New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 4219 for branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2013-11-15T16:25:37+01:00 (11 years ago)
Author:
acc
Message:

Branch dev_r3948_NOC_FK. Ready for merge; now includes trunk changes up to revision 4119 and has been SETTE tested. SETTE scripts now include options for testing in detached mode.

Location:
branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM
Files:
1 deleted
51 edited
2 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/ARCH/arch-ALTIX_NAUTILUS_MPT.fcm

    r3922 r4219  
    4747%LD                  ifort 
    4848%FPPFLAGS            -P -C -traditional 
    49 %LDFLAGS             -lmpi -lstdc++ 
     49%LDFLAGS             -lmpi -lstdc++ -lcurl 
    5050%AR                  ar  
    5151%ARFLAGS             -r 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/ARCH/arch-X64_CURIE.fcm

    r3922 r4219  
    2929#  - fcm variables are starting with a % (and not a $) 
    3030# 
    31 %NCDF_HOME           /usr/local/netcdf-4.2_hdf5 
    32 %HDF5_HOME           /usr/local/hdf5-1.8.8 
     31%NCDF_HOME           /usr/local/netcdf-4.2_hdf5_parallel 
     32%HDF5_HOME           /usr/local/hdf5-1.8.9_parallel 
    3333%XIOS_HOME           $WORKDIR/now/models/xios 
    3434%OASIS_HOME          $WORKDIR/now/models/oa3mct 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/CONFIG/AMM12/EXP00/iodef.xml

    r3940 r4219  
    6262      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    6363      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     64      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    6465   </axis_definition>  
    6566     

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/CONFIG/GYRE/EXP00/iodef.xml

    r4188 r4219  
    101101      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    102102      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     103      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    103104   </axis_definition>  
    104105     

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_BFM/EXP00/iodef.xml

    r3940 r4219  
    6262      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    6363      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     64      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    6465   </axis_definition>  
    6566     

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r4188 r4219  
    137137      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    138138      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     139      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    139140   </axis_definition>  
    140141     

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_ar5.xml

    r3940 r4219  
    248248      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    249249      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     250      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    250251   </axis_definition>  
    251252     

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_default.xml

    • Property svn:mime-type deleted
    • Property svn:keywords set to Id
    r4188 r4219  
    138138      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    139139      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     140      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    140141   </axis_definition>  
    141142     

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_demo.xml

    • Property svn:mime-type deleted
    • Property svn:keywords set to Id
    r3940 r4219  
    4444   <!-- mooring: automatic definition of the file name suffix based on id="0n180wT"  --> 
    4545   <!-- include a group of variables. see field_def.xml for mooring variables definition  --> 
    46    <file id="0n180wT" > 
    47      <field_group group_ref="mooring"/>   
     46   <file id="0n180wT"> 
     47     <field_group group_ref="mooring" domain_ref="0n180wT" />   
    4848   </file> 
    4949    
    … …  
    5353     <field_group id="EqT" domain_ref="EqT" > 
    5454       <field field_ref="toce" name="votemper" axis_ref="deptht_myzoom"  /> 
     55       <field field_ref="sss" /> 
    5556     </field_group> 
    5657   </file> 
    … …  
    8586      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    8687      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     88      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    8789   </axis_definition>  
    8890     

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef_oldstyle.xml

    • Property svn:mime-type deleted
    • Property svn:keywords set to Id
    r3940 r4219  
    116116      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    117117      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     118      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    118119   </axis_definition>  
    119120     

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_CFC_C14b/EXP00/iodef.xml

    r3771 r4219  
    2121    --> 
    2222     
    23     <file_definition type="multiple_file" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
    2424     
    2525      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    … …  
    6060      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    6161      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     62      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    6263   </axis_definition>  
    6364     

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r4188 r4219  
    2121    --> 
    2222     
    23     <file_definition type="multiple_file" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    2424     
    2525      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    … …  
    3131      <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- 1d files --> 
    3232 
    33    <file id="1d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     33   <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    3434     <field field_ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
    3535     <field field_ref="sss"          name="sosaline"  /> 
    … …  
    3737   </file> 
    3838 
    39    <file id="1d_grid_U" name="auto" description="ocean U grid variables" > 
     39   <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    4040     <field field_ref="suoce"         name="vozocrtx"  /> 
    4141   </file> 
    4242    
    43    <file id="1d_grid_V" name="auto" description="ocean V grid variables" > 
     43   <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    4444     <field field_ref="svoce"         name="vomecrty"  /> 
    4545   </file> 
    … …  
    4949      <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->    
    5050 
    51    <file id="5d_grid_T" name="auto" description="ocean T grid variables" > 
     51   <file id="file4" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    5252     <field field_ref="toce"         name="votemper"  /> 
    5353     <field field_ref="soce"         name="vosaline"  /> 
    … …  
    7272   </file> 
    7373    
    74    <file id="5d_grid_U" name="auto" description="ocean U grid variables" > 
     74   <file id="file5" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    7575     <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
    7676     <field field_ref="uoce_eiv"     name="vozoeivu"  /> 
    … …  
    8181   </file> 
    8282    
    83    <file id="5d_grid_V" name="auto" description="ocean V grid variables" > 
     83   <file id="file6" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    8484     <field field_ref="voce"         name="vomecrty"  /> 
    8585     <field field_ref="voce_eiv"     name="vomeeivv"  /> 
    … …  
    9090   </file> 
    9191    
    92    <file id="5d_grid_W" name="auto" description="ocean W grid variables" > 
     92   <file id="file7" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    9393     <field field_ref="woce"         name="vovecrtz" /> 
    9494     <field field_ref="avt"          name="votkeavt" /> 
    … …  
    9797   </file> 
    9898    
    99    <file id="5d_icemod" name="auto" description="ice variables" > 
     99   <file id="file8" name_suffix="_icemod" description="ice variables" > 
    100100     <field field_ref="ice_pres"                     /> 
    101101     <field field_ref="snowthic_cea" name="isnowthi" /> 
    … …  
    117117      <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real monthly files --> 
    118118 
    119    <file id="1m_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" > 
     119   <file id="file9" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
    120120          <field field_ref="DIC"      /> 
    121121          <field field_ref="Alkalini" /> 
    … …  
    129129   </file> 
    130130    
    131    <file id="1m_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" > 
     131   <file id="file10" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
    132132          <field field_ref="Cflx"     /> 
    133133          <field field_ref="Dpco2"    /> 
    … …  
    142142      <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real yearly files --> 
    143143 
    144    <file id="1y_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" > 
     144   <file id="file11" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
    145145          <field field_ref="DIC"      /> 
    146146          <field field_ref="Alkalini" /> 
    … …  
    169169   </file> 
    170170 
    171    <file id="1y_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" > 
     171   <file id="file12" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
    172172          <field field_ref="PH"       /> 
    173173          <field field_ref="CO3"      /> 
    … …  
    239239      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    240240      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     241      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    241242   </axis_definition>  
    242243     

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r3771 r4219  
    2121    --> 
    2222     
    23     <file_definition type="multiple_file" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
    2424     
    2525      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    … …  
    3535      <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real monthly files --> 
    3636 
    37    <file id="1m_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" > 
     37   <file id="file1" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
    3838          <field field_ref="DIC"      /> 
    3939          <field field_ref="Alkalini" /> 
    … …  
    4747   </file> 
    4848    
    49    <file id="1m_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" > 
     49   <file id="file2" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
    5050          <field field_ref="Cflx"     /> 
    5151          <field field_ref="Dpco2"    /> 
    … …  
    6060      <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real yearly files --> 
    6161 
    62    <file id="1y_ptrc_T" name="auto" description="pisces sms variables" > 
     62   <file id="file3" name_suffix="_ptrc_T" description="pisces sms variables" > 
    6363          <field field_ref="DIC"      /> 
    6464          <field field_ref="Alkalini" /> 
    … …  
    8787   </file> 
    8888 
    89    <file id="1y_diad_T" name="auto" description="additional pisces diagnostics" > 
     89   <file id="file4" name_suffix="_diad_T" description="additional pisces diagnostics" > 
    9090          <field field_ref="PH"       /> 
    9191          <field field_ref="CO3"      /> 
    … …  
    157157      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    158158      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     159      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    159160   </axis_definition>  
    160161     

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_SAS_LIM/EXP00/iodef.xml

    r3771 r4219  
    2121    --> 
    2222     
    23     <file_definition type="multiple_file" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
    2424     
    2525      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    … …  
    6060      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    6161      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     62      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    6263   </axis_definition>  
    6364     

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/field_def.xml

    r4188 r4219  
    227227      </field_group> 
    228228 
     229      <!-- variables available with iceberg trajectories --> 
     230      <field_group id="icbvar" domain_ref="grid_T"  >  
     231        <field id="berg_melt"          long_name="icb melt rate of icebergs"                     unit="kg/m2/s"   /> 
     232        <field id="berg_buoy_melt"     long_name="icb buoyancy component of iceberg melt rate"   unit="kg/m2/s"   /> 
     233        <field id="berg_eros_melt"     long_name="icb erosion component of iceberg melt rate"    unit="kg/m2/s"   /> 
     234        <field id="berg_conv_melt"     long_name="icb convective component of iceberg melt rate" unit="kg/m2/s"   /> 
     235        <field id="berg_virtual_area"  long_name="icb virtual coverage by icebergs"              unit="m2"        /> 
     236        <field id="bits_src"           long_name="icb mass source of bergy bits"                 unit="kg/m2/s"   /> 
     237        <field id="bits_melt"          long_name="icb melt rate of bergy bits"                   unit="kg/m2/s"   /> 
     238        <field id="bits_mass"          long_name="icb bergy bit density field"                   unit="kg/m2"     /> 
     239        <field id="berg_mass"          long_name="icb iceberg density field"                     unit="kg/m2"     /> 
     240        <field id="calving"            long_name="icb calving mass input"                        unit="kg/s"      /> 
     241        <field id="berg_floating_melt" long_name="icb melt rate of icebergs + bits"              unit="kg/m2/s"   /> 
     242        <field id="berg_real_calving"  long_name="icb calving into iceberg class"                unit="kg/s"     axis_ref="icbcla" /> 
     243        <field id="berg_stored_ice"    long_name="icb accumulated ice mass by class"             unit="kg"       axis_ref="icbcla" /> 
     244      </field_group> 
     245 
    229246      <!-- ptrc on T grid --> 
    230247 
    … …  
    255272       <field id="NH4"      long_name="Ammonium Concentration"                   unit="mmol/m3" /> 
    256273 
     274       <!-- PISCES with Kriest parametisation : variables available with key_kriest --> 
     275       <field id="Num"      long_name="Number of organic particles"              unit="nbr" /> 
     276 
     277       <!-- PISCES light : variables available with key_pisces_reduced --> 
    257278       <field id="DET"      long_name="Detritus"                                 unit="mmol-N/m3" /> 
    258279       <field id="DOM"      long_name="Dissolved Organic Matter"                 unit="mmol-N/m3" /> 
    259280 
     281       <!-- CFC11 : variables available with key_cfc --> 
    260282       <field id="CFC11"    long_name="CFC-11 Concentration"                     unit="umol/L" /> 
     283       <!-- Bomb C14 : variables available with key_c14b --> 
    261284       <field id="C14B"     long_name="Bomb C14 Concentration"                   unit="ration" /> 
    262285     </field_group> 
    263286 
    264       <!-- diad on T grid : variables available with key_diatrc --> 
    265  
     287      <!-- PISCES additional diagnostics on T grid  --> 
    266288     <field_group id="diad_T" grid_ref="grid_T_2D"> 
    267289       <field id="PH"          long_name="PH"                                      unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
    … …  
    317339       <field id="Heup"        long_name="Euphotic layer depth"                    unit="m"                            /> 
    318340       <field id="Irondep"     long_name="Iron deposition from dust"               unit="mol/m2/s"                     /> 
    319        <field id="Ironsed"     long_name="Iron deposition from sediment"           unit="mol/m2/s"  grid_ref="grid_T_3D"  /> 
    320  
    321        <field id="FNO3PHY"  long_name="FNO3PHY"                             unit="-"  grid_ref="grid_T_3D" />  
    322        <field id="FNH4PHY"  long_name="FNH4PHY"                             unit="-"  grid_ref="grid_T_3D" />  
    323        <field id="FNH4NO3"  long_name="FNH4NO3"                             unit="-"  grid_ref="grid_T_3D" />  
    324        <field id="TNO3PHY"  long_name="TNO3PHY"                             unit="-"  />  
    325        <field id="TNH4PHY"  long_name="TNH4PHY"                             unit="-"  />  
    326        <field id="TPHYDOM"  long_name="TPHYDOM"                             unit="-"  />  
    327        <field id="TPHYNH4"  long_name="TPHYNH4"                             unit="-"  />  
    328        <field id="TPHYZOO"  long_name="TPHYZOO"                             unit="-"  />  
    329        <field id="TPHYDET"  long_name="TPHYDET"                             unit="-"  />  
    330        <field id="TDETZOO"  long_name="TDETZOO"                             unit="-"  />  
    331        <field id="TZOODET"  long_name="TZOODET"                             unit="-"  />  
    332        <field id="TZOOBOD"  long_name="TZOOBOD"                             unit="-"  />  
    333        <field id="TZOONH4"  long_name="TZOONH4"                             unit="-"  />  
    334        <field id="TZOODOM"  long_name="TZOODOM"                             unit="-"  />  
    335        <field id="TNH4NO3"  long_name="TNH4NO3"                             unit="-"  />  
    336        <field id="TDOMNH4"  long_name="TDOMNH4"                             unit="-"  />  
    337        <field id="TDETNH4"  long_name="TDETNH4"                             unit="-"  />  
    338        <field id="TPHYTOT"  long_name="TPHYTOT"                             unit="-"  />  
    339        <field id="TZOOTOT"  long_name="TZOOTOT"                             unit="-"  />  
    340        <field id="SEDPOC"   long_name="SEDPOC"                              unit="-"  />  
    341        <field id="TDETSED"  long_name="TDETSED"                             unit="-"  />  
    342  
    343        <field id="qtrCFC11"     long_name="Air-sea flux of CFC-11"                   unit="mol/m2/s"   /> 
    344        <field id="qintCFC11"    long_name="Cumulative air-sea flux of CFC-11"        unit="mol/m2"     /> 
    345        <field id="qtrC14b"      long_name="Air-sea flux of Bomb C14"                 unit="mol/m2/s"   /> 
    346        <field id="qintC14b"     long_name="Cumulative air-sea flux of Bomb C14"      unit="mol/m2"     /> 
    347        <field id="fdecay"       long_name="Radiactive decay of Bomb C14"             unit="mol/m3"  grid_ref="grid_T_3D"  /> 
     341       <field id="Ironsed"     long_name="Iron deposition from sediment"           unit="mol/m2/s"  grid_ref="grid_T_3D "/> 
     342 
     343       <!-- PISCES with Kriest parametisation : variables available with key_kriest --> 
     344       <field id="POCFlx"      long_name="Particulate organic C flux"              unit="mol/m2/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
     345       <field id="NumFlx"      long_name="Particle number flux"                    unit="nbr/m2/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
     346       <field id="SiFlx"       long_name="Biogenic Si flux"                        unit="mol/m2/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
     347       <field id="CaCO3Flx"    long_name="CaCO3 flux"                              unit="mol/m2/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
     348       <field id="xnum"        long_name="Number of particles in aggregats"        unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
     349       <field id="W1"          long_name="sinking speed of mass flux"              unit="m2/s"       grid_ref="grid_T_3D" /> 
     350       <field id="W2"          long_name="sinking speed of number flux"            unit="m2/s"       grid_ref="grid_T_3D" /> 
     351 
     352       <!-- PISCES light : variables available with key_pisces_reduced --> 
     353       <field id="FNO3PHY"     long_name="FNO3PHY"                                 unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" />  
     354       <field id="FNH4PHY"     long_name="FNH4PHY"                                 unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" />  
     355       <field id="FNH4NO3"     long_name="FNH4NO3"                                 unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" />  
     356       <field id="TNO3PHY"     long_name="TNO3PHY"                                 unit="-"  />  
     357       <field id="TNH4PHY"     long_name="TNH4PHY"                                 unit="-"  />  
     358       <field id="TPHYDOM"     long_name="TPHYDOM"                                 unit="-"  />  
     359       <field id="TPHYNH4"     long_name="TPHYNH4"                                 unit="-"  />  
     360       <field id="TPHYZOO"     long_name="TPHYZOO"                                 unit="-"  />  
     361       <field id="TPHYDET"     long_name="TPHYDET"                                 unit="-"  />  
     362       <field id="TDETZOO"     long_name="TDETZOO"                                 unit="-"  />  
     363       <field id="TZOODET"     long_name="TZOODET"                                 unit="-"  />  
     364       <field id="TZOOBOD"     long_name="TZOOBOD"                                 unit="-"  />  
     365       <field id="TZOONH4"     long_name="TZOONH4"                                 unit="-"  />  
     366       <field id="TZOODOM"     long_name="TZOODOM"                                 unit="-"  />  
     367       <field id="TNH4NO3"     long_name="TNH4NO3"                                 unit="-"  />  
     368       <field id="TDOMNH4"     long_name="TDOMNH4"                                 unit="-"  />  
     369       <field id="TDETNH4"     long_name="TDETNH4"                                 unit="-"  />  
     370       <field id="TPHYTOT"     long_name="TPHYTOT"                                 unit="-"  />  
     371       <field id="TZOOTOT"     long_name="TZOOTOT"                                 unit="-"  />  
     372       <field id="SEDPOC"      long_name="SEDPOC"                                  unit="-"  />  
     373       <field id="TDETSED"     long_name="TDETSED"                                 unit="-"  />  
     374 
     375       <!-- CFC11 : variables available with key_cfc --> 
     376       <field id="qtrCFC11"    long_name="Air-sea flux of CFC-11"                   unit="mol/m2/s"   /> 
     377       <field id="qintCFC11"   long_name="Cumulative air-sea flux of CFC-11"        unit="mol/m2"     /> 
     378       <!-- Bomb C14 : variables available with key_c14b --> 
     379       <field id="qtrC14b"     long_name="Air-sea flux of Bomb C14"                 unit="mol/m2/s"   /> 
     380       <field id="qintC14b"    long_name="Cumulative air-sea flux of Bomb C14"      unit="mol/m2"     /> 
     381       <field id="fdecay"      long_name="Radiactive decay of Bomb C14"             unit="mol/m3"  grid_ref="grid_T_3D"  /> 
    348382     </field_group> 
    349383 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/NST_SRC/agrif_opa_sponge.F90

