New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 5989 for branches/2014/dev_r4650_UKMO10_Tidally_Meaned_Diagnostics/NEMOGCM/SETTE – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2015-12-03T09:10:32+01:00 (9 years ago)
Author:
deazer
Message:

Merging TMB and 25h diagnostics to head of trunk
added brief documentation

Location:
branches/2014/dev_r4650_UKMO10_Tidally_Meaned_Diagnostics/NEMOGCM/SETTE
Files:
1 deleted
7 edited
2 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/2014/dev_r4650_UKMO10_Tidally_Meaned_Diagnostics/NEMOGCM/SETTE/BATCH_TEMPLATE/batch-IBM_EKMAN_INGV

    r4277 r5989  
    22#! 
    33#BSUB -q long 
    4 #BSUB -n NPROCS 
     4#BSUB -n TOTAL_NPROCS 
    55#BSUB -J MPI_config 
    66#BSUB -o stdout.%J 
    … …  
    1414# 
    1515  OCEANCORES=NPROCS 
     16  XIOS_NUMPROCS=NXIOPROCS 
    1617  export SETTE_DIR=DEF_SETTE_DIR 
    1718 
    … …  
    2324# 
    2425 
     26 MPIPROGINF=detail 
     27 export MPIPROGINF 
     28 export LSF_PJL_TYPE="intelmpi" 
     29 export MP_PGMMODEL=mpmd 
     30 export MP_SHARED_MEMORY=yes 
    2531 export MPIRUN="mpirun -n $OCEANCORES" 
    26  
    27 #export MPIRUN="mpirun -np" 
     32 export MPIRUN_MPMD="mpirun -np $OCEANCORES ./opa : -np $XIOS_NUMPROCS /home/delrosso/XIOS_1.0/xios-1.0/bin/xios_server.exe" 
    2833 
    2934# 
    … …  
    6772 
    6873  if [ MPI_FLAG == "yes" ]; then 
    69      time ${MPIRUN} ./opa 
     74     if [ $XIOS_NUMPROCS -eq 0 ]; then 
     75       time ${MPIRUN} ./opa 
     76     else 
     77       time ${MPIRUN_MPMD} 
     78     fi 
    7079  else 
    71      time ./opa 
     80       time ./opa 
    7281  fi 
    7382# 

  • branches/2014/dev_r4650_UKMO10_Tidally_Meaned_Diagnostics/NEMOGCM/SETTE/BATCH_TEMPLATE/batch-X64_CURIE

    r4147 r5989  
    88#MSUB -n NPROCS              # Total number of mpi task to use 
    99####  #MSUB -N 2                   # number of nodes to use 
    10 #MSUB -A gen0826             # project name 
     10#MSUB -ra2286             # project name 
    1111#MSUB -q standard            # (queue name) only for thin nodes 
    1212########################################################################## 
    … …  
    3333module unload netcdf 
    3434module unload hdf5 
    35 module load netcdf/4.2_hdf5_parallel 
    36 module load hdf5/1.8.9_parallel 
     35module load netcdf/4.3.3.1_hdf5_parallel 
     36module load hdf5/1.8.12_parallel 
    3737 
    3838# Don't remove neither change the following line 

  • branches/2014/dev_r4650_UKMO10_Tidally_Meaned_Diagnostics/NEMOGCM/SETTE/param.cfg

    r4373 r5989  
    1 #- forcing files storing  
     1#- forcing files storing 
    22FORCING_DIR=~/FORCING 
    3 #- input files storing  
     3#- input files storing 
    44INPUT_DIR=${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/EXP00 
    55#- only for IBM 
    66#TMPDIR=${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/EXP00 
    7 #- VALIDATION files storing  
     7#- VALIDATION files storing 
    88NEMO_VALIDATION_DIR=~/NEMO_VALIDATION 

  • branches/2014/dev_r4650_UKMO10_Tidally_Meaned_Diagnostics/NEMOGCM/SETTE/prepare_exe_dir.sh

    r5260 r5989  
    7070export EXE_DIR=${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/${TEST_NAME} 
    7171 
    72 cp -r ${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/EXP00/* ${EXE_DIR}/. 
     72cp -rL ${CONFIG_DIR}/${NEW_CONF}/EXP00/* ${EXE_DIR}/. 
    7373cp -r ${SETTE_DIR}/iodef_sette.xml ${EXE_DIR}/iodef.xml 
    7474cd ${EXE_DIR} 

