New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
iom.F90 in branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM – NEMO

source: branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_XIOS_read/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM/iom.F90 @ 8293

Last change on this file since 8293 was 8293, checked in by andmirek, 7 years ago

#1881: Add 2 missing variables in restart.

File size: 112.9 KB
Line 
1MODULE iom
2   !!=====================================================================
3   !!                    ***  MODULE  iom ***
4   !! Input/Output manager :  Library to read input files
5   !!====================================================================
6   !! History :  2.0  ! 2005-12  (J. Belier) Original code
7   !!            2.0  ! 2006-02  (S. Masson) Adaptation to NEMO
8   !!            3.0  ! 2007-07  (D. Storkey) Changes to iom_gettime
9   !!            3.4  ! 2012-12  (R. Bourdalle-Badie and G. Reffray)  add C1D case 
10   !!--------------------------------------------------------------------
11
12   !!--------------------------------------------------------------------
13   !!   iom_open       : open a file read only
14   !!   iom_close      : close a file or all files opened by iom
15   !!   iom_get        : read a field (interfaced to several routines)
16   !!   iom_gettime    : read the time axis cdvar in the file
17   !!   iom_varid      : get the id of a variable in a file
18   !!   iom_rstput     : write a field in a restart file (interfaced to several routines)
19   !!--------------------------------------------------------------------
20   USE dom_oce         ! ocean space and time domain
21   USE c1d             ! 1D vertical configuration
22   USE flo_oce         ! floats module declarations
23   USE lbclnk          ! lateal boundary condition / mpp exchanges
24   USE iom_def         ! iom variables definitions
25   USE iom_ioipsl      ! NetCDF format with IOIPSL library
26   USE iom_nf90        ! NetCDF format with native NetCDF library
27   USE iom_rstdimg     ! restarts access direct format "dimg" style...
28   USE in_out_manager  ! I/O manager
29   USE lib_mpp           ! MPP library
30#if defined key_iomput
31   USE sbc_oce, ONLY :   nn_fsbc         ! ocean space and time domain
32   USE trc_oce, ONLY :   nn_dttrc        !  !: frequency of step on passive tracers
33   USE icb_oce, ONLY :   nclasses, class_num       !  !: iceberg classes
34#if defined key_lim3
35   USE ice    , ONLY :   jpl
36#elif defined key_lim2
37   USE par_ice_2
38#endif
39   USE domngb          ! ocean space and time domain
40   USE phycst          ! physical constants
41   USE dianam          ! build name of file
42   USE xios
43   USE iom_def, ONLY : max_rst_fields, rst_fields
44# endif
45   USE ioipsl, ONLY :  ju2ymds    ! for calendar
46   USE crs             ! Grid coarsening
47   USE lib_fortran 
48
49   IMPLICIT NONE
50   PUBLIC   !   must be public to be able to access iom_def through iom
51   
52#if defined key_iomput
53   LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_iomput = .TRUE.        !: iom_put flag
54#else
55   LOGICAL, PUBLIC, PARAMETER ::   lk_iomput = .FALSE.       !: iom_put flag
56#endif
57   PUBLIC iom_init, iom_swap, iom_open, iom_close, iom_setkt, iom_varid, iom_get, iom_gettime, iom_rstput, iom_put
58   PUBLIC iom_getatt, iom_use, iom_context_finalize
59
60   PRIVATE iom_rp0d, iom_rp1d, iom_rp2d, iom_rp3d
61   PRIVATE iom_g0d, iom_g1d, iom_g2d, iom_g3d, iom_get_123d
62   PRIVATE iom_p1d, iom_p2d, iom_p3d
63#if defined key_iomput
64   PRIVATE iom_set_domain_attr, iom_set_axis_attr, iom_set_field_attr, iom_set_file_attr, iom_get_file_attr, iom_set_grid_attr
65   PRIVATE set_grid, set_grid_bounds, set_scalar, set_xmlatt, set_mooring, iom_update_file_name, iom_sdate
66   PRIVATE set_rst_vars, set_rstr_active
67# endif
68
69   INTERFACE iom_get
70      MODULE PROCEDURE iom_g0d, iom_g1d, iom_g2d, iom_g3d
71   END INTERFACE
72   INTERFACE iom_getatt
73      MODULE PROCEDURE iom_g0d_intatt
74   END INTERFACE
75   INTERFACE iom_rstput
76      MODULE PROCEDURE iom_rp0d, iom_rp1d, iom_rp2d, iom_rp3d
77   END INTERFACE
78  INTERFACE iom_put
79     MODULE PROCEDURE iom_p0d, iom_p1d, iom_p2d, iom_p3d
80  END INTERFACE
81
82   !!----------------------------------------------------------------------
83   !! NEMO/OPA 3.3 , NEMO Consortium (2010)
84   !! $Id$
85   !! Software governed by the CeCILL licence (NEMOGCM/NEMO_CeCILL.txt)
86   !!----------------------------------------------------------------------
87
88CONTAINS
89
90   SUBROUTINE iom_init( cdname ) 
91      !!----------------------------------------------------------------------
92      !!                     ***  ROUTINE   ***
93      !!
94      !! ** Purpose :   
95      !!
96      !!----------------------------------------------------------------------
97      CHARACTER(len=*), INTENT(in)  :: cdname
98#if defined key_iomput
99#if ! defined key_xios2
100      TYPE(xios_time)     :: dtime    = xios_time(0, 0, 0, 0, 0, 0)
101      CHARACTER(len=19)   :: cldate 
102#else
103      TYPE(xios_duration) :: dtime    = xios_duration(0, 0, 0, 0, 0, 0)
104      TYPE(xios_date)     :: start_date
105#endif
106      CHARACTER(len=10)   :: clname
107      INTEGER             :: ji
108      !
109      REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: z_bnds
110      !!----------------------------------------------------------------------
111#if ! defined key_xios2
112      ALLOCATE( z_bnds(jpk,2) )
113#else
114      ALLOCATE( z_bnds(2,jpk) )
115#endif
116
117      clname = cdname
118      IF( TRIM(Agrif_CFixed()) /= '0' )   clname = TRIM(Agrif_CFixed())//"_"//TRIM(cdname)
119      CALL xios_context_initialize(TRIM(clname), mpi_comm_opa)
120      CALL iom_swap( cdname )
121
122      ! calendar parameters
123#if ! defined key_xios2
124      SELECT CASE ( nleapy )        ! Choose calendar for IOIPSL
125      CASE ( 1)   ;   CALL xios_set_context_attr(TRIM(clname), calendar_type= "Gregorian")
126      CASE ( 0)   ;   CALL xios_set_context_attr(TRIM(clname), calendar_type= "NoLeap")
127      CASE (30)   ;   CALL xios_set_context_attr(TRIM(clname), calendar_type= "D360")
128      END SELECT
129      WRITE(cldate,"(i4.4,'-',i2.2,'-',i2.2,' 00:00:00')") nyear,nmonth,nday 
130      CALL xios_set_context_attr(TRIM(clname), start_date=cldate )
131#else
132      ! Calendar type is now defined in xml file
133      SELECT CASE ( nleapy )        ! Choose calendar for IOIPSL
134      CASE ( 1)   ; CALL xios_define_calendar( TYPE = "Gregorian", time_origin = xios_date(1900,01,01,00,00,00), &
135          &                                    start_date = xios_date(nyear,nmonth,nday,0,0,0) )
136      CASE ( 0)   ; CALL xios_define_calendar( TYPE = "NoLeap"   , time_origin = xios_date(1900,01,01,00,00,00), &
137          &                                    start_date = xios_date(nyear,nmonth,nday,0,0,0) )
138      CASE (30)   ; CALL xios_define_calendar( TYPE = "D360"     , time_origin = xios_date(1900,01,01,00,00,00), &
139          &                                    start_date = xios_date(nyear,nmonth,nday,0,0,0) )
140      END SELECT
141
142#endif
143      ! horizontal grid definition
144
145      CALL set_scalar
146
147      IF( TRIM(cdname) == TRIM(cxios_context) .OR. TRIM(cdname) == TRIM(rxios_context)) THEN 
148         CALL set_grid( "T", glamt, gphit, ln_mskland ) 
149         CALL set_grid( "U", glamu, gphiu, ln_mskland )
150         CALL set_grid( "V", glamv, gphiv, ln_mskland )
151         CALL set_grid( "W", glamt, gphit, ln_mskland )
152         CALL set_grid_znl( gphit )
153         CALL set_grid("N",glamt, gphit, .FALSE.)        ! not masked values
154         !
155         IF( ln_cfmeta .AND. TRIM(cdname) .NE. TRIM(rxios_context)) THEN   ! Add additional grid metadata
156            CALL iom_set_domain_attr("grid_T", area = e12t(nldi:nlei, nldj:nlej))
157            CALL iom_set_domain_attr("grid_U", area = e12u(nldi:nlei, nldj:nlej))
158            CALL iom_set_domain_attr("grid_V", area = e12v(nldi:nlei, nldj:nlej))
159            CALL iom_set_domain_attr("grid_W", area = e12t(nldi:nlei, nldj:nlej))
160            CALL set_grid_bounds( "T", glamf, gphif, glamt, gphit )
161            CALL set_grid_bounds( "U", glamv, gphiv, glamu, gphiu )
162            CALL set_grid_bounds( "V", glamu, gphiu, glamv, gphiv )
163            CALL set_grid_bounds( "W", glamf, gphif, glamt, gphit )
164         ENDIF
165      ENDIF
166
167      IF( TRIM(cdname) == TRIM(cxios_context)//"_crs" ) THEN 
168         CALL dom_grid_crs   ! Save the parent grid information  & Switch to coarse grid domain
169         !
170         CALL set_grid( "T", glamt_crs, gphit_crs, ln_mskland ) 
171         CALL set_grid( "U", glamu_crs, gphiu_crs, ln_mskland ) 
172         CALL set_grid( "V", glamv_crs, gphiv_crs, ln_mskland ) 
173         CALL set_grid( "W", glamt_crs, gphit_crs, ln_mskland ) 
174         CALL set_grid_znl( gphit_crs )
175          !
176         CALL dom_grid_glo   ! Return to parent grid domain
177         !
178         IF( ln_cfmeta .AND. TRIM(cdname) .NE. TRIM(rxios_context)) THEN   ! Add additional grid metadata
179            CALL iom_set_domain_attr("grid_T", area = e1e2t_crs(nldi:nlei, nldj:nlej))
180            CALL iom_set_domain_attr("grid_U", area = e1u_crs(nldi:nlei, nldj:nlej) * e2u_crs(nldi:nlei, nldj:nlej))
181            CALL iom_set_domain_attr("grid_V", area = e1v_crs(nldi:nlei, nldj:nlej) * e2v_crs(nldi:nlei, nldj:nlej))
182            CALL iom_set_domain_attr("grid_W", area = e1e2t_crs(nldi:nlei, nldj:nlej))
183            CALL set_grid_bounds( "T", glamf_crs, gphif_crs, glamt_crs, gphit_crs )
184            CALL set_grid_bounds( "U", glamv_crs, gphiv_crs, glamu_crs, gphiu_crs )
185            CALL set_grid_bounds( "V", glamu_crs, gphiu_crs, glamv_crs, gphiv_crs )
186            CALL set_grid_bounds( "W", glamf_crs, gphif_crs, glamt_crs, gphit_crs )
187         ENDIF
188      ENDIF
189
190      ! vertical grid definition
191      CALL iom_set_axis_attr( "deptht", paxis = gdept_1d )
192      CALL iom_set_axis_attr( "depthu", paxis = gdept_1d )
193      CALL iom_set_axis_attr( "depthv", paxis = gdept_1d )
194      CALL iom_set_axis_attr( "depthw", paxis = gdepw_1d )
195
196      ! Add vertical grid bounds
197#if ! defined key_xios2
198      z_bnds(:      ,1) = gdepw_1d(:)
199      z_bnds(1:jpkm1,2) = gdepw_1d(2:jpk)
200      z_bnds(jpk:   ,2) = gdepw_1d(jpk) + e3t_1d(jpk)
201#else
202      z_bnds(1      ,:) = gdepw_1d(:)
203      z_bnds(2,1:jpkm1) = gdepw_1d(2:jpk)
204      z_bnds(2,jpk:   ) = gdepw_1d(jpk) + e3t_1d(jpk)
205#endif
206
207      CALL iom_set_axis_attr( "deptht", bounds=z_bnds )
208      CALL iom_set_axis_attr( "depthu", bounds=z_bnds )
209      CALL iom_set_axis_attr( "depthv", bounds=z_bnds )
210
211#if ! defined key_xios2
212      z_bnds(:    ,2)  = gdept_1d(:)
213      z_bnds(2:jpk,1)  = gdept_1d(1:jpkm1)
214      z_bnds(1    ,1)  = gdept_1d(1) - e3w_1d(1)
215#else
216      z_bnds(2,:    )  = gdept_1d(:)
217      z_bnds(1,2:jpk)  = gdept_1d(1:jpkm1)
218      z_bnds(1,1    )  = gdept_1d(1) - e3w_1d(1)
219#endif
220      CALL iom_set_axis_attr( "depthw", bounds=z_bnds )
221
222
223# if defined key_floats
224      CALL iom_set_axis_attr( "nfloat", (/ (REAL(ji,wp), ji=1,nfloat) /) )
225# endif
226#if defined key_lim3 || defined key_lim2
227      CALL iom_set_axis_attr( "ncatice", (/ (REAL(ji,wp), ji=1,jpl) /) )
228#endif
229      CALL iom_set_axis_attr( "icbcla", class_num )
230      CALL iom_set_axis_attr( "iax_20C", (/ REAL(20,wp) /) )
231      CALL iom_set_axis_attr( "iax_28C", (/ REAL(28,wp) /) )
232     
233      ! automatic definitions of some of the xml attributs
234      IF( TRIM(cdname) == TRIM(rxios_context)) THEN
235!set names of the fields in restart file IF using XIOS to read/write data
236       CALL set_rst_vars()
237!set which fields are to be read from restart file
238       CALL set_rstr_active()
239      ELSE
240       CALL set_xmlatt
241      ENDIF
242
243      CALL set_1point
244
245      ! end file definition
246      dtime%second = rdt
247      CALL xios_set_timestep(dtime)
248      CALL xios_close_context_definition()
249     
250      CALL xios_update_calendar(0)
251
252      DEALLOCATE( z_bnds )
253
254#endif
255
256   END SUBROUTINE iom_init
257
258   
259   SUBROUTINE set_rst_vars()
260!set names for variables in restart file
261
262        rst_fields(:)%vname="NO_NAME";         rst_fields(:)%grid="NO_GRID"
263
264        rst_fields(1)%vname="rdt";             rst_fields(1)% grid="grid_scalar"
265        rst_fields(2)%vname="rdttra1";         rst_fields(2)% grid="grid_scalar"     
266        rst_fields(3)%vname="un";              rst_fields(3)% grid="grid_N_3D"
267        rst_fields(4)%vname="ub";              rst_fields(4)% grid="grid_N_3D"
268        rst_fields(5)%vname="vn";              rst_fields(5)% grid="grid_N_3D"
269        rst_fields(6)%vname="vb";              rst_fields(6)% grid="grid_N_3D" 
270        rst_fields(7)%vname="tn";              rst_fields(7)% grid="grid_N_3D"
271        rst_fields(8)%vname="tb";              rst_fields(8)% grid="grid_N_3D"
272        rst_fields(9)%vname="sn";              rst_fields(9)% grid="grid_N_3D"
273        rst_fields(10)%vname="sb";             rst_fields(10)%grid="grid_N_3D"
274        rst_fields(11)%vname="sshn";           rst_fields(11)%grid="grid_N"
275        rst_fields(12)%vname="sshb";           rst_fields(12)%grid="grid_N"
276        rst_fields(13)%vname="hdivn";          rst_fields(13)%grid="grid_N_3D"
277        rst_fields(14)%vname="hdivb";          rst_fields(14)%grid="grid_N_3D"
278        rst_fields(15)%vname="rhop";           rst_fields(15)%grid="grid_N_3D"
279        rst_fields(16)%vname="rotn";           rst_fields(16)%grid="grid_N_3D"
280        rst_fields(17)%vname="rotb";           rst_fields(17)%grid="grid_N_3D"
281        rst_fields(18)%vname="kt";             rst_fields(18)%grid="grid_scalar"
282        rst_fields(19)%vname="ndastp";         rst_fields(19)%grid="grid_scalar"
283        rst_fields(20)%vname="adatrj";         rst_fields(20)%grid="grid_scalar"
284        rst_fields(21)%vname="utau_b";         rst_fields(21)%grid="grid_N"
285        rst_fields(22)%vname="vtau_b";         rst_fields(22)%grid="grid_N"
286        rst_fields(23)%vname="qns_b";          rst_fields(23)%grid="grid_N"
287        rst_fields(24)%vname="emp_b";          rst_fields(24)%grid="grid_N"
288        rst_fields(25)%vname="sfx_b";          rst_fields(25)%grid="grid_N"
289        rst_fields(26)%vname="en" ;            rst_fields(26)%grid="grid_N_3D" 
290        rst_fields(27)%vname="avt";            rst_fields(27)%grid="grid_N_3D"
291        rst_fields(28)%vname="avm";            rst_fields(28)%grid="grid_N_3D"
292        rst_fields(29)%vname="avmu";           rst_fields(29)%grid="grid_N_3D"
293        rst_fields(30)%vname="avmv";           rst_fields(30)%grid="grid_N_3D"
294        rst_fields(31)%vname="dissl";          rst_fields(31)%grid="grid_N_3D"
295        rst_fields(32)%vname="sbc_hc_b";       rst_fields(32)%grid="grid_N"
296        rst_fields(33)%vname="sbc_sc_b";       rst_fields(33)%grid="grid_N"
297        rst_fields(34)%vname="qsr_hc_b";       rst_fields(34)%grid="grid_N_3D"
298        rst_fields(35)%vname="gcx";            rst_fields(35)%grid="grid_N"
299        rst_fields(36)%vname="gcxb";           rst_fields(36)%grid="grid_N"
300        rst_fields(37)%vname="fraqsr_1lev";    rst_fields(37)%grid="grid_N"
