New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 4175 for branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2013-11-11T12:07:00+01:00 (11 years ago)
Author:
vichi
Message:

ticket #1173 step 3: Add in changes from the trunk between revisions 3948 and 3996

Location:
branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM
Files:
30 edited
1 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/ARCH/arch-X64_CURIE.fcm

    r3922 r4175  
    2929#  - fcm variables are starting with a % (and not a $) 
    3030# 
    31 %NCDF_HOME           /usr/local/netcdf-4.2_hdf5 
    32 %HDF5_HOME           /usr/local/hdf5-1.8.8 
     31%NCDF_HOME           /usr/local/netcdf-4.2_hdf5_parallel 
     32%HDF5_HOME           /usr/local/hdf5-1.8.9_parallel 
    3333%XIOS_HOME           $WORKDIR/now/models/xios 
    3434%OASIS_HOME          $WORKDIR/now/models/oa3mct 

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/CONFIG/AMM12/EXP00/iodef.xml

    r3940 r4175  
    6262      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    6363      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     64      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    6465   </axis_definition>  
    6566     

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/CONFIG/GYRE/EXP00/iodef.xml

    r3940 r4175  
    9292      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    9393      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     94      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    9495   </axis_definition>  
    9596     

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_BFM/EXP00/iodef.xml

    r3940 r4175  
    6262      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    6363      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     64      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    6465   </axis_definition>  
    6566     

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r3940 r4175  
    128128      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    129129      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     130      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    130131   </axis_definition>  
    131132     

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_ar5.xml

    r3940 r4175  
    248248      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    249249      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     250      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    250251   </axis_definition>  
    251252     

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_default.xml

    • Property svn:mime-type deleted
    • Property svn:keywords set to Id
    r3940 r4175  
    129129      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    130130      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     131      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    131132   </axis_definition>  
    132133     

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_demo.xml

    • Property svn:mime-type deleted
    • Property svn:keywords set to Id
    r3940 r4175  
    4444   <!-- mooring: automatic definition of the file name suffix based on id="0n180wT"  --> 
    4545   <!-- include a group of variables. see field_def.xml for mooring variables definition  --> 
    46    <file id="0n180wT" > 
    47      <field_group group_ref="mooring"/>   
     46   <file id="0n180wT"> 
     47     <field_group group_ref="mooring" domain_ref="0n180wT" />   
    4848   </file> 
    4949    
    … …  
    5353     <field_group id="EqT" domain_ref="EqT" > 
    5454       <field field_ref="toce" name="votemper" axis_ref="deptht_myzoom"  /> 
     55       <field field_ref="sss" /> 
    5556     </field_group> 
    5657   </file> 
    … …  
    8586      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    8687      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     88      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    8789   </axis_definition>  
    8890     

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_oldstyle.xml

    • Property svn:mime-type deleted
    • Property svn:keywords set to Id
    r3940 r4175  
    116116      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    117117      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     118      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    118119   </axis_definition>  
    119120     

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_CFC_C14b/EXP00/iodef.xml

    r3771 r4175  
    2121    --> 
    2222     
    23     <file_definition type="multiple_file" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
    2424     
    2525      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    … …  
    6060      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    6161      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     62      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    6263   </axis_definition>  
    6364     

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r3905 r4175  
    2121    --> 
    2222     
    23     <file_definition type="multiple_file" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    2424     
    2525      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    … …  
    3131      <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- 1d files --> 
    3232 
    33    <file id="1d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     33   <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    3434     <field field_ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
    3535     <field field_ref="sss"          name="sosaline"  /> 
    … …  
    3737   </file> 
    3838 
    39    <file id="1d_grid_U" name="auto" description="ocean U grid variables" > 
     39   <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    4040     <field field_ref="suoce"         name="vozocrtx"  /> 
    4141   </file> 
    4242    
    43    <file id="1d_grid_V" name="auto" description="ocean V grid variables" > 
     43   <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    4444     <field field_ref="svoce"         name="vomecrty"  /> 
    4545   </file> 
    … …  
    4949      <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->    
    5050 
    51    <file id="5d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     51   <file id="file4" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    5252     <field field_ref="toce"         name="votemper"  /> 
    5353     <field field_ref="soce"         name="vosaline"  /> 
    … …  
    6969   </file> 
    7070    
    71    <file id="5d_grid_U" name="auto" description="ocean U grid variables" > 
     71   <file id="file5" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    7272     <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
    7373     <field field_ref="uoce_eiv"     name="vozoeivu"  /> 
    … …  
    7575   </file> 
    7676    
    77    <file id="5d_grid_V" name="auto" description="ocean V grid variables" > 
     77   <file id="file6" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    7878     <field field_ref="voce"         name="vomecrty"  /> 
    7979     <field field_ref="voce_eiv"     name="vomeeivv"  /> 
    … …  
    8181   </file> 
    8282    
    83    <file id="5d_grid_W" name="auto" description="ocean W grid variables" > 
     83   <file id="file7" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    8484     <field field_ref="woce"         name="vovecrtz" /> 
    8585     <field field_ref="avt"          name="votkeavt" /> 
    … …  
    8888   </file> 
    8989    
    90    <file id="5d_icemod" name="auto" description="ice variables" > 
     90   <file id="file8" name_suffix="_icemod" description="ice variables" > 
    9191     <field field_ref="ice_pres"                     /> 
    9292     <field field_ref="snowthic_cea" name="isnowthi" /> 
    … …  
    108108      <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real monthly files --> 
    109109 
    110    <file id="1m_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" > 
     110   <file id="file9" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
    111111          <field field_ref="DIC"      /> 
    112112          <field field_ref="Alkalini" /> 
    … …  
    120120   </file> 
    121121    
    122    <file id="1m_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" > 
     122   <file id="file10" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
    123123          <field field_ref="Cflx"     /> 
    124124          <field field_ref="Dpco2"    /> 
    … …  
    133133      <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real yearly files --> 
    134134 
    135    <file id="1y_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" > 
     135   <file id="file11" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
    136136          <field field_ref="DIC"      /> 
    137137          <field field_ref="Alkalini" /> 
    … …  
    160160   </file> 
    161161 
    162    <file id="1y_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" > 
     162   <file id="file12" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
    163163          <field field_ref="PH"       /> 
    164164          <field field_ref="CO3"      /> 
    … …  
    230230      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    231231      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     232      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    232233   </axis_definition>  
    233234     

