source: branches/NERC/dev_r5518_GO6_GeoAlk_MEDUSA/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_fin.F90 @ 11726

Last change on this file since 11726 was 11726, checked in by jpalmier, 12 months ago

add Changes to enable Alkalinity geo-ingeneering tests within MEDUSA

File size: 37.5 KB
Line 
1MODULE bio_medusa_fin_mod
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE bio_medusa_fin_mod  ***
4   !! Finalisation for TRC_BIO_MEDUSA
5   !!======================================================================
6   !! History :
7   !!   -   ! 2017-04 (M. Stringer)        Code taken from trcbio_medusa.F90
8   !!   -   ! 2017-08 (A. Yool)            Amend bethic reservoir updating
9   !!----------------------------------------------------------------------
10#if defined key_medusa
11   !!----------------------------------------------------------------------
12   !!                                                   MEDUSA bio-model
13   !!----------------------------------------------------------------------
14
15   IMPLICIT NONE
16   PRIVATE
17     
18   PUBLIC   bio_medusa_fin     ! Called in trcbio_medusa.F90
19
20   !!----------------------------------------------------------------------
21   !! NEMO/TOP 2.0 , LOCEAN-IPSL (2007)
22   !! $Id$
23   !! Software governed by the CeCILL licence (modipsl/doc/NEMO_CeCILL.txt)
24   !!----------------------------------------------------------------------
25
26CONTAINS
27
28   SUBROUTINE bio_medusa_fin( kt )
29      !!---------------------------------------------------------------------
30      !!                     ***  ROUTINE bio_medusa_fin  ***
31      !! This called from TRC_BIO_MEDUSA and
32      !!  - ...
33      !!----------------------------------------------------------------------
34      USE bio_medusa_mod
35      USE dom_oce,           ONLY: atfp, atfp1, neuler, rdt, tmask
36      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout
37      USE iom,               ONLY: iom_put
38      USE lbclnk,            ONLY: lbc_lnk
39      USE oce,               ONLY: chloro_out_cpl 
40      USE par_medusa,        ONLY: jp_medusa_2d, jp_medusa_3d,          &
41                                   jp_medusa_trd, jpchd, jpchn
42      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpim1, jpj, jpjm1, jpk
43      USE phycst,            ONLY: rsmall
44      USE sbc_oce,           ONLY: lk_oasis
45      USE sms_medusa,        ONLY: jinorgben, jorgben,                  &
46                                   f3_co3, f3_h2co3, f3_hco3,           &
47                                   f3_omarg, f3_omcal, f3_pH,           &
48                                   ln_foam_medusa, mld_max, pgrow_avg,  &
49                                   ploss_avg, phyt_avg,                 &
50                                   za_sed_c, za_sed_ca, za_sed_fe,      &
51                                   za_sed_n, za_sed_si,                 &
52                                   zb_sed_c, zb_sed_ca, zb_sed_fe,      &
53                                   zb_sed_n, zb_sed_si,                 &
54                                   zn_sed_c, zn_sed_ca, zn_sed_fe,      &
55                                   zn_sed_n, zn_sed_si, zn_chl_srf,     &
56                                   scl_chl, chl_out
57      USE trc,               ONLY: med_diag, nittrc000, trn 
58      USE trcnam_trp,        ONLY: ln_trcadv_cen2, ln_trcadv_tvd
59      USE zdfmxl,            ONLY: hmld
60 
61      !! time (integer timestep)
62      INTEGER, INTENT( in ) ::    kt
63
64      INTEGER :: ji, jj
65      INTEGER :: jn
66
67      REAL(wp) :: fq0,fq1,fq2,fq3
68
69# if defined key_roam                     
70      !!----------------------------------------------------------------------
71      !! AXY (09/08/17): fix benthic submodel
72      !!----------------------------------------------------------------------
73      !! Process benthic in/out fluxes
74      !! These can be handled outside of the 3D calculations since the
75      !! benthic pools (and fluxes) are 2D in nature; this code was
76      !! developed with help from George Nurser (NOC); it cannot be run
77      !! in a configuration with variable time-stepping with depth
78      !!----------------------------------------------------------------------
79      !!
80      !! time-step calculation
81      if (jorgben.eq.1) then
82         za_sed_n(:,:)  = zb_sed_n(:,:)  + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
83                          ( f_sbenin_n(:,:)  + f_fbenin_n(:,:)  - f_benout_n(:,:)  ))
84         za_sed_fe(:,:) = zb_sed_fe(:,:) + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
85                          ( f_sbenin_fe(:,:) + f_fbenin_fe(:,:) - f_benout_fe(:,:) ))
86         za_sed_c(:,:)  = zb_sed_c(:,:)  + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
87                          ( f_sbenin_c(:,:)  + f_fbenin_c(:,:)  - f_benout_c(:,:)  ))
88      endif
89      if (jinorgben.eq.1) then
90         za_sed_si(:,:) = zb_sed_si(:,:) + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
91                          ( f_fbenin_si(:,:) - f_benout_si(:,:) ))
92         za_sed_ca(:,:) = zb_sed_ca(:,:) + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
93                          ( f_fbenin_ca(:,:) - f_benout_ca(:,:) ))
94      endif
95      !!
96      !! time-level calculation
97      if (jorgben.eq.1) then
98         zb_sed_n(:,:)  = zn_sed_n(:,:)  + (atfp * &
99                          ( za_sed_n(:,:)  - (2. * zn_sed_n(:,:))  + zb_sed_n(:,:)  ))
100         zn_sed_n(:,:)  = za_sed_n(:,:)
101         zb_sed_fe(:,:) = zn_sed_fe(:,:) + (atfp * &
102                          ( za_sed_fe(:,:) - (2. * zn_sed_fe(:,:)) + zb_sed_fe(:,:) ))
103         zn_sed_fe(:,:) = za_sed_fe(:,:)
104         zb_sed_c(:,:)  = zn_sed_c(:,:)  + (atfp * &
105                          ( za_sed_c(:,:)  - (2. * zn_sed_c(:,:))  + zb_sed_c(:,:)  ))
106         zn_sed_c(:,:)  = za_sed_c(:,:)
107      endif
108      if (jinorgben.eq.1) then
109         zb_sed_si(:,:) = zn_sed_si(:,:) + (atfp * &
110                          ( za_sed_si(:,:) - (2. * zn_sed_si(:,:)) + zb_sed_si(:,:) ))
111         zn_sed_si(:,:) = za_sed_si(:,:)
112         zb_sed_ca(:,:) = zn_sed_ca(:,:) + (atfp * &
113                          ( za_sed_ca(:,:) - (2. * zn_sed_ca(:,:)) + zb_sed_ca(:,:) ))
114         zn_sed_ca(:,:) = za_sed_ca(:,:)
115      endif
116# endif     
117
118      IF ( ln_foam_medusa ) THEN
119         !!----------------------------------------------------------------------
120         !! Diagnostics required for ocean colour assimilation:
121         !! Mixed layer average phytoplankton growth, loss and concentration
122         !! Maximum mixed layer depth
123         !!----------------------------------------------------------------------
124         !!
