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2012-11-22T18:52:43+01:00 (8 years ago)
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acc
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Branch dev_NOC_2012_r3555. #1006. Step 13: Merge in trunk changes between revision 3452 and 3555. NOC merge complete subject to final SETTE testing.

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branches/2012/dev_NOC_2012_rev3555/NEMOGCM
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    r3632 r3635  
    55ORCA2_LIM_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
    66AMM12_PISCES OPA_SRC TOP_SRC 
     7ORCA2_OFF_PISCES OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
    78ORCA2_LIM OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    8 ORCA2_OFF_PISCES OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
    99ORCA2_SAS_LIM OPA_SRC SAS_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    1010ORCA2_SAS_LIM3 OPA_SRC SAS_SRC LIM_SRC_3 NST_SRC 
  • branches/2012/dev_NOC_2012_rev3555/NEMOGCM/NEMO/LIM_SRC_2/limdmp_2.F90

    r3625 r3635  
    1111   !!   'key_lim2'                                    LIM 2.0 sea-ice model 
    1212   !!---------------------------------------------------------------------- 
    13    !!   lim_dmp_2      : ice model damping 
     13   !!   lim_dmp_2     : ice model damping 
    1414   !!---------------------------------------------------------------------- 
    15    USE ice_2           ! ice variables  
     15   USE ice_2          ! ice variables  
    1616   USE sbc_oce, ONLY : nn_fsbc ! for fldread 
    17    USE dom_oce         ! for mi0; mi1 etc ... 
    18    USE fldread         ! read input fields 
    19    USE in_out_manager  ! I/O manager 
    20    USE lib_mpp         ! MPP library 
     17   USE dom_oce        ! for mi0; mi1 etc ... 
     18   USE fldread        ! read input fields 
     19   USE in_out_manager ! I/O manager 
     20   USE lib_mpp        ! MPP library 
    2121   USE lib_fortran     ! Fortran utilities (allows no signed zero when 'key_nosignedzero' defined)   
    2222 
     
    2626   PUBLIC   lim_dmp_2     ! called by sbc_ice_lim2 
    2727 
    28    REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE ::   resto_ice   ! restoring coeff. on ICE   [s-1] 
    29  
    30    INTEGER, PARAMETER :: jp_hicif = 1 , jp_frld = 2 
    31    TYPE(FLD), ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: sf_icedmp    ! structure of ice damping input 
     28   INTEGER  , PARAMETER :: jp_hicif = 1 , jp_frld = 2 
     29   REAL(wp) , ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:) ::   resto_ice   ! restoring coeff. on ICE   [s-1] 
     30   TYPE(FLD), ALLOCATABLE, DIMENSION(:)     ::   sf_icedmp   ! structure of ice damping input 
    3231    
    3332   !! * Substitution 
     
    4443      !!                   ***  ROUTINE lim_dmp_2  *** 
    4544      !! 
    46       !! ** purpose : ice model damping : restoring ice thickness and fraction leads 
     45      !! ** purpose :   restore ice thickness and lead fraction 
    4746      !! 
    48       !! ** method  : the key_tradmp must be used to compute resto(:,:,1) coef. 
     47      !! ** method  :   restore ice thickness and lead fraction using a restoring 
     48      !!              coefficient defined by the user in lim_dmp_init 
     49      !! 
     50      !! ** Action  : - update hicif and frld   
     51      !! 
    4952      !!--------------------------------------------------------------------- 
    5053      INTEGER, INTENT(in) ::   kt   ! ocean time-step 
     
    5457      !!--------------------------------------------------------------------- 
    5558      ! 
    56       IF (kt == nit000) THEN  
     59      IF( kt == nit000 ) THEN  
    5760         IF(lwp) WRITE(numout,*) 
    5861         IF(lwp) WRITE(numout,*) 'lim_dmp_2 : Ice thickness and ice concentration restoring' 
     
    7275            &         hicif(:,:) - rdt_ice * resto_ice(:,:,1) * ( hicif(:,:) - sf_icedmp(jp_hicif)%fnow(:,:,1) )  )  
    7376!CDIR COLLAPSE 
    74          hicif(:,:) = MAX( 0._wp, MIN( 1._wp,         &        ! 0<= frld<=1    values which blow the run up 
     77         frld (:,:) = MAX( 0._wp, MIN( 1._wp,         &        ! 0<= frld<=1    values which blow the run up 
    7578            &         frld (:,:) - rdt_ice * resto_ice(:,:,1) * ( frld (:,:) - sf_icedmp(jp_frld )%fnow(:,:,1) )  )  ) 
    7679         ! 
     
