New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 7646 for trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2017-02-06T10:25:03+01:00 (7 years ago)
Author:
timgraham
Message:

Merge of dev_merge_2016 into trunk. UPDATE TO ARCHFILES NEEDED for XIOS2.
LIM_SRC_s/limrhg.F90 to follow in next commit due to change of kind (I'm unable to do it in this commit).
Merged using the following steps:

1) svn merge --reintegrate ​svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/trunk .
2) Resolve minor conflicts in sette.sh and namelist_cfg for ORCA2LIM3 (due to a change in trunk after branch was created)
3) svn commit
4) svn switch ​svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/trunk
5) svn merge ​svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/branches/2016/dev_merge_2016 .
6) At this stage I checked out a clean copy of the branch to compare against what is about to be committed to the trunk.
6) svn commit #Commit code to the trunk

In this commit I have also reverted a change to Fcheck_archfile.sh which was causing problems on the Paris machine.

Location:
trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES
Files:
2 deleted
5 edited
5 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r5363 r7646  
    22<simulation>  
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1900-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    26  
    27       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    28       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    29       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    30       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    31       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
    32       
    33       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    34       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    35       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->    
    36   
    37         <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    38      <field field_ref="toce"         name="votemper"  /> 
    39      <field field_ref="soce"         name="vosaline"  /> 
    40      <field field_ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
    41      <field field_ref="sss"          name="sosaline"  /> 
    42      <field field_ref="ssh"          name="sossheig"  /> 
    43      <field field_ref="empmr"        name="sowaflup"  /> 
    44      <field field_ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
    45       <field field_ref="saltflx"      name="sosfldow"  /> 
    46      <field field_ref="qt"           name="sohefldo"  /> 
    47      <field field_ref="mldr10_1"     name="somxl010"  /> 
    48      <field field_ref="mldkz5"       name="somixhgt"  /> 
    49         </file> 
    50     
    51         <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    52           <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
    53           <field field_ref="utau"         name="sozotaux"  /> 
    54         </file> 
    55     
    56         <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    57           <field field_ref="voce"         name="vomecrty"  />  
    58           <field field_ref="vtau"         name="sometauy"  />  
    59         </file> 
    60     
    61         <file id="file4" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    62           <field field_ref="woce"         name="vovecrtz" /> 
    63           <field field_ref="avt"          name="votkeavt" /> 
    64           <field field_ref="aht2d"        name="soleahtw" /> 
    65         </file> 
    66  
    67    <file id="file5" name_suffix="_ptrc_T" description="lobster sms variables" > 
    68           <field field_ref="DET"      /> 
    69           <field field_ref="ZOO"      /> 
    70           <field field_ref="PHY"      /> 
    71           <field field_ref="NO3"      /> 
    72           <field field_ref="NH4"      /> 
    73           <field field_ref="DOM"      /> 
    74    </file> 
    75     
    76       </file_group> 
    77  
    78       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    79       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    80       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    81       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    82       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    83  
    84       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real yearly files --> 
    85  
    86    <file id="file6" name_suffix="_diad_T" description="additional lobster diagnostics" >   
    87           <field field_ref="FNO3PHY"   />  
    88           <field field_ref="FNH4PHY"   />  
    89           <field field_ref="FNH4NO3"   />  
    90           <field field_ref="TNO3PHY"   />  
    91           <field field_ref="TNH4PHY"   />  
    92           <field field_ref="TPHYDOM"   />  
    93           <field field_ref="TPHYNH4"   />  
    94           <field field_ref="TPHYZOO"   />  
    95           <field field_ref="TPHYDET"   />  
    96           <field field_ref="TDETZOO"   />  
    97           <field field_ref="TDETSED"   />  
    98           <field field_ref="TZOODET"   />  
    99           <field field_ref="TZOOBOD"   />  
    100           <field field_ref="TZOONH4"   />  
    101           <field field_ref="TZOODOM"   />  
    102           <field field_ref="TNH4NO3"   />  
    103           <field field_ref="TDOMNH4"   />  
    104           <field field_ref="TDETNH4"   />  
    105           <field field_ref="TPHYTOT"   />  
    106           <field field_ref="TZOOTOT"   />  
    107           <field field_ref="SEDPOC"    />  
    108    </file> 
    109  
    110       </file_group> 
    111  
    112       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    113       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    114       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    115  
    116    </file_definition> 
    117      
    118     <!--  
    119 ============================================================================================================ 
    120 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    121 ============================================================================================================ 
    122     --> 
    123      
    124    <axis_definition>   
    125       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    126       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    127       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    128       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    129       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    130       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    131       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    132       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    133       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    134    </axis_definition>  
    135      
    136    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    137     
    138    <grid_definition>     
    139      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    140      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    141      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    142      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    143      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    144      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    145      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    146      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    147     </grid_definition>     
    148    
    149   </context> 
    150    
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    1517 
    1528  <context id="xios"> 
    … …  
    15410      <variable_definition> 
    15511    
    156      <!--  
    157         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    158 --> 
    159      <variable id="buffer_size"               type="integer">10000000</variable> 
    160      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    161      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    162      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    163      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
     12     <variable id="info_level"                type="int">0</variable> 
     13     <variable id="using_server"              type="bool">false</variable> 
     14     <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
    16415     <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    16516    
    … …  
    16718                
    16819  </context> 
     20 
     21<!-- ============================================================================================ --> 
     22<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     23<!-- ============================================================================================ --> 
     24 
     25  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
    16926   
    17027</simulation> 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/EXP00/namelist_cfg

