New URL for NEMO forge!   http://forge.nemo-ocean.eu

Since March 2022 along with NEMO 4.2 release, the code development moved to a self-hosted GitLab.
This present forge is now archived and remained online for history.
Changeset 3513 for branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS_OFF/EXP00 – NEMO

Ignore:
Timestamp:
2012-10-21T19:40:24+02:00 (12 years ago)
Author:
vichi
Message:

Updated to BFM-V5 and added PELAGOS_OFFLINE

Location:
branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS_OFF
Files:
14 added
6 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS_OFF/EXP00/CO2.nml

    r3512 r3513  
    3434 
    3535&CO2_parameters 
    36  
    37 ! Initial Partial pressure in the air [1960: 315; 1990: 353] 
    38    AtmCO20 = 370.0E0, 
     36! Initial CO2 concentration in the air [ppm] 
     37   AtmCO20 = 370.0E0 
    3938! Compute the partial pressure of Atmospheric CO2 
    4039   calcAtmpCO2 = .FALSE. 
    41    pCO2Method = 1  ! 1=MixRatio*slp, 2=Magnus formula 
     40   pCO2Method = 1  ! 1=MixRatio*slp, 2=Magnus formula  
    4241!-----------------------------------------------------------------------------------! 
    43 ! Read external data for atmospheric CO2 values 
     42! Read external data for atmospheric CO2 values   
    4443          ! Read  !   File   ! NetCDF  !  Var    !  RefTime   ! Input      !   Time   ! 
    4544          ! Input !   name   ! Logical !  name   !  yyyymmdd  ! Frequency  !  interp  ! 
    46 ATMCO2_N =    0  , 'CMIP5_GHG_1765_2005.nc' , .TRUE.  , 'CO2'   , '1764-07-01 00:00' ,  'yearly'  ,  .TRUE. 
    47 ! Read external data for atmospheric SLP 
    48 AtmSLP_N  =    0  , 'AtmSLP.nc' , .TRUE.  ,'AtmSLP' , '1764-07-01 00:00'  , 'dummy' ,  .TRUE. 
    49 AtmTDP_N  =    0  , 'AtmTDP.nc' , .TRUE.  ,'AtmTDP' , '1764-07-01 00:00'  , 'dummy' ,  .TRUE. 
     45!AtmCO2_N =    2  , 'CMIP5_Historical_GHG_1765_2005.nc' , .TRUE.  , 'CO2'   , '1764-07-01 00:00' ,  'yearly'  ,  .TRUE.   
     46!AtmCO2_N =    2  , 'CMIP5_Historical_GHG_1765_2005.dat' , .FALSE.  , 'CO2'   , '1764-07-01 00:00' ,  'yearly'  ,  .TRUE.   
     47! Read external data for atmospheric SLP  
     48AtmSLP_N  =    0  , 'AtmSLP.nc' , .TRUE.  ,'AtmSLP' , '1764-07-01 00:00'  , 'dummy' ,  .TRUE.   
     49AtmTDP_N  =    0  , 'AtmTDP.nc' , .TRUE.  ,'AtmTDP' , '1764-07-01 00:00'  , 'dummy' ,  .TRUE.   
    5050!-----------------------------------------------------------------------------------! 
    5151 
    5252! Initial pH value 
    53    phstart = 8.0D0 
    54   
     53   phstart = 8.10E0 
     54 
    5555! Choice of the acidity constants parameterization 
    5656! K1K2==1 Roy et al. (1993); DOE (1994); pH on total scale 
    … …  
    6262! K1K2==4 Hansson (1973b) data as refitted by Dickson and  
    6363!         Millero (1987); pH on Sea Water Scale 
    64       K1K2 = 2 
    65  
     64   K1K2 = 2 
    6665 
    6766! Choice of [H+] numerical computation 
    … …  
    6968! MethodCalcCO2=2 Default. Standard OCMIP iteration 
    7069! MethodCalcCO2=3 Follows et al., Ocean Modelling 2006 
    71       MethodCalcCO2 = 2 
     70! 
     71! Parameters for MethodCalcCO2=2 
     72! M2XACC    :  accuracy of the iterative scheme for OCMIP (default 1.E-10) 
     73! M2PHDELT  :  delta of pH for the root search (realized pH+/-DELT) 
     74!              in the OCMIP scheme (default 0.5) 
     75! M2MAXIT   :  maximum number of iterations for OCMIP (default 100 ) 
     76! 
     77   MethodCalcCO2 = 2 
     78          M2XACC = 1.0E-10 
     79        M2PHDELT = 0.3 
     80         M2MAXIT = 100 
    7281! 
    7382! Calcium ion concentration 

