Ignore:
Timestamp:
2015-07-15T17:46:12+02:00 (5 years ago)
Author:
andrewryan
Message:

merged in latest version of trunk alongside changes to SAO_SRC to be compatible with latest OBS

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/2014/dev_r4650_UKMO14.12_STAND_ALONE_OBSOPER/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/step.F90

    r5034 r5600  
    8383      IF ( kstp == (nit000 + 1) ) lk_agrif_fstep = .FALSE. 
    8484# if defined key_iomput 
    85       IF( Agrif_Nbstepint() == 0 )   CALL iom_swap( "nemo" ) 
     85      IF( Agrif_Nbstepint() == 0 )   CALL iom_swap( cxios_context ) 
    8686# endif 
    8787#endif 
    8888                             indic = 0           ! reset to no error condition 
    8989      IF( kstp == nit000 ) THEN 
    90                       CALL iom_init( "nemo" )      ! iom_put initialization (must be done after nemo_init for AGRIF+XIOS+OASIS) 
    91          IF( ln_crs ) CALL iom_init( "nemo_crs" )  ! initialize context for coarse grid 
     90         ! must be done after nemo_init for AGRIF+XIOS+OASIS 
     91                      CALL iom_init(      cxios_context          )  ! iom_put initialization 
     92         IF( ln_crs ) CALL iom_init( TRIM(cxios_context)//"_crs" )  ! initialize context for coarse grid 
    9293      ENDIF 
    9394 
    9495      IF( kstp /= nit000 )   CALL day( kstp )         ! Calendar (day was already called at nit000 in day_init) 
    95                              CALL iom_setkt( kstp - nit000 + 1, "nemo"     )   ! say to iom that we are at time step kstp 
    96       IF( ln_crs     )       CALL iom_setkt( kstp - nit000 + 1, "nemo_crs" )   ! say to iom that we are at time step kstp 
     96                             CALL iom_setkt( kstp - nit000 + 1,      cxios_context          )   ! tell iom we are at time step kstp 
     97      IF( ln_crs     )       CALL iom_setkt( kstp - nit000 + 1, TRIM(cxios_context)//"_crs" )   ! tell iom we are at time step kstp 
    9798 
    9899      !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     
    100101      !<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< 
    101102      IF( lk_tide    )   CALL sbc_tide( kstp ) 
    102       IF( lk_bdy     )   CALL bdy_dta ( kstp, time_offset=+1 )   ! update dynamic & tracer data at open boundaries 
    103  
     103      IF( lk_bdy     )  THEN 
     104         IF( ln_apr_dyn) CALL sbc_apr( kstp )   ! bdy_dta needs ssh_ib  
     105                         CALL bdy_dta ( kstp, time_offset=+1 )   ! update dynamic & tracer data at open boundaries 
     106      ENDIF 
    104107                         CALL sbc    ( kstp )         ! Sea Boundary Condition (including sea-ice) 
    105108                                                      ! clem: moved here for bdy ice purpose 
     109      !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     110      ! Update stochastic parameters and random T/S fluctuations 
     111      !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     112                        CALL sto_par( kstp )          ! Stochastic parameters 
    106113 
    107114      !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     
    122129      IF( lk_zdfkpp  )   CALL zdf_kpp( kstp )            ! KPP closure scheme for Kz 
    123130      IF( lk_zdfcst  ) THEN                              ! Constant Kz (reset avt, avm[uv] to the background value) 
    124          avt (:,:,:) = rn_avt0 * tmask(:,:,:) 
    125          avmu(:,:,:) = rn_avm0 * umask(:,:,:) 
    126          avmv(:,:,:) = rn_avm0 * vmask(:,:,:) 
     131         avt (:,:,:) = rn_avt0 * wmask (:,:,:) 
     132         avmu(:,:,:) = rn_avm0 * wumask(:,:,:) 
     133         avmv(:,:,:) = rn_avm0 * wvmask(:,:,:) 
    127134      ENDIF 
    128135      IF( ln_rnf_mouth ) THEN                         ! increase diffusivity at rivers mouths 
     
