Changeset 6071


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2015-12-16T17:05:18+01:00 (5 years ago)
Author:
timgraham
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Commit of rest of merge with dev_MetOffice_merge_2015

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branches/2015/dev_merge_2015/NEMOGCM
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  • branches/2015/dev_merge_2015/NEMOGCM/ARCH/OLD/NOC/arch-ALTIX_NAUTILUS.fcm

    • Property svn:keywords set to Id
  • branches/2015/dev_merge_2015/NEMOGCM/ARCH/arch-ALTIX_NAUTILUS_MPT.fcm

    • Property svn:keywords set to Id
  • branches/2015/dev_merge_2015/NEMOGCM/CONFIG/AMM12/EXP00/iodef.xml

    r5385 r6071  
    2525      <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    2626 
    27       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
     27<!--old      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> old --> <!-- 1h files -->  
     28   <!-- TMB files --> 
     29      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."  >                       
     30 
     31   <file id="file9" name_suffix="_shelftmb_grid_T" description="ocean T grid variables" enabled=".TRUE." > 
     32     <field field_ref="top_temp"           name="votemper_top"   operation="instant" enabled=".TRUE." /> 
     33     <field field_ref="mid_temp"           name="votemper_mid"   operation="instant" enabled=".TRUE." /> 
     34     <field field_ref="bot_temp"           name="votemper_bot"   operation="instant" enabled=".TRUE." /> 
     35     <field field_ref="sshnmasked"         name="sossheig"       operation="instant" enabled=".TRUE." />  
     36     <field field_ref="top_sal"            name="vosaline_top"   operation="instant" enabled=".TRUE." /> 
     37     <field field_ref="mid_sal"            name="vosaline_mid"   operation="instant" enabled=".TRUE." /> 
     38     <field field_ref="bot_sal"            name="vosaline_bot"   operation="instant" enabled=".TRUE." /> 
     39   </file> 
     40 
     41   <file id="file10" name_suffix="_shelftmb_grid_U" description="TMB ocean U grid variables" enabled=".TRUE." > 
     42     <field field_ref="top_u"         name="vozocrtx_top"   operation="instant" /> 
     43     <field field_ref="mid_u"         name="vozocrtx_mid"   operation="instant" /> 
     44     <field field_ref="bot_u"         name="vozocrtx_bot"   operation="instant" /> 
     45     <field field_ref="baro_u"        name="vobtcrtx"       operation="instant" /> 
     46   </file> 
     47 
     48   <file id="file11" name_suffix="_shelftmb_grid_V" description="TMB ocean V grid variables" enabled=".TRUE." > 
     49     <field field_ref="top_v"         name="vomecrty_top"   operation="instant" /> 
     50     <field field_ref="mid_v"         name="vomecrty_mid"   operation="instant" /> 
     51     <field field_ref="bot_v"         name="vomecrty_bot"   operation="instant" /> 
     52     <field field_ref="baro_v"        name="vobtcrty"       operation="instant" /> 
     53   </file> 
     54 
     55      </file_group> 
     56 
    2857      <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    2958      <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    3059      <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    3160      <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
     61 
     62      <file_group id="25h_mean" output_freq="1d" output_level="10" enabled=".TRUE."> 
     63 
     64 
     65     <file id="file12" name_suffix="_25hourm_grid_T" description="ocean T grid variables, 25h meaned" enabled=".TRUE." > 
     66     <field field_ref="temper25h"   name="votemper"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
     67     <field field_ref="tempis25h"   name="votempis"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
     68     <field field_ref="salin25h"    name="vosaline"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
     69     <field field_ref="ssh25h"      name="sossheig"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
     70    </file> 
     71 
     72     <file id="file13" name_suffix="_25hourm_grid_U" description="ocean U grid variables, 25h meaned" enabled=".TRUE." > 
     73     <field field_ref="vozocrtx25h" name="vozocrtx"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
     74    </file> 
     75 
     76     <file id="file14" name_suffix="_25hourm_grid_V" description="ocean V grid variables, 25h meaned" enabled=".TRUE." > 
     77     <field field_ref="vomecrty25h" name="vomecrty"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
     78    </file> 
     79 
     80     <file id="file15" name_suffix="_25hourm_grid_W" description="ocean W grid variables, 25h meaned" enabled=".TRUE." > 
     81     <field field_ref="vomecrtz25h"          name="vomerctz"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
     82     <field field_ref="woce"                 name="vovecrtz"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
     83     <field field_ref="avt25h"               name="votkeavt"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
     84     <field field_ref="avm25h"               name="votkeavm"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
     85     <field field_ref="tke25h"               name="votke"  operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
     86     <field field_ref="mxln25h"              name="mxln"   operation="instant" enabled=".TRUE."/> 
     87    </file> 
     88      </file_group> 
    3289      
    3390      <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- 1d files --> 
     
