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p2zbio.F90 in NEMO/branches/2020/dev_r12527_Gurvan_ShallowWater/src/TOP/PISCES/P2Z – NEMO

source: NEMO/branches/2020/dev_r12527_Gurvan_ShallowWater/src/TOP/PISCES/P2Z/p2zbio.F90 @ 13151

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result from merge with qco r12983
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RevLine 
[3443]1MODULE p2zbio
2   !!======================================================================
3   !!                         ***  MODULE p2zbio  ***
4   !! TOP :   LOBSTER
5   !!======================================================================
6   !! History :    -   !  1999-07  (M. Levy) Original code
7   !!              -   !  2000-12  (E. Kestenare) assign a parameter to name individual tracers
8   !!              -   !  2001-03  (M. Levy)  LNO3 + dia2d
9   !!             2.0  !  2007-12  (C. Deltel, G. Madec)  F90
10   !!----------------------------------------------------------------------
11   !!   p2z_bio        : 
12   !!----------------------------------------------------------------------
13   USE oce_trc         !
14   USE trc             !
[9169]15   USE sms_pisces      !
16   USE p2zopt          !
17   USE trd_oce         !
18   USE trdtrc          !
19   !
[3443]20   USE lbclnk          !
21   USE prtctl_trc      ! Print control for debbuging
[9169]22   USE iom             !
[3443]23   
24   IMPLICIT NONE
25   PRIVATE
26
27   PUBLIC   p2z_bio         ! called in ???
28   PUBLIC   p2z_bio_init    ! called in ???
29
[4147]30   REAL(wp) ::   tmumax     ! maximal phytoplankton growth rate            [s-1]
31   REAL(wp) ::   rgamma     ! phytoplankton exudation fraction             [%]
32   REAL(wp) ::   fphylab    ! NH4 fraction of phytoplankton exsudation
33   REAL(wp) ::   tmminp     ! minimal phytoplancton mortality rate         [0.05/86400 s-1=20 days]
34   REAL(wp) ::   aki        ! light photosynthesis half saturation constant[W/m2]
[3443]35   !
[4147]36   REAL(wp) ::   akno3      ! nitrate limitation half-saturation value     [mmol/m3]
37   REAL(wp) ::   aknh4      ! ammonium limitation half-saturation value    [mmol/m3]
38   REAL(wp) ::   taunn      ! nitrification rate                           [s-1]
39   REAL(wp) ::   psinut     ! inhibition of nitrate uptake by ammonium
[3443]40   !
[4147]41   REAL(wp) ::   taudn      ! detritus breakdown rate                        [0.1/86400 s-1=10 days]
42   REAL(wp) ::   fdetlab    ! NH4 fraction of detritus dissolution
[3443]43   !
[4147]44   REAL(wp) ::   taudomn    ! DOM breakdown rate                             [s-1]
45   !                        ! slow remineralization rate of semi-labile dom to nh4 (1 month)
[3443]46   !
[4147]47   REAL(wp) ::   rppz       ! ivlev coeff for zoo mortality
48   REAL(wp) ::   taus       ! specific zooplankton maximal grazing rate              [s-1]
[3443]49   !                                     ! 0.75/86400 s-1=8.680555E-6    1/86400 = 1.15e-5
[4147]50   REAL(wp) ::   aks        ! half-saturation constant for total zooplankton grazing [mmolN.m-3]
51   REAL(wp) ::   rpnaz      ! non-assimilated phytoplankton by zooplancton           [%]
52   REAL(wp) ::   rdnaz      ! non-assimilated detritus by zooplankton                [%]
53   REAL(wp) ::   tauzn      ! zooplancton specific excretion rate                    [0.1/86400 s-1=10 days]
54   REAL(wp) ::   tmminz     ! minimal zooplankton mortality rate                     [(mmolN/m3)-1 d-1]
55   REAL(wp) ::   fzoolab    ! NH4 fraction of zooplankton excretion
56   REAL(wp) ::   fdbod      ! zooplankton mortality fraction that goes to detritus
[3443]57
[5836]58   !! * Substitutions
[12377]59#  include "do_loop_substitute.h90"
[13151]60#  include "domzgr_substitute.h90"
[3443]61   !!----------------------------------------------------------------------
[10067]62   !! NEMO/TOP 4.0 , NEMO Consortium (2018)
[5215]63   !! $Id$
[10068]64   !! Software governed by the CeCILL license (see ./LICENSE)
[3443]65   !!----------------------------------------------------------------------
66CONTAINS
67
[12377]68   SUBROUTINE p2z_bio( kt, Kmm, Krhs )
[3443]69      !!---------------------------------------------------------------------
70      !!                     ***  ROUTINE p2z_bio  ***
71      !!
