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2012-09-13T19:00:23+02:00 (8 years ago)
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cetlod
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branch:2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB last updates from PISCES, hopefully… see ticket #972

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branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM
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  • branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_pisces

    r3467 r3475  
    100100   mprat      =  0.01     ! phytoplankton mortality rate 
    101101   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate 
    102    mpratm     =  0.01     ! Phytoplankton minimum mortality rate 
    103102/ 
    104103!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     
    149148   ln_ligvar =  .true.   ! variable ligand concentration 
    150149   xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron 
    151    xlamdust  =  100.0     ! Scavenging rate of dust 
     150   xlamdust  =  150.0     ! Scavenging rate of dust 
    152151   ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration  
    153152 
     
    198197   dustsolub   =  0.02     ! Solubility of the dust 
    199198   wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed  
    200    icefeinput  =  10E-9    ! Iron concentration in sea ice 
     199   icefeinput  =  15E-9    ! Iron concentration in sea ice 
    201200   nitrfix     =  1E-7     ! Nitrogen fixation rate 
    202201   diazolight  =  50.      ! Diazotrophs sensitivity to light (W/m2) 
  • branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist_pisces

    r3447 r3475  
    100100   mprat      =  0.01     ! phytoplankton mortality rate 
    101101   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate 
    102    mpratm     =  0.01     ! Phytoplankton minimum mortality rate 
    103102/ 
    104103!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     
    149148   ln_ligvar =  .true.   ! variable ligand concentration 
    150149   xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron 
    151    xlamdust  =  100.0     ! Scavenging rate of dust 
     150   xlamdust  =  150.0     ! Scavenging rate of dust 
    152151   ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration  
    153152 
     
    198197   dustsolub   =  0.02     ! Solubility of the dust 
    199198   wdust       =  2.0      ! Dust sinking speed  
    200    icefeinput  =  10E-9    ! Iron concentration in sea ice 
     199   icefeinput  =  15E-9    ! Iron concentration in sea ice 
    201200   nitrfix     =  1E-7     ! Nitrogen fixation rate 
    202201   diazolight  =  50.      ! Diazotrophs sensitivity to light (W/m2) 
  • branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/CONFIG/cfg.txt

    r3464 r3475  
    11GYRE OPA_SRC 
    2 GYRE_PISCES OPA_SRC TOP_SRC 
    32ORCA2_LIM3 OPA_SRC LIM_SRC_3 
    43AMM12 OPA_SRC 
    5 ORCA2_LIM_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
    64AMM12_PISCES OPA_SRC TOP_SRC 
    75ORCA2_LIM OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
     6GYRE_PISCES OPA_SRC TOP_SRC 
     7ORCA2_LIM_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
    88ORCA2_OFF_PISCES OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
  • branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zfechem.F90

    r3461 r3475  
    3434   LOGICAL          ::  ln_ligvar  = .FALSE.    !: boolean for variable ligand concentration following Tagliabue and voelker 
    3535   REAL(wp), PUBLIC ::  xlam1      = 0.005_wp   !: scavenging rate of Iron  
    36    REAL(wp), PUBLIC ::  xlamdust   = 100.0_wp   !: scavenging rate of Iron by dust  
     36   REAL(wp), PUBLIC ::  xlamdust   = 150.0_wp   !: scavenging rate of Iron by dust  
    3737   REAL(wp), PUBLIC ::  ligand     = 0.6E-9_wp  !: ligand concentration in the ocean  
    3838 
     
    236236               ! to later allocate scavenged iron to the different organic pools 
    237237               ! --------------------------------------------------------- 
     238               zdenom1 = xlam1 * trn(ji,jj,jk,jppoc) / zlam1b 
    238239#if  defined key_kriest 
    239                zdenom1 = xlam1 * trn(ji,jj,jk,jppoc) / zlam1b  
    240 #else 
    241                zdenom1 = xlam1 * trn(ji,jj,jk,jppoc) / zlam1b 
    242240               zdenom2 = xlam1 * trn(ji,jj,jk,jpgoc) / zlam1b 
    243241#endif 
     