    98155      <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    99156      <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
     157 
    100158 
    101159   </file_definition> 
  • branches/2015/dev_merge_2015/NEMOGCM/CONFIG/AMM12/EXP00/namelist_cfg

    r6060 r6071  
    446446!----------------------------------------------------------------------- 
    447447/ 
     448!----------------------------------------------------------------------- 
     449&nam_diatmb  !  Top Middle Bottom Output 
     450!----------------------------------------------------------------------- 
     451   ln_diatmb  = .true.    !  Choose Top Middle and Bottom output or not 
     452/ 
     453!----------------------------------------------------------------------- 
     454&nam_dia25h  !  25h Mean Output 
     455!----------------------------------------------------------------------- 
     456   ln_dia25h  = .true.    ! Choose 25h mean output or not 
     457/ 
     458 
  • branches/2015/dev_merge_2015/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/namelist_cfg

    r6060 r6071  
    259259/ 
    260260!----------------------------------------------------------------------- 
    261 &namobs       !  observation usage                                      ('key_diaobs') 
     261&namobs       !  observation usage 
    262262!----------------------------------------------------------------------- 
    263263/ 
  • branches/2015/dev_merge_2015/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM3/cpp_ORCA2_LIM3.fcm

    r6060 r6071  
    1  bld::tool::fppkeys key_trabbl key_lim3 key_zdftke key_zdfddm key_zdftmx  key_mpp_mpi key_diaobs key_asminc key_iomput key_nosignedzero 
     1bld::tool::fppkeys key_trabbl key_lim3 key_zdftke key_zdfddm key_zdftmx key_iomput key_mpp_mpi key_asminc key_nosignedzero 
  • branches/2015/dev_merge_2015/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_CFC_C14b/EXP00/1_namelist_cfg

    r6060 r6071  
    868868   ln_ignmis  = .true.     ! Logical switch for ignoring missing files    
    869869                           !     endailyavtypes   ENACT daily average types                     
    870    ln_grid_global = .true. 
    871870   ln_grid_search_lookup = .false. 
    872871/  
  • branches/2015/dev_merge_2015/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/field_def.xml

    r6060 r6071  
    4040         <field id="sstgrad2"     long_name="square of module of sst gradient"                                                        unit="degC2/m2" /> 
    4141         <field id="sbt"          long_name="sea bottom temperature"                                                                  unit="degC"     /> 
    42      
     42         <field id="sst_wl"       long_name="Delta SST of warm layer"                                                                 unit="degC"     /> 
     43         <field id="sst_cs"       long_name="Delta SST of cool skin"                                                                  unit="degC"     /> 
     44    <field id="temp_3m"      long_name="temperature at 3m"                                                                       unit="degC"     /> 
     45          
    4346         <field id="sss"          long_name="sea surface salinity"             standard_name="sea_surface_salinity"   unit="1e-3" /> 
    4447         <field id="sss2"         long_name="square of sea surface salinity"                                          unit="1e-6"  > sss * sss </field > 
     
    197200 
    198201         <!-- * variable related to ice shelf forcing * --> 
    199          <field id="fwfisf"       long_name="Ice shelf melting"                             unit="kg/m2/s"  /> 
    200          <field id="qisf"         long_name="Ice Shelf Heat Flux"                           unit="W/m2"     /> 
    201          <field id="isfgammat"    long_name="transfert coefficient for isf (temperature)"   unit="m/s"      /> 
    202          <field id="isfgammas"    long_name="transfert coefficient for isf (salinity)"      unit="m/s"      /> 
    203          <field id="stbl"         long_name="salinity in the Losh tbl"                      unit="1e-3"     /> 
    204          <field id="ttbl"         long_name="temperature in the Losh tbl"                   unit="degC"     /> 
     202         <field id="fwfisf"       long_name="Ice shelf melting"                                            unit="Kg/m2/s"  /> 
     203         <field id="qisf"         long_name="Ice Shelf Heat Flux"                                          unit="W/m2"     /> 
     204         <field id="isfgammat"    long_name="transfert coefficient for isf (temperature) "                 unit="m/s"      /> 
     205         <field id="isfgammas"    long_name="transfert coefficient for isf (salinity)    "                 unit="m/s"      /> 
     206    <field id="stbl"         long_name="salinity in the Losh tbl                    "                 unit="PSU"      /> 
     207    <field id="ttbl"         long_name="temperature in the Losh tbl                 "                 unit="C"        /> 
     208    <field id="utbl"         long_name="zonal current in the Losh tbl at T point    "                 unit="m/s"      /> 
     209    <field id="vtbl"         long_name="merid current in the Losh tbl at T point    "                 unit="m/s"      /> 
     210    <field id="thermald"     long_name="thermal driving of ice shelf melting        "                 unit="C"        /> 
     211    <field id="tfrz"         long_name="top freezing point (used to compute melt)   "                 unit="C"        /> 
     212    <field id="tinsitu"      long_name="top insitu temperature (used to cmpt melt)  "                 unit="C"        /> 
     213    <field id="ustar"        long_name="ustar at T point used in ice shelf melting  "                 unit="m/s"      /> 
    205214 
    206215         <!-- *_oce variables available with ln_blk_clio or ln_blk_core --> 
     