72      !! ** Purpose :   compute the now trend due to biogeochemical processes
73      !!              and add it to the general trend of passive tracers equations
74      !!
75      !! ** Method  :   each now biological flux is calculated in function of now
76      !!              concentrations of tracers.
77      !!              depending on the tracer, these fluxes are sources or sinks.
78      !!              the total of the sources and sinks for each tracer
79      !!              is added to the general trend.
80      !!       
[12377]81      !!                      tr(Krhs) = tr(Krhs) + zf...tr(Krhs) - zftra...
[3443]82      !!                                     |         |
83      !!                                     |         |
84      !!                                  source      sink
85      !!       
86      !!---------------------------------------------------------------------
[12377]87      INTEGER, INTENT( in ) ::   kt             ! ocean time-step index     
88      INTEGER, INTENT( in ) ::   Kmm, Krhs      ! time level indices
[9169]89      !
[3443]90      INTEGER  ::   ji, jj, jk, jl
91      REAL(wp) ::   zdet, zzoo, zphy, zno3, znh4, zdom      ! now concentrations
92      REAL(wp) ::   zlno3, zlnh4, zle, zlt                  ! limitation terms for phyto
93      REAL(wp) ::   zno3phy, znh4phy, zphynh4, zphydom
94      REAL(wp) ::   zphydet, zphyzoo, zdetzoo
95      REAL(wp) ::   zzoonh4, zzoodom, zzoodet, zdetnh4, zdetdom
96      REAL(wp) ::   znh4no3, zdomnh4, zppz, zpdz, zpppz, zppdz, zfood
97      REAL(wp) ::   zfilpz, zfildz, zphya, zzooa, zno3a
98      REAL(wp) ::   znh4a, zdeta, zdoma, zzoobod, zboddet, zdomaju
99      REAL(wp) ::   ze3t
[9169]100      REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:)   ::   zw2d
101      REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:,:) ::   zw3d
[3443]102      CHARACTER (len=25) :: charout
103      !!---------------------------------------------------------------------
104      !
[9124]105      IF( ln_timing )   CALL timing_start('p2z_bio')
[3443]106      !
[9169]107      IF( lk_iomput )   ALLOCATE( zw2d(jpi,jpj,17), zw3d(jpi,jpj,jpk,3) )
[3443]108
109      IF( kt == nittrc000 ) THEN
110         IF(lwp) WRITE(numout,*)
111         IF(lwp) WRITE(numout,*) ' p2z_bio: LOBSTER bio-model'
112         IF(lwp) WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~'
113      ENDIF
114
[3446]115      xksi(:,:) = 0.e0        ! zooplakton closure ( fbod)
[7646]116      IF( lk_iomput ) THEN
[9169]117         zw2d  (:,:,:) = 0._wp
118         zw3d(:,:,:,:) = 0._wp
[3443]119      ENDIF
120
121      !                                      ! -------------------------- !
122      DO jk = 1, jpkbm1                      !  Upper ocean (bio-layers)  !
123         !                                   ! -------------------------- !
