Changes between Version 65 and Version 66 of ticket/0927_Energy_diag


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gm
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  • ticket/0927_Energy_diag

    v65 v66  
    55'''Ticket ''' : #927 
    66 
    7 '''Branch''' : [https://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/browser/branches/2012/dev_r3309_LOCEAN12_Ediag 2012/dev_r3309_LOCEAN12_Ediag] 
     7'''Branch v3.4''' : [https://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/browser/branches/2012/dev_r3309_LOCEAN12_Ediag 2012/dev_r3309_LOCEAN12_Ediag] 
     8 
     9'''Branch v3.5''' : [https://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/browser/branches/2013/dev_r3858_CNRS3_Ediag 2013/dev_r3858_CNRS3_Ediag] 
    810 
    911---- 
     
    1214'''     Motivation: '''    output 3D trends of tracers, momentum, kinetic energy and potential energy.[[BR]] '''     Status :''' the extraction of trends terms exists, but not the 3D output of the trends   [[BR]] '''     Main tasks :'''         [[BR]] 
    1315 
    14   (1) implement the 3D output of tracers and momentum trends using iom_put [[BR]]                                        (2) compute and output the 3D trends of PE and KE [[BR]]                                             (3) validatation + documentation  [[BR]] 
    15  
    16 '''     Science Reviewer:''' NOCS guy?     [[BR]]     '''     System Reviewer:'''  NOCS guy?     [[BR]]    '''     Deadline:'''   spring 2012   [[BR]] '''     Priority:'''      high    [[BR]] '''     Depends on:'''    gurvan disponibilities   [[BR]] '''     Principal Investigator : '''      Gurvan Madec and Fabien Roquet (gurvan.madec@locean-ipsl.upmc.fr)  [[BR]] [[BR]] 
     16  (1) implement the 3D output of tracers and momentum trends using iom_put [[BR]]                                         (2) compute and output the 3D trends of PE and KE [[BR]]                                              (3) validation + documentation  [[BR]] 
     17 
     18'''     Science Reviewer:''' NOCS guy?     [[BR]]     '''     System Reviewer:'''  NOCS guy?     [[BR]]    '''     Deadline:'''   automn 2013 [[BR]] '''     Priority:'''      high    [[BR]] '''     Depends on:''' - [[BR]] '''     Principal Investigator : '''      Gurvan Madec and Fabien Roquet (gurvan.madec@locean-ipsl.upmc.fr)  [[BR]] [[BR]] 
    1719 
    1820---- 
     
    2426see [https://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/log/branches/2012/dev_r3309_LOCEAN12_Ediag/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC?rev=3316 revision 3316] 
    2527 
    26   '''                                        trdmod_oce'''                                         module and '''                                        namtrd namelist'''                                         [[BR]] 
     28  '''                                         trdmod_oce'''                                          module and '''                                         namtrd namelist'''                                          [[BR]] 
    2729 
    2830logical flags added in namlist namtrd which now controls what is done with the trends. [[BR]] All the types of treatment of a given trend are available at the same time. The memory requirement will only increase due to the time averaged arrays defined in IOM. 
     
