New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 13662 for NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2020-10-22T20:49:56+02:00 (4 years ago)
Author:
clem
Message:

update to almost r4.0.4

Location:
NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP
Files:
1 deleted
22 edited
1 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP

    • Property svn:externals

      •  

        old new  
        1 ^/utils/build/arch@HEAD       arch 
        2 ^/utils/build/makenemo@HEAD   makenemo 
        3 ^/utils/build/mk@HEAD         mk 
        4 ^/utils/tools@HEAD            tools 
        5 ^/vendors/AGRIF/dev@HEAD      ext/AGRIF 
        6 ^/vendors/FCM@HEAD            ext/FCM 
        7 ^/vendors/IOIPSL@HEAD         ext/IOIPSL 
         1^/utils/build/arch@12130      arch 
         2^/utils/build/makenemo@12191  makenemo 
         3^/utils/build/mk@11662        mk 
         4^/utils/tools_r4.0-HEAD@12672 tools 
         5^/vendors/AGRIF/dev@10586     ext/AGRIF 
         6^/vendors/FCM@10134           ext/FCM 
         7^/vendors/IOIPSL@9655         ext/IOIPSL 
         8 
         9# SETTE mapping (inactive) 
         10#^/utils/CI/sette@12135        sette 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/latex/NEMO/subfiles/chap_DIA.tex

    r11693 r13662  
    20222022 
    20232023%% ================================================================================================= 
    2024 \subsection{Top middle and bed hourly output} 
    2025  
    2026 \begin{listing} 
    2027   \nlst{nam_diatmb} 
    2028   \caption{\forcode{&nam_diatmb}} 
    2029   \label{lst:nam_diatmb} 
    2030 \end{listing} 
    2031  
    2032 A module is available to output the surface (top), mid water and bed diagnostics of a set of standard variables. 
    2033 This can be a useful diagnostic when hourly or sub-hourly output is required in high resolution tidal outputs. 
    2034 The tidal signal is retained but the overall data usage is cut to just three vertical levels. 
    2035 Also the bottom level is calculated for each cell. 
    2036 This diagnostic is actived with the logical $ln\_diatmb$. 
    2037  
    2038 %% ================================================================================================= 
    20392024\subsection{Courant numbers} 
    20402025 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/latex/global/document.tex

    r11693 r13662  
    55 
    66%% NEMO release version 
    7 \def \version{trunk} 
     7\def \version{4.0-HEAD} 
    88 
    99%% Preamble 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/latex/global/frontpage.tex

    r11688 r13662  
    3232  \begin{center} 
    3333    \LARGE Version \version\ -\ \today \\ 
    34     \medskip 
    35     \href{http://doi.org/10.5281/zenodo.\zid}{ \includegraphics{badges/zenodo.\zid} } 
     34%    \medskip 
     35%    \href{http://doi.org/10.5281/zenodo.\zid}{ \includegraphics{badges/zenodo.\zid} } 
    3636  \end{center} 
    3737 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/latex/global/packages.tex

    r11702 r13662  
    99 
    1010%% customization (layout, header/footer styles & contents, background) 
    11 \usepackage{draftwatermark} 
     11%\usepackage{draftwatermark} 
    1212\usepackage[margin = 2cm]{geometry} 
    1313\usepackage[pages = some]{background}   %% 'some' for title page 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/namelists/nambdy_dta

    r11703 r13662  
    2929   bn_aip      = 'NOT USED'              ,         24.       , 'siapnd'  ,    .true.   , .false.,  'daily'  ,    ''            ,   ''     ,     '' 
    3030   bn_hip      = 'NOT USED'              ,         24.       , 'sihpnd'  ,    .true.   , .false.,  'daily'  ,    ''            ,   ''     ,     '' 
     31   bn_hil      = 'NOT USED'              ,         24.       , 'sihlid'  ,    .true.   , .false.,  'daily'  ,    ''            ,   ''     ,     '' 
    3132   ! if bn_t_i etc are "not used", then define arbitrary temperatures and salinity and ponds 
    3233   rn_ice_tem  = 270.         !  arbitrary temperature               of incoming sea ice 
    … …  
    3536   rn_ice_apnd = 0.2          !       --   pond fraction = a_ip/a_i            -- 
    3637   rn_ice_hpnd = 0.05         !       --   pond depth                          -- 
     38   rn_ice_hlid = 0.0          !       --   pond lid depth                      -- 
    3739/ 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/namelists/namdia

    r11703 r13662  
    88   ln_icediahsb     = .false.         !  output the heat, mass & salt budgets (T) or not (F) 
    99   ln_icectl        = .false.         !  ice points output for debug (T or F) 
    10    iiceprt          =  10             !  i-index for debug 
    11    jiceprt          =  10             !  j-index for debug 
     10      iiceprt       =  10             !     i-index for debug 
     11      jiceprt       =  10             !     j-index for debug 
    1212/ 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/namelists/namdrg

