183 | | |
| 183 | The process is similar for the other configurations based on the following original sets: |
| 184 | |
| 185 | {{{ |
| 186 | mkdir -p ../r4.2_RC_FULL |
| 187 | cp -pr AGRIF_DEMO_v4.x ../r4.2_RC_FULL/AGRIF_DEMO_v4.2_RC_FULL |
| 188 | cp -pr AMM12_v4.0 ../r4.2_RC_FULL/AMM12_v4.2_RC_FULL |
| 189 | cp -pr ICE_AGRIF_v4.x ../r4.2_RC_FULL/ICE_AGRIF_v4.2_RC_FULL |
| 190 | cp -pr ISOMIP+_v4.0 ../r4.2_RC_FULL/ISOMIP+_v4.2_RC_FULL |
| 191 | cp -pr ORCA2_ICE_v4.x ../r4.2_RC_FULL/ORCA2_ICE_v4.2_RC_FULL |
| 192 | cp -pr ORCA2_OFF_v4.x ../r4.2_RC_FULL/ORCA2_OFF_v4.2_RC_FULL |
| 193 | cp -pr SAS_v4.x ../r4.2_RC_FULL/SAS_v4.2_RC_FULL |
| 194 | cp -pr WED025_v4.2 ../r4.2_RC_FULL/WED025_v4.2_RC_FULL |
| 195 | }}} |
| 196 | |
| 197 | It is worth noting a few redundant files that can simply be removed: |
| 198 | {{{ |
| 199 | # |
| 200 | # Remove missing (and erroneously placed) links |
| 201 | # |
| 202 | rm AMM12_r4.2_RC_FULL/bdydta/bdydta |
| 203 | rm AMM12_r4.2_RC_FULL/fluxes/fluxes |
| 204 | # |
| 205 | # Remove old, unused versions |
| 206 | # |
| 207 | rm ORCA2_ICE_r4.2_RC_FULL/weights_core2_orca2_bicub.nc.old |
| 208 | rm ORCA2_ICE_r4.2_RC_FULL/weights_core2_orca2_bilin.nc.old |
| 209 | # |
| 210 | # Remove old, unused versions superceded by domain configuration files |
| 211 | # |
| 212 | rm WED025_r4.2_RC_FULL/bathy_meter_WED025.nc |
| 213 | rm WED025_r4.2_RC_FULL/coordinates_WED025.nc |
| 214 | }}} |
| 215 | The full set of commands used to create the r4.2_RC_FULL set is (in additional to thise already shown): |
| 216 | {{{ |
| 217 | ########## AMMcmds ########## |
| 218 | cd AMM12_v4.2_RC_FULL |
| 219 | ncks --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,32 --cnk_dmn y,32 --cnk_dmn z,6 --cnk_dmn t,1 --4 --dfl_lvl 3 amm12_restart_oce.nc new_amm12_restart_oce.nc |
| 220 | mv new_amm12_restart_oce.nc amm12_restart_oce.nc |
| 221 | # |
| 222 | ncks --4 --no_abc --cnk_dmn=x,32 --cnk_dmn=y,32 --cnk_dmn=z,6 --cnk_dmn=t,1 --dfl_lvl 3 --cnk_plc='xpl' AMM_R12_sco_domcfg.nc new_AMM_R12_sco_domcfg.nc |
| 223 | mv new_AMM_R12_sco_domcfg.nc AMM_R12_sco_domcfg.nc |
| 224 | # |
| 225 | ncks --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,32 --cnk_dmn y,32 --cnk_dmn time_counter,1 --4 --dfl_lvl 3 amm12_rivers.nc new_amm12_rivers.nc |
| 226 | mv new_amm12_rivers.nc amm12_rivers.nc |
| 227 | # |
| 228 | cd fluxes/ |
| 229 | mkdir new |
| 230 | for f in *.nc; do ncks --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,32 --cnk_dmn y,32 --cnk_dmn t,1 --4 --dfl_lvl 3 $f new/$f; done |
| 231 | cd new |
| 232 | mv amm* ../ |
| 233 | cd ../ |
| 234 | rmdir new |
| 235 | cd ../ |
| 236 | # |
| 237 | cd bdydta |
| 238 | mkdir new |
| 239 | for f in amm12_bdyT_tra*; do ncks --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,64 --cnk_dmn y,1 --cnk_dmn=deptht,51 --cnk_dmn time_counter,1 --4 --dfl_lvl 3 $f new/$f; done |
| 240 | cd new |
| 241 | mv amm* ../ |
| 242 | cd ../ |
| 243 | rmdir new |
| 244 | cd ../ |
| 245 | # |
| 246 | cd ../ |
| 247 | }}} |
| 248 | {{{ |
