New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
bio_medusa_fin.F90 in branches/NERC/dev_r5518_GO6_under_ice_relax/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA – NEMO

source: branches/NERC/dev_r5518_GO6_under_ice_relax/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_fin.F90 @ 10196

Last change on this file since 10196 was 10196, checked in by jpalmier, 6 years ago

add DMS flux --

File size: 36.4 KB
Line 
1MODULE bio_medusa_fin_mod
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE bio_medusa_fin_mod  ***
4   !! Finalisation for TRC_BIO_MEDUSA
5   !!======================================================================
6   !! History :
7   !!   -   ! 2017-04 (M. Stringer)        Code taken from trcbio_medusa.F90
8   !!   -   ! 2017-08 (A. Yool)            Amend bethic reservoir updating
9   !!----------------------------------------------------------------------
10#if defined key_medusa
11   !!----------------------------------------------------------------------
12   !!                                                   MEDUSA bio-model
13   !!----------------------------------------------------------------------
14
15   IMPLICIT NONE
16   PRIVATE
17     
18   PUBLIC   bio_medusa_fin     ! Called in trcbio_medusa.F90
19
20   !!----------------------------------------------------------------------
21   !! NEMO/TOP 2.0 , LOCEAN-IPSL (2007)
22   !! $Id$
23   !! Software governed by the CeCILL licence (modipsl/doc/NEMO_CeCILL.txt)
24   !!----------------------------------------------------------------------
25
26CONTAINS
27
28   SUBROUTINE bio_medusa_fin( kt )
29      !!---------------------------------------------------------------------
30      !!                     ***  ROUTINE bio_medusa_fin  ***
31      !! This called from TRC_BIO_MEDUSA and
32      !!  - ...
33      !!----------------------------------------------------------------------
34      USE bio_medusa_mod
35      USE dom_oce,           ONLY: atfp, atfp1, neuler, rdt, tmask, e3t_0
36# if defined key_vvl
37      USE dom_oce,           ONLY: e3t_n 
38# endif
39      USE in_out_manager,    ONLY: lwp, numout
40      USE iom,               ONLY: iom_put
41      USE lbclnk,            ONLY: lbc_lnk
42      USE oce,               ONLY: chloro_out_cpl 
43      USE par_medusa,        ONLY: jp_medusa_2d, jp_medusa_3d,          &
44                                   jp_medusa_trd, jpchd, jpchn
45      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpim1, jpj, jpjm1, jpk
46      USE phycst,            ONLY: rsmall
47      USE sbc_oce,           ONLY: lk_oasis
48      USE sms_medusa,        ONLY: jinorgben, jorgben,                  &
49                                   f3_co3, f3_h2co3, f3_hco3,           &
50                                   f3_omarg, f3_omcal, f3_pH,           &
51                                   za_sed_c, za_sed_ca, za_sed_fe,      &
52                                   za_sed_n, za_sed_si,                 &
53                                   zb_sed_c, zb_sed_ca, zb_sed_fe,      &
54                                   zb_sed_n, zb_sed_si,                 &
55                                   zn_sed_c, zn_sed_ca, zn_sed_fe,      &
56                                   zn_sed_n, zn_sed_si, zn_chl_srf,     &
57                                   scl_chl, chl_out
58      USE trc,               ONLY: med_diag, nittrc000, trn 
59      USE trcnam_trp,        ONLY: ln_trcadv_cen2, ln_trcadv_tvd
60 
61      !! time (integer timestep)
62      INTEGER, INTENT( in ) ::    kt
63
64      INTEGER :: ji, jj
65      INTEGER :: jn
66
67      REAL(wp) :: fq0,fq1,fq2,fq3,fq4
68
69
70   !!* Substitution
71#  include "domzgr_substitute.h90"
72
73# if defined key_roam                     
74      !!----------------------------------------------------------------------
75      !! AXY (09/08/17): fix benthic submodel
76      !!----------------------------------------------------------------------
77      !! Process benthic in/out fluxes
78      !! These can be handled outside of the 3D calculations since the
79      !! benthic pools (and fluxes) are 2D in nature; this code was
80      !! developed with help from George Nurser (NOC); it cannot be run
81      !! in a configuration with variable time-stepping with depth
82      !!----------------------------------------------------------------------
83      !!
84      !! time-step calculation
85      if (jorgben.eq.1) then
86         za_sed_n(:,:)  = zb_sed_n(:,:)  + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
87                          ( f_sbenin_n(:,:)  + f_fbenin_n(:,:)  - f_benout_n(:,:)  ))
88         za_sed_fe(:,:) = zb_sed_fe(:,:) + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
89                          ( f_sbenin_fe(:,:) + f_fbenin_fe(:,:) - f_benout_fe(:,:) ))
90         za_sed_c(:,:)  = zb_sed_c(:,:)  + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
91                          ( f_sbenin_c(:,:)  + f_fbenin_c(:,:)  - f_benout_c(:,:)  ))
92      endif
93      if (jinorgben.eq.1) then
94         za_sed_si(:,:) = zb_sed_si(:,:) + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
95                          ( f_fbenin_si(:,:) - f_benout_si(:,:) ))
96         za_sed_ca(:,:) = zb_sed_ca(:,:) + ((2. * (rdt / 86400.)) * &
97                          ( f_fbenin_ca(:,:) - f_benout_ca(:,:) ))
98      endif
99      !!