    r6489 r7646  
    1515&namcfg     !   parameters of the configuration    
    1616!----------------------------------------------------------------------- 
    17    cp_cfg      =  "gyre"                 !  name of the configuration 
    18    jp_cfg      =       1                 !  resolution of the configuration 
    19    jpidta      =      32                 !  1st lateral dimension ( >= jpi ) = 30*jp_cfg+2 
    20    jpjdta      =      22                 !  2nd    "         "    ( >= jpj ) = 20*jp_cfg+2  
    21    jpkdta      =      31                 !  number of levels      ( >= jpk ) 
    22    jpiglo      =      32                 !  1st dimension of global domain --> i  = jpidta 
    23    jpjglo      =      22                 !  2nd    -                  -    --> j  = jpjdta 
    24    jpizoom     =       1                 !  left bottom (i,j) indices of the zoom 
    25    jpjzoom     =       1                 !  in data domain indices 
    26    jperio      =       0                 !  lateral cond. type (between 0 and 6) 
    27 / 
    28 !----------------------------------------------------------------------- 
    29 &namzgr        !   vertical coordinate 
    30 !----------------------------------------------------------------------- 
    31    ln_zco      = .true.    !  z-coordinate - full    steps 
    32    ln_linssh   = .true.    !  linear free surface 
     17   ln_read_cfg = .false.   !  (=T) read the domain configuration file 
     18      !                    !  (=F) user defined configuration  ==>>>  see usrdef(_...) modules 
     19   ln_write_cfg= .false.   !  (=T) create the domain configuration file 
    3320/ 
    3421!----------------------------------------------------------------------- 
    3522&namdom        !   space and time domain (bathymetry, mesh, timestep) 
    3623!----------------------------------------------------------------------- 
    37    nn_bathy    =    0      !  compute (=0) or read (=1) the bathymetry file 
    38    rn_rdt      = 7200.     !  time step for the dynamics  
    39    jphgr_msh   =       5                 !  type of horizontal mesh 
    40    ppglam0     =       0.0               !  longitude of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    41    ppgphi0     =      29.0               ! latitude  of first raw and column T-point (jphgr_msh = 1) 
    42    ppe1_deg    =  999999.0               !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    43    ppe2_deg    =  999999.0               !  meridional grid-spacing (degrees) 
    44    ppe1_m      =  999999.0               !  zonal      grid-spacing (degrees) 
    45    ppe2_m      =  999999.0               !  meridional grid-spacing (degrees) 
    46    ppsur       =   -2033.194295283385    !  ORCA r4, r2 and r05 coefficients 
    47    ppa0        =     155.8325369664153   ! (default coefficients) 
    48    ppa1        =     146.3615918601890   ! 
    49    ppkth       =      17.28520372419791  ! 
    50    ppacr       =       5.0               ! 
    51    ppdzmin     =  999999.0               !  Minimum vertical spacing 
    52    pphmax      =  999999.0               !  Maximum depth 
    53    ldbletanh   =  .FALSE.                !  Use/do not use double tanf function for vertical coordinates 
    54    ppa2        =  999999.0               !  Double tanh function parameters 
    55    ppkth2      =  999999.0               ! 
    56    ppacr2      =  999999.0               ! 
     24   ln_linssh   = .true.    !  =T  linear free surface  ==>>  model level are fixed in time 
     25   ! 
     26   nn_msh      =    0      !  create (>0) a mesh file or not (=0) 
     27   ! 
     28   rn_rdt      = 7200.     !  time step for the dynamics (and tracer if nn_acc=0) 
    5729/ 
    5830!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    7345   nn_fsbc     = 1         !  frequency of surface boundary condition computation 
    7446                           !     (also = the frequency of sea-ice model call) 
    75    ln_ana      = .true.    !  analytical formulation                    (T => fill namsbc_ana ) 
    76    ln_blk_core = .false.   !  CORE bulk formulation                     (T => fill namsbc_core) 
     47   ln_usr      = .true.    !  user defined formulation                  (T => check usrdef_sbc) 
     48   ln_blk      = .false.   !  Bulk formulation                          (T => fill namsbc_blk ) 
    7749   nn_ice      = 0         !  =0 no ice boundary condition   , 
    7850   ln_rnf      = .false.   !  runoffs                                   (T => fill namsbc_rnf) 
    … …  
    8658   ln_qsr_2bd  = .true.    !  2 bands              light penetration 
    8759   nn_chldta   =      0    !  RGB : Chl data (=1) or cst value (=0) 
    88 / 
    89  
    90 !----------------------------------------------------------------------- 
    91 &namberg       !   iceberg parameters 
    92 !----------------------------------------------------------------------- 
    9360/ 
    9461!----------------------------------------------------------------------- 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/EXP00/namelist_pisces_cfg

