New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 1453 for trunk/NVTK – NEMO

Changeset 1453 for trunk/NVTK


Ignore:
Timestamp:
2009-05-18T09:35:22+02:00 (15 years ago)
Author:
smasson
Message:

bugfix in NVTK related to changeset:1412, see ticket:420

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/NVTK/INSTALL/JOBS/lance_batch.ksh

    r1452 r1453  
    149149# -------------------------------------------------------------- 
    150150if [ ${CONF} == 'ORCA2_LIM' ] ; then 
    151 CONFS=ORCA2 
     151    CONFS=ORCA2 
    152152elif [ ${CONF} == 'GYRE' ] ; then 
    153 CONFS=GYREO 
     153    CONFS=GYREO 
    154154elif [ ${CONF} == 'GYRE_LOBSTER' ] ; then 
    155 CONFS=GYREL 
     155    CONFS=GYREL 
    156156elif [ ${CONF} == 'ORCA2_LIM_PISCES' ] ; then 
    157 CONFS=OR2LP 
     157    CONFS=OR2LP 
    158158elif [ ${CONF} == 'ORCA2_OFF_PISCES' ] ; then 
    159 CONFS=OR2OP 
     159    CONFS=OR2OP 
    160160elif [ ${CONF} == 'ZAGRIF' ] ; then 
    161 CONFS=ZAGRI 
     161    CONFS=ZAGRI 
    162162else 
    163 CONFS=${CONF} 
     163    CONFS=${CONF} 
    164164fi 
    165165 
    166166case ${TARGET} in 
    167      'osxxlf' ) 
    168      cp jhd_${TARGET}_${RUN} jhd_${TARGET}_${RUN}_tmp  ;; 
    169      'aix6' ) 
    170           CAR_JNAM=$( grep '\# @ job_name' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
    171           CAR_JMPI=$( grep '\# @ total_tasks' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
    172           sed    -e "s%$CAR_JNAM%\# @ job_name = ${RUN}${CONFS}%" \ 
    173           -e "s%$CAR_JMPI%\# @ total_tasks = $(( ${PRC} + ${NB_PROCS_IOSERVER} ))%" \ 
    174           jhd_${TARGET}_${RUN} > jhd_${TARGET}_${RUN}_tmp  ;; 
    175      'sx8brodie' ) 
    176           CAR_JNAM=$( grep '\#PBS -N ' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
    177           CAR_JNAMO=$( grep '\#PBS -o ' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
    178           CAR_JNAME=$( grep '\#PBS -e ' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
    179           if [ ${RUN} = 'mpi' -o ${RUN} = 'omp' ] ; then 
    180               CAR_JMPI=$( grep '\#PBS -l cpunum_job' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
    181               sed    -e "s%$CAR_JNAM%\#PBS -N  ${RUN}${CONFS}%" \ 
    182               -e "s%$CAR_JNAMO%\#PBS -o  ${RUN}${CONFS}_std%" \ 
    183               -e "s%$CAR_JNAME%\#PBS -e  ${RUN}${CONFS}_err%" \ 
    184               -e "s%$CAR_JMPI%\#PBS -l cpunum_job=$(( ${PRC} + ${NB_PROCS_IOSERVER} ))%" \ 
    185               jhd_${TARGET}_${RUN} > jhd_${TARGET}_${RUN}_tmp 
    186           else 
    187               sed    -e "s%$CAR_JNAM%\#PBS -N  ${RUN}${CONFS}%" \ 
    188               -e "s%$CAR_JNAMO%\#PBS -o  ${RUN}${CONFS}_std%" \ 
    189               -e "s%$CAR_JNAME%\#PBS -e  ${RUN}${CONFS}_err%" \ 
    190               jhd_${TARGET}_${RUN} > jhd_${TARGET}_${RUN}_tmp 
    191           fi ;; 
    192      'sx8mercure' ) 
    193           CAR_JNAM=$( grep '\#PBS -N ' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
    194           CAR_JNAMO=$( grep '\#PBS -o ' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
    195           CAR_JNAME=$( grep '\#PBS -e ' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
    196           if [ ${RUN} = 'mpi' -o ${RUN} = 'omp' ] ; then 
    197               CAR_JMPI=$( grep '\#PBS -l cpunum_job' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
    198               sed    -e "s%$CAR_JNAM%\#PBS -N  ${RUN}${CONFS}%" \ 
    199               -e "s%$CAR_JNAMO%\#PBS -o  ${RUN}${CONFS}_std%" \ 
    200               -e "s%$CAR_JNAME%\#PBS -e  ${RUN}${CONFS}_err%" \ 
    201               -e "s%$CAR_JMPI%\#PBS -l cpunum_job=$(( ${PRC} + ${NB_PROCS_IOSERVER} ))%" \ 
    202               jhd_${TARGET}_${RUN} > jhd_${TARGET}_${RUN}_tmp 
    203           else 
