New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 7162 for branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/CONFIG – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2016-11-01T14:23:51+01:00 (8 years ago)
Author:
cetlod
Message:

new top interface : Add PISCES quota model

Location:
branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/CONFIG
Files:
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r5385 r7162  
    176176          <field field_ref="CO3sat"   /> 
    177177          <field field_ref="PAR"      /> 
    178           <field field_ref="PPPHY"    /> 
    179           <field field_ref="PPPHY2"   /> 
     178          <field field_ref="PPPHYN"    /> 
     179          <field field_ref="PPPHYD"   /> 
    180180          <field field_ref="PPNEWN"   /> 
    181181          <field field_ref="PPNEWD"   /> 
  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_LIM_PISCES/EXP00/namelist_pisces_cfg

    r7050 r7162  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! PISCES  (key_pisces) reference namelist (see below for key_pisces_reduced) 
     2!! PISCES reference namelist  
    33!!              1  - air-sea exchange                         (nampisext) 
    44!!              2  - biological parameters                    (nampisbio) 
     
    1010!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed) 
    1111!!              11 - Damping                                  (nampisdmp) 
    12 !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     12!----------------------------------------------------------------------- 
     13&nampismod     !  Model used  
     14!----------------------------------------------------------------------- 
     15/ 
     16!----------------------------------------------------------------------- 
     17&nampisext     !   air-sea exchange 
     18!----------------------------------------------------------------------- 
     19/ 
     20!----------------------------------------------------------------------- 
     21&nampisatm     !  Atmospheric prrssure  
     22!----------------------------------------------------------------------- 
     23/ 
     24!----------------------------------------------------------------------- 
     25&nampisbio     !   biological parameters 
     26!----------------------------------------------------------------------- 
     27/ 
     28!----------------------------------------------------------------------- 
     29&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std - ln_p4z 
     30!----------------------------------------------------------------------- 
     31/ 
     32!----------------------------------------------------------------------- 
     33&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA - ln_p5z 
     34!----------------------------------------------------------------------- 
     35/ 
     36!----------------------------------------------------------------------- 
     37&namp5zquota    !   parameters for nutrient limitations PISCES quota - ln_p5z 
     38!----------------------------------------------------------------------- 
     39/ 
     40!----------------------------------------------------------------------- 
     41&nampisopt     !   parameters for optics 
     42!----------------------------------------------------------------------- 
     43/  
     44!----------------------------------------------------------------------- 
     45&namp4zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES std - ln_p4z 
     46!----------------------------------------------------------------------- 
     47/ 
    1348!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    14 &nampismod     !  Model used  
     49&namp5zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES quota - ln_p5z 
    1550!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    1651/ 
    17 !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    18 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    19 &nampisext     !   air-sea exchange 
    20 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     52!----------------------------------------------------------------------- 
     53&namp4zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES std - ln_p4z 
     54!----------------------------------------------------------------------- 
    2155/ 
    22 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    23 &nampisatm     !  Atmospheric prrssure  
    24 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     56!----------------------------------------------------------------------- 
     57&namp5zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES quota - ln_p5z 
     58!----------------------------------------------------------------------- 
    2559/ 
    26 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    27 &nampisbio     !   biological parameters 
    28 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     60!----------------------------------------------------------------------- 
     61&namp4zmes     !   parameters for mesozooplankton for PISCES std - ln_p4z 
     62!----------------------------------------------------------------------- 
    2963/ 
    30 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    31 &nampislim     !   parameters for nutrient limitations 
    32 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     64!----------------------------------------------------------------------- 
     65&namp5zmes     !   parameters for mesozooplankton 
     66!----------------------------------------------------------------------- 
    3367/ 
    34 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    35 &nampisopt     !   parameters for optics 
    36 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    37 /  
    38 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    39 &nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth 
    40 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     68!----------------------------------------------------------------------- 
     69&namp4zzoo     !   parameters for microzooplankton for PISCES std - ln_p4z 
     70!----------------------------------------------------------------------- 
    4171/ 
    42 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    43 &nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks 
    44 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     72!----------------------------------------------------------------------- 
     73&namp5zzoo     !   parameters for microzooplankton 
     74!----------------------------------------------------------------------- 
    4575/ 
    46 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    47 &nampismes     !   parameters for mesozooplankton 
    48 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     76!----------------------------------------------------------------------- 
     77&nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
     78!----------------------------------------------------------------------- 
    4979/ 
    50 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    51 &nampiszoo     !   parameters for microzooplankton 
    52 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     80!-----------------------------------------------------------------------   
     81&nampisrem     !   parameters for remineralization 
     82!----------------------------------------------------------------------- 
    5383/ 
    54 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    55 &nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
    56 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    57  
    58 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    59 &nampisrem     !   parameters for remineralization 
    60 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     84!----------------------------------------------------------------------- 
     85&nampispoc     !   parameters for organic particles 
     86!----------------------------------------------------------------------- 
    6187/ 
    62 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     88!----------------------------------------------------------------------- 
    6389&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry 
    64 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     90!----------------------------------------------------------------------- 
    6591/ 
    66 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     92!----------------------------------------------------------------------- 
    6793&nampissbc     !   parameters for inputs deposition 
    68 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     94!----------------------------------------------------------------------- 
    6995/ 
    70 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     96!----------------------------------------------------------------------- 
    7197&nampisice      !  Prescribed sea ice tracers 
    72 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     98!----------------------------------------------------------------------- 
    7399/ 
    74 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     100!----------------------------------------------------------------------- 
    75101&nampisdmp     !  Damping  
    76 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     102!----------------------------------------------------------------------- 
    77103/ 
    78 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     104!----------------------------------------------------------------------- 
    79105&nampismass     !  Mass conservation 
    80 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     106!----------------------------------------------------------------------- 
    81107/ 
    82108!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     
    91117!!              8  - optical parameters                         (namlobopt) 
    92118!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    93 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     119!----------------------------------------------------------------------- 
    94120&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton 
    95 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     121!----------------------------------------------------------------------- 
    96122/ 
    97 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     123!----------------------------------------------------------------------- 
    98124&namlobnut     !   biological parameters for nutrients 
    99 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     125!----------------------------------------------------------------------- 
    100126/ 
    101 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     127!----------------------------------------------------------------------- 
    102128&namlobzoo     !   biological parameters for zooplankton 
    103 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     129!----------------------------------------------------------------------- 
    104130/ 
    105 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     131!----------------------------------------------------------------------- 
    106132&namlobdet     !   biological parameters for detritus 
    107 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     133!----------------------------------------------------------------------- 
    108134/ 
    109 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     135!----------------------------------------------------------------------- 
    110136&namlobdom     !   biological parameters for DOM 
    111 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     137!----------------------------------------------------------------------- 
    112138/ 
    113 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     139!----------------------------------------------------------------------- 
    114140&namlobsed     !   parameters from aphotic layers to sediment 
    115 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     141!----------------------------------------------------------------------- 
    116142/ 
    117 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     143!----------------------------------------------------------------------- 
    118144&namlobrat     !   general coefficients 
    119 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     145!----------------------------------------------------------------------- 
    120146/ 
    121 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     147!----------------------------------------------------------------------- 
    122148&namlobopt     !   optical parameters 
    123 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     149!----------------------------------------------------------------------- 
    124150/ 
  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r5385 r7162  
    108108          <field field_ref="CO3sat"   /> 
    109109          <field field_ref="PAR"      /> 
    110           <field field_ref="PPPHY"    /> 
    111           <field field_ref="PPPHY2"   /> 
     110          <field field_ref="PPPHYN"    /> 
     111          <field field_ref="PPPHYD"   /> 
    112112          <field field_ref="PPNEWN"   /> 
    113113          <field field_ref="PPNEWD"   /> 
  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/CONFIG/ORCA2_OFF_PISCES/EXP00/namelist_pisces_cfg

