Changeset 2359


Ignore:
Timestamp:
2010-11-05T10:28:31+01:00 (10 years ago)
Author:
flavoni
Message:

cosmetic changes, see ticket #752

Location:
branches/nemo_v3_3_beta/NEMOGCM
Files:
1 added
1 deleted
9 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/nemo_v3_3_beta/NEMOGCM/CONFIG/makenemo

    r2354 r2359  
    7979#- Local variables --- 
    8080b_n=$(basename ${0}) 
    81    OPTIND=1 
    82    MAIN_DIR=$(cd $(dirname "$0"); pwd) 
    83    MAIN_DIR=${MAIN_DIR%/SETTE*} 
    84    MAIN_DIR=${MAIN_DIR%/TOOLS*} 
    85    MAIN_DIR=${MAIN_DIR%/CONFIG*} 
    86    export MAIN_DIR 
    87 # 
    88    export CONFIG_DIR=${MAIN_DIR}/CONFIG 
    89    export TOOLS_DIR=${MAIN_DIR}/TOOLS 
    90    export COMPIL_DIR=${MAIN_DIR}/TOOLS/COMPILE 
    91    export NEMO_DIR=${MAIN_DIR}/NEMO 
    92    export AGRIFUSE=10 
    93  
    94    declare -a TAB 
     81OPTIND=1 
     82MAIN_DIR=$(cd $(dirname "$0"); pwd) 
     83MAIN_DIR=${MAIN_DIR%/SETTE*} 
     84MAIN_DIR=${MAIN_DIR%/TOOLS*} 
     85MAIN_DIR=${MAIN_DIR%/CONFIG*} 
     86export MAIN_DIR 
     87# 
     88export CONFIG_DIR=${MAIN_DIR}/CONFIG 
     89export TOOLS_DIR=${MAIN_DIR}/TOOLS 
     90export COMPIL_DIR=${MAIN_DIR}/TOOLS/COMPILE 
     91export NEMO_DIR=${MAIN_DIR}/NEMO 
     92export AGRIFUSE=10 
     93 
     94declare -a TAB 
    9595#- 
    9696#- FCM and functions location --- 
    97    export PATH=${MAIN_DIR}/EXTERNAL/fcm/bin:$PATH 
     97export PATH=${MAIN_DIR}/EXTERNAL/fcm/bin:$PATH 
    9898 
    9999#- 
    100100#- Choice of the options --- 
    101    x_d=""; 
    102    x_n=""; 
    103    x_r=""; 
    104    x_m=""; 
    105    x_t=""; 
    106    x_c=""; 
    107    x_j=1; 
    108    while getopts :hd:n:r:m:j:t: V 
    109    do 
    110    case $V in 
     101x_d=""; 
     102x_n=""; 
     103x_r=""; 
     104x_m=""; 
     105x_t=""; 
     106x_c=""; 
     107x_j=1; 
     108while getopts :hd:n:r:m:j:t: V 
     109do 
     110    case $V in 
    111111   (h)  echo "Usage   : "${b_n} \ 
    112       " [-h] [-n name] [-m arch] [-d "dir1 dir2"] [-r conf] [-j No]"; 
    113 echo " -h    : help"; 
    114 echo " -n name : config name, [-n help] to list existing configurations"; 
    115 echo " -m arch : choose compiler, [-m help] to list existing compilers"; 
    116 echo " -d dir  : choose NEMO sub-directories"; 
    117 echo " -r conf : choose reference configuration"; 
    118 echo " -j No    : number of processes used to compile (0=nocompilation)"; 
    119 echo " -t dir  : temporary directory for compilation" 
    120 echo ""; 
    121 echo "Example to install a new configuration MY_CONFIG"; 
    122 echo "with OPA_SRC and LIM_SRC_2 "; 
    123 echo "makenemo -n MY_CONFIG -d \"OPA_SRC LIM_SRC_2\""; 
    124 echo ""; 
    125 echo "Available configurations :"; cat ${COMPIL_DIR}/cfg.txt;  
    126 echo ""; 
    127 echo "Example to remove bad configuration "; 
    128 echo "./makenemo -n MY_CONFIG clean_config"; 
    129 echo ""; 
    130 echo "Example to clean "; 
    131 echo "./makenemo clean"; 
    132 echo ""; 
    133 echo "Example to add and remove keys"; 
    134 echo "./makenemo add_key \"key_iomput key_mpp_mpi\" del_key \"key_agrif\" "; 
    135 echo ""; 
    136 echo "Example to add and remove keys for a new configuration, and do not compile"; 
    137 echo "./makenemo -n MY_CONFIG -j0 add_key \"key_iomput key_mpp_mpi\" del_key \"key_agrif\" "; 
    138 echo ""; 
    139 . ${COMPIL_DIR}/Flist_archfile.sh  ; 
    140 echo ""; 
    141 echo "Default : previous configuration and compiler"; 
    142 exit 0;; 
    143 (d)  x_d=${OPTARG};; 
    144 (n)  x_n=${OPTARG};; 
    145 (r)  x_r=${OPTARG};; 
    146 (m)  x_m=${OPTARG};; 
    147 (j)  x_j=${OPTARG};; 
    148 (t)  x_t=${OPTARG};; 
    149 (:)  echo ${b_n}" : -"${OPTARG}" option : missing value" 1>&2; 
    150 exit 2;; 
    151 (\?) echo ${b_n}" : -"${OPTARG}" option : not supported" 1>&2; 
    152 exit 2;; 
    153 esac 
     112       " [-h] [-n name] [-m arch] [-d "dir1 dir2"] [-r conf] [-j No]"; 
     113   echo " -h    : help"; 
     114   echo " -n name : config name, [-n help] to list existing configurations"; 
     115   echo " -m arch : choose compiler, [-m help] to list existing compilers"; 
     116   echo " -d dir  : choose NEMO sub-directories"; 
     117   echo " -r conf : choose reference configuration"; 
     118   echo " -j No    : number of processes used to compile (0=nocompilation)"; 
     119   echo " -t dir  : temporary directory for compilation" 
     120   echo ""; 
     121   echo "Example to install a new configuration MY_CONFIG"; 
     122   echo "with OPA_SRC and LIM_SRC_2 "; 
     123   echo "makenemo -n MY_CONFIG -d \"OPA_SRC LIM_SRC_2\""; 
     124   echo ""; 
     125   echo "Available configurations :"; cat ${COMPIL_DIR}/cfg.txt;  
     126   echo ""; 
     127   echo "Example to remove bad configuration "; 
     128   echo "./makenemo -n MY_CONFIG clean_config"; 
     129   echo ""; 
     130   echo "Example to clean "; 
     131   echo "./makenemo clean"; 
     132   echo ""; 
     133   echo "Example to add and remove keys"; 
     134   echo "./makenemo add_key \"key_iomput key_mpp_mpi\" del_key \"key_agrif\" "; 
     135   echo ""; 
     136   echo "Example to add and remove keys for a new configuration, and do not compile"; 
     137   echo "./makenemo -n MY_CONFIG -j0 add_key \"key_iomput key_mpp_mpi\" del_key \"key_agrif\" "; 
     138   echo ""; 
     139   . ${COMPIL_DIR}/Flist_archfile.sh  ; 
     140   echo ""; 
     141   echo "Default : previous configuration and compiler"; 
     142   exit 0;; 
     143   (d)  x_d=${OPTARG};; 
     144   (n)  x_n=${OPTARG};; 
     145   (r)  x_r=${OPTARG};; 
     146   (m)  x_m=${OPTARG};; 
     147   (j)  x_j=${OPTARG};; 
     148   (t)  x_t=${OPTARG};; 
     149   (:)  echo ${b_n}" : -"${OPTARG}" option : missing value" 1>&2; 
     150   exit 2;; 
     151   (\?) echo ${b_n}" : -"${OPTARG}" option : not supported" 1>&2; 
     152   exit 2;; 
     153    esac 
    154154done 
    155155shift $(($OPTIND-1)); 
     