| 249 | ########## ICEcmds ########## |
| 250 | cd ICE_AGRIF_v4.2_RC_FULL |
| 251 | ncks --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn time_counter,1 --cnk_dmn x,49 --cnk_dmn y,49 initice.nc new_initice.nc |
| 252 | mv new_initice.nc initice.nc |
| 253 | cd ../ |
| 254 | }}} |
| 255 | {{{ |
| 256 | ########## ISOcmds ########## |
| 257 | cd ISOMIP+_v4.2_RC_FULL |
| 258 | ncks --no_abc --cnk_dmn x,52 --cnk_dmn y,42 --cnk_dmn nav_lev,1 --cnk_dmn time_counter,1 domain_cfg.nc new_domain_cfg.nc |
| 259 | ncks --no_abc --cnk_dmn x,52 --cnk_dmn y,21 --cnk_dmn t,1 isomip+_NEMO_242_geom_ocean3.nc new_isomip+_NEMO_242_geom_ocean3.nc |
| 260 | ncks --no_abc --cnk_dmn x,52 --cnk_dmn y,21 --cnk_dmn t,1 isomip+_NEMO_242_geom_ocean4.nc new_isomip+_NEMO_242_geom_ocean4.nc |
| 261 | ncks --no_abc --cnk_dmn x,52 --cnk_dmn y,21 --cnk_dmn z,10 nemo_base_COLD.nc new_nemo_base_COLD.nc |
| 262 | ncks --no_abc --cnk_dmn x,52 --cnk_dmn y,21 --cnk_dmn z,10 nemo_base_WARM.nc new_nemo_base_WARM.nc |
| 263 | ncks --no_abc --cnk_dmn x,52 --cnk_dmn y,21 --cnk_dmn z,10 resto.nc new_resto.nc |
| 264 | mv new_domain_cfg.nc domain_cfg.nc |
| 265 | mv new_isomip+_NEMO_242_geom_ocean3.nc isomip+_NEMO_242_geom_ocean3.nc |
| 266 | mv new_isomip+_NEMO_242_geom_ocean4.nc isomip+_NEMO_242_geom_ocean4.nc |
| 267 | mv new_nemo_base_COLD.nc nemo_base_COLD.nc |
| 268 | mv new_nemo_base_WARM.nc nemo_base_WARM.nc |
| 269 | mv new_resto.nc resto.nc |
| 270 | cd ../ |
| 271 | }}} |
| 272 | {{{ |
| 273 | ########## ORCA2_ICEcmds ########## |
| 274 | cd ORCA2_ICE_v4.2_RC_FULL |
| 275 | ncks --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn lon,30 --cnk_dmn lat,30 weights_core2_orca2_bicub.nc new_weights_core2_orca2_bicub.nc |
| 276 | ncks --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn lon,30 --cnk_dmn lat,30 weights_core2_orca2_bilin.nc new_weights_core2_orca2_bilin.nc |
| 277 | mv new_weights_core2_orca2_bilin.nc weights_core2_orca2_bilin.nc |
| 278 | mv new_weights_core2_orca2_bicub.nc weights_core2_orca2_bicub.nc |
| 279 | # |
| 280 | # ncar_precip.15JUNE2009_fill.nc ncar_rad.15JUNE2009_fill.nc slp.15JUNE2009_fill.nc |
| 281 | # LAT LON TIME |
| 282 | # q_10.15JUNE2009_fill.nc t_10.15JUNE2009_fill.nc u_10.15JUNE2009_fill.nc v_10.15JUNE2009_fill.nc |
| 283 | # lat lon time |
| 284 | # |
| 285 | # Note CORE forcing datasets contain some redundant variables; only keep those actually used |
| 286 | # |
| 287 | ncks --4 --dfl_lvl 1 --no_abc -v T_10_MOD --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn lon,32 --cnk_dmn lat,32 --cnk_dmn time,1 t_10.15JUNE2009_fill.nc new_t_10.15JUNE2009_fill.nc |
| 288 | # |
| 289 | ncks --4 --dfl_lvl 1 --no_abc -v U_10_MOD --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn lon,32 --cnk_dmn lat,32 --cnk_dmn time,1 u_10.15JUNE2009_fill.nc new_u_10.15JUNE2009_fill.nc |
| 290 | # |
| 291 | ncks --4 --dfl_lvl 1 --no_abc -v V_10_MOD --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn lon,32 --cnk_dmn lat,32 --cnk_dmn time,1 v_10.15JUNE2009_fill.nc new_v_10.15JUNE2009_fill.nc |
| 292 | # |
