Changeset 3513


Ignore:
Timestamp:
2012-10-21T19:40:24+02:00 (8 years ago)
Author:
vichi
Message:

Updated to BFM-V5 and added PELAGOS_OFFLINE

Location:
branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM
Files:
15 added
11 edited
6 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_BFM/EXP00/CO2.nml

    r3478 r3513  
    3434 
    3535&CO2_parameters 
    36  
    37 ! Initial Partial pressure in the air [1960: 315; 1990: 353] 
    38    AtmCO20 = 370.0E0, 
     36! Initial CO2 concentration in the air [ppm] 
     37   AtmCO20 = 370.0E0 
    3938! Compute the partial pressure of Atmospheric CO2 
    4039   calcAtmpCO2 = .FALSE. 
    41    pCO2Method = 1  ! 1=MixRatio*slp, 2=Magnus formula 
     40   pCO2Method = 1  ! 1=MixRatio*slp, 2=Magnus formula  
    4241!-----------------------------------------------------------------------------------! 
    43 ! Read external data for atmospheric CO2 values 
     42! Read external data for atmospheric CO2 values   
    4443          ! Read  !   File   ! NetCDF  !  Var    !  RefTime   ! Input      !   Time   ! 
    4544          ! Input !   name   ! Logical !  name   !  yyyymmdd  ! Frequency  !  interp  ! 
    46 ATMCO2_N =    0  , 'CMIP5_GHG_1765_2005.nc' , .TRUE.  , 'CO2'   , '1764-07-01 00:00' ,  'yearly'  ,  .TRUE. 
    47 ! Read external data for atmospheric SLP 
    48 AtmSLP_N  =    0  , 'AtmSLP.nc' , .TRUE.  ,'AtmSLP' , '1764-07-01 00:00'  , 'dummy' ,  .TRUE. 
    49 AtmTDP_N  =    0  , 'AtmTDP.nc' , .TRUE.  ,'AtmTDP' , '1764-07-01 00:00'  , 'dummy' ,  .TRUE. 
     45!AtmCO2_N =    2  , 'CMIP5_Historical_GHG_1765_2005.nc' , .TRUE.  , 'CO2'   , '1764-07-01 00:00' ,  'yearly'  ,  .TRUE.   
     46!AtmCO2_N =    2  , 'CMIP5_Historical_GHG_1765_2005.dat' , .FALSE.  , 'CO2'   , '1764-07-01 00:00' ,  'yearly'  ,  .TRUE.   
     47! Read external data for atmospheric SLP  
     48AtmSLP_N  =    0  , 'AtmSLP.nc' , .TRUE.  ,'AtmSLP' , '1764-07-01 00:00'  , 'dummy' ,  .TRUE.   
     49AtmTDP_N  =    0  , 'AtmTDP.nc' , .TRUE.  ,'AtmTDP' , '1764-07-01 00:00'  , 'dummy' ,  .TRUE.   
    5050!-----------------------------------------------------------------------------------! 
    5151 
    5252! Initial pH value 
    53    phstart = 8.0D0 
    54   
     53   phstart = 8.10E0 
     54 
    5555! Choice of the acidity constants parameterization 
    5656! K1K2==1 Roy et al. (1993); DOE (1994); pH on total scale 
     
    6262! K1K2==4 Hansson (1973b) data as refitted by Dickson and  
    6363!         Millero (1987); pH on Sea Water Scale 
    64       K1K2 = 2 
    65  
     64   K1K2 = 2 
    6665 
    6766! Choice of [H+] numerical computation 
     
    6968! MethodCalcCO2=2 Default. Standard OCMIP iteration 
    7069! MethodCalcCO2=3 Follows et al., Ocean Modelling 2006 
    71       MethodCalcCO2 = 2 
     70! 
     71! Parameters for MethodCalcCO2=2 
     72! M2XACC    :  accuracy of the iterative scheme for OCMIP (default 1.E-10) 
     73! M2PHDELT  :  delta of pH for the root search (realized pH+/-DELT) 
     74!              in the OCMIP scheme (default 0.5) 
     75! M2MAXIT   :  maximum number of iterations for OCMIP (default 100 ) 
     76! 
     77   MethodCalcCO2 = 2 
     78          M2XACC = 1.0E-10 
     79        M2PHDELT = 0.3 
     80         M2MAXIT = 100 
    7281! 
    7382! Calcium ion concentration 
  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_BFM/EXP00/Param.nml

    r3478 r3513  
    4545       CalcPhytoPlankton(2) = .TRUE. 
    4646       CalcPhytoPlankton(3) = .TRUE. 
    47        CalcPhytoPlankton(4) = .TRUE. 
     47       CalcPhytoPlankton(4) = .FALSE. 
    4848               CalcBacteria = .TRUE. 
    4949     CalcMesoZooPlankton(1) = .TRUE. 
     
    5757                       slp0 = 1013.25E0 
    5858               ChlLightFlag = 2 
    59            LightForcingFlag = 1 
     59           ChlSynthesisFlag = 1 
     60        ProductionLightFlag = 1 
    6061          LightLocationFlag = 3 
    61                      p_eps0 = 0.10 
     62                     p_eps0 = 0.0435 
    6263                   p_epsESS = 0.04d-3 
    6364                 p_InitSink = 100.0 
     
    100101!  p_PAR:    Photosynthetically available radiation 
    101102!  ChlLightFlag:      Switch between light prop.(=1) or Chla.(=2) as a state 
    102 !  LightForcingFlag:     Switch between instantaneous light and day light average 
     103!  ChlSynthesisFlag:     Switch between types of chl synthesis 
     104!                        1. PELAGOS; 2. OPATM-BFM; 3. UNIBO 
     105!  ProductionLightFlag:  Switch between instantaneous light production (=1)  
     106!                        and daylength averaged production (=2) 
    103107!  LightLocationFlag:    Switch between different depth-parameterizations 
    104108!  p_qchlc(PhytoPlankton):  Fixed/Maximum quotum Chla:C dependent on  
  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_BFM/EXP00/Phyto.nml

    r3399 r3513  
    3636!  p_sdmo:      Max.specific nutrient-stress lysis rate 
    3737!  p_thdo:      Half value for nutrient stress lysis 
    38 !  p_seo:    Extra lysis rate for P4 
     38!  p_seo:    Extra lysis rate for high density cells 
     39!  p_sheo:      Half value for density stress lysis 
    3940!  p_pu_ea:     Fraction of pp excreted as PLOC/PDET 
    4041!  p_pu_ra:     Activity respiration rate 
     
    4748!  p_qslc:      Minimum quotum Si in PI 
    4849!  p_qsRc:      Reference quotum Si in PI 
    49 !  p_xqs:    factor for max quotum S 
    5050!  p_qus:    affinity of PI for Si 
    5151!  p_alpha_chl:    Initial slope P-I curve 
     
    6868!         ------------- silicate limitation control: ----------- 
    6969!             p_qus > 0.0  : silica limitation is controlled by internal quoata 
    70 !             p_chPs > 0.0 : silica limitation is controlled by external concentration of N5s 
    71 !             p_qus==0 and p_chPs==0  : there is no silica component defined in cell 
    72 !             p_qus has prefwerence above p_chPs! 
     70!             if p_qus\=0  : simple MM limitation on external concentration 
     71!                            p_chPs must have a number or an error is generated! 
     72!                ------------- Iron parameters ----------- 
     73!                conc.=[umol/m3] ratio=[umol Fe/mg C] 
     74!  p_qflc:       min Fe:C ratio derived from 3 umol Fe/mol C 
     75!                Sunda & Huntsman (1997), Nature, 390, p 389-392 
    7376 
    7477!               P1   P2 P3 P4 
     
