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Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
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iodef.xml in trunk/CONFIG/GYRE_LOBSTER/EXP00 – NEMO

source: trunk/CONFIG/GYRE_LOBSTER/EXP00/iodef.xml @ 1729

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Line 
1<?xml version="1.0"?>
2
3<simulation>
4 
5  <context id="nemo"> 
6   
7    <!--
8============================================================================================================
9=                                  definition of all existing variables                                    =
10=                                            DO NOT CHANGE                                                 =
11============================================================================================================
12    -->
13   
14    <field_definition level="1" prec="4" operation="ave(X)" enabled=".TRUE."> <!-- time step automaticaly defined -->
15     
16      <!-- T grid -->
17     
18      <group id="grid_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
19   <field id="toce"         description="temperature"                               unit="degC" axis_ref="deptht"   />
20   <field id="soce"         description="salinity"                                  unit="psu"  axis_ref="deptht"   />
21   <field id="sst"          description="sea surface temperature"                   unit="degC"                     />
22   <field id="sss"          description="sea surface salinity"                      unit="psu"                      />
23   <field id="ssh"          description="sea surface height"                        unit="m"                        />
24   <field id="mldkz5"       description="mixing layer depth (Turbocline)"           unit="m"                        />
25   <field id="mldr10_1"     description="Mixed Layer Depth 0.01 ref.10m"            unit="m"                        />
26   <!-- next variables available with key_diahth -->
27   <field id="mlddzt"       description="Thermocline Depth (max dT/dz)"             unit="m"                        />
28   <field id="mldr10_3"     description="Mixed Layer Depth dr=0.03 (ref.10m)"       unit="m"                        />
29   <field id="mldr0_1"      description="Mixed Layer Depth dr=0.01 (ref.surf)"      unit="m"                        />
30   <field id="mldr0_3"      description="Mixed Layer Depth dr=0.03 (ref.surf)"      unit="m"                        />
31   <field id="mld|dt|"      description="Mixed Layer Depth |dt|=0.2 (ref.10m)"      unit="m"                        />
32   <field id="topthdep"     description="Top of the thermocline dt=-0.2 (ref.10m)"  unit="m"                        />
33   <field id="pycndep"      description="Pycnocline depth dr~dt=-0.2 (ref.10m)"     unit="m"                        />
34   <field id="BLT"          description="Barrier Layer Thickness"                   unit="m"                        />
35   <field id="tinv"         description="Max of vertical invertion of temperature"  unit="degC"                     />
36   <field id="depti"        description="Depth of max. vert. inv. of temperature"   unit="m"                        />
37        <field id="20d"          description="Depth of 20C isotherm"                     unit="m"                        />
38   <field id="28d"          description="Depth of 28C isotherm"                     unit="m"                        />
39   <field id="hc300"        description="Heat content 300 m"                        unit="W"                        />
40     </group>
41       
42      <!-- SBC -->
43     
44      <group id="SBC" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> <!-- time step automaticaly defined based on nn_fsbc -->
45   <field id="emp"          description="Net Upward Water Flux"                     unit="kg/m2/s"  />
46   <field id="emps"         description="concentration/dilution water flux"         unit="kg/m2/s"  />
47   <field id="qns+qsr"      description="Net Downward Heat Flux"                    unit="W/m2"     />
48   <field id="qns"          description="non solar Downward Heat Flux"              unit="W/m2"     />
49   <field id="qsr"          description="Shortwave Radiation"                       unit="W/m2"     />
50   <field id="taum"         description="wind stress module"                        unit="N/m2"     />
51   <field id="wspd"         description="Wind speed module at 10 m "                unit="m/s"      />
52   <field id="qrp"          description="Surface Heat Flux: Damping"                unit="W/m2"     />
53   <field id="erp"          description="Surface Water Flux: Damping"               unit="Kg/m2/s"  />
54      </group>
55
56      <!-- U grid -->
57     
58     <group id="grid_U"  axis_ref="depthu" grid_ref="grid_U">
59   <field id="utau"        description="Wind Stress along i-axis"                  unit="N/m2" axis_ref="none" />
60   <field id="uoce"        description="ocean current along i-axis"                unit="m/s"                  />
61   <field id="uoce_eff"    description="Effective ocean current along i-axis"      unit="m/s"                  />
62   <!-- uoce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv -->
63   <field id="uoce_eiv"    description="EIV ocean current along i-axis"            unit="m/s"                  />
64   <!-- uoce_eiv: available with key_trabbl_adv -->
65   <field id="uoce_bbl"    description="BBL ocean current along i-axis"            unit="m/s"                  />
66     </group>
67     
68     <!-- V grid -->
69           
