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Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
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job_ORCA2_OFF_PISCES.ksh in trunk/NVTK/INSTALL/JOBS – NEMO

source: trunk/NVTK/INSTALL/JOBS/job_ORCA2_OFF_PISCES.ksh @ 1357

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Adding new files for TOP ref. config. , see ticket:386
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Line 
1# $Id: job_ORCA2_LIM.ksh 1301 2009-02-09 17:15:38Z ctlod $
2set -xv
3
4CONF=ORCA2_OFF_PISCES
5# Variables changed by lance_batch.ksh script
6RUN=xxx
7NB_PROCS=xxx
8LAUNCH=xxx
9LEXE=xxx
10CPERF=xxx
11D_INPUT=xxx
12D_GET=xxx
13REF_TAG=xxx
14MYO_EXP=xxx
15TSYMB=xxx
16
17# Variables changed by ins_valid.ksh script
18MAINDIR=/workdir/rech/eee/reee534/AUTRE
19WORK=/workdir/rech/eee/reee534/AUTRE/modipsl/config/
20REF_OD=/u/rech/eee/reee831/NEMO_VALIDATION
21
22# Arguments
23# type = 'long' or '1_short' or '2_short'
24type=$1
25
26case ${type} in
27        'long' ) 
28             DIROUT='LONG'
29             ITERATIONS=240 ;;
30             
31        '1_short' ) 
32             DIROUT='1_SHORT'
33             ITERATIONS=120 ;;
34             
35        '2_short' ) 
36             DIROUT='2_SHORT'
37             ITERATIONS=120 ;;
38
39        'gtime' ) 
40             DIROUT='GTIME'
41             ITERATIONS=1460 ;;
42esac
43
44# Working directory
45cd ${TMPDIR}
46#-T- osxxlf mkdir -p ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${MYO_EXP}/RUN
47#-T- osxxlf cd ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${MYO_EXP}/RUN
48#-T- osxxlf zback=$?
49#-T- osxxlf if [ ${zback} = 0 ] ; then rm -rf namelist* *.nc memory* solver.stat ocean.output* mpp.output* mono.output* ; fi
50
51##############################################################
52##############################################################
53##############################################################
54###             Input files
55##############################################################
56##############################################################
57##############################################################
58# Local function to copy namelists files
59get_namelist () {
60    if [ -a $1/$2_$3 ] ; then
61        cp $1/$2_$3 $4
62    else
63        echo '                ###############################################################'
64        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
65        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
66        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
67        echo '                ###############################################################'
68        echo "              $2_$3 file doesn't exist, we use the standard $2"
69        echo '                ###############################################################'
70        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
71        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
72        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
73        echo '                ###############################################################'
74        cp $1/$2 $4
75    fi
76}
77
78# Local function to find namelists parameters
79supergrep () {
80    grep "^ *$1 *=" $2 | sed -e "s% *\!.*%%"
81}
82
83# Ocean namelist
84LOC_NAM=${MAINDIR}/modipsl/config/${CONF}/EXP00
85get_namelist ${LOC_NAM} namelist ${MYO_EXP} namelist
86
87# Passive transport namelist
88get_namelist ${LOC_NAM} namelist_top ${MYO_EXP} namelist_top
89
90# Pisces namelist
91get_namelist ${LOC_NAM} namelist_pisces ${MYO_EXP} namelist_pisces
92get_namelist ${LOC_NAM} kRGB61.txt      ${MYO_EXP} kRGB61.txt
93
94# Local function to find namelists parameters
95supergrep () {
96    grep "^ *$1 *=" $2 | sed -e "s% *\!.*%%"
97}
98
99# namelist modifications
100PAT_NIT000=$( supergrep nit000             namelist )
101PAT_NITEND=$( supergrep nitend             namelist )
102PAT_NSTOCK=$( supergrep nstock             namelist )
103
104sed -e "s%$PAT_NIT000%   nit000     =     1   %"           \
105    -e "s%$PAT_NITEND%   nitend     =     ${ITERATIONS} %" \
