New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 12928 for NEMO/branches/2019/dev_r11078_OSMOSIS_IMMERSE_Nurser/src/TOP/PISCES/P4Z/p4zrem.F90 – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2020-05-14T21:46:00+02:00 (4 years ago)
Author:
smueller
Message:

Synchronizing with /NEMO/trunk@12925 (ticket #2170)

Location:
NEMO/branches/2019/dev_r11078_OSMOSIS_IMMERSE_Nurser
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • NEMO/branches/2019/dev_r11078_OSMOSIS_IMMERSE_Nurser

    • Property svn:externals

      •  

        old new  
        66^/vendors/FCM@HEAD            ext/FCM 
        77^/vendors/IOIPSL@HEAD         ext/IOIPSL 
         8 
         9# SETTE 
         10^/utils/CI/sette@HEAD         sette 

  • NEMO/branches/2019/dev_r11078_OSMOSIS_IMMERSE_Nurser/src/TOP/PISCES/P4Z/p4zrem.F90

    r12178 r12928  
    4242   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:) ::   denitr   !: denitrification array 
    4343 
     44   !! * Substitutions 
     45#  include "do_loop_substitute.h90" 
    4446   !!---------------------------------------------------------------------- 
    4547   !! NEMO/TOP 4.0 , NEMO Consortium (2018) 
    … …  
    4951CONTAINS 
    5052 
    51    SUBROUTINE p4z_rem( kt, knt ) 
     53   SUBROUTINE p4z_rem( kt, knt, Kbb, Kmm, Krhs ) 
    5254      !!--------------------------------------------------------------------- 
    5355      !!                     ***  ROUTINE p4z_rem  *** 
    … …  
    5759      !! ** Method  : - ??? 
    5860      !!--------------------------------------------------------------------- 
    59       INTEGER, INTENT(in) ::   kt, knt ! ocean time step 
     61      INTEGER, INTENT(in) ::   kt, knt         ! ocean time step 
     62      INTEGER, INTENT(in) ::   Kbb, Kmm, Krhs  ! time level indices 
    6063      ! 
    6164      INTEGER  ::   ji, jj, jk 
    … …  
    6871      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj    ) :: ztempbac 
    6972      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) :: zdepbac, zolimi, zdepprod, zfacsi, zfacsib, zdepeff, zfebact 
    70       REAL(wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:) :: zw3d 
    7173      !!--------------------------------------------------------------------- 
    7274      ! 
    … …  
    8688      ! that was modeling explicitely bacteria 
    8789      ! ------------------------------------------------------- 
    88       DO jk = 1, jpkm1 
    89          DO jj = 1, jpj 
    90             DO ji = 1, jpi 
    91                zdep = MAX( hmld(ji,jj), heup(ji,jj) ) 
    92                IF( gdept_n(ji,jj,jk) < zdep ) THEN 
    93                   zdepbac(ji,jj,jk) = MIN( 0.7 * ( trb(ji,jj,jk,jpzoo) + 2.* trb(ji,jj,jk,jpmes) ), 4.e-6 ) 
    94                   ztempbac(ji,jj)   = zdepbac(ji,jj,jk) 
    95                ELSE 
    96                   zdepmin = MIN( 1., zdep / gdept_n(ji,jj,jk) ) 
    97                   zdepbac (ji,jj,jk) = zdepmin**0.683 * ztempbac(ji,jj) 
    98                   zdepprod(ji,jj,jk) = zdepmin**0.273 
    99                   zdepeff (ji,jj,jk) = zdepeff(ji,jj,jk) * zdepmin**0.3 
    100                ENDIF 
    101             END DO 
    102          END DO 
    103       END DO 
     90      DO_3D_11_11( 1, jpkm1 ) 
     91         zdep = MAX( hmld(ji,jj), heup(ji,jj) ) 
     92         IF( gdept(ji,jj,jk,Kmm) < zdep ) THEN 
     93            zdepbac(ji,jj,jk) = MIN( 0.7 * ( tr(ji,jj,jk,jpzoo,Kbb) + 2.* tr(ji,jj,jk,jpmes,Kbb) ), 4.e-6 ) 
     94            ztempbac(ji,jj)   = zdepbac(ji,jj,jk) 
     95         ELSE 
     96            zdepmin = MIN( 1., zdep / gdept(ji,jj,jk,Kmm) ) 
     97            zdepbac (ji,jj,jk) = zdepmin**0.683 * ztempbac(ji,jj) 
     98            zdepprod(ji,jj,jk) = zdepmin**0.273 
     99            zdepeff (ji,jj,jk) = zdepeff(ji,jj,jk) * zdepmin**0.3 
     100         ENDIF 
     101      END_3D 
    104102 
    105103      IF( ln_p4z ) THEN 
    106          DO jk = 1, jpkm1 
    107             DO jj = 1, jpj 
    108                DO ji = 1, jpi 
    109                   ! DOC ammonification. Depends on depth, phytoplankton biomass 
    110                   ! and a limitation term which is supposed to be a parameterization of the bacterial activity.  
