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Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
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p4zprod.F90 in branches/nemo_v3_3_beta/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES – NEMO

source: branches/nemo_v3_3_beta/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/p4zprod.F90 @ 2457

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Improve TOP & OFF components in v3.3beta, see ticket #774
  • Property svn:keywords set to Id
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Line 
1MODULE p4zprod
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE p4zprod  ***
4   !! TOP :   PISCES
5   !!======================================================================
6   !! History :   1.0  !  2004     (O. Aumont) Original code
7   !!             2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec)  F90
8   !!----------------------------------------------------------------------
9#if defined key_pisces
10   !!----------------------------------------------------------------------
11   !!   'key_pisces'                                       PISCES bio-model
12   !!----------------------------------------------------------------------
13   !!   p4z_prod       : 
14   !!----------------------------------------------------------------------
15   USE trc
16   USE oce_trc         !
17   USE sms_pisces      !
18   USE prtctl_trc
19   USE p4zopt
20   USE p4zint
21   USE p4zlim
22   USE iom
23
24   USE lib_mpp
25   USE lib_fortran
26
27   IMPLICIT NONE
28   PRIVATE
29
30   PUBLIC   p4z_prod         ! called in p4zbio.F90
31   PUBLIC   p4z_prod_init    ! called in trcsms_pisces.F90
32
33   !! * Shared module variables
34   REAL(wp), PUBLIC ::   &
35     pislope   = 3.0_wp          ,  &  !:
36     pislope2  = 3.0_wp          ,  &  !:
37     excret    = 10.e-5_wp       , &   !:
38     excret2   = 0.05_wp         , &   !:
39     chlcnm    = 0.033_wp        , &   !:
40     chlcdm    = 0.05_wp         , &   !:
41     fecnm     = 10.E-6_wp       , &   !:
42     fecdm     = 15.E-6_wp       , &   !:
43     grosip    = 0.151_wp
44
45   REAL(wp), PUBLIC, DIMENSION(jpi,jpj,jpk)  ::        &
46     &                   prmax
47   
48   REAL(wp) ::   &
49      texcret                    ,  &  !: 1 - excret
50      texcret2                   ,  &  !: 1 - excret2       
51      tpp                              !: Total primary production
52
53   !!* Substitution
54#  include "top_substitute.h90"
55   !!----------------------------------------------------------------------
56   !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010)
57   !! $Id$
58   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt)
59   !!----------------------------------------------------------------------
60
61CONTAINS
62
63   SUBROUTINE p4z_prod( kt , jnt )
64      !!---------------------------------------------------------------------
65      !!                     ***  ROUTINE p4z_prod  ***
66      !!
67      !! ** Purpose :   Compute the phytoplankton production depending on
68      !!              light, temperature and nutrient availability
69      !!
70      !! ** Method  : - ???