    7982        p_sum = 2.0, 2.5,  3.0,  0.5 
    8083        p_srs = 0.01,   0.05, 0.1,  0.1 
    81        p_sdmo = 0.5, 0.5,  0.5,  0.0 
     84       p_sdmo = 0.05,   0.05, 0.05, 0.0 
    8285        p_seo = 0.0, 0.0,  0.0,  0.0 
     86       p_sheo = 0.0, 0.0,  0.0,  100.0 
    8387      p_pu_ea = 0.05,   0.2,  0.2,  0.15 
    8488      p_pu_ra = 0.1, 0.2,  0.25, 0.1 
    85        p_qnlc = 4.193d-3,4.193d-3,4.193d-3,0.00687 
    86        p_qnRc = 1.258d-2,1.258d-2,1.258d-2,1.258d-2 
     89 p_switchR1R2 = 1.0, 1.0,  1.0,    1.0 
     90       p_qnlc = 4.193e-3,4.193e-3,4.193e-3,0.00687 
     91       p_qnRc = 1.26e-2,1.26e-2,1.26e-2,1.26e-2 
    8792        p_xqn = 2.0, 2.0,  2.0,  2.0 
    88        p_qplc = 0.1796d-3, 0.1796d-3, 0.1796d-3, 0.4288d-3 
    89        p_qpRc = 0.7862e-3, 0.7862e-3, 0.7862e-3, 0.7862e-3  
     93       p_qplc = 1.80e-4,1.80e-4,1.80e-4,4.29e-4 
     94       p_qpRc = 7.86e-4,7.86e-4,7.86e-4,7.86e-4 
    9095        p_xqp = 2.0, 2.0,  2.0,  2.0 
    91        p_qslc = 4.3d-3, 0.0,  0.0,  0.0 
    92        p_qsRc = 1.0d-2, 0.0,  0.0,  0.0 
     96       p_qslc = 8.5e-3, 0.0,  0.0,  0.0 
     97       p_qsRc = 0.01,   0.0,  0.0,  0.0 
    9398        p_qun = 0.025,  0.025,   0.025,   0.025 
    94         p_qup = 2.5d-3, 2.5d-3,  2.5d-3,  2.5d-3 
     99        p_qup = 0.025,  0.025,   0.025,   0.025 
    95100        p_qus = 0.0, 0.0,  0.0,  0.0 
    96         p_xqs = 1.0, 0.0,  0.0,  0.0 
    97101       p_esNI = 0.1, 0.00, 0.00, 0.00 
    98102       p_thdo = 0.1, 0.1,  0.1,  0.1 
     
    100104       p_lN4  = 1.0, 1.0,  0.0,  1.0 
    101105       p_chPs = 1.0, 0.0,  0.0,  0.0 
     106    p_Contois = 0.0,    0.0,    0.0,    0.0 
    102107  p_alpha_chl = 1.38e-5, 0.46e-5, 1.52e-5, 0.68e-5 
    103108      p_sdchl = 0.2, 0.2,  0.2,  0.2 
     109    p_EpEk_or = 0.0,    0.0,    0.0,    0.0 
     110 p_tochl_relt = 0.0,    0.0,    0.0,    0.0 
    104111/ 
     112 
    105113!-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=- 
    106114!END namelist 
  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS/EXP00/CO2.nml

    r3399 r3513  
    3434 
    3535&CO2_parameters 
    36 ! Initial Partial pressure in the air 
    37    pco2air0 = 390.0E0 
     36! Initial CO2 concentration in the air [ppm] 
     37   AtmCO20 = 370.0E0 
     38! Compute the partial pressure of Atmospheric CO2 
     39   calcAtmpCO2 = .FALSE. 
     40   pCO2Method = 1  ! 1=MixRatio*slp, 2=Magnus formula  
    3841!-----------------------------------------------------------------------------------! 
    39 ! Read external data for atmospheric CO2 values 
     42! Read external data for atmospheric CO2 values   
    4043          ! Read  !   File   ! NetCDF  !  Var    !  RefTime   ! Input      !   Time   ! 
    4144          ! Input !   name   ! Logical !  name   !  yyyymmdd  ! Frequency  !  interp  ! 
    42 !ATMpCO2_N =    2  , 'CMIP5_Historical_GHG_1765_2005.nc' , .TRUE.  , 'CO2'   , '1764-07-01 00:00' ,  'yearly'  ,  .TRUE. 
    43 !ATMpCO2_N =    2  , 'CMIP5_Historical_GHG_1765_2005.dat' , .FALSE.  , 'CO2'   , '1764-07-01 00:00' ,  'yearly'  ,  .TRUE. 
     45!AtmCO2_N =    2  , 'CMIP5_Historical_GHG_1765_2005.nc' , .TRUE.  , 'CO2'   , '1764-07-01 00:00' ,  'yearly'  ,  .TRUE.   
     46!AtmCO2_N =    2  , 'CMIP5_Historical_GHG_1765_2005.dat' , .FALSE.  , 'CO2'   , '1764-07-01 00:00' ,  'yearly'  ,  .TRUE.   
     47! Read external data for atmospheric SLP  
     48AtmSLP_N  =    0  , 'AtmSLP.nc' , .TRUE.  ,'AtmSLP' , '1764-07-01 00:00'  , 'dummy' ,  .TRUE.   
     49AtmTDP_N  =    0  , 'AtmTDP.nc' , .TRUE.  ,'AtmTDP' , '1764-07-01 00:00'  , 'dummy' ,  .TRUE.   
    4450!-----------------------------------------------------------------------------------! 
    45 ! Initial Partial pressure in the air 
    4651 
    4752! Initial pH value 
     
    7075! M2MAXIT   :  maximum number of iterations for OCMIP (default 100 ) 
    7176! 
    72    MethodCalcCO2 = 3, 
     77   MethodCalcCO2 = 2 
    7378          M2XACC = 1.0E-10 
    7479        M2PHDELT = 0.3 
    7580         M2MAXIT = 100 
    76  
     81! 
     82! Calcium ion concentration 
     83!     [from : "Seawater : Its composition, properties and behaviour" 
     84!      (2nd Edition), Open University Course Team, 1995] 
     85!     seawater concentration    = 412 mg / l 
     86!     atomic weight             = 40.078 g / mol 
     87!     therefore, concentration  = 10.279 mmol / l 
     88!                               = 10.279 mol / m3 
     89        Caconc0 = 10.279E0 
     90! Normalize Calcium ion concentration by sea water salinity 
     91        Canorm  = .TRUE. 
    7792/ 
    7893 
  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS/EXP00/Param.nml

    r3399 r3513  
    5151    CalcMicroZooPlankton(1) = .TRUE. 
    5252    CalcMicroZooPlankton(2) = .TRUE. 
    53            CalcPelChemistry = .FALSE. 
     53           CalcPelChemistry = .TRUE. 
    5454AssignPelBenFluxesInBFMFlag = .TRUE. 
    5555AssignAirPelFluxesInBFMFlag = .TRUE. 
    5656                      p_PAR = 0.40 
     57                       slp0 = 1013.25E0 
    5758               ChlLightFlag = 2 
    58            LightForcingFlag = 1 
     59           ChlSynthesisFlag = 1 
     60        ProductionLightFlag = 1 
    5961          LightLocationFlag = 3 
    6062                     p_eps0 = 0.0435 
     