  • branches/2014/dev_r4650_UKMO10_Tidally_Meaned_Diagnostics/NEMOGCM/SETTE/prepare_job.sh

    r5260 r5989  
    226226                                        # round up the number of nodes required. 
    227227                                        # 
    228                                         NB_NODES=$( echo $NB_NODES $NXIO_PROC | awk '{print ($1 + ( $2 / 4 ) + 1)}')                     
     228                                        NB_NODES=$( echo $NB_NODES $NXIO_PROC | awk '{print ($1 + ( $2 / 4 ) + 1)}')  
    229229                                fi 
    230230                                ;; 
    231                         ifort_MERCATOR_CLUSTER) 
     231                        XC40_METO*) #Setup for Met Office XC40 with any compiler 
     232                                # ocean cores are packed 32 to a node 
     233                                # If we need more than one node then have to use parallel queue and XIOS must have a node to itself 
     234                                NB_REM=$( echo $NB_PROC | awk '{print ( $1 % 32 ) }') 
     235                                if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then 
     236                                        # number of processes required is an integer multiple of 32 
     237                                        # 
     238                                        NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{print ($1) / 32}') 
     239                                else 
     240                                        # 
     241                                        # number of processes required is not an integer multiple of 32 
     242                                        # round up the number of nodes required. 
     243                                        # 
     244                                        NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{printf("%d",($1) / 32 + 1 )}') 
     245                                fi 
     246                                # xios cores are sparsely packed at 4 to a node 
     247                                if [ $NXIO_PROC == 0 ] ; then 
     248                                    NB_XNODES=0 
     249                                else 
     250                                    NB_REM=$( echo $NXIO_PROC | awk '{print ( $1 % 4 ) }') 
     251                                    if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then 
     252                                            # number of processes required is an integer multiple of 4                            
     253                                            # 
     254                                            NB_XNODES=$( echo $NXIO_PROC | awk '{print (( $1 / 4 ) + 1)}')  
     255                                    else 
     256                                            # 
     257                                            # number of processes required is not an integer multiple of 4                              
     258                                            # round up the number of nodes required. 
     259                                            # 
     260                                            NB_XNODES=$( echo $NXIO_PROC | awk '{printf("%d",($1) / 4 + 1) }')                     
     261                                    fi 
     262                                fi 
     263                                if [ ${NB_XNODES} -ge 1 ] ; then 
     264                                   NB_NODES=$((NB_NODES+NB_XNODES)) 
     265                                fi 
     266                                echo NB_XNODES=${NB_XNODES}  
     267                                echo Total NB_NODES=${NB_NODES} 
     268                                if [ ${NB_NODES} -eq 1 ] ; then 
     269                                   QUEUE=shared 
     270                                   #Not using XIOS in detatched mode and using less than one node so should be ok on shared node 
     271                                   #Load snplauncher module to allow use of mpiexec 
     272                                   SELECT="select=1:ncpus=$((NXIO_PROC + NB_PROC))":mem=15GB 
     273                                   module load cray-snplauncher 
     274                                   echo 'Shared Queue' 
     275                                else 
     276                                   QUEUE=normal 
     277                                   SELECT="select=$NB_NODES" 
     278                                   module unload cray-snplauncher #Make sure snplauncher module is not loaded 
     279                                   echo 'Normal Queue' 
     280                                fi 
     281                                ;; 
     282                        openmpi_NAVITI_MERCATOR) 
    232283                                echo NB_PROCS ${NB_PROC} 
    233284                                echo NB_NODES ${NB_NODES} 
    … …  
    238289                                   NB_PROC_NODE=${NB_PROC} 
    239290                                else 
    240                                    if [ ${NB_PROC} -le 8 ] ; then 
     291                                   if [ ${NB_PROC} -le 16 ] ; then 
    241292                                      NB_NODES=1 
    242293                                      QUEUE=mono 
    243294                                      NB_PROC_NODE=${NB_PROC} 
    244295                                   else 
    245                                       NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{print $1 - $1 % 8}'  | awk '{print $1 / 8 }') 
     296                                      NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{print $1 - $1 % 16}'  | awk '{print $1 / 16 }') 
    246297                                      QUEUE=multi 
    247                                       NB_PROC_NODE=8 
     298                                      NB_PROC_NODE=16 
    248299                                  fi 
    249300                                fi 
    … …  
    273324 
    274325        case ${COMPILER} in 
    275               ifort_MERCATOR_CLUSTER) 
    276                     #cat run_sette_test.job | sed -e"s:QUEUE:${QUEUE}:" > run_sette_test1.job  
    277                     #cat run_sette_test.job | sed -e"s/NPROC_NODE/${NB_PROC_NODE}/" > run_sette_test1.job  
    278                                                  #-e"s/NPROC_NODE/${NB_PROC_NODE}/" > run_sette_test1.job 
     326              openmpi_NAVITI_MERCATOR) 
    279327                    cat run_sette_test.job | sed -e"s/NPROC_NODE/${NB_PROC_NODE}/" \ 
    280328                                                 -e"s:QUEUE:${QUEUE}:" > run_sette_test1.job 
     329                    mv run_sette_test1.job run_sette_test.job 
     330                    ;; 
     331              XC40_METO*) 
     332                    cat run_sette_test.job | sed -e"s/QUEUE/${QUEUE}/" \ 
     333                                                 -e"s/SELECT/${SELECT}/" > run_sette_test1.job 
    281334                    mv run_sette_test1.job run_sette_test.job 
    282335                    ;; 