100      !! time-level calculation
101      if (jorgben.eq.1) then
102         zb_sed_n(:,:)  = zn_sed_n(:,:)  + (atfp * &
103                          ( za_sed_n(:,:)  - (2. * zn_sed_n(:,:))  + zb_sed_n(:,:)  ))
104         zn_sed_n(:,:)  = za_sed_n(:,:)
105         zb_sed_fe(:,:) = zn_sed_fe(:,:) + (atfp * &
106                          ( za_sed_fe(:,:) - (2. * zn_sed_fe(:,:)) + zb_sed_fe(:,:) ))
107         zn_sed_fe(:,:) = za_sed_fe(:,:)
108         zb_sed_c(:,:)  = zn_sed_c(:,:)  + (atfp * &
109                          ( za_sed_c(:,:)  - (2. * zn_sed_c(:,:))  + zb_sed_c(:,:)  ))
110         zn_sed_c(:,:)  = za_sed_c(:,:)
111      endif
112      if (jinorgben.eq.1) then
113         zb_sed_si(:,:) = zn_sed_si(:,:) + (atfp * &
114                          ( za_sed_si(:,:) - (2. * zn_sed_si(:,:)) + zb_sed_si(:,:) ))
115         zn_sed_si(:,:) = za_sed_si(:,:)
116         zb_sed_ca(:,:) = zn_sed_ca(:,:) + (atfp * &
117                          ( za_sed_ca(:,:) - (2. * zn_sed_ca(:,:)) + zb_sed_ca(:,:) ))
118         zn_sed_ca(:,:) = za_sed_ca(:,:)
119      endif
120# endif     
121
122#  if defined key_debug_medusa
123         !! AXY (12/07/17)
124         !!-----------------------------------------------------------------
125         !! Check conservation of MEDUSA's sinks-minus-sources using fflx_X
126         !! diagnostics (i.e. biogeochemical processes only)
127         !!   - fflx_X diagnostics *should* include all transfers between
128         !!     modelled components
129         !!   - they should also include gains / losses due to air-sea
130         !!     fluxes of C and O2, aeolian and seafloor inputs of Fe, and
131         !!     inputs from seafloor "benthic buckets" (N, Si, Fe, C and
132         !!     alkalinity)
133         !!   - however, they do not include the transfer of material to
134         !!     "benthic buckets" by sedimenting slow- and fast-sinking
135         !!     detritus since these are separate 2D reservoirs
136         !!   - consequently, for a given water column, the integrated
137         !!     fluxes should sum to the "loss" of material to the "benthic
138         !!     buckets"
139         !!   - if they do not, this suggests that MEDUSA contains errors
140         !!     in its accounting (e.g. processes omitted from calculated
141         !!     fluxes)
142         !!   - here, the local integrated fluxes and benthic inputs (plus
143         !!     air-sea fluxes in the case of C) are reported together with
144         !!     the resulting error
145         !!   - only N, Si, C and alkalinity inventories considered; Fe and
146         !!     O2 overlooked because of wholesale loss (and addition, in
147         !!     the case of O2) of these tracers within the water column
148         !!-----------------------------------------------------------------
149         !!
150         !! nitrogen
151         DO jj = 2,jpjm1
152            DO ji = 2,jpim1
153               if (tmask(ji,jj,1) == 1) then
154                  fq0 = fflx_n(ji,jj)
155                  fq1 = f_sbenin_n(ji,jj) + f_fbenin_n(ji,jj)
156                  fq2 = fq0 + fq1
157                  fq3 = f_benout_n(ji,jj)
158                  if (lwp) write (numout,'(a,2i3,a,4f15.5)')                   &
159                     'AXY N   cons: (i,j)=',ji,jj,', (flx,ben,err,out)=',      &
160                     fq0,fq1,fq2,fq3
161               ENDIF
162            ENDDO
163         ENDDO   
164         !! silicon
165         DO jj = 2,jpjm1
166            DO ji = 2,jpim1
167               if (tmask(ji,jj,1) == 1) then
168                  fq0 = fflx_si(ji,jj)
169                  fq1 = f_fbenin_si(ji,jj)
170                  fq2 = fq0 + fq1
171                  fq3 = f_benout_si(ji,jj)
172                  if (lwp) write (numout,'(a,2i3,a,4f15.5)')                   &
173                     'AXY Si  cons: (i,j)=',ji,jj,', (flx,ben,err,out)=',     &
174                     fq0,fq1,fq2,fq3
175               ENDIF
176            ENDDO
177         ENDDO   
178         !! carbon
179         DO jj = 2,jpjm1
180            DO ji = 2,jpim1
181               if (tmask(ji,jj,1) == 1) then
182                  fq0 = fflx_c(ji,jj)
183                  fq1 = f_sbenin_c(ji,jj) + f_fbenin_c(ji,jj) + f_fbenin_ca(ji,jj)
184                  fq2 = f_co2flux(ji,jj) * fse3t(ji,jj,1)
185                  fq3 = fq0 + fq1
186                  fq4 = f_benout_c(ji,jj) + f_benout_ca(ji,jj)
187                  if (lwp) write (numout,'(a,2i3,a,5f15.5)')                   &
188                     'AXY C   cons: (i,j)=',ji,jj,', (flx,ben,asf,err,out)=', &
189                     fq0,fq1,fq2,fq3,fq4
190                ENDIF
191             ENDDO
192          ENDDO   
193          !! alkalinity
194          DO jj = 2,jpjm1
195             DO ji = 2,jpim1
196                if (tmask(ji,jj,1) == 1) then
197                   fq0 = fflx_a(ji,jj)
198                   fq1 = 2.0 * f_fbenin_ca(ji,jj)
199                   fq2 = fq0 + fq1
200                   fq3 = 2.0 * f_benout_ca(ji,jj)
201                   if (lwp) write (numout,'(a,2i3,a,4f15.5)')                   &
202                      'AXY alk cons: (i,j)=',ji,jj,', (flx,ben,err,out)=',     &
203                      fq0,fq1,fq2,fq3
204               ENDIF
205            ENDDO
206         ENDDO   
207#  endif
208
209         !!!---------------------------------------------------------------
210         !! Add very last diag calculations
211         !!!---------------------------------------------------------------
212         DO jj = 2,jpjm1
213            DO ji = 2,jpim1
214               !!         