[12377]124         DO_2D_00_00
125            ! trophic variables( det, zoo, phy, no3, nh4, dom)
126            ! ------------------------------------------------
[3443]127
[12377]128            ! negative trophic variables DO not contribute to the fluxes
129            zdet = MAX( 0.e0, tr(ji,jj,jk,jpdet,Kmm) )
130            zzoo = MAX( 0.e0, tr(ji,jj,jk,jpzoo,Kmm) )
131            zphy = MAX( 0.e0, tr(ji,jj,jk,jpphy,Kmm) )
132            zno3 = MAX( 0.e0, tr(ji,jj,jk,jpno3,Kmm) )
133            znh4 = MAX( 0.e0, tr(ji,jj,jk,jpnh4,Kmm) )
134            zdom = MAX( 0.e0, tr(ji,jj,jk,jpdom,Kmm) )
[3443]135
[12377]136            ! Limitations
137            zlt   = 1.
138            zle   = 1. - EXP( -etot(ji,jj,jk) / aki / zlt )
139            ! psinut,akno3,aknh4 added by asklod AS Kremeur 2005-03
140            zlno3 = zno3 * EXP( -psinut * znh4 ) / ( akno3 + zno3 )
141            zlnh4 = znh4 / (znh4+aknh4) 
[3443]142
[12377]143            ! sinks and sources
144            !    phytoplankton production and exsudation
145            zno3phy = tmumax * zle * zlt * zlno3 * zphy
146            znh4phy = tmumax * zle * zlt * zlnh4 * zphy
[3443]147
[12377]148            !    fphylab added by asklod AS Kremeur 2005-03
149            zphydom = rgamma * (1 - fphylab) * (zno3phy + znh4phy)
150            zphynh4 = rgamma * fphylab * (zno3phy + znh4phy)
151            ! zooplankton production
152            !    preferences
153            zppz = rppz
154            zpdz = 1. - rppz
155            zpppz = ( zppz * zphy ) / ( ( zppz * zphy + zpdz * zdet ) + 1.e-13 )
156            zppdz = ( zpdz * zdet ) / ( ( zppz * zphy + zpdz * zdet ) + 1.e-13 )
157            zfood = zpppz * zphy + zppdz * zdet
158            !    filtration
159            zfilpz = taus * zpppz / (aks + zfood)
160            zfildz = taus * zppdz / (aks + zfood)
161            !    grazing
162            zphyzoo = zfilpz * zphy * zzoo
163            zdetzoo = zfildz * zdet * zzoo
[3443]164
[12377]165            ! fecal pellets production
166            zzoodet = rpnaz * zphyzoo + rdnaz * zdetzoo
[3443]167
[12377]168            ! zooplankton liquide excretion
169            zzoonh4 = tauzn * fzoolab * zzoo 
170            zzoodom = tauzn * (1 - fzoolab) * zzoo
[3443]171
[12377]172            ! mortality
173            !    phytoplankton mortality
174            zphydet = tmminp * zphy
[3443]175
[12377]176            !    zooplankton mortality
177            !    closure : flux grazing is redistributed below level jpkbio
178            zzoobod = tmminz * zzoo * zzoo
179            xksi(ji,jj) = xksi(ji,jj) + (1-fdbod) * zzoobod * e3t(ji,jj,jk,Kmm)
180            zboddet = fdbod * zzoobod
[3443]181
[12377]182            ! detritus and dom breakdown
183            zdetnh4 = taudn * fdetlab * zdet
184            zdetdom = taudn * (1 - fdetlab) * zdet
[3443]185
[12377]186            zdomnh4 = taudomn * zdom
[3443]187
[12377]188            ! flux added to express how the excess of nitrogen from
189            ! PHY, ZOO and DET to DOM goes directly to NH4 (flux of ajustment)
190            zdomaju = (1 - redf/reddom) * (zphydom + zzoodom + zdetdom)
[3443]191
[12377]192            ! Nitrification
