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sedwri.F90 in branches/nemo_v3_3_beta/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/SED – NEMO

source: branches/nemo_v3_3_beta/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/SED/sedwri.F90 @ 2364

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Added basic NetCDF4 chunking and compression support (key_netcdf4). See ticket #754
  • Property svn:keywords set to Id
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Line 
1MODULE sedwri
2#if defined key_sed
3   !!======================================================================
4   !!                     ***  MODULE  sedwri  ***
5   !!         Sediment diagnostics :  write sediment output files
6   !!======================================================================
7   USE sed
8   USE sedarr
9
10   IMPLICIT NONE
11   PRIVATE
12
13   !! * Accessibility
14   PUBLIC sed_wri 
15
16CONTAINS
17
18   !!----------------------------------------------------------------------
19   !!                                                   NetCDF output file
20   !!----------------------------------------------------------------------
21   SUBROUTINE sed_wri( kt )
22      !!----------------------------------------------------------------------
23      !!                   ***  ROUTINE sed_wri  ***
24      !!
25      !! ** Purpose :  output of sediment passive tracer
26      !!
27      !!   History :
28      !!        !  06-07  (C. Ethe)  original
29      !!----------------------------------------------------------------------
30      !! * Local variables
31      USE ioipsl
32      USE dianam    ! build name of file (routine)
33
34      INTEGER, INTENT(in) :: kt
35
36      CHARACTER(len = 60)  ::  clhstnam, clop
37      INTEGER , SAVE :: nised, nhorised, ndimt52, ndimt51, ndepsed
38      REAL(wp), SAVE :: zjulian
39      INTEGER , DIMENSION(jpij*jpksed) , SAVE :: ndext52 
40      INTEGER , DIMENSION(jpij) , SAVE :: ndext51
41      REAL(wp) :: zsto,zout, zdt
42      INTEGER :: iimi, iima, ijmi, ijma,ipk, it, itmod
43      INTEGER :: jn
44      CHARACTER(len = 20)  ::  cltra , cltrau
45      CHARACTER(len = 80)  ::  cltral
46
47      INTEGER   :: ji, jk, js, jw
48      REAL(wp)  :: zrate
49      REAL(wp), DIMENSION(:,:) , ALLOCATABLE  :: zdta, zflx
50
51      !!-------------------------------------------------------------------
52
53
54      ! Initialisation
55      ! -----------------
56
57
58      ! Define frequency of output and means
59      zdt = dtsed
60      IF( ln_mskland )   THEN   ;   clop = "only(x)"   ! put 1.e+20 on land (very expensive!!)
61      ELSE                      ;   clop = "x"         ! no use of the mask value (require less cpu time)
62      ENDIF
63#if defined key_diainstant
64      zsto = nwrised * zdt
65      clop = "inst("//TRIM(clop)//")"
66#else
67      zsto = zdt
68      clop = "ave("//TRIM(clop)//")"
69#endif
70      zout = nwrised * zdt
71
72      ! Define indices of the horizontal output zoom and vertical limit storage
73      iimi = 1      ;      iima = jpi
74      ijmi = 1      ;      ijma = jpj
75      ipk = jpksed
76
77      ! define time axis
78      it = kt
79      itmod = kt - nitsed000 + 1
80
81
82      ! 1.  Initilisations
83      ! -----------------------------------------------------------------
84      WRITE(numsed,*) ' '
85      WRITE(numsed,*) 'sed_wri kt = ', kt
86      WRITE(numsed,*) ' '
87     
88      ALLOCATE( zdta(jpoce,jpksed) )    ;   ALLOCATE( zflx(jpoce,jpwatp1) )
89
90
91      ! 2.  Back to 2D geometry
92      ! -----------------------------------------------------------------
93      CALL unpack_arr( jpoce, trcsedi(1:jpi,1:jpj,1:jpksed,1) , iarroce(1:jpoce), &
94         &                    solcp(1:jpoce,1:jpksed,jsopal ) )
95     
96      CALL unpack_arr( jpoce, trcsedi(1:jpi,1:jpj,1:jpksed,2) , iarroce(1:jpoce), &
97         &                    solcp(1:jpoce,1:jpksed,jsclay ) )