215               IF( med_diag%PN_JLIM%dgsave ) THEN
216                  fjln2d(ji,jj) = fjln2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pn(ji,jj), rsmall)
217               ENDIF
218               IF( med_diag%PN_NLIM%dgsave ) THEN
219                  fnln2d(ji,jj) = fnln2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pn(ji,jj), rsmall)
220               ENDIF
221               IF( med_diag%PN_FELIM%dgsave ) THEN
222                  ffln2d(ji,jj) = ffln2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pn(ji,jj), rsmall)
223               ENDIF
224               IF( med_diag%PD_JLIM%dgsave ) THEN
225                  fjld2d(ji,jj) = fjld2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
226               ENDIF
227               IF( med_diag%PD_NLIM%dgsave ) THEN
228                  fnld2d(ji,jj) = fnld2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
229               ENDIF
230               IF( med_diag%PD_FELIM%dgsave ) THEN
231                  ffld2d(ji,jj) = ffld2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
232               ENDIF
233               IF( med_diag%PD_SILIM%dgsave ) THEN
234                  fsld2d2(ji,jj) = fsld2d2(ji,jj) / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
235               ENDIF
236               IF( med_diag%PDSILIM2%dgsave ) THEN
237                  fsld2d(ji,jj) = fsld2d(ji,jj)   / MAX(ftot_pd(ji,jj), rsmall)
238               ENDIF
239            ENDDO
240         ENDDO
241
242         !!!---------------------------------------------------------------
243         !! Calculates Chl diag for UM coupling
244         !!!---------------------------------------------------------------
245         !! JPALM -- 02-06-2017 --
246         !! add Chl surf coupling
247         !! no need to output, just pass to cpl var
248         IF (lk_oasis) THEN
249            IF (chl_out.eq.1) THEN
250               !! export and scale surface chl
251               zn_chl_srf(:,:) = MAX( 0.0, (trn(:,:,1,jpchd) + trn(:,:,1,jpchn)) * 1.0E-6 )
252                                 !! surf Chl in Kg-chl/m3 as needed for cpl
253            ELSEIF (chl_out.eq.2) THEN
254               !! export and scale mld chl
255               zn_chl_srf(:,:) = MAX( 0.0, fchl_ml(:,:) * 1.0E-6 )
256                                 !! mld Chl in Kg-chl/m3 as needed for cpl
257            ENDIF
258            chloro_out_cpl(:,:) = zn_chl_srf(:,:) * scl_chl        !! Coupling Chl
259         END IF
260
261         !!----------------------------------------------------------------
262         !! Add in XML diagnostics stuff
263         !!----------------------------------------------------------------
264         !!
265         !! ** 2D diagnostics
266#   if defined key_debug_medusa
267         IF (lwp) write (numout,*) 'bio_medusa_fin: export all diag kt = ', kt
268         CALL flush(numout)
269#   endif
270         IF ( med_diag%INVTN%dgsave ) THEN
271            CALL iom_put( "INVTN"  , ftot_n )
272         ENDIF
273         IF ( med_diag%INVTSI%dgsave ) THEN
274            CALL iom_put( "INVTSI"  , ftot_si )
275         ENDIF
276         IF ( med_diag%INVTFE%dgsave ) THEN
277            CALL iom_put( "INVTFE"  , ftot_fe )
278         ENDIF                           
279         IF ( med_diag%ML_PRN%dgsave ) THEN
280            CALL iom_put( "ML_PRN"  , fprn_ml )
281         ENDIF
282         IF ( med_diag%ML_PRD%dgsave ) THEN
283            CALL iom_put( "ML_PRD"  , fprd_ml )
284         ENDIF
285         IF ( med_diag%OCAL_LVL%dgsave ) THEN
286            CALL iom_put( "OCAL_LVL"  , fccd )
287         ENDIF
288         IF ( med_diag%CHL_MLD%dgsave ) THEN
289            CALL iom_put( "CHL_MLD"  , fchl_ml )
290         ENDIF
291         IF (lk_oasis) THEN
292            IF ( med_diag%CHL_CPL%dgsave ) THEN
293               CALL iom_put( "CHL_CPL"  , chloro_out_cpl )
294            ENDIF
295         ENDIF
296         IF ( med_diag%PN_JLIM%dgsave ) THEN
297            CALL iom_put( "PN_JLIM"  , fjln2d )
298            DEALLOCATE( fjln2d )
299         ENDIF
300         IF ( med_diag%PN_NLIM%dgsave ) THEN
301            CALL iom_put( "PN_NLIM"  , fnln2d )
302            DEALLOCATE( fnln2d )
303         ENDIF
304         IF ( med_diag%PN_FELIM%dgsave ) THEN
305            CALL iom_put( "PN_FELIM"  , ffln2d )
306            DEALLOCATE( ffln2d )
307         ENDIF
308         IF ( med_diag%PD_JLIM%dgsave ) THEN
309            CALL iom_put( "PD_JLIM"  , fjld2d )
310            DEALLOCATE( fjld2d )
311         ENDIF
312         IF ( med_diag%PD_NLIM%dgsave ) THEN
313            CALL iom_put( "PD_NLIM"  , fnld2d )
314            DEALLOCATE( fnld2d )
315         ENDIF
316         IF ( med_diag%PD_FELIM%dgsave ) THEN
317            CALL iom_put( "PD_FELIM"  , ffld2d )
318            DEALLOCATE( ffld2d )
319         ENDIF
320         IF ( med_diag%PD_SILIM%dgsave ) THEN
321            CALL iom_put( "PD_SILIM"  , fsld2d2 )
322            DEALLOCATE( fsld2d2 )
323         ENDIF
324         IF ( med_diag%PDSILIM2%dgsave ) THEN
325            CALL iom_put( "PDSILIM2"  , fsld2d )
326            DEALLOCATE( fsld2d )
327         ENDIF
328         IF ( med_diag%INTFLX_N%dgsave ) THEN
329            CALL iom_put( "INTFLX_N"  , fflx_n )
330         ENDIF
331         IF ( med_diag%INTFLX_SI%dgsave ) THEN
332            CALL iom_put( "INTFLX_SI"  , fflx_si )
333         ENDIF
334         IF ( med_diag%INTFLX_FE%dgsave ) THEN
335            CALL iom_put( "INTFLX_FE"  , fflx_fe )
336         ENDIF       
337         IF ( med_diag%INT_PN%dgsave ) THEN
338            CALL iom_put( "INT_PN"  , ftot_pn )
339         ENDIF
340         IF ( med_diag%INT_PD%dgsave ) THEN
341            CALL iom_put( "INT_PD"  , ftot_pd )
342         ENDIF         