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r3771 r4175  
    2121    --> 
    2222     
    23     <file_definition type="multiple_file" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
    2424     
    2525      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    … …  
    3535      <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real monthly files --> 
    3636 
    37    <file id="1m_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" > 
     37   <file id="file1" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
    3838          <field field_ref="DIC"      /> 
    3939          <field field_ref="Alkalini" /> 
    … …  
    4747   </file> 
    4848    
    49    <file id="1m_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" > 
     49   <file id="file2" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
    5050          <field field_ref="Cflx"     /> 
    5151          <field field_ref="Dpco2"    /> 
    … …  
    6060      <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real yearly files --> 
    6161 
    62    <file id="1y_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" > 
     62   <file id="file3" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
    6363          <field field_ref="DIC"      /> 
    6464          <field field_ref="Alkalini" /> 
    … …  
    8787   </file> 
    8888 
    89    <file id="1y_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" > 
     89   <file id="file4" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
    9090          <field field_ref="PH"       /> 
    9191          <field field_ref="CO3"      /> 
    … …  
    157157      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    158158      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     159      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    159160   </axis_definition>  
    160161     

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_SAS_LIM/EXP00/iodef.xml

    r3771 r4175  
    2121    --> 
    2222     
    23     <file_definition type="multiple_file" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
    2424     
    2525      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    … …  
    6060      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    6161      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     62      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    6263   </axis_definition>  
    6364     