193            znh4no3 = taunn * znh4
[3443]194
[12377]195            ! determination of trends
196            !    total trend for each biological tracer
197            zphya =   zno3phy + znh4phy - zphynh4 - zphydom - zphyzoo - zphydet
198            zzooa =   zphyzoo + zdetzoo - zzoodet - zzoodom - zzoonh4 - zzoobod
199            zno3a = - zno3phy + znh4no3
200            znh4a = - znh4phy - znh4no3 + zphynh4 + zzoonh4 + zdomnh4 + zdetnh4 + zdomaju
201            zdeta =   zphydet + zzoodet - zdetzoo - zdetnh4 - zdetdom + zboddet
202            zdoma =   zphydom + zzoodom + zdetdom - zdomnh4 - zdomaju
[3443]203
[12377]204            ! tracer flux at totox-point added to the general trend
205            tr(ji,jj,jk,jpdet,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdet,Krhs) + zdeta
206            tr(ji,jj,jk,jpzoo,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpzoo,Krhs) + zzooa
207            tr(ji,jj,jk,jpphy,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpphy,Krhs) + zphya
208            tr(ji,jj,jk,jpno3,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpno3,Krhs) + zno3a
209            tr(ji,jj,jk,jpnh4,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpnh4,Krhs) + znh4a
210            tr(ji,jj,jk,jpdom,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdom,Krhs) + zdoma
[3443]211
[12377]212             IF( lk_iomput ) THEN
213               ! convert fluxes in per day
214               ze3t = e3t(ji,jj,jk,Kmm) * 86400._wp
215               zw2d(ji,jj,1)  = zw2d(ji,jj,1)  + zno3phy * ze3t
216               zw2d(ji,jj,2)  = zw2d(ji,jj,2)  + znh4phy * ze3t
217               zw2d(ji,jj,3)  = zw2d(ji,jj,3)  + zphydom * ze3t
218               zw2d(ji,jj,4)  = zw2d(ji,jj,4)  + zphynh4 * ze3t
219               zw2d(ji,jj,5)  = zw2d(ji,jj,5)  + zphyzoo * ze3t
220               zw2d(ji,jj,6)  = zw2d(ji,jj,6)  + zphydet * ze3t
221               zw2d(ji,jj,7)  = zw2d(ji,jj,7)  + zdetzoo * ze3t
222               zw2d(ji,jj,8)  = zw2d(ji,jj,8)  + zzoodet * ze3t
223               zw2d(ji,jj,9)  = zw2d(ji,jj,9)  + zzoobod * ze3t
224               zw2d(ji,jj,10) = zw2d(ji,jj,10) + zzoonh4 * ze3t
225               zw2d(ji,jj,11) = zw2d(ji,jj,11) + zzoodom * ze3t
226               zw2d(ji,jj,12) = zw2d(ji,jj,12) + znh4no3 * ze3t
227               zw2d(ji,jj,13) = zw2d(ji,jj,13) + zdomnh4 * ze3t
228               zw2d(ji,jj,14) = zw2d(ji,jj,14) + zdetnh4 * ze3t
229               zw2d(ji,jj,15) = zw2d(ji,jj,15) + ( zno3phy + znh4phy - zphynh4 - zphydom - zphyzoo - zphydet ) * ze3t
230               zw2d(ji,jj,16) = zw2d(ji,jj,16) + ( zphyzoo + zdetzoo - zzoodet - zzoobod - zzoonh4 - zzoodom ) * ze3t
231               zw2d(ji,jj,17) = zw2d(ji,jj,17) + zdetdom * ze3t
232               !   
233               zw3d(ji,jj,jk,1) = zno3phy * 86400
234               zw3d(ji,jj,jk,2) = znh4phy * 86400     
235               zw3d(ji,jj,jk,3) = znh4no3 * 86400   
236                !
237             ENDIF
238         END_2D
[3443]239      END DO
240
241      !                                      ! -------------------------- !
242      DO jk = jpkb, jpkm1                    !  Upper ocean (bio-layers)  !
243         !                                   ! -------------------------- !