    157157while [ ${#1} -gt 0 ]   # Get clean, clean_config options 
    158158do 
    159 case "$1" in 
    160 clean) 
    161 x_c="--$1" 
    162 ;; 
    163 clean_config) 
    164 . ${COMPIL_DIR}/Fclean_config.sh 
    165 exit 
    166 ;; 
    167 add_key) 
    168 list_add_key=$2 
    169 export ${list_add_key} 
    170 shift 
    171 ;; 
    172 del_key) 
    173 list_del_key=$2 
    174 export ${list_del_key} 
    175 shift 
    176 ;; 
    177 *) 
    178 echo " \"$1\" BAD OPTION"  
    179 exit 
    180 ;; 
    181  
    182 esac 
    183 shift 
     159    case "$1" in 
     160   clean) 
     161       x_c="--$1" 
     162       ;; 
     163   clean_config) 
     164       . ${COMPIL_DIR}/Fclean_config.sh 
     165       exit 
     166       ;; 
     167   add_key) 
     168       list_add_key=$2 
     169       export ${list_add_key} 
     170       shift 
     171       ;; 
     172   del_key) 
     173       list_del_key=$2 
     174       export ${list_del_key} 
     175       shift 
     176       ;; 
     177   *) 
     178       echo " \"$1\" BAD OPTION"  
     179       exit 
     180       ;; 
     181    
     182    esac 
     183    shift 
    184184done 
    185185 
     
