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Changeset 6372 for branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG – NEMO

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2016-03-08T11:12:40+01:00 (8 years ago)
Author:
frrh
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branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG
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  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/AMM12/EXP00/namelist_cfg

    r6371 r6372  
    200200/ 
    201201!----------------------------------------------------------------------- 
     202&namobc        !   open boundaries parameters                           ("key_obc") 
     203!----------------------------------------------------------------------- 
     204/ 
     205!----------------------------------------------------------------------- 
    202206&namagrif      !  AGRIF zoom                                            ("key_agrif") 
    203207!----------------------------------------------------------------------- 
     
    365369/ 
    366370!----------------------------------------------------------------------- 
    367 &namzdf_tmx_new !  new tidal mixing parameterization                    ("key_zdftmx_new") 
    368 !----------------------------------------------------------------------- 
    369 / 
    370 !----------------------------------------------------------------------- 
    371371&namsol        !   elliptic solver / island / free surface 
    372372!----------------------------------------------------------------------- 
  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/C1D_PAPA/EXP00/namelist_cfg

    r6371 r6372  
    141141&namtra_qsr    !   penetrative solar radiation 
    142142!----------------------------------------------------------------------- 
    143 !              !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    144 !              !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    145    sn_chl      ='chlorophyll_PAPASTATION', -1    , 'CHLA'    ,   .true.     , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    146143/ 
    147144!----------------------------------------------------------------------- 
     
    176173!----------------------------------------------------------------------- 
    177174&namcla        !   cross land advection 
     175!----------------------------------------------------------------------- 
     176/ 
     177!----------------------------------------------------------------------- 
     178&namobc        !   open boundaries parameters                           ("key_obc") 
    178179!----------------------------------------------------------------------- 
    179180/ 
     
    303304/ 
    304305!----------------------------------------------------------------------- 
    305 &namzdf_tmx_new !  new tidal mixing parameterization                    ("key_zdftmx_new") 
    306 !----------------------------------------------------------------------- 
    307 / 
    308 !----------------------------------------------------------------------- 
    309306&namsol        !   elliptic solver / island / free surface 
    310307!----------------------------------------------------------------------- 
  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/GYRE/EXP00/namelist_cfg

    r6371 r6372  
    160160/ 
    161161!----------------------------------------------------------------------- 
     162&namobc        !   open boundaries parameters                           ("key_obc") 
     163!----------------------------------------------------------------------- 
     164/ 
     165!----------------------------------------------------------------------- 
    162166&namagrif      !  AGRIF zoom                                            ("key_agrif") 
    163167!----------------------------------------------------------------------- 
     
    300304/ 
    301305!----------------------------------------------------------------------- 
    302 &namzdf_tmx_new !  new tidal mixing parameterization                    ("key_zdftmx_new") 
    303 !----------------------------------------------------------------------- 
    304 / 
    305 !----------------------------------------------------------------------- 
    306306&namsol        !   elliptic solver / island / free surface 
    307307!----------------------------------------------------------------------- 
  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_BFM/EXP00/namelist_cfg

    r6371 r6372  
    165165/ 
    166166!----------------------------------------------------------------------- 
     167&namobc        !   open boundaries parameters                           ("key_obc") 
     168!----------------------------------------------------------------------- 
     169/ 
     170!----------------------------------------------------------------------- 
    167171&namagrif      !  AGRIF zoom                                            ("key_agrif") 
    168172!----------------------------------------------------------------------- 
  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_XIOS/EXP00/iodef.xml

    r6371 r6372  
    22<simulation>  
    33 
    4  <context id="nemo" > 
     4 <context id="nemo" time_origin="1900-01-01 00:00:00" > 
    55     
    66    <!-- $id$ --> 
     