106    -e "s%$PAT_NSTOCK%   nstock     =     ${ITERATIONS} %" namelist > nam.tmp
107
108mv nam.tmp namelist
109
110# namelist modifications
111PAT_NWRTRC=$( supergrep nwritetrc         namelist_top )
112PAT_LRSTTR=$( supergrep lrsttr            namelist_top )
113PAT_NRSTTR=$( supergrep nrsttr            namelist_top )
114PAT_TRCRAD=$( supergrep ln_trcrad         namelist_top )
115
116sed -e "s%$PAT_NWRTRC%   nwritetrc   = ${ITERATIONS}%" \
117    -e "s%$PAT_LRSTTR%   lrsttr      =  .false.%"      \
118    -e "s%$PAT_NRSTTR%   nrsttr      =     0   %"       \
119    -e "s%$PAT_TRCRAD%   ln_trcrad   =  .false.%" namelist_top > nam.tmp     
120
121mv nam.tmp namelist_top
122
123# Get forcing files
124${D_GET} ${D_INPUT}/INPUTS_DYNA_v3.tar  INPUTS_DYNA_v3.tar
125tar xvf INPUTS_DYNA_v3.tar
126rm -f INPUTS_DYNA_v3.tar
127
128# Get meshmask file
129${D_GET} ${D_INPUT}/INPUTS_INIT_v3.tar INPUTS_INIT_v3.tar
130tar xvf INPUTS_INIT_v3.tar
131rm -f INPUTS_INIT_v3.tar
132rm -f restart_trc*.nc
133
134# Get forcing pisces files
135${D_GET} ${D_INPUT}/INPUTS_PISCES_v3.tar INPUTS_PISCES_v3.tar
136tar xvf INPUTS_PISCES_v3.tar
137rm -f INPUTS_PISCES_v3.tar
138
139# Get restarts files if needed
140if [ $type = '2_short' ]
141then
142    if [ ${RUN} = 'mon' -o ${RUN} = 'omp' ] ; then
143        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*restart_trc.nc restart_trc.nc
144    fi
145
146    if [ ${RUN} = 'mpi' ] ; then
147        typeset -Z4 i=0
148        while [ $i -lt $NB_PROCS ]
149        do
150           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*restart_trc_${i}.nc restart_trc_${i}.nc
151           let i=$i+1
152        done
153    fi
154
155    # Ocean namelist modifications
156    PAT_NIT000=$( supergrep nit000             namelist )
157    PAT_NITEND=$( supergrep nitend             namelist )
158    ORCA_NIT000=$(( $ITERATIONS + 1 ))
159    ORCA_NITEND=$(( $ITERATIONS*2 ))
160   
161    sed  -e "s%$PAT_NIT000%   nit000     =     $ORCA_NIT000 %" \
162         -e "s%$PAT_NITEND%   nitend     =     $ORCA_NITEND %" namelist > nam.tmp
163   
164    mv nam.tmp namelist
165
166   # Biogeochemistry namelist modifications
167    PAT_LRSTTR=$( supergrep lrsttr        namelist_top )
168    PAT_NRSTTR=$( supergrep nrsttr        namelist_top )
169
170    sed -e "s%$PAT_LRSTTR%   lrsttr     = .true. %"  \
171        -e "s%$PAT_NRSTTR%   nrsttr     = 2%" namelist_top > nam.tmp
172
173    mv nam.tmp namelist_top
174
175   PAT_PISDMP=$( supergrep ln_pisdmp     namelist_pisces )
176   sed -e "s%$PAT_PISDMP%  ln_pisdmp     = .false.%" namelist_pisces > nam.tmp
177   mv nam.tmp namelist_pisces
178fi
179
180##############################################################
181##############################################################
182##############################################################
183###             Launch run
184##############################################################
185##############################################################
186##############################################################
187
188cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}
189cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP} opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}
190chmod 777 opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}
191chmod 777 opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}
192
193#
194# Profiling & Executable memory size
195####################################
196touch memory_size.txt
197
198case ${RUN} in
199        'mon' ) 
200#-T- sx8brodie export F_PROGINF=detail
201#-T- sx8brodie echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}) )"    >> memory_size.txt
202#-T- sx8brodie echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}) )"   >> memory_size.txt  ;;
203#-T- sx8mercure export F_PROGINF=detail
204#-T- sx8mercure echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}) )"    >> memory_size.txt
205#-T- sx8mercure echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}) )"   >> memory_size.txt  ;;
206#-T- aix6     ;;
