Ignore:
Timestamp:
2020-06-11T19:32:37+02:00 (5 months ago)
Author:
dford
Message:

Allow nitrogen balancing for both 2D and 3D chlorophyll increments.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_FOAMv14_phytobal3d/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ASM/asmbgc.F90

    r10302 r13097  
    1818   !! asm_bgc_bal_wri       : write out bgc balancing increments 
    1919   !! asm_bgc_bkg_wri       : write out bgc background 
    20    !! phyto2d_asm_inc       : apply the ocean colour increments 
     20   !! asm_bgc_unlog_2d      : calculate non-log versions of 2D log increments 
     21   !! asm_bgc_unlog_3d      : calculate non-log versions of 3D log increments 
     22   !! phyto2d_asm_inc       : apply the 2D phytoplankton increments 
    2123   !! phyto3d_asm_inc       : apply the 3D phytoplankton increments 
    2224   !! pco2_asm_inc          : apply the pCO2/fCO2 increments 
     
    5658#endif 
    5759#if defined key_medusa 
    58    USE asmphyto2dbal_medusa, ONLY: & ! phyto2d balancing for MEDUSA 
    59       & asm_phyto2d_bal_medusa 
     60   USE asmphytobal_medusa, ONLY: & ! phytoplankton balancing for MEDUSA 
     61      & asm_phyto_bal_medusa 
    6062   USE asmpco2bal, ONLY:    & ! pCO2 balancing for MEDUSA 
    6163      & asm_pco2_bal 
     
    7072      & ploss_avg,          & 
    7173      & phyt_avg,           & 
     74      & pgrow_avg_3d,       & 
     75      & ploss_avg_3d,       & 
     76      & phyt_avg_3d,        & 
    7277      & mld_max 
    7378#elif defined key_hadocc 
    74    USE asmphyto2dbal_hadocc, ONLY: & ! phyto2d balancing for HadOCC 
    75       & asm_phyto2d_bal_hadocc 
     79   USE asmphytobal_hadocc, ONLY: & ! phytoplankton balancing for HadOCC 
     80      & asm_phyto_bal_hadocc 
    7681   USE asmpco2bal, ONLY:    & ! pCO2 balancing for HadOCC 
    7782      & asm_pco2_bal 
     
    8287      & ploss_avg,          & 
    8388      & phyt_avg,           & 
     89      & pgrow_avg_3d,       & 
     90      & ploss_avg_3d,       & 
     91      & phyt_avg_3d,        & 
    8492      & mld_max,            & 
    8593      & HADOCC_CHL 
     
    98106   PUBLIC  asm_bgc_bal_wri        ! called by nemo_gcm in nemogcm.F90 
    99107   PUBLIC  asm_bgc_bkg_wri        ! called by asm_bkg_wri in asmbkg.F90 
     108   PRIVATE asm_bgc_unlog_2d       ! called by phyto2d_asm_inc 
     109   PRIVATE asm_bgc_unlog_3d       ! called by phyto3d_asm_inc 
    100110   PUBLIC  phyto2d_asm_inc        ! called by bgc_asm_inc in asminc.F90 
    101111   PUBLIC  phyto3d_asm_inc        ! called by bgc_asm_inc in asminc.F90 
     
    168178   REAL(wp), DIMENSION(:,:),     ALLOCATABLE :: ploss_avg_bkg   ! Background phyto loss 
    169179   REAL(wp), DIMENSION(:,:),     ALLOCATABLE :: phyt_avg_bkg    ! Background phyto conc 
     180   REAL(wp), DIMENSION(:,:,:),   ALLOCATABLE :: pgrow_avg_3d_bkg   ! Background phyto growth 
     181   REAL(wp), DIMENSION(:,:,:),   ALLOCATABLE :: ploss_avg_3d_bkg   ! Background phyto loss 
     182   REAL(wp), DIMENSION(:,:,:),   ALLOCATABLE :: phyt_avg_3d_bkg    ! Background phyto conc 
    170183   REAL(wp), DIMENSION(:,:),     ALLOCATABLE :: mld_max_bkg     ! Background max MLD 
    171184   REAL(wp), DIMENSION(:,:,:,:), ALLOCATABLE :: tracer_bkg      ! Background tracer state 
     
    212225         & ( .NOT. ln_slchlnoninc ).AND.( .NOT. ln_schltotinc  ).AND. & 
    213226         & ( .NOT. ln_slphytotinc ).AND.( .NOT. ln_slphydiainc ).AND. & 
    214          & ( .NOT. ln_slphynoninc ) ) THEN 
     227         & ( .NOT. ln_slphynoninc ).AND.( .NOT. ln_plchltotinc ).AND. & 
     228         & ( .NOT. ln_pchltotinc  ) ) THEN 
    215229         CALL ctl_warn( ' Cannot calculate phytoplankton balancing increments', & 
    216             &           ' if not assimilating ocean colour,',                   & 
     230            &           ' if not assimilating phytoplankton,',                   & 
    217231            &           ' so ln_phytobal will be set to .false.') 
    218232         ln_phytobal = .FALSE. 
     
