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Changeset 3759 – NEMO

Changeset 3759


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2013-01-20T13:54:39+01:00 (11 years ago)
Author:
cetlod
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dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB : Minor bug correction + update of namelists for GYRE_PISCES configuration

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branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM
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  • branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r3464 r3759  
    252252       <field id="TPHYTOT"  description="TPHYTOT"                             unit="-"  />  
    253253       <field id="TZOOTOT"  description="TZOOTOT"                             unit="-"  />  
    254        <field id="TDETDOM"  description="TDETDOM"                             unit="-"  />  
    255254       <field id="SEDPOC"   description="SEDPOC"                              unit="-"  />  
    256255     </group> 
    … …  
    379378         <field ref="TPHYTOT"   />  
    380379         <field ref="TZOOTOT"   />  
    381          <field ref="TDETDOM"   />  
    382380         <field ref="SEDPOC"    />  
    383381       </file> 

  • branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/EXP00/namelist_pisces

    r3464 r3759  
    1414&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton 
    1515!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    16    apmin   =  0.        ! fixed phytoplancton concentration            [mmol/m3] 
    1716   tmumax  =  1.21e-5   ! maximal phytoplankton growth rate            [s-1]  
    1817   rgamma  =  0.05      ! phytoplankton exudation fraction             [%] 
    1918   fphylab =  0.75      ! NH4 fraction of phytoplankton exsudation      
    20    tmmaxp  =  0.0       ! maximal phytoplancton mortality rate         [s-1]  
    2119   tmminp  =  5.8e-7    ! minimal phytoplancton mortality rate         [0.05/86400 s-1=20 days]  
    22    rcchl   =  60.       ! Carbone/Chlorophyl ratio                     [mgC.mgChla-1] 
    2320   aki     =  33.       ! light photosynthesis half saturation constant[W/m2] 
    24    toptp   =  0.        ! optimal photosynthesis temperature 
    2521/ 
    2622!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    2723&namlobnut     !   biological parameters for nutrients 
    2824!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    29    anmin   =  0.        ! minimum nutrients concentration              [mmol/m3] 
    3025   akno3   =  0.7       ! nitrate limitation half-saturation value     [mmol/m3] 
    3126   aknh4   =  0.001     ! ammonium limitation half-saturation value    [mmol/m3] 
    … …  
    3631&namlobzoo     !   biological parameters for zooplankton 
    3732!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    38    azmin   = 0.         ! minimum zooplancton concentration                      [mmol/m3] 
    39    eggzoo  = 0.0        ! minimum for zooplankton concentration, egg effect      [mmolN.m-3] 
    40    rgz     = 0.         ! ivlev coeff for zoo mortality 
    4133   rppz    = 0.8        ! zooplankton nominal preference for phytoplancton food  [%] 
    4234   taus    = 9.26E-6    ! specific zooplankton maximal grazing rate              [s-1]  
    … …  
    4840   fzoolab = 0.5        ! NH4 fraction of zooplankton excretion 
    4941   fdbod   = 0.5        ! zooplankton mortality fraction that goes to detritus 
    50    tmmaxz  = 0.         ! maximal zooplankton mortality rate 
    5142   tmminz  = 2.31e-6    ! minimal zooplankton mortality rate                     [(mmolN/m3)-1 d-1] 
    5243/ 
    … …  
    5445&namlobdet     !   biological parameters for detritus 
    5546!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    56    admin   = 0.         ! minimum detritus concentration                 [mmol/m3] 
    5747   taudn   = 5.80e-7    ! detritus breakdown rate                        [0.1/86400 s-1=10 days] 
