New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 3143 for branches – NEMO

Changeset 3143 for branches


Ignore:
Timestamp:
2011-11-17T16:26:08+01:00 (12 years ago)
Author:
epico
Message:

improved sette scripts to support different batch queueing systems

Location:
branches/2011/dev_NEMO_MERGE_2011/NEMOGCM/SETTE
Files:
1 added
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/2011/dev_NEMO_MERGE_2011/NEMOGCM/SETTE/BATCH_TEMPLATE/sette_batch_template

    r2890 r3143  
    1414# @ queue 
    1515 
     16# 
     17# Test specific settings. Do not hand edit these lines; the fcm_job.sh script will set these 
     18# (via sed operating on this template job file).  
     19# 
     20  OCEANCORES=NPROCS 
     21  export SETTE_DIR=DEF_SETTE_DIR 
     22 
    1623############################################################### 
    1724# 
    … …  
    2027# Local settings for machine IBM Power6 (VARGAS at IDRIS France) 
    2128# 
    22 export MPIRUN="mpiexec -n" 
     29export MPIRUN="mpiexec -n $OCEANCORES" 
     30 
    2331# 
    24 # Test specific settings. Do not hand edit these lines; the fcm_job.sh script will set these 
    25 # (via sed operating on this template job file).  
     32# load sette functions (only post_test_tidyup needed) 
    2633# 
    27   OCEANCORES=NPROCS 
    28   export SETTE_DIR=DEF_SETTE_DIR 
     34  . ${SETTE_DIR}/all_functions.sh 
     35 
     36# Don't remove neither change the following comment line 
     37# BODY 
     38 
     39 
    2940# 
    3041# These variables are needed by post_test_tidyup function in all_functions.sh 
    … …  
    3950# 
    4051# end of set up 
     52 
     53 
    4154############################################################### 
    4255# 
    … …  
    4558cd ${EXE_DIR} 
    4659 
    47 # 
    48 # load sette functions (only post_test_tidyup needed) 
    49 # 
    50   . ${SETTE_DIR}/all_functions.sh 
    51 # 
    5260  echo Running on host `hostname` 
    5361  echo Time is `date` 
    … …  
    5664#  Run the parallel MPI executable  
    5765# 
    58   echo "Running time ${MPIRUN} " $OCEANCORES " ./opa" 
     66  echo "Running time ${MPIRUN} ./opa" 
    5967# 
    60   time ${MPIRUN} " $OCEANCORES" ./opa 
     68 
     69  if [ MPI_FLAG == "yes" ]; then 
     70     time ${MPIRUN} ./opa 
     71  else 
     72     time ./opa 
     73  fi 
     74 
     75 
    6176# 
    6277  post_test_tidyup 
     78 
     79# END_BODY 
     80# Don't remove neither change the previous comment line 
     81 
    6382  exit 

  • branches/2011/dev_NEMO_MERGE_2011/NEMOGCM/SETTE/fcm_job.sh

    r3050 r3143  
    2525# :: 
    2626# 
    27 #  $ ./fcm_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME 
     27#  $ ./fcm_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_INTERACT MPI_FLAG 
    2828# 
    2929# 
    … …  
    4747# :: 
    4848# 
    49 #  $ ./fcm_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME 
     49#  $ ./fcm_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_INTERACT MPI_FLAG 
    5050# 
    51 #  run a job of config GYRE with 1 processor SHORT test ( 5 days ) 
    52 #  $ ./fcm_job.sh input_GYRE.cfg 1 SHORT 
     51#  run a job of config GYRE with 1 processor SHORT test ( 5 days ) using an interactive run without mpirun 
     52#  $ ./fcm_job.sh input_GYRE.cfg 1 SHORT yes no 
    5353# 
    54 #  run a job of config ORCA2_LIM_PISCES   with 8 processors test RESTARTABILITY 
    55 #  $ ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 8 LONG 
     54#  run a job of config ORCA2_LIM_PISCES   with 8 processors test RESTARTABILITY submitting the job to the batch queue system and using mpirun 
     55#  $ ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 8 LONG no yes 
    5656# 
    5757# 
    … …  
    7474# 
    7575 
    76 usage=" Usage : ./fcm_job.sh input_CONFIG_NAME.cfg  NUMBER_OF_PROCS TEST_NAME" 
    77 usage=" example : ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 8 SHORT" 