    99101!  p_PAR:    Photosynthetically available radiation 
    100102!  ChlLightFlag:      Switch between light prop.(=1) or Chla.(=2) as a state 
    101 !  LightForcingFlag:     Switch between instantaneous light and day light average 
     103!  ChlSynthesisFlag:     Switch between types of chl synthesis 
     104!                        1. PELAGOS; 2. OPATM-BFM; 3. UNIBO 
     105!  ProductionLightFlag:  Switch between instantaneous light production (=1)  
     106!                        and daylength averaged production (=2) 
    102107!  LightLocationFlag:    Switch between different depth-parameterizations 
    103108!  p_qchlc(PhytoPlankton):  Fixed/Maximum quotum Chla:C dependent on  
  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS/EXP00/Phyto.nml

    r3399 r3513  
    3636!  p_sdmo:      Max.specific nutrient-stress lysis rate 
    3737!  p_thdo:      Half value for nutrient stress lysis 
    38 !  p_seo:    Extra lysis rate for P4 
     38!  p_seo:    Extra lysis rate for high density cells 
     39!  p_sheo:      Half value for density stress lysis 
    3940!  p_pu_ea:     Fraction of pp excreted as PLOC/PDET 
    4041!  p_pu_ra:     Activity respiration rate 
     
    4748!  p_qslc:      Minimum quotum Si in PI 
    4849!  p_qsRc:      Reference quotum Si in PI 
    49 !  p_xqs:    factor for max quotum S 
    5050!  p_qus:    affinity of PI for Si 
    5151!  p_alpha_chl:    Initial slope P-I curve 
     
    6868!         ------------- silicate limitation control: ----------- 
    6969!             p_qus > 0.0  : silica limitation is controlled by internal quoata 
    70 !             p_chPs > 0.0 : silica limitation is controlled by external concentration of N5s 
    71 !             p_qus==0 and p_chPs==0  : there is no silica component defined in cell 
    72 !             p_qus has prefwerence above p_chPs! 
     70!             if p_qus\=0  : simple MM limitation on external concentration 
     71!                            p_chPs must have a number or an error is generated! 
    7372!                ------------- Iron parameters ----------- 
    7473!                conc.=[umol/m3] ratio=[umol Fe/mg C] 
     
    8382        p_sum = 2.0, 2.5,  3.0,  0.5 
    8483        p_srs = 0.01,   0.05, 0.1,  0.1 
    85        p_sdmo = 0.5, 0.5,  0.5,  0.0 
     84       p_sdmo = 0.05,   0.05, 0.05, 0.0 
    8685        p_seo = 0.0, 0.0,  0.0,  0.0 
     86       p_sheo = 0.0, 0.0,  0.0,  100.0 
    8787      p_pu_ea = 0.05,   0.2,  0.2,  0.15 
    8888      p_pu_ra = 0.1, 0.2,  0.25, 0.1 
    89        p_qnlc = 4.193d-3,4.193d-3,4.193d-3,0.00687 
    90        p_qnRc = 1.258d-2,1.258d-2,1.258d-2,1.258d-2 
     89 p_switchR1R2 = 1.0, 1.0,  1.0,    1.0 
     90       p_qnlc = 4.193e-3,4.193e-3,4.193e-3,0.00687 
     91       p_qnRc = 1.26e-2,1.26e-2,1.26e-2,1.26e-2 
    9192        p_xqn = 2.0, 2.0,  2.0,  2.0 
    92        p_qplc = 0.1796d-3, 0.1796d-3, 0.1796d-3, 0.4288d-3 
    93        p_qpRc = 0.7862e-3, 0.7862e-3, 0.7862e-3, 0.7862e-3  
     93       p_qplc = 1.80e-4,1.80e-4,1.80e-4,4.29e-4 
     94       p_qpRc = 7.86e-4,7.86e-4,7.86e-4,7.86e-4 
    9495        p_xqp = 2.0, 2.0,  2.0,  2.0 
    95        p_qslc = 4.3d-3, 0.0,  0.0,  0.0 
    96        p_qsRc = 1.0d-2, 0.0,  0.0,  0.0 
     96       p_qslc = 8.5e-3, 0.0,  0.0,  0.0 
     97       p_qsRc = 0.01,   0.0,  0.0,  0.0 
    9798        p_qun = 0.025,  0.025,   0.025,   0.025 
    98         p_qup = 2.5d-3, 2.5d-3,  2.5d-3,  2.5d-3 
     99        p_qup = 0.025,  0.025,   0.025,   0.025 
    99100        p_qus = 0.0, 0.0,  0.0,  0.0 
    100         p_xqs = 1.0, 0.0,  0.0,  0.0 
    101101       p_esNI = 0.1, 0.00, 0.00, 0.00 
    102102       p_thdo = 0.1, 0.1,  0.1,  0.1 
     
    104104       p_lN4  = 1.0, 1.0,  0.0,  1.0 
    105105       p_chPs = 1.0, 0.0,  0.0,  0.0 
     106    p_Contois = 0.0,    0.0,    0.0,    0.0 
    106107  p_alpha_chl = 1.38e-5, 0.46e-5, 1.52e-5, 0.68e-5 
    107108      p_sdchl = 0.2, 0.2,  0.2,  0.2 
     109    p_EpEk_or = 0.0,    0.0,    0.0,    0.0 
     110 p_tochl_relt = 0.0,    0.0,    0.0,    0.0 
    108111/ 
    109112 
    110113&Phyto_parameters_iron 
    111        p_qflc = 0.1e-3, 0.1e-3, 0.83e-10,0.25e-3                                                                                                        
     114       p_qflc = 0.1e-3, 0.1e-3, 0.83e-10,0.25e-3 
    112115       p_qfRc = 0.3e-3, 0.3e-3, 0.18e-4, 0.5e-3 
    113116        p_xqf = 1.0,    1.0,    1.0,     1.0 
  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS/EXP00/bfm.nml

    r3399 r3513  
    3838!                       0. from constant values in bfm_init_nml below 
    3939!                       1. from restart 
    40 !bfm_rstctl     logical Save initial state of bfm in the output file. 
    4140!bio_setup      integer BFM configuration: 
    4241!                       1. pelagic 
     
    4746!out_title      string  Name of the experiment in NetCDF file 
    4847!out_delta      integer Output is saved every out_delta timesteps 
    49 !parallel_log   logical Set to .FALSE. to produce a log file for each 
    50 !                       parallel process 
    5148!-------------------------------------------------------------------------! 
    5249&bfm_nml 
    5350    bio_calc = .TRUE. 
    5451    bfm_init = 0 
    55   bfm_rstctl = .FALSE.                                                                                                               
    56    bio_setup = 1                                                                                                                     
    57    out_fname = 'BFM_NEMO'                                                                                                            
    58      out_dir = '.'                                                                                                                   
    59    out_title = 'PELAGOS'                                                                                                             
    60    out_delta = 45 
    61 parallel_log = .FALSE. 
     52   bio_setup = 1  
     53  bfm_rstctl = .FALSE. 
     54   out_fname = 'BFM_NEMO' 
     55     out_dir = '.' 
     56   out_title = 'PELAGOS' 
     57   out_delta = 45  
     58   parallel_log = .FALSE. 
    6259/ 
    6360 
     
