New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 1750 for trunk/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2009-11-23T12:34:36+01:00 (14 years ago)
Author:
cetlod
Message:

update iodef.xml files to be able to output daily,monthly and yearly files, see ticket:597

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r1738 r1750  
    1212    --> 
    1313     
    14     <field_definition level="1" prec="4" operation="ave(X)" enabled=".TRUE.">   <!-- time step automaticaly defined --> 
     14    <field_definition level="1" prec="4" operation="ave(X)" enabled=".TRUE."> <!-- time step automaticaly defined --> 
    1515 
    1616      <!-- T grid --> 
    … …  
    137137   <field id="av_tide"     description="tidal vertical diffusivity"               unit="m2/s"                 /> 
    138138      </group> 
    139        
     139          
    140140      <!-- ptrc on T grid --> 
    141141 
    142      <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T"> 
    143        <field id="DIC"         description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mol-C/L" /> 
    144        <field id="Alkalini"    description="Total Alkalinity Concentration"           unit="eq/L   " /> 
    145        <field id="O2"          description="Calcite Concentration"                    unit="mol-C/L" /> 
    146        <field id="CaCO3"       description="Phosphate Concentration"                  unit="mol-C/L" /> 
    147        <field id="PO4"         description="Small organic carbon Concentration"       unit="mol-C/L" /> 
    148        <field id="POC"         description="Silicate Concentration"                   unit="mol-C/L" /> 
    149        <field id="Si"          description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="mol-C/L" /> 
    150        <field id="PHY"         description="Microzooplankton Concentration"           unit="mol-C/L" /> 
    151        <field id="ZOO"         description="Dissolved organic Concentration"          unit="mol-C/L" /> 
    152        <field id="PHY2"        description="Diatoms Concentration"                    unit="mol-C/L" /> 
    153        <field id="ZOO2"        description="Mesozooplankton Concentration"            unit="mol-C/L" /> 
    154        <field id="BSi"         description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="mol-C/L" /> 
    155        <field id="Fer"         description="Dissolved Iron Concentration"             unit="mol-C/L" /> 
    156        <field id="BFe"         description="Big iron particles Concentration"         unit="mol-C/L" /> 
    157        <field id="GOC"         description="Big organic carbon Concentration"         unit="mol-C/L" /> 
    158        <field id="SFe"         description="Small iron particles Concentration"       unit="mol-C/L" /> 
    159        <field id="DFe"         description="Diatoms iron  Concentration"              unit="mol-C/L" /> 
    160        <field id="DSi"         description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mol-C/L" /> 
    161        <field id="NFe"         description="Nano iron Concentration"                  unit="mol-C/L" /> 
    162        <field id="NCHL"        description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mol-C/L" /> 
    163        <field id="DCHL"        description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mol-C/L" /> 
    164        <field id="NO3"         description="Nitrates Concentration"                   unit="mol-C/L" /> 
    165        <field id="NH4"         description="Ammonium Concentration"                   unit="mol-C/L" /> 
     142     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T">   
     143       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mol-C/L" /> 
     144       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="eq/L   " /> 
     145       <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                    unit="mol-C/L" /> 
     146       <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="mol-C/L" /> 
     147       <field id="PO4"      description="Phosphate Concentration"                  unit="mol-C/L" /> 
     148       <field id="POC"      description="Small organic carbon Concentration"       unit="mol-C/L" /> 
     149       <field id="Si"       description="Silicate Concentration"                   unit="mol-C/L" /> 
     150       <field id="PHY"      description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="mol-C/L" /> 
     151       <field id="ZOO"      description="Microzooplankton Concentration"           unit="mol-C/L" /> 
     152       <field id="DOC"      description="Dissolved organic Concentration"          unit="mol-C/L" /> 
