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2016-10-24T14:46:59+02:00 (4 years ago)
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jpalmier
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JPALM — 24-10-2016 — pass tracers namelist and field_def* files in MEDUSA CONFIG/SHARED directory

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branches/NERC/dev_r5518_NOC_MEDUSA_Stable/NEMOGCM/CONFIG/SHARED
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    r6164 r7075  
    1111============================================================================================================ 
    1212    --> 
    13    <field_definition level="1" prec="4" operation="average" enabled=".TRUE." default_value="1.e20" > <!-- time step automaticaly defined --> 
     13   <field_definition level="1" prec="8" operation="average" enabled=".TRUE." default_value="1.e20" > <!-- time step automaticaly defined --> 
    1414 
    1515    <!--  
     
    105105       <field id="CFC11_E3T"   long_name="CFC11 * E3T"                              unit="umol/m2"  > CFC11 * e3t </field > 
    106106       <!-- Bomb C14 : variables available with key_c14b --> 
    107        <field id="C14B"     long_name="Bomb C14 Concentration"                      unit="1"         /> 
     107       <field id="C14B"        long_name="Bomb C14 Concentration"                   unit="1"         /> 
    108108       <field id="C14B_E3T"    long_name="C14B * E3T"                               unit="m"  > C14B * e3t </field > 
     109       <!-- AGE : variables available with key_age --> 
     110       <field id="Age"        long_name="Sea Water Age Since Surface contact" standard_name="sea_water_age_since_surface_contact"  unit="yr"         /> 
     111       <field id="Age_e3t"    long_name="Age * e3t"                                 unit="yr * m"  > Age * e3t </field > 
    109112     </field_group> 
    110113 
     
    453456       <field id= "INT_DET"    long_name="Vertically integrated Det"                 unit="mmolN/m2"    /> 
    454457       <field id= "INT_DTC"    long_name="Vertically integrated Dtc"                 unit="mmolC/m2"    /> 
    455        <field id= "DMS_SURF"   long_name="DMS Surface Concentration"                 unit="mol/m3"      /> 
    456        <field id= "DMS_ANDR"   long_name="DMS Surface Concentration, Anderson"       unit="mol/m3"      /> 
    457        <field id= "DMS_SIMO"   long_name="DMS Surface Concentration, SimoDach"       unit="mol/m3"      /> 
    458        <field id= "DMS_ARAN"   long_name="DMS Surface Concentration, AranamiT"       unit="mol/m3"      /> 
    459        <field id= "DMS_HALL"   long_name="DMS Surface Concentration, Halloran"       unit="mol/m3"      /> 
     458       <field id= "DMS_SURF"   long_name="DMS Surface Concentration"                 unit="nmol/L"      /> 
     459       <field id= "DMS_ANDR"   long_name="DMS Surface Concentration, Anderson"       unit="nmol/L"      /> 
     460       <field id= "DMS_SIMO"   long_name="DMS Surface Concentration, SimoDach"       unit="nmol/L"      /> 
     461       <field id= "DMS_ARAN"   long_name="DMS Surface Concentration, AranamiT"       unit="nmol/L"      /> 
     462       <field id= "DMS_HALL"   long_name="DMS Surface Concentration, Halloran"       unit="nmol/L"      /> 
    460463 
    461464       <field id= "TPP3"       long_name="Total primary production 3D"               unit="mmolN/m3/d"    grid_ref="grid_T_3D"  /> 
     
    510513 
    511514    <field_group id="groupIDTRA_dia" > 
    512        <field field_ref="qtrIDTRA"    name="qtrIDTRA"  /> 
    513        <field field_ref="qintIDTRA"   name="qintIDTRA" /> 
    514        <field field_ref="invIDTRA"    name="invIDTRA"  /> 
     515      <field field_ref="qtrIDTRA"    name="qtrIDTRA"  /> 
     516      <field field_ref="qintIDTRA"   name="qintIDTRA" /> 
     517      <field field_ref="invIDTRA"    name="invIDTRA"  /> 
    515518    </field_group> 
    516519 
    517520    <field_group id="groupCFC" > 
    518        <field field_ref="CFC11"       name="CFC11"      /> 
     521      <field field_ref="CFC11" name="CFC11" /> 
    519522    </field_group> 
    520523 
    521524    <field_group id="groupCFC_dia" > 
    522        <field field_ref="qtrCFC11"    name="qtrCFC11"  /> 
    523        <field field_ref="qintCFC11"   name="qintCFC11" /> 
     525      <field field_ref="qtrCFC11"    name="qtrCFC11"   /> 
     526      <field field_ref="qintCFC11"   name="qintCFC11"  /> 
     527    </field_group> 
     528 
     529    <field_group id="groupAGE" > 
     530      <field field_ref="Age" name="Age" /> 
    524531    </field_group> 
    525532 
  • branches/NERC/dev_r5518_NOC_MEDUSA_Stable/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/field_def_dyn.xml

    r6057 r7075  
    2323      <field_group id="grid_T" grid_ref="grid_T_2D" > 
    2424         <field id="e3t"          long_name="T-cell thickness"   standard_name="cell_thickness"   unit="m"   grid_ref="grid_T_3D"/> 
     25         <field id="e3t_0"        long_name="Initial T-cell thickness"   standard_name="ref_cell_thickness"   unit="m"   grid_ref="grid_T_3D"/> 
    2526 
    2627         <field id="toce"         long_name="temperature"         standard_name="sea_water_potential_temperature"   unit="degC"     grid_ref="grid_T_3D"/> 
     
