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Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
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Changeset 6225 for branches/2014/dev_r4704_NOC5_MPP_BDY_UPDATE/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2016-01-08T10:35:19+01:00 (8 years ago)
Author:
jamesharle
Message:

Update MPP_BDY_UPDATE branch to be consistent with head of trunk

Location:
branches/2014/dev_r4704_NOC5_MPP_BDY_UPDATE/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES
Files:
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  • branches/2014/dev_r4704_NOC5_MPP_BDY_UPDATE/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r4696 r6225  
    3434 
    3535   <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    36      <field field_ref="sst"          name="tos"      long_name="sea_surface_temperature"                       /> 
    37      <field field_ref="sss"          name="sos"      long_name="sea_surface_salinity"                          /> 
    38      <field field_ref="ssh"          name="zos"      long_name="sea_surface_height_above_geoid"                /> 
     36     <field field_ref="sst"          name="tos" /> 
     37     <field field_ref="sss"          name="sos" /> 
     38     <field field_ref="ssh"          name="zos" /> 
    3939   </file> 
    4040 
    4141   <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    42      <field field_ref="suoce"        name="uos"     long_name="sea_surface_x_velocity"    /> 
     42     <field field_ref="ssu"          name="uos" /> 
    4343   </file> 
    4444    
    4545   <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    46      <field field_ref="svoce"        name="vos"     long_name="sea_surface_y_velocity"    /> 
    47    </file> 
    48     
     46     <field field_ref="ssv"          name="vos" /> 
     47   </file> 
     48 
     49        <file id="file4" name_suffix="_bioscalar" description="pisces sms variables" > 
     50          <field field_ref="tdenit"   name="tdenit"   unit="TgN/yr" operation="instant" > tdenit * 14. * 86400. * 365. / 1e12 </field> 
     51          <field field_ref="tnfix"    name="tnfix"    unit="TgN/yr" operation="instant" > tnfix * 14. * 86400. * 365. / 1e12 </field> 
     52          <field field_ref="tcflx"    name="tcflx"    unit="PgC/yr" operation="instant" > tcflx * -1. * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
     53          <field field_ref="tcflxcum" name="tcflxcum" unit="PgC"    operation="instant" > tcflxcum * -1. * 12. / 1e15 </field> 
     54          <field field_ref="tcexp"    name="tcexp"    unit="PgC/yr" operation="instant" > tcexp * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
     55          <field field_ref="tintpp"   name="tintpp"   unit="PgC/yr" operation="instant" > tintpp * 12. * 86400. * 365. / 1e15 </field> 
     56          <field field_ref="pno3tot"  name="pno3tot"  unit="umolN"  > pno3tot * 16. / 122. * 1e6 </field> 
     57          <field field_ref="ppo4tot"  name="ppo4tot"  unit="umolP"  > ppo4tot * 1. / 122. * 1e6 </field> 
     58          <field field_ref="psiltot"  name="psiltot"  unit="umolC"  > psiltot * 1e6  </field> 
     59          <field field_ref="palktot"  name="palktot"  unit="umolC"  > palktot * 1e6  </field> 
     60        <field field_ref="pfertot"  name="pfertot"  unit="nmolFe" > pfertot * 1e9  </field> 
     61                                                                                                                             </file> 
    4962      </file_group> 
    5063 
    … …  
    5366      <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->    
    5467 
    55    <file id="file4" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    56      <field field_ref="toce"         name="thetao"   long_name="sea_water_potential_temperature"               /> 
    57      <field field_ref="soce"         name="so"       long_name="sea_water_salinity"                            /> 
    58      <field field_ref="sst"          name="tos"      long_name="sea_surface_temperature"                       /> 
    59      <field field_ref="sst2"         name="tossq"    long_name="square_of_sea_surface_temperature"             /> 
    60      <field field_ref="sss"          name="sos"      long_name="sea_surface_salinity"                          /> 
    61      <field field_ref="ssh"          name="zos"      long_name="sea_surface_height_above_geoid"                /> 
    62      <field field_ref="ssh2"         name="zossq"    long_name="square_of_sea_surface_height_above_geoid"      /> 
    63      <field field_ref="empmr"        name="wfo"      long_name="water_flux_into_sea_water"                     /> 
    64      <field field_ref="qsr"          name="rsntds"   long_name="surface_net_downward_shortwave_flux"           /> 
    65      <field field_ref="qt"           name="tohfls"   long_name="surface_net_downward_total_heat_flux"          /> 
    66      <field field_ref="taum"         /> 
    67      <field field_ref="mldkz5"       /> 
    68      <field field_ref="mldr10_1"     /> 
    69            <!-- variables available with MLE 
    70           <field field_ref="Lf_NHpf"    name="Lf_NHpf"  long_name="MLE:_Lf=NH/f"     /> 
    71       --> 
    72    </file> 
    73     
    74    <file id="file5" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    75      <field field_ref="uoce"         name="uo"      long_name="sea_water_x_velocity"      /> 
