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Changeset 3651 for branches/2012/dev_NOC_MERCATOR_2012/NEMOGCM/SETTE – NEMO

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2012-11-26T11:46:39+01:00 (12 years ago)
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cbricaud
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merge dev_MERCATOR_2012_rev3555 into dev_NOC_MERCATOR_2012 ; see ticket 1020

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branches/2012/dev_NOC_MERCATOR_2012/NEMOGCM/SETTE
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  • branches/2012/dev_NOC_MERCATOR_2012/NEMOGCM/SETTE/BATCH_TEMPLATE/batch-ifort_MERCATOR_CLUSTER

    r3608 r3651  
    44#PBS -e sette.$PBS_JOBID.err 
    55#PBS -o sette.$PBS_JOBID.out 
    6 #PBS -l nodes=2:ppn=8 
    7 #PBS -q multi 
     6#PBS -l nodes=NODES:ppn=NPROCSNODE 
     7#PBS -q QUEUE 
    88#PBS -l walltime=03:00:00 
    9 #PBS -l mem=24gb 
     9#PBS -l mem=MEMgb 
    1010 
    1111# 
    … …  
    2222# Local settings for machine IBM Power6 (VARGAS at IDRIS France) 
    2323# 
    24 export MPIRUN="mpiexec -n $OCEANCORES" 
     24#cbr export MPIRUN="mpiexec -n $OCEANCORES" 
     25export MPIRUN="mpirun -np $OCEANCORES" 
    2526 
    2627# 
    … …  
    5051# 
    5152cd ${EXE_DIR} 
    52  
    5353  echo Running on host `hostname` 
    5454  echo Time is `date` 
    … …  
    5757#  Run the parallel MPI executable  
    5858# 
     59  echo "Running time ${MPIRUN} ./opa" 
     60# 
    5961  if [ MPI_FLAG == "yes" ]; then 
    60   echo "Running time ${MPIRUN} ./opa" 
    61      time ${MPIRUN} ./opa 
     62#cbr     time ${MPIRUN} ./opa 
     63     mpirun -np $OCEANCORES ./opa 
     64#cbr     mpirun -np $OCEANCORES ./opa 
    6265  else 
    63   echo "Running time ./opa" 
    6466     time ./opa 
    6567  fi 

  • branches/2012/dev_NOC_MERCATOR_2012/NEMOGCM/SETTE/iodef_sette.xml

    r3635 r3651  
    140140   <field id="utau"         description="Wind Stress along i-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
    141141   <field id="uoce"         description="ocean current along i-axis"                  unit="m/s"                  /> 
    142    <field id="uocetr_eff"   description="Effective ocean transport along i-axis"      unit="m3/s"                  /> 
     142   <field id="uocetr_eff"     description="Effective ocean transport along i-axis"    unit="m3/s"                 /> 
    143143   <!-- uoce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    144144   <field id="uoce_eiv"     description="EIV ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
    … …  
    158158   <field id="vtau"         description="Wind Stress along j-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
    159159   <field id="voce"         description="ocean current along j-axis"                  unit="m/s"                  /> 
    160    <field id="vocetr_eff"   description="Effective ocean transport along j-axis"      unit="m3/s"                  /> 
     160   <field id="vocetr_eff"     description="Effective ocean tra,sport along j-axis"    unit="m3/s"                 /> 
    161161   <!-- voce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    162162   <field id="voce_eiv"     description="EIV ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
    … …  
    175175      <group id="grid_W"  axis_ref="depthw" grid_ref="grid_W"> 
    176176   <field id="woce"         description="ocean vertical velocity"                     unit="m/s"                  /> 
    177    <field id="wocetr_eff"   description="effective ocean vertical transport"          unit="m3/s"                 /> 
     177   <field id="wocetr_eff"     description="effective ocean vertical transport"          unit="m3/s"                 /> 
    178178   <!-- woce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    179179   <field id="woce_eiv"     description="EIV ocean vertical velocity"                 unit="m/s"                  /> 
    … …  
    209209   <field id="fram_trans" description="Sea Ice Mass Transport Through Fram Strait" unit="kg/s" /> 
    210210      </group> 
    211           
     211 
     212      <!-- variables available with key_float --> 
     213      <group id="floatvar" axis_ref="nfloat" grid_ref="scalarpoint" zoom_ref="1point"> 
     214        <field id="traj_lon"   description="floats longitude"   unit="deg"  operation="inst(X)" /> 
     215        <field id="traj_lat"   description="floats latitude"    unit="deg"   /> 
     216        <field id="traj_dep"   description="floats depth"       unit="m"     /> 
     217        <field id="traj_temp"  description="floats temperature" unit="degC"  /> 
     218        <field id="traj_salt"  description="floats salinity"    unit="psu"   /> 
     219        <field id="traj_dens"  description="floats density"     unit="kg/m3" /> 
     220        <field id="traj_group" description="floats group"       unit="none"  /> 
     221      </group> 