    5354         <field id="mldr10_1max"  long_name="Max of Mixed Layer Depth (dsigma = 0.01 wrt 10m)"   field_ref="mldr10_1"   operation="maximum"                                                                          /> 
    5455         <field id="mldr10_1min"  long_name="Min of Mixed Layer Depth (dsigma = 0.01 wrt 10m)"   field_ref="mldr10_1"   operation="minimum"                                                                          /> 
     56         <field id="mldzint_1"    long_name="Mixed Layer Depth interpolated"                     standard_name="ocean_mixed_layer_thickness"                                                       unit="m"          /> 
     57         <field id="mldzint_2"    long_name="Mixed Layer Depth interpolated"                     standard_name="ocean_mixed_layer_thickness"                                                       unit="m"          /> 
     58         <field id="mldzint_3"    long_name="Mixed Layer Depth interpolated"                     standard_name="ocean_mixed_layer_thickness"                                                       unit="m"          /> 
     59         <field id="mldzint_4"    long_name="Mixed Layer Depth interpolated"                     standard_name="ocean_mixed_layer_thickness"                                                       unit="m"          /> 
     60         <field id="mldzint_5"    long_name="Mixed Layer Depth interpolated"                     standard_name="ocean_mixed_layer_thickness"                                                       unit="m"          /> 
     61         <field id="mldhtc_1"     long_name="Mixed Layer Depth integrated heat content"          standard_name="integral_of_sea_water_potential_temperature_wrt_depth_expressed_as_heat_content"   unit="J/m2"       /> 
     62         <field id="mldhtc_2"     long_name="Mixed Layer Depth integrated heat content"          standard_name="integral_of_sea_water_potential_temperature_wrt_depth_expressed_as_heat_content"   unit="J/m2"       /> 
     63         <field id="mldhtc_3"     long_name="Mixed Layer Depth integrated heat content"          standard_name="integral_of_sea_water_potential_temperature_wrt_depth_expressed_as_heat_content"   unit="J/m2"       /> 
     64         <field id="mldhtc_4"     long_name="Mixed Layer Depth integrated heat content"          standard_name="integral_of_sea_water_potential_temperature_wrt_depth_expressed_as_heat_content"   unit="J/m2"       /> 
     65         <field id="mldhtc_5"     long_name="Mixed Layer Depth integrated heat content"          standard_name="integral_of_sea_water_potential_temperature_wrt_depth_expressed_as_heat_content"   unit="J/m2"       /> 
    5566         <field id="heatc"        long_name="Heat content vertically integrated"                 standard_name="integral_of_sea_water_potential_temperature_wrt_depth_expressed_as_heat_content"   unit="J/m2"       /> 
    5667         <field id="saltc"        long_name="Salt content vertically integrated"                                                                                                                   unit="1e-3*kg/m2" /> 
     
    5970         <field id="alpha"        long_name="thermal expansion"                                                         unit="degC-1" grid_ref="grid_T_3D" /> 
    6071         <field id="beta"         long_name="haline contraction"                                                        unit="1e3"    grid_ref="grid_T_3D" /> 
    61          <field id="bn2"          long_name="squared Brunt-Vaisala frequency"                                           unit="s-1"    grid_ref="grid_T_3D" /> 
    6272         <field id="rhop"         long_name="potential density (sigma0)"        standard_name="sea_water_sigma_theta"   unit="kg/m3"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
    6373 
     
    174184      <field_group id="SBC" grid_ref="grid_T_2D" > <!-- time step automaticaly defined based on nn_fsbc --> 
    175185         <field id="empmr"        long_name="Net Upward Water Flux"                standard_name="water_flux_out_of_sea_ice_and_sea_water"                              unit="kg/m2/s"   /> 
     186         <field id="empbmr"       long_name="Net Upward Water Flux at pre. tstep"  standard_name="water_flux_out_of_sea_ice_and_sea_water"                              unit="kg/m2/s"   /> 
     187         <field id="emp_oce"      long_name="Evap minus Precip over ocean"         standard_name="evap_minus_precip_over_sea_water"                                     unit="kg/m2/s"   /> 
     188         <field id="emp_ice"      long_name="Evap minus Precip over ice"           standard_name="evap_minus_precip_over_sea_ice"                                       unit="kg/m2/s"   /> 
    176189         <field id="saltflx"      long_name="Downward salt flux"                                                                                                        unit="1e-3/m2/s" /> 
    177190         <field id="fmmflx"       long_name="Water flux due to freezing/melting"                                                                                        unit="kg/m2/s"   /> 
     
    193206 
    194207         <!-- * variable related to ice shelf forcing * --> 
     208         <field id="berg_calve"   long_name="Iceberg calving"                               unit="kg/m2/s"  /> 
    195209         <field id="fwfisf"       long_name="Ice shelf melting"                             unit="kg/m2/s"  /> 
    196210         <field id="qisf"         long_name="Ice Shelf Heat Flux"                           unit="W/m2"     /> 
     
    274288         <field id="micesalt"     long_name="Mean ice salinity"                                                                                                               unit="1e-3"         /> 
    275289         <field id="miceage"      long_name="Mean ice age"                                                                                                                    unit="years"        /> 
     290         <field id="alb_ice"      long_name="Mean albedo over sea ice"                                                                                                        unit=""             /> 
     291         <field id="albedo"       long_name="Mean albedo over sea ice and ocean"                                                                                              unit=""             /> 
    276292 
    277293         <field id="iceage_cat"   long_name="Ice age for categories"                                       unit="days"   axis_ref="ncatice" /> 
     
    311327         <field id="sfxsni"       long_name="salt flux from snow-ice formation"                            unit="1e-3*kg/m2/day" /> 
    312328         <field id="sfxopw"       long_name="salt flux from open water ice formation"                      unit="1e-3*kg/m2/day" /> 
     329         <field id="sfxsub"       long_name="salt flux from sublimation"                                   unit="1e-3*kg/m2/day" /> 
    313330         <field id="sfx"          long_name="salt flux total"                                              unit="1e-3*kg/m2/day" /> 
    314331 
     
    324341         <field id="vfxsub"       long_name="snw sublimation"                                              unit="m/day"   /> 
    325342         <field id="vfxspr"       long_name="snw precipitation on ice"                                     unit="m/day"   /> 
     343         <field id="vfxthin"      long_name="daily thermo ice prod. for thin ice(<20cm) + open water"      unit="m/day"   /> 
    326344 
    327345         <field id="afxtot"       long_name="area tendency (total)"                                        unit="day-1"   /> 
     
