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2012-11-16T12:47:14+01:00 (8 years ago)
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adani
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ticket #998. Step 5: Add in changes from the trunk between revisions 3521 and 3555.

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branches/2012/dev_INGV/NEMOGCM
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  • branches/2012/dev_INGV/NEMOGCM/CONFIG/cfg.txt

    r3576 r3577  
    55ORCA2_LIM_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
    66AMM12_PISCES OPA_SRC TOP_SRC 
     7ORCA2_OFF_PISCES OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
    78ORCA2_LIM OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    8 ORCA2_OFF_PISCES OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
  • branches/2012/dev_INGV/NEMOGCM/NEMO/LIM_SRC_2/limdmp_2.F90

    r2715 r3577  
    1111   !!   'key_lim2'                                    LIM 2.0 sea-ice model 
    1212   !!---------------------------------------------------------------------- 
    13    !!   lim_dmp_2      : ice model damping 
     13   !!   lim_dmp_2     : ice model damping 
    1414   !!---------------------------------------------------------------------- 
    15    USE ice_2           ! ice variables  
     15   USE ice_2          ! ice variables  
    1616   USE sbc_oce, ONLY : nn_fsbc ! for fldread 
    17    USE dom_oce         ! for mi0; mi1 etc ... 
    18    USE fldread         ! read input fields 
    19    USE in_out_manager  ! I/O manager 
    20    USE lib_mpp         ! MPP library 
     17   USE dom_oce        ! for mi0; mi1 etc ... 
     18   USE fldread        ! read input fields 
     19   USE in_out_manager ! I/O manager 
     20   USE lib_mpp        ! MPP library 
    2121 
    2222   IMPLICIT NONE 
     
    2525   PUBLIC   lim_dmp_2     ! called by sbc_ice_lim2 
    2626 
    27    REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE ::   resto_ice   ! restoring coeff. on ICE   [s-1] 
    28  
    29    INTEGER, PARAMETER :: jp_hicif = 1 , jp_frld = 2 
    30    TYPE(FLD), ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: sf_icedmp    ! structure of ice damping input 
     27   INTEGER  , PARAMETER :: jp_hicif = 1 , jp_frld = 2 
     28   REAL(wp) , ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:) ::   resto_ice   ! restoring coeff. on ICE   [s-1] 
     29   TYPE(FLD), ALLOCATABLE, DIMENSION(:)     ::   sf_icedmp   ! structure of ice damping input 
    3130    
    3231   !! * Substitution 
     
    4342      !!                   ***  ROUTINE lim_dmp_2  *** 
    4443      !! 
    45       !! ** purpose : ice model damping : restoring ice thickness and fraction leads 
     44      !! ** purpose :   restore ice thickness and lead fraction 
    4645      !! 
    47       !! ** method  : the key_tradmp must be used to compute resto(:,:,1) coef. 
     46      !! ** method  :   restore ice thickness and lead fraction using a restoring 
     47      !!              coefficient defined by the user in lim_dmp_init 
     48      !! 
     49      !! ** Action  : - update hicif and frld   
     50      !! 
    4851      !!--------------------------------------------------------------------- 
    4952      INTEGER, INTENT(in) ::   kt   ! ocean time-step 
     
    5356      !!--------------------------------------------------------------------- 
    5457      ! 
    55       IF (kt == nit000) THEN  
     58      IF( kt == nit000 ) THEN  
    5659         IF(lwp) WRITE(numout,*) 
    5760         IF(lwp) WRITE(numout,*) 'lim_dmp_2 : Ice thickness and ice concentration restoring' 
     
    7174            &         hicif(:,:) - rdt_ice * resto_ice(:,:,1) * ( hicif(:,:) - sf_icedmp(jp_hicif)%fnow(:,:,1) )  )  
    7275!CDIR COLLAPSE 
    73          hicif(:,:) = MAX( 0._wp, MIN( 1._wp,         &        ! 0<= frld<=1    values which blow the run up 
     76         frld (:,:) = MAX( 0._wp, MIN( 1._wp,         &        ! 0<= frld<=1    values which blow the run up 
    7477            &         frld (:,:) - rdt_ice * resto_ice(:,:,1) * ( frld (:,:) - sf_icedmp(jp_frld )%fnow(:,:,1) )  )  ) 
    7578         ! 
     
    8386      !!                   ***  ROUTINE lim_dmp_init  *** 
    8487      !! 
    85       !! ** Purpose :   Initialization for the ice thickness and concentration  
    86       !!                restoring 
    87       !!              restoring will be used. It is used to mimic ice open 
    88       !!              boundaries. 
     88      !! ** Purpose :   set the coefficient for the ice thickness and lead fraction restoring 
    8989      !! 
    90       !! ** Method  :  ????? 
     90      !! ** Method  :   restoring is used to mimic ice open boundaries. 
     91      !!              the restoring coef. (a 2D array) has to be defined by the user. 
     92      !!              here is given as an example a restoring along north and south boundaries 
    9193      !!       
    9294      !! ** Action  :   define resto_ice(:,:,1) 
  • branches/2012/dev_INGV/NEMOGCM/NEMO/LIM_SRC_3/limtrp.F90

