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Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 12377 for NEMO/trunk/src/TOP/PISCES/P4Z/p5zmicro.F90 – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2020-02-12T15:39:06+01:00 (4 years ago)
Author:
acc
Message:

The big one. Merging all 2019 developments from the option 1 branch back onto the trunk.

This changeset reproduces 2019/dev_r11943_MERGE_2019 on the trunk using a 2-URL merge
onto a working copy of the trunk. I.e.:

svn merge --ignore-ancestry \

​svn+ssh://acc@forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/NEMO/trunk \
​svn+ssh://acc@forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/NEMO/branches/2019/dev_r11943_MERGE_2019 ./

The --ignore-ancestry flag avoids problems that may otherwise arise from the fact that
the merge history been trunk and branch may have been applied in a different order but
care has been taken before this step to ensure that all applicable fixes and updates
are present in the merge branch.

The trunk state just before this step has been branched to releases/release-4.0-HEAD
and that branch has been immediately tagged as releases/release-4.0.2. Any fixes
or additions in response to tickets on 4.0, 4.0.1 or 4.0.2 should be done on
releases/release-4.0-HEAD. From now on future 'point' releases (e.g. 4.0.2) will
remain unchanged with periodic releases as needs demand. Note release-4.0-HEAD is a
transitional naming convention. Future full releases, say 4.2, will have a release-4.2
branch which fulfills this role and the first point release (e.g. 4.2.0) will be made
immediately following the release branch creation.

2020 developments can be started from any trunk revision later than this one.

Location:
NEMO/trunk
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • NEMO/trunk

    • Property svn:externals

      •  

        old new  
        33^/utils/build/mk@HEAD         mk 
        44^/utils/tools@HEAD            tools 
        5 ^/vendors/AGRIF/dev@HEAD      ext/AGRIF 
         5^/vendors/AGRIF/dev_r11615_ENHANCE-04_namelists_as_internalfiles_agrif@HEAD      ext/AGRIF 
        66^/vendors/FCM@HEAD            ext/FCM 
        77^/vendors/IOIPSL@HEAD         ext/IOIPSL 

  • NEMO/trunk/src/TOP/PISCES/P4Z/p5zmicro.F90

    r12276 r12377  
    5252   LOGICAL,  PUBLIC ::  bmetexc     !: Use of excess carbon for respiration 
    5353 
     54   !! * Substitutions 
     55#  include "do_loop_substitute.h90" 
    5456   !!---------------------------------------------------------------------- 
    5557   !! NEMO/TOP 4.0 , NEMO Consortium (2018) 
    … …  
    6062CONTAINS 
    6163 
    62    SUBROUTINE p5z_micro( kt, knt ) 
     64   SUBROUTINE p5z_micro( kt, knt, Kbb, Krhs ) 
    6365      !!--------------------------------------------------------------------- 
    6466      !!                     ***  ROUTINE p5z_micro  *** 
    … …  
    7072      INTEGER, INTENT(in) ::  kt  ! ocean time step 
    7173      INTEGER, INTENT(in) ::  knt  
     74      INTEGER, INTENT(in) ::  Kbb, Krhs      ! time level indices 
    7275      ! 
    7376      INTEGER  :: ji, jj, jk 
    … …  
    9396      IF ( bmetexc ) zmetexcess = 1.0 
    9497      ! 
    95       DO jk = 1, jpkm1 
    96          DO jj = 1, jpj 
    97             DO ji = 1, jpi 
    98                zcompaz = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jpzoo) - 1.e-9 ), 0.e0 ) 
    99                zfact   = xstep * tgfunc2(ji,jj,jk) * zcompaz 
    100  
    101                !   Michaelis-Menten mortality rates of microzooplankton 
    102                !   ----------------------------------------------------- 
    103                zrespz = resrat * zfact * ( trb(ji,jj,jk,jpzoo) / ( xkmort + trb(ji,jj,jk,jpzoo) )  & 
    104                &        + 3. * nitrfac(ji,jj,jk) ) 
    105  
    106                !   Zooplankton mortality. A square function has been selected with 
    107                !   no real reason except that it seems to be more stable and may mimic predation. 