    111                   zremik = xremik * xstep / 1.e-6 * xlimbac(ji,jj,jk) * zdepbac(ji,jj,jk)  
    112                   zremik = MAX( zremik, 2.74e-4 * xstep ) 
    113                   ! Ammonification in oxic waters with oxygen consumption 
    114                   ! ----------------------------------------------------- 
    115                   zolimit = zremik * ( 1.- nitrfac(ji,jj,jk) ) * trb(ji,jj,jk,jpdoc)  
    116                   zolimi(ji,jj,jk) = MIN( ( trb(ji,jj,jk,jpoxy) - rtrn ) / o2ut, zolimit )  
    117                   ! Ammonification in suboxic waters with denitrification 
    118                   ! ------------------------------------------------------- 
    119                   zammonic = zremik * nitrfac(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpdoc) 
    120                   denitr(ji,jj,jk)  = zammonic * ( 1. - nitrfac2(ji,jj,jk) ) 
    121                   denitr(ji,jj,jk)  = MIN( ( trb(ji,jj,jk,jpno3) - rtrn ) / rdenit, denitr(ji,jj,jk) ) 
    122                   zoxyremc          = zammonic - denitr(ji,jj,jk) 
    123                   ! 
    124                   zolimi (ji,jj,jk) = MAX( 0.e0, zolimi (ji,jj,jk) ) 
    125                   denitr (ji,jj,jk) = MAX( 0.e0, denitr (ji,jj,jk) ) 
    126                   zoxyremc          = MAX( 0.e0, zoxyremc ) 
    127  
    128                   ! 
    129                   tra(ji,jj,jk,jppo4) = tra(ji,jj,jk,jppo4) + zolimi (ji,jj,jk) + denitr(ji,jj,jk) + zoxyremc 
    130                   tra(ji,jj,jk,jpnh4) = tra(ji,jj,jk,jpnh4) + zolimi (ji,jj,jk) + denitr(ji,jj,jk) + zoxyremc 
    131                   tra(ji,jj,jk,jpno3) = tra(ji,jj,jk,jpno3) - denitr (ji,jj,jk) * rdenit 
    132                   tra(ji,jj,jk,jpdoc) = tra(ji,jj,jk,jpdoc) - zolimi (ji,jj,jk) - denitr(ji,jj,jk) - zoxyremc 
    133                   tra(ji,jj,jk,jpoxy) = tra(ji,jj,jk,jpoxy) - zolimi (ji,jj,jk) * o2ut 
    134                   tra(ji,jj,jk,jpdic) = tra(ji,jj,jk,jpdic) + zolimi (ji,jj,jk) + denitr(ji,jj,jk) + zoxyremc 
    135                   tra(ji,jj,jk,jptal) = tra(ji,jj,jk,jptal) + rno3 * ( zolimi(ji,jj,jk) + zoxyremc    & 
    136                   &                     + ( rdenit + 1.) * denitr(ji,jj,jk) ) 
    137                END DO 
    138             END DO 
    139          END DO 
     104         DO_3D_11_11( 1, jpkm1 ) 
     105            ! DOC ammonification. Depends on depth, phytoplankton biomass 
     106            ! and a limitation term which is supposed to be a parameterization of the bacterial activity.  
     107            zremik = xremik * xstep / 1.e-6 * xlimbac(ji,jj,jk) * zdepbac(ji,jj,jk)  
     108            zremik = MAX( zremik, 2.74e-4 * xstep ) 
     109            ! Ammonification in oxic waters with oxygen consumption 
     110            ! ----------------------------------------------------- 
     111            zolimit = zremik * ( 1.- nitrfac(ji,jj,jk) ) * tr(ji,jj,jk,jpdoc,Kbb)  
     112            zolimi(ji,jj,jk) = MIN( ( tr(ji,jj,jk,jpoxy,Kbb) - rtrn ) / o2ut, zolimit )  
     113            ! Ammonification in suboxic waters with denitrification 
     114            ! ------------------------------------------------------- 
     115            zammonic = zremik * nitrfac(ji,jj,jk) * tr(ji,jj,jk,jpdoc,Kbb) 
     116            denitr(ji,jj,jk)  = zammonic * ( 1. - nitrfac2(ji,jj,jk) ) 
     117            denitr(ji,jj,jk)  = MIN( ( tr(ji,jj,jk,jpno3,Kbb) - rtrn ) / rdenit, denitr(ji,jj,jk) ) 
     118            zoxyremc          = zammonic - denitr(ji,jj,jk) 
     119            ! 