125         DO jj = 2,jpjm1
126            DO ji = 2,jpim1
127               IF ( hmld(ji,jj) .GT. 0.0 ) THEN
128                  pgrow_avg(ji,jj) = pgrow_avg(ji,jj) / hmld(ji,jj)
129                  ploss_avg(ji,jj) = ploss_avg(ji,jj) / hmld(ji,jj)
130                  phyt_avg(ji,jj)  = phyt_avg(ji,jj)  / hmld(ji,jj)
131                  IF ( hmld(ji,jj) .GT. mld_max(ji,jj) ) THEN
132                     mld_max(ji,jj) = hmld(ji,jj)
133                  ENDIF
134               ENDIF
135            END DO
136         END DO
137      ENDIF
138
139#  if defined key_debug_medusa
140         !! AXY (12/07/17)
141         !!-----------------------------------------------------------------
142         !! Check conservation of MEDUSA's sinks-minus-sources using fflx_X
143         !! diagnostics (i.e. biogeochemical processes only)
144         !!   - fflx_X diagnostics *should* include all transfers between
145         !!     modelled components
146         !!   - they should also include gains / losses due to air-sea
147         !!     fluxes of C and O2, aeolian and seafloor inputs of Fe, and
148         !!     inputs from seafloor "benthic buckets" (N, Si, Fe, C and
149         !!     alkalinity)
150         !!   - however, they do not include the transfer of material to
151         !!     "benthic buckets" by sedimenting slow- and fast-sinking
152         !!     detritus since these are separate 2D reservoirs
153         !!   - consequently, for a given water column, the integrated
154         !!     fluxes should sum to the "loss" of material to the "benthic
155         !!     buckets"
156         !!   - if they do not, this suggests that MEDUSA contains errors
157         !!     in its accounting (e.g. processes omitted from calculated
158         !!     fluxes)
159         !!   - here, the local integrated fluxes and benthic inputs (plus
160         !!     air-sea fluxes in the case of C) are reported together with
161         !!     the resulting error
162         !!   - only N, Si, C and alkalinity inventories considered; Fe and
163         !!     O2 overlooked because of wholesale loss (and addition, in
164         !!     the case of O2) of these tracers within the water column
165         !!-----------------------------------------------------------------
166         !!
167         !! nitrogen
168         DO jj = 2,jpjm1
169            DO ji = 2,jpim1
170               if (tmask(ji,jj,1) == 1) then
171                  fq0 = fflx_n(ji,jj)
172                  fq1 = f_sbenin_n(ji,jj) + f_fbenin_n(ji,jj)
173                  fq2 = fq0 + fq1
174                  fq3 = f_benout_n(ji,jj)
175                  if (lwp) write (numout,'(a,2i3,a,4f15.5)')                   &
176                     'AXY N   cons: (i,j)=',ji,jj,', (flx,ben,err,out)=',      &
177                     fq0,fq1,fq2,fq3
178               ENDIF
179            ENDDO
180         ENDDO   
181         !! silicon
182         DO jj = 2,jpjm1
183            DO ji = 2,jpim1
184               if (tmask(ji,jj,1) == 1) then
185                  fq0 = fflx_si(ji,jj)
186                  fq1 = f_fbenin_si(ji,jj)
187                  fq2 = fq0 + fq1
188                  fq3 = f_benout_si(ji,jj)
189                  if (lwp) write (numout,'(a,2i3,a,4f15.5)')                   &
190                     'AXY Si  cons: (i,j)=',ji,jj,', (flx,ben,err,out)=',     &
191                     fq0,fq1,fq2,fq3
192               ENDIF
193            ENDDO
194         ENDDO   
195         !! carbon
196         DO jj = 2,jpjm1
197            DO ji = 2,jpim1
198               if (tmask(ji,jj,1) == 1) then
199                  fq0 = fflx_c(ji,jj)
200                  fq1 = f_sbenin_c(ji,jj) + f_fbenin_c(ji,jj) + f_fbenin_ca(ji,jj)
201                  fq2 = f_co2flux(ji,jj) * fse3t(ji,jj,1)
202                  fq3 = fq0 + fq1
203                  fq4 = f_benout_c(ji,jj) + f_benout_ca(ji,jj)
204                  if (lwp) write (numout,'(a,2i3,a,5f15.5)')                   &
205                     'AXY C   cons: (i,j)=',ji,jj,', (flx,ben,asf,err,out)=', &
206                     fq0,fq1,fq2,fq3,fq4
207                ENDIF
208             ENDDO
209          ENDDO   
210          !! alkalinity
211          DO jj = 2,jpjm1
212             DO ji = 2,jpim1
213                if (tmask(ji,jj,1) == 1) then
214                   fq0 = fflx_a(ji,jj)
215                   fq1 = 2.0 * f_fbenin_ca(ji,jj)
216                   fq2 = fq0 + fq1
217                   fq3 = 2.0 * f_benout_ca(ji,jj)
218                   if (lwp) write (numout,'(a,2i3,a,4f15.5)')                   &
219                      'AXY alk cons: (i,j)=',ji,jj,', (flx,ben,err,out)=',     &
220                      fq0,fq1,fq2,fq3
221               ENDIF
222            ENDDO
223         ENDDO   
224#  endif
225
226         !!!---------------------------------------------------------------
227         !! Add very last diag calculations
228         !!!---------------------------------------------------------------
229         DO jj = 2,jpjm1
230            DO ji = 2,jpim1
231               !!         