  • branches/2014/dev_r4650_UKMO10_Tidally_Meaned_Diagnostics/NEMOGCM/SETTE/sette.sh

    r5260 r5989  
    140140# SAS             :11 & 12 
    141141# ISOMIP          :13 & 14 
    142 # ORCA2_LIM_OBS:   15 
    143 # ORCA2_AGRIF_LIM :16 
     142# ORCA2_LIM_OBS   :15 
     143# ORCA2_AGRIF_LIM :16 & 17  
     144#                  18 & 19  
     145 
    144146for config in  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 
    145147 
    … …  
    166168    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    167169    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
    168     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    169170    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    170171    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    … …  
    190191    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    191192    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
    192     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    193193    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    194194    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    … …  
    236236    set_namelist namelist_cfg ln_ctl .false. 
    237237    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    238     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    239238    set_namelist namelist_cfg jpni 1 
    240239    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
    … …  
    263262    set_namelist namelist_cfg ln_ctl .false. 
    264263    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    265     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    266264    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    267265    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    … …  
    290288    . ./prepare_exe_dir.sh 
    291289    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    292     NPROC=4 
     290    NPROC=8 
    293291    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
    294292    cd ${EXE_DIR} 
    … …  
    300298    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
    301299    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    302     set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    303     set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
    304     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
     300    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
     301    set_namelist namelist_cfg jpnij 8 
    305302    set_namelist namelist_top_cfg ln_trcdta .false. 
    306303    set_namelist namelist_top_cfg ln_diatrc .false. 
    … …  
    336333    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
    337334    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    338     set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    339     set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
    340     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
     335    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
     336    set_namelist namelist_cfg jpnij 8 
    341337    set_namelist namelist_top_cfg ln_diatrc .false. 
    342338    set_namelist namelist_top_cfg ln_rsttr .true. 
    … …  
    396392    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
    397393    set_namelist namelist_cfg jpnij 16 
    398     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    399394    set_namelist namelist_top_cfg ln_trcdta .false. 
    400395    set_namelist namelist_top_cfg ln_diatrc .false. 
    … …  
    435430    set_namelist namelist_cfg jpnj 8 
    436431    set_namelist namelist_cfg jpnij 16 
    437     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    438432    set_namelist namelist_top_cfg ln_trcdta .false. 
    439433    set_namelist namelist_top_cfg ln_diatrc .false. 
    … …  
    472466    . ./prepare_exe_dir.sh 
    473467    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    474     NPROC=4 
     468    NPROC=8 
    475469    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
    476470    cd ${EXE_DIR} 
    … …  
    481475    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    482476    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    483     set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    484     set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
     477    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
     478    set_namelist namelist_cfg jpnij 8 
    485479    set_namelist namelist_top_cfg ln_trcdta .false. 
    486480    set_namelist namelist_top_cfg ln_diatrc .false. 
    … …  
    515509    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    516510    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    517     set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    518     set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
     511    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
     512    set_namelist namelist_cfg jpnij 8 
    519513    set_namelist namelist_top_cfg ln_diatrc .false. 
    520514    set_namelist namelist_top_cfg ln_rsttr .true. 
    … …  