    76      <field field_ref="suoce"        name="uos"     long_name="sea_surface_x_velocity"    /> 
    77      <field field_ref="utau"         name="tauuo"   long_name="surface_downward_x_stress" /> 
    78           <!-- variables available with MLE 
    79           <field field_ref="psiu_mle"     name="psiu_mle"  long_name="MLE_streamfunction_along_i-axis" /> 
    80      --> 
    81    </file> 
    82     
    83    <file id="file6" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    84      <field field_ref="voce"         name="vo"      long_name="sea_water_y_velocity"      /> 
    85      <field field_ref="svoce"        name="vos"     long_name="sea_surface_y_velocity"    /> 
    86      <field field_ref="vtau"         name="tauvo"   long_name="surface_downward_y_stress" /> 
    87           <!-- variables available with MLE 
    88           <field field_ref="psiv_mle"     name="psiv_mle"  long_name="MLE_streamfunction_along_j-axis" /> 
    89      --> 
    90    </file> 
    91     
    92    <file id="file7" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    93      <field field_ref="woce"         name="wo"      long_name="ocean vertical velocity"         /> 
    94      <field field_ref="avt"          name="difvho"  long_name="ocean_vertical_heat_diffusivity" /> 
    95    </file> 
    96     
    97    <file id="file8" name_suffix="_icemod" description="ice variables" > 
    98      <field field_ref="ice_pres"                     /> 
    99      <field field_ref="snowthic_cea" name="snd"     long_name="surface_snow_thickness"   /> 
    100      <field field_ref="icethic_cea"  name="sit"     long_name="sea_ice_thickness"        /> 
    101      <field field_ref="iceprod_cea"  name="sip"     long_name="sea_ice_thickness"        /> 
    102      <field field_ref="ist_ipa"      /> 
    103      <field field_ref="uice_ipa"     /> 
    104      <field field_ref="vice_ipa"     /> 
    105      <field field_ref="utau_ice"     /> 
    106      <field field_ref="vtau_ice"     /> 
    107      <field field_ref="qsr_io_cea"   /> 
    108      <field field_ref="qns_io_cea"   /> 
    109      <field field_ref="snowpre"      /> 
     68   <file id="file5" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
     69     <field field_ref="toce"         name="thetao" /> 
     70     <field field_ref="soce"         name="so"     /> 
     71     <field field_ref="sst"          name="tos"    /> 
     72     <field field_ref="sst2"         name="tossq"  /> 
     73     <field field_ref="sss"          name="sos"    /> 
     74     <field field_ref="ssh"          name="zos"    /> 
     75     <field field_ref="ssh2"         name="zossq"  /> 
     76     <field field_ref="empmr"        name="wfo"    /> 
     77     <field field_ref="qsr"          name="rsntds" /> 
     78     <field field_ref="qt"           name="tohfls" /> 
     79     <field field_ref="taum"     /> 
     80     <field field_ref="mldkz5"   /> 
     81     <field field_ref="mldr10_1" /> 
     82   </file> 
     83    
     84   <file id="file6" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
     85     <field field_ref="uoce"         name="uo"     /> 
     86     <field field_ref="ssu"          name="uos"    /> 
     87     <field field_ref="utau"         name="tauuo"  /> 
     88   </file> 
     89    
     90   <file id="file7" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
     91     <field field_ref="voce"         name="vo"     /> 
     92     <field field_ref="ssv"          name="vos"    /> 
     93     <field field_ref="vtau"         name="tauvo"  /> 
     94   </file> 
     95    
     96   <file id="file8" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
     97     <field field_ref="woce"         name="wo"     /> 
     98     <field field_ref="avt"          name="difvho" /> 
     99   </file> 
     100    
     101   <file id="file9" name_suffix="_icemod" description="ice variables" > 
     102     <field field_ref="ice_pres"   /> 
     103     <field field_ref="snowthic_cea" name="snd"    /> 
     104     <field field_ref="icethic_cea"  name="sit"    /> 
     105     <field field_ref="iceprod_cea"  name="sip"    /> 
     106     <field field_ref="ist_ipa"    /> 
     107     <field field_ref="uice_ipa"   /> 
     108     <field field_ref="vice_ipa"   /> 
     109     <field field_ref="utau_ice"   /> 
     110     <field field_ref="vtau_ice"   /> 
     111     <field field_ref="qsr_io_cea" /> 
     112     <field field_ref="qns_io_cea" /> 
     113     <field field_ref="snowpre"    /> 
    110114   </file> 
    111115    
    … …  
    114118      <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real monthly files --> 
    115119 
    116    <file id="file9" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
     120   <file id="file10" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
    117121          <field field_ref="DIC"      /> 
    118122          <field field_ref="Alkalini" /> 
    … …  
    126130   </file> 
    127131    
    128    <file id="file10" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
     132   <file id="file11" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
    129133          <field field_ref="Cflx"     /> 
    130134          <field field_ref="Dpco2"    /> 
    … …  
    140144      <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real yearly files --> 
    141145 
    142    <file id="file11" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