     153       <field id="PHY2"     description="Diatoms Concentration"                    unit="mol-C/L" /> 
     154       <field id="ZOO2"     description="Mesozooplankton Concentration"            unit="mol-C/L" /> 
     155       <field id="BSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="mol-C/L" /> 
     156       <field id="Fer"      description="Dissolved Iron Concentration"             unit="mol-C/L" /> 
     157       <field id="BFe"      description="Big iron particles Concentration"         unit="mol-C/L" /> 
     158       <field id="GOC"      description="Big organic carbon Concentration"         unit="mol-C/L" /> 
     159       <field id="SFe"      description="Small iron particles Concentration"       unit="mol-C/L" /> 
     160       <field id="DFe"      description="Diatoms iron  Concentration"              unit="mol-C/L" /> 
     161       <field id="DSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mol-C/L" /> 
     162       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="mol-C/L" /> 
     163       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mol-C/L" /> 
     164       <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mol-C/L" /> 
     165       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mol-C/L" /> 
     166       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mol-C/L" /> 
    166167     </group> 
    167168 
    … …  
    199200       <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="mol-Fe/m2/s" /> 
    200201     </group> 
    201  
     202        
    202203      <!-- scalar --> 
    203204       
    … …  
    215216    --> 
    216217     
    217     <file_definition output_level="10" enabled=".TRUE."> 
    218       <file id="ORCA2P_5d_grid_T" description="ocean T grid variables" output_freq="432000" output_level="5" > 
    219    <field ref="toce"         name="votemper"  /> 
    220    <field ref="soce"         name="vosaline"  /> 
    221    <field ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
    222    <field ref="sss"          name="sosaline"  /> 
    223    <field ref="ssh"          name="sossheig"  /> 
    224    <field ref="emp"          name="sowaflup"  /> 
    225    <field ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
    226    <field ref="emps"         name="sowaflcd"  /> 
    227    <field ref="qns+qsr"      name="sohefldo"  /> 
    228    <field ref="mldr10_1"     name="somxl010"  /> 
    229    <field ref="mldkz5"       name="somixhgt"  /> 
    230    <field ref="ice_cover"    name="soicecov"  /> 
    231    <field ref="wspd"         name="sowindsp"  /> 
    232    <field ref="qrp"          name="sohefldp"  /> 
    233    <field ref="erp"          name="sowafldp"  /> 
    234    <field ref="mldr10_1"     name="sobowlin"  operation="t_max(X)" /> 
    235    <field ref="mlddzt"       name="sothedep"  /> 
    236    <field ref="20d"          name="so20chgt"  /> 
    237    <field ref="28d"          name="so28chgt"  /> 
    238    <field ref="hc300"        name="sohtc300"  /> 
    239    <field ref="ist_ipa"      name="soicetem"  /> 
    240    <field ref="icealb_cea"   name="soicealb"  />    
    241       </file> 
    242        
    243       <file id="ORCA2P_5d_grid_U" description="ocean U grid variables" output_freq="432000" output_level="5" > 
    244    <field ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
    245    <field ref="uoce_eiv"     name="vozoeivu"  /> 
    246    <field ref="utau"         name="sozotaux"  /> 
    247       </file> 
    248        
    249       <file id="ORCA2P_5d_grid_V" description="ocean V grid variables" output_freq="432000" output_level="5" > 
    250    <field ref="voce"         name="vomecrty"  /> 
    251    <field ref="voce_eiv"     name="vomeeivv"  /> 
    252    <field ref="vtau"         name="sometauy"  /> 
    253       </file> 
    254        
    255       <file id="ORCA2P_5d_grid_W" description="ocean W grid variables" output_freq="432000" output_level="5" > 
    256    <field ref="woce"         name="vovecrtz" /> 
    257    <field ref="woce_eiv"     name="voveeivw" /> 
    258    <field ref="avt"          name="votkeavt" /> 
    259    <field ref="avt_evd"      name="votkeevd" /> 
    260    <field ref="avm"          name="votkeavm" /> 
    261    <field ref="avm_evd"      name="votkeevm" /> 
    262    <field ref="avs"          name="voddmavs" /> 
    263    <field ref="aht2d"        name="soleahtw" /> 
    264    <field ref="aht2d_eiv"    name="soleaeiw" /> 
    265       </file> 
    266        
    267       <file id="ORCA2P_5d_icemod" description="ice variables" output_freq="432000" output_level="5" > 
    268    <field ref="ice_pres"                     /> 
    269    <field ref="snowthic_cea" name="isnowthi" /> 