    656650    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    657651    set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
    658     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    659652    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
    660653       set_xio_using_server iodef.xml true 
    … …  
    680673    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    681674    set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
    682     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    683675    set_namelist namelist_cfg cn_ocerst_in \"O2L3_LONG_00000075_restart\" 
    684676    set_namelist namelist_ice_cfg cn_icerst_in \"O2L3_LONG_00000075_restart_ice\" 
    … …  
    721713    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
    722714    set_namelist namelist_cfg jpnij 16 
    723     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    724715    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
    725716       set_xio_using_server iodef.xml true 
    … …  
    746737    set_namelist namelist_cfg jpnj 8 
    747738    set_namelist namelist_cfg jpnij 16 
    748     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    749739    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
    750740       set_xio_using_server iodef.xml true 
    … …  
    857847    export TEST_NAME="REPRO_4_8" 
    858848    . ./prepare_exe_dir.sh 
     849    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     850    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
    859851    cd ${EXE_DIR} 
    860852    set_namelist namelist_cfg nn_it000 1 
    … …  
    1000992    export TEST_NAME="LONG" 
    1001993    cd ${CONFIG_DIR} 
    1002     . ./makenemo -m ${CMP_NAM} -n ISOMIP_LONG -r ISOMIP -j 8 del_key ${DEL_KEYS} 
     994    . ./makenemo -m ${CMP_NAM} -n ISOMIP_LONG -u ISOMIP -j 8 del_key ${DEL_KEYS} 
    1003995    cd ${SETTE_DIR} 
    1004996    . ./param.cfg 
    … …  
    10151007    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    10161008    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
    1017     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    10181009    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    10191010    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    … …  
    10391030    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    10401031    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
    1041     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    10421032    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    10431033    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    … …  
    10681058    export TEST_NAME="REPRO_1_4" 
    10691059    cd ${CONFIG_DIR} 
    1070     . ./makenemo -m ${CMP_NAM} -n ISOMIP_4 -r ISOMIP -j 8 add_key "key_mpp_rep" del_key ${DEL_KEYS} 
     1060    . ./makenemo -m ${CMP_NAM} -n ISOMIP_4 -u ISOMIP -j 8 add_key "key_mpp_rep" del_key ${DEL_KEYS} 
    10711061    cd ${SETTE_DIR} 
    10721062    . ./param.cfg 
    … …  
    10841074    set_namelist namelist_cfg ln_ctl .false. 
    10851075    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    1086     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    10871076    set_namelist namelist_cfg jpni 1 
    10881077    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
    … …  
    11111100    set_namelist namelist_cfg ln_ctl .false. 
    11121101    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
    1113     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    11141102    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
    11151103    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    … …  
    11501138    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
    11511139    set_namelist namelist_cfg jpnij 16 
    1152     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2    
    11531140    set_namelist namelist_cfg ln_t3d .true. 
    11541141    set_namelist namelist_cfg ln_s3d .true. 
    … …  
    11891176    set_namelist namelist_cfg jpnj 8 
    11901177    set_namelist namelist_cfg jpnij 16 
    1191     set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
    11921178    set_namelist namelist_cfg ln_t3d .true. 
    11931179    set_namelist namelist_cfg ln_s3d .true. 
    … …  
    12351221    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
    12361222    set_namelist namelist_cfg jpnij 2 
     1223# 
    12371224    set_namelist 1_namelist_cfg nn_it000 1 
    12381225    set_namelist 1_namelist_cfg nn_itend 150 
    12391226    set_namelist 1_namelist_cfg ln_ctl .false. 
    12401227    set_namelist 1_namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1228 
    12411229    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
    12421230       set_xio_using_server iodef.xml true 
    … …  
    12501238fi 
    12511239 
     1240# test code corruption with AGRIF 
     1241# Compile and run with or without AGRIF ORCA2_LIM 
     1242if [ ${config} -eq 17 ] ;  then 
     1243    # First run same as 16 but without zoom 
     1244    export TEST_NAME="SHORT_NOZOOM" 
     1245    cd ${CONFIG_DIR} 