    1919=                                         put the variables you want...                                    = 
    2020============================================================================================================ 
    21        --> 
     21    --> 
     22     
     23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     24     
     25      <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
     26      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
     27      <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
     28      <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
     29      <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
     30      <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
     31      
     32      <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
     33      <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
     34      <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->   
     35  
     36   <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
     37     <field field_ref="toce"         name="votemper"  /> 
     38     <field field_ref="soce"         name="vosaline"  /> 
     39     <field field_ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
     40     <field field_ref="sss"          name="sosaline"  /> 
     41     <field field_ref="ssh"          name="sossheig"  /> 
     42     <field field_ref="empmr"        name="sowaflup"  /> 
     43     <field field_ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
     44      <field field_ref="saltflx"      name="sosfldow"  /> 
     45     <field field_ref="qt"           name="sohefldo"  /> 
     46     <field field_ref="mldr10_1"     name="somxl010"  /> 
     47     <field field_ref="mldkz5"       name="somixhgt"  /> 
     48    </file> 
     49    
     50   <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
     51          <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
     52          <field field_ref="utau"         name="sozotaux"  /> 
     53    </file> 
     54    
     55   <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
     56          <field field_ref="voce"         name="vomecrty"  />  
     57          <field field_ref="vtau"         name="sometauy"  />  
     58    </file> 
     59    
     60   <file id="file4" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
     61          <field field_ref="woce"         name="vovecrtz" /> 
     62          <field field_ref="avt"          name="votkeavt" /> 
     63          <field field_ref="aht2d"        name="soleahtw" /> 
     64    </file> 
    2265 
    23     <file_definition src="./file_def.xml"/> 
     66      </file_group> 
     67       
     68      <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
     69      <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
     70      <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
     71      <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
     72      <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    2473 
    25     <!-- 
    26   
     74      <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
     75      <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
     76      <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
     77      <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
     78 
     79   </file_definition> 
     80     
     81    <!--  
    2782============================================================================================================ 
    2883= grid definition = = DO NOT CHANGE = 
     
    45100    
    46101   <grid_definition>     
    47      <grid id="grid_T_2D" > 
    48        <domain id="grid_T" /> 
    49      </grid> 
    50      <grid id="grid_T_3D" > 
    51        <domain id="grid_T" /> 
    52        <axis id="deptht" /> 
    53      </grid> 
    54      <grid id="grid_U_2D" > 
    55        <domain id="grid_U" /> 
    56      </grid> 
    57      <grid id="grid_U_3D" > 
    58        <domain id="grid_U" /> 
    59        <axis id="depthu" /> 
    60      </grid> 
    61      <grid id="grid_V_2D" > 
    62        <domain id="grid_V" /> 
    63      </grid> 
    64      <grid id="grid_V_3D" > 
    65        <domain id="grid_V" /> 
    66        <axis id="depthv" /> 
    67      </grid> 
    68      <grid id="grid_W_2D" > 
    69        <domain id="grid_W" /> 
    70      </grid> 
    71      <grid id="grid_W_3D" > 
    72        <domain id="grid_W" /> 
    73        <axis id="depthw" /> 
    74      </grid> 
    75      <grid id="scalarpoint" /> 
    76  
     102     <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
     103     <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
     104     <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
     105     <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
     106     <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
     107     <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
     108     <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
     109     <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    77110    </grid_definition>  
    78111 
     
    87120        We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    88121--> 
    89      <variable id="info_level"                type="int">0</variable> 
    90      <variable id="using_server"              type="bool">false</variable> 
    91      <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
     122     <variable id="buffer_size"               type="integer">10000000</variable> 
     123     <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
     124     <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
     125     <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
     126     <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
    92127     <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    93128    
  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_XIOS/EXP00/namelist_cfg

    r6371 r6372  
    154154/ 
    155155!----------------------------------------------------------------------- 
     156&namobc        !   open boundaries parameters                           ("key_obc") 
     157!----------------------------------------------------------------------- 
     158/ 
     159!----------------------------------------------------------------------- 
    156160&namagrif      !  AGRIF zoom                                            ("key_agrif") 
    157161!----------------------------------------------------------------------- 
  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_XIOS/cpp_GYRE_XIOS.fcm

    r6371 r6372  
    1  bld::tool::fppkeys key_dynspg_flt key_ldfslp key_zdftke key_iomput key_mpp_mpi key_xios2 
     1 bld::tool::fppkeys key_dynspg_flt key_ldfslp key_zdftke key_iomput key_mpp_mpi 
  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/1_namelist_cfg

    r6371 r6372  
    66!----------------------------------------------------------------------- 
    77   cn_exp      = "Agulhas" !  experience name  
    8    nn_itend    =   10950   !  last  time step 
     8   nn_itend    =     480   !  last  time step 
    99   nn_stock    =   10950   !  frequency of creation of a restart file (modulo referenced to 1) 
    1010   nn_write    =   10950   !  frequency of write in the output file   (modulo referenced to nn_it000) 
  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef.xml