     222      
    212223      <!-- ptrc on T grid --> 
    213224 
    214      <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T">   
     225     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T"> 
    215226       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
    216227       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3"    /> 
    … …  
    237248       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    238249       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     250       <field id="DET"      description="Detritus"                                      unit="mmole-N/m3" /> 
     251       <field id="ZOO"      description="Zooplankton Concentration"                     unit="mmole-N/m3" /> 
     252       <field id="PHY"      description="Phytoplankton Concentration"                   unit="mmole-N/m3" /> 
     253       <field id="NO3"      description="Nitrate Concentration"                         unit="mmole-N/m3" /> 
     254       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                        unit="mmole-N/m3" /> 
     255       <field id="DOM"      description="Dissolved Organic Matter"                      unit="mmole-N/m3" /> 
    239256     </group> 
    240257 
    … …  
    246263       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
    247264       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
    248        <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    249        <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    250        <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    251        <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    252        <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="molSi/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    253        <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="molFe/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    254        <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="molFe/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    255        <field id="xfracal"     description="Calcifying fraction"                      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    256        <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    257        <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    258        <field id="GRAZ1"       description="Grazing by microzooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    259        <field id="GRAZ2"       description="Grazing by mesozooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    260        <field id="REMIN"       description="Oxic remineralization of OM"             unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    261        <field id="DENIT"       description="Anoxic remineralization of OM"           unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    262        <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                         unit="molN/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     265       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     266       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     267       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     268       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     269       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     270       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     271       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     272       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     273       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     274       <field id="GRAZ"        description="Grazing by zooplankton"                   unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    263275       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    264276       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    265277       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"        unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     278       <field id="MuNlight"    description="Light limited growth rate for nanophyto"  unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     279       <field id="MuDlight"    description="Light limited growth rate for diatomes"   unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    266280       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"    unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    267281       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    … …  
