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Changeset 15076 for NEMO/branches/2021 – NEMO

Changeset 15076 for NEMO/branches/2021


Ignore:
Timestamp:
2021-07-02T17:16:58+02:00 (3 years ago)
Author:
aumont
Message:

major update of the sediment module - config files

Location:
NEMO/branches/2021/dev_r14383_PISCES_NEWDEV_PISCO/cfgs/SHARED
Files:
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  • NEMO/branches/2021/dev_r14383_PISCES_NEWDEV_PISCO/cfgs/SHARED/axis_def_nemo.xml

    r14072 r15076  
    2929  <axis id="section_ice" n_glo="4" /> 
    3030  <axis id="gau" /> 
     31  <axis id="profsed" long_name="Vertical S levels" unit="cm" positive="down"/> 
    3132</axis_definition> 
  • NEMO/branches/2021/dev_r14383_PISCES_NEWDEV_PISCO/cfgs/SHARED/field_def_nemo-pisces.xml

    r14963 r15076  
    152152       <field id="FlxSO4"      long_name="SO4 sediment flux"                       unit="mol/cm2/s"     /> 
    153153       <field id="FlxFe2"      long_name="Fe2+ sediment flux"                      unit="mol/cm2/s"     /> 
     154       <field id="FlxLig"      long_name="Ligand sediment flux"                    unit="mol/cm2/s"     /> 
    154155       <field id="dzdep"       long_name="Sedimentation rate"                      unit="cm/s"     /> 
    155156       <field id="sflxclay"    long_name="Clay sedimentation rate"                 unit="g/cm2/s"     /> 
     
    157158       <field id="sflxpoc"     long_name="POC sedimentation rate"                  unit="g/cm2/s"     /> 
    158159       <field id="sflxcal"     long_name="Calcite sedimentation rate"              unit="g/cm2/s"     /> 
     160       <field id="sflxfeo"     long_name="Fe(OH)3 Sedimentation rate"              unit="mol/cm2/s"     /> 
    159161       <field id="FlxClay"     long_name="Clay burial rate"                        unit="g/cm2/s"     /> 
    160162       <field id="FlxCaCO3"    long_name="Calcite burial rate"                     unit="g/cm2/s"     /> 
  • NEMO/branches/2021/dev_r14383_PISCES_NEWDEV_PISCO/cfgs/SHARED/namelist_sediment_ref

    r14385 r15076  
    1212&nam_run      !  Characteristics of the simulation 
    1313!----------------------------------------------------------------------- 
    14   nrseddt   = 2          ! Nb of iterations for fast species 
    1514  ln_sed_2way = .false.  ! 2 way coupling with pisces 
    1615/ 
     
    2524  porsurf = 0.9        ! Sediment porosity at the surface 
    2625  porinf  = 0.75       ! Sediment porosity at infinite depth 
    27   rhox    = 0.33       ! Length scale of porosity variation (cm) 
     26  rhox    = 0.25       ! Length scale of porosity variation (cm) 
    2827/ 
    2928!----------------------------------------------------------------------- 
     