    8487      !!                   ***  ROUTINE lim_dmp_init  *** 
    8588      !! 
    86       !! ** Purpose :   Initialization for the ice thickness and concentration  
    87       !!                restoring 
    88       !!              restoring will be used. It is used to mimic ice open 
    89       !!              boundaries. 
     89      !! ** Purpose :   set the coefficient for the ice thickness and lead fraction restoring 
    9090      !! 
    91       !! ** Method  :  ????? 
     91      !! ** Method  :   restoring is used to mimic ice open boundaries. 
     92      !!              the restoring coef. (a 2D array) has to be defined by the user. 
     93      !!              here is given as an example a restoring along north and south boundaries 
    9294      !!       
    9395      !! ** Action  :   define resto_ice(:,:,1) 
  • branches/2012/dev_NOC_2012_rev3555/NEMOGCM/SETTE/input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg

    r3294 r3635  
    1 ORCA2_LIM_AGRIF_nemo_v3.3.tar 
     1ORCA2_LIM_nemo_v3.4.tar 
  • branches/2012/dev_NOC_2012_rev3555/NEMOGCM/SETTE/input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg

    r2732 r3635  
    1 ORCA2_LIM_nemo_v3.3.tar 
     1ORCA2_LIM_nemo_v3.4.tar 
  • branches/2012/dev_NOC_2012_rev3555/NEMOGCM/SETTE/iodef_sette.xml

    r3631 r3635  
    213213 
    214214     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T">   
    215        <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="molC/L"     /> 
    216        <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="eq/L"       /> 
    217        <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="molO2/L"    /> 
    218        <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="molC/L"     /> 
    219        <field id="PO4"      description="Phosphate Concentration"                  unit="molC/L"     /> 
    220        <field id="POC"      description="Small organic carbon Concentration"       unit="molC/L"     /> 
    221        <field id="Si"       description="Silicate Concentration"                   unit="molSi/L"    /> 
    222        <field id="PHY"      description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="molC/L"     /> 
    223        <field id="ZOO"      description="Microzooplankton Concentration"           unit="molC/L"     /> 
    224        <field id="DOC"      description="Dissolved organic Concentration"          unit="molC/L"     /> 
    225        <field id="PHY2"     description="Diatoms Concentration"                    unit="molC/L"     /> 
    226        <field id="ZOO2"     description="Mesozooplankton Concentration"            unit="molC/L"     /> 
    227        <field id="BSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="molC/L"     /> 
    228        <field id="Fer"      description="Dissolved Iron Concentration"             unit="molFe/L"    /> 
    229        <field id="BFe"      description="Big iron particles Concentration"         unit="molFe/L"    /> 
    230        <field id="GOC"      description="Big organic carbon Concentration"         unit="molC/L"     /> 
    231        <field id="SFe"      description="Small iron particles Concentration"       unit="molFe/L"    /> 
    232        <field id="DFe"      description="Diatoms iron  Concentration"              unit="molFe/L"    /> 
    233        <field id="DSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="molC/L"     /> 
    234        <field id="GSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="molC/L"     /> 
    235        <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="molC/L"     /> 
    236        <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="gChl/L"     /> 
    237        <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="gChl/L"     /> 
    238        <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="molC/L"     /> 
    239        <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="molC/L"     /> 
    240        <field id="DET"      description="Detritus"                                 unit="mmole-N/m3" /> 
    241        <field id="ZOO"      description="Zooplankton Concentration"                unit="mmole-N/m3" /> 
    242        <field id="PHY"      description="Phytoplankton Concentration"              unit="mmole-N/m3" /> 
    243        <field id="NO3"      description="Nitrate Concentration"                    unit="mmole-N/m3" /> 
    244        <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmole-N/m3" /> 
    245        <field id="DOM"      description="Dissolved Organic Matter"                 unit="mmole-N/m3" /> 
    246  
     215       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
     216       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3"    /> 
     217       <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" /> 
     218       <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     219       <field id="PO4"      description="Phosphate Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     220       <field id="POC"      description="Small organic carbon Concentration"       unit="mmol/m3" /> 
     221       <field id="Si"       description="Silicate Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     222       <field id="PHY"      description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
     223       <field id="ZOO"      description="Microzooplankton Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     224       <field id="DOC"      description="Dissolved organic Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
     225       <field id="PHY2"     description="Diatoms Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     226       <field id="ZOO2"     description="Mesozooplankton Concentration"            unit="mmol/m3" /> 
     227       <field id="DSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     228       <field id="Fer"      description="Dissolved Iron Concentration"             unit="mmol/m3" /> 
     229       <field id="BFe"      description="Big iron particles Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
     230       <field id="GOC"      description="Big organic carbon Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
     231       <field id="SFe"      description="Small iron particles Concentration"       unit="mmol/m3" /> 
     232       <field id="DFe"      description="Diatoms iron  Concentration"              unit="mmol/m3" /> 
     233       <field id="GSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mmol/m3" /> 
     234       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     235       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3" /> 
     236       <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3" /> 
     237       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     238       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    247239     </group> 
    248240 
     