    108                !   ------------------------------------------------------------------------------ 
    109                ztortz = mzrat * 1.e6 * zfact * trb(ji,jj,jk,jpzoo) * (1. - nitrfac(ji,jj,jk)) 
    110  
    111                !   Computation of the abundance of the preys 
    112                !   A threshold can be specified in the namelist 
    113                !   -------------------------------------------- 
    114                zcompadi  = MIN( MAX( ( trb(ji,jj,jk,jpdia) - xthreshdia ), 0.e0 ), xsizedia ) 
    115                zcompaph  = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jpphy) - xthreshphy ), 0.e0 ) 
    116                zcompaz   = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jpzoo) - xthreshzoo ), 0.e0 ) 
    117                zcompapi  = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jppic) - xthreshpic ), 0.e0 ) 
    118                zcompapoc = MAX( ( trb(ji,jj,jk,jppoc) - xthreshpoc ), 0.e0 ) 
    119                 
    120                !   Microzooplankton grazing 
    121                !   ------------------------ 
    122                zfood     = xprefn * zcompaph + xprefc * zcompapoc + xprefd * zcompadi   & 
    123                &           + xprefz * zcompaz + xprefp * zcompapi 
    124                zfoodlim  = MAX( 0. , zfood - min(xthresh,0.5*zfood) ) 
    125                zdenom    = zfoodlim / ( xkgraz + zfoodlim ) 
    126                zgraze    = grazrat * xstep * tgfunc2(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpzoo) * (1. - nitrfac(ji,jj,jk))  
    127  
    128                !   An active switching parameterization is used here. 
    129                !   We don't use the KTW parameterization proposed by  
    130                !   Vallina et al. because it tends to produce to steady biomass 
    131                !   composition and the variance of Chl is too low as it grazes 
    132                !   too strongly on winning organisms. Thus, instead of a square 
    133                !   a 1.5 power value is used which decreases the pressure on the 
    134                !   most abundant species 
    135                !   ------------------------------------------------------------   
    136                ztmp1 = xprefn * zcompaph**1.5 
    137                ztmp2 = xprefp * zcompapi**1.5 
    138                ztmp3 = xprefc * zcompapoc**1.5 
    139                ztmp4 = xprefd * zcompadi**1.5 
    140                ztmp5 = xprefz * zcompaz**1.5 
    141                ztmptot = ztmp1 + ztmp2 + ztmp3 + ztmp4 + ztmp5 + rtrn 
    142                ztmp1 = ztmp1 / ztmptot 
    143                ztmp2 = ztmp2 / ztmptot 
    144                ztmp3 = ztmp3 / ztmptot 
    145                ztmp4 = ztmp4 / ztmptot 
    146                ztmp5 = ztmp5 / ztmptot 
    147  
    148                !   Microzooplankton regular grazing on the different preys 
    149                !   ------------------------------------------------------- 
    150                zgraznc   = zgraze  * ztmp1  * zdenom 
    151                zgraznn   = zgraznc * trb(ji,jj,jk,jpnph) / (trb(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn) 
    152                zgraznp   = zgraznc * trb(ji,jj,jk,jppph) / (trb(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn) 
    153                zgraznf   = zgraznc * trb(ji,jj,jk,jpnfe) / (trb(ji,jj,jk,jpphy) + rtrn) 
    154                zgrazpc   = zgraze  * ztmp2  * zdenom 
    155                zgrazpn   = zgrazpc * trb(ji,jj,jk,jpnpi) / (trb(ji,jj,jk,jppic) + rtrn) 
    156                zgrazpp   = zgrazpc * trb(ji,jj,jk,jpppi) / (trb(ji,jj,jk,jppic) + rtrn) 
    157                zgrazpf   = zgrazpc * trb(ji,jj,jk,jppfe) / (trb(ji,jj,jk,jppic) + rtrn) 
    158                zgrazz    = zgraze  * ztmp5   * zdenom 
    159                zgrazpoc  = zgraze  * ztmp3   * zdenom 
    160                zgrazpon  = zgrazpoc * trb(ji,jj,jk,jppon) / ( trb(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn ) 
    161                zgrazpop  = zgrazpoc * trb(ji,jj,jk,jppop) / ( trb(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn ) 
    162                zgrazpof  = zgrazpoc* trb(ji,jj,jk,jpsfe) / (trb(ji,jj,jk,jppoc) + rtrn) 
    163                zgrazdc   = zgraze  * ztmp4  * zdenom 
    164                zgrazdn   = zgrazdc * trb(ji,jj,jk,jpndi) / (trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn) 
    165                zgrazdp   = zgrazdc * trb(ji,jj,jk,jppdi) / (trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn) 
    166                zgrazdf   = zgrazdc * trb(ji,jj,jk,jpdfe) / (trb(ji,jj,jk,jpdia) + rtrn) 
    167                ! 
    168                zgraztotc = zgraznc + zgrazpoc + zgrazdc + zgrazz + zgrazpc 
    169                zgraztotn = zgraznn + zgrazpn + zgrazpon + zgrazdn + zgrazz * no3rat3 
    170                zgraztotp = zgraznp + zgrazpp + zgrazpop + zgrazdp + zgrazz * po4rat3 
    171                zgraztotf = zgraznf + zgrazpf + zgrazpof + zgrazdf + zgrazz * ferat3 
    172                ! 
