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Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 7646 for trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/EXP00/iodef.xml – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2017-02-06T10:25:03+01:00 (7 years ago)
Author:
timgraham
Message:

Merge of dev_merge_2016 into trunk. UPDATE TO ARCHFILES NEEDED for XIOS2.
LIM_SRC_s/limrhg.F90 to follow in next commit due to change of kind (I'm unable to do it in this commit).
Merged using the following steps:

1) svn merge --reintegrate ​svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/trunk .
2) Resolve minor conflicts in sette.sh and namelist_cfg for ORCA2LIM3 (due to a change in trunk after branch was created)
3) svn commit
4) svn switch ​svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/trunk
5) svn merge ​svn+ssh://forge.ipsl.jussieu.fr/ipsl/forge/projets/nemo/svn/branches/2016/dev_merge_2016 .
6) At this stage I checked out a clean copy of the branch to compare against what is about to be committed to the trunk.
6) svn commit #Commit code to the trunk

In this commit I have also reverted a change to Fcheck_archfile.sh which was causing problems on the Paris machine.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/NEMOGCM/CONFIG/GYRE_PISCES/EXP00/iodef.xml

    r5363 r7646  
    22<simulation>  
    33 
    4  <context id="nemo" time_origin="1900-01-01 00:00:00" > 
    5      
    6     <!-- $id$ --> 
    7      
    8     <!--  
    9 ============================================================================================================ 
    10 =                                  definition of all existing variables                                    = 
    11 =                                            DO NOT CHANGE                                                 = 
    12 ============================================================================================================ 
    13     --> 
    14     <field_definition src="./field_def.xml"/> 
    15     <!--  
    16 ============================================================================================================ 
    17 =                                           output files definition                                        = 
    18 =                                            Define your own files                                         = 
    19 =                                         put the variables you want...                                    = 
    20 ============================================================================================================ 
    21     --> 
    22      
    23     <file_definition type="multiple_file" name="@expname@_@freq@_@startdate@_@enddate@" sync_freq="10d" min_digits="4"> 
    24      
    25       <file_group id="1ts" output_freq="1ts"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1 time step files --> 
    26  
    27       <file_group id="1h" output_freq="1h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1h files --> 
    28       <file_group id="2h" output_freq="2h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 2h files --> 
    29       <file_group id="3h" output_freq="3h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3h files -->      
    30       <file_group id="4h" output_freq="4h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 4h files --> 
    31       <file_group id="6h" output_freq="6h"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 6h files --> 
    32       
    33       <file_group id="1d" output_freq="1d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 1d files --> 
    34       <file_group id="3d" output_freq="3d"  output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- 3d files -->     
    35       <file_group id="5d" output_freq="5d"  output_level="10" enabled=".TRUE.">  <!-- 5d files -->    
    36   
    37         <file id="file1" name_suffix="_grid_T" description="ocean T grid variables" > 
    38      <field field_ref="toce"         name="votemper"  /> 
    39      <field field_ref="soce"         name="vosaline"  /> 
    40      <field field_ref="sst"          name="sosstsst"  /> 
    41      <field field_ref="sss"          name="sosaline"  /> 
    42      <field field_ref="ssh"          name="sossheig"  /> 
    43      <field field_ref="empmr"        name="sowaflup"  /> 
    44      <field field_ref="qsr"          name="soshfldo"  /> 
    45       <field field_ref="saltflx"      name="sosfldow"  /> 
    46      <field field_ref="qt"           name="sohefldo"  /> 
    47      <field field_ref="mldr10_1"     name="somxl010"  /> 
    48      <field field_ref="mldkz5"       name="somixhgt"  /> 
    49         </file> 
    50     
    51         <file id="file2" name_suffix="_grid_U" description="ocean U grid variables" > 
    52           <field field_ref="uoce"         name="vozocrtx"  /> 
    53           <field field_ref="utau"         name="sozotaux"  /> 
    54         </file> 
    55     
    56         <file id="file3" name_suffix="_grid_V" description="ocean V grid variables" > 
    57           <field field_ref="voce"         name="vomecrty"  />  
    58           <field field_ref="vtau"         name="sometauy"  />  
    59         </file> 
    60     
    61         <file id="file4" name_suffix="_grid_W" description="ocean W grid variables" > 
    62           <field field_ref="woce"         name="vovecrtz" /> 
    63           <field field_ref="avt"          name="votkeavt" /> 
    64           <field field_ref="aht2d"        name="soleahtw" /> 
    65         </file> 
    66  
    67    <file id="file5" name_suffix="_ptrc_T" description="lobster sms variables" > 
    68           <field field_ref="DET"      /> 
    69           <field field_ref="ZOO"      /> 
    70           <field field_ref="PHY"      /> 
    71           <field field_ref="NO3"      /> 
    72           <field field_ref="NH4"      /> 
    73           <field field_ref="DOM"      /> 
    74    </file> 
    75     
    76       </file_group> 
    77  
    78       <file_group id="1m" output_freq="1mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real monthly files --> 
