Changeset 7992


Ignore:
Timestamp:
2017-05-02T13:21:57+02:00 (3 years ago)
Author:
jwhile
Message:

This version of the code seems to work correctly after some bug fixes

Location:
branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM
Files:
4 added
19 deleted
17 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_ref

    r7960 r7992  
    11931193&namobs       !  observation usage switch                               ('key_diaobs') 
    11941194!----------------------------------------------------------------------- 
    1195    ln_t3d     = .false.    ! Logical switch for T profile observations 
    1196    ln_s3d     = .false.    ! Logical switch for S profile observations 
    1197    ln_cor     = .false.    ! Logical switch for Coriolis insitu data set 
    1198    ln_sla     = .false.    ! Logical switch for SLA observations 
    1199    ln_ssh     = .false.    ! Logical switch for SSH observations 
    1200    ln_sst     = .false.    ! Logical switch for SST observations 
    1201    ln_sss     = .false.    ! Logical switch for SSS observations 
    1202    ln_seaice  = .false.    ! Logical switch for Sea Ice observations 
    1203    ln_vel3d   = .false.    ! Logical switch for velocity observations 
    1204    ln_velavcur= .false     ! Logical switch for velocity daily av. cur. 
    1205    ln_velhrcur= .false     ! Logical switch for velocity high freq. cur. 
    1206    ln_velavadcp = .false.  ! Logical switch for velocity daily av. ADCP 
    1207    ln_velhradcp = .false.  ! Logical switch for velocity high freq. ADCP 
    1208    ln_velfb   = .false.    ! Logical switch for feedback velocity data 
    1209    ln_grid_global = .false. ! Global distribtion of observations 
    1210    ln_grid_search_lookup = .false. !  Logical switch for obs grid search w/lookup table 
    1211    grid_search_file = 'grid_search'  !  Grid search lookup file header 
     1195   ln_diaobs  = .false.             ! Logical switch for the observation operator 
     1196   ln_t3d     = .false.             ! Logical switch for T profile observations 
     1197   ln_s3d     = .false.             ! Logical switch for S profile observations 
     1198   ln_sla     = .false.             ! Logical switch for SLA observations 
     1199   ln_sst     = .false.             ! Logical switch for SST observations 
     1200   ln_sic     = .false.             ! Logical switch for Sea Ice observations 
     1201   ln_vel3d   = .false.             ! Logical switch for velocity observations 
     1202   ln_sss     = .false.             ! Logical swithc for SSS observations 
     1203   ln_logchl  = .false.             ! Logical switch for log(Chl) obs 
     1204   ln_spm     = .false.             ! Logical switch for SPM obs 
     1205   ln_fco2    = .false.              
     1206   ln_pco2    = .false. 
     1207   ln_altbias = .false.             ! Logical switch for altimeter bias correction 
     1208   ln_sstbias = .false.             ! Logical switch for SST bias correction 
     1209   ln_nea     = .false.             ! Logical switch for rejection of observations near land 
     1210   ln_grid_global = .true.          ! Logical switch for global distribution of observations 
     1211   ln_grid_search_lookup = .false.  ! Logical switch for obs grid search w/lookup table 
     1212   ln_ignmis  = .true.              ! Logical switch for ignoring missing files 
     1213   ln_s_at_t  = .false.             ! Logical switch for computing model S at T obs if not there 
     1214   ln_sstnight = .false.            ! Logical switch for calculating night-time average for SST obs 
     1215   ln_sla_fp_indegs = .true.        ! Logical: T=> averaging footpring is in degrees, F=> in metres 
     1216   ln_sst_fp_indegs = .true. 
     1217   ln_sss_fp_indegs = .true. 
     1218   ln_sic_fp_indegs = .true. 
    12121219! All of the *files* variables below are arrays. Use namelist_cfg to add more files 
    1213    cn_profbfiles = 'profiles_01.nc' ! Profile feedback input observation file name 
    1214    cn_slafbfiles = 'sla_01.nc' ! slafbfiles: Feedback SLA input observation file names 
    1215    cn_sstfbfiles = 'sst_01.nc' ! Feedback SST input observation file names 
    1216    cn_sicfbfiles = 'seaice_01.nc' ! Sea Ice input observation file names 
    1217    cn_velfbfiles = 'velfbfile.nc' ! Vel. feedback input observation file name 
    1218    cn_sstbias_files = 'sstbias.nc' 
    1219    rn_dobsini = 20000101.000000  !  Initial date in window YYYYMMDD.HHMMSS 
    1220    rn_dobsend = 20010101.000000  !  Final date in window YYYYMMDD.HHMMSS 
    1221    nn_1dint = 0  !               Type of vertical interpolation method 
    1222    nn_2dint = 0  !               Type of horizontal interpolation method 
    1223    ln_nea = .false.   !        Rejection of observations near land switch 
    1224    nn_msshc     = 0     !        MSSH correction scheme 
    1225    rn_mdtcorr = 1.61     !        MDT  correction 
    1226    rn_mdtcutoff = 65.0   !        MDT cutoff for computed correction 
    1227    ln_altbias = .false.    ! Logical switch for alt bias 
    1228    ln_ignmis  = .true.     ! Logical switch for ignoring missing files 
    1229    ln_sstbias = .false. 
    1230  
     1220   cn_profbfiles = 'profiles_01.nc'    ! Profile feedback input observation file names 
     1221   cn_slafbfiles = 'sla_01.nc'         ! SLA feedback input observation file names 
     1222   cn_sstfbfiles = 'sst_01.nc'         ! SST feedback input observation file names 
     1223   cn_sicfbfiles = 'sic_01.nc'         ! SIC feedback input observation file names 
     1224   cn_velfbfiles = 'vel_01.nc'         ! Velocity feedback input observation file names 
     1225   cn_sssfbfiles = 'sss_01.nc'         ! SSS feedback input observation file names 
     1226   cn_altbiasfile = 'altbias.nc'       ! Altimeter bias input file name 
     1227   cn_sstbiasfiles = 'sstbias.nc'      ! SST bias input file names 
     1228   cn_gridsearchfile = 'gridsearch.nc' ! Grid search file name 
     1229   rn_gridsearchres = 0.5              ! Grid search resolution 
     1230   rn_sla_avglamscl = 0.               ! E/W diameter of SLA observation footprint (metres/degrees) 
     1231   rn_sla_avgphiscl = 0.               ! N/S diameter of SLA observation footprint (metres/degrees) 
     1232   rn_sst_avglamscl = 0. 
     1233   rn_sst_avgphiscl = 0. 
     1234   rn_sss_avglamscl = 0. 
     1235   rn_sss_avgphiscl = 0. 
     1236   rn_sic_avglamscl = 0. 
     1237   rn_sic_avgphiscl = 0. 
     1238   nn_1dint = 0                        ! Type of vertical interpolation method 
     1239   nn_2dint = 0                        ! Default horizontal interpolation method 
     1240   nn_2dint_sla = 0                    ! Horizontal interpolation method for SLA 
     1241   nn_2dint_sst = 0                    ! Horizontal interpolation method for SST 
     1242   nn_2dint_sss = 0                    ! Horizontal interpolation method for SSS 
     1243   nn_2dint_sic = 0                    ! Horizontal interpolation method for SIC 
     1244   nn_msshc = 0                        ! MSSH correction scheme 
     1245   rn_mdtcorr = 1.61                   ! MDT  correction 
     1246   rn_mdtcutoff = 65.0                 ! MDT cutoff for computed correction 
     1247   nn_profdavtypes = -1                ! Profile daily average types - array 
     1248    
    12311249/ 
    12321250!----------------------------------------------------------------------- 
  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/diaobs.F90

    r7960 r7992  
    66   !!====================================================================== 
    77 
    8    !!---------------------------------------------------------------------- 
    9    !!   'key_diaobs' : Switch on the observation diagnostic computation 
    108   !!---------------------------------------------------------------------- 
    119   !!   dia_obs_init : Reading and prepare observations 
     
    1513   !!   fin_date     : Compute the final date YYYYMMDD.HHMMSS 
    1614   !!---------------------------------------------------------------------- 
    17    !! * Modules used    
     15   !! * Modules used 
    1816   USE wrk_nemo                 ! Memory Allocation 
    1917   USE par_kind                 ! Precision variables 
     
    2119   USE par_oce 
    2220   USE dom_oce                  ! Ocean space and time domain variables 
    23    USE obs_fbm, ONLY: ln_cl4    ! Class 4 diagnostic switch 
    24    USE obs_read_prof            ! Reading and allocation of observations (Coriolis) 
    25    USE obs_read_sla             ! Reading and allocation of SLA observations   
    26    USE obs_read_sst             ! Reading and allocation of SST observations   
     21   USE obs_read_prof            ! Reading and allocation of profile obs 
     22   USE obs_read_surf            ! Reading and allocation of surface obs 
    2723   USE obs_readmdt              ! Reading and allocation of MDT for SLA. 
    28    USE obs_read_seaice          ! Reading and allocation of Sea Ice observations   
    29    USE obs_read_vel             ! Reading and allocation of velocity component observations 
    3024   USE obs_prep                 ! Preparation of obs. (grid search etc). 
    3125   USE obs_oper                 ! Observation operators 
     
    3327   USE obs_grid                 ! Grid searching 
    3428   USE obs_read_altbias         ! Bias treatment for altimeter 
     29   USE obs_sstbias              ! Bias correction routine for SST 
    3530   USE obs_profiles_def         ! Profile data definitions 
    36    USE obs_profiles             ! Profile data storage 
    3731   USE obs_surf_def             ! Surface data definitions 
    38    USE obs_sla                  ! SLA data storage 
    39    USE obs_sst                  ! SST data storage 
    40    USE obs_seaice               ! Sea Ice data storage 
    4132   USE obs_types                ! Definitions for observation types 
    4233   USE mpp_map                  ! MPP mapping 
     
    5243      &   dia_obs_dealloc  ! Deallocate dia_obs data 
    5344 
    54    !! * Shared Module variables 
    55    LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER :: & 
    56 #if defined key_diaobs 
    57       & lk_diaobs = .TRUE.   !: Logical switch for observation diangostics 
    58 #else 
    59       & lk_diaobs = .FALSE.  !: Logical switch for observation diangostics 
    60 #endif 
    61  
    6245   !! * Module variables 
    63    LOGICAL, PUBLIC :: ln_t3d         !: Logical switch for temperature profiles 
    64    LOGICAL, PUBLIC :: ln_s3d         !: Logical switch for salinity profiles 
    65    LOGICAL, PUBLIC :: ln_ena         !: Logical switch for the ENACT data set 
    66    LOGICAL, PUBLIC :: ln_cor         !: Logical switch for the Coriolis data set 
    67    LOGICAL, PUBLIC :: ln_profb       !: Logical switch for profile feedback datafiles 
    68    LOGICAL, PUBLIC :: ln_sla         !: Logical switch for sea level anomalies  
    69    LOGICAL, PUBLIC :: ln_sladt       !: Logical switch for SLA from AVISO files 
    70    LOGICAL, PUBLIC :: ln_slafb       !: Logical switch for SLA from feedback files 
    71    LOGICAL, PUBLIC :: ln_sst         !: Logical switch for sea surface temperature 
    72    LOGICAL, PUBLIC :: ln_reysst      !: Logical switch for Reynolds sea surface temperature 
    73    LOGICAL, PUBLIC :: ln_ghrsst      !: Logical switch for GHRSST data 
    74    LOGICAL, PUBLIC :: ln_sstfb       !: Logical switch for SST from feedback files 
    75    LOGICAL, PUBLIC :: ln_seaice      !: Logical switch for sea ice concentration 
    76    LOGICAL, PUBLIC :: ln_vel3d       !: Logical switch for velocity component (u,v) observations 
    77    LOGICAL, PUBLIC :: ln_velavcur    !: Logical switch for raw daily averaged netCDF current meter vel. data  
    78    LOGICAL, PUBLIC :: ln_velhrcur    !: Logical switch for raw high freq netCDF current meter vel. data  
    79    LOGICAL, PUBLIC :: ln_velavadcp   !: Logical switch for raw daily averaged netCDF ADCP vel. data  
    80    LOGICAL, PUBLIC :: ln_velhradcp   !: Logical switch for raw high freq netCDF ADCP vel. data  
    81    LOGICAL, PUBLIC :: ln_velfb       !: Logical switch for velocities from feedback files 
    82    LOGICAL, PUBLIC :: ln_ssh         !: Logical switch for sea surface height 
    83    LOGICAL, PUBLIC :: ln_sss         !: Logical switch for sea surface salinity 
    84    LOGICAL, PUBLIC :: ln_sstnight    !: Logical switch for night mean SST observations 
    85    LOGICAL, PUBLIC :: ln_nea         !: Remove observations near land 
    86    LOGICAL, PUBLIC :: ln_altbias     !: Logical switch for altimeter bias   
    87    LOGICAL, PUBLIC :: ln_ignmis      !: Logical switch for ignoring missing files 
    88    LOGICAL, PUBLIC :: ln_s_at_t      !: Logical switch to compute model S at T observations 
    89  
    90    REAL(KIND=dp), PUBLIC :: dobsini   !: Observation window start date YYYYMMDD.HHMMSS 
    91    REAL(KIND=dp), PUBLIC :: dobsend   !: Observation window end date YYYYMMDD.HHMMSS 
    92    
    93    INTEGER, PUBLIC :: n1dint       !: Vertical interpolation method 
    94    INTEGER, PUBLIC :: n2dint       !: Horizontal interpolation method  
    95  
     46   LOGICAL, PUBLIC :: & 
     47      &       lk_diaobs = .TRUE.  !: Include this for backwards compatibility at NEMO 3.6. 
     48   LOGICAL :: ln_diaobs           !: Logical switch for the obs operator 
     49   LOGICAL :: ln_sstnight         !: Logical switch for night mean SST obs 
     50   LOGICAL :: ln_sla_fp_indegs    !: T=> SLA obs footprint size specified in degrees, F=> in metres 
     51   LOGICAL :: ln_sst_fp_indegs    !: T=> SST obs footprint size specified in degrees, F=> in metres 
     52   LOGICAL :: ln_sss_fp_indegs    !: T=> SSS obs footprint size specified in degrees, F=> in metres 
     53   LOGICAL :: ln_sic_fp_indegs    !: T=> sea-ice obs footprint size specified in degrees, F=> in metres 
     54 
     55   REAL(wp) :: rn_sla_avglamscl !: E/W diameter of SLA observation footprint (metres) 
     56   REAL(wp) :: rn_sla_avgphiscl !: N/S diameter of SLA observation footprint (metres) 
     57   REAL(wp) :: rn_sst_avglamscl !: E/W diameter of SST observation footprint (metres) 
     58   REAL(wp) :: rn_sst_avgphiscl !: N/S diameter of SST observation footprint (metres) 
     59   REAL(wp) :: rn_sss_avglamscl !: E/W diameter of SSS observation footprint (metres) 
     60   REAL(wp) :: rn_sss_avgphiscl !: N/S diameter of SSS observation footprint (metres) 
     61   REAL(wp) :: rn_sic_avglamscl !: E/W diameter of sea-ice observation footprint (metres) 
     62   REAL(wp) :: rn_sic_avgphiscl !: N/S diameter of sea-ice observation footprint (metres) 
     63 
     64   INTEGER :: nn_1dint       !: Vertical interpolation method 
     65   INTEGER :: nn_2dint       !: Default horizontal interpolation method 
     66   INTEGER :: nn_2dint_sla   !: SLA horizontal interpolation method  
     67   INTEGER :: nn_2dint_sst   !: SST horizontal interpolation method  
     68   INTEGER :: nn_2dint_sss   !: SSS horizontal interpolation method  
     69   INTEGER :: nn_2dint_sic   !: Seaice horizontal interpolation method  
     70  
    9671   INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes) :: & 
    97       & endailyavtypes !: ENACT data types which are daily average 
    98  
    99    INTEGER, PARAMETER :: MaxNumFiles = 1000 
    100    LOGICAL, DIMENSION(MaxNumFiles) :: & 
    101       & ln_profb_ena, & !: Is the feedback files from ENACT data ? 
    102    !                    !: If so use endailyavtypes 
    103       & ln_profb_enatim !: Change tim for 820 enact data set. 
    104     
    105    LOGICAL, DIMENSION(MaxNumFiles) :: & 
    106       & ln_velfb_av   !: Is the velocity feedback files daily average? 
     72      & nn_profdavtypes      !: Profile data types representing a daily average 
     73   INTEGER :: nproftypes     !: Number of profile obs types 
     74   INTEGER :: nsurftypes     !: Number of surface obs types 
     75   INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     76      & nvarsprof, &         !: Number of profile variables 
     77      & nvarssurf            !: Number of surface variables 
     78   INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     79      & nextrprof, &         !: Number of profile extra variables 
     80      & nextrsurf            !: Number of surface extra variables 
     81   INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     82      & n2dintsurf           !: Interpolation option for surface variables 
     83   REAL(wp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     84      & ravglamscl, &        !: E/W diameter of averaging footprint for surface variables 
     85      & ravgphiscl           !: N/S diameter of averaging footprint for surface variables 
    10786   LOGICAL, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
    108       & ld_enact     !: Profile data is ENACT so use endailyavtypes 
    109    LOGICAL, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
    110       & ld_velav     !: Velocity data is daily averaged 
    111    LOGICAL, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
    112       & ld_sstnight  !: SST observation corresponds to night mean 
     87      & lfpindegs, &         !: T=> surface obs footprint size specified in degrees, F=> in metres 
     88      & llnightav            !: Logical for calculating night-time averages 
     89 
     90   TYPE(obs_surf), PUBLIC, POINTER, DIMENSION(:) :: & 
     91      & surfdata, &          !: Initial surface data 
     92      & surfdataqc           !: Surface data after quality control 
     93   TYPE(obs_prof), PUBLIC, POINTER, DIMENSION(:) :: & 
     94      & profdata, &          !: Initial profile data 
     95      & profdataqc           !: Profile data after quality control 
     96 
     97   CHARACTER(len=6), PUBLIC, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     98      & cobstypesprof, &     !: Profile obs types 
     99      & cobstypessurf        !: Surface obs types 
    113100 
    114101   !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    118105   !!---------------------------------------------------------------------- 
    119106 
     107   !! * Substitutions  
     108#  include "domzgr_substitute.h90" 
    120109CONTAINS 
    121110 
     
    135124      !!        !  06-10  (A. Weaver) Cleaning and add controls 
    136125      !!        !  07-03  (K. Mogensen) General handling of profiles 
     126      !!        !  14-08  (J.While) Incorporated SST bias correction 
     127      !!        !  15-02  (M. Martin) Simplification of namelist and code 
    137128      !!---------------------------------------------------------------------- 
    138129 
     
    140131 
    141132      !! * Local declarations 
    142       CHARACTER(len=128) :: enactfiles(MaxNumFiles) 
    143       CHARACTER(len=128) :: coriofiles(MaxNumFiles) 
    144       CHARACTER(len=128) :: profbfiles(MaxNumFiles) 
    145       CHARACTER(len=128) :: sstfiles(MaxNumFiles)       
    146       CHARACTER(len=128) :: sstfbfiles(MaxNumFiles)  
    147       CHARACTER(len=128) :: slafilesact(MaxNumFiles)       
    148       CHARACTER(len=128) :: slafilespas(MaxNumFiles)       
    149       CHARACTER(len=128) :: slafbfiles(MaxNumFiles) 
    150       CHARACTER(len=128) :: seaicefiles(MaxNumFiles)            
    151       CHARACTER(len=128) :: velcurfiles(MaxNumFiles)   
    152       CHARACTER(len=128) :: veladcpfiles(MaxNumFiles)     
    153       CHARACTER(len=128) :: velavcurfiles(MaxNumFiles) 
    154       CHARACTER(len=128) :: velhrcurfiles(MaxNumFiles) 
    155       CHARACTER(len=128) :: velavadcpfiles(MaxNumFiles) 
    156       CHARACTER(len=128) :: velhradcpfiles(MaxNumFiles) 
    157       CHARACTER(len=128) :: velfbfiles(MaxNumFiles) 
    158       CHARACTER(LEN=128) :: reysstname 
    159       CHARACTER(LEN=12)  :: reysstfmt 
    160       CHARACTER(LEN=128) :: bias_file 
    161       CHARACTER(LEN=20)  :: datestr=" ", timestr=" " 
    162       NAMELIST/namobs/ln_ena, ln_cor, ln_profb, ln_t3d, ln_s3d,       & 
    163          &            ln_sla, ln_sladt, ln_slafb,                     & 
    164          &            ln_ssh, ln_sst, ln_sstfb, ln_sss, ln_nea,       & 
    165          &            enactfiles, coriofiles, profbfiles,             & 
    166          &            slafilesact, slafilespas, slafbfiles,           & 
    167          &            sstfiles, sstfbfiles,                           & 
    168          &            ln_seaice, seaicefiles,                         & 
    169          &            dobsini, dobsend, n1dint, n2dint,               & 
    170          &            nmsshc, mdtcorr, mdtcutoff,                     & 
    171          &            ln_reysst, ln_ghrsst, reysstname, reysstfmt,    & 
     133      INTEGER, PARAMETER :: & 
     134         & jpmaxnfiles = 1000    ! Maximum number of files for each obs type 
     135      INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     136         & ifilesprof, &         ! Number of profile files 
     137         & ifilessurf            ! Number of surface files 
     138      INTEGER :: ios             ! Local integer output status for namelist read 
     139      INTEGER :: jtype           ! Counter for obs types 
     140      INTEGER :: jvar            ! Counter for variables 
     141      INTEGER :: jfile           ! Counter for files 
     142      INTEGER :: jnumsstbias     ! Number of SST bias files to read and apply 
     143 
     144      CHARACTER(len=128), DIMENSION(jpmaxnfiles) :: & 
     145         & cn_profbfiles,    &   ! T/S profile input filenames 
     146         & cn_sstfbfiles,    &   ! Sea surface temperature input filenames 
     147         & cn_slafbfiles,    &   ! Sea level anomaly input filenames 
     148         & cn_sicfbfiles,    &   ! Seaice concentration input filenames 
     149         & cn_velfbfiles,    &   ! Velocity profile input filenames 
     150         & cn_sssfbfiles,    &   ! Sea surface salinity input filenames 
     151         & cn_logchlfbfiles, &   ! Log(Chl) input filenames 
     152         & cn_spmfbfiles,    &   ! Sediment input filenames 
     153         & cn_fco2fbfiles,   &   ! fco2 input filenames 
     154         & cn_pco2fbfiles,   &   ! pco2 input filenames 
     155         & cn_sstbiasfiles       ! SST bias input filenames 
     156 
     157      CHARACTER(LEN=128) :: & 
     158         & cn_altbiasfile        ! Altimeter bias input filename 
     159 
     160 
     161      LOGICAL :: ln_t3d          ! Logical switch for temperature profiles 
     162      LOGICAL :: ln_s3d          ! Logical switch for salinity profiles 
     163      LOGICAL :: ln_sla          ! Logical switch for sea level anomalies  
     164      LOGICAL :: ln_sst          ! Logical switch for sea surface temperature 
     165      LOGICAL :: ln_sic          ! Logical switch for sea ice concentration 
     166      LOGICAL :: ln_sss          ! Logical switch for sea surface salinity obs 
     167      LOGICAL :: ln_vel3d        ! Logical switch for velocity (u,v) obs 
     168      LOGICAL :: ln_logchl       ! Logical switch for log(Chl) obs 
     169      LOGICAL :: ln_spm          ! Logical switch for sediment obs 
     170      LOGICAL :: ln_fco2         ! Logical switch for fco2 obs 
     171      LOGICAL :: ln_pco2         ! Logical switch for pco2 obs 
     172      LOGICAL :: ln_nea          ! Logical switch to remove obs near land 
     173      LOGICAL :: ln_altbias      ! Logical switch for altimeter bias 
     174      LOGICAL :: ln_sstbias      ! Logical switch for bias correction of SST 
     175      LOGICAL :: ln_ignmis       ! Logical switch for ignoring missing files 
     176      LOGICAL :: ln_s_at_t       ! Logical switch to compute model S at T obs 
     177      LOGICAL :: ln_bound_reject ! Logical switch for rejecting obs near the boundary 
     178 
     179      REAL(dp) :: rn_dobsini     ! Obs window start date YYYYMMDD.HHMMSS 
     180      REAL(dp) :: rn_dobsend     ! Obs window end date   YYYYMMDD.HHMMSS 
     181 
     182      CHARACTER(len=128), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE :: & 
     183         & clproffiles, &        ! Profile filenames 
     184         & clsurffiles           ! Surface filenames 
     185 
     186      LOGICAL :: llvar1          ! Logical for profile variable 1 
     187      LOGICAL :: llvar2          ! Logical for profile variable 1 
     188 
     189      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: & 
     190         & zglam1, &             ! Model longitudes for profile variable 1 
     191         & zglam2                ! Model longitudes for profile variable 2 
     192      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: & 
     193         & zgphi1, &             ! Model latitudes for profile variable 1 
     194         & zgphi2                ! Model latitudes for profile variable 2 
     195      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: & 
     196         & zmask1, &             ! Model land/sea mask associated with variable 1 
     197         & zmask2                ! Model land/sea mask associated with variable 2 
     198 
     199 
     200      NAMELIST/namobs/ln_diaobs, ln_t3d, ln_s3d, ln_sla,              & 
     201         &            ln_sst, ln_sic, ln_sss, ln_vel3d,               & 
     202         &            ln_logchl, ln_spm, ln_fco2, ln_pco2,            & 
     203         &            ln_altbias, ln_sstbias, ln_nea,                 & 
     204         &            ln_grid_global, ln_grid_search_lookup,          & 
     205         &            ln_ignmis, ln_s_at_t, ln_bound_reject,          & 
    172206         &            ln_sstnight,                                    & 
    173          &            ln_grid_search_lookup,                          & 
    174          &            grid_search_file, grid_search_res,              & 
    175          &            ln_grid_global, bias_file, ln_altbias,          & 
    176          &            endailyavtypes, ln_s_at_t, ln_profb_ena,        & 
    177          &            ln_vel3d, ln_velavcur, velavcurfiles,           & 
    178          &            ln_velhrcur, velhrcurfiles,                     & 
    179          &            ln_velavadcp, velavadcpfiles,                   & 
    180          &            ln_velhradcp, velhradcpfiles,                   & 
    181          &            ln_velfb, velfbfiles, ln_velfb_av,              & 
    182          &            ln_profb_enatim, ln_ignmis, ln_cl4 
    183  
    184       INTEGER :: jprofset 
    185       INTEGER :: jveloset 
    186       INTEGER :: jvar 
    187       INTEGER :: jnumenact 
    188       INTEGER :: jnumcorio 
    189       INTEGER :: jnumprofb 
    190       INTEGER :: jnumslaact 
    191       INTEGER :: jnumslapas 
    192       INTEGER :: jnumslafb 
    193       INTEGER :: jnumsst 
    194       INTEGER :: jnumsstfb 
    195       INTEGER :: jnumseaice 
    196       INTEGER :: jnumvelavcur 
    197       INTEGER :: jnumvelhrcur   
    198       INTEGER :: jnumvelavadcp 
    199       INTEGER :: jnumvelhradcp    
    200       INTEGER :: jnumvelfb 
    201       INTEGER :: ji 
    202       INTEGER :: jset 
    203       INTEGER :: ios                 ! Local integer output status for namelist read 
    204       LOGICAL :: lmask(MaxNumFiles), ll_u3d, ll_v3d 
     207         &            ln_sla_fp_indegs, ln_sst_fp_indegs,             & 
     208         &            ln_sss_fp_indegs, ln_sic_fp_indegs,             & 
     209         &            cn_profbfiles, cn_slafbfiles,                   & 
     210         &            cn_sstfbfiles, cn_sicfbfiles,                   & 
     211         &            cn_velfbfiles, cn_sssfbfiles,                   & 
     212         &            cn_logchlfbfiles, cn_spmfbfiles,                & 
     213         &            cn_fco2fbfiles, cn_pco2fbfiles,                 & 
     214         &            cn_sstbiasfiles, cn_altbiasfile,                & 
     215         &            cn_gridsearchfile, rn_gridsearchres,            & 
     216         &            rn_dobsini, rn_dobsend,                         & 
     217         &            rn_sla_avglamscl, rn_sla_avgphiscl,             & 
     218         &            rn_sst_avglamscl, rn_sst_avgphiscl,             & 
     219         &            rn_sss_avglamscl, rn_sss_avgphiscl,             & 
     220         &            rn_sic_avglamscl, rn_sic_avgphiscl,             & 
     221         &            nn_1dint, nn_2dint,                             & 
     222         &            nn_2dint_sla, nn_2dint_sst,                     & 
     223         &            nn_2dint_sss, nn_2dint_sic,                     & 
     224         &            nn_msshc, rn_mdtcorr, rn_mdtcutoff,             & 
     225         &            nn_profdavtypes 
     226 
     227      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zglam1 ) 
     228      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zglam2 ) 
     229      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zgphi1 ) 
     230      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zgphi2 ) 
     231      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zmask1 ) 
     232      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zmask2 ) 
    205233 
    206234      !----------------------------------------------------------------------- 
     