    173                ! Grazing by microzooplankton 
    174                zgrazing(ji,jj,jk) = zgraztotc 
    175  
    176                !   Stoichiometruc ratios of the food ingested by zooplanton  
    177                !   -------------------------------------------------------- 
    178                zgrasratf =  (zgraztotf + rtrn) / ( zgraztotc + rtrn ) 
    179                zgrasratn =  (zgraztotn + rtrn) / ( zgraztotc + rtrn ) 
    180                zgrasratp =  (zgraztotp + rtrn) / ( zgraztotc + rtrn ) 
    181  
    182                !   Growth efficiency is made a function of the quality  
    183                !   and the quantity of the preys 
    184                !   --------------------------------------------------- 
    185                zepshert  = MIN( 1., zgrasratn/ no3rat3, zgrasratp/ po4rat3, zgrasratf / ferat3) 
    186                zbeta     = MAX( 0., (epsher - epshermin) ) 
    187                zepsherf  = epshermin + zbeta / ( 1.0 + 0.04E6 * 12. * zfood * zbeta ) 
    188                zepsherv  = zepsherf * zepshert 
    189  
    190                !   Respiration of microzooplankton 
    191                !   Excess carbon in the food is used preferentially 
    192                !   ------------------------------------------------ 
    193                zexcess  = zgraztotc * zepsherf * (1.0 - zepshert) * zmetexcess 
    194                zbasresb = MAX(0., zrespz - zexcess) 
    195                zbasresi = zexcess + MIN(0., zrespz - zexcess)   
    196                zrespirc = srespir * zepsherv * zgraztotc + zbasresb 
    197                 
    198                !   When excess carbon is used, the other elements in excess 
    199                !   are also used proportionally to their abundance 
    200                !   -------------------------------------------------------- 
    201                zexcess  = ( zgrasratn/ no3rat3 - zepshert ) / ( 1.0 - zepshert + rtrn) 
    202                zbasresn = zbasresi * zexcess * zgrasratn  
    203                zexcess  = ( zgrasratp/ po4rat3 - zepshert ) / ( 1.0 - zepshert + rtrn) 
    204                zbasresp = zbasresi * zexcess * zgrasratp 
    205                zexcess  = ( zgrasratf/ ferat3 - zepshert ) / ( 1.0 - zepshert + rtrn) 
    206                zbasresf = zbasresi * zexcess * zgrasratf 
    207  
    208                !   Voiding of the excessive elements as DOM 
    209                !   ---------------------------------------- 
    210                zgradoct   = (1. - unassc - zepsherv) * zgraztotc - zbasresi   
    211                zgradont   = (1. - unassn) * zgraztotn - zepsherv * no3rat3 * zgraztotc - zbasresn 
    212                zgradopt   = (1. - unassp) * zgraztotp - zepsherv * po4rat3 * zgraztotc - zbasresp 
    213                zgrareft   = (1. - unassc) * zgraztotf - zepsherv * ferat3 * zgraztotc - zbasresf 
    214  
    215                !  Since only semilabile DOM is represented in PISCES 
    216                !  part of DOM is in fact labile and is then released 
    217                !  as dissolved inorganic compounds (ssigma) 
    218                !  -------------------------------------------------- 
    219                zgradoc =  zgradoct * ssigma 
    220                zgradon =  zgradont * ssigma 
    221                zgradop =  zgradopt * ssigma 
    222                zgrarem = (1.0 - ssigma) * zgradoct 
    223                zgraren = (1.0 - ssigma) * zgradont 
    224                zgrarep = (1.0 - ssigma) * zgradopt 
    225                zgraref = zgrareft 
    226  
    227                !   Defecation as a result of non assimilated products 
    228                !   -------------------------------------------------- 
    229                zgrapoc   = zgraztotc * unassc 
    230                zgrapon   = zgraztotn * unassn 
    231                zgrapop   = zgraztotp * unassp 
    232                zgrapof   = zgraztotf * unassc 
    233  
    234                !  Addition of respiration to the release of inorganic nutrients 
    235                !  ------------------------------------------------------------- 
    236                zgrarem = zgrarem + zbasresi + zrespirc 
    237                zgraren = zgraren + zbasresn + zrespirc * no3rat3 
    238                zgrarep = zgrarep + zbasresp + zrespirc * po4rat3 
    239                zgraref = zgraref + zbasresf + zrespirc * ferat3 
    240  
    241                !   Update of the TRA arrays 
    242                !   ------------------------ 
    243                tra(ji,jj,jk,jppo4) = tra(ji,jj,jk,jppo4) + zgrarep 
    244                tra(ji,jj,jk,jpnh4) = tra(ji,jj,jk,jpnh4) + zgraren 
    245                tra(ji,jj,jk,jpdoc) = tra(ji,jj,jk,jpdoc) + zgradoc 
    246                ! 