    10391048      <field field_ref="woce"         name="wo"       long_name="ocean vertical velocity"  /> 
    10401049    </field_group> 
    1041      
     1050 
     1051       <!-- TMB diagnostic output --> 
     1052    <field_group  id="1h_grid_T_tmb" grid_ref="grid_T_2D" operation="instant"> 
     1053     <field id="top_temp"           name="votemper_top"  unit="degC"  /> 
     1054     <field id="mid_temp"           name="votemper_mid"  unit="degC"  /> 
     1055     <field id="bot_temp"           name="votemper_bot"  unit="degC"  /> 
     1056     <field id="top_sal"            name="vosaline_top"  unit="psu"   /> 
     1057     <field id="mid_sal"            name="vosaline_mid"  unit="psu"   /> 
     1058     <field id="bot_sal"            name="vosaline_bot"  unit="psu"   /> 
     1059     <field id="sshnmasked"         name="sossheig"      unit="m"     />  
     1060   </field_group> 
     1061    <field_group  id="1h_grid_U_tmb" grid_ref="grid_U_2D" operation="instant"> 
     1062     <field id="top_u"           name="vozocrtx_top"  unit="m/s"  /> 
     1063     <field id="mid_u"           name="vozocrtx_mid"  unit="m/s"  /> 
     1064     <field id="bot_u"           name="vozocrtx_bot"  unit="m/s"  /> 
     1065     <field id="baro_u"          name="vobtcrtx"      unit="m/s"  /> 
     1066   </field_group> 
     1067    <field_group  id="1h_grid_V_tmb" grid_ref="grid_V_2D" operation="instant"> 
     1068     <field id="top_v"           name="vomecrty_top"  unit="m/s"  /> 
     1069     <field id="mid_v"           name="vomecrty_mid"  unit="m/s"  /> 
     1070     <field id="bot_v"           name="vomecrty_bot"  unit="m/s"  /> 
     1071     <field id="baro_v"          name="vobtcrty"      unit="m/s"  /> 
     1072   </field_group> 
     1073       <!-- 25h diagnostic output --> 
     1074      <field_group id="25h_grid_T" grid_ref="grid_T_3D" operation="instant"> 
     1075   <field id="temper25h"         name="potential temperature 25h mean"    unit="degC" /> 
     1076   <field id="tempis25h"         name="insitu temperature 25h mean"    unit="degC" /> 
     1077   <field id="salin25h"          name="salinity 25h mean"                 unit="psu"  /> 
     1078   <field id="ssh25h"            name="sea surface height 25h mean"  grid_ref="grid_T_2D"      unit="m"    /> 
     1079      </field_group> 
     1080 
     1081      <field_group id="25h_grid_U" grid_ref="grid_U_3D" operation="instant" > 
     1082   <field id="vozocrtx25h"         name="i current 25h mean"    unit="m/s"   /> 
     1083      </field_group> 
     1084 
     1085      <field_group id="25h_grid_V" grid_ref="grid_V_3D" operation="instant"> 
     1086   <field id="vomecrty25h"         name="j current 25h mean"    unit="m/s"    /> 
     1087      </field_group> 
     1088 
     1089      <field_group id="25h_grid_W" grid_ref="grid_W_3D" operation="instant"> 
     1090   <field id="vomecrtz25h"         name="k current 25h mean"                 unit="m/s"      /> 
     1091   <field id="avt25h"             name="vertical diffusivity25h mean"       unit="m2/s" /> 
     1092   <field id="avm25h"              name="vertical viscosity 25h mean"        unit="m2/s" /> 
     1093   <field id="tke25h"              name="turbulent kinetic energy 25h mean" /> 
     1094   <field id="mxln25h"             name="mixing length 25h mean"             unit="m" /> 
     1095      </field_group> 
     1096 
     1097 
    10421098 
    10431099   </field_definition> 
  • branches/2015/dev_merge_2015/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_ref

    • Property svn:keywords set to Id
    r6060 r6071  
    3131   nn_itend    =    5475   !  last  time step (std 5475) 
    3232   nn_date0    =  010101   !  date at nit_0000 (format yyyymmdd) used if ln_rstart=F or (ln_rstart=T and nn_rstctl=0 or 1) 
     33   nn_time0    =       0   !  initial time of day in hhmm 
    3334   nn_leapy    =       0   !  Leap year calendar (1) or not (0) 
    3435   ln_rstart   = .false.   !  start from rest (F) or from a restart file (T) 
     
    4243      cn_ocerst_out = "restart"  !  suffix of ocean restart name (output) 
    4344      cn_ocerst_outdir = "."     !  directory in which to write output ocean restarts 
     45   ln_iscpl    = .false.   !  cavity evolution forcing or coupling to ice sheet model 
    4446   nn_istate   =       0   !  output the initial state (1) or not (0) 
    4547   ln_rst_list = .false.   !  output restarts at list of times using nn_stocklist (T) or at set frequency with nn_stock (F) 
     
    132134   nn_msh      =    1      !  create (=1) a mesh file or not (=0) 
    133135   rn_hmin     =   -3.     !  min depth of the ocean (>0) or min number of ocean level (<0) 
     136   rn_isfhmin  =    1.00   !  treshold (m) to discriminate grounding ice to floating ice 
    134137   rn_e3zps_min=   20.     !  partial step thickness is set larger than the minimum of 
    135138   rn_e3zps_rat=    0.1    !  rn_e3zps_min and rn_e3zps_rat*e3t, with 0<rn_e3zps_rat<1 
     
    230233!!   namsbc_cpl      CouPLed            formulation                     ("key_oasis3" ) 
    231234!!   namsbc_sas      StAndalone Surface module 
    232 !!   namtra_qsr      penetrative solar radiation                        (ln_traqsr  =T) 
    233 !!   namsbc_rnf      river runoffs                                      (ln_rnf     =T) 
    234 !!   namsbc_isf      ice shelf melting/freezing                         (nn_isf     >0) 
    235 !!   namsbc_apr      Atmospheric Pressure                               (ln_apr_dyn =T) 
    236 !!   namsbc_ssr      sea surface restoring term (for T and/or S)        (ln_ssr     =T) 
     235!!   namtra_qsr      penetrative solar radiation 
     236!!   namsbc_rnf      river runoffs 
     237!!   namsbc_isf      ice shelf melting/freezing 
     238!!   namsbc_iscpl    coupling option between land ice model and ocean 
     239!!   namsbc_apr      Atmospheric Pressure 
     240!!   namsbc_ssr      sea surface restoring term (for T and/or S) 
    237241!!   namsbc_alb      albedo parameters 
    238242!!   namsbc_wave     external fields from wave model                    (ln_wave    =T) 
     