    3332!                 !    name   !           title of the field             !   units     ! initial data from file or not ! 
    3433!                 !           !                                          !             ! 
    35    sedsol(1)      = 'SedBSi  ' , 'Biogenic Silicate Concentration        ',  '%' 
    36    sedsol(2)      = 'SedClay ' , 'Clay Concentration                     ',  '%' 
     34   sedsol(1)      = 'SedFeO  ' , 'Fe(OH)3 Concentration                  ',  '%' 
     35   sedsol(2)      = 'SedFeS  ' , 'FeS Concentration                      ',  '%' 
    3736   sedsol(3)      = 'SedPOC  ' , 'POC Concentration                      ',  '%' 
    38    sedsol(4)      = 'SedCaCO3' , 'Calcite Concentration                  ',  '%' 
    39    sedsol(5)      = 'SedPOS  ' , 'Semi-ref POC Concentration             ',  '%' 
    40    sedsol(6)      = 'SedPOR  ' , 'Refractory POC Concentration           ',  '%' 
    41    sedsol(7)      = 'SedFeO  ' , 'Fe(OH)3 Concentration                  ',  '%' 
    42    sedsol(8)      = 'SedFeS  ' , 'FeS Concentration                      ',  '%' 
    43    sedwat(1)      = 'SedSil  ' , 'Silicate Concentration                 ',  'mol/L'  
    44    sedwat(2)      = 'SedO2   ' , 'Dissolved Oxygen Concentration         ',  'mol/L' 
    45    sedwat(3)      = 'SedDIC  ' , 'Dissolved inorganic Concentration      ',  'mol/L' 
    46    sedwat(4)      = 'SedNO3  ' , 'Nitrates Concentration                 ',  'mol/L' 
    47    sedwat(5)      = 'SedPO4  ' , 'Phosphate Concentration                ',  'mol/L' 
    48    sedwat(6)      = 'SedAlkalini' , 'Total Alkalinity Concentration      ',  'eq/L ' 
    49    sedwat(7)      = 'SedNH4  ' , 'Total Ammonium Concentration           ',  'mol/L ' 
    50    sedwat(8)      = 'SedH2S  ' , 'Total H2S Concentration                ',  'mol/L ' 
    51    sedwat(9)      = 'SedSO4  ' , 'Total SO4 Concentration                ',  'mol/L ' 
    52    sedwat(10)     = 'SedFe2  ' , 'Total Fe2+ Concentration               ',  'mol/L ' 
     37   sedsol(4)      = 'SedPOS  ' , 'Semi-ref POC Concentration             ',  '%' 
     38   sedsol(5)      = 'SedPOR  ' , 'Refractory POC Concentration           ',  '%' 
     39   sedsol(6)      = 'SedCaCO3' , 'Calcite Concentration                  ',  '%' 
     40   sedsol(7)      = 'SedBSi  ' , 'Biogenic Silicate Concentration        ',  '%' 
     41   sedsol(8)      = 'SedClay ' , 'Clay Concentration                     ',  '%' 
     42   sedwat(1)      = 'SedO2   ' , 'Dissolved Oxygen Concentration         ',  'mol/L' 
     43   sedwat(2)      = 'SedNO3  ' , 'Nitrates Concentration                 ',  'mol/L' 
     44   sedwat(3)      = 'SedPO4  ' , 'Phosphate Concentration                ',  'mol/L' 
     45   sedwat(4)      = 'SedNH4  ' , 'Total Ammonium Concentration           ',  'mol/L ' 
     46   sedwat(5)      = 'SedH2S  ' , 'Total H2S Concentration                ',  'mol/L ' 
     47   sedwat(6)      = 'SedSO4  ' , 'Total SO4 Concentration                ',  'mol/L ' 
     48   sedwat(7)      = 'SedFe2  ' , 'Total Fe2+ Concentration               ',  'mol/L ' 
     49   sedwat(8)      = 'SedAlkalini' , 'Total Alkalinity Concentration      ',  'eq/L ' 
     50   sedwat(9)      = 'Sedligand  ' , 'Total ligand Concentration          ',  'mol/L ' 
     51   sedwat(10)     = 'SedDIC  ' , 'Dissolved inorganic Concentration      ',  'mol/L' 
     52   sedwat(11)     = 'SedSil  ' , 'Silicate Concentration                 ',  'mol/L' 
    5353/ 
    5454!----------------------------------------------------------------------- 
     