    246244               !  due to increased lithogenic particles and let say it is unknown processes (precipitation, ...) 
    247245               !  ----------------------------------------------------------- 
     246               zlamfac = MAX( 0.e0, ( gphit(ji,jj) + 55.) / 30. ) 
     247               zlamfac = MIN( 1.  , zlamfac ) 
     248               zdep    = MIN( 1., 1000. / fsdept(ji,jj,jk) ) 
    248249               zlam1b  = xlam1 * MAX( 0.e0, ( trn(ji,jj,jk,jpfer) * 1.e9 - ztotlig(ji,jj,jk) ) ) 
    249                zcoag   = zfeequi * zlam1b * zstep 
     250               zcoag   = zfeequi * zlam1b * zstep + 1E-4 * ( 1. - zlamfac ) * zdep * zstep *zfecoll 
    250251 
    251252               !  Compute the coagulation of colloidal iron. This parameterization  
     
    253254               !  It requires certainly some more work as it is very poorly constrained. 
    254255               !  ---------------------------------------------------------------- 
    255                zlamfac = MAX( 0.e0, ( gphit(ji,jj) + 55.) / 30. ) 
    256                zlamfac = MIN( 1.  , zlamfac ) 
    257                zdep    = MIN( 1., 1000. / fsdept(ji,jj,jk) ) 
    258256               zlam1a  = ( 0.369  * 0.3 * trn(ji,jj,jk,jpdoc) + 102.4  * trn(ji,jj,jk,jppoc) ) * xdiss(ji,jj,jk)    & 
    259257                   &   + ( 114.   * 0.3 * trn(ji,jj,jk,jpdoc) + 5.09E3 * trn(ji,jj,jk,jppoc) ) 
     258               zaggdfea = zlam1a * zstep * zfecoll 
    260259#if defined key_kriest 
    261                zlam1a   = zlam1a + 1E-4 * ( 1. - zlamfac ) * zdep 
    262                zaggdfea = zlam1a * zstep * zfecoll 
    263260               zaggdfeb = 0. 
    264261               ! 
     
    267264#else 
    268265               zlam1b = 3.53E3 *   trn(ji,jj,jk,jpgoc) * xdiss(ji,jj,jk) + 1E-4 * ( 1. - zlamfac ) * zdep  
    269                zaggdfea = zlam1a * zstep * zfecoll 
    270266               zaggdfeb = zlam1b * zstep * zfecoll 
    271267               ! 
  • branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zmort.F90

    r3446 r3475  
    3232   REAL(wp), PUBLIC :: mprat  = 0.01_wp   !: 
    3333   REAL(wp), PUBLIC :: mprat2 = 0.01_wp   !: 
    34    REAL(wp), PUBLIC :: mpratm = 0.01_wp   !: 
    3534 
    3635 
     
    239238      !!---------------------------------------------------------------------- 
    240239 
    241       NAMELIST/nampismort/ wchl, wchld, wchldm, mprat, mprat2, mpratm 
     240      NAMELIST/nampismort/ wchl, wchld, wchldm, mprat, mprat2 
    242241 
    243242      REWIND( numnatp )                     ! read numnatp 
     
