Ignore:
Timestamp:
2017-02-06T10:25:03+01:00 (4 years ago)
Author:
timgraham
Message:

Merge of dev_merge_2016 into trunk. UPDATE TO ARCHFILES NEEDED for XIOS2.
LIM_SRC_s/limrhg.F90 to follow in next commit due to change of kind (I'm unable to do it in this commit).
Merged using the following steps:

1) svn merge —reintegrate svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/trunk .
2) Resolve minor conflicts in sette.sh and namelist_cfg for ORCA2LIM3 (due to a change in trunk after branch was created)
3) svn commit
4) svn switch svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/trunk
5) svn merge svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/branches/2016/dev_merge_2016 .
6) At this stage I checked out a clean copy of the branch to compare against what is about to be committed to the trunk.
6) svn commit #Commit code to the trunk

In this commit I have also reverted a change to Fcheck_archfile.sh which was causing problems on the Paris machine.

Location:
trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MY_TRC
Files:
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MY_TRC/par_my_trc.F90

    r3680 r7646  
    1010   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    1111   !!---------------------------------------------------------------------- 
    12    USE par_pisces , ONLY : jp_pisces       !: number of tracers in PISCES 
    13    USE par_pisces , ONLY : jp_pisces_2d    !: number of 2D diag in PISCES 
    14    USE par_pisces , ONLY : jp_pisces_3d    !: number of 3D diag in PISCES 
    15    USE par_pisces , ONLY : jp_pisces_trd   !: number of biological diag in PISCES 
    16  
    17    USE par_cfc    , ONLY : jp_cfc          !: number of tracers in CFC 
    18    USE par_cfc    , ONLY : jp_cfc_2d       !: number of tracers in CFC 
    19    USE par_cfc    , ONLY : jp_cfc_3d       !: number of tracers in CFC 
    20    USE par_cfc    , ONLY : jp_cfc_trd      !: number of tracers in CFC 
    21  
    22    USE par_c14b   , ONLY : jp_c14b         !: number of tracers in C14 
    23    USE par_c14b   , ONLY : jp_c14b_2d      !: number of tracers in C14 
    24    USE par_c14b   , ONLY : jp_c14b_3d      !: number of tracers in C14 
    25    USE par_c14b   , ONLY : jp_c14b_trd     !: number of tracers in C14 
    2612 
    2713   IMPLICIT NONE 
    2814 
    29    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lm      =  jp_pisces     + jp_cfc     + jp_c14b     !:  
    30    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lm_2d   =  jp_pisces_2d  + jp_cfc_2d  + jp_c14b_2d  !: 
    31    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lm_3d   =  jp_pisces_3d  + jp_cfc_3d  + jp_c14b_3d  !: 
    32    INTEGER, PARAMETER ::   jp_lm_trd  =  jp_pisces_trd + jp_cfc_trd + jp_c14b_trd !: 
    33  
    34 #if defined key_my_trc 
    35    !!--------------------------------------------------------------------- 
    36    !!   'key_my_trc'                     user defined tracers (MY_TRC) 
    37    !!--------------------------------------------------------------------- 
    38    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_my_trc     = .TRUE.   !: PTS flag  
    39    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_my_trc     =  1       !: number of PTS tracers 
    40    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_my_trc_2d  =  0       !: additional 2d output arrays ('key_trc_diaadd') 
    41    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_my_trc_3d  =  0       !: additional 3d output arrays ('key_trc_diaadd') 
    42    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_my_trc_trd =  0       !: number of sms trends for MY_TRC 
    43  
    44    ! assign an index in trc arrays for each PTS prognostic variables 
    45    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jpmyt1 = jp_lm + 1     !: 1st MY_TRC tracer 
    46  
    47 #else 
    48    !!--------------------------------------------------------------------- 
    49    !!   Default                           No user defined tracers (MY_TRC) 
    50    !!--------------------------------------------------------------------- 
    51    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_my_trc     = .FALSE.  !: MY_TRC flag  
    52    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_my_trc     =  0       !: No MY_TRC tracers 
    53    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_my_trc_2d  =  0       !: No MY_TRC additional 2d output arrays  
    54    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_my_trc_3d  =  0       !: No MY_TRC additional 3d output arrays  
    55    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_my_trc_trd =  0       !: number of sms trends for MY_TRC 
    56 #endif 
    57  
    5815   ! Starting/ending PISCES do-loop indices (N.B. no PISCES : jpl_pcs < jpf_pcs the do-loop are never done) 
    59    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_myt0     = jp_lm     + 1              !: First index of MY_TRC passive tracers 
    60    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_myt1     = jp_lm     + jp_my_trc      !: Last  index of MY_TRC passive tracers 
    61    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_myt0_2d  = jp_lm_2d  + 1              !: First index of MY_TRC passive tracers 
    62    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_myt1_2d  = jp_lm_2d  + jp_my_trc_2d   !: Last  index of MY_TRC passive tracers 
    63    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_myt0_3d  = jp_lm_3d  + 1              !: First index of MY_TRC passive tracers 
    64    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_myt1_3d  = jp_lm_3d  + jp_my_trc_3d   !: Last  index of MY_TRC passive tracers 
    65    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_myt0_trd = jp_lm_trd + 1              !: First index of MY_TRC passive tracers 
    66    INTEGER, PUBLIC, PARAMETER ::   jp_myt1_trd = jp_lm_trd + jp_my_trc_trd  !: Last  index of MY_TRC passive tracers 
    67  
     16   INTEGER, PUBLIC ::   jp_myt0             !: First index of MY_TRC passive tracers 
     17   INTEGER, PUBLIC ::   jp_myt1             !: Last  index of MY_TRC passive tracers 
    6818   !!====================================================================== 
    6919END MODULE par_my_trc 
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MY_TRC/trcice_my_trc.F90

