Changeset 8440


Ignore:
Timestamp:
2017-08-16T14:47:00+02:00 (3 years ago)
Author:
dford
Message:

Add more variables to assimilation background, so it includes all required elements of the background state.

Location:
branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_asm_surf_bgc/NEMOGCM/NEMO
Files:
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_asm_surf_bgc/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ASM/asmbkg.F90

    r8436 r8440  
    139139            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'avt'    , avt               ) 
    140140#if defined key_hadocc 
    141             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'pgrow_avg'     , pgrow_avg             ) 
    142             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'ploss_avg'     , ploss_avg             ) 
    143             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'phyt_avg'      , phyt_avg              ) 
    144             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'mld_max'       , mld_max               ) 
    145             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'nutrients'     , trn(:,:,:,jp_had_nut) ) 
    146             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'phytoplankton' , trn(:,:,:,jp_had_phy) ) 
    147             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'zooplankton'   , trn(:,:,:,jp_had_zoo) ) 
    148             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'detritus'      , trn(:,:,:,jp_had_pdn) ) 
    149             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'dic'           , trn(:,:,:,jp_had_dic) ) 
    150             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'alkalinity'    , trn(:,:,:,jp_had_alk) ) 
    151             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'chlorophyll'   , HADOCC_CHL(:,:,1)     ) 
    152             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'c_to_chl'      , cchl_p(:,:,1)         ) 
     141            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'pgrow_avg'   , pgrow_avg             ) 
     142            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'ploss_avg'   , ploss_avg             ) 
     143            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'phyt_avg'    , phyt_avg              ) 
     144            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'mld_max'     , mld_max               ) 
     145            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'hadocc_nut'  , trn(:,:,:,jp_had_nut) ) 
     146            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'hadocc_phy' , trn(:,:,:,jp_had_phy) ) 
     147            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'hadocc_zoo'  , trn(:,:,:,jp_had_zoo) ) 
     148            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'hadocc_pdn'  , trn(:,:,:,jp_had_pdn) ) 
     149            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'hadocc_dic'  , trn(:,:,:,jp_had_dic) ) 
     150            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'hadocc_alk'  , trn(:,:,:,jp_had_alk) ) 
     151            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'hadocc_chl'  , HADOCC_CHL(:,:,1)     ) 
     152            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'hadocc_cchl' , cchl_p(:,:,1)         ) 
    153153#elif defined key_medusa && defined key_foam_medusa 
    154             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'pgrow_avg'     , pgrow_avg                           ) 
    155             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'ploss_avg'     , ploss_avg                           ) 
    156             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'phyt_avg'      , phyt_avg                            ) 
    157             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'mld_max'       , mld_max                             ) 
    158             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'nutrients'     , trn(:,:,:,jpdin)                    ) 
    159             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'phytoplankton' , trn(:,:,:,jpphn) + trn(:,:,:,jpphd) ) 
    160             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'zooplankton'   , trn(:,:,:,jpzmi) + trn(:,:,:,jpzme) ) 
    161             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'detritus'      , trn(:,:,:,jpdet)                    ) 
    162             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'dic'           , trn(:,:,:,jpdic)                    ) 
    163             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'alkalinity'    , trn(:,:,:,jpalk)                    ) 
    164             CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'chlorophyll'   , trn(:,:,1,jpchn) + trn(:,:,1,jpchd) ) 
     154            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'pgrow_avg'   , pgrow_avg        ) 
     155            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'ploss_avg'   , ploss_avg        ) 
     156            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'phyt_avg'    , phyt_avg         ) 
     157            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'mld_max'     , mld_max          ) 
     158            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'medusa_chn'  , trn(:,:,:,jpchn) ) 
     159            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'medusa_chd'  , trn(:,:,:,jpchd) ) 
     160            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'medusa_phn'  , trn(:,:,:,jpphn) ) 
     161            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'medusa_phd'  , trn(:,:,:,jpphd) ) 
     162            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'medusa_pds'  , trn(:,:,:,jppds) ) 
     163            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'medusa_zmi'  , trn(:,:,:,jpzmi) ) 
     164            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'medusa_zme'  , trn(:,:,:,jpzme) ) 
     165            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'medusa_din'  , trn(:,:,:,jpdin) ) 
     166            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'medusa_sil'  , trn(:,:,:,jpsil) ) 
     167            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'medusa_fer'  , trn(:,:,:,jpfer) ) 
     168            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'medusa_det'  , trn(:,:,:,jpdet) ) 
     169            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'medusa_dtc'  , trn(:,:,:,jpdtc) ) 
     170            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'medusa_dic'  , trn(:,:,:,jpdic) ) 
     171            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'medusa_alk'  , trn(:,:,:,jpalk) ) 
     172            CALL iom_rstput( kt, nitbkg_r, inum, 'medusa_oxy'  , trn(:,:,:,jpoxy) ) 
    165173#endif 
    166174            ! 
  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_asm_surf_bgc/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ASM/asminc.F90