    250249         WRITE(numout,*) '    quadratic mortality of phytoplankton      wchl      =', wchl 
    251250         WRITE(numout,*) '    maximum quadratic mortality of diatoms    wchld     =', wchld 
    252          WRITE(numout,*) '    maximum quadratic mortality of diatoms    wchld     =', wchldm 
     251         WRITE(numout,*) '    maximum quadratic mortality of diatoms    wchldm    =', wchldm 
    253252         WRITE(numout,*) '    phytoplankton mortality rate              mprat     =', mprat 
    254253         WRITE(numout,*) '    Diatoms mortality rate                    mprat2    =', mprat2 
    255          WRITE(numout,*) '    Phytoplankton minimum mortality rate      mpratm    =', mpratm 
    256254      ENDIF 
    257255 
  • branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zopt.F90

    r3443 r3475  
    4242 
    4343   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) :: enano, ediat   !: PAR for phyto, nano and diat  
    44    REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) :: emoy                 !: averaged PAR in the mixed layer 
     44   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) :: emoy           !: averaged PAR in the mixed layer 
    4545 
    4646   INTEGER  ::   nksrp   ! levels below which the light cannot penetrate ( depth larger than 391 m) 
     
    160160         !                                                    ! surface value : separation in R-G-B + near surface 
    161161         IF( ln_varpar ) THEN 
    162             ze1(:,:,1) = par_varsw(:,:) * qsr(:,:)          
    163             ze2(:,:,1) = par_varsw(:,:) * qsr(:,:) 
    164             ze3(:,:,1) = par_varsw(:,:) * qsr(:,:) 
     162            ze0(:,:,1) = ( 1. - 3. * par_varsw(:,:) ) * qsr(:,:) 
     163            ze1(:,:,1) = par_varsw(:,:)               * qsr(:,:)          
     164            ze2(:,:,1) = par_varsw(:,:)               * qsr(:,:) 
     165            ze3(:,:,1) = par_varsw(:,:)               * qsr(:,:) 
    165166         ELSE 
    166             ze1(:,:,1) = xparsw         * qsr(:,:)          
    167             ze2(:,:,1) = xparsw         * qsr(:,:) 
    168             ze3(:,:,1) = xparsw         * qsr(:,:) 
     167            ze0(:,:,1) = ( 1. - 3. * xparsw )  * qsr(:,:) 
     168            ze1(:,:,1) = xparsw                * qsr(:,:)          
     169            ze2(:,:,1) = xparsw                * qsr(:,:) 
     170            ze3(:,:,1) = xparsw                * qsr(:,:) 
    169171         ENDIF 
    170172         etot3(:,:,1) =  qsr(:,:) * tmask(:,:,1) 
  • branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zprod.F90

    r3446 r3475  
    165165                      zdiattot    = ediat(ji,jj,jk) * zstrn(ji,jj) 
    166166                      ! 
    167                       zpislopead (ji,jj,jk) = pislope * ( 1.+ zadap  * EXP( -0.21 * znanotot ) )  & 
     167                      zpislopead (ji,jj,jk) = pislope * ( 1.+ zadap  * EXP( -znanotot ) )  & 
    168168                         &                   * trn(ji,jj,jk,jpnch) /( trn(ji,jj,jk,jpphy) * 12. + rtrn) 
    169169                      ! 
     
    202202                      zconctemp2  = trn(ji,jj,jk,jpdia) - zconctemp 
    203203                      ! 
    204                       zpislopead (ji,jj,jk) = pislope  * ( 1.+ zadap  * EXP( -0.21 * enano(ji,jj,jk) ) ) 
    205                       zpislopead2(ji,jj,jk) = (pislope * zconctemp2 + pislope2 * zconctemp) 
     204                      zpislopead (ji,jj,jk) = pislope  * ( 1.+ zadap  * EXP( enano(ji,jj,jk) ) ) 
     205                      zpislopead2(ji,jj,jk) = (pislope * zconctemp2 + pislope2 * zconctemp)  / ( trn(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn ) 
    206206 
    207207                      zpislopen =  zpislopead(ji,jj,jk) * trn(ji,jj,jk,jpnch)                & 
  • branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zrem.F90