    154151   InitVar(45)%cbc  = .true., 
    155152   InitVar(45)%obc  = .false., 
    156    O3c0 = 0.0, 
     153   O3c0 = 27060.0, ![mgC /m3] 2200 umol/Kg 
    157154   InitVar(56)%init = 2, 
     155   InitVar(56)%anv1 = 25800., 
     156   InitVar(56)%anz1 = 0., 
     157   InitVar(56)%anv2 = 27900., 
     158   InitVar(56)%anz2 = 1500., 
    158159   InitVar(56)%sbc  = .false., 
    159160   InitVar(56)%cbc  = .true., 
    160161   InitVar(56)%obc  = .false., 
    161    O3h0 = 0.0, 
     162   O3h0 = 2660.0,  ![mmol eq/m3]  2600 umol/Kg 
    162163   InitVar(57)%init = 2, 
     164   InitVar(57)%anv1 = 2375., 
     165   InitVar(57)%anz1 = 0., 
     166   InitVar(57)%anv2 = 2420., 
     167   InitVar(57)%anz2 = 2000., 
    163168   InitVar(57)%sbc  = .false., 
    164169   InitVar(57)%cbc  = .false., 
     
    174179!-------------------------------------------------------------------------! 
    175180&bfm_save_nml 
    176    ave_save = 'ETW','O2o','O3c','O3h', 
    177           'DIC','Ac','pCO2','pH', 
    178           'EIR', 
    179           'N1p', 
    180           'N3n', 
    181           'N4n', 
    182           'N5s', 
    183           'N7f', 
    184           'P1c', 
    185           'P1f', 
    186           'P2c', 
    187           'P3c', 
    188           'Z3c', 
    189           'Z4c', 
    190           'Z5c', 
    191           'Z6c', 
    192           'R1c', 
    193           'R2c', 
    194           'R6c', 
    195           'R6f', 
    196           'P1l', 
    197           'P2l', 
    198           'P3l', 
    199           'xEPS', 
    200           'Chla', 
    201           'eiPI(iiP1)', 
    202           'eiPI(iiP2)', 
    203           'eiPI(iiP3)', 
    204           'qlPc(iiP1)', 
    205           'qlPc(iiP2)', 
    206           'qlPc(iiP3)', 
    207           'qnPc(iiP1)', 
    208           'qnPc(iiP2)', 
    209           'qnPc(iiP3)', 
    210           'qpPc(iiP1)', 
    211           'qpPc(iiP2)', 
    212           'qpPc(iiP3)', 
     181   ave_save = 'O2o','O3c','O3h','DIC','pCO2','pH', 
     182          'N1p','N3n','N4n','N5s','N7f', 
     183          'P1c','P1n','P1l','P1f','P2c','P2n','P2l','P3c','P3n','P3l', 
     184          'Z3c','Z4c','Z5c','Z6c','B1c', 
     185          'R1c','R2c','R6c','R6f', 
     186          'xEPS','Chla', 
     187          'eiPI(iiP1)','eiPI(iiP2)','eiPI(iiP3)', 
     188          'qlPc(iiP1)','qlPc(iiP2)','qlPc(iiP3)', 
     189          'qnPc(iiP1)','qnPc(iiP2)','qnPc(iiP3)', 
     190          'qpPc(iiP1)','qpPc(iiP2)','qpPc(iiP3)', 
    213191          'sunPI(iiP1)','sunPI(iiP2)','sunPI(iiP3)', 
    214           'EICE','jsurO2o','jsurO3c','EWIND', 
    215           'ruPTc','ruPTn','ruPTp','exPP','resZT','resBc','netZTc', 
    216           'rrPTo','rePTn','rePTp','ruBc','ruBn','ruBp' 
     192          'jbotR6c','jsurO2o', 
     193          'EICE','ETW','EIR','EWIND', 
    217194/ 
    218195 
  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS/EXP00/namelist

    r3399 r3513  
    102102   cn_dir        = './'     !  root directory for the location of the runoff files 
    103103   ln_tsd_init   = .true.   !  Initialisation of ocean T & S with T &S input data (T) or not (F) 
    104    ln_tsd_tradmp = .true.   !  damping of ocean T & S toward T &S input data (T) or not (F) 
     104   ln_tsd_tradmp = .false.  !  damping of ocean T & S toward T &S input data (T) or not (F) 
    105105/ 
    106106!!====================================================================== 
     
    139139   ln_rnf      = .true.    !  runoffs                                   (T => fill namsbc_rnf) 
    140140   ln_ssr      = .true.    !  Sea Surface Restoring on T and/or S       (T => fill namsbc_ssr) 
    141    nn_fwb      = 3         !  FreshWater Budget: =0 unchecked  
     141   nn_fwb      = 1         !  FreshWater Budget: =0 unchecked  
    142142                           !     =1 global mean of e-p-r set to zero at each time step  
    143143                           !     =2 annual global mean of e-p-r set to zero 
     
    299299   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the runoff files 
    300300   nn_sstr     =     0     !  add a retroaction term in the surface heat       flux (=1) or not (=0) 
    301    nn_sssr     =     2     !  add a damping     term in the surface freshwater flux (=2)  
     301   nn_sssr     =     0     !  add a damping     term in the surface freshwater flux (=2)  
    302302                           !  or to SSS only (=1) or no damping term (=0) 
    303303   rn_dqdt     =   -40.    !  magnitude of the retroaction on temperature   [W/m2/K] 
     
    548548&namtra_dmp    !   tracer: T & S newtonian damping                   
    549549!----------------------------------------------------------------------- 
    550    ln_tradmp   =  .true.   !  add a damping termn (T) or not (F) 
    551    nn_hdmp     =   -1      !  horizontal shape =-1, damping in Med and Red Seas only 
     550   ln_tradmp   =  .false.  !  add a damping termn (T) or not (F) 
     551   nn_hdmp     =   -2      !  horizontal shape =-1, damping in Med and Red Seas only 
    552552                           !                   =XX, damping poleward of XX degrees (XX>0) 
    553553                           !                      + F(distance-to-coast) + Red and Med Seas 
  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS/EXP00/runscript

    r3399 r3513  
    77#BSUB -P nemo 
    88#BSUB -q poe_short    # queue 
    9 #BSUB -n 64             # Number of CPUs 
     9#BSUB -n 128          # Number of CPUs 
    1010#BSUB -x  
    11 #BSUB -R "span[ptile=32]" 
     11#BSUB -R "span[ptile=64]" 
    1212 
    1313export MP_WAIT_MODE=poll 
     