301        rst_fields(38)%vname="greenland_icesheet_mass"
302                                               rst_fields(38)%grid="grid_scalar"
303        rst_fields(39)%vname="greenland_icesheet_timelapsed"
304                                               rst_fields(39)%grid="grid_scalar"
305        rst_fields(40)%vname="greenland_icesheet_mass_roc"
306                                               rst_fields(40)%grid="grid_scalar"
307        rst_fields(41)%vname="antarctica_icesheet_mass"
308                                               rst_fields(41)%grid="grid_scalar"
309        rst_fields(42)%vname="antarctica_icesheet_timelapsed"
310                                               rst_fields(42)%grid="grid_scalar"
311        rst_fields(43)%vname="antarctica_icesheet_mass_roc"
312                                               rst_fields(43)%grid="grid_scalar"
313        rst_fields(44)%vname="rhd";            rst_fields(44)%grid="grid_N_3D"
314        rst_fields(45)%vname="frc_v";          rst_fields(45)%grid="grid_scalar"
315        rst_fields(46)%vname="frc_t";          rst_fields(46)%grid="grid_scalar"
316        rst_fields(47)%vname="frc_s";          rst_fields(47)%grid="grid_scalar"
317        rst_fields(48)%vname="frc_wn_t";       rst_fields(48)%grid="grid_scalar"
318        rst_fields(49)%vname="frc_wn_s";       rst_fields(49)%grid="grid_scalar"
319        rst_fields(50)%vname="ssh_ini";        rst_fields(50)%grid="grid_N"
320        rst_fields(51)%vname="e3t_ini";        rst_fields(51)%grid="grid_N_3D"
321        rst_fields(52)%vname="hc_loc_ini";     rst_fields(52)%grid="grid_N_3D"
322        rst_fields(53)%vname="sc_loc_ini";     rst_fields(53)%grid="grid_N_3D"
323        rst_fields(54)%vname="ssh_hc_loc_ini"; rst_fields(54)%grid="grid_N"
324        rst_fields(55)%vname="ssh_sc_loc_ini"; rst_fields(55)%grid="grid_N"
325        rst_fields(56)%vname="fse3t_b";        rst_fields(56)%grid="grid_N_3D"
326        rst_fields(57)%vname="fse3t_n";        rst_fields(57)%grid="grid_N_3D"
327        rst_fields(58)%vname="tilde_e3t_b";    rst_fields(58)%grid="grid_N"
328        rst_fields(59)%vname="tilde_e3t_n";    rst_fields(59)%grid="grid_N"
329        rst_fields(60)%vname="hdiv_lf";        rst_fields(60)%grid="grid_N"
330        rst_fields(61)%vname="ub2_b";          rst_fields(61)%grid="grid_N"
331        rst_fields(62)%vname="vb2_b";          rst_fields(62)%grid="grid_N"
332        rst_fields(63)%vname="sshbb_e";        rst_fields(63)%grid="grid_N"
333        rst_fields(64)%vname="ubb_e";          rst_fields(64)%grid="grid_N"
334        rst_fields(65)%vname="vbb_e";          rst_fields(65)%grid="grid_N"
335        rst_fields(66)%vname="sshb_e";         rst_fields(66)%grid="grid_N"
336        rst_fields(67)%vname="ub_e";           rst_fields(67)%grid="grid_N"
337        rst_fields(68)%vname="vb_e";           rst_fields(68)%grid="grid_N"
338        rst_fields(69)%vname="fwf_isf_b";      rst_fields(69)%grid="grid_N"
339        rst_fields(70)%vname="isf_sc_b";       rst_fields(70)%grid="grid_N"
340        rst_fields(71)%vname="isf_hc_b";       rst_fields(71)%grid="grid_N"
341        rst_fields(72)%vname="ssh_ibb";        rst_fields(72)%grid="grid_N"
342        rst_fields(73)%vname="rnf_b";          rst_fields(73)%grid="grid_N"
343        rst_fields(74)%vname="rnf_hc_b";       rst_fields(74)%grid="grid_N"
344        rst_fields(75)%vname="rnf_sc_b";       rst_fields(75)%grid="grid_N"
345        rst_fields(76)%vname="nn_fsbc";        rst_fields(76)%grid="grid_scalar"
346        rst_fields(77)%vname="ssu_m";          rst_fields(77)%grid="grid_N"
347        rst_fields(78)%vname="ssv_m";          rst_fields(78)%grid="grid_N"
348        rst_fields(79)%vname="sst_m";          rst_fields(79)%grid="grid_N"
349        rst_fields(80)%vname="sss_m";          rst_fields(80)%grid="grid_N"
350        rst_fields(81)%vname="ssh_m";          rst_fields(81)%grid="grid_N"
351        rst_fields(82)%vname="e3t_m";          rst_fields(82)%grid="grid_N"
352        rst_fields(83)%vname="frq_m";          rst_fields(83)%grid="grid_N"
353        rst_fields(84)%vname="avmb";           rst_fields(84)%grid="Vgrid"
354        rst_fields(85)%vname="avtb";           rst_fields(85)%grid="Vgrid"
355        rst_fields(86)%vname="ub2_i_b";        rst_fields(86)%grid="grid_N"
356        rst_fields(87)%vname="vb2_i_b";        rst_fields(87)%grid="grid_N"
357
358   END SUBROUTINE set_rst_vars
359
360
361   SUBROUTINE set_rstr_active()
362!sets enabled = .TRUE. for each field in restart file
363#if defined key_xios2
364   CHARACTER(len=256) :: rst_file
365   TYPE(xios_field) :: field_hdl
366   TYPE(xios_file) :: file_hdl
367   TYPE(xios_filegroup) :: filegroup_hdl
368   INTEGER :: i
369   CHARACTER(lc)  ::   clpath
370
371        clpath = TRIM(cn_ocerst_indir)
372        IF( clpath(LEN_TRIM(clpath):) /= '/' ) clpath = TRIM(clpath) // '/'
373        IF( TRIM(Agrif_CFixed()) == '0' ) THEN
374           rst_file = TRIM(clpath)//TRIM(cn_ocerst_in)
375        ELSE
376           rst_file = TRIM(clpath)//'1_'//TRIM(cn_ocerst_in)
377        ENDIF
378!set name of the restart file and enable available fields
379        if(lwp) WRITE(numout,*) 'Setting restart filename (for XIOS) to: ',rst_file
380        CALL xios_get_handle("file_definition", filegroup_hdl )
381        CALL xios_add_child(filegroup_hdl, file_hdl, 'rrestart')
382        CALL xios_set_file_attr( "rrestart", name=trim(rst_file), type="one_file", &
383             par_access="collective", enabled=.TRUE., mode="read",                 &
384             output_freq=xios_timestep)
385!defin files for restart context
386        DO i = 1, max_rst_fields
387         IF( TRIM(rst_fields(i)%vname) /= "NO_NAME") THEN
388           IF( iom_varid( numror, TRIM(rst_fields(i)%vname), ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN
389                CALL xios_add_child(file_hdl, field_hdl, TRIM(rst_fields(i)%vname))
390                CALL xios_set_attr (field_hdl, enabled = .TRUE., name = TRIM(rst_fields(i)%vname), &
391                     grid_ref = TRIM(rst_fields(i)%grid ), operation = "instant")
392                if(lwp) WRITE(numout,*) TRIM(rst_fields(i)%vname), ' enabled'
393           ENDIF
394         ENDIF
395        END DO
396#endif
397   END SUBROUTINE set_rstr_active
398
399   SUBROUTINE iom_swap( cdname )
400      !!---------------------------------------------------------------------
401      !!                   ***  SUBROUTINE  iom_swap  ***
402      !!
403      !! ** Purpose :  swap context between different agrif grid for xmlio_server
404      !!---------------------------------------------------------------------
405      CHARACTER(len=*), INTENT(in) :: cdname
406#if defined key_iomput
407      TYPE(xios_context) :: nemo_hdl
408
409      IF( TRIM(Agrif_CFixed()) == '0' ) THEN
410        CALL xios_get_handle(TRIM(cdname),nemo_hdl)
411      ELSE
412        CALL xios_get_handle(TRIM(Agrif_CFixed())//"_"//TRIM(cdname),nemo_hdl)
413      ENDIF
414      !
415      CALL xios_set_current_context(nemo_hdl)
416#endif
417      !
418   END SUBROUTINE iom_swap
419
420
421   SUBROUTINE iom_open( cdname, kiomid, ldwrt, kdom, kiolib, ldstop, ldiof )
422      !!---------------------------------------------------------------------
423      !!                   ***  SUBROUTINE  iom_open  ***
424      !!
425      !! ** Purpose :  open an input file (return 0 if not found)
426      !!---------------------------------------------------------------------
427      CHARACTER(len=*), INTENT(in   )           ::   cdname   ! File name
428      INTEGER         , INTENT(  out)           ::   kiomid   ! iom identifier of the opened file
429      LOGICAL         , INTENT(in   ), OPTIONAL ::   ldwrt    ! open in write modeb          (default = .FALSE.)
430      INTEGER         , INTENT(in   ), OPTIONAL ::   kdom     ! Type of domain to be written (default = jpdom_local_noovlap)
431      INTEGER         , INTENT(in   ), OPTIONAL ::   kiolib   ! library used to open the file (default = jpnf90)
432      LOGICAL         , INTENT(in   ), OPTIONAL ::   ldstop   ! stop if open to read a non-existing file (default = .TRUE.)
433      LOGICAL         , INTENT(in   ), OPTIONAL ::   ldiof    ! Interp On the Fly, needed for AGRIF (default = .FALSE.)
434
435      CHARACTER(LEN=256)    ::   clname    ! the name of the file based on cdname [[+clcpu]+clcpu]
436      CHARACTER(LEN=256)    ::   cltmpn    ! tempory name to store clname (in writting mode)
437      CHARACTER(LEN=10)     ::   clsuffix  ! ".nc" or ".dimg"
438      CHARACTER(LEN=15)     ::   clcpu     ! the cpu number (max jpmax_digits digits)
439      CHARACTER(LEN=256)    ::   clinfo    ! info character
440      LOGICAL               ::   llok      ! check the existence
441      LOGICAL               ::   llwrt     ! local definition of ldwrt
442      LOGICAL               ::   llnoov    ! local definition to read overlap
443      LOGICAL               ::   llstop    ! local definition of ldstop
444      LOGICAL               ::   lliof     ! local definition of ldiof
445      INTEGER               ::   iolib     ! library do we use to open the file
446      INTEGER               ::   icnt      ! counter for digits in clcpu (max = jpmax_digits)
447      INTEGER               ::   iln, ils  ! lengths of character
448      INTEGER               ::   idom      ! type of domain
449      INTEGER               ::   istop     !
450      INTEGER, DIMENSION(2,5) ::   idompar ! domain parameters:
451      ! local number of points for x,y dimensions
452      ! position of first local point for x,y dimensions
453      ! position of last local point for x,y dimensions
454      ! start halo size for x,y dimensions
455      ! end halo size for x,y dimensions
456      !---------------------------------------------------------------------
457      ! Initializations and control
458      ! =============
459      kiomid = -1
460      clinfo = '                    iom_open ~~~  '
461      istop = nstop
462      ! if iom_open is called for the first time: initialize iom_file(:)%nfid to 0
463      ! (could be done when defining iom_file in f95 but not in f90)
464      IF( Agrif_Root() ) THEN
465         IF( iom_open_init == 0 ) THEN
466            iom_file(:)%nfid = 0
467            iom_open_init = 1
468         ENDIF
469      ENDIF
470      ! do we read or write the file?
471      IF( PRESENT(ldwrt) ) THEN   ;   llwrt = ldwrt
472      ELSE                        ;   llwrt = .FALSE.
473      ENDIF
474      ! do we call ctl_stop if we try to open a non-existing file in read mode?
475      IF( PRESENT(ldstop) ) THEN   ;   llstop = ldstop
476      ELSE                         ;   llstop = .TRUE.
477      ENDIF
478      ! what library do we use to open the file?
479      IF( PRESENT(kiolib) ) THEN   ;   iolib = kiolib
480      ELSE                         ;   iolib = jpnf90
481      ENDIF
482      ! are we using interpolation on the fly?
483      IF( PRESENT(ldiof) ) THEN   ;   lliof = ldiof
484      ELSE                        ;   lliof = .FALSE.
485      ENDIF
486      ! do we read the overlap
487      ! ugly patch SM+JMM+RB to overwrite global definition in some cases
488      llnoov = (jpni * jpnj ) == jpnij .AND. .NOT. lk_agrif 
489      ! create the file name by added, if needed, TRIM(Agrif_CFixed()) and TRIM(clsuffix)
490      ! =============
491      clname   = trim(cdname)
492      IF ( .NOT. Agrif_Root() .AND. .NOT. lliof ) THEN
493         iln    = INDEX(clname,'/') 
494         cltmpn = clname(1:iln)
495         clname = clname(iln+1:LEN_TRIM(clname))
496         clname=TRIM(cltmpn)//TRIM(Agrif_CFixed())//'_'//TRIM(clname)
497      ENDIF
498      ! which suffix should we use?
499      SELECT CASE (iolib)
500      CASE (jpioipsl ) ;   clsuffix = '.nc'
501      CASE (jpnf90   ) ;   clsuffix = '.nc'
502      CASE (jprstdimg) ;   clsuffix = '.dimg'
503      CASE DEFAULT     ;   clsuffix = ''
504         CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'accepted IO library are only jpioipsl, jpnf90 and jprstdimg' )
505      END SELECT
506      ! Add the suffix if needed
507      iln = LEN_TRIM(clname)
508      ils = LEN_TRIM(clsuffix)
509      IF( iln <= ils .OR. INDEX( TRIM(clname), TRIM(clsuffix), back = .TRUE. ) /= iln - ils + 1 )   &
510         &   clname = TRIM(clname)//TRIM(clsuffix)
511      cltmpn = clname   ! store this name
512      ! try to find if the file to be opened already exist
513      ! =============
514      INQUIRE( FILE = clname, EXIST = llok )
515      IF( .NOT.llok ) THEN
516         ! we try to add the cpu number to the name
517         IF( iolib == jprstdimg ) THEN   ;   WRITE(clcpu,*) narea
518         ELSE                            ;   WRITE(clcpu,*) narea-1
519         ENDIF
520         clcpu  = TRIM(ADJUSTL(clcpu))
521         iln = INDEX(clname,TRIM(clsuffix), back = .TRUE.)
522         clname = clname(1:iln-1)//'_'//TRIM(clcpu)//TRIM(clsuffix)
523         icnt = 0
524         INQUIRE( FILE = clname, EXIST = llok ) 
525         ! we try different formats for the cpu number by adding 0
526         DO WHILE( .NOT.llok .AND. icnt < jpmax_digits )
527            clcpu  = "0"//trim(clcpu)
528            clname = clname(1:iln-1)//'_'//TRIM(clcpu)//TRIM(clsuffix)
529            INQUIRE( FILE = clname, EXIST = llok )
530            icnt = icnt + 1
531         END DO
532      ELSE
533         lxios_sini = .TRUE.
534      ENDIF
535      IF( llwrt ) THEN
536         ! check the domain definition
537! JMM + SM: ugly patch before getting the new version of lib_mpp)
538!         idom = jpdom_local_noovlap   ! default definition
539         IF( llnoov ) THEN   ;   idom = jpdom_local_noovlap   ! default definition
540         ELSE                ;   idom = jpdom_local_full      ! default definition
541         ENDIF
542         IF( PRESENT(kdom) )   idom = kdom
543         ! create the domain informations
544         ! =============
545         SELECT CASE (idom)
546         CASE (jpdom_local_full)
547            idompar(:,1) = (/ jpi             , jpj              /)
548            idompar(:,2) = (/ nimpp           , njmpp            /)
549            idompar(:,3) = (/ nimpp + jpi - 1 , njmpp + jpj - 1  /)
550            idompar(:,4) = (/ nldi - 1        , nldj - 1         /)
551            idompar(:,5) = (/ jpi - nlei      , jpj - nlej       /)
552         CASE (jpdom_local_noextra)
553            idompar(:,1) = (/ nlci            , nlcj             /)
554            idompar(:,2) = (/ nimpp           , njmpp            /)
555            idompar(:,3) = (/ nimpp + nlci - 1, njmpp + nlcj - 1 /)
556            idompar(:,4) = (/ nldi - 1        , nldj - 1         /)
557            idompar(:,5) = (/ nlci - nlei     , nlcj - nlej      /)
558         CASE (jpdom_local_noovlap)
559            idompar(:,1) = (/ nlei  - nldi + 1, nlej  - nldj + 1 /)
560            idompar(:,2) = (/ nimpp + nldi - 1, njmpp + nldj - 1 /)
561            idompar(:,3) = (/ nimpp + nlei - 1, njmpp + nlej - 1 /)
562            idompar(:,4) = (/ 0               , 0                /)
563            idompar(:,5) = (/ 0               , 0                /)
564         CASE DEFAULT
565            CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'wrong value of kdom, only jpdom_local* cases are accepted' )
566         END SELECT
567      ENDIF
568      ! Open the NetCDF or RSTDIMG file
569      ! =============
570      ! do we have some free file identifier?