    r6371 r6372  
    153153  </context> 
    154154   
    155  <context id="1_nemo" time_origin="1950-01-01 00:00:00" > 
    156      
    157     <!-- $id$ --> 
    158      
    159     <!--  
    160 ============================================================================================================ 
    161 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    162 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    163 ============================================================================================================ 
    164     --> 
    165     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    166     <!--  
    167 ============================================================================================================ 
    168 =                                           output files definition                                        = 
    169 =                                            Define your own files                                         = 
    170 =                                         put the variables you want...                                    = 
    171 ============================================================================================================ 
    172     --> 
    173      
    174     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    175      
    176       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    177       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    178       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    179       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    180       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    181       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files -->      
    182       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    183       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    184  
    185       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE." >  <!-- 5d files -->   
    186   
    187    <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    188      <field field_ref="sst"          name="tos"      long_name="sea_surface_temperature"                       /> 
    189      <field field_ref="sss"          name="sos"      long_name="sea_surface_salinity"                          /> 
    190      <field field_ref="ssh"          name="zos"      long_name="sea_surface_height_above_geoid"                /> 
    191      <field field_ref="toce"         name="thetao"   long_name="sea_water_potential_temperature"               /> 
    192      <field field_ref="soce"         name="so"       long_name="sea_water_salinity"                            /> 
    193      <field field_ref="sst2"         name="tossq"    long_name="square_of_sea_surface_temperature"             /> 
    194      <field field_ref="ssh2"         name="zossq"    long_name="square_of_sea_surface_height_above_geoid"      /> 
    195      <field field_ref="mldkz5"       /> 
    196      <field field_ref="mldr10_1"     /> 
    197      <field field_ref="empmr"        name="wfo"      long_name="water_flux_into_sea_water"                     /> 
    198      <field field_ref="qsr"          name="rsntds"   long_name="surface_net_downward_shortwave_flux"           /> 
    199      <field field_ref="qt"           name="tohfls"   long_name="surface_net_downward_total_heat_flux"          /> 
    200      <field field_ref="saltflx"      name="sosflxdo"  /> 
    201      <field field_ref="taum"         name="taum" /> 
    202      <field field_ref="wspd"         name="sowindsp"  /> 
    203           <field field_ref="precip"       name="soprecip" /> 
    204    </file> 
    205  
    206    <file id="file3" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    207      <field field_ref="ssu"          name="uos"     long_name="sea_surface_x_velocity"    /> 
    208      <field field_ref="uoce"         name="uo"      long_name="sea_water_x_velocity"      /> 
    209      <field field_ref="utau"         name="tauuo"   long_name="surface_downward_x_stress" /> 
    210           <!-- variables available with MLE 
    211           <field field_ref="psiu_mle"     name="psiu_mle"  long_name="MLE_streamfunction_along_i-axis" /> 
    212      --> 
    213    </file> 
    214     
    215    <file id="file4" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    216      <field field_ref="ssv"          name="vos"     long_name="sea_surface_y_velocity"    /> 
    217      <field field_ref="voce"         name="vo"      long_name="sea_water_y_velocity"      /> 
    218      <field field_ref="vtau"         name="tauvo"   long_name="surface_downward_y_stress" /> 
    219           <!-- variables available with MLE 
    220           <field field_ref="psiv_mle"     name="psiv_mle"  long_name="MLE_streamfunction_along_j-axis" /> 
    221      --> 
    222    </file> 
    223     
    224    <file id="file5" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    225      <field field_ref="woce"         name="wo"      long_name="ocean vertical velocity"         /> 
    226      <field field_ref="avt"          name="difvho"  long_name="ocean_vertical_heat_diffusivity" /> 
    227    </file> 
    228 <!-- 
    229    <file id="file6" name_suffix="_icemod" description="ice variables" > 
    230      <field field_ref="ice_pres"                     /> 
    231      <field field_ref="snowthic_cea" name="snd"     long_name="surface_snow_thickness"   /> 
    232      <field field_ref="icethic_cea"  name="sit"     long_name="sea_ice_thickness"        /> 
    233      <field field_ref="iceprod_cea"  name="sip"     long_name="sea_ice_thickness"        /> 
    234      <field field_ref="ist_ipa"      /> 
    235      <field field_ref="uice_ipa"     /> 
    236      <field field_ref="vice_ipa"     /> 
    237      <field field_ref="utau_ice"     /> 
    238      <field field_ref="vtau_ice"     /> 
    239      <field field_ref="qsr_io_cea"   /> 
    240      <field field_ref="qns_io_cea"   /> 
    241      <field field_ref="snowpre"      /> 
    242    </file> 
    243  
    244    <file id="file8" name_suffix="_Tides" description="tidal harmonics" > 
    245      <field field_ref="M2x"          name="M2x"      long_name="M2 Elevation harmonic real part"                       /> 
    246      <field field_ref="M2y"          name="M2y"      long_name="M2 Elevation harmonic imaginary part"                  /> 
    247      <field field_ref="M2x_u"        name="M2x_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic real part "       /> 
    248      <field field_ref="M2y_u"        name="M2y_u"    long_name="M2 current barotrope along i-axis harmonic imaginary part "  /> 
    249      <field field_ref="M2x_v"        name="M2x_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic real part "       /> 
    250      <field field_ref="M2y_v"        name="M2y_v"    long_name="M2 current barotrope along j-axis harmonic imaginary part "  /> 
    251    </file> 
    252    --> 
    253       </file_group> 
    254  
    255  
    256       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    257  
    258  
    259       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    260       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    261       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    262       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    263  
    264       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real yearly files --> 
    265       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    266       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    267       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    268  
    269    </file_definition> 
    270      
    271     <!--  
    272 ============================================================================================================ 
    273 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    274 ============================================================================================================ 
    275     --> 
    276      
    277    <axis_definition>   
    278       <axis id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m" positive="down" /> 
    279       <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m" positive="down" /> 
    280       <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m" positive="down" /> 
    281       <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    282       <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
    283       <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    284    </axis_definition>  
    285      
    286    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    287     
    288    <grid_definition>     
    289      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    290      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    291      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    292      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    293      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    294      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    295      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    296      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    297     </grid_definition>    
    298   </context> 
    299155 
    300156  <context id="xios"> 
  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/namelist_cfg