[12377]244         DO_2D_00_00
245            ! remineralisation of all quantities towards nitrate
[3443]246
[12377]247            !    trophic variables( det, zoo, phy, no3, nh4, dom)
248            !       negative trophic variables DO not contribute to the fluxes
249            zdet = MAX( 0.e0, tr(ji,jj,jk,jpdet,Kmm) )
250            zzoo = MAX( 0.e0, tr(ji,jj,jk,jpzoo,Kmm) )
251            zphy = MAX( 0.e0, tr(ji,jj,jk,jpphy,Kmm) )
252            zno3 = MAX( 0.e0, tr(ji,jj,jk,jpno3,Kmm) )
253            znh4 = MAX( 0.e0, tr(ji,jj,jk,jpnh4,Kmm) )
254            zdom = MAX( 0.e0, tr(ji,jj,jk,jpdom,Kmm) )
[3443]255
[12377]256            !    Limitations
257            zlt   = 0.e0
258            zle   = 0.e0
259            zlno3 = 0.e0
260            zlnh4 = 0.e0
[3443]261
[12377]262            !    sinks and sources
263            !       phytoplankton production and exsudation
264            zno3phy = 0.e0
265            znh4phy = 0.e0
266            zphydom = 0.e0
267            zphynh4 = 0.e0
[3443]268
[12377]269            !    zooplankton production
270            zphyzoo = 0.e0      ! grazing
271            zdetzoo = 0.e0
[3443]272
[12377]273            zzoodet = 0.e0      ! fecal pellets production
[3443]274
[12377]275            zzoonh4 = tauzn * fzoolab * zzoo         ! zooplankton liquide excretion
276            zzoodom = tauzn * (1 - fzoolab) * zzoo
[3443]277
[12377]278            !    mortality
279            zphydet = tmminp * zphy      ! phytoplankton mortality
[3443]280
[12377]281            zzoobod = 0.e0               ! zooplankton mortality
282            zboddet = 0.e0               ! closure : flux fbod is redistributed below level jpkbio
[3443]283
[12377]284            !    detritus and dom breakdown
285            zdetnh4 = taudn * fdetlab * zdet
286            zdetdom = taudn * (1 - fdetlab) * zdet
[3443]287
[12377]288            zdomnh4 = taudomn * zdom
289            zdomaju = (1 - redf/reddom) * (zphydom + zzoodom + zdetdom)
[3443]290
[12377]291            !    Nitrification
292            znh4no3 = taunn * znh4
[3443]293
294
[12377]295            ! determination of trends
296            !     total trend for each biological tracer
297            zphya =   zno3phy + znh4phy - zphynh4 - zphydom - zphyzoo - zphydet
298            zzooa =   zphyzoo + zdetzoo - zzoodet - zzoodom - zzoonh4 - zzoobod
299            zno3a = - zno3phy + znh4no3 
300            znh4a = - znh4phy - znh4no3 + zphynh4 + zzoonh4 + zdomnh4 + zdetnh4 + zdomaju
301            zdeta = zphydet + zzoodet  - zdetzoo - zdetnh4 - zdetdom + zboddet
302            zdoma = zphydom + zzoodom + zdetdom - zdomnh4 - zdomaju
[3443]303
[12377]304            ! tracer flux at totox-point added to the general trend
305            tr(ji,jj,jk,jpdet,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdet,Krhs) + zdeta
306            tr(ji,jj,jk,jpzoo,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpzoo,Krhs) + zzooa
307            tr(ji,jj,jk,jpphy,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpphy,Krhs) + zphya
308            tr(ji,jj,jk,jpno3,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpno3,Krhs) + zno3a
309            tr(ji,jj,jk,jpnh4,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpnh4,Krhs) + znh4a
310            tr(ji,jj,jk,jpdom,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdom,Krhs) + zdoma
311            !