  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS_OFF/EXP00/Param.nml

    r3512 r3513  
    4242            CalcBenthicFlag = 0 
    4343                    p_poro0 = 0.7  
    44        CalcPhytoPlankton(1) = .TRUE. 
    45        CalcPhytoPlankton(2) = .TRUE. 
    46        CalcPhytoPlankton(3) = .TRUE. 
    47        CalcPhytoPlankton(4) = .TRUE. 
    48                CalcBacteria = .TRUE. 
    49      CalcMesoZooPlankton(1) = .TRUE. 
    50      CalcMesoZooPlankton(2) = .TRUE. 
    51     CalcMicroZooPlankton(1) = .TRUE. 
    52     CalcMicroZooPlankton(2) = .TRUE. 
     44       CalcPhytoPlankton(1) = .FALSE. 
     45       CalcPhytoPlankton(2) = .FALSE. 
     46       CalcPhytoPlankton(3) = .FALSE. 
     47       CalcPhytoPlankton(4) = .FALSE. 
     48               CalcBacteria = .FALSE. 
     49     CalcMesoZooPlankton(1) = .FALSE. 
     50     CalcMesoZooPlankton(2) = .FALSE. 
     51    CalcMicroZooPlankton(1) = .FALSE. 
     52    CalcMicroZooPlankton(2) = .FALSE. 
    5353           CalcPelChemistry = .TRUE. 
    5454AssignPelBenFluxesInBFMFlag = .TRUE. 
    5555AssignAirPelFluxesInBFMFlag = .TRUE. 
    56                       p_PAR = 0.40 
     56                      p_PAR = 0.50 
    5757                       slp0 = 1013.25E0 
    5858               ChlLightFlag = 2 
    59            LightForcingFlag = 1 
     59           ChlSynthesisFlag = 1 
     60        ProductionLightFlag = 1 
    6061          LightLocationFlag = 3 
    61                      p_eps0 = 0.10 
     62                     p_eps0 = 0.0435 
    6263                   p_epsESS = 0.04d-3 
    6364                 p_InitSink = 100.0 
    … …  
    100101!  p_PAR:    Photosynthetically available radiation 
    101102!  ChlLightFlag:      Switch between light prop.(=1) or Chla.(=2) as a state 
    102 !  LightForcingFlag:     Switch between instantaneous light and day light average 
     103!  ChlSynthesisFlag:     Switch between types of chl synthesis 
     104!                        1. PELAGOS; 2. OPATM-BFM; 3. UNIBO 
     105!  ProductionLightFlag:  Switch between instantaneous light production (=1)  
     106!                        and daylength averaged production (=2) 
    103107!  LightLocationFlag:    Switch between different depth-parameterizations 
    104108!  p_qchlc(PhytoPlankton):  Fixed/Maximum quotum Chla:C dependent on  