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/field_def.xml

    r3905 r4175  
    221221      </field_group> 
    222222 
     223      <!-- variables available with iceberg trajectories --> 
     224      <field_group id="icbvar" domain_ref="grid_T"  >  
     225        <field id="berg_melt"          long_name="icb melt rate of icebergs"                     unit="kg/m2/s"   /> 
     226        <field id="berg_buoy_melt"     long_name="icb buoyancy component of iceberg melt rate"   unit="kg/m2/s"   /> 
     227        <field id="berg_eros_melt"     long_name="icb erosion component of iceberg melt rate"    unit="kg/m2/s"   /> 
     228        <field id="berg_conv_melt"     long_name="icb convective component of iceberg melt rate" unit="kg/m2/s"   /> 
     229        <field id="berg_virtual_area"  long_name="icb virtual coverage by icebergs"              unit="m2"        /> 
     230        <field id="bits_src"           long_name="icb mass source of bergy bits"                 unit="kg/m2/s"   /> 
     231        <field id="bits_melt"          long_name="icb melt rate of bergy bits"                   unit="kg/m2/s"   /> 
     232        <field id="bits_mass"          long_name="icb bergy bit density field"                   unit="kg/m2"     /> 
     233        <field id="berg_mass"          long_name="icb iceberg density field"                     unit="kg/m2"     /> 
     234        <field id="calving"            long_name="icb calving mass input"                        unit="kg/s"      /> 
     235        <field id="berg_floating_melt" long_name="icb melt rate of icebergs + bits"              unit="kg/m2/s"   /> 
     236        <field id="berg_real_calving"  long_name="icb calving into iceberg class"                unit="kg/s"     axis_ref="icbcla" /> 
     237        <field id="berg_stored_ice"    long_name="icb accumulated ice mass by class"             unit="kg"       axis_ref="icbcla" /> 
     238      </field_group> 
     239 
    223240      <!-- ptrc on T grid --> 
    224241 
    … …  
    249266       <field id="NH4"      long_name="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    250267 
     268       <!-- PISCES with Kriest parametisation : variables available with key_kriest --> 
     269       <field id="Num"      long_name="Number of organic particles"              unit="nbr" /> 
     270 
     271       <!-- PISCES light : variables available with key_pisces_reduced --> 
    251272       <field id="DET"      long_name="Detritus"                                 unit="mmol-N/m3" /> 
    252273       <field id="DOM"      long_name="Dissolved Organic Matter"                 unit="mmol-N/m3" /> 
    253274 
     275       <!-- CFC11 : variables available with key_cfc --> 
    254276       <field id="CFC11"    long_name="CFC-11 Concentration"                     unit="umol/L" /> 
     277       <!-- Bomb C14 : variables available with key_c14b --> 
    255278       <field id="C14B"     long_name="Bomb C14 Concentration"                   unit="ration" /> 
    256279     </field_group> 
    257280 
    258       <!-- diad on T grid : variables available with key_diatrc --> 
    259  
     281      <!-- PISCES additional diagnostics on T grid  --> 
    260282     <field_group id="diad_T" grid_ref="grid_T_2D"> 
    261283       <field id="PH"          long_name="PH"                                      unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
    … …  
    311333       <field id="Heup"        long_name="Euphotic layer depth"                    unit="m"                            /> 
    312334       <field id="Irondep"     long_name="Iron deposition from dust"               unit="mol/m2/s"                     /> 
    313        <field id="Ironsed"     long_name="Iron deposition from sediment"           unit="mol/m2/s"  grid_ref="grid_T_3D"  /> 
    314  
    315        <field id="FNO3PHY"  long_name="FNO3PHY"                             unit="-"  grid_ref="grid_T_3D" />  
    316        <field id="FNH4PHY"  long_name="FNH4PHY"                             unit="-"  grid_ref="grid_T_3D" />  
    317        <field id="FNH4NO3"  long_name="FNH4NO3"                             unit="-"  grid_ref="grid_T_3D" />  
    318        <field id="TNO3PHY"  long_name="TNO3PHY"                             unit="-"  />  
    319        <field id="TNH4PHY"  long_name="TNH4PHY"                             unit="-"  />  
    320        <field id="TPHYDOM"  long_name="TPHYDOM"                             unit="-"  />  
    321        <field id="TPHYNH4"  long_name="TPHYNH4"                             unit="-"  />  
    322        <field id="TPHYZOO"  long_name="TPHYZOO"                             unit="-"  />  
    323        <field id="TPHYDET"  long_name="TPHYDET"                             unit="-"  />  
    324        <field id="TDETZOO"  long_name="TDETZOO"                             unit="-"  />  
    325        <field id="TZOODET"  long_name="TZOODET"                             unit="-"  />  
    326        <field id="TZOOBOD"  long_name="TZOOBOD"                             unit="-"  />  
    327        <field id="TZOONH4"  long_name="TZOONH4"                             unit="-"  />  
    328        <field id="TZOODOM"  long_name="TZOODOM"                             unit="-"  />  
    329        <field id="TNH4NO3"  long_name="TNH4NO3"                             unit="-"  />  
    330        <field id="TDOMNH4"  long_name="TDOMNH4"                             unit="-"  />  
    331        <field id="TDETNH4"  long_name="TDETNH4"                             unit="-"  />  
    332        <field id="TPHYTOT"  long_name="TPHYTOT"                             unit="-"  />  
    333        <field id="TZOOTOT"  long_name="TZOOTOT"                             unit="-"  />  
    334        <field id="SEDPOC"   long_name="SEDPOC"                              unit="-"  />  
    335        <field id="TDETSED"  long_name="TDETSED"                             unit="-"  />  
    336  
    337        <field id="qtrCFC11"     long_name="Air-sea flux of CFC-11"                   unit="mol/m2/s"   /> 
    338        <field id="qintCFC11"    long_name="Cumulative air-sea flux of CFC-11"        unit="mol/m2"     /> 
    339        <field id="qtrC14b"      long_name="Air-sea flux of Bomb C14"                 unit="mol/m2/s"   /> 
    340        <field id="qintC14b"     long_name="Cumulative air-sea flux of Bomb C14"      unit="mol/m2"     /> 
    341        <field id="fdecay"       long_name="Radiactive decay of Bomb C14"             unit="mol/m3"  grid_ref="grid_T_3D"  /> 
     335       <field id="Ironsed"     long_name="Iron deposition from sediment"           unit="mol/m2/s"  grid_ref="grid_T_3D "/> 
     336 
     337       <!-- PISCES with Kriest parametisation : variables available with key_kriest --> 
     338       <field id="POCFlx"      long_name="Particulate organic C flux"              unit="mol/m2/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
     339       <field id="NumFlx"      long_name="Particle number flux"                    unit="nbr/m2/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
     340       <field id="SiFlx"       long_name="Biogenic Si flux"                        unit="mol/m2/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
     341       <field id="CaCO3Flx"    long_name="CaCO3 flux"                              unit="mol/m2/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
     342       <field id="xnum"        long_name="Number of particles in aggregats"        unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
     343       <field id="W1"          long_name="sinking speed of mass flux"              unit="m2/s"       grid_ref="grid_T_3D" /> 
     344       <field id="W2"          long_name="sinking speed of number flux"            unit="m2/s"       grid_ref="grid_T_3D" /> 
     345 
     346       <!-- PISCES light : variables available with key_pisces_reduced --> 
     347       <field id="FNO3PHY"     long_name="FNO3PHY"                                 unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" />  
     348       <field id="FNH4PHY"     long_name="FNH4PHY"                                 unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" />  
     349       <field id="FNH4NO3"     long_name="FNH4NO3"                                 unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" />  
     350       <field id="TNO3PHY"     long_name="TNO3PHY"                                 unit="-"  />  
     351       <field id="TNH4PHY"     long_name="TNH4PHY"                                 unit="-"  />  
     352       <field id="TPHYDOM"     long_name="TPHYDOM"                                 unit="-"  />  
     353       <field id="TPHYNH4"     long_name="TPHYNH4"                                 unit="-"  />  
     354       <field id="TPHYZOO"     long_name="TPHYZOO"                                 unit="-"  />  
     355       <field id="TPHYDET"     long_name="TPHYDET"                                 unit="-"  />  
     356       <field id="TDETZOO"     long_name="TDETZOO"                                 unit="-"  />  
     357       <field id="TZOODET"     long_name="TZOODET"                                 unit="-"  />  
     358       <field id="TZOOBOD"     long_name="TZOOBOD"                                 unit="-"  />  
     359       <field id="TZOONH4"     long_name="TZOONH4"                                 unit="-"  />  
     360       <field id="TZOODOM"     long_name="TZOODOM"                                 unit="-"  />  
     361       <field id="TNH4NO3"     long_name="TNH4NO3"                                 unit="-"  />  
     362       <field id="TDOMNH4"     long_name="TDOMNH4"                                 unit="-"  />  
     363       <field id="TDETNH4"     long_name="TDETNH4"                                 unit="-"  />  
     364       <field id="TPHYTOT"     long_name="TPHYTOT"                                 unit="-"  />  
     365       <field id="TZOOTOT"     long_name="TZOOTOT"                                 unit="-"  />  
     366       <field id="SEDPOC"      long_name="SEDPOC"                                  unit="-"  />  
     367       <field id="TDETSED"     long_name="TDETSED"                                 unit="-"  />  
     368 
     369       <!-- CFC11 : variables available with key_cfc --> 
     370       <field id="qtrCFC11"    long_name="Air-sea flux of CFC-11"                   unit="mol/m2/s"   /> 
     371       <field id="qintCFC11"   long_name="Cumulative air-sea flux of CFC-11"        unit="mol/m2"     /> 
     372       <!-- Bomb C14 : variables available with key_c14b --> 
     373       <field id="qtrC14b"     long_name="Air-sea flux of Bomb C14"                 unit="mol/m2/s"   /> 
     374       <field id="qintC14b"    long_name="Cumulative air-sea flux of Bomb C14"      unit="mol/m2"     /> 
     375       <field id="fdecay"      long_name="Radiactive decay of Bomb C14"             unit="mol/m3"  grid_ref="grid_T_3D"  /> 
    342376     </field_group> 
    343377 

