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Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
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Changeset 5989 for branches/2014/dev_r4650_UKMO10_Tidally_Meaned_Diagnostics/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2015-12-03T09:10:32+01:00 (9 years ago)
Author:
deazer
Message:

Merging TMB and 25h diagnostics to head of trunk
added brief documentation

Location:
branches/2014/dev_r4650_UKMO10_Tidally_Meaned_Diagnostics/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES
Files:
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  • branches/2014/dev_r4650_UKMO10_Tidally_Meaned_Diagnostics/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r5260 r5989  
    3434 
    3535   <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    36      <field field_ref="sst"          name="tos"      long_name="sea_surface_temperature"                       /> 
    37      <field field_ref="sss"          name="sos"      long_name="sea_surface_salinity"                          /> 
    38      <field field_ref="ssh"          name="zos"      long_name="sea_surface_height_above_geoid"                /> 
     36     <field field_ref="sst"          name="tos" /> 
     37     <field field_ref="sss"          name="sos" /> 
     38     <field field_ref="ssh"          name="zos" /> 
    3939   </file> 
    4040 
    4141   <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    42      <field field_ref="ssu"          name="uos"     long_name="sea_surface_x_velocity"    /> 
     42     <field field_ref="ssu"          name="uos" /> 
    4343   </file> 
    4444    
    4545   <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    46      <field field_ref="ssv"          name="vos"     long_name="sea_surface_y_velocity"    /> 
     46     <field field_ref="ssv"          name="vos" /> 
    4747   </file> 
    4848 
    … …  
    5555          <field field_ref="tintpp"   name="tintpp"   unit="PgC/yr" operation="instant" > tintpp * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
    5656          <field field_ref="pno3tot"  name="pno3tot"  unit="umolN"  > pno3tot * 16. / 122. * 1e6 </field> 
     57          <field field_ref="ppo4tot"  name="ppo4tot"  unit="umolP"  > ppo4tot * 1. / 122. * 1e6 </field> 
    5758          <field field_ref="psiltot"  name="psiltot"  unit="umolC"  > psiltot * 1e6  </field> 
    5859          <field field_ref="palktot"  name="palktot"  unit="umolC"  > palktot * 1e6  </field> 
    … …  
    6667 
    6768   <file id="file5" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    68      <field field_ref="toce"         name="thetao"   long_name="sea_water_potential_temperature"               /> 
    69      <field field_ref="soce"         name="so"       long_name="sea_water_salinity"                            /> 
    70      <field field_ref="sst"          name="tos"      long_name="sea_surface_temperature"                       /> 
    71      <field field_ref="sst2"         name="tossq"    long_name="square_of_sea_surface_temperature"             /> 
    72      <field field_ref="sss"          name="sos"      long_name="sea_surface_salinity"                          /> 
    73      <field field_ref="ssh"          name="zos"      long_name="sea_surface_height_above_geoid"                /> 
    74      <field field_ref="ssh2"         name="zossq"    long_name="square_of_sea_surface_height_above_geoid"      /> 
    75      <field field_ref="empmr"        name="wfo"      long_name="water_flux_into_sea_water"                     /> 
    76      <field field_ref="qsr"          name="rsntds"   long_name="surface_net_downward_shortwave_flux"           /> 
    77      <field field_ref="qt"           name="tohfls"   long_name="surface_net_downward_total_heat_flux"          /> 
    78      <field field_ref="taum"         /> 
    79      <field field_ref="mldkz5"       /> 
    80      <field field_ref="mldr10_1"     /> 
    81            <!-- variables available with MLE 
    82           <field field_ref="Lf_NHpf"    name="Lf_NHpf"  long_name="MLE:_Lf=NH/f"     /> 
    83       --> 
     69     <field field_ref="toce"         name="thetao" /> 
     70     <field field_ref="soce"         name="so"     /> 
     71     <field field_ref="sst"          name="tos"    /> 
     72     <field field_ref="sst2"         name="tossq"  /> 
     73     <field field_ref="sss"          name="sos"    /> 
     74     <field field_ref="ssh"          name="zos"    /> 
     75     <field field_ref="ssh2"         name="zossq"  /> 
     76     <field field_ref="empmr"        name="wfo"    /> 
     77     <field field_ref="qsr"          name="rsntds" /> 
     78     <field field_ref="qt"           name="tohfls" /> 
     79     <field field_ref="taum"     /> 
     80     <field field_ref="mldkz5"   /> 