232               IF( med_diag%PN_JLIM%dgsave ) THEN
233                  fjln2d(ji,jj) = fjln2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pn(ji,jj), rsmall)
234               ENDIF
235               IF( med_diag%PN_NLIM%dgsave ) THEN
236                  fnln2d(ji,jj) = fnln2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pn(ji,jj), rsmall)
237               ENDIF
238               IF( med_diag%PN_FELIM%dgsave ) THEN
239                  ffln2d(ji,jj) = ffln2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pn(ji,jj), rsmall)
240               ENDIF
241               IF( med_diag%PD_JLIM%dgsave ) THEN
242                  fjld2d(ji,jj) = fjld2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
243               ENDIF
244               IF( med_diag%PD_NLIM%dgsave ) THEN
245                  fnld2d(ji,jj) = fnld2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
246               ENDIF
247               IF( med_diag%PD_FELIM%dgsave ) THEN
248                  ffld2d(ji,jj) = ffld2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
249               ENDIF
250               IF( med_diag%PD_SILIM%dgsave ) THEN
251                  fsld2d2(ji,jj) = fsld2d2(ji,jj) / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
252               ENDIF
253               IF( med_diag%PDSILIM2%dgsave ) THEN
254                  fsld2d(ji,jj) = fsld2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
255               ENDIF
256            ENDDO
257         ENDDO
258
259         !!!---------------------------------------------------------------
260         !! Calculates Chl diag for UM coupling
261         !!!---------------------------------------------------------------
262         !! JPALM -- 02-06-2017 --
263         !! add Chl surf coupling
264         !! no need to output, just pass to cpl var
265         IF (lk_oasis) THEN
266            IF (chl_out.eq.1) THEN
267               !! export and scale surface chl
268               zn_chl_srf(:,:) = MAX( 0.0, (trn(:,:,1,jpchd) + trn(:,:,1,jpchn)) * 1.0E-6 )
269                                 !! surf Chl in Kg-chl/m3 as needed for cpl
270            ELSEIF (chl_out.eq.2) THEN
271               !! export and scale mld chl
272               zn_chl_srf(:,:) = MAX( 0.0, fchl_ml(:,:) * 1.0E-6 )
273                                 !! mld Chl in Kg-chl/m3 as needed for cpl
274            ENDIF
275            chloro_out_cpl(:,:) = zn_chl_srf(:,:) * scl_chl        !! Coupling Chl
276         END IF
277
278         !!----------------------------------------------------------------
279         !! Add in XML diagnostics stuff
280         !!----------------------------------------------------------------
281         !!
282         !! ** 2D diagnostics
283#   if defined key_debug_medusa
284         IF (lwp) write (numout,*) 'bio_medusa_fin: export all diag kt = ', kt
285         CALL flush(numout)
286#   endif
287         IF ( med_diag%INVTN%dgsave ) THEN
288            CALL iom_put( "INVTN"  , ftot_n )
289         ENDIF
290         IF ( med_diag%INVTSI%dgsave ) THEN
291            CALL iom_put( "INVTSI"  , ftot_si )
292         ENDIF
293         IF ( med_diag%INVTFE%dgsave ) THEN
294            CALL iom_put( "INVTFE"  , ftot_fe )
295         ENDIF                           
296         IF ( med_diag%ML_PRN%dgsave ) THEN
297            CALL iom_put( "ML_PRN"  , fprn_ml )
298         ENDIF
299         IF ( med_diag%ML_PRD%dgsave ) THEN
300            CALL iom_put( "ML_PRD"  , fprd_ml )
301         ENDIF
302         IF ( med_diag%OCAL_LVL%dgsave ) THEN
303            CALL iom_put( "OCAL_LVL"  , fccd )
304         ENDIF
305         IF ( med_diag%CHL_MLD%dgsave ) THEN
306            CALL iom_put( "CHL_MLD"  , fchl_ml )
307         ENDIF
308         IF (lk_oasis) THEN
309            IF ( med_diag%CHL_CPL%dgsave ) THEN
310               CALL iom_put( "CHL_CPL"  , chloro_out_cpl )
311            ENDIF
312         ENDIF
313         IF ( med_diag%PN_JLIM%dgsave ) THEN
314            CALL iom_put( "PN_JLIM"  , fjln2d )
315            DEALLOCATE( fjln2d )
316         ENDIF
317         IF ( med_diag%PN_NLIM%dgsave ) THEN
318            CALL iom_put( "PN_NLIM"  , fnln2d )
319            DEALLOCATE( fnln2d )
320         ENDIF
321         IF ( med_diag%PN_FELIM%dgsave ) THEN
322            CALL iom_put( "PN_FELIM"  , ffln2d )
323            DEALLOCATE( ffln2d )
324         ENDIF
325         IF ( med_diag%PD_JLIM%dgsave ) THEN
326            CALL iom_put( "PD_JLIM"  , fjld2d )
327            DEALLOCATE( fjld2d )
328         ENDIF
329         IF ( med_diag%PD_NLIM%dgsave ) THEN
330            CALL iom_put( "PD_NLIM"  , fnld2d )
331            DEALLOCATE( fnld2d )
332         ENDIF
333         IF ( med_diag%PD_FELIM%dgsave ) THEN
334            CALL iom_put( "PD_FELIM"  , ffld2d )
335            DEALLOCATE( ffld2d )
336         ENDIF
337         IF ( med_diag%PD_SILIM%dgsave ) THEN
338            CALL iom_put( "PD_SILIM"  , fsld2d2 )
339            DEALLOCATE( fsld2d2 )
340         ENDIF