    365383      <field_group id="grid_U"   grid_ref="grid_U_2D"> 
    366384         <field id="e3u"          long_name="U-cell thickness"                                       standard_name="cell_thickness"              unit="m"          grid_ref="grid_U_3D" /> 
     385         <field id="e3u_0"        long_name="Initial U-cell thickness"                               standard_name="ref_cell_thickness"          unit="m"          grid_ref="grid_U_3D"/> 
    367386         <field id="utau"         long_name="Wind Stress along i-axis"                               standard_name="surface_downward_x_stress"   unit="N/m2"                            /> 
    368387         <field id="uoce"         long_name="ocean current along i-axis"                             standard_name="sea_water_x_velocity"        unit="m/s"        grid_ref="grid_U_3D" /> 
     
    400419      <field_group id="grid_V"   grid_ref="grid_V_2D"> 
    401420         <field id="e3v"          long_name="V-cell thickness"                                       standard_name="cell_thickness"              unit="m"          grid_ref="grid_V_3D" /> 
     421         <field id="e3v_0"        long_name="Initial V-cell thickness"                               standard_name="ref_cell_thickness"          unit="m"          grid_ref="grid_V_3D"/> 
    402422         <field id="vtau"         long_name="Wind Stress along j-axis"                               standard_name="surface_downward_y_stress"   unit="N/m2"                            /> 
    403423         <field id="voce"         long_name="ocean current along j-axis"                             standard_name="sea_water_y_velocity"        unit="m/s"        grid_ref="grid_V_3D" /> 
     
    441461        <field id="woce_eiv"     long_name="EIV ocean vertical velocity"   standard_name="bolus_upward_sea_water_velocity"   unit="m/s" /> 
    442462 
    443         <!-- woce_eiv: available with key_trabbl_adv --> 
    444463        <field id="avt"          long_name="vertical eddy diffusivity"   standard_name="ocean_vertical_heat_diffusivity"       unit="m2/s" /> 
     464        <field id="logavt"       long_name="logarithm of vertical eddy diffusivity"   standard_name="ocean_vertical_heat_diffusivity"       unit="m2/s" /> 
    445465        <field id="avm"          long_name="vertical eddy viscosity"     standard_name="ocean_vertical_momentum_diffusivity"   unit="m2/s" /> 
    446466 
    447467        <!-- avs: available with key_zdfddm --> 
    448468        <field id="avs"          long_name="salt vertical eddy diffusivity"   standard_name="ocean_vertical_salt_diffusivity"   unit="m2/s" /> 
     469        <field id="logavs"       long_name="logarithm of salt vertical eddy diffusivity"   standard_name="ocean_vertical_heat_diffusivity"       unit="m2/s" /> 
    449470 
    450471        <!-- avt_evd and avm_evd: available with ln_zdfevd --> 
     
    455476        <field id="av_tide"      long_name="tidal vertical diffusivity"   standard_name="ocean_vertical_tracer_diffusivity_due_to_tides"   unit="m2/s" /> 
    456477 
     478       <!-- variables available with key_zdftmx_new --> 
     479        <field id="av_ratio"     long_name="S over T diffusivity ratio"            standard_name="salinity_over_temperature_diffusivity_ratio"                     unit="1"    /> 
     480        <field id="av_wave"      long_name="wave-induced vertical diffusivity"     standard_name="ocean_vertical_tracer_diffusivity_due_to_internal_waves"         unit="m2/s" /> 
     481        <field id="bn2"          long_name="squared Brunt-Vaisala frequency"       standard_name="squared_brunt_vaisala_frequency"                                 unit="s-1"  /> 
     482        <field id="bflx_tmx"     long_name="wave-induced buoyancy flux"            standard_name="buoyancy_flux_due_to_internal_waves"                             unit="W/kg" /> 
     483        <field id="pcmap_tmx"    long_name="power consumed by wave-driven mixing"  standard_name="vertically_integrated_power_consumption_by_wave_driven_mixing"   unit="W/m2"      grid_ref="grid_W_2D" /> 
     484        <field id="emix_tmx"     long_name="power density available for mixing"    standard_name="power_available_for_mixing_from_breaking_internal_waves"         unit="W/kg" /> 
     485 
    457486        <!-- variables available with key_diaar5 -->    
    458487        <field id="w_masstr"     long_name="vertical mass transport"             standard_name="upward_ocean_mass_transport"             unit="kg/s"   /> 
     
    462491        <field id="aht2d"        long_name="lateral eddy diffusivity"       standard_name="ocean_tracer_xy_laplacian_diffusivity"      unit="m2/s"   grid_ref="grid_W_2D" /> 
    463492        <field id="aht2d_eiv"    long_name="EIV lateral eddy diffusivity"   standard_name="ocean_tracer_bolus_laplacian_diffusivity"   unit="m2/s"   grid_ref="grid_W_2D" /> 
     493        <!-- variables added for nn_etau revision testing --> 
     494        <field id="htau"         long_name="e-decay length scale of nn_etau TKE"       unit="m"        grid_ref="grid_W_2D" /> 
     495        <field id="tke"          long_name="Turbulent Kinetic Energy"                  unit="m2/s2"    /> 
     496        <field id="tke_niw"      long_name="Turbulent Kinetic Energy due to near-inertial wave breaking"  unit="m2/s2" /> 
    464497      </field_group> 
    465498           
     499      <!-- product fields --> 
     500      <field_group id="diaprod"> 
     501   <field id="ut"           long_name="product_of_sea_water_x_velocity_and_potential_temperature"      unit="degC m/s"      grid_ref="grid_U_3D"   /> 
     502        <field id="ut_e3u"       long_name="product_of_sea_water_x_velocity_and_potential_temperature * e3u"  unit="degC m2/s"   grid_ref="grid_U_3D" > ut * e3u </field > 
     503   <field id="us"           long_name="product_of_sea_water_x_velocity_and_salinity"                   unit="PSU m/s"       grid_ref="grid_U_3D"   /> 
     504        <field id="us_e3u"       long_name="product_of_sea_water_x_velocity_and_salinity * e3u"             unit="PSU m2/s"      grid_ref="grid_U_3D" > us * e3u </field > 
     505   <field id="urhop"        long_name="product_of_sea_water_x_velocity_and_potential_density"          unit="(kg/m3).(m/s)" grid_ref="grid_U_3D"   /> 
     506        <field id="urhop_e3u"    long_name="product_of_sea_water_x_velocity_and_potential_density * e3u"    unit="(kg/m3).(m2/s)"   grid_ref="grid_U_3D" > urhop * e3u </field > 
     507   <field id="vt"           long_name="product_of_sea_water_y_velocity_and_potential_temperature"      unit="degC m/s"      grid_ref="grid_V_3D"   /> 
     508        <field id="vt_e3v"       long_name="product_of_sea_water_y_velocity_and_potential_temperature * e3v"  unit="degC m2/s"   grid_ref="grid_V_3D" > vt * e3v </field > 
     509   <field id="vs"           long_name="product_of_sea_water_y_velocity_and_salinity"                   unit="PSU m/s"       grid_ref="grid_V_3D"   /> 
     510        <field id="vs_e3v"       long_name="product_of_sea_water_y_velocity_and_salinity * e3t"             unit="PSU m2/s"      grid_ref="grid_V_3D" > vs * e3v </field > 
     511   <field id="vrhop"        long_name="product_of_sea_water_y_velocity_and_potential_density"          unit="(kg/m3).(m/s)" grid_ref="grid_V_3D"   /> 
     512        <field id="vrhop_e3v"    long_name="product_of_sea_water_y_velocity_and_potential_density * e3t"    unit="(kg/m3).(m2/s)"  grid_ref="grid_V_3D" > vrhop * e3v </field > 
     513   <field id="wt"           long_name="product_of_upward_sea_water_velocity_and_potential_temperature" unit="degC m/s"      grid_ref="grid_W_3D"   /> 
     514   <field id="ws"           long_name="product_of_upward_sea_water_velocity_and_salinity"              unit="PSU m/s"       grid_ref="grid_W_3D"   /> 
     515   <field id="wrhop"        long_name="product_of_upward_sea_water_velocity_and_potential_density"     unit="(kg/m3).(m/s)" grid_ref="grid_W_3D"   /> 
     516      </field_group> 
     517 
    466518      <!-- scalar variables available with key_diaar5 --> 
    467519 
     