343         IF ( med_diag%INT_ZMI%dgsave ) THEN
344            CALL iom_put( "INT_ZMI"  , ftot_zmi )
345         ENDIF
346         IF ( med_diag%INT_ZME%dgsave ) THEN
347            CALL iom_put( "INT_ZME"  , ftot_zme )
348         ENDIF
349         IF ( med_diag%INT_DET%dgsave ) THEN
350            CALL iom_put( "INT_DET"  , ftot_det )
351         ENDIF
352         IF ( med_diag%INT_DTC%dgsave ) THEN
353            CALL iom_put( "INT_DTC"  , ftot_dtc )
354         ENDIF
355         IF ( med_diag%BEN_N%dgsave ) THEN
356            CALL iom_put( "BEN_N"  , za_sed_n )
357         ENDIF
358         IF ( med_diag%BEN_FE%dgsave ) THEN
359            CALL iom_put( "BEN_FE"  , za_sed_fe )
360         ENDIF
361         IF ( med_diag%BEN_C%dgsave ) THEN
362            CALL iom_put( "BEN_C"  , za_sed_c )
363         ENDIF
364         IF ( med_diag%BEN_SI%dgsave ) THEN
365            CALL iom_put( "BEN_SI"  , za_sed_si )
366         ENDIF
367         IF ( med_diag%BEN_CA%dgsave ) THEN
368            CALL iom_put( "BEN_CA"  , za_sed_ca )
369         ENDIF
370         IF ( med_diag%RUNOFF%dgsave ) THEN
371            CALL iom_put( "RUNOFF"  , f_runoff )
372         ENDIF 
373# if defined key_roam       
374         IF ( med_diag%N_PROD%dgsave ) THEN
375            CALL iom_put( "N_PROD"  , fnit_prod )
376         ENDIF
377         IF ( med_diag%N_CONS%dgsave ) THEN
378            CALL iom_put( "N_CONS"  , fnit_cons )
379         ENDIF
380         IF ( med_diag%C_PROD%dgsave ) THEN
381            CALL iom_put( "C_PROD"  , fcar_prod )
382         ENDIF
383         IF ( med_diag%C_CONS%dgsave ) THEN
384            CALL iom_put( "C_CONS"  , fcar_cons )
385         ENDIF
386         IF ( med_diag%O2_PROD%dgsave ) THEN
387            CALL iom_put( "O2_PROD"  , foxy_prod )
388         ENDIF
389         IF ( med_diag%O2_CONS%dgsave ) THEN
390            CALL iom_put( "O2_CONS"  , foxy_cons )
391         ENDIF
392         IF ( med_diag%O2_ANOX%dgsave ) THEN
393            CALL iom_put( "O2_ANOX"  , foxy_anox )
394         ENDIF
395         IF ( med_diag%INVTC%dgsave ) THEN
396            CALL iom_put( "INVTC"  , ftot_c )
397         ENDIF
398         IF ( med_diag%INVTALK%dgsave ) THEN
399            CALL iom_put( "INVTALK"  , ftot_a )
400         ENDIF
401         IF ( med_diag%INVTO2%dgsave ) THEN
402            CALL iom_put( "INVTO2"  , ftot_o2 )
403         ENDIF
404         IF ( med_diag%COM_RESP%dgsave ) THEN
405            CALL iom_put( "COM_RESP"  , fcomm_resp )
406         ENDIF         
407# endif     
408         !!
409         !! diagnostic filled in the i-j-k main loop
410         !!--------------------------------------------
411         IF ( med_diag%PRN%dgsave ) THEN
412            CALL iom_put( "PRN"  , fprn2d )
413            DEALLOCATE( fprn2d )
414         ENDIF
415         IF ( med_diag%MPN%dgsave ) THEN
416            CALL iom_put( "MPN"  ,fdpn2d )
417            DEALLOCATE( fdpn2d )
418         ENDIF
419         IF ( med_diag%PRD%dgsave ) THEN
420            CALL iom_put( "PRD"  ,fprd2d )
421            DEALLOCATE( fprd2d )
422         ENDIF
423         IF( med_diag%MPD%dgsave ) THEN
424            CALL iom_put( "MPD"  , fdpd2d )
425            DEALLOCATE( fdpd2d )
426         ENDIF
427         !  IF( med_diag%DSED%dgsave ) THEN
428         !      CALL iom_put( "DSED"  , ftot_n )
429         !  ENDIF
430         IF( med_diag%OPAL%dgsave ) THEN
431            CALL iom_put( "OPAL"  , fprds2d )
432            DEALLOCATE( fprds2d )
433         ENDIF
434         IF( med_diag%OPALDISS%dgsave ) THEN
435            CALL iom_put( "OPALDISS"  , fsdiss2d )
436            DEALLOCATE( fsdiss2d )
437         ENDIF
438         IF( med_diag%GMIPn%dgsave ) THEN
439            CALL iom_put( "GMIPn"  , fgmipn2d )
440            DEALLOCATE( fgmipn2d )
441         ENDIF
442         IF( med_diag%GMID%dgsave ) THEN
443            CALL iom_put( "GMID"  , fgmid2d )
444            DEALLOCATE( fgmid2d )
445         ENDIF
446         IF( med_diag%MZMI%dgsave ) THEN
447            CALL iom_put( "MZMI"  , fdzmi2d )
448            DEALLOCATE( fdzmi2d )
449         ENDIF
450         IF( med_diag%GMEPN%dgsave ) THEN
451            CALL iom_put( "GMEPN"  , fgmepn2d )
452            DEALLOCATE( fgmepn2d )
453         ENDIF
454         IF( med_diag%GMEPD%dgsave ) THEN
455            CALL iom_put( "GMEPD"  , fgmepd2d )
456            DEALLOCATE( fgmepd2d )
457         ENDIF
458         IF( med_diag%GMEZMI%dgsave ) THEN
459            CALL iom_put( "GMEZMI"  , fgmezmi2d )
460            DEALLOCATE( fgmezmi2d )
461         ENDIF
462         IF( med_diag%GMED%dgsave ) THEN
463            CALL iom_put( "GMED"  , fgmed2d )
464            DEALLOCATE( fgmed2d )
465         ENDIF
466         IF( med_diag%MZME%dgsave ) THEN
467            CALL iom_put( "MZME"  , fdzme2d )
468            DEALLOCATE( fdzme2d )
469         ENDIF
470         !  IF( med_diag%DEXP%dgsave ) THEN
471         !      CALL iom_put( "DEXP"  , ftot_n )
472         !  ENDIF
473         IF( med_diag%DETN%dgsave ) THEN
474            CALL iom_put( "DETN"  , fslown2d )
475            DEALLOCATE( fslown2d )
476         ENDIF
477         IF( med_diag%MDET%dgsave ) THEN
478            CALL iom_put( "MDET"  , fdd2d )
479            DEALLOCATE( fdd2d )
480         ENDIF
481         IF( med_diag%AEOLIAN%dgsave ) THEN
482            CALL iom_put( "AEOLIAN"  , ffetop2d )
483            DEALLOCATE( ffetop2d )
484         ENDIF
485         IF( med_diag%BENTHIC%dgsave ) THEN
486            CALL iom_put( "BENTHIC"  , ffebot2d )
487            DEALLOCATE( ffebot2d )
488         ENDIF
489         IF( med_diag%SCAVENGE%dgsave ) THEN
490            CALL iom_put( "SCAVENGE"  , ffescav2d )
491            DEALLOCATE( ffescav2d )
492         ENDIF
493         !!