    79       <file_group id="2m" output_freq="2mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2m files --> 
    80       <file_group id="3m" output_freq="3mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 3m files --> 
    81       <file_group id="4m" output_freq="4mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 4m files --> 
    82       <file_group id="6m" output_freq="6mo" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 6m files --> 
    83  
    84       <file_group id="1y"  output_freq="1y" output_level="10" enabled=".TRUE."> <!-- real yearly files --> 
    85  
    86    <file id="file6" name_suffix="_diad_T" description="additional lobster diagnostics" >   
    87           <field field_ref="FNO3PHY"   />  
    88           <field field_ref="FNH4PHY"   />  
    89           <field field_ref="FNH4NO3"   />  
    90           <field field_ref="TNO3PHY"   />  
    91           <field field_ref="TNH4PHY"   />  
    92           <field field_ref="TPHYDOM"   />  
    93           <field field_ref="TPHYNH4"   />  
    94           <field field_ref="TPHYZOO"   />  
    95           <field field_ref="TPHYDET"   />  
    96           <field field_ref="TDETZOO"   />  
    97           <field field_ref="TDETSED"   />  
    98           <field field_ref="TZOODET"   />  
    99           <field field_ref="TZOOBOD"   />  
    100           <field field_ref="TZOONH4"   />  
    101           <field field_ref="TZOODOM"   />  
    102           <field field_ref="TNH4NO3"   />  
    103           <field field_ref="TDOMNH4"   />  
    104           <field field_ref="TDETNH4"   />  
    105           <field field_ref="TPHYTOT"   />  
    106           <field field_ref="TZOOTOT"   />  
    107           <field field_ref="SEDPOC"    />  
    108    </file> 
    109  
    110       </file_group> 
    111  
    112       <file_group id="2y"  output_freq="2y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 2y files --> 
    113       <file_group id="5y"  output_freq="5y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 5y files --> 
    114       <file_group id="10y" output_freq="10y" output_level="10" enabled=".TRUE."/> <!-- real 10y files --> 
    115  
    116    </file_definition> 
    117      
    118     <!--  
    119 ============================================================================================================ 
    120 = grid definition = = DO NOT CHANGE = 
    121 ============================================================================================================ 
    122     --> 
    123      
    124    <axis_definition>   
    125       <axis id="deptht"  long_name="Vertical T levels"  unit="m" positive="down" /> 
    126       <axis id="depthu"  long_name="Vertical U levels"  unit="m" positive="down" /> 
    127       <axis id="depthv"  long_name="Vertical V levels"  unit="m" positive="down" /> 
    128       <axis id="depthw"  long_name="Vertical W levels"  unit="m" positive="down" /> 
    129       <axis id="nfloat"  long_name="Float number"       unit="1"                 /> 
    130       <axis id="icbcla"  long_name="Iceberg class"      unit="1"                 /> 
    131       <axis id="ncatice" long_name="Ice category"       unit="1"                 /> 
    132       <axis id="iax_20C" long_name="20 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    133       <axis id="iax_28C" long_name="28 degC isotherm"   unit="degC"              /> 
    134    </axis_definition>  
    135      
    136    <domain_definition src="./domain_def.xml"/> 
    137     
    138    <grid_definition>     
    139      <grid id="grid_T_2D" domain_ref="grid_T"/> 
    140      <grid id="grid_T_3D" domain_ref="grid_T" axis_ref="deptht"/> 
    141      <grid id="grid_U_2D" domain_ref="grid_U"/> 
    142      <grid id="grid_U_3D" domain_ref="grid_U" axis_ref="depthu"/> 
    143      <grid id="grid_V_2D" domain_ref="grid_V"/> 
    144      <grid id="grid_V_3D" domain_ref="grid_V" axis_ref="depthv"/> 
    145      <grid id="grid_W_2D" domain_ref="grid_W"/> 
    146      <grid id="grid_W_3D" domain_ref="grid_W" axis_ref="depthw"/> 
    147     </grid_definition>     
    148    
    149   </context> 
    150    
     4<!-- ============================================================================================ --> 
     5<!-- XIOS context                                                                                 --> 
     6<!-- ============================================================================================ --> 
    1517 
    1528  <context id="xios"> 
    … …  
    15410      <variable_definition> 
    15511    
    156      <!--  
    157         We must have buffer_size > jpi*jpj*jpk*8 (with jpi and jpj the subdomain size) 
    158 --> 
    159      <variable id="buffer_size"               type="integer">10000000</variable> 
    160      <variable id="buffer_server_factor_size" type="integer">2</variable> 
    161      <variable id="info_level"                type="integer">0</variable> 
    162      <variable id="using_server"              type="boolean">false</variable> 
    163      <variable id="using_oasis"               type="boolean">false</variable> 
     12     <variable id="info_level"                type="int">0</variable> 
     13     <variable id="using_server"              type="bool">false</variable> 
     14     <variable id="using_oasis"               type="bool">false</variable> 
    16415     <variable id="oasis_codes_id"            type="string" >oceanx</variable> 
    16516    
    … …  
    16718                
    16819  </context> 
     20 
     21<!-- ============================================================================================ --> 
     22<!-- NEMO  CONTEXT add and suppress the components you need                                       --> 
     23<!-- ============================================================================================ --> 
     24 
     25  <context id="nemo" src="./context_nemo.xml"/>       <!--  NEMO       --> 
    16926   
    17027</simulation> 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.