     1246    . ./makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2AGUL_2_2 -r ORCA2_LIM -j 8 add_key "key_mpp_rep key_agrif" del_key "key_zdftmx" del_key ${DEL_KEYS} 
     1247    cd ${SETTE_DIR} 
     1248    . ./param.cfg 
     1249    . ./all_functions.sh 
     1250    . ./prepare_exe_dir.sh 
     1251    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     1252    NPROC=4 
     1253    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
     1254    cd ${EXE_DIR} 
     1255    set_namelist namelist_cfg nn_it000 1 
     1256    set_namelist namelist_cfg nn_itend 75 
     1257    set_namelist namelist_cfg ln_ctl .false. 
     1258    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1259    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
     1260    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
     1261    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
     1262    set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
     1263#  
     1264#   Set the number of fine grids to zero:     
     1265    sed -i "1s/.*/0/" ${EXE_DIR}/AGRIF_FixedGrids.in 
     1266 
     1267    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     1268       set_xio_using_server iodef.xml true 
     1269    else 
     1270       set_xio_using_server iodef.xml false 
     1271    fi 
     1272    cd ${SETTE_DIR} 
     1273    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
     1274    cd ${SETTE_DIR} 
     1275    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
     1276 
     1277    export TEST_NAME="SHORT_NOAGRIF" 
     1278    cd ${CONFIG_DIR} 
     1279    . ./makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2AGUL_2_2_NAG -r ORCA2_LIM -j 8 add_key "key_mpp_rep" del_key "key_zdftmx" del_key ${DEL_KEYS} 
     1280    cd ${SETTE_DIR} 
     1281    . ./param.cfg 
     1282    . ./all_functions.sh 
     1283    . ./prepare_exe_dir.sh 
     1284    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     1285    NPROC=4 
     1286    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
     1287    cd ${EXE_DIR} 
     1288    set_namelist namelist_cfg nn_it000 1 
     1289    set_namelist namelist_cfg nn_itend 75 
     1290    set_namelist namelist_cfg ln_ctl .false. 
     1291    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1292    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
     1293    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
     1294    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
     1295    set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
     1296# 
     1297    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     1298       set_xio_using_server iodef.xml true 
     1299    else 
     1300       set_xio_using_server iodef.xml false 
     1301    fi 
     1302    cd ${SETTE_DIR} 
     1303    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
     1304    cd ${SETTE_DIR} 
     1305    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
     1306 
     1307fi 
     1308 
     1309## Restartability tests for ORCA2_LIM_AGRIF  
     1310if [ ${config} -eq 18 ] ;  then 
     1311    export TEST_NAME="LONG" 
     1312    cd ${CONFIG_DIR} 
     1313    . ./makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2AGUL_LONG -r ORCA2_LIM -j 8 add_key "key_mpp_rep key_agrif" del_key "key_zdftmx" del_key ${DEL_KEYS} 
     1314    cd ${SETTE_DIR} 
     1315    . ./param.cfg 
     1316    . ./all_functions.sh 
     1317    . ./prepare_exe_dir.sh 
     1318    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     1319    NPROC=4 
     1320    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
     1321    cd ${EXE_DIR} 
     1322    set_namelist namelist_cfg cn_exp \"O2LP_LONG\" 
     1323    set_namelist namelist_cfg nn_it000 1 
     1324    set_namelist namelist_cfg nn_itend 150 
     1325    set_namelist namelist_cfg nn_stock 75 
     1326    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1327    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
     1328    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
     1329    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
     1330    set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
     1331# 
     1332    set_namelist 1_namelist_cfg cn_exp \"O2LP_LONG\" 
     1333    set_namelist 1_namelist_cfg nn_it000 1 
     1334    set_namelist 1_namelist_cfg nn_itend 300 
     1335    set_namelist 1_namelist_cfg nn_stock 150 
     1336    set_namelist 1_namelist_cfg ln_ctl .false. 
     1337    set_namelist 1_namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1338# 
     1339    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     1340       set_xio_using_server iodef.xml true 
     1341    else 
     1342       set_xio_using_server iodef.xml false 
     1343    fi 
     1344    cd ${SETTE_DIR} 
     1345    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
     1346     
     1347    cd ${SETTE_DIR} 
     1348    export TEST_NAME="SHORT" 
     1349    . ./prepare_exe_dir.sh 
     1350    cd ${EXE_DIR} 
     1351    set_namelist namelist_cfg cn_exp \"O2LP_SHORT\" 
     1352    set_namelist namelist_cfg nn_it000 76 
     1353    set_namelist namelist_cfg nn_itend 150 