    524538         ALLOCATE( ploss_avg_bkg(jpi,jpj)        ) 
    525539         ALLOCATE( phyt_avg_bkg(jpi,jpj)         ) 
     540         ALLOCATE( pgrow_avg_3d_bkg(jpi,jpj,jpk) ) 
     541         ALLOCATE( ploss_avg_3d_bkg(jpi,jpj,jpk) ) 
     542         ALLOCATE( phyt_avg_3d_bkg(jpi,jpj,jpk)  ) 
    526543         ALLOCATE( mld_max_bkg(jpi,jpj)          ) 
    527544         ALLOCATE( tracer_bkg(jpi,jpj,jpk,jptra) ) 
     
    529546         ploss_avg_bkg(:,:)  = 0.0 
    530547         phyt_avg_bkg(:,:)   = 0.0 
     548         pgrow_avg_3d_bkg(:,:,:)  = 0.0 
     549         ploss_avg_3d_bkg(:,:,:)  = 0.0 
     550         phyt_avg_3d_bkg(:,:,:)   = 0.0 
    531551         mld_max_bkg(:,:)    = 0.0 
    532552         tracer_bkg(:,:,:,:) = 0.0 
     
    564584            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'ploss_avg', ploss_avg_bkg ) 
    565585            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'phyt_avg',  phyt_avg_bkg  ) 
     586            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'pgrow_avg_3d', pgrow_avg_3d_bkg ) 
     587            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'ploss_avg_3d', ploss_avg_3d_bkg ) 
     588            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'phyt_avg_3d',  phyt_avg_3d_bkg  ) 
    566589            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'mld_max',   mld_max_bkg   ) 
    567590            pgrow_avg_bkg(:,:) = pgrow_avg_bkg(:,:) * tmask(:,:,1) 
    568591            ploss_avg_bkg(:,:) = ploss_avg_bkg(:,:) * tmask(:,:,1) 
    569592            phyt_avg_bkg(:,:)  = phyt_avg_bkg(:,:)  * tmask(:,:,1) 
     593            pgrow_avg_3d_bkg(:,:,:) = pgrow_avg_3d_bkg(:,:,:) * tmask(:,:,:) 
     594            ploss_avg_3d_bkg(:,:,:) = ploss_avg_3d_bkg(:,:,:) * tmask(:,:,:) 
     595            phyt_avg_3d_bkg(:,:,:)  = phyt_avg_3d_bkg(:,:,:)  * tmask(:,:,:) 
    570596            mld_max_bkg(:,:)   = mld_max_bkg(:,:)   * tmask(:,:,1) 
    571597 
     
    726752            CALL iom_rstput( kt, kt, inum, 'phy3d_phd', phyto3d_balinc(:,:,:,jpphd) ) 
    727753            CALL iom_rstput( kt, kt, inum, 'phy3d_pds', phyto3d_balinc(:,:,:,jppds) ) 
     754            IF ( ln_phytobal ) THEN 
     755               CALL iom_rstput( kt, kt, inum, 'phy3d_zmi', phyto3d_balinc(:,:,:,jpzmi) ) 
     756               CALL iom_rstput( kt, kt, inum, 'phy3d_zme', phyto3d_balinc(:,:,:,jpzme) ) 
     757               CALL iom_rstput( kt, kt, inum, 'phy3d_din', phyto3d_balinc(:,:,:,jpdin) ) 
     758               CALL iom_rstput( kt, kt, inum, 'phy3d_sil', phyto3d_balinc(:,:,:,jpsil) ) 
     759               CALL iom_rstput( kt, kt, inum, 'phy3d_fer', phyto3d_balinc(:,:,:,jpfer) ) 
     760               CALL iom_rstput( kt, kt, inum, 'phy3d_det', phyto3d_balinc(:,:,:,jpdet) ) 
     761               CALL iom_rstput( kt, kt, inum, 'phy3d_dtc', phyto3d_balinc(:,:,:,jpdtc) ) 
     762               CALL iom_rstput( kt, kt, inum, 'phy3d_dic', phyto3d_balinc(:,:,:,jpdic) ) 
     763               CALL iom_rstput( kt, kt, inum, 'phy3d_alk', phyto3d_balinc(:,:,:,jpalk) ) 
     764               CALL iom_rstput( kt, kt, inum, 'phy3d_oxy', phyto3d_balinc(:,:,:,jpoxy) ) 
     765            ENDIF 
    728766#elif defined key_hadocc 
    729767            CALL iom_rstput( kt, kt, inum, 'phy3d_phy', phyto3d_balinc(:,:,:,jp_had_phy) ) 
     768            IF ( ln_phytobal ) THEN 
     769               CALL iom_rstput( kt, kt, inum, 'phy3d_nut', phyto3d_balinc(:,:,:,jp_had_nut) ) 
     770               CALL iom_rstput( kt, kt, inum, 'phy3d_zoo', phyto3d_balinc(:,:,:,jp_had_zoo) ) 
     771               CALL iom_rstput( kt, kt, inum, 'phy3d_det', phyto3d_balinc(:,:,:,jp_had_pdn) ) 
     772               CALL iom_rstput( kt, kt, inum, 'phy3d_dic', phyto3d_balinc(:,:,:,jp_had_dic) ) 
     773               CALL iom_rstput( kt, kt, inum, 'phy3d_alk', phyto3d_balinc(:,:,:,jp_had_alk) ) 
     774            ENDIF 
    730775#endif 
    731776         ENDIF 
     