    r8436 r8440  
    127127#endif 
    128128#if defined key_hadocc || (defined key_medusa && defined key_foam_medusa) 
    129    REAL(wp), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE :: pgrow_avg_bkg  !: Background phyto growth for logchl balancing 
    130    REAL(wp), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE :: ploss_avg_bkg  !: Background phyto loss for logchl balancing 
    131    REAL(wp), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE :: phyt_avg_bkg   !: Background phyto for logchl balancing 
    132    REAL(wp), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE :: mld_max_bkg    !: Background max MLD for logchl balancing 
     129   REAL(wp), DIMENSION(:,:),     ALLOCATABLE :: pgrow_avg_bkg  !: Background phyto growth for logchl balancing 
     130   REAL(wp), DIMENSION(:,:),     ALLOCATABLE :: ploss_avg_bkg  !: Background phyto loss for logchl balancing 
     131   REAL(wp), DIMENSION(:,:),     ALLOCATABLE :: phyt_avg_bkg   !: Background phyto for logchl balancing 
     132   REAL(wp), DIMENSION(:,:),     ALLOCATABLE :: mld_max_bkg    !: Background max MLD for logchl balancing 
     133   REAL(wp), DIMENSION(:,:,:,:), ALLOCATABLE :: tracer_bkg     !: Background tracer state variables 
     134#endif 
     135#if defined key_hadocc 
     136   REAL(wp), DIMENSION(:,:),     ALLOCATABLE :: chl_bkg        !: Background surface chlorophyll 
     137   REAL(wp), DIMENSION(:,:),     ALLOCATABLE :: cchl_p_bkg     !: Background surface carbon:chlorophyll 
    133138#endif 
    134139   REAL(wp) :: rn_maxchlinc = -999.0  !: maximum absolute non-log chlorophyll increment from logchl assimilation 
     
    630635      IF ( ln_logchlinc ) THEN 
    631636 
    632          ALLOCATE( pgrow_avg_bkg(jpi,jpj) ) 
    633          ALLOCATE( ploss_avg_bkg(jpi,jpj) ) 
    634          ALLOCATE( phyt_avg_bkg(jpi,jpj)  ) 
    635          ALLOCATE( mld_max_bkg(jpi,jpj)   ) 
    636          pgrow_avg_bkg(:,:) = 0.0 
    637          ploss_avg_bkg(:,:) = 0.0 
    638          phyt_avg_bkg(:,:)  = 0.0 
    639          mld_max_bkg(:,:)   = 0.0 
     637         ALLOCATE( pgrow_avg_bkg(jpi,jpj)        ) 
     638         ALLOCATE( ploss_avg_bkg(jpi,jpj)        ) 
     639         ALLOCATE( phyt_avg_bkg(jpi,jpj)         ) 
     640         ALLOCATE( mld_max_bkg(jpi,jpj)          ) 
     641         ALLOCATE( tracer_bkg(jpi,jpj,jpk,jptra) ) 
     642         pgrow_avg_bkg(:,:)  = 0.0 
     643         ploss_avg_bkg(:,:)  = 0.0 
     644         phyt_avg_bkg(:,:)   = 0.0 
     645         mld_max_bkg(:,:)    = 0.0 
     646         tracer_bkg(:,:,:,:) = 0.0 
     647 
     648#if defined key_hadocc 
     649         ALLOCATE( chl_bkg(jpi,jpj)    ) 
     650         ALLOCATE( cchl_p_bkg(jpi,jpj) ) 
     651         chl_bkg(:,:)    = 0.0 
     652         cchl_p_bkg(:,:) = 0.0 
     653#endif 
     654          
     655         !-------------------------------------------------------------------- 
     656         ! Read background variables for logchl assimilation 
     657         ! Some only required if performing balancing 
     658         !-------------------------------------------------------------------- 
     659 
     660         CALL iom_open( c_asmbkg, inum ) 
     661 
     662#if defined key_hadocc 
     663         CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'hadocc_chl',  chl_bkg    ) 
     664         CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'hadocc_cchl', cchl_p_bkg ) 
     665         chl_bkg(:,:)    = chl_bkg(:,:)    * tmask(:,:,1) 
     666         cchl_p_bkg(:,:) = cchl_p_bkg(:,:) * tmask(:,:,1) 
     667#elif defined key_medusa 
     668         CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'medusa_chn', tracer_bkg(:,:,:,jpchn) ) 
     669         CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'medusa_chd', tracer_bkg(:,:,:,jpchd) ) 
     670#endif 
    640671          
    641672         IF ( ln_logchlbal ) THEN 
    642           
    643             !-------------------------------------------------------------------- 
    644             ! Read background variables for logchl balancing 
    645             !-------------------------------------------------------------------- 
    646  
    647             CALL iom_open( c_asmbkg, inum ) 
    648673 
    649674            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'pgrow_avg', pgrow_avg_bkg ) 
     