    247                IF( ln_ligand ) THEN  
    248                   tra(ji,jj,jk,jplgw) = tra(ji,jj,jk,jplgw) + zgradoc * ldocz 
    249                   zzligprod(ji,jj,jk) = zgradoc * ldocz 
    250                ENDIF 
    251                ! 
    252                tra(ji,jj,jk,jpdon) = tra(ji,jj,jk,jpdon) + zgradon 
    253                tra(ji,jj,jk,jpdop) = tra(ji,jj,jk,jpdop) + zgradop 
    254                tra(ji,jj,jk,jpoxy) = tra(ji,jj,jk,jpoxy) - o2ut * zgrarem  
    255                tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) + zgraref 
    256                zfezoo(ji,jj,jk)    = zgraref 
    257                tra(ji,jj,jk,jpzoo) = tra(ji,jj,jk,jpzoo) + zepsherv * zgraztotc - zrespirc - ztortz - zgrazz 
    258                tra(ji,jj,jk,jpphy) = tra(ji,jj,jk,jpphy) - zgraznc 
    259                tra(ji,jj,jk,jpnph) = tra(ji,jj,jk,jpnph) - zgraznn 
    260                tra(ji,jj,jk,jppph) = tra(ji,jj,jk,jppph) - zgraznp 
    261                tra(ji,jj,jk,jppic) = tra(ji,jj,jk,jppic) - zgrazpc 
    262                tra(ji,jj,jk,jpnpi) = tra(ji,jj,jk,jpnpi) - zgrazpn 
    263                tra(ji,jj,jk,jpppi) = tra(ji,jj,jk,jpppi) - zgrazpp 
    264                tra(ji,jj,jk,jpdia) = tra(ji,jj,jk,jpdia) - zgrazdc 
    265                tra(ji,jj,jk,jpndi) = tra(ji,jj,jk,jpndi) - zgrazdn 
    266                tra(ji,jj,jk,jppdi) = tra(ji,jj,jk,jppdi) - zgrazdp 
    267                tra(ji,jj,jk,jpnch) = tra(ji,jj,jk,jpnch) - zgraznc * trb(ji,jj,jk,jpnch)/(trb(ji,jj,jk,jpphy)+rtrn) 
    268                tra(ji,jj,jk,jppch) = tra(ji,jj,jk,jppch) - zgrazpc * trb(ji,jj,jk,jppch)/(trb(ji,jj,jk,jppic)+rtrn) 
    269                tra(ji,jj,jk,jpdch) = tra(ji,jj,jk,jpdch) - zgrazdc * trb(ji,jj,jk,jpdch)/(trb(ji,jj,jk,jpdia)+rtrn) 
    270                tra(ji,jj,jk,jpdsi) = tra(ji,jj,jk,jpdsi) - zgrazdc * trb(ji,jj,jk,jpdsi)/(trb(ji,jj,jk,jpdia)+rtrn) 
    271                tra(ji,jj,jk,jpgsi) = tra(ji,jj,jk,jpgsi) + zgrazdc * trb(ji,jj,jk,jpdsi)/(trb(ji,jj,jk,jpdia)+rtrn) 
    272                tra(ji,jj,jk,jpnfe) = tra(ji,jj,jk,jpnfe) - zgraznf 
    273                tra(ji,jj,jk,jppfe) = tra(ji,jj,jk,jppfe) - zgrazpf 
    274                tra(ji,jj,jk,jpdfe) = tra(ji,jj,jk,jpdfe) - zgrazdf 
    275                tra(ji,jj,jk,jppoc) = tra(ji,jj,jk,jppoc) + ztortz + zgrapoc - zgrazpoc  
    276                prodpoc(ji,jj,jk) = prodpoc(ji,jj,jk) + ztortz + zgrapoc 
    277                conspoc(ji,jj,jk) = conspoc(ji,jj,jk) - zgrazpoc 
    278                tra(ji,jj,jk,jppon) = tra(ji,jj,jk,jppon) + no3rat3 * ztortz + zgrapon - zgrazpon 
    279                tra(ji,jj,jk,jppop) = tra(ji,jj,jk,jppop) + po4rat3 * ztortz + zgrapop - zgrazpop 
    280                tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) + ferat3 * ztortz  + zgrapof - zgrazpof 
    281                ! 
    282                ! calcite production 
    283                zprcaca = xfracal(ji,jj,jk) * zgraznc 
    284                prodcal(ji,jj,jk) = prodcal(ji,jj,jk) + zprcaca  ! prodcal=prodcal(nanophy)+prodcal(microzoo)+prodcal(mesozoo) 
    285                ! 