    208236      !----------------------------------------------------------------------- 
    209237 
    210       enactfiles(:) = '' 
    211       coriofiles(:) = '' 
    212       profbfiles(:) = '' 
    213       slafilesact(:) = '' 
    214       slafilespas(:) = '' 
    215       slafbfiles(:) = '' 
    216       sstfiles(:)   = '' 
    217       sstfbfiles(:) = '' 
    218       seaicefiles(:) = '' 
    219       velcurfiles(:) = '' 
    220       veladcpfiles(:) = '' 
    221       velavcurfiles(:) = '' 
    222       velhrcurfiles(:) = '' 
    223       velavadcpfiles(:) = '' 
    224       velhradcpfiles(:) = '' 
    225       velfbfiles(:) = '' 
    226       velcurfiles(:) = '' 
    227       veladcpfiles(:) = '' 
    228       endailyavtypes(:) = -1 
    229       endailyavtypes(1) = 820 
    230       ln_profb_ena(:) = .FALSE. 
    231       ln_profb_enatim(:) = .TRUE. 
    232       ln_velfb_av(:) = .FALSE. 
    233       ln_ignmis = .FALSE. 
    234        
    235       CALL ini_date( dobsini ) 
    236       CALL fin_date( dobsend ) 
    237   
    238       ! Read Namelist namobs : control observation diagnostics 
    239       REWIND( numnam_ref )              ! Namelist namobs in reference namelist : Diagnostic: control observation 
     238      ! Some namelist arrays need initialising 
     239      cn_profbfiles(:)    = '' 
     240      cn_slafbfiles(:)    = '' 
     241      cn_sstfbfiles(:)    = '' 
     242      cn_sicfbfiles(:)    = '' 
     243      cn_velfbfiles(:)    = '' 
     244      cn_sssfbfiles(:)    = '' 
     245      cn_logchlfbfiles(:) = '' 
     246      cn_spmfbfiles(:)    = '' 
     247      cn_fco2fbfiles(:)   = '' 
     248      cn_pco2fbfiles(:)   = '' 
     249      cn_sstbiasfiles(:)  = '' 
     250      nn_profdavtypes(:)  = -1 
     251 
     252      CALL ini_date( rn_dobsini ) 
     253      CALL fin_date( rn_dobsend ) 
     254 
     255      ! Read namelist namobs : control observation diagnostics 
     256      REWIND( numnam_ref )   ! Namelist namobs in reference namelist 
    240257      READ  ( numnam_ref, namobs, IOSTAT = ios, ERR = 901) 
    241258901   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namobs in reference namelist', lwp ) 
    242259 
    243       REWIND( numnam_cfg )              ! Namelist namobs in configuration namelist : Diagnostic: control observation 
     260      REWIND( numnam_cfg )   ! Namelist namobs in configuration namelist 
    244261      READ  ( numnam_cfg, namobs, IOSTAT = ios, ERR = 902 ) 
    245262902   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namobs in configuration namelist', lwp ) 
    246263      IF(lwm) WRITE ( numond, namobs ) 
    247264 
    248       ! Count number of files for each type 
    249       IF (ln_ena) THEN 
    250          lmask(:) = .FALSE. 
    251          WHERE (enactfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    252          jnumenact = COUNT(lmask) 
    253       ENDIF 
    254       IF (ln_cor) THEN 
    255          lmask(:) = .FALSE. 
    256          WHERE (coriofiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    257          jnumcorio = COUNT(lmask) 
    258       ENDIF 
    259       IF (ln_profb) THEN 
    260          lmask(:) = .FALSE. 
    261          WHERE (profbfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    262          jnumprofb = COUNT(lmask) 
    263       ENDIF 
    264       IF (ln_sladt) THEN 
    265          lmask(:) = .FALSE. 
    266          WHERE (slafilesact(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    267          jnumslaact = COUNT(lmask) 
    268          lmask(:) = .FALSE. 
    269          WHERE (slafilespas(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    270          jnumslapas = COUNT(lmask) 
    271       ENDIF 
    272       IF (ln_slafb) THEN 
    273          lmask(:) = .FALSE. 
    274          WHERE (slafbfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    275          jnumslafb = COUNT(lmask) 
    276          lmask(:) = .FALSE. 
    277       ENDIF 
    278       IF (ln_ghrsst) THEN 
    279          lmask(:) = .FALSE. 
    280          WHERE (sstfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    281          jnumsst = COUNT(lmask) 
    282       ENDIF       
    283       IF (ln_sstfb) THEN 
    284          lmask(:) = .FALSE. 
    285          WHERE (sstfbfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    286          jnumsstfb = COUNT(lmask) 
    287          lmask(:) = .FALSE. 
    288       ENDIF 
    289       IF (ln_seaice) THEN 
    290          lmask(:) = .FALSE. 
    291          WHERE (seaicefiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    292          jnumseaice = COUNT(lmask) 
    293       ENDIF 
    294       IF (ln_velavcur) THEN 
    295          lmask(:) = .FALSE. 
    296          WHERE (velavcurfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    297          jnumvelavcur = COUNT(lmask) 
    298       ENDIF 
    299       IF (ln_velhrcur) THEN 
    300          lmask(:) = .FALSE. 
    301          WHERE (velhrcurfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    302          jnumvelhrcur = COUNT(lmask) 
    303       ENDIF 
    304       IF (ln_velavadcp) THEN 
    305          lmask(:) = .FALSE. 
    306          WHERE (velavadcpfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    307          jnumvelavadcp = COUNT(lmask) 
    308       ENDIF 
    309       IF (ln_velhradcp) THEN 
    310          lmask(:) = .FALSE. 
    311          WHERE (velhradcpfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    312          jnumvelhradcp = COUNT(lmask) 
    313       ENDIF 
    314       IF (ln_velfb) THEN 
    315          lmask(:) = .FALSE. 
    316          WHERE (velfbfiles(:) /= '') lmask(:) = .TRUE. 
    317          jnumvelfb = COUNT(lmask) 
    318          lmask(:) = .FALSE. 
    319       ENDIF 
    320        
    321       ! Control print 
     265      lk_diaobs = .FALSE. 
     266#if defined key_diaobs 
     267      IF ( ln_diaobs ) lk_diaobs = .TRUE. 
     268#endif 
     269 
     270      IF ( .NOT. lk_diaobs ) THEN 
     271         IF(lwp) WRITE(numout,cform_war) 
     272         IF(lwp) WRITE(numout,*)' ln_diaobs is set to false or key_diaobs is not set, so not calling dia_obs' 
     273         RETURN 
     274      ENDIF 
     275 
    322276      IF(lwp) THEN 
    323277         WRITE(numout,*) 
     
    325279         WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~~' 
    326280         WRITE(numout,*) '          Namelist namobs : set observation diagnostic parameters'  
    327          WRITE(numout,*) '             Logical switch for T profile observations          ln_t3d = ', ln_t3d 
    328          WRITE(numout,*) '             Logical switch for S profile observations          ln_s3d = ', ln_s3d 
    329          WRITE(numout,*) '             Logical switch for ENACT insitu data set           ln_ena = ', ln_ena 
    330          WRITE(numout,*) '             Logical switch for Coriolis insitu data set        ln_cor = ', ln_cor 
    331          WRITE(numout,*) '             Logical switch for feedback insitu data set      ln_profb = ', ln_profb 
    332          WRITE(numout,*) '             Logical switch for SLA observations                ln_sla = ', ln_sla 
    333          WRITE(numout,*) '             Logical switch for AVISO SLA data                ln_sladt = ', ln_sladt 
    334          WRITE(numout,*) '             Logical switch for feedback SLA data             ln_slafb = ', ln_slafb 
    335          WRITE(numout,*) '             Logical switch for SSH observations                ln_ssh = ', ln_ssh 
    336          WRITE(numout,*) '             Logical switch for SST observations                ln_sst = ', ln_sst 
    337          WRITE(numout,*) '             Logical switch for Reynolds observations        ln_reysst = ', ln_reysst     
    338          WRITE(numout,*) '             Logical switch for GHRSST observations          ln_ghrsst = ', ln_ghrsst 
    339          WRITE(numout,*) '             Logical switch for feedback SST data             ln_sstfb = ', ln_sstfb 
    340          WRITE(numout,*) '             Logical switch for night-time SST obs         ln_sstnight = ', ln_sstnight 
    341          WRITE(numout,*) '             Logical switch for SSS observations                ln_sss = ', ln_sss 
    342          WRITE(numout,*) '             Logical switch for Sea Ice observations         ln_seaice = ', ln_seaice 
    343          WRITE(numout,*) '             Logical switch for velocity observations         ln_vel3d = ', ln_vel3d 
    344          WRITE(numout,*) '             Logical switch for velocity daily av. cur.    ln_velavcur = ', ln_velavcur 
    345          WRITE(numout,*) '             Logical switch for velocity high freq. cur.   ln_velhrcur = ', ln_velhrcur 
    346          WRITE(numout,*) '             Logical switch for velocity daily av. ADCP   ln_velavadcp = ', ln_velavadcp 
    347          WRITE(numout,*) '             Logical switch for velocity high freq. ADCP  ln_velhradcp = ', ln_velhradcp 
    348          WRITE(numout,*) '             Logical switch for feedback velocity data        ln_velfb = ', ln_velfb 
    349          WRITE(numout,*) '             Global distribtion of observations         ln_grid_global = ',ln_grid_global 
    350          WRITE(numout,*) & 
    351    '             Logical switch for obs grid search w/lookup table  ln_grid_search_lookup = ',ln_grid_search_lookup 
     281         WRITE(numout,*) '             Logical switch for T profile observations                ln_t3d = ', ln_t3d 
     282         WRITE(numout,*) '             Logical switch for S profile observations                ln_s3d = ', ln_s3d 
     283         WRITE(numout,*) '             Logical switch for SLA observations                      ln_sla = ', ln_sla 
     284         WRITE(numout,*) '             Logical switch for SST observations                      ln_sst = ', ln_sst 
     285         WRITE(numout,*) '             Logical switch for Sea Ice observations                  ln_sic = ', ln_sic 
     286         WRITE(numout,*) '             Logical switch for velocity observations               ln_vel3d = ', ln_vel3d 
     287         WRITE(numout,*) '             Logical switch for SSS observations                      ln_sss = ', ln_sss 
     288         WRITE(numout,*) '             Logical switch for log(Chl) observations              ln_logchl = ', ln_logchl 
     289         WRITE(numout,*) '             Logical switch for SPM observations                      ln_spm = ', ln_spm 
     290         WRITE(numout,*) '             Logical switch for FCO2 observations                    ln_fco2 = ', ln_fco2 
     291         WRITE(numout,*) '             Logical switch for PCO2 observations                    ln_pco2 = ', ln_pco2 
     292         WRITE(numout,*) '             Global distribution of observations              ln_grid_global = ', ln_grid_global 
     293         WRITE(numout,*) '             Logical switch for obs grid search lookup ln_grid_search_lookup = ', ln_grid_search_lookup 
    352294         IF (ln_grid_search_lookup) & 
    353             WRITE(numout,*) '             Grid search lookup file header       grid_search_file = ', grid_search_file 
    354          IF (ln_ena) THEN 
    355             DO ji = 1, jnumenact 
    356                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             ENACT input observation file name          enactfiles = ', & 
    357                   TRIM(enactfiles(ji)) 
    358             END DO 
     295            WRITE(numout,*) '             Grid search lookup file header                cn_gridsearchfile = ', cn_gridsearchfile 
     296         WRITE(numout,*) '             Initial date in window YYYYMMDD.HHMMSS               rn_dobsini = ', rn_dobsini 
     297         WRITE(numout,*) '             Final date in window YYYYMMDD.HHMMSS                 rn_dobsend = ', rn_dobsend 
     298         WRITE(numout,*) '             Type of vertical interpolation method                  nn_1dint = ', nn_1dint 
     299         WRITE(numout,*) '             Type of horizontal interpolation method                nn_2dint = ', nn_2dint 
     300         WRITE(numout,*) '             Rejection of observations near land switch               ln_nea = ', ln_nea 
     301         WRITE(numout,*) '             Rejection of obs near open bdys                 ln_bound_reject = ', ln_bound_reject 
     302         WRITE(numout,*) '             MSSH correction scheme                                 nn_msshc = ', nn_msshc 
     303         WRITE(numout,*) '             MDT  correction                                      rn_mdtcorr = ', rn_mdtcorr 
     304         WRITE(numout,*) '             MDT cutoff for computed correction                 rn_mdtcutoff = ', rn_mdtcutoff 
     305         WRITE(numout,*) '             Logical switch for alt bias                          ln_altbias = ', ln_altbias 
     306         WRITE(numout,*) '             Logical switch for sst bias                          ln_sstbias = ', ln_sstbias 
     307         WRITE(numout,*) '             Logical switch for ignoring missing files             ln_ignmis = ', ln_ignmis 
     308         WRITE(numout,*) '             Daily average types                             nn_profdavtypes = ', nn_profdavtypes 
     309         WRITE(numout,*) '             Logical switch for night-time SST obs               ln_sstnight = ', ln_sstnight 
     310      ENDIF 
     311      !----------------------------------------------------------------------- 
     312      ! Set up list of observation types to be used 
     313      ! and the files associated with each type 
     314      !----------------------------------------------------------------------- 
     315 
     316      nproftypes = COUNT( (/ln_t3d .OR. ln_s3d, ln_vel3d /) ) 
     317      nsurftypes = COUNT( (/ln_sla, ln_sst, ln_sic, ln_sss, & 
     318         &                  ln_logchl, ln_spm, ln_fco2, ln_pco2 /) ) 
     319 
     320      IF ( nproftypes == 0 .AND. nsurftypes == 0 ) THEN 
     321         IF(lwp) WRITE(numout,cform_war) 
     322         IF(lwp) WRITE(numout,*) ' ln_diaobs is set to true, but all obs operator logical flags', & 
     323            &                    ' are set to .FALSE. so turning off calls to dia_obs' 
     324         nwarn = nwarn + 1 
     325         lk_diaobs = .FALSE. 
     326         RETURN 
     327      ENDIF 
     328 
     329      IF(lwp) WRITE(numout,*) '          Number of profile obs types: ',nproftypes 
     330      IF ( nproftypes > 0 ) THEN 
     331 
     332         ALLOCATE( cobstypesprof(nproftypes) ) 
     333         ALLOCATE( ifilesprof(nproftypes) ) 
     334         ALLOCATE( clproffiles(nproftypes,jpmaxnfiles) ) 
     335 
     336         jtype = 0 
     337         IF (ln_t3d .OR. ln_s3d) THEN 
     338            jtype = jtype + 1 
     339            CALL obs_settypefiles( nproftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'prof  ', & 
     340               &                   cn_profbfiles, ifilesprof, cobstypesprof, clproffiles ) 
    359341         ENDIF 
    360          IF (ln_cor) THEN 
    361             DO ji = 1, jnumcorio 
    362                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Coriolis input observation file name       coriofiles = ', & 
    363                   TRIM(coriofiles(ji)) 
    364             END DO 
     342         IF (ln_vel3d) THEN 
     343            jtype = jtype + 1 
     344            CALL obs_settypefiles( nproftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'vel   ', & 
     345               &                   cn_velfbfiles, ifilesprof, cobstypesprof, clproffiles ) 
    365346         ENDIF 
    366          IF (ln_profb) THEN 
    367             DO ji = 1, jnumprofb 
    368                IF (ln_profb_ena(ji)) THEN 
    369                   WRITE(numout,'(1X,2A)') '       Enact feedback input observation file name       profbfiles = ', & 
    370                      TRIM(profbfiles(ji)) 
    371                ELSE 
    372                   WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Feedback input observation file name       profbfiles = ', & 
    373                      TRIM(profbfiles(ji)) 
    374                ENDIF 
    375                WRITE(numout,'(1X,2A)') '       Enact feedback input time setting switch    ln_profb_enatim = ', ln_profb_enatim(ji) 
    376             END DO 
     347 
     348      ENDIF 
     349 
     350      IF(lwp) WRITE(numout,*)'          Number of surface obs types: ',nsurftypes 
     351      IF ( nsurftypes > 0 ) THEN 
     352 
     353         ALLOCATE( cobstypessurf(nsurftypes) ) 
     354         ALLOCATE( ifilessurf(nsurftypes) ) 
     355         ALLOCATE( clsurffiles(nsurftypes, jpmaxnfiles) ) 
     356         ALLOCATE(n2dintsurf(nsurftypes)) 
     357         ALLOCATE(ravglamscl(nsurftypes)) 
     358         ALLOCATE(ravgphiscl(nsurftypes)) 
     359         ALLOCATE(lfpindegs(nsurftypes)) 
     360         ALLOCATE(llnightav(nsurftypes)) 
     361 
     362         jtype = 0 
     363         IF (ln_sla) THEN 
     364            jtype = jtype + 1 
     365            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'sla   ', & 
     366               &                   cn_slafbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     367            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'sla   ',      & 
     368               &                  nn_2dint, nn_2dint_sla,             & 
     369               &                  rn_sla_avglamscl, rn_sla_avgphiscl, & 
     370               &                  ln_sla_fp_indegs, .FALSE.,          & 
     371               &                  n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl, & 
     372               &                  lfpindegs, llnightav ) 
    377373         ENDIF 
    378          IF (ln_sladt) THEN 
    379             DO ji = 1, jnumslaact 
    380                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Active SLA input observation file name    slafilesact = ', & 
    381                   TRIM(slafilesact(ji)) 
    382             END DO 
    383             DO ji = 1, jnumslapas 
    384                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Passive SLA input observation file name   slafilespas = ', & 
    385                   TRIM(slafilespas(ji)) 
    386             END DO 
     374         IF (ln_sst) THEN 
     375            jtype = jtype + 1 
     376            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'sst   ', & 
     377               &                   cn_sstfbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     378            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'sst   ',      & 
     379               &                  nn_2dint, nn_2dint_sst,             & 
     380               &                  rn_sst_avglamscl, rn_sst_avgphiscl, & 
     381               &                  ln_sst_fp_indegs, ln_sstnight,      & 
     382               &                  n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl, & 
     383               &                  lfpindegs, llnightav ) 
    387384         ENDIF 
    388          IF (ln_slafb) THEN 
    389             DO ji = 1, jnumslafb 
    390                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Feedback SLA input observation file name   slafbfiles = ', & 
    391                   TRIM(slafbfiles(ji)) 
    392             END DO 
     385#if defined key_lim2 || defined key_lim3 || defined key_cice 
     386         IF (ln_sic) THEN 
     387            jtype = jtype + 1 
     388            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'sic   ', & 
     389               &                   cn_sicfbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     390            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'sic   ',      & 
     391               &                  nn_2dint, nn_2dint_sic,             & 
     392               &                  rn_sic_avglamscl, rn_sic_avgphiscl, & 
     393               &                  ln_sic_fp_indegs, .FALSE.,          & 
     394               &                  n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl, & 
     395               &                  lfpindegs, llnightav ) 
    393396         ENDIF 
    394          IF (ln_ghrsst) THEN 
    395             DO ji = 1, jnumsst 
    396                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             GHRSST input observation file name           sstfiles = ', & 
    397                   TRIM(sstfiles(ji)) 
    398             END DO 
     397#endif 
     398         IF (ln_sss) THEN 
     399            jtype = jtype + 1 
     400            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'sss   ', & 
     401               &                   cn_sssfbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     402            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'sss   ',      & 
     403               &                  nn_2dint, nn_2dint_sss,             & 
     404               &                  rn_sss_avglamscl, rn_sss_avgphiscl, & 
     405               &                  ln_sss_fp_indegs, .FALSE.,          & 
     406               &                  n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl, & 
     407               &                  lfpindegs, llnightav ) 
    399408         ENDIF 
    400          IF (ln_sstfb) THEN 
    401             DO ji = 1, jnumsstfb 
    402                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Feedback SST input observation file name   sstfbfiles = ', & 
    403                   TRIM(sstfbfiles(ji)) 
    404             END DO 
     409 
     410         IF (ln_logchl) THEN 
     411            jtype = jtype + 1 
     412            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'logchl', & 
     413               &                   cn_logchlfbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     414            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'logchl',         & 
     415               &                    nn_2dint, -1, 0., 0., .TRUE., .FALSE., & 
     416               &                    n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl,    & 
     417               &                    lfpindegs, llnightav ) 
    405418         ENDIF 
    406          IF (ln_seaice) THEN 
    407             DO ji = 1, jnumseaice 
    408                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Sea Ice input observation file name       seaicefiles = ', & 
    409                   TRIM(seaicefiles(ji)) 
    410             END DO 
     419 
     420         IF (ln_spm) THEN 
     421            jtype = jtype + 1 
     422            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'spm   ', & 
     423               &                   cn_spmfbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     424            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'spm   ',         & 
     425               &                    nn_2dint, -1, 0., 0., .TRUE., .FALSE., & 
     426               &                    n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl,    & 
     427               &                    lfpindegs, llnightav ) 
    411428         ENDIF 
    412          IF (ln_velavcur) THEN 
    413             DO ji = 1, jnumvelavcur 
    414                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Vel. cur. daily av. input file name     velavcurfiles = ', & 
    415                   TRIM(velavcurfiles(ji)) 
    416             END DO 
     429 
     430         IF (ln_fco2) THEN 
     431            jtype = jtype + 1 
     432            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'fco2  ', & 
     433               &                   cn_fco2fbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     434            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'fco2  ',         & 
     435               &                    nn_2dint, -1, 0., 0., .TRUE., .FALSE., & 
     436               &                    n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl,    & 
     437               &                    lfpindegs, llnightav ) 
    417438         ENDIF 
    418          IF (ln_velhrcur) THEN 
    419             DO ji = 1, jnumvelhrcur 
    420                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Vel. cur. high freq. input file name    velhvcurfiles = ', & 
    421                   TRIM(velhrcurfiles(ji)) 
    422             END DO 
     439 
     440         IF (ln_pco2) THEN 
     441            jtype = jtype + 1 
     442            CALL obs_settypefiles( nsurftypes, jpmaxnfiles, jtype, 'pco2  ', & 
     443               &                   cn_pco2fbfiles, ifilessurf, cobstypessurf, clsurffiles ) 
     444            CALL obs_setinterpopts( nsurftypes, jtype, 'pco2  ',         & 
     445               &                    nn_2dint, -1, 0., 0., .TRUE., .FALSE., & 
     446               &                    n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl,    & 
     447               &                    lfpindegs, llnightav ) 
    423448         ENDIF 
    424          IF (ln_velavadcp) THEN 
    425             DO ji = 1, jnumvelavadcp 
    426                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Vel. ADCP daily av. input file name    velavadcpfiles = ', & 
    427                   TRIM(velavadcpfiles(ji)) 
    428             END DO 
    429          ENDIF 
    430          IF (ln_velhradcp) THEN 
    431             DO ji = 1, jnumvelhradcp 
    432                WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Vel. ADCP high freq. input file name   velhvadcpfiles = ', & 
    433                   TRIM(velhradcpfiles(ji)) 
    434             END DO 
    435          ENDIF 
    436          IF (ln_velfb) THEN 
    437             DO ji = 1, jnumvelfb 
    438                IF (ln_velfb_av(ji)) THEN 
    439                   WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Vel. feedback daily av. input file name    velfbfiles = ', & 
    440                      TRIM(velfbfiles(ji)) 
    441                ELSE 
    442                   WRITE(numout,'(1X,2A)') '             Vel. feedback input observation file name  velfbfiles = ', & 
    443                      TRIM(velfbfiles(ji)) 
    444                ENDIF 
    445             END DO 
    446          ENDIF 
    447          WRITE(numout,*) '             Initial date in window YYYYMMDD.HHMMSS        dobsini = ', dobsini 
    448          WRITE(numout,*) '             Final date in window YYYYMMDD.HHMMSS          dobsend = ', dobsend 
    449          WRITE(numout,*) '             Type of vertical interpolation method          n1dint = ', n1dint 
    450          WRITE(numout,*) '             Type of horizontal interpolation method        n2dint = ', n2dint 
    451          WRITE(numout,*) '             Rejection of observations near land swithch    ln_nea = ', ln_nea 
    452          WRITE(numout,*) '             MSSH correction scheme                         nmsshc = ', nmsshc 
    453          WRITE(numout,*) '             MDT  correction                               mdtcorr = ', mdtcorr 
    454          WRITE(numout,*) '             MDT cutoff for computed correction          mdtcutoff = ', mdtcutoff 
    455          WRITE(numout,*) '             Logical switch for alt bias                ln_altbias = ', ln_altbias 
    456          WRITE(numout,*) '             Logical switch for ignoring missing files   ln_ignmis = ', ln_ignmis 
    457          WRITE(numout,*) '             ENACT daily average types                             = ',endailyavtypes 
    458  
    459       ENDIF 
    460        
     449 
     450      ENDIF 
     451 
     452      IF(lwp) WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~~~~' 
     453 
     454 
     455      !----------------------------------------------------------------------- 
     456      ! Obs operator parameter checking and initialisations 
     457      !----------------------------------------------------------------------- 
     458 
    461459      IF ( ln_vel3d .AND. ( .NOT. ln_grid_global ) ) THEN 
    462460         CALL ctl_stop( 'Velocity data only works with ln_grid_global=.true.' ) 
     