    270284       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    271285       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    272        <field id="Fe2"        description="Iron II concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    273        <field id="Fe3"        description="Iron III concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    274        <field id="FeL1"        description="Complexed Iron concentration with L1"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    275        <field id="FeL2"        description="Complexed Iron concentration with L2"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    276        <field id="FeP"        description="Precipitated Iron III"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    277        <field id="TL1"        description="Total L1 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    278        <field id="TL2"        description="Total L2 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    279        <field id="pdust"        description="dust concentration"                      unit="g/L"    /> 
    280        <field id="Totlig"        description="Total ligand concentation"                unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    281        <field id="Biron"        description="Bioavailable iron"                       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    282        <field id="Sdenit"        description="Nitrate reduction in the sediments"     unit="molN/m2/s"      /> 
    283        <field id="Ironice"     description="Iron input/uptake due to sea ice"             unit="molFe/m2/s"      /> 
    284        <field id="HYDR"       description="Iron input from hydrothemal vents"          unit="molFe/m2/s"      /> 
     286       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="mol/m2/s"                     /> 
    285287       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol/m2/s"                     /> 
    286288       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     /> 
    … …  
    293295       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"                         /> 
    294296       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"                            /> 
    295        <field id="Irondep"     description="Iron deposition from dust"                 unit="mol/m2/s"                     /> 
    296        <field id="Ironsed"     description="Iron deposition from sediment"             unit="mol/m2/s"  axis_ref="deptht"  /> 
     297       <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="mol/m2/s"                     /> 
     298       <field id="FNO3PHY"     description="FNO3PHY"                                  unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     299       <field id="FNH4PHY"     description="FNH4PHY"                                  unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     300       <field id="FNH4NO3"     description="FNH4NO3"                                  unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     301       <field id="TNO3PHY"     description="TNO3PHY"                                  unit="-"  /> 
     302       <field id="TNH4PHY"     description="TNH4PHY"                                  unit="-"  /> 
     303       <field id="TPHYDOM"     description="TPHYDOM"                                  unit="-"  /> 
     304       <field id="TPHYNH4"     description="TPHYNH4"                                  unit="-"  /> 
     305       <field id="TPHYZOO"     description="TPHYZOO"                                  unit="-"  /> 
     306       <field id="TPHYDET"     description="TPHYDET"                                  unit="-"  /> 
     307       <field id="TDETZOO"     description="TDETZOO"                                  unit="-"  /> 
     308       <field id="TDETSED"     description="TDETSED"                                  unit="-"  /> 
     309       <field id="TZOODET"     description="TZOODET"                                  unit="-"  /> 
     310       <field id="TZOOBOD"     description="TZOOBOD"                                  unit="-"  /> 
     311       <field id="TZOONH4"     description="TZOONH4"                                  unit="-"  /> 
     312       <field id="TZOODOM"     description="TZOODOM"                                  unit="-"  /> 
     313       <field id="TNH4NO3"     description="TNH4NO3"                                  unit="-"  /> 
     314       <field id="TDOMNH4"     description="TDOMNH4"                                  unit="-"  /> 
     315       <field id="TDETNH4"     description="TDETNH4"                                  unit="-"  /> 
     316       <field id="TPHYTOT"     description="TPHYTOT"                                  unit="-"  /> 
     317       <field id="TZOOTOT"     description="TZOOTOT"                                  unit="-"  /> 
     318       <field id="TDETDOM"     description="TDETDOM"                                  unit="-"  /> 
     319       <field id="SEDPOC"      description="SEDPOC"                                   unit="-"  /> 
    297320     </group> 
    298321        
    … …  
    374397      <axis id="depthv" description="Vertical V levels" unit="m" positive=".false." /> 