494         IF( med_diag%TOTREG_N%dgsave ) THEN
495            CALL iom_put( "TOTREG_N"  , fregen2d )
496            DEALLOCATE( fregen2d )
497         ENDIF
498         IF( med_diag%TOTRG_SI%dgsave ) THEN
499            CALL iom_put( "TOTRG_SI"  , fregensi2d )
500            DEALLOCATE( fregensi2d )
501         ENDIF
502         !!
503         IF( med_diag%FASTN%dgsave ) THEN
504            CALL iom_put( "FASTN"  , ftempn2d )
505            DEALLOCATE( ftempn2d )
506         ENDIF
507         IF( med_diag%FASTSI%dgsave ) THEN
508            CALL iom_put( "FASTSI"  , ftempsi2d )
509            DEALLOCATE( ftempsi2d )
510         ENDIF
511         IF( med_diag%FASTFE%dgsave ) THEN
512            CALL iom_put( "FASTFE"  , ftempfe2d )
513            DEALLOCATE( ftempfe2d )
514         ENDIF
515         IF( med_diag%FASTC%dgsave ) THEN
516            CALL iom_put( "FASTC"  , ftempc2d )
517            DEALLOCATE( ftempc2d )
518         ENDIF
519         IF( med_diag%FASTCA%dgsave ) THEN
520            CALL iom_put( "FASTCA"  , ftempca2d )
521            DEALLOCATE( ftempca2d )
522         ENDIF
523         !!
524         IF( med_diag%REMINN%dgsave ) THEN
525            CALL iom_put( "REMINN"  , freminn2d )
526            DEALLOCATE( freminn2d )
527         ENDIF
528         IF( med_diag%REMINSI%dgsave ) THEN
529            CALL iom_put( "REMINSI"  , freminsi2d )
530            DEALLOCATE( freminsi2d )
531         ENDIF
532         IF( med_diag%REMINFE%dgsave ) THEN
533            CALL iom_put( "REMINFE"  , freminfe2d )
534            DEALLOCATE( freminfe2d )
535         ENDIF
536         IF( med_diag%REMINC%dgsave ) THEN
537            CALL iom_put( "REMINC"  , freminc2d )
538            DEALLOCATE( freminc2d )
539         ENDIF
540         IF( med_diag%REMINCA%dgsave ) THEN
541            CALL iom_put( "REMINCA"  , freminca2d )
542            DEALLOCATE( freminca2d )
543         ENDIF
544         IF( med_diag%SEAFLRN%dgsave ) THEN
545            CALL iom_put( "SEAFLRN"  , fsedn )
546         ENDIF
547         IF( med_diag%SEAFLRSI%dgsave ) THEN
548            CALL iom_put( "SEAFLRSI"  , fsedsi )
549         ENDIF
550         IF( med_diag%SEAFLRFE%dgsave ) THEN
551            CALL iom_put( "SEAFLRFE"  , fsedfe )
552         ENDIF
553         IF( med_diag%SEAFLRC%dgsave ) THEN
554            CALL iom_put( "SEAFLRC"  , fsedc )
555         ENDIF
556         IF( med_diag%SEAFLRCA%dgsave ) THEN
557            CALL iom_put( "SEAFLRCA"  , fsedca )
558         ENDIF
559         !!
560# if defined key_roam           
561         !!
562         IF( med_diag%RIV_N%dgsave ) THEN
563            CALL iom_put( "RIV_N"  , rivn2d )
564            DEALLOCATE( rivn2d )
565         ENDIF
566         IF( med_diag%RIV_SI%dgsave ) THEN
567            CALL iom_put( "RIV_SI"  , rivsi2d )
568            DEALLOCATE( rivsi2d )
569         ENDIF
570         IF( med_diag%RIV_C%dgsave ) THEN
571            CALL iom_put( "RIV_C"  , rivc2d )
572            DEALLOCATE( rivc2d )
573         ENDIF
574         IF( med_diag%RIV_ALK%dgsave ) THEN
575            CALL iom_put( "RIV_ALK"  , rivalk2d )
576            DEALLOCATE( rivalk2d )
577         ENDIF
578         IF( med_diag%DETC%dgsave ) THEN
579            CALL iom_put( "DETC"  , fslowc2d )
580            DEALLOCATE( fslowc2d )
581         ENDIF
582         !!
