New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
prepare_job.sh in utils/CI/sette_ticket2452 – NEMO

source: utils/CI/sette_ticket2452/prepare_job.sh @ 13197

Last change on this file since 13197 was 12818, checked in by gsamson, 4 years ago

modifications to activate ABL with ORCA2_ICE_PISCES cfg in SETTE tests; inputs files (ORCA2_ABL_v4.0.tar) not yet available on Zenodo; allow node number > 1 with mercator batch templates (ticket #2452)
  • Property svn:executable set to *
File size: 13.3 KB
Line 
1#####################################################
2# Author : Simona Flavoni for NEMO
3# Contact : sflod@locean-ipsl.upmc.fr
4#
5# ----------------------------------------------------------------------
6# NEMO/SETTE , NEMO Consortium (2010)
7# Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt)
8# ----------------------------------------------------------------------
9#
10# Some scripts called by sette.sh
11# prepare_job.sh   : creates the job script for running job
12######################################################
13#set -vx
14set -o posix
15#set -u
16#set -e
17#+
18#
19# ================
20# prepare_job.sh
21# ================
22#
23# -------------------------------------------------
24# script that creates the job script for NEMO tests
25# -------------------------------------------------
26#
27# SYNOPSIS
28# ========
29#
30# ::
31#
32#  $ ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG JOB_FILE
33#
34#
35# DESCRIPTION
36# ===========
37#
38# Part of the SETTE package to run tests for NEMO
39#
40# prepare the script $JOB_FILE to run the tests
41#
42# EXAMPLES
43# ========
44#
45# ::
46#
47#  $ ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG $JOB_FILE
48#
49# prepare the $JOB_FILE for execution
50#
51#
52# TODO
53# ====
54#
55# option debug
56#
57#
58# EVOLUTIONS
59# ==========
60#
61# $Id: prepare_job.sh 3050 2011-11-07 14:11:34Z acc $
62#
63#
64#
65#   * creation
66#
67#-
68#
69
70usage=" Usage : ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG JOB_FILE NUM_XIO_SERVERS"
71usage=" example : ./prepare_job.sh input_ORCA2_ICE_PISCES.cfg 8 SHORT no/yes $JOB_FILE 0 2"
72
73
74minargcount=6
75        if [ ${#} -lt ${minargcount} ]
76        then
77                echo "not enough arguments for prepare_job.sh script"
78                echo "control number of argument of prepare_job.sh in sette.sh"
79                echo "${usage}"
80        exit 1
81        fi
82        unset minargcount
83   if [ ! -f ${SETTE_DIR}/output.sette ] ; then
84           touch ${SETTE_DIR}/output.sette
85   fi
86       
87#
88# set and export TEST_NAME. It will be used within the post_test_tidyup function
89#
90INPUTARFILE=$1
91NB_PROC=$2
92TEST_NAME=$3
93MPI_FLAG=$4
94JOB_FILE=$5
95NXIO_PROC=$6
96NEMO_VALID=$7
97TOTAL_NPROCS=$(( $NB_PROC + $NXIO_PROC ))
98
99# export EXE_DIR. This directory is used to execute model
100#
101#
102#
103echo "date: `date`" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
104echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
105echo "running config: ${NEW_CONF}" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
106echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
107echo "list of cpp_keys: " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
108echo "`more ${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/cpp_${NEW_CONF}.fcm`" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
109echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
110echo "compiling with: ${CMP_NAM}" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
111echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
112echo "executing script : \"fcm_job $@\" " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
113echo "            " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
114
115################################################################
116# SET INPUT
117# get the input tarfile if needed
118if [ "$(cat ${SETTE_DIR}/$INPUTARFILE | wc -w)" -ne 0 ] ; then
119   echo "looking for input files in ${SETTE_DIR}/$INPUTARFILE " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
120# number of tarfiles: NBTAR
121   NBTAR=`cat ${SETTE_DIR}/$INPUTARFILE |wc -l` 
122   echo "NB of tarfiles ${NBTAR} " >> ${SETTE_DIR}/output.sette
123# loop on tarfiles
124# read file name and directory
125while read tar_file dir_conf_forc
126do
127      echo looking for tarfile ${tar_file} and directory ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc} ; echo looking for tarfile ${tar_file} and directory ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc} >> ${SETTE_DIR}/output.sette
128      if [ -f ${FORCING_DIR}/${tar_file} ] && [ -d ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc} ] ; then
129# Tarfile and input dir ar there, only check the links
130         echo "Tarfile and input dir ar there, only check the links" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
131# extract tarfile
132      else
133
134if [ ! -f ${FORCING_DIR}/${tar_file} ] ; then 
135     echo "tarfile  ${FORCING_DIR}/${tar_file} cannot be found we stop " ; exit 2 ; fi
136
137echo "mkdir ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
138         mkdir ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc} 
139         cd    ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}
140echo " extract from tarfile ${FORCING_DIR}/${tar_file} in  ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}" >> ${SETTE_DIR}/output.sette
141         tar xvof ${FORCING_DIR}/${tar_file} ; gunzip -f `find . -name "*.gz"` 
142      fi
143# Tarfile and input dir ar there, only check the links
144      cd ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}
145      for fida in *
146         do
147           [ -f ${EXE_DIR}/${fida} ] || ln -s ${FORCING_DIR}/${dir_conf_forc}/${fida} ${EXE_DIR}/${fida}
148         done
149    done < ${SETTE_DIR}/$INPUTARFILE
150
151else