    279283                           !     =2 annual global mean of e-p-r set to zero 
    280284   ln_apr_dyn  = .false.   !  Patm gradient added in ocean & ice Eqs.   (T => fill namsbc_apr ) 
    281    nn_isf      = 0         !  ice shelf melting/freezing                (/=0 => fill namsbc_isf) 
    282                            !  0 =no isf                  1 = presence of ISF 
    283                            !  2 = bg03 parametrisation   3 = rnf file for isf 
    284                            !  4 = ISF fwf specified 
    285                            !  option 1 and 4 need ln_isfcav = .true. (domzgr) 
     285   ln_isf      = .false.   !  ice shelf                                 (T   => fill namsbc_isf) 
    286286   ln_wave = .false.       !  coupling with surface wave                    (T => fill namsbc_wave) 
    287287   nn_lsm  = 0             !  =0 land/sea mask for input fields is not applied (keep empty land/sea mask filename field) , 
     
    453453&namsbc_isf    !  Top boundary layer (ISF)                              (nn_isf >0) 
    454454!----------------------------------------------------------------------- 
    455 !              ! file name ! frequency (hours) ! variable ! time interp. ! clim   ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! 
    456 !              !           !  (if <0  months)  !   name   !   (logical)  ! (T/F)  ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
     455!              ! file name ! frequency (hours) ! variable ! time interpol. !  clim   ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
     456!              !           !  (if <0  months)  !   name   !    (logical)   !  (T/F)  ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    457457! nn_isf == 4 
    458    sn_qisf      = 'rnfisf' ,         -12       ,'sohflisf',    .false.   , .true. , 'yearly'  ,  ''      ,   '' 
    459    sn_fwfisf    = 'rnfisf' ,         -12       ,'sowflisf',    .false.   , .true. , 'yearly'  ,  ''      ,   '' 
     458   sn_fwfisf   = 'rnfisf'  ,         -12       ,'sowflisf',     .false.    , .true.  , 'yearly'  ,  ''      ,   ''     , '' 
    460459! nn_isf == 3 
    461    sn_rnfisf    = 'runoffs',         -12       ,'sofwfisf',    .false.   , .true. , 'yearly'  ,  ''      ,  '' 
     460   sn_rnfisf   = 'rnfisf'  ,         -12       ,'sofwfisf',     .false.    , .true.  , 'yearly'  ,  ''      ,   ''     , '' 
    462461! nn_isf == 2 and 3 
    463    sn_depmax_isf = 'runoffs',        -12       ,'sozisfmax',   .false.   , .true. , 'yearly'  ,  ''      ,  '' 
    464    sn_depmin_isf = 'runoffs',        -12       ,'sozisfmin',   .false.   , .true. , 'yearly'  ,  ''      ,  '' 
     462   sn_depmax_isf = 'rnfisf' ,        -12       ,'sozisfmax' ,   .false.    , .true.  , 'yearly'  ,  ''      ,   ''     , '' 
     463   sn_depmin_isf = 'rnfisf' ,        -12       ,'sozisfmin' ,   .false.    , .true.  , 'yearly'  ,  ''      ,   ''     , '' 
    465464! nn_isf == 2 
    466    sn_Leff_isf = 'rnfisf'  ,           0       ,'Leff'    ,    .false.   , .true. , 'yearly'  ,  ''      ,   '' 
    467  
     465   sn_Leff_isf = 'rnfisf'  ,         -12       ,'Leff'    ,     .false.    , .true.  , 'yearly'  ,  ''      ,   ''     , '' 
    468466! for all case 
    469    ln_divisf   = .true.   ! apply isf melting as a mass flux or in the salinity trend. (maybe I should remove this option as for runoff?) 
     467   nn_isf      = 1         !  ice shelf melting/freezing 
     468                           !  1 = presence of ISF    2 = bg03 parametrisation  
     469                           !  3 = rnf file for isf   4 = ISF fwf specified 
     470                           !  option 1 and 4 need ln_isfcav = .true. (domzgr) 
    470471! only for nn_isf = 1 or 2 
    471472   rn_gammat0  = 1.e-4    ! gammat coefficient used in blk formula 
    472473   rn_gammas0  = 1.e-4    ! gammas coefficient used in blk formula 
     474! only for nn_isf = 1 or 4 
     475   rn_hisf_tbl =  30.      ! thickness of the top boundary layer    (Losh et al. 2008) 
     476                          ! 0 => thickness of the tbl = thickness of the first wet cell 
    473477! only for nn_isf = 1 
    474    nn_isfblk   =  1       ! 1 ISOMIP ; 2 conservative (3 equation formulation, Jenkins et al. 1991 ??) 
    475    rn_hisf_tbl =  30.     ! thickness of the top boundary layer           (Losh et al. 2008) 
    476                           ! 0 => thickness of the tbl = thickness of the first wet cell 
    477    ln_conserve = .true.   ! conservative case (take into account meltwater advection) 
     478   nn_isfblk   = 1        ! 1 ISOMIP  like: 2 equations formulation (Hunter et al., 2006) 
     479                          ! 2 ISOMIP+ like: 3 equations formulation (Asay-Davis et al., 2015) 
    478480   nn_gammablk = 1        ! 0 = cst Gammat (= gammat/s) 
    479481                          ! 1 = velocity dependend Gamma (u* * gammat/s)  (Jenkins et al. 2010) 
    480                           !     if you want to keep the cd as in global config, adjust rn_gammat0 to compensate 
    481                           ! 2 = velocity and stability dependent Gamma    Holland et al. 1999 
    482 / 
    483 !----------------------------------------------------------------------- 
    484 &namsbc_apr    !   Atmospheric pressure forcing (in ocean or bulk)      (ln_apr_dyn=T) 
     482                          ! 2 = velocity and stability dependent Gamma    (Holland et al. 1999) 
     483/ 
     484!----------------------------------------------------------------------- 
     485&namsbc_iscpl  !   land ice / ocean coupling option                      
     486!----------------------------------------------------------------------- 
     487   nn_drown  = 10       ! number of iteration of the extrapolation loop (fill the new wet cells) 
     488   ln_hsb    = .false.  ! activate conservation module (conservation exact after a time of rn_fiscpl) 
     489   nn_fiscpl = 43800    ! (number of time step) conservation period (maybe should be fix to the coupling frequencey of restart frequency) 
     490/ 
     491!----------------------------------------------------------------------- 
     492&namsbc_apr    !   Atmospheric pressure used as ocean forcing or in bulk 
    485493!----------------------------------------------------------------------- 
    486494!              !  file name ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
     