     146   <file id="file12" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
    143147          <field field_ref="DIC"      /> 
    144148          <field field_ref="Alkalini" /> 
    … …  
    167171   </file> 
    168172 
    169    <file id="file12" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
     173   <file id="file13" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
    170174          <field field_ref="PH"       /> 
    171175          <field field_ref="CO3"      /> 
    … …  
    233237     
    234238   <axis_definition>   
    235       <axis id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m" positive="down" /> 
    236       <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m" positive="down" /> 
    237       <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m" positive="down" /> 
    238       <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    239       <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
    240       <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
     239      <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
     240      <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
     241      <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
     242      <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
     243      <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
     244      <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
     245      <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
     246      <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
     247      <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    241248   </axis_definition>  
    242249     

  • branches/2014/dev_r4704_NOC5_MPP_BDY_UPDATE/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_cfg

    r4370 r6225  
    2424&namzgr        !   vertical coordinate 
    2525!----------------------------------------------------------------------- 
     26   ln_zps      = .true.    !  z-coordinate - partial steps 
     27   ln_linssh   = .true.    !  linear free surface 
    2628/ 
    2729!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    4850/ 
    4951!----------------------------------------------------------------------- 
    50 &namsplit      !   time splitting parameters                            ("key_dynspg_ts") 
    51 !----------------------------------------------------------------------- 
    52 / 
    53 !----------------------------------------------------------------------- 
    5452&namcrs        !   Grid coarsening for dynamics output and/or 
    5553               !   passive tracer coarsened online simulations 
    … …  
    9391/ 
    9492!----------------------------------------------------------------------- 
    95 &namcla        !   cross land advection 
    96 !----------------------------------------------------------------------- 
    97 / 
    98 !----------------------------------------------------------------------- 
    9993&nambfr        !   bottom friction 
    10094!----------------------------------------------------------------------- 
    10195/ 
    10296!----------------------------------------------------------------------- 
    103 &nambbc        !   bottom temperature boundary condition 
    104 !----------------------------------------------------------------------- 
     97&nambbc        !   bottom temperature boundary condition                (default: NO) 
     98!----------------------------------------------------------------------- 
     99   ln_trabbc   = .true.    !  Apply a geothermal heating at the ocean bottom 
    105100/ 
    106101!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    115110&namtra_adv    !   advection scheme for tracer 
    116111!----------------------------------------------------------------------- 
     112   ln_traadv_fct =  .true.    !  FCT scheme 
     113      nn_fct_h   =  2               !  =2/4, horizontal 2nd / 4th order  
     114      nn_fct_v   =  2               !  =2/4, vertical   2nd / COMPACT 4th order  
     115      nn_fct_zts =  0               !  > 1 , 2nd order FCT scheme with vertical sub-timestepping 
     116      !                             !        (number of sub-timestep = nn_fct_zts) 
    117117/ 
    118118!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    120120!----------------------------------------------------------------------- 
    121121/ 
    122 !----------------------------------------------------------------------- 
    123 &namtra_adv_mle !  mixed layer eddy parametrisation (Fox-Kemper param) 
    124 !----------------------------------------------------------------------- 
    125 / 
    126122!---------------------------------------------------------------------------------- 
    127123&namtra_ldf    !   lateral diffusion scheme for tracers 
    128124!---------------------------------------------------------------------------------- 
     125   !                       !  Operator type: 
     126   ln_traldf_lap   =  .true.   !    laplacian operator 
     127   ln_traldf_blp   =  .false.  !  bilaplacian operator 
     128   !                       !  Direction of action: 
     129   ln_traldf_lev   =  .false.  !  iso-level 
     130   ln_traldf_hor   =  .false.  !  horizontal (geopotential) 
     131   ln_traldf_iso   =  .true.   !  iso-neutral (standard operator) 
     132   ln_traldf_triad =  .false.  !  iso-neutral (triad    operator) 
     133   ! 