    464462      ENDIF 
    465463 
    466       CALL obs_typ_init 
    467        
    468       CALL mppmap_init 
    469        
    470       ! Parameter control 
    471 #if defined key_diaobs 
    472       IF ( ( .NOT. ln_t3d ).AND.( .NOT. ln_s3d ).AND.( .NOT. ln_sla ).AND. & 
    473          & ( .NOT. ln_vel3d ).AND.                                         & 
    474          & ( .NOT. ln_ssh ).AND.( .NOT. ln_sst ).AND.( .NOT. ln_sss ).AND. & 
    475          & ( .NOT. ln_seaice ).AND.( .NOT. ln_vel3d ) ) THEN 
    476          IF(lwp) WRITE(numout,cform_war) 
    477          IF(lwp) WRITE(numout,*) ' key_diaobs is activated but logical flags', & 
    478             &                    ' ln_t3d, ln_s3d, ln_sla, ln_ssh, ln_sst, ln_sss, ln_seaice, ln_vel3d are all set to .FALSE.' 
    479          nwarn = nwarn + 1 
    480       ENDIF 
    481 #endif 
    482  
    483       CALL obs_grid_setup( ) 
    484       IF ( ( n1dint < 0 ).OR.( n1dint > 1 ) ) THEN 
     464      IF ( ( nn_1dint < 0 ) .OR. ( nn_1dint > 1 ) ) THEN 
    485465         CALL ctl_stop(' Choice of vertical (1D) interpolation method', & 
    486466            &                    ' is not available') 
    487467      ENDIF 
    488       IF ( ( n2dint < 0 ).OR.( n2dint > 4 ) ) THEN 
     468 
     469      IF ( ( nn_2dint < 0 ) .OR. ( nn_2dint > 6 ) ) THEN 
    489470         CALL ctl_stop(' Choice of horizontal (2D) interpolation method', & 
    490471            &                    ' is not available') 
    491472      ENDIF 
    492473 
     474      CALL obs_typ_init 
     475 
     476      CALL mppmap_init 
     477 
     478      CALL obs_grid_setup( ) 
     479 
    493480      !----------------------------------------------------------------------- 
    494481      ! Depending on switches read the various observation types 
    495482      !----------------------------------------------------------------------- 
    496       !  - Temperature/salinity profiles 
    497  
    498       IF ( ln_t3d .OR. ln_s3d ) THEN 
    499  
    500          ! Set the number of variables for profiles to 2 (T and S) 
    501          nprofvars = 2 
    502          ! Set the number of extra variables for profiles to 1 (insitu temp). 
    503          nprofextr = 1 
    504  
    505          ! Count how may insitu data sets we have and allocate data. 
    506          jprofset = 0 
    507          IF ( ln_ena ) jprofset = jprofset + 1 
    508          IF ( ln_cor ) jprofset = jprofset + 1 
    509          IF ( ln_profb ) jprofset = jprofset + jnumprofb 
    510          nprofsets = jprofset 
    511          IF ( nprofsets > 0 ) THEN 
    512             ALLOCATE(ld_enact(nprofsets)) 
    513             ALLOCATE(profdata(nprofsets)) 
    514             ALLOCATE(prodatqc(nprofsets)) 
    515          ENDIF 
    516  
    517          jprofset = 0 
    518            
    519          ! ENACT insitu data 
    520  
    521          IF ( ln_ena ) THEN 
    522  
    523             jprofset = jprofset + 1 
    524              
    525             ld_enact(jprofset) = .TRUE. 
    526  
    527             CALL obs_rea_pro_dri( 1, profdata(jprofset),          & 
    528                &                  jnumenact, enactfiles(1:jnumenact), & 
    529                &                  nprofvars, nprofextr,        & 
    530                &                  nitend-nit000+2,             & 
    531                &                  dobsini, dobsend, ln_t3d, ln_s3d, & 
    532                &                  ln_ignmis, ln_s_at_t, .TRUE., .FALSE., & 
    533                &                  kdailyavtypes = endailyavtypes ) 
    534  
    535             DO jvar = 1, 2 
    536  
    537                CALL obs_prof_staend( profdata(jprofset), jvar ) 
    538  
     483 
     484      IF ( nproftypes > 0 ) THEN 
     485 
     486         ALLOCATE(profdata(nproftypes)) 
     487         ALLOCATE(profdataqc(nproftypes)) 
     488         ALLOCATE(nvarsprof(nproftypes)) 
     489         ALLOCATE(nextrprof(nproftypes)) 
     490 
     491         DO jtype = 1, nproftypes 
     492 
     493            nvarsprof(jtype) = 2 
     494            IF ( TRIM(cobstypesprof(jtype)) == 'prof' ) THEN 
     495               nextrprof(jtype) = 1 
     496               llvar1 = ln_t3d 
     497               llvar2 = ln_s3d 
     498               zglam1 = glamt 
     499               zgphi1 = gphit 
     500               zmask1 = tmask 
     501               zglam2 = glamt 
     502               zgphi2 = gphit 
     503               zmask2 = tmask 
     504            ENDIF 
     505            IF ( TRIM(cobstypesprof(jtype)) == 'vel' )  THEN 
     506               nextrprof(jtype) = 2 
     507               llvar1 = ln_vel3d 
     508               llvar2 = ln_vel3d 
     509               zglam1 = glamu 
     510               zgphi1 = gphiu 
     511               zmask1 = umask 
     512               zglam2 = glamv 
     513               zgphi2 = gphiv 
     514               zmask2 = vmask 
     515            ENDIF 
     516 
     517            !Read in profile or profile obs types 
     518            CALL obs_rea_prof( profdata(jtype), ifilesprof(jtype),       & 
     519               &               clproffiles(jtype,1:ifilesprof(jtype)), & 
     520               &               nvarsprof(jtype), nextrprof(jtype), nitend-nit000+2, & 
     521               &               rn_dobsini, rn_dobsend, llvar1, llvar2, & 
     522               &               ln_ignmis, ln_s_at_t, .FALSE., & 
     523               &               kdailyavtypes = nn_profdavtypes ) 
     524 
     525            DO jvar = 1, nvarsprof(jtype) 
     526               CALL obs_prof_staend( profdata(jtype), jvar ) 
    539527            END DO 
    540528 
    541             CALL obs_pre_pro( profdata(jprofset), prodatqc(jprofset),   & 
    542                &              ln_t3d, ln_s3d, ln_nea, & 
    543                &              kdailyavtypes=endailyavtypes ) 
    544              
    545          ENDIF 
    546  
    547          ! Coriolis insitu data 
    548  
    549          IF ( ln_cor ) THEN 
    550             
    551             jprofset = jprofset + 1 
    552  
    553             ld_enact(jprofset) = .FALSE. 
    554  
    555             CALL obs_rea_pro_dri( 2, profdata(jprofset),          & 
    556                &                  jnumcorio, coriofiles(1:jnumcorio), & 
    557                &                  nprofvars, nprofextr,        & 
    558                &                  nitend-nit000+2,             & 
    559                &                  dobsini, dobsend, ln_t3d, ln_s3d, & 
    560                &                  ln_ignmis, ln_s_at_t, .FALSE., .FALSE. ) 
    561  
    562             DO jvar = 1, 2 
    563  
    564                CALL obs_prof_staend( profdata(jprofset), jvar ) 
    565  
    566             END DO 
    567  
    568             CALL obs_pre_pro( profdata(jprofset), prodatqc(jprofset),   & 
    569                  &            ln_t3d, ln_s3d, ln_nea ) 
    570              
    571          ENDIF 
    572   
    573          ! Feedback insitu data 
    574  
    575          IF ( ln_profb ) THEN 
    576             
    577             DO jset = 1, jnumprofb 
    578                 
    579                jprofset = jprofset + 1 
    580                ld_enact (jprofset) = ln_profb_ena(jset) 
    581  
    582                CALL obs_rea_pro_dri( 0, profdata(jprofset),          & 
    583                   &                  1, profbfiles(jset:jset), & 
    584                   &                  nprofvars, nprofextr,        & 
    585                   &                  nitend-nit000+2,             & 
    586                   &                  dobsini, dobsend, ln_t3d, ln_s3d, & 
    587                   &                  ln_ignmis, ln_s_at_t, & 
    588                   &                  ld_enact(jprofset).AND.& 
    589                   &                  ln_profb_enatim(jset), & 
    590                   &                  .FALSE., kdailyavtypes = endailyavtypes ) 
    591                 
    592                DO jvar = 1, 2 
    593                    
    594                   CALL obs_prof_staend( profdata(jprofset), jvar ) 
    595                    
     529            CALL obs_pre_prof( profdata(jtype), profdataqc(jtype), & 
     530               &               llvar1, llvar2, & 
     531               &               jpi, jpj, jpk, & 
     532               &               zmask1, zglam1, zgphi1, zmask2, zglam2, zgphi2,  & 
     533               &               ln_nea, ln_bound_reject, & 
     534               &               kdailyavtypes = nn_profdavtypes ) 
     535 
     536         END DO 
     537 
     538         DEALLOCATE( ifilesprof, clproffiles ) 
     539 
     540      ENDIF 
     541 
     542      IF ( nsurftypes > 0 ) THEN 
     543 
     544         ALLOCATE(surfdata(nsurftypes)) 
     545         ALLOCATE(surfdataqc(nsurftypes)) 
     546         ALLOCATE(nvarssurf(nsurftypes)) 
     547         ALLOCATE(nextrsurf(nsurftypes)) 
     548 
     549         DO jtype = 1, nsurftypes 
     550 
     551            nvarssurf(jtype) = 1 
     552            nextrsurf(jtype) = 0 
     553            IF ( TRIM(cobstypessurf(jtype)) == 'sla' ) nextrsurf(jtype) = 2 
     554 
     555            !Read in surface obs types 
     556            CALL obs_rea_surf( surfdata(jtype), ifilessurf(jtype), & 
     557               &               clsurffiles(jtype,1:ifilessurf(jtype)), & 
     558               &               nvarssurf(jtype), nextrsurf(jtype), nitend-nit000+2, & 
     559               &               rn_dobsini, rn_dobsend, ln_ignmis, .FALSE., llnightav(jtype) ) 
     560 
     561            CALL obs_pre_surf( surfdata(jtype), surfdataqc(jtype), ln_nea, ln_bound_reject ) 
     562 
     563            IF ( TRIM(cobstypessurf(jtype)) == 'sla' ) THEN 
     564               CALL obs_rea_mdt( surfdataqc(jtype), n2dintsurf(jtype) ) 
     565               IF ( ln_altbias ) & 
     566                  & CALL obs_rea_altbias ( surfdataqc(jtype), n2dintsurf(jtype), cn_altbiasfile ) 
     567            ENDIF 
     568 
     569            IF ( TRIM(cobstypessurf(jtype)) == 'sst' .AND. ln_sstbias ) THEN 
     570               jnumsstbias = 0 
     571               DO jfile = 1, jpmaxnfiles 
     572                  IF ( TRIM(cn_sstbiasfiles(jfile)) /= '' ) & 
     573                     &  jnumsstbias = jnumsstbias + 1 
    596574               END DO 
    597                 
    598                IF ( ld_enact(jprofset) ) THEN 
    599                   CALL obs_pre_pro( profdata(jprofset), prodatqc(jprofset),   & 
    600                      &              ln_t3d, ln_s3d, ln_nea, & 
    601                      &              kdailyavtypes = endailyavtypes ) 
    602                ELSE 
    603                   CALL obs_pre_pro( profdata(jprofset), prodatqc(jprofset),   & 
    604                      &              ln_t3d, ln_s3d, ln_nea ) 
     575               IF ( jnumsstbias == 0 ) THEN 
     576                  CALL ctl_stop("ln_sstbias set but no bias files to read in")     
    605577               ENDIF 
    606                 
    607             END DO 
    608  
    609          ENDIF 
    610  
    611       ENDIF 
    612  
    613       !  - Sea level anomalies 
    614       IF ( ln_sla ) THEN 
    615         ! Set the number of variables for sla to 1 
    616          nslavars = 1 
    617  
    618          ! Set the number of extra variables for sla to 2 
    619          nslaextr = 2 
    620           
    621          ! Set the number of sla data sets to 2 
    622          nslasets = 0 
    623          IF ( ln_sladt ) THEN 
    624             nslasets = nslasets + 2 
    625          ENDIF 
    626          IF ( ln_slafb ) THEN 
    627             nslasets = nslasets + jnumslafb 
    628          ENDIF 
    629           
    630          ALLOCATE(sladata(nslasets)) 
    631          ALLOCATE(sladatqc(nslasets)) 
    632          sladata(:)%nsurf=0 
    633          sladatqc(:)%nsurf=0 
    634  
    635          nslasets = 0 
    636  
    637          ! AVISO SLA data 
    638  
    639          IF ( ln_sladt ) THEN 
    640  
    641             ! Active SLA observations 
    642              
    643             nslasets = nslasets + 1 
    644              
    645             CALL obs_rea_sla( 1, sladata(nslasets), jnumslaact, & 
    646                &              slafilesact(1:jnumslaact), & 
    647                &              nslavars, nslaextr, nitend-nit000+2, & 
    648                &              dobsini, dobsend, ln_ignmis, .FALSE. ) 
    649             CALL obs_pre_sla( sladata(nslasets), sladatqc(nslasets), & 
    650                &              ln_sla, ln_nea ) 
    651              
    652             ! Passive SLA observations 
    653              
    654             nslasets = nslasets + 1 
    655              
    656             CALL obs_rea_sla( 1, sladata(nslasets), jnumslapas, & 
    657                &              slafilespas(1:jnumslapas), & 
    658                &              nslavars, nslaextr, nitend-nit000+2, & 
    659                &              dobsini, dobsend, ln_ignmis, .FALSE. ) 
    660              
    661             CALL obs_pre_sla( sladata(nslasets), sladatqc(nslasets), & 
    662                &              ln_sla, ln_nea ) 
    663  
    664          ENDIF 
    665           
    666          ! Feedback SLA data 
    667  
    668          IF ( ln_slafb ) THEN 
    669  
    670             DO jset = 1, jnumslafb 
    671              
    672                nslasets = nslasets + 1 
    673              
    674                CALL obs_rea_sla( 0, sladata(nslasets), 1, & 
    675                   &              slafbfiles(jset:jset), & 
    676                   &              nslavars, nslaextr, nitend-nit000+2, & 
    677                   &              dobsini, dobsend, ln_ignmis, .FALSE. ) 
    678                CALL obs_pre_sla( sladata(nslasets), sladatqc(nslasets), & 
    679                   &              ln_sla, ln_nea ) 
    680  
    681             END DO                
    682  
    683          ENDIF 
    684           
    685          CALL obs_rea_mdt( nslasets, sladatqc, n2dint ) 
    686              
    687          ! read in altimeter bias 
    688           
    689          IF ( ln_altbias ) THEN      
    690             CALL obs_rea_altbias ( nslasets, sladatqc, n2dint, bias_file ) 
    691          ENDIF 
    692       
    693       ENDIF 
    694  
    695       !  - Sea surface height 
    696       IF ( ln_ssh ) THEN 
    697          IF(lwp) WRITE(numout,*) ' SSH currently not available' 
    698       ENDIF 
    699  
    700       !  - Sea surface temperature 
    701       IF ( ln_sst ) THEN 
    702  
    703          ! Set the number of variables for sst to 1 
    704          nsstvars = 1 
    705  
    706          ! Set the number of extra variables for sst to 0 
    707          nsstextr = 0 
    708  
    709          nsstsets = 0 
    710  
    711          IF (ln_reysst) nsstsets = nsstsets + 1 
    712          IF (ln_ghrsst) nsstsets = nsstsets + 1 
    713          IF ( ln_sstfb ) THEN 
    714             nsstsets = nsstsets + jnumsstfb 
    715          ENDIF 
    716  
    717          ALLOCATE(sstdata(nsstsets)) 
    718          ALLOCATE(sstdatqc(nsstsets)) 
    719          ALLOCATE(ld_sstnight(nsstsets)) 
    720          sstdata(:)%nsurf=0 
    721          sstdatqc(:)%nsurf=0     
    722          ld_sstnight(:)=.false. 
    723  
    724          nsstsets = 0 
    725  
    726          IF (ln_reysst) THEN 
    727  
    728             nsstsets = nsstsets + 1 
    729  
    730             ld_sstnight(nsstsets) = ln_sstnight 
    731  
    732             CALL obs_rea_sst_rey( reysstname, reysstfmt, sstdata(nsstsets), & 
    733                &                  nsstvars, nsstextr, & 
    734                &                  nitend-nit000+2, dobsini, dobsend ) 
    735             CALL obs_pre_sst( sstdata(nsstsets), sstdatqc(nsstsets), ln_sst, & 
    736                &              ln_nea ) 
    737  
    738         ENDIF 
    739          
    740         IF (ln_ghrsst) THEN 
    741          
    742             nsstsets = nsstsets + 1 
    743  
    744             ld_sstnight(nsstsets) = ln_sstnight 
    745            
    746             CALL obs_rea_sst( 1, sstdata(nsstsets), jnumsst, & 
    747                &              sstfiles(1:jnumsst), & 
    748                &              nsstvars, nsstextr, nitend-nit000+2, & 
    749                &              dobsini, dobsend, ln_ignmis, .FALSE. ) 
    750             CALL obs_pre_sst( sstdata(nsstsets), sstdatqc(nsstsets), ln_sst, & 
    751                &              ln_nea ) 
    752  
    753         ENDIF 
    754                 
    755          ! Feedback SST data 
    756  
    757          IF ( ln_sstfb ) THEN 
    758  
    759             DO jset = 1, jnumsstfb 
    760              
    761                nsstsets = nsstsets + 1 
    762  
    763                ld_sstnight(nsstsets) = ln_sstnight 
    764              
    765                CALL obs_rea_sst( 0, sstdata(nsstsets), 1, & 
    766                   &              sstfbfiles(jset:jset), & 
    767                   &              nsstvars, nsstextr, nitend-nit000+2, & 
    768                   &              dobsini, dobsend, ln_ignmis, .FALSE. ) 
    769                CALL obs_pre_sst( sstdata(nsstsets), sstdatqc(nsstsets), & 
    770                   &              ln_sst, ln_nea ) 
    771  
    772             END DO                
    773  
    774          ENDIF 
    775  
    776       ENDIF 
    777  
    778       !  - Sea surface salinity 
    779       IF ( ln_sss ) THEN 
    780          IF(lwp) WRITE(numout,*) ' SSS currently not available' 
    781       ENDIF 
    782  
    783       !  - Sea Ice Concentration 
    784        
    785       IF ( ln_seaice ) THEN 
    786  
    787          ! Set the number of variables for seaice to 1 
    788          nseaicevars = 1 
    789  
    790          ! Set the number of extra variables for seaice to 0 
    791          nseaiceextr = 0 
    792           
    793          ! Set the number of data sets to 1 
    794          nseaicesets = 1 
    795  
    796          ALLOCATE(seaicedata(nseaicesets)) 
    797          ALLOCATE(seaicedatqc(nseaicesets)) 
    798          seaicedata(:)%nsurf=0 
    799          seaicedatqc(:)%nsurf=0 
    800  
    801          CALL obs_rea_seaice( 1, seaicedata(nseaicesets), jnumseaice, & 
    802             &                 seaicefiles(1:jnumseaice), & 
    803             &                 nseaicevars, nseaiceextr, nitend-nit000+2, & 
    804             &                 dobsini, dobsend, ln_ignmis, .FALSE. ) 
    805  
    806          CALL obs_pre_seaice( seaicedata(nseaicesets), seaicedatqc(nseaicesets), & 
    807             &                 ln_seaice, ln_nea ) 
    808   
    809       ENDIF 
    810  
    811       IF (ln_vel3d) THEN 
    812  
    813          ! Set the number of variables for profiles to 2 (U and V) 
    814          nvelovars = 2 
    815  
    816          ! Set the number of extra variables for profiles to 2 to store  
    817          ! rotation parameters 
    818          nveloextr = 2 
    819  
    820          jveloset = 0 
    821           
    822          IF ( ln_velavcur ) jveloset = jveloset + 1 
    823          IF ( ln_velhrcur ) jveloset = jveloset + 1 
    824          IF ( ln_velavadcp ) jveloset = jveloset + 1 
    825          IF ( ln_velhradcp ) jveloset = jveloset + 1 
    826          IF (ln_velfb) jveloset = jveloset + jnumvelfb 
    827  
    828          nvelosets = jveloset 
    829          IF ( nvelosets > 0 ) THEN 
    830             ALLOCATE( velodata(nvelosets) ) 
    831             ALLOCATE( veldatqc(nvelosets) ) 
    832             ALLOCATE( ld_velav(nvelosets) ) 
    833          ENDIF 
    834           
    835          jveloset = 0 
    836           
    837          ! Daily averaged data 
    838  
    839          IF ( ln_velavcur ) THEN 
    840              
    841             jveloset = jveloset + 1 
    842              
    843             ld_velav(jveloset) = .TRUE. 
    844              
    845             CALL obs_rea_vel_dri( 1, velodata(jveloset), jnumvelavcur, & 
    846                &                  velavcurfiles(1:jnumvelavcur), & 
    847                &                  nvelovars, nveloextr, & 
    848                &                  nitend-nit000+2,              & 
    849                &                  dobsini, dobsend, ln_ignmis, & 
    850                &                  ld_velav(jveloset), & 
    851                &                  .FALSE. ) 
    852              
    853             DO jvar = 1, 2 
    854                CALL obs_prof_staend( velodata(jveloset), jvar ) 
    855             END DO 
    856              
    857             CALL obs_pre_vel( velodata(jveloset), veldatqc(jveloset), & 
    858                &              ln_vel3d, ln_nea, ld_velav(jveloset) ) 
    859              
    860          ENDIF 
    861  
    862          ! High frequency data 
    863  
    864          IF ( ln_velhrcur ) THEN 
    865              
    866             jveloset = jveloset + 1 
    867              
    868             ld_velav(jveloset) = .FALSE. 
    869                 
    870             CALL obs_rea_vel_dri( 1, velodata(jveloset), jnumvelhrcur, & 
    871                &                  velhrcurfiles(1:jnumvelhrcur), & 
    872                &                  nvelovars, nveloextr, & 
    873                &                  nitend-nit000+2,              & 
    874                &                  dobsini, dobsend, ln_ignmis, & 
    875                &                  ld_velav(jveloset), & 
    876                &                  .FALSE. ) 
    877              
    878             DO jvar = 1, 2 
    879                CALL obs_prof_staend( velodata(jveloset), jvar ) 
    880             END DO 
    881              
    882             CALL obs_pre_vel( velodata(jveloset), veldatqc(jveloset), & 
    883                &              ln_vel3d, ln_nea, ld_velav(jveloset) ) 
    884              
    885          ENDIF 
    886  
    887          ! Daily averaged data 
    888  
    889          IF ( ln_velavadcp ) THEN 
    890              
    891             jveloset = jveloset + 1 
    892              
    893             ld_velav(jveloset) = .TRUE. 
    894              
    895             CALL obs_rea_vel_dri( 1, velodata(jveloset), jnumvelavadcp, & 
    896                &                  velavadcpfiles(1:jnumvelavadcp), & 
    897                &                  nvelovars, nveloextr, & 
    898                &                  nitend-nit000+2,              & 
    899                &                  dobsini, dobsend, ln_ignmis, & 
    900                &                  ld_velav(jveloset), & 
    901                &                  .FALSE. ) 
    902              
    903             DO jvar = 1, 2 
    904                CALL obs_prof_staend( velodata(jveloset), jvar ) 
    905             END DO 
    906              
    907             CALL obs_pre_vel( velodata(jveloset), veldatqc(jveloset), & 
    908                &              ln_vel3d, ln_nea, ld_velav(jveloset) ) 
    909              
    910          ENDIF 
    911  
    912          ! High frequency data 
    913  
    914          IF ( ln_velhradcp ) THEN 
    915              
    916             jveloset = jveloset + 1 
    917              
    918             ld_velav(jveloset) = .FALSE. 
    919                 
    920             CALL obs_rea_vel_dri( 1, velodata(jveloset), jnumvelhradcp, & 
    921                &                  velhradcpfiles(1:jnumvelhradcp), & 
    922                &                  nvelovars, nveloextr, & 
    923                &                  nitend-nit000+2,              & 
    924                &                  dobsini, dobsend, ln_ignmis, & 
    925                &                  ld_velav(jveloset), & 
    926                &                  .FALSE. ) 
    927              
    928             DO jvar = 1, 2 
    929                CALL obs_prof_staend( velodata(jveloset), jvar ) 
    930             END DO 
    931              
    932             CALL obs_pre_vel( velodata(jveloset), veldatqc(jveloset), & 
    933                &              ln_vel3d, ln_nea, ld_velav(jveloset) ) 
    934              
    935          ENDIF 
    936  
    937          IF ( ln_velfb ) THEN 
    938  
    939             DO jset = 1, jnumvelfb 
    940              
    941                jveloset = jveloset + 1 
    942  
    943                ld_velav(jveloset) = ln_velfb_av(jset) 
    944                 
    945                CALL obs_rea_vel_dri( 0, velodata(jveloset), 1, & 
    946                   &                  velfbfiles(jset:jset), & 
    947                   &                  nvelovars, nveloextr, & 
    948                   &                  nitend-nit000+2,              & 
    949                   &                  dobsini, dobsend, ln_ignmis, & 
    950                   &                  ld_velav(jveloset), & 
    951                   &                  .FALSE. ) 
    952                 
    953                DO jvar = 1, 2 
    954                   CALL obs_prof_staend( velodata(jveloset), jvar ) 
    955                END DO 
    956                 
    957                CALL obs_pre_vel( velodata(jveloset), veldatqc(jveloset), & 
    958                   &              ln_vel3d, ln_nea, ld_velav(jveloset) ) 
    959  
    960  
    961             END DO 
    962              
    963          ENDIF 
    964  
    965       ENDIF 
    966       
     578 
     579               CALL obs_app_sstbias( surfdataqc(jtype), n2dintsurf(jtype), &  
     580                  &                  jnumsstbias, cn_sstbiasfiles(1:jnumsstbias) )  
     581 
     582            ENDIF 
     583 
     584         END DO 
     585 
     586         DEALLOCATE( ifilessurf, clsurffiles ) 
     587 
     588      ENDIF 
     589 
     590      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zglam1 ) 
     591      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zglam2 ) 
     592      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zgphi1 ) 
     593      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zgphi2 ) 
     594      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zmask1 ) 
     595      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zmask2 ) 
     596 
    967597   END SUBROUTINE dia_obs_init 
    968598 
     
    974604      !! 
    975605      !! ** Method  : Call the observation operators on each time step to 
    976       !!              compute the model equivalent of the following date: 
    977       !!               - T profiles 
    978       !!               - S profiles 
    979       !!               - Sea surface height (referenced to a mean) 
    980       !!               - Sea surface temperature 
    981       !!               - Sea surface salinity 
    982       !!               - Velocity component (U,V) profiles 
    983       !! 
    984       !! ** Action  :  
     606      !!              compute the model equivalent of the following data: 
     607      !!               - Profile data, currently T/S or U/V 
     608      !!               - Surface data, currently SST, SLA or sea-ice concentration. 
     609      !! 
     610      !! ** Action  : 
    985611      !! 
    986612      !! History : 
     
    991617      !!        !  07-04  (G. Smith) Generalized surface operators 
    992618      !!        !  08-10  (M. Valdivieso) obs operator for velocity profiles 
     619      !!        !  15-08  (M. Martin) Combined surface/profile routines. 
    993620      !!---------------------------------------------------------------------- 
    994621      !! * Modules used 
    995       USE dom_oce, ONLY : &             ! Ocean space and time domain variables 
    996          & rdt,           &                        
    997          & gdept_1d,       &              
    998          & tmask, umask, vmask                             
    999       USE phycst, ONLY : &              ! Physical constants 
    1000          & rday                          
    1001       USE oce, ONLY : &                 ! Ocean dynamics and tracers variables 
    1002          & tsn,  &              
    1003          & un, vn,  & 
     622      USE phycst, ONLY : &         ! Physical constants 
     623         & rday 
     624      USE oce, ONLY : &            ! Ocean dynamics and tracers variables 
     625         & tsn,       & 
     626         & un,        & 
     627         & vn,        & 
    1004628         & sshn 
    1005629#if defined  key_lim3 
    1006       USE ice, ONLY : &                     ! LIM Ice model variables 
     630      USE ice, ONLY : &            ! LIM3 Ice model variables 
    1007631         & frld 
    1008632#endif 
    1009633#if defined key_lim2 
    1010       USE ice_2, ONLY : &                     ! LIM Ice model variables 
     634      USE ice_2, ONLY : &          ! LIM2 Ice model variables 
    1011635         & frld 
    1012636#endif 
     637#if defined key_cice 
     638      USE sbc_oce, ONLY : fr_i     ! ice fraction 
     639#endif 
     640#if defined key_hadocc 
     641      USE trc, ONLY :  &           ! HadOCC chlorophyll, fCO2 and pCO2 
     642         & HADOCC_CHL, & 
     643         & HADOCC_FCO2, & 
     644         & HADOCC_PCO2, & 
     645         & HADOCC_FILL_FLT 
     646#elif defined key_medusa && defined key_foam_medusa 
     647      USE trc, ONLY :  &           ! MEDUSA chlorophyll, fCO2 and pCO2 
     648         & MEDUSA_CHL, & 
     649         & MEDUSA_FCO2, & 
     650         & MEDUSA_PCO2, & 
     651         & MEDUSA_FILL_FLT 
     652#elif defined key_fabm 
     653      USE fabm 
     654      USE par_fabm 
     655#endif 
     656#if defined key_spm 
     657      USE par_spm, ONLY: &         ! ERSEM/SPM sediments 
     658         & jp_spm 
     659      USE trc, ONLY :  & 
     660         & trn 
     661#endif 
     662 
    1013663      IMPLICIT NONE 
    1014664 
    1015665      !! * Arguments 
    1016       INTEGER, INTENT(IN) :: kstp                         ! Current timestep 
     666      INTEGER, INTENT(IN) :: kstp  ! Current timestep 
    1017667      !! * Local declarations 
    1018       INTEGER :: idaystp                ! Number of timesteps per day 
    1019       INTEGER :: jprofset               ! Profile data set loop variable 
    1020       INTEGER :: jslaset                ! SLA data set loop variable 
    1021       INTEGER :: jsstset                ! SST data set loop variable 
    1022       INTEGER :: jseaiceset             ! sea ice data set loop variable 
    1023       INTEGER :: jveloset               ! velocity profile data loop variable 
    1024       INTEGER :: jvar                   ! Variable number     
    1025 #if ! defined key_lim2 && ! defined key_lim3 
    1026       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: frld    
    1027 #endif 
    1028       CHARACTER(LEN=20) :: datestr=" ",timestr=" " 
    1029   
    1030 #if ! defined key_lim2 && ! defined key_lim3 
    1031       CALL wrk_alloc(jpi,jpj,frld)  
    1032 #endif 
     668      INTEGER :: idaystp           ! Number of timesteps per day 
     669      INTEGER :: jtype             ! Data loop variable 
     670      INTEGER :: jvar              ! Variable number 
     671      INTEGER :: ji, jj            ! Loop counters 
     672      REAL(wp) :: tiny                  ! small number 
     673      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: & 
     674         & zprofvar1, &            ! Model values for 1st variable in a prof ob 
     675         & zprofvar2               ! Model values for 2nd variable in a prof ob 
     676      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) :: & 
     677         & zprofmask1, &           ! Mask associated with zprofvar1 
     678         & zprofmask2              ! Mask associated with zprofvar2 
     679      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: & 
     680         & zsurfvar, &             ! Model values equivalent to surface ob. 
     681         & zsurfmask               ! Mask associated with surface variable 
     682      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: & 
     683         & zglam1,    &            ! Model longitudes for prof variable 1 
     684         & zglam2,    &            ! Model longitudes for prof variable 2 
     685         & zgphi1,    &            ! Model latitudes for prof variable 1 
     686         & zgphi2                  ! Model latitudes for prof variable 2 
     687 
     688 
     689      !Allocate local work arrays 
     690      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zprofvar1 ) 
     691      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zprofvar2 ) 
     692      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zprofmask1 ) 
     693      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, jpk, zprofmask2 ) 
     694      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zsurfvar ) 
     695      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zsurfmask ) 
     696      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zglam1 ) 
     697      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zglam2 ) 
     698      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zgphi1 ) 
     699      CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zgphi2 ) 
    1033700 
    1034701      IF(lwp) THEN 
     
    1036703         WRITE(numout,*) 'dia_obs : Call the observation operators', kstp 
    1037704         WRITE(numout,*) '~~~~~~~' 
     705         CALL FLUSH(numout) 
    1038706      ENDIF 
    1039707 
     