    r7050 r7162  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! PISCES  (key_pisces) reference namelist (see below for key_pisces_reduced) 
     2!! PISCES reference namelist  
    33!!              1  - air-sea exchange                         (nampisext) 
    44!!              2  - biological parameters                    (nampisbio) 
     
    1010!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed) 
    1111!!              11 - Damping                                  (nampisdmp) 
    12 !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     12!----------------------------------------------------------------------- 
     13&nampismod     !  Model used  
     14!----------------------------------------------------------------------- 
     15/ 
     16!----------------------------------------------------------------------- 
     17&nampisext     !   air-sea exchange 
     18!----------------------------------------------------------------------- 
     19/ 
     20!----------------------------------------------------------------------- 
     21&nampisatm     !  Atmospheric prrssure  
     22!----------------------------------------------------------------------- 
     23/ 
     24!----------------------------------------------------------------------- 
     25&nampisbio     !   biological parameters 
     26!----------------------------------------------------------------------- 
     27   nrdttrc    =  4        ! time step frequency for biology 
     28/ 
     29!----------------------------------------------------------------------- 
     30&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std - ln_p4z 
     31!----------------------------------------------------------------------- 
     32/ 
     33!----------------------------------------------------------------------- 
     34&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA - ln_p5z 
     35!----------------------------------------------------------------------- 
     36/ 
     37!----------------------------------------------------------------------- 
     38&namp5zquota    !   parameters for nutrient limitations PISCES quota - ln_p5z 
     39!----------------------------------------------------------------------- 
     40/ 
     41!----------------------------------------------------------------------- 
     42&nampisopt     !   parameters for optics 
     43!----------------------------------------------------------------------- 
     44/  
     45!----------------------------------------------------------------------- 
     46&namp4zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES std - ln_p4z 
     47!----------------------------------------------------------------------- 
     48/ 
    1349!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    14 &nampismod     !  Model used  
     50&namp5zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES quota - ln_p5z 
    1551!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    1652/ 
    17 !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    18 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    19 &nampisext     !   air-sea exchange 
    20 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     53!----------------------------------------------------------------------- 
     54&namp4zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES std - ln_p4z 
     55!----------------------------------------------------------------------- 
    2156/ 
    22 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    23 &nampisatm     !  Atmospheric prrssure  
    24 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     57!----------------------------------------------------------------------- 
     58&namp5zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES quota - ln_p5z 
     59!----------------------------------------------------------------------- 
    2560/ 
    26 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    27 &nampisbio     !   biological parameters 
    28 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    29    nrdttrc    =  4        ! time step frequency for biology 
     61!----------------------------------------------------------------------- 
     62&namp4zmes     !   parameters for mesozooplankton for PISCES std - ln_p4z 
     63!----------------------------------------------------------------------- 
    3064/ 
    31 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    32 &nampislim     !   parameters for nutrient limitations 
    33 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     65!----------------------------------------------------------------------- 
     66&namp5zmes     !   parameters for mesozooplankton 
     67!----------------------------------------------------------------------- 
    3468/ 
    35 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    36 &nampisopt     !   parameters for optics 
    37 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    38 /  
    39 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    40 &nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth 
    41 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     69!----------------------------------------------------------------------- 
     70&namp4zzoo     !   parameters for microzooplankton for PISCES std - ln_p4z 
     71!----------------------------------------------------------------------- 
    4272/ 
    43 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    44 &nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks 
    45 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     73!----------------------------------------------------------------------- 
     74&namp5zzoo     !   parameters for microzooplankton 
     75!----------------------------------------------------------------------- 
    4676/ 
    47 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    48 &nampismes     !   parameters for mesozooplankton 
    49 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     77!----------------------------------------------------------------------- 
     78&nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
     79!----------------------------------------------------------------------- 
    5080/ 
    51 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    52 &nampiszoo     !   parameters for microzooplankton 
    53 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     81!-----------------------------------------------------------------------   
     82&nampisrem     !   parameters for remineralization 
     83!----------------------------------------------------------------------- 
    5484/ 
    55 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    56 &nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
    57 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    58  
    59 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    60 &nampisrem     !   parameters for remineralization 
    61 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     85!----------------------------------------------------------------------- 
     86&nampispoc     !   parameters for organic particles 
     87!----------------------------------------------------------------------- 
    6288/ 
    63 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     89!----------------------------------------------------------------------- 
    6490&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry 
    65 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     91!----------------------------------------------------------------------- 
    6692/ 
    67 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     93!----------------------------------------------------------------------- 
    6894&nampissbc     !   parameters for inputs deposition 
    69 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     95!----------------------------------------------------------------------- 
    7096/ 
    71 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     97!----------------------------------------------------------------------- 
    7298&nampisice      !  Prescribed sea ice tracers 
    73 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     99!----------------------------------------------------------------------- 
    74100/ 
    75 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     101!----------------------------------------------------------------------- 
    76102&nampisdmp     !  Damping  
    77 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     103!----------------------------------------------------------------------- 
    78104   nn_pisdmp    =  1460       !  Frequency of Relaxation 
    79105/ 
    80 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     106!----------------------------------------------------------------------- 
    81107&nampismass     !  Mass conservation 
    82 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     108!----------------------------------------------------------------------- 
    83109/ 
    84110!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     
    93119!!              8  - optical parameters                         (namlobopt) 
    94120!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    95 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     121!----------------------------------------------------------------------- 
    96122&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton 
    97 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     123!----------------------------------------------------------------------- 
    98124/ 
    99 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     125!----------------------------------------------------------------------- 
    100126&namlobnut     !   biological parameters for nutrients 
    101 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     127!----------------------------------------------------------------------- 
    102128/ 
    103 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     129!----------------------------------------------------------------------- 
    104130&namlobzoo     !   biological parameters for zooplankton 
    105 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     131!----------------------------------------------------------------------- 
    106132/ 
    107 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     133!----------------------------------------------------------------------- 
    108134&namlobdet     !   biological parameters for detritus 
    109 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     135!----------------------------------------------------------------------- 
    110136/ 
    111 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     137!----------------------------------------------------------------------- 
    112138&namlobdom     !   biological parameters for DOM 
    113 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     139!----------------------------------------------------------------------- 
    114140/ 
    115 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     141!----------------------------------------------------------------------- 
    116142&namlobsed     !   parameters from aphotic layers to sediment 
    117 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     143!----------------------------------------------------------------------- 
    118144/ 
    119 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     145!----------------------------------------------------------------------- 
    120146&namlobrat     !   general coefficients 
    121 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     147!----------------------------------------------------------------------- 
    122148/ 
    123 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     149!----------------------------------------------------------------------- 
    124150&namlobopt     !   optical parameters 
    125 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     151!----------------------------------------------------------------------- 
    126152/ 
  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/field_def.xml