    527579         <field id="ibgsfxbom"    long_name="global mean salt flux (thermo)"                         unit="1e-3*m/day" /> 
    528580         <field id="ibgsfxsum"    long_name="global mean salt flux (thermo)"                         unit="1e-3*m/day" /> 
     581         <field id="ibgsfxsub"    long_name="global mean salt flux (thermo)"                         unit="1e-3*m/day" /> 
    529582 
    530583         <field id="ibghfxdhc"    long_name="Heat content variation in snow and ice"                 unit="W"          /> 
     
    563616      <!-- variables available with iceberg trajectories --> 
    564617 
    565       <field_group id="icbvar" domain_ref="grid_T"  >  
     618      <field_group id="icbvar" grid_ref="grid_T_2D"  >  
     619        <field id="berg_total_melt"    long_name="icb melt rate 2 of icebergs"                     unit="kg/m2/s"                    /> 
     620        <field id="berg_total_heat_flux"  long_name="icb latent heat of melting of icebergs"          unit="kg/m2/s"                    /> 
    566621        <field id="berg_melt"          long_name="icb melt rate of icebergs"                       unit="kg/m2/s"                    /> 
    567622        <field id="berg_buoy_melt"     long_name="icb buoyancy component of iceberg melt rate"     unit="kg/m2/s"                    /> 
     
    730785     <field id="vtrd_atf"       long_name="j-trend: asselin time filter trend"              unit="m/s^2"                        />    
    731786    </field_group> 
     787 
    732788 
    733789    <!--  
     