    r3918 r4219  
    185185      INTEGER  :: ji,jj,jk 
    186186      INTEGER  :: ispongearea, ilci, ilcj 
    187       REAL(wp) :: z1spongearea 
    188       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: zlocalviscsponge 
     187      LOGICAL  :: ll_spdone 
     188      REAL(wp) :: z1spongearea, zramp 
     189      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:) :: ztabramp 
    189190 
    190191#if defined SPONGE || defined SPONGE_TOP 
    191  
    192       CALL wrk_alloc( jpi, jpj, zlocalviscsponge ) 
    193  
    194       ispongearea  = 2 + 2 * Agrif_irhox() 
    195       ilci = nlci - ispongearea 
    196       ilcj = nlcj - ispongearea  
    197       z1spongearea = 1._wp / REAL( ispongearea - 2 ) 
    198       spbtr2(:,:) = 1. / ( e1t(:,:) * e2t(:,:) ) 
     192      ll_spdone=.TRUE. 
     193      IF (( .NOT. spongedoneT ).OR.( .NOT. spongedoneU )) THEN 
     194         ! Define ramp from boundaries towards domain interior 
     195         ! at T-points 
     196         ! Store it in ztabramp 
     197         ll_spdone=.FALSE. 
     198 
     199         CALL wrk_alloc( jpi, jpj, ztabramp ) 
     200 
     201         ispongearea  = 2 + 2 * Agrif_irhox() 
     202         ilci = nlci - ispongearea 
     203         ilcj = nlcj - ispongearea  
     204         z1spongearea = 1._wp / REAL( ispongearea - 2 ) 
     205         spbtr2(:,:) = 1. / ( e1t(:,:) * e2t(:,:) ) 
     206 
     207         ztabramp(:,:) = 0. 
     208 
     209         IF( (nbondi == -1) .OR. (nbondi == 2) ) THEN 
     210            DO jj = 1, jpj 
     211               IF ( umask(2,jj,1) == 1._wp ) THEN 
     212                 DO ji = 2, ispongearea                   
     213                    ztabramp(ji,jj) = ( ispongearea-ji ) * z1spongearea 
     214                 END DO 
     215               ENDIF 
     216            ENDDO 
     217         ENDIF 
     218 
     219         IF( (nbondi == 1) .OR. (nbondi == 2) ) THEN 
     220            DO jj = 1, jpj 
     221               IF ( umask(nlci-2,jj,1) == 1._wp ) THEN 
     222                  DO ji = ilci+1,nlci-1 
     223                     zramp = (ji - (ilci+1) ) * z1spongearea 
     224                     ztabramp(ji,jj) = MAX( ztabramp(ji,jj), zramp ) 
     225                  ENDDO 
     226               ENDIF 
     227            ENDDO 
     228         ENDIF 
     229 
     230         IF( (nbondj == -1) .OR. (nbondj == 2) ) THEN 
     231            DO ji = 1, jpi 
     232               IF ( vmask(ji,2,1) == 1._wp ) THEN 
     233                  DO jj = 2, ispongearea 
     234                     zramp = ( ispongearea-jj ) * z1spongearea 
     235                     ztabramp(ji,jj) = MAX( ztabramp(ji,jj), zramp ) 
     236                  END DO 
     237               ENDIF 
     238            ENDDO 
     239         ENDIF 
     240 
     241         IF( (nbondj == 1) .OR. (nbondj == 2) ) THEN 
     242            DO ji = 1, jpi 
     243               IF ( vmask(ji,nlcj-2,1) == 1._wp ) THEN 
     244                  DO jj = ilcj+1,nlcj-1 
     245                     zramp = (jj - (ilcj+1) ) * z1spongearea 
     246                     ztabramp(ji,jj) = MAX( ztabramp(ji,jj), zramp ) 
     247                  END DO 
     248               ENDIF 
     249            ENDDO 
     250         ENDIF 
     251 
     252      ENDIF 
    199253 
    200254      ! Tracers 
    201255      IF( .NOT. spongedoneT ) THEN 
    202          zlocalviscsponge(:,:) = 0. 
    203256         spe1ur(:,:) = 0. 
    204257         spe2vr(:,:) = 0. 
    205258 
    206259         IF( (nbondi == -1) .OR. (nbondi == 2) ) THEN 
    207             DO ji = 2, ispongearea 
    208                zlocalviscsponge(ji,:) = visc_tra * ( ispongearea-ji ) * z1spongearea 
    209             ENDDO 
    210             spe1ur(2:ispongearea-1,:      ) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(2:ispongearea-1,:      )   & 
    211                &                         +            zlocalviscsponge(3:ispongearea  ,:      ) ) & 
    212                &                         * e2u(2:ispongearea-1,:      ) / e1u(2:ispongearea-1,:      ) 
    213             spe2vr(2:ispongearea  ,1:jpjm1) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(2:ispongearea  ,1:jpjm1)   & 
    214                &                         +            zlocalviscsponge(2:ispongearea,2  :jpj  ) ) & 
    215                &                         * e1v(2:ispongearea  ,1:jpjm1) / e2v(2:ispongearea  ,1:jpjm1) 
     260            spe1ur(2:ispongearea-1,:       ) = visc_tra                                        & 
     261               &                             *    0.5 * (  ztabramp(2:ispongearea-1,:      )   & 
     262               &                                         + ztabramp(3:ispongearea  ,:      ) ) & 
     263               &                             * e2u(2:ispongearea-1,:) / e1u(2:ispongearea-1,:) 
     264 
     265            spe2vr(2:ispongearea  ,1:jpjm1 ) = visc_tra                                        & 
     266               &                             *    0.5 * (  ztabramp(2:ispongearea  ,1:jpjm1)   & 
     267               &                                         + ztabramp(2:ispongearea,2  :jpj  ) ) & 
     268               &                             * e1v(2:ispongearea,1:jpjm1) / e2v(2:ispongearea,1:jpjm1) 
    216269         ENDIF 
    217270 
    218271         IF( (nbondi == 1) .OR. (nbondi == 2) ) THEN 
    219             DO ji = ilci+1,nlci-1 
    220                zlocalviscsponge(ji,:) = visc_tra * (ji - (ilci+1) ) * z1spongearea 
    221             ENDDO 
    222    
    223             spe1ur(ilci+1:nlci-2,:      ) = 0.5 * (  zlocalviscsponge(ilci+1:nlci-2,:)    &  
    224                &                          +          zlocalviscsponge(ilci+2:nlci-1,:) )  & 
    225                &                          * e2u(ilci+1:nlci-2,:) / e1u(ilci+1:nlci-2,:) 
    226  
    227             spe2vr(ilci+1:nlci-1,1:jpjm1) = 0.5 * (  zlocalviscsponge(ilci+1:nlci-1,1:jpjm1)    &  
    228                &                            +        zlocalviscsponge(ilci+1:nlci-1,2:jpj  )  ) &  
    229                &                                   * e1v(ilci+1:nlci-1,1:jpjm1) / e2v(ilci+1:nlci-1,1:jpjm1) 
     272            spe1ur(ilci+1:nlci-2,:        ) = visc_tra                                   & 
     273               &                            * 0.5 * (  ztabramp(ilci+1:nlci-2,:      )   &  
     274               &                                     + ztabramp(ilci+2:nlci-1,:      ) ) & 
     275               &                            * e2u(ilci+1:nlci-2,:) / e1u(ilci+1:nlci-2,:) 
     276 
     277            spe2vr(ilci+1:nlci-1,1:jpjm1  )  = visc_tra                                  & 
     278               &                            * 0.5 * (  ztabramp(ilci+1:nlci-1,1:jpjm1)   &  
     279               &                                     + ztabramp(ilci+1:nlci-1,2:jpj  ) ) &  
     280               &                            * e1v(ilci+1:nlci-1,1:jpjm1) / e2v(ilci+1:nlci-1,1:jpjm1) 
    230281         ENDIF 
    231282 
    232283         IF( (nbondj == -1) .OR. (nbondj == 2) ) THEN 
    233             DO jj = 2, ispongearea 
    234                zlocalviscsponge(:,jj) = visc_tra * ( ispongearea-jj ) * z1spongearea 
    235             ENDDO 
    236             spe1ur(1:jpim1,2:ispongearea  ) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(1:jpim1,2:ispongearea  ) &  
    237                &                            +         zlocalviscsponge(2:jpi  ,2:ispongearea) ) & 
     284            spe1ur(1:jpim1,2:ispongearea  ) = visc_tra                                     & 
     285               &                            * 0.5 * (  ztabramp(1:jpim1,2:ispongearea  )   &  
     286               &                                     + ztabramp(2:jpi  ,2:ispongearea  ) ) & 
    238287               &                            * e2u(1:jpim1,2:ispongearea) / e1u(1:jpim1,2:ispongearea) 
    239288    
    240             spe2vr(:      ,2:ispongearea-1) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(:,2:ispongearea-1)       & 
    241                &                            +         zlocalviscsponge(:,3:ispongearea  )     ) & 
     289            spe2vr(:      ,2:ispongearea-1) = visc_tra                                     & 
     290               &                            * 0.5 * (  ztabramp(:      ,2:ispongearea-1)   & 
     291               &                                     + ztabramp(:      ,3:ispongearea  ) ) & 
    242292               &                            * e1v(:,2:ispongearea-1) / e2v(:,2:ispongearea-1) 
    243293         ENDIF 
    244294 
    245295         IF( (nbondj == 1) .OR. (nbondj == 2) ) THEN 
    246             DO jj = ilcj+1,nlcj-1 
    247                zlocalviscsponge(:,jj) = visc_tra * (jj - (ilcj+1) ) * z1spongearea 
    248             ENDDO 
    249             spe1ur(1:jpim1,ilcj+1:nlcj-1) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(1:jpim1,ilcj+1:nlcj-1)   & 
    250                &                          +         zlocalviscsponge(2:jpi  ,ilcj+1:nlcj-1) ) & 
     296            spe1ur(1:jpim1,ilcj+1:nlcj-1) = visc_tra                                   & 
     297               &                          * 0.5 * (  ztabramp(1:jpim1,ilcj+1:nlcj-1)   & 
     298               &                                   + ztabramp(2:jpi  ,ilcj+1:nlcj-1) ) & 
    251299               &                                * e2u(1:jpim1,ilcj+1:nlcj-1) / e1u(1:jpim1,ilcj+1:nlcj-1) 
    252             spe2vr(:      ,ilcj+1:nlcj-2) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(:,ilcj+1:nlcj-2      )   & 
    253                &                          +         zlocalviscsponge(:,ilcj+2:nlcj-1)     )   & 
     300 
     301            spe2vr(:      ,ilcj+1:nlcj-2) = visc_tra                                   & 
     302               &                          * 0.5 * (  ztabramp(:      ,ilcj+1:nlcj-2)   & 
     303               &                                   + ztabramp(:      ,ilcj+2:nlcj-1) ) & 
    254304               &                                * e1v(:,ilcj+1:nlcj-2) / e2v(:,ilcj+1:nlcj-2) 
    255305         ENDIF 
    … …  
    259309      ! Dynamics 
    260310      IF( .NOT. spongedoneU ) THEN 
    261          zlocalviscsponge(:,:) = 0. 
    262311         spe1ur2(:,:) = 0. 
    263312         spe2vr2(:,:) = 0. 
    264313 
    265314         IF( (nbondi == -1) .OR. (nbondi == 2) ) THEN 
    266             DO ji = 2, ispongearea 
    267                zlocalviscsponge(ji,:) = visc_dyn * ( ispongearea-ji ) * z1spongearea 
    268             ENDDO 
    269             spe1ur2(2:ispongearea-1,:      ) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(2:ispongearea-1,:      ) & 
    270                                              &     +   zlocalviscsponge(3:ispongearea,:    ) ) 
    271             spe2vr2(2:ispongearea  ,1:jpjm1) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(2:ispongearea  ,1:jpjm1) & 
    272                                              &     +   zlocalviscsponge(2:ispongearea,2:jpj) )  
     315            spe1ur2(2:ispongearea-1,:      ) = visc_dyn                                   & 
     316               &                             * 0.5 * (  ztabramp(2:ispongearea-1,:      ) & 
     317               &                                      + ztabramp(3:ispongearea  ,:      ) ) 
     318            spe2vr2(2:ispongearea  ,1:jpjm1) = visc_dyn                                   & 
     319               &                             * 0.5 * (  ztabramp(2:ispongearea  ,1:jpjm1) & 
     320               &                                      + ztabramp(2:ispongearea  ,2:jpj  ) )  
    273321         ENDIF 
    274322 
    275323         IF( (nbondi == 1) .OR. (nbondi == 2) ) THEN 
    276             DO ji = ilci+1,nlci-1 
    277                zlocalviscsponge(ji,:) = visc_dyn * (ji - (ilci+1) ) * z1spongearea 
    278             ENDDO 
    279             spe1ur2(ilci+1:nlci-2,:      ) = 0.5 * (  zlocalviscsponge(ilci+1:nlci-2,:) & 
    280                                            &        + zlocalviscsponge(ilci+2:nlci-1,:) )   
    281             spe2vr2(ilci+1:nlci-1,1:jpjm1) = 0.5 * (  zlocalviscsponge(ilci+1:nlci-1,1:jpjm1) & 
    282                                            &        + zlocalviscsponge(ilci+1:nlci-1,2:jpj  )  )  
     324            spe1ur2(ilci+1:nlci-2  ,:      ) = visc_dyn                                   & 
     325               &                             * 0.5 * (  ztabramp(ilci+1:nlci-2, :       ) & 
     326               &                                      + ztabramp(ilci+2:nlci-1, :       ) )                       
     327            spe2vr2(ilci+1:nlci-1  ,1:jpjm1) = visc_dyn                                   & 
     328               &                             * 0.5 * (  ztabramp(ilci+1:nlci-1,1:jpjm1  ) & 
     329               &                                      + ztabramp(ilci+1:nlci-1,2:jpj    ) )  
    283330         ENDIF 
    284331 
    285332         IF( (nbondj == -1) .OR. (nbondj == 2) ) THEN 
    286             DO jj = 2, ispongearea 
    287                zlocalviscsponge(:,jj) = visc_dyn * ( ispongearea-jj ) * z1spongearea 
    288             ENDDO 
    289             spe1ur2(1:jpim1,2:ispongearea  ) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(1:jpim1,2:ispongearea) & 
    290                                              &      + zlocalviscsponge(2:jpi,2:ispongearea) )  
    291             spe2vr2(:      ,2:ispongearea-1) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(:,2:ispongearea-1)     & 
    292                                              &      + zlocalviscsponge(:,3:ispongearea)     ) 
     333            spe1ur2(1:jpim1,2:ispongearea  ) = visc_dyn                                   &   
     334               &                             * 0.5 * (  ztabramp(1:jpim1,2:ispongearea  ) & 
     335               &                                      + ztabramp(2:jpi  ,2:ispongearea  ) )  
     336            spe2vr2(:      ,2:ispongearea-1) = visc_dyn                                   & 
     337               &                             * 0.5 * (  ztabramp(:      ,2:ispongearea-1) & 
     338               &                                      + ztabramp(:      ,3:ispongearea  ) ) 
    293339         ENDIF 
    294340 
    295341         IF( (nbondj == 1) .OR. (nbondj == 2) ) THEN 
    296             DO jj = ilcj+1,nlcj-1 
    297                zlocalviscsponge(:,jj) = visc_dyn * (jj - (ilcj+1) ) * z1spongearea 
    298             ENDDO 
    299             spe1ur2(1:jpim1,ilcj+1:nlcj-1) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(1:jpim1,ilcj+1:nlcj-1) & 
    300                                            &         + zlocalviscsponge(2:jpi,ilcj+1:nlcj-1) )  
    301             spe2vr2(:      ,ilcj+1:nlcj-2) = 0.5 * ( zlocalviscsponge(:,ilcj+1:nlcj-2      ) & 
    302                                            &         + zlocalviscsponge(:,ilcj+2:nlcj-1)     ) 
     342            spe1ur2(1:jpim1,ilcj+1:nlcj-1  ) = visc_dyn                                   & 
     343               &                             * 0.5 * (  ztabramp(1:jpim1,ilcj+1:nlcj-1  ) & 
     344               &                                      + ztabramp(2:jpi  ,ilcj+1:nlcj-1  ) )  
     345            spe2vr2(:      ,ilcj+1:nlcj-2  ) = visc_dyn                                   & 
     346               &                             * 0.5 * (  ztabramp(:      ,ilcj+1:nlcj-2  ) & 
     347               &                                      + ztabramp(:      ,ilcj+2:nlcj-1  ) ) 
    303348         ENDIF 
    304349         spongedoneU = .TRUE. 
    … …  
    306351      ENDIF 
    307352      ! 
    308       CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, zlocalviscsponge ) 
     353      IF (.NOT.ll_spdone) CALL wrk_dealloc( jpi, jpj, ztabramp ) 
    309354      ! 
    310355#endif 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ASM/asminc.F90

    r3785 r4219  
    682682      ! used to prevent the applied increments taking the temperature below the local freezing point  
    683683 
    684 #if defined key_cice  
    685         fzptnz(:,:,:) = -1.8_wp 
    686 #else  
    687         DO jk = 1, jpk 
    688            DO jj = 1, jpj 
    689               DO ji = 1, jpk 
    690                  fzptnz (ji,jj,jk) = ( -0.0575_wp + 1.710523e-3_wp * SQRT( tsn(ji,jj,jk,jp_sal) )                   &  
    691                                                   - 2.154996e-4_wp *       tsn(ji,jj,jk,jp_sal)   ) * tsn(ji,jj,jk,jp_sal)  &  
    692                                                   - 7.53e-4_wp * fsdepw(ji,jj,jk)       ! (pressure in dbar)  
    693               END DO 
    694            END DO 
    695         END DO 
    696 #endif  
     684      DO jk=1, jpkm1 
     685         fzptnz (:,:,jk) = tfreez( tsn(:,:,jk,jp_sal), fsdept(:,:,jk) ) 
     686      ENDDO 
    697687 
    698688      IF ( ln_asmiau ) THEN 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/BDY/bdydyn.F90

    r3294 r4219  
    3030   USE lbclnk          ! ocean lateral boundary conditions (or mpp link) 
    3131   USE in_out_manager  ! 
     32   USE domvvl          ! variable volume 
    3233 
    3334   IMPLICIT NONE 
    … …  
    8485      pu2d(:,:) = 0.e0 
    8586      pv2d(:,:) = 0.e0 
    86       DO jk = 1, jpkm1   !! Vertically integrated momentum trends 
    87           pu2d(:,:) = pu2d(:,:) + fse3u(:,:,jk) * umask(:,:,jk) * ua(:,:,jk) 
    88           pv2d(:,:) = pv2d(:,:) + fse3v(:,:,jk) * vmask(:,:,jk) * va(:,:,jk) 
    89       END DO 
    90       pu2d(:,:) = pu2d(:,:) * phur(:,:) 
    91       pv2d(:,:) = pv2d(:,:) * phvr(:,:) 
     87      IF (lk_vvl) THEN 
     88         DO jk = 1, jpkm1   !! Vertically integrated momentum trends 
     89            pu2d(:,:) = pu2d(:,:) + fse3u_a(:,:,jk) * umask(:,:,jk) * ua(:,:,jk) 
     90            pv2d(:,:) = pv2d(:,:) + fse3v_a(:,:,jk) * vmask(:,:,jk) * va(:,:,jk) 
     91         END DO 
     92         pu2d(:,:) = pu2d(:,:) / ( hu_0(:,:) + sshu_a(:,:) + 1._wp - umask(:,:,1) ) 
     93         pv2d(:,:) = pv2d(:,:) / ( hv_0(:,:) + sshv_a(:,:) + 1._wp - vmask(:,:,1) ) 
     94      ELSE 
     95         DO jk = 1, jpkm1   !! Vertically integrated momentum trends 
     96            pu2d(:,:) = pu2d(:,:) + fse3u(:,:,jk) * umask(:,:,jk) * ua(:,:,jk) 
     97            pv2d(:,:) = pv2d(:,:) + fse3v(:,:,jk) * vmask(:,:,jk) * va(:,:,jk) 
     98         END DO 
     99         pu2d(:,:) = pu2d(:,:) * phur(:,:) 
     100         pv2d(:,:) = pv2d(:,:) * phvr(:,:) 
     101      ENDIF 
    92102      DO jk = 1 , jpkm1 
    93          ua(:,:,jk) = ua(:,:,jk) - pu2d(:,:) 
    94          va(:,:,jk) = va(:,:,jk) - pv2d(:,:) 
     103         ua(:,:,jk) = ua(:,:,jk) - pu2d(:,:) * umask(:,:,jk) 
     104         va(:,:,jk) = va(:,:,jk) - pv2d(:,:) * vmask(:,:,jk) 
    95105      END DO 
    96106 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/C1D/step_c1d.F90

    r3680 r4219  
    5959 
    6060                             indic = 0                ! reset to no error condition 
     61      IF( kstp == nit000 )   CALL iom_init            ! iom_put initialization (must be done after nemo_init for AGRIF+XIOS+OASIS) 
    6162      IF( kstp /= nit000 )   CALL day( kstp )         ! Calendar (day was already called at nit000 in day_init) 
    62                              CALL iom_setkt( kstp )   ! say to iom that we are at time step kstp 
     63                             CALL iom_setkt( kstp - nit000 + 1 )   ! say to iom that we are at time step kstp 
    6364 
    6465      !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    … …  
    106107      !<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< 
    107108                         CALL dia_wri( kstp )       ! ocean model: outputs 
     109      IF( lk_diahth  )   CALL dia_hth( kstp )       ! Thermocline depth (20°C) 
     110 
    108111 
    109112#if defined key_top 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DIA/diadct.F90

    r3680 r4219  
    4242#endif 
    4343#if defined key_lim3 
    44   USE ice_3 
     44  USE par_ice 
     45  USE ice 
    4546#endif 
    4647  USE domvvl 
    … …  
    484485                 ijglo = secs(jsec)%listPoint(jpt)%J + jpjzoom - 1 + njmpp - 1 
    485486                 WRITE(numout,*)'         # I J : ',iiglo,ijglo 
     487                 CALL FLUSH(numout) 
    486488              ENDDO 
    487489           ENDIF 
    … …  
    606608     
    607609     !! * Local variables 
    608      INTEGER             :: jk, jseg, jclass,                    &!loop on level/segment/classes   
     610     INTEGER             :: jk, jseg, jclass,jl,                 &!loop on level/segment/classes/ice categories 
    609611                            isgnu, isgnv                          !  
    610612     REAL(wp)            :: zumid, zvmid,                        &!U/V velocity on a cell segment  
    … …  
    771773    
    772774              zTnorm=zumid_ice*e2u(k%I,k%J)+zvmid_ice*e1v(k%I,k%J) 
    773     
     775 
     776#if defined key_lim2    
    774777              transports_2d(1,jsec,jseg) = transports_2d(1,jsec,jseg) + (zTnorm)*   &  
    775778                                   (1.0 - frld(sec%listPoint(jseg)%I,sec%listPoint(jseg)%J))  &  
    … …  
    778781              transports_2d(2,jsec,jseg) = transports_2d(2,jsec,jseg) + (zTnorm)*   &  
    779782                                    (1.0 -  frld(sec%listPoint(jseg)%I,sec%listPoint(jseg)%J)) 
     783#endif 
     784#if defined key_lim3 
     785              DO jl=1,jpl 
     786                 transports_2d(1,jsec,jseg) = transports_2d(1,jsec,jseg) + (zTnorm)*     & 
     787                                   a_i(sec%listPoint(jseg)%I,sec%listPoint(jseg)%J,jl) * & 
     788                                  ( ht_i(sec%listPoint(jseg)%I,sec%listPoint(jseg)%J,jl) +  & 
     789                                    ht_s(sec%listPoint(jseg)%I,sec%listPoint(jseg)%J,jl) ) 
     790                                    
     791                 transports_2d(2,jsec,jseg) = transports_2d(2,jsec,jseg) + (zTnorm)*   & 
     792                                   a_i(sec%listPoint(jseg)%I,sec%listPoint(jseg)%J,jl) 
     793              ENDDO 
     794#endif 
    780795    
    781796           ENDIF !end of ice case 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DIA/diahsb.F90