    1041709 
    1042710      !----------------------------------------------------------------------- 
    1043       ! No LIM => frld == 0.0_wp 
    1044       !----------------------------------------------------------------------- 
    1045 #if ! defined key_lim2 && ! defined key_lim3 
    1046       frld(:,:) = 0.0_wp 
     711      ! Call the profile and surface observation operators 
     712      !----------------------------------------------------------------------- 
     713 
     714      IF ( nproftypes > 0 ) THEN 
     715 
     716         DO jtype = 1, nproftypes 
     717 
     718            SELECT CASE ( TRIM(cobstypesprof(jtype)) ) 
     719            CASE('prof') 
     720               zprofvar1(:,:,:) = tsn(:,:,:,jp_tem) 
     721               zprofvar2(:,:,:) = tsn(:,:,:,jp_sal) 
     722               zprofmask1(:,:,:) = tmask(:,:,:) 
     723               zprofmask2(:,:,:) = tmask(:,:,:) 
     724               zglam1(:,:) = glamt(:,:) 
     725               zglam2(:,:) = glamt(:,:) 
     726               zgphi1(:,:) = gphit(:,:) 
     727               zgphi2(:,:) = gphit(:,:) 
     728            CASE('vel') 
     729               zprofvar1(:,:,:) = un(:,:,:) 
     730               zprofvar2(:,:,:) = vn(:,:,:) 
     731               zprofmask1(:,:,:) = umask(:,:,:) 
     732               zprofmask2(:,:,:) = vmask(:,:,:) 
     733               zglam1(:,:) = glamu(:,:) 
     734               zglam2(:,:) = glamv(:,:) 
     735               zgphi1(:,:) = gphiu(:,:) 
     736               zgphi2(:,:) = gphiv(:,:) 
     737            CASE DEFAULT 
     738               CALL ctl_stop( 'Unknown profile observation type '//TRIM(cobstypesprof(jtype))//' in dia_obs' ) 
     739            END SELECT 
     740 
     741            CALL obs_prof_opt( profdataqc(jtype), kstp, jpi, jpj, jpk,  & 
     742               &               nit000, idaystp,                         & 
     743               &               zprofvar1, zprofvar2,                    & 
     744               &               fsdept(:,:,:), fsdepw(:,:,:),            &  
     745               &               zprofmask1, zprofmask2,                  & 
     746               &               zglam1, zglam2, zgphi1, zgphi2,          & 
     747               &               nn_1dint, nn_2dint,                      & 
     748               &               kdailyavtypes = nn_profdavtypes ) 
     749 
     750         END DO 
     751 
     752      ENDIF 
     753 
     754      IF ( nsurftypes > 0 ) THEN 
     755 
     756         DO jtype = 1, nsurftypes 
     757 
     758            !Defaults which might be changed 
     759            zsurfmask(:,:) = tmask(:,:,1) 
     760 
     761            SELECT CASE ( TRIM(cobstypessurf(jtype)) ) 
     762            CASE('sst') 
     763               zsurfvar(:,:) = tsn(:,:,1,jp_tem) 
     764            CASE('sla') 
     765               zsurfvar(:,:) = sshn(:,:) 
     766            CASE('sss') 
     767               zsurfvar(:,:) = tsn(:,:,1,jp_sal) 
     768            CASE('sic') 
     769               IF ( kstp == 0 ) THEN 
     770                  IF ( lwp .AND. surfdataqc(jtype)%nsstpmpp(1) > 0 ) THEN 
     771                     CALL ctl_warn( 'Sea-ice not initialised on zeroth '// & 
     772                        &           'time-step but some obs are valid then.' ) 
     773                     WRITE(numout,*)surfdataqc(jtype)%nsstpmpp(1), & 
     774                        &           ' sea-ice obs will be missed' 
     775                  ENDIF 
     776                  surfdataqc(jtype)%nsurfup = surfdataqc(jtype)%nsurfup + & 
     777                     &                        surfdataqc(jtype)%nsstp(1) 
     778                  CYCLE 
     779               ELSE 
     780#if defined key_cice 
     781                  zsurfvar(:,:) = fr_i(:,:) 
     782#elif defined key_lim2 || defined key_lim3 
     783                  zsurfvar(:,:) = 1._wp - frld(:,:) 
     784#else 
     785               CALL ctl_stop( ' Trying to run sea-ice observation operator', & 
     786                  &           ' but no sea-ice model appears to have been defined' ) 
    1047787#endif 
    1048       !----------------------------------------------------------------------- 
    1049       ! Depending on switches call various observation operators 
    1050       !----------------------------------------------------------------------- 
    1051  
    1052       !  - Temperature/salinity profiles 
    1053       IF ( ln_t3d .OR. ln_s3d ) THEN 
    1054          DO jprofset = 1, nprofsets 
    1055             IF ( ld_enact(jprofset) ) THEN 
    1056                CALL obs_pro_opt( prodatqc(jprofset),                     & 
    1057                   &              kstp, jpi, jpj, jpk, nit000, idaystp,   & 
    1058                   &              tsn(:,:,:,jp_tem), tsn(:,:,:,jp_sal),   & 
    1059                   &              gdept_1d, tmask, n1dint, n2dint,        & 
    1060                   &              kdailyavtypes = endailyavtypes ) 
    1061             ELSE 
    1062                CALL obs_pro_opt( prodatqc(jprofset),                     & 
    1063                   &              kstp, jpi, jpj, jpk, nit000, idaystp,   & 
    1064                   &              tsn(:,:,:,jp_tem), tsn(:,:,:,jp_sal),   & 
    1065                   &              gdept_1d, tmask, n1dint, n2dint              ) 
    1066             ENDIF 
     788               ENDIF 
     789 
     790            CASE('logchl') 
     791#if defined key_hadocc 
     792               zsurfvar(:,:) = HADOCC_CHL(:,:,1)    ! (not log) chlorophyll from HadOCC 
     793#elif defined key_medusa && defined key_foam_medusa 
     794               zsurfvar(:,:) = MEDUSA_CHL(:,:,1)    ! (not log) chlorophyll from HadOCC 
     795#elif defined key_fabm 
     796               chl_3d(:,:,:) = fabm_get_bulk_diagnostic_data(model, jp_fabmdia_chltot) 
     797               zsurfvar(:,:) = chl_3d(:,:,1) 
     798#else 
     799               CALL ctl_stop( ' Trying to run logchl observation operator', & 
     800                  &           ' but no biogeochemical model appears to have been defined' ) 
     801#endif 
     802               zsurfmask(:,:) = tmask(:,:,1)         ! create a special mask to exclude certain things 
     803               ! Take the log10 where we can, otherwise exclude 
     804               tiny = 1.0e-20 
     805               WHERE(zsurfvar(:,:) > tiny .AND. zsurfvar(:,:) /= obfillflt ) 
     806                  zsurfvar(:,:)  = LOG10(zsurfvar(:,:)) 
     807               ELSEWHERE 
     808                  zsurfvar(:,:)  = obfillflt 
     809                  zsurfmask(:,:) = 0 
     810               END WHERE 
     811            CASE('spm') 
     812#if defined key_spm 
     813               zsurfvar(:,:) = 0.0 
     814               DO jn = 1, jp_spm 
     815                  zsurfvar(:,:) = zsurfvar(:,:) + trn(:,:,1,jn)   ! sum SPM sizes 
     816               END DO 
     817#else 
     818               CALL ctl_stop( ' Trying to run spm observation operator', & 
     819                  &           ' but no spm model appears to have been defined' ) 
     820#endif 
     821            CASE('fco2') 
     822#if defined key_hadocc 
     823               zsurfvar(:,:) = HADOCC_FCO2(:,:)    ! fCO2 from HadOCC 
     824               IF ( ( MINVAL( HADOCC_FCO2 ) == HADOCC_FILL_FLT ) .AND. & 
     825                  & ( MAXVAL( HADOCC_FCO2 ) == HADOCC_FILL_FLT ) ) THEN 
     826                  zsurfvar(:,:) = obfillflt 
     827                  zsurfmask(:,:) = 0 
     828                  CALL ctl_warn( ' HadOCC fCO2 values masked out for observation operator', & 
     829                     &           ' on timestep ' // TRIM(STR(kstp)),                              & 
     830                     &           ' as HADOCC_FCO2(:,:) == HADOCC_FILL_FLT' ) 
     831               ENDIF 
     832#elif defined key_medusa && defined key_foam_medusa 
     833               zsurfmask(:,:) = MEDUSA_FCO2(:,:)    ! fCO2 from MEDUSA 
     834               IF ( ( MINVAL( MEDUSA_FCO2 ) == MEDUSA_FILL_FLT ) .AND. & 
     835                  & ( MAXVAL( MEDUSA_FCO2 ) == MEDUSA_FILL_FLT ) ) THEN 
     836                  zsurfvar(:,:) = obfillflt 
     837                  zsurfmask(:,:) = 0 
     838                  CALL ctl_warn( ' MEDUSA fCO2 values masked out for observation operator', & 
     839                     &           ' on timestep ' // TRIM(STR(kstp)),                              & 
     840                     &           ' as MEDUSA_FCO2(:,:) == MEDUSA_FILL_FLT' ) 
     841               ENDIF 
     842#elif defined key_fabm 
     843               ! First, get pCO2 from FABM 
     844               pco2_3d(:,:,:) = fabm_get_bulk_diagnostic_data(model, jp_fabm_o3pc) 
     845               zsurfvar(:,:) = pco2_3d(:,:,1) 
     846               ! Now, convert pCO2 to fCO2, based on SST in K. This follows the standard methodology of: 
     847               ! Pierrot et al. (2009), Recommendations for autonomous underway pCO2 measuring systems 
     848               ! and data reduction routines, Deep-Sea Research II, 56: 512-522. 
     849               ! and 
     850               ! Weiss (1974), Carbon dioxide in water and seawater: the solubility of a non-ideal gas, 
     851               ! Marine Chemistry, 2: 203-215. 
     852               ! In the implementation below, atmospheric pressure has been assumed to be 1 atm and so 
     853               ! not explicitly included - atmospheric pressure is not necessarily available so this is 
     854               ! the best assumption. 
     855               ! Further, the (1-xCO2)^2 term has been neglected. This is common practice 
     856               ! (see e.g. Zeebe and Wolf-Gladrow (2001), CO2 in Seawater: Equilibrium, Kinetics, Isotopes) 
     857               ! because xCO2 in atm is ~0, and so this term will only affect the result to the 3rd decimal 
     858               ! place for typical values, and xCO2 would need to be approximated from pCO2 anyway. 
     859               zsurfvar(:,:) = zsurfvar(:,:) * EXP((-1636.75                                                          + & 
     860                  &            12.0408      * (tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0)                                                 - & 
     861                  &            0.0327957    * (tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0)*(tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0)                         + & 
     862                  &            0.0000316528 * (tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0)*(tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0)*(tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0) + & 
     863                  &            2.0 * (57.7 - 0.118 * (tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0)))                                        / & 
     864                  &            (82.0578 * (tsn(:,:,1,jp_tem)+rt0))) 
     865#else 
     866               CALL ctl_stop( ' Trying to run fco2 observation operator', & 
     867                  &           ' but no biogeochemical model appears to have been defined' ) 
     868#endif 
     869            CASE('pco2') 
     870#if defined key_hadocc 
     871               zsurfvar(:,:) = HADOCC_PCO2(:,:)    ! pCO2 from HadOCC 
     872               IF ( ( MINVAL( HADOCC_PCO2 ) == HADOCC_FILL_FLT ) .AND. & 
     873                  & ( MAXVAL( HADOCC_PCO2 ) == HADOCC_FILL_FLT ) ) THEN 
     874                  zsurfvar(:,:) = obfillflt 
     875                  zsurfmask(:,:) = 0 
     876                  CALL ctl_warn( ' HadOCC pCO2 values masked out for observation operator', & 
     877                     &           ' on timestep ' // TRIM(STR(kstp)),                              & 
     878                     &           ' as HADOCC_PCO2(:,:) == HADOCC_FILL_FLT' ) 
     879               ENDIF 
     880#elif defined key_medusa && defined key_foam_medusa 
     881               zsurfvar(:,:) = MEDUSA_PCO2(:,:)    ! pCO2 from MEDUSA 
     882               IF ( ( MINVAL( MEDUSA_PCO2 ) == MEDUSA_FILL_FLT ) .AND. & 
     883                  & ( MAXVAL( MEDUSA_PCO2 ) == MEDUSA_FILL_FLT ) ) THEN 
     884                  zsurfvar(:,:) = obfillflt 
     885                  zsurfmask(:,:) = 0 
     886                  CALL ctl_warn( ' MEDUSA pCO2 values masked out for observation operator', & 
     887                     &           ' on timestep ' // TRIM(STR(kstp)),                              & 
     888                     &           ' as MEDUSA_PCO2(:,:) == MEDUSA_FILL_FLT' ) 
     889               ENDIF 
     890#elif defined key_fabm 
     891               pco2_3d(:,:,:) = fabm_get_bulk_diagnostic_data(model, jp_fabm_o3pc) 
     892               zsurfvar(:,:) = pco2_3d(:,:,1) 
     893#else 
     894               CALL ctl_stop( ' Trying to run pCO2 observation operator', & 
     895                  &           ' but no biogeochemical model appears to have been defined' ) 
     896#endif 
     897 
     898            CASE DEFAULT 
     899 
     900               CALL ctl_stop( 'Unknown surface observation type '//TRIM(cobstypessurf(jtype))//' in dia_obs' ) 
     901 
     902            END SELECT 
     903 
     904            CALL obs_surf_opt( surfdataqc(jtype), kstp, jpi, jpj,       & 
     905               &               nit000, idaystp, zsurfvar, zsurfmask,    & 
     906               &               n2dintsurf(jtype), llnightav(jtype),     & 
     907               &               ravglamscl(jtype), ravgphiscl(jtype),     & 
     908               &               lfpindegs(jtype) ) 
     909 
    1067910         END DO 
    1068       ENDIF 
    1069  
    1070       !  - Sea surface anomaly 
    1071       IF ( ln_sla ) THEN 
    1072          DO jslaset = 1, nslasets 
    1073             CALL obs_sla_opt( sladatqc(jslaset),            & 
    1074                &              kstp, jpi, jpj, nit000, sshn, & 
    1075                &              tmask(:,:,1), n2dint ) 
    1076          END DO          
    1077       ENDIF 
    1078  
    1079       !  - Sea surface temperature 
    1080       IF ( ln_sst ) THEN 
    1081          DO jsstset = 1, nsstsets 
    1082             CALL obs_sst_opt( sstdatqc(jsstset),                & 
    1083                &              kstp, jpi, jpj, nit000, idaystp,  & 
    1084                &              tsn(:,:,1,jp_tem), tmask(:,:,1),  & 
    1085                &              n2dint, ld_sstnight(jsstset) ) 
    1086          END DO 
    1087       ENDIF 
    1088  
    1089       !  - Sea surface salinity 
    1090       IF ( ln_sss ) THEN 
    1091          IF(lwp) WRITE(numout,*) ' SSS currently not available' 
    1092       ENDIF 
    1093  
    1094 #if defined key_lim2 || defined key_lim3 
    1095       IF ( ln_seaice ) THEN 
    1096          DO jseaiceset = 1, nseaicesets 
    1097             CALL obs_seaice_opt( seaicedatqc(jseaiceset),      & 
    1098                &              kstp, jpi, jpj, nit000, 1.-frld, & 
    1099                &              tmask(:,:,1), n2dint ) 
    1100          END DO 
    1101       ENDIF       
    1102 #endif 
    1103  
    1104       !  - Velocity profiles 
    1105       IF ( ln_vel3d ) THEN 
    1106          DO jveloset = 1, nvelosets 
    1107            ! zonal component of velocity 
    1108            CALL obs_vel_opt( veldatqc(jveloset), kstp, jpi, jpj, jpk, & 
    1109               &              nit000, idaystp, un, vn, gdept_1d, umask, vmask, & 
    1110                              n1dint, n2dint, ld_velav(jveloset) ) 
    1111          END DO 
    1112       ENDIF 
    1113  
    1114 #if ! defined key_lim2 && ! defined key_lim3 
    1115       CALL wrk_dealloc(jpi,jpj,frld)  
    1116 #endif 
     911 
     912      ENDIF 
     913 
     914      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zprofvar1 ) 
     915      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zprofvar2 ) 
     916      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zprofmask1 ) 
     917      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, jpk, zprofmask2 ) 
     918      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zsurfvar ) 
     919      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zsurfmask ) 
     920      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zglam1 ) 
     921      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zglam2 ) 
     922      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zgphi1 ) 
     923      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zgphi2 ) 
    1117924 
    1118925   END SUBROUTINE dia_obs 
    1119    
    1120    SUBROUTINE dia_obs_wri  
     926 
     927   SUBROUTINE dia_obs_wri 
    1121928      !!---------------------------------------------------------------------- 
    1122929      !!                    ***  ROUTINE dia_obs_wri  *** 
     
    1126933      !! ** Method  : Call observation diagnostic output routines 
    1127934      !! 
    1128       !! ** Action  :  
     935      !! ** Action  : 
    1129936      !! 
    1130937      !! History : 
     
    1134941      !!        !  07-03  (K. Mogensen) General handling of profiles 
    1135942      !!        !  08-09  (M. Valdivieso) Velocity component (U,V) profiles 
     943      !!        !  15-08  (M. Martin) Combined writing for prof and surf types 
    1136944      !!---------------------------------------------------------------------- 
     945      !! * Modules used 
     946      USE obs_rot_vel          ! Rotation of velocities 
     947 
    1137948      IMPLICIT NONE 
    1138949 
    1139950      !! * Local declarations 
    1140  
    1141       INTEGER :: jprofset                 ! Profile data set loop variable 
    1142       INTEGER :: jveloset                 ! Velocity data set loop variable 
    1143       INTEGER :: jslaset                  ! SLA data set loop variable 
    1144       INTEGER :: jsstset                  ! SST data set loop variable 
    1145       INTEGER :: jseaiceset               ! Sea Ice data set loop variable 
    1146       INTEGER :: jset 
    1147       INTEGER :: jfbini 
    1148       CHARACTER(LEN=20) :: datestr=" ",timestr=" " 
    1149       CHARACTER(LEN=10) :: cdtmp 
     951      INTEGER :: jtype                    ! Data set loop variable 
     952      INTEGER :: jo, jvar, jk 
     953      REAL(wp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE :: & 
     954         & zu, & 
     955         & zv 
     956 
    1150957      !----------------------------------------------------------------------- 
    1151958      ! Depending on switches call various observation output routines 
    1152959      !----------------------------------------------------------------------- 
    1153960 
    1154       !  - Temperature/salinity profiles 
    1155  
    1156       IF( ln_t3d .OR. ln_s3d ) THEN 
    1157  
    1158          ! Copy data from prodatqc to profdata structures 
    1159          DO jprofset = 1, nprofsets 
    1160  
    1161             CALL obs_prof_decompress( prodatqc(jprofset), & 
    1162                  &                    profdata(jprofset), .TRUE., numout ) 
     961      IF ( nproftypes > 0 ) THEN 
     962 
     963         DO jtype = 1, nproftypes 
     964 
     965            IF ( TRIM(cobstypesprof(jtype)) == 'vel' ) THEN 
     966 
     967               ! For velocity data, rotate the model velocities to N/S, E/W 
     968               ! using the compressed data structure. 
     969               ALLOCATE( & 
     970                  & zu(profdataqc(jtype)%nvprot(1)), & 
     971                  & zv(profdataqc(jtype)%nvprot(2))  & 
     972                  & ) 
     973 
     974               CALL obs_rotvel( profdataqc(jtype), nn_2dint, zu, zv ) 
     975 
     976               DO jo = 1, profdataqc(jtype)%nprof 
     977                  DO jvar = 1, 2 
     978                     DO jk = profdataqc(jtype)%npvsta(jo,jvar), profdataqc(jtype)%npvend(jo,jvar) 
     979 
     980                        IF ( jvar == 1 ) THEN 
     981                           profdataqc(jtype)%var(jvar)%vmod(jk) = zu(jk) 
     982                        ELSE 
     983                           profdataqc(jtype)%var(jvar)%vmod(jk) = zv(jk) 
     984                        ENDIF 
     985 
     986                     END DO 
     987                  END DO 
     988               END DO 
     989 
     990               DEALLOCATE( zu ) 
     991               DEALLOCATE( zv ) 
     992 
     993            END IF 
     994 
     995            CALL obs_prof_decompress( profdataqc(jtype), & 
     996               &                      profdata(jtype), .TRUE., numout ) 
     997 
     998            CALL obs_wri_prof( profdata(jtype) ) 
    1163999 
    11641000         END DO 
    11651001 
    1166          ! Write the profiles. 
    1167  
    1168          jprofset = 0 
    1169  
    1170          ! ENACT insitu data 
    1171  
    1172          IF ( ln_ena ) THEN 
    1173             
    1174             jprofset = jprofset + 1 
    1175  
    1176             CALL obs_wri_p3d( 'enact', profdata(jprofset) ) 
    1177  
    1178          ENDIF 
    1179  
    1180          ! Coriolis insitu data 
    1181  
    1182          IF ( ln_cor ) THEN 
    1183              
    1184             jprofset = jprofset + 1 
    1185  
    1186             CALL obs_wri_p3d( 'corio', profdata(jprofset) ) 
    1187              
    1188          ENDIF 
    1189           
    1190          ! Feedback insitu data 
    1191  
    1192          IF ( ln_profb ) THEN 
    1193  
    1194             jfbini = jprofset + 1 
    1195  
    1196             DO jprofset = jfbini, nprofsets 
    1197                 
    1198                jset = jprofset - jfbini + 1 
    1199                WRITE(cdtmp,'(A,I2.2)')'profb_',jset 
    1200                CALL obs_wri_p3d( cdtmp, profdata(jprofset) ) 
    1201  
    1202             END DO 
    1203  
    1204          ENDIF 
    1205  
    1206       ENDIF 
    1207  
    1208       !  - Sea surface anomaly 
    1209       IF ( ln_sla ) THEN 
    1210  
    1211          ! Copy data from sladatqc to sladata structures 
    1212          DO jslaset = 1, nslasets 
    1213  
    1214               CALL obs_surf_decompress( sladatqc(jslaset), & 
    1215                  &                    sladata(jslaset), .TRUE., numout ) 
     1002      ENDIF 
     1003 
     1004      IF ( nsurftypes > 0 ) THEN 
     1005 
     1006         DO jtype = 1, nsurftypes 
     1007 
     1008            CALL obs_surf_decompress( surfdataqc(jtype), & 
     1009               &                      surfdata(jtype), .TRUE., numout ) 
     1010 
     1011            CALL obs_wri_surf( surfdata(jtype) ) 
    12161012 
    12171013         END DO 
    12181014 
    1219          jslaset = 0  
    1220  
    1221          ! Write the AVISO SLA data 
    1222  
    1223          IF ( ln_sladt ) THEN 
    1224              
    1225             jslaset = 1 
    1226             CALL obs_wri_sla( 'aviso_act', sladata(jslaset) ) 
    1227             jslaset = 2 
    1228             CALL obs_wri_sla( 'aviso_pas', sladata(jslaset) ) 
    1229  
    1230          ENDIF 
    1231  
    1232          IF ( ln_slafb ) THEN 
    1233              
    1234             jfbini = jslaset + 1 
    1235  
    1236             DO jslaset = jfbini, nslasets 
    1237                 
    1238                jset = jslaset - jfbini + 1 
    1239                WRITE(cdtmp,'(A,I2.2)')'slafb_',jset 
    1240                CALL obs_wri_sla( cdtmp, sladata(jslaset) ) 
    1241  
    1242             END DO 
    1243  
    1244          ENDIF 
    1245  
    1246       ENDIF 
    1247  
    1248       !  - Sea surface temperature 
    1249       IF ( ln_sst ) THEN 
    1250  
    1251          ! Copy data from sstdatqc to sstdata structures 
    1252          DO jsstset = 1, nsstsets 
    1253       
    1254               CALL obs_surf_decompress( sstdatqc(jsstset), & 
    1255                  &                    sstdata(jsstset), .TRUE., numout ) 
    1256  
    1257          END DO 
    1258  
    1259          jsstset = 0  
    1260  
    1261          ! Write the AVISO SST data 
    1262  
    1263          IF ( ln_reysst ) THEN 
    1264              
    1265             jsstset = jsstset + 1 
    1266             CALL obs_wri_sst( 'reynolds', sstdata(jsstset) ) 
    1267  
    1268          ENDIF 
    1269  
    1270          IF ( ln_ghrsst ) THEN 
    1271              
    1272             jsstset = jsstset + 1 
    1273             CALL obs_wri_sst( 'ghr', sstdata(jsstset) ) 
    1274  
    1275          ENDIF 
    1276  
    1277          IF ( ln_sstfb ) THEN 
    1278              
    1279             jfbini = jsstset + 1 
    1280  
    1281             DO jsstset = jfbini, nsstsets 
    1282                 
    1283                jset = jsstset - jfbini + 1 
    1284                WRITE(cdtmp,'(A,I2.2)')'sstfb_',jset 
    1285                CALL obs_wri_sst( cdtmp, sstdata(jsstset) ) 
    1286  
    1287             END DO 
    1288  
    1289          ENDIF 
    1290  
    1291       ENDIF 
    1292  
    1293       !  - Sea surface salinity 
    1294       IF ( ln_sss ) THEN 
    1295          IF(lwp) WRITE(numout,*) ' SSS currently not available' 
    1296       ENDIF 
    1297  
    1298       !  - Sea Ice Concentration 
    1299       IF ( ln_seaice ) THEN 
    1300  
    1301          ! Copy data from seaicedatqc to seaicedata structures 
    1302          DO jseaiceset = 1, nseaicesets 
    1303  
    1304               CALL obs_surf_decompress( seaicedatqc(jseaiceset), & 
    1305                  &                    seaicedata(jseaiceset), .TRUE., numout ) 
    1306  
    1307          END DO 
    1308  
    1309          ! Write the Sea Ice data 
    1310          DO jseaiceset = 1, nseaicesets 
    1311        
    1312             WRITE(cdtmp,'(A,I2.2)')'seaicefb_',jseaiceset 
    1313             CALL obs_wri_seaice( cdtmp, seaicedata(jseaiceset) ) 
    1314  
    1315          END DO 
    1316  
    1317       ENDIF 
    1318        
    1319       ! Velocity data 
    1320       IF( ln_vel3d ) THEN 
    1321  
    1322          ! Copy data from veldatqc to velodata structures 
    1323          DO jveloset = 1, nvelosets 
    1324  
    1325             CALL obs_prof_decompress( veldatqc(jveloset), & 
    1326                  &                    velodata(jveloset), .TRUE., numout ) 
    1327  
    1328          END DO 
    1329  
    1330          ! Write the profiles. 
    1331  
    1332          jveloset = 0 
    1333  
    1334          ! Daily averaged data 
    1335  
    1336          IF ( ln_velavcur ) THEN 
    1337              
    1338             jveloset = jveloset + 1 
    1339  
    1340             CALL obs_wri_vel( 'velavcurr', velodata(jveloset), n2dint ) 
    1341  
    1342          ENDIF 
    1343  
    1344          ! High frequency data 
    1345  
    1346          IF ( ln_velhrcur ) THEN 
    1347              
    1348             jveloset = jveloset + 1 
    1349  
    1350             CALL obs_wri_vel( 'velhrcurr', velodata(jveloset), n2dint ) 
    1351  
    1352          ENDIF 
    1353  
    1354          ! Daily averaged data 
    1355  
    1356          IF ( ln_velavadcp ) THEN 
    1357              
    1358             jveloset = jveloset + 1 
    1359  
    1360             CALL obs_wri_vel( 'velavadcp', velodata(jveloset), n2dint ) 
    1361  
    1362          ENDIF 
    1363  
    1364          ! High frequency data 
    1365  
    1366          IF ( ln_velhradcp ) THEN 
    1367              
    1368             jveloset = jveloset + 1 
    1369              
    1370             CALL obs_wri_vel( 'velhradcp', velodata(jveloset), n2dint ) 
    1371                 
    1372          ENDIF 
    1373  
    1374          ! Feedback velocity data 
    1375  
    1376          IF ( ln_velfb ) THEN 
    1377  
    1378             jfbini = jveloset + 1 
    1379  
    1380             DO jveloset = jfbini, nvelosets 
    1381                 
    1382                jset = jveloset - jfbini + 1 
    1383                WRITE(cdtmp,'(A,I2.2)')'velfb_',jset 
    1384                CALL obs_wri_vel( cdtmp, velodata(jveloset), n2dint ) 
    1385  
    1386             END DO 
    1387  
    1388          ENDIF 
    1389           
    13901015      ENDIF 
    13911016 
     
    14051030      !! 
    14061031      !!---------------------------------------------------------------------- 
    1407       !! obs_grid deallocation 
     1032      ! obs_grid deallocation 
    14081033      CALL obs_grid_deallocate 
    14091034 
    1410       !! diaobs deallocation 
    1411       IF ( nprofsets > 0 ) THEN 
    1412           DEALLOCATE(ld_enact, & 
    1413                   &  profdata, & 
    1414                   &  prodatqc) 
    1415       END IF 
    1416       IF ( ln_sla ) THEN 
    1417           DEALLOCATE(sladata, & 
    1418                   &  sladatqc) 
    1419       END IF 
    1420       IF ( ln_seaice ) THEN 
    1421           DEALLOCATE(sladata, & 
    1422                   &  sladatqc) 
    1423       END IF 
    1424       IF ( ln_sst ) THEN 
    1425           DEALLOCATE(sstdata, & 
    1426                   &  sstdatqc) 
    1427       END IF 
    1428       IF ( ln_vel3d ) THEN 
    1429           DEALLOCATE(ld_velav, & 
    1430                   &  velodata, & 
    1431                   &  veldatqc) 
    1432       END IF 
     1035      ! diaobs deallocation 
     1036      IF ( nproftypes > 0 ) & 
     1037         &   DEALLOCATE( cobstypesprof, profdata, profdataqc, nvarsprof, nextrprof ) 
     1038 
     1039      IF ( nsurftypes > 0 ) & 
     1040         &   DEALLOCATE( cobstypessurf, surfdata, surfdataqc, nvarssurf, nextrsurf, & 
     1041         &               n2dintsurf, ravglamscl, ravgphiscl, lfpindegs, llnightav ) 
     1042 
    14331043   END SUBROUTINE dia_obs_dealloc 
    14341044 
     
    14361046      !!---------------------------------------------------------------------- 
    14371047      !!                    ***  ROUTINE ini_date  *** 
    1438       !!           
    1439       !! ** Purpose : Get initial data in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
    1440       !! 
    1441       !! ** Method  : Get initial data in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
    1442       !! 
    1443       !! ** Action  : Get initial data in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
     1048      !! 
     1049      !! ** Purpose : Get initial date in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
     1050      !! 
     1051      !! ** Method  : Get initial date in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
     1052      !! 
     1053      !! ** Action  : Get initial date in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
    14441054      !! 
    14451055      !! History : 
     
    14521062      USE phycst, ONLY : &            ! Physical constants 
    14531063         & rday 
    1454 !      USE daymod, ONLY : &            ! Time variables 
    1455 !         & nmonth_len            
    14561064      USE dom_oce, ONLY : &           ! Ocean space and time domain variables 
    14571065         & rdt 
     
    14601068 
    14611069      !! * Arguments 
    1462       REAL(KIND=dp), INTENT(OUT) :: ddobsini                         ! Initial date in YYYYMMDD.HHMMSS 
     1070      REAL(dp), INTENT(OUT) :: ddobsini  ! Initial date in YYYYMMDD.HHMMSS 
    14631071 
    14641072      !! * Local declarations 
     
    14681076      INTEGER :: ihou 
    14691077      INTEGER :: imin 
    1470       INTEGER :: imday         ! Number of days in month. 
    1471       REAL(KIND=wp) :: zdayfrc ! Fraction of day 
    1472  
    1473       INTEGER, DIMENSION(12) ::   imonth_len    !: length in days of the months of the current year 
    1474  
    1475       !!---------------------------------------------------------------------- 
    1476       !! Initial date initialization (year, month, day, hour, minute) 
    1477       !! (This assumes that the initial date is for 00z)) 
    1478       !!---------------------------------------------------------------------- 
     1078      INTEGER :: imday       ! Number of days in month. 
     1079      INTEGER, DIMENSION(12) :: & 
     1080         &       imonth_len  ! Length in days of the months of the current year 
     1081      REAL(wp) :: zdayfrc    ! Fraction of day 
     1082 
     1083      !---------------------------------------------------------------------- 
     1084      ! Initial date initialization (year, month, day, hour, minute) 
     1085      ! (This assumes that the initial date is for 00z)) 
     1086      !---------------------------------------------------------------------- 
    14791087      iyea =   ndate0 / 10000 
    14801088      imon = ( ndate0 - iyea * 10000 ) / 100 
     
    14831091      imin = 0 
    14841092 
    1485       !!---------------------------------------------------------------------- 
    1486       !! Compute number of days + number of hours + min since initial time 
    1487       !!---------------------------------------------------------------------- 
     1093      !---------------------------------------------------------------------- 
     1094      ! Compute number of days + number of hours + min since initial time 
     1095      !---------------------------------------------------------------------- 
    14881096      iday = iday + ( nit000 -1 ) * rdt / rday 
    14891097      zdayfrc = ( nit000 -1 ) * rdt / rday 
     
    14921100      imin = int( (zdayfrc * 24 - ihou) * 60 ) 
    14931101 
    1494       !!----------------------------------------------------------------------- 
    1495       !! Convert number of days (iday) into a real date 
    1496       !!---------------------------------------------------------------------- 
     1102      !----------------------------------------------------------------------- 
     1103      ! Convert number of days (iday) into a real date 
     1104      !---------------------------------------------------------------------- 
    14971105 
    14981106      CALL calc_month_len( iyea, imonth_len ) 
    1499        
     1107 
    15001108      DO WHILE ( iday > imonth_len(imon) ) 
    15011109         iday = iday - imonth_len(imon) 
     
    15081116      END DO 
    15091117 
    1510       !!---------------------------------------------------------------------- 
    1511       !! Convert it into YYYYMMDD.HHMMSS format. 
    1512       !!---------------------------------------------------------------------- 
     1118      !---------------------------------------------------------------------- 
     1119      ! Convert it into YYYYMMDD.HHMMSS format. 
     1120      !---------------------------------------------------------------------- 
    15131121      ddobsini = iyea * 10000_dp + imon * 100_dp + & 
    15141122         &       iday + ihou * 0.01_dp + imin * 0.0001_dp 
     
    15201128      !!---------------------------------------------------------------------- 
    15211129      !!                    ***  ROUTINE fin_date  *** 
    1522       !!           
    1523       !! ** Purpose : Get final data in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
    1524       !! 
    1525       !! ** Method  : Get final data in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
    1526       !! 
    1527       !! ** Action  : Get final data in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
     1130      !! 
     1131      !! ** Purpose : Get final date in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
     1132      !! 
     1133      !! ** Method  : Get final date in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
     1134      !! 
     1135      !! ** Action  : Get final date in double precision YYYYMMDD.HHMMSS format 
    15281136      !! 
    15291137      !! History : 
     
    15351143      USE phycst, ONLY : &            ! Physical constants 
    15361144         & rday 
    1537 !      USE daymod, ONLY : &            ! Time variables 
    1538 !         & nmonth_len                 
    15391145      USE dom_oce, ONLY : &           ! Ocean space and time domain variables 
    15401146         & rdt 
     
    15431149 
    15441150      !! * Arguments 
    1545       REAL(KIND=dp), INTENT(OUT) :: ddobsfin                  ! Final date in YYYYMMDD.HHMMSS 
     1151      REAL(dp), INTENT(OUT) :: ddobsfin ! Final date in YYYYMMDD.HHMMSS 
    15461152 
    15471153      !! * Local declarations 
     