    810866    </field_group> 
    811867     
    812 </field_definition> 
    813  
     868    <field_group id="groupT1" >  
     869     <field field_ref="sst"          name="sosstsst"   standard_name="sea_surface_temperature"                                 /> 
     870     <field field_ref="sss"          name="sossssss"   standard_name="sea_surface_salinity"                                    /> 
     871     <field field_ref="ssh"          name="sossheig"   standard_name="sea_surface_height_above_geoid"                          /> 
     872     <field field_ref="empmr"        name="sowaflup"   standard_name="water_flux_out_of_sea_ice_and_sea_water"                 /> 
     873     <field field_ref="qt"           name="sohefldo"   standard_name="surface_downward_heat_flux_in_sea_water"                 /> 
     874   </field_group> 
     875 
     876   <field_group id="groupT2" > 
     877     <field field_ref="toce"         name="votemper"     operation="instant" freq_op="1d" > @toce_e3t / @e3t </field> 
     878     <field field_ref="soce"         name="vosaline"     operation="instant" freq_op="1d" > @soce_e3t / @e3t </field> 
     879     <field field_ref="ssh"          name="sossheig"   standard_name="sea_surface_height_above_geoid"                          /> 
     880     <field field_ref="empmr"        name="sowaflup"   standard_name="water_flux_out_of_sea_ice_and_sea_water"                 /> 
     881     <field field_ref="runoffs"      name="sorunoff"   standard_name=""                                                        /> 
     882     <field field_ref="saltflx"      name="sosafldo"   standard_name="salt_flux_into_sea_water"                                /> 
     883     <field field_ref="qt"           name="sohefldo"   standard_name="surface_downward_heat_flux_in_sea_water"                 /> 
     884     <field field_ref="qsr"          name="soshfldo"   standard_name="downwelling_photosynthetic_radiative_flux_in_sea_water"  /> 
     885     <field field_ref="mldkz5" name="somixhgt" standard_name="ocean_mixed_layer_thickness_defined_by_vertical_tracer_diffusivity" /> 
     886     <field field_ref="mldr10_1"     name="somxl010"   standard_name="ocean_mixed_layer_thickness_defined_by_sigma_theta"      /> 
     887     <field field_ref="ice_cover"    name="soicecov"   standard_name="sea_ice_area_fraction"                                   /> 
     888     <field field_ref="wspd"         name="sowindsp"   standard_name="wind_speed"                                              /> 
     889     <field field_ref="qrp"          name="sohefldp"   standard_name="heat_flux_into_sea_water_due_to_newtonian_relaxation"    /> 
     890     <field field_ref="erp"          name="sowafldp"   standard_name="water_flux_out_of_sea_water_due_to_newtonian_relaxation" /> 
     891     <field field_ref="qisf"         name="sohflisf"   standard_name=""                                                        /> 
     892     <field field_ref="fwfisf"       name="sowflisf"   standard_name=""                                                        /> 
     893   </field_group> 
     894 
     895   <field_group id="SPIN-UP_T" > 
     896     <field field_ref="e3t"          name="e3t"        standard_name="cell_thickness" /> 
     897     <field field_ref="toce"         name="votemper"     operation="average" freq_op="10d" > @toce_e3t / @e3t </field> 
     898     <field field_ref="toce"         name="votemper2"    operation="average" freq_op="10d" > @toce * @toce_e3t / @e3t </field> 
     899     <field field_ref="soce"         name="vosaline"     operation="average" freq_op="10d" > @soce_e3t / @e3t </field> 
     900     <field field_ref="soce"         name="vosaline2"    operation="average" freq_op="10d" > @soce * @soce_e3t / @e3t </field> 
     901     <field field_ref="ttrd_ldf"     name="ttrd_ldf"   standard_name="tendency_of_sea_water_temperature_due_to_horizontal_mixing"/> 
     902     <field field_ref="ttrd_zdf"     name="ttrd_zdf"   standard_name="tendency_of_sea_water_temperature_due_to_vertical_mixing"/> 
     903     <field field_ref="strd_ldf"     name="strd_ldf"   standard_name="tendency_of_sea_water_salinity_due_to_horizontal_mixing" /> 
     904     <field field_ref="strd_zdf"     name="strd_zdf"   standard_name="tendency_of_sea_water_salinity_due_to_vertical_mixing"   /> 
     905     <field field_ref="ssh"          name="sossheig"   standard_name="sea_surface_height_above_geoid"                          /> 
     906     <field field_ref="ssh2"         name="zossq"      standard_name="square_of_sea_surface_height_above_geoid"                /> 
     907     <field field_ref="empmr"        name="sowaflup"   standard_name="water_flux_out_of_sea_ice_and_sea_water"                 /> 
     908     <field field_ref="saltflx"      name="sosafldo"   standard_name="salt_flux_into_sea_water"                                /> 
     909     <field field_ref="qt"           name="sohefldo"   standard_name="surface_downward_heat_flux_in_sea_water"                 /> 
     910     <field field_ref="qsr"          name="soshfldo"   standard_name="downwelling_photosynthetic_radiative_flux_in_sea_water"               /> 
     911     <field field_ref="mldkz5"       name="somixhgt"   standard_name="ocean_mixed_layer_thickness_defined_by_vertical_tracer_diffusivity"   /> 
     912     <field field_ref="mldr10_1"     name="somxl010"   standard_name="ocean_mixed_layer_thickness_defined_by_sigma_theta"      /> 
     913     <field field_ref="mldzint_1"    name="sokaraml"                                                                           /> 
     914     <field field_ref="mldzint_2"    name="somlddbm"                                                                           /> 
     915     <field field_ref="ice_cover"    name="soicecov"   standard_name="sea_ice_area_fraction"                                   /> 
     916     <field field_ref="wspd"         name="sowindsp"   standard_name="wind_speed"                                              />           
     917     <field field_ref="qisf"         name="sohflisf"   standard_name=""                                                        /> 
     918     <field field_ref="fwfisf"       name="sowflisf"   standard_name=""                                                        /> 
     919     <field field_ref="berg_total_melt"       name="berg_total_melt"          standard_name=""                                 /> 
     920     <field field_ref="berg_total_heat_flux"  name="berg_total_heat_flux"     standard_name=""                                 /> 
     921     <field field_ref="runoffs"      name="sorunoff"   standard_name="water_flux_into_sea_water_from_rivers"                   /> 
     922   </field_group> 
     923 
     924   <field_group id="groupU1" > 
     925     <field field_ref="ssu"          name="sozocrtx"   standard_name="sea_surface_eastward_sea_water_velocity"                 /> 
     926     <field field_ref="utau"         name="sozotaux"   standard_name="surface_downward_x_stress" /> 
     927   </field_group> 
     928 
     929   <field_group id="groupU2" > 
     930     <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx"     operation="instant" freq_op="1d" > @uoce_e3u / @e3u </field> 
     931     <field field_ref="utau"         name="sozotaux"   standard_name="surface_downward_x_stress" /> 
     932   </field_group> 
     933 
     934   <field_group id="SPIN-UP_U" > 
     935     <field field_ref="e3u"          name="e3u"        standard_name="cell_thickness" /> 
     936     <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx"     operation="average" freq_op="10d" > @uoce_e3u / @e3u </field> 
     937     <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx2"    operation="average" freq_op="10d" > @uoce * @uoce_e3u / @e3u </field> 
     938     <field field_ref="ut"           name="ut"           operation="average" freq_op="10d" > @ut_e3u / @e3u </field> 
     939     <field field_ref="us"           name="us"           operation="average" freq_op="10d" > @us_e3u / @e3u </field> 
     940     <field field_ref="utau"         name="sozotaux"   standard_name="surface_downward_x_stress" />    
     941   </field_group> 
     942 
     943   <field_group id="groupV1" > 
     944     <field field_ref="ssv"          name="somecrty"   standard_name="sea_surface_northward_sea_water_velocity"                 /> 
     945     <field field_ref="vtau"         name="sometauy"   standard_name="surface_downward_y_stress" /> 
     946   </field_group> 
     947 
     948   <field_group id="groupV2" > 
     949     <field field_ref="voce"         name="vomecrty"     operation="instant" freq_op="1d" > @voce_e3v / @e3v </field> 
     950     <field field_ref="vtau"         name="sometauy"   standard_name="surface_downward_y_stress" />    
     951   </field_group> 
     952 
     953   <field_group id="SPIN-UP_V" > 
     954     <field field_ref="e3v"          name="e3v"        standard_name="cell_thickness" /> 
     955     <field field_ref="voce"         name="vomecrty"     operation="average" freq_op="10d" > @voce_e3v / @e3v </field> 
     956     <field field_ref="voce"         name="vomecrty2"    operation="average" freq_op="10d" > @voce * @voce_e3v / @e3v </field> 
     957     <field field_ref="vt"           name="vt"           operation="average" freq_op="10d" > @vt_e3v / @e3v </field> 
     958     <field field_ref="vs"           name="vs"           operation="average" freq_op="10d" > @vs_e3v / @e3v </field> 
     959     <field field_ref="vtau"         name="sometauy"   standard_name="surface_downward_y_stress" /> 
     960   </field_group> 
     961 
     962   <field_group id="groupW2" > 
     963     <field field_ref="woce"         name="vovecrtz"   standard_name="upward_sea_water_velocity"                         /> 
     964     <field field_ref="avt"          name="votkeavt"   standard_name="ocean_vertical_heat_diffusivity"                   /> 
     965     <field field_ref="avm"          name="votkeavm"   standard_name="ocean_vertical_momentum_diffusivity"               /> 
     966     <field field_ref="aht2d"        name="soleahtw"   standard_name="vertical_component_of_ocean_xy_tracer_diffusivity" /> 
     967   </field_group> 
     968 
     969   <field_group id="SPIN-UP_W" > 
     970 <field field_ref="woce"         name="vovecrtz"   standard_name="upward_sea_water_velocity"                         /> 
     971     <field field_ref="wt"           name="wt"         standard_name=""                                                  /> 
     972     <field field_ref="ws"           name="ws"         standard_name=""                                                  /> 
     973     <field field_ref="avt"          name="votkeavt"   standard_name="ocean_vertical_heat_diffusivity"                   /> 
     974     <field field_ref="avm"          name="votkeavm"   standard_name="ocean_vertical_momentum_diffusivity"               /> 
     975     <field field_ref="aht2d"        name="soleahtw"   standard_name="vertical_component_of_ocean_xy_tracer_diffusivity" /> 
     976   </field_group> 
     977 
     978   <field_group id="SPIN-UP_diaptr" > 
     979     <field field_ref="zomsfglo"     name="zomsfglo"   standard_name="meridional_streamfunction_global"           grid_ref="gznl_W_3D"       /> 
     980     <field field_ref="zotemglo"     name="zotemglo"   standard_name="zonal_mean_temperature_global"              grid_ref="gznl_T_3D"       /> 
     981     <field field_ref="zosrfglo"     name="zosrfglo"   standard_name="zonal_mean_surface_global"                  grid_ref="gznl_T_3D"       /> 
     982     <field field_ref="zosalglo"     name="zosalglo"   standard_name="zonal_mean_salinity_global"                 grid_ref="gznl_T_3D"       />           
     983     <field field_ref="zomsfatl"     name="zomsfatl"   standard_name="meridional_streamfunction_atlantic"         grid_ref="gznl_W_3D"       /> 
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     985     <field field_ref="zosrfatl"     name="zosrfatl"   standard_name="zonal_mean_surface_atlantic"                grid_ref="gznl_T_3D"       /> 
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     995     <field field_ref="zomsfipc"     name="zomsfipc"   standard_name="meridional_streamfunction_indian_pacific"   grid_ref="gznl_W_3D"       /> 
     996     <field field_ref="zotemipc"     name="zotemipc"   standard_name="zonal_mean_temperature_indian_pacific"      grid_ref="gznl_T_3D"       /> 
     997     <field field_ref="zosrfipc"     name="zosrfipc"   standard_name="zonal_mean_surface_indian_pacific"          grid_ref="gznl_T_3D"       /> 
     998     <field field_ref="zosalipc"     name="zosalipc"   standard_name="zonal_mean_salinity_indian_pacific"         grid_ref="gznl_T_3D"       />           
     999     <field field_ref="sophtadv"     name="sophtadv"   standard_name="advective_heat_transport"                   grid_ref="gznl_T_2D"       /> 
     1000     <field field_ref="sopstadv"     name="sopstadv"   standard_name="advective_salt_transport"                   grid_ref="gznl_T_2D"       /> 
     1001     <field field_ref="sophtldf"     name="sophtldf"   standard_name="diffusive_heat_transport"                   grid_ref="gznl_T_2D"       /> 
     1002     <field field_ref="sopstldf"     name="sopstldf"   standard_name="diffusive_salt_transport"                   grid_ref="gznl_T_2D"       /> 
     1003   </field_group> 
     1004 
     1005  </field_definition> 
  • branches/NERC/dev_r5518_NOC_MEDUSA_Stable/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_cfc_ref

