Changeset 259


Ignore:
Timestamp:
2011-06-17T16:55:45+02:00 (13 years ago)
Author:
didier.solyga
Message:

Forget to add ENSEMBLE from the trunk version to the merge

Location:
branches/ORCHIDEE_EXT/ORCHIDEE_OL/FLUXNET
Files:
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/ORCHIDEE_EXT/ORCHIDEE_OL/FLUXNET/Job_FLUXNET_validation

    r65 r259  
    212212 
    213213    IGCM_card_WriteOption ${New_SUBMIT_DIR}/COMP/spinup.card UserChoices DRIVER_NORESTART y 
     214    IGCM_card_WriteOption ${New_SUBMIT_DIR}/COMP/spinup.card UserChoices DRIVER_TIMELENGTH n 
    214215 
    215216    eval IGCM_card_WriteOption ${New_SUBMIT_DIR}/COMP/spinup.card UserChoices duree_nostomate $( correct_duree ${fluxnet_SPINUP_duree_nostomate} ${TIME_YEAR} ) 
    … …  
    225226 
    226227    # TimeSeries : ALMAOUTPUT for SECHIBA 
    227  
    228 # WARNING : You can use this first option if you set CONSERVE=y in fluxnet.card 
     228    typeset option 
     229    for option in ${config_SubJobPost[*]} ; do 
     230        eval value=\${config_SubJobPost_${option}} 
     231        eval echo ${option} ${value} 
     232        if [ X${value} != X ] ; then 
     233            eval IGCM_card_WriteOption ${New_SUBMIT_DIR}/config.card SubJobPost ${option} \${config_SubJobPost_${option}} 
     234        fi 
     235    done 
    229236#    eval IGCM_card_WriteOption ${New_SUBMIT_DIR}/config.card SRF TimeSeriesFrequency ${TIME_YEAR}Y 
    230     eval IGCM_card_WriteOption ${New_SUBMIT_DIR}/config.card SRF TimeSeriesFrequency NONE 
     237#    eval IGCM_card_WriteOption ${New_SUBMIT_DIR}/config.card SRF TimeSeriesFrequency NONE 
    231238    set -A sechiba_TimeSeriesVars2D -- nobiofrac SWnet LWnet Qh Qle Qg Qf DelSurfHeat DelColdCont Snowf Rainf Evap \ 
    232239                                     Qs Qsb Qsm DelSoilMoist DelSWE DelIntercept AvgSurfT RadT Albedo SWE SoilMoist SoilWet SoilTemp PotEvap \ 
    … …  
    247254 
    248255 
    249     # modification on orchidee.def 
    250     IGCM_sys_Cp ${SUBMIT_DIR}/orchidee.def ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/orchidee.def 
     256    # modification on parameter files 
     257    IGCM_sys_Cp ${SUBMIT_DIR}/PARAM/sechiba.def ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/sechiba.def 
     258    IGCM_sys_Cp ${SUBMIT_DIR}/PARAM/stomate.def ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/stomate.def 
     259    IGCM_sys_Cp ${SUBMIT_DIR}/PARAM/driver.def ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/driver.def 
    251260 
    252261    eval first_option=${fluxnet_SubJobParams[0]} > /dev/null 2>&1 
    … …  
    255264        eval first_option=${spinup_SubJobParams[0]} > /dev/null 2>&1 
    256265             
    257         typeset option option_ 
     266        typeset option option_ PARAM_FILE 
    258267        for option in ${fluxnet_SubJobParams[*]} ; do 
    259             eval echo "${option}="\${fluxnet_SubJobParams_${option}} 
    260             eval ORCHIDEE_sed ${option} \${fluxnet_SubJobParams_${option}} 
     268            PARAM_FILE=$( echo ${option} | awk -F_ '{print $1}' ) 
     269            echo "For parameter file ${PARAM_FILE}.def" 
     270            option_=$( echo ${option} | sed -e "s/${PARAM_FILE}_//" ) 
     271            eval echo "${option_}="\${fluxnet_SubJobParams_${option}} 
     272            case ${PARAM_FILE} in 
     273                sechiba) 
     274                    eval SECHIBA_sed ${option_} \${fluxnet_SubJobParams_${option}} 