98     
99      CALL unpack_arr( jpoce, trcsedi(1:jpi,1:jpj,1:jpksed,3) , iarroce(1:jpoce), &
100         &                    solcp(1:jpoce,1:jpksed,jspoc  ) )
101     
102      CALL unpack_arr( jpoce, trcsedi(1:jpi,1:jpj,1:jpksed,4) , iarroce(1:jpoce), &
103         &                    solcp(1:jpoce,1:jpksed,jscal  ) )   
104           
105      CALL unpack_arr( jpoce, trcsedi(1:jpi,1:jpj,1:jpksed,5) , iarroce(1:jpoce), &
106         &                    pwcp(1:jpoce,1:jpksed,jwsil  )  )
107     
108      CALL unpack_arr( jpoce, trcsedi(1:jpi,1:jpj,1:jpksed,6)  , iarroce(1:jpoce), &
109         &                    pwcp(1:jpoce,1:jpksed,jwoxy  ) )
110     
111      CALL unpack_arr( jpoce, trcsedi(1:jpi,1:jpj,1:jpksed,7)  , iarroce(1:jpoce), &
112         &                    pwcp(1:jpoce,1:jpksed,jwdic  ) )
113     
114      CALL unpack_arr( jpoce, trcsedi(1:jpi,1:jpj,1:jpksed,8)  , iarroce(1:jpoce), &
115         &                    pwcp(1:jpoce,1:jpksed,jwno3  ) )
116     
117      CALL unpack_arr( jpoce, trcsedi(1:jpi,1:jpj,1:jpksed,9)  , iarroce(1:jpoce), &
118         &                    pwcp(1:jpoce,1:jpksed,jwpo4  ) )
119     
120      CALL unpack_arr( jpoce, trcsedi(1:jpi,1:jpj,1:jpksed,10)  , iarroce(1:jpoce), &
121         &                    pwcp(1:jpoce,1:jpksed,jwalk  ) )
122     
123      CALL unpack_arr( jpoce, trcsedi(1:jpi,1:jpj,1:jpksed,11)  , iarroce(1:jpoce), &
124         &                    pwcp(1:jpoce,1:jpksed,jwc13  ) )
125     
126      ! porosity
127      zdta(:,:) = 0.
128      DO jk = 1, jpksed
129         DO ji = 1, jpoce
130            zdta(ji,jk) = -LOG10( hipor(ji,jk) / densSW(ji) )
131         ENDDO
132      ENDDO
133      CALL unpack_arr( jpoce, flxsedi3d(1:jpi,1:jpj,1:jpksed,1)  , iarroce(1:jpoce), &
134         &                   zdta(1:jpoce,1:jpksed)  )
135     
136      CALL unpack_arr( jpoce, flxsedi3d(1:jpi,1:jpj,1:jpksed,2)  , iarroce(1:jpoce), &
137         &                   co3por(1:jpoce,1:jpksed)  )
138     
139     
140      ! computation of delta 13C
141      zdta(:,:) = 0.
142      DO jk = 1, jpksed
143         DO ji = 1, jpoce
144            zdta(ji,jk) = ( ( pwcp(ji,jk,jwc13) / pwcp(ji,jk,jwdic) / pdb ) - 1. ) &
145               &              * 1000.
146         ENDDO
147      ENDDO
148      CALL unpack_arr( jpoce, flxsedi3d(1:jpi,1:jpj,1:jpksed,3)  , iarroce(1:jpoce), &
149         &                   zdta(1:jpoce,1:jpksed)  )
150     
151 
152      zflx(:,:) = 0.   
153      ! Calculation of fluxes mol/cm2/s
154      DO jw = 1, jpwat
155         DO ji = 1, jpoce
156            zflx(ji,jw) = ( pwcp(ji,1,jw) - pwcp_dta(ji,jw) ) &
157               &         * 1.e-3 * dzkbot(ji) / dtsed
158         ENDDO
159      ENDDO
160      ! Calculation of accumulation rate per dt
161      DO js = 1, jpsol
162         zrate =  mol_wgt(js) / ( dens * por1(jpksed) ) / dtsed
163         DO ji = 1, jpoce
164            zflx(ji,jpwatp1) = zflx(ji,jpwatp1) + ( tosed(ji,js) - fromsed(ji,js) ) * zrate
165         ENDDO
166      ENDDO
167
168      CALL unpack_arr( jpoce, flxsedi2d(1:jpi,1:jpj,1), iarroce(1:jpoce), zflx(1:jpoce,1)  )
169      CALL unpack_arr( jpoce, flxsedi2d(1:jpi,1:jpj,2), iarroce(1:jpoce), zflx(1:jpoce,2)  )
170      CALL unpack_arr( jpoce, flxsedi2d(1:jpi,1:jpj,3), iarroce(1:jpoce), zflx(1:jpoce,3)  )
171      CALL unpack_arr( jpoce, flxsedi2d(1:jpi,1:jpj,4), iarroce(1:jpoce), zflx(1:jpoce,4)  )
172      CALL unpack_arr( jpoce, flxsedi2d(1:jpi,1:jpj,5), iarroce(1:jpoce), zflx(1:jpoce,5)  )
173      CALL unpack_arr( jpoce, flxsedi2d(1:jpi,1:jpj,6), iarroce(1:jpoce), zflx(1:jpoce,6)  )
174      CALL unpack_arr( jpoce, flxsedi2d(1:jpi,1:jpj,7), iarroce(1:jpoce), zflx(1:jpoce,8)  )
175
176
177      ! 3. Define NETCDF files and fields at beginning of first time step
178      ! -----------------------------------------------------------------
179
