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Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
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job_GYRE.ksh in trunk/NVTK/INSTALL/JOBS – NEMO

source: trunk/NVTK/INSTALL/JOBS/job_GYRE.ksh @ 2040

Last change on this file since 2040 was 2040, checked in by clevy, 14 years ago

[NVTK scripts in INSTALL/JOBS update, see ticket:#697]
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 10.8 KB
Line 
1# $Id$
2set -xv
3
4CONF=GYRE
5# Variables changed by lance_batch.ksh script
6RUN=xxx
7NB_PROCS=xxx
8LAUNCH=xxx
9LEXE=xxx
10CPERF=xxx
11D_INPUT=xxx
12D_GET=xxx
13REF_TAG=xxx
14MYO_EXP=xxx
15TSYMB=xxx
16USE_IOMPUT=xxx
17USE_IOSERVER=xxx
18NB_PROCS_IOSERVER=xxx
19
20# Variables changed by ins_valid.ksh script
21MAINDIR=/workdir/rech/eee/reee831/NVTK
22WORK=/workdir/rech/eee/reee831/NVTK/modipsl/config
23REF_OD=/u/rech/eee/reee831/NEMO_VALIDATION
24
25# Arguments
26# type = 'long' or '1_short' or '2_short'
27type=$1
28
29case ${type} in
30        'long' ) 
31             DIROUT='LONG'
32             ITERATIONS=360 ;;
33             
34        '1_short' ) 
35             DIROUT='1_SHORT'
36             ITERATIONS=180 ;;
37             
38        '2_short' ) 
39             DIROUT='2_SHORT'
40             ITERATIONS=180 ;;
41
42        'gtime' ) 
43             DIROUT='GTIME'
44             ITERATIONS=4320 ;;
45esac
46
47# Working directory
48cd ${TMPDIR}
49#-T- osxxlf mkdir -p ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${MYO_EXP}/RUN
50#-T- osxxlf cd ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${MYO_EXP}/RUN
51#-T- osxxlf zback=$?
52#-T- osxxlf if [ ${zback} = 0 ] ; then rm -rf namelist* *.nc memory* solver.stat ocean.output* mpp.output* mono.output* ; fi
53
54##############################################################
55##############################################################
56##############################################################
57###             Input files
58##############################################################
59##############################################################
60##############################################################
61# Local function to copy namelists files
62get_namelist () {
63    if [ -a $1/$2_$3 ] ; then
64        cp $1/$2_$3 $4
65    else
66        echo '                ###############################################################'
67        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
68        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
69        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
70        echo '                ###############################################################'
71        echo "              $2_$3 file doesn't exist, we use the standard $2"
72        echo '                ###############################################################'
73        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
74        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
75        echo '                ######################## W A R N I N G ########################'
76        echo '                ###############################################################'
77        cp $1/$2 $4
78    fi
79}
80
81# Local function to find namelists parameters
82supergrep () {
83    grep "^ *$1 *=" $2 | sed -e "s% *\!.*%%"
84}
85
86# Ocean namelist
87LOC_NAM=${MAINDIR}/modipsl/config/${CONF}/EXP00
88get_namelist ${LOC_NAM} namelist ${MYO_EXP} namelist
89
90# namelist modifications
91PAT_NIT000=$( supergrep nn_it000           namelist )
92PAT_NITEND=$( supergrep nn_itend           namelist )
93PAT_NSTOCK=$( supergrep nn_stock           namelist )
94PAT_NWRITE=$( supergrep nn_write           namelist )
95PAT_NRSTDT=$( supergrep nn_rstctl          namelist )
96PAT_NBITCM=$( supergrep nn_bit_cmp         namelist )
97PAT_NSOLVV=$( supergrep nn_solv            namelist )
98PAT_RESTAR=$( supergrep ln_rstart          namelist )
99PAT_RESMLD=$( supergrep ln_trdmld_restart  namelist )
100
101sed -e "s%$PAT_RESTAR%   ln_rstart   =  .false.%"          \
102    -e "s%$PAT_NIT000%   nn_it000    =     1   %"           \