     275                    ;; 
     276                stomate) 
     277                    eval STOMATE_sed ${option_} \${fluxnet_SubJobParams_${option}} 
     278                    ;; 
     279                driver) 
     280                    eval DRIVER_sed ${option_} \${fluxnet_SubJobParams_${option}} 
     281                    ;; 
     282            esac 
    261283 
    262284            if [ X${first_option} != X"Error:" ] ; then 
    … …  
    271293 
    272294    # Replace vegetation 
    273     eval ORCHIDEE_sed IMPOSE_VEG y 
    274  
    275     ipft=1 
    276     while [ $ipft -lt 14 ] ; do 
    277         if [ $ipft -lt 10 ] ; then 
    278             numpft=0${ipft} 
    279         else 
    280             numpft=${ipft} 
    281         fi 
    282         ORCHIDEE_sed SECHIBA_VEG__${numpft} ${fluxnet_FLUXNET_Sites[$(( index + ColumnPFT + ipft - 1 )) ]} 
    283         ORCHIDEE_sed SECHIBA_VEGMAX__${numpft} ${fluxnet_FLUXNET_Sites[$(( index + ColumnPFT + ipft - 1 )) ]} 
    284         ORCHIDEE_sed SECHIBA_LAI__${numpft} ${fluxnet_FLUXNET_Sites[$(( index + ColumnLAI + ipft - 1 )) ]} 
    285         let ipft=ipft+1 
     295    IGCM_card_WriteOption ${New_SUBMIT_DIR}/COMP/spinup.card UserChoices impose_veg y 
     296 
     297    (( iphys = 0 )) 
     298    while [ $iphys -lt ${fluxnet_FLUXNET_NbSitesParam} ] ; do 
     299         
     300        # Detect if physical parameter has  
     301        #  array description or line per PFT description in the parameter file 
     302        SearchParam="" 
     303        ${fluxnet_FLUXNET_CompSitesParam[${iphys}]}_grep ${fluxnet_FLUXNET_NameSitesParam[${iphys}]} 
     304 
     305        case ${SearchParam} in 
     306            undefined) 
     307                echo "ERROR : parameter ${fluxnet_FLUXNET_NameSitesParam[${iphys}]} doen't exist in ${fluxnet_FLUXNET_CompSitesParam[${iphys}]} parameter file !" 
     308                echo "You must correct NameSiteParam option in fluxnet.card file or add new parameter in component.def file" 
     309                echo "We must STOP here." 
     310                exit 1 
     311                ;; 
     312            line) 
     313                ipft=1 
     314                while [ $ipft -le ${NbPFTs} ] ; do 
     315                    if [ $ipft -lt 10 ] ; then 
     316                        numpft=0${ipft} 
     317                    else 
     318                        numpft=${ipft} 
     319                    fi 
     320             
     321                    ${fluxnet_FLUXNET_CompSitesParam[${iphys}]}_sed ${fluxnet_FLUXNET_NameSitesParam[${iphys}]}__${numpft} ${fluxnet_FLUXNET_Sites[$(( index + 4 + ( iphys * NbPFTs ) + ipft - 1 )) ]} 
     322                    (( ipft = ipft + 1 )) 
     323                done 
     324                ;; 
     325            vector) 
     326                unset ValueSiteParams 
     327                ipft=0 
     328                while [ $ipft -lt ${NbPFTs} ] ; do 
     329                    ValueSiteParams[${ipft}]=${fluxnet_FLUXNET_Sites[$(( index + 4 + ( iphys * NbPFTs ) + ipft - 1 )) ]} 
     330                    (( ipft = ipft + 1 )) 
     331                done 
     332                ${fluxnet_FLUXNET_CompSitesParam[${iphys}]}_sed ${fluxnet_FLUXNET_NameSitesParam[${iphys}]} "${ValueSiteParams[*]}" 
     333                ;; 
     334        esac 
     335 
     336        (( iphys = iphys + 1 )) 
    286337    done 
    287338 