    4042Add these new logical in the namelist. '''==>>> CAUTION only in the ORCA2_LIM directory''' [[BR]] NB: here is the new name set in revision number 3318[[BR]] 
    4143 
    42   '''                                        trdtra'''                                         module[[BR]] 
     44  '''                                         trdtra'''                                          module[[BR]] 
    4345 
    4446Add a systematic mask of the trend.[[BR]] Change the comments to better describe the purpose of this module. Its purpose is: [[BR]] 
    4547 
    46   'TRA' case:  to regroup T & S trends and send them to trd_mod, with, in case of advection, transform the incoming advective fluxes into advctive trend (U.grad[T])[[BR]]                                        'TRC' case:  send trend to ted_mod_trc, with,  in case of advection,  transform the incoming advective fluxes into advective trend [[BR]]                                        all cases  : mask the trend    ('''                                        ===>>>   PROBABLY add in the module a lbc_lnk so that the trend is defined everywhere'''                                        ) 
    47  
    48   '''                                        dynadv_cen2 and _ubs'''                                         modules[[BR]] 
     48  'TRA' case:  to regroup T & S trends and send them to trd_mod, with, in case of advection, transform the incoming advective fluxes into advctive trend (U.grad[T])[[BR]]                                         'TRC' case:  send trend to ted_mod_trc, with,  in case of advection,  transform the incoming advective fluxes into advective trend [[BR]]                                         all cases  : mask the trend    ('''                                         ===>>>   PROBABLY add in the module a lbc_lnk so that the trend is defined everywhere'''                                         ) 
     49 
     50  '''                                         dynadv_cen2 and _ubs'''                                          modules[[BR]] 
    4951 
    5052change jpdyn_trd_had  into jpdyn_trd_keg. Now in flux form _keg corresponds to the horizontal advection trends and _rvo to the metric terms[[BR]] [[BR]] 
    5153 
    52   '''                                        dynnxt'''                                         module[[BR]] 
     54  '''                                         dynnxt'''                                          module[[BR]] 
    5355 
    5456add the output using sum of the total dyn trend (except asselin time filter) ("utrd_tot", "vtrd_tot") and of the asselin time filter trend ("utrd_atf", "vtrd_atf") but with a shift by one time step[[BR]] [[BR]] 
    5557 
    56   '''                                        dynvor, trdvor and trdmod_oce'''                                         modules[[BR]] 
     58  '''                                         dynvor, trdvor and trdmod_oce'''                                          modules[[BR]] 
    5759 
    5860suppress the call to trd_mod in the jpdyn_trd_dat case (computation of beta.V) add add the calculation of beta.V term in 'trdvor' in jpvor_pvo case. And obviously suppress jpdyn_trd_dat from trdmod_oce [[BR]] Also suppress the jpdyn_trd_had case  horizontal advection for the dynamics is 'keg' + 'vor'  ; in case of flux form,  'had' is put in 'keg' and the metric terms is put in 'vor' [[BR]] there is now only 10 trends on the dynamics instead of 12[[BR]] [[BR]] 
    5961 
    60   '''                                        trdmod'''                                         module[[BR]] 
     62  '''                                         trdmod'''                                          module[[BR]] 
    6163 
    62641- introduce the new logical namelist parameters[[BR]] 2- introduce new subroutines : '''trd_budget''' : computation of the domain averaged T,T^2^, PE, KE trends formerly computes in trd_mod routine)[[BR]] ''' trd_3Diom''': output of the 3D trends using IOM [[BR]] [[BR]] 
    6365 
    64   '''                                        trdicp'''                                         module[[BR]] 
     66  '''                                         trdicp'''                                          module[[BR]] 
    6567 
    6668add in trd_twr routine the computation of the vertical diffusive trend on T & S in case of iso-neutral diffusion (ln_traldf_iso=T). These trends ("ttrd_zdfp", "strd_zdfp")  name zdfp for "PURE" vertical diffusion trends are output so that by difference with "zdf" trends we can access to the vertical contribution of the iso-neutral operator [[BR]] [[BR]] 
    6769 
    68   '''                                        iodef.xml'''                                         file[[BR]] 
     70  '''                                         iodef.xml'''                                          file[[BR]] 
    6971 
    7072add all the trends nick name : '''==>>> CAUTION only in the ORCA2_LIM directory''' [[BR]] [[BR]] 
     
    7375''' Step II : simplification of the structure ''' 
    7476 
    75   '''                                        trdicp and trdicp_oce'''                                         modules[[BR]] 
     77  '''                                         trdicp and trdicp_oce'''                                          modules[[BR]] 
    7678 
    7779see [https://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/log/branches/2012/dev_r3309_LOCEAN12_Ediag/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC?rev=3317 revision 3317] 
     
    79811- suppress trdicp_oce module (put required variables in trdmod_oce parameters)[[BR]] 2- use the jptra_trd_...  instead of jpicp_...  3- move trd_budget subroutine from trdmod to trdicp.F90. Suppress trd_icp routine (i.e. trd_2d, trd_3d) as the work is now simply done in trd_budget.[[BR]] 4- rescan all dyn/tra trend indices. add jptra_trd_zdfp for "PURE Kz dissusive trend when ln_traldf_iso=T (see also changes in tranxt where a call to trd_tra is done just before the swap, so that PURE Kz trends can be diagnosed in tra_trd. See also xml file).  5- jptra_trd_nsr and jptra_trd_cdt are 3D trends as their incorporate both surface forcing AND runoff, the later being possibly spread in depth ('''==>>> probably to be changed''')[[BR]] 6- suppress the key_trddyn key trdtra  from trdicp[[BR]] 
    8082 
    81   '''                                        trdtra - trddyn - trdmod - trdvor'''                                         modules : impact on '''                                        TRA'''                                        , '''                                        DYN'''                                        , '''                                        TRD'''                                         and almost all '''                                        TOP_SRC'''                                         modules[[BR]] 
     83  '''                                         trdtra - trddyn - trdmod - trdvor'''                                          modules : impact on '''                                         TRA'''                                         , '''                                         DYN'''                                         , '''                                         TRD'''                                          and almost all '''                                         TOP_SRC'''                                          modules[[BR]] 
    8284 
    8385see [https://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/log/branches/2012/dev_r3309_LOCEAN12_Ediag/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC?rev=3318 revision 3318] 
     
