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CMIP5_IPSL:Update PISCES part of iodef.xml files

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1<?xml version="1.0"?>
2<simulation> 
3 
4  <context id="nemo">
5
6    <!-- $id$ -->
7 
8    <!--
9============================================================================================================
10=                                  definition of all existing variables                                    =
11=                                            DO NOT CHANGE                                                 =
12============================================================================================================
13    -->
14
15  <field_definition level="1" prec="4" operation="ave(X)" enabled=".TRUE."> <!-- time step automaticaly defined -->
16 
17      <!-- ptrc on T grid -->
18         
19     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T"> 
20       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mol-C/L" />
21       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="eq/L"    />
22       <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="mol-C/L" />
23       <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="mol-C/L" />
24       <field id="PO4"      description="Phosphate Concentration"                  unit="mol-C/L" />
25       <field id="POC"      description="Small organic carbon Concentration"       unit="mol-C/L" />
26       <field id="Si"       description="Silicate Concentration"                   unit="mol-C/L" />
27       <field id="PHY"      description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="mol-C/L" />
28       <field id="ZOO"      description="Microzooplankton Concentration"           unit="mol-C/L" />
29       <field id="DOC"      description="Dissolved organic Concentration"          unit="mol-C/L" />
30       <field id="PHY2"     description="Diatoms Concentration"                    unit="mol-C/L" />
31       <field id="ZOO2"     description="Mesozooplankton Concentration"            unit="mol-C/L" />
32       <field id="BSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="mol-C/L" />
33       <field id="Fer"      description="Dissolved Iron Concentration"             unit="mol-C/L" />
34       <field id="BFe"      description="Big iron particles Concentration"         unit="mol-C/L" />
35       <field id="GOC"      description="Big organic carbon Concentration"         unit="mol-C/L" />
36       <field id="SFe"      description="Small iron particles Concentration"       unit="mol-C/L" />
37       <field id="DFe"      description="Diatoms iron  Concentration"              unit="mol-C/L" />
38       <field id="DSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mol-C/L" />
39       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="mol-C/L" />
40       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mol-C/L" />
41       <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mol-C/L" />
42       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mol-C/L" />
43       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mol-C/L" />
44     </group>
45
46      <!-- diad on T grid : : variables available with key_trc_diaadd && key_trc_dia3d -->
47
48     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T">
49       <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"           axis_ref="deptht" />
50       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/L"       axis_ref="deptht" />
51       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/L"       axis_ref="deptht" />
52       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"        axis_ref="deptht" />
53       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" />
54       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" />
55       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" />
56       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" />
57       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="molSi/m3/s"  axis_ref="deptht" />
58       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="molFe/m3/s"  axis_ref="deptht" />
59       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="molFe/m3/s"  axis_ref="deptht" />
60       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" />
61       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" />
62       <field id="GRAZ"        description="Grazing by zooplankton"                   unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" />
63       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="molN/m2/s"      />
64       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="molC/m2/s"      />
65       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="molFe/m2/s"     />
66       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="molSi/m2/s"     />
67       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="molC/m2/s"      />
68       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="molC/m2/s"      />
69       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="molC/m2/s"      />
70       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="molC/m2/s/uatm" />
71       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"            />
72       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"            />
73       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"               />
74       <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="molFe/m2/s"     />
75     </group>
76
77      <!-- dbio_T on T grid : variables available with key_diaar5 -->
78     <group id="dbio_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T">
79       <field id="PHYT"        description="Total phytoplankton Concentration"                   unit="molC/L"     axis_ref="deptht" />
80       <field id="ZOOT"        description="Total zooplankton Concentration"                     unit="molC/L"     axis_ref="deptht" />
81       <field id="CHLT"        description="Total chlorophyll Concentration"                     unit="gChl/L"     axis_ref="deptht" />
82       <field id="POCT"        description="Total carbon particles Concentration"                unit="molC/L"     axis_ref="deptht" />
83       <field id="PFET"        description="Total biogenic Iron Concentration"                   unit="molFe/L"     axis_ref="deptht" />
84       <field id="TPP"         description="Total Primary production of phyto"                   unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" />
85       <field id="TPNEW"       description="New Primary production of phyto"                     unit="molC/m3/s"  axis_ref="deptht" />
86       <field id="TPBFE"       description="Total biogenic iron production"                      unit="molFe/m3/s" axis_ref="deptht" />
87       <field id="EXPC"        description="Export of carbon"                                    unit="molC/m2/s"  axis_ref="deptht" />
88       <field id="EXPFE"       description="Export of biogenic iron"                             unit="molFe/m2/s" axis_ref="deptht" />
89       <field id="EXPSI"       description="Export of Silicate"                                  unit="molSi/m2/s" axis_ref="deptht" />
90       <field id="EXPCAL"      description="Export of Calcite"                                   unit="molC/m2/s"  axis_ref="deptht" />
91       <field id="PHSFC"       description="PH at surface"                                       unit="-"       />
92       <field id="INTDIC"      description="DIC content"                                         unit="kg/m2"   />
93       <field id="O2MIN"       description="Oxygen minimum concentration"                        unit="molC/L" />
94       <field id="ZO2MIN"      description="Depth of oxygen minimum concentration"               unit="m"       />
95       <field id="INTNFIX"     description="Nitrogen fixation rate : vert. integrated"           unit="molN/m2/s"  />