    792837      !!------------------------------------------------------------------------ 
    793838 
    794 #if defined key_hadocc 
    795839      CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, knum, 'pgrow_avg'   , pgrow_avg             ) 
    796840      CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, knum, 'ploss_avg'   , ploss_avg             ) 
    797841      CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, knum, 'phyt_avg'    , phyt_avg              ) 
     842      CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, knum, 'pgrow_avg_3d', pgrow_avg_3d          ) 
     843      CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, knum, 'ploss_avg_3d', ploss_avg_3d          ) 
     844      CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, knum, 'phyt_avg_3d' , phyt_avg_3d           ) 
    798845      CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, knum, 'mld_max'     , mld_max               ) 
     846#if defined key_hadocc 
    799847      CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, knum, 'hadocc_nut'  , trn(:,:,:,jp_had_nut) ) 
    800848      CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, knum, 'hadocc_phy'  , trn(:,:,:,jp_had_phy) ) 
     
    806854      CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, knum, 'hadocc_cchl' , cchl_p(:,:,:)         ) 
    807855#elif defined key_medusa 
    808       CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, knum, 'pgrow_avg'   , pgrow_avg        ) 
    809       CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, knum, 'ploss_avg'   , ploss_avg        ) 
    810       CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, knum, 'phyt_avg'    , phyt_avg         ) 
    811       CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, knum, 'mld_max'     , mld_max          ) 
    812856      CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, knum, 'medusa_chn'  , trn(:,:,:,jpchn) ) 
    813857      CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, knum, 'medusa_chd'  , trn(:,:,:,jpchd) ) 
     
    876920   !!=========================================================================== 
    877921 
     922   SUBROUTINE asm_bgc_unlog_3d( pbkg, pinc_log, pinc_nonlog ) 
     923      !!------------------------------------------------------------------------ 
     924      !!                    ***  ROUTINE asm_bgc_init_incs  *** 
     925      !! 
     926      !! ** Purpose :   convert log increments to non-log 
     927      !! 
     928      !! ** Method  :   need to account for model background, 
     929      !!                cannot simply do 10^log_inc. Need to: 
     930      !!                1) Add log_inc to log10(background) to get log10(analysis) 
     931      !!                2) Take 10^log10(analysis) to get analysis 
     932      !!                3) Subtract background from analysis to get non-log incs 
     933      !! 
     934      !! ** Action  :   return non-log increments 
     935      !! 
     936      !! References :    
     937      !!------------------------------------------------------------------------ 
     938      !! 
     939      REAL(wp), INTENT(in   ), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) :: pbkg        ! Background 
     940      REAL(wp), INTENT(in   ), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) :: pinc_log    ! Log incs 
     941      REAL(wp), INTENT(  out), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) :: pinc_nonlog ! Non-log incs 
     942      ! 
     943      INTEGER                                         :: ji, jj, jk  ! Loop counters 
     944      !! 
     945      !!------------------------------------------------------------------------ 
     946 
     947      DO jk = 1, jpk 
     948         DO jj = 1, jpj 
     949            DO ji = 1, jpi 
     950               IF ( pbkg(ji,jj,jk) > 0.0 ) THEN 
     951                  pinc_nonlog(ji,jj,jk) = 10**( LOG10( pbkg(ji,jj,jk) ) + & 
     952                     &                          pinc_log(ji,jj,jk) )      & 
     953                     &                    - pbkg(ji,jj,jk) 
     954               ELSE 
     955                  pinc_nonlog(ji,jj,jk) = 0.0 
     956               ENDIF 
     957            END DO 
     958         END DO 
     959      END DO 
     960 
     961   END SUBROUTINE asm_bgc_unlog_3d 
     962 
     963   !!=========================================================================== 
     964   !!=========================================================================== 
     965   !!=========================================================================== 
     966 
    878967   SUBROUTINE phyto2d_asm_inc( kt, ll_asmdin, ll_asmiau, kcycper, pwgtiau ) 
    879968      !!------------------------------------------------------------------------ 
     
    894983      REAL(wp), DIMENSION(kcycper), INTENT(IN) :: pwgtiau   ! IAU weights 
    895984      ! 
    896       INTEGER                      :: jk          ! Loop counter 
    897       INTEGER                      :: it          ! Index 
    898       REAL(wp)                     :: zincwgt     ! IAU weight for current time step 
    899       REAL(wp)                     :: zincper     ! IAU interval in seconds 
    900       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: zmld        ! Mixed layer depth 
    901       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: zinc_chltot ! Local chltot incs 
    902       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: zbkg_chltot ! Local chltot bkg 
    903       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: zinc_phytot ! Local phytot incs 
    904       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: zbkg_phytot ! Local phytot bkg 
    905 #if defined key_medusa 
    906       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: zinc_chldia ! Local chldia incs 
    907       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: zbkg_chldia ! Local chldia bkg 
    908       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: zinc_chlnon ! Local chlnon incs 
    909       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: zbkg_chlnon ! Local chlnon bkg 
    910       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: zinc_phydia ! Local phydia incs 
    911       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: zbkg_phydia ! Local phydia bkg 
    912       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: zinc_phynon ! Local phynon incs 
    913       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj) :: zbkg_phynon ! Local phynon bkg 
    914 #endif 
     985      INTEGER                        :: jk          ! Loop counter 
     986      INTEGER                        :: it          ! Index 
     987      REAL(wp)                       :: zincwgt     ! IAU weight for current time step 
     988      REAL(wp)                       :: zincper     ! IAU interval in seconds 
     989      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj)   :: zmld        ! Mixed layer depth 
     990      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,1) :: zinc_chltot ! Local chltot incs 
     991      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj)   :: zbkg_chltot ! Local chltot bkg 
     992      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,1) :: zinc_phytot ! Local phytot incs 
     993      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj)   :: zbkg_phytot ! Local phytot bkg 
     994#if defined key_medusa 
     995      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,1) :: zinc_chldia ! Local chldia incs 
     996      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj)   :: zbkg_chldia ! Local chldia bkg 
     997      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,1) :: zinc_chlnon ! Local chlnon incs 
     998      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj)   :: zbkg_chlnon ! Local chlnon bkg 
     999      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,1) :: zinc_phydia ! Local phydia incs 
     1000      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj)   :: zbkg_phydia ! Local phydia bkg 
     1001      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,1) :: zinc_phynon ! Local phynon incs 
     1002      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj)   :: zbkg_phynon ! Local phynon bkg 
     1003#endif 
     1004      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,1) :: zpgrow_avg_bkg ! Local pgrow_avg_bkg 
     1005      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,1) :: zploss_avg_bkg ! Local ploss_avg_bkg 
     1006      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,1) :: zphyt_avg_bkg  ! Local phyt_avg_bkg 
    9151007      !!------------------------------------------------------------------------ 
    9161008       
     