    5858   seddiag3d(1)   = 'SedpH      ' , 'pH                                     ',  '-      ' 
    5959   seddiag3d(2)   = 'SedCO3por  ' , 'Dissolved CO3 concentration            ',  'mol/L' 
    60    seddiag3d(3)   = 'Sedligand  ' , 'ligand concentration                   ',  'mol/L' 
    61    seddiag3d(4)   = 'SaturCO3   ' , 'CO3 saturation                         ',  '-' 
    62    seddiag2d(1)   = 'FlxSi      ' , 'Silicate flux                          ',  'mol/cm2/s' 
    63    seddiag2d(2)   = 'FlxO2      ' , 'Dissolved Oxygen Flux                  ',  'mol/L' 
    64    seddiag2d(3)   = 'FlxDIC     ' , 'Dissolved inorganic carbon flux        ',  'mol/cm2/s' 
    65    seddiag2d(4)   = 'FlxNO3     ' , 'Nitrates flux                          ',  'mol/cm2/s' 
    66    seddiag2d(5)   = 'FlxPO4     ' , 'Phosphate flux                         ',  'mol/cm2/s' 
    67    seddiag2d(6)   = 'FlxAlkalini' , 'Total Alkalinity flux                  ',  'mol/cm2/s' 
    68    seddiag2d(7)   = 'FlxNH4     ' , 'Total Ammonium flux                    ',  'mol/cm2/s' 
    69    seddiag2d(8)   = 'FlxH2S     ' , 'Total H2S flux                         ',  'mol/cm2/s' 
    70    seddiag2d(9)   = 'FlxSO4     ' , 'Total SO4 flux                         ',  'mol/cm2/s' 
    71    seddiag2d(10)  = 'FlxFe2     ' , 'Total Fe2+ flux                        ',  'mol/cm2/s' 
    72    seddiag2d(11)  = 'FlxBSi     ' , 'Total net BSi burial rate              ',  'g/cm2/s' 
    73    seddiag2d(12)  = 'FlxClay    ' , 'Total net CLay burial rate             ',  'g/cm2/s' 
    74    seddiag2d(13)  = 'FlxPOC     ' , 'Total net POC burial rate              ',  'g/cm2/s' 
    75    seddiag2d(14)  = 'FlxCaCO3   ' , 'Total net CaCO3 burial rate            ',  'g/cm2/s' 
    76    seddiag2d(15)  = 'FlxPOS     ' , 'Total net POS burial rate              ',  'g/cm2/s' 
    77    seddiag2d(16)  = 'FlxPOR     ' , 'Total net POR burial rate              ',  'g/cm2/s' 
    78    seddiag2d(17)  = 'FlxFeO     ' , 'Total net FeO burial rate              ',  'g/cm2/s' 
    79    seddiag2d(18)  = 'FlxFeS     ' , 'Total net FeS burial rate              ',  'g/cm2/s' 
    80    seddiag2d(19)  = 'Flxtot     ' , 'Total burial flux                      ',  'mol/cm2/s' 
    81    seddiag2d(20)  = 'dzdep      ' , 'Sedimentation rate                     ',  'cm/s' 
     60   seddiag3d(3)   = 'SaturCO3   ' , 'CO3 saturation                         ',  '-' 
     61   seddiag2d(1)   = 'FlxO2      ' , 'Dissolved Oxygen Flux                  ',  'mol/L' 
     62   seddiag2d(2)   = 'FlxNO3     ' , 'Nitrates flux                          ',  'mol/cm2/s' 
     63   seddiag2d(3)   = 'FlxPO4     ' , 'Phosphate flux                         ',  'mol/cm2/s' 
     64   seddiag2d(4)   = 'FlxNH4     ' , 'Total Ammonium flux                    ',  'mol/cm2/s' 
     65   seddiag2d(5)   = 'FlxH2S     ' , 'Total H2S flux                         ',  'mol/cm2/s' 
     66   seddiag2d(6)   = 'FlxSO4     ' , 'Total SO4 flux                         ',  'mol/cm2/s' 
     67   seddiag2d(7)   = 'FlxFe2     ' , 'Total Fe2+ flux                        ',  'mol/cm2/s' 
     68   seddiag2d(8)   = 'FlxAlkalini' , 'Total Alkalinity flux                  ',  'mol/cm2/s' 
     69   seddiag2d(9)   = 'FlxLig     ' , 'Total Ligand flux                      ',  'mol/cm2/s' 
     70   seddiag2d(10)  = 'FlxDIC     ' , 'Dissolved inorganic carbon flux        ',  'mol/cm2/s' 
     71   seddiag2d(11)  = 'FlxSi      ' , 'Silicate flux                          ',  'mol/cm2/s' 
     72   seddiag2d(12)  = 'FlxFeO     ' , 'FeO burial flux                        ',  'mol/cm2/s' 
     73   seddiag2d(13)  = 'FlxFeS     ' , 'FeS burial flux                        ',  'mol/cm2/s' 
     74   seddiag2d(14)  = 'FlxPOC     ' , 'POC burial flux                        ',  'mol/cm2/s' 
     75   seddiag2d(15)  = 'FlxPOS     ' , 'POS burial flux                        ',  'mol/cm2/s' 
     76   seddiag2d(16)  = 'FlxPOR     ' , 'POR burial flux                        ',  'mol/cm2/s' 
     77   seddiag2d(17)  = 'FlxCaCO3   ' , 'Calcite burial flux                    ',  'mol/cm2/s' 
     78   seddiag2d(18)  = 'FlxBSi     ' , 'BSi burial flux                        ',  'mol/cm2/s' 
     79   seddiag2d(19)  = 'FlxClay    ' , 'Clay burial flux                       ',  'mol/cm2/s' 
     80   seddiag2d(20)  = 'Flxtot     ' , 'Total burial flux                      ',  'mol/cm2/s' 
     81   seddiag2d(21)  = 'dzdep      ' , 'Sedimentation rate                     ',  'cm/s' 
    8282/ 
    8383!----------------------------------------------------------------------- 
     