    270    <field ref="icethic_cea"  name="iicethic" /> 
    271    <field ref="iceprod_cea"  name="iiceprod" /> 
    272    <field ref="ist_ipa"      name="iicetemp" /> 
    273    <field ref="ioceflxb"     name="ioceflxb" /> 
    274    <field ref="uice_ipa"     name="iicevelu" /> 
    275    <field ref="vice_ipa"     name="iicevelv" /> 
    276    <field ref="utau_ice"     name="iicestru" /> 
    277    <field ref="vtau_ice"     name="iicestrv" /> 
    278    <field ref="qsr_io_cea"   name="iicesflx" /> 
    279    <field ref="qns_io_cea"   name="iicenflx" /> 
    280    <field ref="snowpre"      name="isnowpre" /> 
    281       </file> 
    282  
    283     <file id="ORCA2P_5d_ptrc_T" description="pisces sms variables" output_freq="432000" output_level="5" > 
    284        <field ref="DIC"      /> 
    285        <field ref="Alkalini" /> 
    286        <field ref="O2"       /> 
    287        <field ref="CaCO3"    /> 
    288        <field ref="PO4"      /> 
    289        <field ref="POC"      /> 
    290        <field ref="Si"       /> 
    291        <field ref="PHY"      /> 
    292        <field ref="ZOO"      /> 
    293        <field ref="PHY2"     /> 
    294        <field ref="ZOO2"     /> 
    295        <field ref="BSi"      /> 
    296        <field ref="Fer"      /> 
    297        <field ref="BFe"      /> 
    298        <field ref="GOC"      /> 
    299        <field ref="SFe"      /> 
    300        <field ref="DFe"      /> 
    301        <field ref="DSi"      /> 
    302        <field ref="NFe"      /> 
    303        <field ref="NCHL"     /> 
    304        <field ref="DCHL"     /> 
    305        <field ref="NO3"      /> 
    306        <field ref="NH4"      /> 
    307     </file> 
    308  
    309       <file id="ORCA2P_5d_diad_T" description="additional pisces diagnostics" output_freq="432000" output_level="5" > 
    310        <field ref="PH"       /> 
    311        <field ref="CO3"      /> 
    312        <field ref="CO3sat"   /> 
    313        <field ref="PAR"      /> 
    314        <field ref="PPPHY"    /> 
    315        <field ref="PPPHY2"   /> 
    316        <field ref="PPNEWN"   /> 
    317        <field ref="PPNEWD"   /> 
    318        <field ref="PBSi"     /> 
    319        <field ref="PFeN"     /> 
    320        <field ref="PFeD"     /> 
    321        <field ref="Pcal"     /> 
    322        <field ref="Dcal"     /> 
    323        <field ref="Graz"     /> 
    324        <field ref="Graz2"    /> 
    325        <field ref="Cflx"     /> 
    326        <field ref="ExpPOC"   /> 
    327        <field ref="ExpGOC"   /> 
    328        <field ref="ExpFe1"   /> 
    329        <field ref="ExpFe2"   /> 
    330        <field ref="ExpSi"    /> 
    331        <field ref="Expcal"   /> 
    332        <field ref="Oflx"     /> 
    333        <field ref="Kg"       /> 
    334        <field ref="Dpco2"    /> 
    335        <field ref="Dpo2"     /> 
    336        <field ref="Heup"     /> 
    337        <field ref="Irondep"  /> 
    338        <field ref="Nfix"     /> 
    339      </file> 
    340  
    341        
     218    <file_definition > 
     219 
     220      <group id="1h" output_freq="3600"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 1h files --> 
     221      </group> 
     222       
     223      <group id="2h" output_freq="7200"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 2h files --> 
     224      </group> 
     225       
     226      <group id="3h" output_freq="10800"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 3h files --> 
     227      </group> 
     228       
     229      <group id="4h" output_freq="14400"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 4h files --> 
     230      </group> 
     231       
     232      <group id="6h" output_freq="21600"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 6h files --> 
     233      </group> 
     234       
     235      <group id="1d" output_freq="86400"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 1d files --> 
     236      </group> 
     237       
     238      <group id="3d" output_freq="259200" output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 3d files --> 
     239      </group> 
     240       
     241      <group id="5d" output_freq="432000" output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- 5d files --> 
     242 
     243   <file id="5d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     244     <field ref="toce"         name="votemper"  /> 
     245     <field ref="soce"         name="vosaline"  /> 
     246     <field ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
     247     <field ref="sss"          name="sosaline"  /> 