    9281020            zbkg_chltot(:,:) = chl_bkg(:,:,1) 
    9291021#endif 
    930             CALL asm_bgc_unlog_2d( zbkg_chltot, slchltot_bkginc, zinc_chltot ) 
     1022            CALL asm_bgc_unlog_2d( zbkg_chltot, slchltot_bkginc, zinc_chltot(:,:,1) ) 
    9311023         ELSE IF ( ln_schltotinc ) THEN 
    932             zinc_chltot(:,:) = schltot_bkginc(:,:) 
     1024            zinc_chltot(:,:,1) = schltot_bkginc(:,:) 
    9331025         ELSE 
    934             zinc_chltot(:,:) = 0.0 
     1026            zinc_chltot(:,:,:) = 0.0 
    9351027         ENDIF 
    9361028 
     
    9391031         IF ( ln_slchldiainc ) THEN 
    9401032            zbkg_chldia(:,:) = tracer_bkg(:,:,1,jpchd) 
    941             CALL asm_bgc_unlog_2d( zbkg_chldia, slchldia_bkginc, zinc_chldia ) 
     1033            CALL asm_bgc_unlog_2d( zbkg_chldia, slchldia_bkginc, zinc_chldia(:,:,1) ) 
    9421034         ELSE 
    943             zinc_chldia(:,:) = 0.0 
     1035            zinc_chldia(:,:,:) = 0.0 
    9441036         ENDIF 
    9451037#endif 
     
    9491041         IF ( ln_slchlnoninc ) THEN 
    9501042            zbkg_chlnon(:,:) = tracer_bkg(:,:,1,jpchn) 
    951             CALL asm_bgc_unlog_2d( zbkg_chlnon, slchlnon_bkginc, zinc_chlnon ) 
     1043            CALL asm_bgc_unlog_2d( zbkg_chlnon, slchlnon_bkginc, zinc_chlnon(:,:,1) ) 
    9521044         ELSE 
    953             zinc_chlnon(:,:) = 0.0 
     1045            zinc_chlnon(:,:,:) = 0.0 
    9541046         ENDIF 
    9551047#endif 
     
    9621054            zbkg_phytot(:,:) = trn(:,:,1,jp_had_phy) * c2n_p 
    9631055#endif 
    964             CALL asm_bgc_unlog_2d( zbkg_phytot, slphytot_bkginc, zinc_phytot ) 
     1056            CALL asm_bgc_unlog_2d( zbkg_phytot, slphytot_bkginc, zinc_phytot(:,:,1) ) 
    9651057         ELSE 
    966             zinc_phytot(:,:) = 0.0 
     1058            zinc_phytot(:,:,:) = 0.0 
    9671059         ENDIF 
    9681060 
     
    9711063         IF ( ln_slphydiainc ) THEN 
    9721064            zbkg_phydia(:,:) = trn(:,:,1,jpphd) * xthetapd 
    973             CALL asm_bgc_unlog_2d( zbkg_phydia, slphydia_bkginc, zinc_phydia ) 
     1065            CALL asm_bgc_unlog_2d( zbkg_phydia, slphydia_bkginc, zinc_phydia(:,:,1) ) 
    9741066         ELSE 
    975             zinc_phydia(:,:) = 0.0 
     1067            zinc_phydia(:,:,:) = 0.0 
    9761068         ENDIF 
    9771069#endif 
     
    9811073         IF ( ln_slphynoninc ) THEN 
    9821074            zbkg_phynon(:,:) = trn(:,:,1,jpphn) * xthetapn 
    983             CALL asm_bgc_unlog_2d( zbkg_phynon, slphynon_bkginc, zinc_phynon ) 
     1075            CALL asm_bgc_unlog_2d( zbkg_phynon, slphynon_bkginc, zinc_phynon(:,:,1) ) 
    9841076         ELSE 
    985             zinc_phynon(:,:) = 0.0 
     1077            zinc_phynon(:,:,:) = 0.0 
    9861078         ENDIF 
    9871079#endif 
     
