New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
bio_medusa_mod.F90 in branches/UKMO/dev_r5518_medusa_chg_trc_bio_medusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA – NEMO

source: branches/UKMO/dev_r5518_medusa_chg_trc_bio_medusa/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MEDUSA/bio_medusa_mod.F90 @ 7927

Last change on this file since 7927 was 7927, checked in by marc, 7 years ago

Moving the diagnostics at end of the big DO loop in trcbio_medusa.F90 into bio_medusa_diag_slice.F90
File size: 11.9 KB
Line 
1MODULE bio_medusa_mod
2   !!======================================================================
3   !!                      ***  MODULE  bio_medusa_mod  ***
4   !! MEDUSA variables   :  module for MEDUSA variables which are shared
5   !!                       across subroutines
6   !!======================================================================
7   !! History :
8   !!   -   ! 2017-04 (M. Stringer)        Code taken from trcbio_medusa.F90
9   !!----------------------------------------------------------------------
10#if defined key_medusa
11   !!----------------------------------------------------------------------
12   !!   'key_medusa'                                           MEDUSA
13   !!----------------------------------------------------------------------
14   USE par_kind,          ONLY: wp
15   
16   IMPLICIT NONE
17   PUBLIC
18
19   PUBLIC   bio_medusa_alloc     ! called by trcini.F90
20
21
22   !! AXY (01/03/10): add in mixed layer PP diagnostics
23   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fprn_ml,fprd_ml
24
25   !! Variable for iron-ligand system
26   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: xFree
27
28   !! Mortality/Remineralisation
29   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fslownflux, fslowcflux
30   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fregenfast,fregenfastsi
31# if defined key_roam
32   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fregenfastc
33# endif
34
35   !! Particle flux
36   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: ffastn,ffastsi,ffastfe
37   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: ffastc,ffastca
38   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fsedn,fsedsi,fsedfe,fsedc,fsedca
39   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fccd
40
41   !! water column nutrient and flux integrals
42   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: ftot_n,ftot_si,ftot_fe
43   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fflx_n,fflx_si,fflx_fe
44   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fifd_n,fifd_si,fifd_fe
45   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fofd_n,fofd_si,fofd_fe
46# if defined key_roam
47   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: ftot_c,ftot_a,ftot_o2
48   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fflx_c,fflx_a,fflx_o2
49   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fifd_c,fifd_a,fifd_o2
50   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fofd_c,fofd_a,fofd_o2
51# endif
52
53   !! Zooplankton grazing integrals
54   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fzmi_i,fzmi_o,fzme_i,fzme_o
55
56   !! Limitation term temporary variables
57   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: ftot_pn,ftot_pd
58   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: ftot_zmi,ftot_zme,ftot_det,ftot_dtc
59
60   !! Nitrogen and silicon production and consumption
61   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fnit_prod,fnit_cons
62   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fsil_prod,fsil_cons
63
64   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: f_omcal,f_omarg
65
66   !! Carbon, alkalinity production and consumption
67   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fcomm_resp
68   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: fcar_prod,fcar_cons
69
70   !! Oxygen production and consumption (and non-consumption)
71   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: foxy_prod,foxy_cons,foxy_anox
72
73   !! Benthic fluxes
74   INTEGER  ::    ibenthic
75   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: f_sbenin_n,f_sbenin_fe,f_sbenin_c
76   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: f_fbenin_n,f_fbenin_fe,f_fbenin_si
77   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: f_fbenin_c,f_fbenin_ca
78   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: f_benout_n,f_benout_fe,f_benout_si 
79   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: f_benout_c,f_benout_ca
80
81   !! Benthic fluxes of CaCO3 that shouldn't happen because of lysocline
82   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: f_benout_lyso_ca
83
84   !! riverine fluxes
85   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: f_runoff,f_riv_n,f_riv_si
86   REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: f_riv_c,f_riv_alk
87
88   !! Jpalm -- 11-10-2015 -- adapt diag to iom_use
89   !! 2D var for diagnostics.