    r6371 r6372  
    165165/ 
    166166!----------------------------------------------------------------------- 
    167 &namzdf_tmx_new !  new tidal mixing parameterization                    ("key_zdftmx_new") 
    168 !----------------------------------------------------------------------- 
    169 / 
    170 !----------------------------------------------------------------------- 
    171167&namsol        !   elliptic solver / island / free surface 
    172168!----------------------------------------------------------------------- 
  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM3/EXP00/iodef.xml

    r6371 r6372  
    6161   <file id="file2" name_suffix="_SBC" description="surface fluxes variables" > <!-- time step automaticaly defined based on nn_fsbc --> 
    6262     <field field_ref="empmr"        name="wfo"      /> 
    63           <field field_ref="emp_oce"      name="emp_oce"  long_name="Evap minus Precip over ocean"              /> 
    64           <field field_ref="emp_ice"      name="emp_ice"  long_name="Evap minus Precip over ice"                /> 
    6563     <field field_ref="qsr_oce"      name="qsr_oce"  /> 
    6664     <field field_ref="qns_oce"      name="qns_oce"  /> 
  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM3/EXP00/namelist_cfg

    r6371 r6372  
    168168/ 
    169169!----------------------------------------------------------------------- 
    170 &namzdf_tmx_new !  new tidal mixing parameterization                    ("key_zdftmx_new") 
    171 !----------------------------------------------------------------------- 
    172 / 
    173 !----------------------------------------------------------------------- 
    174170&namsol        !   elliptic solver / island / free surface 
    175171!----------------------------------------------------------------------- 
  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_CFC_C14b/EXP00/1_namelist_cfg

    r6371 r6372  
    55!!                                    namsbc_cpl, namtra_qsr, namsbc_rnf,  
    66!!                                    namsbc_apr, namsbc_ssr, namsbc_alb) 
    7 !!              4 - lateral boundary (namlbc, namcla, namagrif, nambdy, nambdy_tide) 
     7!!              4 - lateral boundary (namlbc, namcla, namobc, namagrif, nambdy, nambdy_tide) 
    88!!              5 - bottom  boundary (nambfr, nambbc, nambbl) 
    99!!              6 - Tracer           (nameos, namtra_adv, namtra_ldf, namtra_dmp) 
     
    303303!!   namlbc        lateral momentum boundary condition 
    304304!!   namcla        cross land advection 
     305!!   namobc        open boundaries parameters                           ("key_obc") 
    305306!!   namagrif      agrif nested grid ( read by child model only )       ("key_agrif")  
    306307!!   nambdy        Unstructured open boundaries                         ("key_bdy") 
     