    r10075 r13662  
    22&namdrg        !   top/bottom drag coefficient                          (default: NO selection) 
    33!----------------------------------------------------------------------- 
    4    ln_OFF      = .false.   !  free-slip       : Cd = 0                  (F => fill namdrg_bot 
     4   ln_drg_OFF  = .false.   !  free-slip       : Cd = 0                  (F => fill namdrg_bot 
    55   ln_lin      = .false.   !      linear  drag: Cd = Cd0 Uc0                   &   namdrg_top) 
    66   ln_non_lin  = .false.   !  non-linear  drag: Cd = Cd0 |U| 
    … …  
    88   ! 
    99   ln_drgimp   = .true.    !  implicit top/bottom friction flag 
     10      ln_drgice_imp = .false. ! implicit ice-ocean drag 
    1011/ 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/namelists/namdrg_bot

    r10075 r13662  
    11!----------------------------------------------------------------------- 
    2 &namdrg_bot    !   BOTTOM friction                                      (ln_OFF =F) 
     2&namdrg_bot    !   BOTTOM friction                                      (ln_drg_OFF =F) 
    33!----------------------------------------------------------------------- 
    44   rn_Cd0      =  1.e-3    !  drag coefficient [-] 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/namelists/namdrg_top

    r10075 r13662  
    11!----------------------------------------------------------------------- 
    2 &namdrg_top    !   TOP friction                                         (ln_OFF =F & ln_isfcav=T) 
     2&namdrg_top    !   TOP friction                                         (ln_drg_OFF =F & ln_isfcav=T) 
    33!----------------------------------------------------------------------- 
    44   rn_Cd0      =  1.e-3    !  drag coefficient [-] 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/namelists/namdyn

    r11703 r13662  
    1010   rn_ishlat        =   2.            !  lbc : free slip (0) ; partial slip (0-2) ; no slip (2) ; strong slip (>2) 
    1111   ln_landfast_L16  = .false.         !  landfast: parameterization from Lemieux 2016 
    12       rn_depfra     =   0.125         !        fraction of ocean depth that ice must reach to initiate landfast 
     12      rn_lf_depfra  =   0.125         !        fraction of ocean depth that ice must reach to initiate landfast 
    1313                                      !          recommended range: [0.1 ; 0.25] 
    14       rn_icebfr     =  15.            !        maximum bottom stress per unit volume [N/m3] 
    15       rn_lfrelax    =   1.e-5         !        relaxation time scale to reach static friction [s-1] 
    16       rn_tensile    =   0.05          !        isotropic tensile strength [0-0.5??] 
     14      rn_lf_bfr     =  15.            !        maximum bottom stress per unit volume [N/m3] 
     15      rn_lf_relax   =   1.e-5         !        relaxation time scale to reach static friction [s-1] 
     16      rn_lf_tensile =   0.05          !        isotropic tensile strength [0-0.5??] 
    1717/ 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/namelists/namdyn_rhg

    r11025 r13662  
    99      rn_relast     =   0.333         !     ratio of elastic timescale to ice time step: Telast = dt_ice * rn_relast  
    1010                                      !        advised value: 1/3 (rn_nevp=120) or 1/9 (rn_nevp=300) 
     11   ln_rhg_chkcvg    = .false.         !  check convergence of rheology (outputs: file ice_cvg.nc & variable uice_cvg) 
    1112/ 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/namelists/namini

    r11703 r13662  
    33!------------------------------------------------------------------------------ 
    44   ln_iceini        = .true.          !  activate ice initialization (T) or not (F) 
    5    ln_iceini_file   = .false.         !  netcdf file provided for initialization (T) or not (F) 
     5   nn_iceini_file   =   0             !     0 = Initialise sea ice based on SSTs 
     6                                      !     1 = Initialise sea ice from single category netcdf file 
     7                                      !     2 = Initialise sea ice from multi category restart file 
    68   rn_thres_sst     =   2.0           !  max temp. above Tfreeze with initial ice = (sst - tfreeze) 
    79   rn_hti_ini_n     =   3.0           !  initial ice thickness       (m), North 
    … …  
    2325   rn_hpd_ini_n     =   0.05          !  initial pond depth          (m), North 
    2426   rn_hpd_ini_s     =   0.05          !        "            "             South 
    25    ! -- for ln_iceini_file = T 
     27   rn_hld_ini_n     =   0.0           !  initial pond lid depth      (m), North 
     28   rn_hld_ini_s     =   0.0           !        "            "             South 
     29   ! -- for nn_iceini_file = 1 
    2630   sn_hti = 'Ice_initialization'    , -12 ,'hti'   ,  .false.  , .true., 'yearly'  , '' , '', '' 
    2731   sn_hts = 'Ice_initialization'    , -12 ,'hts'   ,  .false.  , .true., 'yearly'  , '' , '', '' 
    … …  
    3438   sn_apd = 'NOT USED'              , -12 ,'apd'   ,  .false.  , .true., 'yearly'  , '' , '', '' 
    3539   sn_hpd = 'NOT USED'              , -12 ,'hpd'   ,  .false.  , .true., 'yearly'  , '' , '', '' 
     40   sn_hld = 'NOT USED'              , -12 ,'hld'   ,  .false.  , .true., 'yearly'  , '' , '', '' 
    3641   cn_dir='./' 
    3742/ 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/namelists/namsbc_blk