    1919export MP_TASK_AFFINITY=core 
    2020 
    21 workdir="/data/ans017/EXPERIMENTS/PELAGOS" 
    22 datadir="/users/home/ans017/WORKS/GIT//ORCA2-DATA" 
     21EXP="EXP00" 
     22 
     23workdir="/data/ans017/EXPERIMENTS/PELAGOS/${EXP}" 
     24datadir="/users/home/ans017/WORKS/GIT/ORCA2-DATA" 
    2325execdir=`pwd` 
     26 
     27if [ ! -d ${workdir} ] ; then 
     28  mkdir -p ${workdir} 
     29fi 
    2430 
    2531cd $workdir 
  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS_OFF/EXP00/CO2.nml

    r3512 r3513  
    3434 
    3535&CO2_parameters 
    36  
    37 ! Initial Partial pressure in the air [1960: 315; 1990: 353] 
    38    AtmCO20 = 370.0E0, 
     36! Initial CO2 concentration in the air [ppm] 
     37   AtmCO20 = 370.0E0 
    3938! Compute the partial pressure of Atmospheric CO2 
    4039   calcAtmpCO2 = .FALSE. 
    41    pCO2Method = 1  ! 1=MixRatio*slp, 2=Magnus formula 
     40   pCO2Method = 1  ! 1=MixRatio*slp, 2=Magnus formula  
    4241!-----------------------------------------------------------------------------------! 
    43 ! Read external data for atmospheric CO2 values 
     42! Read external data for atmospheric CO2 values   
    4443          ! Read  !   File   ! NetCDF  !  Var    !  RefTime   ! Input      !   Time   ! 
    4544          ! Input !   name   ! Logical !  name   !  yyyymmdd  ! Frequency  !  interp  ! 
    46 ATMCO2_N =    0  , 'CMIP5_GHG_1765_2005.nc' , .TRUE.  , 'CO2'   , '1764-07-01 00:00' ,  'yearly'  ,  .TRUE. 
    47 ! Read external data for atmospheric SLP 
    48 AtmSLP_N  =    0  , 'AtmSLP.nc' , .TRUE.  ,'AtmSLP' , '1764-07-01 00:00'  , 'dummy' ,  .TRUE. 
    49 AtmTDP_N  =    0  , 'AtmTDP.nc' , .TRUE.  ,'AtmTDP' , '1764-07-01 00:00'  , 'dummy' ,  .TRUE. 
     45!AtmCO2_N =    2  , 'CMIP5_Historical_GHG_1765_2005.nc' , .TRUE.  , 'CO2'   , '1764-07-01 00:00' ,  'yearly'  ,  .TRUE.   
     46!AtmCO2_N =    2  , 'CMIP5_Historical_GHG_1765_2005.dat' , .FALSE.  , 'CO2'   , '1764-07-01 00:00' ,  'yearly'  ,  .TRUE.   
     47! Read external data for atmospheric SLP  
     48AtmSLP_N  =    0  , 'AtmSLP.nc' , .TRUE.  ,'AtmSLP' , '1764-07-01 00:00'  , 'dummy' ,  .TRUE.   
     49AtmTDP_N  =    0  , 'AtmTDP.nc' , .TRUE.  ,'AtmTDP' , '1764-07-01 00:00'  , 'dummy' ,  .TRUE.   
    5050!-----------------------------------------------------------------------------------! 
    5151 
    5252! Initial pH value 
    53    phstart = 8.0D0 
    54   
     53   phstart = 8.10E0 
     54 
    5555! Choice of the acidity constants parameterization 
    5656! K1K2==1 Roy et al. (1993); DOE (1994); pH on total scale 
     
    6262! K1K2==4 Hansson (1973b) data as refitted by Dickson and  
    6363!         Millero (1987); pH on Sea Water Scale 
    64       K1K2 = 2 
    65  
     64   K1K2 = 2 
    6665 
    6766! Choice of [H+] numerical computation 
     
    6968! MethodCalcCO2=2 Default. Standard OCMIP iteration 
    7069! MethodCalcCO2=3 Follows et al., Ocean Modelling 2006 
    71       MethodCalcCO2 = 2 
     70! 
     71! Parameters for MethodCalcCO2=2 
     72! M2XACC    :  accuracy of the iterative scheme for OCMIP (default 1.E-10) 
     73! M2PHDELT  :  delta of pH for the root search (realized pH+/-DELT) 
     74!              in the OCMIP scheme (default 0.5) 
     75! M2MAXIT   :  maximum number of iterations for OCMIP (default 100 ) 
     76! 
     77   MethodCalcCO2 = 2 
     78          M2XACC = 1.0E-10 
     79        M2PHDELT = 0.3 
     80         M2MAXIT = 100 
    7281! 
    7382! Calcium ion concentration 
  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS_OFF/EXP00/Param.nml

    r3512 r3513  
    4242            CalcBenthicFlag = 0 
    4343                    p_poro0 = 0.7  
    44        CalcPhytoPlankton(1) = .TRUE. 
    45        CalcPhytoPlankton(2) = .TRUE. 
    46        CalcPhytoPlankton(3) = .TRUE. 
    47        CalcPhytoPlankton(4) = .TRUE. 
    48                CalcBacteria = .TRUE. 
    49      CalcMesoZooPlankton(1) = .TRUE. 
    50      CalcMesoZooPlankton(2) = .TRUE. 
    51     CalcMicroZooPlankton(1) = .TRUE. 
    52     CalcMicroZooPlankton(2) = .TRUE. 
     44       CalcPhytoPlankton(1) = .FALSE. 
     45       CalcPhytoPlankton(2) = .FALSE. 
     46       CalcPhytoPlankton(3) = .FALSE. 
     47       CalcPhytoPlankton(4) = .FALSE. 
     48               CalcBacteria = .FALSE. 
     49     CalcMesoZooPlankton(1) = .FALSE. 
     50     CalcMesoZooPlankton(2) = .FALSE. 
     51    CalcMicroZooPlankton(1) = .FALSE. 
     52    CalcMicroZooPlankton(2) = .FALSE. 
    5353           CalcPelChemistry = .TRUE. 
    5454AssignPelBenFluxesInBFMFlag = .TRUE. 
    5555AssignAirPelFluxesInBFMFlag = .TRUE. 
    56                       p_PAR = 0.40 
     56                      p_PAR = 0.50 
    5757                       slp0 = 1013.25E0 
    5858               ChlLightFlag = 2 
    59            LightForcingFlag = 1 
     59           ChlSynthesisFlag = 1 
     60        ProductionLightFlag = 1 
    6061          LightLocationFlag = 3 
    61                      p_eps0 = 0.10 
     62                     p_eps0 = 0.0435 
    6263                   p_epsESS = 0.04d-3 
    6364                 p_InitSink = 100.0 
     
    100101!  p_PAR:    Photosynthetically available radiation 
    101102!  ChlLightFlag:      Switch between light prop.(=1) or Chla.(=2) as a state 
    102 !  LightForcingFlag:     Switch between instantaneous light and day light average 
     103!  ChlSynthesisFlag:     Switch between types of chl synthesis 
     104!                        1. PELAGOS; 2. OPATM-BFM; 3. UNIBO 
     105!  ProductionLightFlag:  Switch between instantaneous light production (=1)  
     106!                        and daylength averaged production (=2) 
    103107!  LightLocationFlag:    Switch between different depth-parameterizations 
    104108!  p_qchlc(PhytoPlankton):  Fixed/Maximum quotum Chla:C dependent on  
  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS_OFF/EXP00/Phyto.nml

    r3512 r3513  
    3636!  p_sdmo:      Max.specific nutrient-stress lysis rate 
    3737!  p_thdo:      Half value for nutrient stress lysis 
    38 !  p_seo:    Extra lysis rate for P4 
     38!  p_seo:    Extra lysis rate for high density cells 
     39!  p_sheo:      Half value for density stress lysis 
    3940!  p_pu_ea:     Fraction of pp excreted as PLOC/PDET 
    4041!  p_pu_ra:     Activity respiration rate 
     