     120            zolimi (ji,jj,jk) = MAX( 0.e0, zolimi (ji,jj,jk) ) 
     121            denitr (ji,jj,jk) = MAX( 0.e0, denitr (ji,jj,jk) ) 
     122            zoxyremc          = MAX( 0.e0, zoxyremc ) 
     123 
     124            ! 
     125            tr(ji,jj,jk,jppo4,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppo4,Krhs) + zolimi (ji,jj,jk) + denitr(ji,jj,jk) + zoxyremc 
     126            tr(ji,jj,jk,jpnh4,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpnh4,Krhs) + zolimi (ji,jj,jk) + denitr(ji,jj,jk) + zoxyremc 
     127            tr(ji,jj,jk,jpno3,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpno3,Krhs) - denitr (ji,jj,jk) * rdenit 
     128            tr(ji,jj,jk,jpdoc,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdoc,Krhs) - zolimi (ji,jj,jk) - denitr(ji,jj,jk) - zoxyremc 
     129            tr(ji,jj,jk,jpoxy,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpoxy,Krhs) - zolimi (ji,jj,jk) * o2ut 
     130            tr(ji,jj,jk,jpdic,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdic,Krhs) + zolimi (ji,jj,jk) + denitr(ji,jj,jk) + zoxyremc 
     131            tr(ji,jj,jk,jptal,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jptal,Krhs) + rno3 * ( zolimi(ji,jj,jk) + zoxyremc    & 
     132            &                     + ( rdenit + 1.) * denitr(ji,jj,jk) ) 
     133         END_3D 
    140134      ELSE 
    141          DO jk = 1, jpkm1 
    142             DO jj = 1, jpj 
    143                DO ji = 1, jpi 
    144                   ! DOC ammonification. Depends on depth, phytoplankton biomass 
    145                   ! and a limitation term which is supposed to be a parameterization of the bacterial activity.  
    146                   ! ----------------------------------------------------------------- 
    147                   zremik = xstep / 1.e-6 * MAX(0.01, xlimbac(ji,jj,jk)) * zdepbac(ji,jj,jk)  
    148                   zremik = MAX( zremik, 2.74e-4 * xstep / xremikc ) 
    149  
    150                   zremikc = xremikc * zremik 
    151                   zremikn = xremikn / xremikc 
    152                   zremikp = xremikp / xremikc 
    153  
    154                   ! Ammonification in oxic waters with oxygen consumption 
    155                   ! ----------------------------------------------------- 
    156                   zolimit = zremikc * ( 1.- nitrfac(ji,jj,jk) ) * trb(ji,jj,jk,jpdoc)  
    157                   zolimic = MAX( 0.e0, MIN( ( trb(ji,jj,jk,jpoxy) - rtrn ) / o2ut, zolimit ) )  
    158                   zolimi(ji,jj,jk) = zolimic 
    159                   zolimin = zremikn * zolimic * trb(ji,jj,jk,jpdon) / ( trb(ji,jj,jk,jpdoc) + rtrn ) 
    160                   zolimip = zremikp * zolimic * trb(ji,jj,jk,jpdop) / ( trb(ji,jj,jk,jpdoc) + rtrn )  
    161  
    162                   ! Ammonification in suboxic waters with denitrification 
    163                   ! ------------------------------------------------------- 
    164                   zammonic = zremikc * nitrfac(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpdoc) 
    165                   denitr(ji,jj,jk)  = zammonic * ( 1. - nitrfac2(ji,jj,jk) ) 
    166                   denitr(ji,jj,jk)  = MAX(0., MIN(  ( trb(ji,jj,jk,jpno3) - rtrn ) / rdenit, denitr(ji,jj,jk) ) ) 
    167                   zoxyremc          = MAX(0., zammonic - denitr(ji,jj,jk)) 
    168                   zdenitrn  = zremikn * denitr(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpdon) / ( trb(ji,jj,jk,jpdoc) + rtrn ) 