| 293 | ncks --4 --dfl_lvl 1 --no_abc -v Q_10_MOD --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn lon,32 --cnk_dmn lat,32 --cnk_dmn time,1 q_10.15JUNE2009_fill.nc new_q_10.15JUNE2009_fill.nc |
| 294 | # |
| 295 | ncks --4 --dfl_lvl 1 --no_abc -v LWDN_MOD,SWDN_MOD --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn LON,32 --cnk_dmn LAT,32 --cnk_dmn time,1 ncar_rad.15JUNE2009_fill.nc new_ncar_rad.15JUNE2009_fill.nc |
| 296 | # |
| 297 | ncks --4 --dfl_lvl 1 --no_abc -v PRC_MOD1,SNOW --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn LON,32 --cnk_dmn LAT,32 --cnk_dmn time,1 ncar_precip.15JUNE2009_fill.nc new_ncar_precip.15JUNE2009_fill.nc |
| 298 | # |
| 299 | ncks --4 --dfl_lvl 1 --no_abc -v SLP --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn LON,32 --cnk_dmn LAT,32 --cnk_dmn TIME,1 slp.15JUNE2009_fill.nc new_slp.15JUNE2009_fill.nc |
| 300 | # |
| 301 | for f in new*; do ff=${f/new_}; mv $f $ff; done |
| 302 | # |
| 303 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,30 --cnk_dmn y,30 --cnk_dmn time_counter,1 sdw_ecwaves_orca2.nc new_sdw_ecwaves_orca2.nc |
| 304 | mv new_sdw_ecwaves_orca2.nc sdw_ecwaves_orca2.nc |
| 305 | # |
| 306 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn z,4 --cnk_dmn x,30 --cnk_dmn y,30 --cnk_dmn time_counter,1 data_1m_potential_temperature_nomask.nc new_data_1m_potential_temperature_nomask.nc |
| 307 | mv new_data_1m_potential_temperature_nomask.nc data_1m_potential_temperature_nomask.nc |
| 308 | # |
| 309 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn z,4 --cnk_dmn x,30 --cnk_dmn y,30 --cnk_dmn time_counter,1 data_1m_salinity_nomask.nc new_data_1m_salinity_nomask.nc |
| 310 | mv new_data_1m_salinity_nomask.nc data_1m_salinity_nomask.nc |
| 311 | # |
| 312 | ncks --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn t,1 --cnk_dmn x,60 --cnk_dmn y,50 --cnk_dmn z,4 ORCA_R2_zps_domcfg.nc new_ORCA_R2_zps_domcfg.nc |
| 313 | mv new_ORCA_R2_zps_domcfg.nc ORCA_R2_zps_domcfg.nc |
| 314 | # |
| 315 | ncks --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn time_counter,1 --cnk_dmn x,60 --cnk_dmn y,50 int_wave_mix.nc new_int_wave_mix.nc |
| 316 | mv new_int_wave_mix.nc int_wave_mix.nc |
| 317 | # |
| 318 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn z,4 --cnk_dmn x,30 --cnk_dmn y,30 --cnk_dmn time_counter,1 sali_ref_clim_monthly.nc new_sali_ref_clim_monthly.nc |
| 319 | mv new_sali_ref_clim_monthly.nc sali_ref_clim_monthly.nc |
| 320 | # |
| 321 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,30 --cnk_dmn y,30 --cnk_dmn time_counter,1 runoff_core_monthly.nc new_runoff_core_monthly.nc |
| 322 | mv new_runoff_core_monthly.nc runoff_core_monthly.nc |
| 323 | # |
| 324 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,30 --cnk_dmn y,30 --cnk_dmn time_counter,1 sst_data.nc new_sst_data.nc |
| 325 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,30 --cnk_dmn y,30 --cnk_dmn time_counter,1 sss_data.nc new_sss_data.nc |
| 326 | mv new_sst_data.nc sst_data.nc |
| 327 | mv new_sss_data.nc sss_data.nc |