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/BDY/bdydyn.F90

    r3294 r4175  
    3030   USE lbclnk          ! ocean lateral boundary conditions (or mpp link) 
    3131   USE in_out_manager  ! 
     32   USE domvvl          ! variable volume 
    3233 
    3334   IMPLICIT NONE 
    … …  
    8485      pu2d(:,:) = 0.e0 
    8586      pv2d(:,:) = 0.e0 
    86       DO jk = 1, jpkm1   !! Vertically integrated momentum trends 
    87           pu2d(:,:) = pu2d(:,:) + fse3u(:,:,jk) * umask(:,:,jk) * ua(:,:,jk) 
    88           pv2d(:,:) = pv2d(:,:) + fse3v(:,:,jk) * vmask(:,:,jk) * va(:,:,jk) 
    89       END DO 
    90       pu2d(:,:) = pu2d(:,:) * phur(:,:) 
    91       pv2d(:,:) = pv2d(:,:) * phvr(:,:) 
     87      IF (lk_vvl) THEN 
     88         DO jk = 1, jpkm1   !! Vertically integrated momentum trends 
     89            pu2d(:,:) = pu2d(:,:) + fse3u_a(:,:,jk) * umask(:,:,jk) * ua(:,:,jk) 
     90            pv2d(:,:) = pv2d(:,:) + fse3v_a(:,:,jk) * vmask(:,:,jk) * va(:,:,jk) 
     91         END DO 
     92         pu2d(:,:) = pu2d(:,:) / ( hu_0(:,:) + sshu_a(:,:) + 1._wp - umask(:,:,1) ) 
     93         pv2d(:,:) = pv2d(:,:) / ( hv_0(:,:) + sshv_a(:,:) + 1._wp - vmask(:,:,1) ) 
     94      ELSE 
     95         DO jk = 1, jpkm1   !! Vertically integrated momentum trends 
     96            pu2d(:,:) = pu2d(:,:) + fse3u(:,:,jk) * umask(:,:,jk) * ua(:,:,jk) 
     97            pv2d(:,:) = pv2d(:,:) + fse3v(:,:,jk) * vmask(:,:,jk) * va(:,:,jk) 
     98         END DO 
     99         pu2d(:,:) = pu2d(:,:) * phur(:,:) 
     100         pv2d(:,:) = pv2d(:,:) * phvr(:,:) 
     101      ENDIF 
    92102      DO jk = 1 , jpkm1 
    93          ua(:,:,jk) = ua(:,:,jk) - pu2d(:,:) 
    94          va(:,:,jk) = va(:,:,jk) - pv2d(:,:) 
     103         ua(:,:,jk) = ua(:,:,jk) - pu2d(:,:) * umask(:,:,jk) 
     104         va(:,:,jk) = va(:,:,jk) - pv2d(:,:) * vmask(:,:,jk) 
    95105      END DO 
    96106 

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/C1D/step_c1d.F90

    r3680 r4175  
    5959 
    6060                             indic = 0                ! reset to no error condition 
     61      IF( kstp == nit000 )   CALL iom_init            ! iom_put initialization (must be done after nemo_init for AGRIF+XIOS+OASIS) 
    6162      IF( kstp /= nit000 )   CALL day( kstp )         ! Calendar (day was already called at nit000 in day_init) 
    62                              CALL iom_setkt( kstp )   ! say to iom that we are at time step kstp 
     63                             CALL iom_setkt( kstp - nit000 + 1 )   ! say to iom that we are at time step kstp 
    6364 
    6465      !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    … …  
    106107      !<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< 
    107108                         CALL dia_wri( kstp )       ! ocean model: outputs 
     109      IF( lk_diahth  )   CALL dia_hth( kstp )       ! Thermocline depth (20°C) 
     110 
    108111 
    109112#if defined key_top 