571      IF( MINVAL(iom_file(:)%nfid) /= 0 )   &
572         &   CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'No more free file identifier', 'increase jpmax_files in iom_def' )
573      ! if no file was found...
574      IF( .NOT. llok ) THEN
575         IF( .NOT. llwrt ) THEN   ! we are in read mode
576            IF( llstop ) THEN   ;   CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'File '//TRIM(cltmpn)//'* not found' )
577            ELSE                ;   istop = nstop + 1   ! make sure that istop /= nstop so we don't open the file
578            ENDIF
579         ELSE                     ! we are in write mode so we
580            clname = cltmpn       ! get back the file name without the cpu number
581         ENDIF
582      ELSE
583         IF( llwrt .AND. .NOT. ln_clobber ) THEN   ! we stop as we want to write in a new file
584            CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'We want to write in a new file but '//TRIM(clname)//' already exists...' )
585            istop = nstop + 1                      ! make sure that istop /= nstop so we don't open the file
586         ELSEIF( llwrt ) THEN     ! the file exists and we are in write mode with permission to
587            clname = cltmpn       ! overwrite so get back the file name without the cpu number
588         ENDIF
589      ENDIF
590      IF( istop == nstop ) THEN   ! no error within this routine
591         SELECT CASE (iolib)
592         CASE (jpioipsl )   ;   CALL iom_ioipsl_open(  clname, kiomid, llwrt, llok, idompar )
593         CASE (jpnf90   )   ;   CALL iom_nf90_open(    clname, kiomid, llwrt, llok, idompar )
594         CASE (jprstdimg)   ;   CALL iom_rstdimg_open( clname, kiomid, llwrt, llok, idompar )
595         CASE DEFAULT
596            CALL ctl_stop( TRIM(clinfo)//' accepted IO library are only jpioipsl, jpnf90 and jprstdimg' )
597         END SELECT
598      ENDIF
599      !
600   END SUBROUTINE iom_open
601
602
603   SUBROUTINE iom_close( kiomid )
604      !!--------------------------------------------------------------------
605      !!                   ***  SUBROUTINE  iom_close  ***
606      !!
607      !! ** Purpose : close an input file, or all files opened by iom
608      !!--------------------------------------------------------------------
609      INTEGER, INTENT(inout), OPTIONAL ::   kiomid   ! iom identifier of the file to be closed
610      !                                              ! return 0 when file is properly closed
611      !                                              ! No argument: all files opened by iom are closed
612
613      INTEGER ::   jf         ! dummy loop indices
614      INTEGER ::   i_s, i_e   ! temporary integer
615      CHARACTER(LEN=100)    ::   clinfo    ! info character
616      !---------------------------------------------------------------------
617      !
618      clinfo = '                    iom_close ~~~  '
619      IF( PRESENT(kiomid) ) THEN
620         i_s = kiomid
621         i_e = kiomid
622      ELSE
623         i_s = 1
624         i_e = jpmax_files
625      ENDIF
626
627      IF( i_s > 0 ) THEN
628         DO jf = i_s, i_e
629            IF( iom_file(jf)%nfid > 0 ) THEN
630               SELECT CASE (iom_file(jf)%iolib)
631               CASE (jpioipsl )   ;   CALL iom_ioipsl_close(  jf )
632               CASE (jpnf90   )   ;   CALL iom_nf90_close(    jf )
633               CASE (jprstdimg)   ;   CALL iom_rstdimg_close( jf )
634               CASE DEFAULT
635                  CALL ctl_stop( TRIM(clinfo)//' accepted IO library are only jpioipsl, jpnf90 and jprstdimg' )
636               END SELECT
637               iom_file(jf)%nfid       = 0          ! free the id
638               IF( PRESENT(kiomid) )   kiomid = 0   ! return 0 as id to specify that the file was closed
639               IF(lwp) WRITE(numout,*) TRIM(clinfo)//' close file: '//TRIM(iom_file(jf)%name)//' ok'
640            ELSEIF( PRESENT(kiomid) ) THEN
641               WRITE(ctmp1,*) '--->',  kiomid
642               CALL ctl_stop( TRIM(clinfo)//' Invalid file identifier', ctmp1 )
643            ENDIF
644         END DO
645      ENDIF
646      !   
647   END SUBROUTINE iom_close
648
649
650   FUNCTION iom_varid ( kiomid, cdvar, kdimsz, kndims, ldstop ) 
651      !!-----------------------------------------------------------------------
652      !!                  ***  FUNCTION  iom_varid  ***
653      !!
654      !! ** Purpose : get the id of a variable in a file (return 0 if not found)
655      !!-----------------------------------------------------------------------
656      INTEGER              , INTENT(in   )           ::   kiomid   ! file Identifier
657      CHARACTER(len=*)     , INTENT(in   )           ::   cdvar    ! name of the variable
658      INTEGER, DIMENSION(:), INTENT(  out), OPTIONAL ::   kdimsz   ! size of the dimensions
659      INTEGER,               INTENT(  out), OPTIONAL ::   kndims   ! size of the dimensions
660      LOGICAL              , INTENT(in   ), OPTIONAL ::   ldstop   ! stop if looking for non-existing variable (default = .TRUE.)
661      !
662      INTEGER                        ::   iom_varid, iiv, i_nvd
663      LOGICAL                        ::   ll_fnd
664      CHARACTER(LEN=100)             ::   clinfo                   ! info character
665      LOGICAL                        ::   llstop                   ! local definition of ldstop
666      !!-----------------------------------------------------------------------
667      iom_varid = 0                         ! default definition
668      ! do we call ctl_stop if we look for non-existing variable?
669      IF( PRESENT(ldstop) ) THEN   ;   llstop = ldstop
670      ELSE                         ;   llstop = .TRUE.
671      ENDIF
672      !
673      IF( kiomid > 0 ) THEN
674         clinfo = 'iom_varid, file: '//trim(iom_file(kiomid)%name)//', var: '//trim(cdvar)
675         IF( iom_file(kiomid)%nfid == 0 ) THEN
676            CALL ctl_stop( trim(clinfo), 'the file is not open' )
677         ELSE
678            ll_fnd  = .FALSE.
679            iiv = 0
680            !
681            DO WHILE ( .NOT.ll_fnd .AND. iiv < iom_file(kiomid)%nvars )
682               iiv = iiv + 1
683               ll_fnd  = ( TRIM(cdvar) == TRIM(iom_file(kiomid)%cn_var(iiv)) )
684            END DO
685            !
686            IF( .NOT.ll_fnd ) THEN
687               iiv = iiv + 1
688               IF( iiv <= jpmax_vars ) THEN
689                  SELECT CASE (iom_file(kiomid)%iolib)
690                  CASE (jpioipsl )   ;   iom_varid = iom_ioipsl_varid( kiomid, cdvar, iiv, kdimsz )
691                  CASE (jpnf90   )   ;   iom_varid = iom_nf90_varid  ( kiomid, cdvar, iiv, kdimsz, kndims )
692                  CASE (jprstdimg)   ;   iom_varid = -1   ! all variables are listed in iom_file
693                  CASE DEFAULT   
694                     CALL ctl_stop( TRIM(clinfo)//' accepted IO library are only jpioipsl, jpnf90 and jprstdimg' )
695                  END SELECT
696               ELSE
697                  CALL ctl_stop( trim(clinfo), 'Too many variables in the file '//iom_file(kiomid)%name,   &
698                        &                         'increase the parameter jpmax_vars')
699               ENDIF
700               IF( llstop .AND. iom_varid == -1 )   CALL ctl_stop( TRIM(clinfo)//' not found' ) 
701            ELSE
702               iom_varid = iiv
703               IF( PRESENT(kdimsz) ) THEN
704                  i_nvd = iom_file(kiomid)%ndims(iiv)
705                  IF( i_nvd == size(kdimsz) ) THEN
706                     kdimsz(:) = iom_file(kiomid)%dimsz(1:i_nvd,iiv)
707                  ELSE
708                     WRITE(ctmp1,*) i_nvd, size(kdimsz)
709                     CALL ctl_stop( trim(clinfo), 'error in kdimsz size'//trim(ctmp1) )
710                  ENDIF
711               ENDIF
712               IF( PRESENT(kndims) )  kndims = iom_file(kiomid)%ndims(iiv)
713            ENDIF
714         ENDIF
715      ENDIF
716      !
717   END FUNCTION iom_varid
718
719
720   !!----------------------------------------------------------------------
721   !!                   INTERFACE iom_get
722   !!----------------------------------------------------------------------
723   SUBROUTINE iom_g0d( kiomid, cdvar, pvar, ktime, lrxios )
724      INTEGER         , INTENT(in   )                 ::   kiomid    ! Identifier of the file
725      CHARACTER(len=*), INTENT(in   )                 ::   cdvar     ! Name of the variable
726      REAL(wp)        , INTENT(  out)                 ::   pvar      ! read field
727      INTEGER         , INTENT(in   ),     OPTIONAL   ::   ktime     ! record number
728      LOGICAL         , INTENT(in   ),     OPTIONAL   ::   lrxios    ! use xios to read restart
729      !
730      INTEGER                                         ::   idvar     ! variable id
731      INTEGER                                         ::   idmspc    ! number of spatial dimensions
732      INTEGER         , DIMENSION(1)                  ::   itime     ! record number
733      CHARACTER(LEN=100)                              ::   clinfo    ! info character
734      CHARACTER(LEN=100)                              ::   clname    ! file name
735      CHARACTER(LEN=1)                                ::   cldmspc   !
736      LOGICAL                                         ::   lxios
737      !
738      lxios = .FALSE.
739      IF( PRESENT(lrxios) ) lxios = lrxios
740
741      IF(.NOT.lxios) THEN  ! read data using default library
742          itime = 1
743          IF( PRESENT(ktime) ) itime = ktime
744          !
745          clname = iom_file(kiomid)%name
746          clinfo = '          iom_g0d, file: '//trim(clname)//', var: '//trim(cdvar)
747          !
748          IF( kiomid > 0 ) THEN
749             idvar = iom_varid( kiomid, cdvar )
750             IF( iom_file(kiomid)%nfid > 0 .AND. idvar > 0 ) THEN
751                idmspc = iom_file ( kiomid )%ndims( idvar )
752                IF( iom_file(kiomid)%luld(idvar) )  idmspc = idmspc - 1
753                WRITE(cldmspc , fmt='(i1)') idmspc
754                IF( idmspc > 0 )  CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'When reading to a 0D array, we do not accept data', &
755                                     &                         'with 1 or more spatial dimensions: '//cldmspc//' were found.' , &
756                                     &                         'Use ncwa -a to suppress the unnecessary dimensions' )
757                SELECT CASE (iom_file(kiomid)%iolib)
758                CASE (jpioipsl )   ;   CALL iom_ioipsl_get(  kiomid, idvar, pvar, itime )
759                CASE (jpnf90   )   ;   CALL iom_nf90_get(    kiomid, idvar, pvar, itime )
760                CASE (jprstdimg)   ;   CALL iom_rstdimg_get( kiomid, idvar, pvar )
761                CASE DEFAULT   
762                   CALL ctl_stop( 'iom_g0d: accepted IO library are only jpioipsl, jpnf90 and jprstdimg' )
763                END SELECT
764             ENDIF
765          ENDIF
766      ELSE
767#if defined key_iomput
768       IF(lwp) WRITE(numout,*) 'XIOS RST READ (0D): ', trim(cdvar)
769       CALL iom_swap( TRIM(rxios_context) )
770       CALL xios_recv_field( trim(cdvar), pvar)
771       CALL iom_swap( TRIM(cxios_context) )
772#endif
773      ENDIF   
774   END SUBROUTINE iom_g0d
775
776   SUBROUTINE iom_g1d( kiomid, kdom, cdvar, pvar, ktime, kstart, kcount, lrxios )
777      INTEGER         , INTENT(in   )                         ::   kiomid    ! Identifier of the file
778      INTEGER         , INTENT(in   )                         ::   kdom      ! Type of domain to be read
779      CHARACTER(len=*), INTENT(in   )                         ::   cdvar     ! Name of the variable
780      REAL(wp)        , INTENT(  out), DIMENSION(:)           ::   pvar      ! read field
781      INTEGER         , INTENT(in   )              , OPTIONAL ::   ktime     ! record number
782      INTEGER         , INTENT(in   ), DIMENSION(1), OPTIONAL ::   kstart    ! start axis position of the reading
783      INTEGER         , INTENT(in   ), DIMENSION(1), OPTIONAL ::   kcount    ! number of points in each axis
784      LOGICAL         , INTENT(in   ),               OPTIONAL ::   lrxios    ! read data using XIOS
785      !
786      IF( kiomid > 0 ) THEN
787         IF( iom_file(kiomid)%nfid > 0 ) CALL iom_get_123d( kiomid, kdom       , cdvar        , pv_r1d=pvar,   &
788              &                                                     ktime=ktime, kstart=kstart, kcount=kcount, &
789              &                                                     lrxios=lrxios )
790      ENDIF
791   END SUBROUTINE iom_g1d
792
793   SUBROUTINE iom_g2d( kiomid, kdom, cdvar, pvar, ktime, kstart, kcount, lrowattr, lrxios)
794      INTEGER         , INTENT(in   )                           ::   kiomid    ! Identifier of the file
795      INTEGER         , INTENT(in   )                           ::   kdom      ! Type of domain to be read
796      CHARACTER(len=*), INTENT(in   )                           ::   cdvar     ! Name of the variable
797      REAL(wp)        , INTENT(  out), DIMENSION(:,:)           ::   pvar      ! read field
798      INTEGER         , INTENT(in   )                , OPTIONAL ::   ktime     ! record number
799      INTEGER         , INTENT(in   ), DIMENSION(2)  , OPTIONAL ::   kstart    ! start axis position of the reading
800      INTEGER         , INTENT(in   ), DIMENSION(2)  , OPTIONAL ::   kcount    ! number of points in each axis
801      LOGICAL         , INTENT(in   )                , OPTIONAL ::   lrowattr  ! logical flag telling iom_get to
802                                                                               ! look for and use a file attribute
803                                                                               ! called open_ocean_jstart to set the start
804                                                                               ! value for the 2nd dimension (netcdf only)
805      LOGICAL         , INTENT(in   ),                 OPTIONAL ::   lrxios    ! read data using XIOS
806      !
807      IF( kiomid > 0 ) THEN
808         IF( iom_file(kiomid)%nfid > 0 ) CALL iom_get_123d( kiomid, kdom       , cdvar        , pv_r2d=pvar,   &
809              &                                                     ktime=ktime, kstart=kstart, kcount=kcount, &
810              &                                                     lrowattr=lrowattr,  lrxios=lrxios)
811      ENDIF
812   END SUBROUTINE iom_g2d
813
814   SUBROUTINE iom_g3d( kiomid, kdom, cdvar, pvar, ktime, kstart, kcount, lrowattr, lrxios )
815      INTEGER         , INTENT(in   )                             ::   kiomid    ! Identifier of the file
816      INTEGER         , INTENT(in   )                             ::   kdom      ! Type of domain to be read
817      CHARACTER(len=*), INTENT(in   )                             ::   cdvar     ! Name of the variable
818      REAL(wp)        , INTENT(  out), DIMENSION(:,:,:)           ::   pvar      ! read field
819      INTEGER         , INTENT(in   )                  , OPTIONAL ::   ktime     ! record number
820      INTEGER         , INTENT(in   ), DIMENSION(3)    , OPTIONAL ::   kstart    ! start axis position of the reading
821      INTEGER         , INTENT(in   ), DIMENSION(3)    , OPTIONAL ::   kcount    ! number of points in each axis
822      LOGICAL         , INTENT(in   )                  , OPTIONAL ::   lrowattr  ! logical flag telling iom_get to
823                                                                                 ! look for and use a file attribute
824                                                                                 ! called open_ocean_jstart to set the start
825                                                                                 ! value for the 2nd dimension (netcdf only)
826      LOGICAL         , INTENT(in   ),                   OPTIONAL ::   lrxios    ! read data using XIOS
827      !
828      IF( kiomid > 0 ) THEN
829         IF( iom_file(kiomid)%nfid > 0 ) CALL iom_get_123d( kiomid, kdom       , cdvar        , pv_r3d=pvar,   &
830              &                                                     ktime=ktime, kstart=kstart, kcount=kcount, &
831              &                                                     lrowattr=lrowattr, lrxios=lrxios )
832      ENDIF
833   END SUBROUTINE iom_g3d
834   !!----------------------------------------------------------------------
835
836   SUBROUTINE iom_get_123d( kiomid, kdom  , cdvar ,   &
837         &                  pv_r1d, pv_r2d, pv_r3d,   &
838         &                  ktime , kstart, kcount,   &
839         &                  lrowattr, lrxios        )
840      !!-----------------------------------------------------------------------
841      !!                  ***  ROUTINE  iom_get_123d  ***
842      !!
843      !! ** Purpose : read a 1D/2D/3D variable
844      !!
845      !! ** Method : read ONE record at each CALL
846      !!-----------------------------------------------------------------------
847      INTEGER                    , INTENT(in   )           ::   kiomid     ! Identifier of the file
848      INTEGER                    , INTENT(in   )           ::   kdom       ! Type of domain to be read
849      CHARACTER(len=*)           , INTENT(in   )           ::   cdvar      ! Name of the variable
850      REAL(wp), DIMENSION(:)     , INTENT(  out), OPTIONAL ::   pv_r1d     ! read field (1D case)
851      REAL(wp), DIMENSION(:,:)   , INTENT(  out), OPTIONAL ::   pv_r2d     ! read field (2D case)
852      REAL(wp), DIMENSION(:,:,:) , INTENT(  out), OPTIONAL ::   pv_r3d     ! read field (3D case)
853      INTEGER                    , INTENT(in   ), OPTIONAL ::   ktime      ! record number
854      INTEGER , DIMENSION(:)     , INTENT(in   ), OPTIONAL ::   kstart     ! start position of the reading in each axis
855      INTEGER , DIMENSION(:)     , INTENT(in   ), OPTIONAL ::   kcount     ! number of points to be read in each axis
856      LOGICAL                    , INTENT(in   ), OPTIONAL ::   lrowattr   ! logical flag telling iom_get to
857                                                                           ! look for and use a file attribute
858                                                                           ! called open_ocean_jstart to set the start
859                                                                           ! value for the 2nd dimension (netcdf only)
860      LOGICAL                    , INTENT(in   ), OPTIONAL ::   lrxios     ! use XIOS to read restart
861      !