    250242 
    251243     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
    252        <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"           axis_ref="deptht" /> 
    253        <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/L"       axis_ref="deptht" /> 
    254        <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/L"       axis_ref="deptht" /> 
    255        <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"        axis_ref="deptht" /> 
     244       <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     245       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     246       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     247       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
    256248       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    257249       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    258250       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    259251       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    260        <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="molSi/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    261        <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="molFe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
    262        <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="molFe/m3/s"  axis_ref="deptht" /> 
     252       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="molSi/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     253       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="molFe/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     254       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="molFe/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     255       <field id="xfracal"     description="Calcifying fraction"                      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    263256       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    264257       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    265        <field id="GRAZ"        description="Grazing by zooplankton"                   unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    266        <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="molN/m2/s"       /> 
    267        <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="molC/m2/s"       /> 
    268        <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="molFe/m2/s"      /> 
    269        <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="molSi/m2/s"      /> 
    270        <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="molC/m2/s"       /> 
    271        <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="molC/m2/s"       /> 
    272        <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="molC/m2/s"       /> 
    273        <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="molC/m2/s/uatm"  /> 
    274        <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"            /> 
    275        <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"            /> 
    276        <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"               /> 
    277        <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="molFe/m2/s"      /> 
    278        <field id="FNO3PHY"     description="FNO3PHY"                                  unit="-"           axis_ref="deptht" />  
    279        <field id="FNH4PHY"     description="FNH4PHY"                                  unit="-"           axis_ref="deptht" />  
    280        <field id="FNH4NO3"     description="FNH4NO3"                                  unit="-"           axis_ref="deptht" />  
    281        <field id="TNO3PHY"     description="TNO3PHY"                                  unit="-"  />  
    282        <field id="TNH4PHY"     description="TNH4PHY"                                  unit="-"  />  
    283        <field id="TPHYDOM"     description="TPHYDOM"                                  unit="-"  />  
    284        <field id="TPHYNH4"     description="TPHYNH4"                                  unit="-"  />  
    285        <field id="TPHYZOO"     description="TPHYZOO"                                  unit="-"  />  
    286        <field id="TPHYDET"     description="TPHYDET"                                  unit="-"  />  
    287        <field id="TDETZOO"     description="TDETZOO"                                  unit="-"  />  
    288        <field id="TDETSED"     description="TDETSED"                                  unit="-"  />  
    289        <field id="TZOODET"     description="TZOODET"                                  unit="-"  />  
    290        <field id="TZOOBOD"     description="TZOOBOD"                                  unit="-"  />  
    291        <field id="TZOONH4"     description="TZOONH4"                                  unit="-"  />  
    292        <field id="TZOODOM"     description="TZOODOM"                                  unit="-"  />  
    293        <field id="TNH4NO3"     description="TNH4NO3"                                  unit="-"  />  
    294        <field id="TDOMNH4"     description="TDOMNH4"                                  unit="-"  />  
    295        <field id="TDETNH4"     description="TDETNH4"                                  unit="-"  />  
    296        <field id="TPHYTOT"     description="TPHYTOT"                                  unit="-"  />  
    297        <field id="TZOOTOT"     description="TZOOTOT"                                  unit="-"  />  
    298        <field id="TDETDOM"     description="TDETDOM"                                  unit="-"  />  
    299        <field id="SEDPOC"      description="SEDPOC"                                   unit="-"  />  
     258       <field id="GRAZ1"       description="Grazing by microzooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     259       <field id="GRAZ2"       description="Grazing by mesozooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     260       <field id="REMIN"       description="Oxic remineralization of OM"             unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     261       <field id="DENIT"       description="Anoxic remineralization of OM"           unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     262       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                         unit="molN/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     263       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     264       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     265       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"        unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     266       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"    unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     267       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     268       <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     269       <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"          unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     270       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     271       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     272       <field id="Fe2"        description="Iron II concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     273       <field id="Fe3"        description="Iron III concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     274       <field id="FeL1"        description="Complexed Iron concentration with L1"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     275       <field id="FeL2"        description="Complexed Iron concentration with L2"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     276       <field id="FeP"        description="Precipitated Iron III"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     277       <field id="TL1"        description="Total L1 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     278       <field id="TL2"        description="Total L2 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     279       <field id="pdust"        description="dust concentration"                      unit="g/L"    /> 
     280       <field id="Totlig"        description="Total ligand concentation"                unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     281       <field id="Biron"        description="Bioavailable iron"                       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     282       <field id="Sdenit"        description="Nitrate reduction in the sediments"     unit="molN/m2/s"      /> 
     283       <field id="Ironice"     description="Iron input/uptake due to sea ice"             unit="molFe/m2/s"      /> 
     284       <field id="HYDR"       description="Iron input from hydrothemal vents"          unit="molFe/m2/s"      /> 
     285       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol/m2/s"                     /> 
     286       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     /> 
     287       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
     288       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="mol/m2/s"                     /> 
     289       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol/m2/s"                     /> 
     290       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol/m2/s"                     /> 
     291       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
     292       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"                         /> 
     293       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"                         /> 
     294       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"                            /> 
     295       <field id="Irondep"     description="Iron deposition from dust"                 unit="mol/m2/s"                     /> 
     296       <field id="Ironsed"     description="Iron deposition from sediment"             unit="mol/m2/s"  axis_ref="deptht"  /> 
    300297     </group> 
    301298        
     