     81     <field field_ref="mldr10_1" /> 
    8482   </file> 
    8583    
    8684   <file id="file6" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    87      <field field_ref="uoce"         name="uo"      long_name="sea_water_x_velocity"      /> 
    88      <field field_ref="ssu"          name="uos"     long_name="sea_surface_x_velocity"    /> 
    89      <field field_ref="utau"         name="tauuo"   long_name="surface_downward_x_stress" /> 
    90           <!-- variables available with MLE 
    91           <field field_ref="psiu_mle"     name="psiu_mle"  long_name="MLE_streamfunction_along_i-axis" /> 
    92      --> 
     85     <field field_ref="uoce"         name="uo"     /> 
     86     <field field_ref="ssu"          name="uos"    /> 
     87     <field field_ref="utau"         name="tauuo"  /> 
    9388   </file> 
    9489    
    9590   <file id="file7" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    96      <field field_ref="voce"         name="vo"      long_name="sea_water_y_velocity"      /> 
    97      <field field_ref="ssv"          name="vos"     long_name="sea_surface_y_velocity"    /> 
    98      <field field_ref="vtau"         name="tauvo"   long_name="surface_downward_y_stress" /> 
    99           <!-- variables available with MLE 
    100           <field field_ref="psiv_mle"     name="psiv_mle"  long_name="MLE_streamfunction_along_j-axis" /> 
    101      --> 
     91     <field field_ref="voce"         name="vo"     /> 
     92     <field field_ref="ssv"          name="vos"    /> 
     93     <field field_ref="vtau"         name="tauvo"  /> 
    10294   </file> 
    10395    
    10496   <file id="file8" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    105      <field field_ref="woce"         name="wo"      long_name="ocean vertical velocity"         /> 
    106      <field field_ref="avt"          name="difvho"  long_name="ocean_vertical_heat_diffusivity" /> 
     97     <field field_ref="woce"         name="wo"     /> 
     98     <field field_ref="avt"          name="difvho" /> 
    10799   </file> 
    108100    
    109101   <file id="file9" name_suffix="_icemod" description="ice variables" > 
    110      <field field_ref="ice_pres"                     /> 
    111      <field field_ref="snowthic_cea" name="snd"     long_name="surface_snow_thickness"   /> 
    112      <field field_ref="icethic_cea"  name="sit"     long_name="sea_ice_thickness"        /> 
    113      <field field_ref="iceprod_cea"  name="sip"     long_name="sea_ice_thickness"        /> 
    114      <field field_ref="ist_ipa"      /> 
    115      <field field_ref="uice_ipa"     /> 
    116      <field field_ref="vice_ipa"     /> 
    117      <field field_ref="utau_ice"     /> 
    118      <field field_ref="vtau_ice"     /> 
    119      <field field_ref="qsr_io_cea"   /> 
    120      <field field_ref="qns_io_cea"   /> 
    121      <field field_ref="snowpre"      /> 
     102     <field field_ref="ice_pres"   /> 
     103     <field field_ref="snowthic_cea" name="snd"    /> 
     104     <field field_ref="icethic_cea"  name="sit"    /> 
     105     <field field_ref="iceprod_cea"  name="sip"    /> 
     106     <field field_ref="ist_ipa"    /> 
     107     <field field_ref="uice_ipa"   /> 
     108     <field field_ref="vice_ipa"   /> 
     109     <field field_ref="utau_ice"   /> 
     110     <field field_ref="vtau_ice"   /> 
     111     <field field_ref="qsr_io_cea" /> 
     112     <field field_ref="qns_io_cea" /> 
     113     <field field_ref="snowpre"    /> 
    122114   </file> 
    123115    
    … …  
    245237     
    246238   <axis_definition>   
    247       <axis id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m" positive="down" /> 
    248       <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m" positive="down" /> 
    249       <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m" positive="down" /> 
    250       <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    251       <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
    252       <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
     239      <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
     240      <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
     241      <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
     242      <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
     243      <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
     244      <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
     245      <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
     246      <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
     247      <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    253248   </axis_definition>  
    254249     