862      LOGICAL                        ::   lxios       ! local definition for XIOS read
863      LOGICAL                        ::   llnoov      ! local definition to read overlap
864      LOGICAL                        ::   luse_jattr  ! local definition to read open_ocean_jstart file attribute
865      INTEGER                        ::   jstartrow   ! start point for 2nd dimension optionally set by file attribute
866      INTEGER                        ::   jl          ! loop on number of dimension
867      INTEGER                        ::   idom        ! type of domain
868      INTEGER                        ::   idvar       ! id of the variable
869      INTEGER                        ::   inbdim      ! number of dimensions of the variable
870      INTEGER                        ::   idmspc      ! number of spatial dimensions
871      INTEGER                        ::   itime       ! record number
872      INTEGER                        ::   istop       ! temporary value of nstop
873      INTEGER                        ::   ix1, ix2, iy1, iy2   ! subdomain indexes
874      INTEGER                        ::   ji, jj      ! loop counters
875      INTEGER                        ::   irankpv     !
876      INTEGER                        ::   ind1, ind2  ! substring index
877      INTEGER, DIMENSION(jpmax_dims) ::   istart      ! starting point to read for each axis
878      INTEGER, DIMENSION(jpmax_dims) ::   icnt        ! number of value to read along each axis
879      INTEGER, DIMENSION(jpmax_dims) ::   idimsz      ! size of the dimensions of the variable
880      INTEGER, DIMENSION(jpmax_dims) ::   ishape      ! size of the dimensions of the variable
881      REAL(wp)                       ::   zscf, zofs  ! sacle_factor and add_offset
882      INTEGER                        ::   itmp        ! temporary integer
883      CHARACTER(LEN=256)             ::   clinfo      ! info character
884      CHARACTER(LEN=256)             ::   clname      ! file name
885      CHARACTER(LEN=1)               ::   clrankpv, cldmspc      !
886      LOGICAL                        ::   ll_depth_spec ! T => if kstart, kcount present then *only* use values for 3rd spatial dimension.
887      !---------------------------------------------------------------------
888      !
889      REAL(wp)                       :: gma, gmi
890      lxios = .FALSE.
891      if(PRESENT(lrxios)) lxios = lrxios
892      idvar = iom_varid( kiomid, cdvar ) 
893      idom = kdom
894
895      IF(.NOT.lxios) THEN
896          clname = iom_file(kiomid)%name   !   esier to read
897          clinfo = '          iom_get_123d, file: '//trim(clname)//', var: '//trim(cdvar)
898          ! local definition of the domain ?
899          ! do we read the overlap
900          ! ugly patch SM+JMM+RB to overwrite global definition in some cases
901          llnoov = (jpni * jpnj ) == jpnij .AND. .NOT. lk_agrif 
902          ! check kcount and kstart optionals parameters...
903          IF( PRESENT(kcount) .AND. (.NOT. PRESENT(kstart)) ) CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'kcount present needs kstart present')
904          IF( PRESENT(kstart) .AND. (.NOT. PRESENT(kcount)) ) CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'kstart present needs kcount present')
905          IF( PRESENT(kstart) .AND. idom /= jpdom_unknown .AND.  idom /= jpdom_autoglo_xy  ) &
906     &           CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'kstart present needs kdom = jpdom_unknown or kdom = jpdom_autoglo_xy')
907
908          luse_jattr = .false.
909          IF( PRESENT(lrowattr) ) THEN
910             IF( lrowattr .AND. idom /= jpdom_data   ) CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'lrowattr present and true needs kdom = jpdom_data')
911             IF( lrowattr .AND. idom == jpdom_data   ) luse_jattr = .true.
912          ENDIF
913          IF( luse_jattr ) THEN
914             SELECT CASE (iom_file(kiomid)%iolib)
915             CASE (jpioipsl, jprstdimg )
916                 CALL ctl_warn(trim(clinfo), 'lrowattr present and true but this only works with netcdf (jpnf90)')
917                 luse_jattr = .false.
918             CASE (jpnf90   )   
919                 ! Ok
920             CASE DEFAULT   
921                CALL ctl_stop( TRIM(clinfo)//' accepted IO library are only jpioipsl, jpnf90 and jprstdimg' )
922             END SELECT
923          ENDIF
924
925          ! Search for the variable in the data base (eventually actualize data)
926          istop = nstop
927          !
928          IF( idvar > 0 ) THEN
929             ! to write iom_file(kiomid)%dimsz in a shorter way !
930             idimsz(:) = iom_file(kiomid)%dimsz(:, idvar) 
931             inbdim = iom_file(kiomid)%ndims(idvar)            ! number of dimensions in the file
932             idmspc = inbdim                                   ! number of spatial dimensions in the file
933             IF( iom_file(kiomid)%luld(idvar) )   idmspc = inbdim - 1
934             IF( idmspc > 3 )   CALL ctl_stop(trim(clinfo), 'the file has more than 3 spatial dimensions this case is not coded...') 
935             !
936             ! update idom definition...
937             ! Identify the domain in case of jpdom_auto(glo/dta) definition
938             IF( idom == jpdom_autoglo_xy ) THEN
939                ll_depth_spec = .TRUE.
940                idom = jpdom_autoglo
941             ELSE
942                ll_depth_spec = .FALSE.
943             ENDIF
944             IF( idom == jpdom_autoglo .OR. idom == jpdom_autodta ) THEN           
945                IF( idom == jpdom_autoglo ) THEN   ;   idom = jpdom_global 
946                ELSE                               ;   idom = jpdom_data
947                ENDIF
948                ind1 = INDEX( clname, '_', back = .TRUE. ) + 1
949                ind2 = INDEX( clname, '.', back = .TRUE. ) - 1
950                IF( ind2 > ind1 ) THEN   ;   IF( VERIFY( clname(ind1:ind2), '0123456789' ) == 0 )   idom = jpdom_local   ;   ENDIF
951             ENDIF
952             ! Identify the domain in case of jpdom_local definition
953             IF( idom == jpdom_local ) THEN
954                IF(     idimsz(1) == jpi               .AND. idimsz(2) == jpj               ) THEN   ;   idom = jpdom_local_full
955                ELSEIF( idimsz(1) == nlci              .AND. idimsz(2) == nlcj              ) THEN   ;   idom = jpdom_local_noextra
956                ELSEIF( idimsz(1) == (nlei - nldi + 1) .AND. idimsz(2) == (nlej - nldj + 1) ) THEN   ;   idom = jpdom_local_noovlap
957                ELSE   ;   CALL ctl_stop( trim(clinfo), 'impossible to identify the local domain' )
958                ENDIF
959             ENDIF
960             !
961             ! check the consistency between input array and data rank in the file
962             !
963             ! initializations
964             itime = 1
965             IF( PRESENT(ktime) ) itime = ktime
966
967             irankpv = 1 * COUNT( (/PRESENT(pv_r1d)/) ) + 2 * COUNT( (/PRESENT(pv_r2d)/) ) + 3 * COUNT( (/PRESENT(pv_r3d)/) )
968             WRITE(clrankpv, fmt='(i1)') irankpv
969             WRITE(cldmspc , fmt='(i1)') idmspc
970             !
971             IF(     idmspc <  irankpv ) THEN
972                CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'The file has only '//cldmspc//' spatial dimension',   &
973               &                         'it is impossible to read a '//clrankpv//'D array from this file...' )
974             ELSEIF( idmspc == irankpv ) THEN
975                IF( PRESENT(pv_r1d) .AND. idom /= jpdom_unknown )   &
976               &   CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'case not coded...You must use jpdom_unknown' )
977             ELSEIF( idmspc >  irankpv ) THEN
978                   IF( PRESENT(pv_r2d) .AND. itime == 1 .AND. idimsz(3) == 1 .AND. idmspc == 3 ) THEN
979                      CALL ctl_warn( trim(clinfo), '2D array but 3 spatial dimensions for the data...'              ,   &
980                        &         'As the size of the z dimension is 1 and as we try to read the first record, ',   &
981                        &         'we accept this case, even if there is a possible mix-up between z and time dimension' )   
982                      idmspc = idmspc - 1
983                   ELSE
984                      CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'To keep iom lisibility, when reading a '//clrankpv//'D array,'         ,   &
985                     &                         'we do not accept data with '//cldmspc//' spatial dimensions',   &
986                     &                         'Use ncwa -a to suppress the unnecessary dimensions' )
987                   ENDIF
988             ENDIF
989
990             !
991             ! definition of istart and icnt
992             !
993             icnt  (:) = 1
994             istart(:) = 1
995             istart(idmspc+1) = itime
996
997             IF( PRESENT(kstart) .AND. .NOT. ll_depth_spec ) THEN ; istart(1:idmspc) = kstart(1:idmspc) ; icnt(1:idmspc) = kcount(1:idmspc)
998             ELSE
999                IF(           idom == jpdom_unknown ) THEN                                                ; icnt(1:idmspc) = idimsz(1:idmspc)
1000                ELSE
1001                   IF( .NOT. PRESENT(pv_r1d) ) THEN   !   not a 1D array
1002                      IF(     idom == jpdom_data    ) THEN
1003                         jstartrow = 1
1004                         IF( luse_jattr ) THEN
1005                            CALL iom_getatt(kiomid, 'open_ocean_jstart', jstartrow ) ! -999 is returned if the attribute is not found
1006                            jstartrow = MAX(1,jstartrow)
1007                         ENDIF
1008                         istart(1:2) = (/ mig(1), mjg(1) + jstartrow - 1 /)  ! icnt(1:2) done below
1009                      ELSEIF( idom == jpdom_global  ) THEN ; istart(1:2) = (/ nimpp , njmpp  /)  ! icnt(1:2) done below
1010                      ENDIF
1011                      ! we do not read the overlap                     -> we start to read at nldi, nldj
1012! JMM + SM: ugly patch before getting the new version of lib_mpp)
1013!                  IF( idom /= jpdom_local_noovlap )   istart(1:2) = istart(1:2) + (/ nldi - 1, nldj - 1 /)
1014                      IF( llnoov .AND. idom /= jpdom_local_noovlap ) istart(1:2) = istart(1:2) + (/ nldi - 1, nldj - 1 /)
1015                  ! we do not read the overlap and the extra-halos -> from nldi to nlei and from nldj to nlej
1016! JMM + SM: ugly patch before getting the new version of lib_mpp)
1017!                  icnt(1:2) = (/ nlei - nldi + 1, nlej - nldj + 1 /)
1018                      IF( llnoov ) THEN   ;   icnt(1:2) = (/ nlei - nldi + 1, nlej - nldj + 1 /)
1019                      ELSE                ;   icnt(1:2) = (/ nlci           , nlcj            /)
1020                      ENDIF
1021                      IF( PRESENT(pv_r3d) ) THEN
1022                         IF( idom == jpdom_data ) THEN                                  ; icnt(3) = jpkdta
1023                         ELSE IF( ll_depth_spec .AND. PRESENT(kstart) ) THEN            ; istart(3) = kstart(3); icnt(3) = kcount(3)
1024                         ELSE                                                           ; icnt(3) = jpk
1025                         ENDIF
1026                      ENDIF
1027                   ENDIF
1028                ENDIF
1029             ENDIF
1030
1031             ! check that istart and icnt can be used with this file
1032             !-
1033             DO jl = 1, jpmax_dims
1034                itmp = istart(jl)+icnt(jl)-1
1035                IF( itmp > idimsz(jl) .AND. idimsz(jl) /= 0 ) THEN
1036                   WRITE( ctmp1, FMT="('(istart(', i1, ') + icnt(', i1, ') - 1) = ', i5)" ) jl, jl, itmp
1037                   WRITE( ctmp2, FMT="(' is larger than idimsz(', i1,') = ', i5)"         ) jl, idimsz(jl)
1038                   CALL ctl_stop( trim(clinfo), 'start and count too big regarding to the size of the data, ', ctmp1, ctmp2 )     
1039                ENDIF
1040             END DO
1041
1042             ! check that icnt matches the input array
1043             !-     
1044             IF( idom == jpdom_unknown ) THEN
1045                IF( irankpv == 1 )        ishape(1:1) = SHAPE(pv_r1d)
1046                IF( irankpv == 2 )        ishape(1:2) = SHAPE(pv_r2d)
1047                IF( irankpv == 3 )        ishape(1:3) = SHAPE(pv_r3d)
1048                ctmp1 = 'd'
1049             ELSE
1050                IF( irankpv == 2 ) THEN
1051! JMM + SM: ugly patch before getting the new version of lib_mpp)
1052!               ishape(1:2) = SHAPE(pv_r2d(nldi:nlei,nldj:nlej  ))   ;   ctmp1 = 'd(nldi:nlei,nldj:nlej)'
1053                   IF( llnoov ) THEN ; ishape(1:2)=SHAPE(pv_r2d(nldi:nlei,nldj:nlej  )) ; ctmp1='d(nldi:nlei,nldj:nlej)'
1054                   ELSE              ; ishape(1:2)=SHAPE(pv_r2d(1   :nlci,1   :nlcj  )) ; ctmp1='d(1:nlci,1:nlcj)'
1055                   ENDIF
1056                ENDIF
1057                IF( irankpv == 3 ) THEN 
1058! JMM + SM: ugly patch before getting the new version of lib_mpp)
1059!               ishape(1:3) = SHAPE(pv_r3d(nldi:nlei,nldj:nlej,:))   ;   ctmp1 = 'd(nldi:nlei,nldj:nlej,:)'
1060                   IF( llnoov ) THEN ; ishape(1:3)=SHAPE(pv_r3d(nldi:nlei,nldj:nlej,:)) ; ctmp1='d(nldi:nlei,nldj:nlej,:)'
1061                   ELSE              ; ishape(1:3)=SHAPE(pv_r3d(1   :nlci,1   :nlcj,:)) ; ctmp1='d(1:nlci,1:nlcj,:)'
1062                   ENDIF
1063                ENDIF
1064             ENDIF
1065         
1066             DO jl = 1, irankpv
1067                WRITE( ctmp2, FMT="(', ', i1,'): ', i5,' /= icnt(', i1,'):', i5)" ) jl, ishape(jl), jl, icnt(jl)
1068                IF( ishape(jl) /= icnt(jl) )   CALL ctl_stop( TRIM(clinfo), 'size(pv_r'//clrankpv//TRIM(ctmp1)//TRIM(ctmp2) )
1069             END DO
1070
1071          ENDIF
1072
1073          ! read the data
1074          !-     
1075          IF( idvar > 0 .AND. istop == nstop ) THEN   ! no additional errors until this point...
1076             !
1077             ! find the right index of the array to be read
1078! JMM + SM: ugly patch before getting the new version of lib_mpp)
1079!         IF( idom /= jpdom_unknown ) THEN   ;   ix1 = nldi   ;   ix2 = nlei      ;   iy1 = nldj   ;   iy2 = nlej
1080!         ELSE                               ;   ix1 = 1      ;   ix2 = icnt(1)   ;   iy1 = 1      ;   iy2 = icnt(2)
1081!         ENDIF
1082             IF( llnoov ) THEN
1083                IF( idom /= jpdom_unknown ) THEN   ;   ix1 = nldi   ;   ix2 = nlei      ;   iy1 = nldj   ;   iy2 = nlej
1084                ELSE                               ;   ix1 = 1      ;   ix2 = icnt(1)   ;   iy1 = 1      ;   iy2 = icnt(2)
1085                ENDIF
1086             ELSE
1087                IF( idom /= jpdom_unknown ) THEN   ;   ix1 = 1      ;   ix2 = nlci      ;   iy1 = 1      ;   iy2 = nlcj
1088                ELSE                               ;   ix1 = 1      ;   ix2 = icnt(1)   ;   iy1 = 1      ;   iy2 = icnt(2)
1089                ENDIF
1090             ENDIF
1091     
1092             SELECT CASE (iom_file(kiomid)%iolib)
1093             CASE (jpioipsl )   ;   CALL iom_ioipsl_get(  kiomid, idvar, inbdim, istart, icnt, ix1, ix2, iy1, iy2,   &
1094                &                                         pv_r1d, pv_r2d, pv_r3d )
1095             CASE (jpnf90   )   ;   CALL iom_nf90_get(    kiomid, idvar, inbdim, istart, icnt, ix1, ix2, iy1, iy2,   &
1096                &                                         pv_r1d, pv_r2d, pv_r3d )
1097             CASE (jprstdimg)   ;   CALL iom_rstdimg_get( kiomid, idom, idvar, ix1, ix2, iy1, iy2,   &
1098                &                                         pv_r1d, pv_r2d, pv_r3d )
1099             CASE DEFAULT   
1100                CALL ctl_stop( TRIM(clinfo)//' accepted IO library are only jpioipsl, jpnf90 and jprstdimg' )
1101             END SELECT
1102
1103             IF( istop == nstop ) THEN   ! no additional errors until this point...
1104                IF(lwp) WRITE(numout,"(10x,' read ',a,' (rec: ',i6,') in ',a,' ok')") TRIM(cdvar), itime, TRIM(iom_file(kiomid)%name)
1105         
1106                !--- overlap areas and extra hallows (mpp)
1107                IF(     PRESENT(pv_r2d) .AND. idom /= jpdom_unknown ) THEN
1108                   CALL lbc_lnk( pv_r2d,'Z',-999.,'no0' )
1109                ELSEIF( PRESENT(pv_r3d) .AND. idom /= jpdom_unknown ) THEN
1110                   ! this if could be simplified with the new lbc_lnk that works with any size of the 3rd dimension
1111                   IF( icnt(3) == jpk ) THEN
1112                      CALL lbc_lnk( pv_r3d,'Z',-999.,'no0' )
1113                   ELSE   ! put some arbitrary value (a call to lbc_lnk will be done later...)
1114                      DO jj = nlcj+1, jpj   ;   pv_r3d(1:nlci, jj, :) = pv_r3d(1:nlci, nlej, :)   ;   END DO
1115                      DO ji = nlci+1, jpi   ;   pv_r3d(ji    , : , :) = pv_r3d(nlei  , :   , :)   ;   END DO
1116                   ENDIF
1117                ENDIF
1118                !