     1354    set_namelist namelist_cfg nn_stock 75 
     1355    set_namelist namelist_cfg ln_rstart .true. 
     1356    set_namelist namelist_cfg nn_rstctl 2 
     1357    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1358    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
     1359    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
     1360    set_namelist namelist_cfg jpnj 2 
     1361 
     1362    set_namelist namelist_cfg jpnij 4 
     1363    set_namelist 1_namelist_cfg cn_exp \"O2LP_SHORT\" 
     1364    set_namelist 1_namelist_cfg nn_it000 151 
     1365    set_namelist 1_namelist_cfg nn_itend 300 
     1366    set_namelist 1_namelist_cfg nn_stock 150 
     1367    set_namelist 1_namelist_cfg ln_rstart .true. 
     1368    set_namelist 1_namelist_cfg nn_rstctl 2 
     1369    set_namelist 1_namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1370    set_namelist namelist_cfg cn_ocerst_in \"O2LP_LONG_00000075_restart\" 
     1371    set_namelist namelist_ice_cfg cn_icerst_in \"O2LP_LONG_00000075_restart_ice\" 
     1372 
     1373    set_namelist 1_namelist_cfg cn_ocerst_in \"O2LP_LONG_00000150_restart\" 
     1374 
     1375    for (( i=1; i<=$NPROC; i++)) ; do 
     1376        L_NPROC=$(( $i - 1 )) 
     1377        L_NPROC=`printf "%04d\n" ${L_NPROC}` 
     1378        ln -sf ../LONG/O2LP_LONG_00000075_restart_${L_NPROC}.nc . 
     1379        ln -sf ../LONG/O2LP_LONG_00000075_restart_ice_${L_NPROC}.nc . 
     1380        ln -sf ../LONG/1_O2LP_LONG_00000150_restart_${L_NPROC}.nc . 
     1381    done 
     1382    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     1383       set_xio_using_server iodef.xml true 
     1384    else 
     1385       set_xio_using_server iodef.xml false 
     1386    fi 
     1387    cd ${SETTE_DIR} 
     1388    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
     1389    cd ${SETTE_DIR} 
     1390    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
     1391fi 
     1392 
     1393## Reproducibility tests for ORCA2_LIM_AGRIF 
     1394if [ ${config} -eq 19 ] ;  then 
     1395    export TEST_NAME="REPRO_4_4" 
     1396    cd ${CONFIG_DIR} 
     1397    . ./makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2AGUL_16 -r ORCA2_LIM -j 8 add_key "key_mpp_rep key_agrif" del_key "key_zdftmx" del_key ${DEL_KEYS} 
     1398    cd ${SETTE_DIR} 
     1399    . ./param.cfg 
     1400    . ./all_functions.sh 
     1401    . ./prepare_exe_dir.sh 
     1402    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     1403    NPROC=16 
     1404    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
     1405    cd ${EXE_DIR} 
     1406    set_namelist namelist_cfg nn_it000 1 
     1407    set_namelist namelist_cfg nn_itend 75 
     1408    set_namelist namelist_cfg ln_ctl .false. 
     1409    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1410    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
     1411    set_namelist namelist_cfg jpni 4 
     1412    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
     1413    set_namelist namelist_cfg jpnij 16 
     1414# 
     1415    set_namelist 1_namelist_cfg nn_it000 1 
     1416    set_namelist 1_namelist_cfg nn_itend 150 
     1417    set_namelist 1_namelist_cfg ln_ctl .false. 
     1418    set_namelist 1_namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1419 
     1420    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     1421       set_xio_using_server iodef.xml true 
     1422    else 
     1423       set_xio_using_server iodef.xml false 
     1424    fi 
     1425    cd ${SETTE_DIR} 
     1426    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
     1427    cd ${SETTE_DIR} 
     1428    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
     1429 
     1430    cd ${SETTE_DIR} 
     1431    export TEST_NAME="REPRO_2_8" 
     1432    . ./prepare_exe_dir.sh 
     1433    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
     1434    NPROC=16 
     1435    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
     1436    cd ${EXE_DIR} 
     1437    set_namelist namelist_cfg nn_it000 1 
     1438    set_namelist namelist_cfg nn_itend 75 
     1439    set_namelist namelist_cfg ln_ctl .false. 
     1440    set_namelist namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1441    set_namelist namelist_cfg nn_fwb 0 
     1442    set_namelist namelist_cfg jpni 2 
     1443    set_namelist namelist_cfg jpnj 8 
     1444    set_namelist namelist_cfg jpnij 16 
     1445# 
     1446    set_namelist 1_namelist_cfg nn_it000 1 
     1447    set_namelist 1_namelist_cfg nn_itend 150 
     1448    set_namelist 1_namelist_cfg ln_ctl .false. 
     1449    set_namelist 1_namelist_cfg ln_clobber .true. 
     1450 
     1451    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     1452       set_xio_using_server iodef.xml true 
     1453    else 
     1454       set_xio_using_server iodef.xml false 
     1455    fi 
     1456    cd ${SETTE_DIR} 
     1457    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
     1458    cd ${SETTE_DIR} 
     1459    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
     1460fi 
     1461 
    12521462done 