207#-T- ax6_mono echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}) )"    >> memory_size.txt
208#-T- ax6_mono echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}) )"   >> memory_size.txt ;;
209#-T- osxxlf echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}) )"    >> memory_size.txt
210#-T- osxxlf echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}) )"   >> memory_size.txt ;;
211        'mpi' ) 
212#-T- sx8brodie export MPIPROGINF=detail ;;
213#-T- sx8mercure export MPIPROGINF=detail ;;
214#-T- aix6     ;;
215#-T- ax6_mono ;;
216#-T- osxxlf   ;;
217        'omp' ) 
218#-T- sx8brodie export F_PROGINF=detail
219#-T- sx8brodie export OMP_NUM_THREADS=${NB_PROCS} ;;
220#-T- sx8mercure export F_PROGINF=detail
221#-T- sx8mercure export OMP_NUM_THREADS=${NB_PROCS} ;;
222#-T- aix6     ;;
223#-T- ax6_mono ;;
224#-T- osxxlf   ;;
225esac
226#
227# >>>>>> EXECUTION < < < <
228##########################
229
230case ${RUN} in
231        'mon' | 'omp' ) 
232              ${CPERF} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
233        'mpi' ) 
234#-T- sx8brodie         ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
235#-T- sx8mercure         ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
236#-T- aix6              ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
237#-T- osxxlf   mpd&
238#-T- osxxlf   sleep 5
239#-T- osxxlf   ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}
240#-T- osxxlf   mpdallexit ;;
241esac
242
243ls -l
244#
245
246##############################################################
247##############################################################
248##############################################################
249###             Save output files
250##############################################################
251##############################################################
252##############################################################
253case ${RUN} in
254   'mon' | 'omp' )
255               liste_files='*abort* memory* namelist* perfs* ocean.output layout* PISCES* restart* mono*' ;;
256   'mpi' )
257               liste_files='*abort* namelist* perfs* ocean.output* layout* PISCES* restart* mpp*' ;;
258esac
259
260# Ensure that all files saved are coming from the current run
261ind=1
262for k in $liste_files
263do
264   echo $k > temp
265   var=$( ( awk '{printf("%-.4s", varin ) } ' varin=$k temp ) )
266   if [ ${ind} = 1 -a ${var} = 'perf' ] ; then
267       kc='perf*'
268       rm -f ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${MYO_EXP}/${kc}
269       ind=0
270   fi
271   cp $k ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${MYO_EXP}/$k
272done
273
274##############################################################
275##############################################################
276##############################################################
277###             Retrieve some reference run files
278##############################################################
279##############################################################
280##############################################################
281if [ ${REF_TAG} ]
282then
283   STORE_DATA=${REF_OD}/${CONF}/${REF_TAG}/${RUN}/${DIROUT}
284   LFILES="solver.stat memory_size.txt ocean.output ${RUN}${CONF}_err"
285   for ref_file in ${LFILES}
286   do
287       ${D_GET} ${STORE_DATA}/${TSYMB}${ref_file} ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/REF/${ref_file}
288   done
289fi
290
291##############################################################
292##############################################################
293##############################################################
294###             Launch restart job
295##############################################################
296##############################################################
297##############################################################
298if [ $type = '1_short' ] ; then
299    cd ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/2_SHORT/${MYO_EXP}
300    ${LAUNCH}job_${RUN}_2_short_${MYO_EXP}.ksh
301fi
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.