  • branches/ORCHIDEE_EXT/ORCHIDEE_OL/FLUXNET/atlas_FLUXNET.cfg

    r65 r259  
    66# Contact: Nioclas.Vuichard@lsce.jussieu.fr 
    77# $Date: 
    8 # $Name: OOL_1_9_5 $ 
    9 # $Revision: 1.6 $ 
     8# $Name$ 
     9# $Revision: 53 $ 
    1010# History: 
    1111# Modification: Martial Mancip 

  • branches/ORCHIDEE_EXT/ORCHIDEE_OL/FLUXNET/atlas_FLUXNET_LATHUILE.cfg

    r65 r259  
    66# Contact: Nioclas.Vuichard@lsce.jussieu.fr 
    77# $Date: 
    8 # $Name: OOL_1_9_5 $ 
    9 # $Revision: 1.2 $ 
     8# $Name$ 
     9# $Revision: 53 $ 
    1010# History: 
    1111# Modification: Nicolas Vuichard 

  • branches/ORCHIDEE_EXT/ORCHIDEE_OL/FLUXNET/atlas_FLUXNET_soenke.cfg

    r65 r259  
    66# Contact: Nioclas.Vuichard@lsce.jussieu.fr 
    77# $Date: 
    8 # $Name: OOL_1_9_5 $ 
    9 # $Revision: 1.8 $ 
     8# $Name$ 
     9# $Revision: 53 $ 
    1010# History: 
    1111# Modification: Nicolas Vuichard 

  • branches/ORCHIDEE_EXT/ORCHIDEE_OL/FLUXNET/config.card

    r65 r259  
    4040#======================================================================== 
    4141#======================================================================== 
    42 #D-- SRF options passed to SRF subjobs 
     42#D-- SRF options passed to SuRFace (SECHIBA) subjobs 
    4343[SRF] 
    4444WriteFrequency="1800s" 
    … …  
    5151# Old component name for restart (if empty, use new name) 
    5252OldName= 
    53 #D- If you want to produce time series, this flag determines 
    54 #D- frequency of post-processing submission 
    55 TimeSeriesFrequency= NONE 
    56 #D- If you want to produce seasonal average, this flag determines 
    57 #D- the period of this average 
    58 SeasonalFrequency= NONE 
    5953 
    6054#D-- Surface BioGeochemistry ( STOMATE ) subjobs 
    6155[SBG] 
    62 WriteFrequency="1D" 
     56WriteFrequency="1M" 
    6357Restart= n 
    6458#-- Last day of the experience used as restart 
    … …  
    6963# Old component name for restart (if empty, use new name) 
    7064OldName= 
     65 
     66#D-- Post-treatment options passed to SubJobs on all sites 
     67# WARNING : You can use thoses options only if you set CONSERVE=y in fluxnet.card 
     68[SubJobPost] 
     69#D- Do we rebuild parallel output, this flag determines 
     70#D- frequency of rebuild submission 
     71RebuildFrequency=NONE 
     72#D- Do we rebuild parallel output from archive (use NONE to use SCRATCHDIR as buffer) 
     73RebuildFromArchive=NONE 
    7174#D- If you want to produce time series, this flag determines 
    7275#D- frequency of post-processing submission 
    … …  
    7578#D- the period of this average 
    7679SeasonalFrequency= NONE 
     80#D- Offset for seasonal average first start dates ; same unit as SeasonalFrequency 
     81#D- Usefull if you do not want to consider the first X simulation's years 
     82SeasonalFrequencyOffset=0 
     83 
    7784#======================================================================== 
    7885#======================================================================== 