71      !!---------------------------------------------------------------------
72      INTEGER, INTENT(in) :: kt, jnt
73      INTEGER  ::   ji, jj, jk
74      REAL(wp) ::   zsilfac, zfact
75      REAL(wp) ::   zprdiachl, zprbiochl, zsilim, ztn, zadap, zadap2
76      REAL(wp) ::   zlim, zsilfac2, zsiborn, zprod, zetot2, zmax, zproreg, zproreg2
77      REAL(wp) ::   zmxltst, zmxlday, zlim1
78      REAL(wp) ::   zpislopen  , zpislope2n
79      REAL(wp) ::   zrum, zcodel, zargu, zval, zvol
80#if defined key_diatrc
81      REAL(wp) ::   zrfact2
82#endif
83      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj)     ::   zmixnano   , zmixdiat, zstrn
84      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) ::   zpislopead , zpislopead2
85      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) ::   zprdia     , zprbio, zysopt
86      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) ::   zprorca    , zprorcad, zprofed
87      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) ::   zprofen   , zprochln, zprochld
88      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) ::   zpronew    , zpronewd
89      CHARACTER (len=25) :: charout
90      !!---------------------------------------------------------------------
91
92      zprorca (:,:,:) = 0.0
93      zprorcad(:,:,:) = 0.0
94      zprofed(:,:,:) = 0.0
95      zprofen(:,:,:) = 0.0
96      zprochln(:,:,:) = 0.0
97      zprochld(:,:,:) = 0.0
98      zpronew (:,:,:) = 0.0
99      zpronewd(:,:,:) = 0.0
100      zprdia  (:,:,:) = 0.0
101      zprbio  (:,:,:) = 0.0
102      zysopt  (:,:,:) = 0.0
103
104      ! Computation of the optimal production
105
106# if defined key_degrad
107      prmax(:,:,:) = 0.6 / rday * tgfunc(:,:,:) * facvol(:,:,:)
108# else
109      prmax(:,:,:) = 0.6 / rday * tgfunc(:,:,:)
110# endif
111
112      ! compute the day length depending on latitude and the day
113      IF(lwp) write(numout,*)
114      IF(lwp) write(numout,*) 'p4zday : - Julian day ', nday_year
115      IF(lwp) write(numout,*) '~~~~~~'
116
117      IF( nleapy == 1 .AND. MOD( nyear, 4 ) == 0 ) THEN
118         zrum = FLOAT( nday_year - 80 ) / 366.
119      ELSE
120         zrum = FLOAT( nday_year - 80 ) / 365.
121      ENDIF
122      zcodel = ASIN(  SIN( zrum * rpi * 2. ) * SIN( rad * 23.5 )  )
123
124      ! day length in hours
125      zstrn(:,:) = 0.
126      DO jj = 1, jpj
127         DO ji = 1, jpi
128            zargu = TAN( zcodel ) * TAN( gphit(ji,jj) * rad )
129            zargu = MAX( -1., MIN(  1., zargu ) )
130            zval  = MAX( 0.0, 24. - 2. * ACOS( zargu ) / rad / 15. )
131            IF( zval < 1.e0 )   zval = 24.
132            zstrn(ji,jj) = 24. / zval
133         END DO
134      END DO
135
136
137!CDIR NOVERRCHK
138      DO jk = 1, jpkm1
139!CDIR NOVERRCHK
140         DO jj = 1, jpj
141!CDIR NOVERRCHK
142            DO ji = 1, jpi
143
144               ! Computation of the P-I slope for nanos and diatoms
145               IF( etot(ji,jj,jk) > 1.E-3 ) THEN
146                   ztn    = MAX( 0., tsn(ji,jj,jk,jp_tem) - 15. )
147                   zadap  = 0.+ 1.* ztn / ( 2.+ ztn )
148                   zadap2 = 0.e0
149
150                   zfact  = EXP( -0.21 * emoy(ji,jj,jk) )
151
152                   zpislopead (ji,jj,jk) = pislope  * ( 1.+ zadap  * zfact )
153                   zpislopead2(ji,jj,jk) = pislope2 * ( 1.+ zadap2 * zfact )
154
155                   zpislopen = zpislopead(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpnch)                 &
156                     &         / ( trn(ji,jj,jk,jpphy) * 12.                   + rtrn )   &