    145152      ! 
    146153      IF( lk_ldfslp ) THEN                            ! slope of lateral mixing 
    147                          CALL eos( tsb, rhd, gdept_0(:,:,:) )             ! before in situ density 
    148          IF( ln_zps )    CALL zps_hde( kstp, jpts, tsb, gtsu, gtsv,  &        ! Partial steps: before horizontal gradient 
    149             &                                      rhd, gru , grv , aru , arv , gzu , gzv , ge3ru , ge3rv ,   &             ! 
    150             &                               gtui, gtvi, grui, grvi, arui, arvi, gzui, gzvi, ge3rui, ge3rvi  )  ! of t, s, rd at the last ocean level 
     154         IF(ln_sto_eos ) CALL sto_pts( tsn )          ! Random T/S fluctuations 
     155                         CALL eos( tsb, rhd, gdept_0(:,:,:) )               ! before in situ density 
     156         IF( ln_zps .AND. .NOT. ln_isfcav)                               & 
     157            &            CALL zps_hde    ( kstp, jpts, tsb, gtsu, gtsv,  &  ! Partial steps: before horizontal gradient 
     158            &                                          rhd, gru , grv    )  ! of t, s, rd at the last ocean level 
     159         IF( ln_zps .AND.       ln_isfcav)                               & 
     160            &            CALL zps_hde_isf( kstp, jpts, tsb, gtsu, gtsv,  &    ! Partial steps for top cell (ISF) 
     161            &                                          rhd, gru , grv , aru , arv , gzu , gzv , ge3ru , ge3rv ,   & 
     162            &                                   gtui, gtvi, grui, grvi, arui, arvi, gzui, gzvi, ge3rui, ge3rvi    ) ! of t, s, rd at the first ocean level 
    151163         IF( ln_traldf_grif ) THEN                           ! before slope for Griffies operator 
    152164                         CALL ldf_slp_grif( kstp ) 
     
    158170      IF( lk_traldf_eiv )   CALL ldf_eiv( kstp )      ! eddy induced velocity coefficient 
    159171#endif 
    160 #if defined key_traldf_c3d && key_traldf_smag 
     172#if defined key_traldf_c3d && defined key_traldf_smag 
    161173                          CALL ldf_tra_smag( kstp )      ! eddy induced velocity coefficient 
    162174#  endif 
    163 #if defined key_dynldf_c3d && key_dynldf_smag 
     175#if defined key_dynldf_c3d && defined key_dynldf_smag 
    164176                          CALL ldf_dyn_smag( kstp )      ! eddy induced velocity coefficient 
    165177#  endif 
     
    176188          ! Note that the computation of vertical velocity above, hence "after" sea level 
    177189          ! is necessary to compute momentum advection for the rhs of barotropic loop: 
     190            IF(ln_sto_eos ) CALL sto_pts( tsn )                             ! Random T/S fluctuations 
    178191                            CALL eos    ( tsn, rhd, rhop, fsdept_n(:,:,:) ) ! now in situ density for hpg computation 
    179             IF( ln_zps )    CALL zps_hde( kstp, jpts, tsn, gtsu, gtsv,  &        ! Partial steps: before horizontal gradient 
    180                &                                      rhd, gru , grv , aru , arv , gzu , gzv , ge3ru , ge3rv ,   &             ! 
    181                &                               gtui, gtvi, grui, grvi, arui, arvi, gzui, gzvi, ge3rui, ge3rvi  )  ! of t, s, rd at the last ocean level 
     192            IF( ln_zps .AND. .NOT. ln_isfcav)                               & 
     193               &            CALL zps_hde    ( kstp, jpts, tsn, gtsu, gtsv,  &    ! Partial steps: before horizontal gradient 
     194               &                                          rhd, gru , grv    )  ! of t, s, rd at the last ocean level 
     195            IF( ln_zps .AND.       ln_isfcav)                               & 
     196               &            CALL zps_hde_isf( kstp, jpts, tsn, gtsu, gtsv,  &    ! Partial steps for top cell (ISF) 
     197               &                                          rhd, gru , grv , aru , arv , gzu , gzv , ge3ru , ge3rv ,   & 
     198               &                                   gtui, gtvi, grui, grvi, arui, arvi, gzui, gzvi, ge3rui, ge3rvi    ) ! of t, s, rd at the last ocean level 
    182199 
    183200                                  ua(:,:,:) = 0.e0             ! set dynamics trends to zero 
     