    286                zprcaca = part * zprcaca 
    287                tra(ji,jj,jk,jpdic) = tra(ji,jj,jk,jpdic) + zgrarem - zprcaca 
    288                tra(ji,jj,jk,jptal) = tra(ji,jj,jk,jptal) - 2. * zprcaca     & 
    289                &                     + rno3 * zgraren 
    290                tra(ji,jj,jk,jpcal) = tra(ji,jj,jk,jpcal) + zprcaca 
    291             END DO 
    292          END DO 
    293       END DO 
     98      DO_3D_11_11( 1, jpkm1 ) 
     99         zcompaz = MAX( ( tr(ji,jj,jk,jpzoo,Kbb) - 1.e-9 ), 0.e0 ) 
     100         zfact   = xstep * tgfunc2(ji,jj,jk) * zcompaz 
     101 
     102         !   Michaelis-Menten mortality rates of microzooplankton 
     103         !   ----------------------------------------------------- 
     104         zrespz = resrat * zfact * ( tr(ji,jj,jk,jpzoo,Kbb) / ( xkmort + tr(ji,jj,jk,jpzoo,Kbb) )  & 
     105         &        + 3. * nitrfac(ji,jj,jk) ) 
     106 
     107         !   Zooplankton mortality. A square function has been selected with 
     108         !   no real reason except that it seems to be more stable and may mimic predation. 
     109         !   ------------------------------------------------------------------------------ 
     110         ztortz = mzrat * 1.e6 * zfact * tr(ji,jj,jk,jpzoo,Kbb) * (1. - nitrfac(ji,jj,jk)) 
     111 
     112         !   Computation of the abundance of the preys 
     113         !   A threshold can be specified in the namelist 
     114         !   -------------------------------------------- 
     115         zcompadi  = MIN( MAX( ( tr(ji,jj,jk,jpdia,Kbb) - xthreshdia ), 0.e0 ), xsizedia ) 
     116         zcompaph  = MAX( ( tr(ji,jj,jk,jpphy,Kbb) - xthreshphy ), 0.e0 ) 
     117         zcompaz   = MAX( ( tr(ji,jj,jk,jpzoo,Kbb) - xthreshzoo ), 0.e0 ) 
     118         zcompapi  = MAX( ( tr(ji,jj,jk,jppic,Kbb) - xthreshpic ), 0.e0 ) 
     119         zcompapoc = MAX( ( tr(ji,jj,jk,jppoc,Kbb) - xthreshpoc ), 0.e0 ) 
     120          
     121         !   Microzooplankton grazing 
     122         !   ------------------------ 
     123         zfood     = xprefn * zcompaph + xprefc * zcompapoc + xprefd * zcompadi   & 
     124         &           + xprefz * zcompaz + xprefp * zcompapi 
     125         zfoodlim  = MAX( 0. , zfood - min(xthresh,0.5*zfood) ) 
     126         zdenom    = zfoodlim / ( xkgraz + zfoodlim ) 
     127         zgraze    = grazrat * xstep * tgfunc2(ji,jj,jk) * tr(ji,jj,jk,jpzoo,Kbb) * (1. - nitrfac(ji,jj,jk))  
     128 
     129         !   An active switching parameterization is used here. 
     130         !   We don't use the KTW parameterization proposed by  
     131         !   Vallina et al. because it tends to produce to steady biomass 
     132         !   composition and the variance of Chl is too low as it grazes 
     133         !   too strongly on winning organisms. Thus, instead of a square 
     134         !   a 1.5 power value is used which decreases the pressure on the 
     135         !   most abundant species 
     136         !   ------------------------------------------------------------   
     137         ztmp1 = xprefn * zcompaph**1.5 
     138         ztmp2 = xprefp * zcompapi**1.5 
     139         ztmp3 = xprefc * zcompapoc**1.5 
     140         ztmp4 = xprefd * zcompadi**1.5 
     141         ztmp5 = xprefz * zcompaz**1.5 
     142         ztmptot = ztmp1 + ztmp2 + ztmp3 + ztmp4 + ztmp5 + rtrn 
     143         ztmp1 = ztmp1 / ztmptot 
     144         ztmp2 = ztmp2 / ztmptot 
     145         ztmp3 = ztmp3 / ztmptot 
     146         ztmp4 = ztmp4 / ztmptot 
     147         ztmp5 = ztmp5 / ztmptot 
     148 
     149         !   Microzooplankton regular grazing on the different preys 
     150         !   ------------------------------------------------------- 
     151         zgraznc   = zgraze  * ztmp1  * zdenom 
     152         zgraznn   = zgraznc * tr(ji,jj,jk,jpnph,Kbb) / (tr(ji,jj,jk,jpphy,Kbb) + rtrn) 
     153         zgraznp   = zgraznc * tr(ji,jj,jk,jppph,Kbb) / (tr(ji,jj,jk,jpphy,Kbb) + rtrn) 