70     <group id="grid_V"  axis_ref="depthv" grid_ref="grid_V">
71   <field id="vtau"        description="Wind Stress along j-axis"                  unit="N/m2" axis_ref="none" />
72   <field id="voce"        description="ocean current along j-axis"                unit="m/s"                  />
73   <field id="voce_eff"    description="Effective ocean current along j-axis"      unit="m/s"                  />
74   <!-- voce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv -->
75   <field id="voce_eiv"    description="EIV ocean current along j-axis"            unit="m/s"                  />
76   <!-- voce_eiv: available with key_trabbl_adv -->
77   <field id="voce_bbl"    description="BBL ocean current along j-axis"            unit="m/s"                  />
78     </group>
79           
80     <!-- W grid -->
81     
82     <group id="grid_W"  axis_ref="depthw" grid_ref="grid_W">
83   <field id="woce"        description="ocean vertical velocity"                   unit="m/s"                  />
84   <field id="woce_eff"    description="effective ocean vertical velocity"         unit="m/s"                  />
85   <!-- woce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv -->
86   <field id="woce_eiv"    description="EIV ocean vertical velocity"               unit="m/s"                  />
87   <!-- woce_eiv: available with key_trabbl_adv -->
88   <field id="woce_bbl"    description="BBL ocean vertical velocity"               unit="m/s"                  />
89   
90   <field id="avt"         description="vertical eddy diffusivity"                 unit="m2/s"                 />
91   <field id="avm"         description="vertical eddy viscosity"                   unit="m2/s"                 />
92   <!-- avs: available with key_zdfddm -->
93   <field id="avs"         description="salt vertical eddy diffusivity"            unit="m2/s"                 />
94   <!-- avt_evd and avm_evd: available with ln_zdfevd -->
95   <field id="avt_evd"     description="enhanced vertical diffusivity"             unit="m2/s"                 />
96   <field id="avm_evd"     description="enhanced vertical viscosity"               unit="m2/s"                 />
97   <!-- aht2d and  aht2d_eiv: available with key_traldf_eiv and key_traldf_c2d -->
98   <field id="aht2d"       description="lateral eddy diffusivity"                 unit="m2/s" axis_ref="none"  />
99   <field id="aht2d_eiv"   description="EIV lateral eddy diffusivity"             unit="m2/s" axis_ref="none"  />
100   <!-- avt_tide: available with key_zdftmx -->
101   <field id="av_tide"     description="tidal vertical diffusivity"               unit="m2/s"                 />
102     </group>
103
104
105      <!-- ptrc on T grid -->
106
107     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T">
108       <field id="DET"      description="Detritus"                                      unit="mmole-N/m3" />
109       <field id="ZOO"      description="Zooplankton Concentration"                     unit="mmole-N/m3" />
110       <field id="PHY"      description="Phytoplankton Concentration"                   unit="mmole-N/m3" />
111       <field id="NO3"      description="Nitrate Concentration"                         unit="mmole-N/m3" />
112       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                        unit="mmole-N/m3" />
113       <field id="DOM"      description="Dissolved Organic Matter"                      unit="mmole-N/m3" />
114     </group>
115
116     <!-- diad on T grid -->
117
118     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
119       <field id="FNO3PHY"  description="FNO3PHY"                             unit="-"  axis_ref="deptht" /> 
120       <field id="FNH4PHY"  description="FNH4PHY"                             unit="-"  axis_ref="deptht" /> 
121       <field id="FNH4NO3"  description="FNH4NO3"                             unit="-"  axis_ref="deptht" /> 
122       <field id="TNO3PHY"  description="TNO3PHY"                             unit="-"  /> 
123       <field id="TNH4PHY"  description="TNH4PHY"                             unit="-"  /> 
124       <field id="TPHYDOM"  description="TPHYDOM"                             unit="-"  /> 
125       <field id="TPHYNH4"  description="TPHYNH4"                             unit="-"  /> 
126       <field id="TPHYZOO"  description="TPHYZOO"                             unit="-"  /> 
127       <field id="TPHYDET"  description="TPHYDET"                             unit="-"  /> 
128       <field id="TDETZOO"  description="TDETZOO"                             unit="-"  /> 
129       <field id="TDETSED"  description="TDETSED"                             unit="-"  /> 
130       <field id="TZOODET"  description="TZOODET"                             unit="-"  /> 
131       <field id="TZOOBOD"  description="TZOOBOD"                             unit="-"  /> 
132       <field id="TZOONH4"  description="TZOONH4"                             unit="-"  /> 
133       <field id="TZOODOM"  description="TZOODOM"                             unit="-"  /> 
134       <field id="TNH4NO3"  description="TNH4NO3"                             unit="-"  /> 
135       <field id="TDOMNH4"  description="TDOMNH4"                             unit="-"  /> 
136       <field id="TDETNH4"  description="TDETNH4"                             unit="-"  /> 
137       <field id="TPHYTOT"  description="TPHYTOT"                             unit="-"  /> 
138       <field id="TZOOTOT"  description="TZOOTOT"                             unit="-"  /> 
139       <field id="TDETDOM"  description="TDETDOM"                             unit="-"  /> 