341         IF ( med_diag%PDSILIM2%dgsave ) THEN
342            CALL iom_put( "PDSILIM2"  , fsld2d )
343            DEALLOCATE( fsld2d )
344         ENDIF
345         IF ( med_diag%INTFLX_N%dgsave ) THEN
346            CALL iom_put( "INTFLX_N"  , fflx_n )
347         ENDIF
348         IF ( med_diag%INTFLX_SI%dgsave ) THEN
349            CALL iom_put( "INTFLX_SI"  , fflx_si )
350         ENDIF
351         IF ( med_diag%INTFLX_FE%dgsave ) THEN
352            CALL iom_put( "INTFLX_FE"  , fflx_fe )
353         ENDIF       
354         IF ( med_diag%INT_PN%dgsave ) THEN
355            CALL iom_put( "INT_PN"  , ftot_pn )
356         ENDIF
357         IF ( med_diag%INT_PD%dgsave ) THEN
358            CALL iom_put( "INT_PD"  , ftot_pd )
359         ENDIF         
360         IF ( med_diag%INT_ZMI%dgsave ) THEN
361            CALL iom_put( "INT_ZMI"  , ftot_zmi )
362         ENDIF
363         IF ( med_diag%INT_ZME%dgsave ) THEN
364            CALL iom_put( "INT_ZME"  , ftot_zme )
365         ENDIF
366         IF ( med_diag%INT_DET%dgsave ) THEN
367            CALL iom_put( "INT_DET"  , ftot_det )
368         ENDIF
369         IF ( med_diag%INT_DTC%dgsave ) THEN
370            CALL iom_put( "INT_DTC"  , ftot_dtc )
371         ENDIF
372         IF ( med_diag%BEN_N%dgsave ) THEN
373            CALL iom_put( "BEN_N"  , za_sed_n )
374         ENDIF
375         IF ( med_diag%BEN_FE%dgsave ) THEN
376            CALL iom_put( "BEN_FE"  , za_sed_fe )
377         ENDIF
378         IF ( med_diag%BEN_C%dgsave ) THEN
379            CALL iom_put( "BEN_C"  , za_sed_c )
380         ENDIF
381         IF ( med_diag%BEN_SI%dgsave ) THEN
382            CALL iom_put( "BEN_SI"  , za_sed_si )
383         ENDIF
384         IF ( med_diag%BEN_CA%dgsave ) THEN
385            CALL iom_put( "BEN_CA"  , za_sed_ca )
386         ENDIF
387         IF ( med_diag%RUNOFF%dgsave ) THEN
388            CALL iom_put( "RUNOFF"  , f_runoff )
389         ENDIF 
390# if defined key_roam       
391         IF ( med_diag%N_PROD%dgsave ) THEN
392            CALL iom_put( "N_PROD"  , fnit_prod )
393         ENDIF
394         IF ( med_diag%N_CONS%dgsave ) THEN
395            CALL iom_put( "N_CONS"  , fnit_cons )
396         ENDIF
397         IF ( med_diag%C_PROD%dgsave ) THEN
398            CALL iom_put( "C_PROD"  , fcar_prod )
399         ENDIF
400         IF ( med_diag%C_CONS%dgsave ) THEN
401            CALL iom_put( "C_CONS"  , fcar_cons )
402         ENDIF
403         IF ( med_diag%O2_PROD%dgsave ) THEN
404            CALL iom_put( "O2_PROD"  , foxy_prod )
405         ENDIF
406         IF ( med_diag%O2_CONS%dgsave ) THEN
407            CALL iom_put( "O2_CONS"  , foxy_cons )
408         ENDIF
409         IF ( med_diag%O2_ANOX%dgsave ) THEN
410            CALL iom_put( "O2_ANOX"  , foxy_anox )
411         ENDIF
412         IF ( med_diag%INVTC%dgsave ) THEN
413            CALL iom_put( "INVTC"  , ftot_c )
414         ENDIF
415         IF ( med_diag%INVTALK%dgsave ) THEN
416            CALL iom_put( "INVTALK"  , ftot_a )
417         ENDIF
418         IF ( med_diag%INVTO2%dgsave ) THEN
419            CALL iom_put( "INVTO2"  , ftot_o2 )
420         ENDIF
421         IF ( med_diag%COM_RESP%dgsave ) THEN
422            CALL iom_put( "COM_RESP"  , fcomm_resp )
423         ENDIF         
424# endif     
425         !!
426         !! diagnostic filled in the i-j-k main loop
427         !!--------------------------------------------
428         IF ( med_diag%PRN%dgsave ) THEN
429            CALL iom_put( "PRN"  , fprn2d )
430            DEALLOCATE( fprn2d )
431         ENDIF
432         IF ( med_diag%MPN%dgsave ) THEN
433            CALL iom_put( "MPN"  ,fdpn2d )
434            DEALLOCATE( fdpn2d )
435         ENDIF
436         IF ( med_diag%PRD%dgsave ) THEN
437            CALL iom_put( "PRD"  ,fprd2d )
438            DEALLOCATE( fprd2d )
439         ENDIF
440         IF( med_diag%MPD%dgsave ) THEN
441            CALL iom_put( "MPD"  , fdpd2d )
442            DEALLOCATE( fdpd2d )
443         ENDIF
444         !  IF( med_diag%DSED%dgsave ) THEN
445         !      CALL iom_put( "DSED"  , ftot_n )
446         !  ENDIF
447         IF( med_diag%OPAL%dgsave ) THEN
448            CALL iom_put( "OPAL"  , fprds2d )
449            DEALLOCATE( fprds2d )
450         ENDIF
451         IF( med_diag%OPALDISS%dgsave ) THEN
452            CALL iom_put( "OPALDISS"  , fsdiss2d )
453            DEALLOCATE( fsdiss2d )
454         ENDIF
455         IF( med_diag%GMIPn%dgsave ) THEN
456            CALL iom_put( "GMIPn"  , fgmipn2d )
457            DEALLOCATE( fgmipn2d )
458         ENDIF
459         IF( med_diag%GMID%dgsave ) THEN
460            CALL iom_put( "GMID"  , fgmid2d )
461            DEALLOCATE( fgmid2d )
462         ENDIF
463         IF( med_diag%MZMI%dgsave ) THEN
464            CALL iom_put( "MZMI"  , fdzmi2d )
465            DEALLOCATE( fdzmi2d )
466         ENDIF
467         IF( med_diag%GMEPN%dgsave ) THEN
468            CALL iom_put( "GMEPN"  , fgmepn2d )
469            DEALLOCATE( fgmepn2d )
470         ENDIF