    554551  </context> 
    555552   
     553 
     554  <context id="1_nemo"> 
     555     
     556    <!-- $id$ --> 
     557 
     558    <!--  
     559============================================================================================================ 
     560=                                  definition of all existing variables                                    = 
     561=                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
     562============================================================================================================ 
     563    --> 
     564     
     565    <field_definition level="1" prec="4" operation="ave(X)" enabled=".TRUE."> <!-- time step automaticaly defined --> 
     566 
     567      <!-- T grid --> 
     568       
     569      <group id="grid_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
     570   <field id="toce"         description="temperature"                               unit="degC" axis_ref="deptht"   /> 
     571         <field id="soce"         description="salinity"                                  unit="psu"  axis_ref="deptht"   /> 
     572   <field id="sst"          description="sea surface temperature"                   unit="degC"                     /> 
     573   <field id="sst2"         description="square of sea surface temperature"         unit="degC2"                    /> 
     574   <field id="sstgrad"      description="module of sst gradient"                    unit="degC/m"                   /> 
     575   <field id="sstgrad2"     description="square of module of sst gradient"          unit="degC2/m2"                 /> 
     576   <field id="sss"          description="sea surface salinity"                      unit="psu"                      /> 
     577   <field id="sss2"         description="square of sea surface salinity"            unit="psu2"                     /> 
     578   <field id="ssh"          description="sea surface height"                        unit="m"                        /> 
     579   <field id="ssh2"         description="square of sea surface height"              unit="m2"                       /> 
     580   <field id="mldkz5"       description="mixing layer depth (Turbocline)"           unit="m"                        /> 
     581   <field id="mldr10_1"     description="Mixed Layer Depth 0.01 ref.10m"            unit="m"                        /> 
     582         <field id="rhop"         description="potential density (sigma0)"                unit="kg/m3" axis_ref="deptht"  /> 
     583   <!-- next variables available with key_diahth --> 
     584   <field id="mlddzt"       description="Thermocline Depth (max dT/dz)"             unit="m"                        /> 
     585   <field id="mldr10_3"     description="Mixed Layer Depth dr=0.03 (ref.10m)"       unit="m"                        /> 
     586   <field id="mldr0_1"      description="Mixed Layer Depth dr=0.01 (ref.surf)"      unit="m"                        /> 
     587   <field id="mldr0_3"      description="Mixed Layer Depth dr=0.03 (ref.surf)"      unit="m"                        /> 
     588   <field id="mld_dt02"     description="Mixed Layer Depth |dt|=0.2 (ref.10m)"      unit="m"                        /> 
     589   <field id="topthdep"     description="Top of the thermocline dt=-0.2 (ref.10m)"  unit="m"                        /> 
     590   <field id="pycndep"      description="Pycnocline depth dr~dt=-0.2 (ref.10m)"     unit="m"                        /> 
     591   <field id="BLT"          description="Barrier Layer Thickness"                   unit="m"                        /> 
     592   <field id="tinv"         description="Max of vertical invertion of temperature"  unit="degC"                     /> 
     593   <field id="depti"        description="Depth of max. vert. inv. of temperature"   unit="m"                        /> 
     594        <field id="20d"          description="Depth of 20C isotherm"                     unit="m"                        /> 
     595   <field id="28d"          description="Depth of 28C isotherm"                     unit="m"                        /> 
     596   <field id="hc300"        description="Heat content 300 m"                        unit="W"                        /> 
     597   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
     598   <field id="botpres"      description="Pressure at sea floor"                     unit="dbar"                     /> 
     599   <field id="cellthc"      description="Cell thickness"                            unit="m"     axis_ref="deptht"  /> 
     600     </group> 
     601 
     602      <!-- SBC --> 
     603       
     604      <group id="SBC" axis_ref="none" grid_ref="grid_T" > <!-- time step automaticaly defined based on nn_fsbc --> 
     605 
     606   <field id="empmr"        description="Net Upward Water Flux"                                        unit="kg/m2/s"  /> 
     607        <field id="saltflx"      description="Downward salt flux"                                          unit="PSU/m2/s"  /> 
     608   <field id="snowpre"      description="Snow precipitation"                                           unit="kg/m2/s"  /> 
     609   <field id="runoffs"      description="River Runoffs"                                                unit="Kg/m2/s"  /> 
     610 
     611   <field id="qt"           description="Net Downward Heat Flux"                                       unit="W/m2"     /> 
     612   <field id="qns"          description="non solar Downward Heat Flux"                                 unit="W/m2"     /> 
     613   <field id="qsr"          description="Shortwave Radiation"                                          unit="W/m2"     /> 
     614   <field id="qsr3d"        description="Shortwave Radiation 3D distribution"        axis_ref="deptht" unit="W/m2"     /> 
     615   <field id="qrp"          description="Surface Heat Flux: Damping"                                   unit="W/m2"     /> 
     616   <field id="erp"          description="Surface Water Flux: Damping"                                  unit="Kg/m2/s"  /> 
     617   <field id="taum"         description="wind stress module"                                           unit="N/m2"     /> 
     618   <field id="wspd"         description="Wind speed module at 10 m"                                    unit="m/s"      /> 
     619 
     620        <!-- * variable relative to atmospheric pressure forcing : available with ln_apr_dyn --> 
     621        <field id="ssh_ib"       description="Inverse barometer sea surface height"                         unit="m"        /> 
     622    
     623   <!-- *_oce variables available with ln_blk_clio or ln_blk_core --> 
     624   <field id="qns_oce"      description="Non solar Downward Heat Flux over open ocean"                 unit="W/m2"     /> 
     625   <field id="qlw_oce"      description="Longwave Downward Heat Flux over open ocean"                  unit="W/m2"     /> 
     626   <field id="qsb_oce"      description="Sensible Downward Heat Flux over open ocean"                  unit="W/m2"     /> 
     627   <field id="qla_oce"      description="Latent Downward Heat Flux over open ocean"                    unit="W/m2"     /> 
     628        <field id="qhc_oce"      description="Downward Heat Content of E-P over open ocean"                 unit="W/m2"     /> 
     629   <field id="taum_oce"     description="wind stress module over open ocean"                           unit="N/m2"     /> 
     630 
     631   <field id="ice_cover"    description="Ice fraction"                                                 unit="1"        /> 
     632 
     633   <field id="ioceflxb"     description="Oceanic flux at the ice base"                                 unit="W/m2"     /> 
     634   <field id="qsr_ai_cea"   description="Air-Ice downward solar heat flux (cell average)"              unit="W/m2"     /> 
     635   <field id="qns_ai_cea"   description="Air-Ice downward non-solar heat flux (cell average)"          unit="W/m2"     /> 
     636   <field id="qla_ai_cea"   description="Air-Ice downward Latent heat flux (cell average)"             unit="W/m2"     /> 
     637    
     638   <field id="qsr_io_cea"   description="Ice-Oce downward solar heat flux (cell average)"              unit="W/m2"     /> 