     248     <field ref="ssh"          name="sossheig"  /> 
     249     <field ref="emp"          name="sowaflup"  /> 
     250     <field ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
     251     <field ref="emps"         name="sowaflcd"  /> 
     252     <field ref="qns+qsr"      name="sohefldo"  /> 
     253     <field ref="mldr10_1"     name="somxl010"  /> 
     254     <field ref="mldkz5"       name="somixhgt"  /> 
     255     <field ref="ice_cover"    name="soicecov"  /> 
     256     <field ref="wspd"         name="sowindsp"  /> 
     257     <field ref="qrp"          name="sohefldp"  /> 
     258     <field ref="erp"          name="sowafldp"  /> 
     259     <field ref="mlddzt"       name="sothedep"  /> 
     260     <field ref="20d"          name="so20chgt"  /> 
     261     <field ref="28d"          name="so28chgt"  /> 
     262     <field ref="hc300"        name="sohtc300"  /> 
     263     <field ref="ist_ipa"      name="soicetem"  /> 
     264     <field ref="icealb_cea"   name="soicealb"  />    
     265   </file> 
     266    
     267   <file id="5d_grid_U" name="auto" description="ocean U grid variables" > 
     268     <field ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
     269     <field ref="uoce_eiv"     name="vozoeivu"  /> 
     270     <field ref="utau"         name="sozotaux"  /> 
     271   </file> 
     272    
     273   <file id="5d_grid_V" name="auto" description="ocean V grid variables" > 
     274     <field ref="voce"         name="vomecrty"  /> 
     275     <field ref="voce_eiv"     name="vomeeivv"  /> 
     276     <field ref="vtau"         name="sometauy"  /> 
     277   </file> 
     278    
     279   <file id="5d_grid_W" name="auto" description="ocean W grid variables" > 
     280     <field ref="woce"         name="vovecrtz" /> 
     281     <field ref="woce_eiv"     name="voveeivw" /> 
     282     <field ref="avt"          name="votkeavt" /> 
     283     <field ref="avt_evd"      name="votkeevd" /> 
     284     <field ref="avm"          name="votkeavm" /> 
     285     <field ref="avm_evd"      name="votkeevm" /> 
     286     <field ref="avs"          name="voddmavs" /> 
     287     <field ref="aht2d"        name="soleahtw" /> 
     288     <field ref="aht2d_eiv"    name="soleaeiw" /> 
     289   </file> 
     290    
     291   <file id="5d_icemod" name="auto" description="ice variables" > 
     292     <field ref="ice_pres"                     /> 
     293     <field ref="snowthic_cea" name="isnowthi" /> 
     294     <field ref="icethic_cea"  name="iicethic" /> 
     295     <field ref="iceprod_cea"  name="iiceprod" /> 
     296     <field ref="ist_ipa"      name="iicetemp" /> 
     297     <field ref="ioceflxb"     name="ioceflxb" /> 
     298     <field ref="uice_ipa"     name="iicevelu" /> 
     299     <field ref="vice_ipa"     name="iicevelv" /> 
     300     <field ref="utau_ice"     name="iicestru" /> 
     301     <field ref="vtau_ice"     name="iicestrv" /> 
     302     <field ref="qsr_io_cea"   name="iicesflx" /> 
     303     <field ref="qns_io_cea"   name="iicenflx" /> 
     304     <field ref="snowpre"      name="isnowpre" /> 
     305   </file> 
     306 
     307       <file id="5d_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" > 
     308          <field ref="Cflx"     /> 
     309          <field ref="Oflx"     /> 
     310          <field ref="Dpco2"    /> 
     311          <field ref="Dpo2"     /> 
     312          <field ref="Heup"     /> 
     313       </file> 
     314 
     315      </group> 
     316       
     317      <group id="1m" output_freq="-1"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real monthly files --> 
     318 
     319   <file id="1m_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     320     <field ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
     321   </file>    
     322 
     323        <file id="1m_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" > 
     324          <field ref="DIC"      /> 
     325          <field ref="Alkalini" /> 
     326          <field ref="O2"       /> 
     327          <field ref="NCHL"     /> 
     328          <field ref="DCHL"     /> 
     329          <field ref="DOC"      /> 
     330          <field ref="Fer"      /> 
     331          <field ref="NO3"      /> 
     332       </file> 
     333    
     334      </group> 
     335 
     336      <group id="2m" output_freq="-2"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 2m files --> 
     337      </group> 
     338 
     339      <group id="3m" output_freq="-3"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 3m files --> 
     340      </group> 
     341 
     342      <group id="4m" output_freq="-4"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 4m files --> 