  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS_OFF/EXP00/Phyto.nml

    r3512 r3513  
    3636!  p_sdmo:      Max.specific nutrient-stress lysis rate 
    3737!  p_thdo:      Half value for nutrient stress lysis 
    38 !  p_seo:    Extra lysis rate for P4 
     38!  p_seo:    Extra lysis rate for high density cells 
     39!  p_sheo:      Half value for density stress lysis 
    3940!  p_pu_ea:     Fraction of pp excreted as PLOC/PDET 
    4041!  p_pu_ra:     Activity respiration rate 
    … …  
    4748!  p_qslc:      Minimum quotum Si in PI 
    4849!  p_qsRc:      Reference quotum Si in PI 
    49 !  p_xqs:    factor for max quotum S 
    5050!  p_qus:    affinity of PI for Si 
    5151!  p_alpha_chl:    Initial slope P-I curve 
    … …  
    6868!         ------------- silicate limitation control: ----------- 
    6969!             p_qus > 0.0  : silica limitation is controlled by internal quoata 
    70 !             p_chPs > 0.0 : silica limitation is controlled by external concentration of N5s 
    71 !             p_qus==0 and p_chPs==0  : there is no silica component defined in cell 
    72 !             p_qus has prefwerence above p_chPs! 
     70!             if p_qus\=0  : simple MM limitation on external concentration 
     71!                            p_chPs must have a number or an error is generated! 
    7372!                ------------- Iron parameters ----------- 
    7473!                conc.=[umol/m3] ratio=[umol Fe/mg C] 
    … …  
    8382        p_sum = 2.0, 2.5,  3.0,  0.5 
    8483        p_srs = 0.01,   0.05, 0.1,  0.1 
    85        p_sdmo = 0.5, 0.5,  0.5,  0.0 
     84       p_sdmo = 0.05,   0.05, 0.05, 0.0 
    8685        p_seo = 0.0, 0.0,  0.0,  0.0 
     86       p_sheo = 0.0, 0.0,  0.0,  100.0 
    8787      p_pu_ea = 0.05,   0.2,  0.2,  0.15 
    8888      p_pu_ra = 0.1, 0.2,  0.25, 0.1 
    89        p_qnlc = 4.193d-3,4.193d-3,4.193d-3,0.00687 
    90        p_qnRc = 1.258d-2,1.258d-2,1.258d-2,1.258d-2 
     89 p_switchR1R2 = 1.0, 1.0,  1.0,    1.0 
     90       p_qnlc = 4.193e-3,4.193e-3,4.193e-3,0.00687 
     91       p_qnRc = 1.26e-2,1.26e-2,1.26e-2,1.26e-2 
    9192        p_xqn = 2.0, 2.0,  2.0,  2.0 
    92        p_qplc = 0.1796d-3, 0.1796d-3, 0.1796d-3, 0.4288d-3 
    93        p_qpRc = 0.7862e-3, 0.7862e-3, 0.7862e-3, 0.7862e-3  
     93       p_qplc = 1.80e-4,1.80e-4,1.80e-4,4.29e-4 
     94       p_qpRc = 7.86e-4,7.86e-4,7.86e-4,7.86e-4 
    9495        p_xqp = 2.0, 2.0,  2.0,  2.0 
    95        p_qslc = 4.3d-3, 0.0,  0.0,  0.0 
    96        p_qsRc = 1.0d-2, 0.0,  0.0,  0.0 
     96       p_qslc = 8.5e-3, 0.0,  0.0,  0.0 
     97       p_qsRc = 0.01,   0.0,  0.0,  0.0 
    9798        p_qun = 0.025,  0.025,   0.025,   0.025 
    98         p_qup = 2.5d-3, 2.5d-3,  2.5d-3,  2.5d-3 
     99        p_qup = 0.025,  0.025,   0.025,   0.025 
    99100        p_qus = 0.0, 0.0,  0.0,  0.0 
    100         p_xqs = 1.0, 0.0,  0.0,  0.0 
    101101       p_esNI = 0.1, 0.00, 0.00, 0.00 
    102102       p_thdo = 0.1, 0.1,  0.1,  0.1 
    … …  
    104104       p_lN4  = 1.0, 1.0,  0.0,  1.0 
    105105       p_chPs = 1.0, 0.0,  0.0,  0.0 
     106    p_Contois = 0.0,    0.0,    0.0,    0.0 
    106107  p_alpha_chl = 1.38e-5, 0.46e-5, 1.52e-5, 0.68e-5 
    107108      p_sdchl = 0.2, 0.2,  0.2,  0.2 
     109    p_EpEk_or = 0.0,    0.0,    0.0,    0.0 
     110 p_tochl_relt = 0.0,    0.0,    0.0,    0.0 
    108111/ 
    109112 
    110113&Phyto_parameters_iron 
    111        p_qflc = 0.1e-3, 0.1e-3, 0.83e-10,0.25e-3                                                                                                        
     114       p_qflc = 0.1e-3, 0.1e-3, 0.83e-10,0.25e-3 
    112115       p_qfRc = 0.3e-3, 0.3e-3, 0.18e-4, 0.5e-3 
    113116        p_xqf = 1.0,    1.0,    1.0,     1.0 