    10241116 
    10251117         zincper = (nitiaufin_r - nitiaustr_r + 1) * rdt 
    1026  
    1027 #if defined key_medusa 
    1028          CALL asm_phyto2d_bal_medusa( (ln_slchltotinc .OR. ln_schltotinc), & 
    1029             &                         zinc_chltot,                         & 
    1030             &                         ln_slchldiainc,                      & 
    1031             &                         zinc_chldia,                         & 
    1032             &                         ln_slchlnoninc,                      & 
    1033             &                         zinc_chlnon,                         & 
    1034             &                         ln_slphytotinc,                      & 
    1035             &                         zinc_phytot,                         & 
    1036             &                         ln_slphydiainc,                      & 
    1037             &                         zinc_phydia,                         & 
    1038             &                         ln_slphynoninc,                      & 
    1039             &                         zinc_phynon,                         & 
    1040             &                         zincper,                             & 
    1041             &                         rn_maxchlinc, ln_phytobal, zmld,     & 
    1042             &                         pgrow_avg_bkg, ploss_avg_bkg,        & 
    1043             &                         phyt_avg_bkg, mld_max_bkg,           & 
    1044             &                         tracer_bkg, phyto2d_balinc ) 
     1118          
     1119         zpgrow_avg_bkg(:,:,1) = pgrow_avg_bkg(:,:) 
     1120         zploss_avg_bkg(:,:,1) = ploss_avg_bkg(:,:) 
     1121         zphyt_avg_bkg(:,:,1)  = phyt_avg_bkg(:,:) 
     1122 
     1123#if defined key_medusa 
     1124         CALL asm_phyto_bal_medusa( 1,                                   & 
     1125            &                       (ln_slchltotinc .OR. ln_schltotinc), & 
     1126            &                       zinc_chltot,                         & 
     1127            &                       ln_slchldiainc,                      & 
     1128            &                       zinc_chldia,                         & 
     1129            &                       ln_slchlnoninc,                      & 
     1130            &                       zinc_chlnon,                         & 
     1131            &                       ln_slphytotinc,                      & 
     1132            &                       zinc_phytot,                         & 
     1133            &                       ln_slphydiainc,                      & 
     1134            &                       zinc_phydia,                         & 
     1135            &                       ln_slphynoninc,                      & 
     1136            &                       zinc_phynon,                         & 
     1137            &                       zincper,                             & 
     1138            &                       rn_maxchlinc, ln_phytobal, zmld,     & 
     1139            &                       zpgrow_avg_bkg, zploss_avg_bkg,      & 
     1140            &                       zphyt_avg_bkg, mld_max_bkg,          & 
     1141            &                       tracer_bkg, phyto2d_balinc ) 
    10451142#elif defined key_hadocc 
    1046          CALL asm_phyto2d_bal_hadocc( (ln_slchltotinc .OR. ln_schltotinc), & 
    1047             &                         zinc_chltot,                         & 
    1048             &                         ln_slphytotinc,                      & 
    1049             &                         zinc_phytot,                         & 
    1050             &                         zincper,                             & 
    1051             &                         rn_maxchlinc, ln_phytobal, zmld,     & 
    1052             &                         pgrow_avg_bkg, ploss_avg_bkg,        & 
    1053             &                         phyt_avg_bkg, mld_max_bkg,           & 
    1054             &                         cchl_p_bkg(:,:,1),                   & 
    1055             &                         tracer_bkg, phyto2d_balinc ) 
     1143         CALL asm_phyto_bal_hadocc( 1,                                   & 
     1144            &                       (ln_slchltotinc .OR. ln_schltotinc), & 
     1145            &                       zinc_chltot,                         & 
     1146            &                       ln_slphytotinc,                      & 
     1147            &                       zinc_phytot,                         & 
     1148            &                       zincper,                             & 
     1149            &                       rn_maxchlinc, ln_phytobal, zmld,     & 
     1150            &                       zpgrow_avg_bkg, zploss_avg_bkg,      & 
     1151            &                       zphyt_avg_bkg, mld_max_bkg,          & 
     1152            &                       cchl_p_bkg(:,:,1),                   & 
     1153            &                       tracer_bkg, phyto2d_balinc ) 
    10561154#else 
    10571155         CALL ctl_stop( 'Attempting to assimilate phyto2d data, ', & 
     
    11661264      INTEGER                          :: ji, jj, jk   ! Loop counters 
    11671265      INTEGER                          :: it           ! Index 
     1266      REAL(wp)                         :: zincper      ! IAU interval in seconds 
    11681267      REAL(wp)                         :: zincwgt      ! IAU weight for timestep 
    1169       REAL(wp)                         :: zfrac_chn    ! Fraction of jpchn 
    1170       REAL(wp)                         :: zfrac_chd    ! Fraction of jpchd 
    1171       REAL(wp)                         :: zrat_phn_chn ! jpphn:jpchn ratio 
    1172       REAL(wp)                         :: zrat_phd_chd ! jpphd:jpchd ratio 
    1173       REAL(wp)                         :: zrat_pds_chd ! jppds:jpchd ratio 
    1174       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) :: chl_inc      ! Chlorophyll increments 
    1175       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) :: bkg_chl      ! Chlorophyll background 
     1268      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) :: zinc_chltot  ! Chlorophyll increments 
     1269      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) :: zbkg_chltot  ! Chlorophyll background 
     1270      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj)     :: zdummy_2d    ! Dummy array for call 
     1271      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk) :: zdummy_3d    ! Dummy array for call 
    11761272      !!------------------------------------------------------------------------ 
    11771273 
     