     76usage=" Usage : ./fcm_job.sh input_CONFIG_NAME.cfg  NUMBER_OF_PROCS TEST_NAME INTERACT MPI_FLAG" 
     77usage=" example : ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 8 SHORT no/yes no/yes" 
    7878 
    7979 
    80 minargcount=3 
     80minargcount=2 
    8181        if [ ${#} -lt ${minargcount} ] 
    8282        then 
    … …  
    9191   fi 
    9292        
    93 # 
    94 # set and export TEST_NAME. It will be used within the post_test_tidyup function 
    95 # 
    96 export TEST_NAME=$3 
    9793 
    98 # export EXE_DIR. This directory is used to execute model  
    99 # 
    100 export EXE_DIR 
    101 # 
    102 # 
    103 echo "date: `date`" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    104 echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    105 echo "running config: ${NEW_CONF}" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    106 echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    107 echo "list of cpp_keys: " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    108 echo "`more ../CONFIG/${NEW_CONF}/cpp_${NEW_CONF}.fcm`" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    109 echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    110 echo "compiling with: ${CMP_NAM}" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    111 echo "" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    112 echo "executing script : \"fcm_job $@\" " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    113 echo "            " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    114  
    115 ################################################################ 
    116 # SET INPUT 
    117 # get the input tarfile if needed 
    118 tar_file=$(sed -ne "1,1p" $1) 
    119 if [ "$(cat $1 | grep -c ".tar" )" -ne 0 ] ; then 
    120    echo "looking for tar file" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    121    echo "            " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    122    cp ${FORCING_DIR}/${tar_file} ${INPUT_DIR}/. 
    123    echo "file in ${INPUT_DIR}" 
    124    if [ ! -f ${INPUT_DIR}/${tar_file} ] ; then  
    125       echo "PROBLEM during copy of tar file" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    126       echo "tar file IS NOT present in ${INPUT_DIR} directory " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    127       echo "            " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    128       echo "PROBLEM during copy of tar file"  
    129       exit 1 
    130    else   
    131       cd ${EXE_DIR} ; tar xvof ${INPUT_DIR}/*.tar ; gunzip -f *gz 
    132    fi 
    133 fi  
    134  
    135 if [ ! -f ${EXE_DIR}/namelist_ice ] ; then  
    136 if [ -f ${EXE_DIR}/namelist_ice_lim2 ] ; then  
    137    echo "choosing for namelist ice " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    138    echo "            " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    139    cp ${EXE_DIR}/namelist_ice_lim2 ${EXE_DIR}/namelist_ice 
    140 elif  [ -f ${EXE_DIR}/namelist_ice_lim3 ] ; then  
    141    cp ${EXE_DIR}/namelist_ice_lim3 ${EXE_DIR}/namelist_ice 
    142 fi 
    143 fi 
    144  
    145  
    146 if [ "$(cat ${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/cpp_${NEW_CONF}.fcm | grep -c "agrif" )" -ne 0 ] ; then 
    147    #- Namelist for ocean and ice (agrif fine grid) 
    148       echo "choosing for namelist for AGRIF" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    149       echo "            " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    150    cp ${EXE_DIR}/1_namelist_ice_lim2 ${EXE_DIR}/1_namelist_ice  
    151 fi 
    152 ################################################################ 
    153  
     94export NB_PROCS=$1 
     95export JOB_FILE=$2 
    15496################################################################ 
    15597# RUN OPA 
    15698cd ${EXE_DIR} 
    157 NB_PROC=$2 