  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS_OFF/EXP00/bfm.nml

    r3512 r3513  
    44!BOP 
    55! 
    6 ! ROUTINE: Namelist for standalone 
     6! ROUTINE: Namelist for BFM in configuration PELAGOS_OFF 
    77! 
    88! DESCRIPTION 
    9 !  Parameter values for module standalone filled by init_standalone 
     9!  Parameter values for simulation control 
    1010! 
    1111! AUTHORS 
    12 !   Marcello Vichi and Piet Ruardij 
     12!   Marcello Vichi  
    1313! 
    1414! COPYING 
    1515!    
    16 !   Copyright (C) 2008 M. Vichi and P. Ruardij 
    17 !   (rua@nioz.nl; vichi@bo.ingv.it) 
     16!   Copyright (C) 2012 The BFM System Team 
     17!   (marcello.vichi@cmcc.it) 
    1818! 
    1919!   This program is free software; you can redistribute it and/or modify 
    … …  
    5555  bfm_rstctl = .FALSE.                                                                                                               
    5656   bio_setup = 1                                                                                                                     
    57    out_fname = 'BFM_NEMO'                                                                                                            
     57   out_fname = 'PEL_OFF'                                                                                                            
    5858     out_dir = '.'                                                                                                                   
    59    out_title = 'PELAGOS'                                                                                                             
    60    out_delta = 45 
     59   out_title = 'PELAGOS_OFFLINE'                                                                                                             
     60   out_delta = 100  
    6161parallel_log = .FALSE. 
    6262/ 
    … …  
    115115   InitVar(1)%cbc  = .false., 
    116116   InitVar(1)%obc  = .false., 
    117    N1p0 = 1.0, 
     117   N1p0 = 0.5, 
    118118   InitVar(2)%init = 2, 
    119119   InitVar(2)%sbc  = .false., 