471         IF( med_diag%GMEPD%dgsave ) THEN
472            CALL iom_put( "GMEPD"  , fgmepd2d )
473            DEALLOCATE( fgmepd2d )
474         ENDIF
475         IF( med_diag%GMEZMI%dgsave ) THEN
476            CALL iom_put( "GMEZMI"  , fgmezmi2d )
477            DEALLOCATE( fgmezmi2d )
478         ENDIF
479         IF( med_diag%GMED%dgsave ) THEN
480            CALL iom_put( "GMED"  , fgmed2d )
481            DEALLOCATE( fgmed2d )
482         ENDIF
483         IF( med_diag%MZME%dgsave ) THEN
484            CALL iom_put( "MZME"  , fdzme2d )
485            DEALLOCATE( fdzme2d )
486         ENDIF
487         !  IF( med_diag%DEXP%dgsave ) THEN
488         !      CALL iom_put( "DEXP"  , ftot_n )
489         !  ENDIF
490         IF( med_diag%DETN%dgsave ) THEN
491            CALL iom_put( "DETN"  , fslown2d )
492            DEALLOCATE( fslown2d )
493         ENDIF
494         IF( med_diag%MDET%dgsave ) THEN
495            CALL iom_put( "MDET"  , fdd2d )
496            DEALLOCATE( fdd2d )
497         ENDIF
498         IF( med_diag%AEOLIAN%dgsave ) THEN
499            CALL iom_put( "AEOLIAN"  , ffetop2d )
500            DEALLOCATE( ffetop2d )
501         ENDIF
502         IF( med_diag%BENTHIC%dgsave ) THEN
503            CALL iom_put( "BENTHIC"  , ffebot2d )
504            DEALLOCATE( ffebot2d )
505         ENDIF
506         IF( med_diag%SCAVENGE%dgsave ) THEN
507            CALL iom_put( "SCAVENGE"  , ffescav2d )
508            DEALLOCATE( ffescav2d )
509         ENDIF
510         !!
511         IF( med_diag%TOTREG_N%dgsave ) THEN
512            CALL iom_put( "TOTREG_N"  , fregen2d )
513            DEALLOCATE( fregen2d )
514         ENDIF
515         IF( med_diag%TOTRG_SI%dgsave ) THEN
516            CALL iom_put( "TOTRG_SI"  , fregensi2d )
517            DEALLOCATE( fregensi2d )
518         ENDIF
519         !!
520         IF( med_diag%FASTN%dgsave ) THEN
521            CALL iom_put( "FASTN"  , ftempn2d )
522            DEALLOCATE( ftempn2d )
523         ENDIF
524         IF( med_diag%FASTSI%dgsave ) THEN
525            CALL iom_put( "FASTSI"  , ftempsi2d )
526            DEALLOCATE( ftempsi2d )
527         ENDIF
528         IF( med_diag%FASTFE%dgsave ) THEN
529            CALL iom_put( "FASTFE"  , ftempfe2d )
530            DEALLOCATE( ftempfe2d )
531         ENDIF
532         IF( med_diag%FASTC%dgsave ) THEN
533            CALL iom_put( "FASTC"  , ftempc2d )
534            DEALLOCATE( ftempc2d )
535         ENDIF
536         IF( med_diag%FASTCA%dgsave ) THEN
537            CALL iom_put( "FASTCA"  , ftempca2d )
538            DEALLOCATE( ftempca2d )
539         ENDIF
540         !!
541         IF( med_diag%REMINN%dgsave ) THEN
542            CALL iom_put( "REMINN"  , freminn2d )
543            DEALLOCATE( freminn2d )
544         ENDIF
545         IF( med_diag%REMINSI%dgsave ) THEN
546            CALL iom_put( "REMINSI"  , freminsi2d )
547            DEALLOCATE( freminsi2d )
548         ENDIF
549         IF( med_diag%REMINFE%dgsave ) THEN
550            CALL iom_put( "REMINFE"  , freminfe2d )
551            DEALLOCATE( freminfe2d )
552         ENDIF
553         IF( med_diag%REMINC%dgsave ) THEN
554            CALL iom_put( "REMINC"  , freminc2d )
555            DEALLOCATE( freminc2d )
556         ENDIF
557         IF( med_diag%REMINCA%dgsave ) THEN
558            CALL iom_put( "REMINCA"  , freminca2d )
559            DEALLOCATE( freminca2d )
560         ENDIF
561         IF( med_diag%SEAFLRN%dgsave ) THEN
562            CALL iom_put( "SEAFLRN"  , fsedn )
563         ENDIF
564         IF( med_diag%SEAFLRSI%dgsave ) THEN
565            CALL iom_put( "SEAFLRSI"  , fsedsi )
566         ENDIF
567         IF( med_diag%SEAFLRFE%dgsave ) THEN
568            CALL iom_put( "SEAFLRFE"  , fsedfe )
569         ENDIF
570         IF( med_diag%SEAFLRC%dgsave ) THEN
571            CALL iom_put( "SEAFLRC"  , fsedc )
572         ENDIF
573         IF( med_diag%SEAFLRCA%dgsave ) THEN
574            CALL iom_put( "SEAFLRCA"  , fsedca )
575         ENDIF
576         !!
577# if defined key_roam           
578         !!
579         IF( med_diag%RIV_N%dgsave ) THEN
580            CALL iom_put( "RIV_N"  , rivn2d )
581            DEALLOCATE( rivn2d )
582         ENDIF
583         IF( med_diag%RIV_SI%dgsave ) THEN
584            CALL iom_put( "RIV_SI"  , rivsi2d )
585            DEALLOCATE( rivsi2d )
586         ENDIF
587         IF( med_diag%RIV_C%dgsave ) THEN
588            CALL iom_put( "RIV_C"  , rivc2d )
589            DEALLOCATE( rivc2d )
590         ENDIF
591         IF( med_diag%RIV_ALK%dgsave ) THEN
592            CALL iom_put( "RIV_ALK"  , rivalk2d )
593            DEALLOCATE( rivalk2d )
594         ENDIF
595         !! AXY (16/10/19)
596         IF( med_diag%GEOENG_ALK%dgsave ) THEN
597            CALL iom_put( "GEOENG_ALK"  , geoengalk2d )
598            DEALLOCATE( geoengalk2d )
599         ENDIF
600         IF( med_diag%DETC%dgsave ) THEN
601            CALL iom_put( "DETC"  , fslowc2d )
602            DEALLOCATE( fslowc2d )
603         ENDIF
604         !!