152  echo "no input file to be searched "
153fi
154################################################################
155
156################################################################
157# RUN OPA
158cd ${EXE_DIR}
159if [ ! -r ${EXE_DIR}/nemo ]
160    then
161    echo "executable nemo does not exist"
162    echo "executable nemo does not exist, exit"  >> ${SETTE_DIR}/output.sette
163    exit 1
164fi
165
166# example for NOCS ClusterVision system using SLURM batch submission (requires ${SETTE_DIR}/sette_batch_template file)
167#
168  #  if [ ${MPI_FLAG} == "no" ] ; then
169      case ${COMPILER} in
170         X64_MOBILIS)
171                                NB_REM=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{print ( $1 + $2 ) % 16}')
172               if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then
173               # number of processes required is an integer multiple of 16
174               #
175               NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{print ($1 + $2 ) / 16}')
176            else
177               #
178               # number of processes required is not an integer multiple of 16
179               # round up the number of nodes required.
180               #
181               NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{printf("%d",($1 + $2 ) / 16 + 1 )}')
182                  fi
183            ;;
184                        XC_ARCHER_INTEL)
185                                # ocean cores are packed 24 to a node
186                                NB_REM=$( echo $NB_PROC | awk '{print ( $1 % 24 ) }')
187                                if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then
188                                        # number of processes required is an integer multiple of 24
189                                        #
190                                        NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{print ($1) / 24}')
191                                else
192                                        #
193                                        # number of processes required is not an integer multiple of 24
194                                        # round up the number of nodes required.
195                                        #
196                                        NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{printf("%d",($1) / 24 + 1 )}')
197                                fi
198                                # xios cores are sparsely packed at 4 to a node
199                                # but can not share nodes with the ocean cores
200                                NB_REM=$( echo $NXIO_PROC | awk '{print ( $2 % 4 ) }')
201                                if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then
202                                        # number of processes required is an integer multiple of 4                           
203                                        #
204                                        NB_NODES=$( echo $NB_NODES $NXIO_PROC | awk '{print ($1 + ( $2 / 4 ))}')                   
205                                else
206                                        #
207                                        # number of processes required is not an integer multiple of 4                             
208                                        # round up the number of nodes required.
209                                        #
210                                        NB_NODES=$( echo $NB_NODES $NXIO_PROC | awk '{print ($1 + ( $2 / 4 ) + 1)}') 
211                                fi
212                                ;;
213                        XC40_METO*) #Setup for Met Office XC40 with any compiler
214                                # ocean cores are packed 32 to a node
215                                # If we need more than one node then have to use parallel queue and XIOS must have a node to itself
216                                NB_REM=$( echo $NB_PROC | awk '{print ( $1 % 32 ) }')
217                                if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then
218                                        # number of processes required is an integer multiple of 32
219                                        #
220                                        NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{print ($1) / 32}')
221                                else
222                                        #
223                                        # number of processes required is not an integer multiple of 32
224                                        # round up the number of nodes required.
225                                        #
226                                        NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{printf("%d",($1) / 32 + 1 )}')
227                                fi
228                                # xios cores are sparsely packed at 4 to a node
229                                if [ $NXIO_PROC == 0 ] ; then
230                                    NB_XNODES=0
231                                else
232                                    NB_REM=$( echo $NXIO_PROC | awk '{print ( $1 % 4 ) }')
233                                    if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then
234                                            # number of processes required is an integer multiple of 4                           
235                                            #
236                                            NB_XNODES=$( echo $NXIO_PROC | awk '{print (( $1 / 4 ) + 1)}') 
237                                    else
238                                            #
239                                            # number of processes required is not an integer multiple of 4                             
240                                            # round up the number of nodes required.