    r11703 r13662  
    3131   sn_snow     = 'ncar_precip.15JUNE2009_fill',   -1.        , 'SNOW'    ,   .false.   , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc' , ''       , '' 
    3232   sn_slp      = 'slp.15JUNE2009_fill'        ,    6.        , 'SLP'     ,   .false.   , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc' , ''       , '' 
     33   sn_cc       = 'NOT USED'                   ,   24         , 'CC'      ,   .false.   , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc' , ''       , '' 
    3334   sn_tdif     = 'taudif_core'                ,   24         , 'taudif'  ,   .false.   , .true. , 'yearly'  , 'weights_core_orca2_bilinear_noc.nc' , ''       , '' 
    3435/ 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/namelists/namsbc_cpl

    r10075 r13662  
    22&namsbc_cpl    !   coupled ocean/atmosphere model                       ("key_oasis3") 
    33!----------------------------------------------------------------------- 
    4    nn_cplmodel   =     1   !  Maximum number of models to/from which NEMO is potentially sending/receiving data 
    5    ln_usecplmask = .false. !  use a coupling mask file to merge data received from several models 
    6    !                       !   -> file cplmask.nc with the float variable called cplmask (jpi,jpj,nn_cplmodel) 
    7    nn_cats_cpl   =     5   !  Number of sea ice categories over which coupling is to be carried out (if not 1) 
    8  
     4   nn_cplmodel       =     1   !  Maximum number of models to/from which NEMO is potentially sending/receiving data 
     5   ln_usecplmask     = .false. !  use a coupling mask file to merge data received from several models 
     6   !                           !   -> file cplmask.nc with the float variable called cplmask (jpi,jpj,nn_cplmodel) 
     7   ln_scale_ice_flux = .false. !  use ice fluxes that are already "ice weighted" ( i.e. multiplied ice concentration) 
     8   nn_cats_cpl       =     5   !  Number of sea ice categories over which coupling is to be carried out (if not 1) 
    99   !_____________!__________________________!____________!_____________!______________________!________! 
    1010   !             !        description       !  multiple  !    vector   !       vector         ! vector ! 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/namelists/namthd

    r11025 r13662  
    66   ln_icedO         = .true.          !  activate ice growth in open-water (T) or not (F) 
    77   ln_icedS         = .true.          !  activate brine drainage (T) or not (F) 
     8   !                                    
     9   ln_leadhfx       = .true.          !  heat in the leads is used to melt sea-ice before warming the ocean 
    810/ 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/namelists/namthd_pnd

    r11536 r13662  
    22&namthd_pnd     !   Melt ponds 
    33!------------------------------------------------------------------------------ 
    4    ln_pnd           = .false.         !  activate melt ponds or not 
    5      ln_pnd_H12     = .false.         !  activate evolutive melt ponds (from Holland et al 2012) 
    6      ln_pnd_CST     = .false.         !  activate constant  melt ponds 
    7        rn_apnd      =   0.2           !     prescribed pond fraction, at Tsu=0 degC 
    8        rn_hpnd      =   0.05          !     prescribed pond depth,    at Tsu=0 degC 
    9      ln_pnd_alb     = .false.         !  melt ponds affect albedo or not 
     4   ln_pnd            = .false.        !  activate melt ponds or not 
     5      ln_pnd_LEV     = .false.        !  level ice melt ponds (from Flocco et al 2007,2010 & Holland et al 2012) 
     6         rn_apnd_min =   0.15         !     minimum ice fraction that contributes to melt pond. range: 0.0 -- 0.15 ?? 
     7         rn_apnd_max =   0.85         !     maximum ice fraction that contributes to melt pond. range: 0.7 -- 0.85 ?? 
     8      ln_pnd_CST     = .false.        !  constant  melt ponds 
     9         rn_apnd     =   0.2          !     prescribed pond fraction, at Tsu=0 degC 
     10         rn_hpnd     =   0.05         !     prescribed pond depth,    at Tsu=0 degC 
     11      ln_pnd_lids    = .true.         !  frozen lids on top of the ponds (only for ln_pnd_LEV) 
     12      ln_pnd_alb     = .true.         !  effect of melt ponds on ice albedo 
    1013/ 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/namelists/namthd_zdf