    158 if [ ! -r ${EXE_DIR}/opa ] 
    159     then 
    160     echo "executable opa does not exist" 
    161     echo "executable opa does not exist, exit"  >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    162     exit 1 
    163 fi 
    164 if [ ${NB_PROC} == 1 ] ; then 
    165     echo "running opa" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    166     echo "            " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    167     ./opa 
    168 # 
    169 # Tidy out output from this test and populate the NEMO_VALIDATION_DIR tree 
    170 # 
    171     post_test_tidyup 
    172 else 
    173     echo "running opa in MPI" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    174     echo "            " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    17599 
    176     if [ ${MPI_INTERACT} == "yes" ] ; then 
    177    # 
    178    # example for brodie (NEC SX8) machine 
    179    #  mpirun -np ${NB_PROC} opa 
    180    # example for dedale machine 
    181    #  mpirun --mca btl self,tcp -np ${NB_PROC} opa 
    182    # example for vargas (IBM Power6) machine 
    183    mpiexec -n ${NB_PROC} opa 
    184    # 
    185    post_test_tidyup 
    186     fi 
    187 # 
    188 # example for NOCS Altix system using PBS batch submission (requires ${SETTE_DIR}/sette_batch_template file) 
    189 # 
    190     if [ ${MPI_INTERACT} == "no" ] ; then 
    191       case ${COMPILER} in  
    192          ALTIX_NAUTILUS_MPT) 
    193                                 NB_REM=$( echo $NB_PROC | awk '{print $1 % 4}') 
    194                if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then 
    195                # number of processes required is an integer multiple of 4 
    196                # 
    197                NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{print $1 / 4}') 
    198             else 
    199                # 
    200                # number of processes required is not an integer multiple of 4 
    201                # round up the number of nodes required. 
    202                # 
    203                NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{printf("%d",$1 / 4 + 1 )}') 
    204                   fi 
    205             ;; 
    206          *) 
    207             NB_NODES=${NB_PROC} 
    208             ;; 
     100# submit job to batch system  
     101        if [ ${NB_PROC} -eq 1 ]; then 
     102      eval ${BATCH_COMMAND_SEQ} $JOB_FILE  
     103        else 
     104      eval ${BATCH_COMMAND_PAR} $JOB_FILE 
     105        fi 
    209106 
    210       esac 
    211 # 
    212 # Pass settings into job file by using sed to edit predefined strings 
    213 # 
    214         cat ${SETTE_DIR}/job_batch_template | sed -e"s/NODES/${NB_NODES}/" -e"s/NPROCS/${NB_PROC}/" \ 
    215              -e"s:DEF_SETTE_DIR:${SETTE_DIR}:" -e"s:DEF_INPUT_DIR:${INPUT_DIR}:" \ 
    216              -e"s:DEF_EXE_DIR:${EXE_DIR}:" \ 
    217              -e"s:DEF_CONFIG_DIR:${CONFIG_DIR}:" \ 
    218              -e"s:DEF_NEMO_VALIDATION:${NEMO_VALIDATION_DIR}:" -e"s:DEF_NEW_CONF:${NEW_CONF}:" \ 
    219              -e"s:DEF_CMP_NAM:${CMP_NAM}:" -e"s:DEF_TEST_NAME:${TEST_NAME}:" > run_sette_test.job 
    220 # 
    221 # submit job to batch system  
    222    ${BATCH_COMMAND} run_sette_test.job  
    223     fi 
    224  
    225 fi 

  • branches/2011/dev_NEMO_MERGE_2011/NEMOGCM/SETTE/sette.sh

    r3130 r3143  
    129129#- 
    130130# Compiler among those in NEMOGCM/ARCH 
    131 COMPILER=X64_TITANE 
    132 export BATCH_COMMAND=ccc_msub 
    133 export MPI_INTERACT="no" 
     131COMPILER=PW6_calypso 
     132export BATCH_COMMAND_PAR="bsub < " 
     133export BATCH_COMMAND_SEQ=$BATCH_COMMAND_PAR 
     134 
    134135 
    135136# Directory to run the tests 
    … …  
    145146cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    146147 
    147 for config in 1 2 3 4 5 6 7  