    375398      <axis id="depthw" description="Vertical W levels" unit="m" positive=".false." /> 
     399      <axis id="nfloat" description="Number of float"   unit="no unit" positive=".false." /> 
    376400      <axis id="none" description="axe non defini" unit="none" size="1" /> 
    377401    </axis_definition>  
    … …  
    551575  </context> 
    552576   
    553  
    554577  <context id="1_nemo"> 
    555578     
    … …  
    690713   <field id="utau"         description="Wind Stress along i-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
    691714   <field id="uoce"         description="ocean current along i-axis"                  unit="m/s"                  /> 
    692    <field id="uocetr_eff"   description="Effective ocean transport along i-axis"      unit="m3/s"                  /> 
     715   <field id="uocetr_eff"     description="Effective ocean transport along i-axis"    unit="m3/s"                 /> 
    693716   <!-- uoce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    694717   <field id="uoce_eiv"     description="EIV ocean current along i-axis"              unit="m/s"                  /> 
    … …  
    708731   <field id="vtau"         description="Wind Stress along j-axis"                    unit="N/m2" axis_ref="none" /> 
    709732   <field id="voce"         description="ocean current along j-axis"                  unit="m/s"                  /> 
    710    <field id="vocetr_eff"   description="Effective ocean transport along j-axis"      unit="m3/s"                  /> 
     733   <field id="vocetr_eff"     description="Effective ocean tra,sport along j-axis"    unit="m3/s"                 /> 
    711734   <!-- voce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    712735   <field id="voce_eiv"     description="EIV ocean current along j-axis"              unit="m/s"                  /> 
    … …  
    725748      <group id="grid_W"  axis_ref="depthw" grid_ref="grid_W"> 
    726749   <field id="woce"         description="ocean vertical velocity"                     unit="m/s"                  /> 
    727    <field id="wocetr_eff"   description="effective ocean vertical transport"          unit="m3/s"                 /> 
     750   <field id="wocetr_eff"     description="effective ocean vertical transport"          unit="m3/s"                 /> 
    728751   <!-- woce_eiv: available with key_traldf_eiv and key_diaeiv --> 
    729752   <field id="woce_eiv"     description="EIV ocean vertical velocity"                 unit="m/s"                  /> 
    … …  
    759782   <field id="fram_trans" description="Sea Ice Mass Transport Through Fram Strait" unit="kg/s" /> 
    760783      </group> 
    761           
     784 
     785      <!-- variables available with key_float --> 
     786      <group id="floatvar" axis_ref="nfloat" grid_ref="scalarpoint" zoom_ref="1point"> 
     787        <field id="traj_lon"   description="floats longitude"   unit="deg"  operation="inst(X)" /> 
     788        <field id="traj_lat"   description="floats latitude"    unit="deg"   /> 
     789        <field id="traj_dep"   description="floats depth"       unit="m"     /> 
     790        <field id="traj_temp"  description="floats temperature" unit="degC"  /> 
     791        <field id="traj_salt"  description="floats salinity"    unit="psu"   /> 
     792        <field id="traj_dens"  description="floats density"     unit="kg/m3" /> 
     793        <field id="traj_group" description="floats group"       unit="none"  /> 
     794      </group> 
     795      
    762796      <!-- ptrc on T grid --> 
    763797 
    764      <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T">   
     798     <group id="ptrc_T" axis_ref="deptht" grid_ref="grid_T"> 
    765799       <field id="DIC"      description="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
    766800       <field id="Alkalini" description="Total Alkalinity Concentration"           unit="mmol/m3"    /> 
    … …  
    787821       <field id="NO3"      description="Nitrates Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    788822       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
     823       <field id="DET"      description="Detritus"                                      unit="mmole-N/m3" /> 
     824       <field id="ZOO"      description="Zooplankton Concentration"                     unit="mmole-N/m3" /> 
     825       <field id="PHY"      description="Phytoplankton Concentration"                   unit="mmole-N/m3" /> 
     826       <field id="NO3"      description="Nitrate Concentration"                         unit="mmole-N/m3" /> 
     827       <field id="NH4"      description="Ammonium Concentration"                        unit="mmole-N/m3" /> 
     828       <field id="DOM"      description="Dissolved Organic Matter"                      unit="mmole-N/m3" /> 
    789829     </group> 
    790830 
    … …  