  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS_OFF/EXP00/namelist

    r3512 r3513  
    2424&namrun        !   parameters of the run 
    2525!----------------------------------------------------------------------- 
    26    nn_no       =       0   !  job number 
    27    cn_exp      =  "ORCA2"  !  experience name  
     26   nn_no       =       0   !  job number (no more used...) 
     27   cn_exp      =  "PELAGOS_OFF"  !  experience name  
    2828   nn_it000    =       1   !  first time step 
    29    nn_itend    =    450   !  last  time step (std 5475) 
    30    nn_date0    =  010101   !  initial calendar date yymmdd (used if nn_rstctl=1) 
     29   nn_itend    =    3650   !  last  time step (std 5475) 
     30   nn_date0    =  010101   !  date at nit_0000 (format yyyymmdd) used if ln_rstart=F or (ln_rstart=T and nn_rstctl=0 or 1) 
    3131   nn_leapy    =       0   !  Leap year calendar (1) or not (0) 
    3232   ln_rstart   = .false.   !  start from rest (F) or from a restart file (T) 
    33    nn_rstctl   =       0       !  restart control = 0 nn_it000 is not compared to the restart file value 
    34                                !                  = 1 use nn_date0 in namelist (not the value in the restart file) 
    35                                !                  = 2 calendar parameters read in the restart file 
     33   nn_rstctl   =       0   !  restart control => activated only if ln_rstart = T 
     34                           !    = 0 nn_date0 read in namelist ; nn_it000 : read in namelist 
     35                           !    = 1 nn_date0 read in namelist ; nn_it000 : check consistancy between namelist and restart 
     36                           !    = 2 nn_date0 read in restart  ; nn_it000 : check consistancy between namelist and restart 
    3637   cn_ocerst_in  = "restart"   !  suffix of ocean restart name (input) 
    3738   cn_ocerst_out = "restart"   !  suffix of ocean restart name (output) 
    3839   nn_istate   =       0   !  output the initial state (1) or not (0) 
    39    nn_stock    =     450   !  frequency of creation of a restart file (modulo referenced to 1) 
    40    nn_write    =     45   !  frequency of write in the output file   (modulo referenced to nn_it000) 
     40   nn_stock    =    3650   !  frequency of creation of a restart file (modulo referenced to 1) 
     41   nn_write    =    3650   !  frequency of write in the output file   (modulo referenced to nn_it000) 
    4142   ln_dimgnnn  = .false.   !  DIMG file format: 1 file for all processors (F) or by processor (T) 
    4243   ln_mskland  = .false.   !  mask land points in NetCDF outputs (costly: + ~15%) 
    … …  
    7879   nn_bathy    =    1      !  compute (=0) or read (=1) the bathymetry file 
    7980   nn_closea    =   0      !  remove (=0) or keep (=1) closed seas and lakes (ORCA) 
    80    nn_msh      =    0      !  create (=1) a mesh file or not (=0) 
     81   nn_msh      =    1      !  create (=1) a mesh file or not (=0) 
    8182   rn_hmin     =   -3.     !  min depth of the ocean (>0) or min number of ocean level (<0) 
    8283   rn_e3zps_min=   20.     !  partial step thickness is set larger than the minimum of 
    8384   rn_e3zps_rat=    0.1    !  rn_e3zps_min and rn_e3zps_rat*e3t, with 0<rn_e3zps_rat<1 
    8485                           ! 
    85    rn_rdt      = 5760.     !  time step for the dynamics (and tracer if nn_acc=0) 
     86   rn_rdt      = 8640.    !  time step for the dynamics (and tracer if nn_acc=0) 
    8687   nn_baro     =   64      !  number of barotropic time step            ("key_dynspg_ts") 
    8788   rn_atfp     =    0.1    !  asselin time filter parameter 
    8889   nn_acc      =    0      !  acceleration of convergence : =1      used, rdt < rdttra(k) 
    8990                                 !                          =0, not used, rdt = rdttra 
    90    rn_rdtmin   = 28800.          !  minimum time step on tracers (used if nn_acc=1) 
    91    rn_rdtmax   = 28800.          !  maximum time step on tracers (used if nn_acc=1) 
     91   rn_rdtmin   = 5760.          !  minimum time step on tracers (used if nn_acc=1) 
     92   rn_rdtmax   = 5760.          !  maximum time step on tracers (used if nn_acc=1) 
    9293   rn_rdth     =  800.           !  depth variation of tracer time step  (used if nn_acc=1) 
    9394/ 
    … …  
    124125&namsbc        !   Surface Boundary Condition (surface module) 
    125126!----------------------------------------------------------------------- 
    126    nn_fsbc     = 5         !  frequency of surface boundary condition computation  
     127   nn_fsbc     = 1         !  frequency of surface boundary condition computation  
    127128                           !     (also = the frequency of sea-ice model call) 
    128129   ln_ana      = .false.   !  analytical formulation                    (T => fill namsbc_ana )  
    … …  
    143144                           !     =2 annual global mean of e-p-r set to zero 
    144145                           !     =3 global emp set to zero and spread out over erp area 
    145    ln_cdgw = .false.       !  Neutral drag coefficient read from wave model (T => fill namsbc_wave) 
     146   ln_cdgw = .false.       !  Neutral drag coefficient read from wave model (T => fill namsbc_wave ) 
    146147/ 
    147148!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    249250 
    250251   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the runoff files 
    251    ln_traqsr   = .true.    !  Light penetration (T) or not (F) 
     252   ln_traqsr   = .false.   !  Light penetration (T) or not (F) 
    252253   ln_qsr_rgb  = .true.    !  RGB (Red-Green-Blue) light penetration 
    253254   ln_qsr_2bd  = .false.   !  2 bands              light penetration 
    … …  
    520521!----------------------------------------------------------------------- 
    521522   ln_traadv_cen2   =  .false.  !  2nd order centered scheme    
    522    ln_traadv_tvd    =  .false.  !  TVD scheme                 
    523    ln_traadv_muscl  =  .true.   !  MUSCL scheme              
     523   ln_traadv_tvd    =  .true.   !  TVD scheme                 
     524   ln_traadv_muscl  =  .false.  !  MUSCL scheme              
    524525   ln_traadv_muscl2 =  .false.  !  MUSCL2 scheme + cen2 at boundaries   
    525526   ln_traadv_ubs    =  .false.  !  UBS scheme                  
    526527   ln_traadv_qck    =  .false.  !  QUICKEST scheme                  
    527528/ 
    528 !----------------------------------------------------------------------- 
    529 &namtra_ldf    !   lateral diffusion scheme for tracer  
    530 !----------------------------------------------------------------------- 
    531    !                       !  Type of the operator :  