     148for config in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 
    148149do 
    149150 
    … …  
    153154    export TEST_NAME="LONG" 
    154155    cd ${SETTE_DIR} 
    155     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRELOB_LONG -r GYRE_LOBSTER   
    156     cd ${SETTE_DIR} 
    157     . param.cfg 
    158     . all_functions.sh 
    159     . prepare_exe_dir.sh 
     156    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRELOB_LONG -r GYRE_LOBSTER -j 8   
     157    cd ${SETTE_DIR} 
     158    . param.cfg 
     159    . all_functions.sh 
     160    . prepare_exe_dir.sh 
     161    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     162    MPIRUN_FLAG="yes" 
     163    NPROC=1 
     164    rm $JOB_FILE 
    160165    cd ${EXE_DIR} 
    161166    set_namelist namelist cn_exp \"GYRELOB_LONG\" 
    … …  
    167172    set_namelist namelist_top ln_diatrc .false. 
    168173    cd ${SETTE_DIR} 
    169     . ./fcm_job.sh input_GYRE.cfg 1 ${TEST_NAME} 
     174    . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    170175 
    171176    cd ${SETTE_DIR} 
    … …  
    181186    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    182187    set_namelist namelist nn_solv 2 
    183     cp ..\/LONG\/GYRELOB_LONG_00000060_restart*.nc . 
     188    ln -s -f ..\/LONG\/GYRELOB_LONG_00000060_restart.nc 
     189    ln -s -f ..\/LONG\/GYRELOB_LONG_00000060_restart_trc.nc 
    184190    set_namelist namelist cn_ocerst_in \"GYRELOB_LONG_00000060_restart\" 
    185191    set_namelist namelist_top ln_diatrc .false. 
    … …  
    188194    set_namelist namelist_top cn_trcrst_in \"GYRELOB_LONG_00000060_restart_trc\" 
    189195    cd ${SETTE_DIR} 
    190     . ./fcm_job.sh input_GYRE.cfg 1 ${TEST_NAME} 
     196    . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
     197    cd ${SETTE_DIR} 
     198    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
    191199fi 
    192200 
    … …  
    195203    export TEST_NAME="REPRO_1_4" 
    196204    cd ${SETTE_DIR} 
    197     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRELOB_4 -r GYRE_LOBSTER add_key "key_mpp_rep key_mpp_mpi" 
    198     cd ${SETTE_DIR} 
    199     . param.cfg 
    200     . all_functions.sh 
    201     . prepare_exe_dir.sh 
     205    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRELOB_4 -r GYRE_LOBSTER -j 8 add_key "key_mpp_rep key_mpp_mpi" 
     206    cd ${SETTE_DIR} 
     207    . param.cfg 
     208    . all_functions.sh 
     209    . prepare_exe_dir.sh 
     210    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     211    MPIRUN_FLAG="yes" 
     212    NPROC=4 
     213    rm $JOB_FILE 
    202214    cd ${EXE_DIR} 
    203215    set_namelist namelist cn_exp \"GYRELOB_14\" 
    … …  
    215227    set_namelist namelist jpnij 4 
    216228    cd ${SETTE_DIR} 
    217     . ./fcm_job.sh input_GYRE.cfg 4 ${TEST_NAME} 
     229    . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
     230    cd ${SETTE_DIR} 
     231    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
    218232 
    219233    cd ${SETTE_DIR} 
    220234    export TEST_NAME="REPRO_2_2" 
    221235    . prepare_exe_dir.sh 
     236    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     237    MPIRUN_FLAG="yes" 
     238    NPROC=4 
     239    rm $JOB_FILE 
    222240    cd ${EXE_DIR} 
    223241    set_namelist namelist cn_exp \"GYRELOB_22\" 
    … …  
    234252    set_namelist namelist jpnij 4 
    235253    cd ${SETTE_DIR} 
    236     . ./fcm_job.sh input_GYRE.cfg 4 ${TEST_NAME} 
     254    . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
     255    cd ${SETTE_DIR} 
     256    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
    237257fi 
    238258 
    … …  
    242262    export TEST_NAME="LONG" 
    243263    cd ${SETTE_DIR} 
    244     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2LIMPIS_LONG -r ORCA2_LIM_PISCES   
    245     cd ${SETTE_DIR} 
    246     . param.cfg 