    204               sed    -e "s%$CAR_JNAM%\#PBS -N  ${RUN}${CONFS}%" \ 
    205               -e "s%$CAR_JNAMO%\#PBS -o  ${RUN}${CONFS}_std%" \ 
    206               -e "s%$CAR_JNAME%\#PBS -e  ${RUN}${CONFS}_err%" \ 
    207               jhd_${TARGET}_${RUN} > jhd_${TARGET}_${RUN}_tmp 
    208           fi ;; 
     167    'osxxlf' ) 
     168   cp jhd_${TARGET}_${RUN} jhd_${TARGET}_${RUN}_tmp  ;; 
     169    'aix6' ) 
     170   CAR_JNAM=$( grep '\# @ job_name' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
     171   CAR_JMPI=$( grep '\# @ total_tasks' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
     172   sed -e "s%$CAR_JNAM%\# @ job_name = ${RUN}${CONFS}%" \ 
     173       -e "s%$CAR_JMPI%\# @ total_tasks = $(( ${PRC} + ${NB_PROCS_IOSERVER} ))%" \ 
     174       jhd_${TARGET}_${RUN} > jhd_${TARGET}_${RUN}_tmp  ;; 
     175    'sx8brodie' ) 
     176   CAR_JNAM=$( grep '\#PBS -N ' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
     177   CAR_JNAMO=$( grep '\#PBS -o ' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
     178   CAR_JNAME=$( grep '\#PBS -e ' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
     179   if [ ${RUN} = 'mpi' -o ${RUN} = 'omp' ] ; then 
     180       CAR_JMPI=$( grep '\#PBS -l cpunum_job' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
     181       sed -e "s%$CAR_JNAM%\#PBS -N  ${RUN}${CONFS}%" \ 
     182      -e "s%$CAR_JNAMO%\#PBS -o  ${RUN}${CONFS}_std%" \ 
     183      -e "s%$CAR_JNAME%\#PBS -e  ${RUN}${CONFS}_err%" \ 
     184      -e "s%$CAR_JMPI%\#PBS -l cpunum_job=$(( ${PRC} + ${NB_PROCS_IOSERVER} ))%" \ 
     185      jhd_${TARGET}_${RUN} > jhd_${TARGET}_${RUN}_tmp 
     186   else 
     187       sed -e "s%$CAR_JNAM%\#PBS -N  ${RUN}${CONFS}%" \ 
     188      -e "s%$CAR_JNAMO%\#PBS -o  ${RUN}${CONFS}_std%" \ 
     189      -e "s%$CAR_JNAME%\#PBS -e  ${RUN}${CONFS}_err%" \ 
     190      jhd_${TARGET}_${RUN} > jhd_${TARGET}_${RUN}_tmp 
     191   fi ;; 
     192    'sx8mercure' ) 
     193   CAR_JNAM=$( grep '\#PBS -N ' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
     194   CAR_JNAMO=$( grep '\#PBS -o ' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
     195   CAR_JNAME=$( grep '\#PBS -e ' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
     196   if [ ${RUN} = 'mpi' -o ${RUN} = 'omp' ] ; then 
     197       CAR_JMPI=$( grep '\#PBS -l cpunum_job' jhd_${TARGET}_${RUN} ) 
     198       sed -e "s%$CAR_JNAM%\#PBS -N  ${RUN}${CONFS}%" \ 
     199      -e "s%$CAR_JNAMO%\#PBS -o  ${RUN}${CONFS}_std%" \ 
     200      -e "s%$CAR_JNAME%\#PBS -e  ${RUN}${CONFS}_err%" \ 
     201      -e "s%$CAR_JMPI%\#PBS -l cpunum_job=$(( ${PRC} + ${NB_PROCS_IOSERVER} ))%" \ 
     202      jhd_${TARGET}_${RUN} > jhd_${TARGET}_${RUN}_tmp 
     203   else 
     204       sed -e "s%$CAR_JNAM%\#PBS -N  ${RUN}${CONFS}%" \ 
     205      -e "s%$CAR_JNAMO%\#PBS -o  ${RUN}${CONFS}_std%" \ 
     206      -e "s%$CAR_JNAME%\#PBS -e  ${RUN}${CONFS}_err%" \ 
     207      jhd_${TARGET}_${RUN} > jhd_${TARGET}_${RUN}_tmp 
     208   fi ;; 
    209209esac 
    210210 
    … …  
    226226 
    227227case ${JOBTOL} in 
    228      'all' ) 
    229               if [ ${MTIME} = 'timing' ] ; then  
    230              ind=0  
    231         iloop=4 
    232          else 
    233              ind=0  
    234         iloop=3 
    235               fi  
    236          ;; 
    237      'long' ) 
    238               ind=0  
    239          iloop=1 ;; 
    240      'short' ) 
    241               ind=1  
    242          iloop=3 ;; 
    243      'gtime' ) 
    244               ind=3  
    245          iloop=4 ;; 
     228    'all' ) 
     229   if [ ${MTIME} = 'timing' ] ; then  
     230       ind=0  
     231       iloop=4 
     232   else 
     233       ind=0  
     234       iloop=3 
     235   fi  
     236   ;; 
     237    'long' ) 
     238   ind=0  
     239   iloop=1 ;; 