    796836       <field id="CO3sat"      description="CO3 saturation"                           unit="mol/m3"     axis_ref="deptht" /> 
    797837       <field id="PAR"         description="Photosynthetically Available Radiation"   unit="W/m2"       axis_ref="deptht" /> 
    798        <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    799        <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    800        <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    801        <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    802        <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="molSi/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    803        <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="molFe/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    804        <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="molFe/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    805        <field id="xfracal"     description="Calcifying fraction"                      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    806        <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    807        <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    808        <field id="GRAZ1"       description="Grazing by microzooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    809        <field id="GRAZ2"       description="Grazing by mesozooplankton"              unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    810        <field id="REMIN"       description="Oxic remineralization of OM"             unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    811        <field id="DENIT"       description="Anoxic remineralization of OM"           unit="molC/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    812        <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation"                         unit="molN/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     838       <field id="PPPHY"       description="Primary production of nanophyto"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     839       <field id="PPPHY2"      description="Primary production of diatoms"            unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     840       <field id="PPNEWN"      description="New Primary production of nanophyto"      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     841       <field id="PPNEWD"      description="New Primary production of diatoms"        unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     842       <field id="PBSi"        description="Primary production of Si diatoms"         unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     843       <field id="PFeN"        description="Primary production of nano iron"          unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     844       <field id="PFeD"        description="Primary production of diatoms iron"       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     845       <field id="PCAL"        description="Calcite production"                       unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     846       <field id="DCAL"        description="Calcite dissolution"                      unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
     847       <field id="GRAZ"        description="Grazing by zooplankton"                   unit="mol/m3/s"   axis_ref="deptht" /> 
    813848       <field id="Mumax"       description="Maximum growth rate"                      unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    814849       <field id="MuN"         description="Realized growth rate for nanophyto"       unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    815850       <field id="MuD"         description="Realized growth rate for diatomes"        unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     851       <field id="MuNlight"    description="Light limited growth rate for nanophyto"  unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
     852       <field id="MuDlight"    description="Light limited growth rate for diatomes"   unit="s-1"        axis_ref="deptht" /> 
    816853       <field id="LNnut"       description="Nutrient limitation term in Nanophyto"    unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    817854       <field id="LDnut"       description="Nutrient limitation term in Diatoms"      unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    … …  
    820857       <field id="LNlight"     description="Light limitation term in Nanophyto"       unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    821858       <field id="LDlight"     description="Light limitation term in Diatoms"         unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