    r4147 r7646  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! GYRE_PISCES: Configuration namelist used to overwrite SHARED/namelist_pisces_ref 
     2!! PISCES  (key_pisces) reference namelist (see below for key_pisces_reduced) 
     3!!              1  - air-sea exchange                         (nampisext) 
     4!!              2  - biological parameters                    (nampisbio) 
     5!!              3  - parameters for nutrient limitations      (nampislim)     
     6!!              4  - parameters for phytoplankton             (nampisprod,nampismort) 
     7!!              5  - parameters for zooplankton               (nampismes,nampiszoo) 
     8!!              6  - parameters for remineralization          (nampisrem) 
     9!!              7  - parameters for calcite chemistry         (nampiscal) 
     10!!              8  - parameters for inputs deposition         (nampissed) 
     11!!              11 - Damping                                  (nampisdmp) 
     12!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     13!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     14&nampismod     !  Model used  
     15!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     16    ln_p4z = .false. 
     17    ln_p2z = .true. 
     18/ 
     19!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     20&nampisext     !   air-sea exchange 
     21!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     22/ 
     23!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     24&nampisatm     !  Atmospheric prrssure  
     25!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     26/ 
     27!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     28&nampisbio     !   biological parameters 
     29!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     30/ 
     31!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     32&nampislim     !   parameters for nutrient limitations 
     33!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     34/ 
     35!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     36&nampisopt     !   parameters for optics 
     37!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     38/  
     39!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     40&nampisprod     !   parameters for phytoplankton growth 
     41!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     42/ 
     43!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     44&nampismort     !   parameters for phytoplankton sinks 
     45!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     46/ 
     47!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     48&nampismes     !   parameters for mesozooplankton 
     49!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     50/ 
     51!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     52&nampiszoo     !   parameters for microzooplankton 
     53!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     54/ 
     55!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     56&nampisfer     !   parameters for iron chemistry 
     57!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     58/   
     59!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     60&nampisrem     !   parameters for remineralization 
     61!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     62/ 
     63!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     64&nampiscal     !   parameters for Calcite chemistry 
     65!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     66/ 
     67!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     68&nampissbc     !   parameters for inputs deposition 
     69!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     70/ 
     71!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     72&nampisice      !  Prescribed sea ice tracers 
     73!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     74/ 
     75!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     76&nampisdmp     !  Damping  
     77!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     78/ 
     79!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
     80&nampismass     !  Mass conservation 
     81!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
     82/ 
     83!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
     84!! PISCES reduced (key_pisces_reduced, ex LOBSTER) : namelists 
     85!!              1  - biological parameters for phytoplankton    (namlobphy) 
     86!!              2  - biological parameters for nutrients        (namlobnut) 
     87!!              3  - biological parameters for zooplankton      (namlobzoo)     
     88!!              4  - biological parameters for detritus         (namlobdet) 
     89!!              5  - biological parameters for DOM              (namlobdom) 
     90!!              6  - parameters from aphotic layers to sediment (namlobsed) 
     91!!              7  - general coefficients                       (namlobrat) 
     92!!              8  - optical parameters                         (namlobopt) 
     93!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    394!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    495&namlobphy     !   biological parameters for phytoplankton 
    … …  
    15106!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 
    16107&namlobdet     !   biological parameters for detritus 
    17 !,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,        
     108!,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, 
    18109/ 
    19110!''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/EXP00/namelist_top_cfg