    r3625 r4219  
    2121   USE bdy_par         ! (for lk_bdy) 
    2222   USE timing          ! preformance summary 
     23   USE lib_fortran 
     24   USE sbcrnf 
    2325 
    2426   IMPLICIT NONE 
    … …  
    3335   REAL(dp)                                ::   surf_tot   , vol_tot             ! 
    3436   REAL(dp)                                ::   frc_t      , frc_s     , frc_v   ! global forcing trends 
     37   REAL(dp)                                ::   frc_wn_t      , frc_wn_s ! global forcing trends 
    3538   REAL(dp)                                ::   fact1                            ! conversion factors 
    3639   REAL(dp)                                ::   fact21    , fact22               !     -         - 
    … …  
    3841   REAL(dp), DIMENSION(:,:)  , ALLOCATABLE ::   surf      , ssh_ini              ! 
    3942   REAL(dp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE ::   hc_loc_ini, sc_loc_ini, e3t_ini  ! 
     43   REAL(dp), DIMENSION(:,:)  , ALLOCATABLE ::   ssh_hc_loc_ini, ssh_sc_loc_ini 
    4044 
    4145   !! * Substitutions 
    … …  
    6771      INTEGER    ::   jk                          ! dummy loop indice 
    6872      REAL(dp)   ::   zdiff_hc    , zdiff_sc      ! heat and salt content variations 
     73      REAL(dp)   ::   zdiff_hc1   , zdiff_sc1     ! heat and salt content variations of ssh 
    6974      REAL(dp)   ::   zdiff_v1    , zdiff_v2      ! volume variation 
     75      REAL(dp)   ::   zerr_hc1    , zerr_sc1      ! Non conservation due to free surface 
    7076      REAL(dp)   ::   z1_rau0                     ! local scalars 
    7177      REAL(dp)   ::   zdeltat                     !    -     - 
    7278      REAL(dp)   ::   z_frc_trd_t , z_frc_trd_s   !    -     - 
    7379      REAL(dp)   ::   z_frc_trd_v                 !    -     - 
     80      REAL(dp)   ::   z_wn_trd_t , z_wn_trd_s   !    -     - 
     81      REAL(dp)   ::   z_ssh_hc , z_ssh_sc   !    -     - 
    7482      !!--------------------------------------------------------------------------- 
    7583      IF( nn_timing == 1 )   CALL timing_start('dia_hsb') 
    … …  
    7987      ! ------------------------- ! 
    8088      z1_rau0 = 1.e0 / rau0 
    81       z_frc_trd_v = z1_rau0 * SUM( - ( emp(:,:) - rnf(:,:) ) * surf(:,:) )     ! volume fluxes 
    82       z_frc_trd_t =           SUM( sbc_tsc(:,:,jp_tem) * surf(:,:) )     ! heat fluxes 
    83       z_frc_trd_s =           SUM( sbc_tsc(:,:,jp_sal) * surf(:,:) )     ! salt fluxes 
     89      z_frc_trd_v = z1_rau0 * glob_sum( - ( emp(:,:) - rnf(:,:) ) * surf(:,:) )     ! volume fluxes 
     90      z_frc_trd_t =           glob_sum( sbc_tsc(:,:,jp_tem) * surf(:,:) )     ! heat fluxes 
     91      z_frc_trd_s =           glob_sum( sbc_tsc(:,:,jp_sal) * surf(:,:) )     ! salt fluxes 
     92      ! Add runoff heat & salt input 
     93      IF( ln_rnf    )   z_frc_trd_t = z_frc_trd_t + glob_sum( rnf_tsc(:,:,jp_tem) * surf(:,:) ) 
     94      IF( ln_rnf_sal)   z_frc_trd_s = z_frc_trd_s + glob_sum( rnf_tsc(:,:,jp_sal) * surf(:,:) ) 
    8495      ! Add penetrative solar radiation 
    85       IF( ln_traqsr )   z_frc_trd_t = z_frc_trd_t + r1_rau0_rcp * SUM( qsr     (:,:) * surf(:,:) ) 
     96      IF( ln_traqsr )   z_frc_trd_t = z_frc_trd_t + r1_rau0_rcp * glob_sum( qsr     (:,:) * surf(:,:) ) 
    8697      ! Add geothermal heat flux 
    87       IF( ln_trabbc )   z_frc_trd_t = z_frc_trd_t + r1_rau0_rcp * SUM( qgh_trd0(:,:) * surf(:,:) ) 
    88       IF( lk_mpp ) THEN 
    89          CALL mpp_sum( z_frc_trd_v ) 
    90          CALL mpp_sum( z_frc_trd_t ) 
    91       ENDIF 
     98      IF( ln_trabbc )   z_frc_trd_t = z_frc_trd_t +  glob_sum( qgh_trd0(:,:) * surf(:,:) ) 
     99      IF( .NOT. lk_vvl ) THEN 
     100         z_wn_trd_t = - glob_sum( surf(:,:) * wn(:,:,1) * tsb(:,:,1,jp_tem) ) 
     101         z_wn_trd_s = - glob_sum( surf(:,:) * wn(:,:,1) * tsb(:,:,1,jp_sal) ) 
     102      ENDIF 
     103 
    92104      frc_v = frc_v + z_frc_trd_v * rdt 
    93105      frc_t = frc_t + z_frc_trd_t * rdt 
    94106      frc_s = frc_s + z_frc_trd_s * rdt 
     107      !                                          ! Advection flux through fixed surface (z=0) 
     108      IF( .NOT. lk_vvl ) THEN 
     109         frc_wn_t = frc_wn_t + z_wn_trd_t * rdt 
     110         frc_wn_s = frc_wn_s + z_wn_trd_s * rdt 
     111      ENDIF 
    95112 
    96113      ! ----------------------- ! 
    … …  
    100117      zdiff_hc = 0.d0 
    101118      zdiff_sc = 0.d0 
     119 
    102120      ! volume variation (calculated with ssh) 
    103       zdiff_v1 = SUM( surf(:,:) * tmask(:,:,1) * ( sshn(:,:) - ssh_ini(:,:) ) ) 
     121      zdiff_v1 = glob_sum( surf(:,:) * ( sshn(:,:) - ssh_ini(:,:) ) ) 
     122 
     123      ! heat & salt content variation (associated with ssh) 
     124      IF( .NOT. lk_vvl ) THEN 
     125         z_ssh_hc = glob_sum( surf(:,:) * ( tsn(:,:,1,jp_tem) * sshn(:,:) - ssh_hc_loc_ini(:,:) ) ) 
     126         z_ssh_sc = glob_sum( surf(:,:) * ( tsn(:,:,1,jp_sal) * sshn(:,:) - ssh_sc_loc_ini(:,:) ) ) 
     127      ENDIF 
     128 
    104129      DO jk = 1, jpkm1 
    105          ! volume variation (calculated with scale factors) 
    106          zdiff_v2 = zdiff_v2 + SUM( surf(:,:) * tmask(:,:,jk)   & 
     130        ! volume variation (calculated with scale factors) 
     131         zdiff_v2 = zdiff_v2 + glob_sum( surf(:,:) * tmask(:,:,jk)   & 
    107132            &                       * ( fse3t_n(:,:,jk)         & 
    108133            &                           - e3t_ini(:,:,jk) ) ) 
    109134         ! heat content variation 
    110          zdiff_hc = zdiff_hc + SUM( surf(:,:) * tmask(:,:,jk)          & 
     135         zdiff_hc = zdiff_hc + glob_sum( surf(:,:) * tmask(:,:,jk)          & 
    111136            &                       * ( fse3t_n(:,:,jk) * tsn(:,:,jk,jp_tem)   & 
    112137            &                           - hc_loc_ini(:,:,jk) ) ) 
    113138         ! salt content variation 
    114          zdiff_sc = zdiff_sc + SUM( surf(:,:) * tmask(:,:,jk)          & 
     139         zdiff_sc = zdiff_sc + glob_sum( surf(:,:) * tmask(:,:,jk)          & 
    115140            &                       * ( fse3t_n(:,:,jk) * tsn(:,:,jk,jp_sal)   & 
    116141            &                           - sc_loc_ini(:,:,jk) ) ) 
    117142      ENDDO 
    118143 
    119       IF( lk_mpp ) THEN 
    120          CALL mpp_sum( zdiff_hc ) 
    121          CALL mpp_sum( zdiff_sc ) 
    122          CALL mpp_sum( zdiff_v1 ) 
    123          CALL mpp_sum( zdiff_v2 ) 
    124       ENDIF 
    125  
    126144      ! Substract forcing from heat content, salt content and volume variations 
    127145      zdiff_v1 = zdiff_v1 - frc_v 
    128       zdiff_v2 = zdiff_v2 - frc_v 
     146      IF( lk_vvl )   zdiff_v2 = zdiff_v2 - frc_v 
    129147      zdiff_hc = zdiff_hc - frc_t 
    130148      zdiff_sc = zdiff_sc - frc_s 
     149      IF( .NOT. lk_vvl ) THEN 
     150         zdiff_hc1 = zdiff_hc + z_ssh_hc  
     151         zdiff_sc1 = zdiff_sc + z_ssh_sc 
     152         zerr_hc1  = z_ssh_hc - frc_wn_t 
     153         zerr_sc1  = z_ssh_sc - frc_wn_s 
     154      ENDIF 
    131155       
    132156      ! ----------------------- ! 
    … …  
    134158      ! ----------------------- ! 
    135159      zdeltat  = 1.e0 / ( ( kt - nit000 + 1 ) * rdt ) 
    136       WRITE(numhsb , 9020) kt , zdiff_hc / vol_tot , zdiff_hc * fact1  * zdeltat,                                & 
    137          &                      zdiff_sc / vol_tot , zdiff_sc * fact21 * zdeltat, zdiff_sc * fact22 * zdeltat,   & 
    138          &                      zdiff_v1           , zdiff_v1 * fact31 * zdeltat, zdiff_v1 * fact32 * zdeltat,   & 
    139          &                      zdiff_v2           , zdiff_v2 * fact31 * zdeltat, zdiff_v2 * fact32 * zdeltat 
     160      IF( lk_vvl ) THEN 
     161         WRITE(numhsb , 9020) kt , zdiff_hc / vol_tot , zdiff_hc * fact1  * zdeltat,                                & 
     162            &                      zdiff_sc / vol_tot , zdiff_sc * fact21 * zdeltat, zdiff_sc * fact22 * zdeltat,   & 
     163            &                      zdiff_v1           , zdiff_v1 * fact31 * zdeltat, zdiff_v1 * fact32 * zdeltat,   & 
     164            &                      zdiff_v2           , zdiff_v2 * fact31 * zdeltat, zdiff_v2 * fact32 * zdeltat 
     165      ELSE 
     166         WRITE(numhsb , 9030) kt , zdiff_hc1 / vol_tot , zdiff_hc1 * fact1  * zdeltat,                                & 
     167            &                      zdiff_sc1 / vol_tot , zdiff_sc1 * fact21 * zdeltat, zdiff_sc1 * fact22 * zdeltat,   & 
     168            &                      zdiff_v1            , zdiff_v1  * fact31 * zdeltat, zdiff_v1  * fact32 * zdeltat,   & 
     169            &                      zerr_hc1 / vol_tot  , zerr_sc1 / vol_tot 
     170      ENDIF 
    140171 
    141172      IF ( kt == nitend ) CLOSE( numhsb ) 
    … …  
    144175 
    1451769020  FORMAT(I5,11D15.7) 
     1779030  FORMAT(I5,10D15.7) 
    146178      ! 
    147179   END SUBROUTINE dia_hsb 
    … …  
    179211 
    180212      IF( .NOT. ln_diahsb )   RETURN 
     213      IF( .NOT. lk_mpp_rep ) & 
     214        CALL ctl_stop (' Your global mpp_sum if performed in single precision - 64 bits -', & 
     215             &         ' whereas the global sum to be precise must be done in double precision ',& 
     216             &         ' please add key_mpp_rep') 
    181217 
    182218      ! ------------------- ! 
    183219      ! 1 - Allocate memory ! 
    184220      ! ------------------- ! 
    185       ALLOCATE( hc_loc_ini(jpi,jpj,jpk), STAT=ierror ) 
     221      ALLOCATE( hc_loc_ini(jpi,jpj,jpk), sc_loc_ini(jpi,jpj,jpk), & 
     222         &      ssh_hc_loc_ini(jpi,jpj), ssh_sc_loc_ini(jpi,jpj), & 
     223         &      e3t_ini(jpi,jpj,jpk)                            , & 
     224         &      surf(jpi,jpj),  ssh_ini(jpi,jpj), STAT=ierror ) 
    186225      IF( ierror > 0 ) THEN 
    187226         CALL ctl_stop( 'dia_hsb: unable to allocate hc_loc_ini' )   ;   RETURN 
    188       ENDIF 
    189       ALLOCATE( sc_loc_ini(jpi,jpj,jpk), STAT=ierror ) 
    190       IF( ierror > 0 ) THEN 
    191          CALL ctl_stop( 'dia_hsb: unable to allocate sc_loc_ini' )   ;   RETURN 
    192       ENDIF 
    193       ALLOCATE( e3t_ini(jpi,jpj,jpk)   , STAT=ierror ) 
    194       IF( ierror > 0 ) THEN 
    195          CALL ctl_stop( 'dia_hsb: unable to allocate e3t_ini' )      ;   RETURN 
    196       ENDIF 
    197       ALLOCATE( surf(jpi,jpj)          , STAT=ierror ) 
    198       IF( ierror > 0 ) THEN 
    199          CALL ctl_stop( 'dia_hsb: unable to allocate surf' )         ;   RETURN 
    200       ENDIF 
    201       ALLOCATE( ssh_ini(jpi,jpj)       , STAT=ierror ) 
    202       IF( ierror > 0 ) THEN 
    203          CALL ctl_stop( 'dia_hsb: unable to allocate ssh_ini' )      ;   RETURN 
    204227      ENDIF 
    205228 
    … …  
    214237      cl_name    = 'heat_salt_volume_budgets.txt'                         ! name of output file 
    215238      surf(:,:) = e1t(:,:) * e2t(:,:) * tmask(:,:,1) * tmask_i(:,:)      ! masked surface grid cell area 
    216       surf_tot  = SUM( surf(:,:) )                                       ! total ocean surface area 
     239      surf_tot  = glob_sum( surf(:,:) )                                       ! total ocean surface area 
    217240      vol_tot   = 0.d0                                                   ! total ocean volume 
    218241      DO jk = 1, jpkm1 
    219          vol_tot  = vol_tot + SUM( surf(:,:) * tmask(:,:,jk)     & 
    220             &                      * fse3t_n(:,:,jk)         ) 
     242         vol_tot  = vol_tot + glob_sum( surf(:,:) * tmask(:,:,jk)     & 
     243            &                         * fse3t_n(:,:,jk)         ) 
    221244      END DO 
    222       IF( lk_mpp ) THEN  
    223          CALL mpp_sum( vol_tot ) 
    224          CALL mpp_sum( surf_tot ) 
    225       ENDIF 
    226245 
    227246      CALL ctl_opn( numhsb , cl_name , 'UNKNOWN' , 'FORMATTED' , 'SEQUENTIAL' , 1 , numout , lwp , 1 ) 
    228       !                   12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 -> 80 
    229       WRITE( numhsb, 9010 ) "kt   |     heat content budget     |            salt content budget             ",   & 
    230          !                                                   123456789012345678901234567890123456789012345 -> 45 
    231          &                                                  "|            volume budget (ssh)             ",   & 
    232          !                                                   678901234567890123456789012345678901234567890 -> 45 
    233          &                                                  "|            volume budget (e3t)             " 
    234       WRITE( numhsb, 9010 ) "     |      [C]         [W/m2]     |     [psu]        [mmm/s]          [SV]     ",   & 
    235          &                                                  "|     [m3]         [mmm/s]          [SV]     ",   & 
    236          &                                                  "|     [m3]         [mmm/s]          [SV]     " 
    237  
     247      IF( lk_vvl ) THEN 
     248         !                   12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 -> 80 
     249         WRITE( numhsb, 9010 ) "kt   |     heat content budget     |            salt content budget             ",   & 
     250            !                                                   123456789012345678901234567890123456789012345 -> 45 
     251            &                                                  "|            volume budget (ssh)             ",   & 
     252            !                                                   678901234567890123456789012345678901234567890 -> 45 
     253            &                                                  "|            volume budget (e3t)             " 
     254         WRITE( numhsb, 9010 ) "     |      [C]         [W/m2]     |     [psu]        [mmm/s]          [SV]     ",   & 
     255            &                                                  "|     [m3]         [mmm/s]          [SV]     ",   & 
     256            &                                                  "|     [m3]         [mmm/s]          [SV]     " 
     257      ELSE 
     258         !                   12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890 -> 80 
     259         WRITE( numhsb, 9011 ) "kt   |     heat content budget     |            salt content budget             ",   & 
     260            !                                                   123456789012345678901234567890123456789012345 -> 45 
     261            &                                                  "|            volume budget (ssh)             ",   & 
     262            !                                                   678901234567890123456789012345678901234567890 -> 45 
     263            &                                                  "|  Non conservation due to free surface      " 
     264         WRITE( numhsb, 9011 ) "     |      [C]         [W/m2]     |     [psu]        [mmm/s]          [SV]     ",   & 
     265            &                                                  "|     [m3]         [mmm/s]          [SV]     ",   & 
     266            &                                                  "|  [heat - C]     [salt - psu]                " 
     267      ENDIF 
    238268      ! --------------- ! 
    239269      ! 3 - Conversions ! (factors will be multiplied by duration afterwards) 
    … …  
    261291      frc_t = 0.d0                                           ! heat content   -    -   -    -    
    262292      frc_s = 0.d0                                           ! salt content   -    -   -    -          
     293      IF( .NOT. lk_vvl ) THEN 
     294         ssh_hc_loc_ini(:,:) = tsn(:,:,1,jp_tem) * ssh_ini(:,:)   ! initial heat content associated with ssh 
     295         ssh_sc_loc_ini(:,:) = tsn(:,:,1,jp_sal) * ssh_ini(:,:)   ! initial salt content associated with ssh 
     296         frc_wn_t = 0.d0 
     297         frc_wn_s = 0.d0 
     298      ENDIF 
    263299      ! 
    2643009010  FORMAT(A80,A45,A45) 
     3019011  FORMAT(A80,A45,A45) 
    265302      ! 
    266303   END SUBROUTINE dia_hsb_init 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DOM/closea.F90

    r3632 r4219  
    108108            ncsi1(2)   =  97  ;  ncsj1(2)   = 107 
    109109            ncsi2(2)   = 103  ;  ncsj2(2)   = 111 
    110             ncsir(2,1) = 110  ;  ncsjr(2,1) = 111 
    111             !                                            ! Black Sea 1 : west part of the Black Sea  
    112             ncsnr(3)   = 1    ; ncstt(3)   =   2            !            (ie west of the cyclic b.c.) 
    113             ncsi1(3)   = 174  ; ncsj1(3)   = 107            ! put in Med Sea 
    114             ncsi2(3)   = 181  ; ncsj2(3)   = 112 
    115             ncsir(3,1) = 171  ; ncsjr(3,1) = 106  
    116             !                                            ! Black Sea 2 : est part of the Black Sea  
    117             ncsnr(4)   =   1  ;  ncstt(4)   =   2           !               (ie est of the cyclic b.c.) 
    118             ncsi1(4)   =   2  ;  ncsj1(4)   = 107           ! put in Med Sea 
    119             ncsi2(4)   =   6  ;  ncsj2(4)   = 112 
    120             ncsir(4,1) = 171  ;  ncsjr(4,1) = 106  
     110            ncsir(2,1) = 110  ;  ncsjr(2,1) = 111            
     111            !                                            ! Black Sea (crossed by the cyclic boundary condition) 
     112            ncsnr(3:4) =   4  ;  ncstt(3:4) =   2           ! put in Med Sea (north of Aegean Sea) 
     113            ncsir(3:4,1) = 171;  ncsjr(3:4,1) = 106         ! 
     114            ncsir(3:4,2) = 170;  ncsjr(3:4,2) = 106  
     115            ncsir(3:4,3) = 171;  ncsjr(3:4,3) = 105  
     116            ncsir(3:4,4) = 170;  ncsjr(3:4,4) = 105  
     117            ncsi1(3)   = 174  ;  ncsj1(3)   = 107           ! 1 : west part of the Black Sea       
     118            ncsi2(3)   = 181  ;  ncsj2(3)   = 112           !            (ie west of the cyclic b.c.) 
     119            ncsi1(4)   =   2  ;  ncsj1(4)   = 107           ! 2 : east part of the Black Sea  
     120            ncsi2(4)   =   6  ;  ncsj2(4)   = 112           !           (ie east of the cyclic b.c.) 
     121              
     122           
     123 
    121124            !                                        ! ======================= 
    122125         CASE ( 4 )                                  !  ORCA_R4 configuration 
    … …  
    372375      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj), INTENT(inout) ::   p_rnfmsk   ! river runoff mask (rnfmsk array) 
    373376      ! 
    374       INTEGER  ::   jc, jn      ! dummy loop indices 
    375       INTEGER  ::   ii, ij      ! temporary integer 
     377      INTEGER  ::   jc, jn, ji, jj      ! dummy loop indices 
    376378      !!---------------------------------------------------------------------- 
    377379      ! 
    … …  
    379381         IF( ncstt(jc) >= 1 ) THEN            ! runoff mask set to 1 at closed sea outflows 
    380382             DO jn = 1, 4 
    381                ii = mi0( ncsir(jc,jn) ) 
    382                ij = mj0( ncsjr(jc,jn) ) 
    383                p_rnfmsk(ii,ij) = MAX( p_rnfmsk(ii,ij), 1.0_wp ) 
     383                DO jj =    mj0( ncsjr(jc,jn) ), mj1( ncsjr(jc,jn) ) 
     384                   DO ji = mi0( ncsir(jc,jn) ), mi1( ncsir(jc,jn) ) 
     385                      p_rnfmsk(ji,jj) = MAX( p_rnfmsk(ji,jj), 1.0_wp ) 
     386                   END DO 
     387                END DO 
    384388            END DO  
    385389         ENDIF  