103    -e "s%$PAT_NITEND%   nn_itend    =     ${ITERATIONS} %" \
104    -e "s%$PAT_NSTOCK%   nn_stock    =     ${ITERATIONS} %" \
105    -e "s%$PAT_NWRITE%   nn_write    =     60  %"           \
106    -e "s%$PAT_NRSTDT%   nn_rstctl   =     0   %"           \
107    -e "s%$PAT_NBITCM%   nn_bit_cmp  =     1%"              \
108    -e "s%$PAT_NSOLVV%   nn_solv     =      2%"              \
109    -e "s%$PAT_RESMLD%   ln_trdmld_restart =  .false.%" namelist > nam.tmp
110
111mv nam.tmp namelist
112
113# iom_put xml file
114if [ "${USE_IOMPUT}" = "true" ]
115then
116    get_namelist ${LOC_NAM} xmlio_server.def ${MYO_EXP} xmlio_server.def
117    get_namelist ${LOC_NAM} iodef.xml ${MYO_EXP} iodef.xml
118    sed -e "s/^ *using_server *=.*$/  using_server = .${USE_IOSERVER}./" xmlio_server.def > tmp$$
119    mv tmp$$ xmlio_server.def
120fi
121
122
123# Analytical forcing
124
125# Get restarts files if needed
126if [ $type = '2_short' ]
127then
128    if [ ${RUN} = 'mon' -o ${RUN} = 'omp' ] ; then
129        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*_restart.nc restart.nc
130        cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*_restart_mld.nc restart_mld.nc
131    fi
132
133    if [ ${RUN} = 'mpi' ] ; then
134        typeset -Z4 i=0
135        while [ $i -lt $NB_PROCS ]
136        do
137           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*_restart_${i}.nc restart_${i}.nc
138           cp ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/1_SHORT/${MYO_EXP}/*_restart_mld_${i}.nc restart_mld_${i}.nc
139           let i=$i+1
140        done
141    fi
142
143    # Ocean namelist modifications
144    PAT_NIT000=$( supergrep nn_it000             namelist )
145    PAT_NITEND=$( supergrep nn_itend             namelist )
146    PAT_NRSTDT=$( supergrep nn_rstctl             namelist )
147    PAT_RESTAR=$( supergrep ln_rstart          namelist )
148    PAT_RESMLD=$( supergrep ln_trdmld_restart  namelist )
149    ORCA_NIT000=$(( $ITERATIONS + 1 ))
150    ORCA_NITEND=$(( $ITERATIONS*2 ))
151   
152    sed  -e "s%$PAT_RESTAR%   ln_rstart   =  .true.%"          \
153         -e "s%$PAT_NIT000%   nn_it000     =     $ORCA_NIT000 %" \
154         -e "s%$PAT_NITEND%   nn_itend     =     $ORCA_NITEND %" \
155         -e "s%$PAT_NRSTDT%   nn_rstctl     =     2%"             \
156         -e "s%$PAT_RESMLD%   ln_trdmld_restart =  .true.%" namelist > nam.tmp
157   
158    mv nam.tmp namelist
159
160fi
161
162##############################################################
163##############################################################
164##############################################################
165###             Launch run
166##############################################################
167##############################################################
168##############################################################
169
170cp ${MAINDIR}/modipsl/bin/opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}
171cp ${MAINDIR}/modipsl/bin/opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP} opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}
172chmod 777 opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}
173chmod 777 opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}
174
175#
176# Profiling & Executable memory size
177####################################
178touch memory_size.txt
179
180case ${RUN} in
181        'mon' ) 
182#-T- sx8brodie export F_PROGINF=detail
183#-T- sx8brodie echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}) )"    >> memory_size.txt
184#-T- sx8brodie echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}) )"   >> memory_size.txt  ;;
185#-T- sx8mercure export F_PROGINF=detail
186#-T- sx8mercure echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}) )"    >> memory_size.txt
187#-T- sx8mercure echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}) )"   >> memory_size.txt  ;;
188#-T- aix6 echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}) )"    >> memory_size.txt
189#-T- aix6 echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}) )"   >> memory_size.txt ;;