180      IF( kt == nitsed000 ) THEN
181
182         ! Define the NETCDF files       
183         CALL ymds2ju ( nyear, nmonth, nday, rdt, zjulian )
184         zjulian = zjulian - adatrj   !   set calendar origin to the beginning of the experiment
185         CALL dia_nam ( clhstnam, nwrised, 'sed_T' )
186         CALL histbeg ( clhstnam, jpi, glamt, jpj, gphit,     &
187            &             iimi, iima-iimi+1, ijmi, ijma-ijmi+1,         &
188            &             nitsed000-1, zjulian, zdt,  nhorised, nised , domain_id=nidom, snc4chunks=snc4set )
189         CALL histvert( nised,'deptht','Vertic.sed.T levels','m',ipk, profsed, ndepsed, 'down' )
190         CALL wheneq  ( jpi*jpj*ipk, tmasksed, 1, 1., ndext52, ndimt52 )
191         CALL wheneq  ( jpi*jpj, tmasksed(:,:,1), 1, 1., ndext51, ndimt51 )
192
193         ! Declare all the output fields as NETCDF variables
194
195         DO jn = 1, jptrased
196            cltra  = sedtrcd(jn)   ! short title for sediment variable
197            cltral = sedtrcl(jn)   ! long title for  sediment variable
198            cltrau = sedtrcu(jn)   ! unit for  sediment variable
199
200            CALL histdef( nised, cltra,cltral,cltrau, jpi, jpj, nhorised, &
201               &          ipk, 1, ipk, ndepsed, 32, clop, zsto, zout )
202         ENDDO
203
204         ! 3D diagnostic
205         DO jn = 1, jpdia3dsed
206            cltra  = seddia3d(jn)   ! short title for 3D diagnostic
207            cltral = seddia3l(jn)   ! long title for 3D diagnostic
208            cltrau = seddia3u(jn)   ! UNIT for 3D diagnostic
209
210            CALL histdef( nised, cltra,cltral,cltrau, jpi, jpj, nhorised, &
211               &          ipk, 1, ipk, ndepsed, 32, clop, zsto, zout  )
212         ENDDO
213
214         ! Fluxes
215         DO jn = 1, jpdia2dsed
216            cltra  = seddia2d(jn)   ! short title for 2D diagnostic
217            cltral = seddia2l(jn)   ! long title for 2D diagnostic
218            cltrau = seddia2u(jn)   ! UNIT for 2D diagnostic
219           
220            CALL histdef( nised, cltra,cltral,cltrau, jpi, jpj, nhorised, &
221               &          1, 1, 1, -99, 32, clop, zsto, zout )
222         ENDDO
223
224
225         CALL histend( nised, snc4set )
226
227         WRITE(numsed,*)
228         WRITE(numsed,*) 'End of NetCDF sediment output file Initialization'
229
230       ENDIF
231
232       ! Start writing data
233       ! ---------------------
234       DO jn = 1, jptrased
235          cltra = sedtrcd(jn) ! short title for 3D diagnostic
236          CALL histwrite( nised, cltra, it, trcsedi(:,:,:,jn), ndimt52, ndext52 )
237       END DO
238
239       DO jn = 1, jpdia3dsed
240          cltra = seddia3d(jn) ! short title for 3D diagnostic
241          CALL histwrite( nised, cltra, it, flxsedi3d(:,:,:,jn), ndimt52, ndext52 )
242       END DO
243
244       DO jn = 1, jpdia2dsed
245             cltra = seddia2d(jn) ! short title for 2D diagnostic
246             CALL histwrite( nised, cltra, it, flxsedi2d(:,:,jn  ), ndimt51, ndext51 )
247       END DO
248
249
250      ! 3. Closing all files
251      ! --------------------
252      IF( kt == nitsedend  ) THEN
253          CALL histclo( nised )
254      ENDIF
255
256      DEALLOCATE( zdta )    ;   DEALLOCATE( zflx )
257
258   END SUBROUTINE sed_wri
259
260#else
261   !!======================================================================
262   !! MODULE sedwri  :   Dummy module
263   !!======================================================================
264CONTAINS
265   SUBROUTINE sed_wri( kt )         ! Empty routine
266      INTEGER, INTENT(in) :: kt
267      WRITE(*,*) 'sed_adv: You should not have seen this print! error?', kt
268   END SUBROUTINE sed_wri
269
270   !!======================================================================
271#endif
272
273END MODULE sedwri
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.