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DOM/daymod.F90

    r3851 r4219  
    238238               nday_year = 1 
    239239               nsec_year = ndt05 
     240               IF( nsec1jan000 >= 2 * (2**30 - nsecd * nyear_len(1) / 2 ) ) THEN   ! test integer 4 max value 
     241                  CALL ctl_stop( 'The number of seconds between Jan. 1st 00h of nit000 year and Jan. 1st 00h ',   & 
     242                     &           'of the current year is exceeding the INTEGER 4 max VALUE: 2^31-1 -> 68.09 years in seconds', & 
     243                     & 'You must do a restart at higher frequency (or remove this STOP and recompile everything in I8)' ) 
     244               ENDIF 
    240245               nsec1jan000 = nsec1jan000 + nsecd * nyear_len(1) 
    241246               IF( nleapy == 1 )   CALL day_mth 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DOM/domvvl.F90

    r3294 r4219  
    192192      INTEGER  ::   iku, ikv     ! local integers     
    193193      INTEGER  ::   ii0, ii1, ij0, ij1   ! temporary integers 
    194       REAL(wp) ::   zvt          ! local scalars 
     194      REAL(wp) ::   zvt, zvtip1, zvtjp1  ! local scalars 
    195195      !!---------------------------------------------------------------------- 
    196196      ! 
    … …  
    202202         WRITE(numout,*) '~~~~~~~~~ ' 
    203203         pe3u_b(:,:,jpk) = fse3u_0(:,:,jpk) 
    204          pe3v_b(:,:,jpk) = fse3u_0(:,:,jpk) 
     204         pe3v_b(:,:,jpk) = fse3v_0(:,:,jpk) 
    205205      ENDIF 
    206206       
    … …  
    208208         DO jj = 2, jpjm1 
    209209            DO ji = fs_2, fs_jpim1 
    210                zvt = fse3t_b(ji,jj,jk) * e1e2t(ji,jj) 
    211                pe3u_b(ji,jj,jk) = 0.5_wp * ( zvt + fse3t_b(ji+1,jj,jk) * e1e2t(ji+1,jj) ) / ( e1u(ji,jj) * e2u(ji,jj) ) 
    212                pe3v_b(ji,jj,jk) = 0.5_wp * ( zvt + fse3t_b(ji,jj+1,jk) * e1e2t(ji,jj+1) ) / ( e1v(ji,jj) * e2v(ji,jj) ) 
     210               zvt    = ( fse3t_b(ji  ,jj  ,jk) - fse3t_0(ji  ,jj  ,jk) ) * e1e2t(ji  ,jj  ) 
     211               zvtip1 = ( fse3t_b(ji+1,jj  ,jk) - fse3t_0(ji+1,jj  ,jk) ) * e1e2t(ji+1,jj  ) 
     212               zvtjp1 = ( fse3t_b(ji  ,jj+1,jk) - fse3t_0(ji  ,jj+1,jk) ) * e1e2t(ji  ,jj+1) 
     213               pe3u_b(ji,jj,jk) = fse3u_0(ji,jj,jk) + 0.5_wp * ( zvt + zvtip1 ) / ( e1u(ji,jj) * e2u(ji,jj) ) 
     214               pe3v_b(ji,jj,jk) = fse3v_0(ji,jj,jk) + 0.5_wp * ( zvt + zvtjp1 ) / ( e1v(ji,jj) * e2v(ji,jj) ) 
    213215            END DO 
    214216         END DO 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DOM/domzgr.F90

    r3926 r4219  
    11021102      INTEGER  ::   iip1, ijp1, iim1, ijm1   ! temporary integers 
    11031103      REAL(wp) ::   zrmax, ztaper   ! temporary scalars 
    1104       REAL(wp) ::   zrfact   ! temporary scalars 
    1105       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:  ) :: ztmpi1, ztmpi2, ztmpj1, ztmpj2 
    1106  
    1107       ! 
    1108       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:  ) :: zenv, zri, zrj, zhbat 
     1104      ! 
     1105      REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:  ) :: zenv, ztmp, zmsk, zri, zrj, zhbat 
    11091106 
    11101107      NAMELIST/namzgr_sco/ln_s_sh94, ln_s_sf12, ln_sigcrit, rn_sbot_min, rn_sbot_max, rn_hc, rn_rmax,rn_theta, & 
    … …  
    11141111      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_start('zgr_sco') 
    11151112      ! 
    1116       CALL wrk_alloc( jpi, jpj,      ztmpi1, ztmpi2, ztmpj1, ztmpj2         ) 
    1117       CALL wrk_alloc( jpi, jpj,      zenv, zri, zrj, zhbat     ) 
    1118      ! 
     1113      CALL wrk_alloc( jpi, jpj,      zenv, ztmp, zmsk, zri, zrj, zhbat                           ) 
     1114      ! 
    11191115      REWIND( numnam )                       ! Read Namelist namzgr_sco : sigma-stretching parameters 
    11201116      READ  ( numnam, namzgr_sco ) 
    … …  
    11631159      !                                        ! ============================= 
    11641160      ! use r-value to create hybrid coordinates 
    1165 !     DO jj = 1, jpj 
    1166 !        DO ji = 1, jpi 
    1167 !           zenv(ji,jj) = MAX( bathy(ji,jj), 0._wp ) 
    1168 !        END DO 
    1169 !     END DO 
    1170 !     CALL lbc_lnk( zenv, 'T', 1._wp ) 
    1171       zenv(:,:) = bathy(:,:) 
     1161      DO jj = 1, jpj 
     1162         DO ji = 1, jpi 
     1163            zenv(ji,jj) = MAX( bathy(ji,jj), rn_sbot_min ) 
     1164         END DO 
     1165      END DO 
    11721166      !  
    11731167      ! Smooth the bathymetry (if required) 
    … …  
    11771171      jl = 0 
    11781172      zrmax = 1._wp 
    1179       !      
    1180       ! set scaling factor used in reducing vertical gradients 
    1181       zrfact = ( 1._wp - rn_rmax ) / ( 1._wp + rn_rmax )  
    1182       ! 
    1183       ! initialise temporary evelope depth arrays 
    1184       ztmpi1(:,:) = zenv(:,:) 
    1185       ztmpi2(:,:) = zenv(:,:) 
    1186       ztmpj1(:,:) = zenv(:,:) 
    1187       ztmpj2(:,:) = zenv(:,:) 
    1188       ! 
    1189       ! initialise temporary r-value arrays 
    1190       zri(:,:) = 1._wp 
    1191       zrj(:,:) = 1._wp 
    1192       !                                                            ! ================ ! 
    1193       DO WHILE( jl <= 10000 .AND. ( zrmax - rn_rmax ) > 1.e-8_wp ) !  Iterative loop  ! 
    1194          !                                                         ! ================ ! 
     1173      !                                                     ! ================ ! 
     1174      DO WHILE( jl <= 10000 .AND. zrmax > rn_rmax )         !  Iterative loop  ! 
     1175         !                                                  ! ================ ! 
    11951176         jl = jl + 1 
    11961177         zrmax = 0._wp 
    1197          ! we set zrmax from previous r-values (zri abd zrj) first 
    1198          ! if set after current r-value calculation (as previously) 
    1199          ! we could exit DO WHILE prematurely before checking r-value 
    1200          ! of current zenv 
    1201          DO jj = 1, nlcj 
    1202             DO ji = 1, nlci 
    1203                zrmax = MAX( zrmax, ABS(zri(ji,jj)), ABS(zrj(ji,jj)) ) 
    1204             END DO 
    1205          END DO 
    1206          zri(:,:) = 0._wp 
    1207          zrj(:,:) = 0._wp 
     1178         zmsk(:,:) = 0._wp 
    12081179         DO jj = 1, nlcj 
    12091180            DO ji = 1, nlci 
    12101181               iip1 = MIN( ji+1, nlci )      ! force zri = 0 on last line (ji=ncli+1 to jpi) 
    12111182               ijp1 = MIN( jj+1, nlcj )      ! force zrj = 0 on last raw  (jj=nclj+1 to jpj) 
    1212                IF( (zenv(ji,jj) > 0._wp) .AND. (zenv(iip1,jj) > 0._wp)) THEN 
    1213                   zri(ji,jj) = ( zenv(iip1,jj  ) - zenv(ji,jj) ) / ( zenv(iip1,jj  ) + zenv(ji,jj) ) 
    1214                END IF 
    1215                IF( (zenv(ji,jj) > 0._wp) .AND. (zenv(ji,ijp1) > 0._wp)) THEN 
    1216                   zrj(ji,jj) = ( zenv(ji  ,ijp1) - zenv(ji,jj) ) / ( zenv(ji  ,ijp1) + zenv(ji,jj) ) 
    1217                END IF 
    1218                IF( zri(ji,jj) >  rn_rmax )   ztmpi1(ji  ,jj  ) = zenv(iip1,jj  ) * zrfact 
    1219                IF( zri(ji,jj) < -rn_rmax )   ztmpi2(iip1,jj  ) = zenv(ji  ,jj  ) * zrfact  
    1220                IF( zrj(ji,jj) >  rn_rmax )   ztmpj1(ji  ,jj  ) = zenv(ji  ,ijp1) * zrfact 
    1221                IF( zrj(ji,jj) < -rn_rmax )   ztmpj2(ji  ,ijp1) = zenv(ji  ,jj  ) * zrfact 
     1183               zri(ji,jj) = ABS( zenv(iip1,jj  ) - zenv(ji,jj) ) / ( zenv(iip1,jj  ) + zenv(ji,jj) ) 
     1184               zrj(ji,jj) = ABS( zenv(ji  ,ijp1) - zenv(ji,jj) ) / ( zenv(ji  ,ijp1) + zenv(ji,jj) ) 
     1185               zrmax = MAX( zrmax, zri(ji,jj), zrj(ji,jj) ) 
     1186               IF( zri(ji,jj) > rn_rmax )   zmsk(ji  ,jj  ) = 1._wp 
     1187               IF( zri(ji,jj) > rn_rmax )   zmsk(iip1,jj  ) = 1._wp 
     1188               IF( zrj(ji,jj) > rn_rmax )   zmsk(ji  ,jj  ) = 1._wp 
     1189               IF( zrj(ji,jj) > rn_rmax )   zmsk(ji  ,ijp1) = 1._wp 
    12221190            END DO 
    12231191         END DO 
    12241192         IF( lk_mpp )   CALL mpp_max( zrmax )   ! max over the global domain 
     1193         ! lateral boundary condition on zmsk: keep 1 along closed boundary (use of MAX) 
     1194         ztmp(:,:) = zmsk(:,:)   ;   CALL lbc_lnk( zmsk, 'T', 1._wp ) 
     1195         DO jj = 1, nlcj 
     1196            DO ji = 1, nlci 
     1197                zmsk(ji,jj) = MAX( zmsk(ji,jj), ztmp(ji,jj) ) 
     1198            END DO 
     1199         END DO 
    12251200         ! 
    1226          IF(lwp)WRITE(numout,*) 'zgr_sco :   iter= ',jl, ' rmax= ', zrmax 
     1201         IF(lwp)WRITE(numout,*) 'zgr_sco :   iter= ',jl, ' rmax= ', zrmax, ' nb of pt= ', INT( SUM(zmsk(:,:) ) ) 
    12271202         ! 
    12281203         DO jj = 1, nlcj 
    12291204            DO ji = 1, nlci 
    1230                zenv(ji,jj) = MAX(zenv(ji,jj), ztmpi1(ji,jj), ztmpi2(ji,jj), ztmpj1(ji,jj), ztmpj2(ji,jj) ) 
     1205               iip1 = MIN( ji+1, nlci )     ! last  line (ji=nlci) 
     1206               ijp1 = MIN( jj+1, nlcj )     ! last  raw  (jj=nlcj) 
     1207               iim1 = MAX( ji-1,  1  )      ! first line (ji=nlci) 
     1208               ijm1 = MAX( jj-1,  1  )      ! first raw  (jj=nlcj) 
     1209               IF( zmsk(ji,jj) == 1._wp ) THEN 
     1210                  ztmp(ji,jj) =   (                                                                                   & 
     1211             &      zenv(iim1,ijp1)*zmsk(iim1,ijp1) + zenv(ji,ijp1)*zmsk(ji,ijp1) + zenv(iip1,ijp1)*zmsk(iip1,ijp1)   & 
     1212             &    + zenv(iim1,jj  )*zmsk(iim1,jj  ) + zenv(ji,jj  )*    2._wp     + zenv(iip1,jj  )*zmsk(iip1,jj  )   & 
     1213             &    + zenv(iim1,ijm1)*zmsk(iim1,ijm1) + zenv(ji,ijm1)*zmsk(ji,ijm1) + zenv(iip1,ijm1)*zmsk(iip1,ijm1)   & 
     1214             &                    ) / (                                                                               & 
     1215             &                      zmsk(iim1,ijp1) +               zmsk(ji,ijp1) +                 zmsk(iip1,ijp1)   & 
     1216             &    +                 zmsk(iim1,jj  ) +                   2._wp     +                 zmsk(iip1,jj  )   & 
     1217             &    +                 zmsk(iim1,ijm1) +               zmsk(ji,ijm1) +                 zmsk(iip1,ijm1)   & 
     1218             &                        ) 
     1219               ENDIF 
    12311220            END DO 
    12321221         END DO 
    12331222         ! 
    1234          CALL lbc_lnk( zenv, 'T', 1._wp ) 
     1223         DO jj = 1, nlcj 
     1224            DO ji = 1, nlci 
     1225               IF( zmsk(ji,jj) == 1._wp )   zenv(ji,jj) = MAX( ztmp(ji,jj), bathy(ji,jj) ) 
     1226            END DO 
     1227         END DO 
     1228         ! 
     1229         ! Apply lateral boundary condition   CAUTION: keep the value when the lbc field is zero 
     1230         ztmp(:,:) = zenv(:,:)   ;   CALL lbc_lnk( zenv, 'T', 1._wp ) 
     1231         DO jj = 1, nlcj 
     1232            DO ji = 1, nlci 
     1233               IF( zenv(ji,jj) == 0._wp )   zenv(ji,jj) = ztmp(ji,jj) 
     1234            END DO 
     1235         END DO 
    12351236         !                                                  ! ================ ! 
    12361237      END DO                                                !     End loop     ! 
    12371238      !                                                     ! ================ ! 
    12381239      ! 
    1239 !     DO jj = 1, jpj 
    1240 !        DO ji = 1, jpi 
    1241 !           zenv(ji,jj) = MAX( zenv(ji,jj), rn_sbot_min ) ! set all points to avoid undefined scale values 
    1242 !        END DO 
    1243 !     END DO 
     1240      ! Fill ghost rows with appropriate values to avoid undefined e3 values with some mpp decompositions 
     1241      DO ji = nlci+1, jpi  
     1242         zenv(ji,1:nlcj) = zenv(nlci,1:nlcj) 
     1243      END DO 
     1244      ! 
     1245      DO jj = nlcj+1, jpj 
     1246         zenv(:,jj) = zenv(:,nlcj) 
     1247      END DO 
    12441248      ! 
    12451249      ! Envelope bathymetry saved in hbatt 
    12461250      hbatt(:,:) = zenv(:,:)  
    1247  
    12481251      IF( MINVAL( gphit(:,:) ) * MAXVAL( gphit(:,:) ) <= 0._wp ) THEN 
    12491252         CALL ctl_warn( ' s-coordinates are tapered in vicinity of the Equator' ) 
    12501253         DO jj = 1, jpj 
    12511254            DO ji = 1, jpi 
    1252                ztaper = EXP( -(gphit(ji,jj)/8._wp)**2 ) 
     1255               ztaper = EXP( -(gphit(ji,jj)/8._wp)**2._wp ) 
    12531256               hbatt(ji,jj) = rn_sbot_max * ztaper + hbatt(ji,jj) * ( 1._wp - ztaper ) 
    12541257            END DO 
    … …  
    13651368      fsde3w(:,:,:) = gdep3w(:,:,:) 
    13661369      ! 
    1367       where (e3t   (:,:,:).eq.0.0)  e3t(:,:,:) = 1.0 
    1368       where (e3u   (:,:,:).eq.0.0)  e3u(:,:,:) = 1.0 
    1369       where (e3v   (:,:,:).eq.0.0)  e3v(:,:,:) = 1.0 
    1370       where (e3f   (:,:,:).eq.0.0)  e3f(:,:,:) = 1.0 
    1371       where (e3w   (:,:,:).eq.0.0)  e3w(:,:,:) = 1.0 
    1372       where (e3uw  (:,:,:).eq.0.0)  e3uw(:,:,:) = 1.0 
    1373       where (e3vw  (:,:,:).eq.0.0)  e3vw(:,:,:) = 1.0 
    1374  
     1370      where (e3t   (:,:,:).eq.0.0)  e3t(:,:,:) = 1._wp 
     1371      where (e3u   (:,:,:).eq.0.0)  e3u(:,:,:) = 1._wp 
     1372      where (e3v   (:,:,:).eq.0.0)  e3v(:,:,:) = 1._wp 
     1373      where (e3f   (:,:,:).eq.0.0)  e3f(:,:,:) = 1._wp 
     1374      where (e3w   (:,:,:).eq.0.0)  e3w(:,:,:) = 1._wp 
     1375      where (e3uw  (:,:,:).eq.0.0)  e3uw(:,:,:) = 1._wp 
     1376      where (e3vw  (:,:,:).eq.0.0)  e3vw(:,:,:) = 1._wp 
     1377 
     1378#if defined key_agrif 
     1379      ! Ensure meaningful vertical scale factors in ghost lines/columns 
     1380      IF( .NOT. Agrif_Root() ) THEN 
     1381         !   
     1382         IF((nbondi == -1).OR.(nbondi == 2)) THEN 
     1383            e3u(1,:,:) = e3u(2,:,:) 
     1384         ENDIF 
     1385         ! 
     1386         IF((nbondi ==  1).OR.(nbondi == 2)) THEN 
     1387            e3u(nlci-1,:,:) = e3u(nlci-2,:,:) 
     1388         ENDIF 
     1389         ! 
     1390         IF((nbondj == -1).OR.(nbondj == 2)) THEN 
     1391            e3v(:,1,:) = e3v(:,2,:) 
     1392         ENDIF 
     1393         ! 
     1394         IF((nbondj ==  1).OR.(nbondj == 2)) THEN 
     1395            e3v(:,nlcj-1,:) = e3v(:,nlcj-2,:) 
     1396         ENDIF 
     1397         ! 
     1398      ENDIF 
     1399#endif 
    13751400 
    13761401      fsdept(:,:,:) = gdept (:,:,:) 
    … …  
    14211446         WRITE(numout,"(10x,i4,4f9.2)") ( jk, fsdept(1,1,jk), fsdepw(1,1,jk),     & 
    14221447            &                                 fse3t (1,1,jk), fse3w (1,1,jk), jk=1,jpk ) 
    1423          DO jj = mj0(20), mj1(20) 
    1424             DO ji = mi0(20), mi1(20) 
     1448         iip1 = MIN(20, jpiglo-1)  ! for config with i smaller than 20 points 
     1449         ijp1 = MIN(20, jpjglo-1)  ! for config with j smaller than 20 points 
     1450         DO jj = mj0(ijp1), mj1(ijp1) 
     1451            DO ji = mi0(iip1), mi1(iip1) 
    14251452               WRITE(numout,*) 
    1426                WRITE(numout,*) ' domzgr: vertical coordinates : point (20,20,k)   bathy = ', bathy(ji,jj), hbatt(ji,jj) 
     1453               WRITE(numout,*) ' domzgr: vertical coordinates : point (',iip1,',',ijp1,',k)   bathy = ',  & 
     1454                  &                                              bathy(ji,jj), hbatt(ji,jj) 
    14271455               WRITE(numout,*) ' ~~~~~~  --------------------' 
    14281456               WRITE(numout,"(9x,' level   gdept    gdepw    gde3w     e3t      e3w  ')") 
    … …  
    14311459            END DO 
    14321460         END DO 
    1433          DO jj = mj0(74), mj1(74) 
    1434             DO ji = mi0(100), mi1(100) 
     1461         iip1 = MIN(  74, jpiglo-1) 
     1462         ijp1 = MIN( 100, jpjglo-1) 
     1463         DO jj = mj0(ijp1), mj1(ijp1) 
     1464            DO ji = mi0(iip1), mi1(iip1) 
    14351465               WRITE(numout,*) 
    1436                WRITE(numout,*) ' domzgr: vertical coordinates : point (100,74,k)   bathy = ', bathy(ji,jj), hbatt(ji,jj) 
     1466               WRITE(numout,*) ' domzgr: vertical coordinates : point (',iip1,',',ijp1,',k)   bathy = ',  & 
     1467                  &                                              bathy(ji,jj), hbatt(ji,jj) 
    14371468               WRITE(numout,*) ' ~~~~~~  --------------------' 
    14381469               WRITE(numout,"(9x,' level   gdept    gdepw    gde3w     e3t      e3w  ')") 
    … …  
    14911522      END DO 
    14921523      ! 
    1493       CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,      zenv, ztmpi1, ztmpi2, ztmpj1, ztmpj2, zri, zrj, zhbat                           )      ! 
     1524      CALL wrk_dealloc( jpi, jpj,      zenv, ztmp, zmsk, zri, zrj, zhbat                           ) 
     1525      ! 
    14941526      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_stop('zgr_sco') 
    14951527      ! 
    … …  
    17201752      ENDDO 
    17211753      ! 
    1722       CALL lbc_lnk(e3t ,'T',1.) ; CALL lbc_lnk(e3u ,'T',1.) 
    1723       CALL lbc_lnk(e3v ,'T',1.) ; CALL lbc_lnk(e3f ,'T',1.) 
    1724       CALL lbc_lnk(e3w ,'T',1.) 
    1725       CALL lbc_lnk(e3uw,'T',1.) ; CALL lbc_lnk(e3vw,'T',1.) 
    1726       ! 
    17271754      !                                               ! ============= 
    17281755 
    … …  
    18211848      !!---------------------------------------------------------------------- 
    18221849      ! 
    1823       pf =   (   TANH( rn_theta * ( -(pk-0.5_wp) / REAL(jpkm1) + rn_thetb )  )   & 
     1850      pf =   (   TANH( rn_theta * ( -(pk-0.5_wp) / REAL(jpkm1,wp) + rn_thetb )  )   & 
    18241851         &     - TANH( rn_thetb * rn_theta                                )  )   & 
    18251852         & * (   COSH( rn_theta                           )                      & 
    … …  
    18471874      ! 
    18481875      IF ( rn_theta == 0 ) then      ! uniform sigma 
    1849          pf1 = - ( pk1 - 0.5_wp ) / REAL( jpkm1 ) 
     1876         pf1 = - ( pk1 - 0.5_wp ) / REAL( jpkm1,wp ) 
    18501877      ELSE                        ! stretched sigma 
    1851          pf1 =   ( 1._wp - pbb ) * ( SINH( rn_theta*(-(pk1-0.5_wp)/REAL(jpkm1)) ) ) / SINH( rn_theta )              & 
    1852             &  + pbb * (  (TANH( rn_theta*( (-(pk1-0.5_wp)/REAL(jpkm1)) + 0.5_wp) ) - TANH( 0.5_wp * rn_theta )  )  & 
     1878         pf1 =   ( 1._wp - pbb ) * ( SINH( rn_theta*(-(pk1-0.5_wp)/REAL(jpkm1,wp)) ) ) / SINH( rn_theta )              & 
     1879            &  + pbb * (  (TANH( rn_theta*( (-(pk1-0.5_wp)/REAL(jpkm1,wp)) + 0.5_wp) ) - TANH( 0.5_wp * rn_theta )  )  & 
    18531880            &        / ( 2._wp * TANH( 0.5_wp * rn_theta ) )  ) 
    18541881      ENDIF 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/DYN/dynspg_flt.F90