    208225      ! diagnostics and outputs             (ua, va, tsa used as workspace) 
    209226      !<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< 
    210       IF( lk_floats  )   CALL flo_stp( kstp )         ! drifting Floats 
    211       IF( lk_diahth  )   CALL dia_hth( kstp )         ! Thermocline depth (20 degres isotherm depth) 
    212       IF( .NOT. lk_cpl ) CALL dia_fwb( kstp )         ! Fresh water budget diagnostics 
    213       IF( ln_diaptr  )   CALL dia_ptr( kstp )         ! Poleward TRansports diagnostics 
    214       IF( lk_diadct  )   CALL dia_dct( kstp )         ! Transports 
    215       IF( lk_diaar5  )   CALL dia_ar5( kstp )         ! ar5 diag 
    216       IF( lk_diaharm )   CALL dia_harm( kstp )        ! Tidal harmonic analysis 
    217                          CALL dia_wri( kstp )         ! ocean model: outputs 
    218       ! 
    219       IF( ln_crs     )   CALL crs_fld( kstp )         ! ocean model: online field coarsening & output 
    220  
     227      IF( lk_floats  )      CALL flo_stp( kstp )         ! drifting Floats 
     228      IF( lk_diahth  )      CALL dia_hth( kstp )         ! Thermocline depth (20 degres isotherm depth) 
     229      IF( .NOT. ln_cpl )    CALL dia_fwb( kstp )         ! Fresh water budget diagnostics 
     230      IF( lk_diadct  )      CALL dia_dct( kstp )         ! Transports 
     231      IF( lk_diaar5  )      CALL dia_ar5( kstp )         ! ar5 diag 
     232      IF( lk_diaharm )      CALL dia_harm( kstp )        ! Tidal harmonic analysis 
     233                            CALL dia_wri( kstp )         ! ocean model: outputs 
     234      ! 
     235      IF( ln_crs     )      CALL crs_fld( kstp )         ! ocean model: online field coarsening & output 
    221236 
    222237#if defined key_top 
     
    244259      IF( lk_zdfkpp      )   CALL tra_kpp    ( kstp )       ! KPP non-local tracer fluxes 
    245260                             CALL tra_ldf    ( kstp )       ! lateral mixing 
     261 
     262      IF( ln_diaptr      )   CALL dia_ptr                   ! Poleward adv/ldf TRansports diagnostics 
     263 
    246264#if defined key_agrif 
    247265      IF(.NOT. Agrif_Root()) CALL Agrif_Sponge_tra          ! tracers sponge 
     