    201201#- Check if the tool or the compiler exist or list it 
    202202if [ "${NEW_CONF}" == help ] ; then 
    203 echo "Available configurations :"  
    204 cat ${COMPIL_DIR}/cfg.txt 
    205 exit 
     203    echo "Available configurations :"  
     204    cat ${COMPIL_DIR}/cfg.txt 
     205    exit 
    206206fi 
    207207[ "${CMP_NAM}" ==  help ] && . ${COMPIL_DIR}/Flist_archfile.sh && exit 
     
    217217 
    218218if [ ${#NEW_CONF} -eq 0 ] ; then 
    219 if [ ${#NEM_SUBDIR} -eq 0 -a ${#REF_CONF} -eq 0 ]; then 
    220 echo "You are  installing a new configuration" 
    221 ind=0 
    222 . ${COMPIL_DIR}/Fread_dir.sh OPA_SRC   YES  
    223 . ${COMPIL_DIR}/Fread_dir.sh LIM_SRC_2   YES  
    224 . ${COMPIL_DIR}/Fread_dir.sh LIM_SRC_3    NO   
    225 . ${COMPIL_DIR}/Fread_dir.sh TOP_SRC    NO   
    226 . ${COMPIL_DIR}/Fread_dir.sh C1D_SRC   YES  
    227 . ${COMPIL_DIR}/Fread_dir.sh NST_SRC   YES  
    228 . ${COMPIL_DIR}/Fread_dir.sh OFF_SRC    NO   
    229 REF_CONF=ORCA2_LIM 
    230 elif [ ${#NEM_SUBDIR} -gt 0 ] && [ ${#REF_CONF} -eq 0 ]; then 
     219    if [ ${#NEM_SUBDIR} -eq 0 -a ${#REF_CONF} -eq 0 ]; then 
    231220   echo "You are  installing a new configuration" 
    232 TAB=( ${NEM_SUBDIR} ) 
     221   ind=0 
     222   . ${COMPIL_DIR}/Fread_dir.sh OPA_SRC    YES  
     223   . ${COMPIL_DIR}/Fread_dir.sh LIM_SRC_2   YES  
     224   . ${COMPIL_DIR}/Fread_dir.sh LIM_SRC_3   NO   
     225   . ${COMPIL_DIR}/Fread_dir.sh TOP_SRC    NO   
     226   . ${COMPIL_DIR}/Fread_dir.sh C1D_SRC    YES  
     227   . ${COMPIL_DIR}/Fread_dir.sh NST_SRC    YES  
     228   . ${COMPIL_DIR}/Fread_dir.sh OFF_SRC    NO   
    233229   REF_CONF=ORCA2_LIM 
    234    elif [ ${#NEM_SUBDIR} -eq 0 ] && [ ${#REF_CONF} -gt 0 ]; then 
     230    elif [ ${#NEM_SUBDIR} -gt 0 ] && [ ${#REF_CONF} -eq 0 ]; then 
     231   echo "You are  installing a new configuration" 
     232   TAB=( ${NEM_SUBDIR} ) 
     233   REF_CONF=ORCA2_LIM 
     234    elif [ ${#NEM_SUBDIR} -eq 0 ] && [ ${#REF_CONF} -gt 0 ]; then 
    235235   echo "You are  installing a new configuration based on ${REF_CONF}" 
    236236   . ${COMPIL_DIR}/Fcopy_dir.sh ${REF_CONF}   
    237    fi 
    238    NEW_CONF=${x_n} 
    239    . ${COMPIL_DIR}/Fmake_config.sh ${NEW_CONF} ${REF_CONF} 
    240    else 
    241    sed -e "/${NEW_CONF} /d"  ${COMPIL_DIR}/cfg.txt >  ${COMPIL_DIR}/cfg.tmp 
    242    \mv  ${COMPIL_DIR}/cfg.tmp  ${COMPIL_DIR}/cfg.txt 
    243    fi 
     237    fi 
     238    NEW_CONF=${x_n} 
     239    . ${COMPIL_DIR}/Fmake_config.sh ${NEW_CONF} ${REF_CONF} 
     240else 
     241    sed -e "/${NEW_CONF} /d"  ${COMPIL_DIR}/cfg.txt >  ${COMPIL_DIR}/cfg.tmp 
     242    \mv  ${COMPIL_DIR}/cfg.tmp  ${COMPIL_DIR}/cfg.txt 
     243fi 
    244244 
    245245#- 
    246246#- Save new configuration and directories names --- 
    247    echo ${NEW_CONF} ${TAB[*]} >> ${COMPIL_DIR}/cfg.txt 
     247echo ${NEW_CONF} ${TAB[*]} >> ${COMPIL_DIR}/cfg.txt 
    248248 
    249249#- 
     