     639   <field id="qns_io_cea"   description="Ice-Oce downward non-solar heat flux (cell average)"          unit="W/m2"     /> 
     640    
     641   <field id="snowthic_cea" description="Snow thickness (cell average)"                                unit="m"        /> 
     642   <field id="icethic_cea"  description="Ice thickness (cell average)"                                 unit="m"        /> 
     643   <field id="iceprod_cea"  description="Ice production (cell average)"                                unit="m/s"      /> 
     644    
     645   <field id="ice_pres"     description="Ice presence"                                                 unit="-"        /> 
     646   <field id="ist_cea"      description="Ice surface temperature (cell average)"                       unit="degC"     /> 
     647   <field id="ist_ipa"      description="Ice surface temperature (ice presence average)"               unit="degC"     />       
     648   <field id="uice_ipa"     description="Ice velocity along i-axis at I-point (ice presence average)"  unit="m/s"      />       
     649   <field id="vice_ipa"     description="Ice velocity along j-axis at I-point (ice presence average)"  unit="m/s"      />       
     650    
     651   <field id="utau_ice"     description="Wind stress along i-axis over the ice at i-point"             unit="N/m2"     /> 
     652   <field id="vtau_ice"     description="Wind stress along j-axis over the ice at i-point"             unit="N/m2"     /> 
     653    
     654   <field id="u_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along i-axis"                          unit="kg/s"     /> 
     655   <field id="v_imasstr"    description="Sea-ice mass transport along j-axis"                          unit="kg/s"     /> 
     656 
     657        <!-- available if not defined key_vvl --> 
     658        <field id="emp_x_sst"      description="Concentration/Dilution term on SST"                         unit="kgC/m2/s" /> 
     659        <field id="emp_x_sss"      description="Concentration/Dilution term on SSS"                       unit="kgPSU/m2/s" /> 
     660   <!-- available key_coupled --> 
     661   <field id="snow_ao_cea"  description="Snow over ice-free ocean (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
     662   <field id="snow_ai_cea"  description="Snow over sea-ice (cell average)"                             unit="kg/m2/s"  /> 
     663   <field id="subl_ai_cea"  description="Sublimation over sea-ice (cell average)"                      unit="kg/m2/s"  /> 
     664   <field id="icealb_cea"   description="Ice albedo (cell average)"                                    unit="1"        /> 
     665   <field id="calving"      description="Calving"                                                      unit="kg/m2/s"  /> 
     666   <!-- available if key_coupled + conservative method --> 
     667   <field id="rain"         description="Liquid precipitation"                                         unit="Kg/m2/s"  /> 
     668   <field id="evap_ao_cea"  description="Evaporation over ice-free ocean (cell average)"               unit="kg/m2/s"  /> 
     669   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
     670   <field id="isnwmlt_cea"   description="Snow over Ice melting (cell average)"                        unit="kg/m2/s"  /> 
     671   <field id="fsal_virt_cea" description="Virtual salt flux due to ice formation (cell average)"       unit="kg/m2/s"  /> 
     672   <field id="fsal_real_cea" description="Real salt flux due to ice formation (cell average)"          unit="kg/m2/s"  /> 
     673   <field id="hflx_rain_cea" description="heat flux due to rainfall"                                   unit="W/m2"     /> 
     674   <field id="hflx_evap_cea" description="heat flux due to evaporation"                                unit="W/m2"     /> 
     675   <field id="hflx_snow_cea" description="heat flux due to snow falling over ice-free ocean"           unit="W/m2"     /> 
     676   <field id="hflx_ice_cea"  description="heat flux due to ice thermodynamics"                         unit="W/m2"     /> 
     677   <field id="hflx_rnf_cea"  description="heat flux due to runoffs"                                    unit="W/m2"     /> 
     678   <field id="hflx_cal_cea"  description="heat flux due to calving"                                    unit="W/m2"     /> 
     679   <field id="bicemel_cea"  description="Rate of Melt at Sea Ice Base (cell average)"                  unit="kg/m2/s"  /> 
     680   <field id="licepro_cea"  description="Lateral Sea Ice Growth Rate (cell average)"                   unit="kg/m2/s"  /> 
     681   <field id="snowmel_cea"  description="Snow Melt Rate (cell average)"                                unit="kg/m2/s"  /> 
     682   <field id="sntoice_cea"  description="Snow-Ice Formation Rate (cell average)"                       unit="kg/m2/s"  /> 
     683   <field id="ticemel_cea"  description="Rate of Melt at Upper Surface of Sea Ice (cell average)"      unit="kg/m2/s"  /> 
     684 
     685      </group> 
     686 
     687      <!-- U grid --> 
     688       
     689      <group id="grid_U"  axis_ref="depthu" grid_ref="grid_U"> 
     690   <field id="utau"         description="Wind Stress along i-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
     691   <field id="uoce"         description="ocean current along i-axis"                  unit="m/s"                  /> 
     692   <field id="uocetr_eff"   description="Effective ocean transport along i-axis"      unit="m3/s"                  /> 
     693   <!-- uoce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
     694   <field id="uoce_eiv"     description="EIV ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
     695   <!-- uoce_eiv: available with key_trabbl --> 
     696   <field id="uoce_bbl"     description="BBL ocean current along i-axis"              unit="m/s"  axis_ref="none" /> 
     697   <field id="ahu_bbl"      description="BBL diffusive flux along i-axis"             unit="m3/s" axis_ref="none" /> 
     698   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
     699   <field id="u_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along i-axis"  unit="kg/s"                 /> 
     700   <field id="u_heattr"     description="ocean eulerian heat transport along i-axis"  unit="W"    axis_ref="none" /> 
     701   <field id="ueiv_heattr"  description="ocean bolus heat transport along i-axis"     unit="W"    axis_ref="none" /> 
     702   <field id="udiff_heattr" description="ocean diffusion heat transport along i-axis" unit="W"    axis_ref="none" /> 
     703     </group> 
     704       
     705      <!-- V grid --> 
     706       
     707      <group id="grid_V"  axis_ref="depthv" grid_ref="grid_V"> 
     708   <field id="vtau"         description="Wind Stress along j-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
     709   <field id="voce"         description="ocean current along j-axis"                  unit="m/s"                  /> 
     710   <field id="vocetr_eff"   description="Effective ocean transport along j-axis"      unit="m3/s"                  /> 
     711   <!-- voce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
     712   <field id="voce_eiv"     description="EIV ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
     713   <!-- voce_eiv: available with key_trabbl --> 
     714   <field id="voce_bbl"     description="BBL ocean current along j-axis"              unit="m/s" axis_ref="none"  /> 
     715   <field id="ahv_bbl"      description="BBL diffusive flux along j-axis"             unit="m3/s" axis_ref="none" /> 
     716   <!-- variables available with key_diaar5 --> 
     717   <field id="v_masstr"     description="ocean eulerian mass transport along j-axis"  unit="kg/s"                 /> 
     718   <field id="v_heattr"     description="ocean eulerian heat transport along j-axis"  unit="W"    axis_ref="none" /> 
     719   <field id="veiv_heattr"  description="ocean bolus heat transport along j-axis"     unit="W"    axis_ref="none" /> 
     720   <field id="vdiff_heattr" description="ocean diffusion heat transport along j-axis" unit="W"    axis_ref="none" /> 
     721      </group> 
     722       