    656681            mld_max_bkg(:,:)   = mld_max_bkg(:,:)   * tmask(:,:,1) 
    657682 
    658             CALL iom_close( inum ) 
     683#if defined key_hadocc 
     684            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'hadocc_nut', tracer_bkg(:,:,:,jp_had_nut) ) 
     685            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'hadocc_phy', tracer_bkg(:,:,:,jp_had_phy) ) 
     686            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'hadocc_zoo', tracer_bkg(:,:,:,jp_had_zoo) ) 
     687            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'hadocc_pdn', tracer_bkg(:,:,:,jp_had_pdn) ) 
     688            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'hadocc_dic', tracer_bkg(:,:,:,jp_had_dic) ) 
     689            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'hadocc_alk', tracer_bkg(:,:,:,jp_had_alk) ) 
     690#elif defined key_medusa 
     691            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'medusa_phn', tracer_bkg(:,:,:,jpphn) ) 
     692            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'medusa_phd', tracer_bkg(:,:,:,jpphd) ) 
     693            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'medusa_pds', tracer_bkg(:,:,:,jppds) ) 
     694            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'medusa_zmi', tracer_bkg(:,:,:,jpzmi) ) 
     695            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'medusa_zme', tracer_bkg(:,:,:,jpzme) ) 
     696            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'medusa_din', tracer_bkg(:,:,:,jpdin) ) 
     697            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'medusa_sil', tracer_bkg(:,:,:,jpsil) ) 
     698            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'medusa_fer', tracer_bkg(:,:,:,jpfer) ) 
     699            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'medusa_det', tracer_bkg(:,:,:,jpdet) ) 
     700            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'medusa_dtc', tracer_bkg(:,:,:,jpdtc) ) 
     701            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'medusa_dic', tracer_bkg(:,:,:,jpdic) ) 
     702            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'medusa_alk', tracer_bkg(:,:,:,jpalk) ) 
     703            CALL iom_get( inum, jpdom_autoglo, 'medusa_oxy', tracer_bkg(:,:,:,jpoxy) ) 
     704#endif 
     705         ENDIF 
     706 
     707         CALL iom_close( inum ) 
    659708          
    660          ENDIF 
     709         DO jt = 1, jptra 
     710            tracer_bkg(:,:,:,jt) = tracer_bkg(:,:,:,jt) * tmask(:,:,:) 
     711         END DO 
    661712       
    662713      ENDIF 
     
    13121363            &                        pgrow_avg_bkg, ploss_avg_bkg,           & 
    13131364            &                        phyt_avg_bkg, mld_max_bkg,              & 
    1314             &                        logchl_balinc ) 
     1365            &                        tracer_bkg, logchl_balinc ) 
    13151366#elif defined key_hadocc 
    13161367         CALL asm_logchl_bal_hadocc( logchl_bkginc, zincper, mld_choice_bgc, & 
     
    13181369            &                        pgrow_avg_bkg, ploss_avg_bkg,           & 
    13191370            &                        phyt_avg_bkg, mld_max_bkg,              & 
    1320             &                        logchl_balinc ) 
     1371            &                        chl_bkg, cchl_p_bkg,                    & 
     1372            &                        tracer_bkg, logchl_balinc ) 
    13211373#else 
    13221374         CALL ctl_stop( 'Attempting to assimilate logchl, ', & 
  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_asm_surf_bgc/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ASM/asmlogchlbal_hadocc.F90

    r8436 r8440  
    2424   USE zdfmxl                              ! mixed layer depth 
    2525   USE iom                                 ! i/o 
    26    USE trc,           ONLY: trn, trb,    & ! HadOCC variables 
    27       &                     HADOCC_CHL 
    2826   USE par_hadocc                          ! HadOCC parameters 
    2927   USE had_bgc_stnd,  ONLY: kmt            ! HadOCC parameters 
     
    7472      &                              pgrow_avg_bkg, ploss_avg_bkg,           & 
    7573      &                              phyt_avg_bkg, mld_max_bkg,              & 
    76       &                              logchl_balinc ) 
     74      &                              chl_bkg, cchl_p_bkg,                    & 
     75      &                              tracer_bkg, logchl_balinc ) 
    7776      !!--------------------------------------------------------------------------- 
    7877      !!                    ***  ROUTINE asm_logchl_bal_hadocc  *** 
     