  • branches/2014/dev_r4650_UKMO10_Tidally_Meaned_Diagnostics/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_cfg

    r4370 r5989  
    4848/ 
    4949!----------------------------------------------------------------------- 
    50 &namsplit      !   time splitting parameters                            ("key_dynspg_ts") 
    51 !----------------------------------------------------------------------- 
    52 / 
    53 !----------------------------------------------------------------------- 
    5450&namcrs        !   Grid coarsening for dynamics output and/or 
    5551               !   passive tracer coarsened online simulations 
    … …  
    9389/ 
    9490!----------------------------------------------------------------------- 
    95 &namcla        !   cross land advection 
    96 !----------------------------------------------------------------------- 
    97 / 
    98 !----------------------------------------------------------------------- 
    9991&nambfr        !   bottom friction 
    10092!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    115107&namtra_adv    !   advection scheme for tracer 
    116108!----------------------------------------------------------------------- 
     109   ln_traadv_fct =  .true.    !  FCT scheme 
     110      nn_fct_h   =  2               !  =2/4, horizontal 2nd / 4th order  
     111      nn_fct_v   =  2               !  =2/4, vertical   2nd / COMPACT 4th order  
     112      nn_fct_zts =  0               !  > 1 , 2nd order FCT scheme with vertical sub-timestepping 
     113      !                             !        (number of sub-timestep = nn_fct_zts) 
    117114/ 
    118115!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    120117!----------------------------------------------------------------------- 
    121118/ 
    122 !----------------------------------------------------------------------- 
    123 &namtra_adv_mle !  mixed layer eddy parametrisation (Fox-Kemper param) 
    124 !----------------------------------------------------------------------- 
    125 / 
    126119!---------------------------------------------------------------------------------- 
    127120&namtra_ldf    !   lateral diffusion scheme for tracers 
    128121!---------------------------------------------------------------------------------- 
     122   !                       !  Operator type: 
     123   ln_traldf_lap   =  .true.   !    laplacian operator 
     124   ln_traldf_blp   =  .false.  !  bilaplacian operator 
     125   !                       !  Direction of action: 
     126   ln_traldf_lev   =  .false.  !  iso-level 
     127   ln_traldf_hor   =  .false.  !  horizontal (geopotential) 
     128   ln_traldf_iso   =  .true.   !  iso-neutral (standard operator) 
     129   ln_traldf_triad =  .false.  !  iso-neutral (triad    operator) 
     130   ! 
     131   !                       !  iso-neutral options:         
     132   ln_traldf_msc   =  .true.   !  Method of Stabilizing Correction (both operators) 
     133   rn_slpmax       =   0.01    !  slope limit                      (both operators) 
     134   ln_triad_iso    =  .false.  !  pure horizontal mixing in ML              (triad only) 
     135   rn_sw_triad     =  1        !  =1 switching triad ; =0 all 4 triads used (triad only) 
     136   ln_botmix_triad =  .false.  !  lateral mixing on bottom                  (triad only) 
     137   ! 
     138   !                       !  Coefficients: 
     139   nn_aht_ijk_t    = 20        !  space/time variation of eddy coef 
     140   !                                !   =-20 (=-30)    read in eddy_diffusivity_2D.nc (..._3D.nc) file 
     141   !                                !   =  0           constant 
     142   !                                !   = 10 F(k)      =ldf_c1d 
     143   !                                !   = 20 F(i,j)    =ldf_c2d 
     144   !                                !   = 21 F(i,j,t)  =Treguier et al. JPO 1997 formulation 
     145   !                                !   = 30 F(i,j,k)  =ldf_c2d + ldf_c1d 
     146   !                                !   = 31 F(i,j,k,t)=F(local velocity) 
     147   rn_aht_0        = 2000.     !  lateral eddy diffusivity   (lap. operator) [m2/s] 
     148   rn_bht_0        = 1.e+12    !  lateral eddy diffusivity (bilap. operator) [m4/s] 
     149/ 
     150!---------------------------------------------------------------------------------- 
     151&namtra_ldfeiv !   eddy induced velocity param. 
     152!---------------------------------------------------------------------------------- 
     153   ln_ldfeiv     =.true.   ! use eddy induced velocity parameterization 
     154   ln_ldfeiv_dia =.true.   ! diagnose eiv stream function and velocities 
     155   rn_aeiv_0     = 2000.   ! eddy induced velocity coefficient   [m2/s] 
     156   nn_aei_ijk_t  = 21      ! space/time variation of the eiv coeficient 
     157   !                                !   =-20 (=-30)    read in eddy_induced_velocity_2D.nc (..._3D.nc) file 
     158   !                                !   =  0           constant 
     159   !                                !   = 10 F(k)      =ldf_c1d 
     160   !                                !   = 20 F(i,j)    =ldf_c2d 
     161   !                                !   = 21 F(i,j,t)  =Treguier et al. JPO 1997 formulation 
     162   !                                !   = 30 F(i,j,k)  =ldf_c2d + ldf_c1d 
    129163/ 
    130164!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    139173&namdyn_vor    !   option of physics/algorithm (not control by CPP keys) 
    140174!----------------------------------------------------------------------- 
     175   ln_dynvor_ene = .false. !  enstrophy conserving scheme 
     176   ln_dynvor_ens = .false. !  energy conserving scheme 
     177   ln_dynvor_mix = .false. !  mixed scheme 
     178   ln_dynvor_een = .true.  !  energy & enstrophy scheme 
     179      nn_een_e3f = 0             !  e3f = masked averaging of e3t divided by 4 (=0) or by the sum of mask (=1) 
    141180/ 
    142181!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    145184/ 
    146185!----------------------------------------------------------------------- 
     186&namdyn_spg    !   surface pressure gradient 
     187!----------------------------------------------------------------------- 
     188   ln_dynspg_ts  = .true.  !  split-explicit free surface 
     189/ 
     190!----------------------------------------------------------------------- 
    147191&namdyn_ldf    !   lateral diffusion on momentum 
    148192!----------------------------------------------------------------------- 
     193   !                       !  Type of the operator : 
     194   !                           !  no diffusion: set ln_dynldf_lap=..._blp=F  
     195   ln_dynldf_lap =  .true.     !    laplacian operator 
     196   ln_dynldf_blp =  .false.    !  bilaplacian operator 
     197   !                       !  Direction of action  : 
     198   ln_dynldf_lev =  .true.     !  iso-level 
     199   ln_dynldf_hor =  .false.    !  horizontal (geopotential) 
     200   ln_dynldf_iso =  .false.    !  iso-neutral 
     201   !                       !  Coefficient 
     202   nn_ahm_ijk_t  = -30         !  space/time variation of eddy coef 
     203   !                                !  =-30  read in eddy_viscosity_3D.nc file 
     204   !                                !  =-20  read in eddy_viscosity_2D.nc file 
     205   !                                !  =  0  constant  
     206   !                                !  = 10  F(k)=c1d 
     207   !                                !  = 20  F(i,j)=F(grid spacing)=c2d 
     208   !                                !  = 30  F(i,j,k)=c2d*c1d 
     209   !                                !  = 31  F(i,j,k)=F(grid spacing and local velocity) 
     210   rn_ahm_0      =  40000.     !  horizontal laplacian eddy viscosity   [m2/s] 
     211   rn_ahm_b      =      0.     !  background eddy viscosity for ldf_iso [m2/s] 
     212   rn_bhm_0      = 1.e+12      !  horizontal bilaplacian eddy viscosity [m4/s] 
    149213/ 
    150214!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    165229/ 
    166230!----------------------------------------------------------------------- 
    167 &namsol        !   elliptic solver / island / free surface 
    168 !----------------------------------------------------------------------- 
    169 / 
    170 !----------------------------------------------------------------------- 
    171231&nammpp        !   Massively Parallel Processing                        ("key_mpp_mpi) 
    172232!----------------------------------------------------------------------- 