     134   !                       !  iso-neutral options:         
     135   ln_traldf_msc   =  .true.   !  Method of Stabilizing Correction (both operators) 
     136   rn_slpmax       =   0.01    !  slope limit                      (both operators) 
     137   ln_triad_iso    =  .false.  !  pure horizontal mixing in ML              (triad only) 
     138   rn_sw_triad     =  1        !  =1 switching triad ; =0 all 4 triads used (triad only) 
     139   ln_botmix_triad =  .false.  !  lateral mixing on bottom                  (triad only) 
     140   ! 
     141   !                       !  Coefficients: 
     142   nn_aht_ijk_t    = 20        !  space/time variation of eddy coef 
     143   !                                !   =-20 (=-30)    read in eddy_diffusivity_2D.nc (..._3D.nc) file 
     144   !                                !   =  0           constant 
     145   !                                !   = 10 F(k)      =ldf_c1d 
     146   !                                !   = 20 F(i,j)    =ldf_c2d 
     147   !                                !   = 21 F(i,j,t)  =Treguier et al. JPO 1997 formulation 
     148   !                                !   = 30 F(i,j,k)  =ldf_c2d + ldf_c1d 
     149   !                                !   = 31 F(i,j,k,t)=F(local velocity) 
     150   rn_aht_0        = 2000.     !  lateral eddy diffusivity   (lap. operator) [m2/s] 
     151   rn_bht_0        = 1.e+12    !  lateral eddy diffusivity (bilap. operator) [m4/s] 
     152/ 
     153!---------------------------------------------------------------------------------- 
     154&namtra_ldfeiv !   eddy induced velocity param. 
     155!---------------------------------------------------------------------------------- 
     156   ln_ldfeiv     =.true.   ! use eddy induced velocity parameterization 
     157   ln_ldfeiv_dia =.true.   ! diagnose eiv stream function and velocities 
     158   rn_aeiv_0     = 2000.   ! eddy induced velocity coefficient   [m2/s] 
     159   nn_aei_ijk_t  = 21      ! space/time variation of the eiv coeficient 
     160   !                                !   =-20 (=-30)    read in eddy_induced_velocity_2D.nc (..._3D.nc) file 
     161   !                                !   =  0           constant 
     162   !                                !   = 10 F(k)      =ldf_c1d 
     163   !                                !   = 20 F(i,j)    =ldf_c2d 
     164   !                                !   = 21 F(i,j,t)  =Treguier et al. JPO 1997 formulation 
     165   !                                !   = 30 F(i,j,k)  =ldf_c2d + ldf_c1d 
    129166/ 
    130167!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    139176&namdyn_vor    !   option of physics/algorithm (not control by CPP keys) 
    140177!----------------------------------------------------------------------- 
     178   ln_dynvor_ene = .false. !  enstrophy conserving scheme 
     179   ln_dynvor_ens = .false. !  energy conserving scheme 
     180   ln_dynvor_mix = .false. !  mixed scheme 
     181   ln_dynvor_een = .true.  !  energy & enstrophy scheme 
     182      nn_een_e3f = 0             !  e3f = masked averaging of e3t divided by 4 (=0) or by the sum of mask (=1) 
    141183/ 
    142184!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    145187/ 
    146188!----------------------------------------------------------------------- 
     189&namdyn_spg    !   surface pressure gradient 
     190!----------------------------------------------------------------------- 
     191   ln_dynspg_ts  = .true.  !  split-explicit free surface 
     192/ 
     193!----------------------------------------------------------------------- 
    147194&namdyn_ldf    !   lateral diffusion on momentum 
    148195!----------------------------------------------------------------------- 