    9897      REAL(wp), INTENT(in   ), DIMENSION(jpi,jpj)           :: phyt_avg_bkg   ! Avg phyto 
    9998      REAL(wp), INTENT(in   ), DIMENSION(jpi,jpj)           :: mld_max_bkg    ! Max MLD 
     99      REAL(wp), INTENT(in   ), DIMENSION(jpi,jpj)           :: chl_bkg        ! Surface chlorophyll 
     100      REAL(wp), INTENT(in   ), DIMENSION(jpi,jpj)           :: cchl_p_bkg     ! Surface C:Chl 
     101      REAL(wp), INTENT(in   ), DIMENSION(jpi,jpj,jpk,jptra) :: tracer_bkg     ! State variables 
    100102      REAL(wp), INTENT(  out), DIMENSION(jpi,jpj,jpk,jptra) :: logchl_balinc  ! Balancing increments 
    101103      !! 
     
    122124      DO jj = 1, jpj 
    123125         DO ji = 1, jpi 
    124             IF ( HADOCC_CHL(ji,jj,1) > 0.0 ) THEN 
    125                chl_inc(ji,jj) = 10**( LOG10( HADOCC_CHL(ji,jj,1) ) + logchl_bkginc(ji,jj) ) - HADOCC_CHL(ji,jj,1) 
     126            IF ( chl_bkg(ji,jj) > 0.0 ) THEN 
     127               chl_inc(ji,jj) = 10**( LOG10( chl_bkg(ji,jj) ) + logchl_bkginc(ji,jj) ) - chl_bkg(ji,jj) 
    126128               IF ( k_maxchlinc > 0.0 ) THEN 
    127129                  chl_inc(ji,jj) = MAX( -1.0 * k_maxchlinc, MIN( chl_inc(ji,jj), k_maxchlinc ) ) 
     
    210212 
    211213         ! Set background state 
    212          bstate(:,:,:,i_tracer(1)) = trb(:,:,:,jp_had_nut) 
    213          bstate(:,:,:,i_tracer(2)) = trb(:,:,:,jp_had_phy) 
    214          bstate(:,:,:,i_tracer(3)) = trb(:,:,:,jp_had_zoo) 
    215          bstate(:,:,:,i_tracer(4)) = trb(:,:,:,jp_had_pdn) 
    216          bstate(:,:,:,i_tracer(5)) = trb(:,:,:,jp_had_dic) 
    217          bstate(:,:,:,i_tracer(6)) = trb(:,:,:,jp_had_alk) 
     214         bstate(:,:,:,i_tracer(1)) = tracer_bkg(:,:,:,jp_had_nut) 
     215         bstate(:,:,:,i_tracer(2)) = tracer_bkg(:,:,:,jp_had_phy) 
     216         bstate(:,:,:,i_tracer(3)) = tracer_bkg(:,:,:,jp_had_zoo) 
     217         bstate(:,:,:,i_tracer(4)) = tracer_bkg(:,:,:,jp_had_pdn) 
     218         bstate(:,:,:,i_tracer(5)) = tracer_bkg(:,:,:,jp_had_dic) 
     219         bstate(:,:,:,i_tracer(6)) = tracer_bkg(:,:,:,jp_had_alk) 
    218220 
    219221         ! Call nitrogen balancing routine 
    220          CALL bio_analysis( jpi, jpj, jpk, ZDZ(:,:,:), i_tracer, modparm,             & 
    221             &               n2be_p, n2be_z, n2be_d, assimparm,                        & 
    222             &               INT(aincper), 1, kmt(:,:), tmask(:,:,:),                  & 
    223             &               zmld(:,:), mld_max_bkg(:,:), chl_inc(:,:), cchl_p(:,:,1), & 
    224             &               nbal_active, phyt_avg_bkg(:,:),                           & 
    225             &               gl_active, pgrow_avg_bkg(:,:), ploss_avg_bkg(:,:),        & 
    226             &               subsurf_active, deepneg_active,                           & 
    227             &               deeppos_active, nutprof_active,                           & 
    228             &               bstate, outincs,                                          & 
    229             &               diag_active, diag,                                        & 
     222         CALL bio_analysis( jpi, jpj, jpk, ZDZ(:,:,:), i_tracer, modparm,               & 
     223            &               n2be_p, n2be_z, n2be_d, assimparm,                          & 
     224            &               INT(aincper), 1, kmt(:,:), tmask(:,:,:),                    & 
     225            &               zmld(:,:), mld_max_bkg(:,:), chl_inc(:,:), cchl_p_bkg(:,:), & 
     226            &               nbal_active, phyt_avg_bkg(:,:),                             & 
     227            &               gl_active, pgrow_avg_bkg(:,:), ploss_avg_bkg(:,:),          & 
     228            &               subsurf_active, deepneg_active,                             & 
     229            &               deeppos_active, nutprof_active,                             & 
     230            &               bstate, outincs,                                            & 
     231            &               diag_active, diag,                                          & 
    230232            &               diag_fulldepth_active, diag_fulldepth ) 
    231233 
     