    10671075                           !     (no physical validity of the results) 
    10681076   nn_timing   =    0      !  timing by routine activated (=1) creates timing.output file, or not (=0) 
     1077   nn_diacfl   =    0      !  Write out cfl diagnostics (=1) in cfl_diagnostics.ascii, or not (=0) 
    10691078/ 
    10701079!----------------------------------------------------------------------- 
     
    11761185!!               ***  Observation & Assimilation  *** 
    11771186!!====================================================================== 
    1178 !!   namobs       observation and model comparison                      ('key_diaobs') 
     1187!!   namobs       observation and model comparison 
    11791188!!   nam_asminc   assimilation increments                               ('key_asminc') 
    11801189!!====================================================================== 
    11811190! 
    11821191!----------------------------------------------------------------------- 
    1183 &namobs       !  observation usage switch                               ('key_diaobs') 
    1184 !----------------------------------------------------------------------- 
    1185    ln_t3d     = .false.    ! Logical switch for T profile observations 
    1186    ln_s3d     = .false.    ! Logical switch for S profile observations 
    1187    ln_ena     = .false.    ! Logical switch for ENACT insitu data set 
    1188    ln_cor     = .false.    ! Logical switch for Coriolis insitu data set 
    1189    ln_profb   = .false.    ! Logical switch for feedback insitu data set 
    1190    ln_sla     = .false.    ! Logical switch for SLA observations 
    1191    ln_sladt   = .false.    ! Logical switch for AVISO SLA data 
    1192    ln_slafb   = .false.    ! Logical switch for feedback SLA data 
    1193    ln_ssh     = .false.    ! Logical switch for SSH observations 
    1194    ln_sst     = .false.    ! Logical switch for SST observations 
    1195    ln_reysst  = .false.    ! Logical switch for Reynolds observations 
    1196    ln_ghrsst  = .false.    ! Logical switch for GHRSST observations 
    1197    ln_sstfb   = .false.    ! Logical switch for feedback SST data 
    1198    ln_sss     = .false.    ! Logical switch for SSS observations 
    1199    ln_seaice  = .false.    ! Logical switch for Sea Ice observations 
    1200    ln_vel3d   = .false.    ! Logical switch for velocity observations 
    1201    ln_velavcur= .false     ! Logical switch for velocity daily av. cur. 
    1202    ln_velhrcur= .false     ! Logical switch for velocity high freq. cur. 
    1203    ln_velavadcp=.false.    ! Logical switch for velocity daily av. ADCP 
    1204    ln_velhradcp=.false.    ! Logical switch for velocity high freq. ADCP 
    1205    ln_velfb   = .false.    ! Logical switch for feedback velocity data 
    1206    ln_grid_global=.false.  ! Global distribtion of observations 
    1207    ln_grid_search_lookup = .false. !  Logical switch for obs grid search w/lookup table 
    1208    grid_search_file = 'grid_search'  !  Grid search lookup file header 
     1192&namobs       !  observation usage switch 
     1193!----------------------------------------------------------------------- 
     1194   ln_diaobs  = .false.             ! Logical switch for the observation operator 
     1195   ln_t3d     = .false.             ! Logical switch for T profile observations 
     1196   ln_s3d     = .false.             ! Logical switch for S profile observations 
     1197   ln_sla     = .false.             ! Logical switch for SLA observations 
     1198   ln_sst     = .false.             ! Logical switch for SST observations 
     1199   ln_sic     = .false.             ! Logical switch for Sea Ice observations 
     1200   ln_vel3d   = .false.             ! Logical switch for velocity observations 
     1201   ln_altbias = .false.             ! Logical switch for altimeter bias correction 
     1202   ln_nea     = .false.             ! Logical switch for rejection of observations near land 
     1203   ln_grid_global = .true.          ! Logical switch for global distribution of observations 