157                     &         / ( prmax(ji,jj,jk) * rday * xlimphy(ji,jj,jk) + rtrn )
158
159                   zpislope2n = zpislopead2(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpdch)                &
160                     &          / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) * 12.                   + rtrn )   &
161                     &          / ( prmax(ji,jj,jk) * rday * xlimdia(ji,jj,jk) + rtrn )
162
163                   ! Computation of production function
164                   zprbio(ji,jj,jk) = prmax(ji,jj,jk) * &
165                     &                (  1.- EXP( -zpislopen * enano(ji,jj,jk) )  )
166                   zprdia(ji,jj,jk) = prmax(ji,jj,jk) * &
167                     &                (  1.- EXP( -zpislope2n * ediat(ji,jj,jk) )  )
168               ENDIF
169            END DO
170         END DO
171      END DO
172
173
174      DO jk = 1, jpkm1
175         DO jj = 1, jpj
176            DO ji = 1, jpi
177
178                IF( etot(ji,jj,jk) > 1.E-3 ) THEN
179                   !    Si/C of diatoms
180                   !    ------------------------
181                   !    Si/C increases with iron stress and silicate availability
182                   !    Si/C is arbitrariliy increased for very high Si concentrations
183                   !    to mimic the very high ratios observed in the Southern Ocean (silpot2)
184
185                  zlim1  = trn(ji,jj,jk,jpsil) / ( trn(ji,jj,jk,jpsil) + xksi1 )
186                  zlim   = xdiatno3(ji,jj,jk) + xdiatnh4(ji,jj,jk)
187
188                  zsilim = MIN( zprdia(ji,jj,jk)    / ( rtrn + prmax(ji,jj,jk) ),                 &
189                  &          trn(ji,jj,jk,jpfer) / ( concdfe(ji,jj,jk) + trn(ji,jj,jk,jpfer) ),   &
190                  &          trn(ji,jj,jk,jppo4) / ( concdnh4 + trn(ji,jj,jk,jppo4) ),            &
191                  &          zlim )
192                  zsilfac = 5.4 * EXP( -4.23 * zsilim ) * MAX( 0.e0, MIN( 1., 2.2 * ( zlim1 - 0.5 ) )  ) + 1.e0
193                  zsiborn = MAX( 0.e0, ( trn(ji,jj,jk,jpsil) - 15.e-6 ) )
194                  zsilfac2 = 1.+ 3.* zsiborn / ( zsiborn + xksi2 )
195                  zsilfac = MIN( 6.4,zsilfac * zsilfac2)
196                  zysopt(ji,jj,jk) = grosip * zlim1 * zsilfac
197
198              ENDIF
199            END DO
200         END DO
201      END DO
202
203      !  Computation of the limitation term due to
204      !  A mixed layer deeper than the euphotic depth
205      DO jj = 1, jpj
206         DO ji = 1, jpi
207            zmxltst = MAX( 0.e0, hmld(ji,jj) - heup(ji,jj) )
208            zmxlday = zmxltst**2 / rday
209            zmixnano(ji,jj) = 1.- zmxlday / ( 1.+ zmxlday )
210            zmixdiat(ji,jj) = 1.- zmxlday / ( 3.+ zmxlday )
211         END DO
212      END DO
213 
214      !  Mixed-layer effect on production                                                                               
215      DO jk = 1, jpkm1
216         DO jj = 1, jpj
217            DO ji = 1, jpi
218               IF( fsdepw(ji,jj,jk+1) <= hmld(ji,jj) ) THEN
219                  zprbio(ji,jj,jk) = zprbio(ji,jj,jk) * zmixnano(ji,jj)
220                  zprdia(ji,jj,jk) = zprdia(ji,jj,jk) * zmixdiat(ji,jj)
221               ENDIF
222            END DO
223         END DO
224      END DO
225
226
227!CDIR NOVERRCHK
228      DO jk = 1, jpkm1
229!CDIR NOVERRCHK
230         DO jj = 1, jpj
231!CDIR NOVERRCHK
232            DO ji = 1, jpi
233
234               IF( etot(ji,jj,jk) > 1.E-3 ) THEN
235                  !     Computation of the various production terms for nanophyto.