    532    ln_traldf_lap    =  .true.   !  laplacian operator        
    533    ln_traldf_bilap  =  .false.  !  bilaplacian operator      
    534    !                       !  Direction of action  : 
    535    ln_traldf_level  =  .false.  !  iso-level                 
    536    ln_traldf_hor    =  .false.  !  horizontal (geopotential)            (require "key_ldfslp" when ln_sco=T) 
    537    ln_traldf_iso    =  .true.   !  iso-neutral                          (require "key_ldfslp") 
    538    ln_traldf_grif   =  .false.  !  griffies skew flux formulation       (require "key_ldfslp") 
    539    ln_traldf_gdia   =  .false.  !  griffies operator strfn diagnostics  (require "key_ldfslp") 
    540    ln_triad_iso     =  .false.  !  griffies operator calculates triads twice => pure lateral mixing in ML (require "key_ldfslp") 
    541    ln_botmix_grif   =  .false.  !  griffies operator with lateral mixing on bottom (require "key_ldfslp") 
    542                          !  Coefficient 
     529!---------------------------------------------------------------------------------- 
     530&namtra_ldf    !   lateral diffusion scheme for tracers 
     531!---------------------------------------------------------------------------------- 
     532   !                       !  Operator type: 
     533   ln_traldf_lap    =  .true.   !  laplacian operator 
     534   ln_traldf_bilap  =  .false.  !  bilaplacian operator 
     535   !                       !  Direction of action: 
     536   ln_traldf_level  =  .false.  !  iso-level 
     537   ln_traldf_hor    =  .false.  !  horizontal (geopotential)   (needs "key_ldfslp" when ln_sco=T) 
     538   ln_traldf_iso    =  .true.   !  iso-neutral                 (needs "key_ldfslp") 
     539   !                 !  Griffies parameters              (all need "key_ldfslp") 
     540   ln_traldf_grif   =  .false.  !  use griffies triads 
     541   ln_traldf_gdia   =  .false.  !  output griffies eddy velocities 
     542   ln_triad_iso     =  .false.  !  pure lateral mixing in ML 
     543   ln_botmix_grif   =  .false.  !  lateral mixing on bottom 
     544   !                       !  Coefficients 
     545   ! Eddy-induced (GM) advection always used with Griffies; otherwise needs "key_traldf_eiv" 
     546   ! Value rn_aeiv_0 is ignored unless = 0 with Held-Larichev spatially varying aeiv 
     547   !                                  (key_traldf_c2d & key_traldf_eiv & key_orca_r2, _r1 or _r05) 
     548   rn_aeiv_0        =  2000.    !  eddy induced velocity coefficient [m2/s] 
    543549   rn_aht_0         =  2000.    !  horizontal eddy diffusivity for tracers [m2/s] 
    544550   rn_ahtb_0        =     0.    !  background eddy diffusivity for ldf_iso [m2/s] 
    545    rn_aeiv_0        =  2000.    !  eddy induced velocity coefficient [m2/s]    (require "key_traldf_eiv") 
     551   !                                           (normally=0; not used with Griffies) 
    546552/ 
    547553!----------------------------------------------------------------------- 
    … …  
    619625   rn_ahm_0_blp     =     0.    !  horizontal bilaplacian eddy viscosity [m4/s]  
    620626/ 
    621  
     627!----------------------------------------------------------------------- 
     628&namdta_dyn        !   offline dynamics read in files                ("key_offline") 
     629!----------------------------------------------------------------------- 
     630!            !  file name  ! frequency (hours) ! variable  ! time interp. !  clim  ! 'yearly'/ ! weights  ! rotation ! 
     631!            !             !  (if <0  months)  !   name    !   (logical)  !  (T/F) ! 'monthly' ! filename ! pairing  ! 
     632   sn_tem  = 'ORCA2_1d_grid_T' ,    24            , 'votemper' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     633   sn_sal  = 'ORCA2_1d_grid_T' ,    24            , 'vosaline' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     634   sn_mld  = 'ORCA2_1d_grid_T' ,    24            , 'somixhgt' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     635   sn_emp  = 'ORCA2_1d_grid_T' ,    24            , 'sowaflcd' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     636   sn_ice  = 'ORCA2_1d_grid_T' ,    24            , 'soicecov' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     637   sn_qsr  = 'ORCA2_1d_grid_T' ,    24            , 'soshfldo' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     638   sn_wnd  = 'ORCA2_1d_grid_T' ,    24            , 'sowindsp' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     639   sn_uwd  = 'ORCA2_1d_grid_U' ,    24            , 'vozocrtx' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     640   sn_vwd  = 'ORCA2_1d_grid_V' ,    24            , 'vomecrty' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     641   sn_wwd  = 'ORCA2_1d_grid_W' ,    24            , 'vovecrtz' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     642   sn_avt  = 'ORCA2_1d_grid_W' ,    24            , 'votkeavt' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     643   sn_ubl  = 'ORCA2_1d_grid_U' ,    24            , 'sobblcox' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     644   sn_vbl  = 'ORCA2_1d_grid_V' ,    24            , 'sobblcoy' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     645   sn_eiu  = 'ORCA2_1d_grid_U' ,    24            , 'vozoeivu' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     646   sn_eiv  = 'ORCA2_1d_grid_V' ,    24            , 'vomeeivv' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     647   sn_eiw  = 'ORCA2_1d_grid_W' ,    24            , 'voveeivw' ,  .true.    , .true. ,   'yearly'  , ''       , '' 
     648! 
     649   cn_dir      = './'      !  root directory for the location of the dynamical files 
     650   ln_degrad   =  .false.  !  flag for degradation -                requires ("key_degrad") 
     651   ln_dynwzv   =  .true.   !  computation of vertical velocity instead of using the one read in file 
     652   ln_dynbbl   =  .true.   !  bbl coef are in files, so read them - requires ("key_trabbl") 
     653/ 
    622654!!====================================================================== 
    623655!!             Tracers & Dynamics vertical physics namelists 
    … …  
    9751007   ! Specify whether to ramp down the Neptune velocity in shallow 
    9761008   ! water, and if so the depth range controlling such ramping down 
    977    ln_neptramp       = .true.   ! ramp down Neptune velocity in shallow water 
     1009   ln_neptramp       = .false.   ! ramp down Neptune velocity in shallow water 
    9781010   rn_htrmin         =  100.0   ! min. depth of transition range 
    9791011   rn_htrmax         =  200.0   ! max. depth of transition range 