| 328 | # |
| 329 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn X1,30 --cnk_dmn Y1,30 --cnk_dmn time_counter,1 subbasins.nc new_subbasins.nc |
| 330 | mv new_subbasins.nc subbasins.nc |
| 331 | # |
| 332 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,30 --cnk_dmn y,30 slaReferenceLevel.nc new_slaReferenceLevel.nc |
| 333 | mv new_slaReferenceLevel.nc slaReferenceLevel.nc |
| 334 | # |
| 335 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,30 --cnk_dmn y,30 --cnk_dmn z,4 resto.nc new_resto.nc |
| 336 | mv new_resto.nc resto.nc |
| 337 | # |
| 338 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn d01,30 --cnk_dmn d02,30 mask_itf.nc new_mask_itf.nc |
| 339 | mv new_mask_itf.nc mask_itf.nc |
| 340 | # |
| 341 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,30 --cnk_dmn y,30 --cnk_dmn z,4 --cnk_dmn t,1 eddy_viscosity_2D.nc new_eddy_viscosity_2D.nc |
| 342 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,30 --cnk_dmn y,30 --cnk_dmn z,4 --cnk_dmn t,1 eddy_viscosity_3D.nc new_eddy_viscosity_3D.nc |
| 343 | mv new_eddy_viscosity_2D.nc eddy_viscosity_2D.nc |
| 344 | mv new_eddy_viscosity_3D.nc eddy_viscosity_3D.nc |
| 345 | # |
| 346 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,30 --cnk_dmn y,30 --cnk_dmn t,1 geothermal_heating.nc new_geothermal_heating.nc |
| 347 | mv new_geothermal_heating.nc geothermal_heating.nc |
| 348 | # |
| 349 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,30 --cnk_dmn y,30 --cnk_dmn time_counter,1 K1rowdrg.nc new_K1rowdrg.nc |
| 350 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,30 --cnk_dmn y,30 --cnk_dmn time_counter,1 M2rowdrg.nc new_M2rowdrg.nc |
| 351 | mv new_K1rowdrg.nc K1rowdrg.nc |
| 352 | mv new_M2rowdrg.nc M2rowdrg.nc |
| 353 | # |
| 354 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,30 --cnk_dmn y,30 --cnk_dmn time_counter,1 calving.nc new_calving.nc |
| 355 | mv new_calving.nc calving.nc |
| 356 | # |
| 357 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,30 --cnk_dmn y,30 --cnk_dmn time_counter,1 chlorophyll.nc new_chlorophyll.nc |
| 358 | mv new_chlorophyll.nc chlorophyll.nc |
| 359 | # |
| 360 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,30 --cnk_dmn y,30 --cnk_dmn time_counter,1 --cnk_dmn z,4 assim_background_increments.nc new_assim_background_increments.nc |
| 361 | mv new_assim_background_increments.nc assim_background_increments.nc |
| 362 | # |
| 363 | ncks --4 --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn x,30 --cnk_dmn y,30 ahmcoef.nc new_ahmcoef.nc |
| 364 | mv new_ahmcoef.nc ahmcoef.nc |
| 365 | # |
| 366 | cd ../ |
| 367 | }}} |
| 368 | {{{ |
| 369 | ########## ORCA2_OFFcmds ########## |
| 370 | cd ORCA2_OFF_v4.2_RC_FULL |
| 371 | ncks --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn t,1 --cnk_dmn x,60 --cnk_dmn y,50 --cnk_dmn z,4 ORCA_R2_zps_domcfg.nc new_ORCA_R2_zps_domcfg.nc |
| 372 | mv new_ORCA_R2_zps_domcfg.nc ORCA_R2_zps_domcfg.nc |
| 373 | # |
| 374 | ncks --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn time_counter,1 --cnk_dmn x,60 --cnk_dmn y,50 --cnk_dmn deptht,4 dyna_grid_T.nc new_dyna_grid_T.nc |