    r7041 r7162  
    785785 
    786786     <field_group id="ptrc_T" grid_ref="grid_T_3D"> 
     787       <!-- PISCES standard : variables available with ln_p4z  --> 
    787788       <field id="DIC"          long_name="Dissolved inorganic Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
    788789       <field id="DIC_e3t"      long_name="DIC * e3t"                                unit="mmol/m2" > DIC * e3t </field > 
     
    834835       <field id="NH4_e3t"      long_name="NH4 * e3t"                                unit="mmol/m2"  > NH4 * e3t </field > 
    835836 
    836        <!-- PISCES with Kriest parametisation : variables available with key_kriest --> 
    837        <field id="Num"         long_name="Number of organic particles"              unit="1" /> 
    838        <field id="Num_e3t"     long_name="Num * e3t"                                unit="m"  > Num * e3t </field > 
    839  
    840        <!-- PISCES light : variables available with key_pisces_reduced --> 
     837       <!-- PISCES quota : variables available with ln_p5z  --> 
     838 
     839       <field id="DON"          long_name="Dissolved organic N Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
     840       <field id="DON_e3t"      long_name="DON * e3t"                                unit="mmol/m2"  > DON * e3t </field > 
     841       <field id="DOP"          long_name="Dissolved organic P Concentration"        unit="mmol/m3" /> 
     842       <field id="DOP_e3t"      long_name="DOP * e3t"                                unit="mmol/m2"  > DOP * e3t </field > 
     843       <field id="PON"          long_name="Small PON Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     844       <field id="PON_e3t"      long_name="PON * e3t"                                unit="mmol/m2"  > PON * e3t </field > 
     845       <field id="POP"          long_name="Small POP Concentration"                  unit="mmol/m3" /> 
     846       <field id="POP_e3t"      long_name="POP * e3t"                                unit="mmol/m2"  > POP * e3t </field > 
     847       <field id="GON"          long_name="Big PON Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     848       <field id="GON_e3t"      long_name="GON * e3t"                                unit="mmol/m2"  > GON * e3t </field > 
     849       <field id="GOP"          long_name="Big POP Concentration"                    unit="mmol/m3" /> 
     850       <field id="GOP_e3t"      long_name="GOP * e3t"                                unit="mmol/m2"  > GOP * e3t </field > 
     851       <field id="PHYN"         long_name="Nanophytoplankton N biomass"              unit="mmol/m3" /> 
     852       <field id="PHYN_e3t"     long_name="PHYN * e3t"                               unit="mmol/m2"  > PHYN * e3t </field > 
     853       <field id="PHYP"         long_name="Nanophytoplankton P biomass"              unit="mmol/m3" /> 
     854       <field id="PHYP_e3t"     long_name="PHYP * e3t"                               unit="mmol/m2"  > PHYP * e3t </field > 
     855       <field id="DIAN"         long_name="Diatoms N biomass"                        unit="mmol/m3" /> 
     856       <field id="DIAN_e3t"     long_name="DIAN * e3t"                               unit="mmol/m2"  > DIAN * e3t </field > 
     857       <field id="DIAP"         long_name="Diatoms P biomass"                        unit="mmol/m3" /> 
     858       <field id="DIAP_e3t"     long_name="DIAP * e3t"                               unit="mmol/m2"  > DIAP * e3t </field > 
     859       <field id="PIC"          long_name="Picophytoplankton C biomass"              unit="mmol/m3" /> 
     860       <field id="PIC_e3t"      long_name="PIC * e3t"                                unit="mmol/m2"  > PIC * e3t </field > 
     861       <field id="PICN"         long_name="Picophytoplankton N biomass"              unit="mmol/m3" /> 
     862       <field id="PICN_e3t"     long_name="PICN * e3t"                               unit="mmol/m2"  > PICN * e3t </field > 
     863       <field id="PICP"         long_name="Picophytoplankton P biomass"              unit="mmol/m3" /> 
     864       <field id="PICP_e3t"     long_name="PICP * e3t"                               unit="mmol/m2"  > PICP * e3t </field > 
     865       <field id="PFe"          long_name="Picophytoplankton Fe biomass"             unit="mmol/m3" /> 
     866       <field id="PFe_e3t"      long_name="PFe * e3t"                                unit="mmol/m2"  > PFe * e3t </field > 
     867       <field id="PCHL"         long_name="Picophytoplankton Chl biomass"            unit="mg/m3" /> 
     868       <field id="PCHL_e3t"     long_name="PCHL * e3t"                               unit="mmol/m2"  > PCHL * e3t </field > 
     869 
     870       <!-- PISCES light : variables available with ln_p2z  --> 
    841871       <field id="DET"         long_name="Detritus"                                 unit="mmol-N/m3" /> 
    842872       <field id="DET_e3t"     long_name="DET * e3t"                                unit="mmol-N/m2"  > DET * e3t </field > 
     