     343      </group> 
     344 
     345      <group id="6m" output_freq="-6"     output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 6m files --> 
     346      </group> 
     347 
     348      <group id="1y" output_freq="-12"    output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real yearly files --> 
     349 
     350        <file id="1y_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" > 
     351          <field ref="DIC"      /> 
     352          <field ref="Alkalini" /> 
     353          <field ref="O2"       /> 
     354          <field ref="CaCO3"    /> 
     355          <field ref="PO4"      /> 
     356          <field ref="POC"      /> 
     357          <field ref="Si"       /> 
     358          <field ref="PHY"      /> 
     359          <field ref="ZOO"      /> 
     360          <field ref="DOC"      /> 
     361          <field ref="PHY2"     /> 
     362          <field ref="ZOO2"     /> 
     363          <field ref="BSi"      /> 
     364          <field ref="Fer"      /> 
     365          <field ref="BFe"      /> 
     366          <field ref="GOC"      /> 
     367          <field ref="SFe"      /> 
     368          <field ref="DFe"      /> 
     369          <field ref="DSi"      /> 
     370          <field ref="NFe"      /> 
     371          <field ref="NCHL"     /> 
     372          <field ref="DCHL"     /> 
     373          <field ref="NO3"      /> 
     374          <field ref="NH4"      /> 
     375       </file> 
     376 
     377       <file id="1y_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" > 
     378          <field ref="PH"       /> 
     379          <field ref="CO3"      /> 
     380          <field ref="CO3sat"   /> 
     381          <field ref="PAR"      /> 
     382          <field ref="PPPHY"    /> 
     383          <field ref="PPPHY2"   /> 
     384          <field ref="PPNEWN"   /> 
     385          <field ref="PPNEWD"   /> 
     386          <field ref="PBSi"     /> 
     387          <field ref="PFeN"     /> 
     388          <field ref="PFeD"     /> 
     389          <field ref="Pcal"     /> 
     390          <field ref="Dcal"     /> 
     391          <field ref="Graz"     /> 
     392          <field ref="Graz2"    /> 
     393          <field ref="Cflx"     /> 
     394          <field ref="ExpPOC"   /> 
     395          <field ref="ExpGOC"   /> 
     396          <field ref="ExpFe1"   /> 
     397          <field ref="ExpFe2"   /> 
     398          <field ref="ExpSi"    /> 
     399          <field ref="Expcal"   /> 
     400          <field ref="Oflx"     /> 
     401          <field ref="Kg"       /> 
     402          <field ref="Dpco2"    /> 
     403          <field ref="Dpo2"     /> 
     404          <field ref="Heup"     /> 
     405          <field ref="Irondep"  /> 
     406          <field ref="Nfix"     /> 
     407       </file> 
     408 
     409      </group> 
     410 
     411      <group id="2y"  output_freq="-24"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 2y files --> 
     412      </group> 
     413 
     414      <group id="5y"  output_freq="-60"   output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 5y files --> 
     415      </group> 
     416 
     417      <group id="10y" output_freq="-120"  output_level="10" enabled=".TRUE.">                      <!-- real 10y files --> 
     418      </group> 
     419 
    342420    </file_definition> 
    343421     
    … …  
    358436     
    359437    <grid_definition> 
    360       <grid id="grid_T" description="grid T" /> 
    361       <grid id="grid_U" description="grid U" /> 
    362       <grid id="grid_V" description="grid V" /> 
    363       <grid id="grid_W" description="grid W" /> 
     438      <grid id="grid_T" description="grid T" > 
     439    <!--   Eq section   --> 
     440   <zoom id="EqT" ibegin="1" jbegin="0000" ni="0000" nj="1" /> 
     441      </grid> 
     442 
     443      <grid id="grid_U" description="grid U" > 
     444    <!--   Eq section   --> 
     445   <zoom id="EqU" ibegin="1" jbegin="0000" ni="0000" nj="1" /> 
     446      </grid> 
     447 
     448      <grid id="grid_V" description="grid V" > 
     449      </grid> 
     450 
     451      <grid id="grid_W" description="grid W" > 
     452    <!--   Eq section   --> 
     453   <zoom id="EqW" ibegin="1" jbegin="0000" ni="0000" nj="1" /> 
     454      </grid> 
     455 
    364456      <grid id="scalarpoint" description="scalar" > 
    365457   <zoom id="1point" ibegin="1" jbegin="1" ni="1" nj="1" /> 
    366458      </grid> 
     459 
    367460    </grid_definition>     
    368461     
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.