583         IF( med_diag%PN_LLOSS%dgsave ) THEN
584            CALL iom_put( "PN_LLOSS"  , fdpn22d )
585            DEALLOCATE( fdpn22d )
586         ENDIF
587         IF( med_diag%PD_LLOSS%dgsave ) THEN
588            CALL iom_put( "PD_LLOSS"  , fdpd22d )
589            DEALLOCATE( fdpd22d )
590         ENDIF
591         IF( med_diag%ZI_LLOSS%dgsave ) THEN
592            CALL iom_put( "ZI_LLOSS"  , fdzmi22d )
593             DEALLOCATE( fdzmi22d )
594          ENDIF
595          IF( med_diag%ZE_LLOSS%dgsave ) THEN
596             CALL iom_put( "ZE_LLOSS"  , fdzme22d )
597             DEALLOCATE( fdzme22d )
598          ENDIF
599          IF( med_diag%ZI_MES_N%dgsave ) THEN
600             CALL iom_put( "ZI_MES_N"  , zimesn2d )
601             DEALLOCATE( zimesn2d )
602          ENDIF
603          IF( med_diag%ZI_MES_D%dgsave ) THEN
604             CALL iom_put( "ZI_MES_D"  , zimesd2d )
605             DEALLOCATE( zimesd2d )
606          ENDIF
607          IF( med_diag%ZI_MES_C%dgsave ) THEN
608             CALL iom_put( "ZI_MES_C"  , zimesc2d )
609             DEALLOCATE( zimesc2d )
610          ENDIF
611          IF( med_diag%ZI_MESDC%dgsave ) THEN
612             CALL iom_put( "ZI_MESDC"  ,zimesdc2d )
613             DEALLOCATE( zimesdc2d )
614          ENDIF
615          IF( med_diag%ZI_EXCR%dgsave ) THEN
616             CALL iom_put( "ZI_EXCR"  , ziexcr2d )
617             DEALLOCATE( ziexcr2d )
618          ENDIF
619          IF( med_diag%ZI_RESP%dgsave ) THEN
620             CALL iom_put( "ZI_RESP"  , ziresp2d )
621             DEALLOCATE( ziresp2d )
622          ENDIF
623          IF( med_diag%ZI_GROW%dgsave ) THEN
624             CALL iom_put( "ZI_GROW"  , zigrow2d )
625             DEALLOCATE( zigrow2d )
626          ENDIF
627          IF( med_diag%ZE_MES_N%dgsave ) THEN
628             CALL iom_put( "ZE_MES_N"  , zemesn2d )
629             DEALLOCATE( zemesn2d )
630          ENDIF
631          IF( med_diag%ZE_MES_D%dgsave ) THEN
632             CALL iom_put( "ZE_MES_D"  , zemesd2d )
633             DEALLOCATE( zemesd2d )
634          ENDIF
635          IF( med_diag%ZE_MES_C%dgsave ) THEN
636             CALL iom_put( "ZE_MES_C"  , zemesc2d )
637             DEALLOCATE( zemesc2d )
638          ENDIF
639          IF( med_diag%ZE_MESDC%dgsave ) THEN
640             CALL iom_put( "ZE_MESDC"  , zemesdc2d )
641             DEALLOCATE( zemesdc2d )
642          ENDIF
643          IF( med_diag%ZE_EXCR%dgsave ) THEN
644             CALL iom_put( "ZE_EXCR"  , zeexcr2d )
645             DEALLOCATE( zeexcr2d )
646          ENDIF
647          IF( med_diag%ZE_RESP%dgsave ) THEN
648             CALL iom_put( "ZE_RESP"  , zeresp2d )
649             DEALLOCATE( zeresp2d )
650          ENDIF
651          IF( med_diag%ZE_GROW%dgsave ) THEN
652             CALL iom_put( "ZE_GROW"  , zegrow2d )
653             DEALLOCATE( zegrow2d )
654          ENDIF
655          IF( med_diag%MDETC%dgsave ) THEN
656             CALL iom_put( "MDETC"  , mdetc2d )
657             DEALLOCATE( mdetc2d )
658          ENDIF
659          IF( med_diag%GMIDC%dgsave ) THEN
660             CALL iom_put( "GMIDC"  , gmidc2d )
661             DEALLOCATE( gmidc2d )
662          ENDIF
663          IF( med_diag%GMEDC%dgsave ) THEN
664             CALL iom_put( "GMEDC"  , gmedc2d )
665             DEALLOCATE( gmedc2d )
666          ENDIF
667          IF( med_diag%IBEN_N%dgsave ) THEN
668             CALL iom_put( "IBEN_N"  , iben_n2d )
669             DEALLOCATE( iben_n2d )
670          ENDIF
671          IF( med_diag%IBEN_FE%dgsave ) THEN
672             CALL iom_put( "IBEN_FE"  , iben_fe2d )
673             DEALLOCATE( iben_fe2d )
674          ENDIF
675          IF( med_diag%IBEN_C%dgsave ) THEN
676             CALL iom_put( "IBEN_C"  , iben_c2d )
677             DEALLOCATE( iben_c2d )
678          ENDIF
679          IF( med_diag%IBEN_SI%dgsave ) THEN
680             CALL iom_put( "IBEN_SI"  , iben_si2d )
681             DEALLOCATE( iben_si2d )
682          ENDIF
683          IF( med_diag%IBEN_CA%dgsave ) THEN
684             CALL iom_put( "IBEN_CA"  , iben_ca2d )
685             DEALLOCATE( iben_ca2d )
686          ENDIF
687          IF( med_diag%OBEN_N%dgsave ) THEN
688             CALL iom_put( "OBEN_N"  , oben_n2d )
689             DEALLOCATE( oben_n2d )
690          ENDIF
691          IF( med_diag%OBEN_FE%dgsave ) THEN
692             CALL iom_put( "OBEN_FE"  , oben_fe2d )
693             DEALLOCATE( oben_fe2d )
694          ENDIF
695          IF( med_diag%OBEN_C%dgsave ) THEN
696             CALL iom_put( "OBEN_C"  , oben_c2d )
697             DEALLOCATE( oben_c2d )
698          ENDIF
699          IF( med_diag%OBEN_SI%dgsave ) THEN
700             CALL iom_put( "OBEN_SI"  , oben_si2d )
701             DEALLOCATE( oben_si2d )
702          ENDIF
703          IF( med_diag%OBEN_CA%dgsave ) THEN
704             CALL iom_put( "OBEN_CA"  , oben_ca2d )
705             DEALLOCATE( oben_ca2d )
706          ENDIF
707          IF( med_diag%SFR_OCAL%dgsave ) THEN
708             CALL iom_put( "SFR_OCAL"  , sfr_ocal2d )
709             DEALLOCATE( sfr_ocal2d )
710          ENDIF
711          IF( med_diag%SFR_OARG%dgsave ) THEN
712             CALL iom_put( "SFR_OARG"  , sfr_oarg2d )
713             DEALLOCATE( sfr_oarg2d )
714          ENDIF
715          IF( med_diag%LYSO_CA%dgsave ) THEN
716             CALL iom_put( "LYSO_CA"  , lyso_ca2d )
717             DEALLOCATE( lyso_ca2d )
718          ENDIF
719# endif                   
720          !!