    169                   zdenitrp  = zremikp * denitr(ji,jj,jk) * trb(ji,jj,jk,jpdop) / ( trb(ji,jj,jk,jpdoc) + rtrn ) 
    170                   zoxyremn  = zremikn * zoxyremc * trb(ji,jj,jk,jpdon) / ( trb(ji,jj,jk,jpdoc) + rtrn ) 
    171                   zoxyremp  = zremikp * zoxyremc * trb(ji,jj,jk,jpdop) / ( trb(ji,jj,jk,jpdoc) + rtrn ) 
    172  
    173                   tra(ji,jj,jk,jppo4) = tra(ji,jj,jk,jppo4) + zolimip + zdenitrp + zoxyremp 
    174                   tra(ji,jj,jk,jpnh4) = tra(ji,jj,jk,jpnh4) + zolimin + zdenitrn + zoxyremn 
    175                   tra(ji,jj,jk,jpno3) = tra(ji,jj,jk,jpno3) - denitr(ji,jj,jk) * rdenit 
    176                   tra(ji,jj,jk,jpdoc) = tra(ji,jj,jk,jpdoc) - zolimic - denitr(ji,jj,jk) - zoxyremc 
    177                   tra(ji,jj,jk,jpdon) = tra(ji,jj,jk,jpdon) - zolimin - zdenitrn - zoxyremn 
    178                   tra(ji,jj,jk,jpdop) = tra(ji,jj,jk,jpdop) - zolimip - zdenitrp - zoxyremp 
    179                   tra(ji,jj,jk,jpoxy) = tra(ji,jj,jk,jpoxy) - zolimic * o2ut 
    180                   tra(ji,jj,jk,jpdic) = tra(ji,jj,jk,jpdic) + zolimic + denitr(ji,jj,jk) + zoxyremc 
    181                   tra(ji,jj,jk,jptal) = tra(ji,jj,jk,jptal) + rno3 * ( zolimin + zoxyremn + ( rdenit + 1.) * zdenitrn ) 
    182                END DO 
    183             END DO 
    184          END DO 
     135         DO_3D_11_11( 1, jpkm1 ) 
     136            ! DOC ammonification. Depends on depth, phytoplankton biomass 
     137            ! and a limitation term which is supposed to be a parameterization of the bacterial activity.  
     138            ! ----------------------------------------------------------------- 
     139            zremik = xstep / 1.e-6 * MAX(0.01, xlimbac(ji,jj,jk)) * zdepbac(ji,jj,jk)  
     140            zremik = MAX( zremik, 2.74e-4 * xstep / xremikc ) 
     141 
     142            zremikc = xremikc * zremik 
     143            zremikn = xremikn / xremikc 
     144            zremikp = xremikp / xremikc 
     145 
     146            ! Ammonification in oxic waters with oxygen consumption 
     147            ! ----------------------------------------------------- 
     148            zolimit = zremikc * ( 1.- nitrfac(ji,jj,jk) ) * tr(ji,jj,jk,jpdoc,Kbb)  
     149            zolimic = MAX( 0.e0, MIN( ( tr(ji,jj,jk,jpoxy,Kbb) - rtrn ) / o2ut, zolimit ) )  
     150            zolimi(ji,jj,jk) = zolimic 
     151            zolimin = zremikn * zolimic * tr(ji,jj,jk,jpdon,Kbb) / ( tr(ji,jj,jk,jpdoc,Kbb) + rtrn ) 
     152            zolimip = zremikp * zolimic * tr(ji,jj,jk,jpdop,Kbb) / ( tr(ji,jj,jk,jpdoc,Kbb) + rtrn )  
     153 
     154            ! Ammonification in suboxic waters with denitrification 
     155            ! ------------------------------------------------------- 
     156            zammonic = zremikc * nitrfac(ji,jj,jk) * tr(ji,jj,jk,jpdoc,Kbb) 
     157            denitr(ji,jj,jk)  = zammonic * ( 1. - nitrfac2(ji,jj,jk) ) 
     158            denitr(ji,jj,jk)  = MAX(0., MIN(  ( tr(ji,jj,jk,jpno3,Kbb) - rtrn ) / rdenit, denitr(ji,jj,jk) ) ) 
     159            zoxyremc          = MAX(0., zammonic - denitr(ji,jj,jk)) 
     160            zdenitrn  = zremikn * denitr(ji,jj,jk) * tr(ji,jj,jk,jpdon,Kbb) / ( tr(ji,jj,jk,jpdoc,Kbb) + rtrn ) 
     161            zdenitrp  = zremikp * denitr(ji,jj,jk) * tr(ji,jj,jk,jpdop,Kbb) / ( tr(ji,jj,jk,jpdoc,Kbb) + rtrn ) 
     162            zoxyremn  = zremikn * zoxyremc * tr(ji,jj,jk,jpdon,Kbb) / ( tr(ji,jj,jk,jpdoc,Kbb) + rtrn ) 