    5848   fdetlab = 0.         ! NH4 fraction of detritus dissolution            
    59    vsed    = 3.47e-5    ! detritus sedimentation speed                   [m/s] 
    6049/ 
    6150!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    … …  
    6857&namlobsed     !   parameters from aphotic layers to sediment 
    6958!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    70    sedlam     = 3.86e-7 ! time coefficient of POC remineralization in sediments [s-1] 
    71    sedlostpoc = 0.      ! mass of POC lost in sediments 
     59   sedlam     = 3.86e-7    ! time coefficient of POC remineralization in sediments [s-1] 
     60   sedlostpoc = 0.         ! mass of POC lost in sediments 
     61   vsed       = 3.47e-5    ! detritus sedimentation speed                   [m/s] 
     62   xhr        = -0.858     ! coeff for martin''s remineralisation profile 
    7263/ 
    7364!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    7465&namlobrat     !   general coefficients 
    7566!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     67   rcchl   = 60.       ! Carbone/Chlorophyl ratio                     [mgC.mgChla-1] 
    7668   redf    = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for phyto 
    7769   reddom  = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for DOM 
    78    slopet  = 0.         ! van t Hoff "coefficient" 
    79    tmaxr   = 0.         ! maximal damping coeff under euphotic layer 
    80    tminr   = 5.80e-7    ! minimal damping coeff under euphotic layer 
    81    xhr     = -0.858     ! coeff for martin''s remineralisation profile 
    82    filmax  = 0.         ! ???? 
    83    toptgz  = 0.         ! ????  
    84    tmaxgz  = 0.         ! ????  
    85    anumin  = 0.         ! ????  
    86    afdmin  = 0.         ! ????  
    8770/ 
    8871!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    … …  
    9881/ 
    9982!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    100 &namlobdia     !   additional 2D/3D tracers diagnostics 
     83&nampisdia     !   additional 2D/3D tracers diagnostics 
    10184!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    10285!              !    name   ! title of   ! units ! 
    10386!              !           ! the field  !       !   
    104    lobdia2d(1)   = 'TNO3PHY' , 'TNO3PHY',  '-' 
    105    lobdia2d(2)   = 'TNH4PHY' , 'TNH4PHY',  '-' 
    106    lobdia2d(3)   = 'TPHYDOM' , 'TPHYDOM',  '-' 
    107    lobdia2d(4)   = 'TPHYNH4' , 'TPHYNH4',  '-' 
    108    lobdia2d(5)   = 'TPHYZOO' , 'TPHYZOO',  '-' 
    109    lobdia2d(6)   = 'TPHYDET' , 'TPHYDET',  '-' 
    110    lobdia2d(7)   = 'TDETZOO' , 'TDETZOO',  '-' 
    111    lobdia2d(8)   = 'TDETSED' , 'TDETSED',  '-' 
    112    lobdia2d(9)   = 'TZOODET' , 'TZOODET',  '-' 
    113    lobdia2d(10)  = 'TZOOBOD' , 'TZOOBOD',  '-' 
    114    lobdia2d(11)  = 'TZOONH4' , 'TZOONH4',  '-' 
    115    lobdia2d(12)  = 'TZOODOM' , 'TZOODOM',  '-' 
    116    lobdia2d(13)  = 'TNH4NO3' , 'TNH4NO3',  '-' 
    117    lobdia2d(14)  = 'TDOMNH4' , 'TDOMNH4',  '-' 
    118    lobdia2d(15)  = 'TDETNH4' , 'TDETNH4',  '-' 
    119    lobdia2d(16)  = 'TPHYTOT' , 'TPHYTOT',  '-' 
    120    lobdia2d(17)  = 'TZOOTOT' , 'TZOOTOT',  '-' 
    121    lobdia2d(18)  = 'TDETDOM' , 'TDETDOM',  '-' 
    122    lobdia2d(19)  = 'SEDPOC ' , 'SEDPOC ',  '-' 
    123    lobdia3d(1)   = 'FNO3PHY' , 'FNO3PHY',  '-' 
    124    lobdia3d(2)   = 'FNH4PHY' , 'FNH4PHY',  '-' 
    125    lobdia3d(3)   = 'FNH4NO3' , 'FNH4NO3',  '-' 
     87   pisdia2d(1)   = 'TNO3PHY' , 'TNO3PHY',  '-' 
     88   pisdia2d(2)   = 'TNH4PHY' , 'TNH4PHY',  '-' 
     89   pisdia2d(3)   = 'TPHYDOM' , 'TPHYDOM',  '-' 
     90   pisdia2d(4)   = 'TPHYNH4' , 'TPHYNH4',  '-' 
     91   pisdia2d(5)   = 'TPHYZOO' , 'TPHYZOO',  '-' 
     92   pisdia2d(6)   = 'TPHYDET' , 'TPHYDET',  '-' 
     93   pisdia2d(7)   = 'TDETZOO' , 'TDETZOO',  '-' 
     94   pisdia2d(8)   = 'TDETSED' , 'TDETSED',  '-' 
     95   pisdia2d(9)   = 'TZOODET' , 'TZOODET',  '-' 
     96   pisdia2d(10)  = 'TZOOBOD' , 'TZOOBOD',  '-' 