90   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: fprn2d, fdpn2d, fprd2d, fdpd2d
91   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: fprds2d, fsdiss2d, fgmipn2d
92   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: fgmid2d, fdzmi2d, fgmepn2d
93   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: fgmepd2d, fgmezmi2d, fgmed2d
94   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: fdzme2d, fslown2d, fdd2d
95   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: ffetop2d, ffebot2d, ffescav2d
96   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: fjln2d, fnln2d, ffln2d, fjld2d
97   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: fnld2d, ffld2d, fsld2d2
98   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: fsld2d, fregen2d, fregensi2d
99   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: ftempn2d, ftempsi2d, ftempfe2d
100   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: ftempc2d, ftempca2d, freminn2d
101   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: freminsi2d, freminfe2d
102   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: freminc2d, freminca2d
103   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: zw2d
104# if defined key_roam
105   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: ffastca2d, rivn2d, rivsi2d
106   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: rivc2d, rivalk2d, fslowc2d
107   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: fdpn22d, fdpd22d, fdzmi22d
108   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: fdzme22d, zimesn2d, zimesd2d
109   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: zimesc2d, zimesdc2d, ziexcr2d
110   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: ziresp2d, zigrow2d, zemesn2d
111   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: zemesd2d, zemesc2d, zemesdc2d
112   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: zeexcr2d, zeresp2d, zegrow2d
113   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: mdetc2d, gmidc2d, gmedc2d
114   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: f_pco2a2d, f_pco2w2d, f_co2flux2d
115   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: f_TDIC2d, f_TALK2d, f_kw6602d
116   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: f_pp02d, f_o2flux2d, f_o2sat2d
117   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: dms_andr2d, dms_simo2d, dms_aran2d
118   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: dms_hall2d, dms_surf2d
119   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: iben_n2d, iben_fe2d, iben_c2d
120   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: iben_si2d, iben_ca2d, oben_n2d
121   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: oben_fe2d, oben_c2d, oben_si2d
122   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: oben_ca2d, sfr_ocal2d
123   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: sfr_oarg2d, lyso_ca2d 
124   !! AXY (23/11/16): extra MOCSY diagnostics
125   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: f_xco2a_2d, f_fco2w_2d, f_fco2a_2d
126   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: f_ocnrhosw_2d, f_ocnschco2_2d
127   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: f_ocnkwco2_2d
128   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: f_ocnk0_2d, f_co2starair_2d
129   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: f_ocndpco2_2d
130# endif
131   !!
132   !! 3D var for diagnostics.
133   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: tpp3d, detflux3d, remin3dn
134   !!
135# if defined key_roam
136   !! AXY (04/11/16)
137   !! 2D var for new CMIP6 diagnostics (behind a key_roam ifdef
138   !! for simplicity)
139   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: fgco2,intdissic,intdissin
140   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: intdissisi,inttalk,o2min,zo2min
141   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: fbddtalk,fbddtdic,fbddtdife
142   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: fbddtdin,fbddtdisi
143   !!
144   !! 3D var for new CMIP6 diagnostics
145   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: tppd3
146   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: bddtalk3,bddtdic3,bddtdife3
147   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: bddtdin3, bddtdisi3
148   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: fd_nit3,fd_sil3,fd_car3,fd_cal3
149   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: co33,co3satarag3,co3satcalc3,dcalc3
150   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: expc3,expn3
151   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: fediss3,fescav3
152   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: migrazp3,migrazd3,megrazp3
153   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: megrazd3, megrazz3
154   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: o2sat3,pbsi3,pcal3,remoc3
155   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: pnlimj3,pnlimn3,pnlimfe3
156   REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: pdlimj3,pdlimn3,pdlimfe3,pdlimsi3
157# endif
158   !!----------------------------------------------------------------------
159   !! NEMO/TOP 3.3.1 , NEMO Consortium (2010)
160   !! $Id$
161   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt)
162   !!----------------------------------------------------------------------
163CONTAINS
164
165   INTEGER FUNCTION bio_medusa_alloc()
166      !!-------------------------------------------------------------------
167      !!                    *** ROUTINE bio_medusa_alloc ***
168      !!-------------------------------------------------------------------
169      USE lib_mpp,           ONLY: ctl_warn
170      USE par_oce,           ONLY: jpi, jpj
171!    USE par_trc
172      !!-------------------------------------------------------------------
173      !