    r3294 r3577  
    174174         ELSE 
    175175            DO jk = 1, initad 
    176                CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rzero, zsm, zs0ow (:,:), sxopw(:,:),   &             !--- ice open water area 
     176               CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rone , zsm, zs0ow (:,:), sxopw(:,:),   &             !--- ice open water area 
    177177                  &                                       sxxopw(:,:), syopw(:,:), syyopw(:,:), sxyopw(:,:)  ) 
    178                CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rone , zsm, zs0ow (:,:), sxopw(:,:),   & 
     178               CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rzero, zsm, zs0ow (:,:), sxopw(:,:),   & 
    179179                  &                                       sxxopw(:,:), syopw(:,:), syyopw(:,:), sxyopw(:,:)  ) 
    180180               DO jl = 1, jpl 
    181                   CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rzero, zsm, zs0ice(:,:,jl), sxice(:,:,jl),   &    !--- ice volume  --- 
     181                  CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rone , zsm, zs0ice(:,:,jl), sxice(:,:,jl),   &    !--- ice volume  --- 
    182182                     &                                       sxxice(:,:,jl), syice(:,:,jl), syyice(:,:,jl), sxyice(:,:,jl)  ) 
    183                   CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rone , zsm, zs0ice(:,:,jl), sxice(:,:,jl),   & 
     183                  CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rzero, zsm, zs0ice(:,:,jl), sxice(:,:,jl),   & 
    184184                     &                                       sxxice(:,:,jl), syice(:,:,jl), syyice(:,:,jl), sxyice(:,:,jl)  ) 
    185                   CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rzero, zsm, zs0sn (:,:,jl), sxsn (:,:,jl),   &    !--- snow volume  --- 
     185                  CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rone , zsm, zs0sn (:,:,jl), sxsn (:,:,jl),   &    !--- snow volume  --- 
    186186                     &                                       sxxsn (:,:,jl), sysn (:,:,jl), syysn (:,:,jl), sxysn (:,:,jl)  ) 
    187                   CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rone , zsm, zs0sn (:,:,jl), sxsn (:,:,jl),   & 
     187                  CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rzero, zsm, zs0sn (:,:,jl), sxsn (:,:,jl),   & 
    188188                     &                                       sxxsn (:,:,jl), sysn (:,:,jl), syysn (:,:,jl), sxysn (:,:,jl)  ) 
    189                   CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rzero, zsm, zs0sm (:,:,jl), sxsal(:,:,jl),   &    !--- ice salinity --- 
     189                  CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rone , zsm, zs0sm (:,:,jl), sxsal(:,:,jl),   &    !--- ice salinity --- 
    190190                     &                                       sxxsal(:,:,jl), sysal(:,:,jl), syysal(:,:,jl), sxysal(:,:,jl)  ) 
    191                   CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rone , zsm, zs0sm (:,:,jl), sxsal(:,:,jl),   & 
     191                  CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rzero, zsm, zs0sm (:,:,jl), sxsal(:,:,jl),   & 
    192192                     &                                       sxxsal(:,:,jl), sysal(:,:,jl), syysal(:,:,jl), sxysal(:,:,jl)  ) 
    193193 
    194                   CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rzero, zsm, zs0oi (:,:,jl), sxage(:,:,jl),   &   !--- ice age      --- 
     194                  CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rone , zsm, zs0oi (:,:,jl), sxage(:,:,jl),   &   !--- ice age      --- 
    195195                     &                                       sxxage(:,:,jl), syage(:,:,jl), syyage(:,:,jl), sxyage(:,:,jl)  ) 
    196                   CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rone , zsm, zs0oi (:,:,jl), sxage(:,:,jl),   & 
     196                  CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rzero, zsm, zs0oi (:,:,jl), sxage(:,:,jl),   & 
    197197                     &                                       sxxage(:,:,jl), syage(:,:,jl), syyage(:,:,jl), sxyage(:,:,jl)  ) 
    198                   CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rzero, zsm, zs0a  (:,:,jl), sxa  (:,:,jl),   &   !--- ice concentrations --- 
     198                  CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rone , zsm, zs0a  (:,:,jl), sxa  (:,:,jl),   &   !--- ice concentrations --- 
    199199                     &                                       sxxa  (:,:,jl), sya  (:,:,jl), syya  (:,:,jl), sxya  (:,:,jl)  ) 
    200                   CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rone , zsm, zs0a  (:,:,jl), sxa  (:,:,jl),   & 
     200                  CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rzero, zsm, zs0a  (:,:,jl), sxa  (:,:,jl),   & 
    201201                     &                                       sxxa  (:,:,jl), sya  (:,:,jl), syya  (:,:,jl), sxya  (:,:,jl)  ) 
    202                   CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rzero, zsm, zs0c0 (:,:,jl), sxc0 (:,:,jl),   &  !--- snow heat contents --- 
     202                  CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rone , zsm, zs0c0 (:,:,jl), sxc0 (:,:,jl),   &  !--- snow heat contents --- 
    203203                     &                                       sxxc0 (:,:,jl), syc0 (:,:,jl), syyc0 (:,:,jl), sxyc0 (:,:,jl)  ) 
    204                   CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rone , zsm, zs0c0 (:,:,jl), sxc0 (:,:,jl),   & 
     204                  CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rzero, zsm, zs0c0 (:,:,jl), sxc0 (:,:,jl),   & 
    205205                     &                                       sxxc0 (:,:,jl), syc0 (:,:,jl), syyc0 (:,:,jl), sxyc0 (:,:,jl)  ) 
    206206                  DO layer = 1, nlay_i                                                           !--- ice heat contents --- 
    207                      CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rzero, zsm, zs0e(:,:,layer,jl), sxe (:,:,layer,jl),   &  
     207                     CALL lim_adv_y( zusnit, v_ice, rone , zsm, zs0e(:,:,layer,jl), sxe (:,:,layer,jl),   &  
    208208                        &                                       sxxe(:,:,layer,jl), sye (:,:,layer,jl),   & 
    209209                        &                                       syye(:,:,layer,jl), sxye(:,:,layer,jl) ) 
    210                      CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rone , zsm, zs0e(:,:,layer,jl), sxe (:,:,layer,jl),   &  
     210                     CALL lim_adv_x( zusnit, u_ice, rzero, zsm, zs0e(:,:,layer,jl), sxe (:,:,layer,jl),   &  
    211211                        &                                       sxxe(:,:,layer,jl), sye (:,:,layer,jl),   & 
    212212                        &                                       syye(:,:,layer,jl), sxye(:,:,layer,jl) ) 
  • branches/2012/dev_INGV/NEMOGCM/SETTE/BATCH_TEMPLATE/batch-PW6_VARGAS

    r3575 r3577  
    6060  echo Directory is `pwd` 
    6161#  
    62 #  Run the executable  
     62#  Run the parallel MPI executable  
     63# 
     64  echo "Running time ${MPIRUN} ./opa" 
    6365# 
    6466  if [ MPI_FLAG == "yes" ]; then 
    65   echo "Running time ${MPIRUN} ./opa" 
    6667     time ${MPIRUN} ./opa 
    6768  else 
    68   echo "Running time ./opa" 
    6969     time ./opa 
    7070  fi 
  • branches/2012/dev_INGV/NEMOGCM/SETTE/input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg

    r3294 r3577  
    1 ORCA2_LIM_AGRIF_nemo_v3.3.tar 
     1ORCA2_LIM_nemo_v3.4.tar 
  • branches/2012/dev_INGV/NEMOGCM/SETTE/input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg

    r3575 r3577  
    1 ORCA2_LIM_PISCES_v3.4.tar 
     1ORCA2_LIM_nemo_v3.4.tar 
  • branches/2012/dev_INGV/NEMOGCM/SETTE/iodef_sette.xml

    r3294 r3577  
    209209 
    210210     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T">   
    211        <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="molC/L"     /> 
    212        <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="eq/L"       /> 
    213        <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="molO2/L"    /> 
    214        <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="molC/L"     /> 
    215        <field id="PO4"      description="Phosphate Concentration"                  unit="molC/L"     /> 
    216        <field id="POC"      description="Small organic carbon Concentration"       unit="molC/L"     /> 
    217        <field id="Si"       description="Silicate Concentration"                   unit="molSi/L"    /> 
    218        <field id="PHY"      description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="molC/L"     /> 
    219        <field id="ZOO"      description="Microzooplankton Concentration"           unit="molC/L"     /> 
    220        <field id="DOC"      description="Dissolved organic Concentration"          unit="molC/L"     /> 
    221        <field id="PHY2"     description="Diatoms Concentration"                    unit="molC/L"     /> 
    222        <field id="ZOO2"     description="Mesozooplankton Concentration"            unit="molC/L"     /> 
    223        <field id="BSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="molC/L"     /> 
    224        <field id="Fer"      description="Dissolved Iron Concentration"             unit="molFe/L"    /> 
    225        <field id="BFe"      description="Big iron particles Concentration"         unit="molFe/L"    /> 
    226        <field id="GOC"      description="Big organic carbon Concentration"         unit="molC/L"     /> 
    227        <field id="SFe"      description="Small iron particles Concentration"       unit="molFe/L"    /> 
    228        <field id="DFe"      description="Diatoms iron  Concentration"              unit="molFe/L"    /> 
    229        <field id="DSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="molC/L"     /> 
    230        <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="molC/L"     /> 
    231        <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="gChl/L"     /> 
    232        <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="gChl/L"     /> 
    233        <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="molC/L"     /> 
    234        <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="molC/L"     /> 
    235        <field id="DET"      description="Detritus"                                 unit="mmole-N/m3" /> 
    236        <field id="ZOO"      description="Zooplankton Concentration"                unit="mmole-N/m3" /> 
    237        <field id="PHY"      description="Phytoplankton Concentration"              unit="mmole-N/m3" /> 
    238        <field id="NO3"      description="Nitrate Concentration"                    unit="mmole-N/m3" /> 
    239        <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmole-N/m3" /> 
    240        <field id="DOM"      description="Dissolved Organic Matter"                 unit="mmole-N/m3" /> 
    241  
     211       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
     212       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3"    /> 
     213       <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" /> 
     214       <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     215       <field id="PO4"      description="Phosphate Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     216       <field id="POC"      description="Small organic carbon Concentration"       unit="mmol/m3" /> 
     217       <field id="Si"       description="Silicate Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     218       <field id="PHY"      description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
     219       <field id="ZOO"      description="Microzooplankton Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     220       <field id="DOC"      description="Dissolved organic Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
     221       <field id="PHY2"     description="Diatoms Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     222       <field id="ZOO2"     description="Mesozooplankton Concentration"            unit="mmol/m3" /> 
     223       <field id="DSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     224       <field id="Fer"      description="Dissolved Iron Concentration"             unit="mmol/m3" /> 
     225       <field id="BFe"      description="Big iron particles Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
     226       <field id="GOC"      description="Big organic carbon Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
     227       <field id="SFe"      description="Small iron particles Concentration"       unit="mmol/m3" /> 
     228       <field id="DFe"      description="Diatoms iron  Concentration"              unit="mmol/m3" /> 
     229       <field id="GSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mmol/m3" /> 
     230       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     231       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3" /> 
     232       <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3" /> 
     233       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     234       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    242235     </group> 
    243236 
     