     1204   ln_grid_search_lookup = .false.  ! Logical switch for obs grid search w/lookup table 
     1205   ln_ignmis  = .true.              ! Logical switch for ignoring missing files 
     1206   ln_s_at_t  = .false.             ! Logical switch for computing model S at T obs if not there 
     1207   ln_sstnight = .false.            ! Logical switch for calculating night-time average for SST obs 
    12091208! All of the *files* variables below are arrays. Use namelist_cfg to add more files 
    1210    enactfiles = 'enact.nc' !  ENACT input observation file names (specify full array in namelist_cfg) 
    1211    coriofiles = 'corio.nc' !  Coriolis input observation file name 
    1212    profbfiles = 'profiles_01.nc' ! Profile feedback input observation file name 
    1213    ln_profb_enatim = .false !        Enact feedback input time setting switch 
    1214    slafilesact = 'sla_act.nc' !  Active SLA input observation file names 
    1215    slafilespas = 'sla_pass.nc' ! Passive SLA input observation file names 
    1216    slafbfiles = 'sla_01.nc' ! slafbfiles: Feedback SLA input observation file names 
    1217    sstfiles = 'ghrsst.nc'   ! GHRSST input observation file names 
    1218    sstfbfiles = 'sst_01.nc' ! Feedback SST input observation file names 
    1219    seaicefiles = 'seaice_01.nc' ! Sea Ice input observation file names 
    1220    velavcurfiles  = 'velavcurfile.nc'  ! Vel. cur. daily av. input file name 
    1221    velhrcurfiles  = 'velhrcurfile.nc'  ! Vel. cur. high freq. input file name 
    1222    velavadcpfiles = 'velavadcpfile.nc' ! Vel. ADCP daily av. input file name 
    1223    velhradcpfiles = 'velhradcpfile.nc' ! Vel. ADCP high freq. input file name 
    1224    velfbfiles = 'velfbfile.nc' ! Vel. feedback input observation file name 
    1225    dobsini = 20000101.000000  !  Initial date in window YYYYMMDD.HHMMSS 
    1226    dobsend = 20010101.000000  !  Final date in window YYYYMMDD.HHMMSS 
    1227    n1dint = 0  !               Type of vertical interpolation method 
    1228    n2dint = 0  !               Type of horizontal interpolation method 
    1229    ln_nea = .false.   !        Rejection of observations near land switch 
    1230    nmsshc     = 0     !        MSSH correction scheme 
    1231    mdtcorr = 1.61     !        MDT  correction 
    1232    mdtcutoff = 65.0   !        MDT cutoff for computed correction 
    1233    ln_altbias = .false.    ! Logical switch for alt bias 
    1234    ln_ignmis  = .true.     ! Logical switch for ignoring missing files 
    1235    endailyavtypes = 820    ! ENACT daily average types - array (use namelist_cfg to set more values) 
     1209   cn_profbfiles = 'profiles_01.nc'    ! Profile feedback input observation file names 
     1210   cn_slafbfiles = 'sla_01.nc'         ! SLA feedback input observation file names 
     1211   cn_sstfbfiles = 'sst_01.nc'         ! SST feedback input observation file names 
     1212   cn_sicfbfiles = 'sic_01.nc'         ! SIC feedback input observation file names 
     1213   cn_velfbfiles = 'vel_01.nc'         ! Velocity feedback input observation file names 
     1214   cn_altbiasfile = 'altbias.nc'       ! Altimeter bias input file name 
     1215   cn_gridsearchfile = 'gridsearch.nc' ! Grid search file name 
     1216   rn_gridsearchres = 0.5              ! Grid search resolution 
     1217   rn_dobsini = 00010101.000000        ! Initial date in window YYYYMMDD.HHMMSS 
     1218   rn_dobsend = 00010102.000000        ! Final date in window YYYYMMDD.HHMMSS 
     1219   nn_1dint = 0                        ! Type of vertical interpolation method 
     1220   nn_2dint = 0                        ! Type of horizontal interpolation method 
     1221   nn_msshc = 0                        ! MSSH correction scheme 
     1222   rn_mdtcorr = 1.61                   ! MDT  correction 
     1223   rn_mdtcutoff = 65.0                 ! MDT cutoff for computed correction 
     1224   nn_profdavtypes = -1                ! Profile daily average types - array 
     1225   ln_sstbias = .false.  
     1226   cn_sstbias_files = 'sstbias.nc' 
    12361227/ 
    12371228!----------------------------------------------------------------------- 
     