     154         zgraznf   = zgraznc * tr(ji,jj,jk,jpnfe,Kbb) / (tr(ji,jj,jk,jpphy,Kbb) + rtrn) 
     155         zgrazpc   = zgraze  * ztmp2  * zdenom 
     156         zgrazpn   = zgrazpc * tr(ji,jj,jk,jpnpi,Kbb) / (tr(ji,jj,jk,jppic,Kbb) + rtrn) 
     157         zgrazpp   = zgrazpc * tr(ji,jj,jk,jpppi,Kbb) / (tr(ji,jj,jk,jppic,Kbb) + rtrn) 
     158         zgrazpf   = zgrazpc * tr(ji,jj,jk,jppfe,Kbb) / (tr(ji,jj,jk,jppic,Kbb) + rtrn) 
     159         zgrazz    = zgraze  * ztmp5   * zdenom 
     160         zgrazpoc  = zgraze  * ztmp3   * zdenom 
     161         zgrazpon  = zgrazpoc * tr(ji,jj,jk,jppon,Kbb) / ( tr(ji,jj,jk,jppoc,Kbb) + rtrn ) 
     162         zgrazpop  = zgrazpoc * tr(ji,jj,jk,jppop,Kbb) / ( tr(ji,jj,jk,jppoc,Kbb) + rtrn ) 
     163         zgrazpof  = zgrazpoc* tr(ji,jj,jk,jpsfe,Kbb) / (tr(ji,jj,jk,jppoc,Kbb) + rtrn) 
     164         zgrazdc   = zgraze  * ztmp4  * zdenom 
     165         zgrazdn   = zgrazdc * tr(ji,jj,jk,jpndi,Kbb) / (tr(ji,jj,jk,jpdia,Kbb) + rtrn) 
     166         zgrazdp   = zgrazdc * tr(ji,jj,jk,jppdi,Kbb) / (tr(ji,jj,jk,jpdia,Kbb) + rtrn) 
     167         zgrazdf   = zgrazdc * tr(ji,jj,jk,jpdfe,Kbb) / (tr(ji,jj,jk,jpdia,Kbb) + rtrn) 
     168         ! 
     169         zgraztotc = zgraznc + zgrazpoc + zgrazdc + zgrazz + zgrazpc 
     170         zgraztotn = zgraznn + zgrazpn + zgrazpon + zgrazdn + zgrazz * no3rat3 
     171         zgraztotp = zgraznp + zgrazpp + zgrazpop + zgrazdp + zgrazz * po4rat3 
     172         zgraztotf = zgraznf + zgrazpf + zgrazpof + zgrazdf + zgrazz * ferat3 
     173         ! 
     174         ! Grazing by microzooplankton 
     175         zgrazing(ji,jj,jk) = zgraztotc 
     176 
     177         !   Stoichiometruc ratios of the food ingested by zooplanton  
     178         !   -------------------------------------------------------- 
     179         zgrasratf =  (zgraztotf + rtrn) / ( zgraztotc + rtrn ) 
     180         zgrasratn =  (zgraztotn + rtrn) / ( zgraztotc + rtrn ) 
     181         zgrasratp =  (zgraztotp + rtrn) / ( zgraztotc + rtrn ) 
     182 
     183         !   Growth efficiency is made a function of the quality  
     184         !   and the quantity of the preys 
     185         !   --------------------------------------------------- 
     186         zepshert  = MIN( 1., zgrasratn/ no3rat3, zgrasratp/ po4rat3, zgrasratf / ferat3) 
     187         zbeta     = MAX( 0., (epsher - epshermin) ) 
     188         zepsherf  = epshermin + zbeta / ( 1.0 + 0.04E6 * 12. * zfood * zbeta ) 
     189         zepsherv  = zepsherf * zepshert 
     190 
     191         !   Respiration of microzooplankton 
     192         !   Excess carbon in the food is used preferentially 
     193         !   ------------------------------------------------ 
     194         zexcess  = zgraztotc * zepsherf * (1.0 - zepshert) * zmetexcess 
     195         zbasresb = MAX(0., zrespz - zexcess) 
     196         zbasresi = zexcess + MIN(0., zrespz - zexcess)   
     197         zrespirc = srespir * zepsherv * zgraztotc + zbasresb 
     198          
     199         !   When excess carbon is used, the other elements in excess 
     200         !   are also used proportionally to their abundance 
     201         !   -------------------------------------------------------- 
     202         zexcess  = ( zgrasratn/ no3rat3 - zepshert ) / ( 1.0 - zepshert + rtrn) 
     203         zbasresn = zbasresi * zexcess * zgrasratn  
     204         zexcess  = ( zgrasratp/ po4rat3 - zepshert ) / ( 1.0 - zepshert + rtrn) 
     205         zbasresp = zbasresi * zexcess * zgrasratp 
     206         zexcess  = ( zgrasratf/ ferat3 - zepshert ) / ( 1.0 - zepshert + rtrn) 
     207         zbasresf = zbasresi * zexcess * zgrasratf 
     208 
     209         !   Voiding of the excessive elements as DOM 
     210         !   ---------------------------------------- 
     211         zgradoct   = (1. - unassc - zepsherv) * zgraztotc - zbasresi   
     212         zgradont   = (1. - unassn) * zgraztotn - zepsherv * no3rat3 * zgraztotc - zbasresn 