     723      <!-- W grid --> 
     724       
     725      <group id="grid_W"  axis_ref="depthw" grid_ref="grid_W"> 
     726   <field id="woce"         description="ocean vertical velocity"                     unit="m/s"                  /> 
     727   <field id="wocetr_eff"   description="effective ocean vertical transport"          unit="m3/s"                 /> 
     728   <!-- woce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
     729   <field id="woce_eiv"     description="EIV ocean vertical velocity"                 unit="m/s"                  /> 
     730   <!-- woce_eiv: available with key_trabbl_adv --> 
     731   <field id="avt"          description="vertical eddy diffusivity"                   unit="m2/s"                 /> 
     732   <field id="avm"          description="vertical eddy viscosity"                     unit="m2/s"                 /> 
     733   <!-- avs: available with key_zdfddm --> 
     734   <field id="avs"          description="salt vertical eddy diffusivity"              unit="m2/s"                 /> 
     735   <!-- avt_evd and avm_evd: available with ln_zdfevd --> 
     736   <field id="avt_evd"      description="enhanced vertical diffusivity"               unit="m2/s"                 /> 
     737   <field id="avm_evd"      description="enhanced vertical viscosity"                 unit="m2/s"                 /> 
     738   <!-- aht2d and  aht2d_eiv: available with key_traldf_eiv and key_traldf_c2d --> 
     739   <field id="aht2d"        description="lateral eddy diffusivity"                    unit="m2/s" axis_ref="none" /> 
     740   <field id="aht2d_eiv"    description="EIV lateral eddy diffusivity"                unit="m2/s" axis_ref="none" /> 
     741   <!-- avt_tide: available with key_zdftmx --> 
     742   <field id="av_tide"      description="tidal vertical diffusivity"                  unit="m2/s"                 /> 
     743   <!-- variables available with key_diaar5 -->    
     744   <field id="w_masstr"     description="vertical mass trasport"                      unit="kg/s"                 /> 
     745   <field id="w_masstr2"    description="square of vertical mass trasport"            unit="kg2/s2"               /> 
     746      </group> 
     747           
     748      <!-- scalar --> 
     749       
     750      <!-- variables available with key_diaar5 --> 
     751      <group id="scalar" axis_ref="none" grid_ref="scalarpoint" zoom_ref="1point" > 
     752   <field id="voltot"     description="global mean volume"                         unit="m3"   /> 
     753   <field id="sshtot"     description="global mean ssh"                            unit="m"    /> 
     754   <field id="sshsteric"  description="global mean ssh steric"                     unit="m"    /> 
     755   <field id="sshthster"  description="global mean ssh thermosteric"               unit="m"    /> 
     756   <field id="masstot"    description="global mean mass"                           unit="kg"   /> 
     757   <field id="temptot"    description="global mean temperature"                    unit="degC" /> 
     758   <field id="saltot"     description="global mean salinity"                       unit="psu"  /> 
     759   <field id="fram_trans" description="Sea Ice Mass Transport Through Fram Strait" unit="kg/s" /> 
     760      </group> 
     761          
     762      <!-- ptrc on T grid --> 
     763 
     764     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T">   
     765       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
     766       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3"    /> 
     767       <field id="O2"       description="Oxygen Concentration"                     unit="mmol/m3" /> 
     768       <field id="CaCO3"    description="Calcite Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     769       <field id="PO4"      description="Phosphate Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     770       <field id="POC"      description="Small organic carbon Concentration"       unit="mmol/m3" /> 
     771       <field id="Si"       description="Silicate Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     772       <field id="PHY"      description="Nanophytoplankton Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
     773       <field id="ZOO"      description="Microzooplankton Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     774       <field id="DOC"      description="Dissolved organic Concentration"          unit="mmol/m3" /> 
     775       <field id="PHY2"     description="Diatoms Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     776       <field id="ZOO2"     description="Mesozooplankton Concentration"            unit="mmol/m3" /> 
     777       <field id="DSi"      description="Diatoms Silicate Concentration"           unit="mmol/m3" /> 
     778       <field id="Fer"      description="Dissolved Iron Concentration"             unit="mmol/m3" /> 
     779       <field id="BFe"      description="Big iron particles Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
     780       <field id="GOC"      description="Big organic carbon Concentration"         unit="mmol/m3" /> 
     781       <field id="SFe"      description="Small iron particles Concentration"       unit="mmol/m3" /> 
     782       <field id="DFe"      description="Diatoms iron  Concentration"              unit="mmol/m3" /> 
     783       <field id="GSi"      description="Sinking biogenic Silicate Concentration"  unit="mmol/m3" /> 
     784       <field id="NFe"      description="Nano iron Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     785       <field id="NCHL"     description="Nano chlorophyl Concentration"            unit="mg/m3" /> 
     786       <field id="DCHL"     description="Diatoms chlorophyl Concentration"         unit="mg/m3" /> 
     787       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     788       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     789     </group> 
     790 
     791      <!-- diad on T grid : variables available with key_diatrc --> 
     792 
     793     <group id="diad_T" axis_ref="none" grid_ref="grid_T"> 
     794       <field id="PH"          description="PH"                                       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     795       <field id="CO3"         description="Bicarbonates"                             unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     796       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
     797       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
     798       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     799       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     800       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     801       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     802       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="molSi/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     803       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="molFe/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     804       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="molFe/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     805       <field id="xfracal"     description="Calcifying fraction"                      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     806       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     807       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     808       <field id="GRAZ1"       description="Grazing by microzooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     809       <field id="GRAZ2"       description="Grazing by mesozooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     810       <field id="REMIN"       description="Oxic remineralization of OM"             unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     811       <field id="DENIT"       description="Anoxic remineralization of OM"           unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     812       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                         unit="molN/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     813       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     