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DIA/diadct.F90

    r3680 r4175  
    4242#endif 
    4343#if defined key_lim3 
    44   USE ice_3 
     44  USE par_ice 
     45  USE ice 
    4546#endif 
    4647  USE domvvl 
    … …  
    484485                 ijglo = secs(jsec)%listPoint(jpt)%J + jpjzoom - 1 + njmpp - 1 
    485486                 WRITE(numout,*)'         # I J : ',iiglo,ijglo 
     487                 CALL FLUSH(numout) 
    486488              ENDDO 
    487489           ENDIF 
    … …  
    606608     
    607609     !! * Local variables 
    608      INTEGER             :: jk, jseg, jclass,                    &!loop on level/segment/classes   
     610     INTEGER             :: jk, jseg, jclass,jl,                 &!loop on level/segment/classes/ice categories 
    609611                            isgnu, isgnv                          !  
    610612     REAL(wp)            :: zumid, zvmid,                        &!U/V velocity on a cell segment  
    … …  
    771773    
    772774              zTnorm=zumid_ice*e2u(k%I,k%J)+zvmid_ice*e1v(k%I,k%J) 
    773     
     775 
     776#if defined key_lim2    
    774777              transports_2d(1,jsec,jseg) = transports_2d(1,jsec,jseg) + (zTnorm)*   &  
    775778                                   (1.0 - frld(sec%listPoint(jseg)%I,sec%listPoint(jseg)%J))  &  
    … …  
    778781              transports_2d(2,jsec,jseg) = transports_2d(2,jsec,jseg) + (zTnorm)*   &  
    779782                                    (1.0 -  frld(sec%listPoint(jseg)%I,sec%listPoint(jseg)%J)) 
     783#endif 
     784#if defined key_lim3 
     785              DO jl=1,jpl 
     786                 transports_2d(1,jsec,jseg) = transports_2d(1,jsec,jseg) + (zTnorm)*     & 
     787                                   a_i(sec%listPoint(jseg)%I,sec%listPoint(jseg)%J,jl) * & 
     788                                  ( ht_i(sec%listPoint(jseg)%I,sec%listPoint(jseg)%J,jl) +  & 
     789                                    ht_s(sec%listPoint(jseg)%I,sec%listPoint(jseg)%J,jl) ) 
     790                                    
     791                 transports_2d(2,jsec,jseg) = transports_2d(2,jsec,jseg) + (zTnorm)*   & 
     792                                   a_i(sec%listPoint(jseg)%I,sec%listPoint(jseg)%J,jl) 
     793              ENDDO 
     794#endif 
    780795    
    781796           ENDIF !end of ice case 

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DOM/domvvl.F90

    r3294 r4175  
    192192      INTEGER  ::   iku, ikv     ! local integers     
    193193      INTEGER  ::   ii0, ii1, ij0, ij1   ! temporary integers 
    194       REAL(wp) ::   zvt          ! local scalars 
     194      REAL(wp) ::   zvt, zvtip1, zvtjp1  ! local scalars 
    195195      !!---------------------------------------------------------------------- 
    196196      ! 
    … …  
    202202         WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~ ' 
    203203         pe3u_b(:,:,jpk) = fse3u_0(:,:,jpk) 
    204          pe3v_b(:,:,jpk) = fse3u_0(:,:,jpk) 
     204         pe3v_b(:,:,jpk) = fse3v_0(:,:,jpk) 
    205205      ENDIF 
    206206       
    … …  
    208208         DO jj = 2, jpjm1 
    209209            DO ji = fs_2, fs_jpim1 
    210                zvt = fse3t_b(ji,jj,jk) * e1e2t(ji,jj) 
    211                pe3u_b(ji,jj,jk) = 0.5_wp * ( zvt + fse3t_b(ji+1,jj,jk) * e1e2t(ji+1,jj) ) / ( e1u(ji,jj) * e2u(ji,jj) ) 
    212                pe3v_b(ji,jj,jk) = 0.5_wp * ( zvt + fse3t_b(ji,jj+1,jk) * e1e2t(ji,jj+1) ) / ( e1v(ji,jj) * e2v(ji,jj) ) 
     210               zvt    = ( fse3t_b(ji  ,jj  ,jk) - fse3t_0(ji  ,jj  ,jk) ) * e1e2t(ji  ,jj  ) 
     211               zvtip1 = ( fse3t_b(ji+1,jj  ,jk) - fse3t_0(ji+1,jj  ,jk) ) * e1e2t(ji+1,jj  ) 
     212               zvtjp1 = ( fse3t_b(ji  ,jj+1,jk) - fse3t_0(ji  ,jj+1,jk) ) * e1e2t(ji  ,jj+1) 
     213               pe3u_b(ji,jj,jk) = fse3u_0(ji,jj,jk) + 0.5_wp * ( zvt + zvtip1 ) / ( e1u(ji,jj) * e2u(ji,jj) ) 
     214               pe3v_b(ji,jj,jk) = fse3v_0(ji,jj,jk) + 0.5_wp * ( zvt + zvtjp1 ) / ( e1v(ji,jj) * e2v(ji,jj) ) 
    213215            END DO 
    214216         END DO 