    318319!----------------------------------------------------------------------- 
    319320   nn_cla      =    0      !  advection between 2 ocean pts separates by land 
     321/ 
     322!----------------------------------------------------------------------- 
     323&namobc        !   open boundaries parameters                           ("key_obc") 
     324!----------------------------------------------------------------------- 
     325   ln_obc_clim = .false.   !  climatological obc data files (T) or not (F) 
     326   ln_vol_cst  = .true.    !  impose the total volume conservation (T) or not (F) 
     327   ln_obc_fla  = .false.   !  Flather open boundary condition  
     328   nn_obcdta   =    1      !  = 0 the obc data are equal to the initial state 
     329                           !  = 1 the obc data are read in 'obc.dta' files 
     330   cn_obcdta   = 'annual'  !  set to annual if obc datafile hold 1 year of data 
     331                           !  set to monthly if obc datafile hold 1 month of data 
     332   rn_dpein    =    1.     !  damping time scale for inflow at east  open boundary 
     333   rn_dpwin    =    1.     !     -           -         -       west    -      - 
     334   rn_dpnin    =    1.     !     -           -         -       north   -      - 
     335   rn_dpsin    =    1.     !     -           -         -       south   -      - 
     336   rn_dpeob    = 3000.     !  time relaxation (days) for the east  open boundary 
     337   rn_dpwob    =   15.     !     -           -         -     west    -      - 
     338   rn_dpnob    = 3000.     !     -           -         -     north   -      - 
     339   rn_dpsob    =   15.     !     -           -         -     south   -      - 
     340   rn_volemp   =    1.     !  = 0 the total volume change with the surface flux (E-P-R) 
     341                           !  = 1 the total volume remains constant 
    320342/ 
    321343!----------------------------------------------------------------------- 
  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_CFC_C14b/EXP00/namelist_cfg

    r6371 r6372  
    136136/ 
    137137!----------------------------------------------------------------------- 
     138&namobc        !   open boundaries parameters                           ("key_obc") 
     139!----------------------------------------------------------------------- 
     140/ 
     141!----------------------------------------------------------------------- 
    138142&namagrif      !  AGRIF zoom                                            ("key_agrif") 
    139143!----------------------------------------------------------------------- 
  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_cfg

    r6371 r6372  
    165165/ 
    166166!----------------------------------------------------------------------- 
    167 &namzdf_tmx_new !  new tidal mixing parameterization                    ("key_zdftmx_new") 
    168 !----------------------------------------------------------------------- 
    169 / 
    170 !----------------------------------------------------------------------- 
    171167&namsol        !   elliptic solver / island / free surface 
    172168!----------------------------------------------------------------------- 
  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/field_def.xml

    r6371 r6372  
    2323      <field_group id="grid_T" grid_ref="grid_T_2D" > 
    2424         <field id="e3t"          long_name="T-cell thickness"   standard_name="cell_thickness"   unit="m"   grid_ref="grid_T_3D"/> 
    25          <field id="e3t_0"        long_name="Initial T-cell thickness"   standard_name="ref_cell_thickness"   unit="m"   grid_ref="grid_T_3D"/> 
    2625 
    2726         <field id="toce"         long_name="temperature"         standard_name="sea_water_potential_temperature"   unit="degC"     grid_ref="grid_T_3D"/> 
     
    6059         <field id="alpha"        long_name="thermal expansion"                                                         unit="degC-1" grid_ref="grid_T_3D" /> 
    6160         <field id="beta"         long_name="haline contraction"                                                        unit="1e3"    grid_ref="grid_T_3D" /> 
     61         <field id="bn2"          long_name="squared Brunt-Vaisala frequency"                                           unit="s-1"    grid_ref="grid_T_3D" /> 
    6262         <field id="rhop"         long_name="potential density (sigma0)"        standard_name="sea_water_sigma_theta"   unit="kg/m3"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
    6363 
     
    174174      <field_group id="SBC" grid_ref="grid_T_2D" > <!-- time step automaticaly defined based on nn_fsbc --> 
    175175         <field id="empmr"        long_name="Net Upward Water Flux"                standard_name="water_flux_out_of_sea_ice_and_sea_water"                              unit="kg/m2/s"   /> 
    176          <field id="emp_oce"      long_name="Evap minus Precip over ocean"         standard_name="evap_minus_precip_over_sea_water"                                     unit="kg/m2/s"   /> 
    177          <field id="emp_ice"      long_name="Evap minus Precip over ice"           standard_name="evap_minus_precip_over_sea_ice"                                       unit="kg/m2/s"   /> 
    178176         <field id="saltflx"      long_name="Downward salt flux"                                                                                                        unit="1e-3/m2/s" /> 
    179177         <field id="fmmflx"       long_name="Water flux due to freezing/melting"                                                                                        unit="kg/m2/s"   /> 
     
    277275         <field id="micesalt"     long_name="Mean ice salinity"                                                                                                               unit="1e-3"         /> 
    278276         <field id="miceage"      long_name="Mean ice age"                                                                                                                    unit="years"        /> 
    279          <field id="alb_ice"      long_name="Mean albedo over sea ice"                                                                                                        unit=""             /> 
    280          <field id="albedo"       long_name="Mean albedo over sea ice and ocean"                                                                                              unit=""             /> 
    281277 
    282278         <field id="iceage_cat"   long_name="Ice age for categories"                                       unit="days"   axis_ref="ncatice" /> 
     