    r4147 r7075  
    77!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    88   ndate_beg  = 300101    !  datedeb1 
    9    nyear_res  = 1932      !  iannee1 
     9   nyear_res  = 1600      !  iannee1 
     10   simu_type  = 1         ! kind of Simulation: 1 = SPIN-UP (90y-cycle) 
     11!!                                           !! 2 = Hindcast/proj (100y cycle) 
    1012/ 
    1113!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
  • branches/NERC/dev_r5518_NOC_MEDUSA_Stable/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_idtra_ref

    r6057 r7075  
    33! idealize Tracer namelist :  NEMO idealize traceur model option and parameter input 
    44! ------------- 
    5 ! 
     5!  
    66!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    77!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     
    2020!! idealize tracer names 
    2121!!############################################### 
    22 !!   names are defined in the top namelist (namtrc) 
    23 !! 
     22!!   names are defined in the top namelist (namtrc)  
     23!!    
    2424!!############################################### 
    2525/ 
     
    3636!!########################################################## 
    3737!! No aditional diagnostics associated to idealize tracers. 
    38 !! If one want to add additional diag, 
    39 !! can be done here, following the example just below 
     38!! If one want to add additional diag,  
     39!! can be done here, following the example just below  
    4040!!########################################################## 
    4141!            meddia2d(1)  = 'INVTN'             ,              'Column N inventory'                            ,              'mmolN/m2' 
  • branches/NERC/dev_r5518_NOC_MEDUSA_Stable/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_medusa_ref

    r6057 r7075  
    1010! 
    1111!! Primary production and chl related quantities 
    12 !!       xxi         :  conversion factor from gC to mmolN 
    13 !!       xaln        :  Chl-a specific initial slope of P-I curve for non-diatoms 
     12!!       xxi         :  conversion factor from gC to mmolN  
     13!!       xaln        :  Chl-a specific initial slope of P-I curve for non-diatoms  
    1414!!       xald        :  Chl-a specific initial slope of P-I curve for diatoms 
    1515!!       jphy        :  phytoplankton T-dependent growth switch 
    1616!!       xvpn        :  maximum growth rate for non-diatoms 
    1717!!       xvpd        :  maximum growth rate for diatoms 
    18 !!       xthetam     :  maximum Chl to C ratio for non-diatoms 
     18!!       xthetam     :  maximum Chl to C ratio for non-diatoms       
    1919!!       xthetamd    :  maximum Chl to C ratio for diatoms 
    2020!! 
     