174      ALLOCATE(fprn_ml(jpi,jpj),fprd_ml(jpi,jpj),                     &
175               xFree(jpi,jpj),                                        &
176               fslownflux(jpi,jpj),fslowcflux(jpi,jpj),               &
177               fregenfast(jpi,jpj),fregenfastsi(jpi,jpj),             &
178# if defined key_roam
179               fregenfastc(jpi,jpj),                                  &
180# endif
181               ffastn(jpi,jpj),ffastsi(jpi,jpj),ffastfe(jpi,jpj),     &
182               ffastc(jpi,jpj),ffastca(jpi,jpj),                      &
183               fsedn(jpi,jpj),fsedsi(jpi,jpj),fsedfe(jpi,jpj),        &
184               fsedc(jpi,jpj),fsedca(jpi,jpj),                        &
185               fccd(jpi,jpj),                                         &
186               ftot_n(jpi,jpj),ftot_si(jpi,jpj),ftot_fe(jpi,jpj),     &
187               fflx_n(jpi,jpj),fflx_si(jpi,jpj),fflx_fe(jpi,jpj),     &
188               fifd_n(jpi,jpj),fifd_si(jpi,jpj),fifd_fe(jpi,jpj),     &
189               fofd_n(jpi,jpj),fofd_si(jpi,jpj),fofd_fe(jpi,jpj),     &
190# if defined key_roam
191               ftot_c(jpi,jpj),ftot_a(jpi,jpj),ftot_o2(jpi,jpj),      &
192               fflx_c(jpi,jpj),fflx_a(jpi,jpj),fflx_o2(jpi,jpj),      &
193               fifd_c(jpi,jpj),fifd_a(jpi,jpj),fifd_o2(jpi,jpj),      &
194               fofd_c(jpi,jpj),fofd_a(jpi,jpj),fofd_o2(jpi,jpj),      &
195# endif
196               fzmi_i(jpi,jpj),fzmi_o(jpi,jpj),fzme_i(jpi,jpj),       &
197               fzme_o(jpi,jpj),                                       &
198               ftot_pn(jpi,jpj),ftot_pd(jpi,jpj),                     &
199               ftot_zmi(jpi,jpj),ftot_zme(jpi,jpj),ftot_det(jpi,jpj), &
200               ftot_dtc(jpi,jpj),                                     &
201               fnit_prod(jpi,jpj),fnit_cons(jpi,jpj),                 &
202               fsil_prod(jpi,jpj),fsil_cons(jpi,jpj),                 &
203               f_omcal(jpi,jpj),f_omarg(jpi,jpj),                     &
204               fcomm_resp(jpi,jpj),                                   &
205               fcar_prod(jpi,jpj),fcar_cons(jpi,jpj),                 &
206               foxy_prod(jpi,jpj), foxy_cons(jpi,jpj),                &
207               foxy_anox(jpi,jpj),                                    &
208               f_sbenin_n(jpi,jpj),f_sbenin_fe(jpi,jpj),              &
209               f_sbenin_c(jpi,jpj),                                   &
210               f_fbenin_n(jpi,jpj),f_fbenin_fe(jpi,jpj),              &
211               f_fbenin_si(jpi,jpj),                                  &
212               f_fbenin_c(jpi,jpj),f_fbenin_ca(jpi,jpj),              &
213               f_benout_n(jpi,jpj),f_benout_fe(jpi,jpj),              &
214               f_benout_si(jpi,jpj),                                  &
215               f_benout_c(jpi,jpj),f_benout_ca(jpi,jpj),              &
216               f_benout_lyso_ca(jpi,jpj),                             &
217               f_runoff(jpi,jpj),f_riv_n(jpi,jpj),f_riv_si(jpi,jpj),  &
218               f_riv_c(jpi,jpj),f_riv_alk(jpi,jpj),                   &
219               STAT = bio_medusa_alloc)
220
221      !! Check that allocation was successful
222      IF ( bio_medusa_alloc /= 0 ) THEN 
223         CALL ctl_warn('bio_medusa_alloc: failed to allocate arrays')
224      END IF
225   
226   END FUNCTION bio_medusa_alloc
227
228#else
229   !!----------------------------------------------------------------------
230   !!  Empty module :                                          No MEDUSA
231   !!----------------------------------------------------------------------
232#endif 
233
234   !!======================================================================
235END MODULE bio_medusa_mod
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.