236                  zetot2 = enano(ji,jj,jk) * zstrn(ji,jj)
237                  zmax = MAX( 0.1, xlimphy(ji,jj,jk) )
238                  zpislopen = zpislopead(ji,jj,jk)          &
239                  &         * trn(ji,jj,jk,jpnch) / ( rtrn + trn(ji,jj,jk,jpphy) * 12.)         &
240                  &         / ( prmax(ji,jj,jk) * rday * zmax + rtrn )
241
242                  zprbiochl = prmax(ji,jj,jk) * (  1.- EXP( -zpislopen * zetot2 )  )
243
244                  zprorca(ji,jj,jk) = zprbio(ji,jj,jk)  * xlimphy(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpphy) * rfact2
245
246                  zpronew(ji,jj,jk) = zprorca(ji,jj,jk) * xnanono3(ji,jj,jk)    &
247                  &             / ( xnanono3(ji,jj,jk) + xnanonh4(ji,jj,jk) + rtrn )
248                  zprod = rday * zprorca(ji,jj,jk) * zprbiochl * trn(ji,jj,jk,jpphy) *zmax
249
250                  zprofen(ji,jj,jk) = (fecnm)**2 * zprod / chlcnm            &
251                  &              / (  zpislopead(ji,jj,jk) * zetot2 * trn(ji,jj,jk,jpnfe) + rtrn  )
252
253                  zprochln(ji,jj,jk) = chlcnm * 144. * zprod                  &
254                  &              / (  zpislopead(ji,jj,jk) * zetot2 * trn(ji,jj,jk,jpnch) + rtrn  )
255               ENDIF
256            END DO
257         END DO
258      END DO
259
260!CDIR NOVERRCHK
261      DO jk = 1, jpkm1
262!CDIR NOVERRCHK
263         DO jj = 1, jpj
264!CDIR NOVERRCHK
265            DO ji = 1, jpi
266               IF( etot(ji,jj,jk) > 1.E-3 ) THEN
267                  !  Computation of the various production terms for diatoms
268                  zetot2 = ediat(ji,jj,jk) * zstrn(ji,jj)
269                  zmax = MAX( 0.1, xlimdia(ji,jj,jk) )
270                  zpislope2n = zpislopead2(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpdch)        &
271                  &           / ( rtrn + trn(ji,jj,jk,jpdia) * 12.)        &
272                  &           / ( prmax(ji,jj,jk) * rday * zmax + rtrn )
273
274                  zprdiachl = prmax(ji,jj,jk) * (  1.- EXP( -zetot2 * zpislope2n )  )
275
276                  zprorcad(ji,jj,jk) = zprdia(ji,jj,jk) * xlimdia(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpdia) * rfact2
277
278                  zpronewd(ji,jj,jk) = zprorcad(ji,jj,jk) * xdiatno3(ji,jj,jk)     &
279                  &              / ( xdiatno3(ji,jj,jk) + xdiatnh4(ji,jj,jk) + rtrn )
280
281                  zprod = rday * zprorcad(ji,jj,jk) * zprdiachl * trn(ji,jj,jk,jpdia) * zmax
282
283                  zprofed(ji,jj,jk) = (fecdm)**2 * zprod / chlcdm                   &
284                  &              / ( zpislopead2(ji,jj,jk) * zetot2 * trn(ji,jj,jk,jpdfe) + rtrn )
285
286                  zprochld(ji,jj,jk) = chlcdm * 144. * zprod       &
287                  &              / ( zpislopead2(ji,jj,jk) * zetot2 * trn(ji,jj,jk,jpdch) + rtrn )
288
289               ENDIF
290            END DO
291         END DO
292      END DO
293      !