    15511157      INTEGER :: ihou 
    15521158      INTEGER :: imin 
    1553       INTEGER :: imday         ! Number of days in month. 
    1554       REAL(KIND=wp) :: zdayfrc       ! Fraction of day 
    1555           
    1556       INTEGER, DIMENSION(12) ::   imonth_len    !: length in days of the months of the current year 
    1557              
     1159      INTEGER :: imday       ! Number of days in month. 
     1160      INTEGER, DIMENSION(12) :: & 
     1161         &       imonth_len  ! Length in days of the months of the current year 
     1162      REAL(wp) :: zdayfrc    ! Fraction of day 
     1163 
    15581164      !----------------------------------------------------------------------- 
    15591165      ! Initial date initialization (year, month, day, hour, minute) 
     
    15651171      ihou = 0 
    15661172      imin = 0 
    1567        
     1173 
    15681174      !----------------------------------------------------------------------- 
    15691175      ! Compute number of days + number of hours + min since initial time 
     
    15801186 
    15811187      CALL calc_month_len( iyea, imonth_len ) 
    1582        
     1188 
    15831189      DO WHILE ( iday > imonth_len(imon) ) 
    15841190         iday = iday - imonth_len(imon) 
     
    15981204 
    15991205    END SUBROUTINE fin_date 
    1600      
     1206 
     1207    SUBROUTINE obs_settypefiles( ntypes, jpmaxnfiles, jtype, ctypein, & 
     1208       &                         cfilestype, ifiles, cobstypes, cfiles ) 
     1209 
     1210    INTEGER, INTENT(IN) :: ntypes      ! Total number of obs types 
     1211    INTEGER, INTENT(IN) :: jpmaxnfiles ! Maximum number of files allowed for each type 
     1212    INTEGER, INTENT(IN) :: jtype       ! Index of the current type of obs 
     1213    INTEGER, DIMENSION(ntypes), INTENT(INOUT) :: & 
     1214       &                   ifiles      ! Out appended number of files for this type 
     1215 
     1216    CHARACTER(len=6), INTENT(IN) :: ctypein  
     1217    CHARACTER(len=128), DIMENSION(jpmaxnfiles), INTENT(IN) :: & 
     1218       &                   cfilestype  ! In list of files for this obs type 
     1219    CHARACTER(len=6), DIMENSION(ntypes), INTENT(INOUT) :: & 
     1220       &                   cobstypes   ! Out appended list of obs types 
     1221    CHARACTER(len=128), DIMENSION(ntypes, jpmaxnfiles), INTENT(INOUT) :: & 
     1222       &                   cfiles      ! Out appended list of files for all types 
     1223 
     1224    !Local variables 
     1225    INTEGER :: jfile 
     1226 
     1227    cfiles(jtype,:) = cfilestype(:) 
     1228    cobstypes(jtype) = ctypein 
     1229    ifiles(jtype) = 0 
     1230    DO jfile = 1, jpmaxnfiles 
     1231       IF ( trim(cfiles(jtype,jfile)) /= '' ) & 
     1232                 ifiles(jtype) = ifiles(jtype) + 1 
     1233    END DO 
     1234 
     1235    IF ( ifiles(jtype) == 0 ) THEN 
     1236         CALL ctl_stop( 'Logical for observation type '//TRIM(ctypein)//   & 
     1237            &           ' set to true but no files available to read' ) 
     1238    ENDIF 
     1239 
     1240    IF(lwp) THEN     
     1241       WRITE(numout,*) '             '//cobstypes(jtype)//' input observation file names:' 
     1242       DO jfile = 1, ifiles(jtype) 
     1243          WRITE(numout,*) '                '//TRIM(cfiles(jtype,jfile)) 
     1244       END DO 
     1245    ENDIF 
     1246 
     1247    END SUBROUTINE obs_settypefiles 
     1248 
     1249    SUBROUTINE obs_setinterpopts( ntypes, jtype, ctypein,             & 
     1250               &                  n2dint_default, n2dint_type,        & 
     1251               &                  ravglamscl_type, ravgphiscl_type,   & 
     1252               &                  lfp_indegs_type, lavnight_type,     & 
     1253               &                  n2dint, ravglamscl, ravgphiscl,     & 
     1254               &                  lfpindegs, lavnight ) 
     1255 
     1256    INTEGER, INTENT(IN)  :: ntypes             ! Total number of obs types 
     1257    INTEGER, INTENT(IN)  :: jtype              ! Index of the current type of obs 
     1258    INTEGER, INTENT(IN)  :: n2dint_default     ! Default option for interpolation type 
     1259    INTEGER, INTENT(IN)  :: n2dint_type        ! Option for interpolation type 
     1260    REAL(wp), INTENT(IN) :: & 
     1261       &                    ravglamscl_type, & !E/W diameter of obs footprint for this type 
     1262       &                    ravgphiscl_type    !N/S diameter of obs footprint for this type 
     1263    LOGICAL, INTENT(IN)  :: lfp_indegs_type    !T=> footprint in degrees, F=> in metres 
     1264    LOGICAL, INTENT(IN)  :: lavnight_type      !T=> obs represent night time average 
     1265    CHARACTER(len=6), INTENT(IN) :: ctypein  
     1266 
     1267    INTEGER, DIMENSION(ntypes), INTENT(INOUT) :: & 
     1268       &                    n2dint  
     1269    REAL(wp), DIMENSION(ntypes), INTENT(INOUT) :: & 
     1270       &                    ravglamscl, ravgphiscl 
     1271    LOGICAL, DIMENSION(ntypes), INTENT(INOUT) :: & 
     1272       &                    lfpindegs, lavnight 
     1273 
     1274    lavnight(jtype) = lavnight_type 
     1275 
     1276    IF ( (n2dint_type >= 1) .AND. (n2dint_type <= 6) ) THEN 
     1277       n2dint(jtype) = n2dint_type 
     1278    ELSE 
     1279       n2dint(jtype) = n2dint_default 
     1280    ENDIF 
     1281 
     1282    ! For averaging observation footprints set options for size of footprint  
     1283    IF ( (n2dint(jtype) > 4) .AND. (n2dint(jtype) <= 6) ) THEN 
     1284       IF ( ravglamscl_type > 0._wp ) THEN 
     1285          ravglamscl(jtype) = ravglamscl_type 
     1286       ELSE 
     1287          CALL ctl_stop( 'Incorrect value set for averaging footprint '// & 
     1288                         'scale (ravglamscl) for observation type '//TRIM(ctypein) )       
     1289       ENDIF 
     1290 
     1291       IF ( ravgphiscl_type > 0._wp ) THEN 
     1292          ravgphiscl(jtype) = ravgphiscl_type 
     1293       ELSE 
     1294          CALL ctl_stop( 'Incorrect value set for averaging footprint '// & 
     1295                         'scale (ravgphiscl) for observation type '//TRIM(ctypein) )       
     1296       ENDIF 
     1297 
     1298       lfpindegs(jtype) = lfp_indegs_type  
     1299 
     1300    ENDIF 
     1301 
     1302    ! Write out info  
     1303    IF(lwp) THEN 
     1304       IF ( n2dint(jtype) <= 4 ) THEN 
     1305          WRITE(numout,*) '             '//TRIM(ctypein)// & 
     1306             &            ' model counterparts will be interpolated horizontally' 
     1307       ELSE IF ( n2dint(jtype) <= 6 ) THEN 
     1308          WRITE(numout,*) '             '//TRIM(ctypein)// & 
     1309             &            ' model counterparts will be averaged horizontally' 
     1310          WRITE(numout,*) '             '//'    with E/W scale: ',ravglamscl(jtype) 
     1311          WRITE(numout,*) '             '//'    with N/S scale: ',ravgphiscl(jtype) 
     1312          IF ( lfpindegs(jtype) ) THEN 
     1313              WRITE(numout,*) '             '//'    (in degrees)' 
     1314          ELSE 
     1315              WRITE(numout,*) '             '//'    (in metres)' 
     1316          ENDIF 
     1317       ENDIF 
     1318    ENDIF 
     1319 
     1320    END SUBROUTINE obs_setinterpopts 
     1321 
    16011322END MODULE diaobs 
  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_grd_bruteforce.h90

    r2358 r7992  
    325325         CALL obs_mpp_max_integer( kobsj, kobs ) 
    326326      ELSE 
    327          CALL obs_mpp_find_obs_proc( kproc, kobsi, kobsj, kobs ) 
     327         CALL obs_mpp_find_obs_proc( kproc,kobs ) 
    328328      ENDIF 
    329329 
  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_grid.F90

    r7960 r7992  
    5252 
    5353   !! Default values 
    54    REAL, PUBLIC :: grid_search_res = 0.5    ! Resolution of grid 
     54   REAL, PUBLIC :: rn_gridsearchres = 0.5   ! Resolution of grid 
    5555   INTEGER, PRIVATE :: gsearch_nlons_def    ! Num of longitudes 
    5656   INTEGER, PRIVATE :: gsearch_nlats_def    ! Num of latitudes 
     
    8383   LOGICAL, PUBLIC :: ln_grid_global         ! Use global distribution of observations 
    8484   CHARACTER(LEN=44), PUBLIC :: & 
    85       & grid_search_file    ! file name head for grid search lookup  
     85      & cn_gridsearchfile    ! file name head for grid search lookup  
    8686 
    8787   !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    613613         CALL obs_mpp_max_integer( kobsj, kobs ) 
    614614      ELSE 
    615          CALL obs_mpp_find_obs_proc( kproc, kobsi, kobsj, kobs ) 
     615         CALL obs_mpp_find_obs_proc( kproc, kobs ) 
    616616      ENDIF 
    617617 
     
    690690          
    691691         IF(lwp) WRITE(numout,*) 
    692          IF(lwp) WRITE(numout,*)'Grid search resolution : ', grid_search_res 
    693           
    694          gsearch_nlons_def  = NINT( 360.0_wp / grid_search_res )  
    695          gsearch_nlats_def  = NINT( 180.0_wp / grid_search_res ) 
    696          gsearch_lonmin_def = -180.0_wp + 0.5_wp * grid_search_res 
    697          gsearch_latmin_def =  -90.0_wp + 0.5_wp * grid_search_res 
    698          gsearch_dlon_def   = grid_search_res 
    699          gsearch_dlat_def   = grid_search_res 
     692         IF(lwp) WRITE(numout,*)'Grid search resolution : ', rn_gridsearchres 
     693          
     694         gsearch_nlons_def  = NINT( 360.0_wp / rn_gridsearchres )  
     695         gsearch_nlats_def  = NINT( 180.0_wp / rn_gridsearchres ) 
     696         gsearch_lonmin_def = -180.0_wp + 0.5_wp * rn_gridsearchres 
     697         gsearch_latmin_def =  -90.0_wp + 0.5_wp * rn_gridsearchres 
     698         gsearch_dlon_def   = rn_gridsearchres 
     699         gsearch_dlat_def   = rn_gridsearchres 
    700700          
    701701         IF (lwp) THEN 
     
    710710         IF ( ln_grid_global ) THEN 
    711711            WRITE(cfname, FMT="(A,'_',A)") & 
    712                &          TRIM(grid_search_file), 'global.nc' 
     712               &          TRIM(cn_gridsearchfile), 'global.nc' 
    713713         ELSE 
    714714            WRITE(cfname, FMT="(A,'_',I4.4,'of',I4.4,'by',I4.4,'.nc')") & 
    715                &          TRIM(grid_search_file), nproc, jpni, jpnj 
     715               &          TRIM(cn_gridsearchfile), nproc, jpni, jpnj 
    716716         ENDIF 
    717717 
  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_inter_sup.F90

    r7960 r7992  
    3535CONTAINS 
    3636 
    37    SUBROUTINE obs_int_comm_3d( kptsi, kptsj, kobs, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
     37   SUBROUTINE obs_int_comm_3d( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
    3838      &                        pval, pgval, kproc ) 
    3939      !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    5757      INTEGER, INTENT(IN) :: kptsj     ! Number of j horizontal points per stencil 
    5858      INTEGER, INTENT(IN) :: kobs      ! Local number of observations 
     59      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi       ! Number of points in i direction 
     60      INTEGER, INTENT(IN) :: kpj       ! Number of points in j direction 
    5961      INTEGER, INTENT(IN) :: kpk       ! Number of levels 
    6062      INTEGER, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
     
    6365      INTEGER, OPTIONAL, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    6466         & kproc            ! Precomputed processor for each i,j,iobs points 
    65       REAL(KIND=wp), DIMENSION(jpi,jpj,kpk), INTENT(IN) ::& 
     67      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kpi,kpj,kpk), INTENT(IN) ::& 
    6668         & pval             ! Local 3D array to extract data from 
    6769      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kptsi,kptsj,kpk,kobs), INTENT(OUT) ::& 
     
    7375         IF (PRESENT(kproc)) THEN 
    7476 
    75             CALL obs_int_comm_3d_global( kptsi, kptsj, kobs, kpk, kgrdi, & 
     77            CALL obs_int_comm_3d_global( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kpk, kgrdi, & 
    7678               &                         kgrdj, pval, pgval, kproc=kproc ) 
    7779 
    7880         ELSE 
    7981 
    80             CALL obs_int_comm_3d_global( kptsi, kptsj, kobs, kpk, kgrdi, & 
     82            CALL obs_int_comm_3d_global( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kpk, kgrdi, & 
    8183               &                         kgrdj, pval, pgval ) 
    8284 
     
    8587      ELSE 
    8688 
    87          CALL obs_int_comm_3d_local( kptsi, kptsj, kobs, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
     89         CALL obs_int_comm_3d_local( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
    8890            &                        pval, pgval ) 
    8991 
     
    9294   END SUBROUTINE obs_int_comm_3d 
    9395 
    94    SUBROUTINE obs_int_comm_2d( kptsi, kptsj, kobs, kgrdi, kgrdj, pval, pgval, & 
     96   SUBROUTINE obs_int_comm_2d( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kgrdi, kgrdj, pval, pgval, & 
    9597      &                        kproc ) 
    9698      !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    111113      INTEGER, INTENT(IN) :: kptsj        ! Number of j horizontal points per stencil 
    112114      INTEGER, INTENT(IN) :: kobs          ! Local number of observations 
     115      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi          ! Number of model grid points in i direction 
     116      INTEGER, INTENT(IN) :: kpj          ! Number of model grid points in j direction 
    113117      INTEGER, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    114118         & kgrdi, &         ! i,j indicies for each stencil 
     
    116120      INTEGER, OPTIONAL, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    117121         & kproc            ! Precomputed processor for each i,j,iobs points 
    118       REAL(KIND=wp), DIMENSION(jpi,jpj), INTENT(IN) ::& 
     122      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kpi,kpj), INTENT(IN) ::& 
    119123         & pval             ! Local 3D array to extra data from 
    120124      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(OUT) ::& 
     
    136140      IF (PRESENT(kproc)) THEN 
    137141 
    138          CALL obs_int_comm_3d( kptsi, kptsj, kobs, 1, kgrdi, kgrdj, zval, & 
     142         CALL obs_int_comm_3d( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, 1, kgrdi, kgrdj, zval, & 
    139143            &                  zgval, kproc=kproc ) 
    140144      ELSE 
    141145 
    142          CALL obs_int_comm_3d( kptsi, kptsj, kobs, 1, kgrdi, kgrdj, zval, & 
     146         CALL obs_int_comm_3d( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, 1, kgrdi, kgrdj, zval, & 
    143147            &                  zgval ) 
    144148 
     
    154158   END SUBROUTINE obs_int_comm_2d 
    155159 
    156    SUBROUTINE obs_int_comm_3d_global( kptsi, kptsj, kobs, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
     160   SUBROUTINE obs_int_comm_3d_global( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
    157161      &                               pval, pgval, kproc ) 
    158162      !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    174178      INTEGER, INTENT(IN) :: kptsj     ! Number of j horizontal points per stencil 
    175179      INTEGER, INTENT(IN) :: kobs      ! Local number of observations 
     180      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi       ! Number of model points in i direction 
     181      INTEGER, INTENT(IN) :: kpj       ! Number of model points in j direction 
    176182      INTEGER, INTENT(IN) :: kpk       ! Number of levels 
    177183      INTEGER, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
     
    180186      INTEGER, OPTIONAL, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    181187         & kproc            ! Precomputed processor for each i,j,iobs points 
    182       REAL(KIND=wp), DIMENSION(jpi,jpj,kpk), INTENT(IN) ::& 
     188      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kpi,kpj,kpk), INTENT(IN) ::& 
    183189         & pval             ! Local 3D array to extract data from 
    184190      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kptsi,kptsj,kpk,kobs), INTENT(OUT) ::& 
     
    207213 
    208214      ! Check valid points 
    209        
     215 
    210216      IF ( ( MAXVAL(kgrdi) > jpiglo ) .OR. ( MINVAL(kgrdi) < 1 ) .OR. & 
    211217         & ( MAXVAL(kgrdj) > jpjglo ) .OR. ( MINVAL(kgrdj) < 1 ) ) THEN 
    212           
     218 
    213219         CALL ctl_stop( 'Error in obs_int_comm_3d_global', & 
    214220            &           'Point outside global domain' ) 
    215           
     221 
    216222      ENDIF 
    217223 
     
    323329   END SUBROUTINE obs_int_comm_3d_global 
    324330    
    325    SUBROUTINE obs_int_comm_3d_local( kptsi, kptsj, kobs, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
     331   SUBROUTINE obs_int_comm_3d_local( kptsi, kptsj, kobs, kpi, kpj, kpk, kgrdi, kgrdj, & 
    326332      &                              pval, pgval ) 
    327333      !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    343349      INTEGER, INTENT(IN) :: kptsj        ! Number of j horizontal points per stencil 
    344350      INTEGER, INTENT(IN) :: kobs         ! Local number of observations 
     351      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi          ! Number of model points in i direction 
     352      INTEGER, INTENT(IN) :: kpj          ! Number of model points in j direction 
    345353      INTEGER, INTENT(IN) :: kpk          ! Number of levels 
    346354      INTEGER, DIMENSION(kptsi,kptsj,kobs), INTENT(IN) :: & 
    347355         & kgrdi, &         ! i,j indicies for each stencil 
    348356         & kgrdj 
    349       REAL(KIND=wp), DIMENSION(jpi,jpj,kpk), INTENT(IN) ::& 
     357      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kpi,kpj,kpk), INTENT(IN) ::& 
    350358         & pval             ! Local 3D array to extract data from 
    351359      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kptsi,kptsj,kpk,kobs), INTENT(OUT) ::& 
  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_mpp.F90

    r7960 r7992  
    77   !!             -   ! 2006-05  (K. Mogensen)  Reformatted 
    88   !!             -   ! 2008-01  (K. Mogensen)  add mpp_global_max 
     9   !!            3.6  ! 2015-01  (J. Waters) obs_mpp_find_obs_proc  
     10   !!                            rewritten to avoid global arrays 
    911   !!---------------------------------------------------------------------- 
    1012#  define mpivar mpi_double_precision 
     
    1214   !! obs_mpp_bcast_integer : Broadcast an integer array from a processor to all processors 
    1315   !! obs_mpp_max_integer   : Find maximum on all processors of each value in an integer on all processors 
    14    !! obs_mpp_find_obs_proc : Find processors which should hold the observations 
     16   !! obs_mpp_find_obs_proc : Find processors which should hold the observations, avoiding global arrays 
    1517   !! obs_mpp_sum_integers  : Sum an integer array from all processors 
    1618   !! obs_mpp_sum_integer   : Sum an integer from all processors 
     
    9698      ! 
    9799      INTEGER :: ierr  
    98       INTEGER, DIMENSION(kno) ::   ivals 
    99       ! 
    100 INCLUDE 'mpif.h' 
    101       !!---------------------------------------------------------------------- 
     100      INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::   ivals 
     101      ! 
     102INCLUDE 'mpif.h' 
     103      !!---------------------------------------------------------------------- 
     104 
     105      ALLOCATE( ivals(kno) ) 
    102106 
    103107      ! Call the MPI library to find the maximum across processors 
     
    105109         &                mpi_max, mpi_comm_opa, ierr ) 
    106110      kvals(:) = ivals(:) 
     111 
     112      DEALLOCATE( ivals ) 
    107113#else 
    108114      ! no MPI: empty routine 
     
    111117 
    112118 
    113    SUBROUTINE obs_mpp_find_obs_proc( kobsp, kobsi, kobsj, kno ) 
    114       !!---------------------------------------------------------------------- 
    115       !!               ***  ROUTINE obs_mpp_find_obs_proc *** 
    116       !!           
    117       !! ** Purpose : From the array kobsp containing the results of the grid 
     119   SUBROUTINE obs_mpp_find_obs_proc( kobsp,kno ) 
     120      !!---------------------------------------------------------------------- 
     121      !!               ***  ROUTINE obs_mpp_find_obs_proc  *** 
     122      !!          
     123      !! ** Purpose : From the array kobsp containing the results of the 
    118124      !!              grid search on each processor the processor return a 
    119125      !!              decision of which processors should hold the observation. 
    120126      !! 
    121       !! ** Method  : A temporary 2D array holding all the decisions is 
    122       !!              constructed using mpi_allgather on each processor. 
    123       !!              If more than one processor has found the observation 
    124       !!              with the observation in the inner domain gets it 
    125       !! 
    126       !! ** Action  : This does only work for MPI.  
     127      !! ** Method  : Synchronize the processor number for each obs using 
     128      !!              obs_mpp_max_integer. If an observation exists on two  
     129      !!              processors it will be allocated to the lower numbered 
     130      !!              processor. 
     131      !! 
     132      !! ** Action  : This does only work for MPI. 
    127133      !!              It does not work for SHMEM. 
    128134      !! 
     
    130136      !!---------------------------------------------------------------------- 
    131137      INTEGER                , INTENT(in   ) ::   kno 
    132       INTEGER, DIMENSION(kno), INTENT(in   ) ::   kobsi, kobsj 
    133138      INTEGER, DIMENSION(kno), INTENT(inout) ::   kobsp 
    134139      ! 
    135140#if defined key_mpp_mpi 
    136141      ! 
    137       INTEGER :: ji 
    138       INTEGER :: jj 
    139       INTEGER :: size 
    140       INTEGER :: ierr 
    141       INTEGER :: iobsip 
    142       INTEGER :: iobsjp 
    143       INTEGER :: num_sus_obs 
    144       INTEGER, DIMENSION(kno) ::   iobsig, iobsjg 
    145       INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) ::   iobsp, iobsi, iobsj 
    146       !! 
    147 INCLUDE 'mpif.h' 
    148       !!---------------------------------------------------------------------- 
    149  
    150       !----------------------------------------------------------------------- 
    151       ! Call the MPI library to find the maximum accross processors 
    152       !----------------------------------------------------------------------- 
    153       CALL mpi_comm_size( mpi_comm_opa, size, ierr ) 
    154       !----------------------------------------------------------------------- 
    155       ! Convert local grids points to global grid points 
    156       !----------------------------------------------------------------------- 
     142      ! 
     143      INTEGER :: ji, isum 
     144      INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::   iobsp 
     145      !! 
     146      !! 
     147 
     148      ALLOCATE( iobsp(kno) ) 
     149 
     150      iobsp(:)=kobsp(:) 
     151 
     152      WHERE( iobsp(:) == -1 ) 
     153         iobsp(:) = 9999999 
     154      END WHERE 
     155 
     156      iobsp(:)=-1*iobsp(:) 
     157 
     158      CALL obs_mpp_max_integer( iobsp, kno ) 
     159 
     160      kobsp(:)=-1*iobsp(:) 
     161 
     162      isum=0 
    157163      DO ji = 1, kno 
    158          IF ( ( kobsi(ji) >= 1 ) .AND. ( kobsi(ji) <= jpi ) .AND. & 
    159             & ( kobsj(ji) >= 1 ) .AND. ( kobsj(ji) <= jpj ) ) THEN 
    160             iobsig(ji) = mig( kobsi(ji) ) 
    161             iobsjg(ji) = mjg( kobsj(ji) ) 
    162          ELSE 
    163             iobsig(ji) = -1 
    164             iobsjg(ji) = -1 
     164         IF ( kobsp(ji) == 9999999 ) THEN 
     165            isum=isum+1 
     166            kobsp(ji)=-1 
    165167         ENDIF 
    166       END DO 
    167       !----------------------------------------------------------------------- 
    168       ! Get the decisions from all processors 
    169       !----------------------------------------------------------------------- 
    170       ALLOCATE( iobsp(kno,size) ) 
    171       ALLOCATE( iobsi(kno,size) ) 
    172       ALLOCATE( iobsj(kno,size) ) 
    173       CALL mpi_allgather( kobsp, kno, mpi_integer, & 
    174          &                iobsp, kno, mpi_integer, & 
    175          &                mpi_comm_opa, ierr ) 
    176       CALL mpi_allgather( iobsig, kno, mpi_integer, & 
    177          &                iobsi, kno, mpi_integer, & 
    178          &                mpi_comm_opa, ierr ) 
    179       CALL mpi_allgather( iobsjg, kno, mpi_integer, & 
    180          &                iobsj, kno, mpi_integer, & 
    181          &                mpi_comm_opa, ierr ) 
    182  
    183       !----------------------------------------------------------------------- 
    184       ! Find the processor with observations from the lowest processor  
    185       ! number among processors holding the observation. 
    186       !----------------------------------------------------------------------- 
    187       kobsp(:) = -1 
    188       num_sus_obs = 0 
    189       DO ji = 1, kno 
    190          DO jj = 1, size 
    191             IF ( ( kobsp(ji) == -1 ) .AND. ( iobsp(ji,jj) /= -1 ) ) THEN 
    192                kobsp(ji) = iobsp(ji,jj) 
    193                iobsip = iobsi(ji,jj) 
    194                iobsjp = iobsj(ji,jj) 
    195             ENDIF 
    196             IF ( ( kobsp(ji) /= -1 ) .AND. ( iobsp(ji,jj) /= -1 ) ) THEN 
    197                IF ( ( iobsip /= iobsi(ji,jj) ) .OR. & 
    198                   & ( iobsjp /= iobsj(ji,jj) ) ) THEN 
    199                   IF ( ( kobsp(ji) < 1000000 ) .AND. & 
    200                      & ( iobsp(ji,jj) < 1000000 ) ) THEN 
    201                      num_sus_obs=num_sus_obs+1 
    202                   ENDIF 
    203                ENDIF 
    204                IF ( mppmap(iobsip,iobsjp) /= ( kobsp(ji)+1 ) ) THEN 
    205                   IF ( ( iobsi(ji,jj) /= -1 ) .AND. & 
    206                      & ( iobsj(ji,jj) /= -1 ) ) THEN 
    207                      IF ((mppmap(iobsi(ji,jj),iobsj(ji,jj)) == (iobsp(ji,jj)+1))& 
    208                         & .OR. ( iobsp(ji,jj) < kobsp(ji) ) ) THEN 
    209                         kobsp(ji) = iobsp(ji,jj) 
    210                         iobsip = iobsi(ji,jj) 
    211                         iobsjp = iobsj(ji,jj) 
    212                      ENDIF 
    213                   ENDIF 
    214                ENDIF 
    215             ENDIF 
    216          END DO 
    217       END DO 
    218       IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Number of suspicious observations: ',num_sus_obs 
    219  
    220       DEALLOCATE( iobsj ) 
    221       DEALLOCATE( iobsi ) 
     168      ENDDO 
     169 
     170 
     171      IF ( isum > 0 ) THEN 
     172         IF (lwp) WRITE(numout,*) isum, ' observations failed the grid search.' 
     173         IF (lwp) WRITE(numout,*)'If ln_grid_search_lookup=.TRUE., try reducing grid_search_res' 
     174      ENDIF 
     175 
    222176      DEALLOCATE( iobsp ) 
     177 
    223178#else 
    224179      ! no MPI: empty routine 
    225 #endif 
    226       ! 
     180#endif      
     181       
    227182   END SUBROUTINE obs_mpp_find_obs_proc 
    228183 
  • branches/UKMO/dev_r5518_obs_oper_update/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/OBS/obs_oper.F90

    </
    r7960 r7992  
    77 
    88   !!---------------------------------------------------------------------- 
    9    !!   obs_pro_opt :    Compute the model counterpart of temperature and 
    10    !!                    salinity observations from profiles 
    11    !!   obs_sla_opt :    Compute the model counterpart of sea level anomaly 
    12    !!                    observations 
    13    !!   obs_sst_opt :    Compute the model counterpart of sea surface temperature 
    14    !!                    observations 
    15    !!   obs_sss_opt :    Compute the model counterpart of sea surface salinity 
    16    !!                    observations 
    17    !!   obs_seaice_opt : Compute the model counterpart of sea ice concentration 
    18    !!                    observations 
    19    !! 
    20    !!   obs_vel_opt :    Compute the model counterpart of zonal and meridional 
    21    !!                    components of velocity from observations. 
     9   !!   obs_prof_opt :    Compute the model counterpart of profile data 
     10   !!   obs_surf_opt :    Compute the model counterpart of surface data 
    2211   !!---------------------------------------------------------------------- 
    2312 
    24    !! * Modules used    
     13   !! * Modules used 
    2514   USE par_kind, ONLY : &         ! Precision variables 
    2615      & wp 
    2716   USE in_out_manager             ! I/O manager 
    2817   USE obs_inter_sup              ! Interpolation support 
    29    USE obs_inter_h2d, ONLY : &    ! Horizontal interpolation to the observation pt 
     18   USE obs_inter_h2d, ONLY : &    ! Horizontal interpolation to the obs pt 
    3019      & obs_int_h2d, & 
    3120      & obs_int_h2d_init 
    32    USE obs_inter_z1d, ONLY : &    ! Vertical interpolation to the observation pt 
     21   USE obs_averg_h2d, ONLY : &    ! Horizontal averaging to the obs footprint 
     22      & obs_avg_h2d, & 
     23      & obs_avg_h2d_init, & 
     24      & obs_max_fpsize 
     25   USE obs_inter_z1d, ONLY : &    ! Vertical interpolation to the obs pt 
    3326      & obs_int_z1d,    & 
    3427      & obs_int_z1d_spl 
    35    USE obs_const,  ONLY :     & 
    36       & obfillflt      ! Fillvalue    
     28   USE obs_const,  ONLY :    &    ! Obs fill value 
     29      & obfillflt 
    3730   USE dom_oce,       ONLY : & 
    38       & glamt, glamu, glamv, & 
    39       & gphit, gphiu, gphiv 
    40    USE lib_mpp,       ONLY : & 
     31      & glamt, glamf, & 
     32      & gphit, gphif 
     33   USE lib_mpp,       ONLY : &    ! Warning and stopping routines 
    4134      & ctl_warn, ctl_stop 
     35   USE sbcdcy,        ONLY : &    ! For calculation of where it is night-time 
     36      & sbc_dcy, nday_qsr 
     37   USE obs_grid,      ONLY : &  
     38      & obs_level_search      
    4239 
    4340   IMPLICIT NONE 
     
    4643   PRIVATE 
    4744 
    48    PUBLIC obs_pro_opt, &  ! Compute the model counterpart of profile observations 
    49       &   obs_sla_opt, &  ! Compute the model counterpart of SLA observations 
    50       &   obs_sst_opt, &  ! Compute the model counterpart of SST observations 
    51       &   obs_sss_opt, &  ! Compute the model counterpart of SSS observations 
    52       &   obs_seaice_opt, & 
    53       &   obs_vel_opt     ! Compute the model counterpart of velocity profile data 
    54  
    55    INTEGER, PARAMETER, PUBLIC :: imaxavtypes = 20 ! Max number of daily avgd obs types 
     45   PUBLIC obs_prof_opt, &  ! Compute the model counterpart of profile obs 
     46      &   obs_surf_opt     ! Compute the model counterpart of surface obs 
     47 
     48   INTEGER, PARAMETER, PUBLIC :: & 
     49      & imaxavtypes = 20   ! Max number of daily avgd obs types 
    5650 
    5751   !!---------------------------------------------------------------------- 
     
    6155   !!---------------------------------------------------------------------- 
    6256 
     57   !! * Substitutions  
     58#  include "domzgr_substitute.h90"  
    6359CONTAINS 
    6460 
    65    SUBROUTINE obs_pro_opt( prodatqc, kt, kpi, kpj, kpk, kit000, kdaystp, & 
    66       &                    ptn, psn, pgdept, ptmask, k1dint, k2dint, & 
    67       &                    kdailyavtypes ) 
     61 
     62   SUBROUTINE obs_prof_opt( prodatqc, kt, kpi, kpj, kpk,          & 
     63      &                     kit000, kdaystp,                      & 
     64      &                     pvar1, pvar2, pgdept, pgdepw,         & 
     65      &                     pmask1, pmask2,                       &   
     66      &                     plam1, plam2, pphi1, pphi2,           & 
     67      &                     k1dint, k2dint, kdailyavtypes ) 
     68 
    6869      !!----------------------------------------------------------------------- 
    6970      !! 
     