     240    'short' ) 
     241   ind=1  
     242   iloop=3 ;; 
     243    'gtime' ) 
     244   ind=3  
     245   iloop=4 ;; 
    246246esac 
    247247 
     248chwd () {  
     249    word=$( grep "^ *${1}" job_tmp_${RUN}.ksh | cut -f 1 -d " " ) 
     250    if [ "${word}" != "" ]  
     251   then 
     252   sed -e "s@${word}@${1%=*}=\"${2}\"@" job_tmp_${RUN}.ksh > tmp$$ 
     253   mv tmp$$ job_tmp_${RUN}.ksh 
     254    fi 
     255} 
     256 
     257chwd "RUN=xxx"              "${RUN}" 
     258chwd "NB_PROCS=xxx"          ${PRC} 
     259chwd "LAUNCH=xxx"           "${LAUN}" 
     260chwd "LEXE=xxx"             "${LSUB}" 
     261chwd "CPERF=xxx"            "${LPERF}" 
     262chwd "D_INPUT=xxx"          "${IODIR}" 
     263chwd "D_GET=xxx"            "${CMDGET}" 
     264chwd "REF_TAG=xxx"          "${REFTAG}"  
     265chwd "MYO_EXP=xxx"          "${OWNEXP}" 
     266chwd "TSYMB=xxx"            "${SYMBOL}" 
     267chwd "USE_IOMPUT=xxx"        ${USE_IOMPUT} 
     268chwd "USE_IOSERVER=xxx"      ${USE_IOSERVER} 
     269chwd "NB_PROCS_IOSERVER=xxx" ${NB_PROCS_IOSERVER} 
     270 
    248271while [ $ind -lt ${iloop} ] 
    249 do 
    250  
    251     chwd () {  
    252    word=$( grep "^ *${1}" job_tmp_${RUN}.ksh | cut -f 1 -d " " ) 
    253    if [ "${word}" != "" ]  
    254    then 
    255        sed -e "s@${word}@${1%=*}=\"${2}\"@" job_tmp_${RUN}.ksh > tmp$$ 
    256        mv tmp$$ job_tmp_${RUN}.ksh 
    257    fi 
    258     } 
    259        chwd "type="                "${jobnam[$ind]}" 
    260        chwd "RUN=xxx"              "${RUN}" 
    261        chwd "NB_PROCS=xxx"          ${PRC} 
    262        chwd "LAUNCH=xxx"           "${LAUN}" 
    263        chwd "LEXE=xxx"             "${LSUB}" 
    264        chwd "CPERF=xxx"            "${LPERF}" 
    265        chwd "D_INPUT=xxx"          "${IODIR}" 
    266        chwd "D_GET=xxx"            "${CMDGET}" 
    267        chwd "REF_TAG=xxx"          "${REFTAG}"  
    268        chwd "MYO_EXP=xxx"          "${OWNEXP}" 
    269        chwd "TSYMB=xxx"            "${SYMBOL}" 
    270        chwd "USE_IOMPUT=xxx"        ${USE_IOMPUT} 
    271        chwd "USE_IOSERVER=xxx"      ${USE_IOSERVER} 
    272        chwd "NB_PROCS_IOSERVER=xxx" ${NB_PROCS_IOSERVER} 
    273  
    274        mv job_tmp_${RUN}.ksh job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh 
    275  
    276        if [ ${jobnam[$ind]} = 'gtime' ] ; then 
    277  
    278            case ${TARGET} in 
    279                 'aix6' ) 
    280                      CAR_JTIM=$( grep '\# @ wall_clock_limit' job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh ) 
    281                      sed    -e "s%$CAR_JTIM%\# @ wall_clock_limit = ${LJTIM}%" \ 
    282                      job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh > job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh_tmp  ;; 
    283                 'sx8brodie' ) 
    284                      CAR_JTIMP=$( grep '\#PBS -l cputim_prc' job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh ) 
    285                      CAR_JTIMJ=$( grep '\#PBS -l cputim_job' job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh ) 
    286                      sed    -e "s%$CAR_JTIMP%\#PBS -l cputim_prc=${LJTIM}%" \ 
    287                      -e "s%$CAR_JTIMJ%\#PBS -l cputim_job=${LJTIMJ}%" \ 
    288                      job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh > job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh_tmp  ;; 
    289                 'sx8mercure' ) 
    290                      CAR_JTIMP=$( grep '\#PBS -l cputim_prc' job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh ) 
    291                      CAR_JTIMJ=$( grep '\#PBS -l cputim_job' job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh ) 
    292                      sed    -e "s%$CAR_JTIMP%\#PBS -l cputim_prc=${LJTIM}%" \ 