    247     . all_functions.sh 
    248     . prepare_exe_dir.sh 
     264    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2LIMPIS_LONG -r ORCA2_LIM_PISCES -j 8 
     265    cd ${SETTE_DIR} 
     266    . param.cfg 
     267    . all_functions.sh 
     268    . prepare_exe_dir.sh 
     269    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     270    MPIRUN_FLAG="yes" 
     271    NPROC=1 
     272    rm $JOB_FILE 
    249273    cd ${EXE_DIR} 
    250274    set_namelist namelist cn_exp \"O2LP_LONG\" 
    … …  
    265289    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
    266290    cd ${SETTE_DIR} 
    267     . ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 1 ${TEST_NAME} 
     291    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    268292     
    269293    cd ${SETTE_DIR} 
    … …  
    279303    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    280304    set_namelist namelist nn_solv 2 
    281     cp ../LONG/O2LP_LONG_00000075_restart*nc . 
     305    ln -s -f ../LONG/O2LP_LONG_00000075_restart.nc 
     306    ln -s -f ../LONG/O2LP_LONG_00000075_restart_ice.nc 
     307    ln -s -f ../LONG/O2LP_LONG_00000075_restart_trc.nc 
    282308    set_namelist namelist cn_ocerst_in \"O2LP_LONG_00000075_restart\" 
    283309    set_namelist namelist_ice cn_icerst_in \"O2LP_LONG_00000075_restart_ice\" 
    … …  
    295321    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
    296322    cd ${SETTE_DIR} 
    297     . ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 1 ${TEST_NAME} 
     323    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
     324    cd ${SETTE_DIR} 
     325    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
    298326fi 
    299327 
    … …  
    302330    export TEST_NAME="REPRO_4_4" 
    303331    cd ${SETTE_DIR} 
    304     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2LIMPIS_16 -r ORCA2_LIM_PISCES add_key "key_mpp_rep key_mpp_mpi" 
    305     cd ${SETTE_DIR} 
    306     . param.cfg 
    307     . all_functions.sh 
    308     . prepare_exe_dir.sh 
     332    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2LIMPIS_16 -r ORCA2_LIM_PISCES -j 8 add_key "key_mpp_rep key_mpp_mpi" 
     333    cd ${SETTE_DIR} 
     334    . param.cfg 
     335    . all_functions.sh 
     336    . prepare_exe_dir.sh 
     337    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     338    MPIRUN_FLAG="yes" 
     339    NPROC=16 
     340    rm $JOB_FILE 
    309341    cd ${EXE_DIR} 
    310342    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    327359    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
    328360    cd ${SETTE_DIR} 
    329     . ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 16 ${TEST_NAME} 
     361    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
     362    cd ${SETTE_DIR} 
     363    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
    330364 
    331365    cd ${SETTE_DIR} 
    332366    export TEST_NAME="REPRO_2_8" 
    333367    . prepare_exe_dir.sh 
     368    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     369    MPIRUN_FLAG="yes" 
     370    NPROC=16 
     371    rm $JOB_FILE 
    334372    cd ${EXE_DIR} 
    335373    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    352390    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
    353391    cd ${SETTE_DIR} 
    354     . ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 16 ${TEST_NAME} 
     392    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
     393    cd ${SETTE_DIR} 
     394    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
    355395fi 
    356396 
    … …  
    360400    export TEST_NAME="LONG" 
    361401    cd ${SETTE_DIR} 
    362     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2OFFPIS_LONG -r ORCA2_OFF_PISCES   
    363     cd ${SETTE_DIR} 
    364     . param.cfg 
    365     . all_functions.sh 
    366     . prepare_exe_dir.sh 