  • branches/ORCHIDEE_EXT/ORCHIDEE_OL/FLUXNET/fluxnet.card

    r65 r259  
    11[FLUXNET] 
    22# - Fluxnet files path 
    3 FluxnetPath= ${R_BC}/OOL/${config_UserChoices_TagName}/FLUXNET/BC 
     3FluxnetPath=/home/orchidee01/vuichard/Input_Fluxnet 
    44 
    55# - Number of PFTs : 
    66NbPFTs= 13 
    77 
    8 # - Information on the sites to be treated : 
    9 #   * Number of physical parameters on each sites per PFTs 
    10 NbSitesParam= 2 
    11 # 4 first parameters are Name, Forcing file, Begin date, Number of years in forcing file 
    12  
    13 #   * ORCHIDEE name for physical parameters on each sites 
    14 #   PFT (IMPOSE_VEG), \ 
    15 #   initial LAI (IMPOSE_VEG) 
    16 NameSitesParam= ( SECHIBA_VEGMAX, SECHIBA_LAI ) 
    17 # by Default :  
    18 # 1) first line is for PFT 
    19 # 2) second line is for LAI default for SLOWPROC lai model with :  
    20 #    llaimax = 0.,  8.,  8.,  4., 4.5, 4.5,  4., 4.5,  4.,  2.,  2.,  2.,  2.) 
    21  
    22 #   * Name of component for each physical parameter described in NameSitesParam 
    23 #     (in SECHIBA, STOMATE, DRIVER) 
    24 CompSitesParam= ( SECHIBA, SECHIBA ) 
    25  
     8#**** Information on the sites to be treated ************************* 
     9#  Number of parameters to modify for each site 
     10NbSitesParam= 1 
     11#  Name of the parameters to modify for on each site 
     12NameSitesParam= ( SECHIBA_VEGMAX ) 
     13#  Name of the component for each parameter described in NameSitesParam (either, SECHIBA, STOMATE, or DRIVER) 
     14CompSitesParam= ( SECHIBA ) 
    2615 
    2716# Sites descriptions 
    28 #       Abbrv,  Filename ,      Inital year (for gregorian calendar) , Length (Y),  \ 
    29 #param 1,   2,   3,   4,   5,   6,   7,   8,   9,  10,  11,  12,  13 
    30 Sites= ( GU, GU.nc   ,          1996,                         3     , \ 
    31      0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.7, 0.0, 0.3, 0.0, 0.0, 0.0, \ 
    32      0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 2.0, 0.0, 2.0, 0.0, 0.0, 0.0) \ 
    33 \ 
    34        ( FL, FL.nc   ,          1996,                         3     , \ 
    35      0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, \ 
    36      0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 2.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0) \ 
    37 \ 
    38        ( HY, HY.nc   ,          1996,                         5     , \ 
    39      0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.9, 0.0, 0.0, 0.1, 0.0, 0.0, 0.0, \ 
    40      0.0, 8.0, 8.0, 4.0, 4.5, 4.5, 3.0, 2.5, 4.0, 3.0, 2.0, 2.0, 2.0) \ 
    41 \ 
    42        ( NB, NB.nc   ,          1994,                         5     , \ 
    43      0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.7, 0.3, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, \ 
    44      0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 4.5, 4.5, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0) \ 
    45 \ 
    46        ( NO, NO.nc   ,          1996,                         3     , \ 
    47      0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, \ 
    48      0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 4.5, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0) \ 
    49 \ 
    50        ( HV, HV.nc   ,          1992,                         8     , \ 
    51      0.0, 0.0, 0.0, 0.3, 0.0, 0.7, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, \ 
    52      0.0, 0.0, 0.0, 2.8, 0.0, 2.8, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0) \ 
    53 \ 
    54        ( SO, SO.nc   ,          1997,                         4     , \ 
    55      0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, \ 
    56      0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 2.9, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0) \ 
    57 \ 
    58        ( VI, VI.nc   ,          1996,                         3     , \ 
    59      0.0, 0.0, 0.0, 0.3, 0.0, 0.7, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, \ 
    60      0.0, 0.0, 0.0, 2.5, 0.0, 2.5, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0) \ 
    61 \ 
    62        ( WB, WB.nc   ,          1995,                         3     , \ 
    63      0.0, 0.0, 0.0, 0.2, 0.0, 0.8, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, \ 