     213         zgradopt   = (1. - unassp) * zgraztotp - zepsherv * po4rat3 * zgraztotc - zbasresp 
     214         zgrareft   = (1. - unassc) * zgraztotf - zepsherv * ferat3 * zgraztotc - zbasresf 
     215 
     216         !  Since only semilabile DOM is represented in PISCES 
     217         !  part of DOM is in fact labile and is then released 
     218         !  as dissolved inorganic compounds (ssigma) 
     219         !  -------------------------------------------------- 
     220         zgradoc =  zgradoct * ssigma 
     221         zgradon =  zgradont * ssigma 
     222         zgradop =  zgradopt * ssigma 
     223         zgrarem = (1.0 - ssigma) * zgradoct 
     224         zgraren = (1.0 - ssigma) * zgradont 
     225         zgrarep = (1.0 - ssigma) * zgradopt 
     226         zgraref = zgrareft 
     227 
     228         !   Defecation as a result of non assimilated products 
     229         !   -------------------------------------------------- 
     230         zgrapoc   = zgraztotc * unassc 
     231         zgrapon   = zgraztotn * unassn 
     232         zgrapop   = zgraztotp * unassp 
     233         zgrapof   = zgraztotf * unassc 
     234 
     235         !  Addition of respiration to the release of inorganic nutrients 
     236         !  ------------------------------------------------------------- 
     237         zgrarem = zgrarem + zbasresi + zrespirc 
     238         zgraren = zgraren + zbasresn + zrespirc * no3rat3 
     239         zgrarep = zgrarep + zbasresp + zrespirc * po4rat3 
     240         zgraref = zgraref + zbasresf + zrespirc * ferat3 
     241 
     242         !   Update of the TRA arrays 
     243         !   ------------------------ 
     244         tr(ji,jj,jk,jppo4,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppo4,Krhs) + zgrarep 
     245         tr(ji,jj,jk,jpnh4,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpnh4,Krhs) + zgraren 
     246         tr(ji,jj,jk,jpdoc,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdoc,Krhs) + zgradoc 
     247         ! 
     248         IF( ln_ligand ) THEN  
     249            tr(ji,jj,jk,jplgw,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jplgw,Krhs) + zgradoc * ldocz 
     250            zzligprod(ji,jj,jk) = zgradoc * ldocz 
     251         ENDIF 
     252         ! 
     253         tr(ji,jj,jk,jpdon,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdon,Krhs) + zgradon 
     254         tr(ji,jj,jk,jpdop,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdop,Krhs) + zgradop 
     255         tr(ji,jj,jk,jpoxy,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpoxy,Krhs) - o2ut * zgrarem  
     256         tr(ji,jj,jk,jpfer,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpfer,Krhs) + zgraref 
     257         zfezoo(ji,jj,jk)    = zgraref 
     258         tr(ji,jj,jk,jpzoo,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpzoo,Krhs) + zepsherv * zgraztotc - zrespirc - ztortz - zgrazz 
     259         tr(ji,jj,jk,jpphy,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpphy,Krhs) - zgraznc 
     260         tr(ji,jj,jk,jpnph,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpnph,Krhs) - zgraznn 
     261         tr(ji,jj,jk,jppph,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppph,Krhs) - zgraznp 
     262         tr(ji,jj,jk,jppic,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppic,Krhs) - zgrazpc 
     263         tr(ji,jj,jk,jpnpi,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpnpi,Krhs) - zgrazpn 
     264         tr(ji,jj,jk,jpppi,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpppi,Krhs) - zgrazpp 
     265         tr(ji,jj,jk,jpdia,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdia,Krhs) - zgrazdc 
     266         tr(ji,jj,jk,jpndi,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpndi,Krhs) - zgrazdn 
     267         tr(ji,jj,jk,jppdi,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppdi,Krhs) - zgrazdp 