| 375 | # |
| 376 | ncks --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn time_counter,1 --cnk_dmn x,60 --cnk_dmn y,50 --cnk_dmn depthu,4 dyna_grid_U.nc new_dyna_grid_U.nc |
| 377 | # |
| 378 | ncks --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn time_counter,1 --cnk_dmn x,60 --cnk_dmn y,50 --cnk_dmn depthv,4 dyna_grid_V.nc new_dyna_grid_V.nc |
| 379 | # |
| 380 | ncks --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn time_counter,1 --cnk_dmn x,60 --cnk_dmn y,50 --cnk_dmn depthw,4 dyna_grid_W.nc new_dyna_grid_W.nc |
| 381 | # |
| 382 | mv new_dyna_grid_T.nc dyna_grid_T.nc |
| 383 | mv new_dyna_grid_U.nc dyna_grid_U.nc |
| 384 | mv new_dyna_grid_V.nc dyna_grid_V.nc |
| 385 | mv new_dyna_grid_W.nc dyna_grid_W.nc |
| 386 | # |
| 387 | cd ../ |
| 388 | }}} |
| 389 | {{{ |
| 390 | ########## SAScmds ########## |
| 391 | cd SAS_v4.2_RC_FULL |
| 392 | ncks --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn time_counter,1 --cnk_dmn x,60 --cnk_dmn y,50 --cnk_dmn deptht,4 sas_grid_T.nc new_sas_grid_T.nc |
| 393 | ncks --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn time_counter,1 --cnk_dmn x,60 --cnk_dmn y,50 --cnk_dmn depthu,4 sas_grid_U.nc new_sas_grid_U.nc |
| 394 | ncks --no_abc --cnk_plc='xpl' --cnk_dmn time_counter,1 --cnk_dmn x,60 --cnk_dmn y,50 --cnk_dmn depthv,4 sas_grid_V.nc new_sas_grid_V.nc |
| 395 | mv new_sas_grid_T.nc sas_grid_T.nc |
| 396 | mv new_sas_grid_U.nc sas_grid_U.nc |
| 397 | mv new_sas_grid_V.nc sas_grid_V.nc |
| 398 | cd ../ |
| 399 | }}} |
| 400 | {{{ |
| 401 | ########## WEDcmds ########## |
| 402 | cd WED025_v4.2_RC_FULL |
| 403 | # u10 v10 t10 precip rsds q10 slp rlds snow |
| 404 | # WED025 starts in middle of January; need 20 days from then = 35 days = 280 records @ 3hourly |
| 405 | for v in u10 v10 t10 precip rsds q10 slp rlds snow |
| 406 | do |
| 407 | ncks --cnk_dmn longitude,64 --cnk_dmn latitude,64 ${v}_JRA_y2000.nc 20d_${v}_JRA_y2000.nc |
| 408 | done |
| 409 | # |
| 410 | for v in u10 v10 t10 precip rsds q10 slp rlds snow |
| 411 | do |
| 412 | mv 20d_${v}_JRA_y2000.nc ${v}_JRA_y2000.nc |
| 413 | done |
| 414 | # |
| 415 | ncks --cnk_dmn xbT,50 WED025_bdyT_tra_y1999.nc new_WED025_bdyT_tra_y1999.nc |
| 416 | ncks --cnk_dmn xbT,50 WED025_bdyT_tra_y2000.nc new_WED025_bdyT_tra_y2000.nc |
| 417 | ncks --cnk_dmn xbU,50 WED025_bdyU_u3d_y1999.nc new_WED025_bdyU_u3d_y1999.nc |
| 418 | ncks --cnk_dmn xbU,50 WED025_bdyU_u3d_y2000.nc new_WED025_bdyU_u3d_y2000.nc |
| 419 | ncks --cnk_dmn xbV,44 WED025_bdyV_u3d_y1999.nc new_WED025_bdyV_u3d_y1999.nc |
| 420 | ncks --cnk_dmn xbV,44 WED025_bdyV_u3d_y2000.nc new_WED025_bdyV_u3d_y2000.nc |
| 421 | mv new_WED025_bdyT_tra_y1999.nc WED025_bdyT_tra_y1999.nc |
| 422 | mv new_WED025_bdyT_tra_y2000.nc WED025_bdyT_tra_y2000.nc |
| 423 | mv new_WED025_bdyU_u3d_y1999.nc WED025_bdyU_u3d_y1999.nc |
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| 447 | # |
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| 467 | }}} |