    r5439 r7646  
    33   !!                         ***  MODULE trcice_my_trc  *** 
    44   !!---------------------------------------------------------------------- 
    5 #if defined key_my_trc 
     5   !! trc_ice_my_trc       : MY_TRC model seaice coupling routine 
    66   !!---------------------------------------------------------------------- 
    7    !!   'key_my_trc'                                               CFC tracers 
    8    !!---------------------------------------------------------------------- 
    9    !! trc_ice_my_trc       : MY_TRC model main routine 
     7   !! History :        !  2016  (C. Ethe, T. Lovato) Revised architecture 
    108   !!---------------------------------------------------------------------- 
    119   USE par_trc         ! TOP parameters 
     
    1917 
    2018   !!---------------------------------------------------------------------- 
    21    !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    22    !! $Id: trcice_my_trc.F90 4990 2014-12-15 16:42:49Z timgraham $ 
     19   !! NEMO/TOP 4.0 , NEMO Consortium (2016) 
     20   !! $Id$ 
    2321   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    2422   !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    3432   END SUBROUTINE trc_ice_ini_my_trc 
    3533 
    36 #else 
    37    !!---------------------------------------------------------------------- 
    38    !!   Dummy module                                        No MY_TRC model 
    39    !!---------------------------------------------------------------------- 
    40 CONTAINS 
    41    SUBROUTINE trc_ice_ini_my_trc             ! Empty routine 
    42    END SUBROUTINE trc_ice_ini_my_trc 
    43 #endif 
    44  
    4534   !!====================================================================== 
    4635END MODULE trcice_my_trc 
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MY_TRC/trcini_my_trc.F90

    r5385 r7646  
    44   !! TOP :   initialisation of the MY_TRC tracers 
    55   !!====================================================================== 
    6    !! History :   2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec) Original code 
    7    !!---------------------------------------------------------------------- 
    8 #if defined key_my_trc 
    9    !!---------------------------------------------------------------------- 
    10    !!   'key_my_trc'                                               CFC tracers 
     6   !! History :        !  2007  (C. Ethe, G. Madec) Original code 
     7   !!                  !  2016  (C. Ethe, T. Lovato) Revised architecture 
    118   !!---------------------------------------------------------------------- 
    129   !! trc_ini_my_trc   : MY_TRC model initialisation 
     