294
295      !   Update the arrays TRA which contain the biological sources and sinks
296      DO jk = 1, jpkm1
297         DO jj = 1, jpj
298           DO ji =1 ,jpi
299              zproreg  = zprorca(ji,jj,jk) - zpronew(ji,jj,jk)
300              zproreg2 = zprorcad(ji,jj,jk) - zpronewd(ji,jj,jk)
301              tra(ji,jj,jk,jppo4) = tra(ji,jj,jk,jppo4) - zprorca(ji,jj,jk) - zprorcad(ji,jj,jk)
302              tra(ji,jj,jk,jpno3) = tra(ji,jj,jk,jpno3) - zpronew(ji,jj,jk) - zpronewd(ji,jj,jk)
303              tra(ji,jj,jk,jpnh4) = tra(ji,jj,jk,jpnh4) - zproreg - zproreg2
304              tra(ji,jj,jk,jpphy) = tra(ji,jj,jk,jpphy) + zprorca(ji,jj,jk) * texcret
305              tra(ji,jj,jk,jpnch) = tra(ji,jj,jk,jpnch) + zprochln(ji,jj,jk) * texcret
306              tra(ji,jj,jk,jpnfe) = tra(ji,jj,jk,jpnfe) + zprofen(ji,jj,jk) * texcret
307              tra(ji,jj,jk,jpdia) = tra(ji,jj,jk,jpdia) + zprorcad(ji,jj,jk) * texcret2
308              tra(ji,jj,jk,jpdch) = tra(ji,jj,jk,jpdch) + zprochld(ji,jj,jk) * texcret2
309              tra(ji,jj,jk,jpdfe) = tra(ji,jj,jk,jpdfe) + zprofed(ji,jj,jk) * texcret2
310              tra(ji,jj,jk,jpbsi) = tra(ji,jj,jk,jpbsi) + zprorcad(ji,jj,jk) * zysopt(ji,jj,jk) * texcret2
311              tra(ji,jj,jk,jpdoc) = tra(ji,jj,jk,jpdoc) + &
312              &                     excret2 * zprorcad(ji,jj,jk) + excret * zprorca(ji,jj,jk)
313              tra(ji,jj,jk,jpoxy) = tra(ji,jj,jk,jpoxy) + o2ut * ( zproreg + zproreg2) &
314              &                    + ( o2ut + o2nit ) * ( zpronew(ji,jj,jk) + zpronewd(ji,jj,jk) )
315              tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) &
316              &                     - texcret * zprofen(ji,jj,jk) - texcret2 * zprofed(ji,jj,jk)
317              tra(ji,jj,jk,jpsil) = tra(ji,jj,jk,jpsil) &
318              &                     - texcret2 * zprorcad(ji,jj,jk) * zysopt(ji,jj,jk)
319              tra(ji,jj,jk,jpdic) = tra(ji,jj,jk,jpdic) - zprorca(ji,jj,jk) - zprorcad(ji,jj,jk)
320              tra(ji,jj,jk,jptal) = tra(ji,jj,jk,jptal) &
321              &                    + rno3 * ( zpronew(ji,jj,jk) + zpronewd(ji,jj,jk) )
322          END DO
323        END DO
324     END DO
325
326     ! Total primary production per year
327
328#if defined key_degrad
329     tpp = tpp + glob_sum( ( zprorca(:,:,:) + zprorcad(:,:,:) ) * cvol(:,:,:) * facvol(:,:,:) )
330#else
331     tpp = tpp + glob_sum( ( zprorca(:,:,:) + zprorcad(:,:,:) ) * cvol(:,:,:) )
332#endif
333
334     IF( kt == nitend .AND. jnt == nrdttrc ) THEN
335        WRITE(numout,*) 'Total PP (Gtc) :'
336        WRITE(numout,*) '-------------------- : ',tpp * 12. / 1.E12
337        WRITE(numout,*) 
338      ENDIF
339
340#if defined key_diatrc && ! defined key_iomput
341      !   Supplementary diagnostics
342      zrfact2 = 1.e3 * rfact2r
343      trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 4)  = zprorca (:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:)
344      trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 5)  = zprorcad(:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:)
345      trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 6)  = zpronew (:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:)
346      trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 7)  = zpronewd(:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:)
347      trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 8)  = zprorcad(:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) * zysopt(:,:,:)
348      trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 9)  = zprofed (:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:)
349#  if ! defined key_kriest
350      trc3d(:,:,:,jp_pcs0_3d + 10) = zprofen (:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:)
351#  endif
352#endif
353
354#if defined key_diatrc && defined key_iomput
355      zrfact2 = 1.e3 * rfact2r