    r3765 r4219  
    109109      INTEGER  ::   ji, jj, jk   ! dummy loop indices 
    110110      REAL(wp) ::   z2dt, z2dtg, zgcb, zbtd, ztdgu, ztdgv   ! local scalars 
    111       REAL(wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:) ::  zub, zvb 
    112111      !!---------------------------------------------------------------------- 
    113112      ! 
    114113      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_start('dyn_spg_flt') 
    115114      ! 
    116       CALL wrk_alloc( jpi,jpj,jpk, zub, zvb ) 
    117115      ! 
    118116      IF( kt == nit000 ) THEN 
    … …  
    213211         DO jk = 1, jpkm1 
    214212            DO ji = 1, jpij 
    215                spgu(ji,1) = spgu(ji,1) + fse3u(ji,1,jk) * ua(ji,1,jk) 
    216                spgv(ji,1) = spgv(ji,1) + fse3v(ji,1,jk) * va(ji,1,jk) 
     213               spgu(ji,1) = spgu(ji,1) + fse3u_a(ji,1,jk) * ua(ji,1,jk) 
     214               spgv(ji,1) = spgv(ji,1) + fse3v_a(ji,1,jk) * va(ji,1,jk) 
    217215            END DO 
    218216         END DO 
    … …  
    221219            DO jj = 2, jpjm1 
    222220               DO ji = 2, jpim1 
    223                   spgu(ji,jj) = spgu(ji,jj) + fse3u(ji,jj,jk) * ua(ji,jj,jk) 
    224                   spgv(ji,jj) = spgv(ji,jj) + fse3v(ji,jj,jk) * va(ji,jj,jk) 
     221                  spgu(ji,jj) = spgu(ji,jj) + fse3u_a(ji,jj,jk) * ua(ji,jj,jk) 
     222                  spgv(ji,jj) = spgv(ji,jj) + fse3v_a(ji,jj,jk) * va(ji,jj,jk) 
    225223               END DO 
    226224            END DO 
    … …  
    360358      IF( lrst_oce ) CALL flt_rst( kt, 'WRITE' ) 
    361359      ! 
    362       CALL wrk_dealloc( jpi,jpj,jpk, zub, zvb ) 
    363360      ! 
    364361      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_stop('dyn_spg_flt') 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ICB/icb_oce.F90

    r3614 r4219  
    3737   USE par_oce   ! ocean parameters 
    3838   USE lib_mpp   ! MPP library 
    39    USE fldread   ! read input fields (FLD type) 
    4039 
    4140   IMPLICIT NONE 
    … …  
    151150   REAL(wp), PUBLIC, ALLOCATABLE, SAVE, DIMENSION(:,:,:)   :: griddata                           !: work array for icbrst 
    152151 
    153    TYPE(FLD), PUBLIC, ALLOCATABLE     , DIMENSION(:)       ::   sf_icb   !: structure: file information, fields read 
    154  
    155152   !!---------------------------------------------------------------------- 
    156153   !! NEMO/OPA 3.3 , NEMO Consortium (2011) 
    … …  
    168165      ! 
    169166      icb_alloc = 0 
    170       ALLOCATE( berg_grid                      ,                                               & 
    171          &      berg_grid%calving    (jpi,jpj) , berg_grid%calving_hflx (jpi,jpj)          ,   & 
     167      ALLOCATE( berg_grid%calving    (jpi,jpj) , berg_grid%calving_hflx (jpi,jpj)          ,   & 
    172168         &      berg_grid%stored_heat(jpi,jpj) , berg_grid%floating_melt(jpi,jpj)          ,   & 
    173169         &      berg_grid%maxclass   (jpi,jpj) , berg_grid%stored_ice   (jpi,jpj,nclasses) ,   & 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ICB/icbini.F90

    r3785 r4219  
    3535   PUBLIC   icb_init  ! routine called in nemogcm.F90 module 
    3636 
    37    CHARACTER(len=100) ::   cn_dir = './'   ! Root directory for location of icb files 
    38    TYPE(FLD_N)        ::   sn_icb          ! information about the calving file to be read 
     37   CHARACTER(len=100)                                 ::   cn_dir = './'   !: Root directory for location of icb files 
     38   TYPE(FLD_N)                                        ::   sn_icb          !: information about the calving file to be read 
     39   TYPE(FLD), PUBLIC, ALLOCATABLE     , DIMENSION(:)  ::   sf_icb          !: structure: file information, fields read 
     40                                                                           !: used in icbini and icbstp 
    3941 
    4042   !!---------------------------------------------------------------------- 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ICB/icbstp.F90

    r3614 r4219  
    2424   USE lib_mpp 
    2525   USE iom 
     26   USE fldread 
    2627   USE timing         ! timing 
    2728 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/IOM/iom.F90

    r3940 r4219  
    3131   USE sbc_oce, ONLY :   nn_fsbc         ! ocean space and time domain 
    3232   USE trc_oce, ONLY :   nn_dttrc        !  !: frequency of step on passive tracers 
     33   USE icb_oce, ONLY :   class_num       !  !: iceberg classes 
    3334   USE domngb          ! ocean space and time domain 
    3435   USE phycst          ! physical constants 
    … …  
    99100      clname = "nemo" 
    100101      IF( TRIM(Agrif_CFixed()) /= '0' )   clname = TRIM(Agrif_CFixed())//"_"//TRIM(clname) 
     102# if defined key_mpp_mpi 
    101103      CALL xios_context_initialize(TRIM(clname), mpi_comm_opa) 
     104# else 
     105      CALL xios_context_initialize(TRIM(clname), 0) 
     106# endif 
    102107      CALL iom_swap 
    103108 
    … …  
    124129      CALL iom_set_axis_attr( "depthw", gdepw_0 ) 
    125130# if defined key_floats 
    126       CALL iom_set_axis_attr( "nfloat", (ji, ji=1,nfloat) ) 
     131      CALL iom_set_axis_attr( "nfloat", (/ (REAL(ji,wp), ji=1,nfloat) /) ) 
    127132# endif 
     133      CALL iom_set_axis_attr( "icbcla", class_num ) 
    128134       
    129135      ! automatic definitions of some of the xml attributs 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/LBC/lbclnk.F90

    r3768 r4219  
    283283   END SUBROUTINE lbc_lnk_3d 
    284284 
    285    SUBROUTINE lbc_bdy_lnk_3d( pt3d, cd_type, psgn, ib_bdy ) 
    286       !!--------------------------------------------------------------------- 
    287       !!                  ***  ROUTINE lbc_bdy_lnk  *** 
    288       !! 
    289       !! ** Purpose :   wrapper rountine to 'lbc_lnk_3d'. This wrapper is used 
    290       !!                to maintain the same interface with regards to the mpp case 
    291       !! 
    292       !!---------------------------------------------------------------------- 
    293       CHARACTER(len=1)                , INTENT(in   )           ::   cd_type   ! nature of pt3d grid-points 
    294       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk), INTENT(inout)           ::   pt3d      ! 3D array on which the lbc is applied 
    295       REAL(wp)                        , INTENT(in   )           ::   psgn      ! control of the sign  
    296       INTEGER                                                   ::   ib_bdy    ! BDY boundary set 
    297       !! 
    298       CALL lbc_lnk_3d( pt3d, cd_type, psgn) 
    299  
    300    END SUBROUTINE lbc_bdy_lnk_3d 
    301  
    302    SUBROUTINE lbc_bdy_lnk_2d( pt2d, cd_type, psgn, ib_bdy ) 
    303       !!--------------------------------------------------------------------- 
    304       !!                  ***  ROUTINE lbc_bdy_lnk  *** 
    305       !! 
    306       !! ** Purpose :   wrapper rountine to 'lbc_lnk_3d'. This wrapper is used 
    307       !!                to maintain the same interface with regards to the mpp case 
    308       !! 
    309       !!---------------------------------------------------------------------- 
    310       CHARACTER(len=1)                , INTENT(in   )           ::   cd_type   ! nature of pt3d grid-points 
    311       REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj),     INTENT(inout)           ::   pt2d      ! 3D array on which the lbc is applied 
    312       REAL(wp)                        , INTENT(in   )           ::   psgn      ! control of the sign  
    313       INTEGER                                                   ::   ib_bdy    ! BDY boundary set 
    314       !! 
    315       CALL lbc_lnk_2d( pt2d, cd_type, psgn) 
    316  
    317    END SUBROUTINE lbc_bdy_lnk_2d 
    318  
    319285   SUBROUTINE lbc_lnk_2d( pt2d, cd_type, psgn, cd_mpp, pval ) 
    320286      !!--------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    406372   END SUBROUTINE lbc_lnk_2d 
    407373 
     374#endif 
     375 
     376 
     377   SUBROUTINE lbc_bdy_lnk_3d( pt3d, cd_type, psgn, ib_bdy ) 
     378      !!--------------------------------------------------------------------- 
     379      !!                  ***  ROUTINE lbc_bdy_lnk  *** 
     380      !! 
     381      !! ** Purpose :   wrapper rountine to 'lbc_lnk_3d'. This wrapper is used 
     382      !!                to maintain the same interface with regards to the mpp 
     383      !case 
     384      !! 
     385      !!---------------------------------------------------------------------- 
     386      CHARACTER(len=1)                , INTENT(in   )           ::   cd_type   ! nature of pt3d grid-points 
     387      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj,jpk), INTENT(inout)           ::   pt3d      ! 3D array on which the lbc is applied 
     388      REAL(wp)                        , INTENT(in   )           ::   psgn      ! control of the sign  
     389      INTEGER                                                   ::   ib_bdy    ! BDY boundary set 
     390      !! 
     391      CALL lbc_lnk_3d( pt3d, cd_type, psgn) 
     392 
     393   END SUBROUTINE lbc_bdy_lnk_3d 
     394 
     395   SUBROUTINE lbc_bdy_lnk_2d( pt2d, cd_type, psgn, ib_bdy ) 
     396      !!--------------------------------------------------------------------- 
     397      !!                  ***  ROUTINE lbc_bdy_lnk  *** 
     398      !! 
     399      !! ** Purpose :   wrapper rountine to 'lbc_lnk_3d'. This wrapper is used 
     400      !!                to maintain the same interface with regards to the mpp 
     401      !case 
     402      !! 
     403      !!---------------------------------------------------------------------- 
     404      CHARACTER(len=1)                , INTENT(in   )           ::   cd_type   ! nature of pt3d grid-points 
     405      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj),     INTENT(inout)           ::   pt2d      ! 3D array on which the lbc is applied 
     406      REAL(wp)                        , INTENT(in   )           ::   psgn      ! control of the sign  
     407      INTEGER                                                   ::   ib_bdy    ! BDY boundary set 
     408      !! 
     409      CALL lbc_lnk_2d( pt2d, cd_type, psgn) 
     410 
     411   END SUBROUTINE lbc_bdy_lnk_2d 
     412 
     413 
    408414   SUBROUTINE lbc_lnk_2d_e( pt2d, cd_type, psgn, jpri, jprj ) 
    409415      !!--------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    430436   END SUBROUTINE lbc_lnk_2d_e 
    431437 
    432 # endif 
    433438#endif 
    434439 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/LBC/lib_mpp.F90

    r3918 r4219  
    21792179!!gm Remark : this is very time consumming!!! 
    21802180      !                                         ! ------------------------ ! 
    2181             IF( ijpt0 > ijpt1 .OR. iipt0 > iipt1 ) THEN 
     2181        IF(((nbondi .ne. 0) .AND. (ktype .eq. 2)) .OR. ((nbondj .ne. 0) .AND. (ktype .eq. 1))) THEN 
    21822182            ! there is nothing to be migrated 
    2183                lmigr = .FALSE. 
     2183              lmigr = .TRUE. 
    21842184            ELSE 
    2185               lmigr = .TRUE. 
     2185              lmigr = .FALSE. 
    21862186            ENDIF 
    21872187 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/LBC/mppini_2.h90

    r3818 r4219  
    122122      irestj = 1 + MOD( jpjglo - nrecj -1 , jpnj ) 
    123123 
     124#if defined key_nemocice_decomp 
     125      ! Change padding to be consistent with CICE 
     126      ilci(1:jpni-1      ,:) = jpi 
     127      ilci(jpni          ,:) = jpiglo - (jpni - 1) * (jpi - nreci) 
     128 
     129      ilcj(:,      1:jpnj-1) = jpj 
     130      ilcj(:,          jpnj) = jpjglo - (jpnj - 1) * (jpj - nrecj) 
     131#else 
    124132      ilci(1:iresti      ,:) = jpi 
    125133      ilci(iresti+1:jpni ,:) = jpi-1 
    … …  
    127135      ilcj(:,      1:irestj) = jpj 
    128136      ilcj(:, irestj+1:jpnj) = jpj-1 
     137#endif 
    129138 
    130139      IF(lwp) WRITE(numout,*) 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SBC/geo2ocean.F90

    r2715 r4219  
    187187         &      gsinf(jpi,jpj), gcosf(jpi,jpj), STAT=ierr ) 
    188188      IF(lk_mpp)   CALL mpp_sum( ierr ) 
    189       IF( ierr /= 0 )   CALL ctl_stop('STOP', 'angle_msh_geo: unable to allocate arrays' ) 
     189      IF( ierr /= 0 )   CALL ctl_stop('angle: unable to allocate arrays' ) 
    190190 
    191191      ! ============================= ! 
    … …  
    361361            &      gsinlat(jpi,jpj,4) , gcoslat(jpi,jpj,4) , STAT=ierr ) 
    362362         IF( lk_mpp    )   CALL mpp_sum( ierr ) 
    363          IF( ierr /= 0 )   CALL ctl_stop('STOP', 'angle_msh_geo: unable to allocate arrays' ) 
     363         IF( ierr /= 0 )   CALL ctl_stop('geo2oce: unable to allocate arrays' ) 
    364364      ENDIF 
    365365 
    … …  
    438438      !!---------------------------------------------------------------------- 
    439439 
    440       IF( ALLOCATED( gsinlon ) ) THEN 
     440      IF( .NOT. ALLOCATED( gsinlon ) ) THEN 
    441441         ALLOCATE( gsinlon(jpi,jpj,4) , gcoslon(jpi,jpj,4) ,   & 
    442442            &      gsinlat(jpi,jpj,4) , gcoslat(jpi,jpj,4) , STAT=ierr ) 
    443443         IF( lk_mpp    )   CALL mpp_sum( ierr ) 
    444          IF( ierr /= 0 )   CALL ctl_stop('STOP', 'angle_msh_geo: unable to allocate arrays' ) 
     444         IF( ierr /= 0 )   CALL ctl_stop('oce2geo: unable to allocate arrays' ) 
    445445      ENDIF 
    446446 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SBC/sbccpl.F90