    7879      !! 
    7980      !!    First, a vertical profile of horizontally interpolated model 
    80       !!    now temperatures is computed at the obs (lon, lat) point. 
     81      !!    now values is computed at the obs (lon, lat) point. 
    8182      !!    Several horizontal interpolation schemes are available: 
    8283      !!        - distance-weighted (great circle) (k2dint = 0) 
     
    8687      !!        - polynomial (quadrilateral grid)  (k2dint = 4) 
    8788      !! 
    88       !!    Next, the vertical temperature profile is interpolated to the 
     89      !!    Next, the vertical profile is interpolated to the 
    8990      !!    data depth points. Two vertical interpolation schemes are 
    9091      !!    available: 
     
    9697      !!    routine. 
    9798      !! 
    98       !!    For ENACT moored buoy data (e.g., TAO), the model equivalent is 
     99      !!    If the logical is switched on, the model equivalent is 
    99100      !!    a daily mean model temperature field. So, we first compute 
    100101      !!    the mean, then interpolate only at the end of the day. 
    101102      !! 
    102       !!    Note: the in situ temperature observations must be converted 
     103      !!    Note: in situ temperature observations must be converted 
    103104      !!    to potential temperature (the model variable) prior to 
    104105      !!    assimilation.  
    105       !!?????????????????????????????????????????????????????????????? 
    106       !!    INCLUDE POTENTIAL TEMP -> IN SITU TEMP IN OBS OPERATOR??? 
    107       !!?????????????????????????????????????????????????????????????? 
    108106      !! 
    109107      !! ** Action  : 
     
    115113      !!      ! 07-01 (K. Mogensen) Merge of temperature and salinity 
    116114      !!      ! 07-03 (K. Mogensen) General handling of profiles 
     115      !!      ! 15-02 (M. Martin) Combined routine for all profile types 
     116      !!      ! 17-02 (M. Martin) Include generalised vertical coordinate changes 
    117117      !!----------------------------------------------------------------------- 
    118    
     118 
    119119      !! * Modules used 
    120120      USE obs_profiles_def ! Definition of storage space for profile obs. 
     
    123123 
    124124      !! * Arguments 
    125       TYPE(obs_prof), INTENT(INOUT) :: prodatqc  ! Subset of profile data not failing screening 
    126       INTEGER, INTENT(IN) :: kt        ! Time step 
    127       INTEGER, INTENT(IN) :: kpi       ! Model grid parameters 
     125      TYPE(obs_prof), INTENT(INOUT) :: & 
     126         & prodatqc                  ! Subset of profile data passing QC 
     127      INTEGER, INTENT(IN) :: kt      ! Time step 
     128      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi     ! Model grid parameters 
    128129      INTEGER, INTENT(IN) :: kpj 
    129130      INTEGER, INTENT(IN) :: kpk 
    130       INTEGER, INTENT(IN) :: kit000    ! Number of the first time step  
    131                                        !   (kit000-1 = restart time) 
    132       INTEGER, INTENT(IN) :: k1dint    ! Vertical interpolation type (see header) 
    133       INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint    ! Horizontal interpolation type (see header) 
    134       INTEGER, INTENT(IN) :: kdaystp   ! Number of time steps per day                     
     131      INTEGER, INTENT(IN) :: kit000  ! Number of the first time step 
     132                                     !   (kit000-1 = restart time) 
     133      INTEGER, INTENT(IN) :: k1dint  ! Vertical interpolation type (see header) 
     134      INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint  ! Horizontal interpolation type (see header) 
     135      INTEGER, INTENT(IN) :: kdaystp ! Number of time steps per day 
    135136      REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj,kpk) :: & 
    136          & ptn,    &    ! Model temperature field 
    137          & psn,    &    ! Model salinity field 
    138          & ptmask       ! Land-sea mask 
    139       REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpk) :: & 
    140          & pgdept       ! Model array of depth levels 
     137         & pvar1,    &               ! Model field 1 
     138         & pvar2,    &               ! Model field 2 
     139         & pmask1,   &               ! Land-sea mask 1 
     140         & pmask2                    ! Land-sea mask 2 
     141      REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj) :: & 
     142         & plam1,    &               ! Model longitudes for variable 1 
     143         & plam2,    &               ! Model longitudes for variable 2 
     144         & pphi1,    &               ! Model latitudes for variable 1 
     145         & pphi2                     ! Model latitudes for variable 2 
     146      REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj,kpk) :: &  
     147         & pgdept, &                 ! Model array of depth T levels  
     148         & pgdepw                    ! Model array of depth W levels  
    141149      INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes), OPTIONAL :: & 
    142          & kdailyavtypes! Types for daily averages 
     150         & kdailyavtypes             ! Types for daily averages 
     151 
    143152      !! * Local declarations 
    144153      INTEGER ::   ji 
     
    152161      INTEGER ::   iend 
    153162      INTEGER ::   iobs 
     163      INTEGER ::   iin, ijn, ikn, ik   ! looping indices over interpolation nodes  
     164      INTEGER ::   inum_obs 
    154165      INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes) :: & 
    155166         & idailyavtypes 
     167      INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
     168         & igrdi1, & 
     169         & igrdi2, & 
     170         & igrdj1, & 
     171         & igrdj2 
     172      INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: iv_indic 
     173 
    156174      REAL(KIND=wp) :: zlam 
    157175      REAL(KIND=wp) :: zphi 
    158176      REAL(KIND=wp) :: zdaystp 
    159177      REAL(KIND=wp), DIMENSION(kpk) :: & 
    160          & zobsmask, & 
     178         & zobsmask1, & 
     179         & zobsmask2, & 
    161180         & zobsk,    & 
    162181         & zobs2k 
    163       REAL(KIND=wp), DIMENSION(2,2,kpk) :: & 
     182      REAL(KIND=wp), DIMENSION(2,2,1) :: & 
     183         & zweig1, & 
     184         & zweig2, & 
    164185         & zweig 
    165186      REAL(wp), DIMENSION(:,:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    166          & zmask, & 
    167          & zintt, & 
    168          & zints, & 
    169          & zinmt, & 
    170          & zinms 
     187         & zmask1, & 
     188         & zmask2, & 
     189         & zint1,  & 
     190         & zint2,  & 
     191         & zinm1,  & 
     192         & zinm2,  & 
     193         & zgdept, &  
     194         & zgdepw 
    171195      REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    172          & zglam, & 
    173          & zgphi 
    174       INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    175          & igrdi, & 
    176          & igrdj 
     196         & zglam1, & 
     197         & zglam2, & 
     198         & zgphi1, & 
     199         & zgphi2 
     200      REAL(KIND=wp), DIMENSION(1) :: zmsk_1, zmsk_2    
     201      REAL(KIND=wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: interp_corner 
     202 
     203      LOGICAL :: ld_dailyav 
    177204 
    178205      !------------------------------------------------------------------------ 
    179206      ! Local initialization  
    180207      !------------------------------------------------------------------------ 
    181       ! ... Record and data counters 
     208      ! Record and data counters 
    182209      inrc = kt - kit000 + 2 
    183210      ipro = prodatqc%npstp(inrc) 
    184   
     211 
    185212      ! Daily average types 
     213      ld_dailyav = .FALSE. 
    186214      IF ( PRESENT(kdailyavtypes) ) THEN 
    187215         idailyavtypes(:) = kdailyavtypes(:) 
     216         IF ( ANY (idailyavtypes(:) /= -1) ) ld_dailyav = .TRUE. 
    188217      ELSE 
    189218         idailyavtypes(:) = -1 
    190219      ENDIF 
    191220 
    192       ! Initialize daily mean for first timestep 
     221      ! Daily means are calculated for values over timesteps: 
     222      !  [1 <= kt <= kdaystp], [kdaystp+1 <= kt <= 2*kdaystp], ... 
    193223      idayend = MOD( kt - kit000 + 1, kdaystp ) 
    194224 
    195       ! Added kt == 0 test to catch restart case  
    196       IF ( idayend == 1 .OR. kt == 0) THEN 
    197          IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Reset prodatqc%vdmean on time-step: ',kt 
     225      IF ( ld_dailyav ) THEN 
     226 
     227         ! Initialize daily mean for first timestep of the day 
     228         IF ( idayend == 1 .OR. kt == 0 ) THEN 
     229            DO jk = 1, jpk 
     230               DO jj = 1, jpj 
     231                  DO ji = 1, jpi 
     232                     prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) = 0.0 
     233                     prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) = 0.0 
     234                  END DO 
     235               END DO 
     236            END DO 
     237         ENDIF 
     238 
    198239         DO jk = 1, jpk 
    199240            DO jj = 1, jpj 
    200241               DO ji = 1, jpi 
    201                   prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) = 0.0 
    202                   prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) = 0.0 
     242                  ! Increment field 1 for computing daily mean 
     243                  prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) & 
     244                     &                        + pvar1(ji,jj,jk) 
     245                  ! Increment field 2 for computing daily mean 
     246                  prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) & 
     247                     &                        + pvar2(ji,jj,jk) 
    203248               END DO 
    204249            END DO 
    205250         END DO 
    206       ENDIF 
    207  
    208       DO jk = 1, jpk 
    209          DO jj = 1, jpj 
    210             DO ji = 1, jpi 
    211                ! Increment the temperature field for computing daily mean 
    212                prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) & 
    213                   &                        + ptn(ji,jj,jk) 
    214                ! Increment the salinity field for computing daily mean 
    215                prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) & 
    216                   &                        + psn(ji,jj,jk) 
    217             END DO 
    218          END DO 
    219       END DO 
    220     
    221       ! Compute the daily mean at the end of day 
    222       zdaystp = 1.0 / REAL( kdaystp ) 
    223       IF ( idayend == 0 ) THEN 
    224          DO jk = 1, jpk 
    225             DO jj = 1, jpj 
    226                DO ji = 1, jpi 
    227                   prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) & 
    228                      &                        * zdaystp 
    229                   prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) & 
    230                   &                           * zdaystp 
     251 
     252         ! Compute the daily mean at the end of day 
     253         zdaystp = 1.0 / REAL( kdaystp ) 
     254         IF ( idayend == 0 ) THEN 
     255            IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Calculating prodatqc%vdmean on time-step: ',kt 
     256            CALL FLUSH(numout) 
     257            DO jk = 1, jpk 
     258               DO jj = 1, jpj 
     259                  DO ji = 1, jpi 
     260                     prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,1) & 
     261                        &                        * zdaystp 
     262                     prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) = prodatqc%vdmean(ji,jj,jk,2) & 
     263                        &                        * zdaystp 
     264                  END DO 
    231265               END DO 
    232266            END DO 
    233          END DO 
     267         ENDIF 
     268 
    234269      ENDIF 
    235270 
    236271      ! Get the data for interpolation 
    237272      ALLOCATE( & 
    238          & igrdi(2,2,ipro),      & 
    239          & igrdj(2,2,ipro),      & 
    240          & zglam(2,2,ipro),      & 
    241          & zgphi(2,2,ipro),      & 
    242          & zmask(2,2,kpk,ipro),  & 
    243          & zintt(2,2,kpk,ipro),  & 
    244          & zints(2,2,kpk,ipro)   & 
     273         & igrdi1(2,2,ipro),      & 
     274         & igrdi2(2,2,ipro),      & 
     275         & igrdj1(2,2,ipro),      & 
     276         & igrdj2(2,2,ipro),      & 
     277         & zglam1(2,2,ipro),      & 
     278         & zglam2(2,2,ipro),      & 
     279         & zgphi1(2,2,ipro),      & 
     280         & zgphi2(2,2,ipro),      & 
     281         & zmask1(2,2,kpk,ipro),  & 
     282         & zmask2(2,2,kpk,ipro),  & 
     283         & zint1(2,2,kpk,ipro),   & 
     284         & zint2(2,2,kpk,ipro),   & 
     285         & zgdept(2,2,kpk,ipro),  &  
     286         & zgdepw(2,2,kpk,ipro)   &  
    245287         & ) 
    246288 
    247289      DO jobs = prodatqc%nprofup + 1, prodatqc%nprofup + ipro 
    248290         iobs = jobs - prodatqc%nprofup 
    249          igrdi(1,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1)-1 
    250          igrdj(1,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1)-1 
    251          igrdi(1,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1)-1 
    252          igrdj(1,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1) 
    253          igrdi(2,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1) 
    254          igrdj(2,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1)-1 
    255          igrdi(2,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1) 
    256          igrdj(2,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1) 
     291         igrdi1(1,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1)-1 
     292         igrdj1(1,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1)-1 
     293         igrdi1(1,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1)-1 
     294         igrdj1(1,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1) 
     295         igrdi1(2,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1) 
     296         igrdj1(2,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1)-1 
     297         igrdi1(2,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1) 
     298         igrdj1(2,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1) 
     299         igrdi2(1,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2)-1 
     300         igrdj2(1,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2)-1 
     301         igrdi2(1,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2)-1 
     302         igrdj2(1,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2) 
     303         igrdi2(2,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2) 
     304         igrdj2(2,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2)-1 
     305         igrdi2(2,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2) 
     306         igrdj2(2,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2) 
    257307      END DO 
    258308 
    259       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, igrdi, igrdj, glamt, zglam ) 
    260       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, igrdi, igrdj, gphit, zgphi ) 
    261       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdi, igrdj, ptmask,zmask ) 
    262       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdi, igrdj, ptn,   zintt ) 
    263       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdi, igrdj, psn,   zints ) 
     309      ! Initialise depth arrays 
     310      zgdept(:,:,:,:) = 0.0 
     311      zgdepw(:,:,:,:) = 0.0 
     312 
     313      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, igrdi1, igrdj1, plam1, zglam1 ) 
     314      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, igrdi1, igrdj1, pphi1, zgphi1 ) 
     315      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi1, igrdj1, pmask1, zmask1 ) 
     316      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi1, igrdj1, pvar1,   zint1 ) 
     317       
     318      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, igrdi2, igrdj2, plam2, zglam2 ) 
     319      CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, igrdi2, igrdj2, pphi2, zgphi2 ) 
     320      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi2, igrdj2, pmask2, zmask2 ) 
     321      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi2, igrdj2, pvar2,   zint2 ) 
     322 
     323      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi1, igrdj1, pgdept, zgdept )  
     324      CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi1, igrdj1, pgdepw, zgdepw )  
    264325 
    265326      ! At the end of the day also get interpolated means 
    266       IF ( idayend == 0 ) THEN 
     327      IF ( ld_dailyav .AND. idayend == 0 ) THEN 
    267328 
    268329         ALLOCATE( & 
    269             & zinmt(2,2,kpk,ipro),  & 
    270             & zinms(2,2,kpk,ipro)   & 
     330            & zinm1(2,2,kpk,ipro),  & 
     331            & zinm2(2,2,kpk,ipro)   & 
    271332            & ) 
    272333 
    273          CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdi, igrdj, & 
    274             &                  prodatqc%vdmean(:,:,:,1), zinmt ) 
    275          CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdi, igrdj, & 
    276             &                  prodatqc%vdmean(:,:,:,2), zinms ) 
     334         CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi1, igrdj1, & 
     335            &                  prodatqc%vdmean(:,:,:,1), zinm1 ) 
     336         CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpi, kpj, kpk, igrdi2, igrdj2, & 
     337            &                  prodatqc%vdmean(:,:,:,2), zinm2 ) 
    277338 
    278339      ENDIF 
    279340 
     341      ! Return if no observations to process  
     342      ! Has to be done after comm commands to ensure processors  
     343      ! stay in sync  
     344      IF ( ipro == 0 ) RETURN  
     345 
    280346      DO jobs = prodatqc%nprofup + 1, prodatqc%nprofup + ipro 
    281347 
     
    283349 
    284350         IF ( kt /= prodatqc%mstp(jobs) ) THEN 
    285              
     351 
    286352            IF(lwp) THEN 
    287353               WRITE(numout,*) 
     
    298364            CALL ctl_stop( 'obs_pro_opt', 'Inconsistent time' ) 
    299365         ENDIF 
    300           
     366 
    301367         zlam = prodatqc%rlam(jobs) 
    302368         zphi = prodatqc%rphi(jobs) 
     369 
     370         ! Horizontal weights  
     371         ! Masked values are calculated later.   
     372         IF ( prodatqc%npvend(jobs,1) > 0 ) THEN 
     373 
     374            CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,     & 
     375               &                   zglam1(:,:,iobs), zgphi1(:,:,iobs), & 
     376               &                   zmask1(:,:,1,iobs), zweig1, zmsk_1 ) 
     377 
     378         ENDIF 
     379 
     380         IF ( prodatqc%npvend(jobs,2) > 0 ) THEN 
     381 
     382            CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,     & 
     383               &                   zglam2(:,:,iobs), zgphi2(:,:,iobs), & 
     384               &                   zmask2(:,:,1,iobs), zweig2, zmsk_2 ) 
     385  
     386         ENDIF 
     387 
     388         IF ( prodatqc%npvend(jobs,1) > 0 ) THEN 
     389 
     390            zobsk(:) = obfillflt 
     391 
     392            IF ( ANY (idailyavtypes(:) == prodatqc%ntyp(jobs)) ) THEN 
     393 
     394               IF ( idayend == 0 )  THEN 
     395                  ! Daily averaged data 
     396 
     397                  ! vertically interpolate all 4 corners  
     398                  ista = prodatqc%npvsta(jobs,1)  
     399                  iend = prodatqc%npvend(jobs,1)  
     400                  inum_obs = iend - ista + 1  
     401                  ALLOCATE(interp_corner(2,2,inum_obs),iv_indic(inum_obs))  
     402 
     403                  DO iin=1,2  
     404                     DO ijn=1,2  
     405 
     406                        IF ( k1dint == 1 ) THEN  
     407                           CALL obs_int_z1d_spl( kpk, &  
     408                              &     zinm1(iin,ijn,:,iobs), &  
     409                              &     zobs2k, zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     410                              &     zmask1(iin,ijn,:,iobs))  
     411                        ENDIF  
     412        
     413                        CALL obs_level_search(kpk, &  
     414                           &    zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     415                           &    inum_obs, prodatqc%var(1)%vdep(ista:iend), &  
     416                           &    iv_indic)  
     417 
     418                        CALL obs_int_z1d(kpk, iv_indic, k1dint, inum_obs, &  
     419                           &    prodatqc%var(1)%vdep(ista:iend), &  
     420                           &    zinm1(iin,ijn,:,iobs), &  
     421                           &    zobs2k, interp_corner(iin,ijn,:), &  
     422                           &    zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     423                           &    zmask1(iin,ijn,:,iobs))  
     424        
     425                     ENDDO  
     426                  ENDDO  
     427 
     428               ENDIF !idayend 
     429 
     430            ELSE    
     431 
     432               ! Point data  
     433      
     434               ! vertically interpolate all 4 corners  
     435               ista = prodatqc%npvsta(jobs,1)  
     436               iend = prodatqc%npvend(jobs,1)  
     437               inum_obs = iend - ista + 1  
     438               ALLOCATE(interp_corner(2,2,inum_obs), iv_indic(inum_obs))  
     439               DO iin=1,2   
     440                  DO ijn=1,2  
     441                     
     442                     IF ( k1dint == 1 ) THEN  
     443                        CALL obs_int_z1d_spl( kpk, &  
     444                           &    zint1(iin,ijn,:,iobs),&  
     445                           &    zobs2k, zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     446                           &    zmask1(iin,ijn,:,iobs))  
     447   
     448                     ENDIF  
     449        
     450                     CALL obs_level_search(kpk, &  
     451                         &        zgdept(iin,ijn,:,iobs),&  
     452                         &        inum_obs, prodatqc%var(1)%vdep(ista:iend), &  
     453                         &        iv_indic)  
     454 
     455                     CALL obs_int_z1d(kpk, iv_indic, k1dint, inum_obs,     &  
     456                         &          prodatqc%var(1)%vdep(ista:iend),     &  
     457                         &          zint1(iin,ijn,:,iobs),            &  
     458                         &          zobs2k,interp_corner(iin,ijn,:), &  
     459                         &          zgdept(iin,ijn,:,iobs),         &  
     460                         &          zmask1(iin,ijn,:,iobs) )       
    303461          
    304          ! Horizontal weights and vertical mask 
    305  
    306          IF ( ( prodatqc%npvend(jobs,1) > 0 ) .OR. & 
    307             & ( prodatqc%npvend(jobs,2) > 0 ) ) THEN 
    308  
    309             CALL obs_int_h2d_init( kpk, kpk, k2dint, zlam, zphi,     & 
    310                &                   zglam(:,:,iobs), zgphi(:,:,iobs), & 
    311                &                   zmask(:,:,:,iobs), zweig, zobsmask ) 
    312  
    313          ENDIF 
    314  
    315          IF ( prodatqc%npvend(jobs,1) > 0 ) THEN 
     462                  ENDDO  
     463               ENDDO  
     464              
     465            ENDIF  
     466 
     467            !-------------------------------------------------------------  
     468            ! Compute the horizontal interpolation for every profile level  
     469            !-------------------------------------------------------------  
     470              
     471            DO ikn=1,inum_obs  
     472               iend=ista+ikn-1 
     473                   
     474               zweig(:,:,1) = 0._wp  
     475    
     476               ! This code forces the horizontal weights to be   
     477               ! zero IF the observation is below the bottom of the   
     478               ! corners of the interpolation nodes, Or if it is in   
     479               ! the mask. This is important for observations near   
     480               ! steep bathymetry  
     481               DO iin=1,2  
     482                  DO ijn=1,2  
     483      
     484                     depth_loop1: DO ik=kpk,2,-1  
     485                        IF(zmask1(iin,ijn,ik-1,iobs ) > 0.9 )THEN    
     486                             
     487                           zweig(iin,ijn,1) = &   
     488                              & zweig1(iin,ijn,1) * &  
     489                              & MAX( SIGN(1._wp,(zgdepw(iin,ijn,ik,iobs) ) &  
     490                              &  - prodatqc%var(1)%vdep(iend)),0._wp)  
     491                             
     492                           EXIT depth_loop1  
     493 
     494                        ENDIF  
     495 
     496                     ENDDO depth_loop1  
     497      
     498                  ENDDO  
     499               ENDDO  
     500    
     501               CALL obs_int_h2d( 1, 1, zweig, interp_corner(:,:,ikn), &  
     502                  &              prodatqc%var(1)%vmod(iend:iend) )  
     503 
     504                  ! Set QC flag for any observations found below the bottom 
     505                  ! needed as the check here is more strict than that in obs_prep 
     506               IF (sum(zweig) == 0.0_wp) prodatqc%var(1)%nvqc(iend:iend)=4 
     507  
     508            ENDDO  
     509  
     510            DEALLOCATE(interp_corner,iv_indic)  
     511           
     512         ENDIF  
     513 
     514         ! For the second variable 
     515         IF ( prodatqc%npvend(jobs,2) > 0 ) THEN 
    316516 
    317517            zobsk(:) = obfillflt 
    318518 
    319        IF ( ANY (idailyavtypes(:) == prodatqc%ntyp(jobs)) ) THEN 
     519            IF ( ANY (idailyavtypes(:) == prodatqc%ntyp(jobs)) ) THEN 
    320520 
    321521               IF ( idayend == 0 )  THEN 
     522                  ! Daily averaged data 
     523 
     524                  ! vertically interpolate all 4 corners  
     525                  ista = prodatqc%npvsta(jobs,2)  
     526                  iend = prodatqc%npvend(jobs,2)  
     527                  inum_obs = iend - ista + 1  
     528                  ALLOCATE(interp_corner(2,2,inum_obs),iv_indic(inum_obs))  
     529 
     530                  DO iin=1,2  
     531                     DO ijn=1,2  
     532 
     533                        IF ( k1dint == 1 ) THEN  
     534                           CALL obs_int_z1d_spl( kpk, &  
     535                              &     zinm2(iin,ijn,:,iobs), &  
     536                              &     zobs2k, zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     537                              &     zmask2(iin,ijn,:,iobs))  
     538                        ENDIF  
     539        
     540                        CALL obs_level_search(kpk, &  
     541                           &    zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     542                           &    inum_obs, prodatqc%var(2)%vdep(ista:iend), &  
     543                           &    iv_indic)  
     544 
     545                        CALL obs_int_z1d(kpk, iv_indic, k1dint, inum_obs, &  
     546                           &    prodatqc%var(2)%vdep(ista:iend), &  
     547                           &    zinm2(iin,ijn,:,iobs), &  
     548                           &    zobs2k, interp_corner(iin,ijn,:), &  
     549                           &    zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     550                           &    zmask2(iin,ijn,:,iobs))  
     551        
     552                     ENDDO  
     553                  ENDDO  
     554 
     555               ENDIF !idayend 
     556 
     557            ELSE    
     558 
     559               ! Point data  
     560      
     561               ! vertically interpolate all 4 corners  
     562               ista = prodatqc%npvsta(jobs,2)  
     563               iend = prodatqc%npvend(jobs,2)  
     564               inum_obs = iend - ista + 1  
     565               ALLOCATE(interp_corner(2,2,inum_obs), iv_indic(inum_obs))  
     566               DO iin=1,2   
     567                  DO ijn=1,2  
     568                     
     569                     IF ( k1dint == 1 ) THEN  
     570                        CALL obs_int_z1d_spl( kpk, &  
     571                           &    zint2(iin,ijn,:,iobs),&  
     572                           &    zobs2k, zgdept(iin,ijn,:,iobs), &  
     573                           &    zmask2(iin,ijn,:,iobs))  
     574   
     575                     ENDIF  
     576        
     577                     CALL obs_level_search(kpk, &  
     578                         &        zgdept(iin,ijn,:,iobs),&  
     579                         &        inum_obs, prodatqc%var(2)%vdep(ista:iend), &  
     580                         &        iv_indic)  
     581 
     582                     CALL obs_int_z1d(kpk, iv_indic, k1dint, inum_obs,     &  
     583                         &          prodatqc%var(2)%vdep(ista:iend),     &  
     584                         &          zint2(iin,ijn,:,iobs),            &  
     585                         &          zobs2k,interp_corner(iin,ijn,:), &  
     586                         &          zgdept(iin,ijn,:,iobs),         &  
     587                         &          zmask2(iin,ijn,:,iobs) )       
     588          
     589                  ENDDO  
     590               ENDDO  
     591              
     592            ENDIF  
     593 
     594            !-------------------------------------------------------------  
     595            ! Compute the horizontal interpolation for every profile level  
     596            !-------------------------------------------------------------  
     597              
     598            DO ikn=1,inum_obs  
     599               iend=ista+ikn-1 
    322600                   
    323                   ! Daily averaged moored buoy (MRB) data 
    324                    
    325                   CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    326                      &              zweig, zinmt(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    327                    
    328                    
    329                ELSE 
    330                 
    331                   CALL ctl_stop( ' A nonzero' //     & 
    332                      &           ' number of profile T BUOY data should' // & 
    333                      &           ' only occur at the end of a given day' ) 
    334  
    335                ENDIF 
    336            
    337             ELSE  
    338                 
    339                ! Point data 
    340  
    341                CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    342                   &              zweig, zintt(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    343  
    344             ENDIF 
    345  
    346             !------------------------------------------------------------- 
    347             ! Compute vertical second-derivative of the interpolating  
    348             ! polynomial at obs points 
    349             !------------------------------------------------------------- 
    350              
    351             IF ( k1dint == 1 ) THEN 
    352                CALL obs_int_z1d_spl( kpk, zobsk, zobs2k,   & 
    353                   &                  pgdept, zobsmask ) 
    354             ENDIF 
    355              
    356             !----------------------------------------------------------------- 
    357             !  Vertical interpolation to the observation point 
    358             !----------------------------------------------------------------- 
    359             ista = prodatqc%npvsta(jobs,1) 
    360             iend = prodatqc%npvend(jobs,1) 
    361             CALL obs_int_z1d( kpk,                & 
    362                & prodatqc%var(1)%mvk(ista:iend),  & 
    363                & k1dint, iend - ista + 1,         & 
    364                & prodatqc%var(1)%vdep(ista:iend), & 
    365                & zobsk, zobs2k,                   & 
    366                & prodatqc%var(1)%vmod(ista:iend), & 
    367                & pgdept, zobsmask ) 
    368  
    369          ENDIF 
    370  
    371          IF ( prodatqc%npvend(jobs,2) > 0 ) THEN 
    372  
    373             zobsk(:) = obfillflt 
    374  
    375             IF ( ANY (idailyavtypes(:) == prodatqc%ntyp(jobs)) ) THEN 
    376  
    377                IF ( idayend == 0 )  THEN 
    378  
    379                   ! Daily averaged moored buoy (MRB) data 
    380                    
    381                   CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    382                      &              zweig, zinms(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    383                    
    384                ELSE 
    385  
    386                   CALL ctl_stop( ' A nonzero' //     & 
    387                      &           ' number of profile S BUOY data should' // & 
    388                      &           ' only occur at the end of a given day' ) 
    389  
    390                ENDIF 
    391  
    392             ELSE 
    393                 
    394                ! Point data 
    395  
    396                CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    397                   &              zweig, zints(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    398  
    399             ENDIF 
    400  
    401  
    402             !------------------------------------------------------------- 
    403             ! Compute vertical second-derivative of the interpolating  
    404             ! polynomial at obs points 
    405             !------------------------------------------------------------- 
    406              
    407             IF ( k1dint == 1 ) THEN 
    408                CALL obs_int_z1d_spl( kpk, zobsk, zobs2k, & 
    409                   &                  pgdept, zobsmask ) 
    410             ENDIF 
    411              
    412             !---------------------------------------------------------------- 
    413             !  Vertical interpolation to the observation point 
    414             !---------------------------------------------------------------- 
    415             ista = prodatqc%npvsta(jobs,2) 
    416             iend = prodatqc%npvend(jobs,2) 
    417             CALL obs_int_z1d( kpk, & 
    418                & prodatqc%var(2)%mvk(ista:iend),& 
    419                & k1dint, iend - ista + 1, & 
    420                & prodatqc%var(2)%vdep(ista:iend),& 
    421                & zobsk, zobs2k, & 
    422                & prodatqc%var(2)%vmod(ista:iend),& 
    423                & pgdept, zobsmask ) 
    424  
    425          ENDIF 
    426  
    427       END DO 
     601               zweig(:,:,1) = 0._wp  
     602    
     603               ! This code forces the horizontal weights to be   
     604               ! zero IF the observation is below the bottom of the   
     605               ! corners of the interpolation nodes, Or if it is in   
     606               ! the mask. This is important for observations near   
     607               ! steep bathymetry  
     608               DO iin=1,2  
     609                  DO ijn=1,2  
     610      
     611                     depth_loop2: DO ik=kpk,2,-1  
     612                        IF(zmask2(iin,ijn,ik-1,iobs ) > 0.9 )THEN    
     613                             
     614                           zweig(iin,ijn,1) = &   
     615                              & zweig2(iin,ijn,1) * &  
     616                              & MAX( SIGN(1._wp,(zgdepw(iin,ijn,ik,iobs) ) &  
     617                              &  - prodatqc%var(2)%vdep(iend)),0._wp)  
     618                             
     619                           EXIT depth_loop2  
     620 
     621                        ENDIF  
     622 
     623                     ENDDO depth_loop2  
     624      
     625                  ENDDO  
     626               ENDDO  
     627    
     628               CALL obs_int_h2d( 1, 1, zweig, interp_corner(:,:,ikn), &  
     629                  &              prodatqc%var(2)%vmod(iend:iend) )  
     630 
     631                  ! Set QC flag for any observations found below the bottom 
     632                  ! needed as the check here is more strict than that in obs_prep 
     633               IF (sum(zweig) == 0.0_wp) prodatqc%var(2)%nvqc(iend:iend)=4 
    428634  
     635            ENDDO  
     636  
     637            DEALLOCATE(interp_corner,iv_indic)  
     638           
     639         ENDIF  
     640 
     641      ENDDO 
     642 
    429643      ! Deallocate the data for interpolation 
    430644      DEALLOCATE( & 
    431          & igrdi, & 
    432          & igrdj, & 
    433          & zglam, & 
    434          & zgphi, & 
    435          & zmask, & 
    436          & zintt, & 
    437          & zints  & 
     645         & igrdi1, & 
     646         & igrdi2, & 
     647         & igrdj1, & 
     648         & igrdj2, & 
     649         & zglam1, & 
     650         & zglam2, & 
     651         & zgphi1, & 
     652         & zgphi2, & 
     653         & zmask1, & 
     654         & zmask2, & 
     655         & zint1,  & 
     656         & zint2,  & 
     657         & zgdept, & 
     658         & zgdepw  & 
    438659         & ) 
     660 
    439661      ! At the end of the day also get interpolated means 
    440       IF ( idayend == 0 ) THEN 
     662      IF ( ld_dailyav .AND. idayend == 0 ) THEN 
    441663         DEALLOCATE( & 
    442             & zinmt,  & 
    443             & zinms   & 
     664            & zinm1,  & 
     665            & zinm2   & 
    444666            & ) 
    445667      ENDIF 
    446668 
    447669      prodatqc%nprofup = prodatqc%nprofup + ipro  
    448        
    449    END SUBROUTINE obs_pro_opt 
    450  
    451    SUBROUTINE obs_sla_opt( sladatqc, kt, kpi, kpj, kit000, & 
    452       &                    psshn, psshmask, k2dint ) 
     670 
     671   END SUBROUTINE obs_prof_opt 
     672 
     673   SUBROUTINE obs_surf_opt( surfdataqc, kt, kpi, kpj,            & 
     674      &                     kit000, kdaystp, psurf, psurfmask,   & 
     675      &                     k2dint, ldnightav, plamscl, pphiscl, & 
     676      &                     lindegrees ) 
     677 
    453678      !!----------------------------------------------------------------------- 
    454679      !! 
    455       !!                     ***  ROUTINE obs_sla_opt  *** 
    456       !! 
    457       !! ** Purpose : Compute the model counterpart of sea level anomaly 
     680      !!                     ***  ROUTINE obs_surf_opt  *** 
     681      !! 
     682      !! ** Purpose : Compute the model counterpart of surface 
    458683      !!              data by interpolating from the model grid to the  
    459684      !!              observation point. 
     