    245238 
    246239     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
    247        <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"           axis_ref="deptht" /> 
    248        <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/L"       axis_ref="deptht" /> 
    249        <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/L"       axis_ref="deptht" /> 
    250        <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"        axis_ref="deptht" /> 
     240       <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     241       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     242       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     243       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
    251244       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    252245       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    253246       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    254247       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    255        <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="molSi/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    256        <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="molFe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    257        <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="molFe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     248       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="molSi/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     249       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="molFe/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     250       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="molFe/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     251       <field id="xfracal"     description="Calcifying fraction"                      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    258252       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    259253       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    260        <field id="GRAZ"        description="Grazing by zooplankton"                   unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    261        <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="molN/m2/s"       /> 
    262        <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="molC/m2/s"       /> 
    263        <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="molFe/m2/s"      /> 
    264        <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="molSi/m2/s"      /> 
    265        <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="molC/m2/s"       /> 
    266        <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="molC/m2/s"       /> 
    267        <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="molC/m2/s"       /> 
    268        <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="molC/m2/s/uatm"  /> 
    269        <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"            /> 
    270        <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"            /> 
    271        <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"               /> 
    272        <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="molFe/m2/s"      /> 
    273        <field id="FNO3PHY"     description="FNO3PHY"                                  unit="-"           axis_ref="deptht" />  
    274        <field id="FNH4PHY"     description="FNH4PHY"                                  unit="-"           axis_ref="deptht" />  
    275        <field id="FNH4NO3"     description="FNH4NO3"                                  unit="-"           axis_ref="deptht" />  
    276        <field id="TNO3PHY"     description="TNO3PHY"                                  unit="-"  />  
    277        <field id="TNH4PHY"     description="TNH4PHY"                                  unit="-"  />  
    278        <field id="TPHYDOM"     description="TPHYDOM"                                  unit="-"  />  
    279        <field id="TPHYNH4"     description="TPHYNH4"                                  unit="-"  />  
    280        <field id="TPHYZOO"     description="TPHYZOO"                                  unit="-"  />  
    281        <field id="TPHYDET"     description="TPHYDET"                                  unit="-"  />  
    282        <field id="TDETZOO"     description="TDETZOO"                                  unit="-"  />  
    283        <field id="TDETSED"     description="TDETSED"                                  unit="-"  />  
    284        <field id="TZOODET"     description="TZOODET"                                  unit="-"  />  
    285        <field id="TZOOBOD"     description="TZOOBOD"                                  unit="-"  />  
    286        <field id="TZOONH4"     description="TZOONH4"                                  unit="-"  />  
    287        <field id="TZOODOM"     description="TZOODOM"                                  unit="-"  />  
    288        <field id="TNH4NO3"     description="TNH4NO3"                                  unit="-"  />  
    289        <field id="TDOMNH4"     description="TDOMNH4"                                  unit="-"  />  
    290        <field id="TDETNH4"     description="TDETNH4"                                  unit="-"  />  
    291        <field id="TPHYTOT"     description="TPHYTOT"                                  unit="-"  />  
    292        <field id="TZOOTOT"     description="TZOOTOT"                                  unit="-"  />  
    293        <field id="TDETDOM"     description="TDETDOM"                                  unit="-"  />  
    294        <field id="SEDPOC"      description="SEDPOC"                                   unit="-"  />  
     254       <field id="GRAZ1"       description="Grazing by microzooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     255       <field id="GRAZ2"       description="Grazing by mesozooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     256       <field id="REMIN"       description="Oxic remineralization of OM"             unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     257       <field id="DENIT"       description="Anoxic remineralization of OM"           unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     258       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                         unit="molN/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     259       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     260       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     261       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"        unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     262       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"    unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     263       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     264       <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     265       <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"          unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     266       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     267       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     268       <field id="Fe2"        description="Iron II concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     269       <field id="Fe3"        description="Iron III concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     270       <field id="FeL1"        description="Complexed Iron concentration with L1"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     271       <field id="FeL2"        description="Complexed Iron concentration with L2"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     272       <field id="FeP"        description="Precipitated Iron III"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     273       <field id="TL1"        description="Total L1 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     274       <field id="TL2"        description="Total L2 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     275       <field id="pdust"        description="dust concentration"                      unit="g/L"    /> 
     276       <field id="Totlig"        description="Total ligand concentation"                unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     277       <field id="Biron"        description="Bioavailable iron"                       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     278       <field id="Sdenit"        description="Nitrate reduction in the sediments"     unit="molN/m2/s"      /> 
     279       <field id="Ironice"     description="Iron input/uptake due to sea ice"             unit="molFe/m2/s"      /> 
     280       <field id="HYDR"       description="Iron input from hydrothemal vents"          unit="molFe/m2/s"      /> 
     281       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol/m2/s"                     /> 
     282       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     /> 
     283       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
     284       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="mol/m2/s"                     /> 
     285       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol/m2/s"                     /> 
     286       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol/m2/s"                     /> 
     287       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
     288       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"                         /> 
     289       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"                         /> 
     290       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"                            /> 
     291       <field id="Irondep"     description="Iron deposition from dust"                 unit="mol/m2/s"                     /> 
     292       <field id="Ironsed"     description="Iron deposition from sediment"             unit="mol/m2/s"  axis_ref="deptht"  /> 
    295293     </group> 
    296294        
     