    4748!  p_qslc:      Minimum quotum Si in PI 
    4849!  p_qsRc:      Reference quotum Si in PI 
    49 !  p_xqs:    factor for max quotum S 
    5050!  p_qus:    affinity of PI for Si 
    5151!  p_alpha_chl:    Initial slope P-I curve 
     
    6868!         ------------- silicate limitation control: ----------- 
    6969!             p_qus > 0.0  : silica limitation is controlled by internal quoata 
    70 !             p_chPs > 0.0 : silica limitation is controlled by external concentration of N5s 
    71 !             p_qus==0 and p_chPs==0  : there is no silica component defined in cell 
    72 !             p_qus has prefwerence above p_chPs! 
     70!             if p_qus\=0  : simple MM limitation on external concentration 
     71!                            p_chPs must have a number or an error is generated! 
    7372!                ------------- Iron parameters ----------- 
    7473!                conc.=[umol/m3] ratio=[umol Fe/mg C] 
     
    8382        p_sum = 2.0, 2.5,  3.0,  0.5 
    8483        p_srs = 0.01,   0.05, 0.1,  0.1 
    85        p_sdmo = 0.5, 0.5,  0.5,  0.0 
     84       p_sdmo = 0.05,   0.05, 0.05, 0.0 
    8685        p_seo = 0.0, 0.0,  0.0,  0.0 
     86       p_sheo = 0.0, 0.0,  0.0,  100.0 
    8787      p_pu_ea = 0.05,   0.2,  0.2,  0.15 
    8888      p_pu_ra = 0.1, 0.2,  0.25, 0.1 
    89        p_qnlc = 4.193d-3,4.193d-3,4.193d-3,0.00687 
    90        p_qnRc = 1.258d-2,1.258d-2,1.258d-2,1.258d-2 
     89 p_switchR1R2 = 1.0, 1.0,  1.0,    1.0 
     90       p_qnlc = 4.193e-3,4.193e-3,4.193e-3,0.00687 
     91       p_qnRc = 1.26e-2,1.26e-2,1.26e-2,1.26e-2 
    9192        p_xqn = 2.0, 2.0,  2.0,  2.0 
    92        p_qplc = 0.1796d-3, 0.1796d-3, 0.1796d-3, 0.4288d-3 
    93        p_qpRc = 0.7862e-3, 0.7862e-3, 0.7862e-3, 0.7862e-3  
     93       p_qplc = 1.80e-4,1.80e-4,1.80e-4,4.29e-4 
     94       p_qpRc = 7.86e-4,7.86e-4,7.86e-4,7.86e-4 
    9495        p_xqp = 2.0, 2.0,  2.0,  2.0 
    95        p_qslc = 4.3d-3, 0.0,  0.0,  0.0 
    96        p_qsRc = 1.0d-2, 0.0,  0.0,  0.0 
     96       p_qslc = 8.5e-3, 0.0,  0.0,  0.0 
     97       p_qsRc = 0.01,   0.0,  0.0,  0.0 
    9798        p_qun = 0.025,  0.025,   0.025,   0.025 
    98         p_qup = 2.5d-3, 2.5d-3,  2.5d-3,  2.5d-3 
     99        p_qup = 0.025,  0.025,   0.025,   0.025 
    99100        p_qus = 0.0, 0.0,  0.0,  0.0 
    100         p_xqs = 1.0, 0.0,  0.0,  0.0 
    101101       p_esNI = 0.1, 0.00, 0.00, 0.00 
    102102       p_thdo = 0.1, 0.1,  0.1,  0.1 
     
    104104       p_lN4  = 1.0, 1.0,  0.0,  1.0 
    105105       p_chPs = 1.0, 0.0,  0.0,  0.0 
     106    p_Contois = 0.0,    0.0,    0.0,    0.0 
    106107  p_alpha_chl = 1.38e-5, 0.46e-5, 1.52e-5, 0.68e-5 
    107108      p_sdchl = 0.2, 0.2,  0.2,  0.2 
     109    p_EpEk_or = 0.0,    0.0,    0.0,    0.0 
     110 p_tochl_relt = 0.0,    0.0,    0.0,    0.0 
    108111/ 
    109112 
    110113&Phyto_parameters_iron 
    111        p_qflc = 0.1e-3, 0.1e-3, 0.83e-10,0.25e-3                                                                                                        
     114       p_qflc = 0.1e-3, 0.1e-3, 0.83e-10,0.25e-3 
    112115       p_qfRc = 0.3e-3, 0.3e-3, 0.18e-4, 0.5e-3 
    113116        p_xqf = 1.0,    1.0,    1.0,     1.0 
  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS_OFF/EXP00/bfm.nml

    r3512 r3513  
    44!BOP 
    55! 
    6 ! ROUTINE: Namelist for standalone 
     6! ROUTINE: Namelist for BFM in configuration PELAGOS_OFF 
    77! 
    88! DESCRIPTION 
    9 !  Parameter values for module standalone filled by init_standalone 
     9!  Parameter values for simulation control 
    1010! 
    1111! AUTHORS 
    12 !   Marcello Vichi and Piet Ruardij 
     12!   Marcello Vichi  
    1313! 
    1414! COPYING 
    1515!    
    16 !   Copyright (C) 2008 M. Vichi and P. Ruardij 
    17 !   (rua@nioz.nl; vichi@bo.ingv.it) 
     16!   Copyright (C) 2012 The BFM System Team 
     17!   (marcello.vichi@cmcc.it) 
    1818! 
    1919!   This program is free software; you can redistribute it and/or modify 
     
    5555  bfm_rstctl = .FALSE.                                                                                                               
    5656   bio_setup = 1                                                                                                                     
    57    out_fname = 'BFM_NEMO'                                                                                                            
     57   out_fname = 'PEL_OFF'                                                                                                            
    5858     out_dir = '.'                                                                                                                   
    59    out_title = 'PELAGOS'                                                                                                             
    60    out_delta = 45 
     59   out_title = 'PELAGOS_OFFLINE'                                                                                                             
     60   out_delta = 100  
    6161parallel_log = .FALSE. 
    6262/ 
     
    115115   InitVar(1)%cbc  = .false., 
    116116   InitVar(1)%obc  = .false., 
    117    N1p0 = 1.0, 
     117   N1p0 = 0.5, 
    118118   InitVar(2)%init = 2, 
    119119   InitVar(2)%sbc  = .false., 
  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS_OFF/EXP00/namelist