     402    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2OFFPIS_LONG -r ORCA2_OFF_PISCES -j 8  
     403    cd ${SETTE_DIR} 
     404    . param.cfg 
     405    . all_functions.sh 
     406    . prepare_exe_dir.sh 
     407    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     408    MPIRUN_FLAG="yes" 
     409    NPROC=1 
     410    rm $JOB_FILE 
    367411    cd ${EXE_DIR} 
    368412    set_namelist namelist cn_exp \"OFFP_LONG\" 
    … …  
    382426    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
    383427    cd ${SETTE_DIR} 
    384     . ./fcm_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg 1 ${TEST_NAME} 
     428    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    385429     
    386430    cd ${SETTE_DIR} 
    … …  
    393437    set_namelist namelist nn_stock 20 
    394438    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    395     cp ../LONG/OFFP_LONG_00000020_restart*nc . 
     439    ln -s ../LONG/OFFP_LONG_00000020_restart_trc.nc . 
    396440    set_namelist namelist_top ln_diatrc .false. 
    397441    set_namelist namelist_top ln_rsttr .true. 
    … …  
    407451    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
    408452    cd ${SETTE_DIR} 
    409     . ./fcm_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg 1 ${TEST_NAME} 
     453    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
     454    cd ${SETTE_DIR} 
     455    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
    410456fi 
    411457 
    … …  
    414460    export TEST_NAME="REPRO_4_4" 
    415461    cd ${SETTE_DIR} 
    416     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2OFFPIS_16 -r ORCA2_OFF_PISCES add_key "key_mpp_rep key_mpp_mpi" 
    417     cd ${SETTE_DIR} 
    418     . param.cfg 
    419     . all_functions.sh 
    420     . prepare_exe_dir.sh 
     462    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2OFFPIS_16 -r ORCA2_OFF_PISCES -j 8 add_key "key_mpp_rep key_mpp_mpi" 
     463    cd ${SETTE_DIR} 
     464    . param.cfg 
     465    . all_functions.sh 
     466    . prepare_exe_dir.sh 
     467    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     468    MPIRUN_FLAG="yes" 
     469    NPROC=16 
     470    rm $JOB_FILE 
    421471    cd ${EXE_DIR} 
    422472    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    437487    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
    438488    cd ${SETTE_DIR} 
    439     . ./fcm_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg 16 ${TEST_NAME} 
     489    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
     490    cd ${SETTE_DIR} 
     491    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
    440492 
    441493    cd ${SETTE_DIR} 
    442494    export TEST_NAME="REPRO_2_8" 
    443495    . prepare_exe_dir.sh 
     496    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     497    MPIRUN_FLAG="yes" 
     498    NPROC=16 
     499    rm $JOB_FILE 
    444500    cd ${EXE_DIR} 
    445501    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    460516    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
    461517    cd ${SETTE_DIR} 
    462     . ./fcm_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg 16 ${TEST_NAME} 
     518    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
     519    cd ${SETTE_DIR} 
     520    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
    463521fi 
    464522 
    … …  
    468526    export TEST_NAME="REPO_8_4" 
    469527    cd ${SETTE_DIR} 
    470     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n AMM12_32 -r AMM12 add_key "key_mpp_rep" 
    471     cd ${SETTE_DIR} 
    472     . param.cfg 
    473     . all_functions.sh 
    474     . prepare_exe_dir.sh 
     528    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n AMM12_32 -r AMM12 -j 8 add_key "key_mpp_rep" 
     529    cd ${SETTE_DIR} 
     530    . param.cfg 
     531    . all_functions.sh 