    549547  </context> 
    550548   
     549 
     550  <context id="1_nemo"> 
     551     
     552    <!-- $id$ --> 
     553 
     554    <!--  
     555============================================================================================================ 
     556=                                  definition of all existing variables                                    = 
     557=                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
     558============================================================================================================ 
     559    --> 
     560     
     561    <field_definition level="1" prec="4" operation="ave(X)" enabled=".TRUE."> <!-- time step automaticaly defined --> 
     562 
     563      <!-- T grid --> 
     564       
     565      <group id="grid_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
     566   <field id="toce"         description="temperature"                               unit="degC" axis_ref="deptht"   /> 
     567         <field id="soce"         description="salinity"                                  unit="psu"  axis_ref="deptht"   /> 
     568   <field id="sst"          description="sea surface temperature"                   unit="degC"                     /> 
     569   <field id="sst2"         description="square of sea surface temperature"         unit="degC2"                    /> 
     570   <field id="sstgrad"      description="module of sst gradient"                    unit="degC/m"                   /> 
     571   <field id="sstgrad2"     description="square of module of sst gradient"          unit="degC2/m2"                 /> 
     572   <field id="sss"          description="sea surface salinity"                      unit="psu"                      /> 
     573   <field id="sss2"         description="square of sea surface salinity"            unit="psu2"                     /> 
     574   <field id="ssh"          description="sea surface height"                        unit="m"                        /> 
     575   <field id="ssh2"         description="square of sea surface height"              unit="m2"                       /> 
     576   <field id="mldkz5"       description="mixing layer depth (Turbocline)"           unit="m"                        /> 
     577   <field id="mldr10_1"     description="Mixed Layer Depth 0.01 ref.10m"            unit="m"                        /> 
     578         <field id="rhop"         description="potential density (sigma0)"                unit="kg/m3" axis_ref="deptht"  /> 
     579   <!-- next variables available with key_diahth --> 
     580   <field id="mlddzt"       description="Thermocline Depth (max dT/dz)"             unit="m"                        /> 
     581   <field id="mldr10_3"     description="Mixed Layer Depth dr=0.03 (ref.10m)"       unit="m"                        /> 
     582   <field id="mldr0_1"      description="Mixed Layer Depth dr=0.01 (ref.surf)"      unit="m"                        /> 
     583   <field id="mldr0_3"      description="Mixed Layer Depth dr=0.03 (ref.surf)"      unit="m"                        /> 
     584   <field id="mld_dt02"     description="Mixed Layer Depth |dt|=0.2 (ref.10m)"      unit="m"                        /> 
     585   <field id="topthdep"     description="Top of the thermocline dt=-0.2 (ref.10m)"  unit="m"                        /> 
     586   <field id="pycndep"      description="Pycnocline depth dr~dt=-0.2 (ref.10m)"     unit="m"                        /> 
     587   <field id="BLT"          description="Barrier Layer Thickness"                   unit="m"                        /> 
     588   <field id="tinv"         description="Max of vertical invertion of temperature"  unit="degC"                     /> 
     589   <field id="depti"        description="Depth of max. vert. inv. of temperature"   unit="m"                        /> 
     590        <field id="20d"          description="Depth of 20C isotherm"                     unit="m"                        /> 
     591   <field id="28d"          description="Depth of 28C isotherm"                     unit="m"                        /> 
     592   <field id="hc300"        description="Heat content 300 m"                        unit="W"                        /> 
     593   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
     594   <field id="botpres"      description="Pressure at sea floor"                     unit="dbar"                     /> 
     595   <field id="cellthc"      description="Cell thickness"                            unit="m"     axis_ref="deptht"  /> 
     596     </group> 
     597 
     598      <!-- SBC --> 
     599       
     600      <group id="SBC" axis_ref="none" grid_ref="grid_T" > <!-- time step automaticaly defined based on nn_fsbc --> 
     601 
     602   <field id="empmr"        description="Net Upward Water Flux"                                        unit="kg/m2/s"  /> 
     603   <field id="empsmr"       description="concentration/dilution water flux"                            unit="kg/m2/s"  /> 
     604   <field id="snowpre"      description="Snow precipitation"                                           unit="kg/m2/s"  /> 
     605   <field id="runoffs"      description="River Runoffs"                                                unit="Kg/m2/s"  /> 
     606 
     607   <field id="qt"           description="Net Downward Heat Flux"                                       unit="W/m2"     /> 
     608   <field id="qns"          description="non solar Downward Heat Flux"                                 unit="W/m2"     /> 
     609   <field id="qsr"          description="Shortwave Radiation"                                          unit="W/m2"     /> 
     610   <field id="qsr3d"        description="Shortwave Radiation 3D distribution"        axis_ref="deptht" unit="W/m2"     /> 
     611   <field id="qrp"          description="Surface Heat Flux: Damping"                                   unit="W/m2"     /> 
     612   <field id="erp"          description="Surface Water Flux: Damping"                                  unit="Kg/m2/s"  /> 
     613   <field id="taum"         description="wind stress module"                                           unit="N/m2"     /> 
     614   <field id="wspd"         description="Wind speed module at 10 m"                                    unit="m/s"      /> 
     615 
     616        <!-- * variable relative to atmospheric pressure forcing : available with ln_apr_dyn --> 
     617        <field id="ssh_ib"       description="Inverse barometer sea surface height"                         unit="m"        /> 
     618    
     619   <!-- *_oce variables available with ln_blk_clio or ln_blk_core --> 
     620   <field id="qns_oce"      description="Non solar Downward Heat Flux over open ocean"                 unit="W/m2"     /> 
     621   <field id="qlw_oce"      description="Longwave Downward Heat Flux over open ocean"                  unit="W/m2"     /> 
     622   <field id="qsb_oce"      description="Sensible Downward Heat Flux over open ocean"                  unit="W/m2"     /> 
     623   <field id="qla_oce"      description="Latent Downward Heat Flux over open ocean"                    unit="W/m2"     /> 
     624   <field id="taum_oce"     description="wind stress module over open ocean"                           unit="N/m2"     /> 
     625 
     626   <field id="ice_cover"    description="Ice fraction"                                                 unit="1"        /> 
     627 
     628   <field id="ioceflxb"     description="Oceanic flux at the ice base"                                 unit="W/m2"     /> 
     629   <field id="qsr_ai_cea"   description="Air-Ice downward solar heat flux (cell average)"              unit="W/m2"     /> 
     630   <field id="qns_ai_cea"   description="Air-Ice downward non-solar heat flux (cell average)"          unit="W/m2"     /> 
     631   <field id="qla_ai_cea"   description="Air-Ice downward Latent heat flux (cell average)"             unit="W/m2"     /> 
     632    
     633   <field id="qsr_io_cea"   description="Ice-Oce downward solar heat flux (cell average)"              unit="W/m2"     /> 
     634   <field id="qns_io_cea"   description="Ice-Oce downward non-solar heat flux (cell average)"          unit="W/m2"     /> 
     635    
     636   <field id="snowthic_cea" description="Snow thickness (cell average)"                                unit="m"        /> 
     637   <field id="icethic_cea"  description="Ice thickness (cell average)"                                 unit="m"        /> 
     638   <field id="iceprod_cea"  description="Ice production (cell average)"                                unit="m/s"      /> 
     639    
     640   <field id="ice_pres"     description="Ice presence"                                                 unit="-"        /> 
     641   <field id="ist_cea"      description="Ice surface temperature (cell average)"                       unit="degC"     /> 
     642   <field id="ist_ipa"      description="Ice surface temperature (ice presence average)"               unit="degC"     />       
     643   <field id="uice_ipa"     description="Ice velocity along i-axis at I-point (ice presence average)"  unit="m/s"      />       
     644   <field id="vice_ipa"     description="Ice velocity along j-axis at I-point (ice presence average)"  unit="m/s"      />       
     645    
     646   <field id="utau_ice"     description="Wind stress along i-axis over the ice at i-point"             unit="N/m2"     /> 
     647   <field id="vtau_ice"     description="Wind stress along j-axis over the ice at i-point"             unit="N/m2"     /> 
     648    
     649   <field id="u_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along i-axis"                          unit="kg/s"     /> 
     650   <field id="v_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along j-axis"                          unit="kg/s"     /> 
     651 
     652   <!-- available key_coupled --> 
     653   <field id="snow_ao_cea"  description="Snow over ice-free ocean (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
     654   <field id="snow_ai_cea"  description="Snow over sea-ice (cell average)"                             unit="kg/m2/s"  /> 
     655   <field id="subl_ai_cea"  description="Sublimation over sea-ice (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
     656   <field id="icealb_cea"   description="Ice albedo (cell average)"                                    unit="1"        /> 
     657   <field id="calving"      description="Calving"                                                      unit="kg/m2/s"  /> 
     658   <!-- available if key_coupled + conservative method --> 
     659   <field id="rain"         description="Liquid precipitation"                                         unit="Kg/m2/s"  /> 
     660   <field id="evap_ao_cea"  description="Evaporation over ice-free ocean (cell average)"               unit="kg/m2/s"  /> 
     661   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
     662   <field id="isnwmlt_cea"   description="Snow over Ice melting (cell average)"                        unit="kg/m2/s"  /> 
     663   <field id="fsal_virt_cea" description="Virtual salt flux due to ice formation (cell average)"       unit="kg/m2/s"  /> 
     664   <field id="fsal_real_cea" description="Real salt flux due to ice formation (cell average)"          unit="kg/m2/s"  /> 
     665   <field id="hflx_rain_cea" description="heat flux due to rainfall"                                   unit="W/m2"     /> 
     666   <field id="hflx_evap_cea" description="heat flux due to evaporation"                                unit="W/m2"     /> 
     667   <field id="hflx_snow_cea" description="heat flux due to snow falling over ice-free ocean"           unit="W/m2"     /> 
     668   <field id="hflx_ice_cea"  description="heat flux due to ice thermodynamics"                         unit="W/m2"     /> 
     669   <field id="hflx_rnf_cea"  description="heat flux due to runoffs"                                    unit="W/m2"     /> 
     670   <field id="hflx_cal_cea"  description="heat flux due to calving"                                    unit="W/m2"     /> 
     671   <field id="bicemel_cea"  description="Rate of Melt at Sea Ice Base (cell average)"                  unit="kg/m2/s"  /> 
     672   <field id="licepro_cea"  description="Lateral Sea Ice Growth Rate (cell average)"                   unit="kg/m2/s"  /> 
     673   <field id="snowmel_cea"  description="Snow Melt Rate (cell average)"                                unit="kg/m2/s"  /> 
     674   <field id="sntoice_cea"  description="Snow-Ice Formation Rate (cell average)"                       unit="kg/m2/s"  /> 
     675   <field id="ticemel_cea"  description="Rate of Melt at Upper Surface of Sea Ice (cell average)"      unit="kg/m2/s"  /> 
     676 
     677      </group> 
     678 
     679      <!-- U grid --> 
     680       
     681      <group id="grid_U"  axis_ref="depthu" grid_ref="grid_U"> 
     682   <field id="utau"         description="Wind Stress along i-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
     683   <field id="uoce"         description="ocean current along i-axis"                  unit="m/s"                  /> 
     684   <field id="uocetr_eff"   description="Effective ocean transport along i-axis"      unit="m3/s"                  /> 
     685   <!-- uoce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
     686   <field id="uoce_eiv"     description="EIV ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
     687   <!-- uoce_eiv: available with key_trabbl --> 
     688   <field id="uoce_bbl"     description="BBL ocean current along i-axis"              unit="m/s"  axis_ref="none" /> 
     689   <field id="ahu_bbl"      description="BBL diffusive flux along i-axis"             unit="m3/s" axis_ref="none" /> 
     690   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
     691   <field id="u_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along i-axis"  unit="kg/s"                 /> 
     692   <field id="u_heattr"     description="ocean eulerian heat transport along i-axis"  unit="W"    axis_ref="none" /> 
     693   <field id="ueiv_heattr"  description="ocean bolus heat transport along i-axis"     unit="W"    axis_ref="none" /> 
     694   <field id="udiff_heattr" description="ocean diffusion heat transport along i-axis" unit="W"    axis_ref="none" /> 
     695     </group> 
     696       
     697      <!-- V grid --> 
     698       
     699      <group id="grid_V"  axis_ref="depthv" grid_ref="grid_V"> 
     700   <field id="vtau"         description="Wind Stress along j-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
     701   <field id="voce"         description="ocean current along j-axis"                  unit="m/s"                  /> 
     702   <field id="vocetr_eff"   description="Effective ocean transport along j-axis"      unit="m3/s"                  /> 
     703   <!-- voce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
     704   <field id="voce_eiv"     description="EIV ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
     705   <!-- voce_eiv: available with key_trabbl --> 
     706   <field id="voce_bbl"     description="BBL ocean current along j-axis"              unit="m/s" axis_ref="none"  /> 
     707   <field id="ahv_bbl"      description="BBL diffusive flux along j-axis"             unit="m3/s" axis_ref="none" /> 
     708   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
     709   <field id="v_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along j-axis"  unit="kg/s"                 /> 
     710   <field id="v_heattr"     description="ocean eulerian heat transport along j-axis"  unit="W"    axis_ref="none" /> 
     711   <field id="veiv_heattr"  description="ocean bolus heat transport along j-axis"     unit="W"    axis_ref="none" /> 
     712   <field id="vdiff_heattr" description="ocean diffusion heat transport along j-axis" unit="W"    axis_ref="none" /> 
     713      </group> 
     714       
     715      <!-- W grid --> 
     716       
     717      <group id="grid_W"  axis_ref="depthw" grid_ref="grid_W"> 
     718   <field id="woce"         description="ocean vertical velocity"                     unit="m/s"                  /> 
     719   <field id="wocetr_eff"   description="effective ocean vertical transport"          unit="m3/s"                 /> 
     720   <!-- woce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
     721   <field id="woce_eiv"     description="EIV ocean vertical velocity"                 unit="m/s"                  /> 
     722   <!-- woce_eiv: available with key_trabbl_adv --> 
     723   <field id="avt"          description="vertical eddy diffusivity"                   unit="m2/s"                 /> 
     724   <field id="avm"          description="vertical eddy viscosity"                     unit="m2/s"                 /> 
     725   <!-- avs: available with key_zdfddm --> 
     726   <field id="avs"          description="salt vertical eddy diffusivity"              unit="m2/s"                 /> 
     727   <!-- avt_evd and avm_evd: available with ln_zdfevd --> 
     728   <field id="avt_evd"      description="enhanced vertical diffusivity"               unit="m2/s"                 /> 
     729   <field id="avm_evd"      description="enhanced vertical viscosity"                 unit="m2/s"                 /> 
     730   <!-- aht2d and  aht2d_eiv: available with key_traldf_eiv and key_traldf_c2d --> 
     731   <field id="aht2d"        description="lateral eddy diffusivity"                    unit="m2/s" axis_ref="none" /> 
     732   <field id="aht2d_eiv"    description="EIV lateral eddy diffusivity"                unit="m2/s" axis_ref="none" /> 
     733   <!-- avt_tide: available with key_zdftmx --> 
     734   <field id="av_tide"      description="tidal vertical diffusivity"                  unit="m2/s"                 /> 
     735   <!-- variables available with key_diaar5 -->    
     736   <field id="w_masstr"     description="vertical mass trasport"                      unit="kg/s"                 /> 
     737   <field id="w_masstr2"    description="square of vertical mass trasport"            unit="kg2/s2"               /> 
     738      </group> 
     739           
     740      <!-- scalar --> 
     741       
     742      <!-- variables available with key_diaar5 --> 
     743      <group id="scalar" axis_ref="none" grid_ref="scalarpoint" zoom_ref="1point" > 