    r3512 r3513  
    2424&namrun        !   parameters of the run 
    2525!----------------------------------------------------------------------- 
    26    nn_no       =       0   !  job number 
    27    cn_exp      =  "ORCA2"  !  experience name  
     26   nn_no       =       0   !  job number (no more used...) 
     27   cn_exp      =  "PELAGOS_OFF"  !  experience name  
    2828   nn_it000    =       1   !  first time step 
    29    nn_itend    =    450   !  last  time step (std 5475) 
    30    nn_date0    =  010101   !  initial calendar date yymmdd (used if nn_rstctl=1) 
     29   nn_itend    =    3650   !  last  time step (std 5475) 
     30   nn_date0    =  010101   !  date at nit_0000 (format yyyymmdd) used if ln_rstart=F or (ln_rstart=T and nn_rstctl=0 or 1) 
    3131   nn_leapy    =       0   !  Leap year calendar (1) or not (0) 
    3232   ln_rstart   = .false.   !  start from rest (F) or from a restart file (T) 
    33    nn_rstctl   =       0       !  restart control = 0 nn_it000 is not compared to the restart file value 
    34                                !                  = 1 use nn_date0 in namelist (not the value in the restart file) 
    35                                !                  = 2 calendar parameters read in the restart file 
     33   nn_rstctl   =       0   !  restart control => activated only if ln_rstart = T 
     34                           !    = 0 nn_date0 read in namelist ; nn_it000 : read in namelist 
     35                           !    = 1 nn_date0 read in namelist ; nn_it000 : check consistancy between namelist and restart 
     36                           !    = 2 nn_date0 read in restart  ; nn_it000 : check consistancy between namelist and restart 
    3637   cn_ocerst_in  = "restart"   !  suffix of ocean restart name (input) 
    3738   cn_ocerst_out = "restart"   !  suffix of ocean restart name (output) 
    3839   nn_istate   =       0   !  output the initial state (1) or not (0) 
    39    nn_stock    =     450   !  frequency of creation of a restart file (modulo referenced to 1) 
    40    nn_write    =     45   !  frequency of write in the output file   (modulo referenced to nn_it000) 
     40   nn_stock    =    3650   !  frequency of creation of a restart file (modulo referenced to 1) 
     41   nn_write    =    3650   !  frequency of write in the output file   (modulo referenced to nn_it000) 
    4142   ln_dimgnnn  = .false.   !  DIMG file format: 1 file for all processors (F) or by processor (T) 
    4243   ln_mskland  = .false.   !  mask land points in NetCDF outputs (costly: + ~15%) 
     
    7879   nn_bathy    =    1      !  compute (=0) or read (=1) the bathymetry file 
    7980   nn_closea    =   0      !  remove (=0) or keep (=1) closed seas and lakes (ORCA) 
    80    nn_msh      =    0      !  create (=1) a mesh file or not (=0) 
     81   nn_msh      =    1      !  create (=1) a mesh file or not (=0) 
    8182   rn_hmin     =   -3.     !  min depth of the ocean (>0) or min number of ocean level (<0) 
    8283   rn_e3zps_min=   20.     !  partial step thickness is set larger than the minimum of 
    8384   rn_e3zps_rat=    0.1    !  rn_e3zps_min and rn_e3zps_rat*e3t, with 0<rn_e3zps_rat<1 
    8485                           ! 
    85    rn_rdt      = 5760.     !  time step for the dynamics (and tracer if nn_acc=0) 
     86   rn_rdt      = 8640.    !  time step for the dynamics (and tracer if nn_acc=0) 
    8687   nn_baro     =   64      !  number of barotropic time step            ("key_dynspg_ts") 
    8788   rn_atfp     =    0.1    !  asselin time filter parameter 
    8889   nn_acc      =    0      !  acceleration of convergence : =1      used, rdt < rdttra(k) 
    8990                                 !                          =0, not used, rdt = rdttra 
    90    rn_rdtmin   = 28800.          !  minimum time step on tracers (used if nn_acc=1) 
    91    rn_rdtmax   = 28800.          !  maximum time step on tracers (used if nn_acc=1) 
     91   rn_rdtmin   = 5760.          !  minimum time step on tracers (used if nn_acc=1) 
     92   rn_rdtmax   = 5760.          !  maximum time step on tracers (used if nn_acc=1) 
    9293   rn_rdth     =  800.           !  depth variation of tracer time step  (used if nn_acc=1) 
    9394/ 
     
    124125&namsbc        !   Surface Boundary Condition (surface module) 
    125126!----------------------------------------------------------------------- 
    126    nn_fsbc     = 5         !  frequency of surface boundary condition computation  
     127   nn_fsbc     = 1         !  frequency of surface boundary condition computation  
    127128                           !     (also = the frequency of sea-ice model call) 
    128129   ln_ana      = .false.   !  analytical formulation                    (T => fill namsbc_ana )  
     
    143144                           !     =2 annual global mean of e-p-r set to zero 
    144145                           !     =3 global emp set to zero and spread out over erp area 
    145    ln_cdgw = .false.       !  Neutral drag coefficient read from wave model (T => fill namsbc_wave) 
     146   ln_cdgw = .false.       !  Neutral drag coefficient read from wave model (T => fill namsbc_wave ) 
    146147/ 
    147148!----------------------------------------------------------------------- 
     
    249250 
    250251   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the runoff files 
    251    ln_traqsr   = .true.    !  Light penetration (T) or not (F) 
     252   ln_traqsr   = .false.   !  Light penetration (T) or not (F) 
    252253   ln_qsr_rgb  = .true.    !  RGB (Red-Green-Blue) light penetration 
    253254   ln_qsr_2bd  = .false.   !  2 bands              light penetration 
     
    520521!----------------------------------------------------------------------- 
    521522   ln_traadv_cen2   =  .false.  !  2nd order centered scheme    
    522    ln_traadv_tvd    =  .false.  !  TVD scheme                 
    523    ln_traadv_muscl  =  .true.   !  MUSCL scheme              
     523   ln_traadv_tvd    =  .true.   !  TVD scheme                 
     524   ln_traadv_muscl  =  .false.  !  MUSCL scheme              
    524525   ln_traadv_muscl2 =  .false.  !  MUSCL2 scheme + cen2 at boundaries   
    525526   ln_traadv_ubs    =  .false.  !  UBS scheme                  
    526527   ln_traadv_qck    =  .false.  !  QUICKEST scheme                  
    527528/ 
    528 !----------------------------------------------------------------------- 
    529 &namtra_ldf    !   lateral diffusion scheme for tracer  
    530 !----------------------------------------------------------------------- 
    531    !                       !  Type of the operator :  
    532    ln_traldf_lap    =  .true.   !  laplacian operator        
    533    ln_traldf_bilap  =  .false.  !  bilaplacian operator      
    534    !                       !  Direction of action  : 
    535    ln_traldf_level  =  .false.  !  iso-level                 
    536    ln_traldf_hor    =  .false.  !  horizontal (geopotential)            (require "key_ldfslp" when ln_sco=T) 
    537    ln_traldf_iso    =  .true.   !  iso-neutral                          (require "key_ldfslp") 
    538    ln_traldf_grif   =  .false.  !  griffies skew flux formulation       (require "key_ldfslp") 
    539    ln_traldf_gdia   =  .false.  !  griffies operator strfn diagnostics  (require "key_ldfslp") 
    540    ln_triad_iso     =  .false.  !  griffies operator calculates triads twice => pure lateral mixing in ML (require "key_ldfslp") 
    541    ln_botmix_grif   =  .false.  !  griffies operator with lateral mixing on bottom (require "key_ldfslp") 
    542                          !  Coefficient 
     529!---------------------------------------------------------------------------------- 
     530&namtra_ldf    !   lateral diffusion scheme for tracers 
     531!---------------------------------------------------------------------------------- 
     532   !                       !  Operator type: 
     533   ln_traldf_lap    =  .true.   !  laplacian operator 
     534   ln_traldf_bilap  =  .false.  !  bilaplacian operator 
     535   !                       !  Direction of action: 
     536   ln_traldf_level  =  .false.  !  iso-level 
     537   ln_traldf_hor    =  .false.  !  horizontal (geopotential)   (needs "key_ldfslp" when ln_sco=T) 
     538   ln_traldf_iso    =  .true.   !  iso-neutral                 (needs "key_ldfslp") 
     539   !                 !  Griffies parameters              (all need "key_ldfslp") 
     540   ln_traldf_grif   =  .false.  !  use griffies triads 
     541   ln_traldf_gdia   =  .false.  !  output griffies eddy velocities 
     542   ln_triad_iso     =  .false.  !  pure lateral mixing in ML 
     543   ln_botmix_grif   =  .false.  !  lateral mixing on bottom 
     544   !                       !  Coefficients 
     545   ! Eddy-induced (GM) advection always used with Griffies; otherwise needs "key_traldf_eiv" 
     546   ! Value rn_aeiv_0 is ignored unless = 0 with Held-Larichev spatially varying aeiv 
     547   !                                  (key_traldf_c2d & key_traldf_eiv & key_orca_r2, _r1 or _r05) 
     548   rn_aeiv_0        =  2000.    !  eddy induced velocity coefficient [m2/s] 
    543549   rn_aht_0         =  2000.    !  horizontal eddy diffusivity for tracers [m2/s] 
    544550   rn_ahtb_0        =     0.    !  background eddy diffusivity for ldf_iso [m2/s] 
    545    rn_aeiv_0        =  2000.    !  eddy induced velocity coefficient [m2/s]    (require "key_traldf_eiv") 
     551   !                                           (normally=0; not used with Griffies) 
    546552/ 
    547553!----------------------------------------------------------------------- 
     