    64      0.0, 0.0, 0.0, 3.0, 0.0, 3.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0) \ 
    65 \ 
    66        ( AB, AB.nc   ,          1997,                         3     , \ 
    67      0.0, 0.0, 0.0, 0.9, 0.0, 0.1, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, \ 
    68      0.0, 0.0, 0.0, 7.5, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 7.5, 0.0, 0.0, 0.0) \ 
    69 \ 
    70        ( BR, BR.nc   ,          1996,                         4     , \ 
    71      0.0, 0.0, 0.0, 0.6, 0.0, 0.4, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, \ 
    72      0.0, 0.0, 0.0, 2.5, 0.0, 2.5, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0) \ 
    73 \ 
    74        ( LO, LO.nc   ,          1996,                         5     , \ 
    75      0.0, 0.0, 0.0, 0.8, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.2, 0.0, 0.0, 0.0, \ 
    76      1.5, 8.0, 8.0, 3.0, 1.6, 5.5, 3.0, 2.5, 4.0, 3.2, 2.9, 5.0, 2.0) \ 
    77 \ 
    78        ( ME, ME.nc   ,          1996,                         2     , \ 
    79      0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, \ 
    80      0.0, 0.0, 0.0, 3.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0) \ 
    81 \ 
    82        ( TH, TH.nc   ,          1996,                         5     , \ 
    83      0.0, 0.0, 0.0, 0.8, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.2, 0.0, 0.0, 0.0, \ 
    84      1.5, 8.0, 8.0, 6.0, 1.6, 5.5, 3.0, 2.5, 4.0, 6.0, 2.9, 5.0, 2.0) \ 
    85 \ 
    86        ( WE, WE.nc   ,          1996,                         4     , \ 
    87      0.0, 0.0, 0.0, 0.8, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.2, 0.0, 0.0, 0.0, \ 
    88      0.0, 0.0, 0.0, 6.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 6.0, 0.0, 0.0, 0.0) \ 
    89 \ 
    90        ( MA, MA.nc   ,          1996,                         1     , \ 
    91      0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, \ 
    92      0.0, 5.5, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0) \ 
    93 \ 
    94        ( LW, LW.nc   ,          1997,                         2     , \ 
    95      0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, \ 
    96      0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 2.5, 0.0, 0.0, 0.0) \ 
    97 \ 
    98        ( SH, SH.nc   ,          1997,                         1     , \ 
    99      0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, \ 
    100      0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 2.0, 0.0, 0.0) \ 
     17# 4 first parameters are Name, Forcing file, Initial Year, Number of years in forcing file 
     18# following parameters are NameSitesParam 
     19Sites= ( NL-Loo, NL-Loo.nc,  1996,                                 11, \ 
     20     0,   0,   0, 0.8,   0,   0,   0,   0,   0, 0.2,   0,   0,   0.) \ 
     21 \ 
     22       ( DE-Hai, DE-Hai.nc,  2000,                                  7, \ 
     23     0,   0,   0,   0,    0, 0.8,   0,   0,   0, 0.2,   0,   0,   0) \ 
     24 \ 
     25       ( BW-Ma1, BW-Ma1.nc,  1999,                                  3, \ 
     26    0.1, 0.2,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 0.7,   0,   0,   0) \ 
     27 \ 
     28       ( FI-Sod, FI-Sod.nc,  2000,                                  7, \ 
     29      0,   0,   0,   0,   0,   0, 0.8,   0,   0, 0.2,   0,   0,   0) \ 
     30 \ 
     31       ( BR-Sa1, BR-Sa1.nc,  2002,                                  3, \ 
     32      0, 0.8,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 0.2,   0,   0,   0) \ 
     33 \ 
     34       ( RU-Zot, RU-Zot.nc,  2002,                                  3, \ 
     35     0,   0,   0,   0,   0,   0, 0.8,   0,   0, 0.2,   0,   0,   0) \ 
     36 \ 
     37        ( BR-Ma2, BR-Ma2.nc,  2002,                                  5, \ 
     38      0, 0.8,   0,   0,   0,   0,   0,   0,   0, 0.2,   0,   0,   0) 
    10139 
    102 #??? 
    103 #        ( BX, BX.nc   ,     2     , \ 
    104 #      0.0, 0.0, 0.0, 0.7, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.3, 0.0, 0.0, 0.0, \ 
    105 #      0.0, 0.0, 0.0, 2.9, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 2.9, 0.0, 0.0, 0.0) \ 
    106 # \ 
    107  
    108 #\ 
    109 #       ( ??, ??.nc   ,     2000,     0     , \ 
    110 #     0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, \ 
    111 #                                   0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0) \ 