    9496''' Step III : addition of 3D KE diagnostics ''' 
    9597 
    96   '''                                        trdken'''                                         module[[BR]] 
     98  '''                                         trdken'''                                          module[[BR]] 
    9799 
    98100see [https://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/log/branches/2012/dev_r3309_LOCEAN12_Ediag/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC?rev=3325 revision 3325] 
     
    109111''' Step IV : addition of 3D PE diagnostics ''' 
    110112 
    111   '''                                        trdpen'''                                         module[[BR]] 
     113  '''                                         trdpen'''                                          module[[BR]] 
    112114 
    113115see [https://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/log/branches/2012/dev_r3309_LOCEAN12_Ediag/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC?rev=3326 revision 3326] and [https://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/log/branches/2012/dev_r3309_LOCEAN12_Ediag/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC?rev=3327 revision 3327] 0- correct a bug in trdtra and trdken 
     
    123125NB: runoff put as a source term in the divergence computation since v3.3 (see divcur), implication for source term in PE, but also tracer trends ? '''Think about that!''''''''' 
    124126 
    125 [[BR]] [[BR]] [[BR]] [[BR]] [[BR]] [[BR]] [[BR]] [[BR]] [[BR]] '''Pending issues''' : 
    126  
    127   atmospheric pressure gradient trend not taken into account (see dynspg.F90  '''                                        To be done !!!!'''                                        [[BR]]                                       ''' 
    128  
    129   kpp non-local trend put in zdf trends !!!  this will not work ! a additional trend term should be add '''                                        To be done !!!!'''                                        [[BR]]                                       ''' 
     127[[BR]] [[BR]] [[BR]] 
     128---- 
     129'''Step IV : port to v3.5 beta''' 
     130 
     131 
     132[[BR]]april 17 2013:  
     133 
     134• create a new branch from v3.5 : [https://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/browser/branches/2013/dev_r3858_CNRS3_Ediag 2013/dev_r3858_CNRS3_Ediag][[BR]] [[BR]] • merge [https://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/browser/branches/2012/dev_r3309_LOCEAN12_Ediag 2012/dev_r3309_LOCEAN12_Ediag]  with  [https://forge.ipsl.jussieu.fr/nemo/browser/branches/2013/dev_r3858_CNRS3_Ediag 2013/dev_r3858_CNRS3_Ediag][[BR]] [[BR]][[BR]][[BR]][[BR]] 
     135---- 
     136'''Step IV : port to v''' 
     137 
     138[[BR]] '''Pending issues''' : 
     139 
     140  atmospheric pressure gradient trend not taken into account (see dynspg.F90  '''                                         To be done !!!!'''                                         [[BR]]                                        ''' 
     141 
     142  kpp non-local trend put in zdf trends !!!  this will not work ! a additional trend term should be add '''                                         To be done !!!!'''                                         [[BR]]                                        ''' 
    130143 
    131144  problems to be solved: vvl case for tracer sad trends ; flux form case for had (keg) and zad momentum trends[[BR]] 
     
    135148  create the momentum diag over the ML 
    136149 
    137   reshape trdtra so that T and S are treated separately in all ted routine (including mld diag...) create umask_i and vmask_i (2D) fields that mirror task_i field but for the velocity points '''''  ''''' ' 
    138  
     150  reshape trdtra so that T and S are treated separately in all ted routine (including mld diag...) create umask_i and vmask_i (2D) fields that mirror task_i field but for the velocity points '''''   '''''  ' 
     151 
     152---- 
    139153'''Changes done by Fabien R.''' 
    140154