     163            zoxyremp  = zremikp * zoxyremc * tr(ji,jj,jk,jpdop,Kbb) / ( tr(ji,jj,jk,jpdoc,Kbb) + rtrn ) 
     164 
     165            tr(ji,jj,jk,jppo4,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jppo4,Krhs) + zolimip + zdenitrp + zoxyremp 
     166            tr(ji,jj,jk,jpnh4,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpnh4,Krhs) + zolimin + zdenitrn + zoxyremn 
     167            tr(ji,jj,jk,jpno3,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpno3,Krhs) - denitr(ji,jj,jk) * rdenit 
     168            tr(ji,jj,jk,jpdoc,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdoc,Krhs) - zolimic - denitr(ji,jj,jk) - zoxyremc 
     169            tr(ji,jj,jk,jpdon,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdon,Krhs) - zolimin - zdenitrn - zoxyremn 
     170            tr(ji,jj,jk,jpdop,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdop,Krhs) - zolimip - zdenitrp - zoxyremp 
     171            tr(ji,jj,jk,jpoxy,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpoxy,Krhs) - zolimic * o2ut 
     172            tr(ji,jj,jk,jpdic,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpdic,Krhs) + zolimic + denitr(ji,jj,jk) + zoxyremc 
     173            tr(ji,jj,jk,jptal,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jptal,Krhs) + rno3 * ( zolimin + zoxyremn + ( rdenit + 1.) * zdenitrn ) 
     174         END_3D 
    185175         ! 
    186176      ENDIF 
    187177 
    188178 
    189       DO jk = 1, jpkm1 
    190          DO jj = 1, jpj 
    191             DO ji = 1, jpi 
    192                ! NH4 nitrification to NO3. Ceased for oxygen concentrations 
    193                ! below 2 umol/L. Inhibited at strong light  
    194                ! ---------------------------------------------------------- 
    195                zonitr  = nitrif * xstep * trb(ji,jj,jk,jpnh4) * ( 1.- nitrfac(ji,jj,jk) )  & 
    196                &         / ( 1.+ emoy(ji,jj,jk) ) * ( 1. + fr_i(ji,jj) * emoy(ji,jj,jk) )  
    197                zdenitnh4 = nitrif * xstep * trb(ji,jj,jk,jpnh4) * nitrfac(ji,jj,jk) 
    198                zdenitnh4 = MIN(  ( trb(ji,jj,jk,jpno3) - rtrn ) / rdenita, zdenitnh4 )  
    199                ! Update of the tracers trends 
    200                ! ---------------------------- 
    201                tra(ji,jj,jk,jpnh4) = tra(ji,jj,jk,jpnh4) - zonitr - zdenitnh4 
    202                tra(ji,jj,jk,jpno3) = tra(ji,jj,jk,jpno3) + zonitr - rdenita * zdenitnh4 
    203                tra(ji,jj,jk,jpoxy) = tra(ji,jj,jk,jpoxy) - o2nit * zonitr 
    204                tra(ji,jj,jk,jptal) = tra(ji,jj,jk,jptal) - 2 * rno3 * zonitr + rno3 * ( rdenita - 1. ) * zdenitnh4 
    205             END DO 
    206          END DO 
    207       END DO 
    208  
    209        IF(ln_ctl)   THEN  ! print mean trends (used for debugging) 
     179      DO_3D_11_11( 1, jpkm1 ) 
     180         ! NH4 nitrification to NO3. Ceased for oxygen concentrations 
     181         ! below 2 umol/L. Inhibited at strong light  
     182         ! ---------------------------------------------------------- 
     183         zonitr  = nitrif * xstep * tr(ji,jj,jk,jpnh4,Kbb) * ( 1.- nitrfac(ji,jj,jk) )  & 
     184         &         / ( 1.+ emoy(ji,jj,jk) ) * ( 1. + fr_i(ji,jj) * emoy(ji,jj,jk) )  
     185         zdenitnh4 = nitrif * xstep * tr(ji,jj,jk,jpnh4,Kbb) * nitrfac(ji,jj,jk) 
     186         zdenitnh4 = MIN(  ( tr(ji,jj,jk,jpno3,Kbb) - rtrn ) / rdenita, zdenitnh4 )  
     187         ! Update of the tracers trends 
     188         ! ---------------------------- 