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DOM/domzgr.F90

    r3926 r4175  
    13731373      where (e3vw  (:,:,:).eq.0.0)  e3vw(:,:,:) = 1.0 
    13741374 
     1375#if defined key_agrif 
     1376      ! Ensure meaningful vertical scale factors in ghost lines/columns 
     1377      IF( .NOT. Agrif_Root() ) THEN 
     1378         !   
     1379         IF((nbondi == -1).OR.(nbondi == 2)) THEN 
     1380            e3u(1,:,:) = e3u(2,:,:) 
     1381         ENDIF 
     1382         ! 
     1383         IF((nbondi ==  1).OR.(nbondi == 2)) THEN 
     1384            e3u(nlci-1,:,:) = e3u(nlci-2,:,:) 
     1385         ENDIF 
     1386         ! 
     1387         IF((nbondj == -1).OR.(nbondj == 2)) THEN 
     1388            e3v(:,1,:) = e3v(:,2,:) 
     1389         ENDIF 
     1390         ! 
     1391         IF((nbondj ==  1).OR.(nbondj == 2)) THEN 
     1392            e3v(:,nlcj-1,:) = e3v(:,nlcj-2,:) 
     1393         ENDIF 
     1394         ! 
     1395      ENDIF 
     1396#endif 
    13751397 
    13761398      fsdept(:,:,:) = gdept (:,:,:) 
    … …  
    14211443         WRITE(numout,"(10x,i4,4f9.2)") ( jk, fsdept(1,1,jk), fsdepw(1,1,jk),     & 
    14221444            &                                 fse3t (1,1,jk), fse3w (1,1,jk), jk=1,jpk ) 
    1423          DO jj = mj0(20), mj1(20) 
    1424             DO ji = mi0(20), mi1(20) 
     1445         iip1 = MIN(20, jpiglo-1)  ! for config with i smaller than 20 points 
     1446         ijp1 = MIN(20, jpjglo-1)  ! for config with j smaller than 20 points 
     1447         DO jj = mj0(ijp1), mj1(ijp1) 
     1448            DO ji = mi0(iip1), mi1(iip1) 
    14251449               WRITE(numout,*) 
    1426                WRITE(numout,*) ' domzgr: vertical coordinates : point (20,20,k)   bathy = ', bathy(ji,jj), hbatt(ji,jj) 
     1450               WRITE(numout,*) ' domzgr: vertical coordinates : point (',iip1,',',ijp1,',k)   bathy = ',  & 
     1451                  &                                              bathy(ji,jj), hbatt(ji,jj) 
    14271452               WRITE(numout,*) ' ~~~~~~  --------------------' 
    14281453               WRITE(numout,"(9x,' level   gdept    gdepw    gde3w     e3t      e3w  ')") 
    … …  
    14311456            END DO 
    14321457         END DO 
    1433          DO jj = mj0(74), mj1(74) 
    1434             DO ji = mi0(100), mi1(100) 
     1458         iip1 = MIN(  74, jpiglo-1) 
     1459         ijp1 = MIN( 100, jpjglo-1) 
     1460         DO jj = mj0(ijp1), mj1(ijp1) 
     1461            DO ji = mi0(iip1), mi1(iip1) 
    14351462               WRITE(numout,*) 
    1436                WRITE(numout,*) ' domzgr: vertical coordinates : point (100,74,k)   bathy = ', bathy(ji,jj), hbatt(ji,jj) 
     1463               WRITE(numout,*) ' domzgr: vertical coordinates : point (',iip1,',',ijp1,',k)   bathy = ',  & 
     1464                  &                                              bathy(ji,jj), hbatt(ji,jj) 
    14371465               WRITE(numout,*) ' ~~~~~~  --------------------' 
    14381466               WRITE(numout,"(9x,' level   gdept    gdepw    gde3w     e3t      e3w  ')") 

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ICB/icb_oce.F90

    r3614 r4175  
    3737   USE par_oce   ! ocean parameters 
    3838   USE lib_mpp   ! MPP library 
    39    USE fldread   ! read input fields (FLD type) 
    4039 
    4140   IMPLICIT NONE 
    … …  
    151150   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:)   :: griddata                           !: work array for icbrst 
    152151 
    153    TYPE(FLD), PUBLIC, ALLOCATABLE     , DIMENSION(:)       ::   sf_icb   !: structure: file information, fields read 
    154  
    155152   !!---------------------------------------------------------------------- 
    156153   !! NEMO/OPA 3.3 , NEMO Consortium (2011) 
    … …  
    168165      ! 
    169166      icb_alloc = 0 
    170       ALLOCATE( berg_grid                      ,                                               & 
    171          &      berg_grid%calving    (jpi,jpj) , berg_grid%calving_hflx (jpi,jpj)          ,   & 
     167      ALLOCATE( berg_grid%calving    (jpi,jpj) , berg_grid%calving_hflx (jpi,jpj)          ,   & 
    172168         &      berg_grid%stored_heat(jpi,jpj) , berg_grid%floating_melt(jpi,jpj)          ,   & 
    173169         &      berg_grid%maxclass   (jpi,jpj) , berg_grid%stored_ice   (jpi,jpj,nclasses) ,   & 

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ICB/icbini.F90

    r3785 r4175  
    3535   PUBLIC   icb_init  ! routine called in nemogcm.F90 module 
    3636 
    37    CHARACTER(len=100) ::   cn_dir = './'   ! Root directory for location of icb files 
    38    TYPE(FLD_N)        ::   sn_icb          ! information about the calving file to be read 
     37   CHARACTER(len=100)                                 ::   cn_dir = './'   !: Root directory for location of icb files 
     38   TYPE(FLD_N)                                        ::   sn_icb          !: information about the calving file to be read 
     39   TYPE(FLD), PUBLIC, ALLOCATABLE     , DIMENSION(:)  ::   sf_icb          !: structure: file information, fields read 
     40                                                                           !: used in icbini and icbstp 
    3941 
    4042   !!---------------------------------------------------------------------- 