605         IF( med_diag%PN_LLOSS%dgsave ) THEN
606            CALL iom_put( "PN_LLOSS"  , fdpn22d )
607            DEALLOCATE( fdpn22d )
608         ENDIF
609         IF( med_diag%PD_LLOSS%dgsave ) THEN
610            CALL iom_put( "PD_LLOSS"  , fdpd22d )
611            DEALLOCATE( fdpd22d )
612         ENDIF
613         IF( med_diag%ZI_LLOSS%dgsave ) THEN
614            CALL iom_put( "ZI_LLOSS"  , fdzmi22d )
615             DEALLOCATE( fdzmi22d )
616          ENDIF
617          IF( med_diag%ZE_LLOSS%dgsave ) THEN
618             CALL iom_put( "ZE_LLOSS"  , fdzme22d )
619             DEALLOCATE( fdzme22d )
620          ENDIF
621          IF( med_diag%ZI_MES_N%dgsave ) THEN
622             CALL iom_put( "ZI_MES_N"  , zimesn2d )
623             DEALLOCATE( zimesn2d )
624          ENDIF
625          IF( med_diag%ZI_MES_D%dgsave ) THEN
626             CALL iom_put( "ZI_MES_D"  , zimesd2d )
627             DEALLOCATE( zimesd2d )
628          ENDIF
629          IF( med_diag%ZI_MES_C%dgsave ) THEN
630             CALL iom_put( "ZI_MES_C"  , zimesc2d )
631             DEALLOCATE( zimesc2d )
632          ENDIF
633          IF( med_diag%ZI_MESDC%dgsave ) THEN
634             CALL iom_put( "ZI_MESDC"  ,zimesdc2d )
635             DEALLOCATE( zimesdc2d )
636          ENDIF
637          IF( med_diag%ZI_EXCR%dgsave ) THEN
638             CALL iom_put( "ZI_EXCR"  , ziexcr2d )
639             DEALLOCATE( ziexcr2d )
640          ENDIF
641          IF( med_diag%ZI_RESP%dgsave ) THEN
642             CALL iom_put( "ZI_RESP"  , ziresp2d )
643             DEALLOCATE( ziresp2d )
644          ENDIF
645          IF( med_diag%ZI_GROW%dgsave ) THEN
646             CALL iom_put( "ZI_GROW"  , zigrow2d )
647             DEALLOCATE( zigrow2d )
648          ENDIF
649          IF( med_diag%ZE_MES_N%dgsave ) THEN
650             CALL iom_put( "ZE_MES_N"  , zemesn2d )
651             DEALLOCATE( zemesn2d )
652          ENDIF
653          IF( med_diag%ZE_MES_D%dgsave ) THEN
654             CALL iom_put( "ZE_MES_D"  , zemesd2d )
655             DEALLOCATE( zemesd2d )
656          ENDIF
657          IF( med_diag%ZE_MES_C%dgsave ) THEN
658             CALL iom_put( "ZE_MES_C"  , zemesc2d )
659             DEALLOCATE( zemesc2d )
660          ENDIF
661          IF( med_diag%ZE_MESDC%dgsave ) THEN
662             CALL iom_put( "ZE_MESDC"  , zemesdc2d )
663             DEALLOCATE( zemesdc2d )
664          ENDIF
665          IF( med_diag%ZE_EXCR%dgsave ) THEN
666             CALL iom_put( "ZE_EXCR"  , zeexcr2d )
667             DEALLOCATE( zeexcr2d )
668          ENDIF
669          IF( med_diag%ZE_RESP%dgsave ) THEN
670             CALL iom_put( "ZE_RESP"  , zeresp2d )
671             DEALLOCATE( zeresp2d )
672          ENDIF
673          IF( med_diag%ZE_GROW%dgsave ) THEN
674             CALL iom_put( "ZE_GROW"  , zegrow2d )
675             DEALLOCATE( zegrow2d )
676          ENDIF
677          IF( med_diag%MDETC%dgsave ) THEN
678             CALL iom_put( "MDETC"  , mdetc2d )
679             DEALLOCATE( mdetc2d )
680          ENDIF
681          IF( med_diag%GMIDC%dgsave ) THEN
682             CALL iom_put( "GMIDC"  , gmidc2d )
683             DEALLOCATE( gmidc2d )
684          ENDIF
685          IF( med_diag%GMEDC%dgsave ) THEN
686             CALL iom_put( "GMEDC"  , gmedc2d )
687             DEALLOCATE( gmedc2d )
688          ENDIF
689          IF( med_diag%IBEN_N%dgsave ) THEN
690             CALL iom_put( "IBEN_N"  , iben_n2d )
691             DEALLOCATE( iben_n2d )
692          ENDIF
693          IF( med_diag%IBEN_FE%dgsave ) THEN
694             CALL iom_put( "IBEN_FE"  , iben_fe2d )
695             DEALLOCATE( iben_fe2d )
696          ENDIF
697          IF( med_diag%IBEN_C%dgsave ) THEN
698             CALL iom_put( "IBEN_C"  , iben_c2d )
699             DEALLOCATE( iben_c2d )
700          ENDIF
701          IF( med_diag%IBEN_SI%dgsave ) THEN
702             CALL iom_put( "IBEN_SI"  , iben_si2d )
703             DEALLOCATE( iben_si2d )
704          ENDIF
705          IF( med_diag%IBEN_CA%dgsave ) THEN
706             CALL iom_put( "IBEN_CA"  , iben_ca2d )
707             DEALLOCATE( iben_ca2d )
708          ENDIF
709          IF( med_diag%OBEN_N%dgsave ) THEN
710             CALL iom_put( "OBEN_N"  , oben_n2d )
711             DEALLOCATE( oben_n2d )
712          ENDIF
713          IF( med_diag%OBEN_FE%dgsave ) THEN
714             CALL iom_put( "OBEN_FE"  , oben_fe2d )
715             DEALLOCATE( oben_fe2d )
716          ENDIF
717          IF( med_diag%OBEN_C%dgsave ) THEN
718             CALL iom_put( "OBEN_C"  , oben_c2d )
719             DEALLOCATE( oben_c2d )
720          ENDIF
721          IF( med_diag%OBEN_SI%dgsave ) THEN
722             CALL iom_put( "OBEN_SI"  , oben_si2d )
723             DEALLOCATE( oben_si2d )
724          ENDIF
725          IF( med_diag%OBEN_CA%dgsave ) THEN
726             CALL iom_put( "OBEN_CA"  , oben_ca2d )
727             DEALLOCATE( oben_ca2d )
728          ENDIF
729          IF( med_diag%SFR_OCAL%dgsave ) THEN
730             CALL iom_put( "SFR_OCAL"  , sfr_ocal2d )
731             DEALLOCATE( sfr_ocal2d )
732          ENDIF
733          IF( med_diag%SFR_OARG%dgsave ) THEN
734             CALL iom_put( "SFR_OARG"  , sfr_oarg2d )
735             DEALLOCATE( sfr_oarg2d )
736          ENDIF
737          IF( med_diag%LYSO_CA%dgsave ) THEN
738             CALL iom_put( "LYSO_CA"  , lyso_ca2d )
739             DEALLOCATE( lyso_ca2d )
740          ENDIF
741# endif                   
742          !!