    462687      !!              the model values at the corners of the surrounding grid box. 
    463688      !! 
    464       !!    The now model SSH is first computed at the obs (lon, lat) point. 
     689      !!    The new model value is first computed at the obs (lon, lat) point. 
    465690      !! 
    466691      !!    Several horizontal interpolation schemes are available: 
     
    470695      !!        - bilinear (quadrilateral grid)    (k2dint = 3) 
    471696      !!        - polynomial (quadrilateral grid)  (k2dint = 4) 
    472       !!   
    473       !!    The sea level anomaly at the observation points is then computed  
    474       !!    by removing a mean dynamic topography (defined at the obs. point). 
     697      !! 
     698      !!    Two horizontal averaging schemes are also available: 
     699      !!        - weighted radial footprint        (k2dint = 5) 
     700      !!        - weighted rectangular footprint   (k2dint = 6) 
     701      !! 
    475702      !! 
    476703      !! ** Action  : 
     
    478705      !! History : 
    479706      !!      ! 07-03 (A. Weaver) 
     707      !!      ! 15-02 (M. Martin) Combined routine for surface types 
     708      !!      ! 17-03 (M. Martin) Added horizontal averaging options 
    480709      !!----------------------------------------------------------------------- 
    481    
     710 
    482711      !! * Modules used 
    483712      USE obs_surf_def  ! Definition of storage space for surface observations 
     
    486715 
    487716      !! * Arguments 
    488       TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: sladatqc     ! Subset of surface data not failing screening 
    489       INTEGER, INTENT(IN) :: kt      ! Time step 
    490       INTEGER, INTENT(IN) :: kpi     ! Model grid parameters 
     717      TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: & 
     718         & surfdataqc                  ! Subset of surface data passing QC 
     719      INTEGER, INTENT(IN) :: kt        ! Time step 
     720      INTEGER, INTENT(IN) :: kpi       ! Model grid parameters 
    491721      INTEGER, INTENT(IN) :: kpj 
    492       INTEGER, INTENT(IN) :: kit000   ! Number of the first time step  
    493                                       !   (kit000-1 = restart time) 
    494       INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint   ! Horizontal interpolation type (see header) 
    495       REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj) :: & 
    496          & psshn,  &    ! Model SSH field 
    497          & psshmask     ! Land-sea mask 
    498           
     722      INTEGER, INTENT(IN) :: kit000    ! Number of the first time step  
     723                                       !   (kit000-1 = restart time) 
     724      INTEGER, INTENT(IN) :: kdaystp   ! Number of time steps per day 
     725      INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint    ! Horizontal interpolation type (see header) 
     726      REAL(wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj) :: & 
     727         & psurf,  &                   ! Model surface field 
     728         & psurfmask                   ! Land-sea mask 
     729      LOGICAL, INTENT(IN) :: ldnightav ! Logical for averaging night-time data 
     730      REAL(KIND=wp), INTENT(IN) :: & 
     731         & plamscl, &                  ! Diameter in metres of obs footprint in E/W, N/S directions 
     732         & pphiscl                     ! This is the full width (rather than half-width) 
     733      LOGICAL, INTENT(IN) :: & 
     734         & lindegrees                  ! T=> plamscl and pphiscl are specified in degrees, F=> in metres 
     735 
    499736      !! * Local declarations 
    500737      INTEGER :: ji 
     
    502739      INTEGER :: jobs 
    503740      INTEGER :: inrc 
    504       INTEGER :: isla 
     741      INTEGER :: isurf 
    505742      INTEGER :: iobs 
    506       REAL(KIND=wp) :: zlam 
    507       REAL(KIND=wp) :: zphi 
    508       REAL(KIND=wp) :: zext(1), zobsmask(1) 
    509       REAL(kind=wp), DIMENSION(2,2,1) :: & 
    510          & zweig 
     743      INTEGER :: imaxifp, imaxjfp 
     744      INTEGER :: imodi, imodj 
     745      INTEGER :: idayend 
     746      INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
     747         & igrdi,   & 
     748         & igrdj,   & 
     749         & igrdip1, & 
     750         & igrdjp1 
     751      INTEGER, DIMENSION(:,:), SAVE, ALLOCATABLE :: & 
     752         & icount_night,      & 
     753         & imask_night 
     754      REAL(wp) :: zlam 
     755      REAL(wp) :: zphi 
     756      REAL(wp), DIMENSION(1) :: zext, zobsmask 
     757      REAL(wp) :: zdaystp 
    511758      REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    512          & zmask, & 
    513          & zsshl, & 
    514          & zglam, & 
    515          & zgphi 
    516       INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    517          & igrdi, & 
    518          & igrdj 
     759         & zweig,  & 
     760         & zmask,  & 
     761         & zsurf,  & 
     762         & zsurfm, & 
     763         & zsurftmp, & 
     764         & zglam,  & 
     765         & zgphi,  & 
     766         & zglamf, & 
     767         & zgphif 
     768 
     769      REAL(wp), DIMENSION(:,:), SAVE, ALLOCATABLE :: & 
     770         & zintmp,  & 
     771         & zouttmp, & 
     772         & zmeanday    ! to compute model sst in region of 24h daylight (pole) 
    519773 
    520774      !------------------------------------------------------------------------ 
    521775      ! Local initialization  
    522776      !------------------------------------------------------------------------ 
    523       ! ... Record and data counters 
     777      ! Record and data counters 
    524778      inrc = kt - kit000 + 2 
    525       isla = sladatqc%nsstp(inrc) 
     779      isurf = surfdataqc%nsstp(inrc) 
     780 
     781      ! Work out the maximum footprint size for the  
     782      ! interpolation/averaging in model grid-points - has to be even. 
     783 
     784      CALL obs_max_fpsize( k2dint, plamscl, pphiscl, lindegrees, psurfmask, imaxifp, imaxjfp ) 
     785 
     786 
     787      IF ( ldnightav ) THEN 
     788 
     789      ! Initialize array for night mean 
     790         IF ( kt == 0 ) THEN 
     791            ALLOCATE ( icount_night(kpi,kpj) ) 
     792            ALLOCATE ( imask_night(kpi,kpj) ) 
     793            ALLOCATE ( zintmp(kpi,kpj) ) 
     794            ALLOCATE ( zouttmp(kpi,kpj) ) 
     795            ALLOCATE ( zmeanday(kpi,kpj) ) 
     796            nday_qsr = -1   ! initialisation flag for nbc_dcy 
     797         ENDIF 
     798 
     799         ! Night-time means are calculated for night-time values over timesteps: 
     800         !  [1 <= kt <= kdaystp], [kdaystp+1 <= kt <= 2*kdaystp], ..... 
     801         idayend = MOD( kt - kit000 + 1, kdaystp ) 
     802 
     803         ! Initialize night-time mean for first timestep of the day 
     804         IF ( idayend == 1 .OR. kt == 0 ) THEN 
     805            DO jj = 1, jpj 
     806               DO ji = 1, jpi 
     807                  surfdataqc%vdmean(ji,jj) = 0.0 
     808                  zmeanday(ji,jj) = 0.0 
     809                  icount_night(ji,jj) = 0 
     810               END DO 
     811            END DO 
     812         ENDIF 
     813 
     814         zintmp(:,:) = 0.0 
     815         zouttmp(:,:) = sbc_dcy( zintmp(:,:), .TRUE. ) 
     816         imask_night(:,:) = INT( zouttmp(:,:) ) 
     817 
     818         DO jj = 1, jpj 
     819            DO ji = 1, jpi 
     820               ! Increment the temperature field for computing night mean and counter 
     821               surfdataqc%vdmean(ji,jj) = surfdataqc%vdmean(ji,jj)  & 
     822                      &                    + psurf(ji,jj) * REAL( imask_night(ji,jj) ) 
     823               zmeanday(ji,jj)          = zmeanday(ji,jj) + psurf(ji,jj) 
     824               icount_night(ji,jj)      = icount_night(ji,jj) + imask_night(ji,jj) 
     825            END DO 
     826         END DO 
     827 
     828         ! Compute the night-time mean at the end of the day 
     829         zdaystp = 1.0 / REAL( kdaystp ) 
     830         IF ( idayend == 0 ) THEN 
     831            IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Calculating surfdataqc%vdmean on time-step: ',kt 
     832            DO jj = 1, jpj 
     833               DO ji = 1, jpi 
     834                  ! Test if "no night" point 
     835                  IF ( icount_night(ji,jj) > 0 ) THEN 
     836                     surfdataqc%vdmean(ji,jj) = surfdataqc%vdmean(ji,jj) & 
     837                       &                        / REAL( icount_night(ji,jj) ) 
     838                  ELSE 
     839                     !At locations where there is no night (e.g. poles), 
     840                     ! calculate daily mean instead of night-time mean. 
     841                     surfdataqc%vdmean(ji,jj) = zmeanday(ji,jj) * zdaystp 
     842                  ENDIF 
     843               END DO 
     844            END DO 
     845         ENDIF 
     846 
     847      ENDIF 
    526848 
    527849      ! Get the data for interpolation 
    528850 
    529851      ALLOCATE( & 
    530          & igrdi(2,2,isla), & 
    531          & igrdj(2,2,isla), & 
    532          & zglam(2,2,isla), & 
    533          & zgphi(2,2,isla), & 
    534          & zmask(2,2,isla), & 
    535          & zsshl(2,2,isla)  & 
     852         & zweig(imaxifp,imaxjfp,1),      & 
     853         & igrdi(imaxifp,imaxjfp,isurf), & 
     854         & igrdj(imaxifp,imaxjfp,isurf), & 
     855         & zglam(imaxifp,imaxjfp,isurf), & 
     856         & zgphi(imaxifp,imaxjfp,isurf), & 
     857         & zmask(imaxifp,imaxjfp,isurf), & 
     858         & zsurf(imaxifp,imaxjfp,isurf), & 
     859         & zsurftmp(imaxifp,imaxjfp,isurf),  & 
     860         & zglamf(imaxifp+1,imaxjfp+1,isurf), & 
     861         & zgphif(imaxifp+1,imaxjfp+1,isurf), & 
     862         & igrdip1(imaxifp+1,imaxjfp+1,isurf), & 
     863         & igrdjp1(imaxifp+1,imaxjfp+1,isurf) & 
    536864         & ) 
    537        
    538       DO jobs = sladatqc%nsurfup + 1, sladatqc%nsurfup + isla 
    539          iobs = jobs - sladatqc%nsurfup 
    540          igrdi(1,1,iobs) = sladatqc%mi(jobs)-1 
    541          igrdj(1,1,iobs) = sladatqc%mj(jobs)-1 
    542          igrdi(1,2,iobs) = sladatqc%mi(jobs)-1 
    543          igrdj(1,2,iobs) = sladatqc%mj(jobs) 
    544          igrdi(2,1,iobs) = sladatqc%mi(jobs) 
    545          igrdj(2,1,iobs) = sladatqc%mj(jobs)-1 
    546          igrdi(2,2,iobs) = sladatqc%mi(jobs) 
    547          igrdj(2,2,iobs) = sladatqc%mj(jobs) 
     865 
     866      DO jobs = surfdataqc%nsurfup + 1, surfdataqc%nsurfup + isurf 
     867         iobs = jobs - surfdataqc%nsurfup 
     868         DO ji = 0, imaxifp 
     869            imodi = surfdataqc%mi(jobs) - int(imaxifp/2) + ji - 1 
     870             
     871            !Deal with wrap around in longitude 
     872            IF ( imodi < 1      ) imodi = imodi + jpiglo 
     873            IF ( imodi > jpiglo ) imodi = imodi - jpiglo 
     874             
     875            DO jj = 0, imaxjfp 
     876               imodj = surfdataqc%mj(jobs) - int(imaxjfp/2) + jj - 1 
     877               !If model values are out of the domain to the north/south then 
     878               !set them to be the edge of the domain 
     879               IF ( imodj < 1      ) imodj = 1 
     880               IF ( imodj > jpjglo ) imodj = jpjglo 
     881 
     882               igrdip1(ji+1,jj+1,iobs) = imodi 
     883               igrdjp1(ji+1,jj+1,iobs) = imodj 
     884                
     885               IF ( ji >= 1 .AND. jj >= 1 ) THEN 
     886                  igrdi(ji,jj,iobs) = imodi 
     887                  igrdj(ji,jj,iobs) = imodj 
     888               ENDIF 
     889                
     890            END DO 
     891         END DO 
    548892      END DO 
    549893 
    550       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isla, & 
     894      CALL obs_int_comm_2d( imaxifp, imaxjfp, isurf, kpi, kpj, & 
    551895         &                  igrdi, igrdj, glamt, zglam ) 
    552       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isla, & 
     896      CALL obs_int_comm_2d( imaxifp, imaxjfp, isurf, kpi, kpj, & 
    553897         &                  igrdi, igrdj, gphit, zgphi ) 
    554       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isla, & 
    555          &                  igrdi, igrdj, psshmask, zmask ) 
    556       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isla, & 
    557          &                  igrdi, igrdj, psshn, zsshl ) 
     898      CALL obs_int_comm_2d( imaxifp, imaxjfp, isurf, kpi, kpj, & 
     899         &                  igrdi, igrdj, psurfmask, zmask ) 
     900      CALL obs_int_comm_2d( imaxifp, imaxjfp, isurf, kpi, kpj, & 
     901         &                  igrdi, igrdj, psurf, zsurf ) 
     902      CALL obs_int_comm_2d( imaxifp+1, imaxjfp+1, isurf, kpi, kpj, & 
     903         &                  igrdip1, igrdjp1, glamf, zglamf ) 
     904      CALL obs_int_comm_2d( imaxifp+1, imaxjfp+1, isurf, kpi, kpj, & 
     905         &                  igrdip1, igrdjp1, gphif, zgphif ) 
     906 
     907      ! At the end of the day get interpolated means 
     908      IF ( idayend == 0 .AND. ldnightav ) THEN 
     909 
     910         ALLOCATE( & 
     911            & zsurfm(imaxifp,imaxjfp,isurf)  & 
     912            & ) 
     913 
     914         CALL obs_int_comm_2d( imaxifp,imaxjfp, isurf, kpi, kpj, igrdi, igrdj, & 
     915            &               surfdataqc%vdmean(:,:), zsurfm ) 
     916 
     917      ENDIF 
    558918 
    559919      ! Loop over observations 
    560  
    561       DO jobs = sladatqc%nsurfup + 1, sladatqc%nsurfup + isla 
    562  
    563          iobs = jobs - sladatqc%nsurfup 
    564  
    565          IF ( kt /= sladatqc%mstp(jobs) ) THEN 
    566              
     920      DO jobs = surfdataqc%nsurfup + 1, surfdataqc%nsurfup + isurf 
     921 
     922         iobs = jobs - surfdataqc%nsurfup 
     923 
     924         IF ( kt /= surfdataqc%mstp(jobs) ) THEN 
     925 
    567926            IF(lwp) THEN 
    568927               WRITE(numout,*) 
     
    574933               WRITE(numout,*) ' Record  = ', jobs,                & 
    575934                  &            ' kt      = ', kt,                  & 
    576                   &            ' mstp    = ', sladatqc%mstp(jobs), & 
    577                   &            ' ntyp    = ', sladatqc%ntyp(jobs) 
     935                  &            ' mstp    = ', surfdataqc%mstp(jobs), & 
     936                  &            ' ntyp    = ', surfdataqc%ntyp(jobs) 
    578937            ENDIF 
    579             CALL ctl_stop( 'obs_sla_opt', 'Inconsistent time' ) 
    580              
    581          ENDIF 
    582           
    583          zlam = sladatqc%rlam(jobs) 
    584          zphi = sladatqc%rphi(jobs) 
    585  
    586          ! Get weights to interpolate the model SSH to the observation point 
    587          CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,         & 
    588             &                   zglam(:,:,iobs), zgphi(:,:,iobs), & 
    589             &                   zmask(:,:,iobs), zweig, zobsmask ) 
    590           
    591  
    592          ! Interpolate the model SSH to the observation point 
    593          CALL obs_int_h2d( 1, 1,      & 
    594             &              zweig, zsshl(:,:,iobs),  zext ) 
    595           
    596          sladatqc%rext(jobs,1) = zext(1) 
    597          ! ... Remove the MDT at the observation point 
    598          sladatqc%rmod(jobs,1) = sladatqc%rext(jobs,1) - sladatqc%rext(jobs,2) 
     938            CALL ctl_stop( 'obs_surf_opt', 'Inconsistent time' ) 
     939 
     940         ENDIF 
     941 
     942         zlam = surfdataqc%rlam(jobs) 
     943         zphi = surfdataqc%rphi(jobs) 
     944 
     945         IF ( ldnightav .AND. idayend == 0 ) THEN 
     946            ! Night-time averaged data 
     947            zsurftmp(:,:,iobs) = zsurfm(:,:,iobs) 
     948         ELSE 
     949            zsurftmp(:,:,iobs) = zsurf(:,:,iobs) 
     950         ENDIF 
     951 
     952         IF ( k2dint <= 4 ) THEN 
     953 
     954            ! Get weights to interpolate the model value to the observation point 
     955            CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,         & 
     956               &                   zglam(:,:,iobs), zgphi(:,:,iobs), & 
     957               &                   zmask(:,:,iobs), zweig, zobsmask ) 
     958 
     959            ! Interpolate the model value to the observation point  
     960            CALL obs_int_h2d( 1, 1, zweig, zsurftmp(:,:,iobs), zext ) 
     961 
     962         ELSE 
     963 
     964            ! Get weights to average the model SLA to the observation footprint 
     965            CALL obs_avg_h2d_init( 1, 1, imaxifp, imaxjfp, k2dint, zlam,  zphi, & 
     966               &                   zglam(:,:,iobs), zgphi(:,:,iobs), & 
     967               &                   zglamf(:,:,iobs), zgphif(:,:,iobs), & 
     968               &                   zmask(:,:,iobs), plamscl, pphiscl, & 
     969               &                   lindegrees, zweig, zobsmask ) 
     970 
     971            ! Average the model SST to the observation footprint 
     972            CALL obs_avg_h2d( 1, 1, imaxifp, imaxjfp, & 
     973               &              zweig, zsurftmp(:,:,iobs),  zext ) 
     974 
     975         ENDIF 
     976 
     977         IF ( TRIM(surfdataqc%cvars(1)) == 'SLA' .AND. surfdataqc%nextra == 2 ) THEN 
     978            ! ... Remove the MDT from the SSH at the observation point to get the SLA 
     979            surfdataqc%rext(jobs,1) = zext(1) 
     980            surfdataqc%rmod(jobs,1) = surfdataqc%rext(jobs,1) - surfdataqc%rext(jobs,2) 
     981         ELSE 
     982            surfdataqc%rmod(jobs,1) = zext(1) 
     983         ENDIF 
    599984 
    600985      END DO 
     
    602987      ! Deallocate the data for interpolation 
    603988      DEALLOCATE( & 
     989         & zweig, & 
    604990         & igrdi, & 
    605991         & igrdj, & 
     