     268         tr(ji,jj,jk,jpnch,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpnch,Krhs) - zgraznc * tr(ji,jj,jk,jpnch,Kbb)/(tr(ji,jj,jk,jpphy,Kbb)+rtrn) 
     269         tr(ji,jj,jk,jppch,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppch,Krhs) - zgrazpc * tr(ji,jj,jk,jppch,Kbb)/(tr(ji,jj,jk,jppic,Kbb)+rtrn) 
     270         tr(ji,jj,jk,jpdch,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdch,Krhs) - zgrazdc * tr(ji,jj,jk,jpdch,Kbb)/(tr(ji,jj,jk,jpdia,Kbb)+rtrn) 
     271         tr(ji,jj,jk,jpdsi,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdsi,Krhs) - zgrazdc * tr(ji,jj,jk,jpdsi,Kbb)/(tr(ji,jj,jk,jpdia,Kbb)+rtrn) 
     272         tr(ji,jj,jk,jpgsi,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpgsi,Krhs) + zgrazdc * tr(ji,jj,jk,jpdsi,Kbb)/(tr(ji,jj,jk,jpdia,Kbb)+rtrn) 
     273         tr(ji,jj,jk,jpnfe,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpnfe,Krhs) - zgraznf 
     274         tr(ji,jj,jk,jppfe,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppfe,Krhs) - zgrazpf 
     275         tr(ji,jj,jk,jpdfe,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdfe,Krhs) - zgrazdf 
     276         tr(ji,jj,jk,jppoc,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppoc,Krhs) + ztortz + zgrapoc - zgrazpoc  
     277         prodpoc(ji,jj,jk) = prodpoc(ji,jj,jk) + ztortz + zgrapoc 
     278         conspoc(ji,jj,jk) = conspoc(ji,jj,jk) - zgrazpoc 
     279         tr(ji,jj,jk,jppon,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppon,Krhs) + no3rat3 * ztortz + zgrapon - zgrazpon 
     280         tr(ji,jj,jk,jppop,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppop,Krhs) + po4rat3 * ztortz + zgrapop - zgrazpop 
     281         tr(ji,jj,jk,jpsfe,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpsfe,Krhs) + ferat3 * ztortz  + zgrapof - zgrazpof 
     282         ! 
     283         ! calcite production 
     284         zprcaca = xfracal(ji,jj,jk) * zgraznc 
     285         prodcal(ji,jj,jk) = prodcal(ji,jj,jk) + zprcaca  ! prodcal=prodcal(nanophy)+prodcal(microzoo)+prodcal(mesozoo) 
     286         ! 
     287         zprcaca = part * zprcaca 
     288         tr(ji,jj,jk,jpdic,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdic,Krhs) + zgrarem - zprcaca 
     289         tr(ji,jj,jk,jptal,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jptal,Krhs) - 2. * zprcaca     & 
     290         &                     + rno3 * zgraren 
     291         tr(ji,jj,jk,jpcal,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpcal,Krhs) + zprcaca 
     292      END_3D 
    294293      ! 
    295294      IF( lk_iomput .AND. knt == nrdttrc ) THEN 
    296         IF( iom_use("GRAZ1") ) THEN  !   Total grazing of phyto by zooplankton 
     295       IF( iom_use("GRAZ1") ) THEN  !   Total grazing of phyto by zooplankton 
    297296           zgrazing(:,:,jpk) = 0._wp   ; CALL iom_put( "GRAZ1" , zgrazing(:,:,:) * 1.e+3  * rfact2r * tmask(:,:,:) )  
    298297         ENDIF 
    … …  
    305304      ENDIF 
    306305      ! 
    307       IF(ln_ctl)   THEN  ! print mean trends (used for debugging) 
     306      IF(sn_cfctl%l_prttrc)   THEN  ! print mean trends (used for debugging) 
    308307         WRITE(charout, FMT="('micro')") 
    309308         CALL prt_ctl_trc_info(charout) 
    310          CALL prt_ctl_trc(tab4d=tra, mask=tmask, clinfo=ctrcnm) 
     309         CALL prt_ctl_trc(tab4d=tr(:,:,:,:,Krhs), mask=tmask, clinfo=ctrcnm) 
    311310      ENDIF 
    312311      ! 
    … …  
    336335      !!---------------------------------------------------------------------- 
    337336      ! 
    338       REWIND( numnatp_ref ) 
    339337      READ  ( numnatp_ref, namp5zzoo, IOSTAT = ios, ERR = 901) 
    340338901   IF( ios /= 0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namp5zzoo in reference namelist' ) 
    341339      ! 
    342       REWIND( numnatp_cfg ) 
    343340      READ  ( numnatp_cfg, namp5zzoo, IOSTAT = ios, ERR = 902 ) 
    344341902   IF( ios >  0 ) CALL ctl_nam ( ios , 'namp5zzoo in configuration namelist' ) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.