    12531244    nn_divdmp = 0          !  Number of iterations of divergence damping operator 
    12541245/ 
     1246!----------------------------------------------------------------------- 
     1247&namsbc_wave   ! External fields from wave model 
     1248!----------------------------------------------------------------------- 
     1249!              !  file name  ! frequency (hours) ! variable     ! time interp. !  clim   ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
     1250!              !             !  (if <0  months)  !   name       !   (logical)  !  (T/F)  ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     1251   sn_cdg      =  'cdg_wave' ,        1          , 'drag_coeff' ,     .true.   , .false. , 'daily'   ,  ''      , ''       , '' 
     1252   sn_usd      =  'sdw_wave' ,        1          , 'u_sd2d'     ,     .true.   , .false. , 'daily'   ,  ''      , ''       , '' 
     1253   sn_vsd      =  'sdw_wave' ,        1          , 'v_sd2d'     ,     .true.   , .false. , 'daily'   ,  ''      , ''       , '' 
     1254   sn_wn       =  'sdw_wave' ,        1          , 'wave_num'   ,     .true.   , .false. , 'daily'   ,  ''      , ''       , '' 
     1255! 
     1256   cn_dir_cdg  = './'  !  root directory for the location of drag coefficient files 
     1257/ 
     1258!----------------------------------------------------------------------- 
     1259&namdyn_nept  !   Neptune effect (simplified: lateral and vertical diffusions removed) 
     1260!----------------------------------------------------------------------- 
     1261   ! Suggested lengthscale values are those of Eby & Holloway (1994) for a coarse model 
     1262   ln_neptsimp       = .false.  ! yes/no use simplified neptune 
     1263 
     1264   ln_smooth_neptvel = .false.  ! yes/no smooth zunep, zvnep 
     1265   rn_tslse          =  1.2e4   ! value of lengthscale L at the equator 
     1266   rn_tslsp          =  3.0e3   ! value of lengthscale L at the pole 
     1267   ! Specify whether to ramp down the Neptune velocity in shallow 
     1268   ! water, and if so the depth range controlling such ramping down 
     1269   ln_neptramp       = .true.   ! ramp down Neptune velocity in shallow water 
     1270   rn_htrmin         =  100.0   ! min. depth of transition range 
     1271   rn_htrmax         =  200.0   ! max. depth of transition range 
     1272/ 
     1273!----------------------------------------------------------------------- 
     1274&namdiu !   Cool skin and warm layer modesl 
     1275!----------------------------------------------------------------------- 
     1276   ln_diurnal = .false. 
     1277   ln_diurnal_only = .false. 
     1278/ 
     1279!----------------------------------------------------------------------- 
     1280&nam_diatmb  !  Top Middle Bottom Output 
     1281!----------------------------------------------------------------------- 
     1282   ln_diatmb  = .false.    !  Choose Top Middle and Bottom output or not 
     1283/ 
     1284!----------------------------------------------------------------------- 
     1285&nam_dia25h  !  25h Mean Output 
     1286!----------------------------------------------------------------------- 
     1287   ln_dia25h  = .false.    ! Choose 25h mean output or not 
     1288/ 
  • branches/2015/dev_merge_2015/NEMOGCM/CONFIG/cfg.txt

    r5656 r6071  
    77AMM12 OPA_SRC 
    88ORCA2_LIM_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
    9 GYRE OPA_SRC 
    109ORCA2_LIM3 OPA_SRC LIM_SRC_3 NST_SRC 
    1110ORCA2_LIM OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    1211ORCA2_OFF_PISCES OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
     12GYRE OPA_SRC 
  • branches/2015/dev_merge_2015/NEMOGCM/CONFIG/uspcfg.txt

    r5333 r6071  
    11ORCA1_CICE # ORCA2_LIM # OPA_SRC TOP_SRC  # http://gws-access.ceda.ac.uk/public/nemo/uspconfigs/ORCA1_CICE/v3.6.0/ORCA1_CICE_ctl.txt 
    22ISOMIP     # GYRE      # OPA_SRC          # http://gws-access.ceda.ac.uk/public/nemo/uspconfigs/ISOMIP/v3.6.0/ISOMIP_ctl.txt 
     3ISOMIP_r5151_UKMO_ISF     # GYRE      # OPA_SRC          # http://gws-access.ceda.ac.uk/public/nemo/uspconfigs/ISOMIP_r5151_UKMO_ISF/v3.6.0/ISOMIP_ctl.txt 
  • branches/2015/dev_merge_2015/NEMOGCM/SETTE/BATCH_TEMPLATE/batch-XC40_METO

    r5480 r6071  
    22#! 
    33#PBS -N nemo_sette 
    4 #PBS -l walltime=00:30:00 
     4#PBS -l walltime=00:08:00 
    55#PBS -j oe 
    6 #PBS -q QUEUE 
     6#PBS -q normal 
    77#PBS -l SELECT 
    88 
     
    7777# Run SPMD case 
    7878# 
    79     if [ $OCORES -gt 32 ] ; then 
    80         #Still more than one node so run in parallel queue 
    81         echo time aprun -b  -n $OCORES -N $O_PER_NODE ./opa 
    82              time aprun -b  -n $OCORES -N $O_PER_NODE ./opa 
    83     else 
    84        echo time mpiexec -n $OCORES ./opa 
    85             time mpiexec -n $OCORES ./opa 
    86     fi 
     79    echo time aprun -b  -n $OCORES -N $O_PER_NODE ./opa 
     80         time aprun -b  -n $OCORES -N $O_PER_NODE ./opa 
    8781  fi 
    8882# 
  • branches/2015/dev_merge_2015/NEMOGCM/SETTE/input_ORCA2_LIM.cfg

    r5398 r6071  
    1 ORCA2_LIM_nemo_v3.6.tar ORCA2_LIM_nemo_v3.6 
     1ORCA2_LIM_nemo_v3.6st.tar ORCA2_LIM_nemo_v3.6 
  • branches/2015/dev_merge_2015/NEMOGCM/SETTE/prepare_job.sh