    822        <field id="Fe2"        description="Iron II concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    823        <field id="Fe3"        description="Iron III concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    824        <field id="FeL1"        description="Complexed Iron concentration with L1"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    825        <field id="FeL2"        description="Complexed Iron concentration with L2"       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    826        <field id="FeP"        description="Precipitated Iron III"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    827        <field id="TL1"        description="Total L1 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    828        <field id="TL2"        description="Total L2 concentration"                      unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    829        <field id="pdust"        description="dust concentration"                      unit="g/L"    /> 
    830        <field id="Totlig"        description="Total ligand concentation"                unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    831        <field id="Biron"        description="Bioavailable iron"                       unit="nmol/L"   axis_ref="deptht" /> 
    832        <field id="Sdenit"        description="Nitrate reduction in the sediments"     unit="molN/m2/s"      /> 
    833        <field id="Ironice"     description="Iron input/uptake due to sea ice"             unit="molFe/m2/s"      /> 
    834        <field id="HYDR"       description="Iron input from hydrothemal vents"          unit="molFe/m2/s"      /> 
     859       <field id="Nfix"        description="Nitrogen fixation at surface"             unit="mol/m2/s"                     /> 
    835860       <field id="EPC100"      description="Export of carbon particles at 100 m"      unit="mol/m2/s"                     /> 
    836861       <field id="EPFE100"     description="Export of biogenic iron at 100 m"         unit="mol/m2/s"                     /> 
    … …  
    843868       <field id="Dpo2"        description="Delta O2"                                 unit="uatm"                         /> 
    844869       <field id="Heup"        description="Euphotic layer depth"                     unit="m"                            /> 
    845        <field id="Irondep"     description="Iron deposition from dust"                 unit="mol/m2/s"                     /> 
    846        <field id="Ironsed"     description="Iron deposition from sediment"             unit="mol/m2/s"  axis_ref="deptht"  /> 
     870       <field id="Irondep"     description="Iron deposition"                          unit="mol/m2/s"                     /> 
     871       <field id="FNO3PHY"     description="FNO3PHY"                                  unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     872       <field id="FNH4PHY"     description="FNH4PHY"                                  unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     873       <field id="FNH4NO3"     description="FNH4NO3"                                  unit="-"          axis_ref="deptht" /> 
     874       <field id="TNO3PHY"     description="TNO3PHY"                                  unit="-"  /> 
     875       <field id="TNH4PHY"     description="TNH4PHY"                                  unit="-"  /> 
     876       <field id="TPHYDOM"     description="TPHYDOM"                                  unit="-"  /> 
     877       <field id="TPHYNH4"     description="TPHYNH4"                                  unit="-"  /> 
     878       <field id="TPHYZOO"     description="TPHYZOO"                                  unit="-"  /> 
     879       <field id="TPHYDET"     description="TPHYDET"                                  unit="-"  /> 
     880       <field id="TDETZOO"     description="TDETZOO"                                  unit="-"  /> 
     881       <field id="TDETSED"     description="TDETSED"                                  unit="-"  /> 
     882       <field id="TZOODET"     description="TZOODET"                                  unit="-"  /> 
     883       <field id="TZOOBOD"     description="TZOOBOD"                                  unit="-"  /> 
     884       <field id="TZOONH4"     description="TZOONH4"                                  unit="-"  /> 
     885       <field id="TZOODOM"     description="TZOODOM"                                  unit="-"  /> 
     886       <field id="TNH4NO3"     description="TNH4NO3"                                  unit="-"  /> 
     887       <field id="TDOMNH4"     description="TDOMNH4"                                  unit="-"  /> 
     888       <field id="TDETNH4"     description="TDETNH4"                                  unit="-"  /> 
     889       <field id="TPHYTOT"     description="TPHYTOT"                                  unit="-"  /> 
     890       <field id="TZOOTOT"     description="TZOOTOT"                                  unit="-"  /> 
     891       <field id="TDETDOM"     description="TDETDOM"                                  unit="-"  /> 
     892       <field id="SEDPOC"      description="SEDPOC"                                   unit="-"  /> 