1119             ELSE
1120                ! return if istop == nstop is false
1121                RETURN
1122             ENDIF
1123          ELSE
1124             ! return if statment idvar > 0 .AND. istop == nstop is false
1125             RETURN
1126          ENDIF
1127          !
1128       ELSE        ! read using XIOS. Only if KEY_IOMPUT is defined
1129#if defined key_iomput
1130!would be good to be able to check which context is active and swap only if current is not restart
1131          CALL iom_swap( TRIM(rxios_context) ) 
1132          IF( PRESENT(pv_r3d) ) THEN
1133             if(lwp) write(numout,*) 'XIOS RST READ (3D): ',trim(cdvar)
1134             CALL xios_recv_field( trim(cdvar), pv_r3d)
1135             IF(idom /= jpdom_unknown ) then
1136                 CALL lbc_lnk( pv_r3d,'Z',-999.,'no0' )
1137             ENDIF
1138          ELSEIF( PRESENT(pv_r2d) ) THEN
1139             if(lwp) write(numout,*) 'XIOS RST READ (2D): ', trim(cdvar)
1140             CALL xios_recv_field( trim(cdvar), pv_r2d)
1141             IF(idom /= jpdom_unknown ) THEN
1142                 CALL lbc_lnk(pv_r2d,'Z',-999.,'no0')
1143             ENDIF
1144          ELSEIF( PRESENT(pv_r1d) ) THEN
1145             if(lwp) write(numout,*) 'XIOS RST READ (1D): ', trim(cdvar)
1146             CALL xios_recv_field( trim(cdvar), pv_r1d)
1147          ENDIF
1148          CALL iom_swap( TRIM(cxios_context) )
1149#else
1150          istop = istop + 1 
1151          clinfo = 'Can not use XIOS in iom_get_123d, file: '//trim(clname)//', var:'//trim(cdvar)
1152#endif
1153       ENDIF
1154!some final adjustments
1155       ! C1D case : always call lbc_lnk to replicate the central value over the whole 3X3 domain
1156       IF( lk_c1d .AND. PRESENT(pv_r2d) )   CALL lbc_lnk( pv_r2d,'Z',1. )
1157       IF( lk_c1d .AND. PRESENT(pv_r3d) )   CALL lbc_lnk( pv_r3d,'Z',1. )
1158
1159       !--- Apply scale_factor and offset
1160       zscf = iom_file(kiomid)%scf(idvar)      ! scale factor
1161       zofs = iom_file(kiomid)%ofs(idvar)      ! offset
1162       IF(     PRESENT(pv_r1d) ) THEN
1163          IF( zscf /= 1. )   pv_r1d(:) = pv_r1d(:) * zscf 
1164          IF( zofs /= 0. )   pv_r1d(:) = pv_r1d(:) + zofs
1165       ELSEIF( PRESENT(pv_r2d) ) THEN
1166!CDIR COLLAPSE
1167          IF( zscf /= 1.)   pv_r2d(:,:) = pv_r2d(:,:) * zscf
1168!CDIR COLLAPSE
1169          IF( zofs /= 0.)   pv_r2d(:,:) = pv_r2d(:,:) + zofs
1170       ELSEIF( PRESENT(pv_r3d) ) THEN
1171!CDIR COLLAPSE
1172          IF( zscf /= 1.)   pv_r3d(:,:,:) = pv_r3d(:,:,:) * zscf
1173!CDIR COLLAPSE
1174          IF( zofs /= 0.)   pv_r3d(:,:,:) = pv_r3d(:,:,:) + zofs
1175       ENDIF
1176   END SUBROUTINE iom_get_123d
1177
1178
1179   SUBROUTINE iom_gettime( kiomid, ptime, cdvar, kntime, cdunits, cdcalendar )
1180      !!--------------------------------------------------------------------
1181      !!                   ***  SUBROUTINE iom_gettime  ***
1182      !!
1183      !! ** Purpose : read the time axis cdvar in the file
1184      !!--------------------------------------------------------------------
1185      INTEGER                    , INTENT(in   ) ::   kiomid     ! file Identifier
1186      REAL(wp), DIMENSION(:)     , INTENT(  out) ::   ptime      ! the time axis
1187      CHARACTER(len=*), OPTIONAL , INTENT(in   ) ::   cdvar      ! time axis name
1188      INTEGER         , OPTIONAL , INTENT(  out) ::   kntime     ! number of times in file
1189      CHARACTER(len=*), OPTIONAL , INTENT(  out) ::   cdunits    ! units attribute of time coordinate
1190      CHARACTER(len=*), OPTIONAL , INTENT(  out) ::   cdcalendar ! calendar attribute of
1191      !
1192      INTEGER, DIMENSION(1) :: kdimsz
1193      INTEGER            ::   idvar    ! id of the variable
1194      CHARACTER(LEN=32)  ::   tname    ! local name of time coordinate
1195      CHARACTER(LEN=100) ::   clinfo   ! info character
1196      !---------------------------------------------------------------------
1197      !
1198      IF ( PRESENT(cdvar) ) THEN
1199         tname = cdvar
1200      ELSE
1201         tname = iom_file(kiomid)%uldname
1202      ENDIF
1203      IF( kiomid > 0 ) THEN
1204         clinfo = 'iom_gettime, file: '//trim(iom_file(kiomid)%name)//', var: '//trim(tname)
1205         IF ( PRESENT(kntime) ) THEN
1206            idvar  = iom_varid( kiomid, tname, kdimsz = kdimsz )
1207            kntime = kdimsz(1)
1208         ELSE
1209            idvar = iom_varid( kiomid, tname )
1210         ENDIF
1211         !
1212         ptime(:) = 0. ! default definition
1213         IF( idvar > 0 ) THEN
1214            IF( iom_file(kiomid)%ndims(idvar) == 1 ) THEN
1215               IF( iom_file(kiomid)%luld(idvar) ) THEN
1216                  IF( iom_file(kiomid)%dimsz(1,idvar) <= size(ptime) ) THEN
1217                     SELECT CASE (iom_file(kiomid)%iolib)
1218                     CASE (jpioipsl )   ;   CALL iom_ioipsl_gettime( kiomid, idvar, ptime, cdunits, cdcalendar )
1219                     CASE (jpnf90   )   ;   CALL iom_nf90_gettime(   kiomid, idvar, ptime, cdunits, cdcalendar )
1220                     CASE (jprstdimg)   ;   CALL ctl_stop( TRIM(clinfo)//' case IO library == jprstdimg not coded...' )
1221                     CASE DEFAULT   
1222                        CALL ctl_stop( TRIM(clinfo)//' accepted IO library are only jpioipsl, jpnf90 and jprstdimg' )
1223                     END SELECT
1224                  ELSE
1225                     WRITE(ctmp1,*) 'error with the size of ptime ',size(ptime),iom_file(kiomid)%dimsz(1,idvar)
1226                     CALL ctl_stop( trim(clinfo), trim(ctmp1) )
1227                  ENDIF
1228               ELSE
1229                  CALL ctl_stop( trim(clinfo), 'variable dimension is not unlimited... use iom_get' )
1230               ENDIF
1231            ELSE
1232               CALL ctl_stop( trim(clinfo), 'the variable has more than 1 dimension' )
1233            ENDIF
1234         ELSE
1235            CALL ctl_stop( trim(clinfo), 'variable not found in '//iom_file(kiomid)%name )
1236         ENDIF
1237      ENDIF
1238      !
1239   END SUBROUTINE iom_gettime
1240
1241
1242   !!----------------------------------------------------------------------
1243   !!                   INTERFACE iom_getatt
1244   !!----------------------------------------------------------------------
1245   SUBROUTINE iom_g0d_intatt( kiomid, cdatt, pvar )
1246      INTEGER         , INTENT(in   )                 ::   kiomid    ! Identifier of the file
1247      CHARACTER(len=*), INTENT(in   )                 ::   cdatt     ! Name of the attribute
1248      INTEGER         , INTENT(  out)                 ::   pvar      ! read field
1249      !
1250      IF( kiomid > 0 ) THEN
1251         IF( iom_file(kiomid)%nfid > 0 ) THEN
1252            SELECT CASE (iom_file(kiomid)%iolib)
1253            CASE (jpioipsl )   ;   CALL ctl_stop('iom_getatt: only nf90 available')
1254            CASE (jpnf90   )   ;   CALL iom_nf90_getatt( kiomid, cdatt, pvar )
1255            CASE (jprstdimg)   ;   CALL ctl_stop('iom_getatt: only nf90 available')
1256            CASE DEFAULT   
1257               CALL ctl_stop( 'iom_g0d_att: accepted IO library are only jpioipsl, jpnf90 and jprstdimg' )
1258            END SELECT
1259         ENDIF
1260      ENDIF
1261   END SUBROUTINE iom_g0d_intatt
1262
1263
1264   !!----------------------------------------------------------------------
1265   !!                   INTERFACE iom_rstput
1266   !!----------------------------------------------------------------------
1267   SUBROUTINE iom_rp0d( kt, kwrite, kiomid, cdvar, pvar, ktype )
1268      INTEGER         , INTENT(in)                         ::   kt       ! ocean time-step
1269      INTEGER         , INTENT(in)                         ::   kwrite   ! writing time-step
1270      INTEGER         , INTENT(in)                         ::   kiomid   ! Identifier of the file
1271      CHARACTER(len=*), INTENT(in)                         ::   cdvar    ! time axis name
1272      REAL(wp)        , INTENT(in)                         ::   pvar     ! written field
1273      INTEGER         , INTENT(in), OPTIONAL               ::   ktype    ! variable external type
1274      INTEGER :: ivid   ! variable id
1275      IF( kiomid > 0 ) THEN
1276         IF( iom_file(kiomid)%nfid > 0 ) THEN
1277            ivid = iom_varid( kiomid, cdvar, ldstop = .FALSE. )
1278            SELECT CASE (iom_file(kiomid)%iolib)
1279            CASE (jpioipsl )   ;   CALL iom_ioipsl_rstput( kt, kwrite, kiomid, cdvar, ivid, ktype, pv_r0d = pvar )
1280            CASE (jpnf90   )   ;   CALL iom_nf90_rstput(   kt, kwrite, kiomid, cdvar, ivid, ktype, pv_r0d = pvar )
1281            CASE (jprstdimg)   ;   IF( kt == kwrite )    CALL iom_rstdimg_rstput( kiomid, cdvar, ivid, pvar )
1282            CASE DEFAULT     
1283               CALL ctl_stop( 'iom_rp0d: accepted IO library are only jpioipsl, jpnf90 and jprstdimg' )
1284            END SELECT
1285         ENDIF
1286      ENDIF
1287   END SUBROUTINE iom_rp0d
1288
1289   SUBROUTINE iom_rp1d( kt, kwrite, kiomid, cdvar, pvar, ktype )
1290      INTEGER         , INTENT(in)                         ::   kt       ! ocean time-step
1291      INTEGER         , INTENT(in)                         ::   kwrite   ! writing time-step
1292      INTEGER         , INTENT(in)                         ::   kiomid   ! Identifier of the file
1293      CHARACTER(len=*), INTENT(in)                         ::   cdvar    ! time axis name
1294      REAL(wp)        , INTENT(in), DIMENSION(          :) ::   pvar     ! written field
1295      INTEGER         , INTENT(in), OPTIONAL               ::   ktype    ! variable external type
1296      INTEGER :: ivid   ! variable id
1297      IF( kiomid > 0 ) THEN
1298         IF( iom_file(kiomid)%nfid > 0 ) THEN
1299            ivid = iom_varid( kiomid, cdvar, ldstop = .FALSE. )
1300            SELECT CASE (iom_file(kiomid)%iolib)
1301            CASE (jpioipsl )   ;   CALL iom_ioipsl_rstput( kt, kwrite, kiomid, cdvar, ivid, ktype, pv_r1d = pvar )
1302            CASE (jpnf90   )   ;   CALL iom_nf90_rstput(   kt, kwrite, kiomid, cdvar, ivid, ktype, pv_r1d = pvar )
1303            CASE (jprstdimg)   ;   IF( kt == kwrite )    CALL iom_rstdimg_rstput( kiomid, cdvar, ivid, pv_r1d = pvar )
1304            CASE DEFAULT     
1305               CALL ctl_stop( 'iom_rp1d: accepted IO library are only jpioipsl, jpnf90 and jprstdimg' )
1306            END SELECT
1307         ENDIF
1308      ENDIF
1309   END SUBROUTINE iom_rp1d
1310
1311   SUBROUTINE iom_rp2d( kt, kwrite, kiomid, cdvar, pvar, ktype )
1312      INTEGER         , INTENT(in)                         ::   kt       ! ocean time-step
1313      INTEGER         , INTENT(in)                         ::   kwrite   ! writing time-step
1314      INTEGER         , INTENT(in)                         ::   kiomid   ! Identifier of the file
1315      CHARACTER(len=*), INTENT(in)                         ::   cdvar    ! time axis name
1316      REAL(wp)        , INTENT(in), DIMENSION(:,    :    ) ::   pvar     ! written field
1317      INTEGER         , INTENT(in), OPTIONAL               ::   ktype    ! variable external type
1318      INTEGER :: ivid   ! variable id
1319      IF( kiomid > 0 ) THEN
1320         IF( iom_file(kiomid)%nfid > 0 ) THEN
1321            ivid = iom_varid( kiomid, cdvar, ldstop = .FALSE. )
1322            SELECT CASE (iom_file(kiomid)%iolib)
1323            CASE (jpioipsl )   ;   CALL iom_ioipsl_rstput( kt, kwrite, kiomid, cdvar, ivid, ktype, pv_r2d = pvar )
1324            CASE (jpnf90   )   ;   CALL iom_nf90_rstput(   kt, kwrite, kiomid, cdvar, ivid, ktype, pv_r2d = pvar )
1325            CASE (jprstdimg)   ;   IF( kt == kwrite )   CALL iom_rstdimg_rstput( kiomid, cdvar, ivid, pv_r2d = pvar ) 
1326            CASE DEFAULT     
1327               CALL ctl_stop( 'iom_rp2d: accepted IO library are only jpioipsl, jpnf90 and jprstdimg' )
1328            END SELECT
1329         ENDIF
1330      ENDIF
1331   END SUBROUTINE iom_rp2d
1332
1333   SUBROUTINE iom_rp3d( kt, kwrite, kiomid, cdvar, pvar, ktype )
1334      INTEGER         , INTENT(in)                         ::   kt       ! ocean time-step
1335      INTEGER         , INTENT(in)                         ::   kwrite   ! writing time-step
1336      INTEGER         , INTENT(in)                         ::   kiomid   ! Identifier of the file
1337      CHARACTER(len=*), INTENT(in)                         ::   cdvar    ! time axis name
1338      REAL(wp)        , INTENT(in),       DIMENSION(:,:,:) ::   pvar     ! written field
1339      INTEGER         , INTENT(in), OPTIONAL               ::   ktype    ! variable external type
1340      INTEGER :: ivid   ! variable id
1341      IF( kiomid > 0 ) THEN
1342         IF( iom_file(kiomid)%nfid > 0 ) THEN
1343            ivid = iom_varid( kiomid, cdvar, ldstop = .FALSE. )
1344            SELECT CASE (iom_file(kiomid)%iolib)
1345            CASE (jpioipsl )   ;   CALL iom_ioipsl_rstput( kt, kwrite, kiomid, cdvar, ivid, ktype, pv_r3d = pvar )
1346            CASE (jpnf90   )   ;   CALL iom_nf90_rstput(   kt, kwrite, kiomid, cdvar, ivid, ktype, pv_r3d = pvar )
1347            CASE (jprstdimg)   ;   IF( kt == kwrite )   CALL iom_rstdimg_rstput( kiomid, cdvar, ivid, pv_r3d = pvar )
1348            CASE DEFAULT     
1349               CALL ctl_stop( 'iom_rp3d: accepted IO library are only jpioipsl and jprstdimg' )
1350            END SELECT
1351         ENDIF
1352      ENDIF
1353   END SUBROUTINE iom_rp3d
1354
1355
1356   !!----------------------------------------------------------------------
1357   !!                   INTERFACE iom_put
1358   !!----------------------------------------------------------------------
1359   SUBROUTINE iom_p0d( cdname, pfield0d )
1360      CHARACTER(LEN=*), INTENT(in) ::   cdname
1361      REAL(wp)        , INTENT(in) ::   pfield0d
1362      REAL(wp)        , DIMENSION(jpi,jpj) ::   zz     ! masson
1363#if defined key_iomput