     189         tr(ji,jj,jk,jpnh4,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpnh4,Krhs) - zonitr - zdenitnh4 
     190         tr(ji,jj,jk,jpno3,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpno3,Krhs) + zonitr - rdenita * zdenitnh4 
     191         tr(ji,jj,jk,jpoxy,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpoxy,Krhs) - o2nit * zonitr 
     192         tr(ji,jj,jk,jptal,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jptal,Krhs) - 2 * rno3 * zonitr + rno3 * ( rdenita - 1. ) * zdenitnh4 
     193      END_3D 
     194 
     195       IF(sn_cfctl%l_prttrc)   THEN  ! print mean trends (used for debugging) 
    210196         WRITE(charout, FMT="('rem1')") 
    211197         CALL prt_ctl_trc_info(charout) 
    212          CALL prt_ctl_trc(tab4d=tra, mask=tmask, clinfo=ctrcnm) 
     198         CALL prt_ctl_trc(tab4d=tr(:,:,:,:,Krhs), mask=tmask, clinfo=ctrcnm) 
    213199       ENDIF 
    214200 
    215       DO jk = 1, jpkm1 
    216          DO jj = 1, jpj 
    217             DO ji = 1, jpi 
    218  
    219                ! Bacterial uptake of iron. No iron is available in DOC. So 
    220                ! Bacteries are obliged to take up iron from the water. Some 
    221                ! studies (especially at Papa) have shown this uptake to be significant 
    222                ! ---------------------------------------------------------- 
    223                zbactfer = feratb *  rfact2 * 0.6_wp / rday * tgfunc(ji,jj,jk) * xlimbacl(ji,jj,jk)     & 
    224                   &              * trb(ji,jj,jk,jpfer) / ( xkferb + trb(ji,jj,jk,jpfer) )    & 
    225                   &              * zdepprod(ji,jj,jk) * zdepeff(ji,jj,jk) * zdepbac(ji,jj,jk) 
    226                tra(ji,jj,jk,jpfer) = tra(ji,jj,jk,jpfer) - zbactfer*0.33 
    227                tra(ji,jj,jk,jpsfe) = tra(ji,jj,jk,jpsfe) + zbactfer*0.25 
    228                tra(ji,jj,jk,jpbfe) = tra(ji,jj,jk,jpbfe) + zbactfer*0.08 
    229                zfebact(ji,jj,jk)   = zbactfer * 0.33 
    230                blim(ji,jj,jk)      = xlimbacl(ji,jj,jk)  * zdepbac(ji,jj,jk) / 1.e-6 * zdepprod(ji,jj,jk) 
    231             END DO 
    232          END DO 
    233       END DO 
    234  
    235        IF(ln_ctl)   THEN  ! print mean trends (used for debugging) 
     201      DO_3D_11_11( 1, jpkm1 ) 
     202 
     203         ! Bacterial uptake of iron. No iron is available in DOC. So 
     204         ! Bacteries are obliged to take up iron from the water. Some 
     205         ! studies (especially at Papa) have shown this uptake to be significant 
     206         ! ---------------------------------------------------------- 
     207         zbactfer = feratb *  rfact2 * 0.6_wp / rday * tgfunc(ji,jj,jk) * xlimbacl(ji,jj,jk)     & 
     208            &              * tr(ji,jj,jk,jpfer,Kbb) / ( xkferb + tr(ji,jj,jk,jpfer,Kbb) )    & 
     209            &              * zdepprod(ji,jj,jk) * zdepeff(ji,jj,jk) * zdepbac(ji,jj,jk) 
     210         tr(ji,jj,jk,jpfer,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpfer,Krhs) - zbactfer*0.33 
     211         tr(ji,jj,jk,jpsfe,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpsfe,Krhs) + zbactfer*0.25 
     212         tr(ji,jj,jk,jpbfe,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpbfe,Krhs) + zbactfer*0.08 
     213         zfebact(ji,jj,jk)   = zbactfer * 0.33 
     214         blim(ji,jj,jk)      = xlimbacl(ji,jj,jk)  * zdepbac(ji,jj,jk) / 1.e-6 * zdepprod(ji,jj,jk) 
     215      END_3D 
     216 