     744   <field id="voltot"     description="global mean volume"                         unit="m3"   /> 
     745   <field id="sshtot"     description="global mean ssh"                            unit="m"    /> 
     746   <field id="sshsteric"  description="global mean ssh steric"                     unit="m"    /> 
     747   <field id="sshthster"  description="global mean ssh thermosteric"               unit="m"    /> 
     748   <field id="masstot"    description="global mean mass"                           unit="kg"   /> 
     749   <field id="temptot"    description="global mean temperature"                    unit="degC" /> 
     750   <field id="saltot"     description="global mean salinity"                       unit="psu"  /> 
     751   <field id="fram_trans" description="Sea Ice Mass Transport Through Fram Strait" unit="kg/s" /> 
     752      </group> 
     753          
     754      <!-- ptrc on T grid --> 
     755 
     756     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T">   
     757       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
     758       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3"    /> 
     759       <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" /> 
     760       <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     761       <field id="PO4"      description="Phosphate Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     762       <field id="POC"      description="Small organic carbon Concentration"       unit="mmol/m3" /> 
     763       <field id="Si"       description="Silicate Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     764       <field id="PHY"      description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
     765       <field id="ZOO"      description="Microzooplankton Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     766       <field id="DOC"      description="Dissolved organic Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
     767       <field id="PHY2"     description="Diatoms Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     768       <field id="ZOO2"     description="Mesozooplankton Concentration"            unit="mmol/m3" /> 
     769       <field id="DSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     770       <field id="Fer"      description="Dissolved Iron Concentration"             unit="mmol/m3" /> 
     771       <field id="BFe"      description="Big iron particles Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
     772       <field id="GOC"      description="Big organic carbon Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
     773       <field id="SFe"      description="Small iron particles Concentration"       unit="mmol/m3" /> 
     774       <field id="DFe"      description="Diatoms iron  Concentration"              unit="mmol/m3" /> 
     775       <field id="GSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mmol/m3" /> 
     776       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     777       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3" /> 
     778       <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3" /> 
     779       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     780       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     781     </group> 
     782 
     783      <!-- diad on T grid : variables available with key_diatrc --> 
     784 
     785     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
     786       <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     787       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     788       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     789       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
     790       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     791       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     792       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     793       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     794       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="molSi/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     795       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="molFe/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     796       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="molFe/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     797       <field id="xfracal"     description="Calcifying fraction"                      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     798       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     799       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     800       <field id="GRAZ1"       description="Grazing by microzooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     801       <field id="GRAZ2"       description="Grazing by mesozooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     802       <field id="REMIN"       description="Oxic remineralization of OM"             unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     803       <field id="DENIT"       description="Anoxic remineralization of OM"           unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     804       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                         unit="molN/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     805       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     806       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     807       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"        unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     808       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"    unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     809       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     810       <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     811       <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"          unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     812       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     813       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     814       <field id="Fe2"        description="Iron II concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     815       <field id="Fe3"        description="Iron III concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     816       <field id="FeL1"        description="Complexed Iron concentration with L1"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     817       <field id="FeL2"        description="Complexed Iron concentration with L2"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     818       <field id="FeP"        description="Precipitated Iron III"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     819       <field id="TL1"        description="Total L1 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     820       <field id="TL2"        description="Total L2 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     821       <field id="pdust"        description="dust concentration"                      unit="g/L"    /> 
     822       <field id="Totlig"        description="Total ligand concentation"                unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     823       <field id="Biron"        description="Bioavailable iron"                       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     824       <field id="Sdenit"        description="Nitrate reduction in the sediments"     unit="molN/m2/s"      /> 
     825       <field id="Ironice"     description="Iron input/uptake due to sea ice"             unit="molFe/m2/s"      /> 
     826       <field id="HYDR"       description="Iron input from hydrothemal vents"          unit="molFe/m2/s"      /> 
     827       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol/m2/s"                     /> 
     828       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     /> 
     829       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
     830       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="mol/m2/s"                     /> 
     831       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol/m2/s"                     /> 
     832       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol/m2/s"                     /> 
     833       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
     834       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"                         /> 
     835       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"                         /> 
     836       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"                            /> 
     837       <field id="Irondep"     description="Iron deposition from dust"                 unit="mol/m2/s"                     /> 
     838       <field id="Ironsed"     description="Iron deposition from sediment"             unit="mol/m2/s"  axis_ref="deptht"  /> 
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     840        
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     842     
     843    <!--  
     844============================================================================================================ 
     845=                                           output files definition                                        = 
     846=                                            Define your own files                                         = 
     847=                                         put the variables you want...                                    = 
     848============================================================================================================ 
     849    --> 
     850     
     851    <file_definition > 
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     910============================================================================================================ 
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     932        <zoom id="2n147eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
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     970        <zoom id="2n155wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     971        <zoom id="5n155wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     972        <zoom id="8n155wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     973      <!--   140w   --> 
     974        <zoom id="8s140wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     975        <zoom id="5s140wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     976        <zoom id="2s140wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     977        <zoom id="0n140wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     978        <zoom id="2n140wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     979        <zoom id="5n140wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     980        <zoom id="8n140wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     981      <!--   125w   --> 
     982        <zoom id="8s125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     983        <zoom id="5s125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     984        <zoom id="2s125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     985        <zoom id="0n125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     986        <zoom id="2n125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     987        <zoom id="5n125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     988        <zoom id="8n125wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     989      <!--   110w   --> 
     990        <zoom id="8s110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     991        <zoom id="5s110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     992        <zoom id="2s110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     993        <zoom id="0n110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     994        <zoom id="2n110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     995        <zoom id="5n110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     996        <zoom id="8n110wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     997      <!--   95w   --> 
     998        <zoom id="8s95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     999        <zoom id="5s95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1000        <zoom id="2s95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1001        <zoom id="0n95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1002        <zoom id="2n95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1003        <zoom id="5n95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1004        <zoom id="8n95wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1005    <!--   RAMA   --> 
     1006      <!--   55e   --> 
     1007        <zoom id="16s55eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1008        <zoom id="12s55eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1009        <zoom id="8s55eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1010        <zoom id="4s55eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1011        <zoom id="1.5s55eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1012        <zoom id="0n55eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1013        <zoom id="1.5n55eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1014        <zoom id="4n55eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1015      <!--   65e   --> 
     1016        <zoom id="15n65eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1017      <!--   67e   --> 
     1018        <zoom id="16s67eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1019        <zoom id="12s67eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1020        <zoom id="8s67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1021        <zoom id="4s67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1022        <zoom id="1.5s67eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1023        <zoom id="0n67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1024        <zoom id="1.5n67eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1025        <zoom id="4n67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1026        <zoom id="8n67eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1027      <!--   80.5e   --> 
     1028        <zoom id="16s80.5eT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1029        <zoom id="12s80.5eT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1030        <zoom id="8s80.5eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1031        <zoom id="4s80.5eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1032        <zoom id="1.5s80.5eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1033        <zoom id="0n80.5eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1034        <zoom id="1.5n80.5eT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1035        <zoom id="4n80.5eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1036      <!--   90e   --> 
     1037        <zoom id="1.5s90eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1038        <zoom id="0n90eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1039        <zoom id="1.5n90eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1040        <zoom id="4n90eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1041        <zoom id="8n90eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1042        <zoom id="12n90eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1043        <zoom id="15n90eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1044      <!--   95e   --> 
     1045        <zoom id="16s95eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1046        <zoom id="12s95eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1047        <zoom id="8s95eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1048        <zoom id="5s95eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1049    <!--   PIRATA   --> 
     1050      <!--   38w-30w   --> 
     1051        <zoom id="19s34wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1052        <zoom id="14s32wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1053        <zoom id="8s30wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1054        <zoom id="0n35wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1055        <zoom id="4n38wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1056        <zoom id="8n38wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1057        <zoom id="12n38wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1058        <zoom id="15n38wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1059        <zoom id="20n38wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1060      <!--   23w   --> 
     1061        <zoom id="0n23wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1062        <zoom id="4n23wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1063        <zoom id="12n23wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1064        <zoom id="21n23wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1065      <!--   10w   --> 
     1066        <zoom id="10s10wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1067        <zoom id="6s10wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1068        <zoom id="0n10wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1069      <!--   0e   --> 
     1070        <zoom id="0n0eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1071      </grid> 
     1072 
     1073      <grid id="grid_U" description="grid U" > 
     1074    <!--   Eq section   --> 
     1075        <zoom id="EqU" ibegin="1" jbegin="0000" ni="0000" nj="1" /> 
     1076      </grid> 
     1077 
     1078      <grid id="grid_V" description="grid V" > 
     1079      </grid> 
     1080 
     1081      <grid id="grid_W" description="grid W" > 
     1082    <!--   Eq section   --> 
     1083        <zoom id="EqW" ibegin="1" jbegin="0000" ni="0000" nj="1" /> 
     1084      </grid> 
     1085 
     1086      <grid id="scalarpoint" description="scalar" > 
     1087        <zoom id="1point" ibegin="1" jbegin="1" ni="1" nj="1" /> 
     1088      </grid> 
     1089 
     1090 
     1091    </grid_definition>     
     1092     
     1093</context> 
     1094 
    5511095</simulation> 
  • branches/2012/dev_INGV/NEMOGCM/SETTE/sette.sh