    r11025 r13662  
    77   rn_cnd_s         =   0.31          !  thermal conductivity of the snow (0.31 W/m/K, Maykut and Untersteiner, 1971) 
    88                                      !     Obs: 0.1-0.5 (Lecomte et al, JAMES 2013) 
    9    rn_kappa_i       =   1.0           !  radiation attenuation coefficient in sea ice [1/m] 
     9   rn_kappa_i       =   1.0           !  radiation attenuation coefficient in sea ice                     [1/m] 
     10   rn_kappa_s       =  10.0           !  nn_qtrice = 0: radiation attenuation coefficient in snow         [1/m] 
     11   rn_kappa_smlt    =   7.0           !  nn_qtrice = 1: radiation attenuation coefficient in melting snow [1/m] 
     12   rn_kappa_sdry    =  10.0           !                 radiation attenuation coefficient in dry snow     [1/m] 
     13   ln_zdf_chkcvg    = .false.         !  check convergence of heat diffusion scheme (output variable: tice_cvg) 
    1014/ 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/namelists/namzdf_gls

    r9355 r13662  
    1313   nn_z0_met     =     2   !  Method for surface roughness computation (0/1/2/3) 
    1414   !                             ! =3 requires ln_wave=T 
     15   nn_z0_ice     =   1     !  attenutaion of surface wave breaking under ice 
     16   !                       !           = 0 no impact of ice cover 
     17   !                       !           = 1 roughness uses rn_hsri and is weigthed by 1-TANH(10*fr_i) 
     18   !                       !           = 2 roughness uses rn_hsri and is weighted by 1-fr_i 
     19   !                       !           = 3 roughness uses rn_hsri and is weighted by 1-MIN(1,4*fr_i) 
    1520   nn_bc_surf    =     1   !  surface condition (0/1=Dir/Neum) 
    1621   nn_bc_bot     =     1   !  bottom condition (0/1=Dir/Neum) 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/namelists/namzdf_tke

    r10075 r13662  
    1515   ln_mxl0     = .true.    !  surface mixing length scale = F(wind stress) (T) or not (F) 
    1616   rn_mxl0     =   0.04    !  surface  buoyancy lenght scale minimum value 
    17    ln_drg      = .false.   !  top/bottom friction added as boundary condition of TKE 
    1817   ln_lc       = .true.    !  Langmuir cell parameterisation (Axell 2002) 
    1918      rn_lc       =   0.15    !  coef. associated to Langmuir cells 
    … …  
    2625                              !        = 0  constant 10 m length scale 
    2726                              !        = 1  0.5m at the equator to 30m poleward of 40 degrees 
    28       rn_eice     =   4       !  below sea ice: =0 ON ; =4 OFF when ice fraction > 1/4    
     27   nn_eice     =   1       !  attenutaion of langmuir & surface wave breaking under ice 
     28   !                       !           = 0 no impact of ice cover on langmuir & surface wave breaking 
     29   !                       !           = 1 weigthed by 1-TANH(10*fr_i) 
     30   !                       !           = 2 weighted by 1-fr_i 
     31   !                       !           = 3 weighted by 1-MIN(1,4*fr_i) 
    2932/ 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/rst/source/conf.py

    r11780 r13662  
    5050# 
    5151# The short X.Y version. 
    52 version = 'trk' 
     52version = '4.0' 
    5353# The full version, including alpha/beta/rc tags. 
    54 release = 'trunk' 
     54release = '4.0-HEAD' 
    5555 
    5656# The language for content autogenerated by Sphinx. Refer to documentation 
    … …  
    230230texinfo_documents = [ 
    231231  ('guide', 'NEMO', u'NEMO Documentation', 
    232    u'NEMO System Team', 'NEMO', 'One line description of project.', 
     232   u'NEMO System Team', 'NEMO', 'Community Ocean Model', 
    233233   'Miscellaneous'), 
    234234] 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11842_SI3-10_EAP/doc/rst/source/global.rst

    r11735 r13662  
    1 .. Roles (custom styles related to CSS classes in 'source/_static/style.css') 
     1.. Roles 
     2 
     3.. custom styles related to CSS classes in './_static/style.css' 
    24 
    35.. role:: blue 
    … …  
    57.. role:: grey 
    68.. role:: greysup(sup) 
     9 
     10.. inline code snippets 
     11 
     12.. role:: python(code) 
     13   :language: python 
     14   :class: highlight 
     15 
     16.. role:: fortran(code) 
     17   :language: fortran 
     18   :class: highlight 
     19 
     20.. role:: console(code) 
     21   :language: console 
     22   :class: highlight 
    723 
    824.. Substitutions 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.