    2626!! Nutrient limitation 
    2727!!       jliebig     :  Liebig nutrient uptake switch 
    28 !!       xnln        :  half-sat constant for DIN uptake by non-diatoms 
    29 !!       xnld        :  half-sat constant for DIN uptake by diatoms 
    30 !!       xsl         :  half-sat constant for Si uptake by diatoms 
    31 !!       xfld        :  half-sat constant for Fe uptake by diatoms 
    32 !!       xfln        :  half-sat constant for Fe uptake by non-datoms 
     28!!       xnln        :  half-sat constant for DIN uptake by non-diatoms  
     29!!       xnld        :  half-sat constant for DIN uptake by diatoms  
     30!!       xsl         :  half-sat constant for Si uptake by diatoms  
     31!!       xfld        :  half-sat constant for Fe uptake by diatoms   
     32!!       xfln        :  half-sat constant for Fe uptake by non-datoms  
    3333!! 
    3434!! Grazing 
    35 !!       xgmi        :  microzoo maximum growth rate 
    36 !!       xgme        :  mesozoo maximum growth rate 
     35!!       xgmi        :  microzoo maximum growth rate  
     36!!       xgme        :  mesozoo maximum growth rate  
    3737!!       xkmi        :  microzoo grazing half-sat parameter 
    3838!!       xkme        :  mesozoo grazing half-sat parameter 
     
    4343!!       xpmipn      :  grazing preference of microzoo for non-diatoms 
    4444!!       xpmid       :  grazing preference of microzoo for diatoms 
    45 !!       xpmepn      :  grazing preference of mesozoo for non-diatoms 
     45!!       xpmepn      :  grazing preference of mesozoo for non-diatoms  
    4646!!       xpmepd      :  grazing preference of mesozoo for diatoms 
    4747!!       xpmezmi     :  grazing preference of mesozoo for microzoo 
    4848!!       xpmed       :  grazing preference of mesozoo for detritus 
    49 !! 
    50 !! Metabolic losses 
    51 !!       xmetapn     :  non-diatom metabolic loss rate 
    52 !!       xmetapd     :  diatom     metabolic loss rate 
    53 !!       xmetazmi    :  microzoo   metabolic loss rate 
    54 !!       xmetazme    :  mesozoo    metabolic loss rate 
    5549!! 
    5650!! Metabolic losses 
     
    7771!!       jmd         :  detritus T-dependent remineralisation switch 
    7872!!       jsfd        :  accelerate seafloor detritus remin. switch 
    79 !!       xmd         :  detrital nitrogen remineralisation rate 
    80 !!       xmdc        :  detrital carbon   remineralisation rate 
     73!!       xmd         :  detrital nitrogen remineralisation rate  
     74!!       xmdc        :  detrital carbon   remineralisation rate  
    8175!! 
    8276!! Stochiometric ratios 
     
    8781!!       xthetad     :  detritus C:N ratio (FOR IMPLICIT DTC ONLY) 
    8882!!       xrfn        :  phytoplankton Fe:N ratio 
    89 !!      xrsn        :  phytoplankton Si:N ratio (LEGACY; NOT USED) 
     83!!  xrsn        :  phytoplankton Si:N ratio (LEGACY; NOT USED) 
    9084!! 
    9185!! Iron parameters 
    9286!!       jiron       :  iron scavenging submodel switch 
    9387!!       xfe_mass    :  iron atomic mass 
    94 !!      xfe_sol     :  aeolian iron solubility 
    95 !!      xfe_sed     :  sediment iron input 
    96 !!       xLgT        :  total ligand concentration (umol/m3) 
    97 !!       xk_FeL      :  dissociation constant for (Fe + L) 
    98 !!      xk_sc_Fe    :  scavenging rate of "free" iron 
    99 !! 
     88!!  xfe_sol     :  aeolian iron solubility 
     89!!  xfe_sed     :  sediment iron input 
     90!!  xLgT      :  total ligand concentration (umol/m3) 
     91!!  xk_FeL       :  dissociation constant for (Fe + L) 
     92!!  xk_sc_Fe    :  scavenging rate of "free" iron 
     93!!   
    10094!! Fast-sinking detritus parameters 
    10195!!       jmartin     :  fast detritus remineralisation switch 
    10296!!       jfdfate     :  fate of fast detritus at seafloor switch 
    10397!!       jrratio     :  rain ratio switch 
    104 !!      jocalccd    :  CCD switch 
    105 !!      xridg_r0    :  Ridgwell rain ratio coefficient 
     98!!  jocalccd    :  CCD switch 
     99!!  xridg_r0    :  Ridgwell rain ratio coefficient 
    106100!!       xfdfrac1    :  fast-sinking fraction of diatom nat. mort. losses 
    107101!!       xfdfrac2    :  fast-sinking fraction of mesozooplankton mort. losses 
     
    121115!!       jorgben     :  does   organic detritus go to the benthos? 
    122116!!       jinorgben   :  does inorganic detritus go to the benthos? 
    123 !!       xsedn       :  organic   nitrogen sediment remineralisation rate 
    124 !!       xsedfe      :  organic   iron     sediment remineralisation rate 
    125 !!       xsedsi      :  inorganic silicon  sediment dissolution      rate 
    126 !!       xsedc       :  organic   carbon   sediment remineralisation rate 
    127 !!       xsedca      :  inorganic carbon   sediment dissolution      rate 
     117!!       xsedn       :  organic   nitrogen sediment remineralisation rate  
     118!!       xsedfe      :  organic   iron     sediment remineralisation rate  
     119!!       xsedsi      :  inorganic silicon  sediment dissolution      rate  
     120!!       xsedc       :  organic   carbon   sediment remineralisation rate  
     121!!       xsedca      :  inorganic carbon   sediment dissolution      rate  
    128122!!       xburial     :  burial fraction of sediment material 
    129123!! 
     