241                                            #
242                                            NB_XNODES=$( echo $NXIO_PROC | awk '{printf("%d",($1) / 4 + 1) }')                   
243                                    fi
244                                fi
245                                if [ ${NB_XNODES} -ge 1 ] ; then
246                                   NB_NODES=$((NB_NODES+NB_XNODES))
247                                fi
248                                echo NB_XNODES=${NB_XNODES} 
249                                echo Total NB_NODES=${NB_NODES}
250                                QUEUE=normal
251                                SELECT="select=$NB_NODES"
252                                module unload cray-snplauncher #Make sure snplauncher module is not loaded
253                                ;;
254                        X64_JEANZAY*) #Setup for Jean-Zay
255                                export GROUP_IDRIS=`echo ${USER} |cut -c 2-4`
256                                ;;
257                        openmpi_KARA_MERCATOR*) # Mercator local cluster
258                                NB_PROC_NODE=32
259                                NB_NODES=$(awk -v NB_PROC="$TOTAL_NPROCS" -v NB_PROC_NODE="$NB_PROC_NODE" 'BEGIN{print int((NB_PROC-1)/NB_PROC_NODE)+1 }')
260                                if [ ${NB_PROC} -le 128 ] ; then QUEUE=multi; fi
261                                ;;
262                        ifort_beaufix_sette*)   # Mercator Beaufix
263                                NB_PROC_NODE=40
264                                NB_NODES=$(awk -v NB_PROC="$TOTAL_NPROCS" -v NB_PROC_NODE="$NB_PROC_NODE" 'BEGIN{print int((NB_PROC-1)/NB_PROC_NODE)+1 }')
265                                ;;
266         *)
267            NB_NODES=${NB_PROC}
268            ;;
269      esac
270#
271# Pass settings into job file by using sed to edit predefined strings
272#
273        cat ${SETTE_DIR}/job_batch_template | sed -e"s/\(=\| \)NODES/\1${NB_NODES}/" \
274             -e"s/TOTAL_NPROCS/${TOTAL_NPROCS}/" \
275             -e"s/NPROCS/${NB_PROC}/" \
276             -e"s/NXIOPROCS/${NXIO_PROC}/" \
277             -e"s:DEF_SETTE_DIR:${SETTE_DIR}:" -e"s:DEF_INPUT_DIR:${INPUT_DIR}:" \
278             -e"s:DEF_EXE_DIR:${EXE_DIR}:" \
279             -e"s:DEF_CONFIG_DIR:${CONFIG_DIR}:" \
280             -e"s:DEF_TOOLS_DIR:${TOOLS_DIR}:" \
281             -e"s:MPI_FLAG:${MPI_FLAG}:" \
282             -e"s:DEF_NEMO_VALIDATION:${NEMO_VALID}:" -e"s:DEF_NEW_CONF:${NEW_CONF}:" \
283             -e"s:DEF_CMP_NAM:${CMP_NAM}:" -e"s:DEF_TEST_NAME:${TEST_NAME}:" > run_sette_test.job
284
285        case ${COMPILER} in
286              openmpi_KARA_MERCATOR_XIOS )
287                    cat run_sette_test.job | sed -e"s/NPROC_NODE/${NB_PROC_NODE}/" \
288                                                 -e"s:QUEUE:${QUEUE}:" > run_sette_test1.job
289                    mv run_sette_test1.job run_sette_test.job
290                    ;;
291              XC40_METO*)
292                    cat run_sette_test.job | sed -e"s/SELECT/${SELECT}/" > run_sette_test1.job
293                    mv run_sette_test1.job run_sette_test.job
294                    ;;
295              X64_JEANZAY*)
296                    cat run_sette_test.job | sed -e"s/GROUP_IDRIS/${GROUP_IDRIS}/" > run_sette_test1.job
297                    mv run_sette_test1.job run_sette_test.job
298                    ;;
299   esac
300#
301# create the unique submission job script
302#
303   if [ ! -f $JOB_FILE ] ; then
304      mv run_sette_test.job $JOB_FILE
305   else
306       e=`grep -n "# END_BODY" ${JOB_FILE} | cut -d : -f 1`
307            e=$(($e - 1))
308       head -$e $JOB_FILE > ${JOB_FILE}_new
309       mv ${JOB_FILE}_new ${JOB_FILE}
310       l=`wc -l run_sette_test.job | sed -e "s:run_sette_test.job::"`
311       b=`grep -n "# BODY" run_sette_test.job | cut -d : -f 1`
312       t=$(($l - $b))
313       tail -$t run_sette_test.job >> $JOB_FILE
314   fi
315   
316   chmod a+x $JOB_FILE ; echo "$JOB_FILE is ready"
317
318#fi
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.