    r3446 r3475  
    221221               ! POC disaggregation by turbulence and bacterial activity.  
    222222               ! -------------------------------------------------------- 
    223                zremip = xremip * zstep * tgfunc(ji,jj,jk) * ( 1.- 0.7 * nitrfac(ji,jj,jk) )  
     223               zremip = xremip * zstep * tgfunc(ji,jj,jk) * ( 1.- 0.55 * nitrfac(ji,jj,jk) )  
    224224 
    225225               ! POC disaggregation rate is reduced in anoxic zone as shown by 
  • branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsbc.F90

    r3451 r3475  
    146146                     &              * 1.E3 / po4r / ( 31. * zcoef + rtrn ) 
    147147                  rivdsi(ji,jj) =   sf_river(jr_dsi)%fnow(ji,jj,1)                                    & 
    148                      &              * 1.E3        / ( 28. * zcoef + rtrn ) 
     148                     &              * 1.E3        / ( 28.1 * zcoef + rtrn ) 
    149149               END DO 
    150150            END DO 
     
    325325         ALLOCATE( rivdic(jpi,jpj), rivalk(jpi,jpj), rivdin(jpi,jpj), rivdip(jpi,jpj), rivdsi(jpi,jpj) )  
    326326         ! 
    327          ALLOCATE( sf_river(jpriv), rivinput(jpriv), STAT=ierr1 )           !* allocate and fill sf_sst (forcing structure) with sn_sst 
     327         ALLOCATE( sf_river(jpriv), rivinput(jpriv), STAT=ierr1 )           !* allocate and fill sf_river (forcing structure) with sn_river_ 
    328328         rivinput(:) = 0.0 
    329329 
     
    355355         rivdininput = (rivinput(jr_din) + rivinput(jr_don) ) * 1E3 / rno3 / 14._wp 
    356356         rivdipinput = (rivinput(jr_dip) + rivinput(jr_dop) ) * 1E3 / po4r / 31._wp 
    357          rivdsiinput = rivinput(jr_dsi) * 1E3 / 28._wp 
     357         rivdsiinput = rivinput(jr_dsi) * 1E3 / 28.1_wp 
    358358         rivalkinput = rivinput(jr_dic) * 1E3 / 12._wp 
    359359         ! 
     
    494494         WRITE(numout,*) '    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~' 
    495495         WRITE(numout,*) '    N Supply   : ', rivdininput*rno3*1E3/1E12*14.,' TgN/yr' 
    496          WRITE(numout,*) '    Si Supply  : ', rivdsiinput*1E3/1E12*28.,' TgSi/yr' 
     496         WRITE(numout,*) '    Si Supply  : ', rivdsiinput*1E3/1E12*28.1,' TgSi/yr' 
    497497         WRITE(numout,*) '    P Supply   : ', rivdipinput*1E3*po4r/1E12*31.,' TgP/yr' 
    498498         WRITE(numout,*) '    Alk Supply : ', rivalkinput*1E3/1E12,' Teq/yr' 
  • branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsed.F90

    r3446 r3475  
    128128         ENDIF 
    129129         zsidep(:,:) = 8.8 * 0.075 * dust(:,:) * rfact2 / fse3t(:,:,1) / ( 28.1  * rmtss ) 
    130          zpdep (:,:) = 0.1 * 0.032 * dust(:,:) * rfact2 / fse3t(:,:,1) / ( 31.   * rmtss ) 
     130         zpdep (:,:) = 0.1 * 0.021 * dust(:,:) * rfact2 / fse3t(:,:,1) / ( 31.   * rmtss ) 
    131131         !                                              ! Iron solubilization of particles in the water column 
    132132         zwdust = 0.005 / ( wdust * 55.85 * 30.42 ) / ( 45. * rday )  
     
    190190 
    191191#if ! defined key_sed 
    192       ! Computation of the sediment denitrification proportio: The metamodel from midlleburg (2006) is being used 
     192      ! Computation of the sediment denitrification proportion: The metamodel from midlleburg (2006) is being used 
    193193      ! ------------------------------------------------------- 
    194194      DO jj = 1, jpj 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.