    112 #\ 
    113  
    114  
    115 # The following tables of parameters for SECHIBA 
    116 # are in the following order : 
     40# To fill the VEGMAX for each site 
     41# here below is the standard PFT list 
    11742# 
    11843#    1 - Bare soil 
    … …  
    13156 
    13257[SPINUP] 
    133     # SPINUP configuration :  
    134     # ---------------------- 
    135 # !! Step of time in N Years !! 
    136 # !! The spinup will change if the fluxnet file contains more than one year !! 
    137 #    ( N = Number of years contain in fluxnet forcing file )  
    138 #     each Year * N 
    139  
    14058# Initialisation for spin-up : 
    14159# orchidee with sechiba alone (!!! if ok_stomate == n !!!) 
    … …  
    14361# orchidee with stomate 
    14462duree_inistomate=1 
    145 # teststomate (only if duree_nostomate or duree_inistomate > 0) 
     63# teststomate (only if duree_inistomate > 0) 
    14664duree_offlineini=0 
    14765 
    148 # Loop configuration for spin-up : 
     66# Loop over ORCHIDEE runs (used for spin-up) 
    14967# The whole job is restarted n_iter times 
    15068n_iter=1 
    … …  
    15674duree_carbonsol=10000 
    15775 
    158 # Finalization for spin-up : 
    159 # all orchidee 
    160 duree_final=20 
     76# Final run (full ORCHIDEE) 
    16177# This last parameter must be non-zero. 
     78duree_final=200 
    16279 
    16380 
    16481    # POST configuration :  
    16582    # -------------------- 
    166 # ATLAS fix parameters : 
    16783# Atlas Name :  
    168 AtlasCfg=atlas_FLUXNET.cfg 
    169 #atlas_FLUXNET.cfg 
    170 #atlas_FLUXNET_soenke.cfg 
     84AtlasCfg=atlas_FLUXNET_LATHUILE.cfg 
    17185 
    172 # observation_file 
    173 observation_file_path='${R_BC}/OOL/${config_UserChoices_TagName}/FLUXNET/BC/${Site}.nc' 
    174 #'${R_BC}/OOL/${config_UserChoices_TagName}/FLUXNET/OLD/${Site}.nc' 
    175 #'${R_BC}/OOL/${config_UserChoices_TagName}/FLUXNET/OBS/${Site}_obs_gapfilled.nc' 
     86# Observation_file 
     87observation_file_path='/home/orchidee01/vuichard/Input_Fluxnet/${Site}.nc' 
    17688 
    177 # old history file 
    178 reference_file_path='/dmnfs/cont003/p86manci/VALID_OL/OK_STOMATE/${Site}_sechiba_hist.nc' 
    179 # 3 choices : SECHIBA, OK_CO2, OK_STOMATE 
    180 #'/dmnfs/cont003/p86manci/VALID_OL/SECHIBA/${Site}_sechiba_hist.nc' 
     89# History file of former ORCHIDEE runs (Reference) to compare with the current simulations 
     90reference_file_path='/home/orchidee01/vuichard/ORCHIDEE_1951/IGCM_OUT/OL2/Fluxnet_Vuichard/${Site}_sechiba_hist.nc' 
    18191 
    18292# Modulo for SpinUp years 
    … …  
    18797 
    18898[UserChoices] 
    189  
    190 # 
    191 ###-- STOMATE flag 
    192 # 
     99# stomate activated or not ? 
    193100ok_stomate=y 
    194 # 
    195 ###-- OK_CO2 flag 
    196 # 
     101# Photosynthesis activated or not ? 
    197102ok_co2=y 
    198  
    199 # 
    200 ###-- NEW HYDROL CWRR flag 
    201 # 
     103# New hydrology (deRosnay) activated or not ? 
    202104ok_newhydrol=n 
    203105 
    204 # 
    205 ## DEBUG mode for SPINUP  
     106# DEBUG mode for SPINUP  
    206107# 
    207108# This mode keep all SPINUP directory in ARCHIVE 
    208109# If disable, all ARCHIVE is automaticly cleaned. 
    209 #  
    210110DEBUG_SPIN=n 
    211111# If you don't want to keep old spinup steps, but last one 
    212 CONSERVE=y 
     112CONSERVE=n  
    213113 
    214114[SubJobParams] 
    215 # You can specify here any parameters to be modified in sechiba.def, stomate.def or driver.def for SpinUp Subjobs. 
    216 # NEW : due to split of orchidee.def in component specific parameter files, 
    217 #       you must add here a prefix for the specific parameter file. 
    218 driver_DEBUG_INFO=n 
    219 sechiba_LONGPRINT=n 
     115# You can specify here any parameters to be modified in sechiba.def, stomate.def or driver.def 
     116# due to split of orchidee.def in component specific parameter files, 
     117# you must add here a prefix for the specific parameter file. 
    220118stomate_BAVARD=0 
    221119sechiba_ALMA_OUTPUT=y 
    222 driver_ALLOW_WEATHERGEN=n 
    223120sechiba_SECHIBA_reset_time=y 
    224 ## To begin with half water stress 
    225 #sechiba_HYDROL_HUMR=0.5 
    226 # FLUXNET files have hour frequency values. 
    227121driver_SPLIT_DT=1 