    870900       <field id="PAR"         long_name="Photosynthetically Available Radiation"  unit="W/m2"       grid_ref="grid_T_3D" /> 
    871901       <field id="PARDM"       long_name="Daily mean PAR"                          unit="W/m2"       grid_ref="grid_T_3D" /> 
    872        <field id="PPPHY"       long_name="Primary production of nanophyto"         unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    873        <field id="PPPHY2"      long_name="Primary production of diatoms"           unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    874        <field id="PPNEWN"      long_name="New Primary production of nanophyto"     unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    875        <field id="PPNEWD"      long_name="New Primary production of diatoms"       unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    876        <field id="PBSi"        long_name="Primary production of Si diatoms"        unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    877        <field id="PFeN"        long_name="Primary production of nano iron"         unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
     902       <field id="PPPHYN"      long_name="Primary production of nanophyto"         unit="molC/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
     903       <field id="PPPHYP"      long_name="Primary production of picophyto"         unit="molC/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
     904       <field id="PPPHYD"      long_name="Primary production of diatoms"           unit="molC/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
     905       <field id="PPNEWN"      long_name="New Primary production of nanophyto"     unit="molC/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
     906       <field id="PPNEWP"      long_name="New Primary production of picophyto"     unit="molC/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
     907       <field id="PPNEWD"      long_name="New Primary production of diatoms"       unit="molC/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
     908       <field id="PBSi"        long_name="Primary production of Si diatoms"        unit="molC/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
     909       <field id="PFeN"        long_name="Primary production of nano iron"         unit="molC/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
     910       <field id="PFeP"        long_name="Primary production of pico iron"         unit="molC/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
    878911       <field id="PFeD"        long_name="Primary production of diatoms iron"      unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    879912       <field id="xfracal"     long_name="Calcifying fraction"                     unit="1"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
     
    884917       <field id="REMIN"       long_name="Oxic remineralization of OM"             unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    885918       <field id="DENIT"       long_name="Anoxic remineralization of OM"           unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
     919       <field id="REMINP"       long_name="Oxic remineralization rate of POC"      unit="d-1"        grid_ref="grid_T_3D" /> 
     920       <field id="REMING"       long_name="Oxic remineralization rate of GOC"      unit="d-1"        grid_ref="grid_T_3D" /> 
    886921       <field id="Nfix"        long_name="Nitrogen fixation"                       unit="mol/m3/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    887922       <field id="Mumax"       long_name="Maximum growth rate"                     unit="s-1"        grid_ref="grid_T_3D" /> 
    888923       <field id="MuN"         long_name="Realized growth rate for nanophyto"      unit="s-1"        grid_ref="grid_T_3D" /> 
     924       <field id="MuP"         long_name="Realized growth rate for picophyto"      unit="s-1"        grid_ref="grid_T_3D" /> 
    889925       <field id="MuD"         long_name="Realized growth rate for diatomes"       unit="s-1"        grid_ref="grid_T_3D" /> 
     926       <field id="MunetN"      long_name="Net growth rate for nanophyto"           unit="s-1"        grid_ref="grid_T_3D" /> 
     927       <field id="MunetP"      long_name="Net growth rate for picophyto"           unit="s-1"        grid_ref="grid_T_3D" /> 
     928       <field id="MunetD"      long_name="Net growth rate for diatomes"            unit="s-1"        grid_ref="grid_T_3D" /> 
    890929       <field id="LNnut"       long_name="Nutrient limitation term in Nanophyto"   unit=""           grid_ref="grid_T_3D" /> 
     930       <field id="LPnut"       long_name="Nutrient limitation term in Picophyto"   unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
    891931       <field id="LDnut"       long_name="Nutrient limitation term in Diatoms"     unit=""           grid_ref="grid_T_3D" /> 
    892932       <field id="LNFe"        long_name="Iron limitation term in Nanophyto"       unit=""           grid_ref="grid_T_3D" /> 
     933       <field id="LPFe"        long_name="Iron limitation term in Picophyto"       unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
    893934       <field id="LDFe"        long_name="Iron limitation term in Diatoms"         unit=""           grid_ref="grid_T_3D" /> 
    894935       <field id="LNlight"     long_name="Light limitation term in Nanophyto"      unit=""           grid_ref="grid_T_3D" /> 
     936       <field id="LPlight"     long_name="Light limitation term in Picophyto"      unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
    895937       <field id="LDlight"     long_name="Light limitation term in Diatoms"        unit=""           grid_ref="grid_T_3D" /> 
     938       <field id="SIZEN"       long_name="Mean relative size of nanophyto."        unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
     939       <field id="SIZEP"       long_name="Mean relative size of picophyto."        unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
     940       <field id="SIZED"       long_name="Mean relative size of diatoms"           unit="-"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
    896941       <field id="Fe2"         long_name="Iron II concentration"                   unit="nmol/m3"    grid_ref="grid_T_3D" /> 
    897942       <field id="Fe3"         long_name="Iron III concentration"                  unit="nmol/m3"    grid_ref="grid_T_3D" /> 
     
    906951       <field id="Sdenit"      long_name="Nitrate reduction in the sediments"      unit="mol/m2/s"                        /> 
    907952       <field id="Ironice"     long_name="Iron input/uptake due to sea ice"        unit="mol/m2/s"                        /> 
     953       <field id="SedCal"      long_name="Calcite burial in the sediments"         unit="molC/m2/s"                       /> 
     954       <field id="SedSi"       long_name="Silicon burial in the sediments"         unit="molSi/m2/s"                      /> 
     955       <field id="SedC"        long_name="Organic C burial in the sediments"       unit="molC/m2/s"                       /> 
    908956       <field id="HYDR"        long_name="Iron input from hydrothemal vents"       unit="mol/m2/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    909957       <field id="EPC100"      long_name="Export of carbon particles at 100 m"     unit="mol/m2/s"                        /> 
     
    924972       <field id="Ironsed"     long_name="Iron deposition from sediment"           unit="mol/m2/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    925973 
    926  
    927        <!-- PISCES with Kriest parametisation : variables available with key_kriest --> 
    928        <field id="EPN100"      long_name="Particulate number flux at 100 m"        unit="mol/m2/s"                        /> 
    929        <field id="EXPN"        long_name="Particulate number flux"                 unit="mol/m2/s"   grid_ref="grid_T_3D" /> 
    930        <field id="XNUM"        long_name="Number of particles in aggregats"        unit="1"          grid_ref="grid_T_3D" /> 
    931        <field id="WSC"         long_name="sinking speed of mass flux"              unit="m2/s"       grid_ref="grid_T_3D" /> 
    932        <field id="WSN"         long_name="sinking speed of number flux"            unit="m2/s"       grid_ref="grid_T_3D" /> 
    933  
    934974       <!-- dbio_T on T grid : variables available with key_diaar5 --> 
    935975       <field id="TPP"         long_name="Total Primary production of phyto"                   unit="mol/m3/s"  grid_ref="grid_T_3D" /> 
     