    244246          
    245247         ! Convert surface chlorophyll increment to phytoplankton nitrogen 
    246          logchl_balinc(:,:,1,jp_had_phy) = ( cchl_p(:,:,1) / (mw_carbon * c2n_p) ) * chl_inc(:,:) 
     248         logchl_balinc(:,:,1,jp_had_phy) = ( cchl_p_bkg(:,:) / (mw_carbon * c2n_p) ) * chl_inc(:,:) 
    247249          
    248250         ! Propagate through mixed layer 
     
    283285CONTAINS 
    284286   SUBROUTINE asm_logchl_bal_hadocc( logchl_bkginc, aincper, mld_choice_bgc, & 
    285       &                              k_maxchlinc, logchl_balinc ) 
     287      &                              k_maxchlinc, ld_logchlbal,              & 
     288      &                              pgrow_avg_bkg, ploss_avg_bkg,           & 
     289      &                              phyt_avg_bkg, mld_max_bkg,              & 
     290      &                              chl_bkg, cchl_p_bkg,                    & 
     291      &                              tracer_bkg, logchl_balinc ) 
    286292      REAL    :: logchl_bkginc(:,:) 
    287293      REAL    :: aincper 
    288294      INTEGER :: mld_choice_bgc 
    289295      REAL    :: k_maxchlinc 
    290       REAL(   :: logchl_balinc(:,:,:,:) 
     296      LOGICAL :: ld_logchlbal 
     297      REAL    :: pgrow_avg_bkg(:,:) 
     298      REAL    :: ploss_avg_bkg(:,:) 
     299      REAL    :: phyt_avg_bkg(:,:) 
     300      REAL    :: mld_max_bkg(:,:) 
     301      REAL    :: chl_bkg(:,:) 
     302      REAL    :: cchl_p_bkg(:,:) 
     303      REAL    :: tracer_bkg(:,:,:,:) 
     304      REAL    :: logchl_balinc(:,:,:,:) 
    291305      WRITE(*,*) 'asm_logchl_bal_hadocc: You should not have seen this print! error?' 
    292306   END SUBROUTINE asm_logchl_bal_hadocc 
  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_asm_surf_bgc/NEMOGCM/NEMO/OPA_SRC/ASM/asmlogchlbal_medusa.F90

    r8436 r8440  
    2525   USE zdfmxl                              ! mixed layer depth 
    2626   USE iom                                 ! i/o 
    27    USE trc,           ONLY: trn, trb       ! MEDUSA variables 
    2827   USE sms_medusa                          ! MEDUSA parameters 
    2928   USE par_medusa                          ! MEDUSA parameters 
     
    7372      &                              pgrow_avg_bkg, ploss_avg_bkg,           & 
    7473      &                              phyt_avg_bkg, mld_max_bkg,              & 
    75       &                              logchl_balinc ) 
     74      &                              tracer_bkg, logchl_balinc ) 
    7675      !!--------------------------------------------------------------------------- 
    7776      !!                    ***  ROUTINE asm_logchl_bal_medusa  *** 
     
    9998      REAL(wp), INTENT(in   ), DIMENSION(jpi,jpj)           :: phyt_avg_bkg   ! Avg phyto 
    10099      REAL(wp), INTENT(in   ), DIMENSION(jpi,jpj)           :: mld_max_bkg    ! Max MLD 
     100      REAL(wp), INTENT(in   ), DIMENSION(jpi,jpj,jpk,jptra) :: tracer_bkg     ! State variables 
    101101      REAL(wp), INTENT(  out), DIMENSION(jpi,jpj,jpk,jptra) :: logchl_balinc  ! Balancing increments 
    102102      !! 
     