    r5559 r6071  
    266266                                echo NB_XNODES=${NB_XNODES}  
    267267                                echo Total NB_NODES=${NB_NODES} 
    268                                 if [ ${NB_NODES} -eq 1 ] ; then 
    269                                    QUEUE=shared 
    270                                    #Not using XIOS in detatched mode and using less than one node so should be ok on shared node 
    271                                    #Load snplauncher module to allow use of mpiexec 
    272                                    SELECT="select=1:ncpus=$((NXIO_PROC + NB_PROC))":mem=15GB 
    273                                    module load cray-snplauncher 
    274                                    echo 'Shared Queue' 
    275                                 else 
    276                                    QUEUE=normal 
    277                                    SELECT="select=$NB_NODES" 
    278                                    module unload cray-snplauncher #Make sure snplauncher module is not loaded 
    279                                    echo 'Normal Queue' 
    280                                 fi 
     268                                QUEUE=normal 
     269                                SELECT="select=$NB_NODES" 
     270                                module unload cray-snplauncher #Make sure snplauncher module is not loaded 
    281271                                ;; 
    282272                        openmpi_NAVITI_MERCATOR) 
     
    330320                    ;; 
    331321              XC40_METO*) 
    332                     cat run_sette_test.job | sed -e"s/QUEUE/${QUEUE}/" \ 
    333                                                  -e"s/SELECT/${SELECT}/" > run_sette_test1.job 
     322                    cat run_sette_test.job | sed -e"s/SELECT/${SELECT}/" > run_sette_test1.job 
    334323                    mv run_sette_test1.job run_sette_test.job 
    335324                    ;; 
  • branches/2015/dev_merge_2015/NEMOGCM/SETTE/sette.sh

    r6060 r6071  
    11371137    export TEST_NAME="REPRO_4_4" 
    11381138    cd ${CONFIG_DIR} 
    1139     . ./makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2_LIM_OBS -r ORCA2_LIM -j 8 add_key "key_mpp_rep key_diaobs key_asminc" del_key ${DEL_KEYS} 
     1139    . ./makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2_LIM_OBS -r ORCA2_LIM -j 8 add_key "key_mpp_rep key_asminc" del_key ${DEL_KEYS} 
    11401140    cd ${SETTE_DIR} 
    11411141    . ./param.cfg 
     
    11541154    set_namelist namelist_cfg jpnj 4 
    11551155    set_namelist namelist_cfg jpnij 16 
    1156 #   set_namelist namelist_cfg nn_solv 2    
     1156    set_namelist namelist_cfg ln_diaobs .true. 
    11571157    set_namelist namelist_cfg ln_t3d .true. 
    11581158    set_namelist namelist_cfg ln_s3d .true. 
    1159     set_namelist namelist_cfg ln_profb .true. 
    11601159    set_namelist namelist_cfg ln_sst .true. 
    1161     set_namelist namelist_cfg ln_sstfb .true. 
    11621160    set_namelist namelist_cfg ln_sla .true. 
    1163     set_namelist namelist_cfg ln_slafb .true. 
    1164     set_namelist namelist_cfg ln_seaice .false. 
     1161    set_namelist namelist_cfg ln_sic .true. 
     1162    set_namelist namelist_cfg ln_vel3d .true. 
    11651163    set_namelist namelist_cfg ln_bkgwri .true. 
    11661164    set_namelist namelist_cfg ln_trainc .true. 
     
    11931191    set_namelist namelist_cfg jpnj 8 
    11941192    set_namelist namelist_cfg jpnij 16 
    1195 #   set_namelist namelist_cfg nn_solv 2 
     1193    set_namelist namelist_cfg ln_diaobs .true. 
    11961194    set_namelist namelist_cfg ln_t3d .true. 
    11971195    set_namelist namelist_cfg ln_s3d .true. 
    1198     set_namelist namelist_cfg ln_profb .true. 
    11991196    set_namelist namelist_cfg ln_sst .true. 
    1200     set_namelist namelist_cfg ln_sstfb .true. 
    12011197    set_namelist namelist_cfg ln_sla .true. 
    1202     set_namelist namelist_cfg ln_slafb .true. 
    1203     set_namelist namelist_cfg ln_seaice .false. 
     1198    set_namelist namelist_cfg ln_sic .true. 
     1199    set_namelist namelist_cfg ln_vel3d .true. 
    12041200    set_namelist namelist_cfg ln_bkgwri .true. 
    12051201    set_namelist namelist_cfg ln_trainc .true. 
  • branches/2015/dev_merge_2015/NEMOGCM/fcm-make/inc/keys-orca2_lim.cfg

    r6060 r6071  
    11preprocess.prop{fpp.defs} = \ 
    2   key_trabbl key_lim2 key_dynspg_flt key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_zdftke key_zdfddm key_zdftmx key_iomput key_mpp_mpi key_diaobs key_asminc 
     2  key_trabbl key_lim2 key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_zdftke key_zdfddm key_zdftmx key_iomput key_mpp_mpi key_asminc 
  • branches/2015/dev_merge_2015/NEMOGCM/fcm-make/inc/keys-orca2_lim3.cfg

    r6060 r6071  
    11preprocess.prop{fpp.defs} = \ 
    2   key_trabbl key_lim3 key_vvl key_dynspg_ts key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_zdftke key_zdfddm key_zdftmx key_iomput key_mpp_mpi key_diaobs key_asminc 
     2  key_trabbl key_lim3 key_vvl key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_zdftke key_zdfddm key_zdftmx key_iomput key_mpp_mpi key_asminc 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.