1364      zz(:,:)=pfield0d
1365      CALL xios_send_field(cdname, zz)
1366      !CALL xios_send_field(cdname, (/pfield0d/))
1367#else
1368      IF( .FALSE. )   WRITE(numout,*) cdname, pfield0d   ! useless test to avoid compilation warnings
1369#endif
1370   END SUBROUTINE iom_p0d
1371
1372   SUBROUTINE iom_p1d( cdname, pfield1d )
1373      CHARACTER(LEN=*)          , INTENT(in) ::   cdname
1374      REAL(wp),     DIMENSION(:), INTENT(in) ::   pfield1d
1375#if defined key_iomput
1376      CALL xios_send_field( cdname, RESHAPE( (/pfield1d/), (/1,1,SIZE(pfield1d)/) ) )
1377#else
1378      IF( .FALSE. )   WRITE(numout,*) cdname, pfield1d   ! useless test to avoid compilation warnings
1379#endif
1380   END SUBROUTINE iom_p1d
1381
1382   SUBROUTINE iom_p2d( cdname, pfield2d )
1383      CHARACTER(LEN=*)            , INTENT(in) ::   cdname
1384      REAL(wp),     DIMENSION(:,:), INTENT(in) ::   pfield2d
1385#if defined key_iomput
1386      CALL xios_send_field(cdname, pfield2d)
1387#else
1388      IF( .FALSE. )   WRITE(numout,*) cdname, pfield2d   ! useless test to avoid compilation warnings
1389#endif
1390   END SUBROUTINE iom_p2d
1391
1392   SUBROUTINE iom_p3d( cdname, pfield3d )
1393      CHARACTER(LEN=*)                , INTENT(in) ::   cdname
1394      REAL(wp),       DIMENSION(:,:,:), INTENT(in) ::   pfield3d
1395#if defined key_iomput
1396      CALL xios_send_field(cdname, pfield3d)
1397#else
1398      IF( .FALSE. )   WRITE(numout,*) cdname, pfield3d   ! useless test to avoid compilation warnings
1399#endif
1400   END SUBROUTINE iom_p3d
1401   !!----------------------------------------------------------------------
1402
1403#if defined key_iomput
1404
1405   SUBROUTINE iom_set_domain_attr( cdid, ni_glo, nj_glo, ibegin, jbegin, ni, nj, zoom_ibegin, zoom_jbegin, zoom_ni, zoom_nj,   &
1406      &                                    data_dim, data_ibegin, data_ni, data_jbegin, data_nj, lonvalue, latvalue, mask,     &
1407      &                                    nvertex, bounds_lon, bounds_lat, area )
1408      CHARACTER(LEN=*)                   , INTENT(in) ::   cdid
1409      INTEGER                  , OPTIONAL, INTENT(in) ::   ni_glo, nj_glo, ibegin, jbegin, ni, nj
1410      INTEGER                  , OPTIONAL, INTENT(in) ::   data_dim, data_ibegin, data_ni, data_jbegin, data_nj
1411      INTEGER                  , OPTIONAL, INTENT(in) ::   zoom_ibegin, zoom_jbegin, zoom_ni, zoom_nj, nvertex
1412      REAL(wp), DIMENSION(:)   , OPTIONAL, INTENT(in) ::   lonvalue, latvalue
1413      REAL(wp), DIMENSION(:,:) , OPTIONAL, INTENT(in) ::   bounds_lon, bounds_lat, area
1414#if ! defined key_xios2
1415     LOGICAL,  DIMENSION(:,:) , OPTIONAL, INTENT(in) ::   mask
1416#else
1417      LOGICAL,  DIMENSION(:) , OPTIONAL, INTENT(in) ::   mask
1418#endif
1419
1420#if ! defined key_xios2
1421      IF ( xios_is_valid_domain     (cdid) ) THEN
1422         CALL xios_set_domain_attr     ( cdid, ni_glo=ni_glo, nj_glo=nj_glo, ibegin=ibegin, jbegin=jbegin, ni=ni, nj=nj,   &
1423            &    data_dim=data_dim, data_ibegin=data_ibegin, data_ni=data_ni, data_jbegin=data_jbegin, data_nj=data_nj ,   &
1424            &    zoom_ibegin=zoom_ibegin, zoom_jbegin=zoom_jbegin, zoom_ni=zoom_ni, zoom_nj=zoom_nj,                       &
1425            &    lonvalue=lonvalue, latvalue=latvalue, mask=mask, nvertex=nvertex, bounds_lon=bounds_lon,                  &
1426            &    bounds_lat=bounds_lat, area=area )
1427     ENDIF
1428      IF ( xios_is_valid_domaingroup(cdid) ) THEN
1429         CALL xios_set_domaingroup_attr( cdid, ni_glo=ni_glo, nj_glo=nj_glo, ibegin=ibegin, jbegin=jbegin, ni=ni, nj=nj,   &
1430            &    data_dim=data_dim, data_ibegin=data_ibegin, data_ni=data_ni, data_jbegin=data_jbegin, data_nj=data_nj ,   &
1431            &    zoom_ibegin=zoom_ibegin, zoom_jbegin=zoom_jbegin, zoom_ni=zoom_ni, zoom_nj=zoom_nj,                       &
1432            &    lonvalue=lonvalue, latvalue=latvalue, mask=mask, nvertex=nvertex, bounds_lon=bounds_lon,                  &
1433            &    bounds_lat=bounds_lat, area=area )
1434      ENDIF
1435
1436#else
1437      IF ( xios_is_valid_domain     (cdid) ) THEN
1438         CALL xios_set_domain_attr     ( cdid, ni_glo=ni_glo, nj_glo=nj_glo, ibegin=ibegin, jbegin=jbegin, ni=ni, nj=nj,   &
1439            &    data_dim=data_dim, data_ibegin=data_ibegin, data_ni=data_ni, data_jbegin=data_jbegin, data_nj=data_nj ,   &
1440            &    lonvalue_1D=lonvalue, latvalue_1D=latvalue, mask_1D=mask, nvertex=nvertex, bounds_lon_1D=bounds_lon,                  &
1441            &    bounds_lat_1D=bounds_lat, area=area, type='curvilinear')
1442      ENDIF
1443      IF ( xios_is_valid_domaingroup(cdid) ) THEN
1444         CALL xios_set_domaingroup_attr( cdid, ni_glo=ni_glo, nj_glo=nj_glo, ibegin=ibegin, jbegin=jbegin, ni=ni, nj=nj,   &
1445            &    data_dim=data_dim, data_ibegin=data_ibegin, data_ni=data_ni, data_jbegin=data_jbegin, data_nj=data_nj ,   &
1446            &    lonvalue_1D=lonvalue, latvalue_1D=latvalue, mask_1D=mask, nvertex=nvertex, bounds_lon_1D=bounds_lon,                  &
1447            &    bounds_lat_1D=bounds_lat, area=area, type='curvilinear' )
1448      ENDIF
1449#endif
1450      CALL xios_solve_inheritance()
1451
1452   END SUBROUTINE iom_set_domain_attr
1453
1454#if defined key_xios2
1455  SUBROUTINE iom_set_zoom_domain_attr( cdid, ibegin, jbegin, ni, nj)
1456     CHARACTER(LEN=*)                   , INTENT(in) ::   cdid
1457     INTEGER                  , OPTIONAL, INTENT(in) ::   ibegin, jbegin, ni, nj
1458
1459     IF ( xios_is_valid_zoom_domain     (cdid) ) THEN
1460         CALL xios_set_zoom_domain_attr     ( cdid, ibegin=ibegin, jbegin=jbegin, ni=ni,    &
1461           &   nj=nj)
1462    ENDIF
1463  END SUBROUTINE iom_set_zoom_domain_attr
1464#endif
1465
1466
1467   SUBROUTINE iom_set_axis_attr( cdid, paxis, bounds )
1468      CHARACTER(LEN=*)      , INTENT(in) ::   cdid
1469      REAL(wp), DIMENSION(:)  , OPTIONAL, INTENT(in) ::   paxis
1470      REAL(wp), DIMENSION(:,:), OPTIONAL, INTENT(in) ::   bounds
1471      IF ( PRESENT(paxis) ) THEN
1472#if ! defined key_xios2
1473         IF ( xios_is_valid_axis     (cdid) )   CALL xios_set_axis_attr     ( cdid, size=SIZE(paxis), value=paxis )
1474         IF ( xios_is_valid_axisgroup(cdid) )   CALL xios_set_axisgroup_attr( cdid, size=SIZE(paxis), value=paxis )
1475#else
1476         IF ( xios_is_valid_axis     (cdid) )   CALL xios_set_axis_attr     ( cdid, n_glo=SIZE(paxis), value=paxis )
1477         IF ( xios_is_valid_axisgroup(cdid) )   CALL xios_set_axisgroup_attr( cdid, n_glo=SIZE(paxis), value=paxis )
1478#endif
1479      ENDIF
1480      IF ( xios_is_valid_axis     (cdid) )   CALL xios_set_axis_attr     ( cdid, bounds=bounds )
1481      IF ( xios_is_valid_axisgroup(cdid) )   CALL xios_set_axisgroup_attr( cdid, bounds=bounds )
1482      CALL xios_solve_inheritance()
1483   END SUBROUTINE iom_set_axis_attr
1484
1485   SUBROUTINE iom_set_field_attr( cdid, freq_op, freq_offset )
1486      CHARACTER(LEN=*)          , INTENT(in) ::   cdid
1487#if ! defined key_xios2
1488      CHARACTER(LEN=*)   ,OPTIONAL , INTENT(in) ::   freq_op
1489      CHARACTER(LEN=*)   ,OPTIONAL , INTENT(in) ::   freq_offset
1490#else
1491      TYPE(xios_duration),OPTIONAL , INTENT(in) ::   freq_op
1492      TYPE(xios_duration),OPTIONAL , INTENT(in) ::   freq_offset
1493#endif
1494      IF ( xios_is_valid_field     (cdid) )   CALL xios_set_field_attr       &
1495    &     ( cdid, freq_op=freq_op, freq_offset=freq_offset )
1496      IF ( xios_is_valid_fieldgroup(cdid) )   CALL xios_set_fieldgroup_attr  &
1497    &                    ( cdid, freq_op=freq_op, freq_offset=freq_offset )
1498      CALL xios_solve_inheritance()
1499   END SUBROUTINE iom_set_field_attr
1500
1501   SUBROUTINE iom_set_file_attr( cdid, name, name_suffix )
1502      CHARACTER(LEN=*)          , INTENT(in) ::   cdid
1503      CHARACTER(LEN=*),OPTIONAL , INTENT(in) ::   name, name_suffix
1504      IF ( xios_is_valid_file     (cdid) )   CALL xios_set_file_attr     ( cdid, name=name, name_suffix=name_suffix )
1505      IF ( xios_is_valid_filegroup(cdid) )   CALL xios_set_filegroup_attr( cdid, name=name, name_suffix=name_suffix )
1506      CALL xios_solve_inheritance()
1507   END SUBROUTINE iom_set_file_attr
1508
1509
1510   SUBROUTINE iom_get_file_attr( cdid, name, name_suffix, output_freq )
1511      CHARACTER(LEN=*)          , INTENT(in ) ::   cdid
1512      CHARACTER(LEN=*),OPTIONAL , INTENT(out) ::   name, name_suffix
1513#if ! defined key_xios2
1514      CHARACTER(LEN=*),OPTIONAL , INTENT(out) ::    output_freq
1515#else
1516      TYPE(xios_duration)   ,OPTIONAL , INTENT(out) :: output_freq
1517#endif 
1518      LOGICAL                                 ::   llexist1,llexist2,llexist3
1519      !---------------------------------------------------------------------
1520      IF( PRESENT( name        ) )   name = ''          ! default values
1521      IF( PRESENT( name_suffix ) )   name_suffix = ''
1522#if ! defined key_xios2
1523      IF( PRESENT( output_freq ) )   output_freq = ''
1524#else
1525      IF( PRESENT( output_freq ) )   output_freq = xios_duration(0,0,0,0,0,0)
1526#endif
1527      IF ( xios_is_valid_file     (cdid) ) THEN
1528         CALL xios_solve_inheritance()
1529         CALL xios_is_defined_file_attr     ( cdid, name = llexist1, name_suffix = llexist2, output_freq = llexist3)
1530         IF(llexist1)   CALL xios_get_file_attr     ( cdid, name = name )
1531         IF(llexist2)   CALL xios_get_file_attr     ( cdid, name_suffix = name_suffix )
1532         IF(llexist3)   CALL xios_get_file_attr     ( cdid, output_freq = output_freq )
1533      ENDIF
1534      IF ( xios_is_valid_filegroup(cdid) ) THEN
1535         CALL xios_solve_inheritance()
1536         CALL xios_is_defined_filegroup_attr( cdid, name = llexist1, name_suffix = llexist2, output_freq = llexist3)
1537         IF(llexist1)   CALL xios_get_filegroup_attr( cdid, name = name )
1538         IF(llexist2)   CALL xios_get_filegroup_attr( cdid, name_suffix = name_suffix )
1539         IF(llexist3)   CALL xios_get_filegroup_attr( cdid, output_freq = output_freq )
1540      ENDIF
1541   END SUBROUTINE iom_get_file_attr
1542
1543
1544   SUBROUTINE iom_set_grid_attr( cdid, mask )
1545      CHARACTER(LEN=*)                   , INTENT(in) ::   cdid
1546      LOGICAL, DIMENSION(:,:,:), OPTIONAL, INTENT(in) ::   mask
1547#if ! defined key_xios2
1548      IF ( xios_is_valid_grid     (cdid) )   CALL xios_set_grid_attr     ( cdid, mask=mask )
1549      IF ( xios_is_valid_gridgroup(cdid) )   CALL xios_set_gridgroup_attr( cdid, mask=mask )
1550#else
1551      IF ( xios_is_valid_grid     (cdid) )   CALL xios_set_grid_attr     ( cdid, mask_3D=mask )
1552      IF ( xios_is_valid_gridgroup(cdid) )   CALL xios_set_gridgroup_attr( cdid, mask_3D=mask )
1553#endif
1554      CALL xios_solve_inheritance()
1555   END SUBROUTINE iom_set_grid_attr
1556
1557   SUBROUTINE iom_setkt( kt, cdname )
1558      INTEGER         , INTENT(in) ::   kt 
1559      CHARACTER(LEN=*), INTENT(in) ::   cdname
1560      !     
1561      CALL iom_swap( cdname )   ! swap to cdname context
1562      CALL xios_update_calendar(kt)
1563      IF( cdname /= TRIM(cxios_context) ) CALL iom_swap( TRIM(cxios_context) )   ! return back to nemo context
1564      !
1565   END SUBROUTINE iom_setkt
1566
1567   SUBROUTINE iom_context_finalize( cdname )
1568      CHARACTER(LEN=*), INTENT(in) :: cdname
1569      !
1570      IF( xios_is_valid_context(cdname) ) THEN
1571         CALL iom_swap( cdname )   ! swap to cdname context
1572         CALL xios_context_finalize() ! finalize the context
1573         IF( cdname /= TRIM(cxios_context) ) CALL iom_swap( TRIM(cxios_context) )   ! return back to nemo context
1574      ENDIF
1575      !
1576   END SUBROUTINE iom_context_finalize
1577
1578
1579   SUBROUTINE set_grid( cdgrd, plon, plat, lmask )
1580      !!----------------------------------------------------------------------
1581      !!                     ***  ROUTINE set_grid  ***
1582      !!
1583      !! ** Purpose :   define horizontal grids
1584      !!
1585      !!----------------------------------------------------------------------
1586      CHARACTER(LEN=1)            , INTENT(in) ::   cdgrd
1587      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj), INTENT(in) ::   plon
1588      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj), INTENT(in) ::   plat
1589      !
1590      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) ::   zmask
1591      INTEGER  :: ni,nj
1592      LOGICAL :: lmask
1593     
1594      ni=nlei-nldi+1 ; nj=nlej-nldj+1
1595
1596#if ! defined key_xios2
1597     CALL iom_set_domain_attr("grid_"//cdgrd, ni_glo=jpiglo, nj_glo=jpjglo, ibegin=nimpp+nldi-1, jbegin=njmpp+nldj-1, ni=ni, nj=nj)
1598#else
1599     CALL iom_set_domain_attr("grid_"//cdgrd, ni_glo=jpiglo, nj_glo=jpjglo, ibegin=nimpp+nldi-2, jbegin=njmpp+nldj-2, ni=ni, nj=nj)
1600#endif     
1601      CALL iom_set_domain_attr("grid_"//cdgrd, data_dim=2, data_ibegin = 1-nldi, data_ni = jpi, data_jbegin = 1-nldj, data_nj = jpj)
1602      CALL iom_set_domain_attr("grid_"//cdgrd, lonvalue = RESHAPE(plon(nldi:nlei, nldj:nlej),(/ ni*nj /)),   &
1603         &                                     latvalue = RESHAPE(plat(nldi:nlei, nldj:nlej),(/ ni*nj /))) 
1604
1605      IF ( lmask ) THEN
1606         ! mask land points, keep values on coast line -> specific mask for U, V and W points
1607         SELECT CASE ( cdgrd )
1608         CASE('T')   ;   zmask(:,:,:)       = tmask(:,:,:)
1609         CASE('U')   ;   zmask(2:jpim1,:,:) = tmask(2:jpim1,:,:) + tmask(3:jpi,:,:)   ;   CALL lbc_lnk( zmask, 'U', 1. )
1610         CASE('V')   ;   zmask(:,2:jpjm1,:) = tmask(:,2:jpjm1,:) + tmask(:,3:jpj,:)   ;   CALL lbc_lnk( zmask, 'V', 1. )
1611         CASE('W')   ;   zmask(:,:,2:jpk  ) = tmask(:,:,1:jpkm1) + tmask(:,:,2:jpk)   ;   zmask(:,:,1) = tmask(:,:,1)
1612         END SELECT
1613         !