    940980       <field id="ZO2MIN"      long_name="Depth of oxygen minimum concentration"               unit="m"                              /> 
    941981       <field id="INTNFIX"     long_name="Nitrogen fixation rate : vert. integrated"           unit="mol/m2/s"                       /> 
    942        <field id="INTPPPHY"    long_name="Vertically integrated primary production by nanophy" unit="mol/m2/s"                       /> 
    943        <field id="INTPPPHY2"   long_name="Vertically integrated primary production by diatom"  unit="mol/m2/s"                       /> 
     982       <field id="INTPPPHYN"    long_name="Vertically integrated primary production by nanophy" unit="mol/m2/s"                       /> 
     983       <field id="INTPPPHYD"   long_name="Vertically integrated primary production by diatom"  unit="mol/m2/s"                       /> 
    944984       <field id="INTPP"       long_name="Vertically integrated primary production by phyto"   unit="mol/m2/s"                       /> 
    945985       <field id="INTPNEW"     long_name="Vertically integrated new primary production"        unit="mol/m2/s"                       /> 
  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/CONFIG/SHARED/namelist_pisces_ref

    r7041 r7162  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! PISCES  (key_pisces) reference namelist (see below for key_pisces_reduced) 
     2!! PISCES reference namelist  
    33!!              1  - air-sea exchange                         (nampisext) 
    44!!              2  - biological parameters                    (nampisbio) 
     
    1010!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed) 
    1111!!              11 - Damping                                  (nampisdmp) 
    12 !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    13 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     12!----------------------------------------------------------------------- 
    1413&nampismod     !  Model used  
    15 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    16   ln_p2z = .false.        !  LOBSTER model used 
    17   ln_p4z = .true.         !  PISCES model used 
    18 / 
    19 !>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    20 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     14!----------------------------------------------------------------------- 
     15  ln_p2z    = .false.        !  LOBSTER model used 
     16  ln_p4z    = .true.         !  PISCES model used 
     17  ln_p5z    = .false.        !  PISCES QUOTA model used 
     18  ln_ligand = .false.        !  Enable  organic ligands 
     19/ 
     20!----------------------------------------------------------------------- 
    2121&nampisext     !   air-sea exchange 
    22 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     22!----------------------------------------------------------------------- 
    2323   ln_co2int  =  .false. ! read atm pco2 from a file (T) or constant (F) 
    2424   atcco2     =  280.    ! Constant value atmospheric pCO2 - ln_co2int = F 
     
    2828!                        ! then the first atmospheric CO2 record read is at years(1) 
    2929/ 
    30 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     30!----------------------------------------------------------------------- 
    3131&nampisatm     !  Atmospheric prrssure  
    32 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     32!----------------------------------------------------------------------- 
    3333!              !  file name   ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    3434!              !              !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
    3535   sn_patm     = 'presatm'    ,     -1            , 'patm'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
     36   sn_atmco2   = 'presatmco2' ,     -1            , 'xco2'    ,  .true.      , .true. , 'yearly'  , ''       , ''       , '' 
    3637   cn_dir      = './'     !  root directory for the location of the dynamical files 
    3738! 
    38    ln_presatm  = .false.   ! constant atmopsheric pressure (F) or from a file (T) 
    39 / 
    40 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     39   ln_presatm    = .false.   ! constant atmopsheric pressure (F) or from a file (T) 
     40   ln_presatmco2 = .false.   ! Read spatialized atm co2 files [ppm] if TRUE 
     41/ 
     42!----------------------------------------------------------------------- 
    4143&nampisbio     !   biological parameters 
    42 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     44!----------------------------------------------------------------------- 
    4345   nrdttrc    =  1        ! time step frequency for biology 
    4446   wsbio      =  2.       ! POC sinking speed 
    4547   xkmort     =  2.E-7    ! half saturation constant for mortality 
    4648   ferat3     =  10.E-6   ! Fe/C in zooplankton  
    47    wsbio2     =  30.      ! Big particles sinking speed 
     49   wsbio2     =  50.      ! Big particles sinking speed 
     50   wsbio2max  =  50.      ! Big particles maximum sinking speed 
     51   wsbio2scale=  5000.    ! Big particles length scale of sinking 
    4852   niter1max  =  1        ! Maximum number of iterations for POC 
    4953   niter2max  =  1        ! Maximum number of iterations for GOC 
    50 / 
    51 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    52 &nampislim     !   parameters for nutrient limitations 
    53 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     54!                         !  ln_ligand enabled 
     55   wfep       =  0.       ! FeP sinking speed  
     56   ldocp      =  0.       ! Phyto ligand production per unit doc  
     57   ldocz      =  0.       ! Zoo ligand production per unit doc  
     58   lthet      =  0.       ! Proportional loss of ligands due to Fe uptake  
     59!                         !  ln_p5z enabled 
     60   no3rat3    =  0.182    ! N/C ratio in zooplankton 
     61   po4rat3    =  0.0094   ! P/C ratio in zooplankton 
     62/ 
     63!----------------------------------------------------------------------- 
     64&namp4zlim     !   parameters for nutrient limitations for PISCES std - ln_p4z 
     65!----------------------------------------------------------------------- 
    5466   concnno3   =  1.e-6    ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton 
    5567   concdno3   =  3.E-6    ! Nitrate half saturation for diatoms 
     