312             IF( lk_iomput ) THEN                  ! convert fluxes in per day
313               ze3t = e3t(ji,jj,jk,Kmm) * 86400._wp
314               zw2d(ji,jj,1)  = zw2d(ji,jj,1)  + zno3phy * ze3t
315               zw2d(ji,jj,2)  = zw2d(ji,jj,2)  + znh4phy * ze3t
316               zw2d(ji,jj,3)  = zw2d(ji,jj,3)  + zphydom * ze3t
317               zw2d(ji,jj,4)  = zw2d(ji,jj,4)  + zphynh4 * ze3t
318               zw2d(ji,jj,5)  = zw2d(ji,jj,5)  + zphyzoo * ze3t
319               zw2d(ji,jj,6)  = zw2d(ji,jj,6)  + zphydet * ze3t
320               zw2d(ji,jj,7)  = zw2d(ji,jj,7)  + zdetzoo * ze3t
321               zw2d(ji,jj,8)  = zw2d(ji,jj,8)  + zzoodet * ze3t
322               zw2d(ji,jj,9)  = zw2d(ji,jj,9)  + zzoobod * ze3t
323               zw2d(ji,jj,10) = zw2d(ji,jj,10) + zzoonh4 * ze3t
324               zw2d(ji,jj,11) = zw2d(ji,jj,11) + zzoodom * ze3t
325               zw2d(ji,jj,12) = zw2d(ji,jj,12) + znh4no3 * ze3t
326               zw2d(ji,jj,13) = zw2d(ji,jj,13) + zdomnh4 * ze3t
327               zw2d(ji,jj,14) = zw2d(ji,jj,14) + zdetnh4 * ze3t
328               zw2d(ji,jj,15) = zw2d(ji,jj,15) + ( zno3phy + znh4phy - zphynh4 - zphydom - zphyzoo - zphydet ) * ze3t
329               zw2d(ji,jj,16) = zw2d(ji,jj,16) + ( zphyzoo + zdetzoo - zzoodet - zzoobod - zzoonh4 - zzoodom ) * ze3t
330               zw2d(ji,jj,17) = zw2d(ji,jj,17) + zdetdom * ze3t
331               !   
332               zw3d(ji,jj,jk,1) = zno3phy * 86400._wp
333               zw3d(ji,jj,jk,2) = znh4phy * 86400._wp
334               zw3d(ji,jj,jk,3) = znh4no3 * 86400._wp
[3443]335               !
[12377]336            ENDIF
337         END_2D
[3443]338      END DO
[9169]339      !
[7646]340      IF( lk_iomput ) THEN
[10425]341         CALL lbc_lnk( 'p2zbio', zw2d(:,:,:),'T', 1. )
342         CALL lbc_lnk_multi( 'p2zbio', zw3d(:,:,:,1),'T', 1., zw3d(:,:,:,2),'T', 1., zw3d(:,:,:,3),'T', 1. )
[9169]343         ! Save diagnostics
344         CALL iom_put( "TNO3PHY", zw2d(:,:,1) )
345         CALL iom_put( "TNH4PHY", zw2d(:,:,2) )
346         CALL iom_put( "TPHYDOM", zw2d(:,:,3) )
347         CALL iom_put( "TPHYNH4", zw2d(:,:,4) )
348         CALL iom_put( "TPHYZOO", zw2d(:,:,5) )
349         CALL iom_put( "TPHYDET", zw2d(:,:,6) )
350         CALL iom_put( "TDETZOO", zw2d(:,:,7) )
351         CALL iom_put( "TZOODET", zw2d(:,:,8) )
352         CALL iom_put( "TZOOBOD", zw2d(:,:,9) )
353         CALL iom_put( "TZOONH4", zw2d(:,:,10) )
354         CALL iom_put( "TZOODOM", zw2d(:,:,11) )
355         CALL iom_put( "TNH4NO3", zw2d(:,:,12) )
356         CALL iom_put( "TDOMNH4", zw2d(:,:,13) )
357         CALL iom_put( "TDETNH4", zw2d(:,:,14) )
358         CALL iom_put( "TPHYTOT", zw2d(:,:,15) )
359         CALL iom_put( "TZOOTOT", zw2d(:,:,16) )
[4996]360         !