190#-T- osxxlf echo "Stack memory: $( (size opa_${CONF}_memo_${MYO_EXP}) )"    >> memory_size.txt
191#-T- osxxlf echo "Static memory: $( (size opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}) )"   >> memory_size.txt ;;
192        'mpi' ) 
193#-T- sx8brodie export MPIPROGINF=detail ;;
194#-T- sx8mercure export MPIPROGINF=detail ;;
195#-T- aix6 ;;
196#-T- osxxlf   ;;
197        'omp' ) 
198#-T- sx8brodie export F_PROGINF=detail
199#-T- sx8brodie export OMP_NUM_THREADS=${NB_PROCS} ;;
200#-T- sx8mercure export F_PROGINF=detail
201#-T- sx8mercure export OMP_NUM_THREADS=${NB_PROCS} ;;
202#-T- aix6 ;;
203#-T- osxxlf   ;;
204esac
205#
206# >>>>>> EXECUTION < < < <
207##########################
208
209case ${RUN} in
210        'mon' | 'omp' ) 
211              ${CPERF} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
212        'mpi' ) 
213#-T- sx8brodie         ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
214#-T- sx8mercure        ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
215#-T- aix6              ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP} ;;
216#-T- osxxlf   mpd&
217#-T- osxxlf   sleep 5
218#-T- osxxlf   ${CPERF} ${LEXE} ./opa_${CONF}_${RUN}_${MYO_EXP}
219#-T- osxxlf   mpdallexit ;;
220esac
221
222ls -l
223#
224
225##############################################################
226##############################################################
227##############################################################
228###             Save output files
229##############################################################
230##############################################################
231##############################################################
232case ${RUN} in
233   'mon' | 'omp' )
234               liste_files=' *abort* memory* namelist* *xml* perfs* solver.stat ocean.output layout* GYRE* restart* mono*' ;;
235   'mpi' )
236               liste_files=' *abort* namelist* *xml* solver.stat perfs* ocean.output* layout* GYRE* restart* mpp*' ;;
237esac
238
239# Ensure that all files saved are coming from the current run
240ind=1
241for k in $liste_files
242do
243   echo $k > temp
244   var=$( ( awk '{printf("%-.4s", varin ) } ' varin=$k temp ) )
245   if [ ${ind} = 1 -a ${var} = 'perf' ] ; then
246       kc='perf*'
247       rm -f ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${MYO_EXP}/${kc}
248       ind=0
249   fi
250   cp $k ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${MYO_EXP}/$k
251done
252
253##############################################################
254##############################################################
255##############################################################
256###             Retrieve some reference run files
257##############################################################
258##############################################################
259##############################################################
260if [ ${REF_TAG} = 'nemo_v2' -o ${REF_TAG} = 'nemo_v2_3' -o ${REF_TAG} = 'nemo_v3' -o ${REF_TAG} = 'nemo_v3_2' ]
261then
262   STORE_DATA=${REF_OD}/${CONF}/${REF_TAG}/${RUN}/${DIROUT}
263   LFILES="solver.stat memory_size.txt ocean.output ${RUN}${CONF}_err"
264   SAV_DIR=${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/${DIROUT}/${REF_TAG}
265   if [ ! -d ${SAV_DIR} ] ;  then
266      mkdir ${SAV_DIR}
267   fi
268   for ref_file in ${LFILES}
269   do
270       ${D_GET} ${STORE_DATA}/${TSYMB}${ref_file} ${SAV_DIR}/${ref_file}
271   done
272fi
273
274##############################################################
275##############################################################
276##############################################################
277###             Launch restart job
278##############################################################
279##############################################################
280##############################################################
281if [ $type = '1_short' ] ; then
282    cd ${WORK}/NEMO_VALID/W${CONF}/${RUN}/2_SHORT/${MYO_EXP}
283    ${LAUNCH}job_${RUN}_2_short_${MYO_EXP}.ksh
284fi
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.