140       <field id="SEDPOC"   description="SEDPOC"                              unit="-"  /> 
141     </group>
142
143  </field_definition>
144
145    <!--
146============================================================================================================
147=                                           output files definition                                        =
148=                                            Define your own files                                         =
149=                                         put the variables you want...                                    =
150============================================================================================================
151    -->
152
153  <file_definition output_level="10" enabled=".TRUE.">
154     
155     <file id="GYREL_1m_grid_T" description="ocean T grid variables" output_freq="2592000" output_level="5" >
156   <field ref="toce"         name="votemper"  />
157   <field ref="soce"         name="vosaline"  />
158   <field ref="sst"          name="sosstsst"  />
159   <field ref="sss"          name="sosaline"  />
160   <field ref="ssh"          name="sossheig"  />
161   <field ref="emp"          name="sowaflup"  />
162   <field ref="qsr"          name="soshfldo"  />
163   <field ref="emps"         name="sowaflcd"  />
164   <field ref="qns+qsr"      name="sohefldo"  />
165   <field ref="mldr10_1"     name="somxl010"  />
166   <field ref="mldkz5"       name="somixhgt"  />
167   <field ref="wspd"         name="sowindsp"  />
168   <field ref="qrp"          name="sohefldp"  />
169   <field ref="erp"          name="sowafldp"  />
170   <field ref="mldr10_1"     name="sobowlin"  operation="t_max(X)" />
171   <field ref="mlddzt"       name="sothedep"  />
172   <field ref="20d"          name="so20chgt"  />
173   <field ref="28d"          name="so28chgt"  />
174   <field ref="hc300"        name="sohtc300"  />
175    </file>
176   
177    <file id="GYREL_1m_grid_U" description="ocean U grid variables" output_freq="2592000" output_level="5" >
178   <field ref="uoce"         name="vozocrtx"  />
179   <field ref="uoce_eiv"     name="vozoeivu"  />
180   <field ref="utau"         name="sozotaux"  />
181    </file>
182 
183    <file id="GYREL_1m_grid_V" description="ocean V grid variables" output_freq="2592000" output_level="5" >
184   <field ref="voce"         name="vomecrty"  />
185   <field ref="voce_eiv"     name="vomeeivv"  />
186   <field ref="vtau"         name="sometauy"  />
187    </file>
188 
189    <file id="GYREL_1m_grid_W" description="ocean W grid variables" output_freq="2592000" output_level="5" >
190   <field ref="woce"         name="vovecrtz" />
191   <field ref="woce_eiv"     name="voveeivw" />
192   <field ref="avt"          name="votkeavt" />
193   <field ref="avt_evd"      name="votkeevd" />
194   <field ref="avm"          name="votkeavm" />
195   <field ref="avm_evd"      name="votkeevm" />
196   <field ref="avs"          name="voddmavs" />
197   <field ref="aht2d"        name="soleahtw" />
198   <field ref="aht2d_eiv"    name="soleaeiw" />
199    </file>
200 
201    <file id="GYREL_1m_ptrc_T" description="lobster sms variables" output_freq="2592000" output_level="5" >
202       <field ref="DET"      />
203       <field ref="ZOO"      />
204       <field ref="PHY"      />
205       <field ref="NO3"      />
206       <field ref="NH4"      />
207       <field ref="DOM"      />
208    </file>
209
210    <file id="GYREL_1m_diad_T" description="additional lobster diagnostics" output_freq="2592000" output_level="5" > 
211       <field ref="FNO3PHY"   /> 
212       <field ref="FNH4PHY"   /> 
213       <field ref="FNH4NO3"   /> 
214       <field ref="TNO3PHY"   /> 
215       <field ref="TNH4PHY"   /> 
216       <field ref="TPHYDOM"   /> 
217       <field ref="TPHYNH4"   /> 
218       <field ref="TPHYZOO"   /> 
219       <field ref="TPHYDET"   /> 
220       <field ref="TDETZOO"   /> 
221       <field ref="TDETSED"   /> 
222       <field ref="TZOODET"   /> 
223       <field ref="TZOOBOD"   /> 
224       <field ref="TZOONH4"   /> 
225       <field ref="TZOODOM"   /> 
226       <field ref="TNH4NO3"   /> 
227       <field ref="TDOMNH4"   /> 
228       <field ref="TDETNH4"   /> 
229       <field ref="TPHYTOT"   /> 
230       <field ref="TZOOTOT"   /> 
231       <field ref="TDETDOM"   /> 
232       <field ref="SEDPOC"    /> 
233     </file>
234 
235  </file_definition>
236
237    <!--
238============================================================================================================
239=                                           grid definition                                                =
240=                                            DO NOT CHANGE                                                 =
241============================================================================================================
242    -->
243
244  <axis_definition> 
245     <axis id="deptht" description="Vertical T levels" unit="m" positive=".false." />
246     <axis id="depthu" description="Vertical U levels" unit="m" positive=".false." />
247     <axis id="depthv" description="Vertical V levels" unit="m" positive=".false." />
248     <axis id="depthw" description="Vertical W levels" unit="m" positive=".false." />
249     <axis id="none" description="axe non defini" unit="none" size="1" />
250  </axis_definition> 
251
252  <grid_definition>
253    <grid id="grid_T" description="grid T" />
254    <grid id="grid_U" description="grid U" />
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Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.