    7183   qdfelim    =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms 
    7284   caco3r     =  0.3      ! mean rain ratio 
    73    oxymin    =  1.E-6     ! Half-saturation constant for anoxia 
    74 / 
    75 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     85   oxymin     =  1.E-6    ! Half-saturation constant for anoxia 
     86/ 
     87!----------------------------------------------------------------------- 
     88&namp5zlim     !   parameters for nutrient limitations PISCES QUOTA - ln_p5z 
     89!----------------------------------------------------------------------- 
     90   concnno3   =  3e-6     ! Nitrate half saturation of nanophytoplankton 
     91   concpno3   =  1e-6 
     92   concdno3   =  4E-6     ! Phosphate half saturation for diatoms 
     93   concnnh4   =  1.5E-6   ! NH4 half saturation for phyto 
     94   concpnh4   =  4E-7 
     95   concdnh4   =  2E-6     ! NH4 half saturation for diatoms 
     96   concnpo4   =  3E-6     ! PO4 half saturation for phyto 
     97   concppo4   =  1.5E-6 
     98   concdpo4   =  4E-6     ! PO4 half saturation for diatoms 
     99   concnfer   =  3E-9   ! Iron half saturation for phyto 
     100   concpfer   =  1.5E-9 
     101   concdfer   =  4E-9   ! Iron half saturation for diatoms 
     102   concbfe    =  1.E-11   ! Half-saturation for Fe limitation of Bacteria 
     103   concbnh4   =  1.E-7    ! NH4 half saturation for phyto 
     104   concbno3   =  5.E-7    ! Phosphate half saturation for diatoms 
     105   concbpo4   =  1E-7     ! Phosphate half saturation for bacteria 
     106   xsizedia   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for diatoms 
     107   xsizephy   =  1.E-6    ! Minimum size criteria for phyto 
     108   xsizepic   =  1.E-6 
     109   xsizern    =  1.0      ! Size ratio for nanophytoplankton 
     110   xsizerp    =  1.0 
     111   xsizerd    =  4.0      ! Size ratio for diatoms 
     112   xksi1      =  2.E-6    ! half saturation constant for Si uptake 
     113   xksi2      =  20E-6  ! half saturation constant for Si/C 
     114   xkdoc      =  417.E-6  ! half-saturation constant of DOC remineralization 
     115   caco3r     =  0.35     ! mean rain ratio 
     116   oxymin     =  1.E-6    ! Half-saturation constant for anoxia 
     117/ 
     118!----------------------------------------------------------------------- 
     119&namp5zquota    !   parameters for nutrient limitations PISCES quota - ln_p5z 
     120!----------------------------------------------------------------------- 
     121   qfnopt     =  7.E-6    ! Optimal Fe quota of nanophyto 
     122   qfpopt     =  7.E-6    ! Optimal Fe quota of picophyto 
     123   qfdopt     =  7.E-6    ! Optimal quota of diatoms 
     124   qnnmin     =  0.29     ! Minimal N quota for nano 
     125   qnnmax     =  1.39     ! Maximal N quota for nano 
     126   qpnmin     =  0.28     ! Minimal P quota for nano 
     127   qpnmax     =  1.06     ! Maximal P quota for nano 
     128   qnpmin     =  0.42     ! Minimal N quota for pico 
     129   qnpmax     =  1.39     ! Maximal N quota for pico 
     130   qppmin     =  0.25     ! Minimal P quota for pico 
     131   qppmax     =  0.7      ! Maximal P quota for pico 
     132   qndmin     =  0.25     ! Minimal N quota for diatoms 
     133   qndmax     =  1.39     ! Maximal N quota for diatoms 
     134   qpdmin     =  0.29     ! Minimal P quota for diatoms 
     135   qpdmax     =  1.32     ! Maximal P quota for diatoms 
     136   qfnmax     =  40E-6    ! Maximal Fe quota for nano 
     137   qfpmax     =  40E-6    ! Maximal Fe quota for pico 
     138   qfdmax     =  40E-6    ! Maximal Fe quota for diatoms 
     139/ 
     140!----------------------------------------------------------------------- 
    76141&nampisopt     !   parameters for optics 
    77 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     142!----------------------------------------------------------------------- 
    78143!              !  file name       ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    79144!              !                  !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     
    83148   parlux      =  0.43      ! Fraction of shortwave as PAR 
    84149/  
    85 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    86 &nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth 
    87 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    88    pislope    =  2.       ! P-I slope 
    89    pislope2   =  2.       ! P-I slope  for diatoms 
     150!----------------------------------------------------------------------- 
     151&namp4zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES std - ln_p4z 
     152!----------------------------------------------------------------------- 
     153   pislopen   =  2.       ! P-I slope 
     154   pisloped   =  2.       ! P-I slope  for diatoms 
    90155   xadap      =  0.       ! Adaptation factor to low light 
    91    excret     =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton 
    92    excret2    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms 
     156   excretn    =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton 
     157   excretd    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms 
    93158   ln_newprod =  .true.   ! Enable new parame. of production (T/F)  
    94159   bresp      =  0.033    ! Basal respiration rate 
     
    101166/ 
    102167!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    103 &nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks 
     168&namp5zprod     !   parameters for phytoplankton growth for PISCES quota - ln_p5z 
    104169!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    105    wchl       =  0.01    ! quadratic mortality of phytoplankton 
     170   pislopen   =  3.       ! P-I slope 
     171   pislopep   =  3.       ! P-I slope for picophytoplankton 
     172   pisloped   =  3.       ! P-I slope  for diatoms 
     173   excretn    =  0.05     ! excretion ratio of phytoplankton 
     174   excretp    =  0.05     ! excretion ratio of picophytoplankton 
     175   excretd    =  0.05     ! excretion ratio of diatoms 
     176   xadap      =  0.       ! Adaptation factor to low light 
     177   bresp      =  0.02     ! Basal respiration rate 
     178   thetannm   =  0.25     ! Maximum Chl/N in nanophytoplankton 
     179   thetanpm   =  0.25     ! Maximum Chl/N in picophytoplankton 
     180   thetandm   =  0.3      ! Maximum Chl/N in diatoms 
     181   chlcmin    =  0.004    ! Minimum Chl/c in phytoplankton 
     182   grosip     =  0.131    ! mean Si/C ratio 
     183   xlimmxln   =  2.       ! Critical time scale for mixing (nano) 
     184   xlimmxlp   =  2.       ! Critical time scale for mixing (pico) 
     185   xlimmxld   =  4.       ! Critical time scale for mixing (diatoms) 
     186/ 
     187!----------------------------------------------------------------------- 
     188&namp4zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES std - ln_p4z 
     189!----------------------------------------------------------------------- 
     190   wchl       =  0.01     ! quadratic mortality of phytoplankton 
    106191   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
    107192   wchldm     =  0.03     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     
    109194   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate 
    110195/ 
    111 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    112 &nampismes     !   parameters for mesozooplankton 
    113 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     196!----------------------------------------------------------------------- 
     197&namp5zmort     !   parameters for phytoplankton sinks for PISCES quota - ln_p5z 
     198!----------------------------------------------------------------------- 
     199   wchln      =  0.01     ! quadratic mortality of nanophytoplankton 
     200   wchlp      =  0.01     ! quadratic mortality of picophytoplankton 
     201   wchld      =  0.01     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     202   wchldm     =  0.02     ! maximum quadratic mortality of diatoms 
     203   mpratn     =  0.01     ! nanophytoplankton mortality rate 
     204   mpratp     =  0.01     ! picophytoplankton mortality rate 
     205   mprat2     =  0.01     ! Diatoms mortality rate 
     206/ 
     207!----------------------------------------------------------------------- 
     208&namp4zmes     !   parameters for mesozooplankton for PISCES std - ln_p4z 
     209!----------------------------------------------------------------------- 
    114210   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts 
    115211   grazrat2   =  0.75     ! maximal mesozoo grazing rate 
     