    329325         <field id="vfxsub"       long_name="snw sublimation"                                              unit="m/day"   /> 
    330326         <field id="vfxspr"       long_name="snw precipitation on ice"                                     unit="m/day"   /> 
    331          <field id="vfxthin"      long_name="daily thermo ice prod. for thin ice(<20cm) + open water"      unit="m/day"   /> 
    332327 
    333328         <field id="afxtot"       long_name="area tendency (total)"                                        unit="day-1"   /> 
     
    371366      <field_group id="grid_U"   grid_ref="grid_U_2D"> 
    372367         <field id="e3u"          long_name="U-cell thickness"                                       standard_name="cell_thickness"              unit="m"          grid_ref="grid_U_3D" /> 
    373          <field id="e3u_0"        long_name="Initial U-cell thickness"                               standard_name="ref_cell_thickness"          unit="m"          grid_ref="grid_U_3D"/> 
    374368         <field id="utau"         long_name="Wind Stress along i-axis"                               standard_name="surface_downward_x_stress"   unit="N/m2"                            /> 
    375369         <field id="uoce"         long_name="ocean current along i-axis"                             standard_name="sea_water_x_velocity"        unit="m/s"        grid_ref="grid_U_3D" /> 
     
    407401      <field_group id="grid_V"   grid_ref="grid_V_2D"> 
    408402         <field id="e3v"          long_name="V-cell thickness"                                       standard_name="cell_thickness"              unit="m"          grid_ref="grid_V_3D" /> 
    409          <field id="e3v_0"        long_name="Initial V-cell thickness"                               standard_name="ref_cell_thickness"          unit="m"          grid_ref="grid_V_3D"/> 
    410403         <field id="vtau"         long_name="Wind Stress along j-axis"                               standard_name="surface_downward_y_stress"   unit="N/m2"                            /> 
    411404         <field id="voce"         long_name="ocean current along j-axis"                             standard_name="sea_water_y_velocity"        unit="m/s"        grid_ref="grid_V_3D" /> 
     
    462455        <!-- avt_tide: available with key_zdftmx --> 
    463456        <field id="av_tide"      long_name="tidal vertical diffusivity"   standard_name="ocean_vertical_tracer_diffusivity_due_to_tides"   unit="m2/s" /> 
    464  
    465        <!-- variables available with key_zdftmx_new --> 
    466         <field id="av_ratio"     long_name="S over T diffusivity ratio"            standard_name="salinity_over_temperature_diffusivity_ratio"                     unit="1"    /> 
    467         <field id="av_wave"      long_name="wave-induced vertical diffusivity"     standard_name="ocean_vertical_tracer_diffusivity_due_to_internal_waves"         unit="m2/s" /> 
    468         <field id="bn2"          long_name="squared Brunt-Vaisala frequency"       standard_name="squared_brunt_vaisala_frequency"                                 unit="s-1"  /> 
    469         <field id="bflx_tmx"     long_name="wave-induced buoyancy flux"            standard_name="buoyancy_flux_due_to_internal_waves"                             unit="W/kg" /> 
    470         <field id="pcmap_tmx"    long_name="power consumed by wave-driven mixing"  standard_name="vertically_integrated_power_consumption_by_wave_driven_mixing"   unit="W/m2"      grid_ref="grid_W_2D" /> 
    471         <field id="emix_tmx"     long_name="power density available for mixing"    standard_name="power_available_for_mixing_from_breaking_internal_waves"         unit="W/kg" /> 
    472457 
    473458        <!-- variables available with key_diaar5 -->    
     
    865850       <field id="Totlig"      long_name="Total ligand concentation"               unit="nmol/m3"    grid_ref="grid_T_3D" /> 
    866851       <field id="Biron"       long_name="Bioavailable iron"                       unit="nmol/m3"    grid_ref="grid_T_3D" /> 
    867        <field id="Sdenit"      long_name="Nitrate reduction in the sediments"      unit="molN/m2/s"                       /> 
    868        <field id="SedCal"      long_name="Calcite burial in the sediments"         unit="molC/m2/s"                       /> 
    869        <field id="SedSi"       long_name="Silicon burial in the sediments"         unit="molSi/m2/s"                      /> 
    870        <field id="SedC"        long_name="Organic C burial in the sediments"       unit="molC/m2/s"                       /> 
     852       <field id="Sdenit"      long_name="Nitrate reduction in the sediments"      unit="mol/m2/s"                        /> 
    871853       <field id="Ironice"     long_name="Iron input/uptake due to sea ice"        unit="mol/m2/s"                        /> 
    872854       <field id="HYDR"        long_name="Iron input from hydrothemal vents"       unit="mol/m2/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_ice_lim3_ref