    r3914 r4219  
    388388      ! 
    389389      IF( TRIM( sn_rcv_tau%cldes ) /= 'oce and ice' ) THEN        ! 'oce and ice' case ocean stress on ocean mesh used 
    390          srcv(jpr_itz1:jpr_itz2)%laction = .FALSE.    ! ice components not received (itx1 and ity1 used later) 
     390         srcv(jpr_itx1:jpr_itz2)%laction = .FALSE.    ! ice components not received 
    391391         srcv(jpr_itx1)%clgrid = 'U'                  ! ocean stress used after its transformation 
    392392         srcv(jpr_ity1)%clgrid = 'V'                  ! i.e. it is always at U- & V-points for i- & j-comp. resp. 
    … …  
    407407      SELECT CASE( TRIM( sn_rcv_emp%cldes ) ) 
    408408      CASE( 'oce only'      )   ;   srcv(                                 jpr_oemp   )%laction = .TRUE.  
    409       CASE( 'conservative'  )   ;   srcv( (/jpr_rain, jpr_snow, jpr_ievp, jpr_tevp/) )%laction = .TRUE. 
     409      CASE( 'conservative'  ) 
     410         srcv( (/jpr_rain, jpr_snow, jpr_ievp, jpr_tevp/) )%laction = .TRUE. 
     411         IF ( k_ice <= 1 )  srcv(jpr_ivep)%laction = .FALSE. 
    410412      CASE( 'oce and ice'   )   ;   srcv( (/jpr_ievp, jpr_sbpr, jpr_semp, jpr_oemp/) )%laction = .TRUE. 
    411413      CASE default              ;   CALL ctl_stop( 'sbc_cpl_init: wrong definition of sn_rcv_emp%cldes' ) 
    … …  
    465467         CALL ctl_stop( 'sbc_cpl_init: namsbc_cpl namelist mismatch between sn_rcv_qns%cldes and sn_rcv_dqnsdt%cldes' ) 
    466468      !                                                      ! ------------------------- ! 
    467       !                                                      !    Ice Qsr penetration    !    
    468       !                                                      ! ------------------------- ! 
    469       ! fraction of net shortwave radiation which is not absorbed in the thin surface layer  
    470       ! and penetrates inside the ice cover ( Maykut and Untersteiner, 1971 ; Elbert anbd Curry, 1993 ) 
    471       ! Coupled case: since cloud cover is not received from atmosphere  
    472       !               ===> defined as constant value -> definition done in sbc_cpl_init 
    473       fr1_i0(:,:) = 0.18 
    474       fr2_i0(:,:) = 0.82 
    475       !                                                      ! ------------------------- ! 
    476469      !                                                      !      10m wind module      !    
    477470      !                                                      ! ------------------------- ! 
    … …  
    508501      ! Allocate taum part of frcv which is used even when not received as coupling field 
    509502      IF ( .NOT. srcv(jpr_taum)%laction ) ALLOCATE( frcv(jpr_taum)%z3(jpi,jpj,srcv(jn)%nct) ) 
     503      ! Allocate itx1 and ity1 as they are used in sbc_cpl_ice_tau even if srcv(jpr_itx1)%laction = .FALSE. 
     504      IF( k_ice /= 0 ) THEN 
     505         IF ( .NOT. srcv(jpr_itx1)%laction ) ALLOCATE( frcv(jpr_itx1)%z3(jpi,jpj,srcv(jn)%nct) ) 
     506         IF ( .NOT. srcv(jpr_ity1)%laction ) ALLOCATE( frcv(jpr_ity1)%z3(jpi,jpj,srcv(jn)%nct) ) 
     507      END IF 
    510508 
    511509      ! ================================ ! 
    … …  
    13291327      END SELECT 
    13301328 
     1329      !    Ice Qsr penetration used (only?)in lim2 or lim3  
     1330      ! fraction of net shortwave radiation which is not absorbed in the thin surface layer  
     1331      ! and penetrates inside the ice cover ( Maykut and Untersteiner, 1971 ; Elbert anbd Curry, 1993 ) 
     1332      ! Coupled case: since cloud cover is not received from atmosphere  
     1333      !               ===> defined as constant value -> definition done in sbc_cpl_init 
     1334      fr1_i0(:,:) = 0.18 
     1335      fr2_i0(:,:) = 0.82 
     1336 
     1337 
    13311338      CALL wrk_dealloc( jpi,jpj, zcptn, ztmp, zicefr ) 
    13321339      ! 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SBC/sbcmod.F90

    r3905 r4219  
    221221      ENDIF 
    222222      ! 
     223                          CALL sbc_ssm_init               ! Sea-surface mean fields initialisation 
     224      ! 
    223225      IF( ln_ssr      )   CALL sbc_ssr_init               ! Sea-Surface Restoring initialisation 
    224226      ! 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/SOL/solmat.F90

    r3609 r4219  
    3030   USE lbclnk          ! lateral boudary conditions 
    3131   USE lib_mpp         ! distributed memory computing 
     32   USE c1d               ! 1D vertical configuration 
    3233   USE in_out_manager  ! I/O manager 
    3334   USE timing          ! timing 
    … …  
    271272       
    272273      ! SOR and PCG solvers 
     274      IF( lk_c1d ) CALL lbc_lnk( gcdmat, 'T', 1._wp ) ! 1D case bmask =/0  but gcdmat not define everywhere  
    273275      DO jj = 1, jpj 
    274276         DO ji = 1, jpi 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/TRA/eosbn2.F90

    r3625 r4219  
    675675 
    676676 
    677    FUNCTION tfreez( psal ) RESULT( ptf ) 
     677   FUNCTION tfreez( psal, pdep ) RESULT( ptf ) 
    678678      !!---------------------------------------------------------------------- 
    679679      !!                 ***  ROUTINE eos_init  *** 
    … …  
    688688      !!---------------------------------------------------------------------- 
    689689      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj), INTENT(in   ) ::   psal   ! salinity             [psu] 
     690      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj), INTENT(in   ), OPTIONAL ::   pdep   ! depth      [decibars] 
    690691      ! Leave result array automatic rather than making explicitly allocated 
    691692      REAL(wp), DIMENSION(jpi,jpj)                ::   ptf    ! freezing temperature [Celcius] 
    … …  
    694695      ptf(:,:) = ( - 0.0575_wp + 1.710523e-3_wp * SQRT( psal(:,:) )   & 
    695696         &                     - 2.154996e-4_wp *       psal(:,:)   ) * psal(:,:) 
     697      IF ( PRESENT( pdep ) ) THEN    
     698         ptf(:,:) = ptf(:,:) - 7.53e-4_wp * pdep(:,:) 
     699      ENDIF 
    696700      ! 
    697701   END FUNCTION tfreez 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/step.F90

    r3769 r4219  
    271271      ! 
    272272#if defined key_iomput 
    273       IF( kstp == nitend   )   CALL xios_context_finalize() ! needed for XIOS+AGRIF 
     273      IF( kstp == nitend .OR. indic < 0 )   CALL xios_context_finalize() ! needed for XIOS+AGRIF 
    274274#endif 
    275275      ! 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/SAS_SRC/daymod.F90

    r3851 r4219  
    246246               nday_year = 1 
    247247               nsec_year = ndt05 
     248               IF( nsec1jan000 >= 2 * (2**30 - nsecd * nyear_len(1) / 2 ) ) THEN   ! test integer 4 max value 
     249                  CALL ctl_stop( 'The number of seconds between Jan. 1st 00h of nit000 year and Jan. 1st 00h ',   & 
     250                     &           'of the current year is exceeding the INTEGER 4 max VALUE: 2^31-1 -> 68.09 years in seconds', & 
     251                     & 'You must do a restart at higher frequency (or remove this STOP and recompile everything in I8)' ) 
     252               ENDIF 
    248253               nsec1jan000 = nsec1jan000 + nsecd * nyear_len(1) 
    249254               IF( nleapy == 1 )   CALL day_mth 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zfechem.F90

    r3904 r4219  
    129129                  zoxy   = trn(ji,jj,jk,jpoxy) * ( rhop(ji,jj,jk) / 1.e3 ) 
    130130                  ! Fe2+ oxydation rate from Santana-Casiano et al. (2005) 
    131                   zkox   = 35.407 - 6.7109 * zph + 0.5342 * zph * zph - 5362.6 / ( tsn(ji,jj,1,jp_tem) + 273.15 )  & 
     131                  zkox   = 35.407 - 6.7109 * zph + 0.5342 * zph * zph - 5362.6 / ( tsn(ji,jj,jk,jp_tem) + 273.15 )  & 
    132132                    &    - 0.04406 * SQRT( tsn(ji,jj,jk,jp_sal) ) - 0.002847 * tsn(ji,jj,jk,jp_sal) 
    133133                  zkox   = ( 10.** zkox ) * spd 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsed.F90

    r3905 r4219  
    8282      IF( nn_timing == 1 )  CALL timing_start('p4z_sed') 
    8383      ! 
    84       IF( kt == nit000 .AND. jnt == 1 )  THEN 
     84      IF( kt == nittrc000 .AND. jnt == 1 )  THEN 
    8585         ryyss    = nyear_len(1) * rday    ! number of seconds per year and per month 
    8686         rmtss    = ryyss / raamo 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/P4Z/p4zsms.F90

    r3882 r4219  
    7676      ENDIF 
    7777      ! 
    78       IF( ln_rsttr .AND. kt == nittrc000 )                         CALL p4z_rst( nittrc000, 'READ' )  !* read or initialize all required fields  
     78      IF( kt == nittrc000 ) THEN 
     79        ! 
     80        CALL p4z_che                              ! initialize the chemical constants 
     81        ! 
     82        IF( .NOT. ln_rsttr ) THEN  ;   CALL p4z_ph_ini   !  set PH at kt=nit000  
     83        ELSE                       ;   CALL p4z_rst( nittrc000, 'READ' )  !* read or initialize all required fields  
     84        ENDIF 
     85        ! 
     86      ENDIF 
     87 
    7988      IF( ln_pisdmp .AND. MOD( kt - nn_dttrc, nn_pisdmp ) == 0 )   CALL p4z_dmp( kt )      ! Relaxation of some tracers 
    8089      ! 
    … …  
    238247   END SUBROUTINE p4z_sms_init 
    239248 
     249   SUBROUTINE p4z_ph_ini 
     250      !!--------------------------------------------------------------------- 
     251      !!                   ***  ROUTINE p4z_ini_ph  *** 
     252      !! 
     253      !!  ** Purpose : Initialization of chemical variables of the carbon cycle 
     254      !!--------------------------------------------------------------------- 
     255      INTEGER  ::  ji, jj, jk 
     256      REAL(wp) ::  zcaralk, zbicarb, zco3 
     257      REAL(wp) ::  ztmas, ztmas1 
     258      !!--------------------------------------------------------------------- 
     259 
     260      ! Set PH from  total alkalinity, borat (???), akb3 (???) and ak23 (???) 
     261      ! -------------------------------------------------------- 
     262      DO jk = 1, jpk 
     263         DO jj = 1, jpj 
     264            DO ji = 1, jpi 
     265               ztmas   = tmask(ji,jj,jk) 
     266               ztmas1  = 1. - tmask(ji,jj,jk) 
     267               zcaralk = trn(ji,jj,jk,jptal) - borat(ji,jj,jk) / (  1. + 1.E-8 / ( rtrn + akb3(ji,jj,jk) )  ) 
     268               zco3    = ( zcaralk - trn(ji,jj,jk,jpdic) ) * ztmas + 0.5e-3 * ztmas1 
     269               zbicarb = ( 2. * trn(ji,jj,jk,jpdic) - zcaralk ) 
     270               hi(ji,jj,jk) = ( ak23(ji,jj,jk) * zbicarb / zco3 ) * ztmas + 1.e-9 * ztmas1 
     271            END DO 
     272         END DO 
     273     END DO 
     274     ! 
     275   END SUBROUTINE p4z_ph_ini 
     276 
    240277   SUBROUTINE p4z_rst( kt, cdrw ) 
    241278      !!--------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    266303         ELSE 
    267304!            hi(:,:,:) = 1.e-9  
    268             ! Set PH from  total alkalinity, borat (???), akb3 (???) and ak23 (???) 
    269             ! -------------------------------------------------------- 
    270             DO jk = 1, jpk 
    271                DO jj = 1, jpj 
    272                   DO ji = 1, jpi 
    273                      ztmas   = tmask(ji,jj,jk) 
    274                      ztmas1  = 1. - tmask(ji,jj,jk) 
    275                      zcaralk = trn(ji,jj,jk,jptal) - borat(ji,jj,jk) / (  1. + 1.E-8 / ( rtrn + akb3(ji,jj,jk) )  ) 
    276                      zco3    = ( zcaralk - trn(ji,jj,jk,jpdic) ) * ztmas + 0.5e-3 * ztmas1 
    277                      zbicarb = ( 2. * trn(ji,jj,jk,jpdic) - zcaralk ) 
    278                      hi(ji,jj,jk) = ( ak23(ji,jj,jk) * zbicarb / zco3 ) * ztmas + 1.e-9 * ztmas1 
    279                   END DO 
    280                END DO 
    281             END DO 
     305            CALL p4z_ph_ini 
    282306         ENDIF 
    283307         CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'Silicalim', xksi(:,:) ) 
    … …  
    392416#endif 
    393417            &                    + trn(:,:,:,jpsfe)                     & 
    394             &                    + trn(:,:,:,jpzoo)                     & 
     418            &                    + trn(:,:,:,jpzoo) * ferat3            & 
    395419            &                    + trn(:,:,:,jpmes) * ferat3            ) * cvol(:,:,:)  ) 
    396420 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/PISCES/trcini_pisces.F90

    r3757 r4219  
    122122      rdenita =   3._wp /  5._wp 
    123123      o2ut    = 131._wp / 122._wp 
    124  
    125       CALL p4z_che        ! initialize the chemical constants 
    126124 
    127125      ! Initialization of tracer concentration in case of  no restart  
    … …  
    162160         xksi(:,:)    = 2.e-6 
    163161         xksimax(:,:) = xksi(:,:) 
    164  
    165          ! Initialization of chemical variables of the carbon cycle 
    166          ! -------------------------------------------------------- 
    167          DO jk = 1, jpk 
    168             DO jj = 1, jpj 
    169                DO ji = 1, jpi 
    170                   ztmas   = tmask(ji,jj,jk) 
    171                   ztmas1  = 1. - tmask(ji,jj,jk) 
    172                   zcaralk = trn(ji,jj,jk,jptal) - borat(ji,jj,jk) / (  1. + 1.E-8 / ( rtrn + akb3(ji,jj,jk) )  ) 
    173                   zco3    = ( zcaralk - trn(ji,jj,jk,jpdic) ) * ztmas + 0.5e-3 * ztmas1 
    174                   zbicarb = ( 2. * trn(ji,jj,jk,jpdic) - zcaralk ) 
    175                   hi(ji,jj,jk) = ( ak23(ji,jj,jk) * zbicarb / zco3 ) * ztmas + 1.e-9 * ztmas1 
    176                END DO 
    177             END DO 
    178          END DO 
    179          ! 
     162        ! 
    180163      END IF 
    181164 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/SETTE/all_functions.sh

    r3294 r4219  
    9696   if [ ${#} -lt ${minargcount} ] 
    9797   then 
    98       echo "not enought arguments for set_namelist" 
     98      echo "not enough arguments for set_namelist" 
    9999      echo "${usage}" 
    100100      exit 1 
    … …  
    113113      echo "doing \"set_namelist $@\". " 
    114114      echo "variable: \"$2\" is empty" 
    115       echo "control that variable $2 is in \"${EXE_DIR}/$1\" " 
     115      echo "confirm that variable $2 is in \"${EXE_DIR}/$1\" " 
    116116      echo "exit" 
    117117      echo "error in executing script : set_namelist $@" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    … …  
    128128        echo "                " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
    129129} 
     130 
    130131 
    131132# function to tidy up after each test and populate the NEMO_VALIDATION store 
    … …  
    216217    fi 
    217218} 
     219 
     220############################################################# 
     221# extra functions to manipulate settings in the iodef.xml file 
     222# 
     223# Examples: 
     224#   set_xio_file_type    iodef.xml one_file 
     225#   set_xio_using_server iodef.xml true 
     226#   set_xio_buffer_size  iodef.xml 50000000 
     227# 
     228############################################################# 
     229 
     230usage2=" Usage : set_xio_file_type input_iodef.xml one_file||multiple_file" 
     231usage3=" Usage : set_xio_using_server input_iodef.xml true||false" 
     232usage4=" Usage : set_xio_buffer_size input_iodef.xml int_buffer_size" 
     233 
     234set_xio_file_type () { 
     235        minargcount=2 
     236        if [ ${#} -lt ${minargcount} ] 
     237        then 
     238                echo "not enough arguments for set_xio_file_type" 
     239                echo "${usage2}" 
     240                exit 1 
     241        fi 
     242        if [ $2 != "one_file" ] && [ $2 != "multiple_file" ] 
     243        then 
     244                echo "unrecognised argument for set_xio_file_type" 
     245                echo "${usage2}" 
     246                echo $2 
     247                exit 1 
     248        fi 
     249        unset minargcount 
     250        if [  ! -f ${SETTE_DIR}/output.sette ] ; then 
     251                touch ${SETTE_DIR}/output.sette 
     252        fi 
     253 
     254        echo "executing script : set_xio_file_type $@" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     255        echo "################" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     256 
     257        VAR_NAME=$( grep "^.*<.*file_definition.*type.*=" ${EXE_DIR}/$1 | sed -e "s% *\!.*%%" ) 
     258        if [ ${#VAR_NAME} -eq 0 ] 
     259        then 
     260                echo "doing \"set_xio_file_type $@\". " 
     261                echo "xml_tag: file_definition with variable: type is empty" 
     262                echo "confirm that an appropriate file_definition is in \"${EXE_DIR}/$1\" " 
     263                echo "exit" 
     264                echo "error in executing script : set_xio_file_type $@" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     265                echo "....." >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     266                exit 1 
     267        fi 
     268        if [ $2 == "one_file" ]  
     269        then 
     270           sed -e "s:multiple_file:one_file:" ${EXE_DIR}/$1 > ${EXE_DIR}/$1.tmp 
     271        else 
     272           sed -e "s:one_file:multiple_file:" ${EXE_DIR}/$1 > ${EXE_DIR}/$1.tmp 
     273        fi 
     274        mv ${EXE_DIR}/$1.tmp ${EXE_DIR}/$1 
     275 
     276        echo "finished script : set_xio_file_type $@" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     277        echo "++++++++++++++++" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     278        echo "                " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     279} 
     280 
     281set_xio_using_server () { 
     282        minargcount=2 
     283        if [ ${#} -lt ${minargcount} ] 
     284        then 
     285                echo "not enough arguments for set_xio_using_server" 
     286                echo "${usage2}" 
     287                exit 1 
     288        fi 
     289        if [ $2 != "true" ] && [ $2 != "false" ] 
     290        then 
     291                echo "unrecognised argument for set_xio_using_server" 
     292                echo "${usage2}" 
     293                echo $2 
     294                exit 1 
     295        fi 
     296        unset minargcount 
     297        if [  ! -f ${SETTE_DIR}/output.sette ] ; then 
     298                touch ${SETTE_DIR}/output.sette 
     299        fi 
     300 
     301        echo "executing script : set_xio_using_server $@" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     302        echo "################" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     303 
     304        VAR_NAME=$( grep "^.*<.*variable id.*=.*using_server.*=.*boolean" ${EXE_DIR}/$1 | sed -e "s% *\!.*%%" ) 
     305        if [ ${#VAR_NAME} -eq 0 ] 
     306        then 
     307                echo "doing \"set_xio_using_server $@\". " 
     308                echo "xml_tag: "variable id=using_server" with variable: boolean is empty" 
     309                echo "confirm that an appropriate variable id is in \"${EXE_DIR}/$1\" " 
     310                echo "exit" 
     311                echo "error in executing script : set_xio_using_server $@" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     312                echo "....." >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     313                exit 1 
     314        fi 
     315        if [ $2 == "false" ] 
     316        then 
     317           sed -e "/using_server/s:true:false:" ${EXE_DIR}/$1 > ${EXE_DIR}/$1.tmp 
     318           export USING_MPMD=no 
     319        else 
     320           sed -e "/using_server/s:false:true:" ${EXE_DIR}/$1 > ${EXE_DIR}/$1.tmp 
     321           export USING_MPMD=yes 
     322        fi 
     323        mv ${EXE_DIR}/$1.tmp ${EXE_DIR}/$1 
     324 
     325        echo "finished script : set_xio_using_server $@" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     326        echo "++++++++++++++++" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     327        echo "                " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     328} 
     329 
     330set_xio_buffer_size () { 
     331        minargcount=2 
     332        if [ ${#} -lt ${minargcount} ] 
     333        then 
     334                echo "not enough arguments for set_xio_buffer_size" 
     335                echo "${usage4}" 
     336                exit 1 
     337        fi 
     338        unset minargcount 
     339        if [  ! -f ${SETTE_DIR}/output.sette ] ; then 
     340                touch ${SETTE_DIR}/output.sette 
     341        fi 
     342 
     343        echo "executing script : set_xio_buffer_size $@" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     344        echo "################" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     345 
     346        VAR_NAME=$( grep "^.*<.*variable id.*=.*buffer_size.*=.*integer" ${EXE_DIR}/$1 | sed -e "s% *\!.*%%" ) 
     347        if [ ${#VAR_NAME} -eq 0 ] 
     348        then 
     349                echo "doing \"set_xio_buffer_size $@\". " 
     350                echo "xml_tag: "variable id=buffer_size" with variable: integer is empty" 
     351                echo "confirm that an appropriate variable id is in \"${EXE_DIR}/$1\" " 
     352                echo "exit" 
     353                echo "error in executing script : set_xio_buffer_size $@" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     354                echo "....." >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     355                exit 1 
     356        fi 
     357        sed -e "/buffer_size/s:>.*<:>$2<:" ${EXE_DIR}/$1 > ${EXE_DIR}/$1.tmp 
     358        mv ${EXE_DIR}/$1.tmp ${EXE_DIR}/$1 
     359 
     360        echo "finished script : set_xio_buffer_size $@" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     361        echo "++++++++++++++++" >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     362        echo "                " >> ${SETTE_DIR}/output.sette 
     363} 
     364 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/SETTE/iodef_sette.xml

    r3764 r4219  
    2121    --> 
    2222     
    23     <file_definition type="multiple_file" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
     23    <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="1d" min_digits="4"> 
    2424     
    2525      <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".FALSE."/> <!-- 1h files --> 
    … …  
    5454     
    5555   <axis_definition>   
    56       <axis id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m"  /><!-- positive=".FALSE." --> 
    57       <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m"  /><!-- positive=".FALSE." --> 
    58       <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m"  /><!-- positive=".FALSE." --> 
    59       <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m"  /><!-- positive=".FALSE." --> 
     56      <axis id="deptht" long_name="Vertical T levels" unit="m" positive="down" /> 
     57      <axis id="depthu" long_name="Vertical U levels" unit="m" positive="down" /> 
     58      <axis id="depthv" long_name="Vertical V levels" unit="m" positive="down" /> 
     59      <axis id="depthw" long_name="Vertical W levels" unit="m" positive="down" /> 
    6060      <axis id="nfloat" long_name="Float number"      unit="-"  /> 
     61      <axis id="icbcla" long_name="Iceberg class"     unit="-"  /> 
    6162   </axis_definition>  
    6263     