814       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     815       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"        unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     816       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"    unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     817       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     818       <field id="LNFe"        description="Iron limitation term in Nanophyto"        unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     819       <field id="LDFe"        description="Iron limitation term in Diatoms"          unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     820       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     821       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     822       <field id="Fe2"        description="Iron II concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     823       <field id="Fe3"        description="Iron III concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     824       <field id="FeL1"        description="Complexed Iron concentration with L1"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     825       <field id="FeL2"        description="Complexed Iron concentration with L2"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     826       <field id="FeP"        description="Precipitated Iron III"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     827       <field id="TL1"        description="Total L1 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     828       <field id="TL2"        description="Total L2 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     829       <field id="pdust"        description="dust concentration"                      unit="g/L"    /> 
     830       <field id="Totlig"        description="Total ligand concentation"                unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     831       <field id="Biron"        description="Bioavailable iron"                       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
     832       <field id="Sdenit"        description="Nitrate reduction in the sediments"     unit="molN/m2/s"      /> 
     833       <field id="Ironice"     description="Iron input/uptake due to sea ice"             unit="molFe/m2/s"      /> 
     834       <field id="HYDR"       description="Iron input from hydrothemal vents"          unit="molFe/m2/s"      /> 
     835       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol/m2/s"                     /> 
     836       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     /> 
     837       <field id="EPSI100"     description="Export of Silicate at 100 m"              unit="mol/m2/s"                     /> 
     838       <field id="EPCAL100"    description="Export of Calcite at 100 m"               unit="mol/m2/s"                     /> 
     839       <field id="Cflx"        description="DIC flux"                                 unit="mol/m2/s"                     /> 
     840       <field id="Oflx"        description="Oxygen flux"                              unit="mol/m2/s"                     /> 
     841       <field id="Kg"          description="Gas transfer"                             unit="mol/m2/s/uatm"                /> 
     842       <field id="Dpco2"       description="Delta CO2"                                unit="uatm"                         /> 
     843       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"                         /> 
     844       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"                            /> 
     845       <field id="Irondep"     description="Iron deposition from dust"                 unit="mol/m2/s"                     /> 
     846       <field id="Ironsed"     description="Iron deposition from sediment"             unit="mol/m2/s"  axis_ref="deptht"  /> 
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     848        
     849    </field_definition> 
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     852============================================================================================================ 
     853=                                           output files definition                                        = 
     854=                                            Define your own files                                         = 
     855=                                         put the variables you want...                                    = 
     856============================================================================================================ 
     857    --> 
     858     
     859    <file_definition > 
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     1013    <!--   RAMA   --> 
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     1044      <!--   90e   --> 
     1045        <zoom id="1.5s90eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1046        <zoom id="0n90eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1047        <zoom id="1.5n90eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1048        <zoom id="4n90eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1049        <zoom id="8n90eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1050        <zoom id="12n90eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1051        <zoom id="15n90eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1052      <!--   95e   --> 
     1053        <zoom id="16s95eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1054        <zoom id="12s95eT"    ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1055        <zoom id="8s95eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1056        <zoom id="5s95eT"     ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1057    <!--   PIRATA   --> 
     1058      <!--   38w-30w   --> 
     1059        <zoom id="19s34wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1060        <zoom id="14s32wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1061        <zoom id="8s30wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1062        <zoom id="0n35wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1063        <zoom id="4n38wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1064        <zoom id="8n38wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1065        <zoom id="12n38wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1066        <zoom id="15n38wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1067        <zoom id="20n38wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1068      <!--   23w   --> 
     1069        <zoom id="0n23wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1070        <zoom id="4n23wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1071        <zoom id="12n23wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1072        <zoom id="21n23wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1073      <!--   10w   --> 
     1074        <zoom id="10s10wT" ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1075        <zoom id="6s10wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1076        <zoom id="0n10wT"  ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1077      <!--   0e   --> 
     1078        <zoom id="0n0eT"   ibegin="0000" jbegin="0000" ni="1" nj="1" /> 
     1079      </grid> 
     1080 
     1081      <grid id="grid_U" description="grid U" > 
     1082    <!--   Eq section   --> 
     1083        <zoom id="EqU" ibegin="1" jbegin="0000" ni="0000" nj="1" /> 
     1084      </grid> 
     1085 
     1086      <grid id="grid_V" description="grid V" > 
     1087      </grid> 
     1088 
     1089      <grid id="grid_W" description="grid W" > 
     1090    <!--   Eq section   --> 
     1091        <zoom id="EqW" ibegin="1" jbegin="0000" ni="0000" nj="1" /> 
     1092      </grid> 
     1093 
     1094      <grid id="scalarpoint" description="scalar" > 
     1095        <zoom id="1point" ibegin="1" jbegin="1" ni="1" nj="1" /> 
     1096      </grid> 
     1097 
     1098 
     1099    </grid_definition>     
     1100     
     1101</context> 
     1102 
    5561103</simulation> 
  • branches/2012/dev_NOC_2012_rev3555/NEMOGCM/SETTE/sette_beginner.sh