    r5836 r7646  
    11!!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    2 !! NEMO-TOP Configuration namelist for GYRE_PISCES configuration used to overwrite SHARED/namelist_top_ref 
     2!! NEMO/TOP1 :  Configuration namelist : used to overwrite defaults values defined in SHARED/namelist_top_ref 
     3!>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
    34!----------------------------------------------------------------------- 
    45&namtrc_run     !   run information 
    56!----------------------------------------------------------------------- 
    6    nn_writetrc   =  60     !  time step frequency for sn_tracer outputs 
    77/ 
    88!----------------------------------------------------------------------- 
    99&namtrc     !   tracers definition 
    1010!----------------------------------------------------------------------- 
    11    ln_trcdta     =   .false.    !  Initialisation from data input file (T) or not (F) 
     11   jp_bgc        =  6 
    1212! 
    13 !                ! name  !     title of the field          !   units       ! initial data ! save   ! 
    14 !                !       !                                 !               ! from file    ! or not ! 
    15 !                !       !                                 !               ! or not       !        ! 
    16    sn_tracer(1)   = 'DET'   , 'Detritus                   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .false. 
    17    sn_tracer(2)   = 'ZOO'   , 'Zooplankton concentration  ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .false. 
    18    sn_tracer(3)   = 'PHY'   , 'Phytoplankton concentration',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .false. 
    19    sn_tracer(4)   = 'NO3'   , 'Nitrate concentration      ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .true. 
    20    sn_tracer(5)   = 'NH4'   , 'Ammonium concentration     ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .false. 
    21    sn_tracer(6)   = 'DOM'   , 'Dissolved organic matter   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     ,  .false. 
     13   ln_pisces     =  .true. 
     14   ln_age        =  .false. 
     15   ln_cfc11      =  .false. 
     16   ln_cfc12      =  .false. 
     17   ln_c14        =  .false. 
     18   ln_my_trc     =  .false. 
     19! 
     20!                 !           !                             !               ! 
     21!                 !    name   !   title of the field        !   units       ! initial data from file or not ! 
     22!                 !           !                                             !                               ! 
     23   sn_tracer(1)   = 'DET'     , 'Detritus                   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.     
     24   sn_tracer(2)   = 'ZOO'     , 'Zooplankton concentration  ',  'mmole-N/m3' ,  .false.    
     25   sn_tracer(3)   = 'PHY'     , 'Phytoplankton concentration',  'mmole-N/m3' ,  .false.   
     26   sn_tracer(4)   = 'NO3'     , 'Nitrate concentration      ',  'mmole-N/m3' ,  .false.  
     27   sn_tracer(5)   = 'NH4'     , 'Ammonium concentration     ',  'mmole-N/m3' ,  .false.    
     28   sn_tracer(6)   = 'DOM'     , 'Dissolved organic matter   ',  'mmole-N/m3' ,  .false.   
    2229/ 
    2330!----------------------------------------------------------------------- 
    24 &namtrc_adv    !   advection scheme for passive tracer  