721          !! ** 3D diagnostics
722          IF( med_diag%TPP3%dgsave ) THEN
723             CALL iom_put( "TPP3"  , tpp3d )
724             DEALLOCATE( tpp3d )
725          ENDIF
726          IF( med_diag%DETFLUX3%dgsave ) THEN
727             CALL iom_put( "DETFLUX3"  , detflux3d )
728             DEALLOCATE( detflux3d )
729          ENDIF
730          IF( med_diag%REMIN3N%dgsave ) THEN
731             CALL iom_put( "REMIN3N"  , remin3dn )
732             DEALLOCATE( remin3dn )
733          ENDIF
734# if defined key_roam         
735          IF( med_diag%PH3%dgsave ) THEN
736             CALL iom_put( "PH3"  , f3_pH )
737          ENDIF
738          IF( med_diag%OM_CAL3%dgsave ) THEN
739             CALL iom_put( "OM_CAL3"  , f3_omcal )
740          ENDIF
741          !!
742          !! AXY (09/11/16): 2D CMIP6 diagnostics
743          IF( med_diag%INTDISSIC%dgsave ) THEN
744             CALL iom_put( "INTDISSIC"  , intdissic )
745             DEALLOCATE( intdissic )
746          ENDIF         
747          IF( med_diag%INTDISSIN%dgsave ) THEN
748             CALL iom_put( "INTDISSIN"  , intdissin )
749             DEALLOCATE( intdissin )
750          ENDIF         
751          IF( med_diag%INTDISSISI%dgsave ) THEN
752             CALL iom_put( "INTDISSISI"  , intdissisi )
753             DEALLOCATE( intdissisi )
754          ENDIF         
755          IF( med_diag%INTTALK%dgsave ) THEN
756             CALL iom_put( "INTTALK"  , inttalk )
757             DEALLOCATE( inttalk )
758          ENDIF         
759          IF( med_diag%O2min%dgsave ) THEN
760             CALL iom_put( "O2min"  , o2min )
761             DEALLOCATE( o2min )
762          ENDIF         
763          IF( med_diag%ZO2min%dgsave ) THEN
764             CALL iom_put( "ZO2min"  , zo2min )
765             DEALLOCATE( zo2min )
766          ENDIF         
767          IF( med_diag%FBDDTALK%dgsave ) THEN
768             CALL iom_put( "FBDDTALK"  , fbddtalk )
769             DEALLOCATE( fbddtalk )
770          ENDIF         
771          IF( med_diag%FBDDTDIC%dgsave ) THEN
772             CALL iom_put( "FBDDTDIC"  , fbddtdic )
773             DEALLOCATE( fbddtdic )
774          ENDIF         
775          IF( med_diag%FBDDTDIFE%dgsave ) THEN
776             CALL iom_put( "FBDDTDIFE" , fbddtdife )
777             DEALLOCATE( fbddtdife )
778          ENDIF         
779          IF( med_diag%FBDDTDIN%dgsave ) THEN
780             CALL iom_put( "FBDDTDIN"  , fbddtdin )
781             DEALLOCATE( fbddtdin )
782          ENDIF         
783          IF( med_diag%FBDDTDISI%dgsave ) THEN
784             CALL iom_put( "FBDDTDISI" , fbddtdisi )
785             DEALLOCATE( fbddtdisi )
786          ENDIF   
787          !!