[9169]361         CALL iom_put( "FNO3PHY", zw3d(:,:,:,1) )
362         CALL iom_put( "FNH4PHY", zw3d(:,:,:,2) )
363         CALL iom_put( "FNH4NO3", zw3d(:,:,:,3) )
[4996]364         !
[3443]365      ENDIF
366
[12377]367      IF(sn_cfctl%l_prttrc)   THEN  ! print mean trends (used for debugging)
[3443]368         WRITE(charout, FMT="('bio')")
369         CALL prt_ctl_trc_info(charout)
[12377]370         CALL prt_ctl_trc(tab4d=tr(:,:,:,:,Krhs), mask=tmask, clinfo=ctrcnm)
[3443]371      ENDIF
372      !
[9169]373      IF( lk_iomput )   DEALLOCATE( zw2d, zw3d )
[3443]374      !
[9124]375      IF( ln_timing )  CALL timing_stop('p2z_bio')
[3443]376      !
377   END SUBROUTINE p2z_bio
378
[9124]379
[3443]380   SUBROUTINE p2z_bio_init
381      !!----------------------------------------------------------------------
382      !!                  ***  ROUTINE p2z_bio_init  ***
383      !!
[4147]384      !! ** Purpose :  biological parameters
[3443]385      !!
386      !! ** Method  :   Read namelist and check the parameters
387      !!
388      !!----------------------------------------------------------------------
[9169]389      INTEGER ::   ios   ! Local integer
390      !!
[3443]391      NAMELIST/namlobphy/ tmumax, rgamma, fphylab, tmminp, aki
392      NAMELIST/namlobnut/ akno3, aknh4, taunn, psinut
393      NAMELIST/namlobzoo/ rppz, taus, aks, rpnaz, rdnaz, tauzn, fzoolab, fdbod, tmminz
[9169]394      NAMELIST/namlobdet/ taudn, fdetlab
[3443]395      NAMELIST/namlobdom/ taudomn
396      !!----------------------------------------------------------------------
[9169]397      !
398      IF(lwp) WRITE(numout,*)
399      IF(lwp) WRITE(numout,*) ' p2z_bio_init : LOBSTER bio-model initialization'
400      IF(lwp) WRITE(numout,*) ' ~~~~~~~~~~~~'
401      !
[4147]402      READ  ( numnatp_ref, namlobphy, IOSTAT = ios, ERR = 901)
[11536]403901   IF( ios /= 0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namlobphy in reference namelist' )
[4147]404      READ  ( numnatp_cfg, namlobphy, IOSTAT = ios, ERR = 902 )
[11536]405902   IF( ios >  0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namlobphy in configuration namelist' )
[4624]406      IF(lwm) WRITE ( numonp, namlobphy )
[9169]407      !