    11791275 
    11801276         IF ( ln_plchltotinc ) THEN 
    1181             ! Convert log10(chlorophyll) increment back to a chlorophyll increment 
    1182             ! In order to transform logchl incs to chl incs, need to account for model 
    1183             ! background, cannot simply do 10^logchl_bkginc. Need to: 
    1184             ! 1) Add logchl inc to log10(background) to get log10(analysis) 
    1185             ! 2) Take 10^log10(analysis) to get analysis 
    1186             ! 3) Subtract background from analysis to get chl incs 
    1187             ! If rn_maxchlinc > 0 then cap total absolute chlorophyll increment at that value 
    1188 #if defined key_medusa 
    1189             bkg_chl(:,:,:) = tracer_bkg(:,:,:,jpchn) + tracer_bkg(:,:,:,jpchd) 
     1277#if defined key_medusa 
     1278            zbkg_chltot(:,:,:) = tracer_bkg(:,:,:,jpchn) + tracer_bkg(:,:,:,jpchd) 
    11901279#elif defined key_hadocc 
    1191             bkg_chl(:,:,:) = chl_bkg(:,:,:) 
    1192 #endif 
    1193             DO jk = 1, jpk 
    1194                DO jj = 1, jpj 
    1195                   DO ji = 1, jpi 
    1196                      IF ( bkg_chl(ji,jj,jk) > 0.0 ) THEN 
    1197                         chl_inc(ji,jj,jk) = 10**( LOG10( bkg_chl(ji,jj,jk) ) + plchltot_bkginc(ji,jj,jk) ) - bkg_chl(ji,jj,jk) 
    1198                         IF ( rn_maxchlinc > 0.0 ) THEN 
    1199                            chl_inc(ji,jj,jk) = MAX( -1.0 * rn_maxchlinc, MIN( chl_inc(ji,jj,jk), rn_maxchlinc ) ) 
    1200                         ENDIF 
    1201                      ELSE 
    1202                         chl_inc(ji,jj,jk) = 0.0 
    1203                      ENDIF 
    1204                   END DO 
    1205                END DO 
    1206             END DO 
     1280            zbkg_chltot(:,:,:) = chl_bkg(:,:,:) 
     1281#endif 
     1282            CALL asm_bgc_unlog_3d( zbkg_chltot, plchltot_bkginc, zinc_chltot ) 
    12071283         ELSE IF ( ln_pchltotinc ) THEN 
    1208             DO jk = 1, jpk 
    1209                DO jj = 1, jpj 
    1210                   DO ji = 1, jpi 
    1211                      IF ( rn_maxchlinc > 0.0 ) THEN 
    1212                         chl_inc(ji,jj,jk) = MAX( -1.0 * rn_maxchlinc, MIN( pchltot_bkginc(ji,jj,jk), rn_maxchlinc ) ) 
    1213                      ELSE 
    1214                         chl_inc(ji,jj,jk) = pchltot_bkginc(ji,jj,jk) 
    1215                      ENDIF 
    1216                   END DO 
    1217                END DO 
    1218             END DO 
    1219          ENDIF 
    1220  
    1221 #if defined key_medusa 
    1222          ! Loop over each grid point partioning the increments based on existing ratios 
    1223          DO jk = 1, jpk 
    1224             DO jj = 1, jpj 
    1225                DO ji = 1, jpi 
    1226                   IF ( ( tracer_bkg(ji,jj,jk,jpchn) > 0.0 ) .AND. ( tracer_bkg(ji,jj,jk,jpchd) > 0.0 ) ) THEN 
    1227                      zfrac_chn = tracer_bkg(ji,jj,jk,jpchn) / (tracer_bkg(ji,jj,jk,jpchn) + tracer_bkg(ji,jj,jk,jpchd)) 
    1228                      zfrac_chd = 1.0 - zfrac_chn 
    1229                      phyto3d_balinc(ji,jj,jk,jpchn) = chl_inc(ji,jj,jk) * zfrac_chn 
    1230                      phyto3d_balinc(ji,jj,jk,jpchd) = chl_inc(ji,jj,jk) * zfrac_chd 
    1231                      zrat_phn_chn = tracer_bkg(ji,jj,jk,jpphn) / tracer_bkg(ji,jj,jk,jpchn) 
    1232                      zrat_phd_chd = tracer_bkg(ji,jj,jk,jpphd) / tracer_bkg(ji,jj,jk,jpchd) 
    1233                      zrat_pds_chd = tracer_bkg(ji,jj,jk,jppds) / tracer_bkg(ji,jj,jk,jpchd) 
    1234                      phyto3d_balinc(ji,jj,jk,jpphn) = phyto3d_balinc(ji,jj,jk,jpchn) * zrat_phn_chn 
    1235                      phyto3d_balinc(ji,jj,jk,jpphd) = phyto3d_balinc(ji,jj,jk,jpchd) * zrat_phd_chd 
    1236                      phyto3d_balinc(ji,jj,jk,jppds) = phyto3d_balinc(ji,jj,jk,jpchd) * zrat_pds_chd 
    1237                   ENDIF 
    1238                END DO 
    1239             END DO 
    1240          END DO 
     1284            zinc_chltot(:,:,:) = pchltot_bkginc(:,:,:) 
     1285         ENDIF 
     1286 
     1287         zincper = (nitiaufin_r - nitiaustr_r + 1) * rdt 
     1288 
     1289#if defined key_medusa 
     1290         CALL asm_phyto_bal_medusa( jpk,                                  & 
     1291            &                       (ln_plchltotinc .OR. ln_pchltotinc),  & 
     1292            &                       zinc_chltot,                          & 
     1293            &                       .FALSE.,                              & 
     1294            &                       zdummy_3d,                            & 
     1295            &                       .FALSE.,                              & 
     1296            &                       zdummy_3d,                            & 
     1297            &                       .FALSE.,                              & 
     1298            &                       zdummy_3d,                            & 
     1299            &                       .FALSE.,                              & 
     1300            &                       zdummy_3d,                            & 
     1301            &                       .FALSE.,                              & 
     1302            &                       zdummy_3d,                            & 
     1303            &                       zincper,                              & 
     1304            &                       rn_maxchlinc, ln_phytobal, zdummy_2d, & 
     1305            &                       pgrow_avg_3d_bkg, ploss_avg_3d_bkg,   & 
     1306            &                       phyt_avg_3d_bkg, mld_max_bkg,         & 
     1307            &                       tracer_bkg, phyto3d_balinc ) 
    12411308#elif defined key_hadocc 
    1242          phyto3d_balinc(:,:,:,jp_had_phy) = ( cchl_p_bkg(:,:,:) / (mw_carbon * c2n_p) ) * chl_inc(:,:,:) 
    1243 #else 
    1244          CALL ctl_stop( 'Attempting to assimilate p(l)chltot, ', & 
     1309         CALL asm_phyto_bal_hadocc( jpk,                                  & 
     1310            &                       (ln_plchltotinc .OR. ln_pchltotinc),  & 
     1311            &                       zinc_chltot,                          & 
     1312            &                       .FALSE.,                              & 
     1313            &                       zdummy_3d,                            & 
     1314            &                       zincper,                              & 
     1315            &                       rn_maxchlinc, ln_phytobal, zdummy_2d, & 
     1316            &                       pgrow_avg_3d_bkg, ploss_avg_3d_bkg,   & 
     1317            &                       phyt_avg_3d_bkg, mld_max_bkg,         & 
     1318            &                       cchl_p_bkg,                           & 
     1319            &                       tracer_bkg, phyto3d_balinc ) 
     1320#else 
     1321         CALL ctl_stop( 'Attempting to assimilate phyto3d data, ', & 
    12451322            &           'but not defined a biogeochemical model' ) 
    12461323#endif 
     