743          !! ** 3D diagnostics
744          IF( med_diag%TPP3%dgsave ) THEN
745             CALL iom_put( "TPP3"  , tpp3d )
746             DEALLOCATE( tpp3d )
747          ENDIF
748          IF( med_diag%DETFLUX3%dgsave ) THEN
749             CALL iom_put( "DETFLUX3"  , detflux3d )
750             DEALLOCATE( detflux3d )
751          ENDIF
752          IF( med_diag%REMIN3N%dgsave ) THEN
753             CALL iom_put( "REMIN3N"  , remin3dn )
754             DEALLOCATE( remin3dn )
755          ENDIF
756# if defined key_roam         
757          IF( med_diag%PH3%dgsave ) THEN
758             CALL iom_put( "PH3"  , f3_pH )
759          ENDIF
760          IF( med_diag%OM_CAL3%dgsave ) THEN
761             CALL iom_put( "OM_CAL3"  , f3_omcal )
762          ENDIF
763          !!
764          !! AXY (09/11/16): 2D CMIP6 diagnostics
765          IF( med_diag%INTDISSIC%dgsave ) THEN
766             CALL iom_put( "INTDISSIC"  , intdissic )
767             DEALLOCATE( intdissic )
768          ENDIF         
769          IF( med_diag%INTDISSIN%dgsave ) THEN
770             CALL iom_put( "INTDISSIN"  , intdissin )
771             DEALLOCATE( intdissin )
772          ENDIF         
773          IF( med_diag%INTDISSISI%dgsave ) THEN
774             CALL iom_put( "INTDISSISI"  , intdissisi )
775             DEALLOCATE( intdissisi )
776          ENDIF         
777          IF( med_diag%INTTALK%dgsave ) THEN
778             CALL iom_put( "INTTALK"  , inttalk )
779             DEALLOCATE( inttalk )
780          ENDIF         
781          IF( med_diag%O2min%dgsave ) THEN
782             CALL iom_put( "O2min"  , o2min )
783             DEALLOCATE( o2min )
784          ENDIF         
785          IF( med_diag%ZO2min%dgsave ) THEN
786             CALL iom_put( "ZO2min"  , zo2min )
787             DEALLOCATE( zo2min )
788          ENDIF         
789          IF( med_diag%FBDDTALK%dgsave ) THEN
790             CALL iom_put( "FBDDTALK"  , fbddtalk )
791             DEALLOCATE( fbddtalk )
792          ENDIF         
793          IF( med_diag%FBDDTDIC%dgsave ) THEN
794             CALL iom_put( "FBDDTDIC"  , fbddtdic )
795             DEALLOCATE( fbddtdic )
796          ENDIF         
797          IF( med_diag%FBDDTDIFE%dgsave ) THEN
798             CALL iom_put( "FBDDTDIFE" , fbddtdife )
799             DEALLOCATE( fbddtdife )
800          ENDIF         
801          IF( med_diag%FBDDTDIN%dgsave ) THEN
802             CALL iom_put( "FBDDTDIN"  , fbddtdin )
803             DEALLOCATE( fbddtdin )
804          ENDIF         
805          IF( med_diag%FBDDTDISI%dgsave ) THEN
806             CALL iom_put( "FBDDTDISI" , fbddtdisi )
807             DEALLOCATE( fbddtdisi )
808          ENDIF   
809          !!