    252270         IF( ln_zdfnpc   )   CALL tra_npc( kstp )                ! update after fields by non-penetrative convection 
    253271                             CALL tra_nxt( kstp )                ! tracer fields at next time step 
     272            IF( ln_sto_eos ) CALL sto_pts( tsn )                 ! Random T/S fluctuations 
    254273                             CALL eos    ( tsa, rhd, rhop, fsdept_n(:,:,:) )  ! Time-filtered in situ density for hpg computation 
    255          IF( ln_zps      )   CALL zps_hde( kstp, jpts, tsa, gtsu, gtsv,  &        ! Partial steps: before horizontal gradient 
    256             &                                      rhd, gru , grv , aru , arv , gzu , gzv , ge3ru , ge3rv ,   &             ! 
    257             &                               gtui, gtvi, grui, grvi, arui, arvi, gzui, gzvi, ge3rui, ge3rvi  )  ! of t, s, rd at the last ocean level 
     274            IF( ln_zps .AND. .NOT. ln_isfcav)                                & 
     275               &             CALL zps_hde    ( kstp, jpts, tsa, gtsu, gtsv,  &    ! Partial steps: before horizontal gradient 
     276               &                                           rhd, gru , grv    )  ! of t, s, rd at the last ocean level 
     277            IF( ln_zps .AND.       ln_isfcav)                                & 
     278               &             CALL zps_hde_isf( kstp, jpts, tsa, gtsu, gtsv,  &    ! Partial steps for top cell (ISF) 
     279               &                                           rhd, gru , grv , aru , arv , gzu , gzv , ge3ru , ge3rv ,   & 
     280               &                                    gtui, gtvi, grui, grvi, arui, arvi, gzui, gzvi, ge3rui, ge3rvi    ) ! of t, s, rd at the last ocean level 
    258281      ELSE                                                  ! centered hpg  (eos then time stepping) 
    259282         IF ( .NOT. lk_dynspg_ts ) THEN                     ! eos already called in time-split case 
     283            IF( ln_sto_eos ) CALL sto_pts( tsn )    ! Random T/S fluctuations 
    260284                             CALL eos    ( tsn, rhd, rhop, fsdept_n(:,:,:) )  ! now in situ density for hpg computation 
    261          IF( ln_zps      )   CALL zps_hde( kstp, jpts, tsn, gtsu, gtsv,  &        ! Partial steps: before horizontal gradient 
    262          &                                      rhd, gru , grv , aru , arv , gzu , gzv , ge3ru , ge3rv ,   &             ! 
    263          &                               gtui, gtvi, grui, grvi, arui, arvi, gzui, gzvi, ge3rui, ge3rvi  )  ! of t, s, rd at the last ocean level 
     285         IF( ln_zps .AND. .NOT. ln_isfcav)                                   & 
     286               &             CALL zps_hde    ( kstp, jpts, tsn, gtsu, gtsv,  &    ! Partial steps: before horizontal gradient 
     287               &                                           rhd, gru , grv    )  ! of t, s, rd at the last ocean level 
     288         IF( ln_zps .AND.       ln_isfcav)                                   &  
     289               &             CALL zps_hde_isf( kstp, jpts, tsn, gtsu, gtsv,  &    ! Partial steps for top cell (ISF) 
     290               &                                           rhd, gru , grv , aru , arv , gzu , gzv , ge3ru , ge3rv ,   & 
     291               &                                    gtui, gtvi, grui, grvi, arui, arvi, gzui, gzvi, ge3rui, ge3rvi    ) ! of t, s, rd at the last ocean level 
    264292         ENDIF 
    265293         IF( ln_zdfnpc   )   CALL tra_npc( kstp )                ! update after fields by non-penetrative convection 
     
    322350                 CALL iom_close( numror )     ! close input  ocean restart file 
    323351         IF(lwm) CALL FLUSH    ( numond )     ! flush output namelist oce 
    324          IF( lwm.AND.numoni /= -1 ) CALL FLUSH    ( numoni )     ! flush output namelist ice     
     352         IF( lwm.AND.numoni /= -1 ) CALL FLUSH    ( numoni )     ! flush output namelist ice 
    325353      ENDIF 
    326354      IF( lrst_oce         )   CALL rst_write    ( kstp )   ! write output ocean restart file 
     
    329357      ! Coupled mode 
    330358      !<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< 
    331       IF( lk_cpl           )   CALL sbc_cpl_snd( kstp )     ! coupled mode : field exchanges 
     359      IF( lk_oasis         )   CALL sbc_cpl_snd( kstp )     ! coupled mode : field exchanges 
    332360      ! 
    333361#if defined key_iomput 
    334362      IF( kstp == nitend .OR. indic < 0 ) THEN  
    335                       CALL iom_context_finalize( "nemo"     ) ! needed for XIOS+AGRIF 
    336          IF( ln_crs ) CALL iom_context_finalize( "nemo_crs" ) !  
     363                      CALL iom_context_finalize(      cxios_context          ) ! needed for XIOS+AGRIF 
     364         IF( ln_crs ) CALL iom_context_finalize( trim(cxios_context)//"_crs" ) !  
    337365      ENDIF 
    338366#endif 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.