  • branches/ORCHIDEE_EXT/ORCHIDEE_OL/FLUXNET/fluxnet.ksh

    r65 r259  
    1818    IGCM_date_GetYearMonth ${DateBegin} year month 
    1919     
     20    IGCM_card_DefineArrayFromSection ${SUBMIT_DIR}/config.card SubJobPost 
     21    typeset option 
     22    for option in ${config_SubJobPost[*]} ; do 
     23        IGCM_card_DefineVariableFromOption ${SUBMIT_DIR}/config.card SubJobPost ${option} 
     24    done 
     25     
     26    # Subjobs configuration :  
     27    # ----------------------- 
     28 
     29    # 1) UserChoices section of fluxnet.card 
     30 
     31    # This section groups standard options to be passed to ORCHIDEE. 
     32    IGCM_card_DefineArrayFromSection ${SUBMIT_DIR}/fluxnet.card UserChoices 
     33    set +A fluxnet_UserChoices -- ${fluxnet_UserChoices[*]} > /dev/null 2>&1 
     34    typeset option 
     35    for option in ${fluxnet_UserChoices[*]} ; do 
     36        IGCM_card_DefineVariableFromOption ${SUBMIT_DIR}/fluxnet.card UserChoices ${option} 
     37    done 
     38 
    2039    IGCM_card_DefineArrayFromSection ${SUBMIT_DIR}/config.card SRF 
    2140    typeset option 
    … …  
    3150    fi 
    3251     
    33     # Subjobs configuration :  
    34     # ----------------------- 
    35  
    36     # 1) UserChoices section of fluxnet.card 
    37  
    38     # This section groups standard options to be passed to ORCHIDEE. 
    39     IGCM_card_DefineArrayFromSection ${SUBMIT_DIR}/fluxnet.card UserChoices 
    40     set +A fluxnet_UserChoices -- ${fluxnet_UserChoices[*]} > /dev/null 2>&1 
    41     typeset option 
    42     for option in ${fluxnet_UserChoices[*]} ; do 
    43         IGCM_card_DefineVariableFromOption ${SUBMIT_DIR}/fluxnet.card UserChoices ${option} 
    44     done 
    45  
    4652    # 2) FLUXNET section : 
    4753 
    … …  
    5157 
    5258    # - List of the sites/information to be treated : 
     59    #   * Number of PFTs 
     60    IGCM_card_DefineVariableFromOption ${SUBMIT_DIR}/fluxnet.card FLUXNET NbPFTs 
     61    NbPFTs=${fluxnet_FLUXNET_NbPFTs} 
     62 
     63    #   * Number of physical parameters on each sites per PFTs 
     64    IGCM_card_DefineVariableFromOption ${SUBMIT_DIR}/fluxnet.card FLUXNET NbSitesParam 
     65    #   * ORCHIDEE name for physical parameters on each sites 
     66    IGCM_card_DefineArrayFromOption ${SUBMIT_DIR}/fluxnet.card FLUXNET NameSitesParam 
     67    #   * Sites descriptions 
    5368    IGCM_card_DefineArrayFromOption ${SUBMIT_DIR}/fluxnet.card FLUXNET Sites 
     69    #   * Components for each physical parameter described in NameSitesParam 
     70    IGCM_card_DefineArrayFromOption ${SUBMIT_DIR}/fluxnet.card FLUXNET CompSitesParam 
     71 
    5472    echo ${fluxnet_FLUXNET_Sites[*]} 
    55     # Number of columns by site in variable site : name, filename, length, + 13 PFT 
    56     NumInfosBySite=30 
     73 
     74    # Number of columns by site in variable site : name, filename, length, + ${NbPFTs} PFT 
     75    NumInfosBySite=$(( 4 + ( NbPFTs * fluxnet_FLUXNET_NbSitesParam ) )) 
     76 
    5777    # Number of sites : 
    5878    NumSites=$(( ${#fluxnet_FLUXNET_Sites[*]} / NumInfosBySite )) 
    59     # Num of Columns : name, filename, length, + 13 PFT 
     79    # Num of Columns : name, filename, length, + ${NbPFTs} PFT 
    6080    ColumnName=0 
    6181    ColumnFilename=1 
    6282    ColumnYear=2 
    6383    ColumnLength=3 
    64     ColumnPFT=4 
    65     ColumnLAI=17 
    6684 
    6785    # 3) SPINUP section : files path and spinup parameters 
    … …  
    89107} 
    90108 
    91 # Function to sed orchidee.def in Subjob dirs 
    92 function ORCHIDEE_sed 
    93 { 
    94     IGCM_debug_PushStack "ORCHIDEE_sed" 
     109# Function to sed parameter files in Subjob dirs 
     110# For sechiba.def : 
     111function SECHIBA_sed 
     112{ 
     113    IGCM_debug_PushStack "SECHIBA_sed" 
     114     
     115    if [ -f ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/sechiba.def ] ; then 
     116        sed -e "s/^${1}\ *=.*/${1}= ${2}/" \ 
     117            ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/sechiba.def > ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/sechiba.def.tmp 
     118        RET=$? 
     119        echo "SECHIBA_sed : ${1} ${2}" 
     120        \mv ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/sechiba.def.tmp ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/sechiba.def 
     121    fi 
     122 
     123    IGCM_debug_PopStack "SECHIBA_sed" 
     124    return $RET 
     125} 
     126 
     127# For stomate.def : 
     128function STOMATE_sed 
     129{ 
     130    IGCM_debug_PushStack "STOMATE_sed" 
    95131     
    96132    sed -e "s/^${1}\ *=.*/${1}= ${2}/" \ 
    97         ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/orchidee.def > ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/orchidee.def.tmp 
     133        ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/stomate.def > ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/stomate.def.tmp 
    98134    RET=$? 
    99     echo "ORCHIDEE_sed : ${1} ${2}" 