    847893     </group> 
    848894        
    … …  
    924970      <axis id="depthv" description="Vertical V levels" unit="m" positive=".false." /> 
    925971      <axis id="depthw" description="Vertical W levels" unit="m" positive=".false." /> 
     972      <axis id="nfloat" description="Number of float"   unit="no unit" positive=".false." /> 
    926973      <axis id="none" description="axe non defini" unit="none" size="1" /> 
    927974    </axis_definition>  
    … …  
    10981145 
    10991146    </grid_definition>     
    1100      
    1101 </context> 
    1102  
     1147  </context> 
     1148     
    11031149</simulation> 

  • branches/2012/dev_NOC_MERCATOR_2012/NEMOGCM/SETTE/param.cfg

    r3294 r3651  
    11#- forcing files storing  
    2 FORCING_DIR=~/FORCING 
     2FORCING_DIR=/data/rd_exchange/cbricaud/NEMO_3.4_dev2012/FORCING 
    33#- input files storing  
    44INPUT_DIR=${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/EXP00 

  • branches/2012/dev_NOC_MERCATOR_2012/NEMOGCM/SETTE/prepare_job.sh

    r3635 r3651  
    1111# prepare_job.sh   : creates the job script for running job  
    1212###################################################### 
    13 #set -vx 
     13#set -x 
    1414set -o posix 
    1515#set -u 
    1616#set -e 
    17 #+ 
     17# 
    1818# 
    1919# ================ 
    … …  
    3030# :: 
    3131# 
    32 #  $ ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG JOB_FILE 
     32#  $ ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_INTERACT MPI_FLAG 
    3333# 
    3434# 
    … …  
    3636# =========== 
    3737# 
    38 # Part of the SETTE package to run tests for NEMO 
     38# Simple job for SET TESTS for NEMO (SETTE) 
    3939#  
    40 # prepare the script $JOB_FILE to run the tests  
     40#   get input files (if needed) : tar file   
     41#  (note this job needs to have an input_CONFIG.cfg in which can be found input tar file name) 
     42# 
     43#   runs job in interactive or batch mode : all jobs using 1 process are run interactive, and all MPP jobs are 
     44# 
     45#   run in batch (MPI_INTERACT="no") or interactive (MPI_INTERACT="yes") see sette.sh and BATCH_TEMPLATE directory 
     46# 
     47#   and call post_test_tidyup function (that moves in NEMO_VALIDATION_DIR solver.stat, tracer.stat (for LOBSTER & PISCES) & ocean.output) 
    4148# 
    4249# EXAMPLES 
    … …  
    4552# :: 
    4653# 
    47 #  $ ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG $JOB_FILE 
    48 # 
    49 # prepare the $JOB_FILE for execution  
     54#  $ ./fcm_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_INTERACT MPI_FLAG 
     55# 
     56#  run a job of config GYRE with 1 processor SHORT test ( 5 days ) using an interactive run without mpirun 
     57#  $ ./fcm_job.sh input_GYRE.cfg 1 SHORT yes no 
     58# 
     59#  run a job of config ORCA2_LIM_PISCES   with 8 processors test RESTARTABILITY submitting the job to the batch queue system and using mpirun 
     60#  $ ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 8 LONG no yes 
    5061# 
    5162# 
    … …  
    5970# ========== 
    6071# 
    61 # $Id: prepare_job.sh 3050 2011-11-07 14:11:34Z acc $ 
     72# $Id: fcm_job.sh 3050 2011-11-07 14:11:34Z acc $ 
    6273# 
    6374# 
    … …  
    6879# 
    6980 
    70 usage=" Usage : ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG JOB_FILE" 
    71 usage=" example : ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 8 SHORT no/yes $JOB_FILE" 
     81usage=" Usage : ./fcm_job.sh input_CONFIG_NAME.cfg  NUMBER_OF_PROCS TEST_NAME INTERACT MPI_FLAG" 
     82usage=" example : ./fcm_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 8 SHORT no/yes no/yes" 
    7283 
    7384 
    … …  
    7586        if [ ${#} -lt ${minargcount} ] 
    7687        then 
    77                 echo "not enough arguments for prepare_job.sh script" 
    78                 echo "control number of argument of prepare_job.sh in sette.sh" 
     88                echo "not enought arguments for fcm_job.sh script" 
     89                echo "control number of argument of fcm_job.sh in sette.sh" 
    7990                echo "${usage}" 
    8091        exit 1 
    … …  
    159170    exit 1 
    160171fi 
    161  
     172#if [ ${NB_PROC} == 1 ] ; then 
     173#    echo "running opa" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     174#    echo "            " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     175#    ./opa 
     176# 
     177# Tidy out output from this test and populate the NEMO_VALIDATION_DIR tree 
     178# 
     179#    post_test_tidyup 
     180#else 
     181#    echo "running opa in MPI" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     182#    echo "            " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     183 
     184#    if [ ${MPI_INTERACT} == "yes" ] ; then 
     185#  # 
