Changeset 3492


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2012-10-08T16:31:59+02:00 (8 years ago)
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cbricaud
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add modifications in SETTE

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branches/2012/dev_r3327_MERCATOR1_BDY/NEMOGCM/SETTE
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  • branches/2012/dev_r3327_MERCATOR1_BDY/NEMOGCM/SETTE/BATCH_TEMPLATE/batch-ifort_MERCATOR_CLUSTER

    r3294 r3492  
    44#PBS -e sette.$PBS_JOBID.err 
    55#PBS -o sette.$PBS_JOBID.out 
    6 #PBS -l nodes=2:ppn=8 
    7 #PBS -q multi 
     6#PBS -l nodes=NODES:ppn=NPROCSNODE 
     7#PBS -q QUEUE 
    88#PBS -l walltime=03:00:00 
    9 #PBS -l mem=24gb 
     9#PBS -l mem=MEMgb 
    1010 
    1111# 
     
    2222# Local settings for machine IBM Power6 (VARGAS at IDRIS France) 
    2323# 
    24 export MPIRUN="mpiexec -n $OCEANCORES" 
     24#cbr export MPIRUN="mpiexec -n $OCEANCORES" 
     25export MPIRUN="mpirun -np $OCEANCORES" 
    2526 
    2627# 
     
    5051# 
    5152cd ${EXE_DIR} 
    52  
     53 ln -sf /home/eremy/NEMO/dev_r3342_MERCATOR7_SST/ctl_MERCATOR7/sst_y2006m01.nc sst_y0001m01.nc 
    5354  echo Running on host `hostname` 
    5455  echo Time is `date` 
     
    6162  if [ MPI_FLAG == "yes" ]; then 
    6263     time ${MPIRUN} ./opa 
     64#cbr     mpirun -np $OCEANCORES ./opa 
    6365  else 
    6466     time ./opa 
  • branches/2012/dev_r3327_MERCATOR1_BDY/NEMOGCM/SETTE/input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg

    r2732 r3492  
    1 ORCA2_LIM_nemo_v3.3.tar 
     1ORCA2_LIM_nemo_v3.4.tar 
  • branches/2012/dev_r3327_MERCATOR1_BDY/NEMOGCM/SETTE/prepare_job.sh

    r3294 r3492  
    198198               # number of processes required is an integer multiple of 4 
    199199               # 
    200                NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{print $1 / 4}') 
     200               NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{print $1  $1 / 4}') 
    201201            else 
    202202               # 
     
    207207                  fi 
    208208            ;; 
     209                        ifort_MERCATOR_CLUSTER) 
     210                                echo NB_PROCS ${NB_PROC} 
     211                                echo NB_NODES ${NB_NODES} 
     212                                echo  NB_PROC ${NB_PROC}  
     213                                if [ ${NB_PROC} -eq 1 ] ; then 
     214                                   NB_NODES=1 
     215                                   QUEUE=monoproc 
     216                                   NB_PROC_NODE=${NB_PROC}  
     217                                else 
     218                                   if [ ${NB_PROC} -le 8 ] ; then  
     219                                      NB_NODES=1 
     220                                      QUEUE=mono 
     221                                      NB_PROC_NODE=${NB_PROC}  
     222                                   else 
     223                                      NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{print $1 - $1 % 8}'  | awk '{print $1 / 8 }') 
     224                                      QUEUE=multi 
     225                                      NB_PROC_NODE=8 
     226                                  fi     
     227                                fi     
     228                                echo NB_PROCS     ${NB_PROC} 
     229                                echo NB_NODES     ${NB_NODES} 
     230                                echo NB_PROC_NODE ${NB_PROC_NODE}  
     231            ;; 
    209232         *) 
    210233            NB_NODES=${NB_PROC} 
     
    215238# Pass settings into job file by using sed to edit predefined strings 
    216239# 
    217         cat ${SETTE_DIR}/job_batch_template | sed -e"s/NODES/${NB_NODES}/" -e"s/NPROCS/${NB_PROC}/" \ 
     240         ((mem=5*NB_PROC)) 
     241         echo NB_NODES NB_PROC QUEUE ${NB_NODES} ${NB_PROC} ${QUEUE} 
     242        cat ${SETTE_DIR}/job_batch_template | sed -e"s/NODES/${NB_NODES}/" -e"s/NPROCSNODE/${NB_PROC_NODE}/" \ 
     243             -e"s/NPROCS/${NB_PROC}/" \ 
     244             -e"s/QUEUE/${QUEUE}/" -e"s/MEM/${mem}/" \ 
    218245             -e"s:DEF_SETTE_DIR:${SETTE_DIR}:" -e"s:DEF_INPUT_DIR:${INPUT_DIR}:" \ 
    219246             -e"s:DEF_EXE_DIR:${EXE_DIR}:" \ 
  • branches/2012/dev_r3327_MERCATOR1_BDY/NEMOGCM/SETTE/sette.sh

    r3294 r3492  
    129129#- 
    130130# Compiler among those in NEMOGCM/ARCH 
    131 COMPILER=PW6_CALYPSO 
    132 export BATCH_COMMAND_PAR="bsub < " 
     131COMPILER=ifort_MERCATOR_CLUSTER 
     132export BATCH_COMMAND_PAR="qsub " 
    133133export BATCH_COMMAND_SEQ=$BATCH_COMMAND_PAR 
    134134 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.