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/SETTE/prepare_job.sh

    r3680 r4219  
    6868# 
    6969 
    70 usage=" Usage : ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG JOB_FILE" 
    71 usage=" example : ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 8 SHORT no/yes $JOB_FILE" 
    72  
    73  
    74 minargcount=5 
     70usage=" Usage : ./prepare_job.sh INPUT_FILE_CONFIG_NAME NUMBER_PROC TEST_NAME MPI_FLAG JOB_FILE NUM_XIO_SERVERS" 
     71usage=" example : ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg 8 SHORT no/yes $JOB_FILE 0" 
     72 
     73 
     74minargcount=6 
    7575        if [ ${#} -lt ${minargcount} ] 
    7676        then 
    … …  
    9393MPI_FLAG=$4 
    9494JOB_FILE=$5 
     95NXIO_PROC=$6 
    9596 
    9697# export EXE_DIR. This directory is used to execute model  
    … …  
    185186      case ${COMPILER} in  
    186187         ALTIX_NAUTILUS_MPT) 
    187                                 NB_REM=$( echo $NB_PROC | awk '{print $1 % 4}') 
     188                                NB_REM=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{print ( $1 + $2 ) % 4}') 
    188189               if [ ${NB_REM} == 0 ] ; then 
    189190               # number of processes required is an integer multiple of 4 
    190191               # 
    191                NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{print $1 / 4}') 
     192               NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{print ($1 + $2 ) / 4}') 
    192193            else 
    193194               # 
    … …  
    195196               # round up the number of nodes required. 
    196197               # 
    197                NB_NODES=$( echo $NB_PROC | awk '{printf("%d",$1 / 4 + 1 )}') 
     198               NB_NODES=$( echo $NB_PROC $NXIO_PROC | awk '{printf("%d",($1 + $2 ) / 4 + 1 )}') 
    198199                  fi 
    199200            ;; 
    … …  
    229230# Pass settings into job file by using sed to edit predefined strings 
    230231# 
    231         cat ${SETTE_DIR}/job_batch_template | sed -e"s/NODES/${NB_NODES}/" -e"s/NPROCS/${NB_PROC}/" \ 
     232        cat ${SETTE_DIR}/job_batch_template | sed -e"s/NODES/${NB_NODES}/" \ 
     233             -e"s/NPROCS/${NB_PROC}/" \ 
     234             -e"s/NXIOPROCS/${NXIO_PROC}/" \ 
    232235             -e"s:DEF_SETTE_DIR:${SETTE_DIR}:" -e"s:DEF_INPUT_DIR:${INPUT_DIR}:" \ 
    233236             -e"s:DEF_EXE_DIR:${EXE_DIR}:" \ 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/SETTE/sette.sh

    r3708 r4219  
    22############################################################ 
    33# Author : Simona Flavoni for NEMO 
    4 # Contact : sflod@locean-ipsl.upmc.fr 
     4# Contact: sflod@locean-ipsl.upmc.fr 
     5# 2013   : A.C. Coward added options for testing with XIOS in dettached mode 
    56# 
    67# sette.sh   : principal script of SET TEsts for NEMO (SETTE) 
    … …  
    1516#set -u 
    1617#set -e 
    17 #+ 
    18 # 
    19 # ================ 
    20 # sette.sh 
    21 # ================ 
    22 # 
    23 # ---------------------------------------------- 
    24 # Set of tests for NEMO 
    25 # ---------------------------------------------- 
    26 # 
    27 # SYNOPSIS 
    28 # ======== 
    29 # 
    30 # :: 
    31 # 
    32 #  $ ./sette.sh 
    33 # 
     18# =========== 
    3419# DESCRIPTION 
    3520# =========== 
    … …  
    3722# Variables to be checked by user: 
    3823# 
    39 # COMPILER : name of compiler as defined in NEMOGCM/ARCH directory  
    40 # 
    41 # BATCH_COMMAND :  name of the command for batch submission 
    42 # 
    43 # INTERACT_FLAG :  flag to run in interactive mode "yes" 
    44 #                       to run in batch mode "no" 
    45 # 
    46 # MPIRUN_FLAG   :  flag to run in parallel (MPI) "yes" 
    47 #                       to run in sequential mode (NB_PROC = 1) "no" 
     24# COMPILER          : name of compiler as defined in NEMOGCM/ARCH directory  
     25# BATCH_COMMAND_PAR :  name of the command for submitting parallel batch jobs 
     26# BATCH_COMMAND_SEQ :  name of the command for submitting sequential batch jobs   
     27# INTERACT_FLAG     : flag to run in interactive mode "yes" 
     28#                           to run in batch mode "no" 
     29# MPIRUN_FLAG       : flag to run in parallel (MPI) "yes" 
     30#                           to run in sequential mode (NB_PROC = 1) "no" 
     31# USING_XIOS        : flag to control the activation of key_iomput 
     32#                      "yes" to compile using key_iomput and link to the external XIOS library 
     33#                      "no"  to compile without key_iomput and link to the old IOIPSL library 
     34# USING_MPMD        : flag to control the use of stand-alone IO servers 
     35#                     requires USING_XIOS="yes" 
     36#                      "yes" to run in MPMD (detached) mode with stand-alone IO servers 
     37#                      "no"  to run in SPMD (attached) mode without separate IO servers  
     38# NUM_XIOSERVERS    : number of stand-alone IO servers to employ 
     39#                     set to zero if USING_MPMD="no" 
    4840# 
    4941# Principal script is sette.sh, that calls  
    5042# 
    51 #  makenemo  
    52 # 
    53 #   creates the exectuable in ${CONFIG_NAME}/BLD/bin/nemo.exe  (and its link opa in ${CONFIG_NAME}/EXP00) 
     43#  makenemo  : to create successive exectuables in ${CONFIG_NAME}/BLD/bin/nemo.exe  
     44#              and links to opa in ${CONFIG_NAME}/EXP00) 
    5445# 
    5546#  param.cfg : sets and loads following directories: 
    5647# 
    57 #   FORCING_DIR : is the directory for forcing files (tarfile) 
    58 # 
    59 #   INPUT_DIR : is the directory for input files storing  
    60 # 
    61 #   TMPDIR : is the temporary directory (if needed) 
     48#   FORCING_DIR         : is the directory for forcing files (tarfile) 
     49#   INPUT_DIR           : is the directory for input files storing  
     50#   TMPDIR              : is the temporary directory (if needed) 
     51#   NEMO_VALIDATION_DIR : is the validation directory 
     52# 
     53#   (NOTE: this file is the same for all configrations to be tested with sette) 
     54# 
     55#   all_functions.sh : loads functions used by sette (note: new functions can be added here) 
     56#   set_namelist     : function declared in all_functions that sets namelist parameters  
     57#   post_test_tidyup : creates validation storage directory and copies required output files  
     58#                      (solver.stat and ocean.output) in it after execution of test. 
     59# 
     60#  VALIDATION tree is: 
     61# 
     62#   NEMO_VALIDATION_DIR/WCONFIG_NAME/WCOMPILER_NAME/TEST_NAME/REVISION_NUMBER(or DATE) 
     63# 
     64#  prepare_exe_dir.sh : defines and creates directory where the test is executed 
     65#                       execution directory takes name of TEST_NAME defined for every test  
     66#                       in sette.sh. (each test in executed in its own directory) 
     67# 
     68#  prepare_job.sh     : to generate the script run_job.sh 
     69# 
     70#  fcm_job.sh         : run in batch (INTERACT_FLAG="no") or interactive (INTERACT_FLAG="yes") 
     71#                        see sette.sh and BATCH_TEMPLATE directory 
     72# 
     73#  NOTE: jobs requiring initial or forcing data need to have an input_CONFIG.cfg in which  
     74#        can be found paths to the input tar file) 
     75#  NOTE: if job is not launched for any reason you have the executable ready in ${EXE_DIR}  
     76#        directory 
     77#  NOTE: the changed namelists are left in ${EXE_DIR} directory whereas original namelists  
     78#        remain in ${NEW_CONF}/EXP00 
    6279#  
    63 #   NEMO_VALIDATION_DIR : is the validation directory 
    64 # 
    65 #   (NOTE: this file is the same for all configrations to be tested with sette) 
    66 # 
    67 # 
    68 #  all_functions.sh : loads functions used by sette (note: new functions can be added here) 
    69 # 
    70 #   set_namelist : function declared in all_functions that set namelist parameters for tests 
    71 # 
    72 #   post_test_tidyup : creates validation storage directory and copy needed output files (solver.stat and ocean.output) in it after execution of test. 
    73 # 
    74 #   Tree of VALIDATION is: 
    75 # 
    76 #   NEMO_VALIDATION_DIR/WCONFIG_NAME/WCOMPILER_NAME/TEST_NAME/REVISION_NUMBER(or DATE) 
    77 # 
    78 # 
    79 #  prepare_exe_dir.sh : defines and creates directory where the test is executed 
    80 # 
    81 #       execution directory takes name of TEST_NAME defined in every test in sette.sh 
    82 # 
    83 #       ( each test in executed in its own directory ) 
    84 # 
    85 # 
    86 #  prepare_job.sh 
    87 # 
    88 #  to generate the script run_job.sh 
    89 # 
    90 #  fcm_job.sh  
    91 # 
    92 #   run in batch (INTERACT_FLAG="no") or interactive (INTERACT_FLAG="yes") see sette.sh and BATCH_TEMPLATE directory 
    93 # 
    94 #   (note this job needs to have an input_CONFIG.cfg in which can be found input tar file) 
    95 #  
    96 #  NOTE: if job is not launched for some problems you have executable ready in ${EXE_DIR} directory 
    97 # 
    98 #  NOTE: the changed namelists are leaved in ${EXE_DIR} directory whereas original namelist remains in ${NEW_CONF}/EXP00 
    99 #  
    100 #  in ${SETTE_DIR} is created output.sette with the echo of executed commands 
    101 # 
    102 #  if sette.sh is stopped in output.sette there is written the last command executed by sette.sh 
    103 # 
    104 #  if you run: ./sette.sh 2>&1 | tee out.sette 
    105 # 
    106 #  in ${SETTE_DIR} out.sette is redirected standard error & standard output 
    107 # 
    108 # 
    109 # EXAMPLES 
    110 # ======== 
    111 # 
    112 # :: 
    113 # 
    114 #  $ ./sette.sh  
    115 # 
    116 # 
    117 # TODO 
    118 # ==== 
    119 # 
    120 # option debug 
    121 # 
    122 # EVOLUTIONS 
    123 # ========== 
    124 # 
    125 # $Id$ 
    126 # 
    127 #   * creation 
    128 # 
    129 #- 
    130 # 
    131 #- 
     80#  NOTE: a log file, output.sette, is created in ${SETTE_DIR} with the echoes of  
     81#        executed commands 
     82# 
     83#  NOTE: if sette.sh is stopped in output.sette there is written the last command  
     84#        executed by sette.sh 
     85# 
     86# example use: ./sette.sh  
     87######################################################################################### 
     88# 
    13289# Compiler among those in NEMOGCM/ARCH 
    13390COMPILER=PW6_VARGAS 
    … …  
    13693export INTERACT_FLAG="no" 
    13794export MPIRUN_FLAG="yes" 
    138 # IF YOU DON'T WANT TO USE XIOS : (this is a list of keys to be delete) 
    139 export KEY_XIOS="key_iomput" 
    140 # IF YOU WANT TO USE XIOS : 
    141 #export KEY_XIOS="" 
    142  
     95export USING_XIOS="yes" 
     96# 
     97export DEL_KEYS="key_iomput" 
     98if [ ${USING_XIOS} == "yes" ]  
     99 then  
     100   export DEL_KEYS="" 
     101fi 
     102# 
     103# Settings which control the use of stand alone servers (only relevant if using xios) 
     104# 
     105export USING_MPMD="no" 
     106export NUM_XIOSERVERS=4 
     107export JOB_PREFIX=batch-mpmd 
     108# 
     109if [ ${USING_MPMD} == "no" ]  
     110 then 
     111   export NUM_XIOSERVERS=0 
     112   export JOB_PREFIX=batch 
     113fi 
     114# 
     115# 
     116if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] && [ ${USING_XIOS} == "no"] 
     117 then 
     118   echo "Incompatible choices. MPMD mode requires the XIOS server" 
     119   exit 
     120fi 
     121# 
    143122 
    144123# Directory to run the tests 
    … …  
    152131# Copy job_batch_COMPILER file for specific compiler into job_batch_template 
    153132cd ${SETTE_DIR} 
    154 cp BATCH_TEMPLATE/batch-${COMPILER} job_batch_template || exit 
     133cp BATCH_TEMPLATE/${JOB_PREFIX}-${COMPILER} job_batch_template || exit 
    155134 
    156135for config in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 
    … …  
    162141    export TEST_NAME="LONG" 
    163142    cd ${SETTE_DIR} 
    164     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRE_LONG -r GYRE -j 8 add_key "key_mpp_mpi" del_key ${KEY_XIOS} 
     143    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRE_LONG -r GYRE -j 8 add_key "key_mpp_mpi" del_key ${DEL_KEYS} 
    165144    cd ${SETTE_DIR} 
    166145    . param.cfg 
    … …  
    169148    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    170149    NPROC=4 
    171     \rm ${JOB_FILE} 
     150    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
    172151    cd ${EXE_DIR} 
    173152    set_namelist namelist cn_exp \"GYRE_LONG\" 
    … …  
    180159    set_namelist namelist jpnj 2 
    181160    set_namelist namelist jpnij 4 
    182     cd ${SETTE_DIR} 
    183     . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     161    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     162       set_xio_using_server iodef.xml true 
     163    else 
     164       set_xio_using_server iodef.xml false 
     165    fi 
     166    cd ${SETTE_DIR} 
     167    . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
    184168 
    185169    cd ${SETTE_DIR} 
    … …  
    199183    set_namelist namelist jpnij 4 
    200184    set_namelist namelist cn_ocerst_in \"GYRE_LONG_00000060_restart\" 
     185    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     186       set_xio_using_server iodef.xml true 
     187    else 
     188       set_xio_using_server iodef.xml false 
     189    fi 
    201190    for (( i=1; i<=$NPROC; i++)) ; do 
    202191        L_NPROC=$(( $i - 1 )) 
    … …  
    204193        ln -sf ../LONG/GYRE_LONG_00000060_restart_${L_NPROC}.nc . 
    205194    done 
    206     cd ${SETTE_DIR} 
    207     . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     195    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     196       set_xio_using_server iodef.xml true 
     197    else 
     198       set_xio_using_server iodef.xml false 
     199    fi 
     200    cd ${SETTE_DIR} 
     201    . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
    208202    cd ${SETTE_DIR} 
    209203    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    … …  
    214208    export TEST_NAME="REPRO_1_4" 
    215209    cd ${SETTE_DIR} 
    216     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRE_4 -r GYRE -j 8 add_key "key_mpp_mpi key_mpp_rep" del_key ${KEY_XIOS} 
     210    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n GYRE_4 -r GYRE -j 8 add_key "key_mpp_mpi key_mpp_rep" del_key ${DEL_KEYS} 
    217211    cd ${SETTE_DIR} 
    218212    . param.cfg 
    … …  
    221215    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    222216    NPROC=4 
    223     \rm ${JOB_FILE} 
     217    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
    224218    cd ${EXE_DIR} 
    225219    set_namelist namelist cn_exp \"GYRE_14\" 
    … …  
    234228    set_namelist namelist jpnj 4 
    235229    set_namelist namelist jpnij 4 
    236     cd ${SETTE_DIR} 
    237     . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     230    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     231       set_xio_using_server iodef.xml true 
     232    else 
     233       set_xio_using_server iodef.xml false 
     234    fi 
     235    cd ${SETTE_DIR} 
     236    . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
    238237    cd ${SETTE_DIR} 
    239238    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    … …  
    244243    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    245244    NPROC=4 
    246     \rm $JOB_FILE 
     245    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
    247246    cd ${EXE_DIR} 
    248247    set_namelist namelist cn_exp \"GYRE_22\" 
    … …  
    256255    set_namelist namelist jpnj 2 
    257256    set_namelist namelist jpnij 4 
    258     cd ${SETTE_DIR} 
    259     . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     257    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     258       set_xio_using_server iodef.xml true 
     259    else 
     260       set_xio_using_server iodef.xml false 
     261    fi 
     262    cd ${SETTE_DIR} 
     263    . ./prepare_job.sh input_GYRE.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
    260264    cd ${SETTE_DIR} 
    261265    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    … …  
    268272    export TEST_NAME="LONG" 
    269273    cd ${SETTE_DIR} 
    270     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2LIMPIS_LONG -r ORCA2_LIM_PISCES -j 8 add_key "key_mpp_mpi" del_key ${KEY_XIOS} 
     274    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2LIMPIS_LONG -r ORCA2_LIM_PISCES -j 8 add_key "key_mpp_mpi" del_key ${DEL_KEYS} 
    271275    cd ${SETTE_DIR} 
    272276    . param.cfg 
    … …  
    275279    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    276280    NPROC=4 
    277     \rm ${JOB_FILE} 
     281    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
    278282    cd ${EXE_DIR} 
    279283    set_namelist namelist cn_exp \"O2LP_LONG\" 
    … …  
    298302    set_namelist namelist_pisces ln_ironsed .false. 
    299303    set_namelist namelist_pisces ln_hydrofe .false. 
    300     cd ${SETTE_DIR} 
    301     . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     304    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     305       set_xio_using_server iodef.xml true 
     306    else 
     307       set_xio_using_server iodef.xml false 
     308    fi 
     309    cd ${SETTE_DIR} 
     310    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
    302311     
    303312    cd ${SETTE_DIR} 
    … …  
    341350        ln -sf ../LONG/O2LP_LONG_00000075_restart_ice_${L_NPROC}.nc . 
    342351    done 
    343     cd ${SETTE_DIR} 
    344     . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     352    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     353       set_xio_using_server iodef.xml true 
     354    else 
     355       set_xio_using_server iodef.xml false 
     356    fi 
     357    cd ${SETTE_DIR} 
     358    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
    345359    cd ${SETTE_DIR} 
    346360    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    … …  
    351365    export TEST_NAME="REPRO_4_4" 
    352366    cd ${SETTE_DIR} 
    353     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2LIMPIS_16 -r ORCA2_LIM_PISCES -j 8 add_key "key_mpp_mpi key_mpp_rep" del_key ${KEY_XIOS} 
     367    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2LIMPIS_16 -r ORCA2_LIM_PISCES -j 8 add_key "key_mpp_mpi key_mpp_rep" del_key ${DEL_KEYS} 
    354368    cd ${SETTE_DIR} 
    355369    . param.cfg 
    … …  
    358372    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    359373    NPROC=16 
    360     \rm $JOB_FILE 
     374    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
    361375    cd ${EXE_DIR} 
    362376    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    383397    # put ln_pisdmp to false : no restoring to global mean value 
    384398    set_namelist namelist_pisces ln_pisdmp .false. 
    385     cd ${SETTE_DIR} 
    386     . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     399    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     400       set_xio_using_server iodef.xml true 
     401    else 
     402       set_xio_using_server iodef.xml false 
     403    fi 
     404    cd ${SETTE_DIR} 
     405    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
    387406    cd ${SETTE_DIR} 
    388407    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    … …  
    393412    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    394413    NPROC=16 
    395     \rm $JOB_FILE 
     414    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
    396415    cd ${EXE_DIR} 
    397416    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    417436    # put ln_pisdmp to false : no restoring to global mean value 
    418437    set_namelist namelist_pisces ln_pisdmp .false. 
    419     cd ${SETTE_DIR} 
    420     . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     438    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     439       set_xio_using_server iodef.xml true 
     440    else 
     441       set_xio_using_server iodef.xml false 
     442    fi 
     443    cd ${SETTE_DIR} 
     444    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
    421445    cd ${SETTE_DIR} 
    422446    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    … …  
    428452    export TEST_NAME="LONG" 
    429453    cd ${SETTE_DIR} 
    430     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2OFFPIS_LONG -r ORCA2_OFF_PISCES -j 8 add_key "key_mpp_mpi key_mpp_rep" del_key ${KEY_XIOS} 
     454    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2OFFPIS_LONG -r ORCA2_OFF_PISCES -j 8 add_key "key_mpp_mpi key_mpp_rep" del_key ${DEL_KEYS} 
    431455    cd ${SETTE_DIR} 
    432456    . param.cfg 
    … …  
    435459    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    436460    NPROC=4 
    437     \rm $JOB_FILE 
     461    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
    438462    cd ${EXE_DIR} 
    439463    set_namelist namelist cn_exp \"OFFP_LONG\" 
    … …  
    459483    # put ln_pisdmp to false : no restoring to global mean value 
    460484    set_namelist namelist_pisces ln_pisdmp .false. 
    461     cd ${SETTE_DIR} 
    462     . ./prepare_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     485    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     486       set_xio_using_server iodef.xml true 
     487    else 
     488       set_xio_using_server iodef.xml false 
     489    fi 
     490    cd ${SETTE_DIR} 
     491    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
    463492     
    464493    cd ${SETTE_DIR} 
    … …  
    495524    # put ln_pisdmp to false : no restoring to global mean value 
    496525    set_namelist namelist_pisces ln_pisdmp .false. 
    497     cd ${SETTE_DIR} 
    498     . ./prepare_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME}  ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     526    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     527       set_xio_using_server iodef.xml true 
     528    else 
     529       set_xio_using_server iodef.xml false 
     530    fi 
     531    cd ${SETTE_DIR} 
     532    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME}  ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
    499533    cd ${SETTE_DIR} 
    500534    . ./fcm_job.sh $NPROC  ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    … …  
    505539    export TEST_NAME="REPRO_4_4" 
    506540    cd ${SETTE_DIR} 
    507     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2OFFPIS_16 -r ORCA2_OFF_PISCES -j 8 add_key "key_mpp_mpi key_mpp_rep" del_key ${KEY_XIOS} 
     541    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2OFFPIS_16 -r ORCA2_OFF_PISCES -j 8 add_key "key_mpp_mpi key_mpp_rep" del_key ${DEL_KEYS} 
    508542    cd ${SETTE_DIR} 
    509543    . param.cfg 
    … …  
    512546    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    513547    NPROC=16 
    514     \rm $JOB_FILE 
     548    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
    515549    cd ${EXE_DIR} 
    516550    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    535569    # put ln_pisdmp to false : no restoring to global mean value 
    536570    set_namelist namelist_pisces ln_pisdmp .false. 
    537     cd ${SETTE_DIR} 
    538     . ./prepare_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     571    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     572       set_xio_using_server iodef.xml true 
     573    else 
     574       set_xio_using_server iodef.xml false 
     575    fi 
     576    cd ${SETTE_DIR} 
     577    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
    539578    cd ${SETTE_DIR} 
    540579    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    … …  
    545584    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    546585    NPROC=16 
    547     \rm $JOB_FILE 
     586    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
    548587    cd ${EXE_DIR} 
    549588    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    568607    # put ln_pisdmp to false : no restoring to global mean value 
    569608    set_namelist namelist_pisces ln_pisdmp .false.  
    570     cd ${SETTE_DIR} 
    571     . ./prepare_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     609    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     610       set_xio_using_server iodef.xml true 
     611    else 
     612       set_xio_using_server iodef.xml false 
     613    fi 
     614    cd ${SETTE_DIR} 
     615    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_OFF_PISCES.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
    572616    cd ${SETTE_DIR} 
    573617    . ./fcm_job.sh $NPROC  ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    … …  
    579623    export TEST_NAME="LONG" 
    580624    cd ${SETTE_DIR} 
    581     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n AMM12_LONG -r AMM12 -j 8 add_key "key_tide" del_key ${KEY_XIOS} 
     625    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n AMM12_LONG -r AMM12 -j 8 add_key "key_tide" del_key ${DEL_KEYS} 
    582626    cd ${SETTE_DIR} 
    583627    . param.cfg 
    … …  
    586630    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    587631    NPROC=32 
    588     \rm $JOB_FILE 
     632    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
    589633    cd ${EXE_DIR} 
    590634    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    600644    set_namelist namelist jpnj 4 
    601645    set_namelist namelist jpnij 32 
    602     cd ${SETTE_DIR} 
    603     . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     646    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     647       set_xio_using_server iodef.xml true 
     648    else 
     649       set_xio_using_server iodef.xml false 
     650    fi 
     651    cd ${SETTE_DIR} 
     652    . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
    604653 
    605654    cd ${SETTE_DIR} 
    … …  
    625674        ln -sf ../LONG/AMM12_00000006_restart_${L_NPROC}.nc . 
    626675    done 
    627     cd ${SETTE_DIR} 
    628     . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     676    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     677       set_xio_using_server iodef.xml true 
     678    else 
     679       set_xio_using_server iodef.xml false 
     680    fi 
     681    cd ${SETTE_DIR} 
     682    . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
    629683    cd ${SETTE_DIR} 
    630684    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    … …  
    635689    export TEST_NAME="REPRO_8_4" 
    636690    cd ${SETTE_DIR} 
    637     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n AMM12_32 -r AMM12 -j 8 add_key "key_mpp_rep key_tide" del_key ${KEY_XIOS} 
     691    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n AMM12_32 -r AMM12 -j 8 add_key "key_mpp_rep key_tide" del_key ${DEL_KEYS} 
    638692    cd ${SETTE_DIR} 
    639693    . param.cfg 
    … …  
    642696    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    643697    NPROC=32 
    644     \rm ${JOB_FILE} 
     698    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
    645699    cd ${EXE_DIR} 
    646700    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    655709    set_namelist namelist jpnj 4 
    656710    set_namelist namelist jpnij 32 
    657     cd ${SETTE_DIR} 
    658     . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     711    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     712       set_xio_using_server iodef.xml true 
     713    else 
     714       set_xio_using_server iodef.xml false 
     715    fi 
     716    cd ${SETTE_DIR} 
     717    . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
    659718    cd ${SETTE_DIR} 
    660719    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    … …  
    675734    set_namelist namelist jpnj 8 
    676735    set_namelist namelist jpnij 32 
    677     cd ${SETTE_DIR} 
    678     . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     736    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     737       set_xio_using_server iodef.xml true 
     738    else 
     739       set_xio_using_server iodef.xml false 
     740    fi 
     741    cd ${SETTE_DIR} 
     742    . ./prepare_job.sh input_AMM12.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
    679743    cd ${SETTE_DIR} 
    680744    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 
    … …  
    686750    export TEST_NAME="SHORT" 
    687751    cd ${SETTE_DIR} 
    688     . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2AGUL_1_2 -r ORCA2_LIM -j 8 add_key "key_mpp_mpi key_mpp_rep key_agrif" del_key "key_zdftmx" del_key ${KEY_XIOS} 
     752    . ../CONFIG/makenemo -m ${CMP_NAM} -n ORCA2AGUL_1_2 -r ORCA2_LIM -j 8 add_key "key_mpp_mpi key_mpp_rep key_agrif" del_key "key_zdftmx" del_key ${DEL_KEYS} 
    689753    cd ${SETTE_DIR} 
    690754    . param.cfg 
    … …  
    693757    JOB_FILE=${EXE_DIR}/run_job.sh 
    694758    NPROC=2 
    695     \rm ${JOB_FILE} 
     759    if [ -f ${JOB_FILE} ] ; then \rm ${JOB_FILE} ; fi 
    696760    cd ${EXE_DIR} 
    697761    set_namelist namelist nn_it000 1 
    … …  
    706770    set_namelist 1_namelist ln_ctl .false. 
    707771    set_namelist 1_namelist ln_clobber .true. 
    708     cd ${SETTE_DIR} 
    709     . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} 
     772    if [ ${USING_MPMD} == "yes" ] ; then 
     773       set_xio_using_server iodef.xml true 
     774    else 
     775       set_xio_using_server iodef.xml false 
     776    fi 
     777    cd ${SETTE_DIR} 
     778    . ./prepare_job.sh input_ORCA2_LIM_AGRIF.cfg $NPROC ${TEST_NAME} ${MPIRUN_FLAG} ${JOB_FILE} ${NUM_XIOSERVERS} 
    710779    cd ${SETTE_DIR} 
    711780    . ./fcm_job.sh $NPROC ${JOB_FILE} ${INTERACT_FLAG} ${MPIRUN_FLAG} 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/TOOLS/COMPILE/Fcheck_archfile.sh