    619625   rn_ahm_0_blp     =     0.    !  horizontal bilaplacian eddy viscosity [m4/s]  
    620626/ 
    621  
     627!----------------------------------------------------------------------- 
     628&namdta_dyn        !   offline dynamics read in files                ("key_offline") 
     629!----------------------------------------------------------------------- 
     630!            !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! 
     631!            !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
     632   sn_tem  = 'ORCA2_1d_grid_T' ,    24            , 'votemper' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     633   sn_sal  = 'ORCA2_1d_grid_T' ,    24            , 'vosaline' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     634   sn_mld  = 'ORCA2_1d_grid_T' ,    24            , 'somixhgt' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     635   sn_emp  = 'ORCA2_1d_grid_T' ,    24            , 'sowaflcd' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     636   sn_ice  = 'ORCA2_1d_grid_T' ,    24            , 'soicecov' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     637   sn_qsr  = 'ORCA2_1d_grid_T' ,    24            , 'soshfldo' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     638   sn_wnd  = 'ORCA2_1d_grid_T' ,    24            , 'sowindsp' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     639   sn_uwd  = 'ORCA2_1d_grid_U' ,    24            , 'vozocrtx' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     640   sn_vwd  = 'ORCA2_1d_grid_V' ,    24            , 'vomecrty' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     641   sn_wwd  = 'ORCA2_1d_grid_W' ,    24            , 'vovecrtz' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     642   sn_avt  = 'ORCA2_1d_grid_W' ,    24            , 'votkeavt' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     643   sn_ubl  = 'ORCA2_1d_grid_U' ,    24            , 'sobblcox' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     644   sn_vbl  = 'ORCA2_1d_grid_V' ,    24            , 'sobblcoy' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     645   sn_eiu  = 'ORCA2_1d_grid_U' ,    24            , 'vozoeivu' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     646   sn_eiv  = 'ORCA2_1d_grid_V' ,    24            , 'vomeeivv' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     647   sn_eiw  = 'ORCA2_1d_grid_W' ,    24            , 'voveeivw' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     648! 
     649   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files 
     650   ln_degrad   =  .false.  !  flag for degradation -                requires ("key_degrad") 
     651   ln_dynwzv   =  .true.   !  computation of vertical velocity instead of using the one read in file 
     652   ln_dynbbl   =  .true.   !  bbl coef are in files, so read them - requires ("key_trabbl") 
     653/ 
    622654!!====================================================================== 
    623655!!             Tracers & Dynamics vertical physics namelists 
     
    9751007   ! Specify whether to ramp down the Neptune velocity in shallow 
    9761008   ! water, and if so the depth range controlling such ramping down 
    977    ln_neptramp       = .true.   ! ramp down Neptune velocity in shallow water 
     1009   ln_neptramp       = .false.   ! ramp down Neptune velocity in shallow water 
    9781010   rn_htrmin         =  100.0   ! min. depth of transition range 
    9791011   rn_htrmax         =  200.0   ! max. depth of transition range 
  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS_OFF/EXP00/runscript

    r3512 r3513  
    22 
    33#BSUB -a poe 
    4 #BSUB -J PELAGOS          # Name of the job. 
     4#BSUB -J PEL_OFF          # Name of the job. 
    55#BSUB -o PELAGOS_%J.out  # Appends std output to file %J.out. 
    66#BSUB -e PELAGOS_%J.err  # Appends std error to file %J.out. 
    77#BSUB -P nemo 
    88#BSUB -q poe_short    # queue 
    9 #BSUB -n 64             # Number of CPUs 
     9#BSUB -n 128          # Number of CPUs 
    1010#BSUB -x  
    11 #BSUB -R "span[ptile=32]" 
     11#BSUB -R "span[ptile=64]" 
    1212 
    1313export MP_WAIT_MODE=poll 
     
    1919export MP_TASK_AFFINITY=core 
    2020 
    21 workdir="/data/ans017/EXPERIMENTS/PELAGOS" 
    22 datadir="/users/home/ans017/WORKS/GIT//ORCA2-DATA" 
     21EXP="EXP00_OFF" 
     22 
     23workdir="/data/ans017/EXPERIMENTS/PELAGOS/${EXP}" 
     24datadir="/users/home/ans017/WORKS/GIT/ORCA2-DATA" 
    2325execdir=`pwd` 
    2426 
    25 cd $workdir 
     27if [ ! -d ${workdir} ] ; then 
     28  mkdir -p ${workdir} 
     29fi 
     30 
     31cd ${workdir} 
    2632rm -rf * 
     33# Copy input files to exp folder 
    2734cp ${execdir}/* ./ 
    2835ln -sf ${datadir}/* ./ 
    2936ln -sf ${datadir}/ORCA2-TOP/* ./ 
     37# Get the offline physical data and the mesh_mask 
     38ln -sf /data/ans017/EXPERIMENTS/ORCA2_LIM/*.nc ./ 
    3039 
    3140time mpirun.lsf opa 
  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/cfg.txt

    r3398 r3513  
    22ORCA2_LIM3 OPA_SRC LIM_SRC_3 
    33AMM12 OPA_SRC 
     4ORCA2_LIM OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    45ORCA2_LIM_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
    56AMM12_PISCES OPA_SRC TOP_SRC 
    6 ORCA2_LIM OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC 
    77ORCA2_OFF_PISCES OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
    88GYRE OPA_SRC 
    9 PELAGOS025 OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
    109GYRE_BFM OPA_SRC TOP_SRC 
     10PELAGOS_OFF OPA_SRC OFF_SRC TOP_SRC 
    1111PELAGOS OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/NEMO/OFF_SRC/domrea.F90

    r3294 r3513  
    113113         CALL iom_get( inum2, jpdom_data, 'vmask', vmask ) 
    114114         CALL iom_get( inum2, jpdom_data, 'fmask', fmask ) 
     115 
     116         CALL lbc_lnk( tmask, 'T', 1._wp )    ! Lateral boundary conditions 
     117         CALL lbc_lnk( umask, 'U', 1._wp )       
     118         CALL lbc_lnk( vmask, 'V', 1._wp ) 
     119         CALL lbc_lnk( fmask, 'F', 1._wp ) 
    115120 
    116121#if defined key_c1d 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.