    1512   USE oce_trc 
    1613   USE trc 
     14   USE par_my_trc 
     15   USE trcnam_my_trc     ! MY_TRC SMS namelist 
    1716   USE trcsms_my_trc 
    1817 
     
    2322 
    2423   !!---------------------------------------------------------------------- 
    25    !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
     24   !! NEMO/TOP 4.0 , NEMO Consortium (2016) 
    2625   !! $Id$  
    2726   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
     
    3736      !! ** Method  : - Read the namcfc namelist and check the parameter values 
    3837      !!---------------------------------------------------------------------- 
    39  
     38      ! 
     39      CALL trc_nam_my_trc 
     40      ! 
    4041      !                       ! Allocate MY_TRC arrays 
    4142      IF( trc_sms_my_trc_alloc() /= 0 )   CALL ctl_stop( 'STOP', 'trc_ini_my_trc: unable to allocate MY_TRC arrays' ) 
     
    5354   END SUBROUTINE trc_ini_my_trc 
    5455 
    55 #else 
    56    !!---------------------------------------------------------------------- 
    57    !!   Dummy module                                        No MY_TRC model 
    58    !!---------------------------------------------------------------------- 
    59 CONTAINS 
    60    SUBROUTINE trc_ini_my_trc             ! Empty routine 
    61    END SUBROUTINE trc_ini_my_trc 
    62 #endif 
    63  
    6456   !!====================================================================== 
    6557END MODULE trcini_my_trc 
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MY_TRC/trcnam_my_trc.F90

    r3680 r7646  
    44   !! TOP :   initialisation of some run parameters for MY_TRC bio-model 
    55   !!====================================================================== 
    6    !! History :   2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec) Original code 
    7    !!---------------------------------------------------------------------- 
    8 #if defined key_my_trc 
    9    !!---------------------------------------------------------------------- 
    10    !!   'key_my_trc'   :                                       MY_TRC model 
     6   !! History :      !  2007  (C. Ethe, G. Madec) Original code 
     7   !!                !  2016  (C. Ethe, T. Lovato) Revised architecture 
    118   !!---------------------------------------------------------------------- 
    129   !! trc_nam_my_trc      : MY_TRC model initialisation 
     
    2219 
    2320   !!---------------------------------------------------------------------- 
    24    !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
     21   !! NEMO/TOP 4.0 , NEMO Consortium (2016) 
    2522   !! $Id$  
    2623   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
     
    4340   END SUBROUTINE trc_nam_my_trc 
    4441    
    45 #else 
    46    !!---------------------------------------------------------------------- 
    47    !!  Dummy module :                                             No MY_TRC 
    48    !!---------------------------------------------------------------------- 
    49 CONTAINS 
    50    SUBROUTINE trc_nam_my_trc                      ! Empty routine 
    51    END  SUBROUTINE  trc_nam_my_trc 
    52 #endif   
    53  
    5442   !!====================================================================== 
    5543END MODULE trcnam_my_trc 
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MY_TRC/trcsms_my_trc.F90

    r6140 r7646  
    44   !! TOP :   Main module of the MY_TRC tracers 
    55   !!====================================================================== 
    6    !! History :   2.0  !  2007-12  (C. Ethe, G. Madec) Original code 
    7    !!---------------------------------------------------------------------- 
    8 #if defined key_my_trc 
    9    !!---------------------------------------------------------------------- 
    10    !!   'key_my_trc'                                               CFC tracers 
     6   !! History :      !  2007  (C. Ethe, G. Madec)  Original code 
     7   !!                !  2016  (C. Ethe, T. Lovato) Revised architecture 
    118   !!---------------------------------------------------------------------- 
    129   !! trc_sms_my_trc       : MY_TRC model main routine 
     
    1815   USE trd_oce 
    1916   USE trdtrc 
    20    USE trcbc, only : trc_bc_read 
     17   USE trcbc, only : trc_bc 
    2118 
    2219   IMPLICIT NONE 
     
    2926 
    3027   !!---------------------------------------------------------------------- 
    31    !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
     28   !! NEMO/TOP 4.0 , NEMO Consortium (2016) 
    3229   !! $Id$ 
    3330   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
     