[3443]408      IF(lwp) THEN
[9169]409         WRITE(numout,*) '   Namelist namlobphy'
410         WRITE(numout,*) '      phyto max growth rate                                tmumax    =', 86400 * tmumax, ' d'
411         WRITE(numout,*) '      phytoplankton exudation fraction                     rgamma    =', rgamma
412         WRITE(numout,*) '      NH4 fraction of phytoplankton exsudation             fphylab   =', fphylab
413         WRITE(numout,*) '      minimal phyto mortality rate                         tmminp    =', 86400 * tmminp
414         WRITE(numout,*) '      light hlaf saturation constant                       aki       =', aki
[3443]415      ENDIF
416
[4147]417      READ  ( numnatp_ref, namlobnut, IOSTAT = ios, ERR = 903)
[11536]418903   IF( ios /= 0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namlobnut in reference namelist' )
[4147]419      READ  ( numnatp_cfg, namlobnut, IOSTAT = ios, ERR = 904 )
[11536]420904   IF( ios >  0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namlobnut in configuration namelist' )
[4624]421      IF(lwm) WRITE ( numonp, namlobnut )
[4147]422
[3443]423      IF(lwp) THEN
[9169]424         WRITE(numout,*) 
425         WRITE(numout,*) '   Namelist namlobnut'
426         WRITE(numout,*) '      half-saturation nutrient for no3 uptake              akno3     =', akno3
427         WRITE(numout,*) '      half-saturation nutrient for nh4 uptake              aknh4     =', aknh4
428         WRITE(numout,*) '      nitrification rate                                   taunn     =', taunn
429         WRITE(numout,*) '      inhibition of no3 uptake by nh4                      psinut    =', psinut
[3443]430      ENDIF
431
[4147]432      READ  ( numnatp_ref, namlobzoo, IOSTAT = ios, ERR = 905)
[11536]433905   IF( ios /= 0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namlobzoo in reference namelist' )
[4147]434      READ  ( numnatp_cfg, namlobzoo, IOSTAT = ios, ERR = 906 )
[11536]435906   IF( ios >  0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namlobzoo in configuration namelist' )
[4624]436      IF(lwm) WRITE ( numonp, namlobzoo )
[4147]437
[3443]438      IF(lwp) THEN
[9169]439         WRITE(numout,*) 
440         WRITE(numout,*) '   Namelist namlobzoo'
441         WRITE(numout,*) '      zoo preference for phyto                             rppz      =', rppz
442         WRITE(numout,*) '      maximal zoo grazing rate                             taus      =', 86400 * taus, ' d'
443         WRITE(numout,*) '      half saturation constant for zoo food                aks       =', aks
444         WRITE(numout,*) '      non-assimilated phyto by zoo                         rpnaz     =', rpnaz
445         WRITE(numout,*) '      non-assimilated detritus by zoo                      rdnaz     =', rdnaz
446         WRITE(numout,*) '      zoo specific excretion rate                          tauzn     =', 86400 * tauzn
447         WRITE(numout,*) '      minimal zoo mortality rate                           tmminz    =', 86400 * tmminz
448         WRITE(numout,*) '      NH4 fraction of zooplankton excretion                fzoolab   =', fzoolab
449         WRITE(numout,*) '      Zooplankton mortality fraction that goes to detritus fdbod     =', fdbod
[3443]450      ENDIF
451
[4147]452      READ  ( numnatp_ref, namlobdet, IOSTAT = ios, ERR = 907)
[11536]453907   IF( ios /= 0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namlobdet in reference namelist' )
[4147]454      READ  ( numnatp_cfg, namlobdet, IOSTAT = ios, ERR = 908 )
[11536]455908   IF( ios >  0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namlobdet in configuration namelist' )
[4624]456      IF(lwm) WRITE ( numonp, namlobdet )
[4147]457
[3443]458      IF(lwp) THEN
[9169]459          WRITE(numout,*) 
460          WRITE(numout,*) '   Namelist namlobdet'
461          WRITE(numout,*) '      detrital breakdown rate                              taudn     =', 86400 * taudn , ' d'
462          WRITE(numout,*) '      NH4 fraction of detritus dissolution                 fdetlab   =', fdetlab
[3443]463      ENDIF
464
[4147]465      READ  ( numnatp_ref, namlobdom, IOSTAT = ios, ERR = 909)
[11536]466909   IF( ios /= 0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namlobdom in reference namelist' )
[4147]467      READ  ( numnatp_cfg, namlobdom, IOSTAT = ios, ERR = 910 )
[11536]468910   IF( ios >  0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'namlobdom in configuration namelist' )
[4624]469      IF(lwm) WRITE ( numonp, namlobdom )
[4147]470
[3443]471      IF(lwp) THEN
[9169]472          WRITE(numout,*) 
473          WRITE(numout,*) '   Namelist namlobdom'
474          WRITE(numout,*) '      DOM breakdown rate                                 taudomn     =', 86400 * taudn , ' d'
[3443]475      ENDIF
476      !
477   END SUBROUTINE p2z_bio_init
478
479   !!======================================================================
[5656]480END MODULE p2zbio
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.