    r6371 r6372  
    2121   cn_icerst_outdir = "."          !  directory in which to write output ice restarts 
    2222   ln_limdyn     = .true.          !  ice dynamics (T) or thermodynamics only (F) 
    23    rn_amax_n     = 0.999           !  maximum tolerated ice concentration NH 
    24    rn_amax_s     = 0.999           !  maximum tolerated ice concentration SH 
     23   rn_amax       = 0.999           !  maximum tolerated ice concentration  
    2524   ln_limdiahsb  = .false.         !  check the heat and salt budgets (T) or not (F) 
    2625   ln_limdiaout  = .true.          !  output the heat and salt budgets (T) or not (F) 
     
    8685   rn_hnewice  = 0.1               !  thickness for new ice formation in open water (m) 
    8786   ln_frazil   = .false.           !  use frazil ice collection thickness as a function of wind (T) or not (F) 
    88    rn_maxfrazb = 1.0               !  maximum fraction of frazil ice collecting at the ice base 
     87   rn_maxfrazb = 0.0               !  maximum fraction of frazil ice collecting at the ice base 
    8988   rn_vfrazb   = 0.417             !  thresold drift speed for frazil ice collecting at the ice bottom (m/s) 
    9089   rn_Cfrazb   = 5.0               !  squeezing coefficient for frazil ice collecting at the ice bottom 
  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_ref

    r6371 r6372  
    55!!                                    namsbc_cpl, namtra_qsr, namsbc_rnf, 
    66!!                                    namsbc_apr, namsbc_ssr, namsbc_alb) 
    7 !!              4 - lateral boundary (namlbc, namcla, namagrif, nambdy, nambdy_tide) 
     7!!              4 - lateral boundary (namlbc, namcla, namobc, namagrif, nambdy, nambdy_tide) 
    88!!              5 - bottom  boundary (nambfr, nambbc, nambbl) 
    99!!              6 - Tracer           (nameos, namtra_adv, namtra_ldf, namtra_dmp) 
    1010!!              7 - dynamics         (namdyn_adv, namdyn_vor, namdyn_hpg, namdyn_spg, namdyn_ldf) 
    11 !!              8 - Verical physics  (namzdf, namzdf_ric, namzdf_tke, namzdf_kpp, namzdf_ddm, namzdf_tmx, namzdf_tmx_new) 
     11!!              8 - Verical physics  (namzdf, namzdf_ric, namzdf_tke, namzdf_kpp, namzdf_ddm, namzdf_tmx) 
    1212!!              9 - diagnostics      (namnc4, namtrd, namspr, namflo, namhsb, namsto) 
    1313!!             10 - miscellaneous    (namsol, nammpp, namctl) 
     
    413413   ln_qsr_2bd  = .false.   !  2 bands              light penetration 
    414414   ln_qsr_bio  = .false.   !  bio-model light penetration 
    415    nn_chldta   =      1    !  RGB : 2D Chl data (=1), 3D Chl data (=2) or cst value (=0) 
     415   nn_chldta   =      1    !  RGB : Chl data (=1) or cst value (=0) 
    416416   rn_abs      =   0.58    !  RGB & 2 bands: fraction of light (rn_si1) 
    417417   rn_si0      =   0.35    !  RGB & 2 bands: shortess depth of extinction 
     
    505505&namsbc_alb    !   albedo parameters 
    506506!----------------------------------------------------------------------- 
    507    nn_ice_alb  =    0   !  parameterization of ice/snow albedo 
    508                         !     0: Shine & Henderson-Sellers (JGR 1985) 
    509                         !     1: "home made" based on Brandt et al. (J. Climate 2005) 
    510                         !                         and Grenfell & Perovich (JGR 2004) 
    511    rn_albice   =  0.53  !  albedo of bare puddled ice (values from 0.49 to 0.58) 
    512                         !     0.53 (default) => if nn_ice_alb=0 
    513                         !     0.50 (default) => if nn_ice_alb=1 
     507   rn_cloud    =    0.06   !  cloud correction to snow and ice albedo 
     508   rn_albice   =    0.53   !  albedo of melting ice in the arctic and antarctic 
     509   rn_alphd    =    0.80   !  coefficients for linear interpolation used to 
     510   rn_alphc    =    0.65   !  compute albedo between two extremes values 
     511   rn_alphdi   =    0.72   !  (Pyane, 1972) 
    514512/ 
    515513!----------------------------------------------------------------------- 
     