     186#  # example for brodie (NEC SX8) machine 
     187#  #  mpirun -np ${NB_PROC} opa 
     188#  # example for dedale machine 
     189#  #  mpirun --mca btl self,tcp -np ${NB_PROC} opa 
     190#  # example for vargas (IBM Power6) machine 
     191#  mpiexec -n ${NB_PROC} opa 
     192#  # 
     193#  post_test_tidyup 
     194#    fi 
     195# 
    162196# example for NOCS Altix system using PBS batch submission (requires ${SETTE_DIR}/sette_batch_template file) 
    163197# 
    164   #  if [ ${MPI_FLAG} == "no" ] ; then 
     198  #  if [ ${MPI_INTERACT} == "no" ] ; then 
    165199      case ${COMPILER} in  
    166200         ALTIX_NAUTILUS_MPT) 
    … …  
    169203               # number of processes required is an integer multiple of 4 
    170204               # 
    171                NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{print $1 / 4}') 
     205               NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{print $1  $1 / 4}') 
    172206            else 
    173207               # 
    … …  
    178212                  fi 
    179213            ;; 
     214                        ifort_MERCATOR_CLUSTER) 
     215                                echo NB_PROCS ${NB_PROC} 
     216                                echo NB_NODES ${NB_NODES} 
     217                                echo  NB_PROC ${NB_PROC}  
     218                                if [ ${NB_PROC} -eq 1 ] ; then 
     219                                   NB_NODES=1 
     220                                   QUEUE=monoproc 
     221                                   NB_PROC_NODE=${NB_PROC}  
     222                                else 
     223                                   if [ ${NB_PROC} -le 8 ] ; then  
     224                                      NB_NODES=1 
     225                                      QUEUE=mono 
     226                                      NB_PROC_NODE=${NB_PROC}  
     227                                   else 
     228                                      NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{print $1 - $1 % 8}'  | awk '{print $1 / 8 }') 
     229                                      QUEUE=multi 
     230                                      NB_PROC_NODE=8 
     231                                  fi     
     232                                fi     
     233                                echo NB_PROCS     ${NB_PROC} 
     234                                echo NB_NODES     ${NB_NODES} 
     235                                echo NB_PROC_NODE ${NB_PROC_NODE}  
     236            ;; 
    180237         *) 
    181238            NB_NODES=${NB_PROC} 
    … …  
    186243# Pass settings into job file by using sed to edit predefined strings 
    187244# 
    188         cat ${SETTE_DIR}/job_batch_template | sed -e"s/NODES/${NB_NODES}/" -e"s/NPROCS/${NB_PROC}/" \ 
     245         ((mem=5*NB_PROC)) 
     246         echo NB_NODES NB_PROC QUEUE ${NB_NODES} ${NB_PROC} ${QUEUE} 
     247        cat ${SETTE_DIR}/job_batch_template | sed -e"s/NODES/${NB_NODES}/" -e"s/NPROCSNODE/${NB_PROC_NODE}/" \ 
     248             -e"s/NPROCS/${NB_PROC}/" \ 
     249             -e"s/QUEUE/${QUEUE}/" -e"s/MEM/${mem}/" \ 
     250             -e"s/QUEUE/${QUEUE}/" -e"s/MEM/${mem}/" \ 
    189251             -e"s:DEF_SETTE_DIR:${SETTE_DIR}:" -e"s:DEF_INPUT_DIR:${INPUT_DIR}:" \ 
    190252             -e"s:DEF_EXE_DIR:${EXE_DIR}:" \ 
    … …  
    210272   fi 
    211273    
    212    chmod a+x $JOB_FILE ; echo "$JOB_FILE is ready" 
     274   chmod a+x $JOB_FILE 
    213275 
    214276#fi 

  • branches/2012/dev_NOC_MERCATOR_2012/NEMOGCM/SETTE/sette.sh

    r3635 r3651  
    129129#- 
    130130# Compiler among those in NEMOGCM/ARCH 
    131 COMPILER=PW6_VARGAS 
    132 export BATCH_COMMAND_PAR="llsubmit" 
     131COMPILER=ifort_MERCATOR_CLUSTER  
     132export BATCH_COMMAND_PAR="qsub" 
    133133export BATCH_COMMAND_SEQ=$BATCH_COMMAND_PAR 
    134134export INTERACT_FLAG="no" 
    … …  
    147147cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    148148 
    149 for config in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 
     149for config in 1 2 3 4 5 6 7 8 
    150150do 
    151151 
    … …  
    539539    export TEST_NAME="LONG" 
    540540    cd ${SETTE_DIR} 
    541     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n AMM12_LONG -r AMM12  
     541    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n AMM12_LONG -r AMM12  add_key "key_tide" 
    542542    cd ${SETTE_DIR} 
    543543    . param.cfg 
    … …  
    594594    export TEST_NAME="REPO_8_4" 
    595595    cd ${SETTE_DIR} 
    596     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n AMM12_32 -r AMM12 add_key "key_mpp_rep" 
     596    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n AMM12_32 -r AMM12 add_key "key_mpp_rep key_tide" 
    597597    cd ${SETTE_DIR} 
    598598    . param.cfg 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.