810          !! AXY (09/11/16): 3D CMIP6 diagnostics
811          IF( med_diag%TPPD3%dgsave ) THEN
812             CALL iom_put( "TPPD3"     , tppd3 )
813             DEALLOCATE( tppd3 )
814          ENDIF         
815          IF( med_diag%BDDTALK3%dgsave ) THEN
816             CALL iom_put( "BDDTALK3"  , bddtalk3 )
817             DEALLOCATE( bddtalk3 )
818          ENDIF         
819          IF( med_diag%BDDTDIC3%dgsave ) THEN
820             CALL iom_put( "BDDTDIC3"  , bddtdic3 )
821             DEALLOCATE( bddtdic3 )
822          ENDIF         
823          IF( med_diag%BDDTDIFE3%dgsave ) THEN
824             CALL iom_put( "BDDTDIFE3" , bddtdife3 )
825             DEALLOCATE( bddtdife3 )
826          ENDIF         
827          IF( med_diag%BDDTDIN3%dgsave ) THEN
828             CALL iom_put( "BDDTDIN3"  , bddtdin3 )
829             DEALLOCATE( bddtdin3 )
830          ENDIF         
831          IF( med_diag%BDDTDISI3%dgsave ) THEN
832             CALL iom_put( "BDDTDISI3" , bddtdisi3 )
833             DEALLOCATE( bddtdisi3 )
834          ENDIF   
835          IF( med_diag%FD_NIT3%dgsave ) THEN
836             CALL iom_put( "FD_NIT3"  , fd_nit3 )
837             DEALLOCATE( fd_nit3 )
838          ENDIF
839          IF( med_diag%FD_SIL3%dgsave ) THEN
840             CALL iom_put( "FD_SIL3"  , fd_sil3 )
841             DEALLOCATE( fd_sil3 )
842          ENDIF
843          IF( med_diag%FD_CAL3%dgsave ) THEN
844             CALL iom_put( "FD_CAL3"  , fd_cal3 )
845             DEALLOCATE( fd_cal3 )
846          ENDIF
847          IF( med_diag%FD_CAR3%dgsave ) THEN
848             CALL iom_put( "FD_CAR3"  , fd_car3 )
849             DEALLOCATE( fd_car3 )
850          ENDIF
851          IF( med_diag%CO33%dgsave ) THEN
852             CALL iom_put( "CO33"  , f3_co3 )
853          ENDIF                   
854          IF( med_diag%CO3SATARAG3%dgsave ) THEN
855             CALL iom_put( "CO3SATARAG3"  , f3_omarg )
856          ENDIF                   
857          IF( med_diag%CO3SATCALC3%dgsave ) THEN
858             CALL iom_put( "CO3SATCALC3"  , f3_omcal )
859          ENDIF                   
860          IF( med_diag%EXPC3%dgsave ) THEN
861             CALL iom_put( "EXPC3"  , expc3 )
862             DEALLOCATE( expc3 )
863          ENDIF                   
864          IF( med_diag%EXPN3%dgsave ) THEN
865             CALL iom_put( "EXPN3"  , expn3 )
866             DEALLOCATE( expn3 )
867          ENDIF                   
868          IF( med_diag%DCALC3%dgsave ) THEN
869             CALL iom_put( "DCALC3"  , dcalc3 )
870             DEALLOCATE( dcalc3 )
871          ENDIF                   
872          IF( med_diag%FEDISS3%dgsave ) THEN
873             CALL iom_put( "FEDISS3"  , fediss3 )
874             DEALLOCATE( fediss3 )
875          ENDIF                   
876          IF( med_diag%FESCAV3%dgsave ) THEN
877             CALL iom_put( "FESCAV3"  , fescav3 )
878             DEALLOCATE( fescav3 )
879          ENDIF                   
880          IF( med_diag%MIGRAZP3%dgsave ) THEN
881             CALL iom_put( "MIGRAZP3"  , migrazp3 )
882             DEALLOCATE( migrazp3 )
883          ENDIF                   
884          IF( med_diag%MIGRAZD3%dgsave ) THEN
885             CALL iom_put( "MIGRAZD3"  , migrazd3 )
886             DEALLOCATE( migrazd3 )
887          ENDIF                   
888          IF( med_diag%MEGRAZP3%dgsave ) THEN
889             CALL iom_put( "MEGRAZP3"  , megrazp3 )
890             DEALLOCATE( megrazp3 )
891          ENDIF                   
892          IF( med_diag%MEGRAZD3%dgsave ) THEN
893             CALL iom_put( "MEGRAZD3"  , megrazd3 )
894             DEALLOCATE( megrazd3 )
895          ENDIF                   
896          IF( med_diag%MEGRAZZ3%dgsave ) THEN
897             CALL iom_put( "MEGRAZZ3"  , megrazz3 )
898             DEALLOCATE( megrazz3 )
899          ENDIF                   
900          IF( med_diag%O2SAT3%dgsave ) THEN
901             CALL iom_put( "O2SAT3"  , o2sat3 )
902             DEALLOCATE( o2sat3 )
903          ENDIF                   
904          IF( med_diag%PBSI3%dgsave ) THEN
905             CALL iom_put( "PBSI3"  , pbsi3 )
906             DEALLOCATE( pbsi3 )
907          ENDIF                   
908          IF( med_diag%PCAL3%dgsave ) THEN
909             CALL iom_put( "PCAL3"  , pcal3 )
910             DEALLOCATE( pcal3 )
911          ENDIF                   
912          IF( med_diag%REMOC3%dgsave ) THEN
913             CALL iom_put( "REMOC3"  , remoc3 )
914             DEALLOCATE( remoc3 )
915          ENDIF                   
916          IF( med_diag%PNLIMJ3%dgsave ) THEN
917             CALL iom_put( "PNLIMJ3" , pnlimj3 )
918             DEALLOCATE( pnlimj3 )
919          ENDIF                   
920          IF( med_diag%PNLIMN3%dgsave ) THEN
921             CALL iom_put( "PNLIMN3" , pnlimn3 )
922             DEALLOCATE( pnlimn3 )
923          ENDIF                   
924          IF( med_diag%PNLIMFE3%dgsave ) THEN
925             CALL iom_put( "PNLIMFE3" , pnlimfe3 )
926             DEALLOCATE( pnlimfe3 )
927          ENDIF                   
928          IF( med_diag%PDLIMJ3%dgsave ) THEN
929             CALL iom_put( "PDLIMJ3" , pdlimj3 )
930             DEALLOCATE( pdlimj3 )
931          ENDIF                   
932          IF( med_diag%PDLIMN3%dgsave ) THEN
933             CALL iom_put( "PDLIMN3" , pdlimn3 )
934             DEALLOCATE( pdlimn3 )
935          ENDIF                   
936          IF( med_diag%PDLIMFE3%dgsave ) THEN
937             CALL iom_put( "PDLIMFE3" , pdlimfe3 )
938             DEALLOCATE( pdlimfe3 )
939          ENDIF                   
940          IF( med_diag%PDLIMSI3%dgsave ) THEN
941             CALL iom_put( "PDLIMSI3" , pdlimsi3 )
942             DEALLOCATE( pdlimsi3 )
943          ENDIF                   
944         
945# endif         
946
947          DEALLOCATE( zw2d )
948
949   END SUBROUTINE bio_medusa_fin
950
951#else
952   !!======================================================================
953   !!  Dummy module :                                   No MEDUSA bio-model
954   !!======================================================================
955CONTAINS
956   SUBROUTINE bio_medusa_fin( )                    ! Empty routine
957      WRITE(*,*) 'bio_medusa_fin: You should not have seen this print! error?'
958   END SUBROUTINE bio_medusa_fin
959#endif 
960
961   !!======================================================================
962END MODULE bio_medusa_fin_mod
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.