96       <field id="INTPPPHY"    description="Vertically integrated primary production by nanophy" unit="molC/m2/s"  />
97       <field id="INTPPPHY2"   description="Vertically integrated primary production by diatom"  unit="molC/m2/s"  />
98       <field id="INTPP"       description="Vertically integrated primary production by phyto"   unit="molC/m2/s"  />
99       <field id="INTPNEW"     description="Vertically integrated new primary production"        unit="molC/m2/s"  />
100       <field id="INTPBFE"     description="Vertically integrated of biogenic iron production"   unit="molFe/m2/s" />
101       <field id="INTPBSI"     description="Vertically integrated of biogenic Si production"     unit="molSi/m2/s" />
102       <field id="INTPCAL"     description="Vertically integrated of calcite production"         unit="molSi/m2/s" />
103     </group>
104
105      <!-- scalar -->
106      <group id="scalar" axis_ref="none" grid_ref="scalarpoint" zoom_ref="1point" >
107      </group>
108
109  </field_definition>
110
111    <!--
112============================================================================================================
113=                                           output files definition                                        =
114=                                            Define your own files                                         =
115=                                         put the variables you want...                                    =
116============================================================================================================
117    -->
118
119  <file_definition output_level="10" enabled=".TRUE.">
120   
121      <group id="1d" output_freq="86400"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 1d files -->
122      </group>
123
124      <group id="5d" output_freq="432000" output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 5d files -->
125
126        <file id="5d_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" >
127          <field ref="Cflx"     />
128          <field ref="Oflx"     />
129          <field ref="Dpco2"    />
130          <field ref="Dpo2"     />
131          <field ref="Heup"     />
132        </file>
133     
134      </group>
135 
136      <group id="1m" output_freq="-1"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real monthly files -->
137
138        <file id="1m_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" >
139          <field ref="DIC"      />
140          <field ref="Alkalini" />
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143          <field ref="DCHL"     />
144          <field ref="Fer"      />
145          <field ref="NO3"      />
146       </file>
147
148      </group>
149
150      <group id="2m" output_freq="-2"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 2m files -->
151      </group>
152
153      <group id="3m" output_freq="-3"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 3m files -->
154      </group>
155
156      <group id="4m" output_freq="-4"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 4m files -->
157      </group>
158
159      <group id="6m" output_freq="-6"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 6m files -->
160      </group>
161
162      <group id="1y" output_freq="-12"    output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real yearly files -->
163       
164        <file id="1y_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" >
165          <field ref="DIC"      />
166          <field ref="Alkalini" />
167          <field ref="O2"       />
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169          <field ref="PO4"      />
170          <field ref="POC"      />
171          <field ref="Si"       />
172          <field ref="PHY"      />
173          <field ref="ZOO"      />
174          <field ref="DOC"      />
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176          <field ref="ZOO2"     />
177          <field ref="BSi"      />
178          <field ref="Fer"      />
179          <field ref="BFe"      />
180          <field ref="GOC"      />
181          <field ref="SFe"      />
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183          <field ref="DSi"      />
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185          <field ref="NCHL"     />
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187          <field ref="NO3"      />
188          <field ref="NH4"      />
189       </file>
190
191       <file id="1y_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" >
192          <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"           axis_ref="deptht" />
193          <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/L"       axis_ref="deptht" />
194          <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/L"       axis_ref="deptht" />
195          <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"        axis_ref="deptht" />
196          <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" />
197          <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" />
198          <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" />
199          <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" />
200          <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="molSi/m3/s"  axis_ref="deptht" />
201          <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="molFe/m3/s"  axis_ref="deptht" />
202          <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="molFe/m3/s"  axis_ref="deptht" />
203          <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" />
204          <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" />
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206          <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="molN/m2/s"      />
207          <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="molC/m2/s"      />
208          <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="molFe/m2/s"     />
209          <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="molSi/m2/s"     />
210          <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="molC/m2/s"      />
211          <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="molC/m2/s"      />
212          <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="molC/m2/s"      />
213          <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="molC/m2/s/uatm" />
214          <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"            />
215          <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"            />
216          <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"               />
217          <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="molFe/m2/s"     />
218       </file>
219
220      </group>
221
222      <group id="2y"  output_freq="-24"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 2y files -->
223      </group>
224
225      <group id="5y"  output_freq="-60"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 5y files -->
226      </group>
227
228      <group id="10y" output_freq="-120"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 10y files -->
229      </group>
230   
231  </file_definition>
232
233    <!--
234============================================================================================================
235=                                           grid definition                                                =
236=                                            DO NOT CHANGE                                                 =
237============================================================================================================
238    -->
239
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260</simulation>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.