    14231500         ! Account for phytoplankton balancing if required 
    14241501         IF ( ln_phytobal ) THEN 
    1425             dic_bkg_temp(:,:) = tracer_bkg(:,:,1,jpdic) + phyto2d_balinc(:,:,1,jpdic) 
    1426             alk_bkg_temp(:,:) = tracer_bkg(:,:,1,jpalk) + phyto2d_balinc(:,:,1,jpalk) 
     1502            IF ( ALLOCATED(phyto2d_balinc) ) THEN 
     1503               dic_bkg_temp(:,:) = tracer_bkg(:,:,1,jpdic) + phyto2d_balinc(:,:,1,jpdic) 
     1504               alk_bkg_temp(:,:) = tracer_bkg(:,:,1,jpalk) + phyto2d_balinc(:,:,1,jpalk) 
     1505            ENDIF 
     1506            IF ( ALLOCATED(phyto3d_balinc) ) THEN 
     1507               dic_bkg_temp(:,:) = tracer_bkg(:,:,1,jpdic) + phyto3d_balinc(:,:,1,jpdic) 
     1508               alk_bkg_temp(:,:) = tracer_bkg(:,:,1,jpalk) + phyto3d_balinc(:,:,1,jpalk) 
     1509            ENDIF 
    14271510         ELSE 
    14281511            dic_bkg_temp(:,:) = tracer_bkg(:,:,1,jpdic) 
     
    14371520         ! Account for phytoplankton balancing if required 
    14381521         IF ( ln_phytobal ) THEN 
    1439             dic_bkg_temp(:,:) = tracer_bkg(:,:,1,jp_had_dic) + phyto2d_balinc(:,:,1,jp_had_dic) 
    1440             alk_bkg_temp(:,:) = tracer_bkg(:,:,1,jp_had_alk) + phyto2d_balinc(:,:,1,jp_had_alk) 
     1522            IF ( ALLOCATED(phyto2d_balinc) ) THEN 
     1523               dic_bkg_temp(:,:) = tracer_bkg(:,:,1,jp_had_dic) + phyto2d_balinc(:,:,1,jp_had_dic) 
     1524               alk_bkg_temp(:,:) = tracer_bkg(:,:,1,jp_had_alk) + phyto2d_balinc(:,:,1,jp_had_alk) 
     1525            ENDIF 
     1526            IF ( ALLOCATED(phyto3d_balinc) ) THEN 
     1527               dic_bkg_temp(:,:) = tracer_bkg(:,:,1,jp_had_dic) + phyto3d_balinc(:,:,1,jp_had_dic) 
     1528               alk_bkg_temp(:,:) = tracer_bkg(:,:,1,jp_had_alk) + phyto3d_balinc(:,:,1,jp_had_alk) 
     1529            ENDIF 
    14411530         ELSE 
    14421531            dic_bkg_temp(:,:) = tracer_bkg(:,:,1,jp_had_dic) 
     