    100     \mv ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/orchidee.def.tmp ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/orchidee.def 
    101  
    102     IGCM_debug_PopStack "ORCHIDEE_sed" 
    103     return $RET 
    104 } 
    105  
     135    echo "STOMATE_sed : ${1} ${2}" 
     136    \mv ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/stomate.def.tmp ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/stomate.def 
     137     
     138    IGCM_debug_PopStack "STOMATE_sed" 
     139    return $RET 
     140} 
     141 
     142# For driver.def : 
     143function DRIVER_sed 
     144{ 
     145    IGCM_debug_PushStack "DRIVER_sed" 
     146     
     147    if [ -f ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/driver.def ] ; then 
     148        sed -e "s/^${1}\ *=.*/${1}= ${2}/" \ 
     149            ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/driver.def > ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/driver.def.tmp 
     150        RET=$? 
     151        echo "DRIVER_sed : ${1} ${2}" 
     152        \mv ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/driver.def.tmp ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/driver.def 
     153    fi 
     154 
     155    IGCM_debug_PopStack "DRIVER_sed" 
     156    return $RET 
     157} 
     158 
     159 
     160# Function to grep parameter files in Subjob dirs 
     161# They search for the argmument value in the file. 
     162# The result of the function is given in ${SearchParam} global variable : 
     163# * "line" if the parameter is defined with the form  
     164#   PARAM__1=value1 
     165#   PARAM__2=value2 
     166#   etc... 
     167# * "vector" if the parameter is defined with the form 
     168#   PARAM=value1 value2 etc... 
     169# * "undefined" if the parameter is not definied in the parameters file 
     170#   This should give an error in the script. 
     171 
     172# For sechiba.def : 
     173function SECHIBA_grep 
     174{ 
     175    IGCM_debug_PushStack "SECHIBA_grep" 
     176    typeset Output 
     177 
     178    if [ -f ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/sechiba.def ] ; then 
     179        set +A Output -- $( grep "^${1}__[0-9]*\ *=" ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/sechiba.def ) 
     180        if [ X${Output[0]} != X ] ; then 
     181            SearchParam=line 
     182        else 
     183            unset Output 
     184            set +A Output -- $( grep "^${1}\ *=" ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/sechiba.def ) 
     185            if [ X${Output[0]} != X ] ; then 
     186                SearchParam=vector 
     187            else 
     188                SearchParam=undefined 
     189            fi 
     190        fi 
     191    else 
     192        SearchParam=undefined 
     193        echo "$@ : file not found !!" 
     194    fi 
     195 
     196    IGCM_debug_PopStack "SECHIBA_grep" 
     197    return $RET 
     198} 
     199 
     200# For stomate.def : 
     201function STOMATE_grep 
     202{ 
     203    IGCM_debug_PushStack "STOMATE_grep" 
     204    typeset Output 
     205 
     206    if [ -f ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/stomate.def ] ; then 
     207        set +A Output -- $( grep "^${1}__[0-9]*\ *=" ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/stomate.def ) 
     208        if [ X${Output[0]} != X ] ; then 
     209            SearchParam=line 
     210        else 
     211            unset Output 
     212            set +A Output -- $( grep "^${1}\ *=" ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/stomate.def ) 
     213            if [ X${Output[0]} != X ] ; then 
     214                SearchParam=vector 
     215            else 
     216                SearchParam=undefined 
     217            fi 
     218        fi 
     219    else 
     220        SearchParam=undefined 
     221        echo "$@ : file not found !!" 
     222    fi 
     223 
     224    IGCM_debug_PopStack "STOMATE_grep" 
     225    return $RET 
     226} 
     227 
     228# For driver.def : 
     229function DRIVER_grep 
     230{ 
     231    IGCM_debug_PushStack "DRIVER_grep" 
     232    typeset Output 
     233 
     234    if [ -f ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/driver.def ] ; then 
     235        set +A Output -- $( grep "^${1}__[0-9]*\ *=" ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/driver.def ) 
     236        if [ X${Output[0]} != X ] ; then 
     237            SearchParam=line 
     238        else 
     239            unset Output 
     240            set +A Output -- $( grep "^${1}\ *=" ${New_SUBMIT_DIR}/PARAM/driver.def ) 
     241            if [ X${Output[0]} != X ] ; then 
     242                SearchParam=vector 
     243            else 
     244                SearchParam=undefined 
     245            fi 
     246        fi 
     247    else 
     248        SearchParam=undefined 
     249        echo "$@ : file not found !!" 
     250    fi 
     251 
     252    IGCM_debug_PopStack "DRIVER_grep" 
     253    return $RET 
     254} 
     255 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.