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ICB/icbstp.F90

    r3614 r4175  
    2424   USE lib_mpp 
    2525   USE iom 
     26   USE fldread 
    2627   USE timing         ! timing 
    2728 

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM/iom.F90

    r3940 r4175  
    3131   USE sbc_oce, ONLY :   nn_fsbc         ! ocean space and time domain 
    3232   USE trc_oce, ONLY :   nn_dttrc        !  !: frequency of step on passive tracers 
     33   USE icb_oce, ONLY :   class_num       !  !: iceberg classes 
    3334   USE domngb          ! ocean space and time domain 
    3435   USE phycst          ! physical constants 
    … …  
    99100      clname = "nemo" 
    100101      IF( TRIM(Agrif_CFixed()) /= '0' )   clname = TRIM(Agrif_CFixed())//"_"//TRIM(clname) 
     102# if defined key_mpp_mpi 
    101103      CALL xios_context_initialize(TRIM(clname), mpi_comm_opa) 
     104# else 
     105      CALL xios_context_initialize(TRIM(clname), 0) 
     106# endif 
    102107      CALL iom_swap 
    103108 
    … …  
    124129      CALL iom_set_axis_attr( "depthw", gdepw_0 ) 
    125130# if defined key_floats 
    126       CALL iom_set_axis_attr( "nfloat", (ji, ji=1,nfloat) ) 
     131      CALL iom_set_axis_attr( "nfloat", (/ (REAL(ji,wp), ji=1,nfloat) /) ) 
    127132# endif 
     133      CALL iom_set_axis_attr( "icbcla", class_num ) 
    128134       
    129135      ! automatic definitions of some of the xml attributs 

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/LBC/mppini_2.h90

    r3818 r4175  
    122122      irestj = 1 + MOD( jpjglo - nrecj -1 , jpnj ) 
    123123 
     124#if defined key_nemocice_decomp 
     125      ! Change padding to be consistent with CICE 
     126      ilci(1:jpni-1      ,:) = jpi 
     127      ilci(jpni          ,:) = jpiglo - (jpni - 1) * (jpi - nreci) 
     128 
     129      ilcj(:,      1:jpnj-1) = jpj 
     130      ilcj(:,          jpnj) = jpjglo - (jpnj - 1) * (jpj - nrecj) 
     131#else 
    124132      ilci(1:iresti      ,:) = jpi 
    125133      ilci(iresti+1:jpni ,:) = jpi-1 
    … …  
    127135      ilcj(:,      1:irestj) = jpj 
    128136      ilcj(:, irestj+1:jpnj) = jpj-1 
     137#endif 
    129138 
    130139      IF(lwp) WRITE(numout,*) 

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SOL/solmat.F90

    r3609 r4175  
    3030   USE lbclnk          ! lateral boudary conditions 
    3131   USE lib_mpp         ! distributed memory computing 
     32   USE c1d               ! 1D vertical configuration 
    3233   USE in_out_manager  ! I/O manager 
    3334   USE timing          ! timing 
    … …  
    271272       
    272273      ! SOR and PCG solvers 
     274      IF( lk_c1d ) CALL lbc_lnk( gcdmat, 'T', 1._wp ) ! 1D case bmask =/0  but gcdmat not define everywhere  
    273275      DO jj = 1, jpj 
    274276         DO ji = 1, jpi 

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/step.F90

    r3769 r4175  
    271271      ! 
    272272#if defined key_iomput 
    273       IF( kstp == nitend   )   CALL xios_context_finalize() ! needed for XIOS+AGRIF 
     273      IF( kstp == nitend .OR. indic < 0 )   CALL xios_context_finalize() ! needed for XIOS+AGRIF 
    274274#endif 
    275275      ! 

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zfechem.F90

    r3904 r4175  
    129129                  zoxy   = trn(ji,jj,jk,jpoxy) * ( rhop(ji,jj,jk) / 1.e3 ) 
    130130                  ! Fe2+ oxydation rate from Santana-Casiano et al. (2005) 
    131                   zkox   = 35.407 - 6.7109 * zph + 0.5342 * zph * zph - 5362.6 / ( tsn(ji,jj,1,jp_tem) + 273.15 )  & 
     131                  zkox   = 35.407 - 6.7109 * zph + 0.5342 * zph * zph - 5362.6 / ( tsn(ji,jj,jk,jp_tem) + 273.15 )  & 
    132132                    &    - 0.04406 * SQRT( tsn(ji,jj,jk,jp_sal) ) - 0.002847 * tsn(ji,jj,jk,jp_sal) 
    133133                  zkox   = ( 10.** zkox ) * spd 

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsms.F90

    r3882 r4175  
    392392#endif 
    393393            &                    + trn(:,:,:,jpsfe)                     & 
    394             &                    + trn(:,:,:,jpzoo)                     & 
     394            &                    + trn(:,:,:,jpzoo) * ferat3            & 
    395395            &                    + trn(:,:,:,jpmes) * ferat3            ) * cvol(:,:,:)  ) 
    396396 