  • branches/2012/dev_r3379_CMCC6_topbfm/NEMOGCM/CONFIG/PELAGOS_OFF/EXP00/runscript

    r3512 r3513  
    22 
    33#BSUB -a poe 
    4 #BSUB -J PELAGOS          # Name of the job. 
     4#BSUB -J PEL_OFF          # Name of the job. 
    55#BSUB -o PELAGOS_%J.out  # Appends std output to file %J.out. 
    66#BSUB -e PELAGOS_%J.err  # Appends std error to file %J.out. 
    77#BSUB -P nemo 
    88#BSUB -q poe_short    # queue 
    9 #BSUB -n 64             # Number of CPUs 
     9#BSUB -n 128          # Number of CPUs 
    1010#BSUB -x  
    11 #BSUB -R "span[ptile=32]" 
     11#BSUB -R "span[ptile=64]" 
    1212 
    1313export MP_WAIT_MODE=poll 
    … …  
    1919export MP_TASK_AFFINITY=core 
    2020 
    21 workdir="/data/ans017/EXPERIMENTS/PELAGOS" 
    22 datadir="/users/home/ans017/WORKS/GIT//ORCA2-DATA" 
     21EXP="EXP00_OFF" 
     22 
     23workdir="/data/ans017/EXPERIMENTS/PELAGOS/${EXP}" 
     24datadir="/users/home/ans017/WORKS/GIT/ORCA2-DATA" 
    2325execdir=`pwd` 
    2426 
    25 cd $workdir 
     27if [ ! -d ${workdir} ] ; then 
     28  mkdir -p ${workdir} 
     29fi 
     30 
     31cd ${workdir} 
    2632rm -rf * 
     33# Copy input files to exp folder 
    2734cp ${execdir}/* ./ 
    2835ln -sf ${datadir}/* ./ 
    2936ln -sf ${datadir}/ORCA2-TOP/* ./ 
     37# Get the offline physical data and the mesh_mask 
     38ln -sf /data/ans017/EXPERIMENTS/ORCA2_LIM/*.nc ./ 
    3039 
    3140time mpirun.lsf opa 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.