    251251#- Clean links and librairies --- 
    252252#- Creating the good links, at first on OPA_SRC --- 
    253    . ${COMPIL_DIR}/Fmake_WORK.sh ${NEW_CONF} ${TAB[*]} || exit 
    254  
    255    . ${COMPIL_DIR}/Fmake_bld.sh ${CONFIG_DIR} ${NEW_CONF}  ${NEMO_TDIR} || exit 
     253. ${COMPIL_DIR}/Fmake_WORK.sh ${NEW_CONF} ${TAB[*]} || exit 
     254 
     255. ${COMPIL_DIR}/Fmake_bld.sh ${CONFIG_DIR} ${NEW_CONF}  ${NEMO_TDIR} || exit 
    256256 
    257257#- At this stage new configuration has been added, 
    258258#- We add or remove keys 
    259    if [ ${#list_add_key} -ne 0 ] ; then 
    260    . ${COMPIL_DIR}/Fadd_keys.sh ${NEW_CONF} add_key ${list_add_key}  
    261    fi 
    262  
    263    if [ ${#list_del_key} -ne 0 ] ; then 
    264    . ${COMPIL_DIR}/Fdel_keys.sh ${NEW_CONF} del_key ${list_del_key} 
    265    fi 
     259if [ ${#list_add_key} -ne 0 ] ; then 
     260    . ${COMPIL_DIR}/Fadd_keys.sh ${NEW_CONF} add_key ${list_add_key}  
     261fi 
     262 
     263if [ ${#list_del_key} -ne 0 ] ; then 
     264    . ${COMPIL_DIR}/Fdel_keys.sh ${NEW_CONF} del_key ${list_del_key} 
     265fi 
    266266 
    267267#- At this stage the configuration has beeen chosen 
    268268#- We look after agrif 
    269    grep key_agrif ${COMPIL_DIR}/cpp.fcm && export AGRIFUSE=1 
    270    . ${COMPIL_DIR}/Fprep_agrif.sh ${NEW_CONF} ${NEMO_TDIR} || exit 
     269grep key_agrif ${COMPIL_DIR}/cpp.fcm && export AGRIFUSE=1 
     270. ${COMPIL_DIR}/Fprep_agrif.sh ${NEW_CONF} ${NEMO_TDIR} || exit 
    271271 
    272272#- and test whether we need to build the ioserver 
    273    export USEBLD=bldxio.cfg 
    274    grep key_iomput ${COMPIL_DIR}/cpp.fcm && export USEBLD=bld.cfg 
     273export USEBLD=bldxio.cfg 
     274grep key_iomput ${COMPIL_DIR}/cpp.fcm && export USEBLD=bld.cfg 
    275275 
    276276#- 
     
    281281#- Compile --- 
    282282 
    283    if [ "${NBR_PRC}" -gt 0 ]; then 
    284    cd ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF} || cd - 
    285  
     283if [ "${NBR_PRC}" -gt 0 ]; then 
     284    cd ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF} || cd - 
     285     
    286286#if AGRIF we do a first preprocessing 
    287    if [ ${#x_c} -eq 0 ]; then 
     287    if [ ${#x_c} -eq 0 ]; then 
    288288   [ "$AGRIFUSE" == 1 ] && fcm build --ignore-lock -s 2 ${COMPIL_DIR}/$USEBLD  
    289289   [ "$AGRIFUSE" == 1 ] && rm -rf  ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD/* 
    290                                fi 
    291                                fcm build ${x_c} --ignore-lock -v 1 -j ${NBR_PRC} ${COMPIL_DIR}/$USEBLD || cd - 
    292                                [ -f ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD/bin/nemo.exe ] && ln -sf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD/bin/nemo.exe  ${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/EXP00/opa 
    293                                [ -f ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD/bin/server.exe ] && ln -sf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD/bin/server.exe  ${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/EXP00/server.exe 
    294  
     290    fi 
     291    fcm build ${x_c} --ignore-lock -v 1 -j ${NBR_PRC} ${COMPIL_DIR}/$USEBLD || cd - 
     292    [ -f ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD/bin/nemo.exe ] && ln -sf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD/bin/nemo.exe  ${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/EXP00/opa 
     293    [ -f ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD/bin/server.exe ] && ln -sf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD/bin/server.exe  ${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/EXP00/server.exe 
     294     
    295295#add remove for clean option 
    296 if  [ ${#x_c} -ne 0 ]; then 
    297 rm -rf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/WORK 
    298 rm -rf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD 
    299 rm -rf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/EXP00/opa 
    300 rm -rf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/EXP00/server.exe 
    301 echo "cleaning ${NEW_CONF} WORK, BLD" 
    302 fi 
    303  
     296    if  [ ${#x_c} -ne 0 ]; then 
     297   rm -rf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/WORK 
     298   rm -rf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/BLD 
     299   rm -rf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/EXP00/opa 
     300   rm -rf ${NEMO_TDIR}/${NEW_CONF}/EXP00/server.exe 
     301   echo "cleaning ${NEW_CONF} WORK, BLD" 
     302    fi 
     303     
    304304fi 
    305305 
  • branches/nemo_v3_3_beta/NEMOGCM/SETTE/fcm_job.sh