    607993         & zgphi, & 
    608994         & zmask, & 
    609          & zsshl  & 
     995         & zsurf, & 
     996         & zsurftmp, & 
     997         & zglamf, & 
     998         & zgphif, & 
     999         & igrdip1,& 
     1000         & igrdjp1 & 
    6101001         & ) 
    6111002 
    612       sladatqc%nsurfup = sladatqc%nsurfup + isla 
    613  
    614    END SUBROUTINE obs_sla_opt 
    615  
    616    SUBROUTINE obs_sst_opt( sstdatqc, kt, kpi, kpj, kit000, kdaystp, & 
    617       &                    psstn, psstmask, k2dint, ld_nightav ) 
    618       !!----------------------------------------------------------------------- 
    619       !! 
    620       !!                     ***  ROUTINE obs_sst_opt  *** 
    621       !! 
    622       !! ** Purpose : Compute the model counterpart of surface temperature 
    623       !!              data by interpolating from the model grid to the  
    624       !!              observation point. 
    625       !! 
    626       !! ** Method  : Linearly interpolate to each observation point using  
    627       !!              the model values at the corners of the surrounding grid box. 
    628       !! 
    629       !!    The now model SST is first computed at the obs (lon, lat) point. 
    630       !! 
    631       !!    Several horizontal interpolation schemes are available: 
    632       !!        - distance-weighted (great circle) (k2dint = 0) 
    633       !!        - distance-weighted (small angle)  (k2dint = 1) 
    634       !!        - bilinear (geographical grid)     (k2dint = 2) 
    635       !!        - bilinear (quadrilateral grid)    (k2dint = 3) 
    636       !!        - polynomial (quadrilateral grid)  (k2dint = 4) 
    637       !! 
    638       !! 
    639       !! ** Action  : 
    640       !! 
    641       !! History : 
    642       !!        !  07-07  (S. Ricci ) : Original 
    643       !!       
    644       !!----------------------------------------------------------------------- 
    645  
    646       !! * Modules used 
    647       USE obs_surf_def  ! Definition of storage space for surface observations 
    648       USE sbcdcy 
    649  
    650       IMPLICIT NONE 
    651  
    652       !! * Arguments 
    653       TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: & 
    654          & sstdatqc     ! Subset of surface data not failing screening 
    655       INTEGER, INTENT(IN) :: kt        ! Time step 
    656       INTEGER, INTENT(IN) :: kpi       ! Model grid parameters 
    657       INTEGER, INTENT(IN) :: kpj 
    658       INTEGER, INTENT(IN) :: kit000    ! Number of the first time step  
    659                                        !   (kit000-1 = restart time) 
    660       INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint    ! Horizontal interpolation type (see header) 
    661       INTEGER, INTENT(IN) :: kdaystp   ! Number of time steps per day   
    662       REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj) :: & 
    663          & psstn,  &    ! Model SST field 
    664          & psstmask     ! Land-sea mask 
    665  
    666       !! * Local declarations 
    667       INTEGER :: ji 
    668       INTEGER :: jj 
    669       INTEGER :: jobs 
    670       INTEGER :: inrc 
    671       INTEGER :: isst 
    672       INTEGER :: iobs 
    673       INTEGER :: idayend 
    674       REAL(KIND=wp) :: zlam 
    675       REAL(KIND=wp) :: zphi 
    676       REAL(KIND=wp) :: zext(1), zobsmask(1) 
    677       REAL(KIND=wp) :: zdaystp 
    678       INTEGER, DIMENSION(:,:), SAVE, ALLOCATABLE :: & 
    679          & icount_sstnight,      & 
    680          & imask_night 
    681       REAL(kind=wp), DIMENSION(:,:), SAVE, ALLOCATABLE :: & 
    682          & zintmp, & 
    683          & zouttmp, &  
    684          & zmeanday    ! to compute model sst in region of 24h daylight (pole) 
    685       REAL(kind=wp), DIMENSION(2,2,1) :: & 
    686          & zweig 
    687       REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    688          & zmask, & 
    689          & zsstl, & 
    690          & zsstm, & 
    691          & zglam, & 
    692          & zgphi 
    693       INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    694          & igrdi, & 
    695          & igrdj 
    696       LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_nightav 
    697  
    698       !----------------------------------------------------------------------- 
    699       ! Local initialization  
    700       !----------------------------------------------------------------------- 
    701       ! ... Record and data counters 
    702       inrc = kt - kit000 + 2 
    703       isst = sstdatqc%nsstp(inrc) 
    704  
    705       IF ( ld_nightav ) THEN 
    706  
    707       ! Initialize array for night mean 
    708  
    709       IF ( kt .EQ. 0 ) THEN 
    710          ALLOCATE ( icount_sstnight(kpi,kpj) ) 
    711          ALLOCATE ( imask_night(kpi,kpj) ) 
    712          ALLOCATE ( zintmp(kpi,kpj) ) 
    713          ALLOCATE ( zouttmp(kpi,kpj) ) 
    714          ALLOCATE ( zmeanday(kpi,kpj) ) 
    715          nday_qsr = -1   ! initialisation flag for nbc_dcy 
    716       ENDIF 
    717  
    718       ! Initialize daily mean for first timestep 
    719       idayend = MOD( kt - kit000 + 1, kdaystp ) 
    720  
    721       ! Added kt == 0 test to catch restart case  
    722       IF ( idayend == 1 .OR. kt == 0) THEN 
    723          IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Reset sstdatqc%vdmean on time-step: ',kt 
    724          DO jj = 1, jpj 
    725             DO ji = 1, jpi 
    726                sstdatqc%vdmean(ji,jj) = 0.0 
    727                zmeanday(ji,jj) = 0.0 
    728                icount_sstnight(ji,jj) = 0 
    729             END DO 
    730          END DO 
    731       ENDIF 
    732  
    733       zintmp(:,:) = 0.0 
    734       zouttmp(:,:) = sbc_dcy( zintmp(:,:), .TRUE. ) 
    735       imask_night(:,:) = INT( zouttmp(:,:) ) 
    736  
    737       DO jj = 1, jpj 
    738          DO ji = 1, jpi 
    739             ! Increment the temperature field for computing night mean and counter 
    740             sstdatqc%vdmean(ji,jj) = sstdatqc%vdmean(ji,jj)  & 
    741                    &                        + psstn(ji,jj)*imask_night(ji,jj) 
    742             zmeanday(ji,jj)        = zmeanday(ji,jj) + psstn(ji,jj) 
    743             icount_sstnight(ji,jj) = icount_sstnight(ji,jj) + imask_night(ji,jj) 
    744          END DO 
    745       END DO 
    746     
    747       ! Compute the daily mean at the end of day 
    748  
    749       zdaystp = 1.0 / REAL( kdaystp ) 
    750  
    751       IF ( idayend == 0 ) THEN  
    752          DO jj = 1, jpj 
    753             DO ji = 1, jpi 
    754                ! Test if "no night" point 
    755                IF ( icount_sstnight(ji,jj) .NE. 0 ) THEN 
    756                   sstdatqc%vdmean(ji,jj) = sstdatqc%vdmean(ji,jj) & 
    757                     &                        / icount_sstnight(ji,jj)  
    758                ELSE 
    759                   sstdatqc%vdmean(ji,jj) = zmeanday(ji,jj) * zdaystp 
    760                ENDIF 
    761             END DO 
    762          END DO 
    763       ENDIF 
    764  
    765       ENDIF 
    766  
    767       ! Get the data for interpolation 
    768        
    769       ALLOCATE( & 
    770          & igrdi(2,2,isst), & 
    771          & igrdj(2,2,isst), & 
    772          & zglam(2,2,isst), & 
    773          & zgphi(2,2,isst), & 
    774          & zmask(2,2,isst), & 
    775          & zsstl(2,2,isst)  & 
    776          & ) 
    777        
    778       DO jobs = sstdatqc%nsurfup + 1, sstdatqc%nsurfup + isst 
    779          iobs = jobs - sstdatqc%nsurfup 
    780          igrdi(1,1,iobs) = sstdatqc%mi(jobs)-1 
    781          igrdj(1,1,iobs) = sstdatqc%mj(jobs)-1 
    782          igrdi(1,2,iobs) = sstdatqc%mi(jobs)-1 
    783          igrdj(1,2,iobs) = sstdatqc%mj(jobs) 
    784          igrdi(2,1,iobs) = sstdatqc%mi(jobs) 
    785          igrdj(2,1,iobs) = sstdatqc%mj(jobs)-1 
    786          igrdi(2,2,iobs) = sstdatqc%mi(jobs) 
    787          igrdj(2,2,iobs) = sstdatqc%mj(jobs) 
    788       END DO 
    789        
    790       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isst, & 
    791          &                  igrdi, igrdj, glamt, zglam ) 
    792       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isst, & 
    793          &                  igrdi, igrdj, gphit, zgphi ) 
    794       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isst, & 
    795          &                  igrdi, igrdj, psstmask, zmask ) 
    796       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isst, & 
    797          &                  igrdi, igrdj, psstn, zsstl ) 
    798  
    799       ! At the end of the day get interpolated means 
    800       IF ( idayend == 0 .AND. ld_nightav ) THEN 
    801  
    802          ALLOCATE( & 
    803             & zsstm(2,2,isst)  & 
    804             & ) 
    805  
    806          CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, isst, igrdi, igrdj, & 
    807             &               sstdatqc%vdmean(:,:), zsstm ) 
    808  
    809       ENDIF 
    810  
    811       ! Loop over observations 
    812  
    813       DO jobs = sstdatqc%nsurfup + 1, sstdatqc%nsurfup + isst 
    814           
    815          iobs = jobs - sstdatqc%nsurfup 
    816           
    817          IF ( kt /= sstdatqc%mstp(jobs) ) THEN 
    818              
    819             IF(lwp) THEN 
    820                WRITE(numout,*) 
    821                WRITE(numout,*) ' E R R O R : Observation',              & 
    822                   &            ' time step is not consistent with the', & 
    823                   &            ' model time step' 
    824                WRITE(numout,*) ' =========' 
    825                WRITE(numout,*) 
    826                WRITE(numout,*) ' Record  = ', jobs,                & 
    827                   &            ' kt      = ', kt,                  & 
    828                   &            ' mstp    = ', sstdatqc%mstp(jobs), & 
    829                   &            ' ntyp    = ', sstdatqc%ntyp(jobs) 
    830             ENDIF 
    831             CALL ctl_stop( 'obs_sst_opt', 'Inconsistent time' ) 
    832              
    833          ENDIF 
    834           
    835          zlam = sstdatqc%rlam(jobs) 
    836          zphi = sstdatqc%rphi(jobs) 
    837           
    838          ! Get weights to interpolate the model SST to the observation point 
    839          CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,         & 
    840             &                   zglam(:,:,iobs), zgphi(:,:,iobs), & 
    841             &                   zmask(:,:,iobs), zweig, zobsmask ) 
    842              
    843          ! Interpolate the model SST to the observation point  
    844  
    845          IF ( ld_nightav ) THEN 
    846  
    847            IF ( idayend == 0 )  THEN 
    848                ! Daily averaged/diurnal cycle of SST  data 
    849                CALL obs_int_h2d( 1, 1,      &  
    850                      &              zweig, zsstm(:,:,iobs), zext ) 
    851             ELSE  
    852                CALL ctl_stop( ' ld_nightav is set to true: a nonzero' //     & 
    853                      &           ' number of night SST data should' // & 
    854                      &           ' only occur at the end of a given day' ) 
    855             ENDIF 
    856  
    857          ELSE 
    858  
    859             CALL obs_int_h2d( 1, 1,      & 
    860             &              zweig, zsstl(:,:,iobs),  zext ) 
    861  
    862          ENDIF 
    863          sstdatqc%rmod(jobs,1) = zext(1) 
    864           
    865       END DO 
    866        
    867       ! Deallocate the data for interpolation 
    868       DEALLOCATE( & 
    869          & igrdi, & 
    870          & igrdj, & 
    871          & zglam, & 
    872          & zgphi, & 
    873          & zmask, & 
    874          & zsstl  & 
    875          & ) 
    876  
    877       ! At the end of the day also get interpolated means 
    878       IF ( idayend == 0 .AND. ld_nightav ) THEN 
     1003      ! At the end of the day also deallocate night-time mean array 
     1004      IF ( idayend == 0 .AND. ldnightav ) THEN 
    8791005         DEALLOCATE( & 
    880             & zsstm  & 
     1006            & zsurfm  & 
    8811007            & ) 
    8821008      ENDIF 
    883        
    884       sstdatqc%nsurfup = sstdatqc%nsurfup + isst 
    885  
    886    END SUBROUTINE obs_sst_opt 
    887  
    888    SUBROUTINE obs_sss_opt 
    889       !!----------------------------------------------------------------------- 
    890       !! 
    891       !!                     ***  ROUTINE obs_sss_opt  *** 
    892       !! 
    893       !! ** Purpose : Compute the model counterpart of sea surface salinity 
    894       !!              data by interpolating from the model grid to the  
    895       !!              observation point. 
    896       !! 
    897       !! ** Method  :  
    898       !! 
    899       !! ** Action  : 
    900       !! 
    901       !! History : 
    902       !!      ! ??-??  
    903       !!----------------------------------------------------------------------- 
    904  
    905       IMPLICIT NONE 
    906  
    907    END SUBROUTINE obs_sss_opt 
    908  
    909    SUBROUTINE obs_seaice_opt( seaicedatqc, kt, kpi, kpj, kit000, & 
    910       &                    pseaicen, pseaicemask, k2dint ) 
    911  
    912       !!----------------------------------------------------------------------- 
    913       !! 
    914       !!                     ***  ROUTINE obs_seaice_opt  *** 
    915       !! 
    916       !! ** Purpose : Compute the model counterpart of surface temperature 
    917       !!              data by interpolating from the model grid to the  
    918       !!              observation point. 
    919       !! 
    920       !! ** Method  : Linearly interpolate to each observation point using  
    921       !!              the model values at the corners of the surrounding grid box. 
    922       !! 
    923       !!    The now model sea ice is first computed at the obs (lon, lat) point. 
    924       !! 
    925       !!    Several horizontal interpolation schemes are available: 
    926       !!        - distance-weighted (great circle) (k2dint = 0) 
    927       !!        - distance-weighted (small angle)  (k2dint = 1) 
    928       !!        - bilinear (geographical grid)     (k2dint = 2) 
    929       !!        - bilinear (quadrilateral grid)    (k2dint = 3) 
    930       !!        - polynomial (quadrilateral grid)  (k2dint = 4) 
    931       !! 
    932       !! 
    933       !! ** Action  : 
    934       !! 
    935       !! History : 
    936       !!        !  07-07  (S. Ricci ) : Original 
    937       !!       
    938       !!----------------------------------------------------------------------- 
    939  
    940       !! * Modules used 
    941       USE obs_surf_def  ! Definition of storage space for surface observations 
    942  
    943       IMPLICIT NONE 
    944  
    945       !! * Arguments 
    946       TYPE(obs_surf), INTENT(INOUT) :: seaicedatqc     ! Subset of surface data not failing screening 
    947       INTEGER, INTENT(IN) :: kt       ! Time step 
    948       INTEGER, INTENT(IN) :: kpi      ! Model grid parameters 
    949       INTEGER, INTENT(IN) :: kpj 
    950       INTEGER, INTENT(IN) :: kit000   ! Number of the first time step  
    951                                       !   (kit000-1 = restart time) 
    952       INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint   ! Horizontal interpolation type (see header) 
    953       REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj) :: & 
    954          & pseaicen,  &    ! Model sea ice field 
    955          & pseaicemask     ! Land-sea mask 
    956           
    957       !! * Local declarations 
    958       INTEGER :: ji 
    959       INTEGER :: jj 
    960       INTEGER :: jobs 
    961       INTEGER :: inrc 
    962       INTEGER :: iseaice 
    963       INTEGER :: iobs 
    964         
    965       REAL(KIND=wp) :: zlam 
    966       REAL(KIND=wp) :: zphi 
    967       REAL(KIND=wp) :: zext(1), zobsmask(1) 
    968       REAL(kind=wp), DIMENSION(2,2,1) :: & 
    969          & zweig 
    970       REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    971          & zmask, & 
    972          & zseaicel, & 
    973          & zglam, & 
    974          & zgphi 
    975       INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    976          & igrdi, & 
    977          & igrdj 
    978  
    979       !------------------------------------------------------------------------ 
    980       ! Local initialization  
    981       !------------------------------------------------------------------------ 
    982       ! ... Record and data counters 
    983       inrc = kt - kit000 + 2 
    984       iseaice = seaicedatqc%nsstp(inrc) 
    985  
    986       ! Get the data for interpolation 
    987        
    988       ALLOCATE( & 
    989          & igrdi(2,2,iseaice), & 
    990          & igrdj(2,2,iseaice), & 
    991          & zglam(2,2,iseaice), & 
    992          & zgphi(2,2,iseaice), & 
    993          & zmask(2,2,iseaice), & 
    994          & zseaicel(2,2,iseaice)  & 
    995          & ) 
    996        
    997       DO jobs = seaicedatqc%nsurfup + 1, seaicedatqc%nsurfup + iseaice 
    998          iobs = jobs - seaicedatqc%nsurfup 
    999          igrdi(1,1,iobs) = seaicedatqc%mi(jobs)-1 
    1000          igrdj(1,1,iobs) = seaicedatqc%mj(jobs)-1 
    1001          igrdi(1,2,iobs) = seaicedatqc%mi(jobs)-1 
    1002          igrdj(1,2,iobs) = seaicedatqc%mj(jobs) 
    1003          igrdi(2,1,iobs) = seaicedatqc%mi(jobs) 
    1004          igrdj(2,1,iobs) = seaicedatqc%mj(jobs)-1 
    1005          igrdi(2,2,iobs) = seaicedatqc%mi(jobs) 
    1006          igrdj(2,2,iobs) = seaicedatqc%mj(jobs) 
    1007       END DO 
    1008        
    1009       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, iseaice, & 
    1010          &                  igrdi, igrdj, glamt, zglam ) 
    1011       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, iseaice, & 
    1012          &                  igrdi, igrdj, gphit, zgphi ) 
    1013       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, iseaice, & 
    1014          &                  igrdi, igrdj, pseaicemask, zmask ) 
    1015       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, iseaice, & 
    1016          &                  igrdi, igrdj, pseaicen, zseaicel ) 
    1017        
    1018       DO jobs = seaicedatqc%nsurfup + 1, seaicedatqc%nsurfup + iseaice 
    1019           
    1020          iobs = jobs - seaicedatqc%nsurfup 
    1021           
    1022          IF ( kt /= seaicedatqc%mstp(jobs) ) THEN 
    1023              
    1024             IF(lwp) THEN 
    1025                WRITE(numout,*) 
    1026                WRITE(numout,*) ' E R R O R : Observation',              & 
    1027                   &            ' time step is not consistent with the', & 
    1028                   &            ' model time step' 
    1029                WRITE(numout,*) ' =========' 
    1030                WRITE(numout,*) 
    1031                WRITE(numout,*) ' Record  = ', jobs,                & 
    1032                   &            ' kt      = ', kt,                  & 
    1033                   &            ' mstp    = ', seaicedatqc%mstp(jobs), & 
    1034                   &            ' ntyp    = ', seaicedatqc%ntyp(jobs) 
    1035             ENDIF 
    1036             CALL ctl_stop( 'obs_seaice_opt', 'Inconsistent time' ) 
    1037              
    1038          ENDIF 
    1039           
    1040          zlam = seaicedatqc%rlam(jobs) 
    1041          zphi = seaicedatqc%rphi(jobs) 
    1042           
    1043          ! Get weights to interpolate the model sea ice to the observation point 
    1044          CALL obs_int_h2d_init( 1, 1, k2dint, zlam, zphi,         & 
    1045             &                   zglam(:,:,iobs), zgphi(:,:,iobs), & 
    1046             &                   zmask(:,:,iobs), zweig, zobsmask ) 
    1047           
    1048          ! ... Interpolate the model sea ice to the observation point 
    1049          CALL obs_int_h2d( 1, 1,      & 
    1050             &              zweig, zseaicel(:,:,iobs),  zext ) 
    1051           
    1052          seaicedatqc%rmod(jobs,1) = zext(1) 
    1053           
    1054       END DO 
    1055        
    1056       ! Deallocate the data for interpolation 
    1057       DEALLOCATE( & 
    1058          & igrdi,    & 
    1059          & igrdj,    & 
    1060          & zglam,    & 
    1061          & zgphi,    & 
    1062          & zmask,    & 
    1063          & zseaicel  & 
    1064          & ) 
    1065        
    1066       seaicedatqc%nsurfup = seaicedatqc%nsurfup + iseaice 
    1067  
    1068    END SUBROUTINE obs_seaice_opt 
    1069  
    1070    SUBROUTINE obs_vel_opt( prodatqc, kt, kpi, kpj, kpk, kit000, kdaystp, & 
    1071       &                    pun, pvn, pgdept, pumask, pvmask, k1dint, k2dint, & 
    1072       &                    ld_dailyav ) 
    1073       !!----------------------------------------------------------------------- 
    1074       !! 
    1075       !!                     ***  ROUTINE obs_vel_opt  *** 
    1076       !! 
    1077       !! ** Purpose : Compute the model counterpart of velocity profile 
    1078       !!              data by interpolating from the model grid to the  
    1079       !!              observation point. 
    1080       !! 
    1081       !! ** Method  : Linearly interpolate zonal and meridional components of velocity  
    1082       !!              to each observation point using the model values at the corners of  
    1083       !!              the surrounding grid box. The model velocity components are on a  
    1084       !!              staggered C- grid. 
    1085       !! 
    1086       !!    For velocity data from the TAO array, the model equivalent is 
    1087       !!    a daily mean velocity field. So, we first compute 
    1088       !!    the mean, then interpolate only at the end of the day. 
    1089       !! 
    1090       !! ** Action  : 
    1091       !! 
    1092       !! History : 
    1093       !!    ! 07-03 (K. Mogensen)      : Temperature and Salinity profiles 
    1094       !!    ! 08-10 (Maria Valdivieso) : Velocity component (U,V) profiles 
    1095       !!----------------------------------------------------------------------- 
    1096      
    1097       !! * Modules used 
    1098       USE obs_profiles_def ! Definition of storage space for profile obs. 
    1099  
    1100       IMPLICIT NONE 
    1101  
    1102       !! * Arguments 
    1103       TYPE(obs_prof), INTENT(INOUT) :: & 
    1104          & prodatqc        ! Subset of profile data not failing screening 
    1105       INTEGER, INTENT(IN) :: kt        ! Time step 
    1106       INTEGER, INTENT(IN) :: kpi       ! Model grid parameters 
    1107       INTEGER, INTENT(IN) :: kpj 
    1108       INTEGER, INTENT(IN) :: kpk  
    1109       INTEGER, INTENT(IN) :: kit000    ! Number of the first time step  
    1110                                        !   (kit000-1 = restart time) 
    1111       INTEGER, INTENT(IN) :: k1dint    ! Vertical interpolation type (see header) 
    1112       INTEGER, INTENT(IN) :: k2dint    ! Horizontal interpolation type (see header) 
    1113       INTEGER, INTENT(IN) :: kdaystp   ! Number of time steps per day                     
    1114       REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpi,kpj,kpk) :: & 
    1115          & pun,    &    ! Model zonal component of velocity 
    1116          & pvn,    &    ! Model meridional component of velocity 
    1117          & pumask, &    ! Land-sea mask 
    1118          & pvmask       ! Land-sea mask 
    1119       REAL(KIND=wp), INTENT(IN), DIMENSION(kpk) :: & 
    1120          & pgdept       ! Model array of depth levels 
    1121       LOGICAL, INTENT(IN) :: ld_dailyav 
    1122           
    1123       !! * Local declarations 
    1124       INTEGER :: ji 
    1125       INTEGER :: jj 
    1126       INTEGER :: jk 
    1127       INTEGER :: jobs 
    1128       INTEGER :: inrc 
    1129       INTEGER :: ipro 
    1130       INTEGER :: idayend 
    1131       INTEGER :: ista 
    1132       INTEGER :: iend 
    1133       INTEGER :: iobs 
    1134       INTEGER, DIMENSION(imaxavtypes) :: & 
    1135          & idailyavtypes 
    1136       REAL(KIND=wp) :: zlam 
    1137       REAL(KIND=wp) :: zphi 
    1138       REAL(KIND=wp) :: zdaystp 
    1139       REAL(KIND=wp), DIMENSION(kpk) :: & 
    1140          & zobsmasku, & 
    1141          & zobsmaskv, & 
    1142          & zobsmask,  & 
    1143          & zobsk,     & 
    1144          & zobs2k 
    1145       REAL(KIND=wp), DIMENSION(2,2,kpk) :: & 
    1146          & zweigu,zweigv 
    1147       REAL(wp), DIMENSION(:,:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    1148          & zumask, zvmask, & 
    1149          & zintu, & 
    1150          & zintv, & 
    1151          & zinmu, & 
    1152          & zinmv 
    1153       REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    1154          & zglamu, zglamv, & 
    1155          & zgphiu, zgphiv 
    1156       INTEGER, DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE :: & 
    1157          & igrdiu, & 
    1158          & igrdju, & 
    1159          & igrdiv, & 
    1160          & igrdjv 
    1161  
    1162       !------------------------------------------------------------------------ 
    1163       ! Local initialization  
    1164       !------------------------------------------------------------------------ 
    1165       ! ... Record and data counters 
    1166       inrc = kt - kit000 + 2 
    1167       ipro = prodatqc%npstp(inrc) 
    1168  
    1169       ! Initialize daily mean for first timestep 
    1170       idayend = MOD( kt - kit000 + 1, kdaystp ) 
    1171  
    1172       ! Added kt == 0 test to catch restart case  
    1173       IF ( idayend == 1 .OR. kt == 0) THEN 
    1174          IF (lwp) WRITE(numout,*) 'Reset prodatqc%vdmean on time-step: ',kt 
    1175          prodatqc%vdmean(:,:,:,1) = 0.0 
    1176          prodatqc%vdmean(:,:,:,2) = 0.0 
    1177       ENDIF 
    1178  
    1179       ! Increment the zonal velocity field for computing daily mean 
    1180       prodatqc%vdmean(:,:,:,1) = prodatqc%vdmean(:,:,:,1) + pun(:,:,:) 
    1181       ! Increment the meridional velocity field for computing daily mean 
    1182       prodatqc%vdmean(:,:,:,2) = prodatqc%vdmean(:,:,:,2) + pvn(:,:,:) 
    1183     
    1184       ! Compute the daily mean at the end of day 
    1185       zdaystp = 1.0 / REAL( kdaystp ) 
    1186       IF ( idayend == 0 ) THEN 
    1187          prodatqc%vdmean(:,:,:,1) = prodatqc%vdmean(:,:,:,1) * zdaystp 
    1188          prodatqc%vdmean(:,:,:,2) = prodatqc%vdmean(:,:,:,2) * zdaystp 
    1189       ENDIF 
    1190  
    1191       ! Get the data for interpolation 
    1192       ALLOCATE( & 
    1193          & igrdiu(2,2,ipro),      & 
    1194          & igrdju(2,2,ipro),      & 
    1195          & igrdiv(2,2,ipro),      & 
    1196          & igrdjv(2,2,ipro),      & 
    1197          & zglamu(2,2,ipro), zglamv(2,2,ipro), & 
    1198          & zgphiu(2,2,ipro), zgphiv(2,2,ipro), & 
    1199          & zumask(2,2,kpk,ipro), zvmask(2,2,kpk,ipro), & 
    1200          & zintu(2,2,kpk,ipro),  & 
    1201          & zintv(2,2,kpk,ipro)   & 
    1202          & ) 
    1203  
    1204       DO jobs = prodatqc%nprofup + 1, prodatqc%nprofup + ipro 
    1205          iobs = jobs - prodatqc%nprofup 
    1206          igrdiu(1,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1)-1 
    1207          igrdju(1,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1)-1 
    1208          igrdiu(1,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1)-1 
    1209          igrdju(1,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1) 
    1210          igrdiu(2,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1) 
    1211          igrdju(2,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1)-1 
    1212          igrdiu(2,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,1) 
    1213          igrdju(2,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,1) 
    1214          igrdiv(1,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2)-1 
    1215          igrdjv(1,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2)-1 
    1216          igrdiv(1,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2)-1 
    1217          igrdjv(1,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2) 
    1218          igrdiv(2,1,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2) 
    1219          igrdjv(2,1,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2)-1 
    1220          igrdiv(2,2,iobs) = prodatqc%mi(jobs,2) 
    1221          igrdjv(2,2,iobs) = prodatqc%mj(jobs,2) 
    1222       END DO 
    1223  
    1224       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, igrdiu, igrdju, glamu, zglamu ) 
    1225       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, igrdiu, igrdju, gphiu, zgphiu ) 
    1226       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdiu, igrdju, pumask, zumask ) 
    1227       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdiu, igrdju, pun, zintu ) 
    1228  
    1229       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, igrdiv, igrdjv, glamv, zglamv ) 
    1230       CALL obs_int_comm_2d( 2, 2, ipro, igrdiv, igrdjv, gphiv, zgphiv ) 
    1231       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdiv, igrdjv, pvmask, zvmask ) 
    1232       CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdiv, igrdjv, pvn, zintv ) 
    1233  
    1234       ! At the end of the day also get interpolated means 
    1235       IF ( idayend == 0 ) THEN 
    1236  
    1237          ALLOCATE( & 
    1238             & zinmu(2,2,kpk,ipro),  & 
    1239             & zinmv(2,2,kpk,ipro)   & 
    1240             & ) 
    1241  
    1242          CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdiu, igrdju, & 
    1243             &                  prodatqc%vdmean(:,:,:,1), zinmu ) 
    1244          CALL obs_int_comm_3d( 2, 2, ipro, kpk, igrdiv, igrdjv, & 
    1245             &                  prodatqc%vdmean(:,:,:,2), zinmv ) 
    1246  
    1247       ENDIF 
    1248  
    1249 ! loop over observations 
    1250  
    1251       DO jobs = prodatqc%nprofup + 1, prodatqc%nprofup + ipro 
    1252  
    1253          iobs = jobs - prodatqc%nprofup 
    1254  
    1255          IF ( kt /= prodatqc%mstp(jobs) ) THEN 
    1256              
    1257             IF(lwp) THEN 
    1258                WRITE(numout,*) 
    1259                WRITE(numout,*) ' E R R O R : Observation',              & 
    1260                   &            ' time step is not consistent with the', & 
    1261                   &            ' model time step' 
    1262                WRITE(numout,*) ' =========' 
    1263                WRITE(numout,*) 
    1264                WRITE(numout,*) ' Record  = ', jobs,                    & 
    1265                   &            ' kt      = ', kt,                      & 
    1266                   &            ' mstp    = ', prodatqc%mstp(jobs), & 
    1267                   &            ' ntyp    = ', prodatqc%ntyp(jobs) 
    1268             ENDIF 
    1269             CALL ctl_stop( 'obs_pro_opt', 'Inconsistent time' ) 
    1270          ENDIF 
    1271           
    1272          zlam = prodatqc%rlam(jobs) 
    1273          zphi = prodatqc%rphi(jobs) 
    1274  
    1275          ! Initialize observation masks 
    1276  
    1277          zobsmasku(:) = 0.0 
    1278          zobsmaskv(:) = 0.0 
    1279           
    1280          ! Horizontal weights and vertical mask 
    1281  
    1282          IF  ( prodatqc%npvend(jobs,1) > 0 ) THEN 
    1283  
    1284             CALL obs_int_h2d_init( kpk, kpk, k2dint, zlam, zphi,     & 
    1285                &                   zglamu(:,:,iobs), zgphiu(:,:,iobs), & 
    1286                &                   zumask(:,:,:,iobs), zweigu, zobsmasku ) 
    1287  
    1288          ENDIF 
    1289  
    1290           
    1291          IF ( prodatqc%npvend(jobs,2) > 0 ) THEN 
    1292  
    1293             CALL obs_int_h2d_init( kpk, kpk, k2dint, zlam, zphi,     & 
    1294                &                   zglamv(:,:,iobs), zgphiv(:,:,iobs), & 
    1295                &                   zvmask(:,:,:,iobs), zweigv, zobsmasku ) 
    1296  
    1297          ENDIF 
    1298  
    1299          ! Ensure that the vertical mask on u and v are consistent. 
    1300  
    1301          zobsmask(:) = MIN( zobsmasku(:), zobsmaskv(:) ) 
    1302  
    1303          IF ( prodatqc%npvend(jobs,1) > 0 ) THEN 
    1304  
    1305             zobsk(:) = obfillflt 
    1306  
    1307        IF ( ld_dailyav ) THEN 
    1308  
    1309                IF ( idayend == 0 )  THEN 
    1310                    
    1311                   ! Daily averaged data 
    1312                    
    1313                   CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    1314                      &              zweigu, zinmu(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    1315                    
    1316                    
    1317                ELSE 
    1318                 
    1319                   CALL ctl_stop( ' A nonzero' //     & 
    1320                      &           ' number of U profile data should' // & 
    1321                      &           ' only occur at the end of a given day' ) 
    1322  
    1323                ENDIF 
    1324            
    1325             ELSE  
    1326                 
    1327                ! Point data 
    1328  
    1329                CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    1330                   &              zweigu, zintu(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    1331  
    1332             ENDIF 
    1333  
    1334             !------------------------------------------------------------- 
    1335             ! Compute vertical second-derivative of the interpolating  
    1336             ! polynomial at obs points 
    1337             !------------------------------------------------------------- 
    1338              
    1339             IF ( k1dint == 1 ) THEN 
    1340                CALL obs_int_z1d_spl( kpk, zobsk, zobs2k,   & 
    1341                   &                  pgdept, zobsmask ) 
    1342             ENDIF 
    1343              
    1344             !----------------------------------------------------------------- 
    1345             !  Vertical interpolation to the observation point 
    1346             !----------------------------------------------------------------- 
    1347             ista = prodatqc%npvsta(jobs,1) 
    1348             iend = prodatqc%npvend(jobs,1) 
    1349             CALL obs_int_z1d( kpk,                & 
    1350                & prodatqc%var(1)%mvk(ista:iend),  & 
    1351                & k1dint, iend - ista + 1,         & 
    1352                & prodatqc%var(1)%vdep(ista:iend), & 
    1353                & zobsk, zobs2k,                   & 
    1354                & prodatqc%var(1)%vmod(ista:iend), & 
    1355                & pgdept, zobsmask ) 
    1356  
    1357          ENDIF 
    1358  
    1359          IF ( prodatqc%npvend(jobs,2) > 0 ) THEN 
    1360  
    1361             zobsk(:) = obfillflt 
    1362  
    1363             IF ( ld_dailyav ) THEN 
    1364  
    1365                IF ( idayend == 0 )  THEN 
    1366  
    1367                   ! Daily averaged data 
    1368                    
    1369                   CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    1370                      &              zweigv, zinmv(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    1371                    
    1372                ELSE 
    1373  
    1374                   CALL ctl_stop( ' A nonzero' //     & 
    1375                      &           ' number of V profile data should' // & 
    1376                      &           ' only occur at the end of a given day' ) 
    1377  
    1378                ENDIF 
    1379  
    1380             ELSE 
    1381                 
    1382                ! Point data 
    1383  
    1384                CALL obs_int_h2d( kpk, kpk,      & 
    1385                   &              zweigv, zintv(:,:,:,iobs), zobsk ) 
    1386  
    1387             ENDIF 
    1388  
    1389  
    1390             !------------------------------------------------------------- 
    1391             ! Compute vertical second-derivative of the interpolating  
    1392             ! polynomial at obs points 
    1393             !------------------------------------------------------------- 
    1394              
    1395             IF ( k1dint == 1 ) THEN 
    1396                CALL obs_int_z1d_spl( kpk, zobsk, zobs2k, & 
    1397                   &                  pgdept, zobsmask ) 
    1398             ENDIF 
    1399              
    1400             !---------------------------------------------------------------- 
    1401             !  Vertical interpolation to the observation point 
    1402             !---------------------------------------------------------------- 
    1403             ista = prodatqc%npvsta(jobs,2) 
    1404             iend = prodatqc%npvend(jobs,2) 
    1405             CALL obs_int_z1d( kpk, & 
    1406                & prodatqc%var(2)%mvk(ista:iend),& 
    1407                & k1dint, iend - ista + 1, & 
    1408                & prodatqc%var(2)%vdep(ista:iend),& 
    1409                & zobsk, zobs2k, & 
    1410                & prodatqc%var(2)%vmod(ista:iend),& 
    1411                & pgdept, zobsmask ) 
    1412  
    1413          ENDIF 
    1414  
    1415       END DO 
    1416   
    1417       ! Deallocate the data for interpolation 
    1418       DEALLOCATE( & 
    1419          & igrdiu, & 
    1420          & igrdju, & 
    1421          & igrdiv, & 
    1422          & igrdjv, & 
    1423          & zglamu, zglamv, & 
    1424          & zgphiu, zgphiv, & 
    1425          & zumask, zvmask, & 
    1426          & zintu, & 
    1427          & zintv  & 
    1428          & ) 
    1429       ! At the end of the day also get interpolated means 
    1430       IF ( idayend == 0 ) THEN 
    1431          DEALLOCATE( & 
    1432             & zinmu,  &