    100100   rcorgl   =  10.     ! Reactivity for labile POC [an-1] 
    101101   rcorgs   =  0.1     ! Reactivity for semi-refractory POC [an-1] 
    102    rcorgr   =  5.E-4   ! Reactivity for refractory POC [an-1] 
     102   rcorgr   =  1.E-4   ! Reactivity for refractory POC [an-1] 
    103103   rcnh4    =  1E7     ! Reactivity for O2/NH4 [l.mol-1.an-1] 
    104    rch2s    =  2E8     ! Reactivity for O2/H2S [l.mol-1.an-1] 
    105    rcfe2    =  1E8     ! Reactivity for O2/Fe2+ [l.mol-1.an-1] 
     104   rch2s    =  1E7     ! Reactivity for O2/H2S [l.mol-1.an-1] 
     105   rcfe2    =  1E9     ! Reactivity for O2/Fe2+ [l.mol-1.an-1] 
    106106   rcfeh2s  =  1E4     ! Reactivity for FEOH/H2S [l.mol-1.an-1] 
    107    rcfes    =  1E6     ! Reactivity for FE2+/H2S [l.mol-1.an-1] 
    108    rcfeso   =  2E7     ! Reactivity for FES/O2 [l.mol-1.an-1] 
    109    xksedo2  =  4.E-6   ! Half-saturation constant for oxic remin [mol/l] 
    110    xksedno3 =  10.E-6  ! Half-saturation constant for denitrification [mol/l]  
     107   rcfeso   =  2E6     ! Reactivity for FES/O2 [l.mol-1.an-1] 
     108   rcfesp   =  5E-6    ! Precipitation of FeS [mol.l-1.an-1] 
     109   rcfesd   =  1.E-3   ! Dissolution of FeS [an-1] 
     110   xksedo2  =  1.E-6   ! Half-saturation constant for oxic remin [mol/l] 
     111   xksedno3 =  5.E-6  ! Half-saturation constant for denitrification [mol/l]  
    111112   xksedfeo =  0.007   ! Half-saturation constant for iron remin [%] 
    112113   xksedso4 =  2E-3    ! Half-saturation constant for SO4 remin [mol/l] 
     
    115116&nam_btb     !   parameters for bioturbation and bioirrigation 
    116117!----------------------------------------------------------------------- 
    117    dbiot       =  10.       ! Bioturbation coefficient (in cm2/yr) 
     118   dbiot       =  8.        ! Bioturbation coefficient (in cm2/yr) 
    118119   ln_btbz     =  .true.    ! Depth varying bioturbation  
    119    dbtbzsc     =  6.0       ! coefficient for btb attenuation. If no variation, depth of the mixed layer 
    120    adsnh4      =  1.3       ! Adsorption coefficient of NH4 
     120   dbtbzsc     =  4.0       ! coefficient for btb attenuation. If no variation, depth of the mixed layer 
     121   adsnh4      =  4.16      ! Adsorption coefficient of NH4 
     122   adsfe2      =  0.0       ! Adsorption coefficient of Fe2 
    121123   ln_irrig    =  .true.    ! Bioirrigation in sediment 
    122124   xirrzsc     =  1.5       ! Vertical scale of the attentuation of bioirrigation [cm] 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.