  • branches/2014/dev_r4650_UKMO10_Tidally_Meaned_Diagnostics/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_top_cfg

    r4340 r5989  
    55&namtrc_run     !   run information 
    66!----------------------------------------------------------------------- 
    7    ln_top_euler  = .true.    !  use Euler time-stepping for TOP 
    87/ 
    98!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    6362&namtrc_adv    !   advection scheme for passive tracer  
    6463!----------------------------------------------------------------------- 
    65    ln_trcadv_tvd     =  .false.  !  TVD scheme 
    66    ln_trcadv_muscl   =  .true.   !  MUSCL scheme 
     64   ln_trcadv_mus  =  .true.  !  MUSCL scheme 
     65      ln_mus_ups  =  .false.         !  use upstream scheme near river mouths 
    6766/ 
    6867!----------------------------------------------------------------------- 

  • branches/2014/dev_r4650_UKMO10_Tidally_Meaned_Diagnostics/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/cpp_ORCA2_LIM_PISCES.fcm

    r4523 r5989  
    1 bld::tool::fppkeys key_trabbl key_lim2 key_dynspg_flt key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_zdftke key_zdfddm key_zdftmx key_top key_pisces key_iomput key_mpp_mpi 
     1bld::tool::fppkeys key_trabbl key_lim2 key_zdftke key_zdfddm key_zdftmx key_top key_pisces key_mpp_mpi key_iomput 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.