    25 !-----------------------------------------------------------------------    
     31&namtrc_dta      !    Initialisation from data input file 
     32!----------------------------------------------------------------------- 
     33/ 
    2634   ln_trcadv_fct =  .true.   !  FCT scheme 
    27       nn_fct_h   =  2               !  =2/4, horizontal 2nd / 4th order  
    28       nn_fct_v   =  2               !  =2/4, vertical   2nd / COMPACT 4th order  
     35      nn_fct_h   =  2               !  =2/4, horizontal 2nd / 4th order 
     36      nn_fct_v   =  2               !  =2/4, vertical   2nd / COMPACT 4th order 
    2937      nn_fct_zts =  0               !  >=1,  2nd order FCT scheme with vertical sub-timestepping 
    3038      !                             !        (number of sub-timestep = nn_fct_zts) 
    3139/ 
    3240!----------------------------------------------------------------------- 
    33 &namtrc_ldf    !   lateral diffusion scheme for passive tracer  
     41&namtrc_ldf    !   lateral diffusion scheme for passive tracer 
    3442!----------------------------------------------------------------------- 
    3543   rn_ahtrc_0       =  1000.    !  horizontal eddy diffusivity for tracers [m2/s] 
    … …  
    4048/ 
    4149!----------------------------------------------------------------------- 
    42 &namtrc_rad        !  treatment of negative concentrations  
     50&namtrc_rad        !  treatment of negative concentrations 
    4351!----------------------------------------------------------------------- 
    4452   ln_trcrad   =  .false.  !  artificially correct negative concentrations (T) or not (F) 
    4553/ 
    4654!----------------------------------------------------------------------- 
    47 &namtrc_dia       !   parameters for passive tracer additional diagnostics 
     55&namtrc_dmp      !   passive tracer newtonian damping 
     56!----------------------------------------------------------------------- 
     57/ 
     58!----------------------------------------------------------------------- 
     59&namtrc_ice      !    Representation of sea ice growth & melt effects 
     60!----------------------------------------------------------------------- 
     61/ 
     62!----------------------------------------------------------------------- 
     63&namtrc_trd      !   diagnostics on tracer trends                       ('key_trdtrc') 
     64!                          or mixed-layer trends                        ('key_trdmld_trc') 
    4865!---------------------------------------------------------------------- 
    49    nn_writedia   =  60     !  time step frequency for diagnostics 
    5066/ 
    5167!---------------------------------------------------------------------- 
    52 &namtrc_bc        !   data for boundary conditions 
     68&namtrc_bc       !   data for boundary conditions 
    5369!----------------------------------------------------------------------- 
    5470/ 
     71!---------------------------------------------------------------------- 
     72&namtrc_bdy      !   Setup of tracer boundary conditions 
     73!----------------------------------------------------------------------- 
     74/ 

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/cpp_GYRE_PISCES.fcm

    r5930 r7646  
    1 bld::tool::fppkeys key_zdftke key_top key_pisces_reduced key_mpp_mpi 
     1bld::tool::fppkeys key_zdftke key_top key_mpp_mpi 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.