    131227   grazflux   =  2.e3     ! flux-feeding rate 
    132228/ 
    133 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    134 &nampiszoo     !   parameters for microzooplankton 
    135 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    136    part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo gutsa 
     229!----------------------------------------------------------------------- 
     230&namp5zmes     !   parameters for mesozooplankton 
     231!----------------------------------------------------------------------- 
     232   part2      =  0.75     ! part of calcite not dissolved in mesozoo guts 
     233   grazrat2   =  0.85     ! maximal mesozoo grazing rate 
     234   bmetexc2   =  .true.   ! Metabolic use of excess carbon  
     235   resrat2    =  0.005    ! exsudation rate of mesozooplankton 
     236   mzrat2     =  0.02     ! mesozooplankton mortality rate 
     237   xpref2d    =  1.       ! zoo preference for phyto 
     238   xpref2p    =  1.       ! zoo preference for POC 
     239   xpref2z    =  1.       ! zoo preference for zoo 
     240   xpref2m    =  0.2      ! meso preference for zoo 
     241   xpref2c    =  0.3      ! zoo preference for poc 
     242   xthresh2zoo = 1E-8     ! zoo feeding threshold for mesozooplankton 
     243   xthresh2dia = 1E-8     ! diatoms feeding threshold for mesozooplankton 
     244   xthresh2phy = 1E-8     ! nanophyto feeding threshold for mesozooplankton 
     245   xthresh2mes = 1E-8     ! meso feeding threshold for mesozooplankton 
     246   xthresh2poc = 1E-8     ! poc feeding threshold for mesozooplankton 
     247   xthresh2    =  3E-7     ! Food threshold for grazing 
     248   xkgraz2     =  20.E-6   ! half sturation constant for meso grazing 
     249   epsher2     =  0.5      ! Efficicency of Mesozoo growth 
     250   ssigma2     =  0.5     ! Fraction excreted as semi-labile DOM 
     251   srespir2    =  0.2     ! Active respiration 
     252   unass2c     =  0.3     ! non assimilated fraction of P by mesozoo 
     253   unass2n     =  0.3     ! non assimilated fraction of N by mesozoo 
     254   unass2p     =  0.3     ! non assimilated fraction of P by mesozoo 
     255   grazflux   =  3.e3     ! flux-feeding rate 
     256/ 
     257!----------------------------------------------------------------------- 
     258&namp4zzoo     !   parameters for microzooplankton for PISCES std - ln_p4z 
     259!----------------------------------------------------------------------- 
     260   part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo guts 
    137261   grazrat    =  3.0      ! maximal zoo grazing rate 
    138262   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton 
     
    150274   unass      =  0.3      ! non assimilated fraction of phyto by zoo 
    151275/ 
    152 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     276!----------------------------------------------------------------------- 
     277&namp5zzoo     !   parameters for microzooplankton 
     278!----------------------------------------------------------------------- 
     279   part       =  0.5      ! part of calcite not dissolved in microzoo gutsa 
     280   grazrat    =  2.75     ! maximal zoo grazing rate 
     281   bmetexc    =  .true.   ! Metabolic use of excess carbon 
     282   resrat     =  0.03     ! exsudation rate of zooplankton 
     283   mzrat      =  0.005    ! zooplankton mortality rate 
     284   xprefc     =  0.1      ! Microzoo preference for POM 
     285   xprefn     =  1.       ! Microzoo preference for Nanophyto 
     286   xprefp     =  1.6      ! Microzoo preference for picophyto 
     287   xprefd     =  1.0      ! Microzoo preference for Diatoms 
     288   xprefz     =  0.3      ! Microzoo preference for microzooplankton 
     289   xthreshdia =  1.E-8    ! Diatoms feeding threshold for microzooplankton 
     290   xthreshphy =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton 
     291   xthreshpic =  1.E-8 
     292   xthreshzoo =  1.E-8    ! Nanophyto feeding threshold for microzooplankton 
     293   xthreshpoc =  1.E-8    ! POC feeding threshold for microzooplankton 
     294   xthresh    =  3.E-7    ! Food threshold for feeding 
     295   xkgraz     =  20.E-6   ! half sturation constant for grazing 
     296   epsher     =  0.5      ! Efficiency of microzoo growth 
     297   ssigma     =  0.5      ! Fraction excreted as semi-labile DOM 
     298   srespir    =  0.2      ! Active respiration 
     299   unassc     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo 
     300   unassn     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo 
     301   unassp     =  0.3      ! non assimilated fraction of C by zoo 
     302/ 
     303!----------------------------------------------------------------------- 
    153304&nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
    154 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     305!----------------------------------------------------------------------- 
    155306   ln_fechem =  .false.   ! complex iron chemistry ( T/F ) 
    156307   ln_ligvar =  .false.   ! variable ligand concentration 
    157    xlam1     =  0.005     ! scavenging rate of Iron 
    158    xlamdust  =  150.0     ! Scavenging rate of dust 
    159    ligand    =  0.6E-9    ! Ligands concentration  
    160  
    161 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     308   ln_fecolloid = .false. ! variable colloidal fraction 
     309   xlam1        =  0.005  ! scavenging rate of Iron 
     310   xlamdust     =  150.0  ! Scavenging rate of dust 
     311   ligand       =  0.6E-9 ! Ligands concentration  
     312   kfep         =  0.     ! Nanoparticle formation rate constant 
     313/ 
     314!-----------------------------------------------------------------------   
    162315&nampisrem     !   parameters for remineralization 
    163 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     316!----------------------------------------------------------------------- 
    164317   xremik    =  0.3       ! remineralization rate of DOC 
    165    xremip    =  0.025     ! remineralisation rate of POC 
    166318   nitrif    =  0.05      ! NH4 nitrification rate 
    167319   xsirem    =  0.003     ! remineralization rate of Si 
    168320   xsiremlab =  0.03      ! fast remineralization rate of Si 
    169321   xsilab    =  0.5       ! Fraction of labile biogenic silica 
    170 / 
    171 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     322   feratb    =  10.E-6    ! Fe/C quota in bacteria 
     323   xkferb    =  2.5E-10   ! Half-saturation constant for bacteria Fe/C 
     324!                         ! ln_p5z 
     325   xremikc   =  0.25      ! remineralization rate of DOC 
     326   xremikn   =  0.35      ! remineralization rate of DON 
     327   xremikp   =  0.4       ! remineralization rate of DOP 
     328!   feratb    =  20E-6     ! Bacterial Fe/C ratio 
     329!   xkferb    =  3E-10     ! Half-saturation constant for bact. Fe/C 
     330/ 
     331!----------------------------------------------------------------------- 
     332&nampispoc     !   parameters for organic particles 
     333!----------------------------------------------------------------------- 
     334   xremip    =  0.035     ! remineralisation rate of PON 
     335   jcpoc     =  15        ! Number of lability classes 
     336   rshape    =  1.0       ! Shape of the gamma function 
     337!                         ! ln_p5z 
     338   xremipc   =  0.02      ! remineralisation rate of POC 
     339   xremipn   =  0.025     ! remineralisation rate of PON 
     340   xremipp   =  0.03      ! remineralisation rate of POP 
     341/ 
     342!----------------------------------------------------------------------- 
    172343&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry 
    173 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     344!----------------------------------------------------------------------- 
    174345   kdca       =  6.       ! calcite dissolution rate constant (1/time) 
    175346   nca        =  1.       ! order of dissolution reaction (dimensionless) 
    176347/ 
    177 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     348!----------------------------------------------------------------------- 
    178349&nampissbc     !   parameters for inputs deposition 
    179 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     350!----------------------------------------------------------------------- 
    180351!              !  file name        ! frequency (hours) ! variable      ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! land/sea mask ! 
    181352!              !                   !  (if <0  months)  !   name        !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! filename      ! 
     