788          !! AXY (09/11/16): 3D CMIP6 diagnostics
789          IF( med_diag%TPPD3%dgsave ) THEN
790             CALL iom_put( "TPPD3"     , tppd3 )
791             DEALLOCATE( tppd3 )
792          ENDIF         
793          IF( med_diag%BDDTALK3%dgsave ) THEN
794             CALL iom_put( "BDDTALK3"  , bddtalk3 )
795             DEALLOCATE( bddtalk3 )
796          ENDIF         
797          IF( med_diag%BDDTDIC3%dgsave ) THEN
798             CALL iom_put( "BDDTDIC3"  , bddtdic3 )
799             DEALLOCATE( bddtdic3 )
800          ENDIF         
801          IF( med_diag%BDDTDIFE3%dgsave ) THEN
802             CALL iom_put( "BDDTDIFE3" , bddtdife3 )
803             DEALLOCATE( bddtdife3 )
804          ENDIF         
805          IF( med_diag%BDDTDIN3%dgsave ) THEN
806             CALL iom_put( "BDDTDIN3"  , bddtdin3 )
807             DEALLOCATE( bddtdin3 )
808          ENDIF         
809          IF( med_diag%BDDTDISI3%dgsave ) THEN
810             CALL iom_put( "BDDTDISI3" , bddtdisi3 )
811             DEALLOCATE( bddtdisi3 )
812          ENDIF   
813          IF( med_diag%FD_NIT3%dgsave ) THEN
814             CALL iom_put( "FD_NIT3"  , fd_nit3 )
815             DEALLOCATE( fd_nit3 )
816          ENDIF
817          IF( med_diag%FD_SIL3%dgsave ) THEN
818             CALL iom_put( "FD_SIL3"  , fd_sil3 )
819             DEALLOCATE( fd_sil3 )
820          ENDIF
821          IF( med_diag%FD_CAL3%dgsave ) THEN
822             CALL iom_put( "FD_CAL3"  , fd_cal3 )
823             DEALLOCATE( fd_cal3 )
824          ENDIF
825          IF( med_diag%FD_CAR3%dgsave ) THEN
826             CALL iom_put( "FD_CAR3"  , fd_car3 )
827             DEALLOCATE( fd_car3 )
828          ENDIF
829          IF( med_diag%CO33%dgsave ) THEN
830             CALL iom_put( "CO33"  , f3_co3 )
831          ENDIF                   
832          IF( med_diag%CO3SATARAG3%dgsave ) THEN
833             CALL iom_put( "CO3SATARAG3"  , f3_omarg )
834          ENDIF                   
835          IF( med_diag%CO3SATCALC3%dgsave ) THEN
836             CALL iom_put( "CO3SATCALC3"  , f3_omcal )
837          ENDIF                   
838          IF( med_diag%EXPC3%dgsave ) THEN
839             CALL iom_put( "EXPC3"  , expc3 )
840             DEALLOCATE( expc3 )
841          ENDIF                   
842          IF( med_diag%EXPN3%dgsave ) THEN
843             CALL iom_put( "EXPN3"  , expn3 )
844             DEALLOCATE( expn3 )
845          ENDIF                   
846          IF( med_diag%DCALC3%dgsave ) THEN
847             CALL iom_put( "DCALC3"  , dcalc3 )
848             DEALLOCATE( dcalc3 )
849          ENDIF                   
850          IF( med_diag%FEDISS3%dgsave ) THEN
851             CALL iom_put( "FEDISS3"  , fediss3 )
852             DEALLOCATE( fediss3 )
853          ENDIF                   
854          IF( med_diag%FESCAV3%dgsave ) THEN
855             CALL iom_put( "FESCAV3"  , fescav3 )
856             DEALLOCATE( fescav3 )
857          ENDIF                   
858          IF( med_diag%MIGRAZP3%dgsave ) THEN
859             CALL iom_put( "MIGRAZP3"  , migrazp3 )
860             DEALLOCATE( migrazp3 )
861          ENDIF                   
862          IF( med_diag%MIGRAZD3%dgsave ) THEN
863             CALL iom_put( "MIGRAZD3"  , migrazd3 )
864             DEALLOCATE( migrazd3 )
865          ENDIF                   
866          IF( med_diag%MEGRAZP3%dgsave ) THEN
867             CALL iom_put( "MEGRAZP3"  , megrazp3 )
868             DEALLOCATE( megrazp3 )
869          ENDIF                   
870          IF( med_diag%MEGRAZD3%dgsave ) THEN
871             CALL iom_put( "MEGRAZD3"  , megrazd3 )
872             DEALLOCATE( megrazd3 )
873          ENDIF                   
874          IF( med_diag%MEGRAZZ3%dgsave ) THEN
875             CALL iom_put( "MEGRAZZ3"  , megrazz3 )
876             DEALLOCATE( megrazz3 )
877          ENDIF                   
878          IF( med_diag%O2SAT3%dgsave ) THEN
879             CALL iom_put( "O2SAT3"  , o2sat3 )
880             DEALLOCATE( o2sat3 )
881          ENDIF                   
882          IF( med_diag%PBSI3%dgsave ) THEN
883             CALL iom_put( "PBSI3"  , pbsi3 )
884             DEALLOCATE( pbsi3 )
885          ENDIF                   
886          IF( med_diag%PCAL3%dgsave ) THEN
887             CALL iom_put( "PCAL3"  , pcal3 )
888             DEALLOCATE( pcal3 )
889          ENDIF                   
890          IF( med_diag%REMOC3%dgsave ) THEN
891             CALL iom_put( "REMOC3"  , remoc3 )
892             DEALLOCATE( remoc3 )
893          ENDIF                   
894          IF( med_diag%PNLIMJ3%dgsave ) THEN
895             CALL iom_put( "PNLIMJ3" , pnlimj3 )
896             DEALLOCATE( pnlimj3 )
897          ENDIF                   
898          IF( med_diag%PNLIMN3%dgsave ) THEN
899             CALL iom_put( "PNLIMN3" , pnlimn3 )
900             DEALLOCATE( pnlimn3 )
901          ENDIF                   
902          IF( med_diag%PNLIMFE3%dgsave ) THEN
903             CALL iom_put( "PNLIMFE3" , pnlimfe3 )
904             DEALLOCATE( pnlimfe3 )
905          ENDIF                   
906          IF( med_diag%PDLIMJ3%dgsave ) THEN
907             CALL iom_put( "PDLIMJ3" , pdlimj3 )
908             DEALLOCATE( pdlimj3 )
909          ENDIF                   
910          IF( med_diag%PDLIMN3%dgsave ) THEN
911             CALL iom_put( "PDLIMN3" , pdlimn3 )
912             DEALLOCATE( pdlimn3 )
913          ENDIF                   
914          IF( med_diag%PDLIMFE3%dgsave ) THEN
915             CALL iom_put( "PDLIMFE3" , pdlimfe3 )
916             DEALLOCATE( pdlimfe3 )
917          ENDIF                   
918          IF( med_diag%PDLIMSI3%dgsave ) THEN
919             CALL iom_put( "PDLIMSI3" , pdlimsi3 )
920             DEALLOCATE( pdlimsi3 )
921          ENDIF                   
922         
923# endif         
924
925          DEALLOCATE( zw2d )
926
927   END SUBROUTINE bio_medusa_fin
928
929#else
930   !!======================================================================
931   !!  Dummy module :                                   No MEDUSA bio-model
932   !!======================================================================
933CONTAINS
934   SUBROUTINE bio_medusa_fin( )                    ! Empty routine
935      WRITE(*,*) 'bio_medusa_fin: You should not have seen this print! error?'
936   END SUBROUTINE bio_medusa_fin
937#endif 
938
939   !!======================================================================
940END MODULE bio_medusa_fin_mod
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.