    r3575 r3577  
    1111# 
    1212############################################################# 
    13 set -vx 
     13#set -x 
    1414set -o posix 
    1515#set -u 
     
    8484# 
    8585# 
    86 #  prepare_job.sh 
    87 # 
    88 #  to generate the script run_job.sh 
    89 # 
    9086#  fcm_job.sh  
    9187# 
     
    125121# ========== 
    126122# 
    127 # $Id: $ 
     123# $Id:$ 
    128124# 
    129125#   * creation 
     
    159155    export TEST_NAME="LONG" 
    160156    cd ${SETTE_DIR} 
    161     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRELOB_LONG -r GYRE_LOBSTER -j 8   
    162     cd ${SETTE_DIR} 
    163     . param.cfg 
    164     . all_functions.sh 
    165     . prepare_exe_dir.sh 
    166     JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    167     NPROC=1 
     157    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRELOB_LONG -r GYRE_LOBSTER add_key "key_mpp_mpi" 
     158    cd ${SETTE_DIR} 
     159    . param.cfg 
     160    . all_functions.sh 
     161    . prepare_exe_dir.sh 
     162    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     163    NPROC=4 
    168164    \rm ${JOB_FILE} 
    169165    cd ${EXE_DIR} 
     
    175171    set_namelist namelist nn_solv 2 
    176172    set_namelist namelist_top ln_diatrc .false. 
    177     cd ${SETTE_DIR} 
    178     . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} no ${JOB_FILE} 
    179     cd ${SETTE_DIR} 
    180     . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} no 
     173    set_namelist namelist jpni 2 
     174    set_namelist namelist jpnj 2 
     175    set_namelist namelist jpnij 4 
     176    cd ${SETTE_DIR} 
     177    . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
    181178 
    182179    cd ${SETTE_DIR} 
     
    192189    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    193190    set_namelist namelist nn_solv 2 
    194     ln -s -f ..\/LONG\/GYRELOB_LONG_00000060_restart.nc 
    195     ln -s -f ..\/LONG\/GYRELOB_LONG_00000060_restart_trc.nc 
     191    set_namelist namelist jpni 2 
     192    set_namelist namelist jpnj 2 
     193    set_namelist namelist jpnij 4 
    196194    set_namelist namelist cn_ocerst_in \"GYRELOB_LONG_00000060_restart\" 
     195    set_namelist namelist_top cn_trcrst_in \"GYRELOB_LONG_00000060_restart_trc\" 
    197196    set_namelist namelist_top ln_diatrc .false. 
    198197    set_namelist namelist_top ln_rsttr .true. 
    199198    set_namelist namelist_top nn_rsttr 2 
    200     set_namelist namelist_top cn_trcrst_in \"GYRELOB_LONG_00000060_restart_trc\" 
    201     cd ${SETTE_DIR} 
    202     . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} no ${JOB_FILE} 
    203     cd ${SETTE_DIR} 
    204     . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} no 
     199    for (( i=1; i<=$NPROC; i++)) ; do 
     200        L_NPROC=$(( $i - 1 )) 
     201        L_NPROC=`printf "%04d\n" ${L_NPROC}` 
     202        ln -sf ../LONG/GYRELOB_LONG_00000060_restart_${L_NPROC}.nc . 
     203        ln -sf ../LONG/GYRELOB_LONG_00000060_restart_trc_${L_NPROC}.nc . 
     204    done 
     205    cd ${SETTE_DIR} 
     206    . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     207    cd ${SETTE_DIR} 
     208    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    205209fi 
    206210 
    207211if [ ${config} -eq 2 ] ;  then 
    208     ## Reproducibility tests for GYRE_LOBSTER 
     212    ## Repropducibility tests for GYRE_LOBSTER 
    209213    export TEST_NAME="REPRO_1_4" 
    210214    cd ${SETTE_DIR} 
    211     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRELOB_4 -r GYRE_LOBSTER -j 8 add_key "key_mpp_rep key_mpp_mpi" 
     215    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRELOB_4 -r GYRE_LOBSTER add_key "key_mpp_mpi key_mpp_rep" 
    212216    cd ${SETTE_DIR} 
    213217    . param.cfg 
     