    138132!!       xsdiss      :  diatom frustule dissolution rate 
    139133!! 
    140 !! Gravitational sinking 
    141 !!       vsed        :  detritus gravitational sinking rate 
     134!! Gravitational sinking       
     135!!       vsed        :  detritus gravitational sinking rate  
    142136!!       xhr         :  coeff for Martin's remineralisation profile 
    143137!! 
    144138!! Additional parameters 
    145 !!       jpkb        :  vertical layer for diagnostic of the vertical flux 
     139!!       jpkb        :  vertical layer for diagnostic of the vertical flux  
    146140!! 
    147141!! UKESM1 - new diagnostics  !! Jpalm 
    148142!!       jdms        :  include dms diagnostics 
    149 !! 
    150 !! 
     143!!       jdms_input  :  use instant (0) or diel-avg (1) inputs 
     144!!       jdms_model  :  which DMS model is passed to atmosphere 
     145!! 
     146!!        
    151147&natbio 
    152148! 
     
    155151      xaln      = 15.0      !! EKP (05/03/09) 
    156152      xald      = 11.25     !! EKP (05/03/09) 
    157       jphy      = 1         !! 0 = T-independent; 1 = T-dependent 
    158       xvpn      = 1.060     !! EKP (05/03/09) 
    159       xvpd      = 1.000     !! EKP (05/03/09) 
     153      jphy      = 1         !! 0 = T-independent; 1 = T-dependent; 2 = T-dependent-Q10 
     154      xvpn      = 0.640     !! EKP (05/03/09) -- daily avg = 0.530; daily cycle = 1.060; Q10 = 0.64 
     155      xvpd      = 0.600     !! EKP (05/03/09) -- daily avg = 0.500; daily cycle = 1.000; Q10 = 0.6 
    160156      xthetam   = 0.05      !! EKP (05/03/09) 
    161157      xthetamd  = 0.05      !! EKP (05/03/09) 
     158      jq10      = 1.50      !! Jpalm (17-06-2016) 
    162159!! 
    163160!! Diatom silicon parameters 
     
    185182!!    xbetac    = 0.69      !! Anderson & Pondaven (2003)for detrital carbon model 
    186183      xkc       = 0.80      !! Anderson & Pondaven (2003) 
    187       xpmipn    = 0.75      !! 
     184      xpmipn    = 0.75      !!  
    188185      xpmid     = 0.25      !! 
    189186      xpmepn    = 0.15      !! EKP (26/02/09) 
     
    193190!! 
    194191!! Metabolic losses 
    195       xmetapn   = 0.02      !! 
    196       xmetapd   = 0.02      !! 
    197       xmetazmi  = 0.02      !! 
    198       xmetazme  = 0.02      !! 
     192      xmetapn   = 0.02      !!  
     193      xmetapd   = 0.02      !!  
     194      xmetazmi  = 0.02      !!  
     195      xmetazme  = 0.02      !!  
    199196!! 
    200197!! Mortality losses 
     
    213210!! 
    214211!! Remineralisation 
    215       jmd       = 1         !! 0 = T-independent; 1 = T-dependent 
     212      jmd       = 2         !! 0 = T-independent; 1 = T-dependent; 2 = T-dependent-Q10 
    216213      jsfd      = 0         !! 0 = unchanged seafloor remin.; 1 = accelerated seafloor remin. 
    217       xmd       = 0.0158    !! T-dependent; 0.05 at 18C (Yool et al., 2010) 
    218       xmdc      = 0.0127    !! T-dependent; 0.04 at 18C (Yool et al., 2010) 
    219 !! 
     214      xmd       = 0.0190    !! T-dependent; 0.05 at 18C (Yool et al., 2010) - Q10 = 0.0190 
     215      xmdc      = 0.0152    !! T-dependent; 0.04 at 18C (Yool et al., 2010) - Q10 = 0.0152 
     216!!  
    220217!! Stochiometric ratios 
    221218      xthetapn  = 6.625     !! Redfield 
     
    234231      xfe_sed   = 0.000228  !! AXY (10/07/12): Moore-ish 
    235232      xLgT      = 1.0       !! from Diat-HadOCC; from Parekh et al. (2005) 
    236       xk_FeL    = 100.0     !! from Diat-HadOCC 
     233      xk_FeL   = 100.0     !! from Diat-HadOCC 
    237234      xk_sc_Fe  = 1.e-3     !! from Dutkiewicz et al. (2005) 
    238235!! 
     
    270267      xsedca    = 0.01      !! default ERSEM-ish value 
    271268      xburial   = 0.0       !! set to zero 
    272 !! 
     269!!  
    273270!! River parameters 
    274271      jriver_n  = 0         !! 0 = no; 1 = runoff-dependent fluxes; 2= fixed fluxes 
     
    285282!! 
    286283!! Additional parameters 
    287       jpkb      = 16        !! 
     284      jpkb      = 16        !!  
     285!! 
     286!! UKESM1 - new diagnostics !! Jpalm 
     287      jdms       = 1        !! include dms diagnostics 
     288      jdms_input = 1        !! use instant (0) or diel-avg (1) inputs 
     289      jdms_model = 3        !! choice of DMS model passed to atmosphere 
     290!!                             1 = ANDR, 2 = SIMO, 3 = ARAN, 4 = HALL 
    288291!! 
    289292/ 
     
    358361&nammeddia 
    359362/ 
     363!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     364&nammedsbc     !   parameters for inputs deposition 
     365!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     366!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable      ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
     367!              !                   !  (if <0  months)  !   name        !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     368   sn_dust     = 'dust.orca'       ,     -1            , 'dust'        ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''    , '' 
     369! 
     370   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files 
     371   bdustfer    =  .true.   ! boolean for dust input from the atmosphere 
     372/ 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.