1614#if ! defined key_xios2
1615         CALL iom_set_domain_attr( "grid_"//cdgrd       , mask = RESHAPE(zmask(nldi:nlei,nldj:nlej,1),(/ni,nj    /)) /= 0. )
1616#else
1617         CALL iom_set_domain_attr( "grid_"//cdgrd       , mask = RESHAPE(zmask(nldi:nlei,nldj:nlej,1),(/ni*nj    /)) /= 0. )
1618#endif 
1619         CALL iom_set_grid_attr  ( "grid_"//cdgrd//"_3D", mask = RESHAPE(zmask(nldi:nlei,nldj:nlej,:),(/ni,nj,jpk/)) /= 0. )
1620      ENDIF
1621     
1622   END SUBROUTINE set_grid
1623
1624
1625   SUBROUTINE set_grid_bounds( cdgrd, plon_cnr, plat_cnr, plon_pnt, plat_pnt )
1626      !!----------------------------------------------------------------------
1627      !!                   ***  ROUTINE set_grid_bounds  ***
1628      !!
1629      !! ** Purpose :   define horizontal grid corners
1630      !!
1631      !!----------------------------------------------------------------------
1632      CHARACTER(LEN=1) , INTENT(in) :: cdgrd
1633      !
1634      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj), INTENT(in)           :: plon_cnr, plat_cnr  ! Lat/lon coordinates of a contiguous vertex of cell (i,j)
1635      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj), OPTIONAL, INTENT(in) :: plon_pnt, plat_pnt  ! Lat/lon coordinates of the point of cell (i,j)
1636      !
1637      REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:,:)   :: z_bnds      ! Lat/lon coordinates of the vertices of cell (i,j)
1638      REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:)       :: z_fld       ! Working array to determine where to rotate cells
1639      REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:)       :: z_rot       ! Lat/lon working array for rotation of cells
1640      !
1641      INTEGER :: icnr, jcnr                                      ! Offset such that the vertex coordinate (i+icnr,j+jcnr)
1642      !                                                          ! represents the bottom-left corner of cell (i,j)
1643      INTEGER :: ji, jj, jn, ni, nj
1644
1645      ALLOCATE( z_bnds(4,jpi,jpj,2), z_fld(jpi,jpj), z_rot(4,2)  )
1646
1647      ! Offset of coordinate representing bottom-left corner
1648      SELECT CASE ( TRIM(cdgrd) )
1649         CASE ('T', 'W', 'N')
1650            icnr = -1 ; jcnr = -1
1651         CASE ('U')
1652            icnr =  0 ; jcnr = -1
1653         CASE ('V')
1654            icnr = -1 ; jcnr =  0
1655      END SELECT
1656
1657      ni = nlei-nldi+1 ; nj = nlej-nldj+1  ! Dimensions of subdomain interior
1658
1659      z_fld(:,:) = 1._wp
1660      CALL lbc_lnk( z_fld, cdgrd, -1. )    ! Working array for location of northfold
1661
1662      ! Cell vertices that can be defined
1663      DO jj = 2, jpjm1
1664         DO ji = 2, jpim1
1665            z_bnds(1,ji,jj,1) = plat_cnr(ji+icnr,  jj+jcnr  ) ! Bottom-left
1666            z_bnds(2,ji,jj,1) = plat_cnr(ji+icnr+1,jj+jcnr  ) ! Bottom-right
1667            z_bnds(3,ji,jj,1) = plat_cnr(ji+icnr+1,jj+jcnr+1) ! Top-right
1668            z_bnds(4,ji,jj,1) = plat_cnr(ji+icnr,  jj+jcnr+1) ! Top-left
1669            z_bnds(1,ji,jj,2) = plon_cnr(ji+icnr,  jj+jcnr  ) ! Bottom-left
1670            z_bnds(2,ji,jj,2) = plon_cnr(ji+icnr+1,jj+jcnr  ) ! Bottom-right
1671            z_bnds(3,ji,jj,2) = plon_cnr(ji+icnr+1,jj+jcnr+1) ! Top-right
1672            z_bnds(4,ji,jj,2) = plon_cnr(ji+icnr,  jj+jcnr+1) ! Top-left
1673         END DO
1674      END DO
1675
1676      ! Cell vertices on boundries
1677      DO jn = 1, 4
1678         CALL lbc_lnk( z_bnds(jn,:,:,1), cdgrd, 1., pval=999._wp )
1679         CALL lbc_lnk( z_bnds(jn,:,:,2), cdgrd, 1., pval=999._wp )
1680      END DO
1681
1682      ! Zero-size cells at closed boundaries if cell points provided,
1683      ! otherwise they are closed cells with unrealistic bounds
1684      IF( PRESENT(plon_pnt) .AND. PRESENT(plat_pnt) ) THEN
1685         IF( (nbondi == -1 .OR. nbondi == 2) .AND. .NOT. (jperio == 1 .OR. jperio == 4 .OR. jperio == 6) ) THEN
1686            DO jn = 1, 4        ! (West or jpni = 1), closed E-W
1687               z_bnds(jn,1,:,1) = plat_pnt(1,:)  ;  z_bnds(jn,1,:,2) = plon_pnt(1,:)
1688            END DO
1689         ENDIF
1690         IF( (nbondi == 1 .OR. nbondi == 2) .AND. .NOT. (jperio == 1 .OR. jperio == 4 .OR. jperio == 6) ) THEN
1691            DO jn = 1, 4        ! (East or jpni = 1), closed E-W
1692               z_bnds(jn,nlci,:,1) = plat_pnt(nlci,:)  ;  z_bnds(jn,nlci,:,2) = plon_pnt(nlci,:)
1693            END DO
1694         ENDIF
1695         IF( nbondj == -1 .OR. (nbondj == 2 .AND. jperio /= 2) ) THEN
1696            DO jn = 1, 4        ! South or (jpnj = 1, not symmetric)
1697               z_bnds(jn,:,1,1) = plat_pnt(:,1)  ;  z_bnds(jn,:,1,2) = plon_pnt(:,1)
1698            END DO
1699         ENDIF
1700         IF( (nbondj == 1 .OR. nbondj == 2) .AND. jperio  < 3 ) THEN
1701            DO jn = 1, 4        ! (North or jpnj = 1), no north fold
1702               z_bnds(jn,:,nlcj,1) = plat_pnt(:,nlcj)  ;  z_bnds(jn,:,nlcj,2) = plon_pnt(:,nlcj)
1703            END DO
1704         ENDIF
1705      ENDIF
1706
1707      ! Rotate cells at the north fold
1708      IF( (nbondj == 1 .OR. nbondj == 2) .AND. jperio >= 3 ) THEN
1709         DO jj = 1, jpj
1710            DO ji = 1, jpi
1711               IF( z_fld(ji,jj) == -1. ) THEN
1712                  z_rot(1,:) = z_bnds(3,ji,jj,:) ; z_rot(2,:) = z_bnds(4,ji,jj,:)
1713                  z_rot(3,:) = z_bnds(1,ji,jj,:) ; z_rot(4,:) = z_bnds(2,ji,jj,:)
1714                  z_bnds(:,ji,jj,:) = z_rot(:,:)
1715               ENDIF
1716            END DO
1717         END DO
1718
1719      ! Invert cells at the symmetric equator
1720      ELSE IF( nbondj == 2 .AND. jperio == 2 ) THEN
1721         DO ji = 1, jpi
1722            z_rot(1:2,:) = z_bnds(3:4,ji,1,:)
1723            z_rot(3:4,:) = z_bnds(1:2,ji,1,:)
1724            z_bnds(:,ji,1,:) = z_rot(:,:)
1725         END DO
1726      ENDIF
1727
1728      CALL iom_set_domain_attr("grid_"//cdgrd, bounds_lat = RESHAPE(z_bnds(:,nldi:nlei,nldj:nlej,1),(/ 4,ni*nj /)),           &
1729                                               bounds_lon = RESHAPE(z_bnds(:,nldi:nlei,nldj:nlej,2),(/ 4,ni*nj /)), nvertex=4 )
1730
1731      DEALLOCATE( z_bnds, z_fld, z_rot ) 
1732
1733   END SUBROUTINE set_grid_bounds
1734
1735
1736   SUBROUTINE set_grid_znl( plat )
1737      !!----------------------------------------------------------------------
1738      !!                     ***  ROUTINE set_grid_znl  ***
1739      !!
1740      !! ** Purpose :   define grids for zonal mean
1741      !!
1742      !!----------------------------------------------------------------------
1743      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj), INTENT(in) ::   plat
1744      !
1745      REAL(wp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE  ::   zlon
1746      INTEGER  :: ni,nj, ix, iy
1747
1748     
1749      ni=nlei-nldi+1 ; nj=nlej-nldj+1            ! define zonal mean domain (jpj*jpk)
1750      ALLOCATE( zlon(ni*nj) )       ;       zlon(:) = 0.
1751
1752      CALL dom_ngb( 180., 90., ix, iy, 'T' ) !  i-line that passes near the North Pole : Reference latitude (used in plots)
1753#if ! defined key_xios2
1754      CALL iom_set_domain_attr("gznl", ni_glo=jpiglo, nj_glo=jpjglo, ibegin=nimpp+nldi-1, jbegin=njmpp+nldj-1, ni=ni, nj=nj)
1755      CALL iom_set_domain_attr("gznl", data_dim=2, data_ibegin = 1-nldi, data_ni = jpi, data_jbegin = 1-nldj, data_nj = jpj)
1756      CALL iom_set_domain_attr("gznl", lonvalue = zlon,   &
1757         &                             latvalue = RESHAPE(plat(nldi:nlei, nldj:nlej),(/ ni*nj /))) 
1758      !
1759      CALL iom_set_domain_attr ('ptr', zoom_ibegin=ix, zoom_nj=jpjglo)
1760#else
1761! Pas teste : attention aux indices !
1762      CALL iom_set_domain_attr("gznl", ni_glo=jpiglo, nj_glo=jpjglo, ibegin=nimpp+nldi-2, jbegin=njmpp+nldj-2, ni=ni, nj=nj)
1763      CALL iom_set_domain_attr("gznl", data_dim=2, data_ibegin = 1-nldi, data_ni = jpi, data_jbegin = 1-nldj, data_nj = jpj)
1764      CALL iom_set_domain_attr("gznl", lonvalue = zlon,   &
1765         &                             latvalue = RESHAPE(plat(nldi:nlei, nldj:nlej),(/ ni*nj /))) 
1766       CALL iom_set_zoom_domain_attr ("ptr", ibegin=ix-1, jbegin=0, ni=1, nj=jpjglo)
1767#endif
1768
1769      CALL iom_update_file_name('ptr')
1770      !
1771   END SUBROUTINE set_grid_znl
1772
1773   SUBROUTINE set_scalar
1774      !!----------------------------------------------------------------------
1775      !!                     ***  ROUTINE set_scalar  ***
1776      !!
1777      !! ** Purpose :   define fake grids for scalar point
1778      !!
1779      !!----------------------------------------------------------------------
1780      REAL(wp), DIMENSION(1)   ::   zz = 1.
1781      !!----------------------------------------------------------------------
1782#if ! defined key_xios2
1783      CALL iom_set_domain_attr('scalarpoint', ni_glo=jpnij, nj_glo=1, ibegin=narea, jbegin=1, ni=1, nj=1)
1784#else
1785      CALL iom_set_domain_attr('scalarpoint', ni_glo=jpnij, nj_glo=1, ibegin=narea-1, jbegin=0, ni=1, nj=1)
1786#endif
1787      CALL iom_set_domain_attr('scalarpoint', data_dim=2, data_ibegin = 1, data_ni = 1, data_jbegin = 1, data_nj = 1)
1788     
1789      zz=REAL(narea,wp)
1790      CALL iom_set_domain_attr('scalarpoint', lonvalue=zz, latvalue=zz)
1791     
1792   END SUBROUTINE set_scalar
1793
1794   SUBROUTINE set_1point
1795      !!----------------------------------------------------------------------
1796      !!                     ***  ROUTINE set_1point  ***
1797      !!
1798      !! ** Purpose :   define zoom grid for scalar fields
1799      !!
1800      !!----------------------------------------------------------------------
1801      REAL(wp), DIMENSION(1)   ::   zz = 1.
1802      INTEGER  :: ix, iy
1803      !!----------------------------------------------------------------------
1804      CALL dom_ngb( 180., 90., ix, iy, 'T' ) !  Nearest point to north pole should be ocean
1805      CALL iom_set_domain_attr('1point', zoom_ibegin=ix, zoom_jbegin=iy)
1806
1807   END SUBROUTINE set_1point
1808
1809
1810
1811   SUBROUTINE set_xmlatt
1812      !!----------------------------------------------------------------------
1813      !!                     ***  ROUTINE set_xmlatt  ***
1814      !!
1815      !! ** Purpose :   automatic definitions of some of the xml attributs...
1816      !!
1817      !!----------------------------------------------------------------------
1818      CHARACTER(len=1),DIMENSION( 3) ::   clgrd                    ! suffix name
1819      CHARACTER(len=256)             ::   clsuff                   ! suffix name
1820      CHARACTER(len=1)               ::   cl1                      ! 1 character
1821      CHARACTER(len=2)               ::   cl2                      ! 2 characters
1822      CHARACTER(len=3)               ::   cl3                      ! 3 characters
1823      INTEGER                        ::   ji, jg                   ! loop counters
1824      INTEGER                        ::   ix, iy                   ! i-,j- index
1825      REAL(wp)        ,DIMENSION(11) ::   zlontao                  ! longitudes of tao    moorings
1826      REAL(wp)        ,DIMENSION( 7) ::   zlattao                  ! latitudes  of tao    moorings
1827      REAL(wp)        ,DIMENSION( 4) ::   zlonrama                 ! longitudes of rama   moorings
1828      REAL(wp)        ,DIMENSION(11) ::   zlatrama                 ! latitudes  of rama   moorings
1829      REAL(wp)        ,DIMENSION( 3) ::   zlonpira                 ! longitudes of pirata moorings
1830      REAL(wp)        ,DIMENSION( 9) ::   zlatpira                 ! latitudes  of pirata moorings
1831#if  defined key_xios2
1832      TYPE(xios_duration)            ::   f_op, f_of
1833#endif
1834 
1835      !!----------------------------------------------------------------------
1836      !
1837      ! frequency of the call of iom_put (attribut: freq_op)
1838#if ! defined key_xios2
1839      WRITE(cl1,'(i1)')        1   ;   CALL iom_set_field_attr('field_definition', freq_op=cl1//'ts', freq_offset='0ts')
1840      WRITE(cl1,'(i1)')  nn_fsbc   ;   CALL iom_set_field_attr('SBC'             , freq_op=cl1//'ts', freq_offset='0ts')
1841      WRITE(cl1,'(i1)')  nn_fsbc   ;   CALL iom_set_field_attr('SBC_scalar'      , freq_op=cl1//'ts', freq_offset='0ts')
1842      WRITE(cl1,'(i1)') nn_dttrc   ;   CALL iom_set_field_attr('ptrc_T'          , freq_op=cl1//'ts', freq_offset='0ts')
1843      WRITE(cl1,'(i1)') nn_dttrc   ;   CALL iom_set_field_attr('diad_T'          , freq_op=cl1//'ts', freq_offset='0ts')
1844#else
1845      f_op%timestep = 1        ;  f_of%timestep = 0  ; CALL iom_set_field_attr('field_definition', freq_op=f_op, freq_offset=f_of)
1846      f_op%timestep = nn_fsbc  ;  f_of%timestep = 0  ; CALL iom_set_field_attr('SBC'             , freq_op=f_op, freq_offset=f_of)
1847      f_op%timestep = nn_fsbc  ;  f_of%timestep = 0  ; CALL iom_set_field_attr('SBC_scalar'      , freq_op=f_op, freq_offset=f_of)
1848      f_op%timestep = nn_dttrc ;  f_of%timestep = 0  ; CALL iom_set_field_attr('ptrc_T'          , freq_op=f_op, freq_offset=f_of)
1849      f_op%timestep = nn_dttrc ;  f_of%timestep = 0  ; CALL iom_set_field_attr('diad_T'          , freq_op=f_op, freq_offset=f_of)
1850#endif
1851       
1852      ! output file names (attribut: name)
1853      DO ji = 1, 9
1854         WRITE(cl1,'(i1)') ji 
1855         CALL iom_update_file_name('file'//cl1)
1856      END DO
1857      DO ji = 1, 99
1858         WRITE(cl2,'(i2.2)') ji 
1859         CALL iom_update_file_name('file'//cl2)
1860      END DO
1861      DO ji = 1, 999
1862         WRITE(cl3,'(i3.3)') ji 
1863         CALL iom_update_file_name('file'//cl3)
1864      END DO
1865
1866      ! Zooms...