    136136      ! 3) Subtract background from analysis to get chl incs 
    137137      ! If k_maxchlinc > 0 then cap total absolute chlorophyll increment at that value 
    138       medusa_chl(:,:) = trb(:,:,1,jpchn) + trb(:,:,1,jpchd) 
     138      medusa_chl(:,:) = tracer_bkg(:,:,1,jpchn) + tracer_bkg(:,:,1,jpchd) 
    139139      DO jj = 1, jpj 
    140140         DO ji = 1, jpi 
     
    233233 
    234234         ! Set background state 
    235          bstate(:,:,:,i_tracer(1)) = trb(:,:,:,jpdin) 
    236          bstate(:,:,:,i_tracer(2)) = trb(:,:,:,jpphn) + trb(:,:,:,jpphd) 
    237          bstate(:,:,:,i_tracer(3)) = trb(:,:,:,jpzmi) + trb(:,:,:,jpzme) 
    238          bstate(:,:,:,i_tracer(4)) = trb(:,:,:,jpdet) 
    239          bstate(:,:,:,i_tracer(5)) = trb(:,:,:,jpdic) 
    240          bstate(:,:,:,i_tracer(6)) = trb(:,:,:,jpalk) 
     235         bstate(:,:,:,i_tracer(1)) = tracer_bkg(:,:,:,jpdin) 
     236         bstate(:,:,:,i_tracer(2)) = tracer_bkg(:,:,:,jpphn) + tracer_bkg(:,:,:,jpphd) 
     237         bstate(:,:,:,i_tracer(3)) = tracer_bkg(:,:,:,jpzmi) + tracer_bkg(:,:,:,jpzme) 
     238         bstate(:,:,:,i_tracer(4)) = tracer_bkg(:,:,:,jpdet) 
     239         bstate(:,:,:,i_tracer(5)) = tracer_bkg(:,:,:,jpdic) 
     240         bstate(:,:,:,i_tracer(6)) = tracer_bkg(:,:,:,jpalk) 
    241241 
    242242         ! Calculate carbon to chlorophyll ratio for combined phytoplankton 
    243243         ! and nitrogen to biomass equivalent for PZD 
    244244         ! Hardwire nitrogen mass to 14.01 for now as it doesn't seem to be set in MEDUSA 
    245          !cchl_p(:,:) = ( trb(:,:,1,jpchn) + trb(:,:,1,jpchd ) ) / & 
    246          !   &          ( ( trb(:,:,1,jpphn) * xthetapn ) + ( trb(:,:,1,jpphd) * xthetapd ) ) 
    247245         cchl_p(:,:) = 0.0 
    248246         DO jj = 1, jpj 
    249247            DO ji = 1, jpi 
    250                IF ( ( trb(ji,jj,1,jpchn) + trb(ji,jj,1,jpchd ) ) .GT. 0.0 ) THEN 
    251                   cchl_p(ji,jj) = ( ( trb(ji,jj,1,jpphn) * xthetapn ) + ( trb(ji,jj,1,jpphd) * xthetapd ) ) / & 
    252                      &            ( trb(ji,jj,1,jpchn) + trb(ji,jj,1,jpchd ) ) 
     248               IF ( ( tracer_bkg(ji,jj,1,jpchn) + tracer_bkg(ji,jj,1,jpchd ) ) .GT. 0.0 ) THEN 
     249                  cchl_p(ji,jj) = ( ( tracer_bkg(ji,jj,1,jpphn) * xthetapn ) + ( tracer_bkg(ji,jj,1,jpphd) * xthetapd ) ) / & 
     250                     &            ( tracer_bkg(ji,jj,1,jpchn) + tracer_bkg(ji,jj,1,jpchd ) ) 
    253251               ENDIF 
    254252            END DO 
     
    257255         n2be_z = 14.01 + ( xmassc * ( ( xthetazmi + xthetazme ) / 2.0 ) ) 
    258256         n2be_d = 14.01 + ( xmassc * xthetad ) 
    259           
    260          WRITE(numout,*) 'DAF: nproc, min/max cchl_p, min/max chl_inc = ', nproc, MINVAL(cchl_p), MAXVAL(cchl_p), MINVAL(chl_inc), MAXVAL(chl_inc) 
    261257 
    262258         ! Call nitrogen balancing routine 
     
    273269            &               diag_fulldepth_active, diag_fulldepth ) 
    274270          
    275          WRITE(numout,*) 'DAF: nproc, min/max outincs(phy)1,20 = ', nproc, MINVAL(outincs(:,:,1,i_tracer(2))), MAXVAL(outincs(:,:,1,i_tracer(2))), MINVAL(outincs(:,:,20,i_tracer(2))), MAXVAL(outincs(:,:,20,i_tracer(2))) 
    276  
    277271         ! Loop over each grid point partioning the increments 
    278272         logchl_balinc(:,:,:,:) = 0.0 
     