    210381   concfediaz  =  1.e-10   ! Diazotrophs half-saturation Cste for Iron 
    211382   hratio      =  1.e+7    ! Fe to 3He ratio assumed for vent iron supply  
    212 / 
    213 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     383!                          ! ln_ligand 
     384   fep_rats    =  0.       ! Fep/Fer ratio from sed sources  
     385   fep_rath    =  0.       ! Fep/Fer ratio from sed hydro sources  
     386/ 
     387!----------------------------------------------------------------------- 
    214388&nampisice      !  Prescribed sea ice tracers 
    215 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     389!----------------------------------------------------------------------- 
    216390! constant ocean tracer concentrations are defined in trcice_pisces.F90 (Global, Arctic, Antarctic and Baltic) 
    217391! trc_ice_ratio     * betw 0 and 1: prescribed ice/ocean tracer concentration ratio 
     
    224398! cn_trc_o          * 'GL' use global ocean values making the Baltic distinction only 
    225399!                     'AA' use specific Arctic/Antarctic/Baltic values 
    226 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     400!----------------------------------------------------------------------- 
    227401!    sn_tri_ ! trc_ice_ratio ! trc_ice_prescr !     cn_trc_o 
    228402   sn_tri_dic =           -1.,           -99.,          'AA' 
     
    252426   sn_tri_nh4 =            1.,           -99.,          'AA' 
    253427/ 
    254 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     428!----------------------------------------------------------------------- 
    255429&nampisdmp     !  Damping  
    256 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     430!----------------------------------------------------------------------- 
    257431   ln_pisdmp    =  .true.     !  Relaxation fo some tracers to a mean value 
    258432   nn_pisdmp    =  5475       !  Frequency of Relaxation  
    259433/ 
    260 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     434!----------------------------------------------------------------------- 
    261435&nampismass     !  Mass conservation 
    262 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     436!----------------------------------------------------------------------- 
    263437   ln_check_mass =  .false.    !  Check mass conservation 
    264438/ 
     
    274448!!              8  - optical parameters                         (namlobopt) 
    275449!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    276 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     450!----------------------------------------------------------------------- 
    277451&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton 
    278 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     452!----------------------------------------------------------------------- 
    279453   tmumax  =  1.21e-5   ! maximal phytoplankton growth rate            [s-1]  
    280454   rgamma  =  0.05      ! phytoplankton exudation fraction             [%] 
     
    283457   aki     =  33.       ! light photosynthesis half saturation constant[W/m2] 
    284458/ 
    285 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     459!----------------------------------------------------------------------- 
    286460&namlobnut     !   biological parameters for nutrients 
    287 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     461!----------------------------------------------------------------------- 
    288462   akno3   =  0.7       ! nitrate limitation half-saturation value     [mmol/m3] 
    289463   aknh4   =  0.001     ! ammonium limitation half-saturation value    [mmol/m3] 
     
    291465   psinut  =  3.        ! inhibition of nitrate uptake by ammonium 
    292466/ 
    293 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     467!----------------------------------------------------------------------- 
    294468&namlobzoo     !   biological parameters for zooplankton 
    295 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     469!----------------------------------------------------------------------- 
    296470   rppz    = 0.8        ! zooplankton nominal preference for phytoplancton food  [%] 
    297471   taus    = 9.26E-6    ! specific zooplankton maximal grazing rate              [s-1]  
     
    305479   tmminz  = 2.31e-6    ! minimal zooplankton mortality rate                     [(mmolN/m3)-1 d-1] 
    306480/ 
    307 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     481!----------------------------------------------------------------------- 
    308482&namlobdet     !   biological parameters for detritus 
    309 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     483!----------------------------------------------------------------------- 
    310484   taudn   = 5.80e-7    ! detritus breakdown rate                        [0.1/86400 s-1=10 days] 
    311485   fdetlab = 0.         ! NH4 fraction of detritus dissolution            
    312486/ 
    313 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     487!----------------------------------------------------------------------- 
    314488&namlobdom     !   biological parameters for DOM 
    315 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     489!----------------------------------------------------------------------- 
    316490   taudomn = 6.43e-8    ! DOM breakdown rate                             [s-1]  
    317491!                       ! slow remineralization rate of semi-labile dom to nh4 (1 month) 
    318492/ 
    319 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     493!----------------------------------------------------------------------- 
    320494&namlobsed     !   parameters from aphotic layers to sediment 
    321 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     495!----------------------------------------------------------------------- 
    322496   sedlam     = 3.86e-7    ! time coefficient of POC remineralization in sediments [s-1] 
    323497   sedlostpoc = 0.         ! mass of POC lost in sediments 
     
    325499   xhr        = -0.858     ! coeff for martin''s remineralisation profile 
    326500/ 
    327 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     501!----------------------------------------------------------------------- 
    328502&namlobrat     !   general coefficients 
    329 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     503!----------------------------------------------------------------------- 
    330504   rcchl   = 60.       ! Carbone/Chlorophyl ratio                     [mgC.mgChla-1] 
    331505   redf    = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for phyto 
    332506   reddom  = 6.56       ! redfield ratio (C:N) for DOM 
    333507/ 
    334 !''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     508!----------------------------------------------------------------------- 
    335509&namlobopt     !   optical parameters 
    336 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     510!----------------------------------------------------------------------- 
    337511   xkg0   = 0.0232     ! green absorption coefficient of water 
    338512   xkr0   = 0.225      ! red absorption coefficent of water 
  • branches/2016/dev_r7012_ROBUST5_CNRS/NEMOGCM/CONFIG/cfg.txt

    r7068 r7162  
    1111GYRE OPA_SRC 
    1212ORCA2_LIM_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_2 NST_SRC TOP_SRC 
    13 ORCA2_LIM3_PISCES OPA_SRC LIM_SRC_3 NST_SRC TOP_SRC 
    14 ORCA2_LIM3_TRC_N OPA_SRC LIM_SRC_3 NST_SRC TOP_SRC 
    15 ORCA2_LIM3_TRC OPA_SRC LIM_SRC_3 NST_SRC TOP_SRC 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.