1867      clgrd = (/ 'T', 'U', 'W' /) 
1868      DO jg = 1, SIZE(clgrd)                                                                   ! grid type
1869         cl1 = clgrd(jg)
1870         ! Equatorial section (attributs: jbegin, ni, name_suffix)
1871         CALL dom_ngb( 0., 0., ix, iy, cl1 )
1872#if ! defined key_xios2
1873         CALL iom_set_domain_attr ('Eq'//cl1, zoom_jbegin=iy, zoom_ni=jpiglo)
1874#else
1875         CALL iom_set_zoom_domain_attr ('Eq'//cl1, jbegin=iy-1, ni=jpiglo)
1876#endif
1877         CALL iom_get_file_attr   ('Eq'//cl1, name_suffix = clsuff             )
1878         CALL iom_set_file_attr   ('Eq'//cl1, name_suffix = TRIM(clsuff)//'_Eq')
1879         CALL iom_update_file_name('Eq'//cl1)
1880      END DO
1881      ! TAO moorings (attributs: ibegin, jbegin, name_suffix)
1882      zlontao = (/ 137.0, 147.0, 156.0, 165.0, -180.0, -170.0, -155.0, -140.0, -125.0, -110.0, -95.0 /)
1883      zlattao = (/  -8.0,  -5.0,  -2.0,   0.0,    2.0,    5.0,    8.0 /)
1884      CALL set_mooring( zlontao, zlattao )
1885      ! RAMA moorings (attributs: ibegin, jbegin, name_suffix)
1886      zlonrama = (/  55.0,  67.0, 80.5, 90.0 /)
1887      zlatrama = (/ -16.0, -12.0, -8.0, -4.0, -1.5, 0.0, 1.5, 4.0, 8.0, 12.0, 15.0 /)
1888      CALL set_mooring( zlonrama, zlatrama )
1889      ! PIRATA moorings (attributs: ibegin, jbegin, name_suffix)
1890      zlonpira = (/ -38.0, -23.0, -10.0 /)
1891      zlatpira = (/ -19.0, -14.0,  -8.0, 0.0, 4.0, 8.0, 12.0, 15.0, 20.0 /)
1892      CALL set_mooring( zlonpira, zlatpira )
1893
1894     
1895   END SUBROUTINE set_xmlatt
1896
1897
1898   SUBROUTINE set_mooring( plon, plat)
1899      !!----------------------------------------------------------------------
1900      !!                     ***  ROUTINE set_mooring  ***
1901      !!
1902      !! ** Purpose :   automatic definitions of moorings xml attributs...
1903      !!
1904      !!----------------------------------------------------------------------
1905      REAL(wp), DIMENSION(:), INTENT(in) ::  plon, plat           ! longitudes/latitudes oft the mooring
1906      !
1907!!$      CHARACTER(len=1),DIMENSION(4) ::   clgrd = (/ 'T', 'U', 'V', 'W' /)   ! suffix name
1908      CHARACTER(len=1),DIMENSION(1) ::   clgrd = (/ 'T' /)        ! suffix name
1909      CHARACTER(len=256)            ::   clname                   ! file name
1910      CHARACTER(len=256)            ::   clsuff                   ! suffix name
1911      CHARACTER(len=1)              ::   cl1                      ! 1 character
1912      CHARACTER(len=6)              ::   clon,clat                ! name of longitude, latitude
1913      INTEGER                       ::   ji, jj, jg               ! loop counters
1914      INTEGER                       ::   ix, iy                   ! i-,j- index
1915      REAL(wp)                      ::   zlon, zlat
1916      !!----------------------------------------------------------------------
1917      DO jg = 1, SIZE(clgrd)
1918         cl1 = clgrd(jg)
1919         DO ji = 1, SIZE(plon)
1920            DO jj = 1, SIZE(plat)
1921               zlon = plon(ji)
1922               zlat = plat(jj)
1923               ! modifications for RAMA moorings
1924               IF( zlon ==  67. .AND. zlat ==  15. )   zlon =  65.
1925               IF( zlon ==  90. .AND. zlat <=  -4. )   zlon =  95.
1926               IF( zlon ==  95. .AND. zlat ==  -4. )   zlat =  -5.
1927               ! modifications for PIRATA moorings
1928               IF( zlon == -38. .AND. zlat == -19. )   zlon = -34.
1929               IF( zlon == -38. .AND. zlat == -14. )   zlon = -32.
1930               IF( zlon == -38. .AND. zlat ==  -8. )   zlon = -30.
1931               IF( zlon == -38. .AND. zlat ==   0. )   zlon = -35.
1932               IF( zlon == -23. .AND. zlat ==  20. )   zlat =  21.
1933               IF( zlon == -10. .AND. zlat == -14. )   zlat = -10.
1934               IF( zlon == -10. .AND. zlat ==  -8. )   zlat =  -6.
1935               IF( zlon == -10. .AND. zlat ==   4. ) THEN   ;   zlon = 0.   ;   zlat = 0.   ;   ENDIF
1936               CALL dom_ngb( zlon, zlat, ix, iy, cl1 )
1937               IF( zlon >= 0. ) THEN 
1938                  IF( zlon == REAL(NINT(zlon), wp) ) THEN   ;   WRITE(clon, '(i3,  a)') NINT( zlon), 'e'
1939                  ELSE                                      ;   WRITE(clon, '(f5.1,a)')       zlon , 'e'
1940                  ENDIF
1941               ELSE             
1942                  IF( zlon == REAL(NINT(zlon), wp) ) THEN   ;   WRITE(clon, '(i3,  a)') NINT(-zlon), 'w'
1943                  ELSE                                      ;   WRITE(clon, '(f5.1,a)')      -zlon , 'w'
1944                  ENDIF
1945               ENDIF
1946               IF( zlat >= 0. ) THEN 
1947                  IF( zlat == REAL(NINT(zlat), wp) ) THEN   ;   WRITE(clat, '(i2,  a)') NINT( zlat), 'n'
1948                  ELSE                                      ;   WRITE(clat, '(f4.1,a)')       zlat , 'n'
1949                  ENDIF
1950               ELSE             
1951                  IF( zlat == REAL(NINT(zlat), wp) ) THEN   ;   WRITE(clat, '(i2,  a)') NINT(-zlat), 's'
1952                  ELSE                                      ;   WRITE(clat, '(f4.1,a)')      -zlat , 's'
1953                  ENDIF
1954               ENDIF
1955               clname = TRIM(ADJUSTL(clat))//TRIM(ADJUSTL(clon))
1956#if ! defined key_xios2
1957               CALL iom_set_domain_attr (TRIM(clname)//cl1, zoom_ibegin= ix, zoom_jbegin= iy)
1958#else
1959               CALL iom_set_zoom_domain_attr  (TRIM(clname)//cl1, ibegin= ix-1, jbegin= iy-1)
1960#endif
1961               CALL iom_get_file_attr   (TRIM(clname)//cl1, name_suffix = clsuff                         )
1962               CALL iom_set_file_attr   (TRIM(clname)//cl1, name_suffix = TRIM(clsuff)//'_'//TRIM(clname))
1963               CALL iom_update_file_name(TRIM(clname)//cl1)
1964            END DO
1965         END DO
1966      END DO
1967     
1968   END SUBROUTINE set_mooring
1969
1970   
1971   SUBROUTINE iom_update_file_name( cdid )
1972      !!----------------------------------------------------------------------
1973      !!                     ***  ROUTINE iom_update_file_name  ***
1974      !!
1975      !! ** Purpose :   
1976      !!
1977      !!----------------------------------------------------------------------
1978      CHARACTER(LEN=*)          , INTENT(in) ::   cdid
1979      !
1980      CHARACTER(LEN=256) ::   clname
1981      CHARACTER(LEN=20)  ::   clfreq
1982      CHARACTER(LEN=20)  ::   cldate
1983      INTEGER            ::   idx
1984      INTEGER            ::   jn
1985      INTEGER            ::   itrlen
1986      INTEGER            ::   iyear, imonth, iday, isec
1987      REAL(wp)           ::   zsec
1988      LOGICAL            ::   llexist
1989#if  defined key_xios2
1990      TYPE(xios_duration)   ::   output_freq 
1991#endif     
1992      !!----------------------------------------------------------------------
1993
1994
1995      DO jn = 1,2
1996#if ! defined key_xios2
1997         IF( jn == 1 )   CALL iom_get_file_attr( cdid, name        = clname, output_freq = clfreq )
1998#else
1999         output_freq = xios_duration(0,0,0,0,0,0)
2000         IF( jn == 1 )   CALL iom_get_file_attr( cdid, name        = clname, output_freq = output_freq )
2001#endif
2002         IF( jn == 2 )   CALL iom_get_file_attr( cdid, name_suffix = clname )
2003
2004         IF ( TRIM(clname) /= '' ) THEN
2005
2006            idx = INDEX(clname,'@expname@') + INDEX(clname,'@EXPNAME@')
2007            DO WHILE ( idx /= 0 ) 
2008               clname = clname(1:idx-1)//TRIM(cexper)//clname(idx+9:LEN_TRIM(clname))
2009               idx = INDEX(clname,'@expname@') + INDEX(clname,'@EXPNAME@')
2010            END DO
2011
2012#if ! defined key_xios2
2013            idx = INDEX(clname,'@freq@') + INDEX(clname,'@FREQ@')
2014            DO WHILE ( idx /= 0 ) 
2015               IF ( TRIM(clfreq) /= '' ) THEN
2016                  itrlen = LEN_TRIM(clfreq)
2017                  IF ( clfreq(itrlen-1:itrlen) == 'mo' ) clfreq = clfreq(1:itrlen-1)
2018                  clname = clname(1:idx-1)//TRIM(clfreq)//clname(idx+6:LEN_TRIM(clname))
2019               ELSE
2020                  CALL ctl_stop('error in the name of file id '//TRIM(cdid),   &
2021                     & ' attribute output_freq is undefined -> cannot replace @freq@ in '//TRIM(clname) )
2022               ENDIF
2023               idx = INDEX(clname,'@freq@') + INDEX(clname,'@FREQ@')
2024            END DO
2025#else
2026            idx = INDEX(clname,'@freq@') + INDEX(clname,'@FREQ@')
2027            DO WHILE ( idx /= 0 ) 
2028              IF ( output_freq%timestep /= 0) THEN
2029                  WRITE(clfreq,'(I18,A2)')INT(output_freq%timestep),'ts' 
2030                  itrlen = LEN_TRIM(ADJUSTL(clfreq))
2031              ELSE IF ( output_freq%hour /= 0 ) THEN
2032                  WRITE(clfreq,'(I19,A1)')INT(output_freq%hour),'h' 
2033                  itrlen = LEN_TRIM(ADJUSTL(clfreq))
2034              ELSE IF ( output_freq%day /= 0 ) THEN
2035                  WRITE(clfreq,'(I19,A1)')INT(output_freq%day),'d' 
2036                  itrlen = LEN_TRIM(ADJUSTL(clfreq))
2037              ELSE IF ( output_freq%month /= 0 ) THEN   
2038                  WRITE(clfreq,'(I19,A1)')INT(output_freq%month),'m' 
2039                  itrlen = LEN_TRIM(ADJUSTL(clfreq))
2040              ELSE IF ( output_freq%year /= 0 ) THEN   
2041                  WRITE(clfreq,'(I19,A1)')INT(output_freq%year),'y' 
2042                  itrlen = LEN_TRIM(ADJUSTL(clfreq))
2043              ELSE
2044                  CALL ctl_stop('error in the name of file id '//TRIM(cdid),   &
2045                     & ' attribute output_freq is undefined -> cannot replace @freq@ in '//TRIM(clname) )
2046              ENDIF
2047              clname = clname(1:idx-1)//TRIM(ADJUSTL(clfreq))//clname(idx+6:LEN_TRIM(clname))
2048              idx = INDEX(clname,'@freq@') + INDEX(clname,'@FREQ@')
2049            END DO
2050#endif
2051            idx = INDEX(clname,'@startdate@') + INDEX(clname,'@STARTDATE@')
2052            DO WHILE ( idx /= 0 ) 
2053               cldate = iom_sdate( fjulday - rdttra(1) / rday )
2054               clname = clname(1:idx-1)//TRIM(cldate)//clname(idx+11:LEN_TRIM(clname))
2055               idx = INDEX(clname,'@startdate@') + INDEX(clname,'@STARTDATE@')
2056            END DO
2057
2058            idx = INDEX(clname,'@startdatefull@') + INDEX(clname,'@STARTDATEFULL@')
2059            DO WHILE ( idx /= 0 ) 
2060               cldate = iom_sdate( fjulday - rdttra(1) / rday, ldfull = .TRUE. )
2061               clname = clname(1:idx-1)//TRIM(cldate)//clname(idx+15:LEN_TRIM(clname))
2062               idx = INDEX(clname,'@startdatefull@') + INDEX(clname,'@STARTDATEFULL@')
2063            END DO
2064
2065            idx = INDEX(clname,'@enddate@') + INDEX(clname,'@ENDDATE@')
2066            DO WHILE ( idx /= 0 ) 
2067               cldate = iom_sdate( fjulday + rdttra(1) / rday * REAL( nitend - nit000, wp ), ld24 = .TRUE. )
2068               clname = clname(1:idx-1)//TRIM(cldate)//clname(idx+9:LEN_TRIM(clname))
2069               idx = INDEX(clname,'@enddate@') + INDEX(clname,'@ENDDATE@')
2070            END DO
2071
2072            idx = INDEX(clname,'@enddatefull@') + INDEX(clname,'@ENDDATEFULL@')
2073            DO WHILE ( idx /= 0 ) 
2074               cldate = iom_sdate( fjulday + rdttra(1) / rday * REAL( nitend - nit000, wp ), ld24 = .TRUE., ldfull = .TRUE. )
2075               clname = clname(1:idx-1)//TRIM(cldate)//clname(idx+13:LEN_TRIM(clname))
2076               idx = INDEX(clname,'@enddatefull@') + INDEX(clname,'@ENDDATEFULL@')
2077            END DO
2078
2079            IF( jn == 1 .AND. TRIM(Agrif_CFixed()) /= '0' )   clname = TRIM(Agrif_CFixed())//"_"//TRIM(clname)
2080            IF( jn == 1 )   CALL iom_set_file_attr( cdid, name        = clname )
2081            IF( jn == 2 )   CALL iom_set_file_attr( cdid, name_suffix = clname )
2082
2083         ENDIF
2084
2085      END DO
2086
2087   END SUBROUTINE iom_update_file_name
2088
2089
2090   FUNCTION iom_sdate( pjday, ld24, ldfull )
2091      !!----------------------------------------------------------------------
2092      !!                     ***  ROUTINE iom_sdate  ***
2093      !!
2094      !! ** Purpose :   send back the date corresponding to the given julian day
2095      !!
2096      !!----------------------------------------------------------------------
2097      REAL(wp), INTENT(in   )           ::   pjday         ! julian day
2098      LOGICAL , INTENT(in   ), OPTIONAL ::   ld24          ! true to force 24:00 instead of 00:00
2099      LOGICAL , INTENT(in   ), OPTIONAL ::   ldfull        ! true to get the compleate date: yyyymmdd_hh:mm:ss
2100      !
2101      CHARACTER(LEN=20) ::   iom_sdate
2102      CHARACTER(LEN=50) ::   clfmt                         !  format used to write the date
2103      INTEGER           ::   iyear, imonth, iday, ihour, iminute, isec
2104      REAL(wp)          ::   zsec
2105      LOGICAL           ::   ll24, llfull
2106      !
2107      IF( PRESENT(ld24) ) THEN   ;   ll24 = ld24
2108      ELSE                       ;   ll24 = .FALSE.
2109      ENDIF
2110
2111      IF( PRESENT(ldfull) ) THEN   ;   llfull = ldfull
2112      ELSE                         ;   llfull = .FALSE.
2113      ENDIF
2114
2115      CALL ju2ymds( pjday, iyear, imonth, iday, zsec )
2116      isec = NINT(zsec)
2117
2118      IF ( ll24 .AND. isec == 0 ) THEN   ! 00:00 of the next day -> move to 24:00 of the current day
2119         CALL ju2ymds( pjday - 1., iyear, imonth, iday, zsec )
2120         isec = 86400
2121      ENDIF
2122
2123      IF( iyear < 10000 ) THEN   ;   clfmt = "i4.4,2i2.2"                ! format used to write the date
2124      ELSE                       ;   WRITE(clfmt, "('i',i1,',2i2.2')") INT(LOG10(REAL(iyear,wp))) + 1
2125      ENDIF
2126     
2127!$AGRIF_DO_NOT_TREAT     
2128! Should be fixed in the conv
2129      IF( llfull ) THEN
2130         clfmt = TRIM(clfmt)//",'_',i2.2,':',i2.2,':',i2.2"
2131         ihour   = isec / 3600
2132         isec    = MOD(isec, 3600)
2133         iminute = isec / 60
2134         isec    = MOD(isec, 60)
2135         WRITE(iom_sdate, '('//TRIM(clfmt)//')') iyear, imonth, iday, ihour, iminute, isec    ! date of the end of run
2136      ELSE
2137         WRITE(iom_sdate, '('//TRIM(clfmt)//')') iyear, imonth, iday                          ! date of the end of run
2138      ENDIF
2139!$AGRIF_END_DO_NOT_TREAT     
2140
2141   END FUNCTION iom_sdate
2142
2143#else
2144
2145
2146   SUBROUTINE iom_setkt( kt, cdname )
2147      INTEGER         , INTENT(in)::   kt 
2148      CHARACTER(LEN=*), INTENT(in) ::   cdname
2149      IF( .FALSE. )   WRITE(numout,*) kt, cdname   ! useless test to avoid compilation warnings
2150   END SUBROUTINE iom_setkt
2151
2152   SUBROUTINE iom_context_finalize( cdname )
2153      CHARACTER(LEN=*), INTENT(in) ::   cdname
2154      IF( .FALSE. )   WRITE(numout,*)  cdname   ! useless test to avoid compilation warnings
2155   END SUBROUTINE iom_context_finalize
2156
2157#endif
2158
2159   LOGICAL FUNCTION iom_use( cdname )
2160      CHARACTER(LEN=*), INTENT(in) ::   cdname
2161#if defined key_iomput
2162      iom_use = xios_field_is_active( cdname )
2163#else
2164      iom_use = .FALSE.
2165#endif
2166   END FUNCTION iom_use
2167   
2168   !!======================================================================
2169END MODULE iom
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.