     97   pisdia2d(11)  = 'TZOONH4' , 'TZOONH4',  '-' 
     98   pisdia2d(12)  = 'TZOODOM' , 'TZOODOM',  '-' 
     99   pisdia2d(13)  = 'TNH4NO3' , 'TNH4NO3',  '-' 
     100   pisdia2d(14)  = 'TDOMNH4' , 'TDOMNH4',  '-' 
     101   pisdia2d(15)  = 'TDETNH4' , 'TDETNH4',  '-' 
     102   pisdia2d(16)  = 'TPHYTOT' , 'TPHYTOT',  '-' 
     103   pisdia2d(17)  = 'TZOOTOT' , 'TZOOTOT',  '-' 
     104   pisdia2d(18)  = 'TDETDOM' , 'TDETDOM',  '-' 
     105   pisdia2d(19)  = 'SEDPOC ' , 'SEDPOC ',  '-' 
     106   pisdia3d(1)   = 'FNO3PHY' , 'FNO3PHY',  '-' 
     107   pisdia3d(2)   = 'FNH4PHY' , 'FNH4PHY',  '-' 
     108   pisdia3d(3)   = 'FNH4NO3' , 'FNH4NO3',  '-' 
    126109/ 
    127110!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    128 &namlobdbi     !   biological diagnostics trends      
     111&nampisdbi     !   biological diagnostics trends      
    129112!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    130113!                !  2D bio diagnostics   units : mmole/m2/s   ("key_trdmld_trc") 
    131114!                !  name    !       title of the field      !     units      ! 
    132    lobdiabio(1)  = 'NO3PHY' , 'Flux from NO3 to PHY          ',  'mmole/m3/s' 
    133    lobdiabio(2)  = 'NH4PHY' , 'Flux from NH4 to PHY          ',  'mmole/m3/s' 
    134    lobdiabio(3)  = 'PHYNH4' , 'Flux from PHY to NH4          ',  'mmole/m3/s' 
    135    lobdiabio(4)  = 'PHYDOM' , 'Flux from PHY to DOM          ',  'mmole/m3/s' 
    136    lobdiabio(5)  = 'PHYZOO' , 'Flux from PHY to ZOO          ',  'mmole/m3/s' 
    137    lobdiabio(6)  = 'PHYDET' , 'Flux from PHY to DET          ',  'mmole/m3/s' 
    138    lobdiabio(7)  = 'DETZOO' , 'Flux from DET to ZOO          ',  'mmole/m3/s' 
    139    lobdiabio(8)  = 'DETSED' , 'Flux from DET to SED          ',  'mmole/m3/s' 
    140    lobdiabio(9)  = 'ZOODET' , 'Flux from ZOO to DET          ',  'mmole/m3/s' 
    141    lobdiabio(10)  = 'ZOOBOD' , 'Zooplankton closure          ',  'mmole/m3/s' 
    142    lobdiabio(11)  = 'ZOONH4' , 'Flux from ZOO to NH4         ',  'mmole/m3/s' 
    143    lobdiabio(12)  = 'ZOODOM' , 'Flux from ZOO to DOM         ',  'mmole/m3/s' 
    144    lobdiabio(13)  = 'NH4NO3' , 'Flux from NH4 to NO3         ',  'mmole/m3/s' 
    145    lobdiabio(14)  = 'DOMNH4' , 'Flux from DOM to NH4         ',  'mmole/m3/s' 
    146    lobdiabio(15)  = 'DETNH4' , 'Flux from DET to NH4         ',  'mmole/m3/s' 
    147    lobdiabio(16)  = 'DETDOM' , 'Flux from DET to DOM         ',  'mmole/m3/s' 
    148    lobdiabio(17)  = 'SEDNO3' , 'NO3 remineralization from SED',  'mmole/m3/s' 
     115   pisdiabio(1)  = 'NO3PHY' , 'Flux from NO3 to PHY          ',  'mmole/m3/s' 
     116   pisdiabio(2)  = 'NH4PHY' , 'Flux from NH4 to PHY          ',  'mmole/m3/s' 
     117   pisdiabio(3)  = 'PHYNH4' , 'Flux from PHY to NH4          ',  'mmole/m3/s' 
     118   pisdiabio(4)  = 'PHYDOM' , 'Flux from PHY to DOM          ',  'mmole/m3/s' 
     119   pisdiabio(5)  = 'PHYZOO' , 'Flux from PHY to ZOO          ',  'mmole/m3/s' 
     120   pisdiabio(6)  = 'PHYDET' , 'Flux from PHY to DET          ',  'mmole/m3/s' 
     121   pisdiabio(7)  = 'DETZOO' , 'Flux from DET to ZOO          ',  'mmole/m3/s' 
     122   pisdiabio(8)  = 'DETSED' , 'Flux from DET to SED          ',  'mmole/m3/s' 
     123   pisdiabio(9)  = 'ZOODET' , 'Flux from ZOO to DET          ',  'mmole/m3/s' 
     124   pisdiabio(10)  = 'ZOOBOD' , 'Zooplankton closure          ',  'mmole/m3/s' 
     125   pisdiabio(11)  = 'ZOONH4' , 'Flux from ZOO to NH4         ',  'mmole/m3/s' 
     126   pisdiabio(12)  = 'ZOODOM' , 'Flux from ZOO to DOM         ',  'mmole/m3/s' 
     127   pisdiabio(13)  = 'NH4NO3' , 'Flux from NH4 to NO3         ',  'mmole/m3/s' 
     128   pisdiabio(14)  = 'DOMNH4' , 'Flux from DOM to NH4         ',  'mmole/m3/s' 
     129   pisdiabio(15)  = 'DETNH4' , 'Flux from DET to NH4         ',  'mmole/m3/s' 
     130   pisdiabio(16)  = 'DETDOM' , 'Flux from DET to DOM         ',  'mmole/m3/s' 
     131   pisdiabio(17)  = 'SEDNO3' , 'NO3 remineralization from SED',  'mmole/m3/s' 
    149132/ 

  • branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsed.F90

    r3531 r3759  
    362362      IF( ln_diatrc ) THEN 
    363363         zfact = 1.e+3 * rfact2r 
    364          IF( lk_iomput .AND. jnt == nrdttrc ) THEN 
    365             CALL iom_put( "Nfix"  , znitrpot(:,:,:) * nitrfix * rno3 * zfact * tmask(:,:,:) )  ! nitrogen fixation  
    366             CALL iom_put( "Sdenit", zwork4(:,:)               * rno3 * zfact * tmask(:,:,1) )  ! Nitrate reduction in the sediments 
     364         IF( lk_iomput ) THEN  
     365            IF( jnt == nrdttrc ) THEN 
     366               CALL iom_put( "Nfix"  , znitrpot(:,:,:) * nitrfix * rno3 * zfact * tmask(:,:,:) )  ! nitrogen fixation  
     367               CALL iom_put( "Sdenit", zwork4(:,:)               * rno3 * zfact * tmask(:,:,1) )  ! Nitrate reduction in the sediments 
     368            ENDIF 
    367369         ELSE 
    368370            trc2d(:,:,jp_pcs0_2d + 12) = znitrpot(:,:,1) * nitrfix * zfact * fse3t(:,:,1) * tmask(:,:,1) 

  • branches/2012/dev_r3438_LOCEAN15_PISLOB/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/trcini_pisces.F90

    r3443 r3759  
    4343      !!---------------------------------------------------------------------- 
    4444 
    45       IF( lk_pisces ) THEN  ;   CALL p4z_ini   !  PISCES 
    46       ELSE                  ;   CALL p2z_ini   !  LOBSTER 
     45      IF( lk_p4z ) THEN  ;   CALL p4z_ini   !  PISCES 
     46      ELSE               ;   CALL p2z_ini   !  LOBSTER 
    4747      ENDIF 
    4848 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.