    216220    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    217221    NPROC=4 
    218     \rm $JOB_FILE 
     222    \rm ${JOB_FILE} 
    219223    cd ${EXE_DIR} 
    220224    set_namelist namelist cn_exp \"GYRELOB_14\" 
     
    239243    export TEST_NAME="REPRO_2_2" 
    240244    . prepare_exe_dir.sh 
    241     JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    242     NPROC=4 
    243     \rm $JOB_FILE 
    244245    cd ${EXE_DIR} 
    245246    set_namelist namelist cn_exp \"GYRELOB_22\" 
     
    259260    cd ${SETTE_DIR} 
    260261    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
     262 
    261263fi 
    262264 
     
    266268    export TEST_NAME="LONG" 
    267269    cd ${SETTE_DIR} 
    268     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2LIMPIS_LONG -r ORCA2_LIM_PISCES -j 8 
    269     cd ${SETTE_DIR} 
    270     . param.cfg 
    271     . all_functions.sh 
    272     . prepare_exe_dir.sh 
    273     JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    274     NPROC=1 
    275     \rm $JOB_FILE 
     270    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2LIMPIS_LONG -r ORCA2_LIM_PISCES -j 8 add_key "key_mpp_mpi"  
     271    cd ${SETTE_DIR} 
     272    . param.cfg 
     273    . all_functions.sh 
     274    . prepare_exe_dir.sh 
     275    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     276    NPROC=4 
     277    \rm ${JOB_FILE} 
    276278    cd ${EXE_DIR} 
    277279    set_namelist namelist cn_exp \"O2LP_LONG\" 
     
    280282    set_namelist namelist nn_stock 75 
    281283    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
     284    set_namelist namelist jpni 2 
     285    set_namelist namelist jpnj 2 
     286    set_namelist namelist jpnij 4 
    282287    set_namelist namelist nn_solv 2 
    283288    set_namelist namelist_top ln_trcdta .false. 
     
    291296    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
    292297    cd ${SETTE_DIR} 
    293     . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} no ${JOB_FILE} 
    294     cd ${SETTE_DIR} 
    295     . ./fcm_job.sh $NPROC  ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} no 
    296 # 
     298    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     299     
     300    cd ${SETTE_DIR} 
    297301    export TEST_NAME="SHORT" 
    298     cd ${SETTE_DIR} 
    299302    . prepare_exe_dir.sh 
    300303    cd ${EXE_DIR} 
     
    306309    set_namelist namelist nn_rstctl 2 
    307310    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    308     set_namelist namelist nn_solv 2 
    309     ln -s -f ../LONG/O2LP_LONG_00000075_restart.nc 
    310     ln -s -f ../LONG/O2LP_LONG_00000075_restart_ice.nc 
    311     ln -s -f ../LONG/O2LP_LONG_00000075_restart_trc.nc 
     311    set_namelist namelist jpni 2 
     312    set_namelist namelist jpnj 2 
     313    set_namelist namelist jpnij 4 
     314    set_namelist namelist nn_solv 2 
    312315    set_namelist namelist cn_ocerst_in \"O2LP_LONG_00000075_restart\" 
    313316    set_namelist namelist_ice cn_icerst_in \"O2LP_LONG_00000075_restart_ice\" 
     317    set_namelist namelist_top cn_trcrst_in \"O2LP_LONG_00000075_restart_trc\" 
    314318    set_namelist namelist_top ln_diatrc .false. 
    315319    set_namelist namelist_top ln_rsttr .true. 
    316320    set_namelist namelist_top nn_rsttr 2 
    317     set_namelist namelist_top cn_trcrst_in \"O2LP_LONG_00000075_restart_trc\" 
    318321    # put ln_ironsed, ln_river, ln_ndepo, ln_dust 
    319322    # if not you need input files, and for tests is not necessary 
     
    323326    set_namelist namelist_pisces ln_dust .false. 
    324327    set_namelist namelist_pisces ln_presatm .false. 
    325     cd ${SETTE_DIR} 
    326     . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} no ${JOB_FILE} 
    327     cd ${SETTE_DIR} 
    328     . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} no 
     328    for (( i=1; i<=$NPROC; i++)) ; do 
     329        L_NPROC=$(( $i - 1 )) 
     330        L_NPROC=`printf "%04d\n" ${L_NPROC}` 
     331        ln -sf ../LONG/O2LP_LONG_00000075_restart_${L_NPROC}.nc . 
     332        ln -sf ../LONG/O2LP_LONG_00000075_restart_trc_${L_NPROC}.nc . 
     333        ln -sf ../LONG/O2LP_LONG_00000075_restart_ice_${L_NPROC}.nc . 
     334    done 
     335    cd ${SETTE_DIR} 
     336    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     337    cd ${SETTE_DIR} 
     338    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    329339fi 
    330340 
    331341if [ ${config} -eq 4 ] ;  then 
    332     ## Reproducibility tests for ORCA2_LIM_PISCES 
     342    ## Repropducibility tests for ORCA2_LIM_PISCES 
    333343    export TEST_NAME="REPRO_4_4" 
    334344    cd ${SETTE_DIR} 
     
    345355    set_namelist namelist nn_itend 75 
    346356    set_namelist namelist nn_fwb 0 
     357    set_namelist namelist ln_ctl .false. 
    347358    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    348359    set_namelist namelist jpni 4 
     
    362373    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
    363374    cd ${SETTE_DIR} 
    364     . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG}  
     375    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    365376 
    366377    cd ${SETTE_DIR} 
    367378    export TEST_NAME="REPRO_2_8" 
    368379    . prepare_exe_dir.sh 
    369     JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    370     NPROC=16 
    371     \rm $JOB_FILE 
    372380    cd ${EXE_DIR} 
    373381    set_namelist namelist nn_it000 1 
    374382    set_namelist namelist nn_itend 75 
    375383    set_namelist namelist nn_fwb 0 
     384    set_namelist namelist ln_ctl .false. 
    376385    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    377386    set_namelist namelist jpni 2 
     
    399408    export TEST_NAME="LONG" 
    400409    cd ${SETTE_DIR} 
    401     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2OFFPIS_LONG -r ORCA2_OFF_PISCES -j 8  
    402     cd ${SETTE_DIR} 
    403     . param.cfg 
    404     . all_functions.sh 
    405     . prepare_exe_dir.sh 
    406     JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    407     NPROC=1 
     410    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2OFFPIS_LONG -r ORCA2_OFF_PISCES -j 8 add_key "key_mpp_mpi key_mpp_rep" 
     411    cd ${SETTE_DIR} 
     412    . param.cfg 
     413    . all_functions.sh 
     414    . prepare_exe_dir.sh 
     415    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     416    NPROC=4 
    408417    \rm $JOB_FILE 
    409418    cd ${EXE_DIR} 
     
    413422    set_namelist namelist nn_stock 20 
    414423    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
     424    set_namelist namelist jpni 2 
     425    set_namelist namelist jpnj 2 
     426    set_namelist namelist jpnij 4 
    415427    set_namelist namelist_top ln_trcdta .false. 
    416428    set_namelist namelist_top ln_diatrc .false. 
     