    r2354 r2359  
    44# Contact : sflod@locean-ipsl.upmc.fr 
    55# 
    6 # Some functions called from makenemo_fcm 
    7 # Fadd_keys   : add keys in cpp.fcm file  
     6# Some scripts called by sette.sh  
     7# fcm_job.sh   : simple job to run NEMO with fcm  
    88###################################################### 
    99#set -x 
  • branches/nemo_v3_3_beta/NEMOGCM/SETTE/sette.sh

    r2355 r2359  
    2525cd ${SETTE_DIR} 
    2626. param.cfg 
    27 . all_function.sh 
     27. all_functions.sh 
    2828set_namelist nn_it000 1 
    2929set_namelist nn_itend 75 
     
    3535cd ${SETTE_DIR} 
    3636. param.cfg 
    37 . all_function.sh 
     37. all_functions.sh 
    3838set_namelist nn_it000 1 
    3939set_namelist nn_itend 75 
  • branches/nemo_v3_3_beta/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fadd_keys.sh

    r2318 r2359  
    44# Contact : sflod@locean-ipsl.upmc.fr 
    55# 
    6 # Some functions called from makenemo_fcm 
     6# Some functions called from makenemo 
    77# Fadd_keys   : add keys in cpp.fcm file   
    88###################################################### 
  • branches/nemo_v3_3_beta/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fcheck_archfile.sh

    r2143 r2359  
    6262   echo "Warning !!!" 
    6363   echo "NO compiler chosen" 
    64    echo "Try makenemo_fcm -h for help" 
     64   echo "Try makenemo -h for help" 
    6565   echo "EXITING..." 
    6666   exit 1  
  • branches/nemo_v3_3_beta/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fcheck_config.sh

    r2158 r2359  
    44# Contact : rblod@locean-ipsl.upmc.fr 
    55# 
    6 # Some functions called from makenemo_fcm 
     6# Some functions called from makenemo 
    77# Fcheck_config   : config checking  
    88###################################################### 
     
    7272   echo "Warning !!!" 
    7373   echo "No configuration specified" 
    74    echo "Use makenemo_fcm -n MYCONFIG" 
    75    echo "or  makenemo_fcm -h for help" 
     74   echo "Use makenemo -n MYCONFIG" 
     75   echo "or  makenemo -h for help" 
    7676   echo "Using defaut configuration : ${NEW_CONF}" 
    7777fi 
  • branches/nemo_v3_3_beta/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fclean_config.sh

    r2321 r2359  
    44# Contact : sflod@locean-ipsl.upmc.fr 
    55# 
    6 # Some functions called from makenemo_fcm 
     6# Some functions called from makenemo 
    77# Fclean_config   : config removing  
    88###################################################### 
  • branches/nemo_v3_3_beta/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fdel_keys.sh

    r2318 r2359  
    44# Contact : sflod@locean-ipsl.upmc.fr 
    55# 
    6 # Some functions called from makenemo_fcm 
     6# Some functions called from makenemo 
    77# Fdel_keys   : del keys in cpp.fcm file   
    88###################################################### 
  • branches/nemo_v3_3_beta/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fmake_WORK.sh

    r2143 r2359  
    44# Contact : rblod@locean-ipsl.upmc.fr 
    55# 
    6 # Some functions called from makenemo_fcm 
     6# Some functions called from makenemo 
    77# Fmake_WORK      : create links in the WORK 
    88###################################################### 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.