    553551!!   namlbc        lateral momentum boundary condition 
    554552!!   namcla        cross land advection 
     553!!   namobc        open boundaries parameters                           ("key_obc") 
    555554!!   namagrif      agrif nested grid ( read by child model only )       ("key_agrif") 
    556555!!   nambdy        Unstructured open boundaries                         ("key_bdy") 
     
    569568!----------------------------------------------------------------------- 
    570569   nn_cla      =    0      !  advection between 2 ocean pts separates by land 
     570/ 
     571!----------------------------------------------------------------------- 
     572&namobc        !   open boundaries parameters                           ("key_obc") 
     573!----------------------------------------------------------------------- 
     574   ln_obc_clim = .false.   !  climatological obc data files (T) or not (F) 
     575   ln_vol_cst  = .true.    !  impose the total volume conservation (T) or not (F) 
     576   ln_obc_fla  = .false.   !  Flather open boundary condition 
     577   nn_obcdta   =    1      !  = 0 the obc data are equal to the initial state 
     578                           !  = 1 the obc data are read in 'obc.dta' files 
     579   cn_obcdta   = 'annual'  !  set to annual if obc datafile hold 1 year of data 
     580                           !  set to monthly if obc datafile hold 1 month of data 
     581   rn_dpein    =    1.     !  damping time scale for inflow at east  open boundary 
     582   rn_dpwin    =    1.     !     -           -         -       west    -      - 
     583   rn_dpnin    =    1.     !     -           -         -       north   -      - 
     584   rn_dpsin    =    1.     !     -           -         -       south   -      - 
     585   rn_dpeob    = 3000.     !  time relaxation (days) for the east  open boundary 
     586   rn_dpwob    =   15.     !     -           -         -     west    -      - 
     587   rn_dpnob    = 3000.     !     -           -         -     north   -      - 
     588   rn_dpsob    =   15.     !     -           -         -     south   -      - 
     589   rn_volemp   =    1.     !  = 0 the total volume change with the surface flux (E-P-R) 
     590                           !  = 1 the total volume remains constant 
    571591/ 
    572592!----------------------------------------------------------------------- 
     
    883903!!             Tracers & Dynamics vertical physics namelists 
    884904!!====================================================================== 
    885 !!    namzdf            vertical physics 
    886 !!    namzdf_ric        richardson number dependent vertical mixing     ("key_zdfric") 
    887 !!    namzdf_tke        TKE dependent vertical mixing                   ("key_zdftke") 
    888 !!    namzdf_kpp        KPP dependent vertical mixing                   ("key_zdfkpp") 
    889 !!    namzdf_ddm        double diffusive mixing parameterization        ("key_zdfddm") 
    890 !!    namzdf_tmx        tidal mixing parameterization                   ("key_zdftmx") 
    891 !!    namzdf_tmx_new    new tidal mixing parameterization               ("key_zdftmx_new") 
     905!!    namzdf        vertical physics 
     906!!    namzdf_ric    richardson number dependent vertical mixing         ("key_zdfric") 
     907!!    namzdf_tke    TKE dependent vertical mixing                       ("key_zdftke") 
     908!!    namzdf_kpp    KPP dependent vertical mixing                       ("key_zdfkpp") 
     909!!    namzdf_ddm    double diffusive mixing parameterization            ("key_zdfddm") 
     910!!    namzdf_tmx    tidal mixing parameterization                       ("key_zdftmx") 
    892911!!====================================================================== 
    893912! 
     
    9961015   rn_tfe_itf  = 1.        !  ITF tidal dissipation efficiency 
    9971016/ 
    998 !----------------------------------------------------------------------- 
    999 &namzdf_tmx_new    !   new tidal mixing parameterization                ("key_zdftmx_new") 
    1000 !----------------------------------------------------------------------- 
    1001    nn_zpyc     = 1         !  pycnocline-intensified dissipation scales as N (=1) or N^2 (=2) 
    1002    ln_mevar    = .true.    !  variable (T) or constant (F) mixing efficiency 
    1003    ln_tsdiff   = .true.    !  account for differential T/S mixing (T) or not (F) 
    1004 / 
     1017 
    10051018!!====================================================================== 
    10061019!!                  ***  Miscellaneous namelists  *** 
  • branches/UKMO/dev_r5518_debug_isf_restart/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_top_ref

    r6371 r6372  
    6262   rn_ahtrc_0       =  2000.    !  horizontal eddy diffusivity for tracers [m2/s] 
    6363   rn_ahtrb_0       =     0.    !     background eddy diffusivity for ldf_iso [m2/s] 
    64    rn_fact_lap      =     1.    !     enhanced zonal eddy diffusivity 
    6564/ 
    6665!----------------------------------------------------------------------- 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.