    16691758         ! Account for phytoplankton balancing if required 
    16701759         IF ( ln_phytobal ) THEN 
    1671             dic_bkg_temp(:,:,:) = tracer_bkg(:,:,:,jpdic) + phyto2d_balinc(:,:,:,jpdic) 
    1672             alk_bkg_temp(:,:,:) = tracer_bkg(:,:,:,jpalk) + phyto2d_balinc(:,:,:,jpalk) 
    1673             din_bkg_temp(:,:,:) = tracer_bkg(:,:,:,jpdin) + phyto2d_balinc(:,:,:,jpdin) 
    1674             sil_bkg_temp(:,:,:) = tracer_bkg(:,:,:,jpsil) + phyto2d_balinc(:,:,:,jpsil) 
     1760            IF ( ALLOCATED(phyto2d_balinc) ) THEN 
     1761               dic_bkg_temp(:,:,:) = tracer_bkg(:,:,:,jpdic) + phyto2d_balinc(:,:,:,jpdic) 
     1762               alk_bkg_temp(:,:,:) = tracer_bkg(:,:,:,jpalk) + phyto2d_balinc(:,:,:,jpalk) 
     1763               din_bkg_temp(:,:,:) = tracer_bkg(:,:,:,jpdin) + phyto2d_balinc(:,:,:,jpdin) 
     1764               sil_bkg_temp(:,:,:) = tracer_bkg(:,:,:,jpsil) + phyto2d_balinc(:,:,:,jpsil) 
     1765            ENDIF 
     1766            IF ( ALLOCATED(phyto3d_balinc) ) THEN 
     1767               dic_bkg_temp(:,:,:) = tracer_bkg(:,:,:,jpdic) + phyto3d_balinc(:,:,:,jpdic) 
     1768               alk_bkg_temp(:,:,:) = tracer_bkg(:,:,:,jpalk) + phyto3d_balinc(:,:,:,jpalk) 
     1769               din_bkg_temp(:,:,:) = tracer_bkg(:,:,:,jpdin) + phyto3d_balinc(:,:,:,jpdin) 
     1770               sil_bkg_temp(:,:,:) = tracer_bkg(:,:,:,jpsil) + phyto3d_balinc(:,:,:,jpsil) 
     1771            ENDIF 
    16751772         ELSE 
    16761773            dic_bkg_temp(:,:,:) = tracer_bkg(:,:,:,jpdic) 
     
    18631960            it = jpdin 
    18641961#endif 
    1865             IF ( ln_phytobal ) THEN 
     1962            IF ( ALLOCATED(phyto2d_balinc) ) THEN 
    18661963               pno3_bkginc(:,:,:) = pno3_bkginc(:,:,:) - phyto2d_balinc(:,:,:,it) 
    18671964            ENDIF 
    1868             IF ( ln_plchltotinc .OR. ln_pchltotinc ) THEN 
     1965            IF ( ALLOCATED(phyto3d_balinc) ) THEN 
    18691966               pno3_bkginc(:,:,:) = pno3_bkginc(:,:,:) - phyto3d_balinc(:,:,:,it) 
    18701967            ENDIF 
     
    18831980#if defined key_medusa 
    18841981            it = jpsil 
    1885             IF ( ln_phytobal ) THEN 
     1982            IF ( ALLOCATED(phyto2d_balinc) ) THEN 
    18861983               psi4_bkginc(:,:,:) = psi4_bkginc(:,:,:) - phyto2d_balinc(:,:,:,it) 
    18871984            ENDIF 
    1888             IF ( ln_plchltotinc .OR. ln_pchltotinc ) THEN 
     1985            IF ( ALLOCATED(phyto3d_balinc) ) THEN 
    18891986               psi4_bkginc(:,:,:) = psi4_bkginc(:,:,:) - phyto3d_balinc(:,:,:,it) 
    18901987            ENDIF 
     
    19072004            it = jpdic 
    19082005#endif 
    1909             IF ( ln_phytobal ) THEN 
     2006            IF ( ALLOCATED(phyto2d_balinc) ) THEN 
    19102007               pdic_bkginc(:,:,:) = pdic_bkginc(:,:,:) - phyto2d_balinc(:,:,:,it) 
    19112008            ENDIF 
    1912             IF ( ln_plchltotinc .OR. ln_pchltotinc ) THEN 
     2009            IF ( ALLOCATED(phyto3d_balinc) ) THEN 
    19132010               pdic_bkginc(:,:,:) = pdic_bkginc(:,:,:) - phyto3d_balinc(:,:,:,it) 
    19142011            ENDIF 
     
    19312028            it = jpalk 
    19322029#endif 
    1933             IF ( ln_phytobal ) THEN 
     2030            IF ( ALLOCATED(phyto2d_balinc) ) THEN 
    19342031               palk_bkginc(:,:,:) = palk_bkginc(:,:,:) - phyto2d_balinc(:,:,:,it) 
    19352032            ENDIF 
    1936             IF ( ln_plchltotinc .OR. ln_pchltotinc ) THEN 
     2033            IF ( ALLOCATED(phyto3d_balinc) ) THEN 
    19372034               palk_bkginc(:,:,:) = palk_bkginc(:,:,:) - phyto3d_balinc(:,:,:,it) 
    19382035            ENDIF 
     
    19512048#if defined key_medusa 
    19522049            it = jpoxy 
    1953             IF ( ln_phytobal ) THEN 
     2050            IF ( ALLOCATED(phyto2d_balinc) ) THEN 
    19542051               po2_bkginc(:,:,:) = po2_bkginc(:,:,:) - phyto2d_balinc(:,:,:,it) 
    19552052            ENDIF 
    1956             IF ( ln_plchltotinc .OR. ln_pchltotinc ) THEN 
     2053            IF ( ALLOCATED(phyto3d_balinc) ) THEN 
    19572054               po2_bkginc(:,:,:) = po2_bkginc(:,:,:) - phyto3d_balinc(:,:,:,it) 
    19582055            ENDIF 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.