     532    . prepare_exe_dir.sh 
     533    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     534    MPIRUN_FLAG="yes" 
     535    NPROC=32 
     536    rm $JOB_FILE 
    475537    cd ${EXE_DIR} 
    476538    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    485547    set_namelist namelist jpnij 32 
    486548    cd ${SETTE_DIR} 
    487     . ./fcm_job.sh input_AMM12.cfg 32 ${TEST_NAME} 
     549    . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
     550    cd ${SETTE_DIR} 
     551    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
    488552 
    489553    cd ${SETTE_DIR} 
    490554    export TEST_NAME="REPO_4_8" 
    491555    . prepare_exe_dir.sh 
     556    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     557    MPIRUN_FLAG="yes" 
     558    NPROC=32 
     559    rm $JOB_FILE 
    492560    cd ${EXE_DIR} 
    493561    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    502570    set_namelist namelist jpnij 32 
    503571    cd ${SETTE_DIR} 
    504     . ./fcm_job.sh input_AMM12.cfg 32 ${TEST_NAME} 
     572    . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
     573    cd ${SETTE_DIR} 
     574    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
    505575fi 
    506576 
    … …  
    509579    export TEST_NAME="LONG" 
    510580    cd ${SETTE_DIR} 
    511     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n AMM12_LONG -r AMM12 add_key "key_mpp_rep" 
    512     cd ${SETTE_DIR} 
    513     . param.cfg 
    514     . all_functions.sh 
    515     . prepare_exe_dir.sh 
     581    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n AMM12_LONG -r AMM12 -j 8 add_key "key_mpp_rep" 
     582    cd ${SETTE_DIR} 
     583    . param.cfg 
     584    . all_functions.sh 
     585    . prepare_exe_dir.sh 
     586    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     587    MPIRUN_FLAG="yes" 
     588    NPROC=32 
     589    rm $JOB_FILE 
    516590    cd ${EXE_DIR} 
    517591    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    527601    set_namelist namelist jpnij 32 
    528602    cd ${SETTE_DIR} 
    529     . ./fcm_job.sh input_AMM12.cfg 32 ${TEST_NAME} 
     603    . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
    530604 
    531605    cd ${SETTE_DIR} 
    … …  
    548622    set_namelist namelist cn_ocerst_in \"AMM12_00000006_restart\" 
    549623    cd ${SETTE_DIR} 
    550     . ./fcm_job.sh input_AMM12.cfg 32 ${TEST_NAME} 
     624    . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
     625    cd ${SETTE_DIR} 
     626    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
    551627fi 
    552628 
    … …  
    556632    export TEST_NAME="SHORT" 
    557633    cd ${SETTE_DIR} 
    558     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2AGUL_1_2 -r ORCA2_LIM add_key "key_mpp_rep key_mpp_mpi key_agrif" del_key "key_zdftmx" 
    559     cd ${SETTE_DIR} 
    560     . param.cfg 
    561     . all_functions.sh 
    562     . prepare_exe_dir.sh 
     634    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2AGUL_1_2 -r ORCA2_LIM -j 8 add_key "key_mpp_rep key_mpp_mpi key_agrif" del_key "key_zdftmx" 
     635    cd ${SETTE_DIR} 
     636    . param.cfg 
     637    . all_functions.sh 
     638    . prepare_exe_dir.sh 
     639    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     640    MPIRUN_FLAG="yes" 
     641    NPROC=2 
     642    rm $JOB_FILE 
    563643    cd ${EXE_DIR} 
    564644    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    574654    set_namelist 1_namelist ln_clobber .true. 
    575655    cd ${SETTE_DIR} 
    576     . ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg 2 ${TEST_NAME} 
     656    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg $NPROC ${TEST_NAME} $MPIRUN_FLAG $JOB_FILE 
     657    cd ${SETTE_DIR} 
     658    . ./fcm_job.sh $NPROC $JOB_FILE 
    577659fi 
    578660 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.