    281275               DO ji = 1, jpi 
    282276 
    283                   IF ( ( trb(ji,jj,jk,jpphn) > 0.0 ) .AND. ( trb(ji,jj,jk,jpphd) > 0.0 ) ) THEN 
     277                  IF ( ( tracer_bkg(ji,jj,jk,jpphn) > 0.0 ) .AND. ( tracer_bkg(ji,jj,jk,jpphd) > 0.0 ) ) THEN 
    284278                     ! Phytoplankton nitrogen and silicate split up based on existing ratios 
    285                      zfrac_phn = trb(ji,jj,jk,jpphn) / (trb(ji,jj,jk,jpphn) + trb(ji,jj,jk,jpphd)) 
     279                     zfrac_phn = tracer_bkg(ji,jj,jk,jpphn) / (tracer_bkg(ji,jj,jk,jpphn) + tracer_bkg(ji,jj,jk,jpphd)) 
    286280                     zfrac_phd = 1.0 - zfrac_phn 
    287                      zrat_pds_phd = trb(ji,jj,jk,jppds) / trb(ji,jj,jk,jpphd) 
     281                     zrat_pds_phd = tracer_bkg(ji,jj,jk,jppds) / tracer_bkg(ji,jj,jk,jpphd) 
    288282                     logchl_balinc(ji,jj,jk,jpphn) = outincs(ji,jj,jk,i_tracer(2)) * zfrac_phn 
    289283                     logchl_balinc(ji,jj,jk,jpphd) = outincs(ji,jj,jk,i_tracer(2)) * zfrac_phd 
     
    293287                     ! Not using chl_inc directly as it's only 2D 
    294288                     ! This method should give same results at surface as splitting chl_inc would 
    295                      zrat_chn_phn = trb(ji,jj,jk,jpchn) / trb(ji,jj,jk,jpphn) 
    296                      zrat_chd_phd = trb(ji,jj,jk,jpchd) / trb(ji,jj,jk,jpphd) 
     289                     zrat_chn_phn = tracer_bkg(ji,jj,jk,jpchn) / tracer_bkg(ji,jj,jk,jpphn) 
     290                     zrat_chd_phd = tracer_bkg(ji,jj,jk,jpchd) / tracer_bkg(ji,jj,jk,jpphd) 
    297291                     logchl_balinc(ji,jj,jk,jpchn) = logchl_balinc(ji,jj,jk,jpphn) * zrat_chn_phn 
    298292                     logchl_balinc(ji,jj,jk,jpchd) = logchl_balinc(ji,jj,jk,jpphd) * zrat_chd_phd 
    299293                  ENDIF 
    300294 
    301                   IF ( ( trb(ji,jj,jk,jpzmi) > 0.0 ) .AND. ( trb(ji,jj,jk,jpzme) > 0.0 ) ) THEN 
     295                  IF ( ( tracer_bkg(ji,jj,jk,jpzmi) > 0.0 ) .AND. ( tracer_bkg(ji,jj,jk,jpzme) > 0.0 ) ) THEN 
    302296                     ! Zooplankton nitrogen split up based on existing ratios 
    303                      zfrac_zmi = trb(ji,jj,jk,jpzmi) / (trb(ji,jj,jk,jpzmi) + trb(ji,jj,jk,jpzme)) 
     297                     zfrac_zmi = tracer_bkg(ji,jj,jk,jpzmi) / (tracer_bkg(ji,jj,jk,jpzmi) + tracer_bkg(ji,jj,jk,jpzme)) 
    304298                     zfrac_zme = 1.0 - zfrac_zmi 
    305299                     logchl_balinc(ji,jj,jk,jpzmi) = outincs(ji,jj,jk,i_tracer(3)) * zfrac_zmi 
     
    320314 
    321315                  ! Remove diatom silicate increment from nutrient silicate to conserve mass 
    322                   IF ( ( trb(ji,jj,jk,jpsil) - logchl_balinc(ji,jj,jk,jppds) ) > 0.0 ) THEN 
     316                  IF ( ( tracer_bkg(ji,jj,jk,jpsil) - logchl_balinc(ji,jj,jk,jppds) ) > 0.0 ) THEN 
    323317                     logchl_balinc(ji,jj,jk,jpsil) = logchl_balinc(ji,jj,jk,jppds) * (-1.0) 
    324318                  ENDIF 
    325319 
    326                   IF ( ( trb(ji,jj,jk,jpdet) > 0.0 ) .AND. ( trb(ji,jj,jk,jpdtc) > 0.0 ) ) THEN 
     320                  IF ( ( tracer_bkg(ji,jj,jk,jpdet) > 0.0 ) .AND. ( tracer_bkg(ji,jj,jk,jpdtc) > 0.0 ) ) THEN 
    327321                     ! Carbon detritus based on existing ratios 
    328                      zrat_dtc_det = trb(ji,jj,jk,jpdtc) / trb(ji,jj,jk,jpdet) 
     322                     zrat_dtc_det = tracer_bkg(ji,jj,jk,jpdtc) / tracer_bkg(ji,jj,jk,jpdet) 
    329323                     logchl_balinc(ji,jj,jk,jpdtc) = logchl_balinc(ji,jj,jk,jpdet) * zrat_dtc_det 
    330324                  ENDIF 
     