    428440    export TEST_NAME="SHORT" 
    429441    . prepare_exe_dir.sh 
     442    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     443    NPROC=4 
     444    \rm $JOB_FILE 
    430445    cd ${EXE_DIR} 
    431446    set_namelist namelist cn_exp \"OFFP_SHORT\" 
     
    434449    set_namelist namelist nn_stock 20 
    435450    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    436     ln -s ../LONG/OFFP_LONG_00000020_restart_trc.nc . 
     451    set_namelist namelist jpni 2 
     452    set_namelist namelist jpnj 2 
     453    set_namelist namelist jpnij 4 
     454    cp ../LONG/OFFP_LONG_00000020_restart*nc . 
    437455    set_namelist namelist_top ln_diatrc .false. 
    438456    set_namelist namelist_top ln_rsttr .true. 
    439457    set_namelist namelist_top nn_rsttr 2 
    440458    set_namelist namelist_top cn_trcrst_in \"OFFP_LONG_00000020_restart_trc\" 
     459    for (( i=1; i<=$NPROC; i++)) ; do 
     460        L_NPROC=$(( $i - 1 )) 
     461        L_NPROC=`printf "%04d\n" ${L_NPROC}` 
     462        ln -sf ../LONG/OFFP_LONG_00000020_restart_trc_${L_NPROC}.nc . 
     463    done 
    441464    # put ln_ironsed, ln_river, ln_ndepo, ln_dust 
    442465    # if not you need input files, and for tests is not necessary 
     
    453476 
    454477if [ ${config} -eq 6 ] ;  then 
    455     ## Reproducibility tests for ORCA2_OFF_PISCES 
     478    ## Repropducibility tests for ORCA2_OFF_PISCES 
    456479    export TEST_NAME="REPRO_4_4" 
    457480    cd ${SETTE_DIR} 
     
    467490    set_namelist namelist nn_it000 1 
    468491    set_namelist namelist nn_itend 40 
     492    set_namelist namelist ln_ctl .false. 
    469493    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    470494    set_namelist namelist jpni 4 
     
    483507    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
    484508    cd ${SETTE_DIR} 
    485     . ./fcm_job.sh $NPROC  ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
     509    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    486510 
    487511    cd ${SETTE_DIR} 
    488512    export TEST_NAME="REPRO_2_8" 
    489513    . prepare_exe_dir.sh 
    490     JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    491     NPROC=16 
    492     \rm $JOB_FILE 
    493514    cd ${EXE_DIR} 
    494515    set_namelist namelist nn_it000 1 
    495516    set_namelist namelist nn_itend 40 
     517    set_namelist namelist ln_ctl .false. 
    496518    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    497519    set_namelist namelist jpni 2 
     
    513535fi 
    514536 
    515 # TESTS FOR AMM12 CONFIGURATION 
    516537if [ ${config} -eq 7 ] ;  then 
    517     ## Reproducibility tests for AMM12 
    518     export TEST_NAME="REPRO_8_4" 
    519     cd ${SETTE_DIR} 
    520     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n AMM12_32 -r AMM12 -j 8 add_key "key_mpp_rep" 
     538    ## Restartability tests for AMM12 
     539    export TEST_NAME="LONG" 
     540    cd ${SETTE_DIR} 
     541    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n AMM12_LONG -r AMM12  
    521542    cd ${SETTE_DIR} 
    522543    . param.cfg 
     
    528549    cd ${EXE_DIR} 
    529550    set_namelist namelist nn_it000 1 
    530     set_namelist namelist nn_itend 576 
     551    set_namelist namelist nn_itend 12 
     552    set_namelist namelist nn_stock 6 
    531553    set_namelist namelist nn_fwb 0 
    532554    set_namelist namelist ln_ctl .false. 
     
    539561    cd ${SETTE_DIR} 
    540562    . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
    541     cd ${SETTE_DIR} 
    542     . ./fcm_job.sh $NPROC  ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    543  
    544     cd ${SETTE_DIR} 
    545     export TEST_NAME="REPRO_4_8" 
    546     . prepare_exe_dir.sh 
    547     JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    548     NPROC=32 
    549     \rm $JOB_FILE 
    550     cd ${EXE_DIR} 
    551     set_namelist namelist nn_it000 1 
    552     set_namelist namelist nn_itend 576 
    553     set_namelist namelist nn_fwb 0 
    554     set_namelist namelist ln_ctl .false. 
    555     set_namelist namelist nn_dyn2d 2 
    556     set_namelist namelist nn_tra_dta 0 
    557     set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    558     set_namelist namelist jpni 4 
    559     set_namelist namelist jpnj 8 
    560     set_namelist namelist jpnij 32 
    561     cd ${SETTE_DIR} 
    562     . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
    563     cd ${SETTE_DIR} 
    564     . ./fcm_job.sh $NPROC  ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    565 fi 
    566  
    567 if [ ${config} -eq 8 ] ;  then 
    568     ## Restartability tests for AMM12 
    569     export TEST_NAME="LONG" 
    570     cd ${SETTE_DIR} 
    571     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n AMM12_LONG -r AMM12 -j 8 add_key "key_mpp_rep" 
    572     cd ${SETTE_DIR} 
    573     . param.cfg 
    574     . all_functions.sh 
    575     . prepare_exe_dir.sh 
    576     JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    577     NPROC=32 
    578     \rm $JOB_FILE 
    579     cd ${EXE_DIR} 
    580     set_namelist namelist nn_it000 1 
    581     set_namelist namelist nn_itend 12 
    582     set_namelist namelist nn_stock 6 
    583     set_namelist namelist nn_fwb 0 
    584     set_namelist namelist ln_ctl .false. 
    585     set_namelist namelist ln_clobber .true. 
    586     set_namelist namelist nn_dyn2d 2 
    587     set_namelist namelist nn_tra_dta 0 
    588     set_namelist namelist jpni 8 
    589     set_namelist namelist jpnj 4 
    590     set_namelist namelist jpnij 32 
    591     cd ${SETTE_DIR} 
    592     . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
    593     cd ${SETTE_DIR} 
    594     . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    595563 
    596564    cd ${SETTE_DIR} 
     
    610578    set_namelist namelist ln_rstart .true. 
    611579    set_namelist namelist nn_rstctl 2 
    612     set_namelist namelist cn_ocerst_in \"../LONG/AMM12_00000006_restart\" 
     580    set_namelist namelist cn_ocerst_in \"AMM12_00000006_restart\" 
     581    for (( i=1; i<=$NPROC; i++)) ; do 
     582        L_NPROC=$(( $i - 1 )) 
     583        L_NPROC=`printf "%04d\n" ${L_NPROC}` 
     584        ln -sf ../LONG/AMM12_00000006_restart_${L_NPROC}.nc . 
     585    done 
    613586    cd ${SETTE_DIR} 
    614587    . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
    615588    cd ${SETTE_DIR} 
    616     . ./fcm_job.sh $NPROC  ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
     589    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
     590fi 
     591 
     592if [ ${config} -eq 8 ] ;  then 
     593    ## Reproducibility tests for AMM12 
     594    export TEST_NAME="REPO_8_4" 
     595    cd ${SETTE_DIR} 
     596    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n AMM12_32 -r AMM12 add_key "key_mpp_rep" 
     597    cd ${SETTE_DIR} 
     598    . param.cfg 
     599    . all_functions.sh 
     600    . prepare_exe_dir.sh 
     601    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     602    NPROC=32 
     603    \rm ${JOB_FILE} 
     604    cd ${EXE_DIR} 
     605    set_namelist namelist nn_it000 1 
     606    set_namelist namelist nn_itend 576 
     607    set_namelist namelist nn_fwb 0 
     608    set_namelist namelist ln_ctl .false. 
     609    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
     610    set_namelist namelist nn_dyn2d 2 
     611    set_namelist namelist nn_tra_dta 0 
     612    set_namelist namelist jpni 8 
     613    set_namelist namelist jpnj 4 
     614    set_namelist namelist jpnij 32 
     615    cd ${SETTE_DIR} 
     616    . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     617    cd ${SETTE_DIR} 
     618    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
     619 
     620    cd ${SETTE_DIR} 
     621    export TEST_NAME="REPO_4_8" 
     622    . prepare_exe_dir.sh 
     623    cd ${EXE_DIR} 
     624    set_namelist namelist nn_it000 1 
     625    set_namelist namelist nn_itend 576 
     626    set_namelist namelist nn_fwb 0 
     627    set_namelist namelist ln_ctl .false. 
     628    set_namelist namelist nn_dyn2d 2 
     629    set_namelist namelist nn_tra_dta 0 
     630    set_namelist namelist ln_clobber .true. 
     631    set_namelist namelist jpni 4 
     632    set_namelist namelist jpnj 8 
     633    set_namelist namelist jpnij 32 
     634    cd ${SETTE_DIR} 
     635    . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     636    cd ${SETTE_DIR} 
     637    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    617638fi 
    618639 
     
    629650    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    630651    NPROC=2 
    631     \rm $JOB_FILE 
     652    \rm ${JOB_FILE} 
    632653    cd ${EXE_DIR} 
    633654    set_namelist namelist nn_it000 1 
     
    645666    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
    646667    cd ${SETTE_DIR} 
    647     . ./fcm_job.sh $NPROC  ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
     668    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    648669fi 
    649670 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.