    r3608 r3635  
    4141export BATCH_COMMAND_PAR="llsubmit" 
    4242export BATCH_COMMAND_SEQ=$BATCH_COMMAND_PAR 
    43 # export MPI_INTERACT="no" 
     43export INTERACT_FLAG="no" 
     44export MPIRUN_FLAG="yes" 
    4445 
    4546# Directory to run the tests 
     
    5859# small test to start 
    5960# compile GYRE configuration with gfortran_osx compiler run with 1 proc, by default in cpp_GYRE.fcm file :  
    60 export TEST_NAME="TEST02" 
     61export TEST_NAME="prova_beginner" 
    6162cd ${SETTE_DIR} 
    62 . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRE_SHORT -r GYRE 
     63. ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRE_SHORT -r GYRE -j 10 add_key "key_mpp_mpi" 
    6364cd ${SETTE_DIR} 
    6465. param.cfg  
     
    6768. prepare_exe_dir.sh 
    6869JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     70NPROC=4 
     71\rm $JOB_FILE 
    6972cd ${EXE_DIR} 
    7073# setting namelist parameters 
     
    7982 
    8083cd ${SETTE_DIR} 
    81 # . ./prepare_job.sh input_file_config_name NB_PROCS TEST_NAME MPI_FLAG JOB_FILE 
    82 . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg 1 SHORT no $JOB_FILE 
     84. ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
    8385# run job, with 1 processor, test named SHORT (= 60 time steps) 
    84 #. ./fcm_job.sh NB_PROCS JOB_FILE INTERACT_FLAG MPI_FLAG 
    85     cd ${SETTE_DIR}    
    86 . ./fcm_job.sh 1 $JOB_FILE no no 
    87  
     86cd ${SETTE_DIR}    
     87. ./fcm_job.sh 4 ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.