    348342            DO ji = 1, jpi 
    349343               IF ( medusa_chl(ji,jj) > 0.0 ) THEN 
    350                   zfrac_chn = trb(ji,jj,1,jpchn) / medusa_chl(ji,jj) 
     344                  zfrac_chn = tracer_bkg(ji,jj,1,jpchn) / medusa_chl(ji,jj) 
    351345                  zfrac_chd = 1.0 - zfrac_chn 
    352346                  logchl_balinc(ji,jj,1,jpchn) = chl_inc(ji,jj) * zfrac_chn 
     
    402396CONTAINS 
    403397   SUBROUTINE asm_logchl_bal_medusa( logchl_bkginc, aincper, mld_choice_bgc, & 
    404       &                              k_maxchlinc, logchl_balinc ) 
     398      &                              k_maxchlinc, ld_logchlbal,              & 
     399      &                              pgrow_avg_bkg, ploss_avg_bkg,           & 
     400      &                              phyt_avg_bkg, mld_max_bkg,              & 
     401      &                              tracer_bkg, logchl_balinc ) 
    405402      REAL    :: logchl_bkginc(:,:) 
    406403      REAL    :: aincper 
    407404      INTEGER :: mld_choice_bgc 
    408405      REAL    :: k_maxchlinc 
    409       REAL(   :: logchl_balinc(:,:,:,:) 
     406      LOGICAL :: ld_logchlbal 
     407      REAL    :: pgrow_avg_bkg(:,:) 
     408      REAL    :: ploss_avg_bkg(:,:) 
     409      REAL    :: phyt_avg_bkg(:,:) 
     410      REAL    :: mld_max_bkg(:,:) 
     411      REAL    :: tracer_bkg(:,:,:,:) 
     412      REAL    :: logchl_balinc(:,:,:,:) 
    410413      WRITE(*,*) 'asm_logchl_bal_medusa: You should not have seen this print! error?' 
    411414   END SUBROUTINE asm_logchl_bal_medusa 
  • branches/UKMO/dev_r5518_GO6_package_asm_surf_bgc/NEMOGCM/NEMO/TOP_SRC/trcrst.F90

    r8436 r8440  
    346346#  endif 
    347347# endif 
    348 # if defined key_foam_medusa 
    349       !! Fields for ocean colour assimilation on first timestep 
    350       IF( iom_varid( numrtr, 'pgrow_avg', ldstop = .FALSE. ) > 0 ) THEN 
    351          IF(lwp) WRITE(numout,*) ' MEDUSA pgrow_avg present - reading in ...' 
    352          CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'pgrow_avg',  pgrow_avg(:,:)  ) 
    353          CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'ploss_avg',  ploss_avg(:,:)  ) 
    354          CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'phyt_avg',   phyt_avg(:,:)   ) 
    355          CALL iom_get( numrtr, jpdom_autoglo, 'mld_max',    mld_max(:,:)    ) 
    356       ELSE 
    357          IF(lwp) WRITE(numout,*) ' MEDUSA pgrow_avg absent - setting to zero ...' 
    358          pgrow_avg(:,:) = 0.0 
    359          ploss_avg(:,:) = 0.0 
    360          phyt_avg(:,:)  = 0.0 
    361          mld_max(:,:)   = 0.0 
    362       ENDIF 
    363 # endif 
    364348 
    365349 
     
    530514      call trc_rst_dia_stat( f2_ccd_arg(:,:),'CCD_ARG') 
    531515      !! 
    532 # endif 
    533 # if defined key_foam_medusa 
    534       !! Fields for assimilation and observation operator on first timestep 
    535       IF(lwp) WRITE(numout,*) ' MEDUSA OBS/ASM fields - writing out ...' 
    536 #  if defined key_roam 
    537       CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'PCO2W',     f2_pco2w(:,:)  ) 
    538       CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'FCO2W',     f2_fco2w(:,:)  ) 
     516#  if defined key_foam_medusa 
     517      !! Fields for observation operator on first timestep 
     518      IF(lwp) WRITE(numout,*) ' MEDUSA OBS fields - writing out ...' 
     519      CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'PCO2W', f2_pco2w(:,:)  ) 
     520      CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'FCO2W', f2_fco2w(:,:)  ) 
    539521#  endif 
    540       CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'pgrow_avg', pgrow_avg(:,:) ) 
    541       CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'ploss_avg', ploss_avg(:,:) ) 
    542       CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'phyt_avg',  phyt_avg(:,:)  ) 
    543       CALL iom_rstput( kt, nitrst, numrtw, 'mld_max',   mld_max(:,:)   ) 
    544522# endif 
    545523!! 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.