     217       IF(sn_cfctl%l_prttrc)   THEN  ! print mean trends (used for debugging) 
    236218         WRITE(charout, FMT="('rem2')") 
    237219         CALL prt_ctl_trc_info(charout) 
    238          CALL prt_ctl_trc(tab4d=tra, mask=tmask, clinfo=ctrcnm) 
     220         CALL prt_ctl_trc(tab4d=tr(:,:,:,:,Krhs), mask=tmask, clinfo=ctrcnm) 
    239221       ENDIF 
    240222 
    … …  
    243225      ! --------------------------------------------------------------- 
    244226 
    245       DO jk = 1, jpkm1 
    246          DO jj = 1, jpj 
    247             DO ji = 1, jpi 
    248                zdep     = MAX( hmld(ji,jj), heup_01(ji,jj) ) 
    249                zsatur   = MAX( rtrn, ( sio3eq(ji,jj,jk) - trb(ji,jj,jk,jpsil) ) / ( sio3eq(ji,jj,jk) + rtrn ) ) 
    250                zsatur2  = ( 1. + tsn(ji,jj,jk,jp_tem) / 400.)**37 
    251                znusil   = 0.225  * ( 1. + tsn(ji,jj,jk,jp_tem) / 15.) * zsatur + 0.775 * zsatur2 * zsatur**9.25 
    252                ! Remineralization rate of BSi depedant on T and saturation 
    253                ! --------------------------------------------------------- 
    254                IF ( gdept_n(ji,jj,jk) > zdep ) THEN 
    255                   zfacsib(ji,jj,jk) = zfacsib(ji,jj,jk-1) * EXP( -0.5 * ( xsiremlab - xsirem )  & 
    256                   &                   * znusil * e3t_n(ji,jj,jk) / wsbio4(ji,jj,jk) ) 
    257                   zfacsi(ji,jj,jk)  = zfacsib(ji,jj,jk) / ( 1.0 + zfacsib(ji,jj,jk) ) 
    258                   zfacsib(ji,jj,jk) = zfacsib(ji,jj,jk) * EXP( -0.5 * ( xsiremlab - xsirem )    & 
    259                   &                   * znusil * e3t_n(ji,jj,jk) / wsbio4(ji,jj,jk) ) 
    260                ENDIF 
    261                zsiremin = ( xsiremlab * zfacsi(ji,jj,jk) + xsirem * ( 1. - zfacsi(ji,jj,jk) ) ) * xstep * znusil 
    262                zosil    = zsiremin * trb(ji,jj,jk,jpgsi) 
    263                ! 
    264                tra(ji,jj,jk,jpgsi) = tra(ji,jj,jk,jpgsi) - zosil 
    265                tra(ji,jj,jk,jpsil) = tra(ji,jj,jk,jpsil) + zosil 
    266             END DO 
    267          END DO 
    268       END DO 
    269  
    270       IF(ln_ctl)   THEN  ! print mean trends (used for debugging) 
     227      DO_3D_11_11( 1, jpkm1 ) 
     228         zdep     = MAX( hmld(ji,jj), heup_01(ji,jj) ) 
     229         zsatur   = MAX( rtrn, ( sio3eq(ji,jj,jk) - tr(ji,jj,jk,jpsil,Kbb) ) / ( sio3eq(ji,jj,jk) + rtrn ) ) 
     230         zsatur2  = ( 1. + ts(ji,jj,jk,jp_tem,Kmm) / 400.)**37 
     231         znusil   = 0.225  * ( 1. + ts(ji,jj,jk,jp_tem,Kmm) / 15.) * zsatur + 0.775 * zsatur2 * zsatur**9.25 
     232         ! Remineralization rate of BSi depedant on T and saturation 
     233         ! --------------------------------------------------------- 
     234         IF ( gdept(ji,jj,jk,Kmm) > zdep ) THEN 
     235            zfacsib(ji,jj,jk) = zfacsib(ji,jj,jk-1) * EXP( -0.5 * ( xsiremlab - xsirem )  & 
     236            &                   * znusil * e3t(ji,jj,jk,Kmm) / wsbio4(ji,jj,jk) ) 
     237            zfacsi(ji,jj,jk)  = zfacsib(ji,jj,jk) / ( 1.0 + zfacsib(ji,jj,jk) ) 
     238            zfacsib(ji,jj,jk) = zfacsib(ji,jj,jk) * EXP( -0.5 * ( xsiremlab - xsirem )    & 
     239            &                   * znusil * e3t(ji,jj,jk,Kmm) / wsbio4(ji,jj,jk) ) 
     240         ENDIF 
     241         zsiremin = ( xsiremlab * zfacsi(ji,jj,jk) + xsirem * ( 1. - zfacsi(ji,jj,jk) ) ) * xstep * znusil 
     242         zosil    = zsiremin * tr(ji,jj,jk,jpgsi,Kbb) 
     243         ! 