    r3925 r4219  
    4040# :: 
    4141# 
    42 #  $ ./Fcheck_archfile.sh ARCHFILE COMPILER 
     42#  $ ./Fcheck_archfile.sh ARCHFILE CPPFILE COMPILER 
    4343# 
    4444# 
    … …  
    9494   else 
    9595       if [ -f ${COMPIL_DIR}/$1 ]; then 
    96       # has the cpp keys file been changed since we copied the arch file in ${COMPIL_DIR}? 
    97       mycpp=$( ls -l ${COMPIL_DIR}/$2 | sed -e "s/.* -> //" ) 
    98       if [ "$mycpp" != "$( cat ${COMPIL_DIR}/cpp.history )" ]; then 
    99           echo $mycpp > ${COMPIL_DIR}/cpp.history 
    100           cpeval ${myarch} ${COMPIL_DIR}/$1 
     96      if [ "$2" != "nocpp" ]  
     97      then 
     98          # has the cpp keys file been changed since we copied the arch file in ${COMPIL_DIR}? 
     99          mycpp=$( ls -l ${COMPIL_DIR}/$2 | sed -e "s/.* -> //" ) 
     100          if [ "$mycpp" != "$( cat ${COMPIL_DIR}/cpp.history )" ]; then 
     101         echo $mycpp > ${COMPIL_DIR}/cpp.history 
     102         cpeval ${myarch} ${COMPIL_DIR}/$1 
     103          fi 
     104          # has the cpp keys file been updated since we copied the arch file in ${COMPIL_DIR}? 
     105          mycpp=$( find -L ${COMPIL_DIR} -cnewer ${COMPIL_DIR}/$1 -name $2 -print ) 
     106          [ ${#mycpp} -ne 0 ] && cpeval ${myarch} ${COMPIL_DIR}/$1 
    101107      fi 
    102       # has the cpp keys file been updated since we copied the arch file in ${COMPIL_DIR}? 
    103       mycpp=$( find -L ${COMPIL_DIR} -cnewer ${COMPIL_DIR}/$1 -name $2 -print ) 
    104       [ ${#mycpp} -ne 0 ] && cpeval ${myarch} ${COMPIL_DIR}/$1 
    105108      # has myarch file been updated since we copied it in ${COMPIL_DIR}? 
    106109      myarchdir=$( dirname ${myarch} ) 
    … …  
    134137    if [ "$myarch" == "$( cat ${COMPIL_DIR}/arch.history )" ]; then  
    135138   if [ -f ${COMPIL_DIR}/$1 ]; then 
    136        # has the cpp keys file been changed since we copied the arch file in ${COMPIL_DIR}? 
    137        mycpp=$( ls -l ${COMPIL_DIR}/$2 | sed -e "s/.* -> //" ) 
    138        if [ "$mycpp" != "$( cat ${COMPIL_DIR}/cpp.history )" ]; then 
    139       echo $mycpp > ${COMPIL_DIR}/cpp.history 
    140       cpeval ${myarch} ${COMPIL_DIR}/$1 
     139       if [ "$2" != "nocpp" ]  
     140       then 
     141      # has the cpp keys file been changed since we copied the arch file in ${COMPIL_DIR}? 
     142      mycpp=$( ls -l ${COMPIL_DIR}/$2 | sed -e "s/.* -> //" ) 
     143      if [ "$mycpp" != "$( cat ${COMPIL_DIR}/cpp.history )" ]; then 
     144          echo $mycpp > ${COMPIL_DIR}/cpp.history 
     145          cpeval ${myarch} ${COMPIL_DIR}/$1 
     146      fi 
     147      # has the cpp keys file been updated since we copied the arch file in ${COMPIL_DIR}? 
     148      mycpp=$( find -L ${COMPIL_DIR} -cnewer ${COMPIL_DIR}/$1 -name $2 -print ) 
     149      [ ${#mycpp} -ne 0 ] && cpeval ${myarch} ${COMPIL_DIR}/$1 
    141150       fi 
    142        # has the cpp keys file been updated since we copied the arch file in ${COMPIL_DIR}? 
    143        mycpp=$( find -L ${COMPIL_DIR} -cnewer ${COMPIL_DIR}/$1 -name $2 -print ) 
    144        [ ${#mycpp} -ne 0 ] && cpeval ${myarch} ${COMPIL_DIR}/$1 
    145151       # has myarch file been updated since we copied it in ${COMPIL_DIR}? 
    146152       myarch=$( find -L ${MAIN_DIR}/ARCH -cnewer ${COMPIL_DIR}/$1 -name arch-${3}.fcm -print ) 
    … …  
    150156   fi 
    151157    else 
    152    ls -l ${COMPIL_DIR}/$2 | sed -e "s/.* -> //" > ${COMPIL_DIR}/cpp.history 
     158   if [ "$2" != "nocpp" ]  
     159   then 
     160       ls -l ${COMPIL_DIR}/$2 | sed -e "s/.* -> //" > ${COMPIL_DIR}/cpp.history 
     161   fi 
    153162   echo ${myarch} > ${COMPIL_DIR}/arch.history 
    154163   cpeval ${myarch} ${COMPIL_DIR}/$1 
    … …  
    157166 
    158167#- do we need xios library? 
    159 use_iom=$( sed -e "s/#.*$//" ${COMPIL_DIR}/$2 | grep -c key_iomput ) 
     168if [ "$2" != "nocpp" ]  
     169then 
     170    use_iom=$( sed -e "s/#.*$//" ${COMPIL_DIR}/$2 | grep -c key_iomput ) 
     171else 
     172    use_iom=0 
     173fi 
    160174have_lxios=$( sed -e "s/#.*$//" ${COMPIL_DIR}/$1 | grep -c "\-lxios" ) 
    161175if [[ ( $use_iom -eq 0 ) && ( $have_lxios -ge 1 ) ]] 
    … …  
    166180 
    167181#- do we need oasis libraries? 
    168 use_oasis=$( sed -e "s/#.*$//" ${COMPIL_DIR}/$2 | grep -c key_oasis3 ) 
     182if [ "$2" != "nocpp" ]  
     183then 
     184    use_oasis=$( sed -e "s/#.*$//" ${COMPIL_DIR}/$2 | grep -c key_oasis3 ) 
     185else 
     186    use_oasis=0 
     187fi 
    169188for liboa in psmile.MPI1 mct mpeu scrip mpp_io 
    170189do 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/TOOLS/MISCELLANEOUS/chk_iomput.sh

    r2404 r4219  
    3535       echo ' --insrc              only print all variable definitions found in the source code' 
    3636       echo 'Examples' 
    37        echo '      chk_iomput.sh' 
    38        echo '      chk_iomput.sh --help' 
    39        echo '      chk_iomput.sh ../../CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef.xml "../../NEMO/OPA_SRC/ ../../NEMO/LIM_SRC_2/"' 
     37       echo '      ./chk_iomput.sh' 
     38       echo '      ./chk_iomput.sh --help' 
     39       echo '      ./chk_iomput.sh ../../CONFIG/ORCA2_LIM/EXP00/iodef.xml "../../NEMO/OPA_SRC/ ../../NEMO/LIM_SRC_2/"' 
    4040       echo 
    4141       exit ;; 
    … …  
    5959#------------------------------------------------ 
    6060# 
    61 [ $inxml -eq 1 ] && grep "< *field * id *=" $xmlfile 
     61external=$( grep -c "<field_definition  *\([^ ].* \)*src=" $xmlfile ) 
     62if [ $external -eq 1 ] 
     63then 
     64    xmlfield_def=$( grep "<field_definition  *\([^ ].* \)*src=" $xmlfile | sed -e 's/.*src="\([^"]*\)".*/\1/' ) 
     65    xmlfield_def=$( dirname $xmlfile )/$xmlfield_def    
     66else 
     67    xmlfield_def=$xmlfile 
     68fi 
     69[ $inxml -eq 1 ] && grep "< *field  *\([^ ].* \)*id *=" $xmlfield_def 
    6270[ $insrc -eq 1 ] && find $srcdir -name "*.[Ffh]90" -exec grep -iH "^[^\!]*call  *iom_put *(" {} \; 
    6371[ $(( $insrc + $inxml )) -ge 1 ] && exit 
    … …  
    7179# list of variables used in "CALL iom_put" 
    7280# 
    73 varlistsrc=$( find $srcdir -name "*.[Ffh]90" -exec grep -i  "^[^\!]*call  *iom_put *(" {} \; | sed -e "s/.*iom_put *( *[\"\']\([^\"\']*\)[\"\'] *,.*/\1/" | sort -d ) 
     81badvarsrc=$( find $srcdir -name "*.[Ffh]90" -exec grep -i  "^[^\!]*call  *iom_put *(" {} \; | sed -e "s/.*iom_put *( *[\"\']\([^\"\']*\)[\"\'] *,.*/\1/" | grep -ic iom_put ) 
     82if [ $badvarsrc -ne 0 ] 
     83then 
     84    echo "The following call to iom_put cannot be checked" 
     85    echo 
     86    find $srcdir -name "*.[Ffh]90" -exec grep -i  "^[^\!]*call  *iom_put *(" {} \; | sed -e "s/.*iom_put *( *[\"\']\([^\"\']*\)[\"\'] *,.*/\1/" | grep -i iom_put | sort -d  
     87    echo 
     88fi 
     89varlistsrc=$( find $srcdir -name "*.[Ffh]90" -exec grep -i  "^[^\!]*call  *iom_put *(" {} \; | sed -e "s/.*iom_put *( *[\"\']\([^\"\']*\)[\"\'] *,.*/\1/" | grep -vi iom_put | sort -d ) 
    7490# 
    7591# list of variables defined in the xml file 
    7692# 
    77 varlistxml=$( grep "< *field * id *=" $xmlfile  | sed -e "s/^.*< *field * id *= *[\"\']\([^\"\']*\)[\"\'].*/\1/" | sort -d ) 
     93varlistxml=$( grep "< *field  *\([^ ].* \)*id *=" $xmlfield_def  | sed -e "s/^.*< *field .*id *= *[\"\']\([^\"\']*\)[\"\'].*/\1/" | sort -d ) 
    7894# 
    7995# list of variables to be outputed in the xml file 
    8096# 
    81 varlistout=$( grep "< *field * ref *=" $xmlfile  | sed -e "s/^.*< *field * ref *= *[\"\']\([^\"\']*\)[\"\'].*/\1/" | sort -d ) 
     97varlistout=$( grep "< *field  *\([^ ].* \)*field_ref *=" $xmlfile  | sed -e "s/^.*< *field .*field_ref *= *[\"\']\([^\"\']*\)[\"\'].*/\1/" | sort -d ) 
    8298# 
    8399echo "--------------------------------------------------" 
    84100echo  check if all iom_put found in $srcdir 
    85 echo  have a corresponding variable definition in $xmlfile 
     101echo  have a corresponding variable definition in $xmlfield_def 
    86102echo "--------------------------------------------------" 
    87103for var in $varlistsrc 
    … …  
    90106    if [ $tst -ne 1 ]  
    91107    then 
    92    echo "problem with $var: $tst lines corresponding to its definition in $xmlfile, but defined in the code in" 
     108   echo "problem with $var: $tst lines corresponding to its definition in $xmlfield_def, but defined in the code in" 
    93109   for f in $srclist 
    94110   do 

  • branches/2013/dev_r3948_NOC_FK/NEMOGCM/TOOLS/maketools

    r3294 r4219  
    146146 
    147147#- When used for the first time, choose a compiler --- 
    148 . ${COMPIL_DIR}/Fcheck_archfile.sh arch_tools.fcm ${CMP_NAM} || exit 
     148. ${COMPIL_DIR}/Fcheck_archfile.sh arch_tools.fcm nocpp ${CMP_NAM} || exit 
    149149 
    150150#- Choose a default tool if needed --- 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.