356      IF ( jnt == nrdttrc ) then
357         CALL iom_put( "PPPHY" , zprorca (:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) )  ! primary production by nanophyto
358         CALL iom_put( "PPPHY2", zprorcad(:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) )  ! primary production by diatom
359         CALL iom_put( "PPNEWN", zpronew (:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) )  ! new primary production by nanophyto
360         CALL iom_put( "PPNEWD", zpronewd(:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) )  ! new primary production by diatom
361         CALL iom_put( "PBSi"  , zprorcad(:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) * zysopt(:,:,:) ) ! biogenic silica production
362         CALL iom_put( "PFeD"  , zprofed (:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) )  ! biogenic iron production by diatom
363         CALL iom_put( "PFeN"  , zprofen (:,:,:) * zrfact2 * tmask(:,:,:) )  ! biogenic iron production by nanophyto
364      ENDIF
365#endif
366
367       IF(ln_ctl)   THEN  ! print mean trends (used for debugging)
368         WRITE(charout, FMT="('prod')")
369         CALL prt_ctl_trc_info(charout)
370         CALL prt_ctl_trc(tab4d=tra, mask=tmask, clinfo=ctrcnm)
371       ENDIF
372
373   END SUBROUTINE p4z_prod
374
375   SUBROUTINE p4z_prod_init
376
377      !!----------------------------------------------------------------------
378      !!                  ***  ROUTINE p4z_prod_init  ***
379      !!
380      !! ** Purpose :   Initialization of phytoplankton production parameters
381      !!
382      !! ** Method  :   Read the nampisprod namelist and check the parameters
383      !!      called at the first timestep (nit000)
384      !!
385      !! ** input   :   Namelist nampisprod
386      !!
387      !!----------------------------------------------------------------------
388
389      NAMELIST/nampisprod/ pislope, pislope2, excret, excret2, chlcnm, chlcdm,   &
390         &              fecnm, fecdm, grosip
391
392      REWIND( numnat )                     ! read numnat
393      READ  ( numnat, nampisprod )
394
395      IF(lwp) THEN                         ! control print
396         WRITE(numout,*) ' '
397         WRITE(numout,*) ' Namelist parameters for phytoplankton growth, nampisprod'
398         WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~'
399         WRITE(numout,*) '    mean Si/C ratio                           grosip    =', grosip
400         WRITE(numout,*) '    P-I slope                                 pislope   =', pislope
401         WRITE(numout,*) '    excretion ratio of nanophytoplankton      excret    =', excret
402         WRITE(numout,*) '    excretion ratio of diatoms                excret2   =', excret2
403         WRITE(numout,*) '    P-I slope  for diatoms                    pislope2  =', pislope2
404         WRITE(numout,*) '    Minimum Chl/C in nanophytoplankton        chlcnm    =', chlcnm
405         WRITE(numout,*) '    Minimum Chl/C in diatoms                  chlcdm    =', chlcdm
406         WRITE(numout,*) '    Maximum Fe/C in nanophytoplankton         fecnm     =', fecnm
407         WRITE(numout,*) '    Minimum Fe/C in diatoms                   fecdm     =', fecdm
408      ENDIF
409
410      texcret   = 1.0 - excret
411      texcret2  = 1.0 - excret2
412      tpp       = 0.
413
414   END SUBROUTINE p4z_prod_init
415
416
417
418#else
419   !!======================================================================
420   !!  Dummy module :                                   No PISCES bio-model
421   !!======================================================================
422CONTAINS
423   SUBROUTINE p4z_prod                    ! Empty routine
424   END SUBROUTINE p4z_prod
425#endif 
426
427   !!======================================================================
428END MODULE  p4zprod
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.