    5754      IF( l_trdtrc )  CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, ztrmyt ) 
    5855 
    59       CALL trc_bc_read ( kt )       ! tracers: surface and lateral Boundary Conditions 
     56      CALL trc_bc ( kt )       ! tracers: surface and lateral Boundary Conditions 
    6057 
    6158      ! add here the call to BGC model 
     
    7471   END SUBROUTINE trc_sms_my_trc 
    7572 
    76  
    7773   INTEGER FUNCTION trc_sms_my_trc_alloc() 
    7874      !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    8884   END FUNCTION trc_sms_my_trc_alloc 
    8985 
    90  
    91 #else 
    92    !!---------------------------------------------------------------------- 
    93    !!   Dummy module                                        No MY_TRC model 
    94    !!---------------------------------------------------------------------- 
    95 CONTAINS 
    96    SUBROUTINE trc_sms_my_trc( kt )             ! Empty routine 
    97       INTEGER, INTENT( in ) ::   kt 
    98       WRITE(*,*) 'trc_sms_my_trc: You should not have seen this print! error?', kt 
    99    END SUBROUTINE trc_sms_my_trc 
    100 #endif 
    101  
    10286   !!====================================================================== 
    10387END MODULE trcsms_my_trc 
  • trunk/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/MY_TRC/trcwri_my_trc.F90

    r6140 r7646  
    22   !!====================================================================== 
    33   !!                       *** MODULE trcwri *** 
    4    !!    my_trc :   Output of my_trc tracers 
     4   !!     trc_wri_my_trc   :  outputs of concentration fields 
    55   !!====================================================================== 
    6    !! History :   1.0  !  2009-05 (C. Ethe)  Original code 
     6#if defined key_top && defined key_iomput 
    77   !!---------------------------------------------------------------------- 
    8 #if defined key_top && defined key_my_trc && defined key_iomput 
     8   !! History :      !  2007  (C. Ethe, G. Madec)  Original code 
     9   !!                !  2016  (C. Ethe, T. Lovato) Revised architecture 
    910   !!---------------------------------------------------------------------- 
    10    !!   'key_my_trc'                                           my_trc model 
    11    !!---------------------------------------------------------------------- 
    12    !! trc_wri_my_trc   :  outputs of concentration fields 
    13    !!---------------------------------------------------------------------- 
     11   USE par_trc         ! passive tracers common variables 
    1412   USE trc         ! passive tracers common variables  
    1513   USE iom         ! I/O manager 
     
    2018   PUBLIC trc_wri_my_trc  
    2119 
     20   !!---------------------------------------------------------------------- 
     21   !! NEMO/TOP 4.0 , NEMO Consortium (2016) 
     22   !! $Id$ 
     23   !! Software governed by the CeCILL licence     (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
     24   !!---------------------------------------------------------------------- 
    2225CONTAINS 
    2326 
     
    3639      DO jn = jp_myt0, jp_myt1 
    3740         cltra = TRIM( ctrcnm(jn) )                  ! short title for tracer 
    38          IF( ln_trc_wri(jn) ) CALL iom_put( cltra, trn(:,:,:,jn) ) 
     41         CALL iom_put( cltra, trn(:,:,:,jn) ) 
    3942      END DO 
    4043      ! 
     
    4245 
    4346#else 
    44    !!---------------------------------------------------------------------- 
    45    !!  Dummy module :                                     No passive tracer 
    46    !!---------------------------------------------------------------------- 
    47    PUBLIC trc_wri_my_trc 
     47 
    4848CONTAINS 
    49    SUBROUTINE trc_wri_my_trc                     ! Empty routine   
     49 
     50   SUBROUTINE trc_wri_my_trc 
     51      ! 
    5052   END SUBROUTINE trc_wri_my_trc 
     53 
    5154#endif 
    5255 
    53    !!---------------------------------------------------------------------- 
    54    !! NEMO/TOP 3.3 , NEMO Consortium (2010) 
    55    !! $Id: trcwri_my_trc.F90 3160 2011-11-20 14:27:18Z cetlod $  
    56    !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt) 
    57    !!====================================================================== 
    5856END MODULE trcwri_my_trc 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.