  • branches/2014/dev_r4650_UKMO10_Tidally_Meaned_Diagnostics/NEMOGCM/SETTE/sette_rpt

    r5260 r5989  
    393393 
    394394 
     395  if ( -d ./WORCA2_LIM_OBS ) then 
     396    set dorv = `ls -1rtd ./WORCA2_LIM_OBS/{$mach}/* | tail -1l ` 
     397    set dorv = $dorv:t 
     398    set f1o = ./WORCA2_LIM_OBS/{$mach}/{$dorv}/REPRO_2_8/ocean.output 
     399    set f1s = ./WORCA2_LIM_OBS/{$mach}/{$dorv}/REPRO_2_8/solver.stat 
     400    set f2o = ./WORCA2_LIM_OBS/{$mach}/{$dorv}/REPRO_4_4/ocean.output 
     401    set f2s = ./WORCA2_LIM_OBS/{$mach}/{$dorv}/REPRO_4_4/solver.stat 
     402 
     403    cmp -s $f1s $f2s 
     404    if ( $status == 0 ) then 
     405      echo "ORCA2_LIM_OBS   reproducibility passed" 
     406    else 
     407      echo "ORCA2_LIM_OBS   reproducibility FAILED" 
     408      if ( $pass == 1 ) then 
     409        echo "<return> to view solver.stat differences" 
     410        set y = $< 
     411        sdiff $f1s $f2s 
     412        echo "<return> to view ocean.output differences" 
     413        set y = $< 
     414        sdiff $f1o $f2o | grep "|" 
     415        echo "<return> to continue" 
     416        set y = $< 
     417      endif 
     418    endif 
     419  endif 
     420 
     421 
    395422  if ( -d ./WSAS_32 ) then 
    396423    set dorv = `ls -1rtd ./WSAS_32/{$mach}/* | tail -1l ` 
    … …  
    440467  endif 
    441468 
     469 
     470  if ( -d ./WORCA2AGUL_LONG ) then 
     471    set dorv = `ls -1rtd ./WORCA2AGUL_LONG/{$mach}/* | tail -1l ` 
     472    set dorv = $dorv:t 
     473    set f1o = ./WORCA2AGUL_LONG/{$mach}/{$dorv}/LONG/ocean.output 
     474    set f1s = ./WORCA2AGUL_LONG/{$mach}/{$dorv}/LONG/solver.stat 
     475    set f2o = ./WORCA2AGUL_LONG/{$mach}/{$dorv}/SHORT/ocean.output 
     476    set f2s = ./WORCA2AGUL_LONG/{$mach}/{$dorv}/SHORT/solver.stat 
     477   
     478    set nl = `wc -l $f2s` 
     479    tail -$nl[1] $f1s > f1.tmp$$ 
     480    cmp -s f1.tmp$$ $f2s 
     481    if ( $status == 0 ) then 
     482      echo "ORCA2_LIM_AGRIF restartability  passed" 
     483    else 
     484      echo "ORCA2_LIM_AGRIF restartability  FAILED" 
     485      if ( $pass == 1 ) then 
     486        echo "<return> to view solver.stat differences" 
     487        set y = $< 
     488        sdiff f1.tmp$$ $f2s 
     489        echo "<return> to view ocean.output differences" 
     490        set y = $< 
     491        sdiff $f1o $f2o | grep "|" 
     492        echo "<return> to continue" 
     493        set y = $< 
     494      endif 
     495    endif 