     244         tr(ji,jj,jk,jpgsi,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpgsi,Krhs) - zosil 
     245         tr(ji,jj,jk,jpsil,Krhs) = tr(ji,jj,jk,jpsil,Krhs) + zosil 
     246      END_3D 
     247 
     248      IF(sn_cfctl%l_prttrc)   THEN  ! print mean trends (used for debugging) 
    271249         WRITE(charout, FMT="('rem3')") 
    272250         CALL prt_ctl_trc_info(charout) 
    273          CALL prt_ctl_trc(tab4d=tra, mask=tmask, clinfo=ctrcnm) 
     251         CALL prt_ctl_trc(tab4d=tr(:,:,:,:,Krhs), mask=tmask, clinfo=ctrcnm) 
    274252       ENDIF 
    275253 
    276254      IF( knt == nrdttrc ) THEN 
    277           zrfact2 = 1.e3 * rfact2r 
    278           ALLOCATE( zw3d(jpi,jpj,jpk) ) 
    279           zfact = 1.e+3 * rfact2r  !  conversion from mol/l/kt to  mol/m3/s 
     255          zrfact2 = 1.e+3 * rfact2r  !  conversion from mol/l/kt to  mol/m3/s 
    280256          ! 
    281           IF( iom_use( "REMIN" ) )  THEN 
    282               zw3d(:,:,:) = zolimi(:,:,:) * tmask(:,:,:) * zfact !  Remineralisation rate 
    283               CALL iom_put( "REMIN"  , zw3d ) 
     257          IF( iom_use( "REMIN" ) )  THEN !  Remineralisation rate 
     258             zolimi(:,:,jpk) = 0. ; CALL iom_put( "REMIN"  , zolimi(:,:,:) * tmask(:,:,:) * zrfact2  ) 
    284259          ENDIF 
    285           IF( iom_use( "DENIT" ) )  THEN 
    286               zw3d(:,:,:) = denitr(:,:,:) * rdenit * rno3 * tmask(:,:,:) * zfact ! Denitrification 
    287               CALL iom_put( "DENIT"  , zw3d ) 
     260          CALL iom_put( "DENIT"  , denitr(:,:,:) * rdenit * rno3 * tmask(:,:,:) * zrfact2 ) ! Denitrification  
     261          IF( iom_use( "BACT" ) )  THEN ! Bacterial biomass 
     262             zdepbac(:,:,jpk) = 0.  ;   CALL iom_put( "BACT", zdepbac(:,:,:) * 1.E6 * tmask(:,:,:) ) 
    288263          ENDIF 
    289           IF( iom_use( "BACT" ) )  THEN 
    290                zw3d(:,:,:) = zdepbac(:,:,:) * 1.E6 * tmask(:,:,:)  ! Bacterial biomass 
    291                CALL iom_put( "BACT", zw3d ) 
    292           ENDIF 
    293           IF( iom_use( "FEBACT" ) )  THEN 
    294                zw3d(:,:,:) = zfebact(:,:,:) * 1E9 * tmask(:,:,:) * zrfact2   ! Bacterial iron consumption 
    295                CALL iom_put( "FEBACT" , zw3d ) 
    296           ENDIF 
    297           ! 
    298           DEALLOCATE( zw3d ) 
     264          CALL iom_put( "FEBACT" , zfebact(:,:,:) * 1E9 * tmask(:,:,:) * zrfact2  ) 
    299265       ENDIF 
    300266      ! 
    … …  
    327293      ENDIF 
    328294      ! 
    329       REWIND( numnatp_ref )              ! Namelist nampisrem in reference namelist : Pisces remineralization 
    330295      READ  ( numnatp_ref, nampisrem, IOSTAT = ios, ERR = 901) 
    331296901   IF( ios /= 0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'nampisrem in reference namelist' ) 
    332       REWIND( numnatp_cfg )              ! Namelist nampisrem in configuration namelist : Pisces remineralization 
    333297      READ  ( numnatp_cfg, nampisrem, IOSTAT = ios, ERR = 902 ) 
    334298902   IF( ios >  0 )   CALL ctl_nam ( ios , 'nampisrem in configuration namelist' ) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.