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/SETTE/iodef_sette.xml

    r3764 r4175  
    2121    --> 
    2222     
    23     <file_definition type="multiple_file" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
    2424     
    2525      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".FALSE."/> <!-- 1h files --> 
    … …  
    5454     
    5555   <axis_definition>   
    56       <axis id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m"  /><!-- positive=".FALSE." --> 
    57       <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m"  /><!-- positive=".FALSE." --> 
    58       <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m"  /><!-- positive=".FALSE." --> 
    59       <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m"  /><!-- positive=".FALSE." --> 
     56      <axis id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m" positive="down" /> 
     57      <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m" positive="down" /> 
     58      <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m" positive="down" /> 
     59      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    6060      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     61      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    6162   </axis_definition>  
    6263     

  • branches/2013/dev_CMCC_2013/NEMOGCM/TOOLS/MISCELLANEOUS/chk_iomput.sh

    r2404 r4175  
    3535       echo ' --insrc              only print all variable definitions found in the source code' 
    3636       echo 'Examples' 
    37        echo '      chk_iomput.sh' 
    38        echo '      chk_iomput.sh --help' 
    39        echo '      chk_iomput.sh ../../CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef.xml "../../NEMO/OPA_SRC/ ../../NEMO/LIM_SRC_2/"' 
     37       echo '      ./chk_iomput.sh' 
     38       echo '      ./chk_iomput.sh --help' 
     39       echo '      ./chk_iomput.sh ../../CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef.xml "../../NEMO/OPA_SRC/ ../../NEMO/LIM_SRC_2/"' 
    4040       echo 
    4141       exit ;; 
    … …  
    5959#------------------------------------------------ 
    6060# 
    61 [ $inxml -eq 1 ] && grep "< *field * id *=" $xmlfile 
     61external=$( grep -c "<field_definition.* src=" $xmlfile ) 
     62if [ $external -eq 1 ] 
     63then 
     64    xmlfield_def=$( grep "<field_definition.* src=" $xmlfile | sed -e 's/.*src="\([^"]*\)".*/\1/' ) 
     65    xmlfield_def=$( dirname $xmlfile )/$xmlfield_def    
     66else 
     67    xmlfield_def=$xmlfile 
     68fi 
     69[ $inxml -eq 1 ] && grep "< *field * id *=" $xmlfield_def 
    6270[ $insrc -eq 1 ] && find $srcdir -name "*.[Ffh]90" -exec grep -iH "^[^\!]*call  *iom_put *(" {} \; 
    6371[ $(( $insrc + $inxml )) -ge 1 ] && exit 
    … …  
    7179# list of variables used in "CALL iom_put" 
    7280# 
    73 varlistsrc=$( find $srcdir -name "*.[Ffh]90" -exec grep -i  "^[^\!]*call  *iom_put *(" {} \; | sed -e "s/.*iom_put *( *[\"\']\([^\"\']*\)[\"\'] *,.*/\1/" | sort -d ) 
     81badvarsrc=$( find $srcdir -name "*.[Ffh]90" -exec grep -i  "^[^\!]*call  *iom_put *(" {} \; | sed -e "s/.*iom_put *( *[\"\']\([^\"\']*\)[\"\'] *,.*/\1/" | grep -ic iom_put ) 
     82if [ $badvarsrc -ne 0 ] 
     83then 
     84    echo "The following call to iom_put cannot be checked" 
     85    echo 
     86    find $srcdir -name "*.[Ffh]90" -exec grep -i  "^[^\!]*call  *iom_put *(" {} \; | sed -e "s/.*iom_put *( *[\"\']\([^\"\']*\)[\"\'] *,.*/\1/" | grep -i iom_put | sort -d  
     87    echo 
     88fi 
     89varlistsrc=$( find $srcdir -name "*.[Ffh]90" -exec grep -i  "^[^\!]*call  *iom_put *(" {} \; | sed -e "s/.*iom_put *( *[\"\']\([^\"\']*\)[\"\'] *,.*/\1/" | grep -vi iom_put | sort -d ) 
    7490# 
    7591# list of variables defined in the xml file 
    7692# 
    77 varlistxml=$( grep "< *field * id *=" $xmlfile  | sed -e "s/^.*< *field * id *= *[\"\']\([^\"\']*\)[\"\'].*/\1/" | sort -d ) 
     93varlistxml=$( grep "< *field.* id *=" $xmlfield_def  | sed -e "s/^.*< *field.* id *= *[\"\']\([^\"\']*\)[\"\'].*/\1/" | sort -d ) 
    7894# 
    7995# list of variables to be outputed in the xml file 
    8096# 
    81 varlistout=$( grep "< *field * ref *=" $xmlfile  | sed -e "s/^.*< *field * ref *= *[\"\']\([^\"\']*\)[\"\'].*/\1/" | sort -d ) 
     97varlistout=$( grep "< *field.* field_ref *=" $xmlfile  | sed -e "s/^.*< *field.* field_ref *= *[\"\']\([^\"\']*\)[\"\'].*/\1/" | sort -d ) 
    8298# 
    8399echo "--------------------------------------------------" 
    84100echo  check if all iom_put found in $srcdir 
    85 echo  have a corresponding variable definition in $xmlfile 
     101echo  have a corresponding variable definition in $xmlfield_def 
    86102echo "--------------------------------------------------" 
    87103for var in $varlistsrc 
    … …  
    90106    if [ $tst -ne 1 ]  
    91107    then 
    92    echo "problem with $var: $tst lines corresponding to its definition in $xmlfile, but defined in the code in" 
     108   echo "problem with $var: $tst lines corresponding to its definition in $xmlfield_def, but defined in the code in" 
    93109   for f in $srclist 
    94110   do 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.