    293                      -e "s%$CAR_JTIMJ%\#PBS -l cputim_job=${LJTIMJ}%" \ 
    294                      job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh > job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh_tmp  ;; 
    295            esac 
    296            mv job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh_tmp job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh 
    297  
    298        fi 
    299  
    300        chmod 750 job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh 
    301  
    302        if [ ! -d ${dirjob[$ind]}/$OWNEXP ] ;  then 
    303            mkdir ${dirjob[$ind]}/$OWNEXP 
    304        fi 
    305        mv job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh ${dirjob[$ind]}/${OWNEXP}/. 
    306  
    307        if [ ${jobnam[$ind]} != '2_short' ] ; then 
    308            cd ${dirjob[$ind]}/${OWNEXP} 
    309            ${LAUN}job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh & 
    310            cd ../.. 
    311        fi 
    312  
    313        let ind=$ind+1 
     272  do 
     273   
     274  chwd "type=" "${jobnam[$ind]}"   
     275  cp job_tmp_${RUN}.ksh job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh 
     276   
     277  if [ ${jobnam[$ind]} = 'gtime' ] ; then 
     278       
     279      case ${TARGET} in 
     280     'aix6' ) 
     281         CAR_JTIM=$( grep '\# @ wall_clock_limit' job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh ) 
     282         sed -e "s%$CAR_JTIM%\# @ wall_clock_limit = ${LJTIM}%" \ 
     283        job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh > job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh_tmp  ;; 
     284     'sx8brodie' ) 
     285         CAR_JTIMP=$( grep '\#PBS -l cputim_prc' job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh ) 
     286         CAR_JTIMJ=$( grep '\#PBS -l cputim_job' job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh ) 
     287         sed -e "s%$CAR_JTIMP%\#PBS -l cputim_prc=${LJTIM}%" \ 
     288        -e "s%$CAR_JTIMJ%\#PBS -l cputim_job=${LJTIMJ}%" \ 
     289        job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh > job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh_tmp  ;; 
     290     'sx8mercure' ) 
     291         CAR_JTIMP=$( grep '\#PBS -l cputim_prc' job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh ) 
     292         CAR_JTIMJ=$( grep '\#PBS -l cputim_job' job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh ) 
     293         sed -e "s%$CAR_JTIMP%\#PBS -l cputim_prc=${LJTIM}%" \ 
     294        -e "s%$CAR_JTIMJ%\#PBS -l cputim_job=${LJTIMJ}%" \ 
     295        job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh > job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh_tmp  ;; 
     296      esac 
     297      mv job_${RUN}_${jobnam[$ind]}.ksh_tmp job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh 
     298       
     299  fi 
     300   
     301  chmod 750 job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh 
     302   
     303  if [ ! -d ${dirjob[$ind]}/$OWNEXP ] ;  then 
     304      mkdir ${dirjob[$ind]}/$OWNEXP 
     305  fi 
     306  mv job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh ${dirjob[$ind]}/${OWNEXP}/. 
     307   
     308  if [ ${jobnam[$ind]} != '2_short' ] ; then 
     309      cd ${dirjob[$ind]}/${OWNEXP} 
     310      ${LAUN}job_${RUN}_${jobnam[$ind]}_${OWNEXP}.ksh & 
     311      cd ../.. 
     312  fi 
     313   
     314  let ind=$ind+1 
    314315done 
    315316rm -f job_tmp_${RUN}.ksh 
    … …  
    330331    mv cron_jobs.$$ cron_jobs.ksh &&  rm -rf cron_jobs.$$ 
    331332    chmod 744 cron_jobs.ksh  
    332  
     333     
    333334    if [ ${TARGET} != 'osxxlf' ]; then 
    334335        ./cron_jobs.ksh ${CONF} ${CONFS} & 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.