     496    rm f1.tmp$$ 
     497  endif 
     498 
     499  if ( -d ./WORCA2AGUL_16 ) then 
     500    set dorv = `ls -1rtd ./WORCA2AGUL_16/{$mach}/* | tail -1l ` 
     501    set dorv = $dorv:t 
     502    set f1o = ./WORCA2AGUL_16/{$mach}/{$dorv}/REPRO_2_8/ocean.output 
     503    set f1s = ./WORCA2AGUL_16/{$mach}/{$dorv}/REPRO_2_8/solver.stat 
     504    set f2o = ./WORCA2AGUL_16/{$mach}/{$dorv}/REPRO_4_4/ocean.output 
     505    set f2s = ./WORCA2AGUL_16/{$mach}/{$dorv}/REPRO_4_4/solver.stat 
     506   
     507    cmp -s $f1s $f2s 
     508    if ( $status == 0 ) then 
     509      echo "ORCA2_LIM_AGRIF reproducibility passed" 
     510    else 
     511      echo "ORCA2_LIM_AGRIF reproducibility FAILED" 
     512      if ( $pass == 1 ) then 
     513        echo "<return> to view solver.stat differences" 
     514        set y = $< 
     515        sdiff $f1s $f2s 
     516        echo "<return> to view ocean.output differences" 
     517        set y = $< 
     518        sdiff $f1o $f2o | grep "|" 
     519        echo "<return> to continue" 
     520        set y = $< 
     521      endif 
     522    endif 
     523  endif 
     524 
     525  if ( -d ./WORCA2AGUL_2_2_NAG ) then 
     526    set dorv = `ls -1rtd ./WORCA2AGUL_2_2_NAG/{$mach}/* | tail -1l ` 
     527    set dorv = $dorv:t 
     528    set f1o = ./WORCA2AGUL_2_2_NAG/{$mach}/{$dorv}/SHORT_NOAGRIF/ocean.output 
     529    set f1s = ./WORCA2AGUL_2_2_NAG/{$mach}/{$dorv}/SHORT_NOAGRIF/solver.stat 
     530    set dorv = `ls -1rtd ./WORCA2AGUL_2_2/{$mach}/* | tail -1l ` 
     531    set dorv = $dorv:t 
     532    set f2o = ./WORCA2AGUL_2_2/{$mach}/{$dorv}/SHORT_NOZOOM/ocean.output 
     533    set f2s = ./WORCA2AGUL_2_2/{$mach}/{$dorv}/SHORT_NOZOOM/solver.stat 
     534   
     535    cmp -s $f1s $f2s 
     536    if ( $status == 0 ) then 
     537      echo "ORCA2_LIM_AGRIF code corruption test passed" 
     538    else 
     539      echo "ORCA2_LIM_AGRIF code corruption test FAILED" 
     540      if ( $pass == 1 ) then 
     541        echo "<return> to view solver.stat differences" 
     542        set y = $< 
     543        sdiff $f1s $f2s 
     544        echo "<return> to view ocean.output differences" 
     545        set y = $< 
     546        sdiff $f1o $f2o | grep "|" 
     547        echo "<return> to continue" 
     548        set y = $< 
     549      endif 
     550    endif 
     551  endif 
     552 
    442553  echo "<return> for second (more detailed) pass (y/n)" 
    443554  set y = $< 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.