     196   !                       !  Type of the operator : 
     197   !                           !  no diffusion: set ln_dynldf_lap=..._blp=F  
     198   ln_dynldf_lap =  .true.     !    laplacian operator 
     199   ln_dynldf_blp =  .false.    !  bilaplacian operator 
     200   !                       !  Direction of action  : 
     201   ln_dynldf_lev =  .true.     !  iso-level 
     202   ln_dynldf_hor =  .false.    !  horizontal (geopotential) 
     203   ln_dynldf_iso =  .false.    !  iso-neutral 
     204   !                       !  Coefficient 
     205   nn_ahm_ijk_t  = -30         !  space/time variation of eddy coef 
     206   !                                !  =-30  read in eddy_viscosity_3D.nc file 
     207   !                                !  =-20  read in eddy_viscosity_2D.nc file 
     208   !                                !  =  0  constant  
     209   !                                !  = 10  F(k)=c1d 
     210   !                                !  = 20  F(i,j)=F(grid spacing)=c2d 
     211   !                                !  = 30  F(i,j,k)=c2d*c1d 
     212   !                                !  = 31  F(i,j,k)=F(grid spacing and local velocity) 
     213   rn_ahm_0      =  40000.     !  horizontal laplacian eddy viscosity   [m2/s] 
     214   rn_ahm_b      =      0.     !  background eddy viscosity for ldf_iso [m2/s] 
     215   rn_bhm_0      = 1.e+12      !  horizontal bilaplacian eddy viscosity [m4/s] 
    149216/ 
    150217!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    165232/ 
    166233!----------------------------------------------------------------------- 
    167 &namsol        !   elliptic solver / island / free surface 
    168 !----------------------------------------------------------------------- 
    169 / 
    170 !----------------------------------------------------------------------- 
    171234&nammpp        !   Massively Parallel Processing                        ("key_mpp_mpi) 
    172235!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    184247!----------------------------------------------------------------------- 
    185248/ 
    186 !----------------------------------------------------------------------- 
    187 &namdyn_nept  !   Neptune effect (simplified: lateral and vertical diffusions removed) 
    188 !----------------------------------------------------------------------- 
    189 / 

  • branches/2014/dev_r4704_NOC5_MPP_BDY_UPDATE/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_top_cfg

    r4340 r6225  
    55&namtrc_run     !   run information 
    66!----------------------------------------------------------------------- 
    7    ln_top_euler  = .true.    !  use Euler time-stepping for TOP 
    87/ 
    98!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    6362&namtrc_adv    !   advection scheme for passive tracer  
    6463!----------------------------------------------------------------------- 
    65    ln_trcadv_tvd     =  .false.  !  TVD scheme 
    66    ln_trcadv_muscl   =  .true.   !  MUSCL scheme 
     64   ln_trcadv_mus =  .true.  !  MUSCL scheme 
     65      ln_mus_ups =  .false.         !  use upstream scheme near river mouths 
    6766/ 
    6867!----------------------------------------------------------------------- 

  • branches/2014/dev_r4704_NOC5_MPP_BDY_UPDATE/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/cpp_ORCA2_LIM_PISCES.fcm

    r4523 r6225  
    1 bld::tool::fppkeys key_trabbl key_lim2 key_dynspg_flt key_diaeiv key_ldfslp key_traldf_c2d key_traldf_eiv key_dynldf_c3d key_zdftke key_zdfddm key_zdftmx key_top key_pisces key_iomput key_mpp_mpi 
     1bld::tool::fppkeys key_trabbl key_lim2 key_zdftke key_zdfddm key_zdftmx key_top key_pisces key_mpp_mpi key_iomput 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.